1. a.296.1 PMT central region-like PMT central region-like multihelical; comprises two four-helical bundles of different topologies and an irregular helical array packed against a small beta-sheet 2ebf d2ebfx1 X:673-684,688-704,708-720 2ebh d2ebhx1 X:673-684,688-704,708-720 2ec5 d2ec5a1 A:673-684,688-704,708-720 2ec5 d2ec5b1 B:673-684,688-704,708-720 2ec5 d2ec5b1 B:688-704,708-720,851-873 2ec5 d2ec5a1 A:688-704,708-720,851-873 2ebf d2ebfx1 X:688-704,708-720,850-873 2ebh d2ebhx1 X:688-704,708-720,850-873 2ebh d2ebhx1 X:651-670,673-684,688-704 2ec5 d2ec5b1 B:651-670,673-684,688-704 2ebf d2ebfx1 X:651-670,673-684,688-704 2ec5 d2ec5a1 A:651-670,673-684,688-704 2. f.1.1 Colicin Toxins' membrane translocation domains multi-helical domains of various folds which is thought to unfold in the membrane 1cii d1ciia1 A:468-485,579-595,597-614 1col d1cola_ A:55-70,168-188,188-201 1rh1 d1rh1a2 A:365-380,478-498,498-511 1col d1colb_ B:55-69,168-188,188-201 1a87 d1a87a_ A:215-232,330-345,351-372 1col d1colb_ B:5-31,31-49,146-165 1col d1cola_ A:5-31,31-49,146-165 1rh1 d1rh1a2 A:341-359,456-475,478-498 1a87 d1a87a_ A:239-253,351-372,371-387 1col d1cola_ A:31-49,146-165,168-188 1col d1colb_ B:31-49,146-165,168-188 1cii d1ciia1 A:489-501,597-614,613-624 1col d1colb_ B:75-89,109-128,168-188 1col d1cola_ A:75-90,109-128,168-188 1cii d1ciia1 A:509-523,547-562,597-614 1a87 d1a87a_ A:259-274,293-312,351-372 1rh1 d1rh1a2 A:385-399,417-438,478-498 1rh1 d1rh1a2 A:290-341,341-359,456-475 1a87 d1a87a_ A:169-215,215-232,330-345 3. a.80.1 post-AAA+ oligomerization domain-like associated with N-terminal domain from the AAA+ family of P-loop hydrolases ! post-AAA+ oligomerization domain-like core: 5 helices: bundle 1iqp d1iqpe1 E:268-283,286-307,309-327 1iqp d1iqpb1 B:268-283,286-307,309-327 1sxj d1sxjc1 C:273-288,292-313,315-333 1sxj d1sxjb1 B:262-277,281-302,305-322 1iqp d1iqpd1 D:268-283,286-307,309-327 1iqp d1iqpa1 A:268-283,286-307,309-327 1sxj d1sxjd1 D:297-311,315-336,338-353 2r9g d2r9go1 O:271-288,291-309,308-327 2r9g d2r9gb1 B:271-288,291-309,309-327 2r9g d2r9gc1 C:271-288,291-309,308-327 2r9g d2r9gp1 P:271-288,291-309,308-327 2r9g d2r9gk1 K:271-288,291-309,308-327 2r9g d2r9ge1 E:271-288,291-309,309-327 3ctd d3ctda1 A:291-308,311-329,329-347 2r9g d2r9gl1 L:271-288,291-309,308-327 1sxj d1sxje1 E:295-311,314-336,337-354 2qw6 d2qw6b1 B:271-287,291-309,308-327 2r9g d2r9gf1 F:271-288,291-309,308-327 2r9g d2r9gn1 N:271-288,291-309,309-327 2r9g d2r9gi1 I:271-288,291-309,308-327 2r9g d2r9gg1 G:271-288,291-309,308-327 3ctd d3ctdb1 B:291-308,311-329,329-347 2r9g d2r9gj1 J:271-288,291-309,308-327 2qw6 d2qw6d1 D:271-287,291-309,308-327 2r9g d2r9gh1 H:271-288,291-309,308-327 2r9g d2r9gm1 M:271-288,291-309,308-327 2r9g d2r9gd1 D:271-288,291-309,309-327 2r9g d2r9ga1 A:271-288,291-309,309-327 2qw6 d2qw6c1 C:271-287,291-309,309-326 2qw6 d2qw6a1 A:271-287,291-309,308-327 2gno d2gnoa1 A:244-264,267-283,289-306 1xxh d1xxhf1 F:242-264,294-316,319-334 1xxi d1xxia1 A:242-264,294-316,319-333 1xxi d1xxif1 F:242-264,294-316,319-333 1jr3 d1jr3d1 D:242-264,294-316,319-333 1xxh d1xxha1 A:242-264,294-316,319-333 3bge d3bgeb1 B:286-303,306-324,324-342 3bge d3bgea1 A:286-303,306-324,324-342 1a5t d1a5ta1 A:240-258,282-304,307-324 1xxi d1xxib1 B:277-299,321-342,344-360 1xxi d1xxig1 G:277-299,321-342,344-360 1jr3 d1jr3c1 C:277-299,321-342,344-360 1xxh d1xxhb1 B:277-299,321-342,344-360 1xxh d1xxhh1 H:277-299,321-342,344-360 1xxh d1xxhd1 D:277-299,321-339,344-360 1xxi d1xxii1 I:277-299,321-339,344-360 1jr3 d1jr3b1 B:277-299,321-339,344-360 1xxi d1xxid1 D:277-299,321-339,344-360 1xxh d1xxhi1 I:277-299,321-339,344-360 1jr3 d1jr3a1 A:277-299,321-339,344-360 1xxi d1xxic1 C:277-299,321-339,344-360 1xxi d1xxih1 H:277-299,321-339,344-360 1xxh d1xxhg1 G:277-299,321-339,344-360 1xxh d1xxhj1 J:240-261,282-303,307-325 1xxh d1xxhi1 I:246-259,321-339,344-360 1jqj d1jqjc1 C:242-264,294-316,322-333 1xxi d1xxii1 I:246-259,321-339,344-360 1jr3 d1jr3b1 B:246-259,321-339,344-360 1xxi d1xxid1 D:246-259,321-339,344-360 1xxh d1xxhd1 D:246-259,321-339,344-360 1jqj d1jqjd1 D:242-268,294-316,322-333 1xxi d1xxib1 B:248-259,321-342,344-360 1xxi d1xxig1 G:248-259,321-342,344-360 1jr3 d1jr3c1 C:248-259,321-342,344-360 1xxh d1xxhc1 C:277-299,321-343,344-360 1xxh d1xxhg1 G:246-259,321-339,344-360 1xxh d1xxhe1 E:240-261,282-304,307-325 1sxj d1sxja1 A:584-596,609-635,637-657 1xxi d1xxih1 H:245-259,321-339,344-360 1xxi d1xxic1 C:245-259,321-339,344-360 1jr3 d1jr3a1 A:245-259,321-339,344-360 1jr3 d1jr3e1 E:240-261,282-304,307-325 1xxi d1xxij1 J:240-261,282-304,307-325 1xxi d1xxie1 E:240-261,282-304,307-325 1xxh d1xxhb1 B:246-259,321-342,344-360 1jqj d1jqjc1 C:212-224,294-316,322-333 1xxh d1xxhh1 H:245-259,321-342,344-360 1iqp d1iqpa1 A:235-249,286-307,309-327 1iqp d1iqpe1 E:235-249,286-307,309-327 1xxh d1xxhc1 C:245-259,321-343,344-360 1iqp d1iqpb1 B:235-249,286-307,309-327 1iqp d1iqpd1 D:235-249,286-307,309-327 1sxj d1sxje1 E:257-274,314-336,337-354 5. a.39.1 EF-hand Duplication: consists of two EF-hand units: each is made of two helices connected with calcium-binding loop ! EF Hand-like core: 4 helices; array of 2 hairpins, opened 2cnp d2cnpa_ A:30-43,49-64,69-86 2cnp d2cnpb_ B:30-43,49-64,69-86 2pru d2prub1 B:28-41,47-67,69-83 2pru d2prua1 A:28-41,47-65,69-83 1kso d1ksob_ B:30-43,48-66,71-87 1iq3 d1iq3a_ A:40-53,56-67,74-91 1k9p d1k9pa_ A:30-43,50-64,69-85 1k8u d1k8ua_ A:30-43,50-64,69-85 1kso d1ksoa_ A:30-43,48-66,71-87 1b4c d1b4cb_ B:28-41,49-63,69-85 1b4c d1b4ca_ A:28-41,49-63,69-85 1m31 d1m31a_ A:30-43,51-65,71-87 1m31 d1m31b_ B:30-43,51-65,71-87 1qjt d1qjta_ A:35-47,49-62,69-86 1yus d1yusb1 B:34-47,53-67,72-88 1k2h d1k2ha_ A:29-42,50-65,70-86 1k2h d1k2hb_ B:29-42,50-65,70-86 1qv1 d1qv1a_ A:38-55,57-76,109-123 1sym d1syma_ A:28-41,49-64,69-85 1sym d1symb_ B:28-41,49-64,69-85 1qv0 d1qv0a_ A:38-55,57-76,109-123 1dgv d1dgva_ A:116-132,134-153,161-172 1sl9 d1sl9a1 A:38-55,57-76,109-122 1yur d1yura1 A:34-47,52-67,72-88 1s36 d1s36a_ A:38-55,57-76,109-123 1c07 d1c07a_ A:36-48,50-63,70-88 1eh2 d1eh2a_ A:32-44,46-59,66-83 2jxc d2jxca1 A:147-159,161-174,181-198 1yus d1yusa1 A:34-47,52-67,72-88 1uhk d1uhkb1 B:32-49,51-70,103-118 1yur d1yurb1 B:34-47,55-67,72-88 1ff1 d1ff1a_ A:32-44,46-59,66-84 1uhk d1uhka1 A:32-49,51-70,103-118 1f8h d1f8ha_ A:32-44,46-59,66-84 1uhh d1uhhb1 B:32-49,51-70,103-118 1uhi d1uhia1 A:32-49,51-70,103-118 1sl8 d1sl8a_ A:34-51,53-72,105-120 1uhh d1uhha1 A:32-49,51-70,103-118 1uhj d1uhjb1 B:32-49,51-70,103-118 1ej3 d1ej3a_ A:32-49,51-70,103-118 1uhj d1uhja1 A:32-49,51-70,103-118 1uhi d1uhib1 B:32-49,51-70,103-118 1nsh d1nsha_ A:31-44,52-64,72-88 1nsh d1nshb_ B:31-44,52-64,72-88 1j7r d1j7ra_ A:32-45,48-61,70-84 1ej3 d1ej3b_ B:32-49,51-70,103-118 2het d2hetb1 B:45-58,61-75,82-95 2het d2heta1 A:45-58,61-75,82-95 2het d2hetc1 C:45-58,61-75,82-95 2het d2hetd1 D:45-58,61-75,82-95 1fi6 d1fi6a_ A:32-44,46-59,66-83 1br4 d1br4d_ D:27-39,43-52,65-79 1br4 d1br4h_ H:27-39,43-52,65-79 1br4 d1br4f_ F:27-39,43-52,65-79 1br4 d1br4b_ B:27-39,43-52,65-79 1qxp d1qxpb1 B:765-778,785-802,849-873 1jf0 d1jf0a_ A:38-55,57-76,109-124 1j7q d1j7qa_ A:32-44,49-61,70-84 1jwd d1jwdb_ B:30-43,46-65,69-85 3dtp d3dtpd1 D:27-39,43-52,65-79 1scm d1scmc_ C:29-41,44-52,64-78 1dfl d1dflx_ X:29-41,45-53,64-79 1dfk d1dfkz_ Z:29-41,45-53,64-79 1dfl d1dflz_ Z:29-41,45-53,64-79 1b7t d1b7tz_ Z:29-41,45-53,64-79 1br1 d1br1d_ D:27-39,43-52,65-79 1br1 d1br1h_ H:27-39,43-52,65-79 1br1 d1br1f_ F:27-39,43-52,65-79 1br1 d1br1b_ B:27-39,43-52,65-79 1el4 d1el4a_ A:38-55,57-76,109-124 1cb1 d1cb1a_ A:24-37,45-54,62-75 1cfp d1cfpa_ A:28-41,49-63,69-85 1cfp d1cfpb_ B:28-41,49-63,69-85 1qxp d1qxpb2 B:641-653,660-683,882-893 1qxp d1qxpa1 A:765-778,785-802,850-873 1sl7 d1sl7a_ A:38-55,57-76,109-124 1avs d1avsb_ B:6-15,15-31,74-87 1jf2 d1jf2a_ A:38-55,57-76,109-124 2sas d2sasa_ A:27-43,47-71,100-116 1qxp d1qxpa2 A:641-653,660-683,882-893 1kk8 d1kk8c_ C:29-41,45-53,64-78 2ix7 d2ix7a1 A:28-40,44-57,64-79 1qvi d1qviz_ Z:29-41,45-53,64-78 1dmo d1dmoa_ A:28-40,44-59,64-77 2jtt d2jttb1 B:30-43,46-65,69-85 1kk7 d1kk7z_ Z:29-41,45-53,64-78 1jwd d1jwda_ A:30-43,46-65,69-85 1h4b d1h4ba_ A:4-20,62-74,73-84 1kfu d1kful1 L:623-635,639-651,658-681 1w7j d1w7jb1 B:28-40,44-53,66-79 1pul d1pula1 A:43-55,63-76,82-96 2mys d2mysc_ C:26-38,42-49,64-79 1l2o d1l2oc_ C:29-41,45-53,64-79 1gjy d1gjyd_ D:121-133,137-149,155-178 1kfx d1kfxl1 L:623-635,639-651,658-681 3dtp d3dtpc1 C:27-39,43-52,65-79 1s5g d1s5gz_ Z:29-41,45-53,64-78 1kcy d1kcya_ A:24-35,41-57,62-75 1sr6 d1sr6c_ C:29-41,45-53,64-78 1wlm d1wlma1 A:38-50,58-71,78-95 1eg4 d1eg4a1 A:146-166,170-188,195-207 1wdc d1wdcc_ C:29-41,45-53,64-78 1a2x d1a2xa_ A:35-47,51-64,71-87 1w7i d1w7ib1 B:28-40,44-53,66-81 1jfj d1jfja_ A:18-30,33-47,54-63 1lkj d1lkja_ A:28-40,44-57,64-77 1u5i d1u5ia1 A:623-635,639-651,658-681 1jfk d1jfka_ A:18-31,33-47,54-64 2jtt d2jtta1 A:30-43,47-65,69-85 1cfc d1cfca_ A:101-113,117-129,137-147 1fpw d1fpwa_ A:117-133,144-158,176-188 1gjy d1gjyc_ C:121-133,137-149,155-178 1kwo d1kwoc_ C:29-41,45-53,64-78 1cfd d1cfda_ A:101-113,117-129,137-147 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A:109-120,122-134,136-153 3ygs d3ygsp_ P:3-14,51-67,67-82 1c15 d1c15a_ A:23-33,36-48,49-64 1ddf d1ddfa_ A:225-237,239-251,253-270 1d2z d1d2zb_ B:52-61,89-104,108-120 1ich d1icha_ A:338-350,352-364,366-383 1d2z d1d2zd_ D:52-61,89-104,108-120 2a5y d2a5yb2 B:22-34,37-47,49-66 1c15 d1c15a_ A:2-21,49-64,64-79 3crd d3crda_ A:25-34,37-48,49-66 1e3y d1e3ya_ A:107-120,122-134,136-153 3ygs d3ygsc_ C:21-33,36-46,48-63 2a5y d2a5yb2 B:3-14,80-98,97-110 1d2z d1d2zc_ C:53-63,65-79,81-95 1e41 d1e41a_ A:108-120,122-134,136-153 1ygo d1ygoa1 A:33-42,44-58,60-74 1cww d1cwwa_ A:21-33,36-47,48-63 1fad d1fada_ A:108-120,122-134,136-153 1d2z d1d2za_ A:53-63,65-79,81-95 2p1h d2p1ha1 A:23-35,38-49,50-65 3ygs d3ygsp_ P:22-34,37-47,51-67 1cy5 d1cy5a_ A:21-33,36-47,48-63 2ygs d2ygsa_ A:21-33,36-47,48-63 1ucp d1ucpa_ A:2-16,48-61,61-77 1wmg d1wmgf_ F:879-888,889-899,901-915 1wh4 d1wh4a_ A:37-47,56-70,72-85 1ucp d1ucpa_ A:16-31,40-48,48-61 1ngr d1ngra_ A:353-365,367-378,379-391 1e41 d1e41a_ A:97-108,136-153,157-169 3crd d3crda_ A:1-20,49-66,67-76 1a1z d1a1za_ A:16-32,32-40,41-52 1n3k d1n3ka_ A:1-16,41-53,59-71 3ygs d3ygsc_ C:2-13,48-63,64-79 1cww d1cwwa_ A:2-13,48-63,64-79 1wmg d1wmge_ E:859-873,901-914,919-931 1c15 d1c15a_ A:2-21,23-33,64-79 1wmg d1wmgb_ B:859-872,901-914,919-931 1n3k d1n3ka_ A:16-28,32-40,41-53 1wmg d1wmgc_ C:859-873,901-914,919-931 1wmg d1wmgd_ D:859-873,901-914,919-931 1a1w d1a1wa_ A:16-28,32-40,41-53 1wmg d1wmga_ A:859-872,901-914,916-931 2ygs d2ygsa_ A:2-13,48-63,64-79 1ucp d1ucpa_ A:2-16,16-31,61-77 1a1w d1a1wa_ A:2-16,41-53,60-71 2gf5 d2gf5a1 A:91-108,136-153,157-169 1fad d1fada_ A:93-109,136-153,157-169 2a5y d2a5yb2 B:3-14,49-66,67-79 1wmg d1wmgc_ C:879-888,892-899,901-914 1cy5 d1cy5a_ A:2-13,48-63,64-79 1wmg d1wmgd_ D:879-888,892-899,901-914 1pn5 d1pn5a1 A:64-75,75-90,120-136 1e41 d1e41a_ A:97-108,108-120,157-169 1a1z d1a1za_ A:2-16,16-32,60-71 1wmg d1wmgd_ D:859-873,879-888,919-931 2p1h d2p1ha1 A:4-15,50-65,66-81 2gf5 d2gf5a2 A:16-28,32-39,41-53 1wmg d1wmgb_ B:859-872,879-888,919-931 1wh4 d1wh4a_ A:22-37,37-47,87-99 1d2z d1d2zb_ B:37-52,108-120,128-140 1ddf d1ddfa_ A:216-225,253-270,273-286 1d2z d1d2zd_ D:37-52,108-120,128-140 1wh4 d1wh4a_ A:22-37,72-85,87-99 1a1z d1a1za_ A:2-16,41-52,60-71 1pn5 d1pn5a1 A:64-75,107-120,120-136 1d2z d1d2zc_ C:38-53,81-95,97-109 1d2z d1d2za_ A:38-53,81-95,97-109 1wmg d1wmge_ E:859-873,879-888,919-931 1wmg d1wmgf_ F:859-873,901-915,920-931 1fad d1fada_ A:93-109,108-120,157-169 1wmg d1wmgc_ C:859-873,879-888,919-931 1wmg d1wmgb_ B:879-888,892-900,901-914 1wmg d1wmga_ A:859-872,879-888,916-931 1wmg d1wmge_ E:879-888,892-900,901-914 1wmg d1wmga_ A:879-888,892-900,901-914 1ygo d1ygoa1 A:17-32,33-42,76-88 1wmg d1wmgf_ F:859-873,879-888,920-931 1dgn d1dgna_ A:9-17,18-33,65-81 1d2z d1d2zd_ D:37-52,52-61,128-140 1n3k d1n3ka_ A:1-16,16-28,59-71 1d2z d1d2zb_ B:37-52,52-61,128-140 1ddf d1ddfa_ A:216-225,225-237,273-286 1d2z d1d2zc_ C:38-53,53-63,97-109 1d2z d1d2za_ A:38-53,53-63,97-109 1ngr d1ngra_ A:342-353,353-365,395-407 11. g.45.1 ArfGap/RecO-like zinc finger ArfGap/RecO-like zinc finger zinc-bound alpha+beta motif 1u5k d1u5ka2 A:85-104,109-126,128-144 1u5k d1u5kb2 B:85-104,109-126,128-145 1u5k d1u5kb2 B:109-126,128-145,197-205 1u5k d1u5ka2 A:109-126,128-144,197-205 12. a.29.8 Bacteriocin immunity protein-like Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 2bl8 d2bl8a1 A:4-20,21-39,47-66 2bl7 d2bl7a1 A:4-20,21-41,46-66 2bl8 d2bl8c1 C:4-20,21-41,46-66 1tdp d1tdpa_ A:2-18,24-41,43-57 13. a.95.1 Influenza virus matrix protein M1 superficially similar to membrane translocation domains ! Influenza virus matrix protein M1 multihelical; consists of two different all-alpha subdomains, 4 helices each 1ea3 d1ea3a_ A:2-16,53-69,139-158 1ea3 d1ea3b_ B:2-16,53-69,139-158 1aa7 d1aa7a_ A:2-16,53-68,139-158 1aa7 d1aa7b_ B:202-216,253-269,339-358 1aa7 d1aa7a_ A:77-86,120-134,139-158 14. a.103.1 Citrate synthase Citrate synthase multihelical; consists of two all-alpha domains 1owc d1owcb_ B:1312-1330,1333-1349,1360-1373 1o7x d1o7xc_ C:265-279,282-304,311-324 1ixe d1ixea_ A:265-280,284-303,311-323 1o7x d1o7xa_ A:265-279,282-304,311-324 1o7x d1o7xb_ B:265-279,282-304,311-324 1o7x d1o7xd_ D:265-279,282-304,311-324 1owc d1owca_ A:312-330,333-349,360-373 1owb d1owba_ A:312-330,333-349,360-373 4cts d4ctsa_ A:327-342,344-357,373-386 1a59 d1a59a_ A:276-294,295-314,318-331 6csc d6csca_ A:327-342,344-365,373-386 1cts d1ctsa_ A:327-342,344-365,373-386 6csc d6csca_ A:5-14,163-182,401-416 6csc d6cscb_ B:327-342,344-365,373-386 1csi d1csia_ A:327-342,344-365,373-386 1al6 d1al6a_ A:327-342,344-365,373-386 1csh d1csha_ A:327-342,344-365,373-386 1css d1cssa_ A:327-342,344-365,373-386 1amz d1amza_ A:327-342,344-365,373-386 6cts d6ctsa_ A:327-342,344-365,373-386 2csc d2csca_ A:327-342,344-365,373-386 1csc d1csca_ A:327-342,344-365,373-386 1csr d1csra_ A:327-342,344-365,373-386 5cts d5ctsa_ A:327-342,344-365,373-386 3csc d3csca_ A:327-342,344-365,373-386 4csc d4csca_ A:327-342,344-365,373-386 2cts d2ctsa_ A:327-342,344-365,373-386 1iom d1ioma_ A:265-283,285-300,310-323 4cts d4ctsb_ B:327-342,344-365,373-386 5csc d5csca_ A:327-342,344-365,374-386 1ixe d1ixeb_ B:265-280,285-301,310-323 5csc d5cscb_ B:327-342,344-365,374-386 4cts d4ctsa_ A:136-152,257-272,389-402 4cts d4ctsb_ B:136-152,257-272,389-402 1ixe d1ixed_ D:42-53,113-128,337-353 1iom d1ioma_ A:42-53,113-128,337-353 1ixe d1ixea_ A:42-53,113-128,337-353 1iom d1ioma_ A:90-107,202-217,325-338 1nxg d1nxga_ A:81-92,153-168,387-402 1ixe d1ixec_ C:42-53,113-128,337-353 5cts d5ctsa_ A:136-152,257-272,389-402 1ixe d1ixeb_ B:42-53,113-128,337-353 6cts d6ctsa_ A:136-152,257-272,389-402 1a59 d1a59a_ A:92-108,204-218,333-346 1owb d1owba_ A:129-146,247-265,375-388 5csc d5csca_ A:136-152,257-272,389-402 1cts d1ctsa_ A:136-152,257-272,389-402 1owc d1owca_ A:129-146,247-265,375-388 5csc d5cscb_ B:88-99,163-182,401-416 1aj8 d1aj8b_ B:269-283,284-303,311-323 1aj8 d1aj8b_ B:93-110,206-220,325-338 1aj8 d1aj8a_ A:269-283,284-303,311-323 1owc d1owcb_ B:1129-1146,1247-1265,1375-1388 1owb d1owbb_ B:1129-1146,1247-1265,1375-1388 1o7x d1o7xb_ B:91-108,201-216,326-339 1ixe d1ixea_ A:90-107,202-217,325-338 1cts d1ctsa_ A:88-99,163-182,401-416 1aj8 d1aj8a_ A:93-110,206-220,325-338 1a59 d1a59a_ A:44-55,115-130,345-360 1o7x d1o7xc_ C:91-108,201-216,326-339 1nxg d1nxga_ A:129-146,247-267,375-388 5csc d5csca_ A:88-99,163-182,401-416 1o7x d1o7xd_ D:91-108,201-216,326-339 1owb d1owba_ A:81-92,153-168,387-402 1nxe d1nxea_ A:81-92,153-168,387-402 4cts d4ctsa_ A:88-99,163-182,401-416 1o7x d1o7xa_ A:91-108,201-216,326-339 1nxe d1nxea_ A:129-146,247-267,375-388 4cts d4ctsb_ B:88-99,163-182,401-416 1k3p d1k3pb_ B:312-330,336-349,360-373 2csc d2csca_ A:88-99,163-182,401-416 1ixe d1ixed_ D:265-277,286-300,310-323 5cts d5ctsa_ A:88-99,163-182,401-416 1nxe d1nxeb_ B:1312-1330,1336-1349,1360-1373 1csc d1csca_ A:88-99,163-182,401-416 1owc d1owcb_ B:1081-1092,1153-1168,1387-1402 1amz d1amza_ A:88-99,163-182,401-416 1csh d1csha_ A:88-99,163-182,401-416 1nxe d1nxeb_ B:1129-1146,1247-1267,1375-1388 4csc d4csca_ A:88-99,163-182,401-416 1csi d1csia_ A:88-99,163-182,401-416 1nxg d1nxgb_ B:1312-1330,1336-1349,1360-1373 1css d1cssa_ A:88-99,163-182,401-416 1k3p d1k3pa_ A:129-146,247-267,375-388 1k3p d1k3pa_ A:81-92,153-168,387-402 1al6 d1al6a_ A:88-99,163-182,401-416 2cts d2ctsa_ A:88-99,163-182,401-416 1owb d1owbb_ B:1312-1330,1336-1349,1360-1373 6csc d6csca_ A:88-99,163-182,401-416 1owc d1owca_ A:81-92,153-168,387-402 1k3p d1k3pb_ B:81-92,153-168,387-402 5csc d5cscb_ B:136-152,257-271,389-402 1csr d1csra_ A:88-99,163-182,401-416 6cts d6ctsa_ A:88-99,163-182,401-416 3csc d3csca_ A:88-99,163-182,401-416 1ixe d1ixed_ D:90-107,202-216,325-338 1nxg d1nxgb_ B:1081-1092,1153-1168,1387-1402 1k3p d1k3pb_ B:129-146,247-267,375-388 1nxe d1nxeb_ B:1081-1092,1153-1168,1387-1402 1nxe d1nxea_ A:312-330,336-349,360-373 1k3p d1k3pa_ A:312-330,336-349,360-373 6csc d6cscb_ B:88-99,163-182,401-416 1ixe d1ixeb_ B:90-107,202-216,325-338 1owb d1owbb_ B:1081-1092,1153-1168,1387-1402 1ixe d1ixec_ C:90-107,202-216,325-338 1csi d1csia_ A:136-152,257-271,389-402 6csc d6cscb_ B:136-152,257-271,389-402 6csc d6csca_ A:136-152,257-271,389-402 1css d1cssa_ A:136-152,257-271,389-402 1nxg d1nxgb_ B:1129-1146,1247-1267,1375-1388 4csc d4csca_ A:136-152,257-271,389-402 1al6 d1al6a_ A:136-152,257-271,389-402 1csc d1csca_ A:136-152,257-271,389-402 1amz d1amza_ A:136-152,257-271,389-402 1ixe d1ixec_ C:265-278,287-303,310-323 3csc d3csca_ A:136-152,257-271,389-402 2csc d2csca_ A:136-152,257-271,389-402 1csr d1csra_ A:136-152,257-271,389-402 1o7x d1o7xc_ C:43-54,115-140,338-354 1csh d1csha_ A:136-152,257-271,389-402 1o7x d1o7xa_ A:43-54,115-140,338-354 1aj8 d1aj8a_ A:45-56,117-132,337-352 1aj8 d1aj8b_ B:45-56,117-132,337-352 1o7x d1o7xb_ B:43-54,115-140,338-354 1nxg d1nxga_ A:312-330,336-349,360-373 2cts d2ctsa_ A:136-152,257-271,389-402 1o7x d1o7xd_ D:43-54,115-140,338-354 2cts d2ctsa_ A:208-218,221-238,373-386 4csc d4csca_ A:208-218,221-238,373-386 2csc d2csca_ A:208-218,221-238,373-386 1owc d1owcb_ B:1192-1203,1212-1229,1360-1373 1aj8 d1aj8a_ A:156-167,171-188,311-323 1nxe d1nxea_ A:192-203,212-229,360-373 1a59 d1a59a_ A:154-165,169-186,318-331 1iom d1ioma_ A:152-163,167-184,310-323 1k3p d1k3pb_ B:192-203,212-229,360-373 1owb d1owbb_ B:1192-1203,1212-1229,1360-1373 1k3p d1k3pa_ A:192-203,212-229,360-373 1nxg d1nxgb_ B:1192-1203,1212-1229,1360-1373 1aj8 d1aj8b_ B:156-167,171-188,311-323 1owc d1owca_ A:192-203,212-229,360-373 1nxe d1nxeb_ B:1192-1203,1212-1229,1360-1373 1ixe d1ixeb_ B:152-163,167-184,310-323 1ixe d1ixec_ C:152-163,167-184,310-323 1owb d1owba_ A:192-203,212-229,360-373 1nxg d1nxga_ A:192-203,212-229,360-373 1ixe d1ixed_ D:152-163,167-184,310-323 1ixe d1ixea_ A:152-163,167-184,311-323 1o7x d1o7xb_ B:151-162,166-183,311-324 1o7x d1o7xa_ A:151-162,166-183,311-324 1o7x d1o7xc_ C:151-162,166-181,311-324 1cts d1ctsa_ A:5-29,163-182,401-416 5csc d5csca_ A:5-29,163-182,401-416 6csc d6cscb_ B:5-29,163-182,401-416 1o7x d1o7xd_ D:151-162,166-183,311-324 1amz d1amza_ A:5-29,163-182,401-416 1csh d1csha_ A:5-29,163-182,401-416 1aj8 d1aj8a_ A:117-132,191-204,206-220 1csi d1csia_ A:5-29,163-182,401-416 3csc d3csca_ A:5-29,163-182,401-416 5csc d5cscb_ B:5-31,163-182,401-416 2cts d2ctsa_ A:5-31,163-182,401-416 4csc d4csca_ A:5-31,163-182,401-416 2csc d2csca_ A:5-31,163-182,401-416 4cts d4ctsa_ A:5-31,163-182,401-416 1csc d1csca_ A:5-31,163-182,401-416 5cts d5ctsa_ A:5-31,163-182,401-416 4cts d4ctsb_ B:5-31,163-182,401-416 1al6 d1al6a_ A:5-31,163-182,401-416 6cts d6ctsa_ A:5-31,163-182,401-416 1css d1cssa_ A:5-31,163-182,401-416 1csr d1csra_ A:5-31,163-182,401-416 18. a.226.1 Her-1 Her-1 multihelical; consists of two topologically similar alpha-helical bundles 1szh d1szhb_ B:83-94,102-115,118-131 1szh d1szha_ A:83-97,98-115,118-131 19. e.50.1 AF1104-like AF1104-like 2 domains; d1: [all-alpha; 3-helical bundle, similar to the immunoglobulin/albumin-binding domain-like fold (scop_cf 46996)]; d2: [alpha/beta; 3 layers, a/b/a; 6-stranded mixed beta-sheet, order: 321456, strand 6 is antiparallel to the rest] 2ffj d2ffjb1 B:7-23,25-43,50-66 2ffj d2ffja1 A:8-23,25-43,50-66 2g8l d2g8lb1 B:4-24,25-45,49-66 2g8l d2g8la1 A:4-24,25-45,49-66 1xfi d1xfia_ A:39-63,68-91,99-115 2q40 d2q40a1 A:39-63,68-91,99-115 2ffj d2ffjb1 B:85-96,98-113,122-138 2q40 d2q40a1 A:134-146,147-165,182-190 1xfi d1xfia_ A:134-146,147-165,182-190 2ffj d2ffja1 A:85-96,98-110,122-138 2g8l d2g8lb1 B:69-94,96-110,117-132 2g8l d2g8la1 A:69-93,96-110,117-132 2ffj d2ffjb1 B:69-86,98-113,122-138 20. a.69.4 BH3980-like Left-handed superhelix core: 4-5 helices; bundle; left-handed superhelix 2o3l d2o3la1 A:13-26,26-44,47-69 2o3l d2o3lb1 B:17-26,26-44,47-69 2hh6 d2hh6a1 A:28-45,50-72,82-94 2o4t d2o4ta1 A:24-42,45-67,77-89 2o3l d2o3lb1 B:26-44,47-69,79-94 2o3l d2o3la1 A:26-44,47-69,79-95 2hh6 d2hh6a1 A:1-28,28-45,50-72 21. e.28.1 Reovirus inner layer core protein p3 Reovirus inner layer core protein p3 large protein without apparent domain division; has a number of all-alpha regions and one all beta domain near the C-end 1uf2 d1uf2a_ A:404-424,466-478,552-569 1uf2 d1uf2b_ B:404-424,466-478,552-569 2btv d2btva_ A:274-282,283-297,645-654 2btv d2btvb_ B:274-282,283-297,645-656 1uf2 d1uf2b_ B:404-424,425-436,453-462 1uf2 d1uf2a_ A:404-424,425-436,453-462 1uf2 d1uf2b_ B:404-424,443-450,453-462 1uf2 d1uf2b_ B:663-687,695-712,748-772 1uf2 d1uf2a_ A:663-687,695-712,748-772 22. e.8.1 DNA/RNA polymerases "palm" domain has a ferredoxin-like fold, related to that of an adenylyl cyclase domain ! DNA/RNA polymerases divided into morphological domains including "palm", "thumb" and "fingers"; the catalytic "palm" domain is conserved to all members 1n38 d1n38a_ A:184-199,224-244,246-264 1n35 d1n35a_ A:184-199,224-244,246-264 1mwh d1mwha_ A:184-199,224-244,246-264 1n1h d1n1ha_ A:184-199,224-244,246-264 1muk d1muka_ A:184-199,224-244,246-264 1j5o d1j5ob_ B:253-268,275-284,296-312 2hmi d2hmib_ B:253-268,275-284,296-311 2pgg d2pgga1 A:729-743,746-762,768-784 1n6q d1n6qb_ B:253-272,275-284,296-312 1hys d1hysb_ B:253-268,275-284,296-312 2rf2 d2rf2b1 B:253-272,275-284,296-313 1dtq d1dtqb_ B:253-268,275-284,296-313 1rt3 d1rt3b_ B:253-272,275-284,296-313 1klm d1klma2 A:253-268,275-284,296-312 1s4f d1s4fc_ C:136-147,518-530,538-554 2vg5 d2vg5b1 B:1253-1272,1275-1282,1296-1313 1s4f d1s4fa_ A:136-147,518-529,538-554 1r0a d1r0ab1 B:253-268,275-284,296-313 1tl1 d1tl1b1 B:253-272,275-284,296-313 2rf2 d2rf2a1 A:253-268,275-284,296-313 3c6t d3c6tb1 B:253-272,275-284,296-312 1s49 d1s49a_ A:136-147,518-530,538-554 1s48 d1s48a_ A:136-147,518-530,538-554 1ikw d1ikwa2 A:253-268,275-284,296-313 1s9g d1s9ga2 A:253-269,275-284,296-313 2opp d2oppa1 A:253-268,275-284,296-313 1s4f d1s4fb_ B:136-147,518-529,538-554 1hni d1hnia2 A:253-272,275-284,296-313 1c0t d1c0tb_ B:253-272,275-284,296-313 1rev d1reva2 A:253-268,275-284,296-313 2rki d2rkia1 A:253-268,275-284,296-313 1tl3 d1tl3b1 B:253-272,275-284,296-313 2vg7 d2vg7b1 B:1253-1272,1275-1282,1296-1313 1fk9 d1fk9a2 A:253-268,275-284,296-313 1n5y d1n5yb_ B:253-272,275-284,296-312 1t03 d1t03b_ B:253-272,275-284,296-312 1rt1 d1rt1a2 A:253-268,275-284,296-313 1bqm d1bqmb_ B:253-272,275-284,296-313 1iky d1ikya2 A:253-269,275-284,296-313 1tl1 d1tl1a2 A:253-268,275-284,296-313 3dok d3dokb1 B:253-268,275-284,296-313 1rt2 d1rt2b_ B:253-272,275-284,296-313 1rtd d1rtdd_ D:253-272,275-284,296-313 1tkz d1tkzb1 B:253-272,275-284,296-313 1ikv d1ikva2 A:253-269,275-284,296-313 1rtd d1rtdb_ B:253-272,275-284,296-313 1tkt d1tktb1 B:253-272,275-284,296-313 1mu2 d1mu2a2 A:253-268,275-284,296-313 3drr d3drra1 A:253-269,275-284,296-313 1c1c d1c1cb_ B:253-268,275-284,296-313 1vrt d1vrtb_ B:253-272,275-284,296-313 3dlk d3dlkb1 B:253-272,275-284,296-313 1uwb d1uwbb_ B:253-272,275-284,296-313 1ikw d1ikwb_ B:1253-1272,1275-1282,1296-1313 2hmi d2hmia2 A:253-269,275-286,293-302 1dlo d1dlob_ B:253-272,275-284,296-313 2zd1 d2zd1b1 B:253-272,275-284,296-313 1eet d1eeta2 A:253-268,275-284,296-313 2opq d2opqb1 B:253-272,275-284,296-313 1ikx d1ikxa2 A:253-268,275-284,296-313 1s1w d1s1wa2 A:253-268,275-284,296-313 1vrt d1vrta2 A:253-268,275-284,296-313 1c0t d1c0ta2 A:253-272,275-284,296-313 2ops d2opsa1 A:253-268,275-284,296-313 1s1t d1s1ta2 A:253-268,275-284,296-313 1qe1 d1qe1b_ B:253-272,275-284,296-313 1vru d1vrua2 A:253-269,275-284,296-313 1lwc d1lwcb_ B:253-272,275-284,296-313 1tkt d1tkta2 A:253-272,275-284,296-313 1tl3 d1tl3a2 A:253-268,275-284,296-313 1rtj d1rtjb1 B:253-268,275-284,296-313 3drp d3drpa1 A:253-269,275-284,296-313 1jlb d1jlbb_ B:253-268,275-284,296-313 1tkz d1tkza2 A:253-268,275-284,296-313 1c1b d1c1bb_ B:253-268,275-284,296-313 1tkx d1tkxb1 B:253-268,275-284,296-313 1s1w d1s1wb1 B:253-272,275-284,296-313 1vru d1vrub_ B:253-272,275-284,296-313 1lwc d1lwca2 A:253-268,275-284,296-313 1tv6 d1tv6b1 B:253-268,275-284,296-313 3dlg d3dlgb1 B:253-268,275-284,296-313 1s1u d1s1ub1 B:253-272,275-284,296-313 3dm2 d3dm2b1 B:253-268,275-284,296-313 1s1t d1s1tb1 B:253-268,275-284,296-313 1lwf d1lwfb_ B:253-272,275-284,296-313 1rt3 d1rt3a2 A:253-272,275-284,296-313 1rt1 d1rt1b1 B:253-268,275-284,296-313 2opp d2oppb1 B:253-272,275-284,296-313 1c1c d1c1ca2 A:253-268,275-284,296-313 2pyj d2pyja2 A:252-261,360-374,375-395 1s1x d1s1xa2 A:253-268,275-284,296-313 1iky d1ikyb_ B:1253-1272,1275-1282,1296-1313 2py5 d2py5a2 A:252-261,358-374,375-395 2ze2 d2ze2b1 B:253-272,275-284,296-313 3c6u d3c6ub1 B:253-272,275-284,296-313 1t05 d1t05b_ B:253-272,275-284,296-313 1lw0 d1lw0b_ B:253-272,275-284,296-313 1jkh d1jkha2 A:253-268,275-284,296-313 1rt6 d1rt6a2 A:253-268,275-284,296-313 3bgr d3bgrb1 B:253-272,275-284,296-313 1ep4 d1ep4b_ B:253-272,275-284,296-313 1s1u d1s1ua2 A:253-268,275-284,296-313 3c6u d3c6ua1 A:253-269,275-284,296-313 1c1b d1c1ba2 A:253-272,275-284,296-313 1rt2 d1rt2a2 A:253-272,275-284,296-313 1ikv d1ikvb_ B:1253-1272,1275-1282,1296-1313 1lwe d1lweb_ B:253-272,275-284,296-313 1lw0 d1lw0a2 A:253-268,275-284,296-313 1rt5 d1rt5b_ B:253-272,275-284,296-313 1fk9 d1fk9b_ B:253-272,275-284,296-313 1rt6 d1rt6b1 B:253-268,275-284,296-313 1jlq d1jlqb_ B:253-272,275-284,296-313 2ops d2opsb1 B:253-268,275-284,296-313 1klm d1klmb_ B:253-272,275-284,296-313 2pzs d2pzsb2 B:252-261,358-374,375-395 1c0u d1c0ua2 A:253-272,275-284,296-313 3di6 d3di6b1 B:253-272,275-284,296-313 3drs d3drsa1 A:253-269,275-284,296-313 1lw2 d1lw2b_ B:253-272,275-284,296-313 2pyl d2pyla2 A:252-261,358-375,375-395 1s1x d1s1xb1 B:253-272,275-284,296-313 3drr d3drrb1 B:253-272,275-284,296-313 1rt4 d1rt4b_ B:253-272,275-284,296-313 1jkh d1jkhb_ B:253-272,275-284,296-313 1jla d1jlab_ B:253-272,275-284,296-313 1jlg d1jlgb_ B:253-272,275-284,296-313 1rt7 d1rt7b1 B:253-268,275-284,296-313 2py5 d2py5b2 B:252-261,358-374,375-395 1lw2 d1lw2a2 A:253-272,275-284,296-313 3dol d3dolb1 B:253-272,275-284,296-313 1ep4 d1ep4a2 A:253-272,275-284,296-313 1rt4 d1rt4a2 A:253-272,275-284,296-313 2be2 d2be2b1 B:253-272,275-284,296-313 2pyj d2pyjb2 B:252-261,360-374,375-395 1fko d1fkob_ B:253-272,275-284,296-313 1jlc d1jlca2 A:253-272,275-284,296-313 1cez d1ceza_ A:100-109,110-129,133-152 2pzs d2pzsa2 A:252-261,358-374,375-395 1s76 d1s76d_ D:100-110,110-130,133-149 1dtt d1dttb_ B:253-272,275-284,296-313 1jle d1jleb_ B:253-272,275-284,296-313 1rev d1revb_ B:253-272,276-284,296-313 1rt5 d1rt5a2 A:253-272,275-284,296-313 1dtq d1dtqa2 A:253-272,275-284,296-313 1n6q d1n6qa2 A:253-268,275-284,296-313 1qln d1qlna_ A:100-109,110-129,133-152 1eet d1eetb_ B:1253-1272,1275-1282,1296-1313 1t03 d1t03a2 A:253-268,275-284,296-313 1dtt d1dtta2 A:253-272,275-284,296-313 1jlq d1jlqa2 A:253-272,275-284,296-313 1fko d1fkoa2 A:253-272,275-284,296-313 1sv5 d1sv5a2 A:253-272,275-284,296-313 1n5y d1n5ya2 A:253-268,275-284,296-313 3dle d3dleb1 B:253-268,276-284,296-313 1jlg d1jlga2 A:253-272,275-284,296-313 1tkx d1tkxa2 A:253-268,276-284,296-313 1jlc d1jlcb_ B:253-272,275-284,296-313 2pi5 d2pi5a1 A:100-110,110-129,133-152 3hvt d3hvta2 A:253-271,276-284,296-311 3drp d3drpb1 B:253-272,275-284,296-313 1rtj d1rtja2 A:253-272,276-284,296-313 1aro d1arop_ P:100-110,110-129,133-152 2rki d2rkib1 B:253-272,275-284,296-313 1hvu d1hvuh_ H:253-272,276-284,296-313 1hvu d1hvub_ B:253-272,276-284,296-313 1hvu d1hvue_ E:253-272,276-284,296-313 1hmv d1hmvf_ F:253-272,276-284,296-313 1hmv d1hmvd_ D:253-272,276-284,296-313 1hmv d1hmvh_ H:253-272,276-284,296-313 1hmv d1hmvb_ B:253-272,276-284,296-313 1hvu d1hvuk_ K:253-272,276-284,296-313 1rt7 d1rt7a2 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1uvm d1uvma_ A:517-528,546-559,615-625 1hht d1hhtq_ Q:517-528,546-561,615-625 1hht d1hhtp_ P:517-528,546-561,615-625 1hht d1hhtr_ R:517-528,546-561,615-625 1uvj d1uvjb_ B:517-528,546-559,615-625 1uvj d1uvjc_ C:517-528,546-559,615-625 1bqn d1bqnb_ B:253-272,276-284,296-313 1hnv d1hnvb_ B:253-272,275-285,296-313 1uvm d1uvmb_ B:517-528,546-559,615-625 1hi8 d1hi8a_ A:517-528,546-561,615-625 1hi8 d1hi8b_ B:517-528,546-561,615-625 1hhs d1hhsb_ B:517-528,546-559,615-625 1hhs d1hhsc_ C:517-528,546-559,615-625 1hhs d1hhsa_ A:517-528,546-559,615-625 2pi4 d2pi4a1 A:100-110,110-129,133-152 1s1v d1s1vb1 B:253-272,276-284,296-313 4rnp d4rnpc_ C:100-110,110-129,133-152 4rnp d4rnpb_ B:100-110,110-129,133-152 4rnp d4rnpa_ A:100-110,110-129,133-152 1q8i d1q8ia2 A:422-432,464-484,485-505 1uvk d1uvke_ E:517-528,546-561,615-625 1uvk d1uvkc_ C:517-528,546-561,615-625 1uvk d1uvka_ A:517-528,546-561,615-625 3drs d3drsb1 B:253-272,276-284,296-313 1uvj d1uvja_ A:517-528,546-561,615-625 1s0v d1s0va_ 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B:1111-1119,1153-1169,1194-1213 1s6p d1s6pb_ B:111-119,153-169,194-213 1n6q d1n6qb_ B:111-119,153-169,194-213 1t03 d1t03b_ B:111-119,153-169,194-213 2be2 d2be2b1 B:111-119,153-169,194-214 3dok d3dokb1 B:110-119,153-169,194-213 1suq d1suqb_ B:111-119,153-169,194-213 1hpz d1hpzb_ B:110-119,153-169,194-214 1s6q d1s6qb_ B:111-119,153-169,194-213 1rev d1revb_ B:111-119,153-169,194-213 1vrt d1vrtb_ B:111-119,153-169,194-213 1rt1 d1rt1b1 B:110-119,153-169,194-213 1sv5 d1sv5b_ B:111-119,153-169,194-213 1t05 d1t05b_ B:111-119,153-169,194-213 1rt6 d1rt6b1 B:110-119,153-169,194-213 1c1b d1c1bb_ B:111-119,153-169,194-213 1jla d1jlab_ B:111-119,153-169,194-213 1s1x d1s1xb1 B:110-119,153-169,194-213 1rt7 d1rt7b1 B:110-119,153-169,194-213 1n5y d1n5yb_ B:111-119,153-169,194-213 1rti d1rtia2 A:111-119,153-176,194-213 1fko d1fkob_ B:111-119,153-169,194-213 1jle d1jlea2 A:111-119,153-176,194-213 1klm d1klmb_ B:110-119,153-169,194-213 1dtt d1dttb_ B:111-119,153-169,194-213 1vru d1vrub_ B:111-119,153-169,194-213 1rti d1rtib1 B:111-119,153-169,194-213 1dtq d1dtqb_ B:111-119,153-169,194-213 1jlc d1jlcb_ B:111-119,153-169,194-213 1lv5 d1lv5a2 A:656-667,793-819,840-857 1suq d1suqa2 A:110-119,153-176,194-213 1rtj d1rtjb1 B:111-119,153-169,194-213 1s6p d1s6pa2 A:111-119,153-176,194-213 2hhw d2hhwa2 A:656-667,793-819,840-857 1fko d1fkoa2 A:111-119,153-176,194-213 1rt5 d1rt5b_ B:111-119,153-169,194-213 1jlb d1jlbb_ B:111-119,153-169,194-213 2hvi d2hvia2 A:656-667,793-819,840-857 1rth d1rthb1 B:111-119,153-169,194-213 3cq8 d3cq8a2 A:414-424,469-506,534-573 1s6q d1s6qa2 A:110-119,153-169,194-213 2ozm d2ozma2 A:414-424,469-506,534-573 3bdp d3bdpa2 A:656-667,793-819,840-857 1q9y d1q9ya2 A:417-427,472-509,537-576 1ua1 d1ua1a2 A:656-667,793-819,840-857 1ua0 d1ua0a2 A:656-667,793-819,840-857 2bdp d2bdpa2 A:656-667,793-819,840-857 1bqn d1bqna2 A:111-119,153-176,194-213 1nk0 d1nk0a2 A:656-667,793-819,840-857 4bdp d4bdpa2 A:656-667,793-819,840-857 1njw d1njwa2 A:656-667,793-819,840-857 2hhw d2hhwd2 D:656-667,793-819,840-857 2hvh d2hvhd2 D:656-667,793-819,840-857 1hqu d1hqua2 A:111-119,153-176,194-213 1njx d1njxa2 A:656-667,793-819,840-857 1nk6 d1nk6a2 A:656-667,793-819,840-857 1nkc d1nkca2 A:656-667,793-819,840-857 1u47 d1u47a2 A:656-667,793-819,840-857 1nk9 d1nk9a2 A:656-667,793-819,840-857 2hhq d2hhqa2 A:656-667,793-819,840-857 1xc9 d1xc9a2 A:656-667,793-819,840-857 1nk4 d1nk4a2 A:656-667,793-819,840-857 2hhu d2hhua2 A:656-667,793-819,840-857 2hhx d2hhxa2 A:656-667,793-819,840-857 2ozs d2ozsa2 A:414-424,469-506,534-573 1u4b d1u4ba2 A:656-667,793-819,840-857 1l3u d1l3ua2 A:656-667,793-819,840-857 1l3v d1l3va2 A:656-667,793-819,840-857 2hhs d2hhsa2 A:656-667,793-819,840-857 2hhv d2hhva2 A:656-667,793-819,840-857 1u45 d1u45a2 A:656-667,793-819,840-857 1bqm d1bqma2 A:111-119,153-176,194-213 1s9e d1s9ea2 A:111-119,153-176,194-213 1l3s d1l3sa2 A:656-667,793-819,840-857 2hvi d2hvid2 D:656-667,793-819,840-857 1u49 d1u49a2 A:656-667,793-819,840-857 1nk5 d1nk5a2 A:656-667,793-819,840-857 1l3t d1l3ta2 A:656-667,793-819,840-857 1l5u d1l5ua2 A:656-667,793-819,840-857 1tv6 d1tv6a2 A:111-119,153-176,194-213 1njz d1njza2 A:656-667,793-819,840-857 1u48 d1u48a2 A:656-667,793-819,840-857 1nk7 d1nk7a2 A:656-667,793-819,840-857 1nke d1nkea2 A:656-667,793-819,840-857 2hw3 d2hw3a2 A:656-667,793-819,840-857 1ig9 d1ig9a2 A:414-424,469-506,534-573 1sks d1sksa2 A:478-489,605-637,662-685 1x9s d1x9sa2 A:478-489,605-637,662-685 1skw d1skwa2 A:478-489,605-637,662-685 1x9w d1x9wa2 A:478-489,605-637,662-685 1tk8 d1tk8a2 A:478-489,605-637,662-685 1x9m d1x9ma2 A:478-489,605-637,662-685 2ops d2opsa1 A:111-119,153-169,194-213 1sl1 d1sl1a2 A:478-489,605-637,662-685 1tk5 d1tk5a2 A:478-489,605-637,662-685 1sl2 d1sl2a2 A:478-489,605-637,662-685 1t8e d1t8ea2 A:478-489,605-637,662-685 1tk0 d1tk0a2 A:478-489,605-637,662-685 1tkd d1tkda2 A:478-489,605-637,662-685 1hqe d1hqeb_ B:111-119,153-169,195-213 1skr d1skra2 A:478-489,605-637,662-685 1t7p d1t7pa2 A:478-489,605-637,662-685 1aro d1arop_ P:689-708,777-803,840-853 1ep4 d1ep4a2 A:111-119,153-176,194-213 1zyq d1zyqa2 A:478-489,605-637,662-685 1jlq d1jlqa2 A:111-119,153-169,194-213 1s1t d1s1ta2 A:111-119,153-169,194-213 2p5g d2p5gc2 C:414-424,469-502,534-573 2oyq d2oyqc2 C:414-424,469-504,534-573 2dy4 d2dy4b2 B:414-424,469-500,534-573 1klm d1klma2 A:111-119,153-169,194-213 2rdi d2rdia2 A:10-21,77-97,117-137 1q9x d1q9xd2 D:414-424,469-506,534-573 1clq d1clqa2 A:414-424,469-506,534-573 2p5g d2p5ga2 A:414-424,469-504,534-573 1jla d1jlaa2 A:111-119,153-169,194-213 1h38 d1h38d_ D:689-708,777-803,840-853 2dy4 d2dy4a2 A:414-424,469-502,534-573 1ih7 d1ih7a2 A:414-424,469-506,534-573 1c1b d1c1ba2 A:111-119,153-169,194-213 2atq d2atqa2 A:414-424,469-506,534-573 1rt2 d1rt2a2 A:111-119,153-169,194-213 1q9x d1q9xa2 A:414-424,469-506,534-573 2pi5 d2pi5a1 A:689-708,777-803,840-853 1q9x d1q9xc2 C:414-424,469-506,534-573 1c1c d1c1ca2 A:111-119,153-169,194-213 1s0v d1s0vd_ D:689-708,777-803,840-853 2vwj d2vwja2 A:406-417,506-533,552-572 1waf d1wafb2 B:414-424,469-506,534-573 1q9x d1q9xb2 B:414-424,469-506,534-573 1waj d1waja2 A:414-424,469-506,534-573 1waf d1wafa2 A:414-424,469-506,534-573 2dy4 d2dy4d2 D:414-424,469-506,533-573 1h38 d1h38a_ A:689-708,777-803,840-854 1h38 d1h38b_ B:689-708,777-803,840-854 1h38 d1h38c_ C:689-708,777-803,840-854 1s0v d1s0vc_ C:689-708,777-803,840-854 4rnp d4rnpc_ C:689-708,777-803,840-854 4rnp d4rnpb_ B:689-708,777-803,840-854 4rnp d4rnpa_ A:689-708,777-803,840-854 1s0v d1s0vb_ B:689-708,777-803,840-854 1s0v d1s0va_ A:689-708,777-803,840-854 1s77 d1s77d_ D:689-709,777-803,840-854 1s76 d1s76d_ D:689-709,777-803,840-854 1qln d1qlna_ A:689-709,777-803,840-854 2pi4 d2pi4a1 A:689-709,777-803,840-850 1cez d1ceza_ A:689-709,777-803,840-854 1msw d1mswd_ D:689-709,777-803,840-855 24. a.98.1 R1 subunit of ribonucleotide reductase, N-terminal domain R1 subunit of ribonucleotide reductase, N-terminal domain multihelical consists of two all-alpha subdomains ! subdomain 1 (residues 10-100) is a 4-helical bundle 1r1r d1r1rb1 B:124-136,168-184,185-203 1r1r d1r1ra1 A:124-136,168-184,185-203 1r1r d1r1rc1 C:124-136,168-184,185-203 4r1r d4r1rc1 C:124-136,168-184,185-203 4r1r d4r1rb1 B:124-136,168-184,185-203 4r1r d4r1ra1 A:124-136,168-184,185-203 2r1r d2r1rb1 B:124-136,168-184,185-203 2r1r d2r1rc1 C:124-136,168-184,185-203 2r1r d2r1ra1 A:124-136,168-184,185-203 6r1r d6r1rc1 C:124-136,168-184,185-203 5r1r d5r1rb1 B:124-136,168-184,185-203 6r1r d6r1rb1 B:124-136,168-184,185-203 5r1r d5r1ra1 A:124-136,168-184,185-203 5r1r d5r1rc1 C:124-136,168-184,185-203 7r1r d7r1rb1 B:124-136,168-184,185-203 7r1r d7r1ra1 A:124-136,168-184,185-203 7r1r d7r1rc1 C:124-136,168-184,185-203 3r1r d3r1rb1 B:124-136,168-184,185-203 3r1r d3r1ra1 A:124-136,168-184,185-203 3r1r d3r1rc1 C:124-136,168-184,185-203 2bq1 d2bq1f1 F:81-96,125-139,141-155 2bq1 d2bq1e1 E:81-96,125-139,141-155 1peu d1peua1 A:81-96,125-139,141-155 1peo d1peoa1 A:81-96,125-139,141-155 1pem d1pema1 A:81-96,125-139,141-155 1peq d1peqa1 A:81-96,125-139,141-155 1rlr d1rlra1 A:124-135,168-184,185-203 6r1r d6r1ra1 A:124-136,168-182,185-203 2r1r d2r1rc1 C:18-31,37-49,54-70 2r1r d2r1ra1 A:18-31,37-49,54-70 2r1r d2r1rb1 B:18-31,37-49,54-70 3r1r d3r1ra1 A:18-31,37-49,54-70 3r1r d3r1rc1 C:18-31,37-49,54-70 3r1r d3r1rb1 B:18-31,37-49,54-70 1rlr d1rlra1 A:18-31,37-50,54-70 1r1r d1r1rc1 C:18-31,37-49,54-70 1r1r d1r1rb1 B:18-31,37-49,54-70 1r1r d1r1ra1 A:18-31,37-49,54-70 4r1r d4r1rb1 B:18-31,37-49,54-70 4r1r d4r1ra1 A:18-31,37-49,54-70 4r1r d4r1rc1 C:18-31,37-49,54-70 5r1r d5r1rc1 C:18-31,37-49,54-70 5r1r d5r1rb1 B:18-31,37-49,54-70 5r1r d5r1ra1 A:18-31,37-49,54-70 7r1r d7r1rb1 B:18-31,37-49,54-70 7r1r d7r1rc1 C:18-31,37-49,54-70 7r1r d7r1ra1 A:18-31,37-49,54-70 6r1r d6r1rb1 B:18-31,37-49,54-70 6r1r d6r1rc1 C:18-31,37-49,54-70 6r1r d6r1ra1 A:18-31,37-49,54-70 1peu d1peua1 A:73-81,81-96,125-139 2bq1 d2bq1f1 F:125-139,141-155,430-449 2bq1 d2bq1f1 F:73-81,81-96,125-139 1peo d1peoa1 A:73-81,81-96,125-139 1pem d1pema1 A:73-81,81-96,125-139 1pem d1pema1 A:125-139,141-155,430-449 5r1r d5r1ra1 A:116-124,124-136,168-184 5r1r d5r1rc1 C:116-124,124-136,168-184 5r1r d5r1rb1 B:116-124,124-136,168-184 3r1r d3r1rb1 B:116-124,124-136,168-184 1peq d1peqa1 A:73-81,81-96,125-139 3r1r d3r1ra1 A:116-124,124-136,168-184 3r1r d3r1rc1 C:116-124,124-136,168-184 6r1r d6r1rb1 B:116-124,124-136,168-184 7r1r d7r1rc1 C:116-124,124-136,168-184 6r1r d6r1rc1 C:116-124,124-136,168-184 2bq1 d2bq1e1 E:73-81,81-96,125-139 7r1r d7r1ra1 A:116-124,124-136,168-184 7r1r d7r1rb1 B:116-124,124-136,168-184 1peq d1peqa1 A:125-139,141-155,430-449 1rlr d1rlra1 A:74-95,136-143,144-156 2r1r d2r1ra1 A:116-124,124-136,168-184 2r1r d2r1rb1 B:116-124,124-136,168-184 4r1r d4r1ra1 A:116-124,124-136,168-184 2r1r d2r1rc1 C:116-124,124-136,168-184 4r1r d4r1rb1 B:116-124,124-136,168-184 4r1r d4r1rc1 C:116-124,124-136,168-184 1r1r d1r1ra1 A:116-124,124-136,168-184 1r1r d1r1rc1 C:116-124,124-136,168-184 1r1r d1r1rb1 B:116-124,124-136,168-184 1rlr d1rlra1 A:116-124,124-135,168-184 2bq1 d2bq1e1 E:125-139,141-155,430-450 1peu d1peua1 A:125-139,141-155,430-450 1r1r d1r1rc1 C:168-184,185-203,474-496 1r1r d1r1rb1 B:168-184,185-203,474-496 1r1r d1r1ra1 A:168-184,185-203,474-496 1rlr d1rlra1 A:168-184,185-203,474-496 1peo d1peoa1 A:125-139,141-155,430-450 6r1r d6r1ra1 A:116-124,124-136,168-182 4r1r d4r1ra1 A:168-184,185-203,474-496 4r1r d4r1rb1 B:168-184,185-203,474-496 4r1r d4r1rc1 C:168-184,185-203,474-496 6r1r d6r1ra1 A:168-182,185-203,474-497 2r1r d2r1rc1 C:168-184,185-203,474-497 2r1r d2r1rb1 B:168-184,185-203,474-497 2r1r d2r1ra1 A:168-184,185-203,474-497 3r1r d3r1ra1 A:168-184,185-203,474-497 3r1r d3r1rb1 B:168-184,185-203,474-497 3r1r d3r1rc1 C:168-184,185-203,474-497 5r1r d5r1rb1 B:168-184,185-203,474-497 5r1r d5r1ra1 A:168-184,185-203,474-497 7r1r d7r1rb1 B:168-184,185-203,474-497 7r1r d7r1ra1 A:168-184,185-203,474-497 6r1r d6r1rb1 B:168-184,185-203,474-497 6r1r d6r1rc1 C:168-184,185-203,474-497 5r1r d5r1rc1 C:168-184,185-203,474-497 7r1r d7r1rc1 C:168-184,185-203,474-497 5r1r d5r1ra1 A:101-113,124-136,168-184 3r1r d3r1rb1 B:101-113,124-136,168-184 3r1r d3r1ra1 A:101-113,124-136,168-184 3r1r d3r1rc1 C:101-113,124-136,168-184 5r1r d5r1rc1 C:101-113,124-136,168-184 5r1r d5r1rb1 B:101-113,124-136,168-184 2r1r d2r1rc1 C:101-113,124-136,168-184 2r1r d2r1ra1 A:101-113,124-136,168-184 2r1r d2r1rb1 B:101-113,124-136,168-184 2bq1 d2bq1f1 F:58-70,81-96,125-139 7r1r d7r1ra1 A:101-113,124-136,168-184 6r1r d6r1ra1 A:101-113,124-136,168-182 7r1r d7r1rc1 C:101-113,124-136,168-184 7r1r d7r1rb1 B:101-113,124-136,168-184 6r1r d6r1rc1 C:101-113,124-136,168-184 4r1r d4r1ra1 A:101-113,124-136,168-184 4r1r d4r1rc1 C:101-113,124-136,168-184 6r1r d6r1rb1 B:101-113,124-136,168-184 4r1r d4r1rb1 B:101-113,124-136,168-184 2bq1 d2bq1e1 E:58-70,81-96,125-139 1rlr d1rlra1 A:101-113,124-135,168-184 1r1r d1r1rc1 C:101-113,124-136,168-184 1r1r d1r1rb1 B:101-113,124-136,168-184 1r1r d1r1ra1 A:101-113,124-136,168-184 1pem d1pema1 A:58-70,81-96,125-139 1peq d1peqa1 A:58-70,81-96,125-139 1peo d1peoa1 A:58-70,81-96,125-139 25. d.144.1 Protein kinase-like (PK-like) shares functional and structural similarities with the ATP-grasp fold and PIPK ! Protein kinase-like (PK-like) consists of two alpha+beta domains, C-terminal domain is mostly alpha helical 1mru d1mrub_ B:194-212,244-256,265-279 1mru d1mrua_ A:194-212,244-256,265-279 2fum d2fumb1 B:194-212,244-256,265-278 2fum d2fumc1 C:194-212,244-256,265-278 1sm2 d1sm2a_ A:536-554,584-596,604-619 2fum d2fuma1 A:194-212,244-256,265-277 2fum d2fumd1 D:194-212,244-256,265-277 1o6y d1o6ya_ A:194-212,244-256,265-278 1snu d1snua_ A:536-554,584-596,604-619 1sm2 d1sm2b_ B:536-554,584-596,604-617 1snu d1snub_ B:536-554,584-596,604-617 1u4d d1u4db_ B:308-326,357-369,377-389 1snx d1snxa_ A:536-554,584-596,604-619 1u46 d1u46b_ B:308-326,357-369,377-389 2erk d2erka_ A:59-77,328-336,337-353 1opl d1oplb2 B:436-454,484-496,504-518 1u54 d1u54a_ A:308-326,357-369,377-389 1u46 d1u46a_ A:308-326,357-369,377-389 1opj d1opja_ A:436-454,484-496,504-517 2j6m d2j6ma1 A:892-910,940-952,960-975 1snx d1snxb_ B:536-554,584-596,604-619 2fo0 d2fo0a3 A:436-454,484-496,504-517 2og8 d2og8a1 A:418-436,466-478,486-499 2og8 d2og8b1 B:418-436,466-478,486-499 1u4d d1u4da_ A:308-326,357-369,377-389 3b2w d3b2wa1 A:418-436,466-478,486-500 1opk d1opka3 A:436-454,484-496,504-517 2itx d2itxa1 A:892-910,940-952,960-975 1opl d1opla3 A:436-454,484-496,504-517 2bdj d2bdja1 A:440-458,488-500,508-521 1rjb d1rjba_ A:866-884,915-927,935-947 2src d2srca3 A:440-458,488-500,508-521 2h8h d2h8ha3 A:440-458,488-500,508-521 2itw d2itwa1 A:892-910,940-952,960-975 2gs2 d2gs2a1 A:868-886,916-928,936-951 1xkk d1xkka_ A:892-910,940-952,960-975 1iep d1iepa_ A:417-435,465-477,485-498 2ity d2itya1 A:892-910,940-952,960-975 1u54 d1u54b_ B:308-326,357-369,377-388 1k9a d1k9ad3 D:364-382,412-424,432-447 2pl0 d2pl0a1 A:418-436,466-478,486-497 2j5f d2j5fa1 A:892-910,940-952,960-975 1ksw d1kswa3 A:440-458,488-500,508-519 1k9a d1k9af3 F:364-382,412-424,432-447 1m17 d1m17a_ A:868-886,916-928,936-951 1fgk d1fgkb_ B:678-696,726-738,746-761 2gs6 d2gs6a1 A:868-886,916-928,936-951 2fgi d2fgia_ A:678-696,726-738,746-761 2ofv d2ofva1 A:418-436,466-478,486-497 1m14 d1m14a_ A:868-886,916-928,936-951 1k2p d1k2pa_ A:575-593,623-635,643-654 1qpj d1qpja_ A:418-436,466-478,486-501 2ptk d2ptka3 A:440-458,488-500,508-522 1k9a d1k9ab3 B:364-382,412-424,432-447 2hk5 d2hk5a1 A:418-436,466-478,486-497 1fgk d1fgka_ A:678-696,726-738,746-761 1fmk d1fmka3 A:440-458,488-500,508-521 1qcf d1qcfa3 A:440-458,488-500,508-519 2ofv d2ofvb1 B:418-436,466-478,486-497 2hck d2hcka3 A:440-458,488-500,508-519 1m7n d1m7na_ A:1187-1205,1235-1247,1255-1267 1k9a d1k9ac3 C:364-382,412-424,432-447 1k9a d1k9aa3 A:364-382,412-424,432-447 3d7u d3d7uc1 C:364-382,412-424,432-447 3d7u d3d7ua1 A:364-382,412-424,432-447 2of4 d2of4a1 A:418-436,466-478,486-501 1fgi d1fgib_ B:678-696,726-738,746-761 1qpc d1qpca_ A:418-436,466-478,486-501 2zm4 d2zm4a1 A:418-436,466-478,486-501 2of2 d2of2a1 A:418-436,466-478,486-501 2ofu d2ofua1 A:418-436,466-478,486-501 1oec d1oeca_ A:681-699,729-741,749-764 3bym d3byma1 A:418-436,466-478,486-501 1iep d1iepb_ 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A:315-344,356-378,383-396 2pui d2puib1 B:315-344,356-378,383-396 1s9i d1s9ia_ A:154-163,166-189,378-388 1u5q d1u5qa_ A:111-120,124-146,286-304 1u5q d1u5qb_ B:111-120,124-146,286-304 2gcd d2gcdb1 B:111-120,124-146,286-304 2gcd d2gcda1 A:111-120,124-146,286-305 1u5r d1u5ra_ A:111-120,124-146,288-305 1u5r d1u5rb_ B:111-120,124-146,288-304 2pup d2pupb1 B:195-209,315-344,356-378 2pup d2pupa1 A:195-209,315-344,356-378 2pun d2punb1 B:195-209,315-344,356-378 2olc d2olcb1 B:195-209,315-344,356-378 2olc d2olca1 A:195-209,315-344,356-378 2pui d2puia1 A:195-209,315-344,356-378 2pul d2pulb1 B:195-209,315-344,356-378 2pul d2pula1 A:195-209,315-344,356-378 2pui d2puib1 B:195-209,315-344,356-378 2pun d2puna1 A:195-209,315-344,356-378 2pu8 d2pu8a1 A:195-209,315-344,356-378 2pu8 d2pu8b1 B:195-209,315-344,356-378 2pup d2pupb1 B:208-225,315-344,356-378 2pup d2pupa1 A:208-225,315-344,356-378 2olc d2olcb1 B:208-225,315-344,356-378 2pu8 d2pu8a1 A:208-225,315-344,356-378 2pu8 d2pu8b1 B:208-225,315-344,356-378 2pui d2puia1 A:208-225,315-344,356-378 2pun d2punb1 B:208-225,315-344,356-378 2pul d2pulb1 B:208-225,315-344,356-378 2pul d2pula1 A:208-225,315-344,356-378 2olc d2olca1 A:208-225,315-344,356-378 2pui d2puib1 B:208-225,315-344,356-378 2pun d2puna1 A:208-225,315-344,356-378 29. a.8.9 Coronavirus NSP7-like immunoglobulin/albumin-binding domain-like 3 helices; bundle, closed, left-handed twist; up-and-down; mirror topology to the spectrin-like fold 2ahm d2ahmb1 B:6-26,30-47,49-69 2ahm d2ahmc1 C:5-26,30-47,49-68 2ahm d2ahma1 A:5-26,30-47,49-69 2ahm d2ahmd1 D:5-26,30-47,49-68 1ysy d1ysya1 A:10-25,28-45,46-66 30. a.211.1 HD-domain/PDEase-like HD-domain/PDEase-like multihelical; consists of two different alpha-helical bundles 2pjq d2pjqa1 A:3-19,26-45,47-62 2pjq d2pjqc1 C:3-19,26-45,47-62 2pjq d2pjqb1 B:3-19,26-45,47-61 3djb d3djbb1 B:2-23,23-45,47-62 3djb d3djba1 A:2-23,23-45,47-62 2o6i d2o6ia1 A:28-37,62-86,96-112 1vj7 d1vj7b1 B:8-21,21-40,49-65 1vj7 d1vj7a1 A:21-40,49-65,67-83 1vj7 d1vj7a1 A:8-20,21-40,49-65 2hek d2hekb1 B:16-25,50-70,73-88 2hek d2heka1 A:16-25,50-70,73-88 2pjq d2pjqd1 D:3-21,26-45,47-62 2qgs d2qgsa1 A:2-19,23-45,48-59 1vj7 d1vj7b1 B:21-40,49-65,67-77 1vqr d1vqrd_ D:38-50,49-62,82-92 1vqr d1vqrc_ C:38-50,49-62,82-92 1vqr d1vqrb_ B:38-50,49-62,82-92 1vqr d1vqra_ A:38-50,49-62,82-92 2o6i d2o6ib1 B:28-37,62-86,96-110 1ptw d1ptwb_ B:116-130,138-154,161-178 2fm0 d2fm0b1 B:116-130,138-154,161-178 1zkn d1zknb1 B:116-130,138-154,161-178 1f0j d1f0jb_ B:190-204,212-228,235-252 2fm5 d2fm5b1 B:116-130,138-154,161-178 1oyn d1oynb_ B:116-130,138-154,161-178 1zkn d1zknd1 D:116-130,138-154,161-178 1q9m d1q9mb_ B:116-130,138-154,161-178 1ptw d1ptwd_ D:116-130,138-154,161-178 2fm0 d2fm0d1 D:116-130,138-154,161-178 2fm5 d2fm5d1 D:116-130,138-154,161-178 1soj d1sojb_ B:694-708,716-732,738-755 1ro9 d1ro9b_ B:190-204,212-228,235-252 1soj d1sojl_ L:694-708,716-732,738-755 1soj d1sojh_ H:694-708,716-732,738-755 1soj d1sojd_ D:694-708,716-732,738-755 1soj d1sojj_ J:694-708,716-732,738-755 1q9m d1q9mc_ C:116-130,138-154,161-178 1xlx d1xlxa_ A:190-204,212-228,235-252 2fm0 d2fm0a1 A:116-130,138-154,161-178 1oyn d1oynd_ D:116-130,138-154,161-178 1f0j d1f0ja_ A:190-204,212-228,235-252 1oyn d1oyna_ A:116-130,138-154,161-178 2fm0 d2fm0c1 C:116-130,138-154,161-178 1oyn d1oync_ C:116-130,138-154,161-178 2fm5 d2fm5c1 C:116-130,138-154,161-178 1zkn d1zkna1 A:116-130,138-154,161-178 1q9m d1q9md_ D:116-130,138-154,161-178 1so2 d1so2d_ D:694-708,716-732,738-755 3b2r d3b2ra1 A:591-606,614-633,639-655 2qyn d2qyna1 A:116-130,138-154,161-178 1ro6 d1ro6b_ B:190-204,212-228,235-252 1ptw d1ptwa_ A:116-130,138-154,161-178 1xoq d1xoqa_ A:116-130,138-154,161-178 1xon d1xona_ A:116-130,138-154,161-178 1tb7 d1tb7b_ B:116-130,138-154,161-178 1ptw d1ptwc_ C:116-130,138-154,161-178 1xmu d1xmua_ A:190-204,212-228,235-252 2fm5 d2fm5a1 A:116-130,138-154,161-178 1xmy d1xmya_ A:190-204,212-228,235-252 3dto d3dtob1 B:2-21,26-45,47-62 1tb7 d1tb7a_ A:116-130,138-154,161-178 1ror d1rorb_ B:190-204,212-228,235-252 1xom d1xomb_ B:116-130,138-154,161-178 3dto d3dtoa1 A:2-21,26-45,47-62 1ro9 d1ro9a_ A:190-204,212-228,235-252 1tb5 d1tb5a_ A:190-204,212-228,235-252 1xoq d1xoqb_ B:116-130,138-154,161-178 1xor d1xorb_ B:116-130,138-154,161-178 1xon d1xonb_ B:116-130,138-154,161-178 1mkd d1mkdd_ D:213-227,235-251,258-275 1zkn d1zknc1 C:116-130,138-154,161-178 1mkd d1mkde_ E:213-227,235-251,258-275 1xor d1xora_ A:116-130,138-154,161-178 1mkd d1mkda_ A:213-227,235-251,258-275 1mkd d1mkdg_ G:213-227,235-251,258-275 3dto d3dtod1 D:2-21,26-45,47-62 1mkd d1mkdi_ I:213-227,235-251,258-275 1mkd d1mkdb_ B:213-227,235-251,258-275 1xm4 d1xm4b_ B:190-204,212-228,235-252 1tbb d1tbba_ A:116-130,138-154,161-178 1mkd d1mkdk_ K:213-227,235-251,258-275 1y2c d1y2cb1 B:116-130,138-154,161-178 1xom d1xoma_ A:116-130,138-154,161-178 1xot d1xotb_ B:190-204,212-228,235-252 1mkd d1mkdf_ F:213-227,235-251,258-275 1mkd d1mkdj_ J:213-227,235-251,258-275 1mkd d1mkdl_ L:213-227,235-251,258-275 1ro6 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B:72-83,94-111,113-133 2o6i d2o6ib1 B:62-86,181-196,203-211 2ibn d2ibna1 A:72-83,94-111,113-133 1udu d1udua_ A:614-633,748-766,824-837 2hek d2heka1 A:25-35,107-116,248-256 2hek d2hekb1 B:25-35,107-116,248-256 1u6z d1u6zb1 B:313-327,329-352,369-378 1udu d1udub_ B:614-633,748-766,824-837 2h40 d2h40a1 A:614-633,748-766,824-837 1t9s d1t9sb_ B:614-633,748-766,824-837 1tbf d1tbfa_ A:614-633,748-766,824-837 2h42 d2h42c1 C:614-633,748-766,824-837 1uho d1uhoa_ A:614-633,748-766,824-837 2chm d2chma1 A:614-633,748-766,824-837 2h42 d2h42b1 B:614-633,748-766,824-837 3bjc d3bjca1 A:614-633,748-766,824-837 1taz d1taza_ A:200-219,224-243,249-265 2o6i d2o6ib1 B:37-47,128-139,289-296 3b2r d3b2ra1 A:614-633,748-766,824-837 2h44 d2h44a1 A:614-633,748-766,824-837 1xoz d1xoza_ A:614-633,748-766,824-837 1udt d1udta_ A:614-633,748-766,824-837 3b2r d3b2rb1 B:614-633,748-766,824-837 1rkp d1rkpa_ A:614-633,748-766,824-837 1xp0 d1xp0a_ A:614-633,748-766,824-837 2h42 d2h42a1 A:614-633,748-766,824-837 1vqr d1vqrd_ D:132-161,160-174,175-185 1vqr d1vqra_ A:132-161,160-174,175-185 1t9s d1t9sa_ A:614-633,748-766,824-837 1vqr d1vqrc_ C:132-161,160-174,175-185 1vqr d1vqrb_ B:132-161,160-174,175-185 1t9r d1t9ra_ A:614-633,748-766,824-837 2o6i d2o6ia1 A:37-47,128-139,289-297 2gz4 d2gz4b1 B:30-42,55-72,75-93 2gz4 d2gz4c1 C:30-42,55-72,75-93 3dyq d3dyqa1 A:253-272,386-404,460-473 2gz4 d2gz4d1 D:30-42,55-72,75-93 3dyq d3dyqb1 B:253-272,386-404,460-473 2gz4 d2gz4a1 A:30-42,55-72,75-93 3dyl d3dylb1 B:253-272,386-404,459-473 3dyn d3dynb1 B:253-272,386-404,460-473 3dyn d3dyna1 A:253-272,386-404,460-473 3dys d3dysb1 B:253-272,386-404,460-473 3dy8 d3dy8a1 A:253-272,386-404,460-473 2hd1 d2hd1b1 B:253-272,386-404,460-473 3dy8 d3dy8b1 B:253-272,386-404,460-473 2hd1 d2hd1a1 A:253-272,386-404,460-473 3dys d3dysa1 A:253-272,386-404,460-473 3dyl d3dyla1 A:253-272,386-404,460-473 2yy2 d2yy2a1 A:253-272,386-404,460-473 2yy2 d2yy2b1 B:253-272,386-404,460-473 2hek d2heka1 A:25-35,50-70,73-88 2hek d2hekb1 B:25-35,50-70,73-88 1xx7 d1xx7d_ D:1-15,29-52,56-75 1xx7 d1xx7b_ B:1-15,29-52,56-75 1xx7 d1xx7e_ E:1-14,29-52,56-75 1xx7 d1xx7a_ A:1-14,29-52,56-75 2pq7 d2pq7a1 A:12-25,33-52,66-76 1xx7 d1xx7f_ F:1-15,29-52,56-75 1xx7 d1xx7c_ C:1-15,29-52,56-75 2o6i d2o6ia1 A:37-47,62-86,96-112 1yoy d1yoya1 A:7-24,38-58,60-80 31. a.8.1 Bacterial immunoglobulin/albumin-binding domains immunoglobulin/albumin-binding domain-like 3 helices; bundle, closed, left-handed twist; up-and-down; mirror topology to the spectrin-like fold 1dee d1deeg_ G:1806-1817,1821-1836,1835-1854 1prb d1prba_ A:7-22,25-36,37-53 1lp1 d1lp1b_ B:5-20,23-38,37-56 2spz d2spza_ A:6-20,23-38,40-58 1tf0 d1tf0b_ B:2-22,25-36,37-53 1xvh d1xvhb2 B:73-93,96-110,112-128 1xvh d1xvha2 A:73-93,96-110,112-128 1gab d1gaba_ A:7-22,25-36,37-53 2j5y d2j5yb1 B:1-22,25-35,37-53 2j5y d2j5ya1 A:1-22,25-35,37-53 1edl d1edla_ A:8-17,21-36,38-54 2vdb d2vdbb1 B:1-22,25-35,37-53 1dee d1deeh_ H:2804-2817,2821-2836,2838-2854 1gjs d1gjsa_ A:15-35,37-47,49-65 1gjt d1gjta_ A:15-35,37-47,49-65 1xvh d1xvha1 A:3-20,27-46,54-73 1lp1 d1lp1a_ A:4-19,23-38,40-56 1xvh d1xvhb1 B:3-20,27-45,54-73 1h0t d1h0tb_ B:5-19,23-38,40-57 1h0t d1h0ta_ A:2-19,23-38,37-57 32. a.260.1 Rhabdovirus nucleoprotein-like Rhabdovirus nucleoprotein-like multihelical, consist of two helical domains; each domain contains a buried helix 2gic d2gica1 A:133-148,149-168,210-223 2gic d2gicd1 D:132-148,149-165,208-223 2gic d2gice1 E:132-148,149-165,210-223 2gic d2gicb1 B:129-148,149-165,208-223 2gtt d2gttb1 B:133-154,158-176,221-234 2gtt d2gttn1 N:133-154,158-176,221-234 2gtt d2gttj1 J:133-154,158-176,221-234 2gtt d2gttv1 V:133-154,158-176,221-234 2gic d2gicc1 C:128-147,149-165,210-223 2gtt d2gttp1 P:133-154,158-179,221-234 2gtt d2gttf1 F:133-154,158-177,221-234 2gtt d2gttc1 C:133-154,158-177,221-234 2gtt d2gtth1 H:133-154,158-177,221-234 2gtt d2gttu1 U:133-154,158-177,221-234 2gtt d2gttq1 Q:133-154,158-177,221-234 2gtt d2gtta1 A:133-154,158-177,221-234 2gtt d2gttl1 L:133-154,158-177,221-234 2gic d2gicc1 C:225-239,241-250,323-342 2gic d2gicd1 D:225-239,241-250,323-342 2gic d2gice1 E:225-239,241-250,323-342 2gic d2gicb1 B:225-239,241-250,323-342 2gic d2gica1 A:225-239,241-250,323-342 2gtt d2gtti1 I:133-154,155-176,221-234 2gic d2gicd1 D:225-239,241-250,294-309 2gic d2gica1 A:225-239,241-250,294-309 2gtt d2gttd1 D:133-154,155-176,221-234 2gic d2gicb1 B:225-239,241-250,294-309 2gtt d2gttg1 G:133-154,155-176,221-234 2gtt d2gttt1 T:133-154,155-176,221-234 2gic d2gicc1 C:225-239,241-250,294-309 2gtt d2gttk1 K:133-154,155-176,221-234 2gtt d2gtto1 O:133-154,155-176,221-234 2gtt d2gttk1 K:253-261,334-352,401-413 2gtt d2gttr1 R:133-154,157-176,221-234 2gtt d2gttm1 M:133-154,157-176,221-234 2gtt d2gtte1 E:253-261,334-352,401-413 2gtt d2gtte1 E:133-154,157-176,221-234 2gtt d2gttd1 D:253-261,334-352,401-413 2gtt d2gttt1 T:253-261,334-352,401-413 2gic d2gice1 E:225-239,241-250,294-309 2gtt d2gtts1 S:253-261,334-352,401-413 2gtt d2gttj1 J:253-261,334-352,401-413 2gtt d2gttb1 B:253-261,334-352,401-413 2gtt d2gttr1 R:253-261,334-352,401-413 2gtt d2gttc1 C:253-261,334-352,401-413 2gtt d2gtti1 I:253-261,334-352,401-413 2gtt d2gtts1 S:133-154,157-176,221-234 2gtt d2gttb1 B:236-251,253-261,334-352 2gtt d2gttk1 K:236-251,253-261,334-352 2gtt d2gttm1 M:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gttj1 J:236-251,253-261,334-352 2gtt d2gttn1 N:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gttl1 L:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gttt1 T:236-251,253-261,334-352 2gtt d2gttk1 K:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gtta1 A:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gtti1 I:236-251,253-261,334-352 2gtt d2gttg1 G:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gttq1 