HEADER TRANSCRIPTION/DNA/RNA 31-DEC-69 7EH2 TITLE Thermus thermophilus transcription initiation complex containing a TITLE 2 template-strand pyrimidine at position TSS-2 and GpG RNA primer COMPND MOL_ID: 3; COMPND 2 MOLECULE: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'; COMPND 3 CHAIN: D, N; COMPND 4 EC: 2.7.7.6; EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 3.34 ANGSTORMS DBREF 7EH2 D 1 1524 UNP Q8RQE8 RPOC_THET8 1 1524 SEQRES 1 D 61 ALA LYS ALA VAL ILE SER GLU ILE ASP GLY VAL VAL ARG SEQRES 2 D 61 ILE GLU GLU THR GLU GLU LYS LEU SER VAL PHE VAL GLU SEQRES 3 D 61 SER GLU GLY PHE SER LYS GLU TYR LYS LEU PRO LYS GLU SEQRES 4 D 61 ALA ARG LEU LEU VAL LYS ASP GLY ASP TYR VAL GLU ALA SEQRES 5 D 61 GLY GLN PRO LEU THR ARG GLY ALA ILE ATOM 1 N ALA D1270 23.101 -17.697 60.890 1.00112.77 ATOM 2 CA ALA D1270 21.825 -18.401 61.005 1.00111.79 ATOM 3 C ALA D1270 20.733 -17.349 61.166 1.00109.93 ATOM 4 O ALA D1270 20.328 -16.989 62.272 1.00110.26 ATOM 5 CB ALA D1270 21.848 -19.387 62.165 1.00117.78 ATOM 6 N LYS D1271 20.260 -16.850 60.030 1.00105.06 ATOM 7 CA LYS D1271 19.269 -15.791 60.024 1.00101.24 ATOM 8 C LYS D1271 17.864 -16.369 60.163 1.00109.72 ATOM 9 O LYS D1271 17.644 -17.582 60.112 1.00115.43 ATOM 10 CB LYS D1271 19.368 -14.967 58.740 1.00 95.54 ATOM 11 CG LYS D1271 18.664 -15.599 57.549 1.00102.42 ATOM 12 CD LYS D1271 18.674 -14.680 56.339 1.00 97.51 ATOM 13 CE LYS D1271 20.080 -14.501 55.791 1.00 96.61 ATOM 14 NZ LYS D1271 20.103 -13.612 54.596 1.00 95.12 ATOM 15 N ALA D1272 16.906 -15.475 60.358 1.00112.18 ATOM 16 CA ALA D1272 15.496 -15.811 60.280 1.00113.17 ATOM 17 C ALA D1272 14.935 -15.308 58.957 1.00113.83 ATOM 18 O ALA D1272 15.374 -14.286 58.423 1.00108.66 ATOM 19 CB ALA D1272 14.720 -15.203 61.447 1.00114.35 ATOM 20 N VAL D1273 13.964 -16.041 58.428 1.00119.67 ATOM 21 CA VAL D1273 13.327 -15.703 57.163 1.00118.55 ATOM 22 C VAL D1273 12.069 -14.902 57.457 1.00118.44 ATOM 23 O VAL D1273 11.211 -15.338 58.236 1.00116.36 ATOM 24 CB VAL D1273 13.003 -16.966 56.347 1.00117.39 ATOM 25 CG1 VAL D1273 12.572 -16.587 54.939 1.00123.64 ATOM 26 CG2 VAL D1273 14.205 -17.899 56.315 1.00113.08 ATOM 27 N ILE D1274 11.959 -13.730 56.842 1.00120.03 ATOM 28 CA ILE D1274 10.808 -12.860 57.023 1.00117.63 ATOM 29 C ILE D1274 9.945 -12.922 55.770 1.00123.30 ATOM 30 O ILE D1274 10.410 -13.245 54.672 1.00125.50 ATOM 31 CB ILE D1274 11.225 -11.408 57.334 1.00113.79 ATOM 32 CG1 ILE D1274 12.146 -10.870 56.238 1.00108.24 ATOM 33 CG2 ILE D1274 11.907 -11.330 58.691 