HEADER TRANSCRIPTION/DNA/RNA 31-DEC-69 7EH2 TITLE Thermus thermophilus transcription initiation complex containing a TITLE 2 template-strand pyrimidine at position TSS-2 and GpG RNA primer COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D, N; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 3.34 ANGSTORMS DBREF 7EH2 D 1 1524 UNP Q8RQE8 RPOC_THET8 1 1524 SEQRES 1 D 91 ALA ASP CYS GLY THR THR ASN TYR ILE SER VAL PRO LEU SEQRES 2 D 91 PHE GLN PRO ASP GLU VAL THR ARG SER LEU ARG LEU ARG SEQRES 3 D 91 LYS ARG ALA ASP ILE GLU ALA GLY LEU TYR GLY ARG VAL SEQRES 4 D 91 LEU ALA ARG GLU VAL GLU VAL LEU GLY VAL ARG LEU GLU SEQRES 5 D 91 GLU GLY ARG TYR LEU SER MET ASP ASP VAL HIS LEU LEU SEQRES 6 D 91 ILE LYS ALA ALA GLU ALA GLY GLU ILE GLN GLU VAL PRO SEQRES 7 D 91 VAL ARG SER PRO LEU THR CYS GLN THR ARG TYR GLY VAL ATOM 1 N ALA D1110 18.952 25.336 66.561 1.00 81.90 ATOM 2 CA ALA D1110 18.024 25.134 67.667 1.00 74.36 ATOM 3 C ALA D1110 16.831 24.266 67.280 1.00 73.21 ATOM 4 O ALA D1110 16.467 23.344 68.017 1.00 72.58 ATOM 5 CB ALA D1110 17.545 26.488 68.196 1.00 84.16 ATOM 6 N ASP D1111 16.207 24.548 66.138 1.00 74.76 ATOM 7 CA ASP D1111 15.031 23.795 65.709 1.00 78.36 ATOM 8 C ASP D1111 15.048 23.719 64.189 1.00 82.94 ATOM 9 O ASP D1111 14.940 24.747 63.515 1.00 88.80 ATOM 10 CB ASP D1111 13.745 24.447 66.216 1.00 77.42 ATOM 11 CG ASP D1111 12.540 23.520 66.138 1.00 78.12 ATOM 12 OD1 ASP D1111 12.441 22.734 65.172 1.00 77.94 ATOM 13 OD2 ASP D1111 11.688 23.578 67.050 1.00 81.28 ATOM 14 N CYS D1112 15.185 22.504 63.652 1.00 76.61 ATOM 15 CA CYS D1112 15.110 22.324 62.209 1.00 77.96 ATOM 16 C CYS D1112 13.706 22.557 61.671 1.00 79.66 ATOM 17 O CYS D1112 13.542 22.743 60.462 1.00 91.87 ATOM 18 CB CYS D1112 15.588 20.926 61.826 1.00 74.28 ATOM 19 SG CYS D1112 15.042 19.637 62.948 1.00 66.12 ATOM 20 N GLY D1113 12.696 22.553 62.534 1.00 75.38 ATOM 21 CA GLY D1113 11.341 22.806 62.096 1.00 82.07 ATOM 22 C GLY D1113 10.598 21.598 61.582 1.00 77.87 ATOM 23 O GLY D1113 9.500 21.753 61.036 1.00 81.47 ATOM 24 N THR D1114 11.156 20.401 61.736 1.00 73.20 ATOM 25 CA THR D1114 10.470 19.202 61.284 1.00 80.41 ATOM 26 C THR D1114 9.207 18.961 62.099 1.00 75.21 ATOM 27 O THR D1114 9.096 19.368 63.259 1.00 68.88 ATOM 28 CB THR D1114 11.381 17.980 61.386 1.00 81.86 ATOM 29 OG1 THR D1114 10.621 16.798 61.101 1.00 77.69 ATOM 30 CG2 THR D1114 11.973 17.868 62.783 1.00 75.17 ATOM 31 N THR D1115 8.244 18.295 61.470 1.00 76.61 ATOM 32 CA THR D1115 7.024 17.878 62.141 1.00 83.30 ATOM 33 C THR D1115 7.049 16.409 62.533 1.00 87.46 ATOM 34 O THR D1115 6.175 15.971 63.289 1.00 89.49 ATOM 35 CB THR D1115 5.808 18.145 61.244 1.00 84.85 ATOM 36 OG1 THR D1115 5.761 17.170 60.195 1.00 79.61 ATOM 37 CG2 THR D1115 5.901 19.531 60.626 1.00 80.61 ATOM 38 N ASN D1116 8.029 15.649 62.047 1.00 80.32 ATOM 39 CA ASN D1116 8.092 14.217 62.281 1.00 78.60 ATOM 40 C ASN D1116 8.727 13.919 63.636 1.00 72.48 ATOM 41 O ASN D1116 9.312 14.788 64.289 1.00 73.94 ATOM 42 CB ASN D1116 8.875 13.530 61.165 1.00 77.38 