Q:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gtts1 S:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttv1 V:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gttf1 F:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gttp1 P:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gtta1 A:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttg1 G:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttu1 U:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttu1 U:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gtto1 O:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gtto1 O:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gttj1 J:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gtth1 H:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gttf1 F:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttv1 V:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttd1 D:236-251,253-261,334-352 2gtt d2gttq1 Q:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttb1 B:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttm1 M:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttd1 D:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttp1 P:253-261,334-350,401-413 2gtt d2gtth1 H:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gtti1 I:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttc1 C:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gtte1 E:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttr1 R:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttn1 N:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttl1 L:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttt1 T:236-251,253-261,305-320 2gtt d2gttf1 F:236-251,253-261,334-350 2gtt d2gttg1 G:236-251,253-261,334-350 2gtt d2gtta1 A:236-251,253-261,334-350 2gtt d2gttq1 Q:236-251,253-261,334-350 2gtt d2gttm1 M:236-251,253-261,334-350 2gtt d2gttn1 N:236-251,253-261,334-350 2gtt d2gttu1 U:236-251,253-261,334-350 2gtt d2gtth1 H:236-251,253-261,334-350 2gtt d2gttv1 V:236-251,253-261,334-350 2gic d2gicb1 B:241-250,323-342,374-386 2gic d2gica1 A:241-250,323-342,374-386 2gic d2gicd1 D:241-250,323-342,374-386 2gic d2gice1 E:241-250,323-342,374-386 2gic d2gicc1 C:241-250,323-342,374-386 2gic d2gicb1 B:225-239,251-263,294-309 2gic d2gica1 A:225-239,251-263,294-309 2gic d2gicc1 C:225-239,251-263,294-309 2gic d2gice1 E:225-239,251-263,294-309 2gic d2gicd1 D:225-239,251-263,294-309 2gtt d2gttg1 G:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gtta1 A:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gtti1 I:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gttv1 V:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gtte1 E:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gtto1 O:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gttb1 B:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gttm1 M:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gttq1 Q:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gttl1 L:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gttp1 P:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gttu1 U:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gttd1 D:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gttj1 J:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gtts1 S:236-251,262-274,305-320 2gtt d2gttc1 C:236-251,262-274,305-320 35. a.24.28 VPS28 C-terminal domain-like Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 2g3k d2g3ka1 A:173-193,198-212,219-241 2g3k d2g3kb1 B:173-193,198-212,219-241 2j9u d2j9ua1 A:173-193,198-212,219-241 2j9u d2j9uc1 C:173-193,196-212,219-241 2j9v d2j9va1 A:173-193,196-212,219-242 2g3k d2g3kd1 D:173-193,196-213,219-241 2g3k d2g3kg1 G:173-193,196-213,219-241 2g3k d2g3kf1 F:173-193,198-213,219-241 2g3k d2g3kc1 C:173-193,198-213,219-241 2g3k d2g3ke1 E:173-193,198-213,219-241 36. c.68.1 Nucleotide-diphospho-sugar transferases Nucleotide-diphospho-sugar transferases 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 7 strands, order 3214657; strand 6 is antiparallel to the rest 1zdf d1zdfa1 A:67-77,79-92,141-156 1ll0 d1ll0f_ F:67-77,79-92,141-156 1ll3 d1ll3a_ A:67-77,79-92,141-156 1ll0 d1ll0b_ B:67-77,79-92,141-156 1ll0 d1ll0h_ H:67-77,79-92,141-156 1ll0 d1ll0j_ J:67-77,79-92,141-156 1ll0 d1ll0d_ D:67-77,79-92,141-156 1ll0 d1ll0e_ E:67-77,79-92,141-156 1ll0 d1ll0c_ C:67-77,79-92,141-156 1zcu d1zcua1 A:67-77,79-92,141-156 1ll0 d1ll0a_ A:67-77,79-92,141-156 1ll0 d1ll0g_ G:67-77,79-92,141-156 1ll0 d1ll0i_ I:67-77,79-92,141-156 1zcv d1zcva1 A:67-77,79-92,141-156 1zcy d1zcya1 A:67-77,79-92,141-156 1zdg d1zdga1 A:67-77,79-92,141-156 1zct d1zctb1 B:67-77,79-92,141-156 1zct d1zcta1 A:67-77,79-92,141-156 1ll2 d1ll2a_ A:68-78,80-93,142-157 1jvg d1jvgb_ B:2-14,15-25,26-41 2vk9 d2vk9a1 A:246-261,262-279,395-417 1jv3 d1jv3a_ A:2-14,15-25,26-41 2bo8 d2bo8d1 D:74-91,171-181,188-203 2bo8 d2bo8j1 J:74-91,171-181,188-203 2bo8 d2bo8f1 F:74-91,171-181,188-203 2bo8 d2bo8i1 I:74-91,171-181,188-203 2bo8 d2bo8g1 G:74-91,171-181,188-203 2bo8 d2bo8h1 H:74-91,171-181,188-203 2bvm d2bvma1 A:249-263,264-281,393-413 2bo4 d2bo4a1 A:74-91,171-181,188-203 2bo7 d2bo7e1 E:74-91,171-181,188-203 2bo4 d2bo4e1 E:74-91,171-181,188-203 2bo8 d2bo8a1 A:74-91,171-181,188-203 2bo7 d2bo7a1 A:74-91,171-181,188-203 2bo8 d2bo8c1 C:74-91,171-181,188-203 2bo8 d2bo8e1 E:74-91,171-181,188-203 2bvl d2bvla1 A:249-263,264-281,393-413 2bo8 d2bo8b1 B:74-91,171-181,188-203 2bo6 d2bo6a1 A:74-92,171-181,188-203 2bo4 d2bo4c1 C:74-92,171-181,188-203 2bo6 d2bo6b1 B:74-92,171-181,188-203 1jvg d1jvga_ A:2-14,15-22,26-41 1zct d1zctb1 B:79-92,141-156,161-171 1zct d1zcta1 A:79-92,141-156,161-171 1ll0 d1ll0b_ B:79-92,141-156,161-171 1ll0 d1ll0f_ F:79-92,141-156,161-171 1ll0 d1ll0e_ E:79-92,141-156,161-171 1ll0 d1ll0c_ C:79-92,141-156,161-171 1ll0 d1ll0j_ J:79-92,141-156,161-171 1ll0 d1ll0d_ D:79-92,141-156,161-171 1ll0 d1ll0h_ H:79-92,141-156,161-171 1ll0 d1ll0a_ A:79-92,141-156,161-171 1ll2 d1ll2a_ A:80-93,142-157,162-172 1ll0 d1ll0g_ G:79-92,141-156,161-171 1ll0 d1ll0i_ I:79-92,141-156,161-171 1ll3 d1ll3a_ A:79-92,141-156,161-171 1zcv d1zcva1 A:79-92,141-156,161-171 1zcy d1zcya1 A:79-92,141-156,161-171 1zcu d1zcua1 A:79-92,141-156,161-171 1zdg d1zdga1 A:79-92,141-156,161-171 2vk9 d2vk9a1 A:137-160,171-196,200-214 1zdf d1zdfa1 A:79-92,141-156,161-171 2vs5 d2vs5b1 B:194-214,288-309,314-328 1vzu d1vzua_ A:194-214,288-309,314-328 1vzu d1vzub_ B:1194-1214,1288-1309,1314-1328 1k4v d1k4va_ A:194-214,288-309,314-328 1o7o d1o7ob_ B:1194-1214,1288-1309,1314-1328 1ga8 d1ga8a_ A:80-89,168-181,186-197 1vzx d1vzxa_ A:194-214,288-309,314-328 1k4v d1k4vb_ B:1194-1214,1288-1309,1314-1328 1g9r d1g9ra_ A:80-89,168-181,186-197 1o7q d1o7qa_ A:194-214,288-309,314-328 1jv1 d1jv1b_ B:3-14,15-24,30-41 1jv1 d1jv1a_ A:2-14,15-25,26-40 1gx4 d1gx4a_ A:194-214,288-309,314-328 2jck d2jcka1 A:1194-1214,1288-1309,1314-1328 1vzx d1vzxb_ B:1194-1214,1288-1309,1314-1328 1gx0 d1gx0b_ B:194-214,288-309,314-328 1o7q d1o7qb_ B:194-214,288-309,314-328 1gww d1gwwb_ B:194-214,288-309,314-328 1gx4 d1gx4b_ B:194-214,288-309,314-328 1vzt d1vztb1 B:1194-1213,1288-1309,1314-1328 2vs5 d2vs5a1 A:194-213,288-309,314-328 1ss9 d1ss9a_ 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C:328-349,352-367,374-397 1t1s d1t1sa1 A:327-348,351-366,373-397 1t1r d1t1ra1 A:327-348,351-366,373-397 1onp d1onpb1 B:328-349,352-368,374-397 1q0q d1q0qa1 A:328-349,352-368,374-397 1onp d1onpa1 A:328-349,352-368,374-397 1jvs d1jvsa1 A:327-348,351-366,373-399 1ono d1onoa1 A:328-349,352-368,374-397 1q0q d1q0qb1 B:328-349,352-368,374-397 1ono d1onob1 B:328-349,352-368,374-397 2egh d2egha1 A:327-348,351-366,373-398 1onn d1onna1 A:328-349,352-368,374-397 1onn d1onnb1 B:328-349,352-368,374-397 1q0l d1q0la1 A:328-349,352-368,374-397 1q0h d1q0ha1 A:328-349,352-368,374-397 1k5h d1k5hb1 B:328-349,352-367,374-396 1r0l d1r0ld1 D:318-339,342-358,364-386 1r0l d1r0la1 A:318-339,342-358,364-386 1r0l d1r0lb1 B:318-339,342-358,364-386 1r0l d1r0lc1 C:318-339,342-358,364-386 1r0k d1r0kb1 B:318-339,342-358,364-386 1r0k d1r0kd1 D:318-339,342-358,364-385 1r0k d1r0ka1 A:318-339,342-358,364-386 1r0k d1r0kc1 C:318-339,342-358,364-386 1jvs d1jvsa1 A:214-224,327-348,351-366 2egh d2egha1 A:214-224,327-348,351-366 1onn d1onna1 A:225-240,328-349,352-368 1k5h d1k5ha1 A:211-225,328-349,352-368 2egh d2eghb1 B:214-224,327-348,351-367 1q0h d1q0ha1 A:225-240,328-349,352-368 1t1s d1t1sb1 B:214-224,327-348,351-367 1k5h d1k5hb1 B:216-225,328-349,352-367 1jvs d1jvsb1 B:214-224,327-348,351-367 1r0k d1r0kb1 B:215-230,318-339,342-358 1onn d1onnb1 B:225-240,328-349,352-368 1t1r d1t1rb1 B:224-239,327-348,351-367 1onp d1onpb1 B:225-240,328-349,352-368 1jvs d1jvsb1 B:224-239,327-348,351-367 1t1s d1t1sb1 B:224-239,327-348,351-367 1r0k d1r0kd1 D:215-230,318-339,342-358 1ono d1onoa1 A:225-240,328-349,352-368 1r0k d1r0kc1 C:215-230,318-339,342-358 1r0l d1r0ld1 D:215-230,318-339,342-358 2egh d2eghb1 B:224-239,327-348,351-367 1ono d1onob1 B:225-240,328-349,352-368 1r0l d1r0lb1 B:215-230,318-339,342-358 1r0k d1r0ka1 A:215-230,318-339,342-358 1r0l d1r0lc1 C:215-230,318-339,342-358 1r0l d1r0la1 A:215-230,318-339,342-358 1t1s d1t1sa1 A:224-239,327-348,351-366 1k5h d1k5hb1 B:225-240,328-349,352-367 1t1r d1t1ra1 A:224-239,327-348,351-366 1k5h d1k5hc1 C:225-240,328-349,352-367 1jvs d1jvsa1 A:224-239,327-348,351-366 2egh d2egha1 A:224-239,327-348,351-366 38. e.3.1 beta-lactamase/transpeptidase-like beta-lactamase/transpeptidase-like contains a cluster of helices and an alpha+beta sandwich 1nzu d1nzua2 A:42-61,98-108,111-124 1ci9 d1ci9b_ B:76-92,120-127,183-197 3beb d3beba2 A:42-61,98-110,111-124 1ci9 d1ci9a_ A:74-92,120-127,183-197 1hd8 d1hd8a2 A:42-61,98-110,111-124 1ei5 d1ei5a3 A:61-77,99-106,154-170 1cef d1cefa_ A:60-79,101-108,160-176 1ci8 d1ci8b_ B:74-92,120-127,183-197 1ceg d1cega_ A:61-79,101-108,160-176 1ci8 d1ci8a_ A:74-92,120-127,183-197 1z6f d1z6fa2 A:42-61,98-110,111-124 1nj4 d1nj4a2 A:42-61,98-110,111-124 1nzo d1nzoa2 A:42-61,98-110,111-124 3pte d3ptea_ A:61-79,101-108,160-176 1ikg d1ikga_ A:60-79,101-108,160-176 1hvb d1hvba_ A:60-79,101-108,160-176 1pw1 d1pw1a_ A:60-79,101-108,160-176 1yqs d1yqsa1 A:61-79,101-108,160-176 1scw d1scwa_ A:61-79,101-108,160-176 3bec d3beca2 A:42-61,98-110,111-124 1sde d1sdea_ A:61-79,101-108,160-176 1pwd d1pwda_ A:60-79,101-108,160-176 1iki d1ikia_ A:61-79,101-108,160-176 2dcf d2dcfa1 A:111-129,153-160,216-232 1pwc d1pwca_ A:60-79,101-108,160-176 1mpl d1mpla_ A:60-79,101-108,160-176 1pwg d1pwga_ A:60-79,101-108,160-176 1w79 d1w79a1 A:47-64,286-298,299-316 1pw8 d1pw8a_ A:60-79,101-108,160-176 2efu d2efua1 A:59-77,99-106,150-166 1w8y d1w8yb1 B:47-64,286-298,299-316 1w8y d1w8yc1 C:47-64,286-298,299-316 2efx d2efxb1 B:59-77,99-106,150-166 1wyc d1wyca1 A:111-129,153-160,216-232 1w79 d1w79d1 D:47-64,286-298,299-316 1w8y d1w8ya1 A:47-64,286-298,299-316 2efu d2efuc1 C:59-77,99-106,150-166 2dns d2dnsc1 C:59-77,99-106,150-166 2drw d2drwd1 D:59-77,99-106,150-166 2drw d2drwe1 E:59-77,99-106,150-166 1wyb d1wyba1 A:111-129,153-160,216-232 2efx d2efxd1 D:59-77,99-106,150-166 1w79 d1w79b1 B:47-64,286-298,299-316 2drw d2drwc1 C:58-77,99-106,150-166 2dns d2dnsb1 B:59-77,99-106,150-166 1w8q d1w8qc1 C:47-64,286-298,299-316 2efu d2efuf1 F:59-77,99-106,150-166 1w79 d1w79c1 C:47-64,286-298,299-316 2dns d2dnsd1 D:59-77,99-106,150-166 2efu d2efud1 D:59-77,99-106,150-166 2efx d2efxe1 E:59-77,99-106,150-166 2drw d2drwb1 B:59-77,99-106,150-166 2efx d2efxa1 A:58-77,99-106,150-166 2efx d2efxc1 C:59-77,99-106,150-166 2drw d2drwa1 A:59-77,99-106,150-166 2dns d2dnsa1 A:58-77,99-106,150-166 2efu d2efub1 B:59-77,99-106,150-166 2efu d2efue1 E:58-77,99-106,150-166 2drw d2drwf1 F:59-77,99-106,150-166 2dns d2dnse1 E:59-77,99-106,150-166 1w8q d1w8qb1 B:47-64,286-298,299-316 2efx d2efxf1 F:58-77,99-106,150-166 1w8q d1w8qd1 D:47-64,286-298,299-316 1w8q d1w8qa1 A:47-64,286-298,299-316 2dns d2dnsf1 F:59-77,99-106,150-166 1w8y d1w8yd1 D:47-64,286-298,299-316 1sdn d1sdna2 A:42-61,98-108,111-124 1xp4 d1xp4c2 C:54-73,107-119,120-133 1tvf d1tvfb2 B:73-92,127-139,140-153 1xp4 d1xp4a2 A:54-73,107-119,120-133 1tvf d1tvfa2 A:73-92,127-139,140-153 1xp4 d1xp4b2 B:54-73,107-119,120-133 1xp4 d1xp4d2 D:54-73,107-119,120-133 2exb d2exba1 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d1fofa_ A:65-81,107-115,116-128 1onh d1onha_ A:62-81,105-112,151-167 2a3u d2a3ua1 A:68-87,118-130,131-143 1k6s d1k6sb_ B:65-81,107-115,116-128 1rcj d1rcja_ A:68-87,118-130,131-143 1fsw d1fswa_ A:63-81,105-112,151-167 1kvm d1kvma_ A:63-81,105-112,151-167 1k55 d1k55a_ A:65-81,107-115,116-128 1q2q d1q2qa_ A:63-81,105-112,151-167 1k56 d1k56a_ A:65-81,107-115,116-128 1iem d1iema_ A:63-81,105-112,151-167 1ei5 d1ei5a3 A:61-77,78-91,154-170 1k54 d1k54b_ B:65-81,107-115,116-128 1k6s d1k6sa_ A:65-81,107-115,116-128 1e3u d1e3ub_ B:65-81,107-115,116-128 1ewz d1ewza_ A:65-81,107-115,116-128 1rgz d1rgza_ A:62-81,105-112,151-167 1e4d d1e4db_ B:65-81,107-115,116-128 1e3u d1e3ua_ A:65-81,107-115,116-128 1e4d d1e4dd_ D:65-81,107-115,116-128 1qme d1qmea4 A:336-351,387-395,396-408 1mxo d1mxoa_ A:63-81,105-112,151-167 1h8y d1h8ya_ A:65-81,107-115,116-128 1k54 d1k54a_ A:65-81,107-115,116-128 1vqq d1vqqa3 A:401-417,454-462,463-475 1e4d d1e4dc_ C:65-81,107-115,116-128 1rp5 d1rp5b4 B:335-351,387-395,396-408 1mwr d1mwrb3 B:401-417,454-462,463-475 1iyq d1iyqa_ A:68-88,118-130,131-143 1k56 d1k56d_ D:65-81,107-115,116-128 1h8y d1h8yb_ B:65-81,107-115,116-128 1k57 d1k57c_ C:65-81,107-115,116-128 1pmd d1pmda4 A:336-351,387-395,396-408 1k57 d1k57d_ D:65-81,107-115,116-128 2cc1 d2cc1a1 A:68-87,118-130,131-143 1k54 d1k54d_ D:65-81,107-115,116-128 1iyp d1iypa_ A:68-88,118-130,131-143 1u60 d1u60d_ D:64-81,81-90,116-127 1k54 d1k54c_ C:65-81,107-115,116-128 1h8z d1h8zb_ B:65-81,107-115,116-128 1h5x d1h5xb_ B:65-81,107-115,116-128 1vqq d1vqqb3 B:401-417,454-462,463-475 1u60 d1u60a_ A:64-81,81-90,116-127 1mwr d1mwra3 A:401-417,454-462,463-475 1u60 d1u60b_ B:64-81,81-90,116-127 1h8z d1h8za_ A:65-81,107-115,116-128 1ewz d1ewzc_ C:65-81,107-115,116-128 1u60 d1u60c_ C:64-81,81-90,116-127 1iyo d1iyoa_ A:68-88,118-130,131-143 1k6r d1k6ra_ A:65-81,107-115,116-128 1iys d1iysa_ A:68-88,118-130,131-143 1dy6 d1dy6a_ A:68-87,118-130,131-143 1dy6 d1dy6b_ B:68-87,118-130,131-143 1rp5 d1rp5a4 A:335-351,387-395,396-408 1h5x d1h5xa_ A:65-81,107-115,116-128 1e3u d1e3ud_ D:65-81,107-115,116-128 1xa1 d1xa1d_ D:57-73,99-107,108-120 1bue d1buea_ A:68-87,118-130,131-143 1bul d1bula_ A:68-87,118-130,131-143 1e3u d1e3uc_ C:65-81,107-115,116-128 1bsg d1bsga_ A:68-86,118-130,131-143 1xkz d1xkzb_ B:387-403,429-437,438-450 2osu d2osua1 A:72-89,89-97,125-136 1ewz d1ewzd_ D:65-81,107-115,116-128 1bza d1bzaa_ A:68-88,118-130,131-143 1xkz d1xkza_ A:387-403,429-437,438-450 1xkz d1xkzc_ C:387-403,429-437,438-449 1xkz d1xkzd_ D:387-403,429-437,438-450 1xa1 d1xa1b_ B:57-73,99-107,108-120 1xa1 d1xa1a_ A:57-73,99-107,108-120 2bg1 d2bg1a1 A:458-475,534-543,563-577 2c5w d2c5wb1 B:369-385,420-428,429-441 2fff d2fffb1 B:458-475,534-543,563-577 1xa1 d1xa1c_ C:57-73,99-107,108-120 2c6w d2c6wb1 B:369-385,420-428,429-441 2olv d2olva2 A:396-414,446-454,455-471 2olv d2olvb2 B:396-414,446-454,455-471 2bg1 d2bg1a1 A:458-475,508-516,517-532 3dwk d3dwkd2 D:396-414,446-454,455-471 3dwk d3dwkb2 B:396-414,446-454,455-471 3dwk d3dwkc2 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d2z2me1 E:335-351,408-420,457-471 1qmf d1qmfa4 A:335-351,408-420,457-471 2zc3 d2zc3e1 E:335-351,408-420,457-471 2olv d2olva2 A:396-414,471-483,504-518 2z2l d2z2lb1 B:336-351,408-420,457-471 2olv d2olvb2 B:396-414,471-483,504-518 1pyy d1pyya4 A:335-351,408-420,457-471 1qme d1qmea4 A:336-351,408-420,457-471 2olu d2olua2 A:396-414,471-483,504-518 3dwk d3dwkb2 B:396-414,471-483,504-518 3dwk d3dwkc2 C:396-414,471-483,504-518 3dwk d3dwka2 A:396-414,471-483,504-518 3dwk d3dwkd2 D:396-414,471-483,504-518 1pmd d1pmda4 A:336-351,408-420,457-471 1xa7 d1xa7b_ B:61-73,120-132,153-168 1xa1 d1xa1b_ B:57-73,120-132,153-167 1xkz d1xkzb_ B:387-403,450-462,483-497 1xkz d1xkzc_ C:387-403,450-462,483-497 1xa7 d1xa7a_ A:61-73,120-132,153-167 39. d.178.1 Aromatic aminoacid monoxygenases, catalytic and oligomerization domains Aromatic aminoacid monoxygenases, catalytic and oligomerization domains unusual fold 1kw0 d1kw0a_ A:296-313,314-331,391-406 1mmt d1mmta_ A:296-311,314-331,391-406 1mmk d1mmka_ A:296-311,314-331,391-406 2pah d2pahb_ B:296-311,314-331,391-407 1mlw d1mlwa_ A:283-298,301-318,378-393 1toh d1toha_ A:342-357,360-377,437-452 2toh d2toha_ A:342-357,360-377,437-452 1lrm d1lrma_ A:296-311,314-331,391-407 1j8t d1j8ta_ A:296-311,314-331,391-407 1tdw d1tdwa_ A:296-311,314-331,391-407 1dmw d1dmwa_ A:296-311,314-331,391-407 1j8u d1j8ua_ A:296-311,314-331,391-407 3pah d3paha_ A:296-311,314-331,391-407 1tg2 d1tg2a_ A:296-311,314-331,391-407 2pah d2paha_ A:296-311,314-331,391-407 4pah d4paha_ A:296-311,314-331,391-407 6pah d6paha_ A:296-311,314-331,391-407 5pah d5paha_ A:296-311,314-331,391-407 1phz d1phza2 A:296-311,314-331,391-407 1pah d1paha_ A:296-311,314-331,391-406 2phm d2phma2 A:296-311,314-331,391-406 1kw0 d1kw0a_ A:250-261,296-313,314-331 1mmt d1mmta_ A:180-202,203-218,282-297 1mmk d1mmka_ A:180-202,203-218,282-297 1kw0 d1kw0a_ A:180-202,203-218,282-297 1ltv d1ltva_ A:149-166,168-185,246-257 1ltu d1ltua_ A:149-166,168-185,246-257 3pah d3paha_ A:250-261,296-311,314-331 5pah d5paha_ A:250-261,296-311,314-331 4pah d4paha_ A:250-261,296-311,314-331 2pah d2paha_ A:250-261,296-311,314-331 2pah d2pahb_ B:250-261,296-311,314-331 1pah d1paha_ A:250-261,296-311,314-331 1dmw d1dmwa_ A:250-261,296-311,314-331 1tdw d1tdwa_ A:250-261,296-311,314-331 1tg2 d1tg2a_ A:250-261,296-311,314-331 6pah d6paha_ A:250-261,296-311,314-331 1lrm d1lrma_ A:250-261,296-311,314-331 1j8t d1j8ta_ A:250-261,296-311,314-331 2phm d2phma2 A:250-261,296-311,314-331 1j8u d1j8ua_ A:250-261,296-311,314-331 1mlw d1mlwa_ A:237-248,283-298,301-318 1phz d1phza2 A:250-261,296-311,314-331 1toh d1toha_ A:296-307,342-357,360-377 1ltz d1ltza_ A:103-114,149-166,168-185 1ltu d1ltua_ A:103-114,149-166,168-185 1ltv d1ltva_ A:103-114,149-166,168-185 1mmt d1mmta_ A:250-261,296-311,314-331 1mmk d1mmka_ A:250-261,296-311,314-331 1ltz d1ltza_ A:37-59,60-71,135-150 1ltv d1ltva_ A:37-56,60-71,135-150 1ltu d1ltua_ A:37-56,60-71,135-150 1ltz d1ltza_ A:149-166,168-185,246-253 2phm d2phma2 A:180-198,203-218,282-297 1j8u d1j8ua_ A:180-198,203-218,282-297 1lrm d1lrma_ A:180-198,203-218,282-297 1dmw d1dmwa_ A:180-198,203-218,282-297 1toh d1toha_ A:342-357,360-377,414-421 1j8t d1j8ta_ A:180-198,203-218,282-297 1phz d1phza2 A:180-198,203-218,282-297 2toh d2toha_ A:342-357,360-377,414-421 1tdw d1tdwa_ A:180-198,203-218,282-297 1pah d1paha_ A:180-198,203-218,282-297 3pah d3paha_ A:180-198,203-218,282-297 2toh d2toha_ A:226-244,249-264,328-343 1mlw d1mlwa_ A:167-185,190-205,269-284 1toh d1toha_ A:226-244,249-264,328-343 1ltv d1ltva_ A:149-166,168-185,257-268 1ltz d1ltza_ A:149-166,168-185,257-268 1ltu d1ltua_ A:149-166,168-185,257-268 40. e.29.1 beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase The catalytic site is formed by the association of two double-psi beta-barrel domains, one from each subunit ! beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase Multidomain subunits of complex domain organization 2nvy d2nvya1 A:982-998,1015-1027,1038-1057 2b63 d2b63a1 A:982-998,1015-1027,1038-1057 1i50 d1i50a_ A:982-998,1015-1027,1038-1057 1twa d1twaa_ A:982-998,1015-1027,1038-1057 1twc d1twca_ A:982-998,1015-1027,1038-1057 1twf d1twfa_ A:982-998,1015-1027,1038-1057 2e2i d2e2ia1 A:982-998,1015-1027,1038-1057 1i3q d1i3qa_ A:982-998,1015-1027,1038-1057 1k83 d1k83a_ A:982-998,1015-1027,1038-1057 2nvq d2nvqa1 A:982-998,1015-1027,1038-1057 1twh d1twha_ A:982-998,1015-1027,1038-1057 1twg d1twga_ A:982-998,1015-1027,1038-1057 1i6h d1i6ha_ A:982-998,1015-1027,1038-1057 2ppb d2ppbd1 D:1220-1237,1254-1265,1340-1360 2nvx d2nvxa1 A:982-998,1015-1027,1038-1057 2e2h d2e2ha1 A:982-998,1015-1027,1038-1057 2yu9 d2yu9a1 A:982-998,1015-1027,1038-1057 2ja7 d2ja7m1 M:982-998,1015-1027,1038-1058 2ja5 d2ja5a1 A:982-998,1015-1027,1038-1058 2ja7 d2ja7a1 A:982-998,1015-1027,1038-1058 2ja8 d2ja8a1 A:982-998,1015-1027,1038-1058 2a68 d2a68d1 D:1087-1104,1220-1237,1254-1265 2a69 d2a69n1 N:1087-1104,1220-1237,1254-1265 2nvz d2nvza1 A:982-998,1015-1027,1038-1057 2ja6 d2ja6a1 A:982-998,1015-1027,1038-1058 2nvz d2nvza1 A:828-846,1063-1083,1091-1107 2ppb d2ppbc1 C:203-216,215-225,300-316 2o5i d2o5ic1 C:203-216,215-225,300-316 2ppb d2ppbm1 M:203-216,215-225,300-316 2o5i d2o5im1 M:203-216,215-225,300-316 2nvt d2nvta1 A:982-998,1015-1027,1038-1057 2a6e d2a6en1 N:1089-1104,1220-1237,1254-1265 2o5j d2o5jm1 M:203-216,215-225,300-316 2o5j d2o5jc1 C:203-216,215-225,300-316 2e2j d2e2ja1 A:982-997,1015-1027,1038-1057 2b8k d2b8ka1 A:982-998,1015-1027,1038-1058 2ppb d2ppbn1 N:1220-1237,1254-1265,1340-1360 2e2h d2e2ha1 A:828-846,1063-1083,1091-1107 1ynj d1ynjc1 C:203-212,216-225,300-316 1ynn d1ynnc1 C:203-212,216-225,300-316 2a69 d2a69d1 D:1087-1104,1220-1236,1254-1265 2gho d2ghoc1 C:203-212,215-225,300-316 2cw0 d2cw0n1 N:1090-1105,1220-1237,1254-1265 2be5 d2be5d1 D:1220-1236,1254-1265,1340-1360 2nvz d2nvza1 A:1063-1083,1091-1107,1340-1360 1zyr d1zyrc1 C:203-213,215-225,300-316 2cw0 d2cw0n1 N:1220-1237,1254-1265,1340-1360 2be5 d2be5n1 N:1220-1236,1254-1265,1340-1360 2a69 d2a69d1 D:1220-1236,1254-1265,1340-1360 2a6e d2a6ed1 D:1220-1236,1254-1265,1340-1360 1iw7 d1iw7n_ N:1090-1105,1220-1237,1254-1265 2a6h d2a6hd1 D:1220-1236,1254-1265,1340-1360 1zyr d1zyrm1 M:203-213,215-225,300-316 2o5i d2o5in1 N:1220-1236,1255-1265,1340-1360 1i6v d1i6vd_ D:1220-1236,1254-1265,1340-1360 2o5i d2o5id1 D:1220-1236,1255-1265,1340-1360 2a6h d2a6hn1 N:1220-1236,1254-1265,1340-1360 2gho d2ghod1 D:929-945,1254-1265,1340-1360 2ja5 d2ja5a1 A:1063-1079,1096-1107,1340-1360 1iw7 d1iw7d_ D:1220-1237,1254-1265,1340-1360 2ja8 d2ja8a1 A:1063-1079,1096-1107,1340-1360 1zyr d1zyrn1 N:1220-1236,1254-1265,1340-1360 2yu9 d2yu9a1 A:1063-1079,1097-1107,1340-1360 1iw7 d1iw7n_ N:1220-1237,1254-1265,1340-1360 2b8k d2b8ka1 A:1063-1079,1096-1107,1340-1360 2cw0 d2cw0d1 D:1220-1237,1254-1265,1340-1360 2ja7 d2ja7a1 A:1063-1079,1096-1107,1340-1360 2be5 d2be5c1 C:203-213,215-225,300-316 2be5 d2be5m1 M:203-213,215-225,300-316 2a69 d2a69c1 C:203-213,215-225,300-316 2a6e d2a6ec1 C:203-213,215-225,300-316 2a69 d2a69m1 M:203-213,215-225,300-316 2a68 d2a68d1 D:1220-1237,1254-1265,1340-1360 2a68 d2a68c1 C:203-213,215-225,300-316 1iw7 d1iw7c_ C:203-213,215-225,300-316 2a6h d2a6hm1 M:203-213,215-225,300-316 2a68 d2a68m1 M:203-213,215-225,300-316 2a6e d2a6em1 M:203-213,215-225,300-316 2a6h d2a6hc1 C:203-213,215-225,300-316 1smy d1smyd_ D:1090-1101,1220-1236,1254-1265 1iw7 d1iw7m_ M:203-213,215-225,300-316 2e2h d2e2ha1 A:1063-1083,1091-1107,1340-1360 2nvq d2nvqa1 A:1063-1079,1096-1107,1340-1360 1smy d1smyc_ C:203-213,215-225,300-316 1smy d1smym_ M:203-213,215-225,300-316 3dxj d3dxjn1 N:1220-1236,1254-1265,1340-1360 2cw0 d2cw0c1 C:203-213,215-223,300-316 1smy d1smyd_ D:1220-1236,1254-1265,1340-1360 2cw0 d2cw0m1 M:203-213,215-225,300-316 3dxj d3dxjd1 D:1220-1236,1254-1265,1340-1360 2a69 d2a69n1 N:1220-1237,1254-1265,1340-1360 2a68 d2a68n1 N:1220-1237,1254-1265,1340-1360 1smy d1smyn_ N:1220-1236,1254-1265,1340-1360 3dxj d3dxjn1 N:1090-1105,1220-1236,1254-1265 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d2b8ka1 A:809-846,1063-1079,1096-1107 1zyr d1zyrn1 N:1066-1104,1220-1236,1254-1265 2nvq d2nvqa1 A:809-846,1063-1079,1096-1107 2o5i d2o5id1 D:1066-1105,1220-1236,1255-1265 2ja5 d2ja5a1 A:809-846,1063-1079,1096-1107 2a6h d2a6hd1 D:1066-1104,1220-1236,1254-1265 2o5i d2o5in1 N:1066-1105,1220-1236,1255-1265 2be5 d2be5d1 D:1066-1104,1220-1236,1254-1265 2a6h d2a6hn1 N:1066-1104,1220-1236,1254-1265 2b63 d2b63a1 A:809-846,1063-1079,1096-1107 2e2h d2e2ha1 A:889-898,922-948,1015-1027 2nvx d2nvxa1 A:889-898,922-948,1015-1027 2o5j d2o5jn1 N:1220-1244,1245-1265,1340-1360 2nvx d2nvxa1 A:809-846,1063-1079,1096-1107 2yu9 d2yu9a1 A:809-846,1063-1079,1097-1107 2be5 d2be5n1 N:1066-1104,1220-1236,1254-1265 2ja7 d2ja7a1 A:809-848,1063-1079,1096-1107 1i3q d1i3qa_ A:809-847,1063-1079,1096-1107 1k83 d1k83a_ A:809-848,1063-1079,1096-1107 1i50 d1i50a_ A:809-848,1063-1079,1096-1107 2e2i d2e2ia1 A:809-847,1063-1079,1096-1107 2nvz d2nvza1 A:889-898,922-948,1015-1027 2o5j d2o5jd1 D:1220-1244,1245-1265,1340-1360 1ynj d1ynjd1 D:645-654,669-679,684-696 2a69 d2a69n1 N:782-794,907-923,923-946 2a69 d2a69d1 D:782-794,907-923,923-946 2a68 d2a68d1 D:782-794,907-923,923-946 2a68 d2a68n1 N:782-794,907-923,923-946 2a6e d2a6ed1 D:782-794,907-923,923-946 2a6e d2a6en1 N:782-794,907-923,923-946 2a6h d2a6hd1 D:782-794,907-923,923-946 2a6h d2a6hn1 N:782-794,907-923,923-946 2be5 d2be5n1 N:782-794,907-923,923-946 2be5 d2be5d1 D:782-794,907-923,923-946 2cw0 d2cw0d1 D:782-794,907-923,923-946 2o5j d2o5jd1 D:782-794,907-923,923-946 2nvz d2nvza1 A:828-846,1063-1083,1364-1379 2ppb d2ppbd1 D:782-794,907-923,923-946 1smy d1smyn_ N:782-794,907-923,923-946 2e2h d2e2ha1 A:828-846,1063-1083,1364-1379 3dxj d3dxjd1 D:782-795,907-923,923-946 2ppb d2ppbd1 D:1066-1104,1220-1237,1364-1377 2a6e d2a6ed1 D:1066-1104,1220-1236,1364-1377 2gho d2ghod1 D:490-504,616-632,632-655 2o5i d2o5id1 D:1066-1105,1220-1236,1364-1377 2o5i d2o5in1 N:1066-1105,1220-1236,1364-1377 3dxj d3dxjn1 N:782-795,907-923,923-946 2a6h d2a6hd1 D:1066-1104,1220-1236,1364-1377 2a68 d2a68n1 N:1066-1104,1220-1237,1364-1377 2a6h d2a6hn1 N:1066-1104,1220-1236,1364-1377 2be5 d2be5d1 D:1066-1104,1220-1236,1364-1377 2ppb d2ppbn1 N:1066-1105,1220-1237,1364-1377 1zyr d1zyrn1 N:1066-1104,1220-1236,1364-1377 2be5 d2be5n1 N:1066-1104,1220-1236,1364-1377 2o5j d2o5jn1 N:1066-1105,1220-1244,1364-1377 2o5j d2o5jd1 D:1066-1105,1220-1244,1364-1377 1i6v d1i6vd_ D:1069-1093,1220-1236,1254-1265 1iw7 d1iw7n_ N:1066-1091,1220-1237,1254-1265 2e2i d2e2ia1 A:809-847,1063-1079,1364-1378 2cw0 d2cw0n1 N:1066-1091,1220-1237,1254-1265 2nvy d2nvya1 A:809-846,1063-1079,1364-1378 2e2j d2e2ja1 A:809-846,1063-1080,1364-1378 2gho d2ghod1 D:775-800,929-945,1254-1265 2nvt d2nvta1 A:809-846,1063-1079,1364-1378 2ja8 d2ja8a1 A:809-846,1063-1079,1364-1378 1k83 d1k83a_ A:809-848,1063-1079,1364-1378 2b63 d2b63a1 A:809-846,1063-1079,1364-1378 2nvx d2nvxa1 A:809-846,1063-1079,1364-1378 2ja5 d2ja5a1 A:809-846,1063-1079,1364-1378 1i50 d1i50a_ A:809-848,1063-1079,1364-1378 1twh d1twha_ A:809-847,1063-1080,1364-1378 1twg d1twga_ A:809-847,1063-1080,1364-1378 1i3q d1i3qa_ A:809-847,1063-1079,1364-1378 2ja6 d2ja6a1 A:809-846,1063-1080,1364-1378 2nvq d2nvqa1 A:809-846,1063-1079,1364-1378 1twc d1twca_ A:809-847,1063-1080,1364-1378 2yu9 d2yu9a1 A:809-846,1063-1079,1364-1378 1twa d1twaa_ A:809-848,1063-1080,1364-1378 1twf d1twfa_ A:809-848,1063-1080,1364-1378 1i6h d1i6ha_ A:809-846,1063-1080,1364-1378 1smy d1smyn_ N:1066-1091,1220-1236,1254-1265 2ja7 d2ja7a1 A:809-848,1063-1079,1364-1379 2ja7 d2ja7m1 M:809-846,1063-1080,1364-1379 1iw7 d1iw7d_ D:1066-1091,1220-1237,1254-1265 2b8k d2b8ka1 A:809-846,1063-1079,1364-1379 2a6e d2a6en1 N:1066-1090,1220-1237,1254-1265 41. a.206.1 P40 nucleoprotein P40 nucleoprotein multihelical; consists of two subdomains 1pp1 d1pp1x_ X:129-150,158-174,216-233 1n93 d1n93x_ X:129-150,158-174,216-233 1n93 d1n93x_ X:70-84,83-94,200-213 1pp1 d1pp1x_ X:70-84,83-94,200-213 1pp1 d1pp1x_ X:235-248,255-277,299-314 1n93 d1n93x_ X:235-248,255-277,299-314 43. a.24.4 Hemerythrin-like Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1i4z d1i4zh_ H:40-66,69-87,90-110 1i4y d1i4yf_ F:40-66,69-87,90-110 1i4y d1i4yc_ C:40-66,69-87,90-110 1i4y d1i4ye_ E:40-66,69-87,90-110 1i4y d1i4yd_ D:40-66,69-87,90-110 1i4y d1i4yh_ H:40-66,69-87,90-110 1i4y d1i4ya_ A:40-66,69-87,90-110 1i4z d1i4zb_ B:40-66,69-87,90-110 1i4y d1i4yg_ G:40-66,69-87,90-110 1i4z d1i4zf_ F:40-66,69-87,90-110 1i4y d1i4yb_ B:40-66,69-87,90-110 1i4z d1i4zg_ G:40-66,69-87,90-110 1i4z d1i4ze_ E:40-66,69-87,90-110 1i4z d1i4zc_ C:40-66,69-87,90-110 2hmz d2hmzc_ C:40-66,67-87,90-110 1i4z d1i4za_ A:40-66,69-87,90-110 1i4z d1i4zd_ D:40-66,69-87,90-110 2hmz d2hmzb_ B:40-66,67-87,90-110 1hmo d1hmoc_ C:40-66,67-87,90-110 2hmz d2hmzd_ D:40-66,67-87,90-110 2hmz d2hmza_ A:40-66,67-87,90-110 1hmo d1hmod_ D:40-66,67-87,90-110 1hmo d1hmob_ B:40-66,67-87,90-110 2hmq d2hmqc_ C:40-66,67-87,90-110 1hmd d1hmdc_ C:40-66,67-87,90-110 1hmo d1hmoa_ A:40-66,67-87,90-110 2hmq d2hmqa_ A:40-66,67-87,90-110 1hmd d1hmdb_ B:40-66,67-87,90-110 2hmq d2hmqb_ B:40-66,67-87,90-110 1hmd d1hmda_ A:40-66,67-87,90-110 2hmq d2hmqd_ D:40-66,67-87,90-110 1hmd d1hmdd_ D:40-66,67-87,90-110 2mhr d2mhra_ A:40-66,69-87,92-115 1hrb d1hrba_ A:40-63,69-86,87-106 1hrb d1hrbb_ B:40-63,69-86,87-106 1a7d d1a7da_ A:40-66,67-87,92-115 1a7e d1a7ea_ A:40-66,67-87,92-115 44. d.2.1 Lysozyme-like Lysozyme-like common alpha+beta motif for the active site region 1qgi d1qgia_ A:22-39,221-239,246-256 2ikb d2ikbd1 D:74-89,89-102,121-139 2ikb d2ikba1 A:74-89,89-102,121-141 2ikb d2ikbb1 B:74-89,89-102,121-140 2is5 d2is5d1 D:74-89,89-102,121-140 1pqd d1pqda_ A:81-92,92-107,114-124 2is5 d2is5b1 B:74-89,89-102,121-140 1qgi d1qgia_ A:163-178,185-194,198-216 1lwg d1lwga_ A:81-91,92-107,114-124 1p3n d1p3na_ A:81-92,92-107,114-124 1p64 d1p64a_ A:81-92,92-107,114-124 1c68 d1c68a_ A:81-92,92-107,114-124 2ikb d2ikbc1 C:74-89,89-102,121-141 1lwk d1lwka_ A:81-91,92-107,114-124 1jqu d1jqub_ B:81-91,92-107,114-124 2oty d2otyx1 X:81-92,92-107,114-124 1cv1 d1cv1a_ A:81-92,92-107,114-124 1pqi d1pqia_ A:81-92,92-107,114-124 2is5 d2is5c1 C:74-89,89-102,121-142 1c67 d1c67a_ A:81-92,92-107,114-124 1chk d1chka_ A:136-151,158-171,178-198 1t8a d1t8aa_ A:92-103,103-118,125-135 1chk d1chkb_ B:136-151,158-171,178-198 1lpy d1lpya_ A:81-92,92-107,114-124 215l d215la_ A:81-91,92-107,114-124 1c69 d1c69a_ A:81-92,92-107,114-124 2is5 d2is5a1 A:74-89,89-102,121-142 1c63 d1c63a_ A:81-92,92-107,114-124 1l76 d1l76a_ A:81-92,92-107,114-124 1cu3 d1cu3a_ A:81-92,92-107,114-124 2f32 d2f32a1 A:92-103,103-118,125-135 2ou9 d2ou9a1 A:81-92,92-107,114-124 1ks3 d1ks3a_ A:81-92,92-107,114-124 1c66 d1c66a_ A:81-92,92-107,114-124 244l d244la_ A:81-92,92-107,114-124 1l41 d1l41a_ A:81-92,92-107,114-124 1c6a d1c6aa_ A:81-92,92-107,114-124 1l0k d1l0ka_ A:81-92,92-107,114-124 1l34 d1l34a_ A:81-92,92-107,114-124 1p37 d1p37a_ A:81-91,92-107,114-124 261l d261la_ A:92-103,103-118,125-135 1l18 d1l18a_ A:81-92,92-107,114-124 210l d210la_ A:81-92,92-107,114-124 1xep d1xepa1 A:81-92,92-107,114-124 2raz d2razx1 X:81-92,92-107,114-124 1ky1 d1ky1a_ A:81-92,92-107,114-124 1cu0 d1cu0a_ A:81-92,92-107,114-124 127l d127la_ A:81-92,92-107,114-124 2b73 d2b73a1 A:81-92,92-107,114-124 1c62 d1c62a_ A:81-92,92-107,114-124 150l d150ld_ D:81-92,92-107,114-124 2b6t d2b6ta1 A:81-92,92-107,114-124 1pqj d1pqja_ A:81-91,92-107,114-124 1ovj d1ovja_ A:81-92,92-107,114-124 1c6q d1c6qa_ A:81-92,92-107,114-124 104l d104lb_ B:81-92,92-107,114-124 2b6x d2b6xa1 A:81-92,92-107,114-124 1d2y d1d2ya_ A:81-92,92-107,114-124 1c6i d1c6ia_ A:81-92,92-107,114-124 1c6l d1c6la_ A:81-92,92-107,114-124 1c60 d1c60a_ A:81-92,92-107,114-124 1c6t d1c6ta_ A:81-92,92-107,114-124 1lgx d1lgxa_ A:81-92,92-107,114-124 1l55 d1l55a_ A:81-92,92-107,114-124 1cx6 d1cx6a_ A:81-92,92-107,114-124 1li3 d1li3a_ A:81-92,92-107,114-124 1l05 d1l05a_ A:81-92,92-107,114-124 1pqm d1pqma_ A:81-92,92-107,114-124 2rb1 d2rb1x1 X:81-92,92-107,114-124 1c6b d1c6ba_ A:81-92,92-107,114-124 1p56 d1p56a_ A:81-92,92-107,114-124 1jqu d1jquc_ C:81-91,92-107,114-124 2f47 d2f47a1 A:92-103,103-118,125-135 1l16 d1l16a_ A:81-92,92-107,114-124 1lgw d1lgwa_ A:81-92,92-107,114-124 1jtn d1jtnb_ B:81-92,92-107,114-124 2baa d2baaa_ A:49-69,167-174,190-200 185l d185la_ A:81-92,92-107,114-124 1c6c d1c6ca_ A:81-92,92-107,114-124 2b72 d2b72a1 A:81-92,92-107,114-124 1l96 d1l96a_ A:81-92,92-107,114-124 1p5c d1p5ca_ A:92-107,142-156,169-178 1oyu d1oyub_ B:92-103,103-118,125-135 219l d219la_ A:81-92,92-107,114-124 1pqo d1pqoa_ A:81-92,92-107,114-124 2ray d2rayx1 X:81-92,92-107,114-124 1sx2 d1sx2a_ A:81-92,92-107,114-124 104l d104la_ A:81-92,92-107,114-124 2rb2 d2rb2x1 X:81-92,92-107,114-124 1ovh d1ovha_ A:81-92,92-107,114-124 2igc d2igca1 A:81-92,92-107,114-124 2b6w d2b6wa1 A:81-92,92-107,114-124 1sx7 d1sx7a_ A:81-92,92-107,114-124 1t6h d1t6ha_ A:81-92,92-107,114-124 1c6m d1c6ma_ A:81-92,92-107,114-124 2ou0 d2ou0x1 X:81-92,92-107,114-124 168l d168lb_ B:81-92,92-107,114-124 150l d150lb_ B:81-92,92-107,114-124 1swy d1swya_ A:81-92,92-107,114-124 2f2q d2f2qa1 A:92-103,103-118,125-135 1c6f d1c6fa_ A:81-92,92-107,114-124 1cx7 d1cx7a_ A:81-92,92-107,114-124 2rbo d2rboa1 A:81-92,92-107,114-124 2rb0 d2rb0x1 X:81-92,92-107,114-124 1qtv d1qtva_ A:81-92,92-107,114-124 1p5c d1p5cc_ C:92-107,142-156,169-178 1p5c d1p5cb_ B:92-107,142-156,169-178 1c6e d1c6ea_ A:81-92,92-107,114-124 180l d180lb_ B:81-92,92-107,114-124 260l d260la_ A:81-92,92-107,114-124 230l d230la_ A:81-92,92-107,114-124 168l d168le_ E:81-92,92-107,114-124 1c6d d1c6da_ A:81-92,92-107,114-124 189l d189la_ A:81-92,92-107,114-124 1cuq d1cuqa_ A:81-91,92-107,114-124 1l97 d1l97b_ B:81-92,92-107,114-124 1cns d1cnsa_ A:49-69,167-174,190-200 247l d247la_ A:81-91,92-107,114-124 1p7s d1p7sa_ A:81-91,92-107,114-124 1d3n d1d3na_ A:81-92,92-107,114-124 1cns d1cnsb_ B:49-69,167-174,190-200 1c6k d1c6ka_ A:81-92,92-107,114-124 1c6j d1c6ja_ A:81-92,92-107,114-124 2rbp d2rbpa1 A:81-92,92-107,114-124 2rbq d2rbqa1 A:81-92,92-107,114-124 168l d168ld_ D:81-92,92-107,114-124 183l d183la_ A:81-92,92-107,114-124 1owz d1owza_ A:81-92,92-107,114-124 1qs5 d1qs5a_ A:81-92,92-107,114-124 169l d169lb_ B:81-92,92-107,114-124 1d3m d1d3ma_ A:81-92,92-107,114-124 2l78 d2l78a_ A:81-91,92-107,114-124 1p5c d1p5cd_ D:81-91,92-107,114-124 1l79 d1l79a_ A:81-91,92-107,114-124 259l d259la_ A:81-92,92-107,114-124 1p5c d1p5cd_ D:92-107,142-156,169-178 1dxj d1dxja_ A:50-70,166-173,189-199 1pqk d1pqkb_ B:81-91,92-107,114-124 216l d216lb_ B:81-91,92-107,114-124 1epy d1epya_ A:81-92,92-107,114-124 211l d211la_ A:81-92,92-107,114-124 177l d177la_ A:81-92,92-107,114-124 169l d169le_ E:81-92,92-107,114-124 1li2 d1li2a_ A:81-92,92-107,114-124 2rbr d2rbra1 A:81-92,92-107,114-124 1lyd d1lyda_ A:81-91,92-107,114-124 1jqu d1jqua_ A:81-92,92-107,114-124 2otz d2otzx1 X:81-92,92-107,114-124 170l d170la_ A:81-91,92-107,114-124 1l83 d1l83a_ A:81-92,92-107,114-124 1t97 d1t97b_ B:92-103,103-118,125-135 1c6h d1c6ha_ A:81-92,92-107,114-124 226l d226la_ A:81-91,92-107,114-124 223l d223la_ A:81-91,92-107,114-124 1t8f d1t8fa_ A:81-91,92-107,114-124 2ou8 d2ou8a1 A:81-91,92-107,114-124 251l d251la_ A:81-91,92-107,114-124 252l d252la_ A:81-92,92-107,114-124 1pqk d1pqka_ A:81-91,92-107,114-124 1li6 d1li6a_ A:81-92,92-107,114-124 1kw5 d1kw5a_ A:81-92,92-107,114-124 181l d181la_ A:81-92,92-107,114-124 1l85 d1l85a_ A:81-91,92-107,114-124 1l71 d1l71a_ A:81-91,92-107,114-124 1qth d1qthb_ B:81-92,92-107,114-124 1l60 d1l60a_ A:81-91,92-107,114-124 1l08 d1l08a_ A:81-91,92-107,114-124 1l0j d1l0ja_ A:81-92,92-107,114-124 1l00 d1l00a_ A:81-91,92-107,114-124 110l d110la_ A:81-91,92-107,114-124 1lgu d1lgua_ A:81-92,92-107,114-124 184l d184la_ A:81-92,92-107,114-124 1l80 d1l80a_ A:81-91,92-107,114-124 128l d128la_ A:81-91,92-107,114-124 1l69 d1l69a_ A:81-91,92-107,114-124 1l98 d1l98a_ A:81-91,92-107,114-124 1ov5 d1ov5a_ A:81-92,92-107,114-124 1nhb d1nhba_ 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d1ljhb_ B:4-16,24-37,87-102 1lsy d1lsya_ A:4-16,24-37,87-102 1ykz d1ykzx1 X:4-16,24-37,87-102 5lym d5lymb_ B:4-16,24-37,87-102 1p2c d1p2cc_ C:604-616,624-637,687-702 2i26 d2i26q1 Q:4-16,24-37,87-102 1z55 d1z55a1 A:4-16,24-37,87-102 1hep d1hepa_ A:4-16,24-37,87-102 1hem d1hema_ A:4-16,24-37,87-102 1rfp d1rfpa_ A:4-16,24-37,87-102 1f10 d1f10a_ A:4-16,24-37,87-102 1hen d1hena_ A:4-16,24-37,87-102 1h87 d1h87a_ A:4-16,24-37,87-102 1lse d1lsea_ A:4-16,24-37,87-102 1ios d1iosa_ A:4-16,24-37,87-102 1lkr d1lkrb_ B:4-16,24-37,87-102 2d91 d2d91a1 A:4-16,24-37,87-102 1uuz d1uuzc_ C:4-16,24-37,87-102 1ic5 d1ic5y_ Y:4-16,24-37,87-102 1i22 d1i22d_ D:4-16,24-37,88-103 2cgi d2cgia1 A:4-16,24-37,87-102 1b2k d1b2kb_ B:4-16,24-37,87-102 1flq d1flqa_ A:4-16,24-37,87-102 1ljf d1ljfb_ B:4-16,24-37,87-102 3lym d3lyma_ A:4-16,24-37,87-102 1azf d1azfa_ A:4-16,24-37,87-102 6lyt d6lyta_ A:4-16,24-37,87-102 2bpu d2bpua1 A:4-16,24-37,87-102 2c8o d2c8oa1 A:4-16,24-37,87-102 1lje d1ljeb_ B:4-16,24-37,87-102 1ua6 d1ua6y_ Y:4-16,24-37,87-102 1n4f d1n4fa_ A:4-16,24-37,87-102 1lkr d1lkra_ A:4-16,24-37,87-102 1lcn d1lcnb_ B:4-16,24-37,87-102 3ems d3emsa1 A:4-16,24-37,87-102 1uic d1uica_ A:4-16,24-37,87-102 1heq d1heqa_ A:4-16,24-37,87-102 1lyy d1lyya_ A:4-16,24-37,88-103 1her d1hera_ A:4-16,24-37,87-102 2q0m d2q0mx1 X:4-16,24-37,87-102 1jis d1jisa_ A:4-16,24-37,87-102 1oyu d1oyua_ A:2-12,70-93,103-118 2hub d2huba1 A:4-16,24-37,87-102 5lyt d5lyta_ A:4-16,24-37,87-102 1hfy d1hfya_ A:4-16,22-35,84-100 1ir9 d1ir9a_ A:4-16,24-37,87-102 2hu3 d2hu3a1 A:4-16,24-37,87-102 1zv5 d1zv5l1 L:4-16,24-37,87-102 1uib d1uiba_ A:4-13,24-37,87-102 1iot d1iota_ A:4-16,24-37,87-102 1w6z d1w6za_ A:4-16,24-37,87-102 2yss d2yssc1 C:4-16,24-37,87-102 1lys d1lysa_ A:4-16,24-37,87-103 2pc2 d2pc2a1 A:4-16,24-37,87-102 1ssy d1ssya_ A:2-12,59-82,92-107 1fbi d1fbix_ X:4-16,24-37,87-102 2lym d2lyma_ A:4-16,24-37,87-102 1lcn d1lcna_ A:4-16,24-37,87-102 1p2c d1p2cf_ F:1504-1516,1524-1537,1587-1602 1hf4 d1hf4a_ A:4-16,24-37,87-102 1d6q d1d6qa_ A:4-16,24-37,88-103 1qsw d1qswd_ D:4-16,24-37,88-103 2igs d2igsc1 C:9-27,32-48,60-85 1d6p d1d6pa_ A:4-16,24-37,88-103 1ubz d1ubza_ A:4-16,24-37,88-103 1fdl d1fdly_ Y:4-16,24-37,87-102 5lym d5lyma_ A:4-16,24-37,87-102 1bb3 d1bb3b_ B:4-16,24-37,88-103 1uif d1uifa_ A:4-16,24-37,87-102 1rey d1reya_ A:4-16,24-37,88-103 1vdp d1vdpa_ A:4-16,24-37,87-102 1dkj d1dkja_ A:4-16,24-37,87-102 1i22 d1i22b_ B:4-16,24-37,88-103 2g4p d2g4pa1 A:4-16,24-37,87-102 1qsw d1qswb_ B:4-16,24-37,88-103 1gxv d1gxv2_ 2:4-16,24-37,87-102 1uia d1uiaa_ A:4-13,24-37,87-102 1lz8 d1lz8a_ A:4-16,24-37,87-102 1kxx d1kxxa_ A:4-16,24-37,87-102 3lyt d3lyta_ A:4-16,24-37,87-102 2a7f d2a7fa1 A:4-16,24-37,87-102 1kxw d1kxwa_ A:4-16,24-37,87-102 1iy3 d1iy3a_ A:4-16,24-37,88-103 1lzs d1lzsb_ B:4-16,24-37,88-103 1qsw d1qswc_ C:4-16,24-37,88-103 1lj3 d1lj3a_ A:4-16,24-37,87-102 1rez d1reza_ A:4-16,24-37,88-103 3lyt d3lytb_ B:4-16,24-37,87-102 1ljf d1ljfa_ A:4-16,24-37,87-102 1lsg d1lsga1 A:5-17,25-38,88-104 1lji d1ljia_ A:4-16,24-37,87-102 3lyz d3lyza_ A:4-16,24-37,87-102 2d4i d2d4ia1 A:4-16,24-37,87-102 6lyz d6lyza_ A:4-16,24-37,87-102 2igs d2igsd1 D:9-27,32-48,60-85 1lje d1ljea_ A:4-16,24-37,87-102 1ljj d1ljja_ A:4-16,24-37,87-102 1dkk d1dkka_ A:4-16,24-37,87-102 1jj3 d1jj3a_ A:4-16,24-37,87-102 1ljk d1ljka_ A:4-16,24-37,87-102 1uco d1ucoa_ A:4-16,24-37,87-102 1ljg d1ljga_ A:4-16,24-37,87-102 150l d150la_ A:2-12,59-82,92-107 1ljh d1ljha_ A:4-16,24-37,87-102 1qsw d1qswa_ A:4-16,24-37,88-103 1bb4 d1bb4a_ A:4-16,24-37,88-103 4lyt d4lyta_ A:4-16,24-37,87-102 5lyz d5lyza_ A:4-16,24-37,87-102 4lyz d4lyza_ A:4-16,24-37,87-102 1f6r d1f6rc_ C:4-16,22-35,84-100 1lj4 d1lj4a_ A:4-16,24-37,87-102 1lzh d1lzhb_ B:4-16,24-37,87-102 2igs d2igse1 E:84-112,111-120,200-215 1lzh d1lzha_ A:4-16,24-37,87-102 8lyz d8lyza_ A:4-16,24-37,87-102 2lzh d2lzha_ A:4-16,24-37,87-102 2lyz d2lyza_ A:4-16,24-37,87-102 1lyz d1lyza_ A:4-16,24-37,87-102 2igs d2igsg1 G:9-27,32-48,60-85 2nr7 d2nr7a1 A:68-78,84-98,98-111 1gxx d1gxxa_ A:4-16,24-37,87-102 1bb5 d1bb5a_ A:4-16,24-37,88-103 1bb3 d1bb3a_ A:4-16,24-37,88-103 1p7s d1p7sa_ A:2-12,59-82,92-107 1jqu d1jqud_ D:2-12,59-82,92-107 167l d167lb_ B:2-12,59-82,92-107 1qth d1qtha_ A:2-12,59-82,92-107 2nr7 d2nr7a1 A:84-98,119-130,130-162 1jtn d1jtna_ A:2-12,142-156,158-171 2igs d2igsc1 C:84-112,114-122,200-215 1qth d1qthb_ B:2-12,59-82,92-107 1bql d1bqly_ Y:4-16,24-37,88-102 189l d189la_ A:2-12,59-82,92-107 1pqk d1pqkc_ C:2-12,59-82,92-107 149l d149la_ A:2-12,59-82,92-107 1ivm d1ivma_ A:4-16,24-36,88-103 1l97 d1l97a_ A:2-12,59-82,92-107 2iff d2iffy_ Y:4-16,24-37,88-102 209l d209la_ A:84-91,107-122,122-139 218l d218la_ A:2-12,59-82,92-107 209l d209la_ A:2-12,59-83,92-104 1jqu d1jqub_ B:2-12,59-82,92-107 151l d151la_ A:2-12,59-82,92-107 1l97 d1l97b_ B:2-12,59-82,92-107 1f6r d1f6rf_ F:4-13,22-35,84-100 1jtn d1jtnb_ B:2-12,142-156,158-171 1jqu d1jqua_ A:2-12,59-82,92-107 1qte d1qtea2 A:522-542,544-555,555-567 1qsa d1qsaa2 A:522-542,544-555,555-567 2ikb d2ikba1 A:52-69,74-89,89-102 2is5 d2is5a1 A:52-69,74-89,89-102 2ikb d2ikbb1 B:52-69,74-89,89-102 209l d209la_ A:59-83,84-91,107-122 2ikb d2ikbd1 D:52-69,74-89,89-102 2ikb d2ikbc1 C:52-69,74-89,89-102 2is5 d2is5c1 C:52-69,74-89,89-102 2is5 d2is5d1 D:52-69,74-89,89-102 2is5 d2is5b1 B:52-69,74-89,89-102 1sly d1slya2 A:522-542,544-555,555-567 46. a.96.1 DNA-glycosylase DNA-glycosylase multihelical; consists of two all-alpha domains 1xg7 d1xg7a_ A:24-37,38-54,59-72 1xg7 d1xg7b_ B:24-38,38-54,59-72 1xqo d1xqoa_ A:43-58,64-79,83-95 1xqp d1xqpa_ A:43-58,64-79,83-95 1xqp d1xqpa_ A:29-43,43-58,64-79 1p59 d1p59a_ A:29-41,82-102,108-116 2abk d2abka_ A:28-40,81-101,107-115 1orp d1orpa_ A:29-41,82-102,108-116 1orn d1orna_ A:29-41,82-102,108-116 1xqo d1xqoa_ A:29-43,43-58,64-79 1wef d1wefa_ A:29-43,82-101,107-115 1wei d1weia_ A:29-43,82-101,107-115 1weg d1wega_ A:29-43,82-101,107-115 1mun d1muna_ A:29-43,82-101,107-115 1mud d1muda_ A:29-44,82-101,107-115 1kg6 d1kg6a_ A:29-43,82-101,107-115 1kg2 d1kg2a_ A:29-43,82-101,107-115 1weg d1wega_ A:29-43,118-131,176-193 1ngn d1ngna_ A:421-430,429-441,444-460 1kg3 d1kg3a_ A:29-43,82-101,107-115 1mud d1muda_ A:29-44,118-131,176-193 1kg5 d1kg5a_ A:29-43,82-101,107-115 1mun d1muna_ A:29-43,118-131,176-193 1kg4 d1kg4a_ A:29-43,82-101,107-115 1kg7 d1kg7a_ A:29-43,82-101,107-115 1pu8 d1pu8a_ A:30-41,89-109,119-127 1pu6 d1pu6a_ A:30-41,89-109,119-127 1xg7 d1xg7b_ B:38-54,96-114,125-138 1pu7 d1pu7b_ B:30-41,44-59,76-88 1pu7 d1pu7a_ A:30-41,89-109,119-127 1kqj d1kqja_ A:29-43,82-101,107-114 1muy d1muya_ A:29-44,82-101,107-114 1pu6 d1pu6b_ B:30-41,44-59,76-88 1pu7 d1pu7a_ A:30-41,44-59,76-88 1pu6 d1pu6a_ A:30-41,44-59,76-88 1vrl d1vrla1 A:35-47,88-107,113-121 1rrs d1rrsa1 A:35-47,88-107,113-121 1xg7 d1xg7b_ B:38-54,59-72,78-90 1xg7 d1xg7a_ A:38-54,59-72,78-90 1kea d1keaa_ A:34-49,87-107,113-120 1rrq d1rrqa1 A:35-47,88-107,113-121 1wef d1wefa_ A:29-43,44-60,69-78 1mpg d1mpga1 A:112-124,127-143,165-173 1mpg d1mpgb1 B:112-124,175-192,201-213 1mud d1muda_ A:29-44,48-60,69-78 1mpg d1mpgb1 B:112-124,127-143,165-173 1pvs d1pvsb1 B:112-124,175-192,201-213 3cvt d3cvtd1 D:112-124,175-192,201-213 1mpg d1mpga1 A:112-124,175-192,201-213 3cwa d3cwad1 D:112-124,175-192,201-213 1pu8 d1pu8b_ B:30-41,44-59,76-85 3cvt d3cvtb1 B:112-124,175-192,201-213 3cvt d3cvtc1 C:112-124,175-192,201-213 3cwa d3cwac1 C:112-124,175-192,201-213 3cwa d3cwab1 B:112-124,175-192,201-213 3cwt d3cwtd1 D:112-124,175-192,201-213 1pu8 d1pu8a_ A:30-41,44-59,76-85 1diz d1diza1 A:112-124,175-192,201-213 2abk d2abka_ A:28-40,43-59,68-77 3cw7 d3cw7a1 A:112-124,175-192,201-213 3cwt d3cwtb1 B:112-124,175-192,201-213 3cvt d3cvta1 A:112-124,175-192,201-213 3cvs d3cvsc1 C:112-124,175-192,201-213 3cwt d3cwtc1 C:112-124,175-192,201-213 3cws d3cwsd1 D:112-124,175-192,201-213 3cws d3cwsc1 C:112-124,175-192,201-213 3cvs d3cvsd1 D:112-124,175-192,201-213 3cw7 d3cw7c1 C:112-124,175-192,201-213 3d4v d3d4vd1 D:112-124,175-192,201-213 3cw7 d3cw7b1 B:112-124,175-192,201-213 3cw7 d3cw7d1 D:112-124,175-192,201-213 3cwt d3cwta1 A:112-124,175-192,201-213 3cvs d3cvsb1 B:112-124,175-192,201-213 1ko9 d1ko9a1 A:136-148,201-220,232-244 1pvs d1pvsa1 A:112-124,175-192,201-213 3cws d3cwsb1 B:112-124,175-192,201-213 3d4v d3d4vc1 C:112-124,175-192,201-213 3cwa d3cwaa1 A:112-124,175-192,201-213 3cwu d3cwuc1 C:112-124,175-192,201-213 3cws d3cwsa1 A:112-124,175-192,201-213 1diz d1dizb1 B:112-124,175-192,201-213 3cvs d3cvsa1 A:112-124,175-192,201-213 3cwu d3cwud1 D:112-124,175-192,201-213 3cwu d3cwub1 B:112-124,175-192,201-213 3cwu d3cwua1 A:112-124,175-192,201-213 3d4v d3d4va1 A:112-124,175-192,201-213 1n39 d1n39a1 A:136-148,201-220,232-244 2nol d2nola1 A:136-148,201-220,232-244 3d4v d3d4vb1 B:112-124,175-192,201-213 1m3h d1m3ha1 A:136-148,201-220,232-244 2noh d2noha1 A:136-148,201-220,232-244 2noe d2noea1 A:136-148,201-220,232-244 1lwy d1lwya1 A:136-148,201-220,232-244 1fn7 d1fn7a1 A:136-148,201-220,232-244 1n3a d1n3aa1 A:136-148,201-220,232-244 2noz d2noza1 A:136-148,201-220,232-244 1n3c d1n3ca1 A:136-148,201-220,232-244 1lwv d1lwva1 A:136-148,201-220,232-244 1xg7 d1xg7b_ B:38-54,96-114,115-126 2nof d2nofa1 A:136-148,201-220,232-244 1m3q d1m3qa1 A:136-148,201-220,232-244 1kea d1keaa_ A:34-49,56-65,74-83 1yqk d1yqka1 A:136-148,201-220,232-244 1hu0 d1hu0a1 A:136-148,201-220,232-244 1lww d1lwwa1 A:136-148,201-220,232-244 1ebm d1ebma1 A:136-148,201-220,232-244 1yql d1yqla1 A:136-148,201-220,232-244 1yqr d1yqra1 A:136-148,201-220,232-244 2nob d2noba1 A:136-148,201-220,232-244 2i5w d2i5wa1 A:136-148,201-220,232-244 1yqm d1yqma1 A:136-148,201-220,232-244 1pu8 d1pu8a_ A:30-41,44-59,64-75 1pu7 d1pu7a_ A:30-41,44-59,64-75 1pu6 d1pu6a_ A:30-41,44-59,64-75 1xqo d1xqoa_ A:43-58,101-115,121-134 1xg7 d1xg7a_ A:38-54,96-108,125-138 1xqp d1xqpa_ A:43-58,101-115,121-134 47. a.188.1 PWI domain PWI domain 4 helices; up-and-down bundle; topological similarity to the bromodomain-like and SAM domain-like folds 1mp1 d1mp1a_ A:44-61,64-78,81-94 49. a.285.1 MtlR-like MtlR-like multihelical; 8-helical up-and-down bundle 3c8g d3c8gd1 D:109-120,125-138,145-168 3c8g d3c8gb1 B:109-120,125-139,144-167 3c8g d3c8ga1 A:109-120,125-136,144-168 3c8g d3c8gc1 C:109-120,125-135,144-168 3c8g d3c8ga1 A:18-43,82-103,109-120 3c8g d3c8gb1 B:18-43,81-103,109-120 3c8g d3c8gc1 C:18-43,81-103,109-120 3brj d3brjb1 B:19-44,81-102,109-120 3c8g d3c8gb1 B:18-43,81-103,144-167 3brj d3brjd1 D:19-44,81-102,109-120 3c8g d3c8ga1 A:18-43,82-103,144-168 3brj d3brjc1 C:19-44,81-102,109-119 3c8g d3c8gc1 C:18-43,81-103,144-168 3brj d3brja1 A:19-44,81-102,109-119 3c8g d3c8gd1 D:24-43,81-103,145-168 3brj d3brjb1 B:19-44,81-102,140-172 3brj d3brjd1 D:19-44,81-102,140-172 3brj d3brja1 A:19-44,81-102,137-172 3brj d3brjc1 C:19-44,81-102,140-172 50. a.24.13 Domain of the SRP/SRP receptor G-proteins Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1qzx d1qzxb1 B:18-38,40-59,65-83 1qzx d1qzxa1 A:18-38,40-59,65-83 1j8y d1j8yf1 F:20-40,42-61,67-85 1j8m d1j8mf1 F:20-40,42-61,67-85 1rj9 d1rj9b1 B:23-42,44-60,69-87 2j7p d2j7pd1 D:27-43,45-60,63-78 2iyl d2iyld1 D:27-43,45-60,63-78 1okk d1okkd1 D:27-43,45-60,63-78 1qzw d1qzwg1 G:18-38,40-58,65-84 1qzw d1qzwa1 A:18-38,40-58,65-84 1qzw d1qzwe1 E:18-38,40-58,65-84 1qzw d1qzwc1 C:18-38,40-58,65-84 2cnw d2cnwd1 D:27-43,45-60,63-78 2ffh d2ffha1 A:23-42,44-63,69-87 2ffh d2ffhb1 B:23-42,44-63,69-87 1rj9 d1rj9a1 A:27-43,45-60,63-78 2ffh d2ffhc1 C:23-42,44-63,69-87 2ng1 d2ng1a1 A:23-42,44-63,69-87 3ng1 d3ng1a1 A:23-42,44-63,69-87 3ng1 d3ng1b1 B:23-42,44-63,69-87 1ng1 d1ng1a1 A:23-42,44-63,69-87 2cnw d2cnwf1 F:27-43,45-60,63-78 2c03 d2c03b1 B:23-42,44-63,69-87 2j7p d2j7pe1 E:27-43,45-60,63-78 2cnw d2cnwb1 B:23-42,44-63,69-87 1ffh d1ffha1 A:23-42,44-63,69-87 2cnw d2cnwa1 A:23-42,44-63,69-87 2j7p d2j7pa1 A:23-42,44-63,69-87 1jpj d1jpja1 A:23-42,44-63,69-87 1okk d1okka1 A:23-42,44-63,69-87 2j7p d2j7pb1 B:23-42,44-63,69-87 2c04 d2c04b1 B:23-42,44-63,69-87 1ls1 d1ls1a1 A:23-42,44-63,69-87 2j46 d2j46b1 B:23-42,44-63,69-87 1o87 d1o87b1 B:23-42,44-63,69-87 1o87 d1o87a1 A:23-42,44-63,69-87 2j45 d2j45b1 B:23-42,44-63,69-87 1jpn d1jpnb1 B:23-42,44-63,69-87 1jpn d1jpna1 A:23-42,44-63,69-87 2j46 d2j46a1 A:23-42,44-63,69-87 2c03 d2c03a1 A:23-42,44-63,69-87 2iy3 d2iy3a1 A:23-42,44-63,69-87 2c04 d2c04a1 A:23-42,44-63,69-87 1vma d1vmaa1 A:32-47,49-64,66-80 2j45 d2j45a1 A:23-42,44-63,69-87 2cnw d2cnwc1 C:23-42,44-63,69-87 1wgw d1wgwa_ A:28-47,49-65,72-90 1vma d1vmab1 B:32-47,49-64,66-81 2cnw d2cnwe1 E:27-43,45-57,63-78 1fts d1ftsa1 A:224-239,241-260,263-284 2qy9 d2qy9a1 A:224-239,241-260,263-284 51. c.70.1 Nucleoside hydrolase Nucleoside hydrolase core: 3 layers, a/b/a ; mixed beta-sheet of 8 strands, order 32145687; strand 7 is antiparallel to the rest 3b9x d3b9xa1 A:198-209,210-224,294-310 1q8f d1q8fa_ A:198-209,210-224,294-310 1q8f d1q8fc_ C:198-209,210-224,294-310 3b9x d3b9xb1 B:198-209,210-224,294-310 1kie d1kieb_ B:219-230,232-245,312-327 1kic d1kica_ A:219-230,232-246,312-327 1r4f d1r4fa_ A:219-230,232-244,312-327 1kic d1kicb_ B:219-230,232-244,312-327 1kie d1kiea_ A:219-230,232-245,312-327 1hoz d1hozb_ B:219-230,232-244,312-327 1hoz d1hoza_ A:219-230,232-244,312-327 2ff1 d2ff1a1 A:219-230,232-244,312-327 3b9x d3b9xd1 D:198-209,210-224,294-311 1r4f d1r4fb_ B:219-230,232-244,312-327 2ff1 d2ff1b1 B:219-230,232-244,312-327 1hp0 d1hp0a_ A:219-230,232-247,312-327 1hp0 d1hp0b_ B:219-230,232-247,312-327 2mas d2masa_ A:200-211,212-234,296-312 2mas d2masd_ D:200-211,212-234,296-312 2mas d2masc_ C:200-211,212-234,296-312 2mas d2masb_ B:200-211,212-234,296-312 1q8f d1q8fb_ B:198-209,210-232,294-310 1q8f d1q8fd_ D:198-209,210-232,294-310 1mas d1masb_ B:200-211,212-234,296-312 2ff2 d2ff2b1 B:219-230,232-253,312-327 2ff2 d2ff2a1 A:219-230,232-253,312-327 1ezr d1ezra_ A:200-211,212-229,295-311 1ezr d1ezrc_ C:200-211,212-229,295-311 1ezr d1ezrd_ D:200-211,212-229,295-311 1ezr d1ezrb_ B:200-211,212-229,295-311 1mas d1masa_ A:200-211,212-234,296-312 3b9x d3b9xc1 C:198-209,210-218,294-309 53. a.5.2 UBA-like RuvA C-terminal domain-like 3 helices; bundle, right-handed twist 2k0b d2k0bx1 X:7-21,26-37,39-48 2jy7 d2jy7a1 A:7-21,26-37,39-50 1tte d1ttea1 A:166-180,182-194,203-215 1q02 d1q02a_ A:7-21,27-37,39-49 1otr d1otra_ A:8-21,24-36,38-51 2o25 d2o25a1 A:159-173,175-187,189-199 1yla d1ylab1 B:159-173,175-187,189-199 2o25 d2o25b1 B:159-173,175-187,189-199 1dv0 d1dv0a_ A:1-13,15-27,29-41 1yla d1ylaa1 A:159-173,175-187,189-199 3e46 d3e46a1 A:159-173,175-187,189-200 1z96 d1z96a1 A:295-307,309-321,323-332 1oqy d1oqya2 A:317-331,333-343,347-360 1f4i d1f4ia_ A:1-13,15-27,29-41 1qze d1qzea1 A:160-174,176-188,190-200 1wgn d1wgna_ A:16-30,32-44,46-59 1qze d1qzea2 A:317-331,333-343,347-360 1wj7 d1wj7a1 A:36-51,53-65,67-78 2di0 d2di0a1 A:8-25,28-40,42-53 2bwe d2bwee1 E:332-343,346-358,360-371 1z96 d1z96b1 B:298-307,309-321,323-332 2dkl d2dkla1 A:16-32,34-46,48-61 2g3q d2g3qa1 A:1340-1353,1355-1367,1369-1381 2bwe d2bwem1 M:332-343,346-358,360-371 2bwe d2bwer1 R:332-343,346-358,360-371 2bwe d2bweo1 O:332-343,346-358,360-371 2bwe d2bwei1 I:332-343,346-358,360-371 2bwe d2bwen1 N:332-343,346-358,360-371 2bwe d2bwep1 P:332-343,346-358,360-370 2cp8 d2cp8a1 A:7-20,23-35,37-50 2bwe d2bwef1 F:332-343,346-358,360-371 2bwb d2bwbf1 F:332-343,346-358,360-370 1aip d1aipd1 D:2-15,17-29,31-51 2bwe d2bwek1 K:332-343,346-358,360-371 2bwe d2bweg1 G:332-343,346-358,360-371 2bwb d2bwbb1 B:332-343,346-358,360-370 1ify d1ifya_ A:160-174,176-188,190-201 2bwe d2bweh1 H:332-343,346-358,360-371 2bwe d2bwea1 A:332-343,346-358,360-371 2bwb d2bwbe1 E:332-343,346-358,360-370 2bwb d2bwbh1 H:332-343,346-358,360-370 2dna d2dnaa1 A:19-30,33-45,47-59 2bwe d2bweq1 Q:332-343,346-358,360-371 1xb2 d1xb2b1 B:56-71,73-85,87-99 2bwe d2bwed1 D:332-343,346-358,360-371 2bwe d2bwej1 J:332-343,346-358,360-371 2bwe d2bwel1 L:332-343,346-358,360-371 2bwe d2bwec1 C:332-343,346-358,360-371 2bwe d2bweb1 B:332-343,346-358,360-371 2bwb d2bwba1 A:332-343,346-358,360-371 1vg5 d1vg5a_ A:29-40,42-54,56-67 2bwb d2bwbc1 C:332-343,346-358,360-371 1oqy d1oqya1 A:161-174,176-188,190-198 2bwb d2bwbd1 D:332-343,346-358,360-371 1aip d1aipg1 G:2-15,17-29,31-53 1go5 d1go5a_ A:15-30,32-44,46-62 2bwb d2bwbg1 G:332-343,346-358,360-371 1aip d1aipc1 C:2-15,17-29,31-53 1aip d1aiph1 H:3-15,17-29,31-53 2bwb d2bwbi1 I:332-340,346-358,360-370 1veg d1vega_ A:29-40,42-54,56-68 1oai d1oaia_ A:564-579,581-593,595-610 2crn d2crna1 A:10-20,22-34,37-51 1wr1 d1wr1b1 B:332-343,346-358,360-371 1vej d1veja1 A:29-40,43-55,57-67 1vdl d1vdla_ A:23-36,39-51,53-66 1efu d1efud3 D:4-16,18-30,32-44 1vek d1veka_ A:29-40,42-54,57-71 1efu d1efub3 B:4-16,18-30,32-55 1pgy d1pgya_ A:3-18,20-32,33-46 1v92 d1v92a_ A:1-17,19-31,33-46 54. a.74.1 Cyclin-like duplication: consists of two domains of this fold ! Cyclin-like core: 5 helices; one helix is surrounded by the others 2phg d2phga1 A:111-129,131-148,155-173 1gy3 d1gy3b1 B:207-226,228-246,249-269 3ej1 d3ej1b2 B:310-322,326-344,351-369 1h25 d1h25b2 B:310-322,326-344,351-369 3dog d3dogd2 D:310-322,326-344,351-369 2c5n d2c5nd2 D:310-322,326-344,351-369 3bhv d3bhvd2 D:310-322,326-344,351-369 2c5o d2c5od2 D:310-322,326-344,351-369 1gy3 d1gy3d2 D:310-322,326-344,351-369 1ol1 d1ol1d2 D:310-322,326-344,351-369 3bht d3bhtd2 D:310-322,326-344,351-369 3bhu d3bhud2 D:310-322,326-344,351-369 2c6t d2c6td2 D:310-322,326-344,351-369 2iw8 d2iw8d2 D:310-322,326-344,351-369 2uue d2uued2 D:310-322,326-344,351-369 2uze d2uzeb2 B:310-322,326-344,351-369 2g9x d2g9xd2 D:310-322,326-344,351-369 2v22 d2v22d2 D:310-322,326-344,351-369 2cch d2cchb2 B:310-322,326-344,351-369 3eid d3eidd2 D:310-322,326-344,351-369 2cci d2ccib2 B:310-322,326-344,351-369 3ddp d3ddpb2 B:310-322,326-344,351-369 3dog d3dogb2 B:310-322,326-344,351-369 1h24 d1h24b2 B:310-322,326-344,351-369 1ol2 d1ol2d2 D:310-322,326-344,351-369 1e9h d1e9hd2 D:310-322,326-344,351-369 2cch d2cchd2 D:310-322,326-344,351-369 1h1q d1h1qb2 B:310-322,326-344,351-369 2i40 d2i40b2 B:310-322,326-344,351-369 3ddq d3ddqd2 D:310-322,326-344,351-369 1qmz d1qmzd2 D:310-322,326-344,351-369 2c5x d2c5xb2 B:310-322,326-344,351-369 2c5v d2c5vd2 D:310-322,326-344,351-369 2iw8 d2iw8b2 B:310-322,326-344,351-369 2c5x d2c5xd2 D:310-322,326-344,351-369 2i40 d2i40d2 D:310-322,326-344,351-369 2uze d2uzed2 D:310-322,326-344,351-369 1urc d1urcd2 D:310-322,326-344,351-369 1okw d1okwb2 B:310-322,326-344,351-369 2uzl d2uzld2 D:310-322,326-344,351-369 3bhu d3bhub2 B:310-322,326-344,351-369 1pkd d1pkdb2 B:310-322,326-344,351-369 1p5e d1p5ed2 D:310-322,326-344,351-369 1oi9 d1oi9b2 B:310-322,326-344,351-369 2uzd d2uzdd2 D:310-322,326-344,351-369 3ddq d3ddqb2 B:310-322,326-344,351-369 1oi9 d1oi9d2 D:310-322,326-344,351-369 2uzl d2uzlb2 B:310-322,326-344,351-369 3bht d3bhtb2 B:310-322,326-344,351-369 2c6t d2c6tb2 B:310-322,326-344,351-369 1h27 d1h27b2 B:310-322,326-344,351-369 1urc d1urcb2 B:310-322,326-344,351-369 1e9h d1e9hb2 B:310-322,326-344,351-369 1h24 d1h24b1 B:207-226,228-246,249-269 3ddp d3ddpd2 D:310-322,326-344,351-369 1gy3 d1gy3b2 B:310-322,326-344,351-369 1okw d1okwd2 D:310-322,326-344,351-369 2c5v d2c5vb2 B:310-322,326-344,351-369 1okv d1okvd2 D:310-322,326-344,351-369 2pk2 d2pk2a1 A:152-165,167-186,192-209 1h1s d1h1sb2 B:310-322,326-344,351-369 2uzl d2uzld1 D:207-226,228-246,249-269 2uzd d2uzdb2 B:310-322,326-344,351-369 1oiu d1oiud2 D:310-322,326-344,351-369 1oiy d1oiyb2 B:310-322,326-344,351-369 2cjm d2cjmd2 D:310-322,326-344,351-369 2iw9 d2iw9d2 D:310-322,326-344,351-369 3bhv d3bhvb2 B:310-322,326-344,351-369 2c5o d2c5ob2 B:310-322,326-344,351-369 1okv d1okvb2 