1.00109.36 ATOM 34 CD1 ILE D1274 12.626 -9.460 56.485 1.00 92.54 ATOM 35 N SER D1275 8.664 -12.609 55.944 1.00118.12 ATOM 36 CA SER D1275 7.724 -12.638 54.835 1.00119.10 ATOM 37 C SER D1275 7.817 -11.347 54.033 1.00117.56 ATOM 38 O SER D1275 7.904 -10.252 54.597 1.00114.17 ATOM 39 CB SER D1275 6.299 -12.843 55.349 1.00130.99 ATOM 40 OG SER D1275 5.479 -13.433 54.354 1.00131.32 ATOM 41 N GLU D1276 7.799 -11.480 52.706 1.00118.89 ATOM 42 CA GLU D1276 7.998 -10.318 51.846 1.00120.68 ATOM 43 C GLU D1276 6.751 -9.443 51.777 1.00125.81 ATOM 44 O GLU D1276 6.860 -8.213 51.729 1.00127.06 ATOM 45 CB GLU D1276 8.426 -10.769 50.449 1.00121.50 ATOM 46 CG GLU D1276 9.699 -11.607 50.448 1.00116.24 ATOM 47 CD GLU D1276 10.145 -12.009 49.056 1.00122.04 ATOM 48 OE1 GLU D1276 10.265 -11.120 48.187 1.00123.78 ATOM 49 OE2 GLU D1276 10.373 -13.216 48.832 1.00124.70 ATOM 50 N ILE D1277 5.564 -10.053 51.768 1.00130.36 ATOM 51 CA ILE D1277 4.297 -9.332 51.787 1.00133.79 ATOM 52 C ILE D1277 3.446 -9.904 52.917 1.00137.13 ATOM 53 O ILE D1277 3.807 -10.891 53.559 1.00134.66 ATOM 54 CB ILE D1277 3.546 -9.418 50.437 1.00131.17 ATOM 55 CG1 ILE D1277 4.526 -9.492 49.264 1.00131.69 ATOM 56 CG2 ILE D1277 2.630 -8.212 50.242 1.00127.58 ATOM 57 CD1 ILE D1277 5.207 -8.176 48.938 1.00124.69 ATOM 58 N ASP D1278 2.305 -9.262 53.162 1.00144.35 ATOM 59 CA ASP D1278 1.349 -9.775 54.132 1.00146.11 ATOM 60 C ASP D1278 0.654 -11.014 53.577 1.00147.07 ATOM 61 O ASP D1278 0.499 -11.172 52.362 1.00143.83 ATOM 62 CB ASP D1278 0.309 -8.709 54.477 1.00145.05 ATOM 63 CG ASP D1278 0.801 -7.301 54.203 1.00143.20 ATOM 64 OD1 ASP D1278 0.902 -6.927 53.015 1.00141.12 ATOM 65 OD2 ASP D1278 1.084 -6.568 55.173 1.00143.50 ATOM 66 N GLY D1279 0.234 -11.899 54.473 1.00147.56 ATOM 67 CA GLY D1279 -0.454 -13.092 54.018 1.00151.13 ATOM 68 C GLY D1279 -0.868 -13.984 55.168 1.00155.27 ATOM 69 O GLY D1279 -0.800 -13.602 56.338 1.00157.09 ATOM 70 N VAL D1280 -1.315 -15.185 54.804 1.00157.96 ATOM 71 CA VAL D1280 -1.742 -16.205 55.751 1.00160.27 ATOM 72 C VAL D1280 -0.844 -17.425 55.581 1.00158.43 ATOM 73 O VAL D1280 -0.310 -17.681 54.496 1.00153.69 ATOM 74 CB VAL D1280 -3.235 -16.569 55.564 1.00165.33 ATOM 75 CG1 VAL D1280 -3.448 -17.360 54.279 1.00163.73 ATOM 76 CG2 VAL D1280 -3.771 -17.322 56.777 1.00162.81 ATOM 77 N VAL D1281 -0.677 -18.176 56.670 1.00157.23 ATOM 78 CA VAL D1281 0.310 -19.247 56.759 1.00157.38 ATOM 79 C VAL D1281 -0.293 -20.559 56.273 1.00157.99 ATOM 80 O VAL D1281 -1.461 -20.864 56.541 1.00162.91 ATOM 81 CB VAL