ATOM 43 CG ASN D1116 8.635 14.167 59.814 1.00 84.73 ATOM 44 OD1 ASN D1116 9.569 14.631 59.161 1.00 91.32 ATOM 45 ND2 ASN D1116 7.376 14.199 59.389 1.00 86.82 ATOM 46 N TYR D1117 8.615 12.663 64.049 1.00 69.24 ATOM 47 CA TYR D1117 9.028 12.231 65.380 1.00 71.17 ATOM 48 C TYR D1117 8.988 10.710 65.415 1.00 74.24 ATOM 49 O TYR D1117 8.684 10.056 64.411 1.00 78.71 ATOM 50 CB TYR D1117 8.129 12.829 66.459 1.00 68.34 ATOM 51 CG TYR D1117 6.645 12.692 66.177 1.00 74.64 ATOM 52 CD1 TYR D1117 5.944 11.556 66.563 1.00 72.42 ATOM 53 CD2 TYR D1117 5.944 13.707 65.533 1.00 76.44 ATOM 54 CE1 TYR D1117 4.589 11.431 66.308 1.00 71.46 ATOM 55 CE2 TYR D1117 4.591 13.591 65.275 1.00 70.40 ATOM 56 CZ TYR D1117 3.918 12.452 65.664 1.00 72.48 ATOM 57 OH TYR D1117 2.571 12.335 65.408 1.00 75.36 ATOM 58 N ILE D1118 9.293 10.147 66.584 1.00 64.98 ATOM 59 CA ILE D1118 9.194 8.708 66.788 1.00 64.28 ATOM 60 C ILE D1118 8.332 8.445 68.014 1.00 66.00 ATOM 61 O ILE D1118 8.297 9.241 68.958 1.00 67.48 ATOM 62 CB ILE D1118 10.577 8.029 66.932 1.00 63.93 ATOM 63 CG1 ILE D1118 11.242 8.400 68.259 1.00 72.80 ATOM 64 CG2 ILE D1118 11.484 8.401 65.769 1.00 66.48 ATOM 65 CD1 ILE D1118 12.495 7.594 68.549 1.00 70.63 ATOM 66 N SER D1119 7.625 7.319 67.990 1.00 66.88 ATOM 67 CA SER D1119 6.731 6.927 69.078 1.00 75.18 ATOM 68 C SER D1119 7.420 5.845 69.900 1.00 67.70 ATOM 69 O SER D1119 7.448 4.676 69.511 1.00 73.82 ATOM 70 CB SER D1119 5.388 6.445 68.537 1.00 91.60 ATOM 71 OG SER D1119 4.458 7.511 68.450 1.00 90.22 ATOM 72 N VAL D1120 7.975 6.241 71.040 1.00 66.15 ATOM 73 CA VAL D1120 8.596 5.295 71.961 1.00 73.39 ATOM 74 C VAL D1120 7.493 4.438 72.569 1.00 71.68 ATOM 75 O VAL D1120 6.622 4.967 73.277 1.00 79.02 ATOM 76 CB VAL D1120 9.405 6.015 73.051 1.00 67.92 ATOM 77 CG1 VAL D1120 10.188 5.010 73.883 1.00 60.82 ATOM 78 CG2 VAL D1120 10.334 7.048 72.430 1.00 64.18 ATOM 79 N PRO D1121 7.475 3.131 72.309 1.00 69.09 ATOM 80 CA PRO D1121 6.421 2.283 72.869 1.00 78.17 ATOM 81 C PRO D1121 6.714 1.925 74.315 1.00 77.89 ATOM 82 O PRO D1121 7.848 1.610 74.681 1.00 80.76 ATOM 83 CB PRO D1121 6.459 1.042 71.971 1.00 82.54 ATOM 84 CG PRO D1121 7.886 0.948 71.559 1.00 82.35 ATOM 85 CD PRO D1121 8.401 2.368 71.454 1.00 81.71 ATOM 86 N LEU D1122 5.674 1.981 75.142 1.00 79.63 ATOM 87 CA LEU D1122 5.794 1.665 76.558 1.00 79.82 ATOM 88 C LEU D1122 5.472 0.210 76.866 1.00 86.19 ATOM 89 O LEU D1122 5.560 -0.196 78.029 1.00 84.19 ATOM 90 CB LEU D1122 4.883 2.580 77.378 1.00 77.53 ATOM 91 CG LEU D1122 5.065 4.076 77.116 1.00 79.48 ATOM 92 CD1 LEU D1122 4.151 4.898 78.009 1.00 82.03 ATOM 93 CD2 LEU D1122 6.517 4.477 77.314 1.00 80.42 ATOM 94 N PHE D1123 5.108 -0.580 75.860 1.00 88.75 ATOM 95 CA PHE D1123 4.773 -1.983 76.047 1.00 94.38 ATOM 96 C PHE D1123 5.447 -2.820 74.974 1.00102.07 ATOM 97 O PHE D1123 5.521 -2.417 73.809 1.00 97.59 ATOM 98 CB PHE D1123 3.259 -2.214 75.997 1.00107.08 ATOM 99 CG PHE D1123 2.495 -1.448 77.033 1.00100.58 ATOM 100 CD1 PHE D1123 2.358 -1.945 78.319 1.00 97.37 ATOM 101 CD2 PHE D1123 1.907 -0.234 76.720 1.00 90.12 ATOM 102 CE1 PHE D1123 1.653 -1.241 79.276 1.00 91.16 ATOM 103 CE2 PHE D1123 1.201 0.474 77.672 1.00 93.23 ATOM 104 CZ PHE D1123 1.073 -0.030 78.952 1.00 96.77 ATOM 105 N GLN D1124 5.936 -3.979 75.375 1.00114.20 ATOM 106 CA GLN D1124 6.451 -4.940 74.423 1.00121.89 ATOM 107 C GLN D1124 5.563 -6.176 74.405 1.00128.14 ATOM 108 O GLN D1124 5.097 -6.622 75.462 1.00125.48 ATOM 109 CB GLN D1124 7.896 -5.339 74.754 1.00121.83 ATOM 110 CG GLN D1124 8.179 -5.535 76.239 1.00126.59 ATOM 111 CD GLN D1124 9.639 -5.289 76.594 1.00127.46 ATOM 112 OE1 GLN D1124 10.431 -4.860 75.752 1.00125.59 ATOM 113 NE2 GLN D1124 9.998 -5.554 77.847 1.00112.99 ATOM 114 N PRO D1125 5.269 -6.721 73.227 1.00134.76 ATOM 115 CA PRO D1125 4.434 -7.927 73.173 1.00145.09 ATOM 116 C PRO D1125 5.195 -9.154 73.645 1.00152.06 ATOM 117 O PRO D1125 6.024 -9.703 72.912 1.00150.63 ATOM 118 CB PRO D1125 4.053 -8.025 71.691 1.00144.78 ATOM 119 CG PRO D1125 5.150 -7.307 70.972 1.00136.29 ATOM 120 CD PRO D1125 5.589 -6.199 71.886 1.00132.77 ATOM 121 N ASP D1126 4.917 -9.588 74.872 1.00160.98 ATOM 122 CA ASP D1126 5.537 -10.786 75.414 1.00173.31 ATOM 123 C ASP D1126 5.023 -12.012 74.672 1.00183.67 ATOM 124 O ASP D1126 3.808 -12.214 74.541 1.00184.75 ATOM 125 CB ASP D1126 5.238 -10.900 76.908 1.00171.79 ATOM 126 CG ASP D1126 6.234 -11.777 77.636 1.00176.38 ATOM 127 OD1 ASP D1126 7.327 -12.020 77.083 1.00177.69 ATOM 128 OD2 ASP D1126 5.922 -12.225 78.760 1.00174.11 ATOM 129 N GLU D1127 5.958 -12.830 74.187 1.00184.93 ATOM 130 CA GLU D1127 5.620 -13.998 73.383 1.00183.33 ATOM 131 C GLU D1127 5.290 -15.214 74.240 1.00186.40 ATOM 132 O GLU D1127 4.563 -16.104 73.785 1.00187.84 ATOM 133 CB GLU D1127 6.773 -14.326 72.428 1.00182.05 ATOM 134 CG GLU D1127 8.038 -14.856 73.107 1.00184.58 ATOM 135 CD GLU D1127 8.736 -13.817 73.972 1.00182.79 ATOM 136 OE1 GLU D1127 8.549 -12.608 73.722 1.00179.98 ATOM 137 OE2 GLU D1127 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ATOM 156 CB ARG D1130 0.699 -14.970 73.523 1.00185.46 ATOM 157 CG ARG D1130 0.529 -14.799 72.020 1.00180.58 ATOM 158 CD ARG D1130 1.782 -14.191 71.399 1.00177.39 ATOM 159 NE ARG D1130 2.920 -15.107 71.413 1.00178.11 ATOM 160 CZ ARG D1130 3.654 -15.398 70.344 1.00179.28 ATOM 161 NH1 ARG D1130 3.379 -14.834 69.176 1.00177.86 ATOM 162 NH2 ARG D1130 4.672 -16.243 70.443 1.00179.72 ATOM 163 N SER D1131 0.976 -11.606 75.116 1.00183.46 ATOM 164 CA SER D1131 0.187 -10.434 75.471 1.00177.78 ATOM 165 C SER D1131 1.146 -9.288 75.745 1.00168.95 ATOM 166 O SER D1131 2.325 -9.502 76.022 1.00166.58 ATOM 167 CB SER D1131 -0.713 -10.704 76.684 1.00169.70 ATOM 168 OG SER D1131 0.019 -11.293 77.745 1.00166.30 ATOM 169 N LEU D1132 0.634 -8.066 75.651 1.00162.07 ATOM 170 CA LEU D1132 1.485 -6.886 75.766 1.00149.32 ATOM 171 C LEU D1132 1.798 -6.613 77.233 1.00142.26 ATOM 172 O LEU D1132 0.889 -6.334 78.024 1.00131.60 ATOM 173 CB LEU D1132 0.809 -5.677 75.121 1.00133.05 ATOM 174 CG LEU D1132 1.041 -5.456 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