B:310-322,326-344,351-369 1ol2 d1ol2b2 B:310-322,326-344,351-369 2uzl d2uzlb1 B:207-226,228-246,249-269 2uue d2uueb2 B:310-322,326-344,351-369 1jsu d1jsub2 B:310-322,326-344,351-369 1ogu d1ogud2 D:310-322,326-344,351-369 2uzb d2uzbb2 B:310-322,326-344,351-369 1f5q d1f5qb1 B:46-64,66-85,87-107 1oiu d1oiub2 B:310-322,326-344,351-369 3blr d3blrb1 B:152-165,167-185,192-209 2g9x d2g9xb2 B:310-322,326-344,351-369 2iw9 d2iw9b2 B:310-322,326-344,351-369 1p5e d1p5eb2 B:310-322,326-344,351-369 1ogu d1ogub2 B:310-322,326-344,351-369 1h26 d1h26b2 B:310-322,326-344,351-369 1fvv d1fvvb2 B:310-322,326-344,351-369 1qmz d1qmzb2 B:310-322,326-344,351-369 3ej1 d3ej1d2 D:310-322,326-344,351-369 3eid d3eidb2 B:310-322,326-344,351-369 2cjm d2cjmb2 B:310-322,326-344,351-369 2bpm d2bpmd1 D:207-226,228-246,249-269 2c4g d2c4gd1 D:207-226,228-246,249-269 1h26 d1h26d2 D:310-322,326-344,351-369 1h28 d1h28d2 D:310-322,326-344,351-369 1jsu d1jsub1 B:207-226,228-246,249-269 2pk2 d2pk2b1 B:152-165,167-186,192-209 2uze d2uzeb1 B:207-226,228-246,249-269 1h1r d1h1rb2 B:310-322,326-344,351-369 1oiu d1oiub1 B:207-226,228-246,249-269 1h1s d1h1sd2 D:310-322,326-344,351-369 3ddq d3ddqb1 B:207-226,228-246,249-269 2iw6 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1ol1 d1ol1d2 D:228-247,310-322,326-344 2cch d2cchb2 B:228-247,310-322,326-344 1h1s d1h1sd2 D:228-247,310-322,326-344 1h1r d1h1rb2 B:228-247,310-322,326-344 1okw d1okwb2 B:228-247,310-322,326-344 2cci d2ccid2 D:228-247,310-322,326-344 1jst d1jstb2 B:228-247,310-322,326-344 1oi9 d1oi9d2 D:228-247,310-322,326-344 2iw8 d2iw8d2 D:228-247,310-322,326-344 1h26 d1h26d2 D:228-247,310-322,326-344 2cci d2ccib2 B:228-247,310-322,326-344 1oiy d1oiyb2 B:228-247,310-322,326-344 2c5o d2c5od2 D:228-247,310-322,326-344 1h26 d1h26b2 B:228-247,310-322,326-344 1h1s d1h1sb2 B:228-247,310-322,326-344 1p5e d1p5eb2 B:228-247,310-322,326-344 1e9h d1e9hb2 B:228-247,310-322,326-344 1qmz d1qmzd2 D:228-247,310-322,326-344 3eid d3eidd2 D:228-247,310-322,326-344 1okv d1okvd2 D:228-247,310-322,326-344 1fin d1find2 D:228-247,310-322,326-344 1h1q d1h1qb2 B:228-247,310-322,326-344 1qmz d1qmzb2 B:228-247,310-322,326-344 3bhv d3bhvd2 D:228-247,310-322,326-344 1gy3 d1gy3d2 D:228-247,310-322,326-344 2uzb d2uzbb2 B:228-247,310-322,326-344 1h1r d1h1rd2 D:228-247,310-322,326-344 2g9x d2g9xd2 D:228-247,310-322,326-344 2uzb d2uzbd2 D:228-247,310-322,326-344 2g9x d2g9xb2 B:228-247,310-322,326-344 3ddp d3ddpb2 B:228-247,310-322,326-344 3dog d3dogb2 B:228-247,310-322,326-344 1w98 d1w98b1 B:147-166,230-244,256-274 2bpm d2bpmd2 D:228-246,310-323,326-344 1h1p d1h1pd2 D:228-246,310-323,326-344 2c4g d2c4gb2 B:228-246,310-323,326-344 1h1q d1h1qd2 D:228-246,310-323,326-344 2c4g d2c4gd2 D:228-246,310-323,326-344 1vyw d1vywd2 D:228-246,310-323,326-344 2bkz d2bkzb2 B:228-246,310-323,326-344 2bkz d2bkzd2 D:228-246,310-323,326-344 1vyw d1vywb2 B:228-246,310-323,326-344 1h1p d1h1pb2 B:228-247,310-323,326-344 1vin d1vina2 A:228-247,310-323,326-344 1h27 d1h27d2 D:228-247,310-323,326-344 1h24 d1h24d2 D:228-247,310-323,326-344 1pkd d1pkdd2 D:228-247,310-323,326-344 2bpm d2bpmb2 B:228-247,310-323,326-344 1g3n d1g3nc2 C:68-87,150-164,168-187 1g3n d1g3ng2 G:68-87,150-164,168-187 1oiy d1oiyd2 D:228-247,310-323,326-344 1h25 d1h25d2 D:228-247,310-323,326-344 1jkw d1jkwa1 A:15-38,49-71,76-94 1kxu d1kxua1 A:15-38,49-71,76-94 55. a.146.1 Telomeric repeat binding factor (TRF) dimerisation domain Telomeric repeat binding factor (TRF) dimerisation domain multihelical; can be divided into an alpha-alpha superhelix domain and a long alpha-hairpin dimerization domain 1h6p d1h6pb_ B:1127-1144,1146-1169,1213-1229 1h6p d1h6pa_ A:127-144,146-169,213-229 3bua d3buac1 C:127-144,146-169,213-229 3bu8 d3bu8a1 A:127-144,146-169,213-229 3bua d3buad1 D:127-144,146-169,213-230 3bua d3buaa1 A:127-144,146-169,213-229 3bua d3buab1 B:127-144,146-169,213-230 3bu8 d3bu8b1 B:127-144,146-169,213-230 3bqo d3bqoa1 A:149-161,166-188,232-254 1h6o d1h6oa_ A:149-161,166-188,232-254 59. a.256.1 RUN domain-like RUN domain-like multihelical; 3-helical bundle similar to one half of the DEATH domain fold is flanked by two alpha-hairpins forming a four-helical bundle; the axes of the three-helical and four-helical bundles are aproximately orthogonal to each other 2cxf d2cxfa1 A:145-159,158-172,176-192 2cxl d2cxla1 A:145-159,158-172,176-192 2cxl d2cxla1 A:116-134,176-192,191-205 2cxf d2cxfa1 A:116-134,176-192,191-205 2cxf d2cxfa1 A:116-134,145-159,191-205 60. d.260.1 Suppressor of Fused, N-terminal domain Suppressor of Fused, N-terminal domain unusual fold; bifurcated beta-sheet; left-handed beta-alpha-beta unit 1m1l d1m1ld_ D:204-215,215-227,248-262 1m1l d1m1la_ A:204-215,215-227,248-262 1m1l d1m1lb_ B:204-215,215-227,248-262 1m1l d1m1lc_ C:204-215,215-227,248-262 62. d.336.1 YbiA-like YbiA-like consists of six alpha-helices and two two-stranded beta-sheets 2b3w d2b3wa1 A:46-57,58-69,70-81 63. a.152.1 AhpD-like probable biological unit contains six domains of this fold arranged with 32 symmetry ! AhpD-like multihelical; contains 4-helical bundle and 2-helical arm 2ouw d2ouwb1 B:15-30,35-45,44-61 2ouw d2ouwa1 A:15-30,35-45,44-60 2prr d2prrc1 C:20-35,38-48,47-64 2prr d2prra1 A:20-35,38-48,47-64 2prr d2prrj1 J:20-35,38-48,47-64 2oyo d2oyob1 B:24-39,42-52,51-68 2q0t d2q0tc1 C:9-22,25-36,35-53 2prr d2prrf1 F:20-35,38-48,47-64 2prr d2prre1 E:20-35,38-48,47-64 2q0t d2q0tb1 B:9-22,25-36,35-53 2prr d2prrh1 H:20-35,38-48,47-64 2q0t d2q0ta1 A:9-22,25-36,35-53 2q0t d2q0tb1 B:135-150,153-164,163-181 2prr d2prrb1 B:20-35,38-48,47-64 2prr d2prrd1 D:20-35,38-48,47-64 2prr d2prrg1 G:20-35,38-48,47-64 2q0t d2q0tc1 C:135-150,153-164,163-181 2prr d2prrk1 K:20-35,38-48,47-64 2prr d2prrl1 L:20-35,38-48,47-64 2cwq d2cwqb1 B:4-17,21-32,31-47 2cwq d2cwqa1 A:4-17,21-32,31-47 2prr d2prri1 I:20-35,38-48,47-64 2q0t d2q0ta1 A:135-150,153-164,163-181 2oyo d2oyoa1 A:24-39,42-52,51-68 2cwq d2cwqc1 C:6-17,21-32,31-47 2pfx d2pfxb1 B:19-34,37-47,46-63 2oyo d2oyob1 B:73-89,90-106,158-183 2oyo d2oyoa1 A:73-89,90-106,158-183 2pfx d2pfxa1 A:19-34,37-47,46-63 1gu9 d1gu9c_ C:31-47,48-63,147-170 1gu9 d1gu9g_ G:31-47,48-60,147-170 1gu9 d1gu9c_ C:3-10,14-27,147-170 2pfx d2pfxa1 A:68-84,85-101,153-178 2pfx d2pfxb1 B:68-84,85-101,153-178 2prr d2prra1 A:69-85,86-102,154-179 2prr d2prrf1 F:69-85,86-102,154-179 2prr d2prrg1 G:69-85,86-102,154-179 2gmy d2gmyf1 F:31-47,48-63,116-141 2prr d2prrb1 B:69-85,86-102,154-179 1gu9 d1gu9g_ G:3-10,14-27,147-170 2prr d2prrl1 L:69-85,86-102,154-179 2gmy d2gmye1 E:31-47,48-63,116-141 2prr d2prrh1 H:69-85,86-102,154-179 2gmy d2gmyc1 C:31-47,48-63,116-141 2gmy d2gmyb1 B:31-47,48-63,116-141 2gmy d2gmyd1 D:31-47,48-63,116-141 2prr d2prre1 E:69-85,86-102,154-179 2prr d2prrj1 J:69-85,86-102,154-179 2o4d d2o4da1 A:31-47,48-63,116-141 2gmy d2gmya1 A:31-47,48-63,116-141 2prr d2prrc1 C:69-85,86-102,154-179 2prr d2prrk1 K:69-85,86-102,154-179 2prr d2prrd1 D:69-85,86-102,154-179 1gu9 d1gu9f_ F:3-11,14-27,147-171 1gu9 d1gu9l_ L:4-11,14-28,147-171 2ijc d2ijce1 E:31-47,48-63,116-141 2prr d2prri1 I:69-85,86-102,154-179 2ijc d2ijcd1 D:31-47,48-63,116-141 2ijc d2ijch1 H:31-47,48-63,116-141 2ijc d2ijcf1 F:31-47,48-63,116-141 2ijc d2ijcg1 G:31-47,48-63,116-141 1me5 d1me5c_ C:3-10,14-27,147-171 2ijc d2ijcc1 C:31-47,48-63,116-141 2ijc d2ijca1 A:31-47,48-63,116-141 2ijc d2ijcb1 B:31-47,48-63,116-141 1me5 d1me5c_ C:31-47,48-63,147-171 1gu9 d1gu9f_ F:31-47,48-60,147-171 1gu9 d1gu9l_ L:31-47,48-60,147-171 2ijc d2ijci1 I:31-47,48-63,116-141 1me5 d1me5b_ B:3-11,14-28,147-175 1me5 d1me5a_ A:3-11,14-27,147-175 1gu9 d1gu9k_ K:3-11,14-27,147-175 1gu9 d1gu9i_ I:3-11,14-27,147-175 1knc d1kncb_ B:3-10,14-27,147-175 1gu9 d1gu9e_ E:3-11,14-28,147-175 1knc d1kncc_ C:3-11,14-27,147-175 1knc d1knca_ A:2-11,14-27,147-175 1gu9 d1gu9b_ B:3-11,14-27,147-175 1lw1 d1lw1b_ B:3-10,14-27,147-175 1lw1 d1lw1c_ C:3-11,14-27,147-174 1gu9 d1gu9j_ J:4-11,14-27,147-175 1lw1 d1lw1a_ A:3-10,14-27,147-175 1lw1 d1lw1a_ A:31-47,48-60,147-175 2af7 d2af7h1 H:2-16,15-30,30-49 1me5 d1me5b_ B:31-47,48-60,147-175 1gu9 d1gu9k_ K:31-47,48-60,147-175 1lw1 d1lw1b_ B:31-47,48-60,147-175 1gu9 d1gu9b_ B:31-47,48-60,147-175 2af7 d2af7a1 A:1-16,15-26,30-49 1gu9 d1gu9i_ I:31-47,48-63,147-175 1gu9 d1gu9e_ E:31-47,48-63,147-175 1gu9 d1gu9d_ D:31-47,48-63,147-175 1gu9 d1gu9j_ J:31-47,48-63,147-175 1gu9 d1gu9a_ A:31-47,48-60,147-175 1me5 d1me5a_ A:31-47,48-64,147-175 1gu9 d1gu9h_ H:31-47,48-63,147-175 1knc d1kncc_ C:31-47,48-60,147-175 1knc d1knca_ A:31-47,48-60,147-175 2af7 d2af7g1 G:2-16,15-26,69-84 1lw1 d1lw1c_ C:31-47,48-60,147-174 1knc d1kncb_ B:31-47,48-59,147-175 2prr d2prra1 A:38-48,47-64,154-179 2prr d2prrh1 H:38-48,47-64,154-179 2prr d2prrg1 G:38-48,47-64,154-179 2prr d2prrc1 C:38-48,47-64,154-179 2af7 d2af7g1 G:2-16,15-26,30-48 2prr d2prrj1 J:38-48,47-64,154-179 2prr d2prrl1 L:38-48,47-64,154-179 2prr d2prrd1 D:38-48,47-64,154-179 2prr d2prrb1 B:38-48,47-64,154-179 2prr d2prre1 E:38-48,47-64,154-179 2prr d2prri1 I:38-48,47-64,154-179 2prr d2prrk1 K:38-48,47-64,154-179 2prr d2prrf1 F:38-48,47-64,154-179 2af7 d2af7b1 B:4-16,15-31,69-84 2af7 d2af7i1 I:3-16,15-31,69-84 2af7 d2af7e1 E:1-16,15-26,69-84 2af7 d2af7c1 C:2-16,15-28,30-49 2af7 d2af7a1 A:1-16,15-26,69-84 2af7 d2af7f1 F:3-16,15-31,69-84 2af7 d2af7c1 C:2-16,15-28,69-84 2af7 d2af7h1 H:2-16,15-30,69-84 2q0t d2q0tc1 C:25-36,35-53,235-254 2q0t d2q0tb1 B:25-36,35-53,235-254 2q0t d2q0ta1 A:25-36,35-53,235-254 64. a.94.1 Ribosomal protein L19 (L19e) Ribosomal protein L19 (L19e) multihelical; consists of two different 3-helical domains connected by a long, partly helical linker 3ccj d3ccjp1 P:89-112,115-129,133-143 3ccm d3ccmp1 P:89-112,115-129,133-143 3cd6 d3cd6p1 P:89-112,115-129,133-143 1vqm d1vqmp1 P:89-112,115-129,133-143 1q7y d1q7yq_ Q:89-112,115-129,133-143 1vql d1vqlp1 P:89-112,115-129,133-143 3cma d3cmap1 P:89-112,115-129,133-143 3ccr d3ccrp1 P:89-112,115-129,133-143 1vqp d1vqpp1 P:89-112,115-129,133-143 3cme d3cmep1 P:89-112,115-129,133-143 1yjn d1yjnp1 P:89-112,115-129,133-143 1vq9 d1vq9p1 P:89-112,115-129,133-143 1vqk d1vqkp1 P:89-112,115-129,133-143 1vqn d1vqnp1 P:89-112,115-129,133-143 3cc4 d3cc4p1 P:89-112,115-129,133-143 3cc2 d3cc2p1 P:89-112,115-129,133-143 1vq7 d1vq7p1 P:89-112,115-129,133-143 1vqo d1vqop1 P:89-112,115-129,133-143 1vq6 d1vq6p1 P:89-112,115-129,133-143 3ccs d3ccsp1 P:89-112,115-129,133-143 3ccu d3ccup1 P:89-112,115-129,133-143 3ccv d3ccvp1 P:89-112,115-129,133-143 1qvg d1qvgo_ O:89-112,115-129,133-143 3ccl d3cclp1 P:89-112,115-129,133-143 3cc7 d3cc7p1 P:89-112,115-129,133-143 1k9m d1k9mq_ Q:89-112,115-129,133-143 1vq8 d1vq8p1 P:89-112,115-129,133-143 2otl d2otlp1 P:89-112,115-129,133-143 3ccq d3ccqp1 P:89-112,115-129,133-143 1m1k d1m1kq_ Q:89-112,115-129,133-143 2otj d2otjp1 P:89-112,115-129,133-143 1yjw d1yjwp1 P:89-112,115-129,133-143 1yit d1yitp1 P:89-112,115-129,133-143 1vq5 d1vq5p1 P:89-112,115-129,133-143 1s72 d1s72p_ P:89-112,115-129,133-143 1qvf d1qvfo_ O:89-112,115-129,133-143 1k8a d1k8aq_ Q:89-112,115-129,133-143 1kd1 d1kd1q_ Q:89-112,115-129,133-143 1kc8 d1kc8q_ Q:89-112,115-129,133-143 1m90 d1m90q_ Q:89-112,115-129,133-143 1nji d1njiq_ Q:89-112,115-129,133-143 1q81 d1q81q_ Q:89-112,115-129,133-143 1jj2 d1jj2o_ O:89-112,115-129,133-143 3cce d3ccep1 P:89-112,115-129,133-143 1k73 d1k73q_ Q:89-112,115-129,133-143 1yj9 d1yj9p1 P:89-112,115-129,133-143 1q86 d1q86q_ Q:89-112,115-129,133-143 1yi2 d1yi2p1 P:89-112,115-129,133-143 1q82 d1q82q_ Q:89-112,115-129,133-143 3cpw d3cpwo1 O:89-112,115-129,133-143 1n8r d1n8rq_ Q:89-112,115-129,133-143 1yij d1yijp1 P:89-112,115-129,133-143 1vq4 d1vq4p1 P:89-112,115-129,133-143 1kqs d1kqso_ O:89-112,115-129,133-143 1yhq d1yhqp1 P:89-112,115-129,133-143 1ffk d1ffkm_ M:89-112,115-129,133-143 2qex d2qexp1 P:89-112,115-129,133-143 2qa4 d2qa4p1 P:89-112,115-129,133-143 65. a.4.14 KorB DNA-binding domain-like contains HTH motif in the common core; also contains extra N-terminal helix and C-terminal subdomain of 4 helices (left-handed superhelix) ! DNA/RNA-binding 3-helical bundle core: 3-helices; bundle, closed or partly opened, right-handed twist; up-and down 1vz0 d1vz0c1 C:174-185,185-200,202-211 1vz0 d1vz0e1 E:174-185,185-200,202-213 1vz0 d1vz0b1 B:161-171,174-185,185-200 1vz0 d1vz0e1 E:161-171,174-185,185-200 1vz0 d1vz0c1 C:161-171,174-185,185-200 1vz0 d1vz0d1 D:161-171,174-185,185-200 1vz0 d1vz0f1 F:161-171,174-185,185-200 1vz0 d1vz0h1 H:161-171,174-185,185-200 1vz0 d1vz0a1 A:161-171,174-185,185-200 1r71 d1r71a_ A:209-224,223-234,239-252 1r71 d1r71b_ B:209-224,223-234,239-252 1vz0 d1vz0b1 B:174-185,185-200,202-214 1r71 d1r71c_ C:209-224,223-234,239-251 1r71 d1r71d_ D:209-224,223-234,239-252 1vz0 d1vz0f1 F:174-185,185-200,202-210 1vz0 d1vz0g1 G:161-171,174-185,185-208 1r71 d1r71c_ C:195-205,209-224,223-234 1vz0 d1vz0d1 D:174-185,185-200,202-214 1vz0 d1vz0h1 H:174-185,185-200,202-209 1r71 d1r71a_ A:195-205,209-224,223-234 1vz0 d1vz0c1 C:147-161,161-171,174-185 1r71 d1r71b_ B:195-205,209-224,223-234 1vz0 d1vz0b1 B:147-161,161-171,174-185 1vz0 d1vz0e1 E:147-161,161-171,174-185 1vz0 d1vz0d1 D:147-161,161-171,174-185 1vz0 d1vz0a1 A:147-161,161-171,174-185 1r71 d1r71d_ D:195-205,209-224,223-234 1vz0 d1vz0h1 H:147-161,161-171,174-185 1vz0 d1vz0g1 G:147-161,161-171,174-185 1vz0 d1vz0f1 F:147-161,161-171,174-185 1r71 d1r71c_ C:181-194,195-205,209-224 1r71 d1r71a_ A:181-194,195-205,209-224 1r71 d1r71d_ D:181-194,195-205,209-224 1r71 d1r71b_ B:181-194,195-205,209-224 66. a.24.10 Histidine-containing phosphotransfer domain, HPT domain contains additional, fifth helix at the N-terminus ! Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1sr2 d1sr2a_ A:833-852,853-870,871-890 1a0b d1a0ba_ A:706-725,726-739,747-759 2a0b d2a0ba_ A:706-725,726-739,747-759 1bdj d1bdjb_ B:706-725,726-739,743-759 1i5n d1i5nc_ C:59-79,84-108,112-129 1i5n d1i5na_ A:59-79,84-108,112-131 1fr0 d1fr0a_ A:708-727,728-741,743-761 1i5n d1i5nc_ C:36-58,59-79,84-108 1i5n d1i5nd_ D:36-58,59-79,84-108 1i5n d1i5na_ A:36-58,59-79,84-108 1i5n d1i5nb_ B:37-58,59-79,84-108 1tqg d1tqga_ A:33-55,56-76,81-104 1wn0 d1wn0b1 B:71-90,91-108,109-138 1i5n d1i5nb_ B:59-79,84-108,112-131 1wn0 d1wn0a1 A:71-90,91-108,109-139 1c03 d1c03d_ D:55-74,75-91,132-164 1c03 d1c03b_ B:55-74,75-91,132-164 1c03 d1c03a_ A:55-74,75-91,132-164 1c03 d1c03c_ C:55-74,75-91,132-164 1oxb d1oxba_ A:55-74,75-91,132-164 1oxk d1oxkg_ G:55-74,75-91,132-164 1oxk d1oxke_ E:55-74,75-91,132-164 1oxk d1oxkc_ C:55-74,75-91,132-164 1oxk d1oxki_ I:55-74,75-91,132-164 1qsp d1qspa_ A:55-74,75-91,132-164 1c02 d1c02b_ B:55-74,75-91,132-164 1oxk d1oxkk_ K:55-74,75-91,132-164 1qsp d1qspb_ B:55-74,75-91,132-164 1oxk d1oxka_ A:55-74,75-91,132-164 1c02 d1c02a_ A:55-74,75-91,132-164 2r25 d2r25a1 A:55-74,75-91,132-164 1y6d d1y6da_ A:58-69,68-83,93-114 1wn0 d1wn0d1 D:71-90,91-108,109-142 2q4f d2q4fb1 B:71-90,91-108,109-142 1i5n d1i5nd_ D:59-79,84-108,112-133 1wn0 d1wn0c1 C:71-90,91-108,109-142 1yvi d1yvib1 B:71-90,91-108,109-142 2q4f d2q4fa1 A:71-90,91-108,109-143 1yvi d1yvia1 A:71-90,91-108,109-143 1y6d d1y6da_ A:46-59,68-83,93-114 2ooc d2ooca1 A:48-66,67-80,83-111 2ooc d2oocb1 B:48-66,67-80,83-112 1oxb d1oxba_ A:98-106,108-116,132-164 2r25 d2r25a1 A:98-106,108-115,132-164 1c02 d1c02b_ B:98-106,108-115,132-164 1qsp d1qspb_ B:98-106,108-115,132-164 1qsp d1qspa_ A:98-106,108-115,132-164 1c02 d1c02a_ A:98-106,108-115,132-164 1a0b d1a0ba_ A:706-725,726-739,758-774 2a0b d2a0ba_ A:706-725,726-739,758-774 68. a.11.2 Second domain of FERM Acyl-CoA binding protein-like core: 3 helices; bundle, closed, left-handed twist; up-and-down 1sgh d1sgha1 A:95-113,118-135,183-198 2hrj d2hrja1 A:20-38,43-60,102-119 2yvc d2yvcc1 C:95-113,118-135,183-198 1gg3 d1gg3a1 A:89-107,112-129,169-184 1mk7 d1mk7d1 D:209-226,231-248,290-306 1y19 d1y19l1 L:209-226,231-248,290-306 1mk9 d1mk9f1 F:209-226,231-248,290-306 1y19 d1y19j1 J:209-226,231-248,290-306 1gg3 d1gg3b1 B:89-107,112-129,169-184 1mk9 d1mk9d1 D:209-226,231-248,290-306 1mk9 d1mk9h1 H:209-226,231-248,290-306 1mk9 d1mk9b1 B:209-226,231-248,290-306 1y19 d1y19d1 D:209-226,231-248,290-306 1mk7 d1mk7b1 B:209-226,231-248,290-306 1ef1 d1ef1a1 A:95-113,118-135,183-198 1ef1 d1ef1b1 B:95-113,118-135,183-198 2d11 d2d11d1 D:95-113,118-135,183-198 1y19 d1y19b1 B:209-226,231-248,290-305 2zpy d2zpya1 A:95-113,118-135,183-198 1y19 d1y19f1 F:209-226,231-248,290-305 2ems d2emsa1 A:95-113,118-135,183-198 1gc6 d1gc6a1 A:95-113,118-135,183-198 1y19 d1y19h1 H:209-226,231-248,290-305 2emt d2emtb1 B:95-113,118-135,183-198 2d11 d2d11b1 B:95-113,118-135,183-198 2yvc d2yvca1 A:95-113,118-135,183-198 2d10 d2d10c1 C:95-113,118-135,183-198 2yvc d2yvcb1 B:95-113,118-135,183-199 1gg3 d1gg3c1 C:89-107,112-129,169-184 2d10 d2d10a1 A:95-113,118-135,183-199 1miz d1mizb1 B:208-226,231-248,290-306 2d10 d2d10d1 D:95-113,118-135,183-198 2emt d2emta1 A:95-113,118-135,183-198 2d11 d2d11a1 A:95-113,118-135,183-199 1ni2 d1ni2a1 A:95-113,118-135,183-198 1j19 d1j19a1 A:95-113,118-135,183-199 1isn d1isna1 A:111-129,134-151,199-214 1ni2 d1ni2b1 B:95-113,118-135,183-198 1e5w d1e5wa1 A:95-113,118-135,183-198 2d2q d2d2qa1 A:95-113,118-135,183-198 2d11 d2d11c1 C:95-113,118-135,183-199 2d2q d2d2qb1 B:95-113,118-135,183-198 2aeh d2aeha1 A:140-160,164-181,235-252 1mix d1mixa1 A:208-226,231-248,290-306 2d10 d2d10b1 B:95-113,118-135,183-199 1h4r d1h4ra1 A:111-129,134-151,199-215 2j0m d2j0ma1 A:140-160,164-181,235-251 1h4r d1h4rb1 B:111-129,134-151,199-215 1gc7 d1gc7a1 A:95-113,118-135,183-199 2al6 d2al6b1 B:140-160,164-181,235-248 2al6 d2al6a1 A:140-160,164-181,235-248 2aeh d2aehb1 B:140-159,164-181,235-248 69. a.132.1 Heme oxygenase-like duplication: contains two structural repeats of 3-helical motif ! Heme oxygenase-like multihelical; bundle 1rcw d1rcwb_ B:53-65,67-83,176-193 1rcw d1rcwa_ A:53-65,67-83,176-193 1rcw d1rcwc_ C:53-65,67-83,176-193 1xk0 d1xk0a1 A:43-69,84-98,162-169 1xk1 d1xk1a1 A:43-69,84-98,162-169 1s8c d1s8cb_ B:43-69,84-98,162-169 1ni6 d1ni6d_ D:43-69,84-98,162-169 1rcw d1rcwa_ A:7-20,176-193,196-219 1oyk d1oykb_ B:43-69,84-98,162-169 1irm d1irmb_ B:42-69,84-98,161-169 1rcw d1rcwc_ C:7-20,176-193,196-219 1rcw d1rcwb_ B:7-20,176-193,196-220 1we1 d1we1c_ C:35-63,75-89,150-158 1oyk d1oyka_ A:43-69,84-98,161-169 1otv d1otvb_ B:8-23,186-199,200-232 1otv d1otva_ A:8-23,186-199,200-232 1z72 d1z72a1 A:43-72,74-104,162-173 1z72 d1z72b1 B:43-72,74-104,162-173 2a6b d2a6ba1 A:43-72,74-104,162-173 1wox d1woxa1 A:62-70,98-116,115-132 1t5p d1t5pa_ A:43-71,84-98,161-169 1wow d1wowb1 B:62-70,98-116,115-132 1wov d1wovb1 B:62-70,98-116,115-132 1wox d1woxb1 B:62-70,98-116,115-132 1wow d1wowa1 A:62-70,98-116,115-132 2f2g d2f2gb1 B:36-55,71-100,158-170 1wov d1wova1 A:62-70,98-116,115-132 2gm7 d2gm7d1 D:32-43,63-93,154-166 2gm7 d2gm7c1 C:32-43,63-93,154-166 2gm7 d2gm7b1 B:32-61,63-93,154-166 2gm7 d2gm7a1 A:32-43,63-93,154-166 1otw d1otwa_ A:8-23,169-199,200-232 1otw d1otwb_ B:8-23,169-199,200-232 2gm8 d2gm8c1 C:32-61,63-93,154-166 2gm8 d2gm8a1 A:32-61,63-93,154-166 1p3v d1p3va_ A:19-34,38-57,166-193 2gm8 d2gm8a1 A:0-11,166-184,186-211 2gm7 d2gm7d1 D:0-11,166-184,186-211 1udd d1udda_ A:35-46,65-95,156-168 2gm8 d2gm8b1 B:32-61,63-93,154-166 2gm8 d2gm8d1 D:1-11,166-184,186-211 1udd d1uddc_ C:35-46,65-95,156-168 2gm8 d2gm8c1 C:1-11,166-184,186-211 2gm8 d2gm8b1 B:1-11,166-184,186-211 2gm7 d2gm7b1 B:1-11,166-184,186-211 2gm7 d2gm7a1 A:1-11,166-184,186-211 1p3u d1p3ua_ A:19-34,38-62,166-193 1yak d1yakc1 C:33-62,64-94,153-165 1j77 d1j77a_ A:19-34,38-62,166-193 1yak d1yakb1 B:33-62,64-94,153-165 1p3t d1p3ta_ A:19-34,38-62,166-193 2q4x d2q4xa1 A:37-69,71-100,161-170 1udd d1uddd_ D:35-46,65-95,156-168 1udd d1uddb_ B:35-46,65-95,156-168 2gm7 d2gm7c1 C:1-11,166-184,186-211 2gm8 d2gm8d1 D:32-61,63-93,154-166 1yak d1yaka1 A:33-62,64-94,153-165 1tyh d1tyhe_ E:33-62,64-94,153-165 1to9 d1to9b_ B:33-62,64-94,153-165 1yak d1yakd1 D:33-62,64-94,153-165 1yaf d1yafd1 D:33-62,64-94,153-165 1tyh d1tyha_ A:33-62,64-94,153-165 1rtw d1rtwb_ B:1-11,158-180,180-207 1yaf d1yafa1 A:33-62,64-94,153-165 1rtw d1rtwc_ C:1-11,158-180,180-207 1tyh d1tyhb_ B:33-62,64-94,153-165 1tyh d1tyhd_ D:33-62,64-94,153-165 1to9 d1to9a_ A:2-12,165-186,187-215 1rtw d1rtwa_ A:32-61,62-91,149-158 1udd d1uddc_ C:4-14,168-186,189-214 1yak d1yakd1 D:2-12,165-186,187-215 1yak d1yaka1 A:2-12,165-186,187-215 1udd d1udda_ A:4-14,168-186,189-214 1yaf d1yafc1 C:33-62,64-94,153-165 1z72 d1z72a1 A:11-22,174-193,197-220 1rtw d1rtwd_ D:1-11,158-180,180-206 1sk7 d1sk7a_ A:22-37,41-65,171-198 1yaf d1yafb1 B:33-62,64-94,153-165 2q4x d2q4xb1 B:36-55,71-100,161-170 1tyh d1tyhe_ E:2-12,165-186,187-215 1rtw d1rtwc_ C:32-61,62-91,149-158 1yaf d1yafc1 C:2-12,165-186,187-215 1yaf d1yafd1 D:2-12,165-186,187-215 1yaf d1yafb1 B:2-12,165-186,187-215 1yaf d1yafa1 A:2-12,165-186,187-215 1to9 d1to9a_ A:33-62,64-94,153-166 2f2g d2f2ga1 A:5-15,170-191,192-218 1to9 d1to9b_ B:2-12,165-186,187-215 1tyh d1tyhb_ B:2-12,165-186,187-215 1tyh d1tyhd_ D:2-12,165-186,187-215 1rtw d1rtwb_ B:32-61,62-91,149-158 1rtw d1rtwd_ D:32-61,62-91,149-158 1rtw d1rtwa_ A:1-11,158-180,180-206 2f2g d2f2ga1 A:36-55,71-100,161-170 1yak d1yakb1 B:2-12,165-186,187-215 1tyh d1tyha_ A:2-12,165-186,187-215 1wox d1woxa1 A:34-60,62-70,98-116 1yak d1yakc1 C:3-12,165-186,187-215 1wow d1wowa1 A:34-60,62-70,98-116 1wow d1wowb1 B:34-60,62-70,98-116 1wov d1wovb1 B:34-60,62-70,98-116 1wox d1woxb1 B:34-60,62-70,98-116 2q4x d2q4xa1 A:5-15,170-191,192-218 1wov d1wova1 A:34-60,62-70,98-116 1otw d1otwa_ A:27-36,39-69,200-232 2f2g d2f2gb1 B:5-15,170-191,192-219 2q4x d2q4xb1 B:5-15,170-191,192-219 1otv d1otva_ A:27-36,39-69,200-232 1wwm d1wwma1 A:27-39,57-82,133-145 1otv d1otvb_ B:27-36,39-69,200-232 1vgi d1vgia_ A:31-40,43-69,192-222 1rcw d1rcwb_ 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B:26-35,38-67,186-213 1v8x d1v8xc_ C:626-635,638-667,786-813 1s13 d1s13b_ B:31-40,43-69,192-223 1ix4 d1ix4a_ A:31-40,43-69,192-222 1ulx d1ulxa_ A:31-40,43-69,192-222 1wzf d1wzfb1 B:26-35,38-67,186-213 1wzg d1wzga1 A:26-35,38-67,186-213 1ni6 d1ni6c_ C:31-40,43-69,192-223 1wzd d1wzda1 A:26-35,38-67,186-213 1oyk d1oykb_ B:31-40,43-69,192-223 1wzf d1wzfa1 A:26-35,38-67,186-213 1oze d1ozeb_ B:31-40,43-69,192-223 1oyl d1oyla_ A:31-40,43-69,192-223 1xk0 d1xk0a1 A:31-40,43-69,192-223 1iw1 d1iw1a_ A:26-35,38-67,186-213 2z68 d2z68a1 A:26-35,38-67,186-213 1ozw d1ozwb_ B:31-40,43-71,192-223 1xk0 d1xk0b1 B:31-40,43-71,192-223 1ozl d1ozlb_ B:31-40,43-71,192-223 1ni6 d1ni6b_ B:31-40,43-69,192-223 1s8c d1s8cd_ D:31-40,43-71,192-223 3czy d3czya1 A:31-40,43-71,192-223 1xjz d1xjzb1 B:31-40,43-71,192-223 3czy d3czyb1 B:31-40,43-71,192-223 1xk1 d1xk1a1 A:31-40,43-69,192-223 1xk3 d1xk3a_ A:31-40,43-69,192-223 1ozr d1ozrb_ B:31-40,43-71,192-223 1s8c d1s8ca_ A:31-40,43-71,192-223 1oze d1ozea_ A:31-40,43-69,192-223 1xjz d1xjza1 A:31-40,43-69,192-223 1ozr d1ozra_ A:31-40,43-69,192-223 1twr d1twrb1 B:31-40,43-71,192-223 1oyl d1oylb_ B:31-40,43-71,192-223 1n45 d1n45a_ A:31-40,43-71,192-223 1dvg d1dvgb_ B:31-40,43-69,192-223 1xk2 d1xk2a_ A:31-40,43-69,192-223 1s13 d1s13a_ A:31-40,43-69,192-223 1twn d1twna1 A:31-40,43-69,192-223 1n3u d1n3ub_ B:31-40,43-71,192-223 1xk2 d1xk2b_ B:31-40,43-71,192-223 1rtw d1rtwd_ D:20-29,32-61,180-206 1n3u d1n3ua_ A:31-40,43-71,192-223 1ozw d1ozwa_ A:31-40,43-71,192-223 1ozl d1ozla_ A:31-40,43-71,192-223 1ni6 d1ni6a_ A:31-40,43-71,192-224 1s8c d1s8cc_ C:31-40,43-71,192-223 1wox d1woxb1 B:3-22,163-182,184-218 1wox d1woxb1 B:22-31,34-60,184-218 1dvg d1dvga_ A:31-40,43-69,192-223 1twr d1twra1 A:31-40,43-71,192-223 1s8c d1s8cb_ B:31-40,43-69,192-223 1wox d1woxa1 A:22-31,34-60,184-218 1rtw d1rtwa_ A:20-29,32-61,180-206 1wow d1wowa1 A:22-31,34-60,184-218 1wow d1wowb1 B:22-31,34-60,184-218 1wov d1wovb1 B:22-31,34-60,184-218 1otw d1otwb_ B:39-69,92-105,169-199 1wov d1wova1 A:22-31,34-60,184-218 1otw d1otwa_ A:39-69,92-105,169-199 1z72 d1z72a1 A:43-72,74-104,174-193 1z72 d1z72b1 B:43-72,74-104,174-193 1t5p d1t5pa_ A:12-27,174-190,192-223 2q4x d2q4xa1 A:37-69,71-100,170-191 1n45 d1n45a_ A:12-31,174-190,192-223 1xk2 d1xk2a_ A:12-31,174-190,192-223 1ozw d1ozwa_ A:12-31,174-190,192-223 1ozl d1ozla_ A:12-31,174-190,192-223 2a6b d2a6ba1 A:43-72,74-104,174-195 1we1 d1we1a_ A:23-32,35-61,206-223 1we1 d1we1d_ D:23-32,35-61,206-223 1we1 d1we1b_ B:23-32,35-61,206-223 70. a.174.1 Double Clp-N motif duplication: contains two structural repeats of 4-helical motif ! Double Clp-N motif multihelical; array 1mbv d1mbva_ A:26-37,50-66,118-128 1k6k d1k6ka_ A:26-38,50-66,118-128 1r6b d1r6bx1 X:26-38,50-66,118-128 1ksf d1ksfx1 X:26-38,50-66,118-128 1r6c d1r6cx1 X:26-38,50-66,118-128 1r6o d1r6oa1 A:26-38,50-66,118-128 1r6q d1r6qa1 A:26-38,50-66,118-128 1mbx d1mbxa_ A:26-38,50-66,118-128 1mg9 d1mg9b_ B:3-21,26-38,50-66 1mbu d1mbua_ A:26-38,50-66,118-128 1r6o d1r6ob1 B:3-21,26-38,50-66 1mbx d1mbxb_ B:26-38,50-66,118-128 1r6o d1r6ob1 B:26-38,50-66,118-128 1mbu d1mbub_ B:26-38,50-66,118-128 1lzw d1lzwb_ B:94-112,117-129,141-157 1lzw d1lzwb_ B:117-129,141-157,209-219 1r6q d1r6qb1 B:26-38,50-66,118-128 1mg9 d1mg9b_ B:26-38,50-66,118-128 1khy d1khyc_ C:30-41,56-72,120-130 1khy d1khyb_ B:30-41,56-71,120-130 1khy d1khya_ A:30-41,56-71,120-130 1khy d1khyd_ D:30-41,56-71,120-130 1khy d1khyb_ B:7-25,30-41,56-71 1khy d1khyd_ D:7-25,30-41,56-71 1qvr d1qvrb1 B:84-102,107-120,124-137 1khy d1khya_ A:7-25,30-41,56-71 1khy d1khyb_ B:84-102,107-119,132-142 1khy d1khyd_ D:84-102,107-119,132-143 1khy d1khya_ A:84-102,107-119,132-142 1r6o d1r6oa1 A:81-99,104-116,130-141 1mbx d1mbxa_ A:81-99,104-116,130-141 1r6q d1r6qa1 A:81-99,104-116,130-141 1mbu d1mbua_ A:81-99,104-116,130-141 1qvr d1qvra1 A:84-102,107-120,124-136 1qvr d1qvrc1 C:7-25,84-102,107-120 1qvr d1qvra1 A:7-25,84-102,107-120 1r6b d1r6bx1 X:3-21,81-99,104-116 1qvr d1qvrb1 B:7-25,84-102,107-120 1ksf d1ksfx1 X:3-21,81-99,104-116 1ksf d1ksfx1 X:37-48,50-66,118-128 1mg9 d1mg9b_ B:3-21,81-99,104-116 1qvr d1qvrc1 C:84-102,107-120,123-136 1khy d1khyb_ B:44-54,56-71,120-130 1r6b d1r6bx1 X:37-48,50-66,118-128 1mbx d1mbxb_ B:3-21,81-99,104-116 1r6q d1r6qa1 A:37-48,50-66,118-128 1mbu d1mbub_ B:37-48,50-66,118-128 1r6o d1r6ob1 B:3-21,81-99,104-116 1r6o d1r6oa1 A:37-48,50-66,118-128 1mbu d1mbua_ A:37-48,50-66,118-128 1lzw d1lzwb_ B:128-139,141-157,209-219 1r6o d1r6ob1 B:37-48,50-66,118-128 1khy d1khyc_ C:44-54,56-72,120-130 1mbx d1mbxb_ B:37-48,50-66,118-128 1mg9 d1mg9b_ B:37-48,50-66,118-128 1mbx d1mbxa_ A:37-48,50-66,118-128 1r6q d1r6qb1 B:37-48,50-66,118-128 1khy d1khyd_ D:44-54,56-71,120-130 1khy d1khya_ A:44-54,56-71,120-130 1mbu d1mbub_ B:3-21,81-99,104-116 1mbv d1mbva_ A:37-48,50-66,118-128 1r6q d1r6qb1 B:3-21,81-99,104-116 1lzw d1lzwb_ B:94-112,172-190,195-207 1r6c d1r6cx1 X:37-48,50-66,118-128 1k6k d1k6ka_ A:37-48,50-66,118-128 1mbv d1mbva_ A:3-21,81-99,104-116 1mbu d1mbua_ A:3-21,81-99,104-116 1r6q d1r6qa1 A:3-21,81-99,104-116 1mbx d1mbxa_ A:3-21,81-99,104-116 1r6c d1r6cx1 X:3-21,81-99,104-116 1r6o d1r6oa1 A:3-21,81-99,104-116 1k6k d1k6ka_ A:3-21,81-98,104-116 1khy d1khyd_ D:7-25,84-102,107-119 1khy d1khya_ A:7-25,84-102,107-119 1khy d1khyb_ B:7-25,84-102,107-119 1khy d1khyc_ C:7-25,84-102,107-119 1qvr d1qvra1 A:7-25,30-40,246-262 1qvr d1qvrb1 B:7-25,30-40,246-262 71. c.7.1 PFL-like glycyl radical enzymes duplication: the N- and C-terminal halves have similar topologies ! PFL-like glycyl radical enzymes contains: barrel, closed; n=10, S=10; accommodates a hairpin loop inside the barrel 1l1l d1l1lb_ B:145-160,223-240,297-314 1l1l d1l1lc_ C:145-160,223-240,297-314 1l1l d1l1ld_ D:145-160,223-240,297-314 1l1l d1l1la_ A:145-160,223-240,297-314 1l1l d1l1la_ A:47-63,71-92,435-453 1l1l d1l1ld_ D:47-63,71-92,435-453 1l1l d1l1lb_ B:47-63,71-92,435-453 1l1l d1l1lc_ C:47-63,71-92,435-453 1l1l d1l1ld_ D:8-20,47-63,71-92 1l1l d1l1lc_ C:8-20,47-63,71-92 1l1l d1l1lb_ B:8-20,47-63,71-92 1l1l d1l1la_ A:8-20,47-63,71-92 1qhm d1qhmb_ B:2180-2188,2250-2270,2507-2515 1qhm d1qhma_ A:1180-1188,1250-1270,1507-1515 3pfl d3pfla_ A:180-188,250-269,507-515 3pfl d3pflb_ B:180-188,250-269,507-515 1h16 d1h16a_ A:180-188,250-270,507-515 1cm5 d1cm5b_ B:180-188,250-270,507-515 1cm5 d1cm5a_ A:180-188,250-270,507-515 1h18 d1h18b_ B:180-188,250-270,507-515 1h17 d1h17a_ A:180-188,250-270,507-515 2pfl d2pflb_ B:180-188,250-270,507-515 2pfl d2pfla_ A:180-188,250-270,507-515 1h18 d1h18a_ A:180-188,250-270,507-515 1mzo d1mzoa_ A:180-188,250-270,507-515 1mzo d1mzob_ B:180-188,250-270,507-515 1l1l d1l1ld_ D:24-36,581-591,708-721 1l1l d1l1lb_ B:24-36,581-591,708-721 1l1l d1l1lc_ C:24-36,581-591,708-721 1rlr d1rlra2 A:534-563,584-592,674-689 7r1r d7r1rb2 B:534-563,584-592,674-689 1r1r d1r1ra2 A:534-563,584-592,674-689 1r1r d1r1rb2 B:534-563,584-592,674-689 7r1r d7r1ra2 A:534-563,584-592,674-689 1r1r d1r1rc2 C:534-563,584-592,674-689 4r1r d4r1rc2 C:534-563,584-592,674-689 4r1r d4r1rb2 B:534-563,584-592,674-689 2r1r d2r1rb2 B:534-563,584-592,674-689 4r1r d4r1ra2 A:534-563,584-592,674-689 2r1r d2r1ra2 A:534-563,584-592,674-689 7r1r d7r1rc2 C:534-563,584-592,674-689 2r1r d2r1rc2 C:534-563,584-592,674-689 3r1r d3r1rc2 C:534-563,584-592,674-689 3r1r d3r1ra2 A:534-563,584-592,674-689 3r1r d3r1rb2 B:534-563,584-592,674-689 6r1r d6r1rc2 C:534-563,584-592,674-689 6r1r d6r1ra2 A:534-563,584-592,674-689 6r1r d6r1rb2 B:534-563,584-592,674-689 5r1r d5r1rb2 B:534-563,584-592,674-689 1l1l d1l1la_ A:24-36,581-591,708-721 5r1r d5r1rc2 C:534-563,584-592,674-689 5r1r d5r1ra2 A:534-563,584-592,674-689 1qhm d1qhma_ A:1188-1210,1212-1241,1507-1515 1qhm d1qhmb_ B:2188-2210,2212-2241,2507-2515 1r8w d1r8wb_ B:176-192,195-233,519-527 1r8w d1r8wa_ A:176-192,195-233,519-527 1r9e d1r9eb_ B:176-192,195-233,519-527 1r9d d1r9da_ A:176-192,195-233,519-527 1r9e d1r9ea_ A:176-192,195-233,519-527 1r9d d1r9db_ B:176-192,195-234,519-527 1h17 d1h17a_ A:188-210,212-241,250-270 1cm5 d1cm5b_ B:188-210,212-241,250-270 1cm5 d1cm5a_ A:188-210,212-241,250-270 1h16 d1h16a_ A:188-210,212-241,250-270 1mzo d1mzoa_ A:188-210,212-241,250-270 1mzo d1mzob_ B:188-210,212-241,250-270 3pfl d3pfla_ A:188-210,212-241,250-269 1h18 d1h18a_ A:188-210,212-241,250-270 3pfl d3pflb_ B:188-210,212-241,250-269 1qhm d1qhmb_ B:2188-2210,2212-2241,2250-2270 1qhm d1qhma_ A:1188-1210,1212-1241,1250-1270 1h18 d1h18b_ B:188-210,212-241,250-270 2pfl d2pfla_ A:188-210,212-241,250-270 2pfl d2pflb_ B:188-210,212-241,250-270 73. c.122.1 L-sulfolactate dehydrogenase-like topological similarity to the domain 2 of TM1585 ! L-sulfolactate dehydrogenase-like core: 3 layers, a/b/a; mixed sheet of 7 strands, order 1237456; strands 1, 6 and 7 are antiparallel to the rest 1s20 d1s20f_ F:4-20,22-40,44-59 1s20 d1s20d_ D:4-20,22-40,44-59 1s20 d1s20g_ G:4-20,22-40,44-59 1s20 d1s20b_ B:4-20,22-40,44-59 1s20 d1s20h_ H:4-20,22-40,44-59 1s20 d1s20a_ A:4-20,22-40,44-59 1xrh d1xrhd_ D:6-22,24-42,47-61 1xrh d1xrhe_ E:6-22,24-42,47-61 1xrh d1xrhb_ B:6-22,24-42,47-61 1xrh d1xrhg_ G:6-22,24-42,47-61 1xrh d1xrhc_ C:6-22,24-42,47-61 1xrh d1xrhf_ F:6-22,24-42,47-61 1xrh d1xrha_ A:6-22,24-42,47-61 1xrh d1xrhh_ H:6-22,24-42,47-61 1s20 d1s20e_ E:4-20,22-40,48-59 1nxu d1nxua_ A:4-20,22-40,48-59 1s20 d1s20c_ C:4-20,22-40,48-59 1nxu d1nxub_ B:4-20,22-40,48-59 74. a.91.1 Regulator of G-protein signaling, RGS Regulator of G-protein signaling, RGS multihelical; consists of two all-alpha subdomains ! contains a 4-helical bundle with left-handed twist and up-and-down topology 1htj d1htjf_ F:336-352,353-370,465-484 1omw d1omwa1 A:97-120,125-139,142-159 1iap d1iapa_ A:71-87,88-105,211-230 1ezy d1ezya_ A:60-74,84-98,99-117 1fqk d1fqkb_ B:342-356,366-380,381-400 1ezt d1ezta_ A:60-74,84-98,99-117 1ym7 d1ym7b1 B:97-120,125-139,142-159 1fqi d1fqia_ A:342-356,366-380,381-401 1ym7 d1ym7d1 D:97-120,125-139,142-159 1ym7 d1ym7a1 A:97-120,125-139,142-159 1ym7 d1ym7c1 C:97-120,125-139,142-159 1htj d1htjf_ F:320-335,432-439,442-464 1fqj d1fqje_ E:342-356,366-380,381-401 1iap d1iapa_ A:88-105,115-126,131-147 1dk8 d1dk8a_ A:167-189,198-212,215-234 2ik8 d2ik8d1 D:106-123,133-147,148-166 1fqj d1fqjb_ B:306-321,322-338,383-400 1htj d1htjf_ F:353-370,380-394,396-409 1fqk d1fqkd_ D:339-356,366-380,381-400 1fqk d1fqkd_ D:306-321,322-338,381-400 1fqk d1fqkb_ B:306-321,322-338,381-400 1agr d1agre_ E:69-84,85-101,149-164 1fqi d1fqia_ A:306-321,322-338,381-401 1agr d1agrh_ H:69-84,85-101,149-164 1fqj d1fqje_ E:306-321,322-340,381-401 2ik8 d2ik8b1 B:72-87,88-105,150-168 2jm5 d2jm5a1 A:21-36,37-54,101-117 1emu d1emua_ A:167-186,198-212,215-234 1ym7 d1ym7a1 A:61-76,76-95,142-159 1ym7 d1ym7c1 C:61-76,76-95,142-159 1emu d1emua_ A:132-147,148-165,215-234 2bcj d2bcja1 A:97-120,125-139,144-159 1iap d1iapa_ A:55-70,168-180,182-205 1dk8 d1dk8a_ A:132-147,146-165,215-234 1ym7 d1ym7d1 D:61-76,168-184,525-542 2bcj d2bcja1 A:61-76,168-184,513-526 1ym7 d1ym7b1 B:61-76,168-184,513-526 1ym7 d1ym7c1 C:61-76,168-184,513-526 1ym7 d1ym7d1 D:61-76,168-184,513-526 1ym7 d1ym7a1 A:61-76,168-184,513-526 1ezy d1ezya_ A:23-38,39-56,99-117 2bcj d2bcja1 A:61-76,168-184,525-548 1ym7 d1ym7b1 B:61-76,168-184,525-548 1ym7 d1ym7a1 A:61-76,168-184,525-548 1omw d1omwa1 A:61-77,168-184,513-526 1ym7 d1ym7c1 C:61-76,168-184,525-548 1omw d1omwa1 A:61-77,168-184,525-548 2ik8 d2ik8b1 B:106-123,133-147,150-168 1cmz d1cmza_ A:131-149,158-169,175-191 1fqj d1fqjb_ B:339-356,366-380,383-400 2jm5 d2jm5a1 A:55-73,82-93,101-117 1agr d1agre_ E:103-118,130-144,149-164 1agr d1agrh_ H:103-118,130-144,149-164 75. a.126.1 Serum albumin-like Serum albumin-like multihelical; one domain consists of two similar disulfide-linked subdomains 1bm0 d1bm0a1 A:15-32,35-57,65-78 1hk2 d1hk2a1 A:15-32,35-57,65-76 1hk1 d1hk1a1 A:15-32,35-57,65-76 1hk3 d1hk3a1 A:15-32,35-57,65-76 1e7a d1e7ab1 B:15-32,35-57,65-78 1tf0 d1tf0a1 A:15-32,35-57,65-76 1e78 d1e78b1 B:15-32,35-57,65-78 1e7b d1e7bb1 B:15-32,35-57,65-78 1n5u d1n5ua3 A:517-537,540-561,564-584 1n5u d1n5ua1 A:15-32,35-57,65-77 1uor d1uora3 A:519-539,541-560,562-579 1gnj d1gnja1 A:65-78,84-94,94-106 1e7i d1e7ia1 A:15-32,35-57,65-77 1o9x d1o9xa1 A:65-78,84-94,94-106 1hk5 d1hk5a1 A:65-78,84-94,94-106 1e7f d1e7fa1 A:65-78,84-94,94-106 3b9l d3b9la2 A:517-537,540-561,563-584 1ha2 d1ha2a1 A:65-78,84-94,94-106 1hk4 d1hk4a1 A:65-78,84-94,94-106 1kxp d1kxpd2 D:227-244,247-268,272-290 2i30 d2i30a2 A:517-537,540-561,563-584 1bm0 d1bm0b1 B:65-81,84-94,94-106 1e7g d1e7ga1 A:65-78,84-94,94-106 1ao6 d1ao6b1 B:65-81,84-94,94-106 2bxp d2bxpa2 A:517-537,540-561,563-583 1gni d1gnia1 A:65-78,84-94,94-106 1ao6 d1ao6a1 A:65-81,84-94,94-106 1e7c d1e7ca1 A:65-78,84-94,94-106 1hk5 d1hk5a3 A:517-537,540-561,563-584 1bj5 d1bj5a1 A:65-78,84-94,94-106 1e78 d1e78a1 A:65-81,84-94,97-106 1kw2 d1kw2b2 B:227-244,247-268,272-290 1e7e d1e7ea3 A:517-537,540-561,563-584 2bxo d2bxoa2 A:517-537,540-561,563-584 1j78 d1j78a2 A:211-228,231-252,256-274 1j7e d1j7ea2 A:211-228,231-252,256-274 1e7b d1e7ba1 A:65-81,84-94,97-106 1e7a d1e7aa1 A:65-81,84-94,97-106 2bxm d2bxma2 A:517-537,540-561,563-584 1ha2 d1ha2a3 A:517-537,540-561,563-584 1bke d1bkea3 A:517-537,540-561,563-584 1bke d1bkea1 A:65-78,84-94,94-106 1bj5 d1bj5a3 A:517-537,540-561,563-584 1h9z d1h9za1 A:65-78,84-93,94-106 1e7e d1e7ea1 A:65-78,84-93,94-106 2bxk d2bxka2 A:517-537,540-561,563-584 1e7h d1e7ha1 A:65-78,84-94,94-106 1bm0 d1bm0b3 B:517-537,541-562,565-582 1e7c d1e7ca3 A:517-537,540-561,563-584 2bxq d2bxqa2 A:517-537,540-561,563-584 1e7g d1e7ga3 A:517-537,540-561,563-584 1hk4 d1hk4a3 A:517-537,540-561,563-584 1ma9 d1ma9a2 A:211-228,231-252,254-274 1gnj d1gnja3 A:517-537,540-561,563-584 2vdb d2vdba2 A:517-537,540-562,563-584 2bxn d2bxna2 A:517-537,540-562,563-584 1e7f d1e7fa3 A:517-537,540-562,563-584 1e7h d1e7ha3 A:517-537,540-561,563-583 1h9z d1h9za3 A:517-537,540-561,563-584 2bxe d2bxea2 A:517-537,540-561,564-582 2bxi d2bxia2 A:517-537,540-561,563-584 1gni d1gnia3 A:517-537,540-561,563-584 1kw2 d1kw2a2 A:227-244,247-268,270-290 2bxl d2bxla2 A:517-537,540-561,563-583 2bxa d2bxaa2 A:517-537,540-561,564-582 1j78 d1j78b2 B:211-228,231-252,254-274 2bxb d2bxba2 A:517-537,541-561,565-582 3b9m d3b9ma2 A:517-537,540-562,563-584 1ao6 d1ao6b3 B:517-537,541-562,565-582 1lot d1lota2 A:211-228,231-252,254-274 1j7e d1j7eb2 B:211-228,231-252,254-274 1e7i d1e7ia3 A:517-537,540-561,563-584 1e7e d1e7ea1 A:15-32,35-57,65-78 2esg d2esgc2 C:517-537,541-562,565-582 1ao6 d1ao6a3 A:517-537,541-562,565-582 1e7h d1e7ha1 A:15-32,35-57,65-78 1bm0 d1bm0a3 A:517-537,541-562,565-582 1e78 d1e78a3 A:517-537,540-561,565-582 1ma9 d1ma9a2 A:324-338,341-360,365-392 1e7b d1e7ba3 A:517-537,541-562,565-582 1uor d1uora1 A:15-32,35-57,65-83 1h9z d1h9za1 A:15-32,35-57,65-78 1ha2 d1ha2a1 A:15-32,35-57,65-78 1e7f d1e7fa1 A:15-32,35-57,65-78 1gni d1gnia1 A:15-32,35-57,65-78 1hk4 d1hk4a1 A:15-32,35-57,65-78 1bke d1bkea1 A:15-32,35-57,65-78 2i2z d2i2za2 A:517-537,540-562,563-584 1e7a d1e7aa3 A:517-537,540-562,565-582 1gnj d1gnja1 A:15-32,35-57,65-78 1bj5 d1bj5a1 A:15-32,35-57,65-78 1o9x d1o9xa1 A:15-32,35-57,65-78 1e7c d1e7ca1 A:15-32,35-57,65-78 1e7b d1e7ba1 A:15-32,35-57,65-81 2bxg d2bxga2 A:517-537,540-562,564-582 2bxf d2bxfb2 B:517-537,540-562,565-582 1e7g d1e7ga1 A:15-32,35-57,65-78 1o9x d1o9xa3 A:517-537,540-562,563-582 1e7a d1e7ab3 B:517-537,540-562,565-582 1e78 d1e78a1 A:15-32,35-57,65-81 1e7a d1e7aa1 A:15-32,35-57,65-81 2bxb d2bxbb2 B:517-537,540-562,564-582 1e7b d1e7bb3 B:517-537,540-562,565-580 1bm0 d1bm0b1 B:15-32,35-57,65-81 1hk5 d1hk5a1 A:15-32,35-57,65-78 1ao6 d1ao6b1 B:15-32,35-57,65-81 2bxg d2bxgb2 B:517-537,540-562,565-582 2vdb d2vdba1 A:207-224,227-248,249-268 2bxf d2bxfa2 A:517-537,540-561,564-582 1e7g d1e7ga3 A:451-468,470-480,480-491 1bm0 d1bm0a2 A:207-224,227-248,249-268 1e7h d1e7ha2 A:207-224,227-248,249-268 1ao6 d1ao6a1 A:15-32,35-57,65-81 1j7e d1j7eb2 B:324-338,341-362,364-392 2bxe d2bxeb2 B:517-537,540-561,565-582 1gni d1gnia3 A:451-468,470-480,480-491 1n5u d1n5ua1 A:65-77,84-94,94-106 1o9x d1o9xa3 A:451-468,470-479,480-491 2bxc d2bxcb2 B:517-537,540-562,564-582 1kw2 d1kw2a1 A:82-98,107-115,115-126 2bxc d2bxca2 A:517-537,540-562,564-582 1kw2 d1kw2a2 A:340-354,357-378,380-408 1h9z d1h9za3 A:451-468,470-479,480-491 1e7i d1e7ia1 A:65-77,84-94,94-106 2bxd d2bxda2 A:517-537,540-561,564-582 1uor d1uora1 A:129-145,150-168,174-207 2bxm d2bxma2 A:451-468,470-479,480-491 1e7c d1e7ca3 A:451-468,470-479,480-491 2bxl d2bxla2 A:451-468,470-479,480-491 2i30 d2i30a2 A:453-468,470-479,480-491 1e7h d1e7ha3 A:451-468,470-479,480-491 1kxp d1kxpd2 D:338-354,357-378,380-408 1gnj d1gnja3 A:451-468,470-479,480-491 1j78 d1j78b2 B:324-339,341-362,372-392 1kxp d1kxpd2 D:272-290,293-303,304-315 1j78 d1j78a2 A:324-339,341-362,372-392 1j7e d1j7ea2 A:324-339,341-362,372-392 2bx8 d2bx8b2 B:517-537,540-561,564-582 1e78 d1e78b1 B:65-78,84-94,94-106 1kw2 d1kw2b2 B:340-355,357-378,388-408 1j7e d1j7ea2 A:256-274,277-286,288-299 1e7a d1e7ab1 B:65-78,84-94,94-106 1tf0 d1tf0a1 A:130-147,150-171,173-207 1e7b d1e7bb1 B:65-78,84-94,94-106 2i30 d2i30a1 A:249-268,272-282,282-293 1j78 d1j78a2 A:256-274,277-286,288-299 1bm0 d1bm0a1 A:130-147,150-171,173-207 1bm0 d1bm0a1 A:65-78,84-94,94-106 1kw2 d1kw2a2 A:270-290,293-302,304-315 3b9m d3b9ma1 A:249-268,272-282,282-293 1kw2 d1kw2b2 B:272-290,293-302,304-315 1kw2 d1kw2b1 B:80-97,107-115,115-126 1ao6 d1ao6b1 B:130-147,150-171,173-207 1ao6 d1ao6a1 A:130-147,150-171,173-207 1gnj d1gnja2 A:249-268,272-282,282-293 1bm0 d1bm0b1 B:130-147,150-171,173-207 2bxm d2bxma1 A:249-268,272-282,282-293 2bxn d2bxna1 A:249-268,272-282,282-293 1j78 d1j78b2 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A:119-131,150-171,173-207 1lot d1lota1 A:135-152,155-176,190-211 1kw2 d1kw2a1 A:151-168,171-192,206-227 1e7e d1e7ea1 A:119-131,150-171,173-207 1gnj d1gnja1 A:119-131,150-171,173-207 1e7g d1e7ga1 A:119-131,150-171,173-207 1ha2 d1ha2a1 A:119-131,150-171,173-207 1hk4 d1hk4a1 A:119-131,150-171,173-207 1e7i d1e7ia1 A:119-131,150-171,173-207 1e7g d1e7ga2 A:314-323,342-363,365-399 1e7c d1e7ca2 A:314-323,342-363,365-399 1bke d1bkea2 A:314-323,342-363,365-399 1hk5 d1hk5a1 A:119-131,150-171,173-207 1h9z d1h9za2 A:314-323,342-363,365-399 1lot d1lota2 A:341-363,364-392,442-457 1o9x d1o9xa1 A:119-131,150-171,173-207 1bke d1bkea1 A:119-131,150-172,173-207 1e7e d1e7ea2 A:312-323,342-363,365-399 1gni d1gnia2 A:312-323,342-363,365-399 1bj5 d1bj5a2 A:312-323,342-363,365-399 2vdb d2vdba1 A:322-339,342-363,372-399 1ha2 d1ha2a2 A:322-339,342-363,372-399 2vdb d2vdba2 A:372-399,419-441,441-468 1n5u d1n5ua2 A:322-339,342-364,372-399 1ma9 d1ma9a2 A:190-211,211-228,341-360 1j78 d1j78a2 A:190-211,211-228,341-362 1kw2 d1kw2b2 B:206-227,227-244,357-378 1j7e d1j7ea2 A:190-211,211-228,341-362 77. c.112.1 Glycerol-3-phosphate (1)-acyltransferase some topological similarity to the dihydrofolate reductase fold ! Glycerol-3-phosphate (1)-acyltransferase 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 9 strands, order 918736452; strands 1, 2 and 8 are antiparallel to the rest 1iuq d1iuqa_ A:13-28,31-53,56-79 1k30 d1k30a_ A:13-28,31-53,56-79 1iuq d1iuqa_ A:31-53,56-79,94-108 1k30 d1k30a_ A:31-53,56-79,94-108 1iuq d1iuqa_ A:31-53,56-79,174-184 78. a.69.1 C-terminal domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase Left-handed superhelix core: 4-5 helices; bundle; left-handed superhelix 2jdi d2jdic1 C:437-451,460-477,490-510 2ck3 d2ck3c1 C:437-451,460-477,490-510 1h8h d1h8ha1 A:437-451,460-477,490-510 1w0j d1w0ja1 A:437-451,460-477,490-510 1w0k d1w0ka1 A:437-451,460-477,490-510 1e1r d1e1ra1 A:437-451,460-477,490-510 1cow d1cowa1 A:437-451,460-477,490-510 1cow d1cowc1 C:437-451,460-477,490-510 1nbm d1nbma1 A:437-451,460-477,490-510 1efr d1efra1 A:437-451,460-477,490-510 1e1q d1e1qa1 A:437-451,460-477,490-510 1e1r d1e1rb1 B:437-451,460-477,490-509 1e79 d1e79c1 C:437-451,460-477,490-510 1bmf d1bmfa1 A:437-451,460-477,490-510 1h8e d1h8ea1 A:437-451,460-477,490-510 1bmf d1bmfc1 C:437-451,460-477,490-510 1e1r d1e1rc1 C:437-451,460-477,490-510 1efr d1efrc1 C:437-451,460-477,490-510 1h8e d1h8ec1 C:437-451,460-477,490-510 1w0j d1w0jc1 C:437-451,460-477,490-510 1h8h d1h8hc1 C:437-451,460-477,490-510 1e1q d1e1qc1 C:437-451,460-477,490-510 1w0k d1w0kc1 C:437-451,460-477,490-510 1ohh d1ohha1 A:437-451,460-477,490-510 1nbm d1nbmc1 C:437-451,460-477,490-510 2jdi d2jdia1 A:437-451,460-477,490-510 2jdi d2jdib1 B:437-451,460-477,490-509 1ohh d1ohhb1 B:437-451,460-477,490-508 2ck3 d2ck3b1 B:437-451,460-477,490-509 1e79 d1e79a1 A:437-451,460-477,490-510 2ck3 d2ck3a1 A:437-451,460-477,490-510 1h8h d1h8hb1 B:437-451,460-477,490-508 1nbm d1nbmb1 B:437-451,460-477,490-508 1e1q d1e1qb1 B:437-451,460-477,490-508 1fx0 d1fx0a1 A:430-444,453-470,483-501 1efr d1efrb1 B:437-451,460-477,490-508 1bmf d1bmfb1 B:437-451,460-477,490-508 1kmh d1kmha1 A:430-444,453-470,483-501 1cow d1cowb1 B:437-451,460-477,490-508 1w0j d1w0jb1 B:437-451,460-477,490-508 1h8e d1h8eb1 B:437-451,460-477,490-508 1e79 d1e79b1 B:437-451,460-477,490-508 1ohh d1ohhc1 C:437-451,460-477,490-510 1w0k d1w0kb1 B:437-451,460-477,490-508 2f43 d2f43b1 B:364-387,406-416,434-447 1mab d1maba1 A:437-451,457-477,490-509 1mab d1mabb1 B:364-387,397-416,434-447 1sky d1skyb1 B:429-443,449-469,482-500 2f43 d2f43a1 A:437-451,457-477,490-502 1sky d1skyb1 B:429-443,468-479,482-500 1h8h d1h8hb1 B:437-451,476-487,490-508 1ohh d1ohhb1 B:437-451,476-487,490-508 1e1q d1e1qb1 B:437-451,476-487,490-508 1nbm d1nbmb1 B:437-451,476-487,490-508 2ck3 d2ck3e1 E:364-387,397-416,433-447 2jdi d2jdie1 E:364-387,397-416,433-447 1cow d1cowf1 F:364-392,397-416,433-447 1kmh d1kmhb1 B:381-409,414-433,450-464 1fx0 d1fx0a1 A:373-394,404-423,430-444 1kmh d1kmha1 A:373-394,404-423,430-444 1e1r d1e1rb1 B:437-451,476-487,490-509 1h8e d1h8ee1 E:397-416,433-447,453-460 1h8e d1h8eb1 B:437-451,476-487,490-508 1fx0 d1fx0b1 B:381-409,414-433,450-464 1e79 d1e79f1 F:364-392,397-416,433-447 1efr d1efrb1 B:437-451,476-487,490-508 1w0j d1w0jb1 B:437-451,476-487,490-508 1cow d1cowb1 B:437-451,476-487,490-508 1bmf d1bmfb1 B:437-451,476-487,490-508 1e79 d1e79b1 B:437-451,476-487,490-508 1nbm d1nbma1 A:380-401,411-430,437-451 1efr d1efrf1 F:364-392,397-416,433-447 1h8h d1h8hf1 F:364-392,397-416,433-447 1e1q d1e1qf1 F:364-392,397-416,433-447 1e1r d1e1rf1 F:364-392,397-416,433-447 2ck3 d2ck3f1 F:364-385,397-416,433-447 1bmf d1bmff1 F:364-392,397-416,433-447 1ohh d1ohhd1 D:364-392,397-416,433-447 1nbm d1nbmf1 F:364-392,397-416,433-447 2ck3 d2ck3b1 B:437-451,476-487,490-509 1e79 d1e79e1 E:364-392,397-416,433-447 1w0j d1w0je1 E:364-392,397-416,433-447 1w0j d1w0jd1 D:364-392,397-416,433-447 1e79 d1e79d1 D:364-392,397-416,433-447 1w0k d1w0kf1 F:364-392,397-416,433-447 1w0k d1w0kb1 B:437-451,476-487,490-508 2ck3 d2ck3d1 D:364-392,397-416,433-447 1bmf d1bmfc1 C:437-451,476-487,490-510 2jdi d2jdib1 B:437-451,476-487,490-509 1h8e d1h8ef1 F:364-392,397-416,433-447 1efr d1efrc1 C:437-451,476-487,490-510 2jdi d2jdic1 C:437-451,476-487,490-510 1w0j d1w0jf1 F:364-392,397-416,433-447 1w0j d1w0jc1 C:437-451,476-487,490-510 1e1r d1e1rc1 C:437-451,476-487,490-510 1efr d1efre1 E:364-392,397-416,433-447 1ohh d1ohhf1 F:364-392,397-416,433-447 1h8h d1h8hd1 D:364-392,397-416,433-447 2jdi d2jdid1 D:364-392,397-416,433-447 1cow d1cowc1 C:437-451,476-487,490-510 2jdi d2jdif1 F:364-392,397-416,433-447 1h8h d1h8hc1 C:437-451,476-487,490-510 1cow d1cowd1 D:364-392,397-416,433-447 1e1q d1e1qc1 C:437-451,476-487,490-510 1e1r d1e1ra1 A:380-401,411-430,437-451 1h8e d1h8ea1 A:380-401,411-430,437-451 1h8e d1h8ed1 D:364-385,397-416,433-447 1nbm d1nbmd1 D:364-389,397-416,433-447 2ck3 d2ck3c1 C:437-451,476-487,490-510 1sky d1skye1 E:360-388,393-412,429-443 1e1q d1e1qd1 D:364-392,397-416,433-447 1h8h d1h8ha1 A:380-401,411-430,437-451 1bmf d1bmfe1 E:364-392,397-416,433-447 1w0k d1w0ka1 A:380-401,411-430,437-451 1bmf d1bmfb1 B:380-390,411-430,437-451 1nbm d1nbme1 E:364-392,397-416,433-447 1efr d1efrd1 D:364-392,397-416,433-447 1h8e d1h8ec1 C:437-451,476-487,490-510 2ck3 d2ck3b1 B:380-401,411-430,437-451 1e1q d1e1qa1 A:380-401,411-430,437-451 1bmf d1bmfd1 D:364-392,397-416,433-447 1e79 d1e79c1 C:437-451,476-487,490-510 1cow d1cowe1 E:364-392,397-416,433-447 1cow d1cowa1 A:437-451,476-487,490-510 1efr d1efrb1 B:380-390,411-430,437-451 1bmf d1bmfa1 A:437-451,476-487,490-510 1h8h d1h8he1 E:364-392,397-416,433-447 1e1r d1e1rd1 D:364-392,397-416,433-447 1e1q d1e1qe1 E:364-392,397-416,433-447 2f43 d2f43a1 A:437-451,476-487,490-502 1ohh d1ohhb1 B:381-401,411-430,437-451 1efr d1efra1 A:437-451,476-487,490-510 1cow d1cowb1 B:380-390,411-430,437-451 1efr d1efra1 A:380-401,411-430,437-451 1e79 d1e79b1 B:380-400,411-430,437-451 1ohh d1ohha1 A:380-401,411-430,437-451 1e1r d1e1re1 E:364-392,397-416,433-447 1nbm d1nbma1 A:437-451,476-487,490-510 1e79 d1e79a1 A:380-401,411-430,437-451 1w0k d1w0ke1 E:364-392,397-416,433-447 1w0j d1w0ja1 A:380-401,411-430,437-451 1kmh d1kmha1 A:151-159,404-423,430-444 1ohh d1ohhe1 E:364-392,397-416,433-447 1bmf d1bmfa1 A:380-401,411-430,437-451 1nbm d1nbmc1 C:150-158,411-430,437-451 2ck3 d2ck3a1 A:380-401,411-430,437-451 1fx0 d1fx0a1 A:430-444,469-480,483-501 1cow d1cowa1 A:380-401,411-430,437-451 1w0k d1w0kb1 B:380-401,411-430,437-451 1e1r d1e1rb1 B:380-401,411-430,437-451 1kmh d1kmha1 A:430-444,469-480,483-501 1w0j d1w0jb1 B:380-401,411-430,437-451 1nbm d1nbmb1 B:380-401,411-430,437-451 1w0k d1w0kd1 D:364-392,397-416,433-447 1nbm d1nbmb1 B:150-158,411-430,437-451 1e1r d1e1ra1 A:437-451,476-487,490-510 1e1q d1e1qb1 B:380-401,411-430,437-451 1h8h d1h8hb1 B:380-401,411-430,437-451 1mab d1maba1 A:437-451,476-487,490-509 1bmf d1bmfc1 C:150-158,411-430,437-451 1nbm d1nbmc1 C:437-451,476-487,490-510 1h8e d1h8eb1 B:380-401,411-430,437-451 1w0k d1w0kc1 C:437-451,476-487,490-510 1h8e d1h8ee1 E:364-392,397-416,433-447 2ck3 d2ck3a1 A:437-451,476-487,490-510 1efr d1efrc1 C:150-158,411-430,437-451 1mab d1maba1 A:380-395,411-430,437-451 1w0k d1w0kc1 C:150-158,411-430,437-451 2jdi d2jdib1 B:380-401,411-430,437-451 1e1r d1e1rc1 C:150-158,411-430,437-451 2f43 d2f43a1 A:150-158,411-430,437-451 1ohh d1ohhb1 B:150-158,411-430,437-451 1w0j d1w0jc1 C:150-158,411-430,437-451 1nbm d1nbma1 A:150-158,411-430,437-451 1fx0 d1fx0a1 A:151-159,404-423,430-444 1cow d1cowc1 C:150-158,411-430,437-451 1h8h d1h8hc1 C:150-158,411-430,437-451 1e1q d1e1qc1 C:150-158,411-430,437-451 1ohh d1ohhc1 C:437-451,476-487,490-510 2ck3 d2ck3b1 B:150-158,411-430,437-451 2ck3 d2ck3c1 C:150-158,411-430,437-451 2jdi d2jdic1 C:150-158,411-430,437-451 1e1r d1e1rb1 B:150-158,411-430,437-451 1h8h d1h8ha1 A:150-158,411-430,437-451 1e1q d1e1qb1 B:150-158,411-430,437-451 1w0j d1w0jb1 B:150-158,411-430,437-451 2jdi d2jdia1 A:380-404,411-430,437-451 1bmf d1bmfb1 B:150-158,411-430,437-451 1h8e d1h8ec1 C:150-158,411-430,437-451 1h8h d1h8hb1 B:150-158,411-430,437-451 1e1q d1e1qa1 A:150-158,411-430,437-451 1efr d1efrb1 B:150-158,411-430,437-451 2jdi d2jdib1 B:150-158,411-430,437-451 1w0k d1w0kb1 B:150-158,411-430,437-451 1cow d1cowb1 B:150-158,411-430,437-451 2jdi d2jdia1 A:150-158,411-430,437-451 1ohh d1ohhc1 C:380-388,476-487,490-510 1e79 d1e79c1 C:150-158,411-430,437-451 2ck3 d2ck3a1 A:150-158,411-430,437-451 1mab d1maba1 A:150-158,411-430,437-451 1sky d1skyb1 B:150-158,403-422,429-443 1h8e d1h8eb1 B:150-158,411-430,437-451 1sky d1skyb1 B:372-393,403-422,429-443 2f43 d2f43b1 B:137-145,406-416,434-447 1ohh d1ohhc1 C:380-388,411-430,437-451 2f43 d2f43a1 A:380-404,411-430,437-451 1cow d1cowb1 B:380-390,476-487,490-508 1nbm d1nbma1 A:411-430,437-451,460-477 1sky d1skyb1 B:403-422,429-443,449-469 1nbm d1nbmb1 B:411-430,437-451,460-477 1nbm d1nbmc1 C:411-430,437-451,460-477 1h8h d1h8hc1 C:411-430,437-451,460-477 2ck3 d2ck3b1 B:411-430,437-451,460-477 1ohh d1ohha1 A:411-430,437-451,460-477 1h8h d1h8hb1 B:411-430,437-451,460-477 1kmh d1kmha1 A:404-423,430-444,453-470 1h8e d1h8ea1 A:411-430,437-451,460-477 1e1q d1e1qb1 B:411-430,437-451,460-477 1w0k d1w0kb1 B:411-430,437-451,460-477 1ohh d1ohhb1 B:411-430,437-451,460-477 1e1r d1e1rb1 B:411-430,437-451,460-477 1e1r d1e1rc1 C:411-430,437-451,460-477 1e1r d1e1ra1 A:411-430,437-451,460-477 1e1q d1e1qc1 C:411-430,437-451,460-477 1e1q d1e1qa1 A:411-430,437-451,460-477 1h8h d1h8ha1 A:411-430,437-451,460-477 1w0j d1w0jc1 C:411-430,437-451,460-477 1w0j d1w0jb1 B:411-430,437-451,460-477 1w0j d1w0ja1 A:411-430,437-451,460-477 1e79 d1e79a1 A:411-430,437-451,460-477 1fx0 d1fx0a1 A:404-423,430-444,453-470 2ck3 d2ck3c1 C:411-430,437-451,460-477 1h8e d1h8ec1 C:411-430,437-451,460-477 1ohh d1ohhc1 C:411-430,437-451,460-477 1efr d1efrc1 C:411-430,437-451,460-477 1efr d1efrb1 B:411-430,437-451,460-477 1w0k d1w0ka1 A:411-430,437-451,460-477 1bmf d1bmfc1 C:411-430,437-451,460-477 1bmf d1bmfb1 B:411-430,437-451,460-477 1w0k d1w0kc1 C:411-430,437-451,460-477 1h8e d1h8eb1 B:411-430,437-451,460-477 1cow d1cowc1 C:411-430,437-451,460-477 2jdi d2jdic1 C:411-430,437-451,460-477 1e79 d1e79c1 C:411-430,437-451,460-477 2ck3 d2ck3a1 A:411-430,437-451,460-477 1e79 d1e79b1 B:411-430,437-451,460-477 1cow d1cowb1 B:411-430,437-451,460-477 2jdi d2jdia1 A:411-430,437-451,460-477 2f43 d2f43a1 A:411-430,437-451,457-477 1efr d1efra1 A:411-430,437-451,460-477 1bmf d1bmfa1 A:411-430,437-451,460-477 1cow d1cowa1 A:411-430,437-451,460-477 2jdi d2jdib1 B:411-430,437-451,460-477 1mab d1maba1 A:411-430,437-451,457-477 79. a.29.2 Bromodomain Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 1e6i d1e6ia_ A:330-346,373-384,388-408 2d82 d2d82a1 A:1086-1105,1134-1145,1149-1169 3d7c d3d7ca1 A:729-748,774-785,789-808 1n72 d1n72a_ A:724-743,769-780,784-804 3d7c d3d7cb1 B:730-747,774-785,789-809 2rny d2rnya1 A:1086-1105,1134-1145,1149-1169 3dwy d3dwya1 A:1086-1105,1134-1145,1149-1168 1eqf d1eqfa1 A:1380-1400,1426-1437,1441-1461 3dwy d3dwyb1 B:1086-1105,1134-1145,1149-1169 1jsp d1jspb_ B:1086-1103,1134-1145,1149-1169 2rny d2rnya1 A:1086-1105,1104-1114,1149-1169 1eqf d1eqfa2 A:1501-1522,1549-1560,1564-1584 81. e.69.1 Poly(A) polymerase catalytic subunit-like Central domain d2 is distantly related to the nucleotidyltransferase superfamily (scop_sf 81301) Poly(A) polymerase catalytic subunit-like 3 domains; d1: all-alpha, contains HhH motif; d2: alpha+beta of nucleotidyltransferase fold (scop_cf 81302); d3: [alpha+beta; beta(3)-alpha-beta(3)-alpha(2); 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 6 strands, order 123654, strands 2 and 5 are antiparallel to the rest 2gaf d2gafd1 D:277-292,413-432,435-449 2ga9 d2ga9d1 D:277-292,413-432,434-449 2gaf d2gafd1 D:48-65,70-84,209-226 2ga9 d2ga9d1 D:48-65,70-84,209-226 2ga9 d2ga9d1 D:130-147,301-321,434-449 2gaf d2gafd1 D:48-65,70-84,90-108 2ga9 d2ga9d1 D:48-65,70-84,90-108 2ga9 d2ga9d1 D:37-48,70-84,90-108 83. a.60.2 RuvA domain 2-like duplication: contains two helix-hairpin-helix (HhH) motifs ! SAM domain-like 4-5 helices; bundle of two orthogonally packed alpha-hairpins; involved in the interactions with DNA and proteins 1ixr d1ixrb2 B:64-78,81-93,93-104 1ixr d1ixra1 A:64-78,81-93,93-104 1cuk d1cuka2 A:65-79,82-94,94-105 1hjp d1hjpa2 A:65-79,82-94,94-105 1bdx d1bdxb2 B:65-79,82-94,94-105 1bdx d1bdxd2 D:65-79,82-94,94-105 1bdx d1bdxc2 C:65-79,82-94,94-105 1bdx d1bdxa2 A:65-79,82-94,94-105 1bvs d1bvsg2 G:64-78,81-93,93-104 1bvs d1bvse2 E:64-78,81-93,93-104 1bvs d1bvsa2 A:64-78,81-93,93-104 1bvs d1bvsc2 C:64-78,81-93,93-104 1d8l d1d8lb1 B:65-79,82-94,94-105 1d8l d1d8la1 A:65-79,82-94,94-105 1bvs d1bvsf2 F:64-78,81-93,93-104 1bvs d1bvsh2 H:64-78,81-93,93-104 1bvs d1bvsb2 B:64-78,81-93,93-104 1bvs d1bvsd2 D:64-78,81-93,93-104 1c7y d1c7ya2 A:65-79,82-94,94-105 1x2i d1x2ia1 A:4-17,20-32,33-40 1x2i d1x2ib1 B:4-17,20-32,33-40 2aq0 d2aq0b1 B:113-124,127-139,140-148 1z00 d1z00a1 A:223-243,246-258,259-267 2aq0 d2aq0a1 A:13-24,27-39,40-48 2bgw d2bgwa1 A:164-178,181-193,194-201 2csb d2csba2 A:290-306,308-320,322-329 2bhn d2bhnd1 D:165-178,181-193,194-201 2bgw d2bgwb1 B:165-178,181-193,194-201 2bhn d2bhna1 A:165-178,181-193,194-201 2csb d2csba1 A:342-351,350-361,363-375 2csb d2csba4 A:456-465,464-474,477-489 1v9p d1v9pb1 B:2505-2514,2519-2531,2532-2539 1dgs d1dgsb1 B:2502-2511,2516-2528,2529-2536 1v9p d1v9pa1 A:505-514,519-531,532-539 1dgs d1dgsa1 A:502-511,516-528,529-536 1ixr d1ixrb2 B:31-39,64-78,81-93 2edu d2edua1 A:38-46,49-64,79-98 84. a.93.1 Heme-dependent peroxidases Heme-dependent peroxidases multihelical; consists of two all-alpha domains 1fe2 d1fe2a1 A:173-184,441-459,502-511 2oye d2oyep1 P:173-184,441-459,502-510 1ddx d1ddxd1 D:3173-3183,3441-3459,3502-3510 1ddx d1ddxc1 C:2173-2183,2441-2459,2502-2510 1ddx d1ddxa1 A:173-183,441-459,502-510 1ddx d1ddxb1 B:1173-1183,1441-1459,1502-1510 1cvu d1cvua1 A:173-183,444-459,502-510 1cvu d1cvub1 B:2173-2183,2444-2459,2502-2510 1cx2 d1cx2b1 B:173-183,441-459,502-510 1cx2 d1cx2c1 C:173-183,441-459,502-510 1cx2 d1cx2d1 D:173-183,441-459,502-510 1pxx d1pxxb1 B:1173-1183,1444-1459,1502-1510 1pxx d1pxxd1 D:3173-3183,3444-3459,3502-3510 1pxx d1pxxa1 A:173-183,444-459,502-510 1pxx d1pxxc1 C:2173-2183,2444-2459,2502-2510 3pgh d3pghb1 B:173-183,444-459,502-510 3pgh d3pghc1 C:173-183,444-459,502-510 4cox d4coxc1 C:173-183,441-459,502-510 3pgh d3pgha1 A:173-183,444-459,502-510 1cx2 d1cx2a1 