D1281 0.828 -19.378 58.205 1.00160.30 ATOM 82 CG1 VAL D1281 1.891 -20.464 58.305 1.00160.86 ATOM 83 CG2 VAL D1281 1.372 -18.044 58.696 1.00158.75 ATOM 84 N ARG D1282 0.516 -21.341 55.556 1.00154.58 ATOM 85 CA ARG D1282 0.145 -22.693 55.144 1.00160.60 ATOM 86 C ARG D1282 1.417 -23.530 55.170 1.00164.01 ATOM 87 O ARG D1282 2.311 -23.326 54.344 1.00163.43 ATOM 88 CB ARG D1282 -0.495 -22.690 53.754 1.00160.77 ATOM 89 CG ARG D1282 -1.195 -23.988 53.353 1.00157.04 ATOM 90 CD ARG D1282 -0.246 -24.974 52.683 1.00156.83 ATOM 91 NE ARG D1282 0.408 -24.403 51.508 1.00160.57 ATOM 92 CZ ARG D1282 0.004 -24.597 50.256 1.00153.10 ATOM 93 NH1 ARG D1282 -1.055 -25.355 50.009 1.00152.89 ATOM 94 NH2 ARG D1282 0.663 -24.036 49.250 1.00143.56 ATOM 95 N ILE D1283 1.509 -24.451 56.114 1.00165.23 ATOM 96 CA ILE D1283 2.698 -25.284 56.250 1.00167.24 ATOM 97 C ILE D1283 2.564 -26.506 55.350 1.00170.92 ATOM 98 O ILE D1283 1.458 -26.977 55.064 1.00174.75 ATOM 99 CB ILE D1283 2.929 -25.679 57.725 1.00159.87 ATOM 100 CG1 ILE D1283 1.601 -25.989 58.422 1.00163.04 ATOM 101 CG2 ILE D1283 3.670 -24.572 58.460 1.00151.38 ATOM 102 CD1 ILE D1283 1.119 -27.417 58.256 1.00161.53 ATOM 103 N GLU D1284 3.703 -27.020 54.889 1.00171.52 ATOM 104 CA GLU D1284 3.748 -28.253 54.106 1.00174.78 ATOM 105 C GLU D1284 4.986 -29.017 54.550 1.00175.71 ATOM 106 O GLU D1284 6.108 -28.649 54.185 1.00174.11 ATOM 107 CB GLU D1284 3.786 -27.964 52.605 1.00168.04 ATOM 108 N GLU D1285 4.790 -30.069 55.338 1.00176.66 ATOM 109 CA GLU D1285 5.891 -30.774 55.987 1.00175.32 ATOM 110 C GLU D1285 5.927 -32.222 55.507 1.00177.74 ATOM 111 O GLU D1285 5.294 -33.102 56.096 1.00176.05 ATOM 112 CB GLU D1285 5.763 -30.691 57.508 1.00167.51 ATOM 113 CG GLU D1285 6.936 -31.300 58.256 1.00170.69 ATOM 114 CD GLU D1285 6.950 -30.921 59.722 1.00166.59 ATOM 115 OE1 GLU D1285 7.979 -31.158 60.388 1.00163.45 ATOM 116 OE2 GLU D1285 5.934 -30.381 60.207 1.00165.44 ATOM 117 N THR D1286 6.666 -32.462 54.427 1.00180.14 ATOM 118 CA THR D1286 7.074 -33.818 54.095 1.00181.79 ATOM 119 C THR D1286 7.974 -34.352 55.207 1.00182.66 ATOM 120 O THR D1286 8.652 -33.591 55.901 1.00185.52 ATOM 121 CB THR D1286 7.801 -33.840 52.745 1.00180.95 ATOM 122 OG1 THR D1286 6.987 -33.202 51.753 1.00179.61 ATOM 123 CG2 THR D1286 8.097 -35.267 52.295 1.00176.58 ATOM 124 N GLU D1287 7.957 -35.675 55.393 1.00181.92 ATOM 125 CA GLU D1287 8.743 -36.278 56.466 1.00183.12 ATOM 126 C GLU D1287 10.225 -35.937 56.353 1.00183.81 ATOM 127 O GLU D1287 10.910 -35.809 57.375 1.00180.54 ATOM 