A:173-183,441-459,502-510 3pgh d3pghd1 D:173-183,444-459,502-510 4cox d4coxa1 A:173-183,441-459,502-510 4cox d4coxd1 D:173-183,441-459,502-510 4cox d4coxb1 B:173-183,441-459,502-510 5cox d5coxa1 A:173-183,441-459,502-510 5cox d5coxb1 B:173-183,441-459,502-510 5cox d5coxd1 D:173-183,441-459,502-510 5cox d5coxc1 C:173-183,441-459,502-510 6cox d6coxa1 A:173-183,441-459,502-510 6cox d6coxb1 B:173-183,441-459,502-510 2oyu d2oyup1 P:173-183,441-459,502-510 1prh d1prhb1 B:173-183,441-459,502-510 1prh d1prha1 A:173-183,441-459,502-510 1pge d1pgea1 A:173-183,441-459,502-510 1pge d1pgeb1 B:173-183,441-459,502-510 1ht5 d1ht5a1 A:173-183,441-459,502-510 1q4g d1q4gb1 B:173-183,441-459,502-510 1diy d1diya1 A:173-183,441-459,502-510 1cqe d1cqeb1 B:173-183,441-459,502-510 2ayl d2aylb1 B:1173-1183,1441-1459,1502-1510 1eqg d1eqga1 A:173-183,441-459,502-510 1eqg d1eqgb1 B:173-183,441-459,502-510 2ayl d2ayla1 A:173-183,441-459,502-510 1ht8 d1ht8b1 B:173-183,441-459,502-510 1ebv d1ebva1 A:173-183,441-459,502-510 1q4g d1q4ga1 A:173-183,441-459,502-510 1cqe d1cqea1 A:173-183,441-459,502-510 1pgg d1pgga1 A:173-183,441-459,502-510 1pgg d1pggb1 B:173-183,441-459,502-510 1pgf d1pgfa1 A:173-183,441-459,502-510 1pgf d1pgfb1 B:173-183,441-459,502-510 1igz d1igza1 A:173-183,441-459,502-510 1ht8 d1ht8a1 A:173-183,441-459,502-510 1eqh d1eqha1 A:173-183,441-459,502-510 1pth d1pthb1 B:173-183,441-459,502-510 1pth d1ptha1 A:173-183,441-459,502-510 1eqh d1eqhb1 B:173-183,441-459,502-510 1igx d1igxa1 A:173-183,441-459,502-510 1ht5 d1ht5b1 B:173-183,441-459,502-510 1u67 d1u67a1 A:173-183,441-459,502-510 1bgp d1bgpa_ A:36-54,168-182,269-287 1sch d1scha_ A:29-47,158-172,258-276 1qgj d1qgjb_ B:29-48,154-168,265-283 2e3b d2e3ba1 A:44-61,173-187,265-283 1qgj d1qgja_ A:29-48,154-168,265-283 1pa2 d1pa2a_ A:29-48,158-172,267-285 1fhf d1fhfc_ C:29-48,158-172,267-285 1gwu d1gwua_ A:29-48,159-173,269-287 1fhf d1fhfb_ B:29-48,158-172,267-285 1fhf d1fhfa_ A:29-48,158-172,267-285 1sch d1schb_ B:29-47,158-172,258-276 2e39 d2e39a1 A:44-61,173-187,265-283 1ly9 d1ly9b_ B:43-60,172-186,264-282 1qo4 d1qo4a_ A:29-48,158-172,267-285 2ghk d2ghkx1 X:32-47,152-166,227-248 1w4w d1w4wa1 A:29-48,159-173,269-287 1ly8 d1ly8b_ B:43-60,172-186,264-282 1ary d1arya_ A:44-61,173-187,265-283 1h58 d1h58a_ A:29-48,159-173,269-287 1ly8 d1ly8a_ A:43-60,172-186,264-282 1hch d1hcha_ A:29-48,159-173,269-287 1oag d1oaga_ A:32-45,152-166,227-245 1gw2 d1gw2a_ A:29-48,159-173,269-287 6atj d6atja_ A:29-48,159-173,269-287 1h5m d1h5ma_ A:29-48,159-173,269-287 1h55 d1h55a_ A:29-48,159-173,269-287 1h5c d1h5ca_ A:29-48,159-173,269-287 1h5f d1h5fa_ A:29-48,159-173,269-287 1gza d1gzaa_ A:44-61,173-187,265-283 1gwo d1gwoa_ A:29-48,159-173,269-287 1h5a d1h5aa_ A:29-48,159-173,269-287 2vcf d2vcfx1 X:32-45,152-166,227-245 1llp d1llpa_ A:35-52,165-179,257-275 1w4y d1w4ya1 A:29-48,159-173,269-287 1h5d d1h5da_ A:29-48,159-173,269-287 1ly9 d1ly9a_ A:43-60,172-186,264-282 1h5i d1h5ia_ A:29-48,159-173,269-287 1h5e d1h5ea_ A:29-48,159-173,269-287 1h5j d1h5ja_ A:29-48,159-173,269-287 1h5k d1h5ka_ A:29-48,159-173,269-287 1b82 d1b82b_ B:35-52,165-179,257-275 1h5h d1h5ha_ A:29-48,159-173,269-287 1h57 d1h57a_ A:29-48,159-173,269-287 1qpa d1qpab_ B:35-52,165-179,257-275 1h5g d1h5ga_ A:29-48,159-173,269-287 1kzm d1kzma_ A:29-48,159-173,269-287 1h5l d1h5la_ A:29-48,159-173,269-287 1lyk d1lyka_ A:43-60,172-186,264-282 1qpa d1qpaa_ A:35-52,165-179,257-275 1gzb d1gzba_ A:44-61,173-187,265-283 1b80 d1b80b_ B:35-52,165-179,257-275 1lga d1lgaa_ A:35-52,165-179,257-275 1b82 d1b82a_ A:35-52,165-179,257-275 7atj d7atja_ A:29-48,159-173,269-287 1gwt d1gwta_ A:29-48,159-173,269-287 1b85 d1b85b_ B:35-52,165-179,257-275 2fxj d2fxja2 A:476-492,627-642,724-745 1b80 d1b80a_ A:35-52,165-179,257-275 1atj d1atjd_ D:29-47,159-173,269-287 1atj d1atjc_ C:29-47,159-173,269-287 1atj d1atjb_ B:29-47,159-173,269-287 1atj d1atja_ A:29-47,159-173,269-287 1atj d1atjf_ F:29-47,159-173,269-287 1atj d1atje_ E:29-47,159-173,269-287 1b85 d1b85a_ A:35-52,165-179,257-275 1ub2 d1ub2a1 A:83-99,250-265,394-415 1yzp d1yzpa1 A:34-51,162-176,261-279 1lyc d1lycb_ B:43-61,172-186,264-282 2atj d2atja_ A:29-48,159-173,269-287 2atj d2atjb_ B:29-48,159-173,269-287 1lyk d1lykb_ B:43-60,172-186,264-282 1lyc d1lyca_ A:43-61,172-186,264-282 2e3a d2e3aa1 A:44-62,173-187,265-283 1apx d1apxb_ B:32-45,152-166,227-245 2ghh d2ghhx1 X:32-47,152-166,227-245 1gx2 d1gx2a_ A:29-48,159-173,269-287 1gx2 d1gx2b_ B:29-48,159-173,269-287 1yyg d1yyga1 A:34-51,162-176,261-279 1yzr d1yzra1 A:34-51,162-176,261-279 2b2o d2b2oa2 A:476-492,627-642,724-745 2dv1 d2dv1a2 A:476-492,627-642,724-745 2fxh 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D:295-321,324-354,563-572 5cox d5coxc1 C:295-321,324-354,563-572 5cox d5coxb1 B:295-321,324-354,563-572 5cox d5coxa1 A:295-321,324-354,563-572 1pge d1pgeb1 B:295-321,324-354,563-573 1pge d1pgea1 A:295-321,324-354,563-573 6cox d6coxb1 B:295-321,324-354,563-573 1prh d1prhb1 B:295-321,324-354,563-573 1prh d1prha1 A:295-321,324-354,563-573 6cox d6coxa1 A:295-321,324-354,563-573 1gw2 d1gw2a_ A:29-48,130-139,144-156 1h55 d1h55a_ A:29-48,130-139,144-156 1h5a d1h5aa_ A:29-48,130-139,144-156 1gwo d1gwoa_ A:29-48,130-139,144-156 1d7w d1d7w.2 D:243-269,272-302,532-541 1h57 d1h57a_ A:29-48,130-139,144-156 1pa2 d1pa2a_ A:29-48,130-139,144-156 1myp d1myp.2 D:243-269,272-302,532-542 1dnw d1dnw.1 C:243-269,272-302,532-541 1pxx d1pxxb1 B:1295-1321,1324-1354,1563-1573 1d2v d1d2v.2 D:243-269,272-302,532-541 1d7w d1d7w.1 C:243-269,272-302,532-541 1d5l d1d5l.1 C:243-269,272-302,532-541 1cxp d1cxp.1 C:243-269,272-302,532-541 1qo4 d1qo4a_ A:29-48,130-139,144-156 1dnu d1dnu.1 C:243-269,272-302,532-541 1dnw d1dnw.2 D:243-269,272-302,532-541 1d2v d1d2v.1 C:243-269,272-302,532-541 1d5l d1d5l.2 D:243-269,272-302,532-541 1cxp d1cxp.2 D:243-269,272-302,532-541 1sch d1schb_ B:29-47,130-139,144-156 1mhl d1mhl.1 C:243-269,272-302,532-541 1mhl d1mhl.2 D:243-269,272-302,532-541 1dnu d1dnu.2 D:243-269,272-302,532-541 2atj d2atja_ A:29-48,130-139,144-156 2atj d2atjb_ B:29-48,130-139,144-156 1sch d1scha_ A:29-47,130-139,144-156 3atj d3atjb_ B:29-48,130-139,144-156 3atj d3atja_ A:29-48,130-139,144-156 1gx2 d1gx2b_ B:29-48,130-139,144-156 1gx2 d1gx2a_ A:29-48,130-139,144-156 4atj d4atja_ A:29-48,130-139,144-156 4atj d4atjb_ B:29-48,130-139,144-156 1myp d1myp.1 C:243-269,272-302,532-542 1qgj d1qgjb_ B:29-48,127-134,140-152 1fhf d1fhfb_ B:29-48,130-139,144-156 1fhf d1fhfa_ A:29-48,130-139,144-156 1fhf d1fhfc_ C:29-48,130-139,144-156 85. e.75.1 flu NP-like Flu NP-like consists of alpha+beta and all-alpha domains; biological unit is a trimer 2iqh d2iqhb1 B:213-231,232-246,249-267 2iqh d2iqha1 A:213-231,232-246,249-267 2iqh d2iqhc1 C:209-231,232-246,249-267 2iqh d2iqhb1 B:56-72,129-149,321-335 2iqh d2iqhc1 C:56-72,129-148,321-335 87. a.25.2 Cobalamin adenosyltransferase-like crossover loop goes across a different side of the 4-helical bundle; no internal metal-binding site ! Ferritin-like core: 4 helices; bundle, closed, left-handed twist; 1 crossover connection 1nig d1niga_ A:18-41,43-63,128-148 1rty d1rtyc_ C:22-51,53-75,146-172 1rty d1rtyb_ B:23-51,53-78,146-172 1rty d1rtya_ A:23-51,53-77,146-172 89. a.127.1 L-aspartase-like L-aspartase-like multihelical, consists of three all-alpha domains 1u15 d1u15c_ C:34-53,56-77,87-101 1tjv d1tjvc_ C:36-55,58-79,89-103 1hy1 d1hy1d_ D:34-53,56-77,87-101 1i0a d1i0ab_ B:34-53,56-77,87-101 1u15 d1u15d_ D:34-53,56-77,87-101 1t6p d1t6pa_ A:125-140,215-227,261-271 1t6p d1t6pf_ F:125-140,215-227,261-271 1hy1 d1hy1c_ C:34-53,56-77,87-101 1u15 d1u15a_ A:34-53,56-77,87-101 1auw d1auwb_ B:34-53,56-77,87-101 1tj7 d1tj7a_ A:29-48,51-73,83-97 1hy1 d1hy1a_ A:34-53,56-77,87-101 1tju d1tjuc_ C:36-55,58-79,89-103 1u16 d1u16a_ A:34-53,56-77,87-101 1tjv d1tjva_ A:36-55,58-79,89-103 1k62 d1k62b_ B:365-381,421-430,429-438 1i0a d1i0ad_ D:34-53,56-77,87-101 1auw d1auwa_ A:34-53,56-77,87-101 1k62 d1k62a_ A:365-381,421-430,429-438 1dcn d1dcnd_ D:36-55,58-79,89-103 1dcn d1dcnc_ C:36-55,58-79,89-103 1tju d1tjua_ A:36-55,58-79,89-103 1tjw d1tjwa_ A:36-55,58-79,89-103 1i0a d1i0aa_ A:34-53,56-77,87-101 1u15 d1u15b_ B:34-53,56-77,87-101 1t6p d1t6pd_ D:122-140,215-227,261-271 1tju d1tjub_ B:36-55,58-79,89-103 1i0a d1i0ac_ C:34-53,56-77,87-101 1hy1 d1hy1b_ B:34-53,56-77,87-101 1tj7 d1tj7b_ B:29-48,51-73,83-97 1hy0 d1hy0b_ B:34-53,56-77,87-101 1auw d1auwd_ D:34-53,56-77,87-101 1k7w d1k7wa_ A:36-55,58-79,89-103 1tjw d1tjwd_ D:36-55,58-79,89-103 1tjv d1tjvd_ D:33-55,58-79,89-103 1hy0 d1hy0a_ A:34-53,56-77,87-101 1t6p d1t6pg_ G:125-140,215-227,261-270 1tju d1tjud_ D:33-55,58-79,89-103 1tjw d1tjwc_ C:36-55,58-79,89-103 1auw d1auwc_ C:34-53,56-77,87-101 1tjv d1tjvb_ B:33-55,58-79,89-103 1k7w d1k7wc_ C:36-55,58-79,89-103 1tjw d1tjwb_ B:36-55,58-79,89-103 1k62 d1k62a_ A:34-53,56-77,87-101 1k7w d1k7wd_ D:36-55,58-79,89-103 1dcn d1dcna_ A:33-55,58-79,89-103 1k7w d1k7wb_ B:36-55,58-79,89-103 1c3u d1c3ub_ B:350-365,367-386,388-397 1k62 d1k62b_ B:34-53,56-77,87-101 1c3u d1c3ua_ A:350-365,367-386,388-397 1c3c d1c3cb_ B:350-365,367-386,388-397 1t6p d1t6pe_ E:124-141,215-227,261-271 1c3c d1c3ca_ A:350-365,367-386,388-397 1t6p d1t6pc_ C:126-140,215-227,261-270 1w27 d1w27a_ A:128-140,206-218,251-261 1w27 d1w27b_ B:128-140,206-218,251-261 1t6p d1t6ph_ H:124-141,215-227,261-271 1dcn d1dcnb_ B:33-55,58-75,89-103 1tjv d1tjvb_ B:367-383,423-431,431-440 1re5 d1re5c_ C:364-376,380-399,401-410 1q5n d1q5na_ A:365-377,381-400,402-410 1re5 d1re5d_ D:364-376,380-399,401-410 1re5 d1re5b_ B:364-376,380-399,401-410 1re5 d1re5a_ A:364-376,380-399,401-410 1u15 d1u15b_ B:365-381,421-429,429-438 1jsw d1jswb_ B:408-420,420-435,437-446 1t6j d1t6jb_ B:124-140,215-227,263-271 1t6j d1t6ja_ A:124-140,215-227,263-271 1yfm d1yfma_ A:430-442,442-457,459-468 2fus d2fusb_ B:405-417,417-432,434-443 1fuq d1fuqb_ B:405-417,417-432,434-443 1fuo d1fuob_ B:405-417,417-432,434-443 1fur d1furb_ B:405-417,417-432,434-443 1fup d1fupb_ B:405-417,417-432,434-443 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1re5 d1re5a_ A:105-144,161-189,316-348 1re5 d1re5d_ D:105-144,161-189,316-348 1hy1 d1hy1d_ D:112-151,168-196,322-353 1k7w d1k7wd_ D:114-153,170-198,324-355 1hy1 d1hy1a_ A:112-151,168-196,322-353 1k62 d1k62b_ B:112-151,168-196,322-353 1u15 d1u15d_ D:112-151,168-196,322-353 1dof d1dofc_ C:95-134,151-178,302-334 1dof d1dofb_ B:95-134,151-178,302-334 1k7w d1k7wb_ B:114-153,170-198,324-355 1tjv d1tjvd_ D:114-153,170-198,324-355 1w27 d1w27a_ A:493-550,558-574,587-605 1w27 d1w27a_ A:65-75,262-295,350-380 1u15 d1u15b_ B:112-151,168-196,322-353 1dof d1dofa_ A:95-134,151-178,302-334 1tjw d1tjwd_ D:114-153,170-198,324-355 1tjw d1tjwb_ B:114-153,170-198,324-355 1dof d1dofd_ D:95-134,151-178,302-334 1tju d1tjud_ D:114-153,170-198,324-355 1u15 d1u15a_ A:112-151,168-196,322-353 1tjw d1tjwa_ A:114-153,170-198,324-355 1aos d1aosa_ A:112-151,168-196,322-353 1k62 d1k62a_ A:112-151,168-196,322-353 1aos d1aosb_ B:112-151,168-196,322-353 1tjv d1tjva_ A:114-153,170-198,324-355 1hy1 d1hy1b_ B:112-151,168-196,322-353 1u15 d1u15c_ C:112-151,168-196,322-353 1hy1 d1hy1c_ C:112-151,168-196,322-353 1tju d1tjub_ B:114-153,170-198,324-355 1k7w d1k7wc_ C:114-153,170-198,324-355 1c3c d1c3cb_ B:93-132,149-177,302-334 1tjw d1tjwc_ C:114-153,170-198,324-355 1tju d1tjuc_ C:114-153,170-198,324-355 1tju d1tjua_ A:114-153,170-198,324-355 1tjv d1tjvb_ B:114-153,170-198,324-355 1tjv d1tjvc_ C:114-153,170-198,324-355 1dcn d1dcnb_ B:114-153,170-198,324-355 1c3u d1c3ub_ B:93-132,149-177,302-334 1c3c d1c3ca_ A:93-132,149-177,302-334 1auw d1auwc_ C:112-151,168-196,322-353 1dcn d1dcnd_ D:114-153,170-198,324-355 1c3u d1c3ua_ A:93-132,149-177,302-334 1auw d1auwd_ D:112-151,168-196,322-353 1dcn d1dcnc_ C:114-153,170-198,324-355 1f1o d1f1oa_ A:89-128,147-175,297-329 1auw d1auwa_ A:112-151,168-196,322-353 1dcn d1dcna_ A:114-153,170-198,324-355 1q5n d1q5na_ A:106-145,162-190,317-349 1fuo d1fuob_ B:139-160,196-225,271-300 1kq7 d1kq7b_ B:139-160,196-225,271-300 2fus d2fusb_ B:139-160,196-225,271-300 1fup d1fupb_ B:139-160,196-225,271-300 1i0a d1i0ad_ D:112-151,168-196,322-353 1fur d1furb_ B:139-160,196-225,271-300 2fus d2fusa_ A:139-160,196-225,271-300 1fup d1fupa_ A:139-160,196-225,271-300 1fuo d1fuoa_ A:139-160,196-225,271-300 1i0a d1i0ac_ C:112-151,168-196,322-353 1fur d1fura_ A:139-160,196-225,271-300 1auw d1auwb_ B:112-151,168-196,322-353 1fuq d1fuqa_ A:139-160,196-225,271-300 1i0a d1i0aa_ A:112-151,168-197,322-353 1fuq d1fuqb_ B:139-160,196-224,271-300 1kq7 d1kq7a_ A:139-160,196-224,271-300 1i0a d1i0ab_ B:112-151,168-197,322-353 1t6j d1t6ja_ A:505-565,568-589,592-613 1w27 d1w27b_ B:402-433,455-475,493-550 1t6p d1t6ph_ H:505-565,567-589,592-613 1w27 d1w27a_ A:402-433,455-475,493-550 1t6p d1t6pb_ B:505-565,567-589,592-613 1t6p d1t6pf_ F:505-565,567-589,592-613 1t6p d1t6pa_ A:505-565,567-589,592-613 1t6p d1t6pe_ E:505-565,567-589,592-613 1t6p d1t6pd_ D:505-565,567-589,592-613 1t6p d1t6pg_ G:505-565,567-589,592-613 1t6j d1t6jb_ B:505-565,568-589,592-613 1t6p d1t6pc_ C:505-565,567-589,592-613 1t6p d1t6pa_ A:415-446,465-486,505-565 1t6p d1t6ph_ H:415-446,465-486,505-565 1t6p d1t6pe_ E:415-446,465-486,505-565 1t6p d1t6pg_ G:415-446,465-486,505-565 1t6j d1t6ja_ A:415-446,465-486,505-565 1t6j d1t6jb_ B:415-446,465-486,505-565 1t6p d1t6pf_ F:415-446,465-486,505-565 1t6p d1t6pc_ C:415-446,465-486,505-565 1t6p d1t6pd_ D:415-446,465-486,505-565 1t6p d1t6pb_ B:415-446,465-486,505-565 1t6j d1t6ja_ A:465-486,505-565,690-705 1t6j d1t6jb_ B:465-486,505-565,690-705 1t6p d1t6ph_ H:465-486,505-565,690-705 1t6p d1t6pg_ G:465-486,505-565,690-705 1t6p d1t6pf_ F:465-486,505-565,690-705 1t6p d1t6pe_ E:465-486,505-565,690-705 1t6p d1t6pa_ A:465-486,505-565,690-705 1t6p d1t6pc_ C:465-486,505-565,690-705 1t6p d1t6pd_ D:465-486,505-565,690-705 1t6p d1t6pb_ B:465-486,505-565,690-705 1b8f d1b8fa_ A:92-110,196-230,279-309 1gk3 d1gk3a_ A:92-110,196-230,279-309 1t6j d1t6jb_ B:161-179,272-305,362-393 1t6p d1t6pc_ C:161-179,272-305,362-393 1t6p d1t6pd_ D:161-179,272-305,362-393 1w27 d1w27b_ B:455-475,493-550,680-695 1w27 d1w27a_ A:455-475,493-550,680-695 1t6j d1t6ja_ A:161-179,272-305,362-393 1gkm d1gkma_ A:92-110,197-230,279-309 1t6p d1t6pb_ B:161-179,272-305,362-393 1gkj d1gkja_ A:92-110,197-230,279-309 1t6p d1t6pg_ G:161-179,272-305,362-393 1t6p d1t6ph_ H:161-179,272-305,362-393 1t6p d1t6pf_ F:161-179,272-305,362-393 1gk2 d1gk2d_ D:92-110,197-230,279-309 1t6p d1t6pe_ E:161-179,272-305,362-393 1gk2 d1gk2a_ A:92-110,197-230,279-309 1t6p d1t6pa_ A:161-179,272-305,362-393 1gk2 d1gk2b_ B:92-110,197-230,279-309 1gk2 d1gk2c_ C:92-110,197-230,279-309 1eb4 d1eb4a_ A:92-110,197-230,279-309 1w27 d1w27b_ B:262-295,350-380,493-550 1w27 d1w27a_ A:262-295,350-380,493-550 1w27 d1w27b_ B:152-170,262-295,350-380 1w27 d1w27a_ A:152-170,262-295,350-380 90. d.381.1 ATP12-like ATP12-like contains an N-terminal beta-sheet that forms a beta-triangle structure; the remainder is a multihelical array of long and short helices 2r31 d2r31a1 A:85-100,147-162,162-177 2zd2 d2zd2b1 B:2085-2100,2147-2162,2162-2177 2r6i d2r6ib1 B:107-122,169-184,185-200 2r6i d2r6ia1 A:107-122,169-184,185-200 2r31 d2r31a1 A:147-162,162-177,178-188 2zd2 d2zd2b1 B:2147-2162,2162-2177,2178-2188 2r6i d2r6ib1 B:169-184,185-200,201-211 2r6i d2r6ia1 A:169-184,185-200,201-211 2zd2 d2zd2a1 A:1085-1100,1147-1161,1162-1177 2p4x d2p4xa1 A:85-100,147-161,162-177 2p4x d2p4xb1 B:85-100,147-161,162-177 2r6i d2r6ib1 B:185-200,201-211,214-224 2r6i d2r6ia1 A:185-200,201-211,214-224 2zd2 d2zd2a1 A:1162-1177,1178-1188,1191-1201 2p4x d2p4xa1 A:162-177,178-188,191-201 2r31 d2r31a1 A:162-177,178-188,191-201 2p4x d2p4xb1 B:162-177,178-188,191-201 2zd2 d2zd2b1 B:2162-2177,2178-2188,2191-2201 2zd2 d2zd2a1 A:1147-1161,1162-1177,1178-1188 2p4x d2p4xa1 A:147-161,162-177,178-188 2p4x d2p4xb1 B:147-161,162-177,178-188 91. a.173.1 Poly A polymerase C-terminal region-like the neck subdomain is an alpha-alpha superhelix; the tail subdomain is similar to the RuvA C-terminal domain-like ! Poly A polymerase C-terminal region-like multihelical; can be divided into three subdomains (neck, body and tail) 1vfg d1vfga1 A:204-216,228-250,255-268 1vfg d1vfgb1 B:204-216,228-250,255-268 1miy d1miya1 A:350-359,362-380,385-404 1miy d1miyb1 B:350-359,362-380,385-404 1miw d1miwb1 B:350-359,363-380,385-404 1miw d1miwa1 A:350-359,363-380,385-404 1miv d1mivb1 B:350-359,363-380,385-404 1miv d1miva1 A:350-359,363-380,385-404 1ou5 d1ou5b1 B:221-233,245-257,262-272 1ou5 d1ou5a1 A:221-233,246-257,262-272 1vfg d1vfga1 A:228-250,321-332,331-351 1vfg d1vfgb1 B:228-250,321-332,331-351 1miw d1miwb1 B:207-219,230-240,247-260 1miw d1miwa1 A:207-219,230-240,247-260 1miy d1miyb1 B:207-219,230-240,247-260 1miy d1miya1 A:207-219,230-240,247-260 1miv d1mivb1 B:210-219,230-240,247-260 1miv d1miva1 A:210-219,230-240,247-260 95. a.28.1 ACP-like Acyl carrier protein-like 4 helices, bundle; helix 3 is shorter than others; up-and-down 1t8k d1t8ka_ A:35-51,55-63,64-76 1l0h d1l0ha_ A:35-51,55-63,64-76 1dny d1dnya_ A:44-60,64-72,73-83 2af8 d2af8a_ A:41-57,61-68,70-86 1l0i d1l0ia_ A:35-51,55-63,64-76 1nq4 d1nq4a_ A:40-56,60-68,69-84 2fae d2faeb1 B:35-51,55-63,64-76 3ejd d3ejde1 E:55-71,75-83,84-95 3ejd d3ejda1 A:55-71,75-83,84-95 3eje d3ejec1 C:55-71,75-83,84-95 3eje d3ejea1 A:55-71,75-83,84-95 3ejb d3ejbe1 E:55-71,75-83,84-95 1vku d1vkua_ A:37-53,57-64,66-82 3ejb d3ejba1 A:55-71,75-83,84-95 2fac d2facb1 B:35-51,55-63,64-76 2fad d2fadb1 B:35-51,55-63,64-76 1or5 d1or5a_ A:38-54,58-66,67-79 2fac d2faca1 A:35-51,55-63,64-76 2fae d2faea1 A:35-51,55-63,64-76 2fad d2fada1 A:35-51,55-63,64-76 1f80 d1f80e_ E:36-51,55-63,64-74 3ejd d3ejdg1 G:55-71,75-83,84-93 3ejd d3ejdc1 C:55-71,75-83,84-93 3eje d3ejeg1 G:55-71,75-83,84-92 1f80 d1f80d_ D:35-51,55-63,64-73 3eje d3ejee1 E:55-71,75-83,84-93 3ejb d3ejbc1 C:55-71,75-83,84-93 3ejb d3ejbg1 G:55-71,75-83,84-93 1af8 d1af8a_ A:41-57,61-68,70-86 1klp d1klpa_ A:40-56,60-68,69-82 1hy8 d1hy8a_ A:35-51,55-62,64-76 1f80 d1f80f_ F:35-51,55-63,64-73 2png d2pnga1 A:36-53,57-64,65-73 97. f.49.1 Proton glutamate symport protein Proton glutamate symport protein multihelical membrane protein; partial structural duplication in the C-terminal region; oligomeric state: trimer 2nwx d2nwxa1 A:277-293,295-307,389-416 2nwx d2nwxc1 C:277-293,295-307,389-416 2nwx d2nwxb1 B:277-293,295-307,389-416 1xfh d1xfhc_ C:277-293,295-311,389-416 1xfh d1xfha_ A:277-293,295-311,389-416 2nww d2nwwc1 C:277-293,295-311,389-416 2nww d2nwwb1 B:277-293,295-311,389-416 2nww d2nwwa1 A:277-293,295-311,389-416 2nww d2nwwa1 A:311-330,334-353,357-371 2nww d2nwwb1 B:311-330,334-353,357-371 2nww d2nwwc1 C:311-330,334-353,357-371 2nwx d2nwxb1 B:311-330,334-353,357-371 2nwx d2nwxc1 C:311-330,334-353,357-371 2nwx d2nwxa1 A:311-330,334-353,357-371 1xfh d1xfhb_ B:277-293,301-311,389-416 1xfh d1xfha_ A:311-330,334-353,357-371 1xfh d1xfhc_ C:311-330,337-353,357-371 1xfh d1xfhb_ B:311-330,337-353,357-371 2nwx d2nwxb1 B:57-73,141-149,150-171 2nwx d2nwxc1 C:57-73,141-149,150-171 2nwx d2nwxa1 A:57-73,141-149,150-171 2nwx d2nwxc1 C:225-255,257-266,389-416 2nwx d2nwxb1 B:225-255,257-266,389-416 2nwx d2nwxa1 A:225-255,257-266,389-416 1xfh d1xfha_ A:225-255,257-266,389-416 2nww d2nwwa1 A:225-255,257-266,389-416 1xfh d1xfhb_ B:225-255,257-266,389-416 2nww d2nwwb1 B:225-255,257-266,389-416 2nww d2nwwc1 C:225-255,257-266,389-416 1xfh d1xfhc_ C:225-255,257-266,389-416 2nww d2nwwa1 A:73-108,334-353,357-371 2nww d2nwwb1 B:73-108,334-353,357-371 2nww d2nwwc1 C:73-108,334-353,357-371 2nwx d2nwxa1 A:73-108,150-171,295-307 2nwx d2nwxb1 B:73-108,150-171,295-307 2nwx d2nwxc1 C:73-108,150-171,295-307 1xfh d1xfhc_ C:73-108,150-171,295-311 1xfh d1xfha_ A:73-108,150-171,295-311 2nww d2nwwb1 B:73-108,150-171,295-311 2nww d2nwwc1 C:73-108,150-171,295-311 2nww d2nwwa1 A:73-108,150-171,295-311 2nww d2nwwc1 C:43-70,141-149,150-171 1xfh d1xfha_ A:42-70,141-149,150-171 1xfh d1xfhb_ B:42-70,141-149,150-171 1xfh d1xfhc_ C:42-70,141-149,150-171 2nww d2nwwb1 B:42-70,141-149,150-171 2nww d2nwwa1 A:42-70,141-149,150-171 99. e.46.1 Virulence-associated V antigen Virulence-associated V antigen consists of an all-alpha and alpha+beta domains connected by antiparallel coiled coil 1r6f d1r6fa_ A:91-109,114-127,132-146 101. a.24.20 Colicin D immunity protein Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1tfo d1tfob1 B:19-35,41-58,70-86 1tfk d1tfkb1 B:19-35,41-58,70-86 1v74 d1v74b_ B:19-35,41-58,70-86 102. a.287.1 TerB-like members of this superfamily probably related to the tellurite resistance protein TerB (Pfam 05099) of yet undetermined structure TerB-like multihelical; contains two central helices; duplication: there are two three-helical repeats related by pseudo twofold symmetry 2h5n d2h5na1 A:14-33,36-51,80-96 2ou3 d2ou3a1 A:24-41,46-61,92-108 2ou3 d2ou3b1 B:24-41,46-61,92-108 2h5n d2h5na1 A:36-51,80-96,122-132 104. a.128.1 Terpenoid synthases duplication: two metal-binding sites are related by a pseudo dyad that also relates helices C-F to helices G-J ! Terpenoid synthases multihelical; core: 8 helices (C-J) are arranged in 2 parallel layers 1fps d1fpsa_ A:282-292,293-306,308-323 1n23 d1n23a2 A:316-329,554-575,581-596 1n1z d1n1za2 A:316-329,554-575,581-596 1n20 d1n20a2 A:316-329,554-575,581-596 1n22 d1n22a2 A:316-329,554-575,581-596 1n24 d1n24a2 A:316-329,554-575,581-596 1n20 d1n20b2 B:316-329,554-575,581-596 1n21 d1n21a2 A:316-329,554-575,581-596 1n23 d1n23b2 B:316-329,554-575,581-596 2q80 d2q80a1 A:23-40,42-69,153-167 5eau d5eaua2 A:358-386,403-416,419-429 2q80 d2q80e1 E:23-40,42-69,153-167 1ps1 d1ps1b_ B:114-131,132-157,178-191 2q80 d2q80f1 F:23-40,42-69,153-167 2q80 d2q80b1 B:23-40,42-69,153-167 2q80 d2q80c1 C:23-40,42-69,153-167 1uby d1ubya_ A:282-292,293-304,308-323 1ubw d1ubwa_ A:282-292,293-304,308-323 2q80 d2q80d1 D:23-40,42-69,153-167 5eas d5easa2 A:357-386,403-416,419-429 1hm4 d1hm4a_ A:114-131,132-157,178-191 1hxg d1hxga2 A:357-386,403-416,419-429 5eat d5eata2 A:357-386,403-416,419-429 1ubv d1ubva_ A:282-292,293-304,308-323 1hx9 d1hx9a2 A:357-386,403-416,419-429 1hxa d1hxaa2 A:357-386,403-416,419-429 1hxc d1hxca2 A:356-386,403-416,419-429 1yyu d1yyub1 B:5-21,206-236,254-280 1hm7 d1hm7b_ B:114-131,132-159,178-191 2q80 d2q80c1 C:214-225,227-237,240-255 1hm4 d1hm4b_ B:114-131,132-159,178-191 2q80 d2q80d1 D:214-225,227-237,240-255 1yyu d1yyua1 A:5-21,206-236,254-280 2q80 d2q80b1 B:214-225,227-237,240-255 2q80 d2q80e1 E:214-225,227-237,240-255 1rqi d1rqib_ B:67-81,83-107,203-219 1rqj d1rqjb_ B:67-81,83-107,203-219 1rtr d1rtra_ A:44-58,60-84,178-194 1dgp d1dgpb_ B:147-165,164-184,203-218 1kiz d1kiza_ A:5-21,206-236,254-280 1dgp d1dgpa_ A:147-165,164-184,203-218 2q80 d2q80f1 F:214-225,227-237,240-255 1rqj d1rqja_ A:67-81,83-107,203-219 1rqi d1rqia_ A:67-81,83-107,203-219 2q80 d2q80a1 A:214-225,227-237,240-255 1rtr d1rtrb_ B:44-58,60-84,178-194 1jfg d1jfga_ A:5-21,206-236,254-280 1kiy d1kiya_ A:5-21,206-236,254-280 1yyt d1yyta1 A:5-21,206-236,254-280 1kiy d1kiyb_ B:5-21,206-236,254-280 2q9z d2q9za1 A:5-21,206-236,254-280 1ezf d1ezfb_ B:37-52,51-61,62-86 1jfa d1jfaa_ A:5-21,206-236,254-280 1ezf d1ezfc_ C:38-52,51-61,62-86 1ezf d1ezfa_ A:38-52,51-61,62-86 2q9y d2q9ya1 A:5-21,206-236,254-280 1fps d1fpsa_ A:72-86,92-122,215-232 1ubv d1ubva_ A:72-86,92-122,215-232 1ubw d1ubwa_ A:72-86,92-122,215-232 1ubx d1ubxa_ A:72-86,92-122,215-232 1di1 d1di1b_ B:147-165,164-185,203-218 1dgp d1dgpb_ B:53-69,73-84,97-122 1uby d1ubya_ A:72-86,92-122,215-232 1di1 d1di1a_ A:147-165,164-185,203-218 1dgp d1dgpa_ A:53-69,73-84,97-122 1di1 d1di1b_ B:53-69,73-84,97-122 1ezf d1ezfb_ B:51-61,62-86,176-191 1di1 d1di1a_ A:53-69,73-84,97-122 2q80 d2q80f1 F:84-107,108-136,153-167 2q80 d2q80c1 C:84-107,108-136,153-167 2q80 d2q80a1 A:84-107,108-136,153-167 2q9z d2q9zb1 B:59-79,82-102,187-197 2q80 d2q80e1 E:84-107,108-136,153-167 2q80 d2q80d1 D:84-107,108-136,153-167 1ezf d1ezfc_ C:51-61,62-86,176-191 1ps1 d1ps1b_ B:18-34,38-49,62-86 1hxc d1hxca2 A:266-279,283-308,403-416 2q9y d2q9yb1 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d1vg7a_ A:42-56,60-86,155-177 1jfg d1jfgb_ B:28-49,59-79,82-102 1v4i d1v4ia_ A:42-56,60-86,155-177 1jfa d1jfab_ B:28-49,59-79,82-102 2q9y d2q9yb1 B:28-49,59-79,82-102 1vg7 d1vg7a_ A:9-29,42-56,60-86 1n21 d1n21a2 A:382-408,411-436,453-466 1n1z d1n1za2 A:382-408,411-436,453-466 1v4j d1v4jb_ B:9-28,42-56,60-86 1n1b d1n1ba2 A:382-408,411-436,453-466 1n1z d1n1zb2 B:382-408,411-436,453-466 1vg6 d1vg6a_ A:9-29,42-56,60-86 1n1b d1n1bb2 B:382-408,411-436,453-466 1vg6 d1vg6a_ A:42-56,60-86,155-177 1v4e d1v4ea_ A:9-29,42-56,60-86 1v4j d1v4ja_ A:9-29,42-56,60-86 1n24 d1n24a2 A:382-408,411-436,453-466 1n24 d1n24b2 B:382-408,411-436,453-466 1v4j d1v4jb_ B:42-56,60-86,155-177 1n22 d1n22a2 A:382-408,411-436,453-466 1n22 d1n22b2 B:382-408,411-436,453-466 1v4h d1v4ha_ A:42-56,60-86,155-177 1vg2 d1vg2a_ A:9-29,42-56,60-86 1vg2 d1vg2a_ A:42-56,60-86,155-177 1v4k d1v4ka_ A:42-56,60-86,155-177 1n23 d1n23a2 A:382-408,411-436,453-466 1v4e d1v4eb_ B:9-28,42-56,60-86 1n23 d1n23b2 B:382-408,411-436,453-466 1kiz d1kizb_ B:28-49,59-79,82-102 1v4i d1v4ia_ A:9-29,42-56,60-86 1n20 d1n20a2 A:382-408,411-436,453-466 1n20 d1n20b2 B:382-408,411-436,453-466 1yyt d1yytb1 B:28-49,59-79,82-102 1vg4 d1vg4b_ B:42-56,60-86,155-177 1v4e d1v4eb_ B:42-56,60-86,155-177 1kiy d1kiyb_ B:28-49,59-79,82-102 1v4j d1v4ja_ A:42-56,60-86,155-177 1vg4 d1vg4a_ A:42-56,60-86,155-177 1jfg d1jfga_ A:28-49,59-79,82-102 1vg4 d1vg4a_ A:9-28,42-56,60-86 1vg3 d1vg3a_ A:42-56,60-86,155-177 1v4e d1v4ea_ A:42-56,60-86,155-177 1vg4 d1vg4b_ B:9-28,42-56,60-86 1rtr d1rtra_ A:44-58,196-229,250-273 1yyt d1yyta1 A:28-49,59-79,82-103 1jfa d1jfaa_ A:28-49,59-79,82-103 2q9y d2q9ya1 A:28-50,59-79,82-103 1kiz d1kiza_ A:28-49,59-79,82-103 1kiy d1kiya_ A:28-49,59-79,82-103 1yyu d1yyub1 B:28-49,59-79,82-103 1yyu d1yyua1 A:28-49,59-79,82-103 2q9z d2q9za1 A:28-50,59-79,82-103 1v4k d1v4ka_ A:11-28,42-56,60-86 1v4h d1v4ha_ A:11-29,42-56,60-86 1rqj d1rqjb_ B:23-46,51-65,83-107 1rqi d1rqia_ A:23-47,51-64,83-107 1rqj d1rqja_ A:23-46,51-65,83-107 1rqj d1rqjb_ B:23-46,67-81,83-107 1rqi d1rqib_ B:23-46,67-81,83-107 1rqj d1rqja_ A:23-46,67-81,83-107 5eas d5easa2 A:222-255,266-279,283-308 1hxc d1hxca2 A:222-255,266-279,283-308 1hx9 d1hx9a2 A:222-255,266-279,283-308 1hxg d1hxga2 A:222-255,266-279,283-308 1rqi d1rqia_ A:23-47,67-81,83-107 5eau d5eaua2 A:222-255,266-279,283-308 5eat d5eata2 A:222-255,266-279,283-308 1hxa d1hxaa2 A:222-255,266-279,283-308 1n22 d1n22b2 B:272-305,316-329,333-358 1n21 d1n21a2 A:272-305,316-329,333-358 1n22 d1n22a2 A:272-305,316-329,333-358 1n23 d1n23a2 A:272-305,316-329,333-358 1n1z d1n1zb2 B:272-305,316-329,333-358 1n1b d1n1ba2 A:272-305,316-329,333-358 1n1b d1n1bb2 B:272-305,316-329,333-358 1n1z d1n1za2 A:272-305,316-329,333-358 1n23 d1n23b2 B:272-305,316-329,333-358 1n20 d1n20a2 A:272-305,316-329,333-358 1n20 d1n20b2 B:272-305,316-329,333-358 1n24 d1n24a2 A:272-305,316-329,333-358 1n24 d1n24b2 B:272-305,316-329,333-358 1ubx d1ubxa_ A:20-49,72-86,92-122 1fps d1fpsa_ A:20-49,72-86,92-122 1ubv d1ubva_ A:20-49,72-86,92-122 1ubw d1ubwa_ A:20-49,72-86,92-122 1uby d1ubya_ A:20-49,72-86,92-122 105. a.29.14 Ta0600-like Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 2qzg d2qzgb1 B:8-27,30-46,50-68 2qzg d2qzga1 A:8-27,30-46,50-68 2qzg d2qzgc1 C:8-27,30-46,50-68 2qzg d2qzgd1 D:8-26,30-46,50-68 2qsb d2qsba1 A:2-22,26-43,46-65 108. b.80.6 Stabilizer of iron transporter SufD superhelix turns are made of two very long strands each ! Single-stranded right-handed beta-helix superhelix turns are made of parallel beta-strands and (short) turns 1vh4 d1vh4a_ A:9-20,26-40,124-134 1vh4 d1vh4b_ B:6-20,26-40,124-134 109. a.277.1 TAFH domain-like TAFH domain-like 5 helices; folded leaf, closed 2pp4 d2pp4a1 A:119-141,142-158,161-174 2p6v d2p6va1 A:596-609,612-622,632-645 2h7b d2h7ba1 A:0-22,22-40,42-55 110. a.69.2 Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p Left-handed superhelix core: 4-5 helices; bundle; left-handed superhelix 1fkm d1fkma2 A:444-463,475-487,570-587 2g77 d2g77a2 A:444-463,475-487,570-587 1fkm d1fkma2 A:493-509,570-587,611-630 2g77 d2g77a2 A:493-509,570-587,611-630 1fkm d1fkma1 A:353-372,377-397,414-437 2g77 d2g77a1 A:353-372,377-397,414-437 1fkm d1fkma1 A:282-295,377-397,493-509 2g77 d2g77a1 A:330-344,353-372,377-397 1fkm d1fkma2 A:475-487,570-587,594-605 2g77 d2g77a2 A:475-487,570-587,594-605 1fkm d1fkma1 A:329-344,353-372,377-397 2g77 d2g77a2 A:462-473,475-487,570-587 112. a.160.1 PAP/OAS1 substrate-binding domain this domain follows the catalytic nucleotidyltransferase domain ! PAP/OAS1 substrate-binding domain core: 5-helical bundle; up-and-down; right-handed twist 1px5 d1px5b1 B:189-200,201-223,228-245 1px5 d1px5a1 A:189-200,201-222,228-245 2q66 d2q66a1 A:189-202,203-222,232-248 2b4v d2b4va1 A:271-289,289-307,317-333 1px5 d1px5b1 B:201-223,228-245,250-265 1px5 d1px5a1 A:201-222,228-245,250-265 1fa0 d1fa0a3 A:203-222,232-248,251-266 3c66 d3c66b1 B:203-222,232-248,251-266 2hhp d2hhpa1 A:203-222,232-248,251-266 2o1p d2o1pb1 B:203-222,232-248,251-266 2o1p d2o1pa1 A:203-222,232-248,251-266 3c66 d3c66a1 A:203-222,232-248,251-266 2dr5 d2dr5a1 A:141-159,171-183,184-195 2drb d2drba1 A:141-159,171-183,184-195 2q66 d2q66a1 A:203-222,232-248,251-266 2dr9 d2dr9a1 A:141-159,171-183,184-195 1tfy d1tfyc1 C:141-159,171-183,184-195 1r8c d1r8ca1 A:141-159,171-183,184-195 1r89 d1r89a1 A:141-159,171-183,184-195 1fa0 d1fa0b3 B:203-222,232-248,251-266 1r8b d1r8ba1 A:141-159,171-183,184-195 1r8a d1r8aa1 A:141-159,171-183,184-195 1uev d1ueva1 A:144-159,171-183,184-195 2dvi d2dvia1 A:141-159,171-183,184-195 1tfw d1tfwc1 C:141-159,171-183,184-195 2zh6 d2zh6a1 A:141-159,171-183,184-195 2dr8 d2dr8a1 A:141-159,171-183,184-195 2zh9 d2zh9a1 A:141-159,171-183,184-195 1sz1 d1sz1a1 A:141-159,171-183,184-195 1tfw d1tfwa1 A:141-159,171-183,184-195 1sz1 d1sz1b1 B:141-159,171-183,184-195 2zh2 d2zh2a1 A:144-159,171-183,184-195 1tfy d1tfyd1 D:141-159,171-183,184-195 2dr7 d2dr7a1 A:144-159,171-183,184-195 1ueu d1ueua1 A:144-159,171-183,184-195 1tfw d1tfwd1 D:141-159,171-183,184-195 2dra d2draa1 A:144-159,171-183,184-195 2zh1 d2zh1a1 A:144-159,171-183,184-195 1tfw d1tfwb1 B:141-159,171-183,184-195 1tfy d1tfyb1 B:141-159,171-183,184-195 2zh8 d2zh8a1 A:144-159,171-183,184-195 2zh4 d2zh4a1 A:144-159,171-183,184-195 1tfy d1tfya1 A:141-159,171-183,184-195 1uet d1ueta1 A:144-159,171-183,184-195 2zh3 d2zh3a1 A:144-159,171-183,184-195 2zh5 d2zh5a1 A:144-159,171-183,184-195 2zhb d2zhba1 A:144-159,171-183,184-195 1q78 d1q78a1 A:216-235,245-261,264-279 1tfw d1tfwd1 D:125-142,141-159,171-183 2zha d2zhaa1 A:144-159,171-183,184-195 2dr9 d2dr9a1 A:125-142,141-159,171-183 2zh7 d2zh7a1 A:144-159,171-183,184-195 1q79 d1q79a1 A:216-235,245-261,264-279 2drb d2drba1 A:125-142,141-159,171-183 1tfy d1tfyc1 C:125-142,141-159,171-183 2zh6 d2zh6a1 A:125-142,141-159,171-183 1f5a d1f5aa3 A:216-235,245-261,264-279 1tfw d1tfwa1 A:125-142,141-159,171-183 2dr5 d2dr5a1 A:125-142,141-159,171-183 1tfy d1tfyd1 D:125-142,141-159,171-183 1tfw d1tfwb1 B:125-142,141-159,171-183 2pbe d2pbea1 A:174-203,220-232,235-262 1tfw d1tfwc1 C:125-142,141-159,171-183 1tfy d1tfya1 A:125-142,141-159,171-183 2zh9 d2zh9a1 A:125-142,141-159,171-183 1r8a d1r8aa1 A:125-142,141-159,171-183 2dvi d2dvia1 A:125-142,141-159,171-183 1sz1 d1sz1a1 A:125-142,141-159,171-183 1sz1 d1sz1b1 B:125-142,141-159,171-183 1r89 d1r89a1 A:125-142,141-159,171-183 2dr8 d2dr8a1 A:125-142,141-159,171-183 1r8b d1r8ba1 A:125-142,141-159,171-183 2hhp d2hhpa1 A:181-202,203-222,232-248 3c66 d3c66b1 B:181-202,203-222,232-248 2o1p d2o1pa1 A:181-202,203-222,232-248 1r8c d1r8ca1 A:125-142,141-159,171-183 2b4v d2b4va1 A:289-307,317-333,362-381 2b4v d2b4va1 A:83-90,289-307,317-333 3c66 d3c66a1 A:181-202,203-222,232-248 1q78 d1q78a1 A:194-215,216-235,245-261 1f5a d1f5aa3 A:194-215,216-235,245-261 2zh2 d2zh2a1 A:125-142,144-159,171-183 2dra d2draa1 A:125-142,144-159,171-183 2zh5 d2zh5a1 A:125-142,144-159,171-183 2zh8 d2zh8a1 A:125-142,144-159,171-183 1uev d1ueva1 A:125-142,144-159,171-183 1uet d1ueta1 A:125-142,144-159,171-183 1q79 d1q79a1 A:194-215,216-235,245-261 1ueu d1ueua1 A:125-142,144-159,171-183 2zh4 d2zh4a1 A:125-142,144-159,171-183 2dr7 d2dr7a1 A:125-142,144-159,171-183 2zhb d2zhba1 A:125-142,144-159,171-183 2zh7 d2zh7a1 A:125-142,144-159,171-183 2zh3 d2zh3a1 A:125-142,144-159,171-183 1fa0 d1fa0b3 B:181-201,203-222,232-248 2o1p d2o1pb1 B:181-201,203-222,232-248 1fa0 d1fa0a3 A:181-201,203-222,232-248 114. a.40.3 Hook domain CH domain-like core: 4 helices: bundle 1wix d1wixa_ A:35-48,52-60,66-90 1wix d1wixa_ A:66-90,100-108,109-127 116. c.23.17 Precorrin-8X methylmutase CbiC/CobH fold elaborated with additional structures ! Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1ou0 d1ou0a_ A:17-26,30-45,46-53 1ou0 d1ou0c_ C:16-26,31-45,46-53 1ou0 d1ou0b_ B:15-26,30-45,46-53 1ou0 d1ou0d_ D:16-25,30-45,46-53 1v9c d1v9cb_ B:5-21,26-41,42-49 118. e.18.1 HydB/Nqo4-like HydB/Nqo4-like 3 domains: (1) all-alpha; (2&3) alpha+beta 1e3d d1e3dd_ D:376-389,390-405,413-432 1e3d d1e3db_ B:376-389,390-405,413-432 1frf d1frfl_ L:383-396,397-412,420-439 1e3d d1e3db_ B:95-127,205-221,241-263 1h2r d1h2rl_ L:105-137,215-231,251-273 1frv d1frvb_ B:89-121,202-215,235-257 1frv d1frvd_ D:89-122,199-215,235-257 2fug d2fug41 4:110-141,142-165,183-200 2fug d2fugd1 D:110-141,142-165,183-200 2fug d2fugm1 M:110-141,142-165,183-200 2fug d2fugv1 V:110-141,142-165,183-200 1frv d1frvd_ D:89-122,185-200,256-269 2fug d2fugd1 D:110-141,142-165,199-211 2fug d2fugm1 M:110-141,142-165,199-211 2fug d2fug41 4:110-141,142-165,199-211 2fug d2fugv1 V:110-141,142-165,199-211 1ubm d1ubml_ L:385-398,399-414,422-455 1wul d1wull1 L:385-398,399-414,422-455 1wui d1wuil1 L:385-398,399-414,422-455 1ubt d1ubtl_ L:385-398,399-414,422-455 1wuh d1wuhl1 L:385-398,399-414,422-455 1ubo d1ubol_ L:385-398,399-414,422-455 1wuj d1wujl1 L:385-398,399-414,422-455 1ubh d1ubhl_ L:385-398,399-414,422-455 1wuk d1wukl1 L:385-398,399-414,422-455 1ubr d1ubrl_ L:385-398,399-414,422-455 1h2a d1h2al_ L:385-398,399-414,422-455 1ubj d1ubjl_ L:385-398,399-414,422-455 1ubk d1ubkl_ L:385-398,399-414,422-455 1ubu d1ubul_ L:385-398,399-414,422-455 1h2r d1h2rl_ L:385-398,399-414,422-455 1ubl d1ubll_ L:385-398,399-414,422-455 2frv d2frvl_ L:89-122,185-215,256-269 2frv d2frvf_ F:89-122,185-215,256-269 2frv d2frvd_ D:89-122,185-215,256-269 2frv d2frvb_ B:89-122,185-215,256-269 2frv d2frvh_ H:89-122,185-215,256-269 2frv d2frvj_ J:89-122,185-215,256-269 2frv d2frvf_ F:369-382,383-398,406-439 2frv d2frvb_ B:369-382,383-398,406-439 2frv d2frvl_ L:369-382,383-398,406-439 2frv d2frvh_ H:369-382,383-398,406-439 2frv d2frvj_ J:369-382,383-398,406-439 2frv d2frvd_ D:369-382,383-398,406-439 1frf d1frfl_ L:96-129,194-224,265-278 1yq9 d1yq9h1 H:369-382,383-398,406-439 1yq9 d1yq9i1 I:369-382,383-398,406-439 1frv d1frvb_ B:89-121,185-203,256-269 1h2r d1h2rl_ L:105-137,201-216,272-285 1frv d1frvb_ B:370-382,383-398,406-439 1e3d d1e3db_ B:95-127,191-206,262-275 1frv d1frvd_ D:370-382,383-398,406-439 1frf d1frfl_ L:96-129,194-224,244-266 2frv d2frvj_ J:89-122,185-215,235-257 2frv d2frvl_ L:89-122,185-215,235-257 2frv d2frvb_ B:89-122,185-215,235-257 2frv d2frvf_ F:89-122,185-215,235-257 2frv d2frvd_ D:89-122,185-215,235-257 2frv d2frvh_ H:89-122,185-215,235-257 1ubm d1ubml_ L:105-137,201-231,272-285 1yq9 d1yq9h1 H:89-121,185-215,256-269 1wuj d1wujl1 L:105-137,201-231,272-285 1wui d1wuil1 L:105-137,201-231,272-285 1wuh d1wuhl1 L:105-137,201-231,272-285 1wuk d1wukl1 L:105-137,201-231,272-285 1ubk d1ubkl_ L:105-137,201-231,272-285 1ubt d1ubtl_ L:105-137,201-231,272-285 1wul d1wull1 L:105-137,201-231,272-285 1ubu d1ubul_ L:105-137,201-231,272-285 1ubl d1ubll_ L:105-137,201-231,272-285 1ubo d1ubol_ L:105-137,201-231,272-285 1ubh d1ubhl_ L:105-137,201-231,272-285 1yq9 d1yq9i1 I:89-121,185-215,256-269 1ubr d1ubrl_ L:105-137,201-231,272-285 1ubj d1ubjl_ L:105-137,201-231,272-285 1e3d d1e3dd_ D:95-127,191-221,262-275 1h2a d1h2al_ L:105-137,201-231,272-285 1ubm d1ubml_ L:105-137,201-231,251-273 1e3d d1e3dd_ D:95-127,191-221,241-263 1wuj d1wujl1 L:105-137,201-231,251-273 1h2a d1h2al_ L:105-137,201-231,251-273 1wuh d1wuhl1 L:105-137,201-231,251-273 1wui d1wuil1 L:105-137,201-231,251-273 1wuk d1wukl1 L:105-137,201-231,251-273 1wul d1wull1 L:105-137,201-231,251-273 1ubh d1ubhl_ L:105-137,201-231,251-273 1ubl d1ubll_ L:105-137,201-231,251-273 1ubu d1ubul_ L:105-137,201-231,251-273 1ubk d1ubkl_ L:105-137,201-231,251-273 1ubo d1ubol_ L:105-137,201-231,251-273 1ubt d1ubtl_ L:105-137,201-231,251-273 1ubj d1ubjl_ L:105-137,201-231,251-273 1ubr d1ubrl_ L:105-137,201-231,251-273 1yq9 d1yq9h1 H:89-121,185-215,235-257 1yq9 d1yq9i1 I:89-121,185-215,235-257 1cc1 d1cc1l_ L:94-127,150-184,223-236 1cc1 d1cc1l_ L:94-127,150-184,202-224 1frv d1frvb_ B:89-121,185-203,235-257 1h2r d1h2rl_ L:105-137,201-216,251-273 1frv d1frvd_ D:89-122,185-200,235-257 1e3d d1e3db_ B:95-127,191-206,241-263 119. a.199.1 YgfB-like YgfB-like multihelical; consists of two tightly associated 3-helical bundles with different twists 1izm d1izma_ A:91-115,121-137,145-171 1izm d1izma_ A:20-35,38-51,91-115 121. a.5.6 Double-stranded DNA-binding domain RuvA C-terminal domain-like 3 helices; bundle, right-handed twist 1eij d1eija_ A:18-29,32-50,57-70 2cru d2crua1 A:48-63,62-80,87-102 2cru d2crua1 A:23-48,48-63,62-80 122. e.10.1 Prokaryotic type I DNA topoisomerase duplication: the protein chain passing through the domains 2-4 makes two structural repeats ! The active site is formed by the toprim and "winged helix" domains (domains 1 and 4); these two domains are also found in the type II topoisomerase (DNA gyrase A) and in the alpha subunit of topoisomerase IV ! Prokaryotic type I DNA topoisomerase 4 domains: (1) Toprim alpha/beta; (2&4) "winged helix"-like; (3) barrel: n=6, S=8 1cy0 d1cy0a_ A:158-188,539-556,559-572 1d6m d1d6ma_ A:293-306,492-503,524-539 1i7d d1i7da_ A:293-306,492-503,524-539 1gl9 d1gl9b3 B:775-788,957-969,972-987 1gl9 d1gl9c3 C:775-788,957-969,972-987 1gl9 d1gl9b3 B:677-707,1018-1035,1038-1054 1gl9 d1gl9c3 C:677-707,1018-1035,1038-1054 1cy0 d1cy0a_ A:285-298,478-490,493-508 1gku d1gkub3 B:775-788,957-969,972-987 1gku d1gkub3 B:677-707,1018-1035,1038-1054 1mw9 d1mw9x_ X:285-298,478-490,493-508 1ecl d1ecla_ A:285-298,478-490,493-508 1cy2 d1cy2a_ A:285-298,478-490,493-508 1cy6 d1cy6a_ A:285-298,478-490,493-508 1cy4 d1cy4a_ A:285-298,478-490,493-508 1cy1 d1cy1a_ A:285-298,478-490,493-508 1cy7 d1cy7a_ A:285-298,478-490,493-508 1cy8 d1cy8a_ A:285-298,478-490,493-508 1cy4 d1cy4a_ A:158-188,539-556,559-581 1cy7 d1cy7a_ A:158-188,539-556,559-581 1cy8 d1cy8a_ A:158-188,539-556,559-581 1cy1 d1cy1a_ A:158-188,539-556,559-581 1d6m d1d6ma_ A:151-184,567-584,587-609 1mw9 d1mw9x_ X:158-188,539-556,559-581 1cy2 d1cy2a_ A:158-188,539-556,559-581 1mw8 d1mw8x_ X:158-188,539-556,559-581 1ecl d1ecla_ A:158-188,539-556,559-581 1cy6 d1cy6a_ A:158-188,539-556,559-581 1i7d d1i7da_ A:151-188,567-584,587-609 1cy1 d1cy1a_ A:158-188,520-535,559-581 1cy2 d1cy2a_ A:158-188,520-535,559-581 1mw9 d1mw9x_ X:158-188,520-535,559-581 1mw8 d1mw8x_ X:158-188,520-535,559-581 1cy7 d1cy7a_ A:158-188,520-535,559-581 1cy8 d1cy8a_ A:158-188,520-535,559-581 1ecl d1ecla_ A:158-188,520-535,559-581 1cy4 d1cy4a_ A:158-188,520-535,559-581 1cy6 d1cy6a_ A:158-188,520-535,559-581 124. a.101.1 Uteroglobin-like disulfide-linked dimer of two identical chains, 4 helices in each ! Uteroglobin-like multihelical 2ejn d2ejna1 A:3-16,50-67,77-90 1zkr d1zkra1 A:3-16,50-67,77-90 2ejn d2ejnb1 B:3-16,50-67,77-90 1zkr d1zkrb1 B:3-16,50-67,77-90 1puo d1puoa2 A:7-20,53-70,95-108 1puo d1puob2 B:7-20,53-70,95-108 2ejn d2ejna2 A:50-67,77-90,91-103 2ejn d2ejnb2 B:50-67,77-90,91-103 1zkr d1zkra2 A:50-67,77-90,91-103 1zkr d1zkrb2 B:50-67,77-90,91-103 1puo d1puob1 B:53-70,95-108,109-122 1puo d1puoa1 A:53-70,95-108,109-122 1puo d1puob2 B:21-33,35-53,142-159 1puo d1puoa2 A:21-33,35-53,142-159 1zkr d1zkrb1 B:3-16,50-67,105-121 2ejn d2ejnb1 B:3-16,50-67,105-121 2ejn d2ejna1 A:17-30,31-50,128-140 1zkr d1zkra1 A:17-30,31-50,128-140 2ejn d2ejnb1 B:17-30,31-50,129-140 1zkr d1zkrb1 B:17-30,31-50,129-140 1zkr d1zkra1 A:3-16,50-67,105-123 2ejn d2ejna1 A:3-16,50-67,105-123 125. d.148.1 Hect, E3 ligase catalytic domain Hect, E3 ligase catalytic domain consists of two alpha+beta domains; the N-terminal domain is array of helices and beta-hairpins; the C-terminal domain is an a/b sandwich with one left-handed beta-alpha(n)-beta unit; conformational flexibility of domain orientation 1nd7 d1nd7a_ A:692-701,700-714,752-767 1c4z d1c4zc_ C:624-633,632-645,683-704 1d5f d1d5fb_ B:624-633,632-645,683-704 1c4z d1c4za_ A:624-633,632-645,683-704 1d5f d1d5fc_ C:624-633,632-645,683-704 1c4z d1c4zb_ B:624-633,632-645,683-704 1d5f d1d5fa_ A:624-633,632-645,683-704 1nd7 d1nd7a_ A:808-816,825-838,839-852 1c4z d1c4za_ A:743-751,761-774,775-788 1c4z d1c4zc_ C:743-751,761-774,775-788 1c4z d1c4zb_ B:743-751,761-774,775-788 1d5f d1d5fb_ B:743-751,761-774,775-788 1d5f d1d5fa_ A:743-751,761-774,775-788 1d5f d1d5fc_ C:743-751,761-774,775-788 127. d.210.1 Argininosuccinate synthetase, C-terminal domain Argininosuccinate synthetase, C-terminal domain unusual fold 1j1z d1j1za2 A:273-290,291-312,316-334 1j20 d1j20a2 A:273-290,291-312,316-334 1kh1 d1kh1b2 B:273-290,291-312,316-334 1kh3 d1kh3a2 A:273-290,291-312,316-334 1kh3 d1kh3b2 B:273-290,291-312,316-334 1j1z d1j1zb2 B:273-290,291-312,316-334 1kh1 d1kh1a2 A:273-290,291-312,316-334 1j1z d1j1zc2 C:273-290,291-312,316-334 1kh2 d1kh2b2 B:273-290,291-312,316-334 1j20 d1j20b2 B:273-290,291-312,316-334 1j21 d1j21b2 B:273-290,291-312,316-334 1kor d1kora2 A:273-290,291-312,316-334 1j1z d1j1zd2 D:273-290,291-312,316-334 1j21 d1j21a2 A:273-290,291-312,316-334 1kh3 d1kh3d2 D:273-290,291-312,316-334 1kor d1korb2 B:273-290,291-312,316-334 1kh2 d1kh2d2 D:273-290,291-312,316-334 1j20 d1j20c2 C:273-290,291-312,316-334 1kh3 d1kh3c2 C:273-290,291-312,316-334 1kh2 d1kh2a2 A:273-290,291-312,316-334 1j20 d1j20d2 D:273-290,291-312,316-334 1kor d1korc2 C:273-290,291-312,316-334 1kh2 d1kh2c2 C:273-290,291-312,316-334 1kh1 d1kh1c2 C:273-290,291-312,316-334 1kh1 d1kh1d2 D:273-290,291-312,316-334 1kor d1kord2 D:273-290,291-312,316-334 1j21 d1j21d2 D:273-290,291-312,316-334 1j21 d1j21c2 C:273-290,291-312,316-334 1k92 d1k92a2 A:294-311,312-333,337-356 1kp3 d1kp3a2 A:294-311,312-333,337-356 1kp2 d1kp2a2 A:294-311,312-333,337-356 1k97 d1k97a2 A:294-311,312-333,337-356 1kh1 d1kh1c2 C:61-77,291-312,316-334 1vl2 d1vl2d2 D:61-78,311-322,326-341 1vl2 d1vl2c2 C:61-78,311-322,326-341 1vl2 d1vl2a2 A:61-78,311-322,326-341 1vl2 d1vl2b2 B:61-78,311-322,326-341 1kp3 d1kp3a2 A:71-87,312-333,337-356 1kp2 d1kp2a2 A:71-87,312-333,337-356 1k92 d1k92a2 A:71-87,312-333,337-356 1k97 d1k97a2 A:71-87,312-333,337-356 1j21 d1j21a2 A:60-77,291-312,316-334 1kh3 d1kh3a2 A:60-77,291-312,316-334 1kh3 d1kh3d2 D:60-77,291-312,316-334 1kh1 d1kh1a2 A:60-77,291-312,316-334 1j20 d1j20d2 D:60-77,291-312,316-334 1j20 d1j20c2 C:60-77,291-312,316-334 1kh2 d1kh2a2 A:60-77,291-312,316-334 1j1z d1j1zc2 C:60-77,291-312,316-334 1j1z d1j1zd2 D:60-77,291-312,316-334 1kh3 d1kh3c2 C:60-77,291-312,316-334 1kh3 d1kh3b2 B:60-77,291-312,316-334 1j1z d1j1za2 A:60-77,291-312,316-334 1j1z d1j1zb2 B:60-77,291-312,316-334 1j20 d1j20a2 A:60-77,291-312,316-334 1j21 d1j21b2 B:60-77,291-312,316-334 1kh2 d1kh2c2 C:60-77,291-312,316-334 1kh2 d1kh2d2 D:60-77,291-312,316-334 1j21 d1j21c2 C:60-77,291-312,316-334 1kor d1korc2 C:60-77,291-312,316-334 1j21 d1j21d2 D:60-77,291-312,316-334 1j20 d1j20b2 B:60-77,291-312,316-334 1kor d1kord2 D:60-77,291-312,316-334 1kh2 d1kh2b2 B:60-77,291-312,316-334 1kor d1korb2 B:60-77,291-312,316-334 1kor d1kora2 A:60-77,291-312,316-334 1kh1 d1kh1b2 B:60-77,291-312,316-334 1kh1 d1kh1d2 D:60-77,291-312,316-334 128. d.164.1 SMAD MH1 domain SMAD MH1 domain consists of four alpha-helices and three beta-ribbons 1ozj d1ozja_ A:9-20,24-46,46-58 1mhd d1mhdb_ B:10-20,24-46,46-58 1mhd d1mhda_ A:10-20,24-46,45-58 1ozj d1ozjb_ B:9-19,24-46,83-95 1mhd d1mhda_ A:10-20,24-46,83-95 1ozj d1ozja_ A:9-20,24-46,83-95 1mhd d1mhdb_ B:10-20,24-46,83-95 129. a.78.1 GntR ligand-binding domain-like GntR ligand-binding domain-like core: 6 helices: closed bundle; greek-key; internal pseudo twofold symmetry 2hs5 d2hs5a2 A:140-160,161-183,184-206 1h9t d1h9ta2 A:93-121,120-134,137-157 1h9t d1h9tb2 B:93-121,120-135,137-157 2hs5 d2hs5a2 A:161-183,184-206,207-230 1e2x d1e2xa2 A:90-121,120-134,137-157 1hw1 d1hw1b2 B:90-121,120-134,137-157 1hw1 d1hw1a2 A:90-121,120-134,137-157 1h9g d1h9ga2 A:168-183,182-203,204-227 1e2x d1e2xa2 A:168-183,182-203,204-227 1h9g d1h9ga2 A:91-121,120-134,137-157 1h9t d1h9ta2 A:137-157,168-183,182-203 1hw2 d1hw2a2 A:137-157,168-183,182-203 1hw2 d1hw2b2 B:137-157,168-183,182-203 1h9t d1h9tb2 B:137-157,168-183,182-203 1hw1 d1hw1a2 A:137-157,168-183,182-203 1hw1 d1hw1b2 B:137-157,168-183,182-203 1hw2 d1hw2a2 A:168-183,182-203,204-228 1hw2 d1hw2b2 B:168-183,182-203,204-228 1e2x d1e2xa2 A:137-157,168-183,182-203 1h9g d1h9ga2 A:137-157,168-183,182-203 2hs5 d2hs5a2 A:93-115,121-139,140-160 1hw1 d1hw1a2 A:168-183,182-203,204-230 1hw1 d1hw1b2 B:168-183,182-203,204-230 1h9t d1h9tb2 B:168-183,182-203,204-230 1h9t d1h9ta2 A:168-183,182-203,204-230 130. c.72.1 Ribokinase-like has extra strand located between strands 2 and 3 ! Ribokinase-like core: 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 8 strands, order 21345678, strand 7 is antiparallel to the rest ! potential superfamily: members of this fold have similar functions but different ATP-binding sites 1c3q d1c3qc1 C:123-132,134-142,146-162 1u2x d1u2xb_ B:309-321,322-333,334-350 1u2x d1u2xa_ A:309-321,322-333,334-350 1ua4 d1ua4a_ A:292-304,305-314,319-335 1gc5 d1gc5a_ A:305-317,318-328,329-345 1esj d1esjc1 C:123-132,134-142,147-162 1ygk d1ygka1 A:232-249,251-279,296-303 1rft d1rfta_ A:230-249,251-279,296-303 1rfu d1rfub_ B:230-249,251-279,296-303 1rfu d1rfud_ D:230-249,251-279,296-303 1rfu d1rfua_ A:230-249,251-279,296-303 1rfu d1rfuc_ C:230-249,251-279,296-303 2ax3 d2ax3a1 A:426-444,446-465,473-489 1rfu d1rfue_ E:230-249,251-279,296-303 1rfu d1rfug_ G:230-249,251-279,296-303 1rfu d1rfuh_ H:230-249,251-279,296-303 1yhj d1yhja1 A:232-249,251-279,296-303 1rfu d1rfuf_ F:230-249,251-279,296-303 1kyh d1kyha_ A:211-230,231-255,260-276 1rfv d1rfvb_ B:232-249,251-279,296-303 1lhr d1lhrb_ B:232-249,251-279,296-303 1lhp d1lhpb_ B:232-249,251-279,296-303 1ygj d1ygja1 A:232-249,251-279,296-303 1rfv d1rfva_ A:232-249,251-279,296-303 1l2l d1l2la_ A:295-307,308-319,322-338 1vi9 d1vi9c_ C:221-237,239-262,271-278 2f02 d2f02a1 A:252-268,270-289,295-306 1lhr d1lhra_ A:232-249,251-279,296-303 1vi9 d1vi9a_ A:221-237,239-262,271-278 2f02 d2f02b1 B:252-268,270-289,295-306 1lhp d1lhpa_ A:232-249,251-279,296-303 2awd d2awda1 A:252-268,270-289,295-306 2awd d2awdb1 B:252-268,270-289,295-306 1td2 d1td2a_ A:221-237,239-262,271-278 1rk2 d1rk2c_ C:252-268,270-289,297-309 1td2 d1td2b_ B:221-237,239-262,271-278 1vk4 d1vk4a_ A:231-248,250-269,273-281 1vi9 d1vi9b_ B:221-237,239-262,271-278 1vi9 d1vi9d_ D:221-237,239-262,271-278 1gqt d1gqtc_ C:252-268,270-289,297-309 2abq d2abqa1 A:246-262,264-283,287-302 2abq d2abqb1 B:246-262,264-283,287-302 1rk2 d1rk2b_ B:252-268,270-289,297-308 1vi9 d1vi9c_ C:16-30,239-262,271-278 1vi9 d1vi9a_ A:16-30,239-262,271-278 1td2 d1td2a_ A:16-30,239-262,271-278 1vi9 d1vi9d_ D:16-30,239-262,271-278 1td2 d1td2b_ B:16-30,239-262,271-278 1vi9 d1vi9b_ B:16-30,239-262,271-278 1rfu d1rfub_ B:18-32,251-279,296-303 1rfu d1rfuf_ F:18-32,251-279,296-303 1rfu d1rfua_ A:18-32,251-279,296-303 1rfu d1rfud_ D:18-32,251-279,296-303 1rfu d1rfuc_ C:18-32,251-279,296-303 1rfu d1rfuh_ H:18-32,251-279,296-303 1v1b d1v1ba_ A:248-264,266-285,293-300 1rfu d1rfue_ E:18-32,251-279,296-303 1rft d1rfta_ A:18-32,251-279,296-303 1v1b d1v1bb_ B:246-264,266-285,293-300 1v19 d1v19b_ B:246-264,266-285,293-301 1v1b d1v1bc_ C:246-264,266-285,293-300 1v1b d1v1bd_ D:246-264,266-285,293-300 1ygk d1ygka1 A:18-32,251-279,296-303 1rfu d1rfug_ G:19-32,251-279,296-303 1v19 d1v19a_ A:245-264,266-285,293-301 1rfv d1rfvb_ B:18-32,251-279,296-303 1lhp d1lhpb_ B:18-32,251-279,296-303 1lhr d1lhrb_ B:18-32,251-279,296-303 1rk2 d1rk2c_ C:42-55,270-289,297-309 1rfv d1rfva_ A:18-32,251-279,296-303 1ygj d1ygja1 A:18-32,251-279,296-303 1esq d1esqc1 C:195-211,213-237,240-255 1v1s d1v1sd_ D:246-264,266-285,293-301 1v1s d1v1sb_ B:246-264,266-285,293-301 1gqt d1gqtc_ C:42-55,270-289,297-309 1lhr d1lhra_ A:18-32,251-279,296-303 1v1s d1v1sa_ A:246-264,266-285,293-301 1v1s d1v1sc_ C:246-264,266-285,293-301 1v1s d1v1sf_ F:246-264,266-285,293-301 1v1s d1v1se_ E:246-264,266-285,293-301 1kyh d1kyha_ A:39-54,231-255,260-276 1yhj d1yhja1 A:18-32,251-279,296-303 1lhp d1lhpa_ A:18-32,251-279,296-303 1esj d1esja1 A:195-211,213-237,240-255 1esj d1esjc1 C:195-211,213-237,240-255 1ekk d1ekkb_ B:28-40,213-237,240-255 1c3q d1c3qb1 B:195-212,213-237,240-255 1c3q d1c3qc1 C:195-211,213-237,240-255 1esq d1esqb1 B:195-212,213-237,240-255 1c3q d1c3qa1 A:195-211,213-237,240-255 1esj d1esjb1 B:195-211,213-237,240-255 1ekk d1ekkb_ B:195-212,213-237,240-255 1esq d1esqa1 A:195-212,213-237,240-255 1ekk d1ekka_ A:195-212,213-237,240-255 1ekq d1ekqb_ B:195-212,213-237,240-255 1rks d1rksa_ A:42-55,270-289,297-308 1rk2 d1rk2d_ D:42-55,270-289,297-308 1ekq d1ekqa_ A:195-212,213-237,240-255 1rk2 d1rk2b_ B:42-55,270-289,297-308 1gqt d1gqtb_ B:42-55,270-289,297-308 1rk2 d1rk2a_ A:42-55,270-289,297-308 1gqt d1gqta_ A:42-55,270-289,297-308 1rkd d1rkda_ A:42-55,270-289,297-309 2ax3 d2ax3a1 A:244-259,446-465,473-489 1rka d1rkaa_ A:42-55,270-289,297-308 1gqt d1gqtd_ D:42-55,270-289,297-308 1vm7 d1vm7a_ A:40-54,261-280,288-299 1vm7 d1vm7b_ B:40-54,261-280,288-298 1tz3 d1tz3b_ B:31-44,269-291,299-310 131. a.279.1 Jann4075-like Jann4075-like core: 5 helices; the C-terminal helix is surrounded by the others; similarity to some EF-hand domains 2pyq d2pyqc1 C:51-68,72-87,94-107 2pyq d2pyqd1 D:51-68,72-87,94-107 2pyq d2pyqa1 A:51-68,72-87,94-107 2pyq d2pyqb1 B:51-68,72-87,94-107 2pyq d2pyqb1 B:2-20,24-36,94-107 2pyq d2pyqc1 C:1-20,24-36,94-107 2pyq d2pyqd1 D:1-20,24-36,94-107 2pyq d2pyqa1 A:2-19,24-36,94-107 132. a.24.29 TM1646-like Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 2p61 d2p61a1 A:70-95,102-129,135-153 133. a.182.1 GatB/YqeY motif GatB/YqeY motif multihelical; consists of two different alpha-helical bundles (4-helical and 3-helical) 2dqn d2dqnb1 B:310-321,320-334,336-356 2f2a d2f2ab1 B:310-321,320-334,336-356 2g5i d2g5ib1 B:310-321,320-334,336-356 2f2a d2f2ab1 B:365-379,382-397,399-408 2f2a d2f2ab1 B:336-356,365-379,382-397 2g5i d2g5ib1 B:365-379,382-397,399-408 1zq1 d1zq1c1 C:473-484,484-496,499-512 2g5i d2g5ib1 B:336-356,365-379,382-397 2dqn d2dqnb1 B:365-381,386-397,399-407 2f2a d2f2ab1 B:295-308,310-321,320-334 2dqn d2dqnb1 B:295-308,310-321,320-334 2g5h d2g5hb1 B:295-308,310-321,320-334 2df4 d2df4b1 B:295-308,310-321,320-334 1zq1 d1zq1d1 D:473-484,484-496,499-512 2g5i d2g5ib1 B:295-308,310-321,320-334 2df4 d2df4b1 B:310-321,320-334,336-347 2g5h d2g5hb1 B:336-347,365-378,382-397 2g5h d2g5hb1 B:310-321,320-334,336-347 1zq1 d1zq1d1 D:458-471,473-484,484-496 1zq1 d1zq1c1 C:458-471,473-484,484-496 2dqn d2dqnb1 B:336-356,365-381,386-397 2g5h d2g5hb1 B:320-334,336-347,365-378 2df4 d2df4b1 B:336-347,365-381,386-397 2f2a d2f2ab1 B:320-334,336-356,365-379 2g5i d2g5ib1 B:320-334,336-356,365-379 2df4 d2df4b1 B:320-334,336-347,365-381 2dqn d2dqnb1 B:320-334,336-356,365-381 2df4 d2df4b1 B:310-321,320-334,346-356 2g5h d2g5hb1 B:310-321,320-334,346-356 134. f.13.1 Family A G protein-coupled receptor-like Family A G protein-coupled receptor-like core: up-and-down bundle of seven transmembrane helices tilted 20 degrees with respect to the plane of the membrane 1jfp d1jfpa_ A:110-134,151-178,195-221 1brx d1brxa_ A:79-102,167-192,200-227 1kg8 d1kg8a_ A:79-102,167-193,200-227 1ln6 d1ln6a_ A:110-128,262-278,287-301 1uaz d1uaza_ A:85-108,170-199,206-233 1f4z d1f4za_ A:79-102,164-193,200-227 1x0s d1x0sa1 A:79-102,164-193,200-227 1o0a d1o0aa_ A:79-102,164-193,200-227 1c3w d1c3wa_ A:79-102,164-193,200-227 1uaz d1uazb_ B:85-108,170-199,206-233 1e12 d1e12a_ A:105-128,192-218,226-257 1c8r d1c8ra_ A:79-102,164-193,200-227 1qm8 d1qm8a_ A:79-102,164-193,200-227 1e0p d1e0pa_ A:79-102,164-193,200-227 1p8u d1p8ua_ A:79-102,164-192,200-227 1iw6 d1iw6a_ A:79-102,164-193,200-227 1dze d1dzea_ A:79-102,164-193,200-227 1x0i d1x0i11 1:79-102,164-193,200-227 1m0m d1m0ma_ A:79-102,164-193,200-227 1s51 d1s51b_ B:79-102,164-193,200-227 1s53 d1s53b_ B:79-102,164-193,200-227 1s53 d1s53a_ A:79-102,164-193,200-227 1qkp d1qkpa_ A:79-102,164-193,200-227 1vjm d1vjma_ A:79-102,164-193,200-227 1qhj d1qhja_ A:79-102,164-193,200-227 1kgb d1kgba_ A:79-102,164-193,200-227 1s51 d1s51a_ A:79-102,164-193,200-227 1kme d1kmeb_ B:79-102,164-193,200-227 1kme d1kmea_ A:79-102,164-193,200-227 1m0l d1m0la_ A:79-102,164-193,200-227 1s54 d1s54a_ A:79-102,164-193,200-227 1s54 d1s54b_ B:79-102,164-193,200-227 1q5j d1q5jb_ B:79-102,164-193,200-227 1py6 d1py6b_ B:79-102,164-193,200-227 1py6 d1py6a_ A:79-102,164-193,200-227 2ntu d2ntua1 A:79-102,164-193,200-227 1m0k d1m0ka_ A:79-102,164-193,200-227 1kg9 d1kg9a_ A:79-102,164-193,200-227 1qko d1qkoa_ A:79-102,164-193,200-227 1q5j d1q5ja_ A:79-102,164-193,200-227 1brr d1brrb_ B:79-102,164-193,200-227 1h68 d1h68a1 A:69-92,153-182,189-219 1gu8 d1gu8a_ A:69-92,153-182,189-219 2ntw d2ntwa1 A:79-102,164-193,200-227 1p8h d1p8ha_ A:79-102,164-192,200-227 1p8i d1p8ia_ A:79-102,164-193,200-227 1jgj d1jgja_ A:69-92,153-182,189-217 1tn0 d1tn0a_ A:79-102,164-193,200-227 1tn0 d1tn0b_ B:79-102,164-193,200-227 1jv6 d1jv6a_ A:78-102,164-193,200-227 1pxs d1pxsb_ B:79-102,164-193,200-227 1pxs d1pxsa_ A:79-102,164-193,200-227 1s52 d1s52b_ B:79-102,164-193,200-227 1s52 d1s52a_ A:79-102,164-193,200-227 1bm1 d1bm1a_ A:79-102,164-193,200-226 1q5i d1q5ia_ A:79-102,164-193,200-227 1q5i d1q5ib_ B:79-102,164-193,200-227 1jv7 d1jv7a_ A:78-102,164-193,200-227 1s8j d1s8ja_ A:78-102,164-193,200-227 1tn5 d1tn5b_ B:79-102,164-193,200-227 1tn5 d1tn5a_ A:79-102,164-193,200-227 1mgy d1mgya_ A:78-102,164-193,200-227 1x0k d1x0k11 1:79-102,164-192,200-227 1gue d1guea_ A:69-92,153-182,189-219 1f50 d1f50a_ 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B:79-102,104-128,130-164 1tn5 d1tn5a_ A:79-102,104-128,130-164 1tn0 d1tn0b_ B:7-35,36-63,200-227 1tn0 d1tn0a_ A:7-35,36-63,200-227 1gue d1guea_ A:69-92,94-119,120-143 1s51 d1s51a_ A:7-35,36-63,200-227 1f88 d1f88b_ B:106-141,148-174,199-226 1s51 d1s51b_ B:7-35,36-63,200-227 1h68 d1h68a1 A:69-92,94-119,120-143 1gu8 d1gu8a_ A:69-92,94-119,120-143 1pxs d1pxsb_ B:7-35,36-63,200-227 1pxs d1pxsa_ A:7-35,36-63,200-227 1brd d1brda_ A:8-32,38-62,202-225 1jv6 d1jv6a_ A:78-102,104-129,130-164 1jv7 d1jv7a_ A:78-102,104-129,130-164 1o0a d1o0aa_ A:7-34,36-63,200-227 1l9h d1l9hb_ B:105-140,149-174,199-226 1f50 d1f50a_ A:7-34,36-63,200-227 2f95 d2f95a1 A:69-92,94-119,120-143 1kg8 d1kg8a_ A:79-102,104-128,130-155 1tn5 d1tn5a_ A:7-35,36-63,200-227 1h2s d1h2sa_ A:69-92,94-119,120-143 2f93 d2f93a1 A:69-92,94-119,120-143 1tn5 d1tn5b_ B:7-35,36-63,200-227 1p8u d1p8ua_ A:7-34,36-63,200-227 1vjm d1vjma_ A:9-35,36-63,200-227 1qhj d1qhja_ A:9-35,36-63,200-227 1at9 d1at9a_ A:7-32,36-64,200-227 1fbk d1fbka_ A:9-34,36-63,200-227 1brd d1brda_ A:74-100,106-127,137-157 2f95 d2f95a1 A:3-29,30-57,189-222 1c8s d1c8sa_ A:79-102,104-128,130-153 1hzx d1hzxa_ A:105-141,149-174,199-231 1e12 d1e12a_ A:25-54,56-83,226-257 1dze d1dzea_ A:6-34,36-63,200-227 2f93 d2f93a1 A:3-29,30-57,189-222 1kgb d1kgba_ A:7-34,36-63,200-227 1e0p d1e0pa_ A:9-35,36-63,79-102 1ixf d1ixfa_ A:6-34,36-63,200-227 1c3w d1c3wa_ A:7-32,36-63,200-227 2hpy d2hpya1 A:105-141,149-174,199-231 1p8i d1p8ia_ A:7-34,36-63,200-227 1vjm d1vjma_ A:9-35,36-63,79-102 1qhj d1qhja_ A:9-35,36-63,79-102 1jgj d1jgja_ A:1-29,30-57,189-217 1m0k d1m0ka_ A:7-32,36-63,200-227 1qm8 d1qm8a_ A:5-34,36-63,200-227 2g87 d2g87b1 B:105-141,149-174,199-231 1e0p d1e0pa_ A:9-35,36-63,200-227 1iw6 d1iw6a_ A:6-34,36-63,200-227 1cwq d1cwqa_ A:6-32,36-63,200-227 1c8r d1c8ra_ A:7-32,36-63,200-227 1m0l d1m0la_ A:7-32,36-63,200-227 1kg9 d1kg9a_ A:7-34,36-63,200-227 2ntu d2ntua1 A:7-34,36-63,200-227 1p8h d1p8ha_ A:7-32,36-63,200-227 1uaz d1uaza_ A:14-40,42-69,206-233 1brx d1brxa_ A:79-102,104-128,130-152 1xio d1xioa_ A:69-93,98-122,124-158 2hpy d2hpya1 A:33-66,70-101,284-301 1ucq d1ucqa_ A:6-34,36-63,200-227 1x0k d1x0k11 1:6-34,36-63,200-227 1s8l d1s8la_ A:7-34,36-64,200-227 1uaz d1uazb_ B:14-40,42-69,206-233 1r84 d1r84a_ A:7-34,36-63,200-227 1brr d1brrb_ B:7-34,36-63,200-227 1s8j d1s8ja_ A:7-34,36-64,200-227 1c8s d1c8sa_ A:7-34,36-63,200-222 1u19 d1u19a_ A:105-141,149-174,199-231 2ntw d2ntwa1 A:7-32,36-63,200-227 1u19 d1u19b_ B:105-141,149-174,199-231 1f4z d1f4za_ A:7-32,36-63,200-227 1mgy d1mgya_ A:7-34,36-64,200-227 1r2n d1r2na_ A:7-34,36-63,200-227 2hpy d2hpyb1 B:105-141,149-174,199-231 2g87 d2g87a1 A:105-141,149-174,199-231 1m0m d1m0ma_ A:7-32,36-63,200-227 1qkp d1qkpa_ A:5-34,36-63,200-227 1x0s d1x0sa1 A:5-34,36-63,200-227 1kg8 d1kg8a_ A:7-32,36-63,200-227 1qko d1qkoa_ A:5-34,36-63,200-227 1brx d1brxa_ A:7-34,36-63,200-227 1f88 d1f88a_ A:105-141,149-174,199-231 1cwq d1cwqb_ B:6-34,36-63,200-227 1l9h d1l9ha_ A:105-141,149-174,199-231 1s8l d1s8la_ A:7-34,36-64,76-102 1bm1 d1bm1a_ A:7-34,36-63,200-226 1jfp d1jfpa_ A:110-134,262-278,280-301 1iw9 d1iw9a_ A:5-34,36-63,200-227 1s8j d1s8ja_ A:7-34,36-64,78-102 1mgy d1mgya_ A:7-34,36-64,78-102 1jfp d1jfpa_ A:51-66,70-99,300-317 1ap9 d1ap9a_ A:7-33,36-63,200-225 1h2s d1h2sa_ A:2-29,30-57,189-224 1f50 d1f50a_ A:7-34,36-63,79-102 1p8u d1p8ua_ A:7-34,36-63,79-102 1jfp d1jfpa_ A:110-134,254-263,280-301 1l9h d1l9hb_ B:105-140,244-266,300-311 1dze d1dzea_ A:6-34,36-63,79-102 1cwq d1cwqb_ B:6-34,36-63,79-102 1iw6 d1iw6a_ A:6-34,36-63,79-102 1hzx d1hzxb_ B:105-140,244-266,300-311 1x0k d1x0k11 1:6-34,36-63,79-102 1r2n d1r2na_ A:7-34,36-63,79-102 1r84 d1r84a_ A:7-34,36-63,79-102 1c8s d1c8sa_ A:7-34,36-63,79-102 1f88 d1f88a_ A:105-141,242-266,300-311 1iw9 d1iw9a_ A:5-34,36-63,79-102 1qm8 d1qm8a_ A:5-34,36-63,79-102 1brr d1brrc_ C:5-32,36-63,200-227 1qko d1qkoa_ A:5-34,36-63,79-102 1x0s d1x0sa1 A:5-34,36-63,79-102 1qkp d1qkpa_ A:5-34,36-63,79-102 1f88 d1f88b_ B:106-141,243-266,300-311 1c3w d1c3wa_ A:7-32,36-63,79-102 1at9 d1at9a_ A:7-32,36-64,79-102 1f4z d1f4za_ A:7-32,36-63,79-102 1c8r d1c8ra_ A:7-32,36-63,79-102 1ln6 d1ln6a_ A:48-64,73-98,287-301 1jfp d1jfpa_ A:110-134,254-263,300-317 1m0m d1m0ma_ A:7-32,36-63,79-102 1gzm d1gzmb_ B:105-141,149-174,199-232 1gzm d1gzma_ A:105-141,149-174,199-232 2hpy d2hpya1 A:70-101,105-141,149-174 1ln6 d1ln6a_ A:110-128,150-167,209-219 1gzm d1gzmb_ B:105-141,240-266,300-311 1gzm d1gzma_ A:105-141,240-266,300-311 2f93 d2f93a1 A:69-92,94-119,142-153 1gue d1guea_ A:69-92,94-119,142-153 2f95 d2f95a1 A:69-92,94-119,142-153 1hzx d1hzxa_ A:105-141,241-266,300-311 1h2s d1h2sa_ A:69-92,94-119,142-153 2g87 d2g87a1 A:105-141,241-266,300-311 1u19 d1u19a_ A:105-141,241-266,300-311 2hpy d2hpya1 A:105-141,241-266,300-311 1h68 d1h68a1 A:69-92,94-119,142-153 1gu8 d1gu8a_ A:69-92,94-119,142-153 1l9h d1l9ha_ A:105-141,241-266,300-311 1l9h d1l9hb_ B:105-140,244-266,284-301 1u19 d1u19a_ A:33-66,70-91,284-301 2g87 d2g87a1 A:33-66,70-91,284-301 1gzm d1gzmb_ B:33-66,70-91,284-301 1gzm d1gzma_ A:33-66,70-91,284-301 1f88 d1f88b_ B:106-141,243-266,284-301 2g87 d2g87b1 B:33-66,70-91,284-301 1hzx d1hzxb_ B:105-140,244-266,284-301 1u19 d1u19b_ B:33-66,70-91,284-301 2hpy d2hpyb1 B:33-66,70-91,284-301 1f88 d1f88a_ A:33-66,70-91,284-301 1l9h d1l9ha_ A:33-66,70-90,284-301 1f88 d1f88a_ A:105-141,242-266,284-301 1hzx d1hzxa_ A:33-66,70-90,284-301 1hzx d1hzxb_ B:33-66,70-90,284-301 1l9h d1l9hb_ B:33-66,70-90,284-301 1f88 d1f88b_ B:33-66,70-90,284-301 2hpy d2hpyb1 B:105-141,241-266,284-301 2hpy d2hpya1 A:105-141,241-266,284-301 2g87 d2g87b1 B:105-141,241-266,284-301 1u19 d1u19b_ B:105-141,241-266,284-301 1u19 d1u19a_ A:105-141,241-266,284-301 1gzm d1gzmb_ B:105-141,240-266,284-301 2g87 d2g87a1 A:105-141,241-266,284-301 1gzm d1gzma_ A:105-141,240-266,284-301 1l9h d1l9ha_ A:105-141,241-266,284-301 1hzx d1hzxa_ A:105-141,241-266,284-301 137. c.19.1 FabD/lysophospholipase-like FabD/lysophospholipase-like core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 6 strands, order 432156; strand 4 is antiparallel to the rest 1nm2 d1nm2a1 A:15-24,23-38,55-76 1oxw d1oxwa_ A:77-88,98-110,127-139 1oxw d1oxwc_ C:2077-2088,2098-2110,2127-2139 1oxw d1oxwb_ B:1077-1088,1098-1110,1127-1139 1cjy d1cjyb2 B:1228-1240,1247-1262,1290-1305 1cjy d1cjya2 A:228-240,247-262,290-305 1nm2 d1nm2a1 A:23-38,55-76,111-134 1mla d1mlaa1 A:26-41,58-81,106-126 139. c.1.19 Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1ccw d1ccwd_ D:173-182,225-244,390-402 1ccw d1ccwb_ B:173-182,225-244,390-402 1i9c d1i9cd_ D:173-182,225-244,390-402 1cb7 d1cb7b_ B:173-182,225-244,390-402 1cb7 d1cb7d_ D:173-182,225-244,390-402 1i9c d1i9cb_ B:173-182,225-244,390-402 2req d2reqa1 A:199-208,251-274,432-440 2req d2reqc1 C:199-208,251-274,432-440 3req d3reqa1 A:199-208,251-274,432-440 1req d1reqa1 A:199-208,251-274,432-440 1e1c d1e1cc1 C:199-208,251-274,432-440 1req d1reqc1 C:199-208,251-274,432-440 5req d5reqa1 A:199-208,251-274,432-440 5req d5reqc1 C:199-208,251-274,432-440 7req d7reqa1 A:199-208,251-274,432-440 7req d7reqc1 C:199-208,251-274,432-440 6req d6reqc1 C:199-208,251-274,432-440 1e1c d1e1ca1 A:199-208,251-274,432-440 4req d4reqc1 C:199-208,251-274,432-440 6req d6reqa1 A:199-208,251-274,432-440 4req d4reqa1 A:199-208,251-274,432-440 1mmf d1mmfa_ A:179-196,405-428,470-482 1iwp d1iwpa_ A:179-196,405-428,470-482 1mmf d1mmfl_ L:179-196,405-428,470-482 1iwp d1iwpl_ L:179-196,405-428,470-482 1iwb d1iwbl_ L:178-195,404-427,469-481 1dio d1diol_ L:178-195,404-427,469-481 1egm d1egml_ L:178-195,404-427,469-481 1dio d1dioa_ A:178-195,404-427,469-481 1uc4 d1uc4l_ L:178-195,404-427,469-481 1uc5 d1uc5a_ A:178-195,404-427,469-481 1xrs d1xrsa_ A:57-70,75-88,90-101 1uc5 d1uc5l_ L:178-195,404-427,469-481 1eex d1eexl_ L:178-195,404-427,469-481 1egv d1egvl_ L:178-195,404-427,469-481 1egv d1egva_ A:178-195,404-427,469-481 1uc4 d1uc4a_ A:178-195,404-427,469-481 1iwb d1iwba_ A:178-195,404-427,469-481 1eex d1eexa_ A:178-195,404-427,469-481 1egm d1egma_ A:178-195,404-427,469-481 1xrs d1xrsa_ A:35-47,57-70,75-88 2req d2reqc1 C:241-249,251-274,440-460 2req d2reqa1 A:241-249,251-274,440-460 3req d3reqa1 A:241-249,251-274,440-460 1req d1reqa1 A:241-249,251-274,440-460 1req d1reqc1 C:241-249,251-274,440-460 4req d4reqa1 A:241-249,251-274,440-460 6req d6reqc1 C:241-249,251-274,440-460 5req d5reqa1 A:241-249,251-274,440-460 6req d6reqa1 A:241-249,251-274,440-460 1e1c d1e1ca1 A:241-249,251-274,440-460 5req d5reqc1 C:241-249,251-274,440-460 4req d4reqc1 C:241-249,251-274,440-460 1e1c d1e1cc1 C:241-249,251-274,440-460 7req d7reqc1 C:241-249,251-274,440-460 7req d7reqa1 A:241-249,251-274,440-460 1e1c d1e1cd1 D:237-245,247-270,435-456 3req d3reqb1 B:237-245,247-270,435-456 6req d6reqb1 B:237-245,247-270,435-456 2req d2reqd1 D:237-245,247-270,435-456 6req d6reqd1 D:237-245,247-270,435-456 4req d4reqb1 B:237-245,247-270,435-456 1e1c d1e1cb1 B:237-245,247-270,435-456 1req d1reqb1 B:237-245,247-270,435-456 2req d2reqb1 B:237-245,247-270,435-456 5req d5reqb1 B:237-245,247-270,435-456 4req d4reqd1 D:237-245,247-270,435-456 7req d7reqb1 B:237-245,247-270,435-456 1req d1reqd1 D:237-245,247-270,435-456 5req d5reqd1 D:237-245,247-270,435-456 7req d7reqd1 D:237-245,247-270,435-456 140. a.177.1 Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors multihelical; consists of a conserved 4-helical core and a variable insert subdomain 1h3l d1h3lb_ B:43-56,57-76,84-102 1zyr d1zyrp3 P:75-92,191-203,208-227 1h3l d1h3la_ A:43-56,57-76,84-102 2cw0 d2cw0f3 F:75-92,191-203,208-227 1ku2 d1ku2a2 A:93-107,206-218,223-242 1zyr d1zyrf3 F:75-92,191-203,208-227 1or7 d1or7b2 B:29-41,42-61,69-91 2cw0 d2cw0p3 P:75-92,191-203,208-227 1sig d1siga_ A:383-395,400-419,426-446 2a68 d2a68p3 P:75-92,191-203,208-227 2a6h d2a6hp3 P:75-92,191-203,208-227 2be5 d2be5f3 F:75-92,191-203,208-227 2a6e d2a6ep3 P:75-92,191-203,208-227 2be5 d2be5p3 P:75-92,191-203,208-227 1or7 d1or7a2 A:29-41,42-61,69-92 2a6h d2a6hf3 F:75-92,191-203,208-227 1ku2 d1ku2b2 B:93-107,206-218,223-242 2a69 d2a69p3 P:75-92,191-203,208-227 1iw7 d1iw7f3 F:75-92,191-203,208-227 2a68 d2a68f3 F:75-92,191-203,208-227 1iw7 d1iw7p3 P:75-92,191-203,208-227 1ku2 d1ku2b2 B:206-218,223-242,249-270 1smy d1smyf3 F:75-92,191-203,208-227 2a6e d2a6ef3 F:75-92,191-203,208-227 1ku2 d1ku2a2 A:206-218,223-242,249-270 1smy d1smyp3 P:75-92,191-203,208-227 2a69 d2a69f3 F:75-92,191-203,208-227 1zyr d1zyrp3 P:191-203,208-227,234-257 2a6e d2a6ef3 F:191-203,208-227,234-257 2a68 d2a68p3 P:191-203,208-227,234-257 2a6e d2a6ep3 P:191-203,208-227,234-257 2a68 d2a68f3 F:191-203,208-227,234-257 2a69 d2a69f3 F:191-203,208-227,234-257 2a6h d2a6hf3 F:191-203,208-227,234-257 2a6h d2a6hp3 P:191-203,208-227,234-257 2a69 d2a69p3 P:191-203,208-227,234-257 1zyr d1zyrf3 F:191-203,208-227,234-257 1iw7 d1iw7p3 P:191-203,208-227,234-257 2cw0 d2cw0f3 F:191-203,208-227,234-257 1iw7 d1iw7f3 F:191-203,208-227,234-257 2be5 d2be5f3 F:191-203,208-227,234-257 1rp3 d1rp3a3 A:18-33,38-57,61-85 2be5 d2be5p3 P:191-203,208-227,234-257 2cw0 d2cw0p3 P:191-203,208-227,234-257 1smy d1smyf3 F:191-203,208-227,234-257 1smy d1smyp3 P:191-203,208-227,234-257 1rp3 d1rp3c3 C:18-33,38-58,61-85 1rp3 d1rp3e3 E:18-33,38-58,61-85 1sc5 d1sc5a3 A:18-33,38-57,61-85 1sig d1siga_ A:262-296,298-310,312-323 1h3l d1h3la_ A:28-44,57-76,84-102 1h3l d1h3lb_ B:28-44,57-76,84-102 1sig d1siga_ A:137-154,213-237,242-259 1ku2 d1ku2b2 B:110-136,138-154,167-181 1rp3 d1rp3g3 G:3-33,38-58,61-85 1or7 d1or7b2 B:18-30,42-61,69-91 1or7 d1or7a2 A:18-30,42-61,69-92 1rp3 d1rp3e3 E:3-19,38-58,61-85 1rp3 d1rp3c3 C:3-19,38-58,61-85 1rp3 d1rp3a3 A:3-19,38-57,61-85 1sc5 d1sc5a3 A:3-19,38-57,61-85 1ku2 d1ku2a2 A:182-207,223-242,249-270 1ku2 d1ku2b2 B:182-207,223-242,249-270 1sig d1siga_ A:354-384,400-419,426-446 1iw7 d1iw7p3 P:167-192,208-227,234-257 1zyr d1zyrf3 F:167-192,208-227,234-257 1iw7 d1iw7f3 F:167-192,208-227,234-257 1smy d1smyp3 P:167-192,208-227,234-257 2cw0 d2cw0f3 F:167-192,208-227,234-257 2be5 d2be5f3 F:167-192,208-227,234-257 1zyr d1zyrp3 P:167-192,208-227,234-257 2a6e d2a6ep3 P:167-192,208-227,234-257 2a68 d2a68f3 F:167-192,208-227,234-257 2a69 d2a69f3 F:167-192,208-227,234-257 2a68 d2a68p3 P:167-192,208-227,234-257 2a6e d2a6ef3 F:167-192,208-227,234-257 2a6h d2a6hf3 F:167-192,208-227,234-257 2a6h d2a6hp3 P:167-192,208-227,234-257 2a69 d2a69p3 P:167-192,208-227,234-257 1smy d1smyf3 F:167-192,208-227,234-257 2be5 d2be5p3 P:167-192,208-227,234-257 2cw0 d2cw0p3 P:167-192,208-227,234-257 141. a.23.2 Diol dehydratase, gamma subunit contains irregular N-terminal subdomain ! Open three-helical up-and-down bundle core: 3 helices; bundle, open 1egv d1egvg_ G:98-115,115-128,132-148 1eex d1eexg_ G:98-115,115-128,132-148 1iwb d1iwbm_ M:98-115,115-128,132-148 1iwp d1iwpg_ G:66-83,83-96,100-116 1egv d1egvm_ M:98-115,115-128,132-148 1eex d1eexm_ M:98-115,115-128,132-148 1iwp d1iwpm_ M:66-83,83-96,100-116 1egm d1egmm_ M:98-115,115-128,132-148 1dio d1diog_ G:98-115,115-128,132-148 1dio d1diom_ M:98-115,115-128,132-148 1mmf d1mmfm_ M:66-83,83-96,100-116 1iwb d1iwbg_ G:98-115,115-127,132-148 1uc4 d1uc4g_ G:98-115,115-127,132-148 1egm d1egmg_ G:98-115,115-127,132-148 1mmf d1mmfg_ G:66-83,83-96,100-116 1uc5 d1uc5m_ M:98-115,115-127,132-148 1uc5 d1uc5g_ G:98-115,115-127,132-148 1uc4 d1uc4m_ M:98-115,115-127,132-148 142. a.73.1 Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain core: 5 helices; bundle 2pxr d2pxrc1 C:48-60,62-85,125-145 1ak4 d1ak4c_ C:448-460,462-485,525-545 1m9d d1m9dd_ D:48-60,62-85,125-146 1ak4 d1ak4d_ D:448-460,462-485,525-545 2jpr d2jpra1 A:48-60,62-85,125-145 1m9x d1m9xc_ C:48-60,62-85,125-146 1m9y d1m9yc_ C:48-60,62-85,125-146 2gol d2golb1 B:180-192,194-217,257-278 1qrj d1qrj.1 B:51-64,64-86,106-125 1m9x d1m9xg_ G:48-60,62-85,125-146 1m9c d1m9cc_ C:48-60,62-85,125-146 1m9e d1m9ec_ C:48-60,62-85,125-146 1m9c d1m9cd_ D:48-60,62-85,125-146 1m9y d1m9yh_ H:48-60,62-85,125-146 1m9f d1m9fc_ C:48-59,62-85,125-146 1m9y d1m9yd_ D:48-60,62-85,125-146 1m9x d1m9xd_ D:48-60,62-85,125-146 1m9x d1m9xh_ H:48-60,62-85,125-146 1em9 d1em9b_ B:49-62,62-88,125-147 1p7n d1p7na_ A:49-62,62-88,125-147 1m9f d1m9fd_ D:48-60,62-85,125-146 1m9y d1m9yg_ G:48-60,62-85,125-146 1m9e d1m9ed_ D:48-60,62-85,125-146 1e6j d1e6jp2 P:48-60,62-85,125-146 1afv d1afva_ A:48-60,62-85,125-146 1afv d1afvb_ B:48-60,62-85,125-146 1em9 d1em9a_ A:49-62,62-88,125-147 1l6n d1l6na2 A:180-192,194-217,257-278 2gol d2gold1 D:180-191,194-217,257-278 1m9d d1m9dc_ C:48-60,62-85,125-146 1d1d d1d1da2 A:49-62,62-88,125-147 1g03 d1g03a_ A:51-64,64-86,106-129 2eia d2eiaa2 A:49-60,63-86,119-147 2eia d2eiab2 B:49-60,63-86,119-147 1eia d1eiaa2 A:49-60,63-86,119-148 1u7k d1u7ka_ A:51-64,64-79,108-131 1u7k d1u7kc_ C:51-64,64-79,108-131 1u7k d1u7kf_ F:51-64,64-79,108-131 1u7k d1u7kd_ D:51-64,64-79,108-131 1gwp d1gwpa_ A:48-60,62-85,125-147 3dik d3dika2 A:48-60,62-85,125-147 1u7k d1u7ke_ E:51-64,64-79,108-131 1u7k d1u7kb_ B:51-64,64-79,108-131 1ak4 d1ak4d_ D:416-431,462-485,525-545 1m9y d1m9yd_ D:16-31,62-85,125-146 1m9x d1m9xd_ D:16-31,62-85,125-146 1ak4 d1ak4c_ C:416-431,462-485,525-545 1m9y d1m9yh_ H:16-31,62-85,125-146 2gol d2golb1 B:148-163,194-217,257-278 1m9x d1m9xh_ H:16-31,62-85,125-146 1m9d d1m9dc_ C:16-31,62-85,125-146 143. a.12.1 Kix domain of CBP (creb binding protein) Kix domain of CBP (creb binding protein) 3 helices; bundle, partly opened 1kdx d1kdxa_ A:596-613,622-643,645-666 1sb0 d1sb0a_ A:11-28,37-59,60-80 2agh d2aghb1 B:596-613,622-643,645-670 144. a.8.3 Families 57/38 glycoside transferase middle domain immunoglobulin/albumin-binding domain-like 3 helices; bundle, closed, left-handed twist; up-and-down; mirror topology to the spectrin-like fold 1k1x d1k1xb1 B:320-338,340-352,366-385 1k1w d1k1wa1 A:320-338,340-352,366-384 1k1y d1k1yb1 B:320-338,340-352,366-385 1k1x d1k1xa1 A:320-338,340-352,366-385 1k1y d1k1ya1 A:320-338,340-352,366-385 2b5d d2b5dx1 X:442-461,473-498,501-513 1ufa d1ufaa1 A:442-458,470-491,493-505 1ufa d1ufaa1 A:415-439,442-458,470-491 1ufa d1ufaa1 A:415-439,458-468,470-491 2b5d d2b5dx1 X:416-438,442-461,473-498 3d52 d3d52a1 A:422-447,453-470,479-510 3d51 d3d51a1 A:422-447,453-470,479-510 3bub d3buba1 A:422-447,453-470,479-510 2f1a d2f1aa1 A:422-447,453-470,479-510 2f7o d2f7oa1 A:422-447,453-470,479-510 1qwu d1qwua1 A:422-447,453-470,479-510 3czs d3czsa1 A:422-447,453-470,479-510 3d4y d3d4ya1 A:422-447,453-470,479-510 3bvu d3bvua1 A:422-447,453-470,479-510 3czn d3czna1 A:422-447,453-470,479-510 2alw d2alwa1 A:422-447,453-470,479-510 2f18 d2f18a1 A:422-447,453-470,479-510 3cv5 d3cv5a1 A:422-447,453-470,479-510 1ps3 d1ps3a1 A:422-447,453-470,479-510 3bui d3buia1 A:422-447,453-470,479-510 2f7r d2f7ra1 A:422-447,453-470,479-510 3d4z d3d4za1 A:422-447,453-470,479-510 1hty d1htya1 A:422-447,453-470,479-510 2ow6 d2ow6a1 A:422-447,453-470,479-510 3bvt d3bvta1 A:422-447,453-470,479-510 3bup d3bupa1 A:422-447,453-470,479-510 1hww d1hwwa1 A:422-447,453-470,479-510 1tqu d1tqua1 A:422-447,453-470,479-510 3bvw d3bvwa1 A:422-447,453-470,479-510 1qx1 d1qx1a1 A:422-447,453-470,479-510 3bvv d3bvva1 A:422-447,453-470,479-510 2f7q d2f7qa1 A:422-447,453-470,479-510 3d50 d3d50a1 A:422-447,453-470,479-510 3blb d3blba1 A:422-447,453-470,479-510 2f7p d2f7pa1 A:422-447,453-470,479-510 3ddf d3ddfa1 A:422-447,453-470,479-510 1hxk d1hxka1 A:422-447,453-470,479-510 3bvx d3bvxa1 A:422-447,453-470,479-510 2ow7 d2ow7a1 A:422-447,453-470,479-510 1qwn d1qwna1 A:422-447,453-470,479-510 1tqs d1tqsa1 A:422-447,453-470,479-510 2fyv d2fyva1 A:422-447,453-470,479-510 3buq d3buqa1 A:422-447,453-470,479-510 3bud d3buda1 A:422-447,453-470,479-510 3ddg d3ddga1 A:422-447,453-470,479-510 1tqw d1tqwa1 A:422-447,453-470,479-510 2f1b d2f1ba1 A:422-447,453-470,479-510 1tqv d1tqva1 A:422-447,453-470,479-510 1r34 d1r34a1 A:422-447,453-470,479-510 1r33 d1r33a1 A:422-447,453-470,479-510 1tqt d1tqta1 A:422-447,453-470,479-510 147. a.268.1 PTPA-like PTPA-like multihelical 2hv6 d2hv6b1 B:115-125,128-144,152-170 2hv7 d2hv7d1 D:115-125,128-144,152-170 2hv7 d2hv7a1 A:115-125,128-144,152-170 2hv7 d2hv7f1 F:115-125,128-144,152-170 2hv7 d2hv7h1 H:115-125,128-144,152-170 2g62 d2g62a1 A:115-125,128-144,152-170 2ixm d2ixma1 A:115-125,128-144,152-170 2hv7 d2hv7g1 G:115-125,128-144,152-170 2hv6 d2hv6a1 A:115-125,128-144,152-170 2hv7 d2hv7b1 B:115-125,128-144,152-170 2hv7 d2hv7c1 C:115-125,128-144,152-170 2hv7 d2hv7e1 E:115-125,128-144,152-170 2ixn d2ixna1 A:95-105,108-124,132-150 2ixp d2ixpc1 C:108-118,121-137,145-163 2ixn d2ixnb1 B:95-105,108-124,132-150 2ixp d2ixpa1 A:108-118,121-137,145-163 2ixo d2ixoa1 A:108-118,121-137,145-163 2ixp d2ixpd1 D:108-118,121-137,145-163 2ixo d2ixob1 B:108-118,121-137,145-163 148. a.142.1 PTS-regulatory domain, PRD duplication: consists of two domains of this fold ! PTS-regulatory domain, PRD core: 4 helices; bundle, closed, right-handed twist; 1 crossover connection 1tlv d1tlva2 A:168-191,198-218,259-274 1h99 d1h99a2 A:169-191,198-218,259-275 1h99 d1h99a2 A:225-237,236-255,259-275 1tlv d1tlva1 A:67-86,90-111,149-166 1h99 d1h99a2 A:118-127,169-191,198-218 1h99 d1h99a1 A:67-86,90-111,149-168 1tlv d1tlva1 A:118-127,126-145,149-166 1h99 d1h99a1 A:118-127,126-145,149-168 1tlv d1tlva2 A:149-166,168-191,198-218 150. a.5.1 DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain possibly related to UBA-like domains ! RuvA C-terminal domain-like 3 helices; bundle, right-handed twist 1ixs d1ixsa_ A:143-157,159-175,178-190 1bvs d1bvsb1 B:147-162,164-179,187-201 1bvs d1bvsa1 A:148-162,164-179,187-201 1bvs d1bvsh1 H:147-162,164-179,187-201 1bvs d1bvsg1 G:148-162,164-179,187-201 1bvs d1bvsd1 D:147-162,164-179,187-201 1bvs d1bvsc1 C:148-162,164-179,187-201 1bvs d1bvsf1 F:147-162,164-179,187-201 1bvs d1bvse1 E:148-162,164-179,187-201 1ixr d1ixrb1 B:144-157,159-175,178-191 1bdx d1bdxb1 B:157-171,173-185,190-203 1bdx d1bdxc1 C:157-171,173-185,190-203 1bdx d1bdxd1 D:157-171,173-185,190-203 1cuk d1cuka1 A:157-171,173-185,190-203 1bdx d1bdxa1 A:157-171,173-185,190-203 1hjp d1hjpa1 A:158-171,173-185,190-203 1c7y d1c7ya1 A:157-171,173-185,190-203 151. a.24.5 TMV-like viral coat proteins Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 2tmv d2tmvp_ P:37-53,73-90,110-135 1cgm d1cgme_ E:37-53,71-88,110-135 1rmv d1rmva_ A:37-53,73-88,110-135 1ei7 d1ei7b_ B:237-253,273-289,308-335 1vtm d1vtmp_ P:37-53,73-89,110-135 1ei7 d1ei7a_ A:37-53,73-89,103-135 2om3 d2om3a1 A:37-53,73-89,103-135 153. a.24.16 Nucleotidyltransferase substrate binding subunit/domain Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1kny d1knyb1 B:158-182,202-215,219-242 1kny d1knya1 A:158-182,202-215,219-242 1kan d1kanb1 B:158-182,202-215,219-242 1kan d1kana1 A:158-182,202-215,219-242 2ywa d2ywab1 B:20-50,72-88,90-101 2ywa d2ywaa1 A:20-50,72-88,90-101 2ywa d2ywac1 C:20-50,72-88,90-101 1wty d1wtyc_ C:20-50,72-88,90-101 1wty d1wtyd_ D:20-50,72-88,90-101 2ywa d2ywad1 D:20-50,72-88,90-101 1wty d1wtyb_ B:20-50,72-88,90-101 1wty d1wtya_ A:20-50,72-88,90-101 1ufb d1ufbd_ D:57-65,72-91,105-127 1jog d1jogb_ B:35-69,95-112,114-125 1ufb d1ufba_ A:57-65,72-91,105-127 1ufb d1ufbc_ C:57-65,72-91,105-127 1ufb d1ufbb_ B:57-65,72-91,105-127 1jog d1joga_ A:35-70,95-112,114-125 1ufb d1ufbd_ D:26-50,72-91,105-127 1ufb d1ufbb_ B:26-50,72-91,105-127 1jog d1jogd_ D:35-69,95-112,114-125 1ufb d1ufbc_ C:26-50,72-91,105-127 1ufb d1ufba_ A:26-50,72-91,105-127 1jog d1jogc_ C:35-70,95-112,114-125 1jog d1jogb_ B:35-69,71-79,79-91 1o3u d1o3ua_ A:50-63,65-78,89-123 1jog d1jogd_ D:35-69,71-79,79-91 1o3u d1o3ua_ A:19-43,65-78,89-123 1v4a d1v4aa1 A:322-338,363-389,413-435 1wty d1wtyc_ C:20-50,72-88,100-116 2ywa d2ywad1 D:20-50,72-88,100-116 2ywa d2ywaa1 A:20-50,72-88,100-116 1wty d1wtyb_ B:20-50,72-88,100-116 1wty d1wtyd_ D:20-50,72-88,100-116 2ywa d2ywab1 B:20-50,72-88,100-116 2ywa d2ywac1 C:20-50,72-88,100-116 1wty d1wtya_ A:20-50,72-88,100-117 1jog d1joga_ A:35-70,95-112,124-141 1jog d1jogb_ B:35-69,95-112,124-141 1jog d1jogc_ C:35-70,95-112,124-141 1jog d1jogd_ D:35-69,95-112,124-142 154. a.102.3 Chondroitin AC/alginate lyase incomplete toroid ! alpha/alpha toroid multihelical; up to seven alpha-hairpins are arranged in closed circular array; there may be sequence similarities between different superfamilies 1hn0 d1hn0a1 A:250-271,449-460,462-483 1loh d1loha1 A:172-187,346-365,366-382 1c82 d1c82a1 A:172-187,346-365,366-382 1f1s d1f1sa1 A:250-265,426-445,446-462 1i8q d1i8qa1 A:250-265,426-445,446-462 1w3y d1w3ya1 A:172-187,346-365,366-382 2brp d2brpa1 A:172-187,346-365,366-382 1lxm d1lxma1 A:250-265,426-445,446-462 1ojm d1ojma1 A:172-187,346-365,366-383 2e24 d2e24a1 A:27-42,191-210,211-224 1ojo d1ojoa1 A:172-187,346-365,366-383 1lxk d1lxka1 A:172-187,346-365,366-383 1ojn d1ojna1 A:172-187,346-365,366-383 2e22 d2e22a1 A:27-42,191-210,211-224 1x1j d1x1ja1 A:27-42,191-210,211-224 1ojp d1ojpa1 A:172-187,346-365,366-383 1j0n d1j0na1 A:27-42,193-212,213-226 1x1h d1x1ha1 A:27-42,191-210,211-224 1x1i d1x1ia1 A:27-42,191-210,211-224 1n7n d1n7na1 A:172-187,346-365,366-383 2brv d2brvx1 X:172-187,346-365,366-383 1n7p d1n7pa1 A:172-187,346-365,366-383 1j0m d1j0ma1 A:27-42,193-212,213-226 1cb8 d1cb8a1 A:26-40,172-191,192-209 1hm3 d1hm3a1 A:26-40,172-191,192-209 1hm2 d1hm2a1 A:26-40,172-191,192-209 1hmu d1hmua1 A:26-40,172-191,192-209 1hmw d1hmwa1 A:26-40,172-191,192-209 1rwa d1rwaa1 A:5-22,180-199,200-216 1rw9 d1rw9a1 A:5-22,180-199,200-216 1rwh d1rwha1 A:5-22,180-199,200-216 1rwg d1rwga1 A:5-22,180-199,200-216 1rwf d1rwfa1 A:5-22,180-199,200-216 1rwc d1rwca1 A:4-22,180-199,200-216 155. d.379.1 Taf5 N-terminal domain-like Taf5 N-terminal domain-like multihelical cluster with a C-terminal beta-alpha(2)-beta motif; one central buried helix; parallel beta-ribbon 2j49 d2j49a1 A:149-166,177-194,265-277 2j4b d2j4bb1 B:17-33,41-60,130-141 2j4b d2j4be1 E:18-33,41-60,130-141 2j4b d2j4ba1 A:18-33,37-60,130-141 2j4b d2j4bd1 D:18-33,37-60,130-141 2nxp d2nxpf1 F:210-228,239-255,327-337 2nxp d2nxpc1 C:210-228,239-255,327-337 2nxp d2nxpe1 E:210-228,239-255,327-337 2nxp d2nxpa1 A:210-228,239-255,327-337 2nxp d2nxpd1 D:210-228,239-255,327-337 2nxp d2nxpg1 G:210-228,239-255,327-337 2nxp d2nxph1 H:210-228,239-255,327-337 2nxp d2nxpb1 B:210-228,239-255,327-337 156. a.29.7 Mob1/phocein common fold is elaborated with additional short helices; contains a zinc-binding site ! Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 1pi1 d1pi1a_ A:31-55,89-108,120-146 1r3b d1r3ba_ A:51-75,109-128,138-166 157. a.240.1 BSD domain-like BSD domain-like core: 3 helices; triangular array; the extra N-terminal and C-terminal helices form a coiled coil structure 2dii d2diia1 A:13-27,26-40,43-53 1x3a d1x3aa1 A:45-57,56-67,72-95 159. e.59.1 FdhE-like FdhE-like consists on the N-terminal five-helical bundle, a tandem repeat of two rubredoxin-like domains and the C-terminal helix packed together 2fiy d2fiya1 A:27-43,45-66,275-284 160. a.263.1 DNA terminal protein DNA terminal protein multihelical, open array; contains the C-terminal four-helical bundle, left-handed superhelix 2ex3 d2ex3h1 H:197-211,215-226,236-257 2ex3 d2ex3d1 D:197-211,215-226,236-257 2ex3 d2ex3b1 B:197-211,215-226,236-257 2ex3 d2ex3f1 F:197-211,215-226,236-257 2ex3 d2ex3j1 J:197-211,215-226,236-257 2ex3 d2ex3l1 L:197-211,215-226,236-257 2ex3 d2ex3b1 B:173-195,197-211,215-226 2ex3 d2ex3h1 H:173-195,197-211,215-226 2ex3 d2ex3d1 D:173-195,197-211,215-226 2ex3 d2ex3f1 F:173-195,197-211,215-226 2ex3 d2ex3l1 L:173-195,197-211,215-226 2ex3 d2ex3j1 J:173-195,197-211,215-226 161. a.5.7 post-HMGL domain-like RuvA C-terminal domain-like 3 helices; bundle, right-handed twist 1nvm d1nvmc1 C:279-289,291-306,308-320 1nvm d1nvmg1 G:279-289,291-306,308-320 1nvm d1nvme1 E:291-306,308-320,325-339 1nvm d1nvma1 A:279-289,291-306,308-320 1nvm d1nvme1 E:279-289,291-306,308-320 1nvm d1nvma1 A:291-306,308-320,325-341 1s3h d1s3ha1 A:308-323,324-335,347-366 1nvm d1nvmc1 C:291-306,308-320,325-339 1nvm d1nvmg1 G:291-306,308-320,325-341 1rqe d1rqea1 A:308-323,327-343,348-366 1rr2 d1rr2a1 A:308-323,327-343,347-366 1u5j d1u5ja1 A:308-323,327-343,347-366 1rqb d1rqba1 A:308-323,327-343,348-366 1rqh d1rqha1 A:308-323,327-343,347-366 1s3h d1s3ha1 A:334-343,347-366,372-381 1rqb d1rqba1 A:327-343,348-366,372-381 1rqe d1rqea1 A:327-343,348-366,372-381 1rr2 d1rr2a1 A:327-343,347-366,372-381 1u5j d1u5ja1 A:327-343,347-366,372-381 1rqh d1rqha1 A:327-343,347-366,372-381 1sr9 d1sr9a1 A:436-446,450-464,476-491 1u5j d1u5ja1 A:417-429,435-446,445-456 1rqb d1rqba1 A:417-429,435-446,445-456 1rqe d1rqea1 A:417-429,435-446,445-456 1rqh d1rqha1 A:417-429,435-446,445-456 1rr2 d1rr2a1 A:417-429,435-446,445-456 1s3h d1s3ha1 A:417-429,435-446,445-456 1sr9 d1sr9b1 B:436-446,450-463,476-491 164. d.66.1 Alpha-L RNA-binding motif common motif in otherwise different folds ! Alpha-L RNA-binding motif alpha(2)-beta(2)-loop-beta; 2 layers: alpha/beta 2vhp d2vhpd1 D:48-65,67-81,84-96 1vs7 d1vs7d1 D:48-65,67-81,84-96 2aw7 d2aw7d1 D:48-65,67-81,84-96 1i97 d1i97d_ D:52-69,71-86,88-101 2hgp d2hgpg1 G:52-69,71-86,88-100 1i94 d1i94d_ D:52-69,71-85,88-100 1fjg d1fjgd_ D:52-69,71-85,88-100 3d5c d3d5cd1 D:52-69,71-86,88-100 3d5a d3d5ad1 D:52-69,71-86,88-100 1c05 d1c05a_ A:4-21,23-38,40-52 1c06 d1c06a_ A:4-21,23-38,40-52 2hgi d2hgig1 G:52-69,71-86,88-100 1xnr d1xnrd_ D:52-69,71-86,88-100 1n32 d1n32d_ D:52-69,71-86,88-100 1n36 d1n36d_ D:52-69,71-86,88-100 1n33 d1n33d_ D:52-69,71-86,88-100 2vqe d2vqed1 D:52-69,71-86,88-100 2b9m d2b9md1 D:52-69,71-86,88-100 1xnq d1xnqd_ D:52-69,71-86,88-100 2vqf d2vqfd1 D:52-69,71-86,88-100 1xmq d1xmqd_ D:52-69,71-86,88-100 2gy9 d2gy9d1 D:48-65,67-82,84-96 1i96 d1i96d_ D:52-69,71-86,88-100 2uub d2uubd1 D:52-69,71-86,88-100 1xmo d1xmod_ D:52-69,71-86,88-100 2uua d2uuad1 D:52-69,71-86,88-100 1hnx d1hnxd_ D:52-69,71-86,88-100 2uu9 d2uu9d1 D:52-69,71-86,88-100 2uuc d2uucd1 D:52-69,71-86,88-100 2j00 d2j00d1 D:52-69,71-86,88-100 1i95 d1i95d_ D:52-69,71-86,88-100 2v48 d2v48d1 D:52-69,71-86,88-100 2hhh d2hhhd1 D:52-69,71-86,88-100 1hnw d1hnwd_ D:52-69,71-86,88-100 2v46 d2v46d1 D:52-69,71-86,88-100 2j02 d2j02d1 D:52-69,71-86,88-100 1yl4 d1yl4g1 G:52-69,71-86,88-100 2uxb d2uxbd1 D:52-69,71-86,88-100 2uxc d2uxcd1 D:52-69,71-86,88-100 2gyb d2gybd1 D:48-65,67-82,84-96 1vs5 d1vs5d1 D:48-65,67-82,84-96 2hgr d2hgrg1 G:52-69,71-86,88-100 2f4v d2f4vd1 D:52-69,71-86,88-101 1hr0 d1hr0d_ D:52-69,71-86,88-100 2qow d2qowd1 D:48-65,67-82,84-96 2qou d2qoud1 D:48-65,67-82,84-96 1hnz d1hnzd_ D:52-69,71-86,88-100 2avy d2avyd1 D:48-65,67-82,84-96 2uxd d2uxdd1 D:52-69,71-86,88-100 1j5e d1j5ed_ D:52-69,71-86,88-100 2b9o d2b9od1 D:52-69,71-86,88-101 2b64 d2b64d1 D:52-69,71-86,88-101 2vho d2vhod1 D:48-65,67-82,84-96 2qbd d2qbdd1 D:48-65,67-82,84-96 2qbf d2qbfd1 D:48-65,67-82,84-96 2i2p d2i2pd1 D:48-65,67-82,84-96 2qb9 d2qb9d1 D:48-65,67-82,84-96 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d2qand1 D:96-105,109-120,151-165 2qal d2qald1 D:96-105,109-120,151-165 2i2p d2i2pd1 D:96-105,109-120,151-165 2z4m d2z4md1 D:96-105,109-120,151-165 2z4k d2z4kd1 D:96-105,109-120,151-165 2aw7 d2aw7d1 D:96-105,109-120,151-164 1vs5 d1vs5d1 D:96-105,109-120,151-165 2avy d2avyd1 D:96-105,109-120,151-165 1vs7 d1vs7d1 D:96-105,109-120,151-162 2qnh d2qnhe1 E:52-69,71-86,90-100 1c06 d1c06a_ A:52-61,65-76,107-117 1c05 d1c05a_ A:52-61,65-76,107-118 2i2u d2i2ud1 D:96-105,109-120,151-165 2vhp d2vhpd1 D:96-105,109-120,151-164 3d5c d3d5cd1 D:100-109,113-124,155-166 3d5a d3d5ad1 D:100-109,113-124,155-166 2b9o d2b9od1 D:100-109,113-124,155-166 2b64 d2b64d1 D:100-109,113-124,155-166 2b9m d2b9md1 D:100-109,113-124,155-166 1n34 d1n34d_ D:100-109,113-124,155-168 1n33 d1n33d_ D:100-109,113-124,155-166 2uua d2uuad1 D:100-109,113-124,155-166 2v48 d2v48d1 D:100-109,113-124,155-169 1yl4 d1yl4g1 G:100-109,113-124,155-168 2v46 d2v46d1 D:100-109,113-124,155-169 2hgr d2hgrg1 G:100-109,113-124,155-168 2uxc d2uxcd1 D:100-109,113-124,155-166 2hgi d2hgig1 G:100-109,113-124,155-168 1n36 d1n36d_ D:100-109,113-124,155-169 2gy9 d2gy9d1 D:96-105,109-120,151-164 2gyb d2gybd1 D:96-105,109-120,151-164 2uxd d2uxdd1 D:100-109,113-124,155-168 2uu9 d2uu9d1 D:100-109,113-124,155-168 1i95 d1i95d_ D:100-109,113-124,155-168 1i97 d1i97d_ D:100-109,113-124,155-168 2uuc d2uucd1 D:100-109,113-124,155-168 1i96 d1i96d_ D:100-109,113-124,155-168 1i94 d1i94d_ D:100-109,113-124,155-168 2hhh d2hhhd1 D:101-109,113-124,155-168 1hr0 d1hr0d_ D:100-109,113-124,155-168 1xnr d1xnrd_ D:100-109,113-124,155-168 2uub d2uubd1 D:100-109,113-124,155-168 2vqe d2vqed1 D:100-109,113-124,155-168 1j5e d1j5ed_ D:100-109,113-124,155-168 1hnw d1hnwd_ D:100-109,113-124,155-168 1hnz d1hnzd_ D:100-109,113-124,155-168 2vqf d2vqfd1 D:100-109,113-124,155-168 1n32 d1n32d_ D:100-109,113-124,155-168 2j00 d2j00d1 D:100-109,113-124,155-168 1fjg d1fjgd_ D:100-109,113-124,155-168 1xmo d1xmod_ D:100-109,113-124,155-168 2j02 d2j02d1 D:100-109,113-124,155-168 2uxb d2uxbd1 D:100-109,113-124,155-168 1hnx d1hnxd_ D:100-109,113-124,155-168 1xnq d1xnqd_ D:100-109,113-124,155-168 1xmq d1xmqd_ D:100-109,113-124,155-168 2f4v d2f4vd1 D:100-109,113-124,155-168 2e5l d2e5ld1 D:100-109,113-124,155-168 2qnh d2qnhe1 E:100-109,113-124,155-166 165. e.22.1 Dehydroquinate synthase-like Dehydroquinate synthase-like 2 domains: (1) alpha/beta of a Rossmann-fold topology, binds NAD (2) multihelical array 1rrm d1rrmb_ B:186-207,259-274,276-293 2bl4 d2bl4b1 B:1186-1207,1259-1274,1276-1293 1rrm d1rrma_ A:186-207,259-274,276-293 1vhd d1vhdb_ B:253-267,269-290,345-360 1vhd d1vhda_ A:253-267,269-290,345-360 1vlj d1vljb_ B:185-207,210-235,237-254 1vlj d1vlja_ A:185-207,210-235,237-254 1oj7 d1oj7a_ A:184-205,210-235,237-254 1oj7 d1oj7b_ B:184-206,210-235,237-253 1nvd d1nvda_ A:184-203,203-214,232-258 1oj7 d1oj7c_ C:184-206,210-235,237-254 1nvd d1nvdb_ B:184-203,203-214,232-258 1nr5 d1nr5a_ A:184-203,203-214,232-258 1rrm d1rrmb_ B:259-274,276-293,371-385 1nr5 d1nr5b_ B:184-203,203-214,232-258 1rrm d1rrma_ A:259-274,276-293,371-385 1oj7 d1oj7d_ D:184-206,210-235,237-254 1nvb d1nvbb_ B:184-203,203-214,232-258 1nvf d1nvfc_ C:184-203,203-214,232-258 2bi4 d2bi4a1 A:260-274,276-293,371-383 2bi4 d2bi4b1 B:1186-1207,1211-1235,1236-1258 1nvf d1nvfa_ A:184-203,203-214,232-258 1nvf d1nvfb_ B:184-203,203-214,232-258 2bl4 d2bl4b1 B:1259-1274,1276-1293,1371-1383 1nva d1nvaa_ A:184-203,203-214,232-256 2bi4 d2bi4b1 B:1260-1274,1276-1293,1371-1383 2bi4 d2bi4b1 B:1186-1207,1260-1274,1276-1293 2bl4 d2bl4a1 A:186-207,260-274,276-293 2bi4 d2bi4a1 A:186-207,260-274,276-293 1o2d d1o2da_ A:253-267,269-290,345-358 1o2d d1o2db_ B:253-267,269-286,345-358 1dqs d1dqsb_ B:184-203,203-214,235-258 1sg6 d1sg6b_ B:184-203,203-214,235-256 1nvb d1nvba_ A:184-203,203-214,235-258 1dqs d1dqsa_ A:184-203,203-214,235-258 1vlj d1vljb_ B:265-279,281-298,382-395 1sg6 d1sg6a_ A:184-203,203-214,235-256 1vlj d1vlja_ A:265-279,281-298,382-395 2bl4 d2bl4a1 A:260-274,276-293,371-383 1nrx d1nrxa_ A:184-203,203-214,235-257 1nrx d1nrxb_ B:184-203,203-214,235-257 1o2d d1o2da_ A:179-200,204-222,229-251 1vhd d1vhdb_ B:179-200,204-222,229-251 1o2d d1o2db_ B:179-200,204-222,229-251 2bl4 d2bl4b1 B:1186-1207,1211-1229,1236-1258 1vhd d1vhda_ A:179-200,204-222,229-251 1nve d1nvec_ C:184-203,203-214,235-262 1rrm d1rrma_ A:186-207,211-229,236-258 1rrm d1rrmb_ B:186-207,211-229,236-258 1nve d1nvea_ A:184-203,203-214,235-257 1nua d1nuaa_ A:184-204,203-214,235-256 1nve d1nveb_ B:184-203,203-214,235-257 1vlj d1vlja_ A:185-207,265-279,281-298 2bi4 d2bi4a1 A:186-207,211-229,236-258 1jqa d1jqaa_ A:163-188,198-216,229-251 1vlj d1vljb_ B:185-207,265-279,281-298 1nve d1nved_ D:184-203,203-214,235-258 2bl4 d2bl4a1 A:186-207,211-229,236-258 1jq5 d1jq5a_ A:163-188,198-216,229-251 1kq3 d1kq3a_ A:159-184,194-212,225-247 1jpu d1jpua_ A:163-188,198-216,229-251 1nva d1nvab_ B:184-203,203-214,235-257 1oj7 d1oj7a_ A:184-205,264-278,280-297 1oj7 d1oj7d_ D:264-278,280-297,375-387 1o2d d1o2db_ B:179-200,253-267,269-286 1oj7 d1oj7b_ B:264-278,280-297,375-387 1oj7 d1oj7a_ A:264-278,280-297,375-387 1nua d1nuab_ B:184-204,203-214,235-257 1oj7 d1oj7c_ C:264-278,280-297,375-387 1oj7 d1oj7b_ B:184-206,264-278,280-297 1oj7 d1oj7d_ D:184-206,264-278,280-297 1nvd d1nvda_ A:268-282,286-306,383-393 1oj7 d1oj7c_ C:184-206,264-278,280-297 1o2d d1o2da_ A:179-200,253-267,269-290 1nve d1nvea_ A:268-282,286-306,383-393 1vhd d1vhda_ A:179-200,253-267,269-290 1nr5 d1nr5b_ B:268-282,286-306,383-393 1kq3 d1kq3a_ A:159-184,248-262,268-285 1nve d1nvec_ C:268-282,286-306,383-393 1vhd d1vhdb_ B:179-200,253-267,269-290 1nvd d1nvdb_ B:268-282,286-306,383-393 1nvf d1nvfc_ C:268-282,286-306,383-391 1nve d1nved_ D:268-282,286-306,383-392 1nua d1nuab_ B:268-282,286-306,383-392 1kq3 d1kq3a_ A:159-184,211-222,225-247 1jqa d1jqaa_ A:163-188,252-266,273-290 1nva d1nvab_ B:268-282,286-306,383-392 1jq5 d1jq5a_ A:163-188,215-226,229-251 1jqa d1jqaa_ A:163-188,215-226,229-251 1nva d1nvaa_ A:268-282,286-306,383-392 1nve d1nveb_ B:268-282,286-306,383-392 1jq5 d1jq5a_ A:163-188,252-266,273-290 1jpu d1jpua_ A:163-188,252-266,273-290 1sg6 d1sg6a_ A:268-282,286-306,383-392 1dqs d1dqsb_ B:268-282,286-306,383-392 1nua d1nuaa_ A:268-282,286-306,383-392 1jpu d1jpua_ A:163-188,215-226,229-251 1nvb d1nvba_ A:268-282,286-306,383-392 1nvb d1nvbb_ B:268-282,286-306,383-392 1sg6 d1sg6b_ B:268-282,286-306,383-392 1nr5 d1nr5a_ A:268-282,286-306,383-392 1ujn d1ujnb_ B:163-182,228-240,246-266 1nve d1nvec_ C:184-203,213-223,235-262 1nve d1nved_ D:184-203,268-282,286-306 1nve d1nvea_ A:184-203,268-282,286-306 1nve d1nvec_ C:184-203,268-282,286-306 1nve d1nveb_ B:184-203,268-282,286-306 1sg6 d1sg6a_ A:184-203,268-282,286-306 1sg6 d1sg6b_ B:184-203,268-282,286-306 1nvb d1nvba_ A:184-203,268-282,286-306 1nua d1nuab_ B:184-204,268-282,286-306 1nvb d1nvbb_ B:184-203,268-282,286-306 1nua d1nuaa_ A:184-204,268-282,286-306 1nvd d1nvdb_ B:184-203,268-282,286-306 1nva d1nvab_ B:184-203,268-282,286-306 1nvd d1nvda_ A:184-203,268-282,286-306 1nva d1nvaa_ A:184-203,268-282,286-306 1nr5 d1nr5b_ B:184-203,268-282,286-306 1nr5 d1nr5a_ A:184-203,268-282,286-306 1nvf d1nvfa_ A:184-203,268-282,286-306 1nvf d1nvfb_ B:184-203,268-282,286-306 1nvf d1nvfc_ C:184-203,268-282,286-306 1dqs d1dqsb_ B:184-203,268-282,286-306 1nr5 d1nr5a_ A:268-282,286-306,331-339 1nr5 d1nr5b_ B:268-282,286-306,331-339 1nua d1nuab_ B:268-282,286-306,331-339 1nvd d1nvdb_ B:268-282,286-306,331-339 1sg6 d1sg6b_ B:268-282,286-306,331-339 1nrx d1nrxa_ A:273-282,286-306,331-339 1nva d1nvaa_ A:268-282,286-306,331-339 1nvf d1nvfb_ B:268-282,286-306,331-339 1nve d1nved_ D:268-282,286-306,331-339 1nvb d1nvbb_ B:268-282,286-306,331-339 1ujn d1ujna_ A:163-182,220-229,246-266 1nvb d1nvba_ A:268-282,286-306,331-339 1sg6 d1sg6a_ A:268-282,286-306,331-339 1nvd d1nvda_ A:268-282,286-306,331-339 1nua d1nuaa_ A:268-282,286-306,331-339 1dqs d1dqsb_ B:268-282,286-306,331-339 1nve d1nvea_ A:268-282,286-306,331-339 1ujn d1ujnb_ B:163-182,220-229,246-266 1nva d1nvab_ B:268-282,286-306,331-339 1nve d1nvec_ C:268-282,286-306,331-339 1nve d1nveb_ B:268-282,286-306,331-339 1nrx d1nrxa_ A:184-203,261-269,286-306 1nrx d1nrxb_ B:184-203,261-269,286-306 1nua d1nuab_ B:184-204,260-269,286-306 166. a.110.1 Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal domains Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal domains multihelical; consists of two all-alpha domains 1b4n d1b4nd1 D:338-356,382-391,391-400 1b25 d1b25a1 A:338-356,382-391,391-400 1b25 d1b25d1 D:338-356,382-391,391-400 1b25 d1b25b1 B:338-356,382-391,391-400 1b25 d1b25c1 C:338-356,382-391,391-400 1b4n d1b4na1 A:338-356,382-391,391-400 1b4n d1b4nb1 B:338-356,382-391,391-400 1aor d1aora1 A:343-361,393-402,402-411 1aor d1aorb1 B:343-361,393-402,402-411 1b4n d1b4nc1 C:338-356,382-391,391-400 1b25 d1b25c1 C:321-336,338-356,366-380 1b25 d1b25a1 A:321-336,338-356,366-380 1b25 d1b25b1 B:321-336,338-356,366-380 1b25 d1b25d1 D:321-336,338-356,366-380 1b4n d1b4nb1 B:321-336,338-356,366-380 1b4n d1b4nc1 C:321-336,338-356,366-380 1b4n d1b4na1 A:321-336,338-356,366-380 1b4n d1b4nd1 D:321-336,338-356,366-380 1aor d1aorb1 B:326-341,343-361,378-392 1aor d1aora1 A:326-341,343-361,378-392 1aor d1aorb1 B:432-442,452-460,471-492 1aor d1aora1 A:432-442,452-460,471-492 1b4n d1b4nb1 B:306-318,321-336,338-356 1b25 d1b25a1 A:306-318,321-336,338-356 1b25 d1b25c1 C:306-318,321-336,338-356 1b4n d1b4nd1 D:421-431,441-448,467-489 1b25 d1b25b1 B:306-318,321-336,338-356 1b4n d1b4nc1 C:306-318,321-336,338-356 1b25 d1b25d1 D:306-318,321-336,338-356 1b4n d1b4nd1 D:306-318,321-336,338-356 1b4n d1b4nb1 B:421-431,441-448,467-489 1b4n d1b4na1 A:306-318,321-336,338-356 1b25 d1b25d1 D:421-431,441-448,467-489 1b25 d1b25c1 C:421-431,441-448,467-489 1b25 d1b25b1 B:421-431,441-448,467-489 1b4n d1b4nc1 C:421-431,441-448,467-489 1b25 d1b25a1 A:421-431,441-448,467-489 1b4n d1b4na1 A:421-431,441-448,467-489 1aor d1aora1 A:311-323,326-341,343-361 1aor d1aorb1 B:311-323,326-341,343-361 1aor d1aorb1 B:471-492,494-501,502-515 1aor d1aora1 A:471-492,494-501,502-515 1b4n d1b4nc1 C:467-489,491-499,501-514 1b4n d1b4nb1 B:467-489,491-499,501-514 1b25 d1b25d1 D:467-489,491-499,501-514 1b25 d1b25a1 A:467-489,491-499,501-514 1b25 d1b25c1 C:467-489,491-499,501-514 1b25 d1b25b1 B:467-489,491-499,501-514 1b4n d1b4na1 A:467-489,491-499,501-514 1b4n d1b4nd1 D:467-489,491-499,501-514 167. a.111.1 Acid phosphatase/Vanadium-dependent haloperoxidase Acid phosphatase/Vanadium-dependent haloperoxidase multihelical; core: 5-helical bundle; binds cofactor at the beginning of third helix 1d2t d1d2ta_ A:71-84,92-112,148-166 1iw8 d1iw8f_ F:71-84,92-112,148-166 1iw8 d1iw8a_ A:71-84,92-112,148-166 1iw8 d1iw8b_ B:71-84,92-112,148-166 1iw8 d1iw8c_ C:71-84,92-112,148-166 1iw8 d1iw8d_ D:71-84,92-112,148-166 1iw8 d1iw8e_ E:71-84,92-112,148-166 1eoi d1eoia_ A:73-84,92-112,148-166 1eoi d1eoib_ B:72-84,92-112,148-166 1eoi d1eoic_ C:72-84,92-112,148-166 1vnc d1vnca_ A:21-41,46-70,97-115 1vni d1vnia_ A:21-41,46-70,97-115 1vng d1vnga_ A:21-41,46-70,97-115 1vne d1vnea_ A:21-41,46-70,97-115 1vnh d1vnha_ A:21-41,46-70,97-115 1vnf d1vnfa_ A:21-41,46-70,97-115 1idu d1idua_ A:21-41,46-70,97-115 1idq d1idqa_ A:21-41,46-70,97-115 1vns d1vnsa_ A:21-41,46-70,97-115 1qi9 d1qi9b_ B:281-295,319-346,416-434 1qi9 d1qi9a_ A:281-295,319-346,416-434 1vns d1vnsa_ A:299-316,324-357,402-420 1up8 d1up8d_ D:337-351,376-404,484-502 1up8 d1up8b_ B:337-351,376-404,484-502 1vne d1vnea_ A:299-316,324-357,402-420 1vni d1vnia_ A:299-316,324-357,402-420 1vnc d1vnca_ A:299-316,324-357,402-420 1up8 d1up8c_ C:337-351,376-404,484-502 1vnh d1vnha_ A:299-316,324-357,402-420 1vnf d1vnfa_ A:299-316,324-357,402-420 1up8 d1up8a_ A:337-351,376-404,484-502 1idu d1idua_ A:299-316,324-357,402-420 1idq d1idqa_ A:299-316,324-357,402-420 1vng d1vnga_ A:299-316,324-357,402-420 1qhb d1qhbe_ E:334-350,375-403,483-501 1qhb d1qhbb_ B:334-350,375-403,483-501 1qhb d1qhbc_ C:334-350,375-403,483-501 1qhb d1qhbf_ F:334-350,375-403,483-501 1qhb d1qhba_ A:334-350,375-403,483-501 1qhb d1qhbd_ D:334-350,375-403,483-501 1vns d1vnsa_ A:21-41,299-316,324-357 1idu d1idua_ A:21-41,299-316,324-357 1vng d1vnga_ A:21-41,299-316,324-357 1vni d1vnia_ A:21-41,299-316,324-357 1vne d1vnea_ A:21-41,299-316,324-357 1vnh d1vnha_ A:21-41,299-316,324-357 1vnf d1vnfa_ A:21-41,299-316,324-357 1vnc d1vnca_ A:21-41,299-316,324-357 1idq d1idqa_ A:21-41,299-316,324-357 1vns d1vnsa_ A:46-70,324-357,402-420 1vnf d1vnfa_ A:46-70,324-357,402-420 1vnc d1vnca_ A:46-70,324-357,402-420 1vne d1vnea_ A:46-70,324-357,402-420 1vni d1vnia_ A:46-70,324-357,402-420 1vnh d1vnha_ A:46-70,324-357,402-420 1vng d1vnga_ A:46-70,324-357,402-420 1idu d1idua_ A:46-70,324-357,402-420 1idq d1idqa_ A:46-70,324-357,402-420 1qi9 d1qi9a_ A:131-150,158-172,376-391 1qi9 d1qi9b_ B:131-150,158-172,376-392 1qhb d1qhbf_ F:152-169,178-196,438-457 1qhb d1qhba_ A:152-169,178-196,438-457 1qhb d1qhbd_ D:152-169,178-196,438-457 1qhb d1qhbb_ B:152-169,178-196,438-457 1qhb d1qhbe_ E:152-169,178-196,438-457 1qhb d1qhbc_ C:152-169,178-196,438-457 1up8 d1up8c_ C:153-170,179-197,439-458 1up8 d1up8a_ A:153-170,179-197,439-458 1up8 d1up8d_ D:153-170,179-197,439-458 1up8 d1up8b_ B:153-170,179-197,439-458 1eoi d1eoia_ A:39-59,168-187,190-212 168. a.168.1 SopE-like GEF domain SopE-like GEF domain multihelical; consists of two all-alpha subdomains each containing a 3-helical bundle with right-handed twist 1gzs d1gzsd_ D:103-134,136-152,220-239 1gzs d1gzsb_ B:103-134,136-152,220-240 1r6e d1r6ea_ A:103-134,136-152,220-238 1r9k d1r9ka_ A:103-134,136-152,220-238 2jol d2jola1 A:107-134,141-157,219-252 2jok d2joka1 A:107-134,141-157,218-253 169. a.251.1 Phage replication organizer domain DNA binding induces further oligomerization ! Phage replication organizer domain 6 helices, homodimer of 3-helical domains 1zae d1zaea1 A:69-83,87-98,101-122 2c5r d2c5rf1 F:68-82,86-97,100-121 2c5r d2c5re1 E:68-82,86-97,100-121 2c5r d2c5rb1 B:68-82,86-97,100-121 2c5r d2c5rd1 D:68-82,86-97,100-121 2bnk d2bnka1 A:68-82,86-97,100-121 2bnk d2bnkb1 B:68-82,86-97,100-121 2c5r d2c5ra1 A:68-82,86-97,100-121 2c5r d2c5rc1 C:68-82,86-97,100-122 1zae d1zaeb1 B:69-83,87-98,101-122 170. a.257.1 SipA N-terminal domain-like SipA N-terminal domain-like multihelical; bundle; the last helix is buried inside the bundle 2fm9 d2fm9a1 A:72-83,85-107,109-131 2fm8 d2fm8c1 C:72-83,85-107,109-131 2fm8 d2fm8c1 C:53-68,72-83,85-107 2fm9 d2fm9a1 A:54-71,72-83,85-107 2fm9 d2fm9a1 A:181-196,200-228,243-262 2fm8 d2fm8c1 C:172-194,207-229,240-261 171. c.118.1 GckA/TtuD-like GckA/TtuD-like consists of two non-similar domains ! Domain 1 has parallel sheet of 6 strands, order 321456, Rossmann-like topology ! Domain 2 has mixed sheet of 6 strands, order 126345; strands 5 and 6 are antiparallel to the rest; some similarity to CbiF Domain 2 2b8n d2b8na1 A:324-338,378-386,387-396 2b8n d2b8nb1 B:324-338,378-386,387-396 2b8n d2b8na1 A:137-152,154-166,209-221 2b8n d2b8nb1 B:137-152,154-166,209-221 174. a.8.7 Typo IV secretion system protein TraC immunoglobulin/albumin-binding domain-like 3 helices; bundle, closed, left-handed twist; up-and-down; mirror topology to the spectrin-like fold 1r8i d1r8ia_ A:90-100,114-123,123-139 175. a.275.1 DnaD domain-like DnaD domain-like 4 helices; bundle, right-handed twist; left-handed superhelix 2i5u d2i5ua1 A:15-33,35-54,57-72 177. a.208.1 DhaL-like DhaL-like multihelical; bundle 3cr3 d3cr3a1 A:3-22,34-56,59-76 1un8 d1un8a1 A:412-429,430-450,452-469 1un8 d1un8b1 B:412-429,430-450,452-469 1un9 d1un9a1 A:412-429,430-450,452-469 1un9 d1un9b1 B:412-429,430-450,452-469 3cr3 d3cr3b1 B:59-76,77-98,99-116 3cr3 d3cr3a1 A:59-76,77-98,99-116 3cr3 d3cr3b1 B:3-34,34-56,59-76 1un9 d1un9b1 B:355-373,385-406,412-429 1un9 d1un9a1 A:355-373,385-406,412-429 1un8 d1un8a1 A:355-385,385-406,412-429 1un8 d1un8b1 B:355-385,385-406,412-429 178. a.97.1 An anticodon-binding domain of class I aminoacyl-tRNA synthetases An anticodon-binding domain of class I aminoacyl-tRNA synthetases multihelical; consists of two all-alpha domains 1irx d1irxb1 B:370-380,384-396,502-511 1irx d1irxa1 A:370-381,384-396,502-511 1j09 d1j09a1 A:323-339,344-359,361-370 2cuz d2cuza1 A:323-339,344-359,361-370 1gln d1glna1 A:323-339,344-356,361-370 2cv2 d2cv2b1 B:323-339,344-356,361-370 1n77 d1n77b1 B:323-339,344-356,361-370 2cv2 d2cv2a1 A:323-339,344-356,361-370 2cv1 d2cv1b1 B:323-339,344-356,361-370 1n77 d1n77a1 A:323-339,344-356,361-370 2cv0 d2cv0b1 B:323-339,344-356,361-370 1n78 d1n78b1 B:323-339,344-356,361-370 2cv0 d2cv0a1 A:323-339,344-356,361-370 1n75 d1n75a1 A:323-339,344-356,361-370 2dxi d2dxib1 B:323-339,344-356,361-370 2dxi d2dxia1 A:323-339,344-356,361-370 1n78 d1n78a1 A:323-339,344-356,361-370 2cv1 d2cv1a1 A:323-339,344-356,361-370 1g59 d1g59c1 C:323-339,344-356,361-370 1g59 d1g59a1 A:323-339,344-356,361-370 1n78 d1n78a1 A:408-424,446-455,455-468 2dxi d2dxia1 A:408-424,446-455,455-468 2cv2 d2cv2a1 A:408-424,446-455,455-468 1gln d1glna1 A:408-424,446-455,455-468 2cv1 d2cv1a1 A:408-424,446-455,455-468 1g59 d1g59a1 A:408-424,446-455,455-468 1g59 d1g59c1 C:408-424,446-455,455-468 2cuz d2cuza1 A:408-424,446-455,455-468 1j09 d1j09a1 A:408-424,446-455,455-468 1n75 d1n75a1 A:408-424,446-455,455-468 1j09 d1j09a1 A:306-323,344-359,361-370 2cuz d2cuza1 A:306-323,344-359,361-370 179. a.195.1 YutG-like YutG-like core: 6 helices; bundle; one central helix is surrounded by 5 others 1rfz d1rfzb_ B:94-109,109-123,139-161 1rfz d1rfza_ A:94-109,109-123,139-161 1rfz d1rfzd_ D:94-109,109-123,139-161 1y9i d1y9ia_ A:95-110,110-124,140-164 1rfz d1rfzc_ C:94-109,109-123,139-162 1y9i d1y9ib_ B:95-110,110-124,140-164 1y9i d1y9ic_ C:95-110,110-124,140-164 1y9i d1y9id_ D:95-110,110-124,140-164 1tlq d1tlqa_ A:96-104,110-125,140-166 1rfz d1rfza_ A:23-36,43-58,139-161 1rfz d1rfzb_ B:23-36,43-58,139-161 1rfz d1rfzd_ D:23-36,43-58,139-161 1y9i d1y9ia_ A:24-37,44-59,140-164 1rfz d1rfzc_ C:23-36,43-58,139-162 1y9i d1y9ic_ C:24-37,44-59,140-164 1y9i d1y9id_ D:24-37,44-59,140-164 1y9i d1y9ib_ B:24-37,44-59,140-164 1tlq d1tlqa_ A:25-38,45-60,140-166 180. e.68.1 YacF-like probable biological unit is a dimer YacF-like 2 domains; d1: kinked four-helical bundle, inserted in d2: beta-sandwich of 7 strands in two sheets 2oez d2oeza1 A:57-77,83-104,160-179 2oez d2oezb1 B:57-77,83-104,160-179 2oez d2oezb1 B:35-56,135-144,145-161 2oez d2oeza1 A:35-57,135-144,145-161 181. c.77.1 Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like the constituent families form similar dimers ! Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like consists of two intertwined (sub)domains related by pseudo dyad; duplication ! 3 layers: a/b/a; single mixed beta-sheet of 10 strands, order 213A945867 (A=10); strands from 5 to 9 are antiparallel to the rest 2g4o d2g4od1 D:9-28,300-319,324-336 2g4o d2g4oa1 A:9-28,300-319,324-336 1v53 d1v53b1 B:10-30,310-328,343-356 1idm d1idma_ A:8-31,302-321,330-343 2g4o d2g4oc1 C:9-28,300-319,324-336 1w0d d1w0dd_ D:9-28,300-319,324-336 1j1w d1j1wa_ A:22-34,677-695,730-740 1j1w d1j1wc_ C:22-34,677-695,730-740 1j1w d1j1wd_ D:22-34,677-695,730-740 1j1w d1j1wb_ B:22-34,677-695,730-740 1osi d1osic_ C:8-31,304-323,332-345 1ipd d1ipda_ A:8-31,304-323,332-345 1w0d d1w0dc_ C:9-28,300-319,324-336 1w0d d1w0da_ A:9-28,300-319,324-336 1osi d1osid_ D:8-31,304-323,332-345 1itw d1itwc_ C:655-675,677-695,730-740 1w0d d1w0db_ B:9-28,300-319,324-336 1itw d1itwb_ B:655-675,677-695,730-741 1g2u d1g2ua_ A:9-31,304-323,332-345 1gc9 d1gc9a_ A:9-31,304-323,332-345 1xad d1xada_ A:8-31,304-323,332-345 2g4o d2g4ob1 B:9-28,300-319,324-336 1wal d1wala_ A:8-31,304-323,332-345 1gc8 d1gc8b_ B:9-31,304-323,332-345 1dr0 d1dr0b_ B:9-31,304-323,332-346 1wpw d1wpwa_ A:9-32,290-311,323-336 2ayq d2ayqa_ A:11-33,310-328,343-356 1osj d1osja_ A:9-31,304-323,332-345 1gc8 d1gc8a_ A:1009-1031,1304-1323,1332-1345 1dr0 d1dr0a_ A:9-31,304-323,332-346 1osi d1osib_ B:9-31,304-323,332-345 1v53 d1v53a1 A:11-33,310-328,343-356 1xac d1xaca_ A:9-31,304-323,332-345 1osj d1osjb_ B:9-31,304-323,332-345 1osi d1osia_ A:9-31,304-323,332-345 1xaa d1xaaa_ A:9-31,304-323,332-345 1xab d1xaba_ A:9-31,304-323,332-345 1dpz d1dpza_ A:9-31,304-323,332-345 2ayq d2ayqb_ B:11-33,310-328,343-357 1hex d1hexa_ A:9-31,304-323,332-345 1dpz d1dpzb_ B:9-31,304-323,332-344 1dr8 d1dr8b_ B:9-31,304-323,332-344 1cm7 d1cm7b_ B:297-314,315-333,347-361 1dr8 d1dr8a_ A:9-31,304-323,332-344 1cm7 d1cm7a_ A:297-314,315-333,347-361 2g4o d2g4oc1 C:283-299,300-319,324-336 2g4o d2g4oa1 A:283-299,300-319,324-336 1hqs d1hqsb_ B:358-374,375-393,410-423 1hqs d1hqsb_ B:27-51,375-393,410-423 1osi d1osid_ D:286-303,304-323,332-345 1osi d1osic_ C:286-303,304-323,332-345 1j1w d1j1wc_ C:22-34,623-644,655-674 1w0d d1w0dc_ C:283-299,300-319,324-336 1j1w d1j1wa_ A:22-34,623-644,655-674 1gc9 d1gc9a_ A:286-303,304-323,332-345 1j1w d1j1wd_ D:22-34,623-644,655-674 1j1w d1j1wb_ B:22-34,623-644,655-674 1xad d1xada_ A:286-303,304-323,332-345 1g2u d1g2ua_ A:286-303,304-323,332-345 1w0d d1w0db_ B:283-299,300-319,324-336 1xac d1xaca_ A:286-303,304-323,332-345 1dr0 d1dr0b_ B:286-303,304-323,332-346 1dr0 d1dr0a_ A:286-303,304-323,332-346 1cnz d1cnza_ A:297-314,315-333,347-362 1j1w d1j1wa_ A:655-674,677-695,730-740 1j1w d1j1wb_ B:655-674,677-695,730-740 1a05 d1a05b_ B:291-308,309-327,342-355 1j1w d1j1wd_ D:655-674,677-695,730-740 1j1w d1j1wc_ C:655-674,677-695,730-740 1wpw d1wpwb_ B:20-32,290-311,323-336 1hqs d1hqsa_ A:27-51,375-393,410-422 1itw d1itwd_ D:655-674,677-695,730-741 1cm7 d1cm7a_ A:13-35,315-333,347-361 1dpz d1dpza_ 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d1osjb_ B:286-303,304-323,332-345 1a05 d1a05b_ B:10-32,309-327,342-355 1bl5 d1bl5a_ A:34-58,369-387,404-416 1v53 d1v53b1 B:292-309,310-328,343-356 1hex d1hexa_ A:286-303,304-323,332-345 1itw d1itwb_ B:12-34,677-695,730-741 1t0l d1t0lc_ C:16-34,349-370,393-414 1wal d1wala_ A:286-303,304-323,332-345 1v53 d1v53a1 A:292-309,310-328,343-356 1itw d1itwa_ A:12-34,623-644,655-674 1ide d1idea_ A:352-368,369-387,404-416 1itw d1itwa_ A:12-34,677-695,730-740 1a05 d1a05a_ A:10-32,309-327,342-355 2ayq d2ayqa_ A:292-309,310-328,343-356 1cnz d1cnza_ A:13-35,315-333,347-362 1dr8 d1dr8a_ A:286-303,304-323,332-344 1dr8 d1dr8b_ B:286-303,304-323,332-344 1xco d1xcof_ F:75-90,94-105,104-116 1idd d1idda_ A:34-58,369-387,404-416 1idf d1idfa_ A:352-368,369-387,404-416 1ide d1idea_ A:34-58,369-387,404-416 1bl5 d1bl5a_ A:352-368,369-387,404-416 1sjs d1sjsa_ A:34-58,369-387,404-416 1idf d1idfa_ A:34-58,369-387,404-416 1cnz d1cnzb_ B:13-35,315-333,347-363 1cw7 d1cw7a_ A:34-58,369-387,404-416 1ai3 d1ai3a_ A:34-58,369-387,404-416 1cw1 d1cw1a_ A:34-58,369-387,404-416 6icd d6icda_ A:34-58,369-387,404-416 3icd d3icda_ A:34-58,369-387,404-416 1pb3 d1pb3a_ A:34-58,369-387,404-416 1ai2 d1ai2a_ A:34-58,369-387,404-416 1pb1 d1pb1a_ A:34-58,369-387,404-416 4icd d4icda_ A:34-58,369-387,404-416 1sjs d1sjsa_ A:352-368,369-387,404-416 1cw4 d1cw4a_ A:34-58,369-387,404-416 9icd d9icda_ A:34-58,369-387,404-416 1gro d1groa_ A:34-58,369-387,404-416 1p8f d1p8fa_ A:34-58,369-387,404-416 8icd d8icda_ A:34-58,369-387,404-416 1itw d1itwb_ B:12-34,623-644,655-675 7icd d7icda_ A:34-58,369-387,404-416 1idc d1idca_ A:352-368,369-387,404-416 1cw7 d1cw7a_ A:352-368,369-387,404-416 1pb1 d1pb1a_ A:352-368,369-387,404-416 1pb3 d1pb3a_ A:352-368,369-387,404-416 1cw4 d1cw4a_ A:352-368,369-387,404-416 1ika d1ikaa_ A:34-58,369-387,404-416 1grp d1grpa_ A:34-58,369-387,404-416 1p8f d1p8fa_ A:352-368,369-387,404-416 1hj6 d1hj6a_ A:34-58,369-387,404-416 1iso d1isoa_ A:34-58,369-387,404-416 1cw1 d1cw1a_ A:352-368,369-387,404-416 5icd d5icda_ A:34-58,369-387,404-416 4icd d4icda_ A:352-368,369-387,404-416 1hj6 d1hj6a_ A:352-368,369-387,404-416 8icd d8icda_ A:352-368,369-387,404-416 1itw d1itwc_ C:12-34,623-644,655-675 9icd d9icda_ A:352-368,369-387,404-416 3icd d3icda_ A:352-368,369-387,404-416 1ai2 d1ai2a_ A:352-368,369-387,404-416 1ai3 d1ai3a_ A:352-368,369-387,404-416 1idc d1idca_ A:34-58,369-387,404-416 1grp d1grpa_ A:352-368,369-387,404-416 6icd d6icda_ A:352-368,369-387,404-416 5icd d5icda_ A:352-368,369-387,404-416 1idd d1idda_ A:352-368,369-387,404-416 1gro d1groa_ A:352-368,369-387,404-416 7icd d7icda_ A:352-368,369-387,404-416 1iso d1isoa_ A:352-368,369-387,404-416 1ika d1ikaa_ A:352-368,369-387,404-416 1r5j d1r5jb_ B:79-92,96-107,106-118 1itw d1itwa_ A:602-622,623-644,655-674 1r5j d1r5ja_ A:79-92,96-107,106-118 1itw d1itwd_ D:602-622,623-644,655-674 1itw d1itwb_ B:602-622,623-644,655-675 1wpw d1wpwa_ A:269-289,290-311,323-336 1xco d1xcod_ D:77-90,94-105,104-116 1j1w d1j1wa_ A:602-622,623-644,655-674 1j1w d1j1wd_ D:602-622,623-644,655-674 1j1w d1j1wc_ C:602-622,623-644,655-674 1j1w d1j1wb_ B:602-622,623-644,655-674 1wpw d1wpwb_ B:269-289,290-311,323-336 1lwd d1lwda_ A:328-348,349-370,394-413 1j1w d1j1wb_ B:655-674,694-706,730-740 1j1w d1j1wa_ A:655-674,694-706,730-740 1j1w d1j1wd_ D:655-674,694-706,730-740 1lwd d1lwdb_ B:328-348,349-370,394-413 1j1w d1j1wc_ C:655-674,694-706,730-740 1t0l d1t0ld_ D:328-348,349-370,393-411 1itw d1itwc_ C:602-622,623-644,655-675 1t09 d1t09a_ A:328-348,349-370,393-414 1t09 d1t09b_ B:328-348,349-370,393-414 1j1w d1j1wd_ D:148-159,602-622,623-644 1j1w d1j1wa_ A:148-159,602-622,623-644 1j1w d1j1wc_ C:148-159,602-622,623-644 1j1w d1j1wb_ B:148-159,602-622,623-644 1t0l d1t0la_ A:328-348,349-370,393-414 1t0l d1t0lb_ B:328-348,349-370,393-414 1t0l d1t0lc_ C:328-348,349-370,393-414 1t0l d1t0ld_ D:16-31,349-370,393-411 1itw d1itwb_ B:148-159,602-622,623-644 1td9 d1td9e_ E:75-90,94-105,128-141 1td9 d1td9f_ F:75-90,94-105,128-141 1td9 d1td9d_ D:75-90,94-105,128-141 1td9 d1td9c_ C:75-90,94-105,128-141 1td9 d1td9a_ A:75-90,94-105,128-141 1td9 d1td9b_ B:75-90,94-105,128-141 1itw d1itwa_ A:655-674,694-708,730-740 1itw d1itwd_ D:148-159,602-622,623-644 1itw d1itwd_ D:655-674,694-708,730-741 1xco d1xcoe_ E:75-90,94-105,128-141 1xco d1xcof_ F:75-90,94-105,128-141 1xco d1xcoa_ A:75-90,94-105,128-141 1xco d1xcoc_ C:75-90,94-105,128-141 1itw d1itwa_ A:148-159,602-622,623-644 1t0l d1t0lb_ B:16-31,349-370,393-414 1itw d1itwc_ C:655-675,694-708,730-740 1t0l d1t0la_ A:16-31,349-370,393-414 1t09 d1t09b_ B:16-31,349-370,393-414 1itw d1itwb_ B:655-675,694-708,730-741 1t09 d1t09a_ A:16-31,349-370,393-414 1itw d1itwc_ C:148-159,602-622,623-644 1r5j d1r5jb_ B:79-92,96-107,130-143 1r5j d1r5ja_ A:79-92,96-107,130-143 1xco d1xcod_ D:77-90,94-105,128-141 1xco d1xcob_ B:77-90,94-105,128-141 182. a.225.1 Hypothetical protein MG354 Hypothetical protein MG354 multihelical bundle; contains buried central helix 1tm9 d1tm9a_ A:20-29,83-92,91-108 185. a.62.1 Hepatitis B viral capsid (hbcag) Hepatitis B viral capsid (hbcag) 5 helices; array; two long helices form a hairpin that dimerizes into a 4-helical bundle 1qgt d1qgtc_ C:26-39,49-76,90-111 1qgt d1qgtb_ B:26-39,49-77,91-111 1qgt d1qgta_ A:26-39,49-77,91-111 1qgt d1qgtd_ D:26-39,49-77,91-111 186. f.35.1 Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain 12 transmembrane helices; duplication: the N- and C-terminal halves of the whole proteins are structurally similar 1iwg d1iwga8 A:513-538,959-972,1022-1030 1oy8 d1oy8a7 A:391-424,438-459,924-957 1oyd d1oyda7 A:391-424,438-459,924-957 1oy9 d1oy9a7 A:391-424,435-459,924-957 1iwg d1iwga7 A:391-424,435-459,924-957 1oy6 d1oy6a7 A:391-424,435-459,924-957 1oye d1oyea7 A:391-424,435-459,924-957 1oye d1oyea8 A:513-538,959-972,1022-1036 1oyd d1oyda8 A:513-538,959-972,1022-1036 1oy9 d1oy9a8 A:513-538,959-972,1022-1036 1iwg d1iwga8 A:870-893,894-920,924-957 1oye d1oyea8 A:870-893,894-920,924-957 1oy9 d1oy9a8 A:870-893,894-920,924-957 1oy8 d1oy8a8 A:870-893,894-920,924-957 1oyd d1oyda8 A:870-893,894-920,924-957 1oy6 d1oy6a8 A:870-893,894-920,924-957 1oy8 d1oy8a7 A:391-424,427-439,924-957 1oyd d1oyda7 A:391-424,427-439,924-957 1oy8 d1oy8a8 A:894-920,924-957,971-994 1oy9 d1oy9a8 A:894-920,924-957,971-994 1oyd d1oyda8 A:894-920,924-957,971-994 1oye d1oyea8 A:894-920,924-957,971-994 1oy6 d1oy6a8 A:894-920,924-957,971-994 1iwg d1iwga8 A:894-920,924-957,971-994 1oy8 d1oy8a7 A:328-360,361-387,391-424 1iwg d1iwga7 A:328-360,361-387,391-424 1oy9 d1oy9a7 A:328-360,361-387,391-424 1oye d1oyea7 A:328-360,361-387,391-424 1oyd d1oyda7 A:328-360,361-387,391-424 1oy6 d1oy6a7 A:328-360,361-387,391-424 187. a.24.3 Cytochromes Heme-containing proteins ! Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1qq3 d1qq3a_ A:22-43,55-82,83-106 1m6t d1m6ta_ A:22-44,55-82,83-103 1qpu d1qpua_ A:22-44,55-82,83-106 256b d256ba_ A:22-43,55-82,83-106 256b d256bb_ B:22-43,55-82,83-106 1mqv d1mqva_ A:33-56,74-97,105-121 1lm3 d1lm3d_ D:22-44,55-82,83-106 1gqa d1gqaa_ A:35-53,79-104,104-127 1mqv d1mqvb_ B:33-56,74-97,105-121 1a7v d1a7va_ A:33-56,74-97,105-121 1a7v d1a7vb_ B:33-56,74-97,105-121 1gqa d1gqad_ D:35-53,79-104,104-127 1lm3 d1lm3b_ B:22-44,55-82,83-106 2j8w d2j8wb1 B:37-60,78-103,104-127 2j9b d2j9bb1 B:37-60,78-103,104-127 1s05 d1s05a_ A:33-51,78-101,102-111 1jaf d1jafa_ A:37-60,78-103,104-127 2j9b d2j9ba1 A:37-60,78-103,104-127 2j8w d2j8wa1 A:37-60,78-103,104-127 1jaf d1jafb_ B:37-60,78-103,104-127 1cgn d1cgna_ A:37-60,75-100,101-124 1nbb d1nbbb_ B:32-50,77-102,103-126 1bbh d1bbha_ A:35-53,80-105,106-129 1e86 d1e86a_ A:37-60,75-100,101-124 1cgo d1cgoa_ A:37-60,75-100,101-124 1rcp d1rcpb_ B:32-50,77-102,103-126 1bbh d1bbhb_ B:35-53,80-105,106-129 1cpr d1cpra_ A:32-50,77-102,103-126 1cpq d1cpqa_ A:32-50,77-102,103-126 1e85 d1e85a_ A:37-60,75-100,101-124 1rcp d1rcpa_ A:32-50,77-102,103-126 1e83 d1e83a_ A:37-60,75-100,101-124 1e84 d1e84a_ A:37-60,75-100,101-124 1nbb d1nbba_ A:32-50,77-102,103-126 2ccy d2ccya_ A:39-59,78-103,103-126 2ccy d2ccyb_ B:39-59,78-103,103-126 1s05 d1s05a_ A:33-51,78-101,110-125 1apc d1apca_ A:22-44,54-82,82-94 188. c.81.1 Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3 molybdopterine enzyme ! Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3 contains of two similar intertwined domains related by pseudo dyad; duplication ! core: 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strands, order 32451 1g8j d1g8jc2 C:302-321,334-343,392-408 1g8k d1g8ka2 A:302-321,334-343,392-408 1g8k d1g8kg2 G:302-321,334-343,392-408 1g8k d1g8kc2 C:302-321,334-343,392-408 1g8k d1g8ke2 E:302-321,334-343,392-408 1g8j d1g8ja2 A:302-321,334-343,392-408 1y5n d1y5na2 A:903-910,920-932,947-960 1siw d1siwa2 A:903-910,920-932,947-960 2v3v d2v3va2 A:221-240,262-274,315-331 2jim d2jima2 A:221-240,262-274,315-331 2jir d2jira2 A:221-240,262-274,315-331 2nap d2napa2 A:221-240,262-274,315-331 2jiq d2jiqa2 A:221-240,262-274,315-331 2jio d2jioa2 A:221-240,262-274,315-331 2jip d2jipa2 A:221-240,262-274,315-331 2v45 d2v45a2 A:221-240,262-274,315-331 2iv2 d2iv2x2 X:222-238,251-263,304-320 1aa6 d1aa6a2 A:222-238,251-263,302-320 1ogy d1ogyo2 O:233-252,299-311,353-369 1ogy d1ogya2 A:233-252,299-311,353-369 1ogy d1ogyi2 I:233-252,299-311,353-369 1ogy d1ogyc2 C:233-252,299-311,353-369 1ogy d1ogyk2 K:233-252,299-311,353-369 1ogy d1ogym2 M:233-252,299-311,353-369 1ogy d1ogyg2 G:233-252,299-311,353-369 1fdo d1fdoa2 A:222-238,251-263,302-320 1ogy d1ogye2 E:233-252,299-311,353-369 1fdi d1fdia2 A:222-238,251-263,302-320 1r27 d1r27c2 C:301-322,472-482,549-565 1kqf d1kqfa2 A:276-295,359-372,417-433 1kqg d1kqga2 A:276-295,359-372,417-433 1y5n d1y5na2 A:298-322,472-482,549-565 1ti4 d1ti4i2 I:267-286,299-309,362-378 1eu1 d1eu1a2 A:239-258,271-281,329-345 1ti2 d1ti2i2 I:267-286,299-309,362-378 1vle d1vleq2 Q:267-286,299-309,362-378 1vle d1vleo2 O:267-286,299-309,362-378 1r27 d1r27a2 A:298-322,472-482,549-565 1ti4 d1ti4a2 A:267-286,299-309,362-378 1ti4 d1ti4g2 G:267-286,299-309,362-378 1ti6 d1ti6a2 A:267-286,299-309,362-378 1y5l d1y5la2 A:298-322,472-482,549-565 1y5i d1y5ia2 A:298-322,472-482,549-565 1vle d1vlem2 M:267-286,299-309,362-378 1ti6 d1ti6c2 C:267-286,299-309,362-378 1vle d1vles2 S:267-286,299-309,362-378 1vle d1vlew2 W:267-286,299-309,362-378 1q16 d1q16a2 A:298-322,472-482,549-565 1ti6 d1ti6g2 G:267-286,299-309,362-378 1ti2 d1ti2k2 K:267-286,299-309,362-378 1vld d1vldu2 U:267-286,299-309,360-378 1y4z d1y4za2 A:298-322,472-482,549-565 1siw d1siwa2 A:298-322,472-482,549-565 1vld d1vldq2 Q:267-286,299-309,360-378 1ti4 d1ti4e2 E:267-286,299-309,360-378 1ti4 d1ti4c2 C:267-286,299-309,360-378 1ti2 d1ti2a2 A:267-286,299-309,360-378 1vlf d1vlfm2 M:267-286,299-309,360-378 1ti2 d1ti2g2 G:267-286,299-309,360-378 1ti2 d1ti2c2 C:267-286,299-309,360-378 1vld d1vldw2 W:267-286,299-309,360-378 1vlf d1vlfq2 Q:267-286,299-309,360-378 1ti6 d1ti6i2 I:267-286,299-309,360-378 1ti6 d1ti6k2 K:267-286,299-309,360-378 1ti6 d1ti6e2 E:267-286,299-309,360-378 1vlf d1vlfs2 S:267-286,299-309,360-378 1vlf d1vlfw2 W:267-286,299-309,360-378 1ti4 d1ti4k2 K:267-286,299-309,360-378 1vld d1vldm2 M:267-286,299-309,360-378 1vlf d1vlfo2 O:267-286,299-309,360-378 1vle d1vleu2 U:267-286,299-309,360-378 1vld d1vlds2 S:267-286,299-309,360-378 1vlf d1vlfu2 U:267-286,299-309,360-378 1h5n d1h5nc2 C:239-258,271-281,329-345 1y5i d1y5ia2 A:903-910,920-932,947-959 1e60 d1e60c2 C:239-258,271-281,329-345 1e60 d1e60a2 A:239-258,271-281,329-345 1dms d1dmsa2 A:239-258,271-281,329-345 1vld d1vldo2 O:267-286,299-309,360-378 1dmr d1dmra2 A:239-258,271-281,329-345 1y4z d1y4za2 A:903-910,920-932,947-959 1y5l d1y5la2 A:903-910,920-932,947-959 4dmr d4dmra2 A:239-258,271-281,329-345 1ti2 d1ti2e2 E:267-286,299-309,360-378 1h5n d1h5na2 A:239-258,271-281,329-345 1e18 d1e18a2 A:239-258,271-281,329-345 1r27 d1r27a2 A:903-910,920-932,947-959 1e5v d1e5va2 A:239-258,271-281,329-345 1q16 d1q16a2 A:903-910,920-932,947-959 3dmr d3dmra2 A:239-258,271-281,329-345 1e5v d1e5vc2 C:239-258,271-281,329-345 1r27 d1r27c2 C:903-910,920-932,947-959 1tmo d1tmoa2 A:245-264,277-287,335-351 1e61 d1e61a2 A:239-258,271-281,329-345 2dmr d2dmra2 A:239-258,271-281,329-345 1e61 d1e61c2 C:239-258,271-281,329-345 1e61 d1e61a2 A:148-160,321-328,329-345 1e61 d1e61c2 C:148-160,321-328,329-345 3dmr d3dmra2 A:148-160,321-328,329-345 4dmr d4dmra2 A:148-160,321-328,329-345 1dms d1dmsa2 A:148-160,321-328,329-345 1e5v d1e5vc2 C:148-160,321-328,329-345 1dmr d1dmra2 A:148-160,321-328,329-345 1h0h d1h0ha2 A:237-256,320-333,375-394 1h0h d1h0hk2 K:237-256,320-333,375-394 1eu1 d1eu1a2 A:148-160,321-328,329-345 1e5v d1e5va2 A:148-160,321-328,329-345 1e18 d1e18a2 A:148-160,321-328,329-345 1h5n d1h5na2 A:148-160,321-328,329-345 1h5n d1h5nc2 C:148-160,321-328,329-345 1e60 d1e60c2 C:148-160,321-328,329-345 1e60 d1e60a2 A:148-160,321-328,329-345 1e60 d1e60a2 A:187-195,201-214,355-362 1h5n d1h5na2 A:187-195,201-214,355-362 1e60 d1e60c2 C:187-195,201-214,355-362 1h5n d1h5nc2 C:187-195,201-214,355-362 1r27 d1r27a2 A:963-979,981-990,1025-1032 1e5v d1e5vc2 C:187-195,201-214,355-362 1e61 d1e61c2 C:187-195,201-214,355-362 1dmr d1dmra2 A:187-195,201-214,355-362 1e5v d1e5va2 A:187-195,201-214,355-362 2dmr d2dmra2 A:187-195,201-214,355-362 1e18 d1e18a2 A:187-195,201-214,355-362 1e61 d1e61a2 A:187-195,201-214,355-362 3dmr d3dmra2 A:187-195,201-214,355-362 4dmr d4dmra2 A:187-195,201-214,355-362 1r27 d1r27c2 C:301-322,323-334,549-565 1eu1 d1eu1a2 A:187-195,201-214,355-362 1y5l d1y5la2 A:298-322,323-334,549-565 1y5i d1y5ia2 A:298-322,323-334,549-565 1q16 d1q16a2 A:298-322,323-334,549-565 1r27 d1r27a2 A:298-322,323-334,549-565 1y5n d1y5na2 A:298-322,323-334,549-565 1y4z d1y4za2 A:298-322,323-334,549-565 1siw d1siwa2 A:298-322,323-334,549-565 1ogy d1ogym2 M:125-141,409-421,598-612 1ogy d1ogyo2 O:125-141,409-421,598-612 1ogy d1ogyg2 G:125-141,409-421,598-612 1ogy d1ogyk2 K:125-141,409-421,598-612 1ogy d1ogyc2 C:125-141,409-421,598-612 1ogy d1ogye2 E:125-141,409-421,598-612 1ogy d1ogyi2 I:125-141,409-421,598-612 1ogy d1ogya2 A:125-141,409-421,598-612 191. a.24.11 Bacterial GAP domain contains extra helices in the loops at one end of the bundle ! Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1hy5 d1hy5a_ A:1141-1157,1158-1171,1197-1219 1hy5 d1hy5b_ B:2141-2157,2158-2171,2197-2220 1hy5 d1hy5a_ A:1141-1157,1177-1184,1197-1219 1g4w d1g4wr1 R:207-219,225-237,262-290 1g4u d1g4us1 S:206-222,224-237,262-294 1he1 d1he1a_ A:143-159,161-174,199-229 1he1 d1he1b_ B:143-159,161-174,199-229 1hy5 d1hy5b_ B:2141-2157,2177-2184,2197-2220 1he9 d1he9a_ A:143-159,161-174,199-233 1he1 d1he1a_ A:143-159,180-187,199-229 1he1 d1he1b_ B:143-159,180-187,199-229 1g4u d1g4us1 S:206-222,243-250,262-294 194. a.68.1 Wiscott-Aldrich syndrome protein, WASP, C-terminal domain Wiscott-Aldrich syndrome protein, WASP, C-terminal domain 5 helices; irregular array; left-handed superhelix 1ej5 d1ej5a_ A:23-34,42-57,76-93 1t84 d1t84a_ A:23-34,42-57,79-96 195. e.66.1 Api92-like Api92-like 2 domains; d1: [alpha+beta with similarity to ferredoxin-like fold]; d2: [6 helices, bundle, one buried central helix], inserted into d1 2ijr d2ijra1 A:31-50,75-91,95-110 196. a.213.1 DinB/YfiT-like putative metalloenzymes contains metal-binding site on the bundle surface surrounded by loops ! DinB/YfiT-like putative metalloenzymes core: 4 helices; bundle, closed, left-handed twist; an unusual topology with a higher contact order 2p1a d2p1aa1 A:0-25,39-50,117-142 2p1a d2p1ab1 B:0-25,39-50,117-145 2f22 d2f22a1 A:2-21,35-57,103-130 2f22 d2f22b1 B:2-21,35-57,103-130 2ou6 d2ou6a1 A:30-52,69-91,157-184 2f22 d2f22b1 B:2-21,71-90,103-130 2f22 d2f22a1 A:2-21,71-90,103-130 2p1a d2p1ab1 B:0-25,77-99,117-145 2p1a d2p1aa1 A:0-25,77-99,117-142 2oqm d2oqmc1 C:-3-32,49-70,126-154 2nsf d2nsfa1 A:8-31,93-115,133-153 2nsg d2nsga1 A:8-31,93-115,133-153 2oqm d2oqmb1 B:-4-32,49-70,126-154 1rxq d1rxqb_ B:33-45,108-130,149-176 2nsf d2nsfa1 A:8-31,45-70,133-153 2oqm d2oqmd1 D:-5-32,49-70,126-154 2nsg d2nsga1 A:8-31,45-70,133-153 1rxq d1rxqc_ C:33-43,108-130,149-176 2oqm d2oqma1 A:-7-32,49-70,126-154 2nsf d2nsfa1 A:45-70,78-92,93-115 2nsg d2nsga1 A:45-70,78-92,93-115 2ou6 d2ou6a1 A:30-52,120-143,157-184 1rxq d1rxqb_ B:20-34,108-130,149-176 1rxq d1rxqc_ C:33-43,60-86,149-176 1rxq d1rxqd_ D:20-45,108-130,149-176 1rxq d1rxqa_ A:20-45,108-130,149-176 1rxq d1rxqc_ C:20-34,108-130,149-176 1rxq d1rxqb_ B:33-45,60-86,149-176 2oqm d2oqmc1 C:-3-32,34-41,126-154 2oqm d2oqmb1 B:-4-32,34-41,126-154 1rxq d1rxqd_ D:20-45,60-86,149-176 1rxq d1rxqa_ A:20-45,60-86,149-176 2ou6 d2ou6a1 A:69-91,99-108,120-143 2oqm d2oqmd1 D:-5-32,34-41,126-154 2oqm d2oqma1 A:-7-32,34-41,126-154 2oqm d2oqmd1 D:-5-32,103-113,126-154 197. e.37.1 Siroheme synthase middle domains-like Siroheme synthase middle domains-like 2 domains: (1) alpha+beta, 2 layers; (2) 3/4-helical bundle, right-handed twist, left-handed superhelix 1kyq d1kyqc2 C:192-212,213-232,240-256 1kyq d1kyqb2 B:192-211,213-232,240-256 1kyq d1kyqa2 A:192-212,213-232,240-256 1pjq d1pjqa3 A:150-162,185-195,196-210 1pjq d1pjqa3 A:150-162,171-186,196-210 1pjt d1pjtb3 B:150-162,171-186,196-211 1pjt d1pjtb3 B:161-170,171-186,196-211 1pjt d1pjta3 A:148-162,171-186,196-210 1pjs d1pjsa3 A:148-162,171-186,196-210 1pjt d1pjta3 A:148-162,185-195,196-210 1pjs d1pjsa3 A:148-162,185-195,196-210 1pjq d1pjqb3 B:161-170,171-185,196-211 1pjs d1pjsa3 A:161-170,171-186,196-210 1pjs d1pjsb3 B:161-170,171-185,196-211 1pjt d1pjta3 A:161-170,171-186,196-210 1pjq d1pjqa3 A:161-170,171-186,196-210 1pjs d1pjsb3 B:150-162,171-185,196-211 1pjq d1pjqb3 B:150-162,171-185,196-211 198. e.26.1 Prismane protein-like Prismane protein-like 3 domains: (1) spectrin repeat-like 3-helical bundle; (2 and 3) alpha/beta: Rossmann-fold topology 1gn9 d1gn9b_ B:27-55,59-74,80-102 1gnl d1gnlb_ B:27-55,59-74,80-102 1oa0 d1oa0b_ B:27-55,59-74,80-102 1upx d1upxb_ B:27-55,59-74,80-102 1upx d1upxa_ A:27-55,59-74,80-103 1gnl d1gnla_ A:27-55,59-74,80-103 1gn9 d1gn9a_ A:27-55,59-74,80-103 1oa0 d1oa0a_ A:27-55,59-74,80-103 1su7 d1su7a_ A:161-169,169-180,525-544 1su8 d1su8a_ A:161-169,169-180,525-544 3b51 d3b51x1 X:161-169,169-180,525-544 3b53 d3b53x1 X:161-169,169-180,525-544 1suf d1sufa_ A:161-169,169-180,525-544 3b52 d3b52x1 X:161-169,169-180,525-544 1su6 d1su6a_ A:161-169,169-180,525-544 2z8y d2z8yb1 B:183-191,191-202,549-568 2z8y d2z8yo1 O:18-48,75-91,95-121 1oao d1oaoc_ C:18-48,75-91,95-121 1ru3 d1ru3a_ A:21-51,78-94,98-124 2z8y d2z8yc1 C:183-191,191-202,549-568 2z8y d2z8ym1 M:18-48,75-91,95-121 1oao d1oaod_ D:18-48,75-91,95-121 2z8y d2z8yn1 N:18-48,75-91,95-121 2z8y d2z8yp1 P:18-48,75-91,95-121 1mjg d1mjgm_ M:18-48,75-91,95-121 1mjg d1mjgp_ P:18-48,75-91,95-121 1mjg d1mjgo_ O:18-48,75-91,95-121 1mjg d1mjgn_ N:18-48,75-91,95-121 1gn9 d1gn9a_ A:59-74,136-164,167-183 1oa1 d1oa1a_ A:141-169,172-189,191-222 1e2u d1e2ua_ A:141-169,172-189,191-222 1w9m d1w9ma1 A:141-169,172-189,191-222 1gnl d1gnla_ A:59-74,136-164,167-184 1e9v d1e9va_ A:141-169,172-189,191-222 1gn9 d1gn9b_ B:59-74,136-164,167-184 1gnl d1gnlb_ B:59-74,136-164,167-184 1gnt d1gnta_ A:141-169,172-189,191-222 1upx d1upxa_ A:59-74,136-164,167-184 1oa0 d1oa0a_ A:59-74,136-164,167-184 1oa0 d1oa0b_ B:59-74,136-164,167-184 1e1d d1e1da_ A:141-169,172-189,191-222 1upx d1upxb_ B:59-74,136-164,167-184 1oa0 d1oa0b_ B:136-164,167-184,187-218 1gnl d1gnlb_ B:136-164,167-184,187-218 1upx d1upxa_ A:136-164,167-184,187-218 1upx d1upxb_ B:136-164,167-184,187-218 1oa0 d1oa0a_ A:136-164,167-184,187-218 1gnl d1gnla_ A:136-164,167-184,187-218 1gn9 d1gn9a_ A:136-164,167-183,187-218 1gn9 d1gn9b_ B:136-164,167-184,187-218 1e1d d1e1da_ A:55-70,141-169,172-189 1w9m d1w9ma1 A:55-70,141-169,172-189 1oa1 d1oa1a_ A:55-70,141-169,172-189 1e9v d1e9va_ A:55-70,141-169,172-189 1e2u d1e2ua_ A:55-70,141-169,172-189 1oa1 d1oa1a_ A:24-52,55-70,76-107 1gnt d1gnta_ A:55-70,141-169,172-189 1w9m d1w9ma1 A:24-52,55-70,76-107 1e1d d1e1da_ A:24-52,55-70,76-107 1e2u d1e2ua_ A:24-52,55-70,76-107 1e9v d1e9va_ A:24-52,55-70,76-107 1gnt d1gnta_ A:24-52,55-70,76-107 2z8y d2z8yc1 C:93-130,207-220,226-257 1oao d1oaoa_ A:93-130,207-220,226-257 1oao d1oaob_ B:93-130,207-220,226-257 2z8y d2z8yp1 P:62-70,95-121,210-231 1mjg d1mjgd_ D:93-130,207-220,226-257 1mjg d1mjgc_ C:93-130,207-220,226-257 2z8y d2z8yb1 B:93-130,207-220,226-257 1mjg d1mjga_ A:93-130,207-220,226-257 1mjg d1mjgb_ B:93-130,207-220,226-257 2z8y d2z8ya1 A:93-130,207-220,226-257 2z8y d2z8yd1 D:93-130,207-220,226-257 2z8y d2z8yn1 N:62-70,95-121,211-231 2z8y d2z8yo1 O:62-70,95-121,211-231 1oao d1oaoc_ C:62-70,95-121,211-231 1mjg d1mjgn_ N:62-70,95-121,211-231 1mjg d1mjgm_ M:62-70,95-121,211-231 1mjg d1mjgo_ O:62-70,95-121,211-231 1mjg d1mjgp_ P:62-70,95-121,211-231 1oao d1oaod_ D:62-70,95-121,211-231 2z8y d2z8ym1 M:62-70,95-121,211-231 1ru3 d1ru3a_ A:65-73,98-124,214-234 1jqk d1jqkc_ C:75-112,189-202,208-239 3b51 d3b51x1 X:73-110,185-198,204-235 1jqk d1jqkd_ D:75-112,189-202,208-239 1jqk d1jqka_ A:75-112,189-202,208-239 1jqk d1jqke_ E:75-112,189-202,208-239 1jqk d1jqkb_ B:75-112,189-202,208-239 3b52 d3b52x1 X:73-110,185-199,204-235 1su7 d1su7a_ A:73-110,185-199,204-235 1jqk d1jqkf_ F:75-112,189-202,208-239 1suf d1sufa_ A:73-110,185-198,204-235 1su6 d1su6a_ A:73-110,185-198,204-235 1su8 d1su8a_ A:73-110,185-198,204-235 3b53 d3b53x1 X:73-110,185-199,204-235 2z8y d2z8yo1 O:62-70,95-121,259-273 2z8y d2z8ym1 M:62-70,95-121,259-273 1mjg d1mjgn_ N:62-70,95-121,259-273 1mjg d1mjgp_ P:62-70,95-121,259-273 1mjg d1mjgo_ O:62-70,95-121,259-273 1mjg d1mjgm_ M:62-70,95-121,259-273 2z8y d2z8yn1 N:62-70,95-121,259-273 1oao d1oaod_ D:62-70,95-121,259-273 1oao d1oaob_ B:93-130,158-176,226-257 2z8y d2z8yc1 C:93-130,158-176,226-257 1oao d1oaoa_ A:93-130,158-176,226-257 2z8y d2z8yd1 D:93-130,158-176,226-257 1mjg d1mjgc_ C:93-130,158-176,226-257 2z8y d2z8yb1 B:93-130,158-176,226-257 2z8y d2z8ya1 A:93-130,158-176,226-257 1mjg d1mjga_ A:93-130,158-176,226-257 1su7 d1su7a_ A:73-110,138-156,204-235 1mjg d1mjgd_ D:93-130,158-176,226-257 3b53 d3b53x1 X:73-110,138-156,204-235 1mjg d1mjgb_ B:93-130,158-176,226-257 1jqk d1jqke_ E:75-112,140-158,208-239 3b52 d3b52x1 X:73-110,138-156,204-235 1jqk d1jqka_ A:75-112,140-158,208-239 1jqk d1jqkc_ C:75-112,140-158,208-239 1su6 d1su6a_ A:73-110,138-156,204-235 1jqk d1jqkb_ B:75-112,140-158,208-239 1suf d1sufa_ A:73-110,138-156,204-235 1su8 d1su8a_ A:73-110,138-156,204-235 3b51 d3b51x1 X:73-110,138-155,204-235 1jqk d1jqkf_ F:75-112,140-158,208-239 1jqk d1jqkd_ D:75-112,140-158,208-239 2z8y d2z8yc1 C:93-130,139-151,226-257 1oao d1oaob_ B:93-130,139-151,226-257 1oao d1oaoa_ A:93-130,139-151,226-257 2z8y d2z8ya1 A:93-130,139-151,226-257 1jqk d1jqka_ A:75-112,121-133,208-239 1mjg d1mjgc_ C:93-130,139-151,226-257 1mjg d1mjgd_ D:93-130,139-151,226-257 1mjg d1mjga_ A:93-130,139-151,226-257 1mjg d1mjgb_ B:93-130,139-151,226-257 1su7 d1su7a_ A:73-110,119-131,204-235 1jqk d1jqkd_ D:75-112,121-133,208-239 3b53 d3b53x1 X:73-110,119-131,204-235 3b52 d3b52x1 X:73-110,119-131,204-235 3b51 d3b51x1 X:73-110,119-131,204-235 1jqk d1jqke_ E:75-112,121-133,208-239 1su8 d1su8a_ A:73-110,119-131,204-235 1jqk d1jqkc_ C:75-112,121-133,208-239 1su6 d1su6a_ A:73-110,119-131,204-235 1suf d1sufa_ A:73-110,119-131,204-235 1jqk d1jqkf_ F:75-112,121-133,208-239 200. d.228.1 Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain consists of seven alpha-helices and three-stranded beta-sheet 1lrr d1lrrd_ D:86-103,102-114,152-168 1iu3 d1iu3f_ F:21-38,37-49,87-103 1lrr d1lrra_ A:86-103,102-114,152-168 1iu3 d1iu3c_ C:21-38,37-49,87-103 1j3e d1j3ea_ A:21-38,37-49,87-103 202. f.59.1 Cation efflux protein transmembrane domain-like Cation efflux protein transmembrane domain-like 6 transmembrane helices, bundle 2qfi d2qfib2 B:17-30,44-65,146-159 2qfi d2qfia2 A:17-30,44-65,146-159 204. a.249.1 YfmB-like YfmB-like 5 helices, array; buried N-terminal helix; some topological similarity (circular permutation?) to the Nucleotidyltransferase substrate binding subunit/domain (scop_sf 81593) 2euc d2euca1 A:5-28,47-57,65-81 2euc d2eucb1 B:5-28,47-57,65-81 205. a.29.12 Nqo1C-terminal domain-like contains extra C-terminal helix that caps the bundle at one end and Fe4-S4 cluster at the other end ! Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 2fug d2fugs1 S:336-352,356-377,380-398 2fug d2fugj1 J:336-352,356-377,380-398 2fug d2fug11 1:336-352,356-377,380-398 2fug d2fuga1 A:336-352,356-377,380-398 207. d.262.1 NinB NinB unusual fold; intertwined dimer; consists of two different structural domains 1pc6 d1pc6a_ A:42-61,68-82,105-124 1pc6 d1pc6b_ B:40-61,68-82,105-124 209. a.235.1 ATP-dependent DNA ligase DNA-binding domain ATP-dependent DNA ligase DNA-binding domain multihelical; duplication: contains two intertwined structural repeats related by pseudo twofold symmetry 1x9n d1x9na1 A:488-511,512-524,524-533 1x9n d1x9na1 A:454-471,488-511,512-524 212. a.8.2 Plasmid maintenance system epsilon/zeta, antidote epsilon subunit immunoglobulin/albumin-binding domain-like 3 helices; bundle, closed, left-handed twist; up-and-down; mirror topology to the spectrin-like fold 1gvn d1gvna_ A:4-33,41-56,62-85 1gvn d1gvnc_ C:4-33,41-56,62-86 216. a.294.1 Tex N-terminal region-like Tex N-terminal region-like multihelical; irregular array of long and short helices; can be divided into several subdomains 3bzc d3bzca3 A:53-85,88-98,100-112 2oce d2ocea3 A:53-85,88-98,100-112 3bzk d3bzka3 A:53-85,88-98,100-112 218. a.24.24 Domain from hypothetical 2610208m17rik protein Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1ug7 d1ug7a_ A:34-55,63-87,94-108 221. a.149.1 RNase III domain-like RNase III domain-like core: 5 helices; one helix is surrounded by the others 1yyw d1yywc1 C:36-59,63-76,135-146 1jfz d1jfzb_ B:235-259,263-276,335-346 1yyw d1yywb1 B:35-59,63-76,135-146 1yyk d1yykb1 B:35-59,63-76,135-146 1yyo d1yyoa1 A:35-59,63-76,135-146 1jfz d1jfzd_ D:635-659,663-676,735-746 1rc7 d1rc7a1 A:35-59,63-76,135-146 1yyo d1yyob1 B:35-59,63-76,135-146 1yz9 d1yz9b1 B:35-59,63-76,135-146 1rc5 d1rc5d_ D:635-659,663-676,735-746 1yz9 d1yz9a1 A:35-59,63-76,135-146 1i4s d1i4sa_ A:35-59,63-76,135-146 2ez6 d2ez6a1 A:35-59,63-76,135-146 1yyk d1yyka1 A:35-59,63-76,135-146 2nue d2nueb1 B:35-59,63-76,135-146 1rc5 d1rc5b_ B:235-259,263-276,335-346 2nue d2nuea1 A:35-59,63-76,135-146 1ztd d1ztdb1 B:60-76,79-91,97-125 2nuf d2nufa1 A:35-59,63-76,135-146 2nuf d2nufb1 B:35-59,63-76,135-146 2ez6 d2ez6b1 B:35-59,63-76,135-146 2nug d2nugb1 B:35-60,63-76,135-146 1jfz d1jfzc_ C:435-459,463-476,535-547 1yyw d1yywd1 D:35-59,63-76,135-146 1i4s d1i4sb_ B:235-259,263-276,335-346 1o0w d1o0wb1 B:49-74,77-90,149-163 1yyw d1yywa1 A:35-59,63-76,135-146 1o0w d1o0wa1 A:49-74,77-90,149-163 1rc5 d1rc5c_ C:435-459,463-476,535-547 2nug d2nuga1 A:35-60,63-76,135-146 1jfz d1jfza_ A:35-59,63-76,135-145 1rc5 d1rc5a_ A:35-59,63-76,135-145 1u61 d1u61a_ A:48-63,66-78,89-110 1ztd d1ztda1 A:60-76,79-91,97-125 1yyw d1yywc1 C:36-59,76-88,135-146 1jfz d1jfzc_ C:400-412,417-427,501-521 1jfz d1jfzb_ B:205-212,217-227,301-321 1rc5 d1rc5b_ B:205-212,217-227,301-321 1i4s d1i4sb_ B:205-212,217-227,301-321 1jfz d1jfzd_ D:605-612,617-627,701-721 1rc5 d1rc5d_ D:605-612,617-627,701-721 1yyw d1yywa1 A:2-12,17-27,101-121 1yyo d1yyob1 B:35-59,76-88,135-146 1rc5 d1rc5a_ A:35-59,76-88,135-145 1yz9 d1yz9b1 B:35-59,76-88,135-146 1yyw d1yywa1 A:35-59,76-88,135-146 1jfz d1jfza_ A:35-59,76-88,135-145 2ez6 d2ez6b1 B:35-59,76-88,135-146 1jfz d1jfzd_ D:635-659,676-688,735-746 1yz9 d1yz9a1 A:35-59,76-88,135-146 2ez6 d2ez6a1 A:35-59,76-88,135-146 1rc7 d1rc7a1 A:35-59,76-88,135-146 1yyk d1yykb1 B:35-59,76-88,135-146 1yyw d1yywb1 B:35-59,76-88,135-146 2nuf d2nufb1 B:35-59,76-88,135-146 1jfz d1jfzb_ B:235-259,276-288,335-346 1i4s d1i4sa_ A:5-12,17-27,101-121 2nuf d2nufa1 A:35-59,76-88,135-146 1rc5 d1rc5d_ D:635-659,676-688,735-746 1yyw d1yywd1 D:35-59,76-88,135-146 1i4s d1i4sa_ A:35-59,76-88,135-146 1yyo d1yyoa1 A:35-59,76-88,135-146 1yyk d1yyka1 A:35-59,76-88,135-146 2nue d2nuea1 A:35-59,76-88,135-146 2nue d2nueb1 B:35-59,76-88,135-146 1o0w d1o0wb1 B:49-74,90-102,149-163 1jfz d1jfzc_ C:435-459,476-488,535-547 1o0w d1o0wa1 A:49-74,90-102,149-163 1rc5 d1rc5c_ C:435-459,476-488,535-547 1rc5 d1rc5b_ B:235-259,276-288,335-346 1i4s d1i4sb_ B:235-259,276-288,335-346 2nug d2nugb1 B:35-60,76-88,135-146 2nug d2nuga1 A:35-60,76-88,135-146 1u61 d1u61a_ A:8-32,48-63,111-128 1u61 d1u61a_ A:8-32,35-48,111-128 222. a.144.1 PABC (PABP) domain PABP domain-like 4 helices; an orthogonal array 1i2t d1i2ta_ A:1017-1026,1028-1040,1050-1069 1ifw d1ifwa_ A:17-37,38-53,53-64 1jh4 d1jh4a_ A:26-36,39-51,51-62 1jh4 d1jh4a_ A:26-36,39-51,61-81 1g9l d1g9la_ A:74-83,84-96,107-128 1g9l d1g9la_ A:65-75,84-96,107-128 1jgn d1jgna_ A:27-36,39-50,61-89 1nmr d1nmra_ A:18-40,39-50,63-79 1nmr d1nmra_ A:18-40,52-62,63-79 223. a.59.1 PAH2 domain PAH2 domain 4 helices; open up-and-down bundle; binds alpha-helical peptides 1pd7 d1pd7a_ A:3-25,24-40,54-67 2f05 d2f05a1 A:4-22,24-44,54-67 1e91 d1e91a_ A:4-22,24-44,54-67 1g1e d1g1eb_ B:300-319,321-346,354-367 226. a.29.11 PA2201 N-terminal domain-like Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 2fef d2fefa1 A:11-25,34-55,65-94 2fef d2fefc1 C:11-25,34-55,65-94 2fef d2fefb1 B:11-25,34-55,65-94 228. a.5.4 Elongation factor TFIIS domain 2 RuvA C-terminal domain-like 3 helices; bundle, right-handed twist 1enw d1enwa_ A:21-39,44-59,65-77 229. a.121.1 Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain multihelical; interlocked (homo)dimer 1t33 d1t33b2 B:140-157,162-178,196-219 1t33 d1t33a2 A:140-157,162-178,196-220 2g7l d2g7la2 A:121-139,141-163,205-225 2fx0 d2fx0a2 A:122-140,146-161,186-197 1zk8 d1zk8b2 B:116-131,133-158,165-183 1zk8 d1zk8a2 A:116-131,133-158,165-182 2fbq d2fbqa2 A:134-150,153-175,191-209 2iu5 d2iu5b2 B:100-127,131-157,159-179 2np5 d2np5b2 B:116-142,145-168,172-189 2np5 d2np5c2 C:116-142,145-168,172-189 2np5 d2np5d2 D:116-142,145-168,172-189 2iu5 d2iu5a2 A:100-127,131-157,159-179 2np5 d2np5a2 A:116-142,145-168,172-189 1zkg d1zkgb2 B:125-140,146-170,179-200 1u9o d1u9oa2 A:131-160,167-189,195-213 1u9n d1u9na2 A:131-160,167-189,195-213 1jty d1jtyb2 B:124-138,144-164,167-187 3c07 d3c07a2 A:158-183,188-212,211-230 1t56 d1t56a2 A:131-160,167-189,195-213 1zkg d1zkga2 A:125-140,146-170,179-200 3bti d3btib2 B:124-138,144-164,167-187 3btc d3btcb2 B:124-138,144-164,167-187 2id3 d2id3b2 B:120-149,156-176,180-198 2dtz d2dtzb2 B:124-138,144-164,167-187 2hyj d2hyja2 A:123-151,158-181,182-200 3btl d3btlb2 B:124-138,144-164,167-187 3c07 d3c07a2 A:135-153,158-183,188-212 3btj d3btjb2 B:124-138,144-164,167-187 1jtx d1jtxb2 B:124-138,144-164,167-187 1qvu d1qvud2 D:124-138,144-164,167-187 1rkw d1rkwe2 E:124-138,144-164,167-187 1rpw d1rpwa2 A:124-138,144-164,167-187 1jus d1jusb2 B:124-138,144-164,167-187 2gby d2gbyb2 B:124-138,144-164,167-187 1jum d1juma2 A:125-138,144-164,167-187 1rpw d1rpwd2 D:124-138,144-164,167-187 1qvu d1qvub2 B:124-138,144-164,167-187 3btc d3btcd2 D:124-138,144-164,167-187 1rkw d1rkwb2 B:124-138,144-164,167-187 1jup d1jupb2 B:124-138,144-164,167-187 1jty d1jtye2 E:124-138,144-164,167-187 1jup d1jupd2 D:124-138,144-164,167-187 2hq5 d2hq5b2 B:124-138,144-164,167-187 1qvt d1qvtb2 B:124-138,144-164,167-187 1jty d1jtyd2 D:124-138,144-164,167-187 3btj d3btje2 E:124-138,144-164,167-187 2gby d2gbyd2 D:124-138,144-164,167-187 1jup d1jupe2 E:127-138,144-164,167-187 2g0e d2g0ea2 A:124-138,144-164,167-187 2g3b d2g3bb2 B:111-140,147-169,172-189 3bti d3btia2 A:124-138,144-164,167-187 1rkw d1rkwd2 D:124-138,144-164,167-187 1jty d1jtya2 A:124-138,144-164,167-187 1jtx d1jtxd2 D:124-138,144-164,167-187 1jus d1jusd2 D:124-138,144-164,167-187 3bt9 d3bt9b2 B:124-138,144-164,167-187 1jt6 d1jt6b2 B:124-138,144-164,167-187 2dtz d2dtzd2 D:124-138,144-163,167-187 3btl d3btle2 E:124-138,144-164,167-187 1rpw d1rpwc2 C:124-138,144-164,167-187 3bti d3btie2 E:124-138,144-164,167-187 2g7g d2g7ga2 A:108-126,128-153,177-205 2dtz d2dtze2 E:124-138,144-164,167-187 3btl d3btld2 D:124-138,144-164,167-187 2hq5 d2hq5d2 D:124-138,144-164,167-187 1qvt d1qvtd2 D:124-138,144-164,167-187 2dtz d2dtza2 A:124-138,144-164,167-187 3bt9 d3bt9a2 A:124-138,144-164,167-187 3btc d3btce2 E:124-138,144-164,167-187 2gby d2gbye2 E:124-138,144-164,167-187 1jt6 d1jt6d2 D:124-138,144-164,167-187 1qvu d1qvue2 E:124-138,144-164,167-187 1jum d1jumd2 D:124-138,144-164,167-187 1jum d1jumb2 B:124-138,144-164,167-187 3btj d3btjd2 D:124-138,144-164,167-187 1qvt d1qvte2 E:124-138,144-164,167-187 1jt6 d1jt6e2 E:124-138,144-164,167-187 1jus d1juse2 E:124-138,144-164,167-187 2g0e d2g0eb2 B:124-138,144-164,167-187 1z77 d1z77a2 A:121-140,146-170,179-200 2g0e d2g0ee2 E:124-138,144-164,167-187 3btl d3btla2 A:124-138,144-164,167-187 3btc d3btca2 A:124-138,144-164,167-187 2id6 d2id6a2 A:121-140,146-170,179-200 1jtx d1jtxe2 E:124-138,144-164,167-187 3bti d3btid2 D:124-138,144-164,167-187 1qvt d1qvta2 A:124-138,144-164,167-187 1jup d1jupa2 A:124-138,144-164,167-187 2g3b d2g3ba2 A:111-140,147-169,172-189 1jum d1jume2 E:124-138,144-164,167-187 3btj d3btja2 A:124-138,144-164,167-187 2gby d2gbya2 A:124-138,144-164,167-187 1rpw d1rpwb2 B:124-138,144-164,167-187 2hq5 d2hq5a2 A:124-138,144-164,167-187 2g0e d2g0ed2 D:124-138,144-164,167-187 2np5 d2np5a2 A:96-117,145-168,172-189 1qvu d1qvua2 A:124-138,144-164,167-187 2id3 d2id3a2 A:138-149,156-176,180-198 2gfn d2gfna2 A:120-147,154-177,185-198 1jtx d1jtxa2 A:124-138,144-164,167-187 1bj0 d1bj0a2 A:106-124,126-151,182-204 1rkw d1rkwa2 A:124-138,144-164,167-187 1a6i d1a6ia2 A:106-124,126-151,182-204 1bjz d1bjza2 A:106-124,126-151,181-204 2g7s d2g7sa2 A:115-144,151-174,175-191 1jus d1jusa2 A:124-138,144-164,167-187 1jt6 d1jt6a2 A:124-138,144-164,167-187 1jt0 d1jt0d2 D:116-138,144-164,167-186 1jt0 d1jt0b2 B:109-138,144-164,167-188 2gfn d2gfnb2 B:118-147,154-177,185-198 1jt0 d1jt0c2 C:109-138,144-164,167-188 1ork d1orka2 A:106-124,126-154,182-204 3bt9 d3bt9d2 D:109-138,144-164,167-187 1rkt d1rktb2 B:120-149,156-179,184-201 1jt0 d1jt0a2 A:109-138,144-164,167-189 1rkt d1rkta2 A:120-149,156-179,184-201 2tct d2tcta2 A:106-124,126-155,182-204 2trt d2trta2 A:106-124,126-155,182-204 1z0x d1z0xa2 A:106-124,126-161,196-214 1sgm d1sgmb2 B:117-143,145-171,172-188 2vkv d2vkva2 A:106-124,126-159,182-205 2o7o d2o7oa2 A:106-124,126-159,182-204 1z0x d1z0xb2 B:106-124,126-161,195-214 2vke d2vkea2 A:106-124,126-156,181-204 2fj1 d2fj1a2 A:106-124,126-159,182-204 1ui5 d1ui5a2 A:5-26,81-101,100-113 230. b.34.4 Electron transport accessory proteins SH3-like barrel barrel, partly opened; n*=4, S*=8; meander ! the last strand is interrupted by a turn of 3-10 helix 2ahj d2ahjb_ B:30-48,51-62,71-88 2ahj d2ahjd_ D:30-48,51-62,71-88 2cz1 d2cz1b1 B:30-48,51-62,71-88 2zcf d2zcfb1 B:30-48,51-62,71-88 2cyz d2cyzb1 B:30-48,51-62,71-88 2cz6 d2cz6b1 B:30-48,51-62,71-88 2zpe d2zpeb1 B:30-48,51-62,71-88 1ahj d1ahjd_ D:30-48,51-62,71-88 2cz7 d2cz7b1 B:30-48,51-62,71-88 2zpf d2zpfb1 B:30-48,51-62,71-88 2cz0 d2cz0b1 B:30-48,51-62,71-88 1ahj d1ahjb_ B:30-48,51-62,71-88 2zpg d2zpgb1 B:30-48,51-62,71-88 2zpb d2zpbb1 B:30-48,51-62,71-88 1ahj d1ahjh_ H:30-48,51-62,71-88 2zpi d2zpib1 B:30-48,51-62,71-88 2qdy d2qdyb1 B:30-48,51-62,71-88 2d0q d2d0qb1 B:30-48,51-62,71-88 2zph d2zphb1 B:30-48,51-62,71-88 1ahj d1ahjf_ F:30-48,51-62,71-88 1ugq d1ugqb_ B:27-44,47-58,67-84 1ugs d1ugsb_ B:27-44,47-58,67-84 1ugp d1ugpb_ B:27-44,47-58,67-84 1ire d1ireb_ B:27-44,47-58,67-84 1ugr d1ugrb_ B:27-44,47-58,67-84 1v29 d1v29b_ B:29-46,51-62,71-88 231. c.43.1 CoA-dependent acyltransferases CoA-dependent acyltransferases core: 2 layers, a/b; mixed beta-sheet of 6 strands, order 324561; strands 3 & 6 are antiparallel to the rest 1xl7 d1xl7a1 A:27-43,44-61,527-534 1xmc d1xmca1 A:27-43,44-61,527-534 1xmd d1xmda1 A:27-43,44-61,527-534 1xl7 d1xl7b1 B:27-43,44-61,527-534 1xl8 d1xl8a1 A:27-43,44-61,527-534 1xmc d1xmcb1 B:27-43,44-61,527-534 1xl8 d1xl8b1 B:27-43,44-61,527-534 1xmd d1xmdb1 B:27-43,44-61,527-534 1xmd d1xmdb1 B:236-243,244-260,373-394 1xmc d1xmcb1 B:236-243,244-260,373-394 1xmc d1xmca1 A:236-243,244-260,373-394 1t1u d1t1ua1 A:241-249,249-264,380-401 1xmd d1xmda1 A:236-243,244-260,373-394 1xl7 d1xl7a1 A:236-243,244-260,373-394 1ndi d1ndia1 A:42-58,59-75,540-549 1xl8 d1xl8b1 B:236-243,244-260,373-395 1xl7 d1xl7b1 B:236-243,244-260,373-395 2h3u d2h3ub1 B:42-58,59-75,540-549 2h3p d2h3pb1 B:42-58,59-75,540-549 1t7n d1t7na1 A:42-58,59-75,540-549 1ndb d1ndba1 A:247-254,255-270,386-407 2h3u d2h3ua1 A:42-58,59-75,540-549 1xl8 d1xl8a1 A:236-243,244-260,373-395 1t7q d1t7qa1 A:42-58,59-75,540-549 2h3w d2h3wb1 B:42-58,59-75,540-549 1q6x d1q6xb1 B:241-248,249-264,380-401 1q6x d1q6xa1 A:241-248,249-264,380-401 2h3p d2h3pa1 A:42-58,59-75,540-549 1t7q d1t7qb1 B:42-58,59-75,540-549 1ndf d1ndfb1 B:42-58,59-75,540-549 1ndf d1ndfb1 B:247-254,255-270,386-407 1ndb d1ndbb1 B:42-58,59-75,540-549 2h3w d2h3wa1 A:42-58,59-75,540-549 1ndf d1ndfa1 A:42-58,59-75,540-549 1ndb d1ndba1 A:42-58,59-75,540-549 1t7o d1t7oa1 A:42-58,59-75,540-549 1ndi d1ndia1 A:247-254,255-270,386-407 1ndi d1ndib1 B:247-254,255-270,386-407 2h3u d2h3ub1 B:247-254,255-270,386-408 1t7q d1t7qb1 B:247-254,255-270,386-408 1t7n d1t7na1 A:247-254,255-270,386-408 2h3p d2h3pb1 B:247-254,255-270,386-408 1ndf d1ndfa1 A:247-254,255-270,386-408 1s5o d1s5oa1 A:226-233,234-249,365-387 1t7o d1t7oa1 A:247-254,255-270,386-408 2h3w d2h3wb1 B:247-254,255-270,386-408 1t7q d1t7qa1 A:247-254,255-270,386-408 2h3w d2h3wa1 A:247-254,255-270,386-408 2h3u d2h3ua1 A:247-254,255-270,386-408 1ndb d1ndbb1 B:247-254,255-270,386-408 1nm8 d1nm8a1 A:226-233,234-249,365-387 2h3p d2h3pa1 A:247-254,255-270,386-408 1xmd d1xmda1 A:107-115,117-142,331-350 1xmc d1xmca1 A:107-115,117-142,331-350 1xl7 d1xl7a1 A:107-115,117-142,331-350 1xl8 d1xl8b1 B:107-115,117-142,331-350 1xmd d1xmdb1 B:107-115,117-142,331-350 1xmc d1xmcb1 B:107-115,117-142,331-350 1xl7 d1xl7b1 B:107-115,117-142,331-350 1t1u d1t1ua2 A:411-420,422-440,595-616 1xl8 d1xl8a1 A:108-115,117-142,331-350 1t1u d1t1ua1 A:30-43,47-63,536-545 1q6x d1q6xa2 A:411-420,422-440,595-617 1q6x d1q6xb2 B:411-420,422-440,595-617 1q6x d1q6xa1 A:30-43,47-63,536-545 1q6x d1q6xb1 B:30-43,47-63,536-545 1q9j d1q9jb2 B:219-234,236-254,398-417 1ndi d1ndib1 B:42-55,59-75,540-549 1q23 d1q23f_ F:40-52,54-71,197-215 1pd5 d1pd5l_ L:40-52,54-71,197-215 1q9j d1q9ja2 A:219-234,236-254,398-417 1q23 d1q23l_ L:40-52,54-71,197-215 1q23 d1q23h_ H:40-52,54-71,197-215 1q23 d1q23k_ K:40-52,54-71,197-215 1pd5 d1pd5a_ A:40-52,54-71,197-215 1q23 d1q23a_ A:40-52,54-71,197-215 1pd5 d1pd5h_ H:40-52,54-71,197-215 1s5o d1s5oa2 A:396-405,467-492,578-599 1pd5 d1pd5k_ K:40-52,54-71,197-215 1pd5 d1pd5i_ I:40-52,54-71,197-215 1q23 d1q23i_ I:40-52,54-71,197-215 1q23 d1q23g_ G:40-52,54-71,197-215 1q23 d1q23j_ J:40-52,54-71,197-215 2cla d2claa_ A:40-52,54-71,199-217 1noc d1nocb_ B:40-52,54-71,197-215 1cia d1ciaa_ A:40-52,54-71,199-217 1nm8 d1nm8a2 A:396-405,467-492,578-599 3cla d3claa_ A:40-52,54-71,199-217 1qca d1qcaa_ A:40-52,54-71,199-217 4cla d4claa_ A:40-52,54-71,199-217 2h3w d2h3wb2 B:417-426,488-513,599-622 1ndi d1ndib2 B:418-426,488-513,599-622 1ndi d1ndia2 A:417-426,488-513,599-622 2h3p d2h3pb2 B:417-426,488-513,599-622 1t7q d1t7qb2 B:417-426,488-513,599-622 2h3p d2h3pa2 A:417-426,488-513,599-622 2h3u d2h3ua2 A:417-426,488-513,599-622 1t7q d1t7qa2 A:417-426,488-513,599-622 1ndf d1ndfb2 B:417-426,488-513,599-622 2h3w d2h3wa2 A:417-426,488-513,599-622 1ndb d1ndba2 A:417-426,488-513,599-622 2h3u d2h3ub2 B:417-426,488-513,599-622 1ndb d1ndbb2 B:417-426,488-513,599-622 1t7n d1t7na2 A:417-426,488-513,599-622 1t7o d1t7oa2 A:417-426,488-513,599-622 1ndf d1ndfa2 A:417-426,488-513,599-622 1l5a d1l5ac2 C:216-231,233-251,290-312 1l5a d1l5aa2 A:216-231,233-251,290-312 1l5a d1l5ab2 B:216-231,233-251,290-312 1xmd d1xmdb2 B:405-413,475-500,588-610 1cla d1claa_ A:40-52,54-71,199-216 1t1u d1t1ua2 A:411-420,484-509,595-616 1eaa d1eaaa_ A:443-454,465-482,525-543 1eab d1eaba_ A:443-454,465-482,525-543 1ead d1eada_ A:443-454,465-482,525-543 1eac d1eaca_ A:443-454,465-482,525-543 1dpb d1dpba_ A:443-454,465-482,525-543 1eae d1eaea_ A:443-454,465-482,525-543 1eaf d1eafa_ A:443-454,465-482,525-543 1q9j d1q9jb2 B:219-234,236-254,299-318 1q9j d1q9ja2 A:219-234,236-254,299-318 233. a.48.5 PG0775 C-terminal domain-like N-cbl like 4 helices; bundle, left-handed twist; left-handed superhelix 2oku d2okub1 B:454-468,470-498,499-531 2oku d2okua1 A:454-467,470-498,499-531 2oku d2okua1 A:470-498,499-531,530-558 2oku d2okub1 B:470-498,499-531,530-558 2oku d2okub1 B:445-454,470-498,499-531 235. a.129.1 GroEL equatorial domain-like duplication: two 4-helical subdomains are related by a pseudo dyad passing through the ATP-binding site ! GroEL equatorial domain-like multihelical; 8 helices arranged in 2 parallel layers 1iok d1iokd1 D:52-61,64-85,86-110 1iok d1iokc1 C:52-61,64-85,86-110 1iok d1iokf1 F:52-61,64-85,86-110 1iok d1ioka1 A:52-61,64-85,86-110 1iok d1iokg1 G:52-61,64-85,86-110 1iok d1iokb1 B:52-61,64-85,86-110 1iok d1ioke1 E:52-61,64-85,86-110 1a6d d1a6da1 A:63-71,75-88,92-117 1a6d d1a6db1 B:62-70,74-86,93-116 1we3 d1we3b1 B:52-61,64-86,88-110 1we3 d1we3c1 C:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4c1 C:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4d1 D:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4a1 A:52-61,64-86,88-110 1we3 d1we3e1 E:52-61,64-86,88-110 1we3 d1we3f1 F:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4b1 B:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4f1 F:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4g1 G:52-61,64-86,88-110 1we3 d1we3g1 G:52-61,64-86,88-110 1we3 d1we3a1 A:52-61,64-86,88-110 1we3 d1we3d1 D:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4e1 E:52-61,64-86,88-110 1grl d1grld1 D:416-427,433-459,496-517 1grl d1grla1 A:416-427,433-459,496-517 1grl d1grlc1 C:416-427,433-459,496-517 1grl d1grlf1 F:416-427,433-459,496-517 1grl d1grle1 E:416-427,433-459,496-517 1grl d1grlb1 B:416-427,433-459,496-517 1grl d1grlg1 G:416-427,433-459,496-517 1aon d1aone1 E:52-61,64-86,88-110 1aon d1aona1 A:52-61,64-86,88-110 1aon d1aonf1 F:52-61,64-86,88-110 1aon d1aong1 G:52-61,64-86,88-110 1aon d1aond1 D:52-61,64-86,88-110 1aon d1aonc1 C:52-61,64-86,88-110 1aon d1aonb1 B:52-61,64-86,88-110 1oel d1oeld1 D:416-427,433-459,496-517 1oel d1oele1 E:416-427,433-459,496-517 1oel d1oelf1 F:416-427,433-459,496-517 1oel d1oela1 A:416-427,433-459,496-517 1oel d1oelg1 G:416-427,433-459,496-517 1oel d1oelb1 B:416-427,433-459,496-517 1kp8 d1kp8e1 E:52-60,64-86,88-110 1sjp d1sjpb1 B:412-427,429-455,492-514 1grl d1grlg1 G:52-60,64-82,88-110 1grl d1grlb1 B:52-60,64-82,88-110 1grl d1grlf1 F:52-60,64-82,88-110 1grl d1grlc1 C:52-60,64-82,88-110 1grl d1grla1 A:52-60,64-82,88-110 1grl d1grld1 D:52-60,64-82,88-110 1grl d1grle1 E:52-60,64-82,88-110 1kp8 d1kp8h1 H:52-60,64-86,88-110 1j4z d1j4zb1 B:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpos1 S:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpo21 2:52-60,64-86,87-110 1j4z d1j4za1 A:52-60,64-86,87-110 1j4z d1j4zj1 J:52-60,64-86,87-110 1j4z d1j4zm1 M:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpoo1 O:52-60,64-86,87-110 1kp8 d1kp8d1 D:52-60,64-86,88-110 1kp8 d1kp8l1 L:52-60,64-86,88-110 1j4z d1j4zn1 N:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpoy1 Y:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpou1 U:52-60,64-86,87-110 1kp8 d1kp8g1 G:52-60,64-86,88-110 1kp8 d1kp8i1 I:52-60,64-86,88-110 1j4z d1j4ze1 E:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpor1 R:52-60,64-86,87-110 1j4z d1j4zg1 G:52-60,64-86,87-110 1wf4 d1wf4j1 J:415-433,433-459,498-519 1j4z d1j4zd1 D:52-60,64-86,87-110 1j4z d1j4zc1 C:52-60,64-86,87-110 1j4z d1j4zf1 F:52-60,64-86,87-110 1j4z d1j4zi1 I:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpoq1 Q:52-60,64-86,87-110 1kp8 d1kp8m1 M:52-60,64-86,88-110 1kp8 d1kp8f1 F:52-60,64-86,88-110 1we3 d1we3m1 M:415-433,433-459,498-519 1kp8 d1kp8j1 J:52-60,64-86,88-110 1kpo d1kpox1 X:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpop1 P:52-60,64-86,87-110 1kp8 d1kp8c1 C:52-60,64-86,88-110 1kpo d1kpo11 1:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpoz1 Z:52-60,64-86,87-110 1kp8 d1kp8n1 N:52-60,64-86,88-110 1we3 d1we3h1 H:415-433,433-459,498-519 1wf4 d1wf4l1 L:415-433,433-459,498-519 1j4z d1j4zk1 K:52-60,64-86,87-110 1kp8 d1kp8a1 A:52-60,64-86,88-110 1wf4 d1wf4i1 I:415-433,433-459,498-519 1wf4 d1wf4n1 N:415-433,433-459,498-519 1j4z d1j4zh1 H:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpot1 T:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpow1 W:52-60,64-86,87-110 1kpo d1kpov1 V:52-60,64-86,87-110 1wf4 d1wf4m1 M:415-433,433-459,498-519 1j4z d1j4zl1 L:52-60,64-86,87-110 1wf4 d1wf4k1 K:415-433,433-459,498-519 1we3 d1we3i1 I:415-433,433-459,498-519 1we3 d1we3k1 K:415-433,433-459,498-519 1we3 d1we3l1 L:415-433,433-459,498-519 1we3 d1we3n1 N:415-433,433-459,498-519 1wf4 d1wf4h1 H:415-433,433-459,498-519 1we3 d1we3j1 J:415-433,433-459,498-519 1kp8 d1kp8k1 K:52-60,64-86,88-110 1pf9 d1pf9e1 E:52-60,64-86,88-110 1pf9 d1pf9f1 F:52-60,64-86,88-110 1pf9 d1pf9g1 G:52-60,64-86,88-110 1pf9 d1pf9c1 C:52-60,64-86,88-110 1pf9 d1pf9a1 A:52-60,64-86,88-110 1pf9 d1pf9b1 B:52-60,64-86,88-110 1pf9 d1pf9d1 D:52-60,64-86,88-110 1we3 d1we3f1 F:415-433,433-459,498-519 1we3 d1we3b1 B:415-433,433-459,498-519 1we3 d1we3c1 C:415-433,433-459,498-519 1we3 d1we3e1 E:415-433,433-459,498-519 1wf4 d1wf4d1 D:415-433,433-459,498-519 1wf4 d1wf4f1 F:415-433,433-459,498-519 1wf4 d1wf4g1 G:415-433,433-459,498-519 1we3 d1we3g1 G:415-433,433-459,498-519 1wf4 d1wf4c1 C:415-433,433-459,498-519 1we3 d1we3d1 D:415-433,433-459,498-519 1wf4 d1wf4a1 A:415-433,433-459,498-519 1wf4 d1wf4e1 E:415-433,433-459,498-519 1wf4 d1wf4b1 B:415-433,433-459,498-519 1we3 d1we3a1 A:415-433,433-459,498-519 1kp8 d1kp8b1 B:52-60,64-86,88-110 1q3s d1q3sc1 C:64-73,76-94,96-118 1we3 d1we3k1 K:52-61,64-86,88-110 1pcq d1pcqg1 G:52-60,64-86,88-110 1we3 d1we3l1 L:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4i1 I:52-61,64-86,88-110 1we3 d1we3h1 H:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4j1 J:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4k1 K:52-61,64-86,88-110 1pcq d1pcqd1 D:52-60,64-86,88-110 1we3 d1we3m1 M:52-61,64-86,88-110 1pcq d1pcqc1 C:52-60,64-86,88-110 1pcq d1pcqe1 E:52-60,64-86,88-110 1we3 d1we3i1 I:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4m1 M:52-61,64-86,88-110 1pcq d1pcqf1 F:52-60,64-86,88-110 1pcq d1pcqb1 B:52-60,64-86,88-110 1wf4 d1wf4l1 L:52-61,64-86,88-110 1we3 d1we3n1 N:52-61,64-86,88-110 1wf4 d1wf4n1 N:52-61,64-86,88-110 1pcq d1pcqa1 A:52-60,64-86,88-110 1wf4 d1wf4h1 H:52-61,64-86,88-110 1q3s d1q3sg1 G:64-73,76-94,96-118 1q3s d1q3sd1 D:64-73,76-94,96-118 1sjp d1sjpa1 A:88-108,110-133,413-427 1we3 d1we3j1 J:52-61,64-86,88-110 1q3s d1q3sb1 B:64-73,76-94,96-118 1q3s d1q3sh1 H:64-73,76-94,96-118 1q3s d1q3sf1 F:64-73,76-94,96-118 1q3s d1q3sa1 A:64-73,76-94,96-118 1q2v d1q2va1 A:64-73,76-94,96-118 1q3s d1q3se1 E:64-73,76-94,96-118 1q3q d1q3qa1 A:64-73,76-94,96-118 1q3q d1q3qb1 B:64-73,76-94,96-118 1q2v d1q2vc1 C:64-73,76-94,96-118 1iok d1ioka1 A:416-429,433-459,497-518 1iok d1iokf1 F:416-429,433-459,497-518 1iok d1iokc1 C:416-429,433-459,497-518 1iok d1iokb1 B:416-429,433-459,497-518 1iok d1iokg1 G:416-429,433-459,497-518 1iok d1iokd1 D:416-429,433-459,497-518 1q3q d1q3qc1 C:64-73,76-94,96-118 1iok d1ioke1 E:416-429,433-459,497-518 1q2v d1q2vb1 B:64-73,76-94,96-118 1q3q d1q3qd1 D:64-73,76-94,96-118 1q3s d1q3sh1 H:412-430,430-456,497-518 1q3r d1q3rd1 D:64-73,76-94,96-118 1q3r d1q3rc1 C:64-73,76-94,96-118 1q3r d1q3ra1 A:64-73,76-94,96-118 1q2v d1q2vd1 D:64-73,76-94,96-118 1a6e d1a6eb1 B:62-70,74-92,94-116 1q3s d1q3sb1 B:412-430,431-456,497-518 1q3r d1q3rb1 B:64-73,76-94,96-118 1aon d1aonk1 K:52-60,64-86,88-110 1a6e d1a6ea1 A:63-72,75-93,95-117 1aon d1aoni1 I:52-60,64-86,88-110 1aon d1aonn1 N:52-60,64-86,88-110 1aon d1aonl1 L:52-60,64-86,88-110 1aon d1aonh1 H:52-60,64-86,88-110 1aon d1aonm1 M:52-60,64-86,88-110 1we3 d1we3a1 A:88-110,112-135,415-433 1we3 d1we3e1 E:88-110,112-135,415-433 1mnf d1mnfl1 L:52-60,64-86,88-110 1mnf d1mnfh1 H:52-60,64-86,88-110 1mnf d1mnff1 F:52-60,64-86,88-110 1mnf d1mnfe1 E:52-60,64-86,88-110 1mnf d1mnfj1 J:52-60,64-86,88-110 1mnf d1mnfb1 B:52-60,64-86,88-110 1wf4 d1wf4c1 C:88-110,112-135,415-433 1mnf d1mnfn1 N:52-60,64-86,88-110 1mnf d1mnfd1 D:52-60,64-86,88-110 1mnf d1mnfk1 K:52-60,64-86,88-110 1we3 d1we3g1 G:88-110,112-135,415-433 1mnf d1mnfa1 A:52-60,64-86,88-110 1mnf d1mnfm1 M:52-60,64-86,88-110 1mnf d1mnfg1 G:52-60,64-86,88-110 1we3 d1we3l1 L:88-110,112-135,415-433 1wf4 d1wf4g1 G:88-110,112-135,415-433 1we3 d1we3b1 B:88-110,112-135,415-433 1we3 d1we3f1 F:88-110,112-135,415-433 1wf4 d1wf4d1 D:88-110,112-135,415-433 1mnf d1mnfc1 C:52-60,64-86,88-110 1wf4 d1wf4f1 F:88-110,112-135,415-433 1we3 d1we3m1 M:88-110,112-135,415-433 1we3 d1we3d1 D:88-110,112-135,415-433 1mnf d1mnfi1 I:52-60,64-86,88-110 1we3 d1we3c1 C:88-110,112-135,415-433 1wf4 d1wf4a1 A:88-110,112-135,415-433 1wf4 d1wf4e1 E:88-110,112-135,415-433 1aon d1aonj1 J:52-60,64-86,88-110 1wf4 d1wf4n1 N:88-110,112-135,415-433 1wf4 d1wf4b1 B:88-110,112-135,415-433 1we3 d1we3i1 I:88-110,112-135,415-433 1a6d d1a6db1 B:93-116,118-141,410-428 1we3 d1we3k1 K:88-110,112-135,415-433 1wf4 d1wf4m1 M:88-110,112-135,415-433 1we3 d1we3h1 H:88-110,112-135,415-433 1wf4 d1wf4j1 J:88-110,112-135,415-433 1wf4 d1wf4h1 H:88-110,112-135,415-433 1wf4 d1wf4i1 I:88-110,112-135,415-433 1wf4 d1wf4l1 L:88-110,112-135,415-433 1pf9 d1pf9k1 K:52-60,64-86,88-110 1pf9 d1pf9h1 H:52-60,64-86,88-110 1q3r d1q3rb1 B:412-430,431-456,497-518 1pf9 d1pf9l1 L:52-60,64-86,88-110 1pf9 d1pf9j1 J:52-60,64-86,88-110 1pf9 d1pf9m1 M:52-60,64-86,88-110 1q3q d1q3qb1 B:412-430,431-456,497-518 1pf9 d1pf9i1 I:52-60,64-86,88-110 1pf9 d1pf9n1 N:52-60,64-86,88-110 1q2v d1q2vb1 B:412-430,431-456,497-518 1pcq d1pcqk1 K:52-60,64-86,88-110 1pcq d1pcqh1 H:52-60,64-86,88-110 1q3r d1q3rc1 C:412-430,431-456,497-518 1oel d1oela1 A:52-60,64-86,88-110 1oel d1oelg1 G:52-60,64-86,88-110 1oel d1oelb1 B:52-60,64-86,88-110 1pcq d1pcql1 L:52-60,64-86,88-110 1oel d1oelf1 F:52-60,64-86,88-110 1oel d1oeld1 D:52-60,64-86,88-110 1oel d1oelc5 C:52-60,64-86,88-110 1oel d1oele1 E:52-60,64-86,88-110 1pcq d1pcqi1 I:52-60,64-86,88-110 1pcq d1pcqj1 J:52-60,64-86,88-110 1iok d1ioke1 E:86-110,112-135,416-429 1iok d1iokb1 B:86-110,112-135,416-429 1iok d1iokc1 C:86-110,112-135,416-429 1iok d1iokd1 D:86-110,112-135,416-429 1q3q d1q3qc1 C:412-430,431-456,497-518 1pcq d1pcqn1 N:52-60,64-86,88-110 1iok d1iokf1 F:86-110,112-135,416-429 1iok d1ioka1 A:86-110,112-135,416-429 1iok d1iokg1 G:86-110,112-135,416-429 1pcq d1pcqm1 M:52-60,64-86,88-110 1sjp d1sjpb1 B:88-108,110-133,412-427 1sjp d1sjpa1 A:413-427,429-455,492-513 1q3s d1q3sa1 A:412-430,431-456,497-519 1a6e d1a6ea1 A:408-427,427-453,494-516 1q3s d1q3sd1 D:412-430,431-456,497-519 1q2v d1q2vc1 C:412-430,431-456,497-519 1q3s d1q3se1 E:412-430,431-456,497-519 1a6e d1a6eb1 B:410-428,428-454,495-517 1q2v d1q2vd1 D:412-430,431-456,497-519 1q3r d1q3rd1 D:412-430,431-456,497-519 1q3s d1q3sg1 G:412-430,430-456,497-519 1q3s d1q3sc1 C:412-430,430-456,497-519 1q3s d1q3sf1 F:412-430,430-456,497-519 1q3q d1q3qd1 D:412-430,431-456,497-519 1q3r d1q3ra1 A:412-430,431-456,497-519 1a6d d1a6db1 B:410-428,428-454,495-517 1q2v d1q2va1 A:412-430,430-456,497-519 1q3q d1q3qa1 A:412-430,430-456,497-519 1a6d d1a6da1 A:409-427,427-453,494-516 237. a.19.1 Fertilization protein Fertilization protein core: 3 helices; bundle, closed, right-handed twist; up-and-down 3lyn d3lynb_ B:12-42,43-62,97-109 2lyn d2lynd_ D:12-42,43-62,97-109 1lyn d1lyna_ A:12-42,43-62,97-109 2lyn d2lync_ C:12-42,43-62,97-109 1gak d1gaka_ A:7-37,41-60,94-110 2lyn d2lynb_ B:12-39,43-62,97-109 2lis d2lisa_ A:12-39,43-62,97-109 3lyn d3lyna_ A:11-39,43-62,97-109 1lyn d1lynb_ B:12-39,43-62,97-109 1lis d1lisa_ A:12-39,43-62,97-109 2lyn d2lyna_ A:12-39,43-62,97-109 2lyn d2lyna_ A:12-39,61-77,81-96 1lyn d1lyna_ A:12-42,61-77,81-96 3lyn d3lyna_ A:11-39,61-77,81-97 1lyn d1lynb_ B:12-39,61-77,81-97 2lyn d2lynb_ B:12-39,61-77,81-97 2lyn d2lynd_ D:12-42,61-77,81-97 2lyn d2lync_ C:12-42,61-77,81-97 2lis d2lisa_ A:12-39,61-77,81-97 1lis d1lisa_ A:12-39,61-77,81-97 3lyn d3lynb_ B:12-42,61-77,81-97 1gak d1gaka_ A:7-37,41-60,79-95 2lyn d2lynb_ B:12-39,43-62,81-97 2lyn d2lync_ C:12-42,43-62,81-97 2lyn d2lyna_ A:12-39,43-62,81-96 2lis d2lisa_ A:12-39,43-62,81-97 3lyn d3lynb_ B:12-42,43-62,81-97 3lyn d3lyna_ A:11-39,43-62,81-97 1lis d1lisa_ A:12-39,43-62,81-97 1lyn d1lynb_ B:12-39,43-62,81-97 1gak d1gaka_ A:7-37,59-75,79-95 1lyn d1lyna_ A:12-42,43-62,81-96 2lyn d2lynd_ D:12-42,43-62,81-97 239. a.290.1 PSPTO4464-like PSPTO4464-like multihelical; consists of two subdomains at the ends of a long connecting helix 2p0t d2p0ta1 A:116-128,131-149,152-167 241. a.156.1 S13-like H2TH domain contains a helix-two turns-helix (H2TH) motif ! S13-like H2TH domain core: 3-4 helices 2oq4 d2oq4a1 A:152-160,167-179,190-212 1q39 d1q39a1 A:152-160,167-179,190-212 1q3b d1q3ba1 A:152-160,167-179,190-212 1q3c d1q3ca1 A:152-160,167-179,190-212 1vs7 d1vs7m1 M:13-22,25-37,48-63 1k3x d1k3xa1 A:152-160,167-179,190-213 2i2u d2i2um1 M:13-21,25-37,48-63 3df1 d3df1m1 M:13-22,25-37,48-63 3df3 d3df3m1 M:13-22,25-37,48-63 2aw7 d2aw7m1 M:13-22,25-37,48-63 2qan d2qanm1 M:13-22,25-37,48-63 2qal d2qalm1 M:13-22,25-37,48-63 2z4k d2z4km1 M:13-22,25-37,48-63 2z4m d2z4mm1 M:13-22,25-37,48-63 2qou d2qoum1 M:14-22,25-37,48-63 2vhp d2vhpm1 M:13-22,25-37,48-63 2j00 d2j00m1 M:14-23,26-38,49-65 1pm5 d1pm5a1 A:155-163,170-182,193-215 1nnj d1nnja1 A:155-163,170-182,193-215 1pjj d1pjja1 A:155-163,170-182,193-215 2j02 d2j02m1 M:14-23,26-38,49-65 1pji d1pjia1 A:155-163,170-182,193-215 1tdz d1tdza1 A:155-163,170-182,193-215 2qbf d2qbfm1 M:13-22,25-37,48-63 2qbd d2qbdm1 M:13-22,25-37,48-63 2qp0 d2qp0m1 M:13-21,25-37,48-63 1xc8 d1xc8a1 A:155-163,170-182,193-215 1kfv d1kfvb1 B:155-163,170-182,193-215 1kfv d1kfva1 A:155-163,170-182,193-215 1hnx d1hnxm_ M:14-23,26-38,49-65 2vqe d2vqem1 M:14-23,26-38,49-65 2qoy d2qoym1 M:13-22,25-37,48-63 1i95 d1i95m_ M:14-23,26-38,49-65 1i96 d1i96m_ M:14-23,26-38,49-65 2uu9 d2uu9m1 M:14-23,26-38,49-65 1fjg d1fjgm_ M:14-23,26-38,49-65 1i94 d1i94m_ M:14-23,26-38,49-65 1hnz d1hnzm_ M:14-23,26-38,49-65 1vs5 d1vs5m1 M:13-22,25-37,48-63 2qbb d2qbbm1 M:13-22,25-37,48-63 1r2z d1r2za1 A:158-166,173-185,196-218 2qb9 d2qb9m1 M:13-22,25-37,48-63 1hnw d1hnwm_ M:14-23,26-38,49-65 2avy d2avym1 M:13-22,25-37,48-63 2f5q d2f5qa1 A:158-166,173-185,196-218 1n33 d1n33m_ M:14-23,26-38,49-65 1r2y d1r2ya1 A:158-166,173-185,196-218 2hgp d2hgpp1 P:14-23,25-38,49-65 2uxc d2uxcm1 M:14-23,26-38,49-65 2uub d2uubm1 M:14-23,26-38,49-65 2qbj d2qbjm1 M:13-22,25-37,48-63 2uua d2uuam1 M:14-23,26-38,49-65 2qbh d2qbhm1 M:13-22,25-37,48-63 1tdh d1tdha1 A:160-168,175-187,224-241 1ee8 d1ee8a1 A:145-153,160-172,183-205 2vqf d2vqfm1 M:14-23,26-38,49-65 1l2c d1l2ca1 A:158-166,173-185,196-218 2f5s d2f5sa1 A:158-166,173-185,196-218 1l1t d1l1ta1 A:158-166,173-185,196-218 1ee8 d1ee8b1 B:145-153,160-172,183-205 2f4v d2f4vm1 M:14-23,26-38,49-65 2uuc d2uucm1 M:14-23,26-38,49-65 1i97 d1i97m_ M:14-23,26-38,49-65 1l2d d1l2da1 A:158-166,173-185,196-218 1l1z d1l1za1 A:158-166,173-185,196-218 2uxd d2uxdm1 M:14-23,26-38,49-65 1xnr d1xnrm_ M:14-23,26-38,49-65 1xmq d1xmqm_ M:14-23,26-38,49-65 1n32 d1n32m_ M:14-23,26-38,49-65 2qow d2qowm1 M:13-22,25-37,48-63 1n36 d1n36m_ M:14-23,26-38,49-65 2hhh d2hhhm1 M:14-23,26-38,49-64 2uxb d2uxbm1 M:14-23,26-38,49-65 1l2b d1l2ba1 A:158-166,173-185,196-218 1xmo d1xmom_ M:14-23,26-38,49-65 2v46 d2v46m1 M:14-23,26-38,49-65 2v48 d2v48m1 M:14-23,26-38,49-65 2e5l d2e5lm1 M:14-23,26-38,49-64 2i2p d2i2pm1 M:13-22,25-37,48-63 1k82 d1k82d1 D:152-160,167-179,190-212 2r1g d2r1gi1 I:14-23,26-38,49-65 1j5e d1j5em_ M:14-23,26-38,49-65 1hr0 d1hr0m_ M:14-23,26-38,49-64 1k82 d1k82c1 C:152-160,167-179,190-212 1k82 d1k82a1 A:152-160,167-179,190-212 1k82 d1k82b1 B:152-160,167-179,190-212 1xnq d1xnqm_ M:14-23,26-38,49-65 2hgr d2hgrp1 P:14-23,25-38,49-65 1n34 d1n34m_ M:14-23,26-38,49-64 2b9o d2b9om1 M:14-23,26-38,49-65 2b9m d2b9mm1 M:14-23,26-38,49-65 2b64 d2b64m1 M:14-23,26-38,49-65 2gyb d2gybm1 M:13-22,25-37,48-62 2hgi d2hgip1 P:14-23,25-38,49-65 1yl4 d1yl4p1 P:14-23,26-38,49-65 2gy9 d2gy9m1 M:13-22,25-37,48-62 1mu5 d1mu5a1 A:253-262,266-278,289-303 2hkj d2hkja1 A:253-262,266-278,289-303 1z5c d1z5ca1 A:253-262,266-278,289-303 1z59 d1z59a1 A:253-262,266-278,289-303 1mx0 d1mx0b1 B:253-263,266-278,289-303 1mx0 d1mx0e1 E:253-263,266-278,289-303 1mx0 d1mx0c1 C:253-263,266-278,289-303 1mx0 d1mx0f1 F:253-262,266-278,289-303 1z5a d1z5aa1 A:253-263,266-278,289-303 1mx0 d1mx0a1 A:253-263,266-278,289-303 1mx0 d1mx0d1 D:253-263,266-278,289-303 1z5b d1z5ba1 A:253-263,266-278,289-303 1z5b d1z5bb1 B:253-263,266-278,289-303 1z5a d1z5ab1 B:253-263,266-278,289-303 1z5c d1z5cb1 B:253-263,266-278,289-303 2vho d2vhom1 M:13-21,25-37,47-59 2ea0 d2ea0a1 A:152-160,167-179,190-202 1k3w d1k3wa1 A:152-160,167-179,190-202 2oq4 d2oq4b1 B:152-160,167-179,190-203 2opf d2opfa1 A:152-160,167-179,190-202 242. a.8.6 Staphylocoagulase duplication: consists of two domains of this fold ! immunoglobulin/albumin-binding domain-like 3 helices; bundle, closed, left-handed twist; up-and-down; mirror topology to the spectrin-like fold 1nu9 d1nu9f2 F:150-179,181-197,207-230 1nu9 d1nu9c2 C:150-179,181-197,207-230 1nu7 d1nu7d2 D:150-179,178-197,207-230 1nu7 d1nu7h2 H:150-179,178-197,207-230 1nu7 d1nu7d1 D:23-47,52-96,114-144 1nu9 d1nu9f1 F:23-47,52-96,114-144 1nu7 d1nu7h1 H:23-47,52-96,114-144 1nu9 d1nu9c1 C:23-47,52-96,114-144 243. a.66.1 Transducin (alpha subunit), insertion domain this domain interrupts the G-protein common fold ! Transducin (alpha subunit), insertion domain 5 helices; folded leaf 2om2 d2om2c1 C:1062-1092,1097-1114,1120-1133 1kjy d1kjyc1 C:1062-1092,1097-1114,1120-1133 2om2 d2om2a1 A:62-92,97-114,120-133 1kjy d1kjya1 A:62-92,97-114,120-133 1fqj d1fqja1 A:58-88,93-110,116-129 1fqj d1fqjd1 D:58-88,93-110,116-129 1tag d1taga1 A:58-88,93-110,116-129 1agr d1agrd1 D:62-92,97-114,120-133 1fqk d1fqkc1 C:58-88,93-110,116-129 1as0 d1as0a1 A:62-92,97-111,120-133 1tad d1tada1 A:58-88,93-110,116-129 1gp2 d1gp2a1 A:62-92,97-112,120-133 1azt d1azta1 A:88-113,121-135,143-157 1gia d1giaa1 A:62-92,97-111,120-133 2gvd d2gvdc1 C:88-114,121-137,143-157 1agr d1agra1 A:62-92,97-114,120-133 1got d1gota1 A:58-88,93-111,116-129 1cip d1cipa1 A:62-92,97-111,120-133 1tad d1tadc1 C:58-88,93-110,116-129 2hlb d2hlba1 A:62-92,97-114,120-133 1bh2 d1bh2a1 A:62-92,97-111,120-133 2gtp d2gtpb1 B:62-92,97-114,120-133 2pz2 d2pz2a1 A:62-92,97-114,120-133 1tad d1tadb1 B:58-88,93-111,116-129 2g83 d2g83a1 A:62-92,97-111,122-133 2gtp d2gtpa1 A:62-92,97-111,120-133 1tnd d1tnda1 A:58-88,93-110,116-130 1gfi d1gfia1 A:62-92,97-111,120-133 1fqk d1fqka1 A:58-88,93-110,116-130 1tnd d1tndc1 C:58-88,93-110,116-129 1as2 d1as2a1 A:62-92,97-115,120-133 1y3a d1y3ac1 C:62-92,97-111,120-133 2ik8 d2ik8c1 C:62-92,97-111,120-133 1y3a d1y3aa1 A:62-92,97-111,120-133 2ebc d2ebca1 A:62-92,97-114,120-133 1gg2 d1gg2a1 A:62-92,97-112,120-133 1git d1gita1 A:62-92,97-115,120-133 1y3a d1y3ad1 D:62-92,97-111,120-133 1gil d1gila1 A:62-92,97-111,120-133 2ik8 d2ik8a1 A:62-92,97-111,120-133 1azt d1aztb1 B:87-114,121-135,143-157 1bof d1bofa1 A:62-92,97-115,120-133 1y3a d1y3ab1 B:62-92,97-112,120-133 1tnd d1tndb1 B:58-88,93-110,116-129 1as3 d1as3a1 A:62-92,97-115,120-133 2g83 d2g83b1 B:62-92,97-111,122-134 1gdd d1gdda1 A:62-92,97-115,120-134 2bcj d2bcjq1 Q:68-98,103-116,125-139 1cjv d1cjvc1 C:87-113,121-137,143-157 1cul d1culc1 C:86-113,121-137,143-157 1cjk d1cjkc1 C:86-113,121-137,143-157 1cjt d1cjtc1 C:86-113,121-137,143-157 1azs d1azsc1 C:86-114,121-137,143-157 2rgn d2rgnd1 D:68-98,103-116,125-139 2rgn d2rgna1 A:68-98,103-116,125-139 1zca d1zcaa1 A:84-114,119-132,148-159 1zca d1zcab1 B:84-114,119-132,148-159 1tl7 d1tl7c1 C:86-113,121-137,143-157 1u0h d1u0hc1 C:86-114,121-137,143-157 