128 CB GLU D1287 8.545 -37.793 56.474 1.00175.44 ATOM 129 CG GLU D1287 7.795 -38.310 57.692 1.00167.13 ATOM 130 CD GLU D1287 8.584 -38.140 58.978 1.00173.99 ATOM 131 OE1 GLU D1287 9.829 -38.244 58.933 1.00177.16 ATOM 132 OE2 GLU D1287 7.958 -37.899 60.031 1.00168.11 ATOM 133 N GLU D1288 10.734 -35.772 55.132 1.00182.30 ATOM 134 CA GLU D1288 12.139 -35.442 54.917 1.00181.70 ATOM 135 C GLU D1288 12.338 -34.071 54.279 1.00180.87 ATOM 136 O GLU D1288 13.455 -33.757 53.853 1.00181.31 ATOM 137 CB GLU D1288 12.812 -36.526 54.067 1.00185.52 ATOM 138 CG GLU D1288 11.963 -37.045 52.915 1.00185.01 ATOM 139 CD GLU D1288 12.075 -36.192 51.668 1.00188.99 ATOM 140 OE1 GLU D1288 13.018 -35.377 51.584 1.00189.10 ATOM 141 OE2 GLU D1288 11.222 -36.341 50.767 1.00187.13 ATOM 142 N LYS D1289 11.295 -33.245 54.206 1.00179.36 ATOM 143 CA LYS D1289 11.398 -31.904 53.640 1.00179.65 ATOM 144 C LYS D1289 10.612 -30.948 54.534 1.00178.88 ATOM 145 O LYS D1289 10.144 -31.322 55.614 1.00177.70 ATOM 146 CB LYS D1289 10.901 -31.890 52.187 1.00180.45 ATOM 147 CG LYS D1289 11.543 -30.821 51.307 1.00179.37 ATOM 148 CD LYS D1289 10.756 -30.608 50.022 1.00180.20 ATOM 149 CE LYS D1289 10.742 -31.860 49.159 1.00176.13 ATOM 150 NZ LYS D1289 12.100 -32.207 48.657 1.00166.16 ATOM 151 N LEU D1290 10.469 -29.702 54.083 1.00175.09 ATOM 152 CA LEU D1290 9.717 -28.683 54.805 1.00169.74 ATOM 153 C LEU D1290 9.538 -27.475 53.899 1.00170.59 ATOM 154 O LEU D1290 10.442 -27.138 53.130 1.00166.94 ATOM 155 CB LEU D1290 10.432 -28.271 56.101 1.00161.93 ATOM 156 CG LEU D1290 9.730 -27.216 56.959 1.00161.77 ATOM 157 CD1 LEU D1290 8.352 -27.700 57.381 1.00164.19 ATOM 158 CD2 LEU D1290 10.572 -26.856 58.173 1.00158.60 ATOM 159 N SER D1291 8.376 -26.831 53.994 1.00169.18 ATOM 160 CA SER D1291 8.120 -25.625 53.219 1.00163.97 ATOM 161 C SER D1291 7.010 -24.830 53.892 1.00159.31 ATOM 162 O SER D1291 6.107 -25.402 54.512 1.00161.82 ATOM 163 CB SER D1291 7.742 -25.961 51.771 1.00162.20 ATOM 164 OG SER D1291 7.760 -24.804 50.954 1.00158.20 ATOM 165 N VAL D1292 7.091 -23.506 53.775 1.00153.74 ATOM 166 CA VAL D1292 6.095 -22.610 54.357 1.00152.15 ATOM 167 C VAL D1292 5.598 -21.678 53.262 1.00149.10 ATOM 168 O VAL D1292 6.394 -20.962 52.643 1.00147.69 ATOM 169 CB VAL D1292 6.659 -21.806 55.541 1.00149.44 ATOM 170 CG1 VAL D1292 5.666 -20.739 55.978 1.00142.15 ATOM 171 CG2 VAL D1292 6.984 -22.735 56.701 1.00150.51 ATOM 172 N PHE D1293 4.291 -21.685 53.019 1.00146.43 ATOM 173 CA PHE D1293 3.681 -20.857 51.992 1.00147.55 ATOM 174 C PHE D1293 2.912 -19.727 52.664 1.00150.48 ATOM 175 O PHE D1293 2.045 -19.972 53.510 1.00155.19 ATOM 176 CB PHE D1293 2.760 -21.690 51.099 1.00148.03 ATOM 177 N VAL D1294 3.240 -18.496 52.292 1.00150.79 ATOM 178 CA VAL D1294 2.476 -17.321 52.689 1.00154.44 ATOM 179 C VAL D1294 1.585 -16.947 51.515 1.00160.99 ATOM 180 O VAL D1294 2.078 -16.591 50.437 1.00160.03 ATOM 181 CB VAL D1294 3.395 -16.156 53.090 1.00152.58 ATOM 182 CG1 VAL D1294 2.591 -14.874 53.234 1.00150.42 ATOM 183 CG2 VAL D1294 4.117 -16.478 54.390 1.00150.22 ATOM 184 N GLU D1295 0.276 -17.052 51.710 1.00162.56 ATOM 185 CA GLU D1295 -0.688 -16.851 50.639 1.00160.10 ATOM 186 C GLU D1295 -1.505 -15.594 50.897 1.00159.07 ATOM 187 O GLU D1295 -2.001 -15.386 52.008 1.00154.06 ATOM 188 CB GLU D1295 -1.610 -18.063 50.497 1.00155.99 ATOM 189 CG GLU D1295 -1.009 -19.192 49.676 1.00151.33 ATOM 190 CD GLU D1295 -1.077 -20.529 50.383 1.00151.32 ATOM 191 OE1 GLU D1295 -1.734 -20.610 51.442 1.00148.22 ATOM 192 OE2 GLU D1295 -0.470 -21.499 49.880 1.00149.76 ATOM 193 N SER D1296 -1.610 -14.751 49.877 1.00164.11 ATOM 194 CA SER D1296 -2.540 -13.639 49.863 1.00170.06 ATOM 195 C SER D1296 -3.802 -14.066 49.121 1.00178.71 ATOM 196 O SER D1296 -3.895 -15.172 48.584 1.00181.50 ATOM 197 CB SER D1296 -1.902 -12.408 49.216 1.00170.75 ATOM 198 OG SER D1296 -2.855 -11.374 49.039 1.00173.80 ATOM 199 N GLU D1297 -4.794 -13.176 49.092 1.00181.41 ATOM 200 CA GLU D1297 -6.003 -13.476 48.338 1.00185.90 ATOM 201 C GLU D1297 -5.762 -13.438 46.834 1.00183.99 ATOM 202 O GLU D1297 -6.585 -13.961 46.074 1.00181.28 ATOM 203 CB GLU D1297 -7.121 -12.510 48.734 1.00189.16 ATOM 204 CG GLU D1297 -6.673 -11.074 48.959 1.00188.99 ATOM 205 CD GLU D1297 -7.685 -10.271 49.757 1.00190.13 ATOM 206 OE1 GLU D1297 -7.321 -9.753 50.834 1.00187.76 ATOM 207 OE2 GLU D1297 -8.849 -10.171 49.313 1.00184.45 ATOM 208 N GLY D1298 -4.654 -12.849 46.393 1.00180.91 ATOM 209 CA GLY D1298 -4.332 -12.800 44.981 1.00177.67 ATOM 210 C GLY D1298 -3.020 -13.468 44.622 1.00176.01 ATOM 211 O GLY D1298 -2.861 -13.962 43.502 1.00176.03 ATOM 212 N PHE D1299 -2.075 -13.498 45.560 1.00174.58 ATOM 213 CA PHE D1299 -0.737 -14.011 45.301 1.00171.48 ATOM 214 C PHE D1299 -0.381 -15.103 46.301 1.00167.79 ATOM 215 O PHE D1299 -1.034 -15.281 47.333 1.00162.38 ATOM 216 CB PHE D1299 0.313 -12.894 45.352 1.00168.90 ATOM 217 CG PHE D1299 0.508 -12.185 44.043 1.00166.88 ATOM 218 CD1 PHE D1299 -0.010 -12.711 42.871 1.00168.93 ATOM 219 CD2 PHE D1299 1.218 -10.998 43.983 1.00161.99 ATOM 220 CE1 PHE D1299 0.171 -12.062 41.665 1.00169.66 ATOM 221 CE2 PHE D1299 1.403 -10.345 42.781 1.00163.58 ATOM 222 CZ PHE D1299 0.879 -10.877 41.620 1.00171.03 ATOM 223 N SER D1300 0.681 -15.836 45.969 1.00166.45 ATOM 224 CA SER D1300 1.230 -16.882 46.818 1.00159.58 ATOM 225 C SER D1300 2.748 -16.770 46.815 1.00155.32 ATOM 226 O SER D1300 3.346 -16.286 45.850 1.00149.26 ATOM 227 CB SER D1300 0.799 -18.278 46.345 1.00154.97 ATOM 228 OG SER D1300 1.409 -19.297 47.117 1.00149.15 ATOM 229 N LYS D1301 3.366 -17.220 47.907 1.00156.80 ATOM 230 CA LYS D1301 4.815 -17.198 48.045 1.00151.52 ATOM 231 C LYS D1301 5.254 -18.435 48.813 1.00149.12 ATOM 232 O LYS D1301 4.610 -18.823 49.790 1.00145.00 ATOM 233 CB LYS D1301 5.283 -15.934 48.776 1.00145.45 ATOM 234 CG LYS D1301 6.585 -15.342 48.260 1.00141.60 ATOM 235 CD LYS D1301 6.376 -14.608 46.945 1.00140.75 ATOM 236 CE LYS D1301 7.598 -13.779 46.577 1.00137.21 ATOM 237 NZ LYS D1301 8.825 -14.613 46.441 1.00134.12 ATOM 238 N GLU D1302 6.349 -19.051 48.374 1.00147.40 ATOM 239 CA GLU D1302 6.867 -20.266 48.990 1.00148.04 ATOM 240 C GLU D1302 8.271 -20.016 49.520 1.00148.48 ATOM 241 O GLU D1302 9.111 -19.446 48.817 1.00143.50 ATOM 242 CB GLU D1302 6.888 -21.428 47.992 1.00150.11 ATOM 243 CG GLU D1302 7.587 -22.673 48.519 1.00147.56 ATOM 244 CD GLU D1302 7.821 -23.716 47.446 1.00148.02 ATOM 245 OE1 GLU D1302 7.257 -23.573 46.341 1.00146.44 ATOM 246 OE2 GLU D1302 8.574 -24.678 47.706 1.00145.05 ATOM 247 N TYR D1303 8.521 -20.446 50.756 1.00147.40 ATOM 248 CA TYR D1303 9.848 -20.409 51.354 1.00143.23 ATOM 249 C TYR D1303 10.247 -21.832 51.711 1.00149.74 ATOM 250 O TYR D1303 9.572 -22.490 52.514 1.00154.46 ATOM 251 CB TYR D1303 9.876 -19.509 52.590 1.00135.54 ATOM 252 CG TYR D1303 9.434 -18.089 52.320 1.00132.43 ATOM 253 CD1 TYR D1303 10.221 -17.227 51.567 1.00129.58 ATOM 254 CD2 TYR D1303 8.232 -17.608 52.824 1.00129.33 ATOM 255 CE1 TYR D1303 9.820 -15.927 51.318 1.00126.03 ATOM 256 CE2 TYR D1303 7.825 -16.311 52.581 1.00126.10 ATOM 257 CZ TYR D1303 8.622 -15.475 51.829 1.00124.96 ATOM 258 OH TYR D1303 8.218 -14.184 51.586 1.00122.74 ATOM 259 N LYS D1304 11.329 -22.307 51.097 1.00152.78 ATOM 260 CA LYS D1304 11.871 -23.630 51.373 1.00156.16 ATOM 261 C LYS D1304 12.865 -23.532 52.522 1.00156.77 ATOM 262 O LYS D1304 13.817 -22.746 52.463 1.00152.33 ATOM 263 CB LYS D1304 12.544 -24.208 50.129 1.00150.98 ATOM 264 N LEU D1305 12.643 -24.329 53.563 1.00159.37 ATOM 265 CA LEU D1305 13.426 -24.222 54.780 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