1cs4 d1cs4c1 C:86-113,121-137,143-157 1cju d1cjuc1 C:86-113,121-137,143-157 1shz d1shza1 A:77-107,112-126,145-156 1shz d1shzd1 D:77-107,112-125,145-156 2gvz d2gvzc1 C:86-114,121-137,143-157 2gvd d2gvdc1 C:88-114,172-182,193-201 1zcb d1zcba1 A:77-107,112-125,145-156 1azt d1azta1 A:88-113,172-182,193-200 1azt d1aztb1 B:87-114,172-182,193-201 1gp2 d1gp2a1 A:62-92,149-159,170-178 1cjv d1cjvc1 C:87-113,172-182,193-200 1shz d1shzd1 D:77-107,171-181,192-199 2g83 d2g83a1 A:62-92,149-159,170-177 1cjk d1cjkc1 C:86-113,172-182,193-201 2g83 d2g83b1 B:62-92,149-159,170-177 1cs4 d1cs4c1 C:86-113,172-182,193-201 1shz d1shza1 A:77-107,171-181,192-200 1tl7 d1tl7c1 C:86-113,172-182,193-201 1zca d1zcab1 B:84-114,174-184,195-203 1zca d1zcaa1 A:84-114,174-184,195-203 1cul d1culc1 C:86-113,172-182,193-200 2bcj d2bcjq1 Q:68-98,154-164,175-182 1git d1gita1 A:62-92,149-159,170-177 1zcb d1zcba1 A:77-107,171-181,192-200 2pz2 d2pz2a1 A:62-92,149-159,170-177 1gg2 d1gg2a1 A:62-92,149-159,170-177 2rgn d2rgna1 A:68-98,154-164,175-182 2gtp d2gtpb1 B:62-92,149-159,170-177 2hlb d2hlba1 A:62-92,149-159,170-177 2gtp d2gtpa1 A:62-92,149-159,170-177 2rgn d2rgnd1 D:68-98,154-164,175-182 1gdd d1gdda1 A:62-92,149-159,170-177 1as3 d1as3a1 A:62-92,149-159,170-177 1bh2 d1bh2a1 A:62-92,149-159,170-177 1bof d1bofa1 A:62-92,149-159,170-177 1as2 d1as2a1 A:62-92,149-159,170-177 1cip d1cipa1 A:62-92,149-159,170-177 2ebc d2ebca1 A:62-92,149-159,170-177 1cju d1cjuc1 C:86-113,172-182,193-200 2ik8 d2ik8c1 C:62-92,149-159,170-177 2om2 d2om2c1 C:1062-1092,1149-1159,1170-1177 1gia d1giaa1 A:62-92,149-159,170-177 1kjy d1kjya1 A:62-92,149-159,170-177 1cjt d1cjtc1 C:86-113,172-182,193-200 1gfi d1gfia1 A:62-92,149-159,170-177 1as0 d1as0a1 A:62-92,149-159,170-177 1kjy d1kjyc1 C:1062-1092,1149-1159,1170-1177 1gil d1gila1 A:62-92,149-159,170-177 1y3a d1y3ad1 D:62-92,149-159,170-177 2ik8 d2ik8a1 A:62-92,149-159,170-177 1y3a d1y3ab1 B:62-92,149-159,170-177 1y3a d1y3aa1 A:62-92,149-159,170-177 1y3a d1y3ac1 C:62-92,149-159,170-177 2om2 d2om2a1 A:62-92,149-159,170-177 1agr d1agra1 A:62-92,149-159,170-177 1tag d1taga1 A:58-88,145-155,166-173 1agr d1agrd1 D:62-92,149-159,170-177 1got d1gota1 A:58-88,145-155,166-173 2gvz d2gvzc1 C:86-114,172-182,193-201 1u0h d1u0hc1 C:86-114,172-182,193-200 1azs d1azsc1 C:86-114,172-182,193-200 244. a.200.1 Hypothetical protein MTH393 Hypothetical protein MTH393 multihelical; consists of two all-alpha subdomains; dimer 1nxh d1nxhb_ B:276-285,288-306,308-326 1nxh d1nxha_ A:76-85,88-106,108-126 1nxh d1nxha_ A:54-76,88-106,108-126 1nxh d1nxhb_ B:254-276,288-306,308-326 245. d.370.1 BTG domain-like BTG domain-like alpha(2)-beta-alpha(2)-beta(3); four-helical bundle, capped at one end by an antiparallel beta-sheet, order:1234 3e9v d3e9va1 A:9-30,32-55,76-87 2d5r d2d5rb1 B:24-41,45-65,89-100 2z15 d2z15c1 C:9-26,30-50,74-85 2z15 d2z15a1 A:8-26,30-53,74-85 2z15 d2z15b1 B:6-26,30-53,74-85 2z15 d2z15d1 D:6-26,30-50,74-85 247. a.6.1 Putative DNA-binding domain Putative DNA-binding domain core: 3 helices; architecture is similar to that of the "winged helix" fold but topology is different 1sbx d1sbxa_ A:123-132,135-147,178-192 1xpa d1xpaa1 A:140-149,151-159,183-195 1q06 d1q06a_ A:2-11,13-24,40-57 1q05 d1q05a_ A:2-11,13-24,40-57 1q07 d1q07a_ A:2-11,13-24,40-57 1q07 d1q07b_ B:2-11,13-24,40-57 1q06 d1q06b_ B:2-11,13-24,40-57 1l8r d1l8rb_ B:211-220,224-237,268-282 1q05 d1q05a_ A:13-24,40-57,59-73 1l8r d1l8ra_ A:211-220,225-237,268-282 1q06 d1q06a_ A:13-24,40-57,59-73 1q07 d1q07a_ A:13-24,40-57,59-73 1q07 d1q07b_ B:13-24,40-57,59-73 1q05 d1q05b_ B:13-24,40-57,59-73 1q06 d1q06b_ B:13-24,40-57,59-73 1exi d1exia1 A:7-16,18-29,46-63 3d70 d3d70a1 A:7-16,18-29,46-63 1b70 d1b70b2 B:407-416,420-432,455-468 2aly d2alyb2 B:407-416,420-432,455-468 1jjc d1jjcb2 B:407-416,420-432,455-468 1b7y d1b7yb2 B:407-416,420-432,455-468 2iy5 d2iy5b2 B:407-416,420-432,455-468 2akw d2akwb2 B:407-416,420-432,455-468 2amc d2amcb2 B:407-416,420-432,455-468 1eiy d1eiyb2 B:407-416,420-432,455-468 1jbg d1jbga_ A:15-26,42-59,61-71 3d6y d3d6ya1 A:18-29,46-63,65-76 3d70 d3d70a1 A:18-29,46-63,65-76 3d6z d3d6za1 A:18-29,46-63,65-76 1r8e d1r8ea1 A:18-29,46-63,65-75 1exi d1exia1 A:18-29,46-63,65-76 1exj d1exja1 A:18-29,46-63,65-75 3d71 d3d71a1 A:18-29,46-63,65-75 1r8d d1r8da_ A:15-26,42-59,61-72 1r8d d1r8db_ B:15-26,42-59,61-72 1q0a d1q0aa_ A:44-58,60-74,78-115 1q09 d1q09a_ A:45-58,60-74,78-115 1q0a d1q0ab_ B:44-58,60-74,78-115 1q08 d1q08b_ B:45-58,60-74,78-115 1q08 d1q08a_ A:43-58,60-74,78-115 1jbg d1jbga_ A:42-59,61-71,75-107 1q05 d1q05a_ A:40-57,59-73,76-113 1q07 d1q07a_ A:40-57,59-73,76-113 1q06 d1q06a_ A:40-57,59-73,76-113 1exi d1exia1 A:46-63,65-76,76-118 1exj d1exja1 A:46-63,65-75,76-118 3d6y d3d6ya1 A:46-63,65-76,76-118 1q05 d1q05b_ B:40-57,59-73,76-113 1q07 d1q07b_ B:40-57,59-73,76-113 3d6z d3d6za1 A:46-63,65-76,76-118 3d70 d3d70a1 A:46-63,65-76,76-118 1q06 d1q06b_ B:40-57,59-73,76-113 1r8e d1r8ea1 A:46-63,65-75,76-118 1r8d d1r8da_ A:42-59,61-72,75-109 1r8d d1r8db_ B:42-59,61-72,75-107 3d71 d3d71a1 A:46-63,65-75,76-118 248. a.24.12 Outer surface protein C (OspC) Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1f1m d1f1mc_ C:92-115,120-142,151-160 1ggq d1ggqb_ B:93-116,117-142,151-161 1ggq d1ggqd_ D:93-116,117-142,151-161 1ggq d1ggqa_ A:93-116,117-142,151-161 1ggq d1ggqc_ C:93-116,117-142,151-161 1f1m d1f1md_ D:92-114,120-142,151-161 1f1m d1f1mb_ B:92-114,120-142,151-160 1g5z d1g5za_ A:92-114,116-141,150-159 1f1m d1f1ma_ A:92-115,117-142,151-160 1ggq d1ggqb_ B:93-116,117-142,168-200 1f1m d1f1mc_ C:92-115,120-142,168-200 1ggq d1ggqd_ D:93-116,117-142,168-200 1ggq d1ggqa_ A:93-116,117-142,168-200 1ggq d1ggqc_ C:93-116,117-142,168-200 1f1m d1f1mb_ B:92-114,120-142,168-200 1f1m d1f1md_ D:92-114,120-142,168-200 1f1m d1f1ma_ A:92-115,117-142,168-200 1g5z d1g5za_ A:92-114,116-141,167-200 249. a.25.1 Ferritin-like contains bimetal-ion centre in the middle of the bundle ! Ferritin-like core: 4 helices; bundle, closed, left-handed twist; 1 crossover connection 1smq d1smqd_ D:37-57,292-316,323-343 1smq d1smqc_ C:37-57,292-316,323-343 2inc d2inca1 A:166-183,250-274,430-441 2v15 d2v15e1 E:24-50,54-84,141-167 1umn d1umng_ G:24-50,54-84,141-167 1umn d1umnb_ B:24-50,54-84,141-167 2bw1 d2bw1e1 E:24-50,54-84,141-167 1umn d1umne_ E:24-50,54-84,141-167 2bw1 d2bw1g1 G:24-50,54-84,141-167 1umn d1umnc_ C:24-50,54-84,141-167 2ux1 d2ux1c1 C:24-50,54-84,141-167 2bw1 d2bw1b1 B:24-50,54-84,141-167 2v15 d2v15b1 B:24-50,54-84,141-167 2ux1 d2ux1e1 E:24-50,54-84,141-167 2ux1 d2ux1g1 G:24-50,54-84,141-167 2ux1 d2ux1b1 B:24-50,54-84,141-167 2bw1 d2bw1c1 C:24-50,54-84,141-167 2v15 d2v15g1 G:24-50,54-84,141-167 2v15 d2v15c1 C:23-49,53-83,140-166 2bkc d2bkcn1 N:8-34,38-68,125-151 2bkc d2bkcx1 X:8-34,38-68,125-151 1n1q d1n1qd_ D:8-34,38-68,123-149 1n1q d1n1qc_ C:8-34,38-68,123-149 2bjy d2bjya1 A:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkcq1 Q:8-34,38-68,125-151 2bjy d2bjyk1 K:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkcd1 D:8-34,38-68,125-151 2bjy d2bjyb1 B:8-34,36-68,125-151 2bjy d2bjyi1 I:8-34,36-68,125-151 2bjy d2bjyj1 J:8-34,36-68,125-151 2bjy d2bjyg1 G:8-34,36-68,125-151 2bjy d2bjyf1 F:8-34,36-68,125-151 1jk0 d1jk0a_ A:37-63,292-316,323-343 2bjy d2bjye1 E:8-34,36-68,125-151 2bjy d2bjyl1 L:8-34,36-68,125-151 2bjy d2bjyd1 D:8-34,36-68,125-151 2bjy d2bjyh1 H:8-34,36-68,125-151 2bjy d2bjyc1 C:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkcj1 J:8-34,38-68,125-151 1zuj d1zuja1 A:26-52,54-83,141-167 1qgh d1qghd_ D:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkce1 E:8-34,36-68,125-151 1qgh d1qghe_ E:8-34,36-68,125-151 1qgh d1qghh_ H:8-34,36-68,125-151 1qgh d1qghl_ L:8-34,36-68,125-151 1qgh d1qghf_ F:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkcc1 C:8-34,36-68,125-151 1qgh d1qgha_ A:8-34,36-68,125-151 1qgh d1qghc_ C:8-34,36-68,125-151 1qgh d1qghk_ K:8-34,36-68,125-151 1qgh d1qghi_ I:8-34,36-68,125-151 1zs3 d1zs3e1 E:26-52,54-83,141-167 1zs3 d1zs3h1 H:26-52,54-83,141-167 1qgh d1qghg_ G:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkco1 O:8-34,36-68,125-151 1qgh d1qghj_ J:8-34,36-68,125-151 1zuj d1zujd1 D:26-52,54-83,141-167 1zs3 d1zs3f1 F:26-52,54-83,141-167 2bkc d2bkci1 I:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkcm1 M:8-34,36-68,125-151 1zuj d1zujc1 C:26-52,54-83,141-167 1zs3 d1zs3k1 K:26-52,54-83,141-167 1umn d1umnd_ D:22-50,54-84,141-167 2bkc d2bkcf1 F:8-34,36-68,125-151 1qgh d1qghb_ B:8-34,36-68,125-151 1zs3 d1zs3d1 D:26-52,54-83,141-167 2bk6 d2bk6c1 C:8-34,36-68,125-151 2bk6 d2bk6d1 D:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkcb1 B:8-34,36-68,125-151 2bk6 d2bk6e1 E:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkcu1 U:8-34,36-68,125-151 2bk6 d2bk6f1 F:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkca1 A:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkcs1 S:8-34,36-68,125-151 1zs3 d1zs3i1 I:26-52,54-83,141-167 1zuj d1zujb1 B:26-52,54-83,141-167 2bkc d2bkct1 T:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkck1 K:8-34,36-68,125-151 1zs3 d1zs3a1 A:26-52,54-83,141-167 2bkc d2bkcl1 L:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkcy1 Y:8-34,36-68,125-151 1zs3 d1zs3g1 G:26-52,54-83,141-167 2bk6 d2bk6b1 B:8-34,36-68,125-151 2ux1 d2ux1h1 H:22-50,54-84,141-167 2bk6 d2bk6a1 A:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkcg1 G:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkcp1 P:8-34,36-68,125-151 1ji5 d1ji5b_ B:4-30,32-64,119-145 1zs3 d1zs3j1 J:26-52,54-83,141-167 2bw1 d2bw1f1 F:22-50,54-84,141-167 2ux1 d2ux1l1 L:22-50,54-84,141-167 1ji5 d1ji5a_ A:4-30,32-64,119-145 1zs3 d1zs3l1 L:26-52,54-83,141-167 1ji5 d1ji5c_ C:4-30,32-64,119-145 1zs3 d1zs3c1 C:26-52,54-83,141-167 1ji5 d1ji5d_ D:4-30,32-64,119-145 2bkc d2bkcv1 V:8-34,36-68,125-151 2bkc d2bkch1 H:8-34,36-68,125-151 1umn d1umnl_ L:22-50,54-84,141-167 1umn d1umni_ I:22-50,54-84,141-167 1umn d1umna_ A:22-50,54-84,141-167 2v15 d2v15j1 J:22-50,54-84,141-167 2bw1 d2bw1l1 L:22-50,54-84,141-167 2ux1 d2ux1j1 J:22-50,54-84,141-167 1umn d1umnf_ F:22-50,54-84,141-167 2bw1 d2bw1k1 K:22-50,54-84,141-167 1zs3 d1zs3b1 B:26-52,54-83,141-167 1umn d1umnj_ J:22-50,54-84,141-167 1umn d1umnk_ K:22-50,54-84,141-167 2bw1 d2bw1j1 J:22-50,54-84,141-167 2ux1 d2ux1i1 I:22-50,54-84,141-167 2v15 d2v15d1 D:22-50,54-84,141-167 2bkc d2bkcr1 R:8-34,36-68,125-151 2v15 d2v15k1 K:22-50,54-84,141-167 2ux1 d2ux1d1 D:22-50,54-84,141-167 2ux1 d2ux1f1 F:22-50,54-84,141-167 2bw1 d2bw1a1 A:22-50,54-84,141-167 2bw1 d2bw1i1 I:22-50,54-84,141-167 2bw1 d2bw1d1 D:22-50,54-84,141-167 2v15 d2v15a1 A:22-50,54-84,141-167 2ux1 d2ux1a1 A:22-50,54-84,141-167 2v15 d2v15l1 L:22-50,54-84,141-167 2ux1 d2ux1k1 K:22-50,54-84,141-167 1umn d1umnh_ H:22-50,54-84,141-167 2bw1 d2bw1h1 H:22-50,54-84,141-167 2v15 d2v15i1 I:22-50,54-84,141-167 2cwl d2cwlb1 B:35-50,56-86,171-201 2cwl d2cwla1 A:35-50,56-86,171-201 1t0r d1t0ra_ A:166-183,250-282,430-441 2ind d2inda1 A:166-183,250-282,430-441 1xu3 d1xu3b1 B:96-117,130-162,229-243 1xvd d1xvdb1 B:96-117,130-162,229-243 1fz0 d1fz0b_ B:96-117,130-162,229-243 1z6o d1z6oa1 A:35-64,69-98,156-168 1z6o d1z6of1 F:35-64,69-98,156-168 1z6o d1z6ol1 L:35-64,69-98,156-168 1z6o d1z6oe1 E:35-64,69-98,156-168 1z6o d1z6og1 G:35-64,69-98,156-168 1z6o d1z6od1 D:35-64,69-98,156-168 1z6o d1z6oh1 H:35-64,69-98,156-168 1z6o d1z6oj1 J:35-64,69-98,156-168 1z6o d1z6oc1 C:35-64,69-98,156-168 1z6o d1z6oi1 I:35-64,69-98,156-168 1z6o d1z6ok1 K:35-64,69-98,156-168 1z6o d1z6ob1 B:35-64,69-98,156-168 1xve d1xveb1 B:96-117,130-162,229-243 2yw7 d2yw7g1 G:13-42,46-76,131-155 2oh3 d2oh3a1 A:4-34,35-61,120-149 1fzh d1fzhb_ B:96-117,130-162,229-243 1yuz d1yuza1 A:28-58,59-89,135-163 1yv1 d1yv1a1 A:28-58,59-89,135-163 1yv1 d1yv1b1 B:28-58,59-89,135-163 1yuz d1yuzb1 B:28-58,59-89,135-163 1yux d1yuxb1 B:28-58,59-89,135-163 2za8 d2za8a1 A:10-40,45-74,123-135 1yux d1yuxa1 A:28-58,59-89,135-163 1ies d1iesd_ D:9-39,44-73,122-134 1ies d1iesa_ A:9-39,44-73,122-134 1gwg d1gwga_ A:9-39,44-73,122-134 2za6 d2za6a1 A:10-40,45-74,123-135 1ies d1iesf_ F:9-39,44-73,122-134 2za7 d2za7a1 A:10-40,45-74,123-135 1ier d1iera_ A:9-39,44-73,122-134 2cwl d2cwlb1 B:19-32,56-86,171-201 2g4h d2g4ha1 A:13-43,48-77,126-138 1xz1 d1xz1a1 A:9-39,44-73,122-134 2w0o d2w0oa1 A:9-39,44-73,122-134 2v2j d2v2ja1 A:9-39,44-73,122-134 1ies d1iesc_ C:9-39,44-73,122-134 1dat d1data_ 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d3dhza1 A:59-84,94-123,188-221 1smq d1smqb_ B:26-44,292-316,323-343 1kgo d1kgob_ B:59-84,94-123,188-221 1smq d1smqa_ A:26-44,292-316,323-343 2z5q d2z5qa1 A:91-121,133-156,158-172 1r2f d1r2fa_ A:49-74,84-113,178-211 1uzr d1uzrb_ B:54-79,89-118,183-216 1mrr d1mrrb_ B:66-99,101-131,224-255 1fz7 d1fz7b_ B:96-129,130-162,242-261 1mhy d1mhyd_ D:96-129,130-162,242-261 1fha d1fhaa_ A:95-125,126-159,171-184 1fz1 d1fz1b_ B:96-129,130-162,242-261 1fz6 d1fz6b_ B:96-129,130-162,242-261 1xvc d1xvcb1 B:96-129,130-162,242-261 1uzr d1uzrc_ C:54-79,89-118,183-216 1fyz d1fyza_ A:96-129,130-162,243-261 1fz2 d1fz2b_ B:96-129,130-162,242-261 1oqu d1oquc_ C:59-84,94-123,188-221 1fz5 d1fz5a_ A:96-129,130-162,242-261 1xmg d1xmgb1 B:96-129,130-162,242-261 1piu d1piub_ B:66-99,101-131,224-255 1piy d1piyb_ B:66-99,101-131,224-255 2w0o d2w0oa1 A:91-121,133-159,158-171 1rib d1ribb_ B:66-99,101-131,224-255 1xvb d1xvbb1 B:96-129,130-162,242-261 1kgn d1kgna_ A:59-84,94-123,188-221 1otk d1otkb_ B:1-27,32-62,117-150 1xvf d1xvfb1 B:96-129,130-162,242-261 2fha d2fhaa_ A:95-125,126-159,163-176 1fz5 d1fz5b_ B:96-129,130-162,242-261 1oqu d1oqua_ A:59-84,94-123,188-221 1kgo d1kgoa_ A:59-84,94-123,188-221 1pim d1pima_ A:66-99,101-130,224-255 1rsr d1rsra_ A:55-66,66-99,185-222 1xu5 d1xu5b1 B:96-129,130-162,242-261 1kgn d1kgnd_ D:59-84,94-123,188-221 2alx d2alxa1 A:66-99,101-131,224-255 1oqu d1oqud_ D:59-84,94-123,188-221 1kgp d1kgpa_ A:59-84,94-123,188-221 1kgn d1kgnb_ B:59-84,94-123,188-221 1jpr d1jprb_ B:66-99,101-131,224-255 1xmh d1xmha1 A:96-129,130-162,242-261 1oqu d1oqub_ B:59-84,94-123,188-221 1fz3 d1fz3b_ B:96-129,130-162,242-261 2av8 d2av8b_ B:66-99,101-131,224-255 1mmo d1mmoe_ E:96-129,130-162,242-261 1fz8 d1fz8b_ B:96-129,130-162,242-261 1av8 d1av8a_ A:66-99,101-131,224-255 1rce d1rcea_ A:91-121,122-159,158-172 1xik d1xika_ A:66-99,101-131,224-255 1kgp d1kgpb_ B:59-84,94-123,188-221 1av8 d1av8b_ B:66-99,101-131,224-255 1ies d1iesf_ F:44-73,133-159,158-174 1rsr d1rsrb_ B:66-99,101-131,224-255 1xvg d1xvgb1 B:96-129,130-162,242-261 1kgp d1kgpd_ D:59-84,94-123,188-221 1ies d1iesd_ D:44-73,133-159,158-174 1ies d1iesa_ A:44-73,133-159,158-174 1rcg d1rcga_ A:91-121,122-159,158-172 1rcd d1rcda_ A:91-121,122-159,158-172 1xu5 d1xu5a1 A:96-129,130-162,242-261 1mhz d1mhzd_ D:96-129,130-162,242-261 1piz d1pizb_ B:66-99,101-131,224-255 1mmo d1mmod_ D:96-129,130-162,242-261 1xik d1xikb_ B:66-99,101-131,224-255 1biq d1biqb_ B:66-99,101-131,224-255 1mty d1mtyd_ D:96-129,130-162,242-261 1fzi d1fzia_ A:96-129,130-162,242-261 1fz8 d1fz8a_ A:96-129,130-162,242-261 1fz1 d1fz1a_ A:96-129,130-162,242-261 1jqc d1jqcb_ B:66-99,101-131,224-255 1xvc d1xvca1 A:96-129,130-162,242-261 1xvb d1xvba1 A:96-129,130-162,242-261 2r2f d2r2fa_ A:49-74,84-113,178-211 1xvf d1xvfa1 A:96-129,130-162,242-261 1fz3 d1fz3a_ A:96-129,130-162,242-261 1ies d1iesb_ B:44-73,133-159,158-174 1mrr d1mrra_ A:66-99,101-131,224-255 1fz6 d1fz6a_ A:96-129,130-162,242-261 1fz7 d1fz7a_ A:96-129,130-162,242-261 1mty d1mtye_ E:96-129,130-162,242-261 1fzi d1fzib_ B:96-129,130-162,242-261 1mxr d1mxrb_ B:66-99,101-131,224-255 1ies d1iese_ E:44-73,133-159,158-174 1rnr d1rnrb_ B:66-99,101-131,224-255 1r65 d1r65b_ B:66-99,101-131,224-255 1xmg d1xmga1 A:96-129,130-162,242-261 1fz0 d1fz0a_ A:96-129,130-162,242-261 1pj1 d1pj1a_ A:54-66,66-99,185-222 2av8 d2av8b_ B:55-66,66-99,185-222 1yfd d1yfdb1 B:66-99,101-131,224-255 1fz2 d1fz2a_ A:96-129,130-162,242-261 1ies d1iesc_ C:44-73,133-159,158-174 1ier d1iera_ A:44-73,133-159,158-174 1xve d1xvea1 A:96-129,130-162,242-261 1rcc d1rcca_ A:91-121,122-159,158-172 1xvg d1xvga1 A:96-129,130-162,242-261 1xvd d1xvda1 A:96-129,130-162,242-261 1piy d1piya_ A:66-99,101-131,224-255 1pm2 d1pm2b_ B:66-99,101-131,224-255 1piu d1piua_ A:54-66,66-99,185-222 2r2f d2r2fb_ B:49-74,84-113,178-211 1xu3 d1xu3a1 A:96-129,130-162,242-261 1rsv d1rsvb_ B:55-66,66-99,185-222 1pm2 d1pm2b_ B:55-66,66-99,185-222 1jpr d1jprb_ B:55-66,66-99,185-222 1pj0 d1pj0a_ A:54-66,66-99,185-222 1yfd d1yfdb1 B:55-66,66-99,185-222 1syy d1syya_ A:71-100,106-135,213-246 1z6o d1z6ob1 B:69-98,167-191,194-212 1z6o d1z6oc1 C:69-98,167-191,194-212 1z6o d1z6oa1 A:69-98,167-191,194-212 1z6o d1z6oh1 H:69-98,167-191,194-212 1z6o d1z6of1 F:69-98,167-191,194-212 1z6o d1z6oi1 I:69-98,167-191,194-212 1z6o d1z6oe1 E:69-98,167-191,194-212 1z6o d1z6oj1 J:69-98,167-191,194-212 1z6o d1z6og1 G:69-98,167-191,194-212 1z6o d1z6ol1 L:69-98,167-191,194-212 1z6o d1z6od1 D:69-98,167-191,194-212 1z6o d1z6ok1 K:69-98,167-191,194-212 2av8 d2av8a_ A:54-66,66-99,185-222 1rib d1ribb_ B:54-66,66-99,185-222 1jpr d1jpra_ A:66-99,101-131,224-255 1jqc d1jqca_ A:66-99,101-131,224-255 1rsv d1rsva_ A:66-99,101-131,224-255 1pj1 d1pj1b_ B:66-99,101-131,224-255 1syy d1syya_ A:57-68,71-100,174-211 1rsr d1rsra_ A:66-99,101-131,224-255 1pfr d1pfra_ A:66-99,101-131,224-255 1pfr d1pfrb_ B:66-99,101-131,224-255 1jpr d1jpra_ A:54-66,66-99,185-222 1rib d1riba_ A:66-99,101-131,224-255 1r65 d1r65a_ A:66-99,101-131,224-255 1rnr d1rnra_ A:66-99,101-131,224-255 1pm2 d1pm2a_ A:66-99,101-131,224-255 1pj0 d1pj0a_ A:66-99,101-131,224-255 1jqc d1jqca_ A:54-66,66-99,185-222 1pim d1pimb_ B:66-99,101-131,224-255 2alx d2alxa1 A:54-66,66-99,185-222 1r65 d1r65a_ A:54-66,66-99,185-222 1mxr d1mxra_ A:66-99,101-131,224-255 1pj1 d1pj1a_ A:66-99,101-131,224-255 1piz d1piza_ A:66-99,101-131,224-255 1rib d1riba_ A:54-66,66-99,185-222 2gyd d2gyda1 A:91-121,122-155,158-171 1yfd d1yfda1 A:66-99,101-131,224-255 1piu d1piua_ A:66-99,101-131,224-255 1pj1 d1pj1b_ B:54-66,66-99,185-222 1pj0 d1pj0b_ B:54-66,66-99,185-222 2zg7 d2zg7x1 X:91-121,122-156,158-172 2ind d2inda1 A:100-118,120-149,234-249 1t0q d1t0qa_ A:100-118,120-149,236-249 1t0s d1t0sa_ A:100-118,120-149,236-249 251. a.118.14 FliG fragmented superhelix; consist of 3/4-helical motifs and connecting helices ! alpha-alpha superhelix multihelical; 2 (curved) layers: alpha/alpha; right-handed superhelix 1qc7 d1qc7a_ A:237-244,245-257,299-321 1qc7 d1qc7b_ B:237-245,245-256,299-321 1qc7 d1qc7b_ B:237-245,257-268,299-321 1qc7 d1qc7a_ A:237-244,257-268,299-321 252. a.229.1 Hypothetical protein YqbG Hypothetical protein YqbG core: 4 helices; bundle, right-handed twist; left-handed superhelix 1xn8 d1xn8a_ A:22-42,54-74,103-112 253. a.269.1 FtsH protease domain-like contains zincin-like ( FtsH protease domain-like array of 6 helices and a 2-stranded beta-ribbon 2cea d2cead1 D:413-435,575-590,593-606 2cea d2ceab1 B:413-435,575-590,593-605 2ce7 d2ce7d1 D:413-435,575-590,593-606 2ce7 d2ce7b1 B:413-435,575-590,593-605 2cea d2ceae1 E:413-435,575-590,593-602 2cea d2ceac1 C:413-435,575-590,593-606 2ce7 d2ce7e1 E:413-435,575-590,593-602 2cea d2ceaf1 F:413-435,575-590,593-605 2ce7 d2ce7c1 C:413-435,575-590,593-606 2ce7 d2ce7f1 F:413-435,575-590,593-605 2di4 d2di4b1 B:408-429,569-584,587-599 2di4 d2di4a1 A:408-429,569-584,587-599 2cea d2ceaa1 A:413-435,575-590,593-602 2ce7 d2ce7a1 A:413-435,575-590,593-602 260. c.1.13 Malate synthase G TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1p7t d1p7ta_ A:13-29,31-47,358-378 1p7t d1p7tb_ B:13-26,31-47,358-378 1n8i d1n8ia_ A:14-26,31-47,359-378 2gq3 d2gq3a1 A:14-26,31-47,359-378 1d8c d1d8ca_ A:14-29,31-47,358-378 2gq3 d2gq3b1 B:14-26,31-47,359-378 1n8w d1n8wb_ B:14-26,31-47,359-378 1n8w d1n8wa_ A:13-26,31-47,359-378 1y8b d1y8ba_ A:13-24,31-46,359-378 2jqx d2jqxa1 A:13-24,31-47,359-378 2jqx d2jqxa1 A:588-614,687-700,708-723 1p7t d1p7tb_ B:588-614,687-700,707-722 1y8b d1y8ba_ A:588-614,687-700,707-723 1p7t d1p7ta_ A:588-614,687-700,707-722 1d8c d1d8ca_ A:588-614,687-700,707-722 1n8w d1n8wa_ A:590-616,689-702,709-727 1n8w d1n8wb_ B:590-616,689-702,709-727 2gq3 d2gq3b1 B:590-616,689-702,709-726 1n8i d1n8ia_ A:590-616,689-702,709-727 2gq3 d2gq3a1 A:590-616,689-702,709-727 261. a.104.1 Cytochrome P450 Cytochrome P450 multihelical 1wiy d1wiyb_ B:65-76,150-168,176-195 1ged d1geda_ A:139-158,160-176,180-206 1f25 d1f25a_ A:139-158,160-176,180-206 1f24 d1f24a_ A:139-158,160-176,180-206 1gwi d1gwib_ B:142-161,163-179,183-209 1jfb d1jfba_ A:139-158,160-176,180-206 1jfc d1jfca_ A:139-158,160-176,180-206 1f26 d1f26a_ A:139-158,160-176,180-206 1e9x d1e9xa_ A:76-84,162-177,188-216 1ehe d1ehea_ A:139-158,160-176,180-206 1gej d1geja_ A:139-158,160-176,180-206 1ehg d1ehga_ A:139-158,160-176,180-206 1ehf d1ehfa_ A:139-158,160-176,180-206 1cmn d1cmna_ A:139-158,160-176,180-206 1h5z d1h5za_ A:76-84,162-177,188-216 1cmj d1cmja_ A:139-158,160-176,180-206 1cl6 d1cl6a_ A:139-158,160-176,180-206 1u13 d1u13a_ A:76-84,162-177,188-216 1ulw d1ulwa_ A:139-158,160-176,180-206 2vku d2vkua1 A:76-84,162-177,188-216 2cib d2ciba1 A:76-84,162-177,188-216 1gei d1geia_ A:139-158,160-176,180-206 2ci0 d2ci0a1 A:76-84,162-177,188-216 2rom d2roma_ A:139-158,160-176,180-206 1ea1 d1ea1a_ A:76-84,162-177,188-216 1rom d1roma_ A:139-158,160-176,180-206 1x8v d1x8va_ A:76-84,162-177,188-216 2bz9 d2bz9b1 B:76-84,162-177,188-216 2bz9 d2bz9a1 A:76-84,162-177,188-216 2q6n d2q6ng1 G:101-109,192-211,229-256 2ij5 d2ij5d1 D:84-93,92-103,201-212 2vku d2vkua1 A:106-129,295-303,394-415 2bz9 d2bz9b1 B:106-129,295-303,394-416 1n40 d1n40a_ A:84-93,92-103,201-212 2q6n d2q6nd1 D:101-109,192-211,229-256 2bz9 d2bz9a1 A:106-129,295-303,394-416 2q6n d2q6nf1 F:101-109,192-211,229-256 2ij7 d2ij7d1 D:84-93,92-103,201-213 2q6n d2q6nc1 C:101-109,192-211,229-256 1n4g d1n4ga_ A:84-93,92-103,201-212 1x8v d1x8va_ A:106-129,295-303,394-416 1n97 d1n97b_ B:240-251,250-266,311-319 2q6n d2q6ne1 E:101-109,192-211,229-256 1h5z d1h5za_ A:106-129,295-303,394-416 1wiy d1wiya_ A:240-251,250-266,311-319 2cib d2ciba1 A:106-129,295-303,394-416 1suo d1suoa_ A:101-109,192-211,229-256 1u13 d1u13a_ A:106-129,295-303,394-416 1nr6 d1nr6a_ A:100-108,191-209,226-255 1wiy d1wiya_ A:65-76,150-165,177-198 2ij7 d2ij7a1 A:84-93,93-103,201-213 1e9x d1e9xa_ A:106-129,295-303,394-416 1n97 d1n97a_ A:240-251,250-266,311-319 1ea1 d1ea1a_ A:106-129,295-303,394-416 2ci0 d2ci0a1 A:106-129,295-303,394-416 2ij7 d2ij7b1 B:133-151,153-169,175-196 2q6n d2q6na1 A:101-109,192-211,229-256 2ij5 d2ij5f1 F:84-93,92-103,201-210 1smi d1smib_ B:72-83,171-190,195-226 2ij7 d2ij7c1 C:84-93,93-103,200-213 3dl9 d3dl9a1 A:112-120,204-223,241-268 1p0v d1p0vb_ B:72-83,171-188,198-227 2ij7 d2ij7b1 B:84-93,93-103,201-212 2ij5 d2ij5c1 C:84-93,93-103,201-213 2ij7 d2ij7f1 F:84-93,93-103,200-213 2q6n d2q6nb1 B:101-109,192-211,229-256 1zo9 d1zo9b1 B:72-83,171-190,195-226 3c6g d3c6ga1 A:112-120,204-223,241-268 1z8p d1z8pa1 A:139-158,160-177,181-207 1odo d1odoa_ A:139-158,160-177,180-206 2ij5 d2ij5b1 B:84-93,93-103,201-210 1smj d1smjb_ B:72-83,171-190,195-226 2nni d2nnia1 A:100-108,191-210,226-255 1jpz d1jpzb_ B:72-83,171-190,195-226 3czh d3czha1 A:112-120,204-223,241-268 2nnh d2nnhb1 B:100-108,191-210,226-255 1zo9 d1zo9a1 A:72-83,171-190,195-226 2nnj d2nnja1 A:100-108,191-210,226-255 1yqo d1yqob1 B:283-299,311-326,375-382 1jpz d1jpza_ A:72-83,171-190,195-226 2j1m d2j1mb1 B:283-299,311-326,375-382 1pq2 d1pq2b_ B:100-108,191-210,226-255 1pq2 d1pq2a_ A:100-108,191-210,226-255 1bvy d1bvya_ A:283-299,311-326,375-382 3dl9 d3dl9b1 B:112-120,204-223,241-268 1fag d1fagd_ D:283-299,311-326,375-382 1fag d1fagb_ B:72-83,171-190,195-226 3czh d3czhb1 B:112-120,204-223,241-268 1fah d1fahb_ B:72-83,171-190,198-227 1smj d1smjd_ D:72-83,171-190,195-226 1fag d1faga_ A:72-83,171-190,195-226 1smj d1smja_ A:283-299,311-326,375-382 3c6g d3c6gb1 B:112-120,204-223,241-268 1fag d1fagc_ C:72-83,171-190,195-226 2ij2 d2ij2b1 B:283-299,311-326,375-382 1fag d1fagd_ D:72-83,171-190,195-226 1jme d1jmea_ A:283-299,311-326,375-382 3ben d3bena1 A:283-299,311-326,375-382 1p0w d1p0wa_ A:283-299,311-326,375-382 1p0x d1p0xb_ B:283-299,311-326,375-382 1yqo d1yqoa1 A:283-299,311-326,375-382 1jme d1jmeb_ B:283-299,311-326,375-382 1smi d1smib_ B:283-299,311-326,375-382 1zo9 d1zo9b1 B:283-299,311-326,375-382 1fah d1faha_ A:72-83,171-190,198-227 3ben d3benb1 B:283-299,311-326,375-382 1p0v d1p0vb_ B:283-299,311-326,375-382 1p0w d1p0wb_ B:283-299,311-326,375-382 2bmh d2bmhb_ B:72-83,171-190,198-227 1fag d1faga_ A:283-299,311-326,375-382 1jpz d1jpzb_ B:283-299,311-326,375-382 1fag d1fagc_ C:283-299,311-326,375-382 1p0v d1p0va_ A:283-299,311-326,375-382 1smj d1smjc_ C:72-83,171-190,195-226 3ben d3benb1 B:72-83,171-190,195-227 1fag d1fagb_ B:283-299,311-326,375-382 3ben d3bena1 A:72-83,171-190,195-227 1p0x d1p0xa_ A:283-299,311-326,375-382 1jpz d1jpza_ A:283-299,311-326,375-382 1bu7 d1bu7a_ A:283-299,311-326,375-382 2j1m d2j1ma1 A:283-299,311-326,375-382 1p0w d1p0wb_ B:72-83,171-190,196-227 1fah d1fahb_ B:283-299,311-326,375-382 1bu7 d1bu7b_ B:72-83,171-190,195-227 1n6b d1n6ba_ A:100-108,191-209,226-255 2j1m d2j1mb1 B:72-83,171-190,195-227 1bu7 d1bu7b_ B:283-299,311-326,375-382 2bmh d2bmha_ A:72-83,171-190,198-227 1smj d1smja_ A:72-83,171-190,195-226 2j4s d2j4sa1 A:72-83,171-190,195-227 2hpd d2hpda_ A:283-299,311-326,375-382 1bvy d1bvyb_ B:283-299,311-326,375-382 1n97 d1n97a_ A:65-76,150-171,176-201 1smj d1smjc_ C:283-299,311-326,375-382 2vn0 d2vn0a1 A:100-108,191-210,226-255 2bmh d2bmha_ A:283-299,311-326,375-382 2ij2 d2ij2a1 A:72-83,171-188,195-227 1p0x d1p0xb_ B:72-83,171-190,196-227 2nnh d2nnha1 A:100-108,191-210,226-255 2bmh d2bmhb_ B:283-299,311-326,375-382 1bu7 d1bu7a_ A:72-83,171-190,195-227 1smj d1smjb_ B:283-299,311-326,375-382 2hpd d2hpdb_ B:283-299,311-326,375-382 1fah d1faha_ A:283-299,311-326,375-382 2ij2 d2ij2a1 A:283-299,311-326,375-382 2j1m d2j1ma1 A:72-83,171-190,195-227 1og5 d1og5a_ A:100-108,191-211,226-255 1bvy d1bvya_ A:72-83,171-190,195-227 2hpd d2hpdb_ B:72-83,171-190,195-227 1og2 d1og2b_ B:100-108,191-210,226-255 1smj d1smjd_ D:283-299,311-326,375-382 2j4s d2j4sa1 A:283-299,311-326,375-382 2ij2 d2ij2b1 B:72-83,171-190,198-227 1n97 d1n97b_ B:65-76,150-171,176-201 1og2 d1og2a_ A:100-108,191-210,226-255 1yqo d1yqob1 B:72-83,171-188,201-227 1og5 d1og5b_ B:100-108,191-210,226-255 2j4s d2j4sb1 B:72-83,171-191,195-227 1bvy d1bvyb_ B:72-83,171-190,195-227 1jme d1jmea_ A:72-83,171-188,201-227 2hpd d2hpda_ A:72-83,171-191,196-227 1p0w d1p0wa_ A:72-83,171-188,201-227 1jme d1jmeb_ B:72-83,171-188,201-227 1yqo d1yqoa1 A:72-83,171-188,201-227 1p0x d1p0xa_ A:72-83,171-188,201-227 4cpp d4cppa_ A:89-97,170-187,192-215 6cpp d6cppa_ A:89-97,170-187,192-215 1cp4 d1cp4a_ A:89-97,170-187,192-215 1phf d1phfa_ A:89-97,170-187,192-215 3cpp d3cppa_ A:89-97,170-187,192-215 1phc d1phca_ A:89-97,170-187,192-215 8cpp d8cppa_ A:89-97,170-187,192-215 5cpp d5cppa_ A:89-97,170-187,192-215 4cp4 d4cp4a_ A:89-97,170-187,192-215 7cpp d7cppa_ A:89-97,170-187,192-215 1p0v d1p0va_ A:72-83,171-188,201-227 1phb d1phba_ A:89-97,170-187,192-215 1pha d1phaa_ A:89-97,170-187,192-215 1phd d1phda_ A:89-97,170-187,192-215 1phe d1phea_ A:89-97,170-187,192-215 1gem d1gema_ A:89-97,170-187,192-215 1gek d1geka_ A:89-97,170-187,192-215 2cpp d2cppa_ A:89-97,170-187,192-215 6cp4 d6cp4a_ A:89-97,170-187,192-215 1iwi d1iwia_ A:89-97,170-187,192-215 1phg d1phga_ A:89-97,170-187,192-215 2cp4 d2cp4a_ A:89-97,170-187,192-215 1mpw d1mpwb_ B:89-97,170-187,192-215 1iwj d1iwja_ A:89-97,170-187,192-215 5cp4 d5cp4a_ A:89-97,170-187,192-215 2h7q d2h7qa1 A:89-97,170-187,192-215 1t86 d1t86a_ A:89-97,170-187,192-215 1t85 d1t85a_ A:89-97,170-187,192-212 1iwk d1iwka_ A:89-97,170-187,192-215 1t88 d1t88b_ B:89-97,170-187,192-215 1t87 d1t87a_ A:89-97,170-187,192-215 1o76 d1o76b_ B:89-97,170-187,192-215 3cp4 d3cp4a_ A:89-97,170-187,192-205 1izo d1izoa_ A:71-80,155-175,176-204 1og5 d1og5b_ B:165-184,191-210,226-255 1dz6 d1dz6b_ B:89-97,170-187,192-215 1og2 d1og2a_ A:165-184,191-210,226-255 1izo d1izob_ B:71-80,155-175,176-204 1izo d1izoc_ C:71-80,155-175,176-204 2a1m d2a1ma1 A:89-97,170-187,192-215 1dz4 d1dz4a_ A:89-97,170-187,192-215 1j51 d1j51c_ C:89-97,170-187,192-215 1o76 d1o76a_ A:89-97,170-187,192-215 1j51 d1j51d_ D:89-97,170-187,192-215 1j51 d1j51b_ B:89-97,170-187,192-215 1uyu d1uyub1 B:89-97,170-187,192-215 1dz9 d1dz9b_ B:89-97,170-187,192-215 2a1m d2a1mb1 B:89-97,170-187,192-215 1dz8 d1dz8b_ B:89-97,170-187,192-215 1t87 d1t87b_ B:89-97,170-187,192-215 1geb d1geba_ A:89-97,170-187,192-215 1dz9 d1dz9a_ A:89-97,170-187,192-215 2frz d2frza1 A:89-97,170-187,192-215 1uyu d1uyua1 A:89-97,170-187,192-215 1j51 d1j51a_ A:89-97,170-187,192-215 1dz8 d1dz8a_ A:89-97,170-187,192-215 2z97 d2z97a1 A:89-97,170-187,192-215 1dz6 d1dz6a_ A:89-97,170-187,192-215 2feu d2feua1 A:89-97,170-187,192-215 1og2 d1og2b_ B:165-184,191-210,226-255 1c8j d1c8ja_ A:89-97,170-187,192-215 2frz d2frzb1 B:89-97,170-187,192-215 1noo d1nooa_ A:89-97,173-187,192-215 1dz4 d1dz4b_ B:89-97,173-187,192-215 1og5 d1og5a_ A:165-184,191-211,226-255 1c8j d1c8jb_ B:89-97,170-187,192-215 1akd d1akda_ A:89-97,173-187,192-215 1mpw d1mpwa_ A:89-97,173-187,192-215 2j0d d2j0db1 B:171-190,202-210,242-260 1s1f d1s1fa_ A:143-162,164-184,188-208 1bvy d1bvya_ A:171-190,195-227,250-284 2j4s d2j4sa1 A:171-190,195-227,250-284 1p0w d1p0wb_ B:171-190,196-227,250-284 2ij2 d2ij2a1 A:171-188,195-227,250-284 1bu7 d1bu7b_ B:171-190,195-227,250-284 1p0x d1p0xb_ B:171-190,196-227,250-284 1bu7 d1bu7a_ A:171-190,195-227,250-284 2hpd d2hpdb_ B:171-190,195-227,250-284 2j4s d2j4sb1 B:171-191,195-227,250-284 1bvy d1bvyb_ B:171-190,195-227,250-284 264. a.202.1 Superantigen MAM Superantigen MAM multihelical; consists of two different alpha-helical bundles 2icw d2icwh1 H:25-37,38-67,69-94 2oje d2ojeh1 H:25-37,38-67,69-94 2oje d2ojed1 D:25-37,38-67,69-94 2icw d2icwg1 G:25-37,38-67,69-94 1r5i d1r5ih_ H:25-37,38-67,69-94 1r5i d1r5id_ D:25-37,38-67,69-94 2icw d2icwh1 H:38-67,69-94,96-126 2icw d2icwg1 G:38-67,69-94,96-126 2oje d2ojed1 D:38-67,69-94,96-126 2oje d2ojeh1 H:38-67,69-94,96-126 1r5i d1r5id_ D:38-67,69-94,96-126 1r5i d1r5ih_ H:38-67,69-94,96-126 266. a.220.1 Hypothetical protein At3g22680 Hypothetical protein At3g22680 5 helices; array; probable biological unit is a homodimer 1vk5 d1vk5a_ A:66-79,83-98,112-131 2q3t d2q3ta1 A:66-79,83-98,112-131 267. a.60.10 Enzyme I of the PEP:sugar phosphotransferase system HPr-binding (sub)domain SAM domain-like 4-5 helices; bundle of two orthogonally packed alpha-hairpins; involved in the interactions with DNA and proteins 1eza d1ezaa1 A:47-66,66-82,164-171 1ezc d1ezca1 A:48-66,66-82,164-171 1ezb d1ezba1 A:48-66,66-82,164-171 3ezb d3ezba1 A:32-66,66-82,164-171 3eza d3ezaa1 A:32-66,66-82,164-171 3eze d3ezea1 A:32-66,66-82,164-171 1ezd d1ezda1 A:32-66,82-97,99-119 1ezd d1ezda1 A:32-66,66-82,164-171 1zym d1zymb1 B:32-66,66-82,164-171 2eza d2ezaa1 A:32-66,66-82,164-171 1zym d1zymb1 B:32-66,82-97,99-119 2ezb d2ezba1 A:32-66,82-97,99-119 2eza d2ezaa1 A:32-66,82-97,99-119 1zym d1zyma1 A:32-66,82-97,99-119 1zym d1zyma1 A:32-66,65-82,164-171 2ezc d2ezca1 A:32-66,82-97,99-119 3eze d3ezea1 A:32-66,82-97,99-119 2ezc d2ezca1 A:32-66,66-82,164-171 3eza d3ezaa1 A:32-66,82-97,99-119 2ezb d2ezba1 A:32-66,66-82,164-171 3ezb d3ezba1 A:32-66,82-97,99-119 1ezb d1ezba1 A:32-49,82-97,99-119 1eza d1ezaa1 A:32-48,82-97,99-119 1ezc d1ezca1 A:32-49,82-97,99-119 269. d.279.1 YggX-like YggX-like beta(2)-alpha(3); contains zinc-less 'zinc finger'-like fold (scop_cf 57715; see also scop_cf 64375) 1t07 d1t07a_ A:24-34,35-54,59-76 1xs8 d1xs8a_ A:23-35,35-54,59-76 275. a.75.1 Ribosomal protein S7 Ribosomal protein S7 core: 5 helices; contains one more helix and a beta-hairpin outside the core 3df1 d3df1g1 G:56-69,91-110,114-129 3df3 d3df3g1 G:56-69,91-110,114-129 1yl4 d1yl4j1 J:57-70,92-111,115-130 2ow8 d2ow8h1 H:57-70,92-111,115-130 1i97 d1i97g_ G:57-70,92-111,115-130 2uua d2uuag1 G:57-70,92-111,115-130 1hus d1husa_ A:56-69,91-110,114-129 2i2u d2i2ug1 G:19-30,34-54,56-69 2v46 d2v46g1 G:57-70,92-111,115-130 2v48 d2v48g1 G:57-70,92-111,115-130 1xmo d1xmog_ G:57-70,92-111,115-130 2b64 d2b64g1 G:57-71,92-111,115-130 2b9o d2b9og1 G:57-71,92-111,115-130 2b9m d2b9mg1 G:57-71,92-111,115-130 1n32 d1n32g_ G:57-70,92-111,115-130 1rss d1rssa_ A:57-70,92-111,115-130 1n33 d1n33g_ G:57-70,92-111,115-130 2e5l d2e5lg1 G:57-71,92-111,115-130 2hgi d2hgij1 J:57-71,92-111,115-130 2uxc d2uxcg1 G:57-70,92-111,115-130 1i94 d1i94g_ G:57-70,92-112,115-130 1xnr d1xnrg_ G:57-70,92-112,115-130 2hgp d2hgpj1 J:57-71,92-111,115-130 2vqe d2vqeg1 G:57-70,92-112,115-130 1xmq d1xmqg_ G:57-70,92-112,115-130 2uuc d2uucg1 G:57-70,92-112,115-130 2qnh d2qnhh1 H:57-70,92-111,115-130 2vho d2vhog1 G:56-69,91-111,114-129 2qow d2qowg1 G:56-70,91-110,114-129 2hgr d2hgrj1 J:57-71,92-112,115-130 2vhp d2vhpg1 G:58-70,91-111,131-151 1hnz d1hnzg_ G:57-70,92-112,115-130 1n34 d1n34g_ G:57-71,92-112,115-130 2hhh d2hhhg1 G:57-71,92-111,115-130 2qp0 d2qp0g1 G:56-70,91-110,114-129 2uu9 d2uu9g1 G:57-70,92-112,115-130 1vs5 d1vs5g1 G:56-69,91-111,114-129 2uub d2uubg1 G:57-70,92-112,115-130 2j00 d2j00g1 G:57-70,92-112,115-130 2qal d2qalg1 G:56-69,91-111,114-129 2qan d2qang1 G:56-69,91-111,114-129 1hr0 d1hr0g_ G:57-70,92-112,115-130 2f4v d2f4vg1 G:57-71,92-112,115-130 2j02 d2j02g1 G:57-70,92-112,115-130 2i2p d2i2pg1 G:56-69,91-111,114-129 2z4k d2z4kg1 G:56-69,91-111,114-129 2z4m d2z4mg1 G:56-69,91-111,114-129 3d5a d3d5ag1 G:57-70,92-112,115-130 3d5c d3d5cg1 G:57-70,92-112,115-130 2i2u d2i2ug1 G:56-69,91-111,114-126 2uxd d2uxdg1 G:57-70,92-112,115-130 1xnq d1xnqg_ G:57-70,92-112,115-130 2aw7 d2aw7g1 G:58-69,91-111,114-126 1x18 d1x18f1 F:57-71,92-112,115-130 1vs7 d1vs7g1 G:58-69,91-111,114-126 1i96 d1i96g_ G:57-70,92-112,115-130 1fjg d1fjgg_ G:57-70,92-112,115-130 1i95 d1i95g_ G:57-70,92-112,115-130 1n36 d1n36g_ G:57-71,92-112,115-130 1hnx d1hnxg_ G:57-71,92-112,115-130 2avy d2avyg1 G:57-69,91-111,114-129 2uxb d2uxbg1 G:57-70,92-112,115-130 2vqf d2vqfg1 G:57-71,92-112,115-130 2qbb d2qbbg1 G:56-70,91-111,114-129 2qb9 d2qb9g1 G:56-70,91-111,114-129 1j5e d1j5eg_ G:57-71,92-112,115-130 2vhp d2vhpg1 G:58-70,91-111,114-126 2qou d2qoug1 G:56-69,91-111,114-129 2qbj d2qbjg1 G:56-70,91-111,114-129 2qbh d2qbhg1 G:56-70,91-111,114-129 2qoy d2qoyg1 G:56-70,91-111,114-129 1hnw d1hnwg_ G:57-71,92-112,115-130 2qbd d2qbdg1 G:56-70,91-111,114-129 2qbf d2qbfg1 G:56-70,91-111,114-129 1iqv d1iqva_ A:121-135,156-179,182-197 2hgr d2hgrj1 J:57-71,92-112,131-149 2qnh d2qnhh1 H:57-70,92-111,132-146 2hgp d2hgpj1 J:35-55,57-71,92-111 2hgi d2hgij1 J:35-55,57-71,92-111 3d5c d3d5cg1 G:35-55,57-70,92-112 3d5a d3d5ag1 G:35-55,57-70,92-112 2hhh d2hhhg1 G:57-71,92-111,132-149 1yl4 d1yl4j1 J:57-70,92-111,132-149 1x18 d1x18f1 F:35-55,57-71,92-112 2b9o d2b9og1 G:57-71,92-111,132-149 2b9m d2b9mg1 G:57-71,92-111,132-149 2b64 d2b64g1 G:57-71,92-111,132-149 2uxd d2uxdg1 G:35-54,57-70,92-112 2v48 d2v48g1 G:57-70,92-111,132-149 2v46 d2v46g1 G:57-70,92-111,132-149 1hnx d1hnxg_ G:35-55,57-71,92-112 1hus d1husa_ A:56-69,91-110,131-147 1j5e d1j5eg_ G:35-55,57-71,92-112 2vqf d2vqfg1 G:35-55,57-71,92-112 1rss d1rssa_ A:57-70,92-111,132-146 1fjg d1fjgg_ G:35-55,57-70,92-112 1i96 d1i96g_ G:57-70,92-112,132-146 1n36 d1n36g_ G:57-71,92-112,132-149 1hr0 d1hr0g_ G:35-55,57-70,92-112 1xmo d1xmog_ G:57-70,92-111,132-149 1i95 d1i95g_ G:35-55,57-70,92-112 1xmq d1xmqg_ G:35-55,57-70,92-112 1vs7 d1vs7g1 G:58-69,91-111,131-151 1i95 d1i95g_ G:57-70,92-112,132-148 2uuc d2uucg1 G:35-55,57-70,92-112 2vqe d2vqeg1 G:35-55,57-70,92-112 1xnr d1xnrg_ G:35-55,57-70,92-112 2hgp d2hgpj1 J:57-71,92-111,132-149 2uua d2uuag1 G:57-70,92-111,132-149 2aw7 d2aw7g1 G:58-69,91-111,131-151 2uub d2uubg1 G:35-55,57-70,92-112 2uu9 d2uu9g1 G:35-55,57-70,92-112 1n32 d1n32g_ G:57-70,92-111,132-149 2e5l d2e5lg1 G:57-71,92-111,132-149 1xnq d1xnqg_ G:35-55,57-70,92-112 1i94 d1i94g_ G:57-70,92-112,132-148 2hgi d2hgij1 J:57-71,92-111,132-149 1hnx d1hnxg_ G:57-71,92-112,132-149 1x18 d1x18f1 F:57-71,92-112,132-149 2uxc d2uxcg1 G:57-70,92-111,132-149 3df1 d3df1g1 G:56-69,91-110,131-151 2qbf d2qbfg1 G:56-70,91-111,131-148 1j5e d1j5eg_ G:57-71,92-112,132-149 2uxb d2uxbg1 G:35-55,57-70,92-112 2qbd d2qbdg1 G:56-70,91-111,131-148 3df3 d3df3g1 G:56-69,91-110,131-151 1n33 d1n33g_ G:57-70,92-111,132-149 2j00 d2j00g1 G:57-70,92-112,132-149 2j02 d2j02g1 G:57-70,92-112,132-149 2uub d2uubg1 G:57-70,92-112,132-149 2i2u d2i2ug1 G:56-69,91-111,131-148 2i2p d2i2pg1 G:56-69,91-111,131-148 1n34 d1n34g_ G:57-71,92-112,132-149 1hr0 d1hr0g_ G:57-70,92-112,132-149 2vqf d2vqfg1 G:57-71,92-112,132-149 1hnw d1hnwg_ G:57-71,92-112,132-149 1hnz d1hnzg_ G:57-70,92-112,132-149 1iqv d1iqva_ A:121-135,156-179,201-218 2qbb d2qbbg1 G:56-70,91-111,131-148 1fjg d1fjgg_ G:57-70,92-112,132-149 2qb9 d2qb9g1 G:56-70,91-111,131-148 2uxb d2uxbg1 G:57-70,92-112,132-152 1xmq d1xmqg_ G:57-70,92-112,132-149 2qp0 d2qp0g1 G:56-70,91-110,131-151 2uu9 d2uu9g1 G:57-70,92-112,132-149 2uuc d2uucg1 G:57-70,92-112,132-149 2f4v d2f4vg1 G:57-71,92-112,132-149 1i97 d1i97g_ G:57-70,92-111,132-148 1xnq d1xnqg_ G:57-70,92-112,132-149 1xnr d1xnrg_ G:57-70,92-112,132-149 2qow d2qowg1 G:56-70,91-110,131-151 2uxd d2uxdg1 G:57-70,92-112,132-149 2vqe d2vqeg1 G:57-70,92-112,132-149 2qbj d2qbjg1 G:56-70,91-111,131-151 2qou d2qoug1 G:56-69,91-111,131-148 2qbh d2qbhg1 G:56-70,91-111,131-151 2qoy d2qoyg1 G:56-70,91-111,131-148 2qan d2qang1 G:56-69,91-111,131-148 2qal d2qalg1 G:56-69,91-111,131-148 3d5a d3d5ag1 G:57-70,92-112,132-149 3d5c d3d5cg1 G:57-70,92-112,132-149 2z4k d2z4kg1 G:56-69,91-111,131-151 2z4m d2z4mg1 G:56-69,91-111,131-151 1vs5 d1vs5g1 G:56-69,91-111,131-148 2vho d2vhog1 G:56-69,91-111,131-148 276. f.56.1 MAPEG domain-like MAPEG domain-like 4 helices, bundle; left-handed superhelix 2pno d2pnok1 K:2-34,59-75,75-101 2pno d2pnoj1 J:2-34,59-75,75-101 2pno d2pnoh1 H:2-34,59-75,75-101 2pno d2pnoa1 A:2-34,59-75,75-101 2pno d2pnoi1 I:2-34,59-75,75-101 2pno d2pnob1 B:2-34,59-75,75-101 2pno d2pnol1 L:2-34,59-75,75-101 2pno d2pnof1 F:2-34,59-75,75-101 2pno d2pnod1 D:2-34,59-75,75-101 2pno d2pnoc1 C:2-34,59-75,75-101 2pno d2pnoe1 E:2-34,59-75,75-101 2pno d2pnog1 G:2-34,59-75,75-101 2uuh d2uuha1 A:5-34,59-75,75-101 2q7r d2q7rf1 F:9-38,63-79,79-103 2q7r d2q7rd1 D:9-38,63-79,79-103 2q7m d2q7mf1 F:9-38,63-79,79-103 2q7m d2q7mb1 B:9-39,63-79,79-103 2q7m d2q7ma1 A:9-38,63-79,79-103 2q7m d2q7md1 D:9-38,63-79,79-103 2h8a d2h8aa1 A:62-96,98-124,125-147 2q7m d2q7mf1 F:9-38,47-64,79-103 2q7m d2q7mc1 C:9-38,47-64,79-105 2q7m d2q7me1 E:9-38,63-79,79-104 2q7m d2q7mc1 C:9-38,63-79,79-105 2q7r d2q7re1 E:9-38,63-79,79-104 2q7m d2q7mb1 B:9-39,46-64,79-103 2q7r d2q7rb1 B:9-37,63-79,79-103 2q7r d2q7rc1 C:9-38,47-64,79-105 2q7m d2q7ma1 A:9-38,47-64,79-103 2q7r d2q7rf1 F:9-38,47-64,79-103 2q7r d2q7rb1 B:9-37,46-64,79-103 2q7m d2q7md1 D:9-38,47-64,79-103 2q7m d2q7me1 E:9-38,47-64,79-104 2q7r d2q7re1 E:9-38,47-64,79-104 2q7r d2q7rd1 D:9-38,47-64,79-103 2pno d2pnof1 F:59-75,75-101,100-131 2pno d2pnoi1 I:59-75,75-101,100-131 2pno d2pnok1 K:59-75,75-101,100-131 2pno d2pnob1 B:59-75,75-101,100-131 2q7r d2q7ra1 A:9-38,63-79,79-103 2q7r d2q7ra1 A:9-38,47-64,79-103 2pno d2pnoe1 E:59-75,75-101,100-131 2q7r d2q7rc1 C:9-38,63-79,79-105 2pno d2pnol1 L:59-75,75-101,100-131 2pno d2pnoc1 C:59-75,75-101,100-131 2pno d2pnod1 D:59-75,75-101,100-131 2pno d2pnog1 G:59-75,75-101,100-131 2uuh d2uuha1 A:5-34,43-60,75-101 2pno d2pnoe1 E:2-34,43-60,75-101 2pno d2pnoa1 A:2-34,43-60,75-101 2pno d2pnof1 F:2-34,43-60,75-101 2pno d2pnoc1 C:2-34,43-60,75-101 2pno d2pnog1 G:2-34,43-60,75-101 2pno d2pnob1 B:2-34,43-60,75-101 2pno d2pnoj1 J:2-34,43-60,75-101 2pno d2pnod1 D:2-34,43-60,75-101 2pno d2pnok1 K:2-34,43-60,75-101 2pno d2pnoh1 H:2-34,43-60,75-101 2pno d2pnoi1 I:2-34,43-60,75-101 2pno d2pnol1 L:2-34,43-60,75-101 2h8a d2h8aa1 A:9-33,62-96,98-124 2pno d2pnof1 F:43-60,75-101,100-131 2pno d2pnoi1 I:43-60,75-101,100-131 2pno d2pnob1 B:43-60,75-101,100-131 2pno d2pnoe1 E:43-60,75-101,100-131 2pno d2pnoc1 C:43-60,75-101,100-131 2pno d2pnog1 G:43-60,75-101,100-131 2pno d2pnol1 L:43-60,75-101,100-131 2pno d2pnok1 K:43-60,75-101,100-131 2pno d2pnod1 D:43-60,75-101,100-131 2uuh d2uuha1 A:59-75,75-101,100-145 2q7m d2q7ma1 A:63-79,79-103,115-139 2uui d2uuia1 A:59-75,75-101,100-146 2q7m d2q7me1 E:63-79,79-104,115-140 2pno d2pnoa1 A:59-75,75-101,100-147 2pno d2pnoh1 H:59-75,75-101,100-147 2pno d2pnoj1 J:59-75,75-101,100-147 2q7r d2q7rd1 D:63-79,79-103,115-143 2q7r d2q7ra1 A:63-79,79-103,115-140 2q7r d2q7re1 E:63-79,79-104,115-140 2q7m d2q7md1 D:63-79,79-103,115-143 2uuh d2uuha1 A:43-60,75-101,100-145 2uui d2uuia1 A:43-60,75-101,100-146 2q7r d2q7rf1 F:63-79,79-103,115-143 2pno d2pnoh1 H:43-60,75-101,100-147 2q7m d2q7mf1 F:63-79,79-103,115-142 2pno d2pnoa1 A:43-60,75-101,100-147 2pno d2pnoj1 J:43-60,75-101,100-147 2q7m d2q7mb1 B:63-79,79-103,115-143 2q7m d2q7mc1 C:63-79,79-105,115-142 2q7r d2q7rb1 B:63-79,79-103,115-143 2q7r d2q7rc1 C:63-79,79-105,115-142 278. d.334.1 IlvD/EDD N-terminal domain-like IlvD/EDD N-terminal domain-like contains a large cluster of helices and a mixed beta-sheet of 4 strands; order 2134, strands 3 and 4 are parallel 2gp4 d2gp4a2 A:231-238,283-298,351-364 2gp4 d2gp4b2 B:2-17,283-298,300-315 2gp4 d2gp4b2 B:231-238,283-298,351-364 2gp4 d2gp4a2 A:2-17,283-298,300-315 279. a.87.1 DBL homology domain (DH-domain) DBL homology domain (DH-domain) multihelical; core: 5-helical bundle 1nty d1ntya1 A:1231-1266,1295-1304,1306-1318 2nz8 d2nz8b1 B:1231-1266,1295-1304,1306-1318 1f5x d1f5xa_ A:30-54,72-93,95-107 1rj2 d1rj2d1 D:624-664,696-705,707-719 1kz7 d1kz7c1 C:1624-1664,1696-1708,1707-1719 1lb1 d1lb1a1 A:624-664,696-708,707-719 1lb1 d1lb1g1 G:624-664,696-708,707-719 1lb1 d1lb1c1 C:624-664,696-708,707-719 1lb1 d1lb1e1 E:624-664,696-708,707-719 1rj2 d1rj2a1 A:624-664,696-708,707-719 1kzg d1kzgc1 C:1624-1664,1696-1708,1707-1719 1kzg d1kzga1 A:624-664,696-708,707-719 1kz7 d1kz7a1 A:624-664,696-708,707-719 1foe d1foee1 E:1036-1074,1087-1110,1121-1136 1foe d1foec1 C:1036-1074,1087-1110,1121-1136 1foe d1foeg1 G:1036-1074,1087-1110,1121-1136 1rj2 d1rj2g1 G:624-664,696-708,707-719 1rj2 d1rj2j1 J:624-665,696-708,707-719 1xdv d1xdva1 A:200-228,248-271,278-290 1xdv d1xdvb1 B:200-228,248-271,278-290 1dbh d1dbha1 A:200-228,248-271,278-290 1xd4 d1xd4a1 A:200-228,248-271,278-290 1xd4 d1xd4b1 B:200-228,248-271,278-290 1ki1 d1ki1d1 D:1232-1271,1284-1307,1314-1327 1ki1 d1ki1b1 B:1232-1271,1284-1307,1314-1327 1xcg d1xcge1 E:729-768,781-803,808-818 1xcg d1xcga1 A:729-768,781-804,808-818 2dfk d2dfka1 A:46-84,98-117,126-135 1x86 d1x86e1 E:782-821,834-857,863-873 1txd d1txda1 A:782-821,834-857,863-873 1x86 d1x86c1 C:782-821,834-857,864-873 1x86 d1x86g1 G:782-821,834-857,863-873 1x86 d1x86a1 A:782-821,834-857,863-873 1foe d1foea1 A:1036-1074,1087-1110,1117-1136 1xdv d1xdvb1 B:248-271,278-290,723-741 1xdv d1xdva1 A:248-271,278-290,723-741 1xd4 d1xd4a1 A:248-271,278-290,723-743 1xd4 d1xd4b1 B:248-271,278-290,723-743 282. a.170.1 BRCA2 helical domain BRCA2 helical domain multihelical; contains a 3-helical bundle surrounded by several shorter helices 1mje d1mjea1 A:2516-2528,2537-2560,2569-2588 1iyj d1iyjb1 B:2526-2538,2546-2569,2578-2597 1iyj d1iyjd1 D:2526-2538,2546-2569,2578-2597 1miu d1miua1 A:2517-2529,2537-2560,2569-2588 283. a.29.16 IVS-encoded protein-like IVS: Intervening sequence with conserved ORF in eubacterial 23S rRNA genes; forms a homopentamer with a toroid-shaped structure containing a tapered central channel Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 2gsc d2gsce1 E:14-34,38-54,65-94 2gsc d2gsca1 A:14-34,38-63,68-94 2gsc d2gscb1 B:14-34,38-63,65-94 2gsc d2gscc1 C:14-34,35-63,68-94 2gsc d2gscd1 D:14-34,41-64,65-94 2rld d2rldd1 D:7-33,34-58,60-89 2rld d2rlde1 E:9-33,34-58,60-89 2rld d2rldb1 B:5-33,34-58,60-89 2rld d2rlda1 A:2-33,34-57,60-89 2rld d2rldc1 C:2-33,34-58,60-89 2gsc d2gsce1 E:14-34,53-64,65-94 285. e.44.1 2-methylcitrate dehydratase PrpD 2-methylcitrate dehydratase PrpD consists of an all-alpha and alpha+beta domains 1szq d1szqa_ A:30-55,452-466,473-482 1szq d1szqb_ B:30-55,452-466,473-482 1szq d1szqa_ A:170-188,190-205,218-242 1szq d1szqb_ B:170-188,190-205,218-242 1szq d1szqb_ B:431-451,452-466,473-482 1szq d1szqa_ A:431-451,452-466,473-482 1szq d1szqb_ B:112-135,140-163,170-188 1szq d1szqa_ A:112-135,140-163,170-188 1szq d1szqa_ A:112-135,140-163,218-242 1szq d1szqb_ B:112-135,140-163,218-242 286. g.78.1 YAP1 redox domain YAP1 redox domain bipartite cysteine-rich all-alpha domain; a single helix in the N-terminal part (chain A) is linked by disulfides to the C-terminal part (chain B) [3-helical bundle of the RuvA C-terminal domain-like fold (scop_cf 46928) 1sse d1sse.1 B:597-609,615-627,637-649 288. d.202.1 Transcription factor NusA, N-terminal domain Transcription factor NusA, N-terminal domain alpha-beta(3)-alpha-beta-alpha; bifurcated coiled beta-sheet 1k0r d1k0ra4 A:5-12,18-38,78-98 1k0r d1k0rb4 B:4-12,20-37,78-98 1hh2 d1hh2p4 P:6-13,19-40,105-124 1l2f d1l2fa4 A:4-17,19-40,99-134 289. c.119.1 DAK1/DegV-like domain folds and architecture show some similarity to the tubulin-like GTPases; the nucleotide-binding sites of the Dihydroxyacetone kinase and tubulin families are different ! DAK1/DegV-like 2 different domains; d1: [core: 3 layers, a/b/a; parallel sheet of 5 strands, order: 2134]; D2: [2 layers, a/b; mixed sheet of 6 strands, order 321645; strands 2 and 6 are antiparallel to the rest] 1un9 d1un9a4 A:151-169,171-186,311-321 1un9 d1un9b4 B:151-169,171-186,311-321 1un8 d1un8b4 B:151-169,171-186,310-320 1un8 d1un8a4 A:151-169,171-186,310-320 1oi2 d1oi2a_ A:159-177,179-194,348-357 1oi2 d1oi2b_ B:159-177,179-194,348-357 1uod d1uoda_ A:159-177,179-194,348-357 1uod d1uodb_ B:159-177,179-194,348-357 1uoe d1uoeb_ B:159-177,179-194,348-357 1oi3 d1oi3b_ B:159-177,179-194,348-357 1uoe d1uoea_ A:159-177,179-194,348-357 1oi3 d1oi3a_ A:159-177,179-194,348-357 291. a.29.3 Acyl-CoA dehydrogenase C-terminal domain-like multidomain flavoprotein; N-terminal domain is all-alpha; the middle domain is open (5,8) barrel ! Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 1u8v d1u8vc1 C:297-319,323-351,375-389 1u8v d1u8va1 A:296-319,323-351,375-389 1u8v d1u8vb1 B:296-319,323-351,375-389 1u8v d1u8vd1 D:296-319,323-351,375-389 1r2j d1r2ja1 A:53-69,261-288,296-323 1u8v d1u8va1 A:78-97,323-351,362-376 1u8v d1u8vd1 D:78-97,323-351,362-376 1u8v d1u8vc1 C:78-97,323-351,362-376 1is2 d1is2a1 A:274-283,324-362,363-397 2a1t d2a1tb1 B:252-281,291-322,325-352 1t9g d1t9gc1 C:255-281,291-322,325-352 2r0m d2r0ma1 A:257-276,285-316,319-346 1t9g d1t9ga1 A:255-281,291-322,325-352 3mdd d3mddb1 B:255-281,291-322,325-352 1t9g d1t9gb1 B:255-281,291-322,325-352 3mdd d3mdda1 A:255-281,291-322,325-352 1siq d1siqa1 A:238-276,285-316,319-346 1sir d1sira1 A:238-276,285-316,319-346 2r0n d2r0na1 A:238-276,285-316,319-346 2ddh d2ddha2 A:324-354,548-571,602-611 1udy d1udyb1 B:255-282,291-322,325-352 1ivh d1ivhb1 B:241-281,290-321,324-351 1ivh d1ivhd1 D:241-281,290-321,324-351 1ege d1eged1 D:243-281,291-322,325-352 1ivh d1ivha1 A:241-281,290-321,324-351 1ivh d1ivhc1 C:241-281,290-321,324-351 1r2j d1r2ja1 A:213-252,261-288,296-323 3mde d3mdea1 A:242-281,291-322,325-352 1udy d1udya1 A:242-281,291-322,325-352 3mde d3mdeb1 B:242-281,291-322,325-352 1egd d1egda1 A:242-281,291-322,325-352 2reh d2rehc1 C:261-302,313-344,347-378 2a1t d2a1td1 D:240-281,291-322,325-352 2a1t d2a1ta1 A:240-281,291-322,325-352 2c0u d2c0ud1 D:261-302,313-344,347-378 2c0u d2c0ub1 B:261-302,313-344,347-378 1ege d1egea1 A:240-281,291-322,325-352 2reh d2rehb1 B:261-302,313-344,347-378 1rx0 d1rx0c1 C:239-281,290-321,322-352 1rx0 d1rx0d1 D:239-281,290-321,322-352 2c0u d2c0uc1 C:261-302,313-344,347-378 2c12 d2c12e1 E:261-302,313-344,347-378 1rx0 d1rx0b1 B:239-281,290-321,322-352 1t9g d1t9gd1 D:240-281,291-322,325-352 1egd d1egdc1 C:242-281,291-322,325-352 1egc d1egcd1 D:240-281,291-322,325-352 2zaf d2zafa1 A:261-302,313-344,347-378 1egc d1egca1 A:243-282,291-322,325-352 1rx0 d1rx0a1 A:239-281,290-321,322-352 2zaf d2zafd1 D:261-302,313-344,347-378 2c12 d2c12c1 C:261-302,313-344,347-378 2c12 d2c12a1 A:261-302,313-344,347-378 1udy d1udyd1 D:242-281,291-322,325-352 2zaf d2zafb1 B:261-302,313-344,347-378 1egc d1egcb1 B:242-282,291-322,325-352 2c12 d2c12d1 D:261-302,313-344,347-378 2c12 d2c12b1 B:261-302,313-343,347-378 2c12 d2c12f1 F:261-302,313-343,347-378 2c0u d2c0ua1 A:261-303,313-344,347-378 2reh d2reha1 A:261-303,313-344,347-378 1jqi d1jqia1 A:232-274,283-314,317-344 2d29 d2d29a1 A:235-275,284-315,318-345 1ukw d1ukwa1 A:257-299,308-339,341-369 2reh d2rehd1 D:261-303,313-344,347-378 2zaf d2zafc1 C:261-303,313-344,347-378 1udy d1udyc1 C:240-282,291-322,325-352 1egd d1egdb1 B:242-282,291-322,325-352 1ukw d1ukwb1 B:257-299,308-339,341-369 1ws9 d1ws9b1 B:235-275,284-315,318-345 1buc d1buca1 A:233-273,282-313,315-343 1egd d1egdd1 D:240-282,291-322,325-352 1w07 d1w07b1 B:273-311,327-365,366-400 2a1t d2a1tc1 C:240-282,291-322,325-352 1ege d1egeb1 B:240-282,291-322,324-352 1buc d1bucb1 B:231-273,282-313,315-343 1egc d1egcc1 C:242-282,291-322,324-352 1u8v d1u8vb1 B:296-319,323-351,362-376 1w07 d1w07a1 A:273-311,327-365,366-400 1jqi d1jqib1 B:632-674,683-714,716-744 1u8v d1u8va1 A:296-319,323-351,362-376 2cx9 d2cx9d1 D:233-275,284-315,317-345 1u8v d1u8vd1 D:296-319,323-351,362-376 1ws9 d1ws9a1 A:235-275,284-315,317-345 2cx9 d2cx9a1 A:233-275,284-315,317-345 1ege d1egec1 C:255-282,291-322,324-352 2cx9 d2cx9b1 B:235-275,284-315,317-345 2cx9 d2cx9c1 C:235-275,284-315,317-345 2d29 d2d29b1 B:235-275,284-315,317-345 2ddh d2ddha1 A:278-308,324-354,365-397 1u8v d1u8vc1 C:297-319,323-351,362-376 1is2 d1is2a1 A:283-308,324-362,363-397 1w07 d1w07b1 B:327-365,547-568,599-608 1is2 d1is2a1 A:324-362,548-571,602-611 1w07 d1w07b2 B:479-506,515-542,547-568 1is2 d1is2b1 B:278-308,324-362,364-397 1is2 d1is2b1 B:324-362,548-571,602-611 1w07 d1w07a1 A:327-365,545-568,599-608 2r0m d2r0ma1 A:238-258,285-316,319-346 1u8v d1u8vb1 B:277-297,323-351,362-376 1u8v d1u8va1 A:277-297,323-351,362-376 1u8v d1u8vd1 D:277-297,323-351,362-376 1u8v d1u8vc1 C:277-298,323-351,362-376 1w07 d1w07a2 A:479-506,515-542,545-568 2ddh d2ddha2 A:479-510,519-547,548-571 1is2 d1is2b2 B:479-510,519-547,548-571 1is2 d1is2a2 A:479-509,519-547,548-571 1ege d1egec1 C:240-256,291-322,324-352 1udy d1udyb1 B:242-256,291-322,325-352 292. a.120.1 gene 59 helicase assembly protein gene 59 helicase assembly protein multihelical; consists of two all-alpha subdomains 1c1k d1c1ka_ A:15-32,55-66,67-83 293. a.24.15 FAD-dependent thiol oxidase Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1jra d1jrab_ B:34-52,54-69,74-94 1jra d1jraa_ A:34-52,54-69,74-94 1jra d1jrac_ C:34-52,54-69,74-94 1jr8 d1jr8a_ A:34-52,54-69,74-94 1jra d1jrad_ D:34-52,54-69,74-94 1jr8 d1jr8b_ B:34-52,54-69,74-94 1oqc d1oqca_ A:42-60,62-77,82-102 1oqc d1oqcd_ D:42-60,62-77,82-102 1oqc d1oqcb_ B:42-60,62-77,82-102 1oqc d1oqcc_ C:42-60,62-77,82-102 296. a.24.7 FKBP12-rapamycin-binding domain of FKBP-rapamycin-associated protein (FRAP) Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1aue d1aueb_ B:2044-2062,2075-2093,2094-2115 1aue d1auea_ A:2044-2062,2075-2093,2094-2114 3fap d3fapb_ B:132-150,163-181,182-201 1nsg d1nsgb_ B:2043-2061,2074-2092,2093-2112 2fap d2fapb_ B:2043-2061,2074-2092,2093-2112 4fap d4fapb_ B:132-150,163-181,182-201 1fap d1fapb_ B:2043-2061,2074-2092,2093-2112 2gaq d2gaqa1 A:29-47,60-71,79-99 297. f.51.1 Rhomboid-like Rhomboid-like 6 transmembrane helices 2irv d2irva1 A:94-115,147-170,170-194 2irv d2irvb1 B:94-115,147-170,170-194 2nrf d2nrfa1 A:94-115,147-170,170-194 2nrf d2nrfb1 B:94-115,147-170,170-194 3b45 d3b45a1 A:94-115,147-170,170-194 2irv d2irvb1 B:147-170,170-194,200-219 3b45 d3b45a1 A:147-170,170-194,250-270 2nr9 d2nr9a1 A:75-85,85-109,114-134 2irv d2irva1 A:147-170,170-194,199-219 2irv d2irvb1 B:147-170,170-194,246-271 2nrf d2nrfa1 A:147-170,170-194,199-219 2ic8 d2ic8a1 A:147-170,170-194,199-219 3b45 d3b45a1 A:147-170,170-194,199-219 2nrf d2nrfb1 B:147-170,170-194,199-219 2o7l d2o7la1 A:147-170,170-194,199-219 2ic8 d2ic8a1 A:147-170,170-194,250-272 2o7l d2o7la1 A:147-170,170-194,250-272 2nr9 d2nr9a1 A:75-85,85-109,165-194 2irv d2irva1 A:147-170,170-194,251-272 2nrf d2nrfa1 A:147-170,170-194,251-272 2nrf d2nrfb1 B:147-170,170-194,251-272 298. a.163.1 Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone 4 helices; irregular array, disulfide-linked 1j0t d1j0ta_ A:13-32,33-42,48-58 301. a.24.26 YppE-like flattened bundle at one end with helices 2 and coming in contact and separating helices 1 and 3 ! Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 2hfi d2hfia1 A:40-66,71-92,95-121 2im8 d2im8b1 B:35-66,73-92,95-119 2im8 d2im8a1 A:35-66,71-92,95-123 2huj d2huja1 A:52-63,68-89,92-120 2huj d2huja1 A:32-53,68-89,92-120 302. a.57.1 Protein HNS-dependent expression A; HdeA overall fold is similar to the fold of N-terminal subdomain of the GluRS anticodon-binding domain (1GLN) ! Protein HNS-dependent expression A; HdeA 4 helices; the three last helices form a bundle similar to that of the RuvA C-domain 1dj8 d1dj8c_ C:25-41,51-70,73-87 1bg8 d1bg8a_ A:25-42,51-70,73-85 1bg8 d1bg8b_ B:25-42,51-70,73-85 1bg8 d1bg8c_ C:25-42,51-70,73-85 1dj8 d1dj8a_ A:25-42,51-70,73-87 1dj8 d1dj8d_ D:17-25,51-70,73-87 1bg8 d1bg8b_ B:17-25,51-70,73-85 1bg8 d1bg8a_ A:17-25,51-70,73-85 1bg8 d1bg8c_ C:17-25,51-70,73-85 1dj8 d1dj8c_ C:17-25,51-70,73-87 1dj8 d1dj8e_ E:17-25,51-70,73-87 1dj8 d1dj8b_ B:17-25,51-70,73-87 1dj8 d1dj8e_ E:25-42,51-70,73-87 1dj8 d1dj8b_ B:25-42,51-70,73-87 303. d.48.1 RecA protein, C-terminal domain Anti-LPS factor/recA domain alpha-beta(3)-alpha(2); 2 layers, alpha/beta 1u99 d1u99a2 A:269-282,301-313,312-328 1rea d1reaa2 A:269-282,301-313,312-328 1u94 d1u94a2 A:269-282,301-313,312-328 1xp8 d1xp8a2 A:282-295,314-326,325-341 1xms d1xmsa2 A:269-282,301-313,312-328 1u98 d1u98a2 A:269-282,301-313,312-328 1xmv d1xmva2 A:269-282,301-313,312-328 2reb d2reba2 A:269-282,301-313,312-328 1mo4 d1mo4a2 A:270-283,302-314,313-329 1mo3 d1mo3a2 A:270-283,302-314,313-329 1ube d1ubea2 A:271-284,303-315,314-330 1g18 d1g18a2 A:270-283,302-314,313-329 1mo5 d1mo5a2 A:270-283,302-314,313-329 1ubc d1ubca2 A:271-284,303-315,314-330 1ubg d1ubga2 A:271-284,303-315,314-330 1ubf d1ubfa2 A:271-284,303-315,314-330 1mo6 d1mo6a2 A:270-283,302-314,313-329 1g19 d1g19a2 A:270-283,302-314,313-329 304. a.60.11 Hypothetical protein YjbJ SAM domain-like 4-5 helices; bundle of two orthogonally packed alpha-hairpins; involved in the interactions with DNA and proteins 1ryk d1ryka_ A:6-22,25-33,35-48 305. a.29.9 LemA-like helices 2 and 3 are shorther than helices 1 and 4 ! Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 2etd d2etda1 A:45-68,74-89,92-119 307. f.22.1 ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC multihelical; complex architecture with several transmembrane helices 1l7v d1l7va_ A:253-268,271-299,304-324 1l7v d1l7vb_ B:253-268,271-299,304-324 1l7v d1l7vb_ B:92-109,113-140,141-168 1l7v d1l7va_ A:92-109,113-140,141-168 1l7v d1l7vb_ B:45-82,271-299,304-324 1l7v d1l7va_ A:45-82,271-299,304-324 1l7v d1l7vb_ B:2-34,45-82,271-299 1l7v d1l7va_ A:2-33,45-82,271-299 308. a.258.1 PG0816-like PG0816-like multihelical; comprises two helical bundles, both are topologically similar to the RuvA C-terminal domain-like fold (scop_cf 46928) 2apl d2apla1 A:2-25,30-52,54-68 2apl d2apla1 A:73-87,105-116,124-145 2apl d2apla1 A:73-87,91-99,124-145 309. a.24.18 Oxygen-evolving enhancer protein 3, Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1nze d1nzea_ A:70-96,97-125,126-149 311. a.60.13 Putative methyltransferase TM0872, insert domain SAM domain-like 4-5 helices; bundle of two orthogonally packed alpha-hairpins; involved in the interactions with DNA and proteins 1wg8 d1wg8b1 B:129-137,154-170,173-186 1wg8 d1wg8a1 A:129-137,154-170,173-186 1m6y d1m6ya1 A:146-159,160-175,179-192 1n2x d1n2xa1 A:146-159,160-175,179-192 312. a.8.4 Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain immunoglobulin/albumin-binding domain-like 3 helices; bundle, closed, left-handed twist; up-and-down; mirror topology to the spectrin-like fold 1u00 d1u00a1 A:519-551,555-576,577-593 1dkz d1dkza1 A:522-554,558-579,580-596 1dky d1dkya1 A:522-554,558-579,580-599 1dkx d1dkxa1 A:522-554,558-579,580-596 1dky d1dkyb1 B:522-554,558-579,580-591 1dkx d1dkxa1 A:522-554,558-579,595-607 1u00 d1u00a1 A:519-551,555-576,592-610 314. f.24.1 Cytochrome c oxidase subunit I-like Cytochrome c oxidase subunit I-like 12 transmembrane helices in an approximate threefold rotational symmetric arrangement 1qle d1qlea_ A:218-235,263-298,304-323 1ocr d1ocrn_ N:182-199,227-263,269-288 1oco d1ocon_ N:182-197,227-263,269-288 1ocz d1oczn_ N:182-197,227-263,269-288 2occ d2occn_ N:182-199,227-263,269-288 1ocz d1ocza_ A:182-197,227-263,269-288 1oco d1ocoa_ A:182-197,227-263,269-288 2occ d2occa_ A:182-199,227-263,269-288 2gsm d2gsmc1 C:226-241,271-307,312-331 2eik d2eika1 A:182-199,227-263,269-288 2dyr d2dyra1 A:182-199,227-263,269-288 1m57 d1m57a_ A:226-243,271-307,312-331 1ar1 d1ar1a_ A:218-235,263-299,304-323 2dys d2dysa1 A:182-199,227-263,269-288 1m56 d1m56a_ A:226-243,271-307,312-331 2ein d2einn1 N:182-199,227-263,269-288 2eim d2eima1 A:182-199,227-263,269-288 2eim d2eimn1 N:182-199,227-263,269-288 2ein d2eina1 A:182-199,227-263,269-288 3dtu d3dtua1 A:226-243,271-307,312-331 1m57 d1m57g_ G:226-243,271-307,312-331 1m56 d1m56g_ G:226-243,271-307,312-331 1ehk d1ehka_ A:343-357,378-404,414-446 1xme d1xmea1 A:15-39,64-98,102-127 1oco d1ocon_ N:335-361,370-396,406-435 1oco d1ocoa_ A:335-361,370-396,406-435 1ocz d1ocza_ A:335-361,370-397,406-435 1ocz d1oczn_ N:335-361,370-397,406-435 1fft d1ffta_ A:271-307,312-327,341-373 2eij d2eijn1 N:335-361,370-396,406-435 2eij d2eija1 A:335-361,370-396,406-435 1fft d1fftf_ F:271-307,312-327,341-373 1v55 d1v55n_ N:335-361,370-396,406-435 2eik d2eika1 A:335-361,370-396,406-435 2eik d2eikn1 N:335-361,370-396,406-435 1v55 d1v55a_ A:335-361,370-396,406-435 1occ d1occn_ N:335-361,370-397,406-435 1occ d1occa_ A:335-361,370-397,406-435 2eil d2eila1 A:335-361,370-397,406-435 1m57 d1m57a_ A:378-404,413-440,449-478 2dys d2dysn1 N:335-361,370-397,406-435 1v54 d1v54n_ N:335-361,370-397,406-435 1fft d1fftf_ F:226-243,271-307,312-327 2occ d2occn_ N:335-361,370-397,406-435 2dyr d2dyrn1 N:335-361,370-397,406-435 1fft d1ffta_ A:226-243,271-307,312-327 2dys d2dysa1 A:335-361,370-397,406-435 2gsm d2gsma1 A:378-404,413-440,449-478 2occ d2occa_ A:335-361,370-397,406-435 1v54 d1v54a_ A:335-361,370-397,406-435 1fft d1fftf_ F:378-404,413-440,449-478 1fft d1ffta_ A:378-404,413-440,449-478 2dyr d2dyra1 A:335-361,370-397,406-435 3dtu d3dtuc1 C:378-404,413-440,449-478 2gsm d2gsmc1 C:378-404,413-440,449-478 3dtu d3dtua1 A:378-404,413-440,449-478 1xme d1xmea1 A:180-208,220-256,526-543 1qle d1qlea_ A:370-396,405-432,441-470 1m56 d1m56a_ A:378-404,413-440,449-478 1ehk d1ehka_ A:180-208,220-256,526-543 1m56 d1m56g_ G:378-404,413-440,449-478 2eim d2eimn1 N:227-263,269-288,298-328 2gsm d2gsma1 A:413-440,449-478,487-522 3dtu d3dtuc1 C:413-440,449-478,487-522 1m57 d1m57a_ A:271-307,312-331,341-373 1m57 d1m57g_ G:271-307,312-331,341-373 3dtu d3dtua1 A:413-440,449-478,487-522 2gsm d2gsmc1 C:413-440,449-478,487-522 1m57 d1m57a_ A:413-440,449-478,487-522 1ar1 d1ar1a_ A:263-299,304-323,333-365 1m57 d1m57a_ A:91-129,135-159,184-216 1m56 d1m56a_ A:271-307,312-331,341-373 1qle d1qlea_ A:405-432,441-470,479-514 2gsm d2gsmc1 C:271-307,312-331,341-373 2gsm d2gsma1 A:271-307,312-331,341-373 1m56 d1m56g_ G:271-307,312-331,341-373 3dtu d3dtua1 A:271-307,312-331,341-373 3dtu d3dtuc1 C:271-307,312-331,341-373 1m56 d1m56a_ A:413-440,449-478,487-522 1ar1 d1ar1a_ A:83-121,127-152,176-208 1m56 d1m56g_ G:413-440,449-478,487-522 1m57 d1m57g_ G:91-129,135-159,184-216 1occ d1occn_ N:227-263,269-288,298-330 1occ d1occa_ A:227-263,269-288,298-330 1ocr d1ocrn_ N:227-263,269-288,298-330 1ocr d1ocra_ A:227-263,269-288,298-330 2occ d2occn_ N:227-263,269-288,298-330 2occ d2occa_ A:227-263,269-288,298-330 1ehk d1ehka_ A:378-404,414-446,463-494 1m56 d1m56g_ G:91-129,135-159,184-216 1oco d1ocon_ N:227-263,269-288,298-330 3dtu d3dtuc1 C:91-129,135-159,184-216 1ocz d1oczn_ N:227-263,269-288,298-330 1oco d1ocoa_ A:227-263,269-288,298-330 3dtu d3dtua1 A:91-129,135-159,184-216 2gsm d2gsma1 A:91-129,135-159,184-216 1fft d1fftf_ F:95-132,138-163,184-216 1fft d1ffta_ A:95-132,138-163,184-216 1m56 d1m56a_ A:91-129,135-159,184-216 2gsm d2gsmc1 C:91-129,135-159,184-216 1ocz d1ocza_ A:227-263,269-288,298-330 1xme d1xmea1 A:343-369,378-401,414-446 1qle d1qlea_ A:83-121,127-151,176-208 2dyr d2dyrn1 N:227-263,269-288,298-330 1v54 d1v54a_ A:227-263,269-288,298-330 1v54 d1v54n_ N:227-263,269-288,298-330 2occ d2occn_ N:370-397,406-435,444-479 1v55 d1v55a_ A:227-263,269-288,298-330 2eij d2eijn1 N:227-263,269-288,298-330 2eim d2eima1 A:227-263,269-288,298-330 2dyr d2dyra1 A:227-263,269-288,298-330 2eik d2eika1 A:227-263,269-288,298-330 2dys d2dysa1 A:227-263,269-288,298-330 2eik d2eika1 A:370-396,406-435,444-479 1oco d1ocon_ N:370-396,406-435,444-479 1v55 d1v55n_ N:227-263,269-288,298-330 2eij d2eija1 A:227-263,269-288,298-330 2eil d2eila1 A:227-263,269-288,298-330 2eik d2eikn1 N:370-396,406-435,444-479 2dyr d2dyrn1 N:370-397,406-435,444-479 2dys d2dysn1 N:227-263,269-288,298-330 1v54 d1v54n_ N:370-397,406-435,444-479 2occ d2occa_ A:370-397,406-435,444-479 2eil d2eiln1 N:227-263,269-288,298-330 2eik d2eikn1 N:227-263,269-288,298-330 1v54 d1v54a_ A:370-397,406-435,444-479 2dyr d2dyra1 A:370-397,406-435,444-479 1oco d1ocoa_ A:370-396,406-435,444-479 1v55 d1v55n_ N:370-396,406-435,444-479 2eij d2eijn1 N:370-396,406-435,444-479 1fft d1ffta_ A:413-440,449-478,488-523 2ein d2eina1 A:227-263,269-288,298-330 1v55 d1v55a_ A:370-396,406-435,444-479 2eij d2eija1 A:370-396,406-435,444-479 1fft d1fftf_ F:413-440,449-478,488-523 2eil d2eila1 A:370-397,406-435,444-479 1qle d1qlea_ A:263-298,304-323,333-365 1occ d1occa_ A:370-397,406-435,444-479 1occ d1occn_ N:370-397,406-435,444-479 2ein d2einn1 N:227-263,269-288,298-330 2dys d2dysn1 N:370-397,406-435,444-479 2dys d2dysa1 A:370-397,406-435,444-479 1ocz d1oczn_ N:370-397,406-435,444-479 1ocz d1ocza_ A:370-397,406-435,444-479 1ehk d1ehka_ A:220-256,343-357,378-404 1ehk d1ehka_ A:356-369,378-404,414-446 1v55 d1v55a_ A:50-88,94-120,140-172 1xme d1xmea1 A:180-208,220-256,261-280 2occ d2occa_ A:50-88,94-120,140-172 1occ d1occa_ A:50-88,94-120,140-172 1occ d1occn_ N:50-88,94-120,140-172 2ein 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A:142-175,180-208,220-256 1xme d1xmea1 A:142-175,180-208,220-256 1m57 d1m57a_ A:91-129,226-243,271-307 1m57 d1m57g_ G:91-129,226-243,271-307 1m56 d1m56a_ A:91-129,226-243,271-307 1m56 d1m56g_ G:91-129,226-243,271-307 2ein d2eina1 A:227-263,335-361,370-402 3dtu d3dtua1 A:184-216,242-260,271-307 3dtu d3dtua1 A:184-216,226-243,271-307 2ein d2einn1 N:227-263,335-361,370-402 2gsm d2gsmc1 C:184-216,226-241,271-307 1fft d1ffta_ A:95-132,226-243,271-307 1ocr d1ocra_ A:227-263,335-361,370-402 2eil d2eiln1 N:227-263,335-361,370-402 1fft d1fftf_ F:95-132,226-243,271-307 1qle d1qlea_ A:176-208,218-235,263-298 1ocr d1ocrn_ N:227-263,335-361,370-402 1fft d1fftf_ F:184-216,226-243,271-307 1fft d1ffta_ A:184-216,226-243,271-307 2eim d2eima1 A:227-263,335-361,370-402 2gsm d2gsmc1 C:184-216,240-260,271-307 2eim d2eimn1 N:227-263,335-361,370-402 1ar1 d1ar1a_ A:176-208,218-235,263-299 1m57 d1m57a_ A:184-216,226-243,271-307 1m56 d1m56a_ A:184-216,226-243,271-307 1m57 d1m57g_ G:184-216,226-243,271-307 1qle d1qlea_ A:176-208,234-252,263-298 2dys d2dysa1 A:140-172,182-199,227-263 1ar1 d1ar1a_ A:263-299,370-396,405-437 1m56 d1m56g_ G:184-216,226-243,271-307 2dyr d2dyra1 A:140-172,182-199,227-263 2eik d2eika1 A:140-172,182-199,227-263 1m57 d1m57g_ G:271-307,378-404,413-445 1m57 d1m57g_ G:184-216,242-260,271-307 1m57 d1m57a_ A:184-216,242-260,271-307 1m56 d1m56g_ G:184-216,242-260,271-307 1m56 d1m56a_ A:184-216,242-260,271-307 2eik d2eikn1 N:50-88,182-216,227-263 2eij d2eijn1 N:50-88,182-216,227-263 2eij d2eija1 A:50-88,182-216,227-263 1v55 d1v55n_ N:50-88,182-216,227-263 1v55 d1v55a_ A:50-88,182-216,227-263 2dyr d2dyrn1 N:50-88,182-216,227-263 1v54 d1v54a_ A:50-88,182-216,227-263 1v54 d1v54n_ N:50-88,182-216,227-263 1ocr d1ocra_ A:50-88,182-216,227-263 1occ d1occa_ A:50-88,182-216,227-263 1occ d1occn_ N:50-88,182-216,227-263 2eil d2eila1 A:50-88,182-216,227-263 2dys d2dysn1 N:50-88,182-216,227-263 2eil d2eiln1 N:50-88,182-216,227-263 2gsm d2gsma1 A:91-129,226-260,271-307 3dtu d3dtuc1 C:91-129,226-260,271-307 2gsm d2gsma1 A:184-216,226-260,271-307 3dtu d3dtuc1 C:184-216,226-260,271-307 2dys d2dysn1 N:140-172,182-216,227-263 2eil d2eiln1 N:140-172,182-216,227-263 2dyr d2dyrn1 N:140-172,182-216,227-263 1v54 d1v54n_ N:140-172,182-216,227-263 2eil d2eila1 A:140-172,182-216,227-263 1v54 d1v54a_ A:140-172,182-216,227-263 2eik d2eikn1 N:140-172,182-216,227-263 1occ d1occa_ A:140-172,182-216,227-263 1occ d1occn_ N:140-172,182-216,227-263 1v55 d1v55a_ A:140-172,182-216,227-263 317. a.115.1 A virus capsid protein alpha-helical domain this domain is interrupted by a jelly-roll beta-sandwich domain ! A virus capsid protein alpha-helical domain multihelical; three-helical bundle in the core is surrounded by non-conserved helices 2btv d2btvt1 T:262-272,275-290,303-324 2btv d2btve1 E:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvh1 H:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvj1 J:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvi1 I:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvg1 G:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvr1 R:262-272,275-290,303-324 1bvp d1bvp61 6:262-272,275-290,303-324 1bvp d1bvp41 4:262-272,275-290,303-324 1bvp d1bvp21 2:262-272,275-290,303-324 1bvp d1bvp11 1:262-272,275-290,303-324 1bvp d1bvp31 3:262-272,275-290,303-324 1bvp d1bvp51 5:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvf1 F:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvq1 Q:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvc1 C:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvd1 D:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvs1 S:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvp1 P:262-272,275-290,303-324 2btv d2btvq1 Q:1-19,102-119,303-324 2btv d2btvs1 S:1-19,102-119,303-324 2btv d2btvp1 P:1-19,102-119,303-324 2btv d2btvr1 R:1-19,102-119,303-324 2btv d2btvd1 D:1-19,102-119,303-324 2btv d2btvi1 I:1-19,102-119,303-324 2btv d2btvh1 H:1-19,102-119,303-324 2btv d2btvt1 T:1-19,102-119,303-324 2btv d2btvj1 J:1-19,102-119,303-324 2btv d2btvc1 C:1-19,102-119,303-324 1uf2 d1uf2e1 E:324-340,340-362,393-418 2btv d2btvf1 F:1-19,102-119,303-324 1uf2 d1uf2d1 D:324-340,339-362,393-418 1uf2 d1uf2h1 H:324-340,339-362,393-418 2btv d2btvg1 G:1-19,102-119,303-324 1uf2 d1uf2f1 F:324-340,340-362,393-418 1uf2 d1uf2c1 C:324-340,340-362,393-418 1uf2 d1uf2i1 I:324-340,340-362,393-418 1uf2 d1uf2q1 Q:324-340,340-362,393-418 2btv d2btve1 E:1-19,102-119,303-324 1uf2 d1uf2t1 T:324-340,339-362,393-418 1uf2 d1uf2g1 G:324-340,339-362,393-418 1uf2 d1uf2s1 S:324-340,339-362,393-418 1uf2 d1uf2r1 R:324-340,339-362,393-418 1bvp d1bvp41 4:1-19,102-119,303-324 1bvp d1bvp61 6:1-19,102-119,303-324 1bvp d1bvp51 5:1-19,102-119,303-324 1bvp d1bvp21 2:1-19,102-119,303-324 1bvp d1bvp11 1:1-19,102-119,303-324 1bvp d1bvp31 3:1-19,102-119,303-324 1uf2 d1uf2e1 E:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2q1 Q:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2p1 P:324-340,339-362,393-418 1uf2 d1uf2h1 H:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2i1 I:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2p1 P:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2t1 T:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2j1 J:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2d1 D:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2r1 R:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2j1 J:324-340,339-362,393-418 1uf2 d1uf2c1 C:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2g1 G:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2f1 F:2-24,131-142,393-418 1uf2 d1uf2s1 S:2-24,131-142,393-418 318. c.51.5 CinA-like Anticodon-binding domain-like 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of five strands, order 21345; strand 4 is antiparallel to the rest 2a9s d2a9sa1 A:59-68,70-78,81-97 2a9s d2a9sb1 B:59-68,70-78,81-97 319. a.119.1 Lipoxigenase Lipoxigenase multihelical ! large nearly all-alpha domain 1lox d1loxa1 A:384-395,459-485,617-645 2p0m d2p0mb1 B:384-395,459-485,617-645 2sbl d2sbla1 A:522-533,608-634,775-802 2sbl d2sblb1 B:522-533,608-634,775-802 2p0m d2p0ma1 A:384-395,459-485,617-646 1fgo d1fgoa1 A:522-533,608-634,775-803 1fgq d1fgqa1 A:522-533,608-634,775-803 3bnc d3bnca1 A:522-533,608-634,775-803 1rrl d1rrla1 A:541-552,627-653,794-822 1fgm d1fgma1 A:522-533,608-634,775-803 1fgt d1fgta1 A:522-533,608-634,775-803 1y4k d1y4ka1 A:522-533,608-634,775-803 3bnd d3bnda1 A:522-533,608-634,775-803 1rrl d1rrlb1 B:541-552,627-653,794-822 1fgr d1fgra1 A:522-533,608-634,775-803 3bne d3bnea1 A:522-533,608-634,775-803 3bnb d3bnba1 A:522-533,608-634,775-803 1yge d1ygea1 A:522-533,608-634,775-803 1f8n d1f8na1 A:522-533,608-634,775-803 1rrh d1rrha1 A:541-552,627-653,794-822 1jnq d1jnqa1 A:541-552,627-653,794-822 1rov d1rova1 A:541-552,627-653,794-822 1ik3 d1ik3a1 A:541-552,627-653,794-822 1lnh d1lnha1 A:541-552,627-653,794-822 1n8q d1n8qa1 A:541-552,627-653,794-822 1no3 d1no3a1 A:541-552,627-653,794-822 1hu9 d1hu9a1 A:541-552,627-653,794-822 1fgq d1fgqa1 A:580-589,608-634,671-697 3bnd d3bnda1 A:580-589,608-634,671-697 1y4k d1y4ka1 A:580-589,608-634,671-697 1fgm d1fgma1 A:580-589,608-634,671-697 2p0m d2p0mb1 B:443-452,459-485,522-548 1fgt d1fgta1 A:580-589,608-634,671-697 1fgo d1fgoa1 A:580-589,608-634,671-697 3bnc d3bnca1 A:580-589,608-634,671-697 3bne d3bnea1 A:580-589,608-634,671-697 2sbl d2sbla1 A:580-589,608-634,671-697 1fgr d1fgra1 A:580-589,608-634,671-697 2sbl d2sblb1 B:580-589,608-634,671-697 1yge d1ygea1 A:580-589,608-634,671-697 3bnb d3bnba1 A:580-589,608-634,671-697 1f8n d1f8na1 A:580-589,608-634,671-697 1ik3 d1ik3a1 A:599-608,627-653,690-716 1rrl d1rrla1 A:599-608,627-653,690-716 1lnh d1lnha1 A:599-608,627-653,690-716 1jnq d1jnqa1 A:599-608,627-653,690-716 1rov d1rova1 A:599-608,627-653,690-716 1n8q d1n8qa1 A:599-608,627-653,690-716 1hu9 d1hu9a1 A:599-608,627-653,690-716 1no3 d1no3a1 A:599-608,627-653,690-716 1rrh d1rrha1 A:599-608,627-653,690-716 1lox d1loxa1 A:443-452,459-485,522-555 2p0m d2p0ma1 A:443-452,459-485,522-555 1rrl d1rrlb1 B:599-608,627-653,690-723 1fgq d1fgqa1 A:473-519,534-548,740-756 3bnb d3bnba1 A:472-519,534-548,740-756 2sbl d2sbla1 A:473-519,534-548,740-756 2sbl d2sblb1 B:473-519,534-548,740-756 3bne d3bnea1 A:473-519,534-548,740-756 1fgt d1fgta1 A:473-519,534-548,740-756 3bnd d3bnda1 A:473-519,534-548,740-756 3bnc d3bnca1 A:473-519,534-548,740-756 1fgo d1fgoa1 A:473-519,534-548,740-756 1fgr d1fgra1 A:473-519,534-548,740-756 1rrl d1rrla1 A:491-538,553-567,759-775 1yge d1ygea1 A:473-519,534-548,740-756 1rrl d1rrlb1 B:491-538,553-567,759-775 1f8n d1f8na1 A:473-519,534-548,740-756 1ik3 d1ik3a1 A:491-538,553-567,759-775 1rrh d1rrha1 A:491-538,553-567,759-775 1no3 d1no3a1 A:491-538,553-567,759-775 1hu9 d1hu9a1 A:492-538,553-567,759-775 1n8q d1n8qa1 A:492-538,553-567,759-775 1jnq d1jnqa1 A:492-538,553-567,759-775 320. a.72.1 Functional domain of the splicing factor Prp18 Functional domain of the splicing factor Prp18 core: 5 helices; bundle 1dvk d1dvka_ A:102-128,143-153,156-173 1dvk d1dvkb_ B:102-128,132-144,223-247 1dvk d1dvkb_ B:102-128,143-153,156-173 1dvk d1dvka_ A:102-128,132-144,223-247 321. a.130.1 Chorismate mutase II Chorismate mutase II multihelical; core: 6 helices, bundle 2fp2 d2fp2b1 B:69-88,90-120,129-152 2fp1 d2fp1b1 B:69-88,90-120,129-152 2ao2 d2ao2a1 A:69-88,90-120,129-152 2f6l d2f6lb1 B:69-88,90-120,129-152 2ao2 d2ao2b1 B:69-88,90-120,129-152 2fp1 d2fp1a1 A:69-88,90-120,129-152 2ao2 d2ao2c1 C:69-88,90-120,129-152 2fp2 d2fp2a1 A:69-88,90-120,129-152 2f6l d2f6la1 A:69-88,90-120,129-152 3csm d3csmb_ B:58-75,112-125,139-173 3csm d3csma_ A:58-75,112-125,139-173 4csm d4csma_ A:58-75,112-124,136-173 1csm d1csmb_ B:58-75,113-125,139-173 5csm d5csma_ A:58-75,113-125,139-173 4csm d4csmb_ B:58-75,113-124,136-173 1csm d1csma_ A:58-75,113-125,136-173 322. e.48.1 Major capsid protein VP5 Major capsid protein VP5 large protein without apparent domain division 1no7 d1no7b_ B:683-708,802-822,1016-1029 1no7 d1no7a_ A:683-708,802-822,1016-1029 1no7 d1no7b_ B:624-635,644-660,887-899 1no7 d1no7a_ A:624-635,644-660,887-899 323. a.203.1 Putative anticodon-binding domain of alanyl-tRNA synthetase (AlaRS) Putative anticodon-binding domain of alanyl-tRNA synthetase (AlaRS) multihelical; consists of two all-alpha subdomains 1yfs d1yfsa1 A:238-253,259-283,289-310 1yfs d1yfsb1 B:238-253,259-283,289-310 1yfr d1yfra1 A:238-253,259-283,289-310 1riq d1riqa1 A:238-253,259-283,289-310 1yft d1yfta1 A:238-253,259-283,289-310 1ygb d1ygba1 A:238-253,259-283,289-310 1yfr d1yfrb1 B:238-253,259-283,288-310 327. a.24.17 Group V grass pollen allergen Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1nlx d1nlxk_ K:2430-2458,2457-2478,2479-2500 1nlx d1nlxf_ F:1430-1458,1457-1478,1479-1500 1nlx d1nlxi_ I:2030-2058,2057-2078,2079-2100 1nlx d1nlxd_ D:1030-1058,1057-1078,1079-1100 1nlx d1nlxh_ H:1830-1858,1857-1878,1879-1900 1nlx d1nlxg_ G:1630-1658,1657-1678,1679-1700 1nlx d1nlxl_ L:2630-2658,2657-2678,2679-2700 1nlx d1nlxc_ C:830-858,857-878,879-900 1nlx d1nlxj_ J:2230-2258,2257-2278,2279-2300 1nlx d1nlxm_ M:2830-2858,2857-2878,2879-2900 1nlx d1nlxe_ E:1230-1258,1257-1278,1279-1300 1nlx d1nlxa_ A:430-458,457-478,479-500 1nlx d1nlxn_ N:3030-3058,3057-3078,3079-3100 1nlx d1nlxb_ B:630-658,657-678,679-700 1l3p d1l3pa_ A:176-197,206-224,224-251 329. a.118.5 Bacterial muramidases alpha-alpha superhelix multihelical; 2 (curved) layers: alpha/alpha; right-handed superhelix 1qte d1qtea1 A:300-312,318-333,571-579 1qsa d1qsaa1 A:300-312,318-333,571-579 330. a.234.1 Hypothetical protein MPN330 Hypothetical protein MPN330 multihelical; consists of three different 4-helical bundles 1td6 d1td6a_ A:200-219,221-240,247-264 332. a.40.2 X-Prolyl dipeptidyl aminopeptidase PepX, N-terminal domain CH domain-like core: 4 helices: bundle 1lns d1lnsa1 A:32-45,58-66,70-83 333. a.24.9 alpha-catenin/vinculin-like Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1rke d1rkeb_ B:895-912,917-939,1013-1048 1l7c d1l7cb2 B:534-562,566-597,607-631 1st6 d1st6a8 A:896-912,917-940,1012-1048 1l7c d1l7cb1 B:412-441,443-461,477-508 1qkr d1qkrb_ B:896-912,917-940,1012-1046 1l7c d1l7ca1 A:412-441,443-461,477-507 1h6g d1h6gb1 B:412-441,443-461,477-508 1rke d1rkea2 A:153-182,184-202,222-251 1qkr d1qkra_ A:896-913,917-940,1012-1048 2b0h d2b0ha1 A:1878-1900,1909-1941,1943-1972 1dov d1dova_ A:180-199,200-218,234-262 1st6 d1st6a4 A:401-423,424-452,456-486 1h6g d1h6ga1 A:412-441,443-475,477-508 1l7c d1l7cc1 C:412-441,443-475,477-508 1st6 d1st6a6 A:621-651,654-672,688-718 1l7c d1l7cc2 C:534-564,566-600,607-631 1l7c d1l7ca2 A:534-564,566-601,607-631 1h6g d1h6gb2 B:534-564,566-601,607-631 1h6g d1h6ga2 A:534-564,566-601,607-631 1dow d1dowa_ A:180-199,200-218,234-261 1rkc d1rkca2 A:153-182,184-219,222-253 1st6 d1st6a2 A:184-219,220-250,671-686 1st6 d1st6a5 A:514-534,534-562,566-602 1st6 d1st6a2 A:184-219,220-250,654-672 1rke d1rkeb_ B:939-972,974-1006,1013-1048 2b0h d2b0ha1 A:1899-1908,1909-1941,1943-1972 1syq d1syqa2 A:153-182,184-219,222-254 1st6 d1st6a7 A:745-775,776-807,809-837 1st6 d1st6a2 A:153-182,184-219,220-250 1st6 d1st6a8 A:943-973,974-1007,1012-1048 1t01 d1t01a2 A:153-182,184-219,220-250 1qkr d1qkrb_ B:943-973,974-1006,1012-1046 1qkr d1qkra_ A:940-973,974-1006,1012-1048 1dow d1dowa_ A:57-83,86-115,117-167 1st6 d1st6a3 A:293-314,314-343,346-397 1syq d1syqa1 A:39-65,67-99,101-152 1st6 d1st6a1 A:48-66,67-99,101-152 1rke d1rkea1 A:39-65,67-99,101-152 1t01 d1t01a1 A:39-65,67-99,101-152 1rkc d1rkca1 A:36-66,67-99,101-151 1st6 d1st6a1 A:39-49,67-99,101-152 1st6 d1st6a8 A:6-33,943-973,974-1007 1st6 d1st6a4 A:254-277,346-397,456-486 337. a.239.1 ChaB-like ChaB-like 3 helices, the first one is shorter than the other two; bundle, capped by a small, C-terminal beta-hairpin 1sg7 d1sg7a1 A:30-37,38-57,64-84 338. a.288.1 UraD-Like UraD-like multihelical; irregular array of long and short helices 2o74 d2o74e1 E:10-23,25-36,40-56 2o73 d2o73e1 E:10-23,25-36,40-56 2o70 d2o70e1 E:10-23,25-36,40-56 2o70 d2o70b1 B:10-23,25-36,40-56 2o74 d2o74b1 B:10-23,25-36,40-56 2o73 d2o73b1 B:10-23,25-36,40-56 2o74 d2o74f1 F:10-23,25-36,40-56 2o73 d2o73f1 F:10-23,25-36,40-56 2o73 d2o73d1 D:10-23,25-36,40-56 2o74 d2o74d1 D:10-23,25-36,40-56 2o70 d2o70a1 A:10-23,25-36,40-56 2o70 d2o70d1 D:10-23,25-36,40-56 2o70 d2o70f1 F:10-23,25-36,40-56 2o73 d2o73a1 A:10-23,25-36,40-56 2o74 d2o74a1 A:10-23,25-36,40-56 2o74 d2o74c1 C:10-23,25-36,40-56 2o73 d2o73c1 C:10-23,25-36,40-56 2o70 d2o70c1 C:10-23,25-36,40-56 2o8i d2o8ia1 A:52-63,93-112,138-163 2q37 d2q37a1 A:47-59,89-108,134-160 340. a.24.22 Nickel-containing superoxide dismutase, NiSOD Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1t6u d1t6uf_ F:33-64,71-92,93-115 1t6i d1t6ic_ C:33-64,71-91,93-116 1t6u d1t6ud_ D:33-64,71-91,93-116 1t6q d1t6qa_ A:33-64,71-91,93-116 1t6q d1t6qc_ C:33-64,71-91,93-116 1t6u d1t6ua_ A:33-64,71-92,93-116 1t6u d1t6uh_ H:33-64,71-92,93-116 1t6u d1t6uk_ K:33-64,71-92,93-116 1t6u d1t6ue_ E:33-64,71-92,93-116 1t6u d1t6ul_ L:33-64,71-92,93-116 1t6u d1t6ui_ I:33-64,71-92,93-116 1t6q d1t6qb_ B:33-64,71-91,93-117 1t6u d1t6ub_ B:33-64,71-91,93-117 1q0k d1q0kd_ D:33-64,71-92,93-117 1t6u d1t6uj_ J:33-64,71-92,93-117 1q0k d1q0ki_ I:33-64,71-92,93-117 1t6i d1t6ia_ A:33-64,71-92,93-117 1q0k d1q0kh_ H:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0gl_ L:33-64,71-92,93-117 1q0k d1q0kb_ B:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0dl_ L:33-64,71-92,93-117 1q0m d1q0ma_ A:33-64,71-92,93-117 1q0m d1q0mc_ C:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0gh_ H:33-64,71-92,93-117 1q0m d1q0me_ E:33-64,71-92,93-117 1t6u d1t6ug_ G:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0dh_ H:33-64,71-92,93-117 1q0m d1q0mb_ B:33-64,71-92,93-117 1t6u d1t6uc_ C:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0gi_ I:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0fl_ L:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0fi_ I:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0gd_ D:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0di_ I:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0dd_ D:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0fb_ B:33-64,71-92,93-117 1q0k d1q0kl_ L:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0gc_ C:33-64,71-92,93-117 1q0k d1q0kc_ C:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0gb_ B:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0dc_ C:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0db_ B:33-64,71-92,93-117 1q0k d1q0kf_ F:33-64,71-92,93-117 1q0m d1q0md_ D:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0fh_ H:33-64,71-92,93-117 1q0k d1q0ka_ A:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0fc_ C:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0gj_ J:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0fj_ J:33-64,71-92,93-117 1q0k d1q0kk_ K:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0ga_ A:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0fd_ D:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0dj_ J:33-64,71-92,93-117 1q0k d1q0kj_ J:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0fk_ K:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0da_ A:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0dk_ K:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0gk_ K:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0fa_ A:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0gf_ F:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0ff_ F:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0df_ F:33-64,71-92,93-117 1q0k d1q0ke_ E:33-64,71-92,93-117 1t6i d1t6ib_ B:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0ge_ E:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0fe_ E:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0de_ E:33-64,71-92,93-117 1q0m d1q0mf_ F:33-64,71-92,93-117 1q0k d1q0kg_ G:33-64,71-92,93-117 1q0g d1q0gg_ G:33-64,71-92,93-117 1q0d d1q0dg_ G:33-64,71-92,93-117 1q0f d1q0fg_ G:33-64,71-92,93-117 341. a.113.1 DNA repair protein MutS, domain III DNA repair protein MutS, domain III multihelical; consists of 2 all-alpha subdomains 1oh8 d1oh8a1 A:374-386,387-398,538-566 1ewr d1ewrb1 B:1345-1367,1375-1387,1498-1514 1w7a d1w7ab1 B:374-385,387-398,538-566 1e3m d1e3mb1 B:374-385,387-398,538-566 1e3m d1e3mb1 B:361-375,400-412,503-539 1w7a d1w7ab1 B:361-375,400-412,503-539 1oh8 d1oh8a1 A:361-375,400-412,503-539 1ewr d1ewra1 A:271-278,281-295,588-606 1fw6 d1fw6b1 B:1271-1278,1281-1295,1588-1606 1nne d1nneb1 B:1271-1278,1281-1295,1588-1606 1ewq d1ewqa1 A:271-278,281-295,588-606 1w7a d1w7ab1 B:290-297,300-314,619-637 1oh5 d1oh5b1 B:361-385,387-398,538-566 1wbd d1wbda1 A:290-297,300-314,619-637 1wbb d1wbba1 A:290-297,300-314,619-637 1ewr d1ewrb1 B:1271-1278,1281-1295,1588-1606 1oh6 d1oh6a1 A:290-297,300-314,619-637 1e3m d1e3ma1 A:290-297,300-314,619-637 1ng9 d1ng9a1 A:290-297,300-314,619-637 1wb9 d1wb9a1 A:290-297,300-314,619-637 1oh8 d1oh8a1 A:290-297,300-314,619-637 1w7a d1w7aa1 A:290-297,300-314,619-637 1oh8 d1oh8a1 A:300-314,334-346,538-566 1oh8 d1oh8b1 B:290-297,300-314,617-637 1oh5 d1oh5b1 B:290-297,300-314,617-637 1oh7 d1oh7b1 B:290-297,300-314,617-637 1oh5 d1oh5b1 B:300-314,334-346,538-566 1ng9 d1ng9b1 B:374-385,387-398,503-566 1wb9 d1wb9a1 A:374-386,387-398,503-566 1oh6 d1oh6b1 B:374-385,387-398,503-566 1w7a d1w7aa1 A:374-386,387-398,503-566 1oh5 d1oh5a1 A:374-386,387-398,503-566 1e3m d1e3ma1 A:374-386,387-398,503-566 1wbb d1wbba1 A:374-386,387-398,503-566 1oh7 d1oh7a1 A:374-386,387-398,503-566 1oh6 d1oh6a1 A:374-386,387-398,503-566 1wbd d1wbda1 A:374-386,387-398,503-566 1ng9 d1ng9a1 A:374-386,387-398,503-566 1oh8 d1oh8a1 A:361-375,400-412,538-566 1w7a d1w7ab1 B:361-375,400-412,538-566 1e3m d1e3mb1 B:361-375,400-412,538-566 1ewr d1ewrb1 B:1345-1367,1375-1387,1513-1541 1ewq d1ewqa1 A:345-367,375-387,513-541 1fw6 d1fw6b1 B:1345-1367,1375-1386,1478-1514 1oh8 d1oh8b1 B:361-385,400-412,503-566 1nne d1nneb1 B:1345-1367,1375-1386,1478-1514 1ewq d1ewqa1 A:345-367,375-387,478-514 1oh8 d1oh8b1 B:361-385,387-398,503-566 1oh7 d1oh7b1 B:361-385,400-411,503-566 1ewq d1ewqb1 B:1345-1367,1375-1386,1478-1514 1nne d1nnea1 A:345-367,375-386,478-541 1oh7 d1oh7b1 B:361-385,387-398,503-566 1ng9 d1ng9b1 B:361-375,400-411,503-566 1oh6 d1oh6b1 B:361-375,400-411,503-566 1fw6 d1fw6a1 A:345-367,375-386,478-541 1oh6 d1oh6a1 A:361-375,400-412,503-566 1e3m d1e3ma1 A:361-375,400-412,503-566 1wbb d1wbba1 A:361-375,400-412,503-566 1wbd d1wbda1 A:361-375,400-412,503-566 1oh7 d1oh7a1 A:361-375,400-412,503-566 1ng9 d1ng9a1 A:361-375,400-411,503-566 1wb9 d1wb9a1 A:361-375,400-412,503-566 1oh5 d1oh5a1 A:361-375,400-412,503-566 1w7a d1w7aa1 A:361-375,400-412,503-566 1oh7 d1oh7b1 B:300-314,334-346,503-566 1oh8 d1oh8b1 B:300-314,334-346,503-566 1oh5 d1oh5b1 B:361-385,400-411,503-539 1oh6 d1oh6b1 B:300-314,334-346,503-566 1w7a d1w7aa1 A:300-314,334-346,503-566 1e3m d1e3ma1 A:300-314,334-346,503-566 1oh5 d1oh5a1 A:300-314,334-346,503-566 1wbb d1wbba1 A:300-314,334-346,503-566 1wbd d1wbda1 A:300-314,334-346,503-566 1ng9 d1ng9a1 A:300-314,334-346,503-566 342. d.165.1 Ribosome inactivating proteins (RIP) Ribosome inactivating proteins (RIP) contains mixed beta-sheet 1dm0 d1dm0l_ L:151-171,171-182,193-203 1hwo d1hwoa_ A:150-167,167-181,187-197 1ggp d1ggpa_ A:146-169,168-182,188-198 2jdl d2jdlb1 B:143-165,164-175,182-192 2ga4 d2ga4a1 A:151-172,171-183,192-202 1r4p d1r4pa_ A:151-172,171-183,192-202 1rl0 d1rl0a_ A:160-182,181-192,199-209 1bry d1bryz_ Z:143-165,164-175,182-192 1lpd d1lpda_ A:160-182,181-192,199-209 1j4g d1j4gc_ C:143-165,164-175,182-192 1lp8 d1lp8a_ A:160-182,181-192,199-209 1lpc d1lpca_ A:160-182,181-192,199-209 1tcs d1tcsa_ A:143-165,164-175,182-192 1mrj d1mrja_ A:143-165,164-175,182-192 1dm0 d1dm0a_ A:151-172,171-183,193-203 1mrk d1mrka_ A:143-165,164-175,182-192 1bry d1bryy_ Y:143-165,164-175,182-192 1aha d1ahaa_ A:143-165,164-175,182-192 1j4g d1j4ga_ A:143-165,164-175,182-192 1j1s d1j1sa_ A:158-180,179-190,197-207 1j4g d1j4gb_ B:143-165,164-175,182-192 1qi7 d1qi7a_ A:159-181,180-191,198-208 1nli d1nlia_ A:143-165,164-175,182-192 1j1q d1j1qa_ A:158-180,179-190,197-207 1f8q d1f8qa_ A:143-165,164-175,182-192 1j1r d1j1ra_ A:158-180,179-190,197-207 1j4g d1j4gd_ D:143-165,164-175,182-192 1rzo d1rzoc_ C:1159-1181,1180-1194,1200-1210 1giu d1giua_ A:143-165,164-175,182-192 1ahb d1ahba_ A:143-165,164-175,182-192 1gis d1gisa_ A:144-166,165-176,183-193 1hwp d1hwpa_ A:150-168,167-181,187-197 1j1m d1j1ma_ A:160-182,181-195,201-211 1mri d1mria_ A:143-165,164-175,182-192 1il3 d1il3a_ A:160-182,181-195,201-211 1mrh d1mrha_ A:143-165,164-175,182-192 1mrg d1mrga_ A:143-165,164-175,182-192 1il5 d1il5b_ B:160-182,181-195,201-211 1il9 d1il9a_ A:160-182,181-195,201-211 1d6a d1d6aa_ A:159-181,180-191,198-208 1d6a d1d6ab_ B:159-181,180-191,198-208 1il4 d1il4a_ A:160-182,181-195,201-211 1rtc d1rtca_ A:160-182,181-195,201-211 1paf d1pafa_ A:159-181,180-191,198-208 1uq5 d1uq5a_ A:160-182,181-195,201-211 1ahc d1ahca_ A:143-165,164-175,182-192 1uq4 d1uq4a_ A:160-182,181-195,201-211 1rzo d1rzoa_ A:1159-1181,1180-1194,1200-1210 1pag d1paga_ A:159-181,180-191,198-208 1qcg d1qcga_ A:159-181,180-191,198-208 2r3d d2r3da1 A:160-182,181-195,201-211 2aai d2aaia_ A:160-182,181-195,201-211 1ifu d1ifua_ A:160-182,181-195,201-211 1pag d1pagb_ B:159-181,180-191,198-208 1qcg d1qcgb_ B:159-181,180-191,198-208 1ifs d1ifsa_ A:160-182,181-195,201-211 2pjo d2pjoa1 A:160-182,181-195,201-211 1qci d1qcia_ A:159-181,180-191,198-208 1obt d1obta_ A:160-182,181-195,201-211 2p8n d2p8na1 A:160-182,181-195,201-211 1mom d1moma_ A:143-165,164-175,182-192 1gik d1gika_ A:158-180,179-190,197-207 1ift d1ifta_ A:160-182,181-195,201-211 1qcj d1qcja_ A:159-181,180-191,198-208 1cf5 d1cf5b_ B:141-163,162-173,180-190 1il5 d1il5a_ A:160-182,181-195,201-211 1qci d1qcib_ B:159-181,180-191,198-208 1br5 d1br5a_ A:160-182,181-195,201-211 1cf5 d1cf5a_ A:141-163,162-173,180-190 1qcj d1qcjb_ B:159-181,180-191,198-208 1obs d1obsa_ A:160-182,181-195,201-211 2r2x d2r2xa1 A:160-182,181-195,201-211 1apa d1apaa_ A:163-185,184-195,202-212 1r4q d1r4qa_ A:151-172,171-185,193-203 2q3n d2q3na1 A:146-168,167-181,187-197 1br6 d1br6a_ A:160-182,181-195,201-211 1paf d1pafb_ B:159-181,180-191,198-208 1hwm d1hwma_ A:149-168,167-181,187-197 1abr d1abra_ A:147-169,168-182,188-198 1r4q d1r4ql_ L:151-172,171-185,193-203 1j1q d1j1qa_ A:179-190,197-207,240-249 2r9k d2r9ka1 A:148-170,169-183,189-199 1oql d1oqla_ A:148-170,169-183,189-199 1apa d1apaa_ A:184-195,202-212,245-254 1qcg d1qcga_ A:180-191,198-208,241-250 1m2t d1m2ta_ A:148-170,169-183,189-199 1gik d1gika_ A:179-190,197-207,240-249 1pum d1puma_ A:148-170,169-183,189-199 1sz6 d1sz6a_ A:148-170,169-183,189-199 1puu d1puua_ A:148-170,169-183,189-199 1qcj d1qcja_ A:180-191,198-208,241-250 1qcj d1qcjb_ B:180-191,198-208,241-250 1hwn d1hwna_ A:150-162,167-181,187-197 1d8v d1d8va_ A:141-163,162-173,180-201 2jdl d2jdla1 A:146-159,164-175,182-192 1qd2 d1qd2a_ A:146-159,164-175,182-192 344. a.24.19 Flagellar export chaperone FliS can form closed, open and helix-swapped bundles ! Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1orj d1orjc_ C:3045-3074,3076-3095,3099-3121 1orj d1orjb_ B:2045-2074,2076-2095,2099-2122 1ory d1orya_ A:1045-1070,1075-1095,1099-1124 1orj d1orjd_ D:4045-4070,4075-4095,4099-4126 1orj d1orja_ A:1045-1070,1075-1095,1099-1127 346. c.143.1 CofD-like CofD-like 3 layers: a/b/a, parallel beta-sheet of 7 strands, order 3214567; topological similarity to the CobT-like fold (scop_cf 52732) 2hzb d2hzbb1 B:53-65,89-103,104-117 2hzb d2hzbc1 C:53-65,89-103,104-117 2hzb d2hzba1 A:53-65,89-103,104-117 2hzb d2hzbd1 D:53-65,89-103,104-117 2hzb d2hzbc1 C:53-65,68-77,104-117 2hzb d2hzbb1 B:53-65,68-77,104-117 2hzb d2hzbd1 D:53-65,68-77,104-117 2hzb d2hzba1 A:53-65,68-77,104-117 347. a.48.1 N-terminal domain of cbl (N-cbl) N-cbl like 4 helices; bundle, left-handed twist; left-handed superhelix 3buo d3buob2 B:52-72,83-103,112-137 3buo d3buod2 D:52-72,83-103,112-137 1fbv d1fbva2 A:52-72,83-103,112-137 3buw d3buwb2 B:52-72,83-103,112-137 3bux d3buxb2 B:52-72,83-103,112-137 3buw d3buwd2 D:52-72,83-103,112-137 3bun d3bunb2 B:52-72,83-103,112-137 3bux d3buxd2 D:52-72,83-103,112-137 2cbl d2cbla2 A:52-72,83-103,112-137 1b47 d1b47c2 C:52-72,83-103,112-137 1b47 d1b47a2 A:52-72,83-103,112-137 3bum d3bumb2 B:52-72,83-103,112-137 1yvh d1yvha2 A:52-72,83-103,112-137 1b47 d1b47b2 B:52-72,83-103,112-137 3buo d3buob2 B:83-103,112-137,145-170 3buo d3buod2 D:83-103,112-137,145-170 3bun d3bunb2 B:83-103,112-137,145-170 3bux d3buxb2 B:83-103,112-137,145-170 3buw d3buwd2 D:83-103,112-137,145-170 1fbv d1fbva2 A:83-103,112-137,145-169 3bum d3bumb2 B:83-103,112-137,145-170 1yvh d1yvha2 A:83-103,112-137,145-170 2cbl d2cbla2 A:83-103,112-137,145-170 3bux d3buxd2 D:83-103,112-137,145-170 3buw d3buwb2 B:83-103,112-137,145-170 1b47 d1b47c2 C:83-103,112-137,145-170 1b47 d1b47b2 B:83-103,112-137,145-170 1b47 d1b47a2 A:83-103,112-137,145-170 348. d.128.1 Glutamine synthetase/guanido kinase Glutamine synthetase/guanido kinase duplication: common core consists of two beta-alpha-beta2-alpha repeats 1r8g d1r8gb_ B:157-166,246-268,327-341 1r8g d1r8ga_ A:157-166,246-268,326-341 1tt4 d1tt4a_ A:157-166,246-268,325-341 1tt4 d1tt4b_ B:157-166,246-268,325-341 2d33 d2d33b1 B:156-164,172-191,343-361 1va6 d1va6b_ B:156-165,170-191,343-361 1v4g d1v4gb_ B:156-164,169-191,343-361 1va6 d1va6a_ A:156-165,168-191,343-361 2gls d2glse2 E:304-314,366-385,435-457 2gls d2glsk2 K:304-314,366-385,435-457 2gls d2glsh2 H:304-314,366-385,435-457 2gls d2glsb2 B:304-314,366-385,435-457 2gls d2glsf2 F:304-314,366-385,435-457 2gls d2glsi2 I:304-314,366-385,435-457 2gls d2glsj2 J:304-314,366-385,435-457 2gls d2glsd2 D:304-314,366-385,435-457 2gls d2glsa2 A:304-314,366-385,435-457 2gls d2glsg2 G:304-314,366-385,435-457 2gls d2glsl2 L:304-314,366-385,435-457 2gls d2glsc2 C:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqg2 G:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqo2 O:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqx2 X:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqk2 K:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqq2 Q:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqh2 H:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqp2 P:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqs2 S:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqt2 T:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqf2 F:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqj2 J:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqn2 N:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqb2 B:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqm2 M:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqi2 I:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqu2 U:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqv2 V:304-314,366-385,435-457 1htq d1htql2 L:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqa2 A:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqw2 W:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqc2 C:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqd2 D:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqr2 R:304-314,366-385,435-457 1htq d1htqe2 E:304-314,366-385,435-457 1hto d1htol2 L:304-314,366-385,435-457 1hto d1htob2 B:304-314,366-385,435-457 1hto d1htox2 X:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52c2 C:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52h2 H:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52k2 K:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52f2 F:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52i2 I:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52l2 L:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52g2 G:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52d2 D:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52b2 B:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52j2 J:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52a2 A:304-314,366-385,435-457 1f52 d1f52e2 E:304-314,366-385,435-457 1hto d1htou2 U:304-314,366-385,435-457 1hto d1htok2 K:304-314,366-385,435-457 1hto d1htoc2 C:304-314,366-385,435-457 1hto d1htos2 S:304-314,366-385,435-457 1hto d1htoh2 H:304-314,366-385,435-457 1hto d1htom2 M:304-314,366-385,435-457 1hto d1htoa2 A:304-314,366-385,435-457 1hto d1htog2 G:304-314,366-385,435-457 1hto d1htoi2 I:304-314,366-385,435-457 1hto d1htoj2 J:304-314,366-385,435-457 1hto d1htoq2 Q:304-314,366-385,435-457 1hto d1htoe2 E:304-314,366-385,435-457 1hto d1htof2 F:304-314,366-385,435-457 1hto d1htot2 T:304-314,366-385,435-457 1hto d1htow2 W:304-314,366-385,435-457 1hto d1htoo2 O:304-314,366-385,435-457 1hto d1htov2 V:304-314,366-385,435-457 1hto d1hton2 N:304-314,366-385,435-457 1hto d1htor2 R:304-314,366-385,435-457 1hto d1htod2 D:304-314,366-385,435-457 1hto d1htop2 P:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1hk2 K:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1hl2 L:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1ha2 A:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1hf2 F:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1hc2 C:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1hb2 B:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1hj2 J:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1hd2 D:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1he2 E:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1hg2 G:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1hh2 H:304-314,366-385,435-457 1f1h d1f1hi2 I:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgsa2 A:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgsc2 C:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgsk2 K:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgsg2 G:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgse2 E:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgsj2 J:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgsb2 B:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgsi2 I:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgsf2 F:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgsd2 D:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgsl2 L:304-314,366-385,435-457 2lgs d2lgsh2 H:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgrb2 B:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgrg2 G:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgre2 E:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgrk2 K:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgra2 A:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgrc2 C:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgrl2 L:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgrj2 J:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgri2 I:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgrh2 H:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgrd2 D:304-314,366-385,435-457 1lgr d1lgrf2 F:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpyi2 I:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpya2 A:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpyf2 F:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpyh2 H:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpyd2 D:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpyb2 B:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpyc2 C:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpyg2 G:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpye2 E:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpyj2 J:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpyk2 K:304-314,366-385,435-457 1fpy d1fpyl2 L:304-314,366-385,435-457 2bvc d2bvca2 A:312-322,375-394,444-467 2bvc d2bvce2 E:312-322,375-394,444-467 2bvc d2bvcc2 C:312-322,375-394,444-467 2bvc d2bvcf2 F:312-322,375-394,444-467 2bvc d2bvcb2 B:312-322,375-394,444-467 2bvc d2bvcd2 D:312-322,375-394,444-467 2bvc d2bvce2 E:107-123,234-257,375-394 1htq d1htqm2 M:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqb2 B:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqk2 K:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqp2 P:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqc2 C:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqt2 T:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqr2 R:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqw2 W:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqu2 U:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqh2 H:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqg2 G:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqi2 I:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqf2 F:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqn2 N:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqv2 V:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqq2 Q:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqd2 D:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqs2 S:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqo2 O:103-119,227-250,366-385 1htq d1htql2 L:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqa2 A:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqx2 X:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqe2 E:103-119,227-250,366-385 1htq d1htqj2 J:103-119,227-250,366-385 2bvc d2bvcc2 C:107-123,234-257,375-394 2bvc d2bvcf2 F:107-123,234-257,375-394 2bvc d2bvcd2 D:107-123,234-257,375-394 1hto d1htol2 L:103-119,227-250,366-385 1hto d1htob2 B:103-119,227-250,366-385 1hto d1htox2 X:103-119,227-250,366-385 1hto d1htok2 K:103-119,227-250,366-385 1hto d1htos2 S:103-119,227-250,366-385 1hto d1htoa2 A:103-119,227-250,366-385 1hto d1htoh2 H:103-119,227-250,366-385 1hto d1htou2 U:103-119,227-250,366-385 1hto d1htoc2 C:103-119,227-250,366-385 1hto d1htog2 G:103-119,227-250,366-385 1hto d1htoe2 E:103-119,227-250,366-385 1hto d1htot2 T:103-119,227-250,366-385 1hto d1htoq2 Q:103-119,227-250,366-385 1hto d1htoi2 I:103-119,227-250,366-385 1hto d1htom2 M:103-119,227-250,366-385 1hto d1htof2 F:103-119,227-250,366-385 1hto d1htor2 R:103-119,227-250,366-385 1hto d1htoo2 O:103-119,227-250,366-385 1hto d1htow2 W:103-119,227-250,366-385 1hto d1htoj2 J:103-119,227-250,366-385 1hto d1hton2 N:103-119,227-250,366-385 1hto d1htov2 V:103-119,227-250,366-385 2bvc d2bvcb2 B:107-123,234-257,375-394 1hto d1htod2 D:103-119,227-250,366-385 1hto d1htop2 P:103-119,227-250,366-385 2bvc d2bvca2 A:107-123,234-257,375-394 1fpy d1fpyb2 B:103-119,227-250,366-385 1fpy d1fpyd2 D:103-119,227-250,366-385 1fpy d1fpyh2 H:103-119,227-250,366-385 1fpy d1fpyi2 I:103-119,227-250,366-385 1fpy d1fpyg2 G:103-119,227-250,366-385 1fpy d1fpya2 A:103-119,227-250,366-385 1fpy d1fpyj2 J:103-119,227-250,366-385 1fpy d1fpye2 E:103-119,227-250,366-385 1fpy d1fpyk2 K:103-119,227-250,366-385 1fpy d1fpyc2 C:103-119,227-250,366-385 1fpy d1fpyl2 L:103-119,227-250,366-385 1fpy d1fpyf2 F:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52g2 G:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52e2 E:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52l2 L:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52c2 C:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52f2 F:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52d2 D:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52k2 K:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52h2 H:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52a2 A:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52i2 I:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52j2 J:103-119,227-250,366-385 1f52 d1f52b2 B:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgsl2 L:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgsc2 C:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgse2 E:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgsh2 H:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgsj2 J:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgsf2 F:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgsk2 K:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgsa2 A:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgsb2 B:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgsi2 I:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgsg2 G:103-119,227-250,366-385 2lgs d2lgsd2 D:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1ha2 A:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1hf2 F:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1hg2 G:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1hh2 H:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1hk2 K:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1hi2 I:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1he2 E:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1hb2 B:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1hd2 D:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1hl2 L:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1hj2 J:103-119,227-250,366-385 1f1h d1f1hc2 C:103-119,227-250,366-385 2gls d2glsl2 L:103-119,227-250,366-385 2gls d2glsh2 H:103-119,227-250,366-385 2gls d2glsb2 B:103-119,227-250,366-385 2gls d2glsc2 C:103-119,227-250,366-385 2gls d2glsf2 F:103-119,227-250,366-385 2gls d2glsi2 I:103-119,227-250,366-385 2gls d2glsk2 K:103-119,227-250,366-385 2gls d2glsa2 A:103-119,227-250,366-385 2gls d2glsg2 G:103-119,227-250,366-385 2gls d2glse2 E:103-119,227-250,366-385 2gls d2glsj2 J:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgrb2 B:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgrk2 K:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgrl2 L:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgrg2 G:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgrc2 C:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgrj2 J:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgre2 E:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgrf2 F:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgri2 I:103-119,227-250,366-385 2gls d2glsd2 D:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgra2 A:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgrh2 H:103-119,227-250,366-385 1lgr d1lgrd2 D:103-119,227-250,366-385 349. a.71.2 Helical domain of Sec23/24 ERP29 C domain-like 5 helices; bundle 2qtv d2qtva1 A:524-544,602-616,617-627 1m2o d1m2oa1 A:524-544,602-616,617-627 1pd1 d1pd1a1 A:647-667,729-743,744-754 1m2o d1m2oc1 C:524-544,602-616,617-627 1pcx d1pcxa1 A:647-667,729-743,744-754 1m2v d1m2va1 A:524-542,602-616,617-627 1pd0 d1pd0a1 A:647-667,729-743,744-754 1m2v d1m2vb1 B:647-667,729-743,744-754 2qtv d2qtva1 A:354-366,524-544,602-616 1m2o d1m2oa1 A:354-366,524-544,602-616 1m2v d1m2va1 A:354-366,524-542,602-616 352. f.44.1 Ammonium transporter Ammonium transporter 11 transmembrane helices; duplication: consist of 2 structural repeats of five helices each plus extra C-terminal helix 3c1g d3c1ga1 A:197-221,224-254,257-276 2nmr d2nmra1 A:197-221,224-254,257-276 2nop d2nopa1 A:197-221,224-254,257-276 2nuu d2nuuc1 C:197-221,224-254,257-276 1xqe d1xqea_ A:197-221,224-254,257-276 2nuu d2nuub1 B:197-221,224-254,257-276 2ns1 d2ns1a1 A:197-221,224-254,257-276 2nuu d2nuue1 E:197-221,224-254,257-276 1xqf d1xqfa_ A:197-221,224-254,257-276 2nuu d2nuua1 A:197-221,224-254,257-276 2nuu d2nuuf1 F:197-221,224-254,257-276 3c1g d3c1ga1 A:96-120,124-139,163-181 2nuu d2nuud1 D:197-221,224-254,257-276 2ns1 d2ns1a1 A:37-63,96-120,124-139 2nmr d2nmra1 A:96-120,124-139,163-181 2nop d2nopa1 A:96-120,124-139,163-181 2nuu d2nuub1 B:37-63,96-120,124-140 2nuu d2nuua1 A:37-63,96-120,124-140 1u77 d1u77a_ A:194-221,224-254,257-276 1xqf d1xqfa_ A:257-276,280-301,311-335 1u7g d1u7ga_ A:194-221,224-254,257-276 1u7c d1u7ca_ A:194-221,224-254,257-276 2nop d2nopa1 A:257-276,280-301,311-335 1xqf d1xqfa_ A:96-120,124-139,163-181 3c1g d3c1ga1 A:257-276,280-301,311-335 2nuu d2nuuc1 C:37-62,96-120,124-139 2nuu d2nuub1 B:96-120,124-140,163-183 2nuu d2nuuf1 F:37-62,96-120,124-139 1xqf d1xqfa_ A:37-63,96-120,124-139 2nuu d2nuue1 E:37-62,96-120,124-139 2ns1 d2ns1a1 A:96-120,124-139,163-183 2nuu d2nuuc1 C:96-120,124-139,163-183 3c1g d3c1ga1 A:37-62,96-120,124-139 2nuu d2nuud1 D:37-62,96-120,124-139 2nop d2nopa1 A:37-62,96-120,124-139 2nuu d2nuuf1 F:96-120,124-139,163-183 2nmr d2nmra1 A:37-62,96-120,124-139 2nuu d2nuud1 D:96-120,124-139,163-183 2nuu d2nuue1 E:96-120,124-139,163-183 2nuu d2nuua1 A:96-120,124-140,163-183 2nuu d2nuub1 B:257-276,280-301,313-334 1xqe d1xqea_ A:37-63,96-120,124-139 1u7g d1u7ga_ A:37-62,96-120,124-139 2ns1 d2ns1a1 A:257-276,280-300,313-334 1u7c d1u7ca_ A:37-62,96-120,124-139 1u77 d1u77a_ A:37-62,96-120,124-139 2nop d2nopa1 A:96-120,138-150,163-181 2nuu d2nuuf1 F:257-276,280-301,313-335 3c1g d3c1ga1 A:96-120,138-150,163-181 2nmr d2nmra1 A:96-120,138-150,163-181 1xqe d1xqea_ A:96-120,124-139,163-183 2nuu d2nuuc1 C:257-276,280-300,313-335 2nuu d2nuud1 D:257-276,280-301,313-335 1xqf d1xqfa_ A:96-120,138-150,163-181 2nuu d2nuue1 E:257-276,280-301,313-335 1xqe d1xqea_ A:257-276,280-301,313-335 1u77 d1u77a_ A:96-120,124-139,163-183 2nuu d2nuua1 A:257-276,280-300,313-335 1u7c d1u7ca_ A:96-120,124-139,163-183 1u7g d1u7ga_ A:96-120,124-139,163-183 1xqe d1xqea_ A:224-254,257-276,280-301 1xqf d1xqfa_ A:224-254,257-276,280-301 2nop d2nopa1 A:224-254,257-276,280-301 3c1g d3c1ga1 A:224-254,257-276,280-301 2nuu d2nuuc1 C:224-254,257-276,280-300 2nmr d2nmra1 A:257-276,280-301,313-335 2nmr d2nmra1 A:224-254,257-276,280-301 2nuu d2nuud1 D:224-254,257-276,280-301 2nuu d2nuuf1 F:224-254,257-276,280-301 2ns1 d2ns1a1 A:224-254,257-276,280-300 2nuu d2nuue1 E:224-254,257-276,280-301 2nuu d2nuub1 B:224-254,257-276,280-301 1u77 d1u77a_ A:257-276,280-307,310-335 1u7g d1u7ga_ A:257-276,280-307,310-335 1u7c d1u7ca_ A:257-276,280-307,310-335 2nuu d2nuua1 A:224-254,257-276,280-300 2ns1 d2ns1a1 A:96-120,138-150,163-183 1xqe d1xqea_ A:96-120,138-150,163-183 2nuu d2nuuf1 F:96-120,138-150,163-183 2nuu d2nuuc1 C:96-120,138-150,163-183 2nuu d2nuud1 D:96-120,138-150,163-183 1u77 d1u77a_ A:96-120,138-150,163-183 1u7c d1u7ca_ A:96-120,138-150,163-183 2nuu d2nuue1 E:96-120,138-150,163-183 1u7g d1u7ga_ A:96-120,138-150,163-183 2nuu d2nuub1 B:96-120,139-150,163-183 2nuu d2nuua1 A:96-120,139-150,163-183 2ns1 d2ns1a1 A:37-63,386-393,393-400 2nuu d2nuua1 A:37-63,386-393,393-400 2nuu d2nuud1 D:37-62,386-393,393-400 2nuu d2nuub1 B:37-63,386-393,393-400 2nuu d2nuue1 E:37-62,386-393,393-400 2nuu d2nuuc1 C:37-62,386-393,393-400 2nuu d2nuuf1 F:37-62,386-393,393-400 2ns1 d2ns1a1 A:6-37,37-63,96-120 2nuu d2nuub1 B:6-37,37-63,96-120 2nuu d2nuua1 A:6-37,37-63,96-120 2nuu d2nuuf1 F:6-37,37-62,96-120 2nop d2nopa1 A:6-37,37-62,96-120 2nuu d2nuuc1 C:6-37,37-62,96-120 2nuu d2nuue1 E:6-37,37-62,96-120 2ns1 d2ns1a1 A:37-63,96-120,138-150 2nuu d2nuud1 D:6-37,37-62,96-120 1u7c d1u7ca_ A:96-120,124-139,347-382 1u7g d1u7ga_ A:96-120,124-139,347-382 1u77 d1u77a_ A:96-120,124-139,347-382 1xqe d1xqea_ A:37-63,96-120,138-150 1u77 d1u77a_ A:37-62,96-120,138-150 1u7c d1u7ca_ A:37-62,96-120,138-150 1xqe d1xqea_ A:96-120,124-139,347-382 1u7g d1u7ga_ A:37-62,96-120,138-150 2nuu d2nuub1 B:96-120,124-140,347-382 3c1g d3c1ga1 A:96-120,124-139,347-382 2ns1 d2ns1a1 A:96-120,124-139,347-382 2nop d2nopa1 A:96-120,124-139,347-382 2nmr d2nmra1 A:96-120,124-139,347-382 2nuu d2nuud1 D:96-120,124-139,347-382 2nuu d2nuua1 A:96-120,124-140,347-382 1xqf d1xqfa_ A:37-63,96-120,138-150 2nuu d2nuuc1 C:96-120,124-139,347-382 2nuu d2nuue1 E:96-120,124-139,347-382 2nmr d2nmra1 A:37-62,96-120,138-150 2nop d2nopa1 A:37-62,96-120,138-150 2nuu d2nuuf1 F:96-120,124-139,347-382 1u77 d1u77a_ A:224-254,257-276,280-307 3c1g d3c1ga1 A:37-62,96-120,138-150 2nuu d2nuuc1 C:37-62,96-120,138-150 2nuu d2nuuf1 F:37-62,96-120,138-150 1xqf d1xqfa_ A:96-120,124-139,347-382 1u7g d1u7ga_ A:224-254,257-276,280-307 1u7c d1u7ca_ A:224-254,257-276,280-307 2nuu d2nuud1 D:37-62,96-120,138-150 2nuu d2nuue1 E:37-62,96-120,138-150 353. a.5.10 FGAM synthase PurL, linker domain RuvA C-terminal domain-like 3 helices; bundle, right-handed twist 1t3t d1t3ta1 A:166-179,183-198,202-214 359. a.29.5 alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, N-terminal domain Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 2pnr d2pnra1 A:41-67,140-174,373-382 1jm6 d1jm6b1 B:1037-1064,1070-1093,1097-1118 2pnr d2pnre1 E:41-67,140-174,373-382 2q8i d2q8ia1 A:41-67,140-173,373-382 1y8n d1y8na1 A:41-67,140-174,373-382 1y8p d1y8pa1 A:41-67,140-174,373-382 1y8o d1y8oa1 A:41-67,140-174,373-382 1jm6 d1jm6a1 A:1037-1063,1070-1093,1097-1118 2q8i d2q8ia1 A:41-67,74-97,101-122 2pnr d2pnrf1 F:41-67,145-174,373-382 2pnr d2pnrb1 B:41-67,145-174,373-382 1y8o d1y8oa1 A:41-67,74-97,101-122 1y8p d1y8pa1 A:41-67,74-97,101-122 1y8n d1y8na1 A:41-67,74-97,101-122 1gkx d1gkxa1 A:54-82,89-110,114-135 1gkz d1gkza1 A:54-82,89-110,114-135 2pnr d2pnrf1 F:41-67,74-95,101-120 1gjv d1gjva1 A:54-82,89-110,114-135 2pnr d2pnrb1 B:41-67,74-95,101-120 2pnr d2pnre1 E:41-67,74-95,101-122 2pnr d2pnra1 A:41-67,74-95,101-122 2pnr d2pnre1 E:13-23,41-67,74-95 2pnr d2pnrb1 B:14-23,41-67,74-95 2pnr d2pnra1 A:13-23,41-67,74-95 2pnr d2pnrf1 F:14-23,41-67,74-95 2q8i d2q8ia1 A:13-23,41-67,74-97 1y8n d1y8na1 A:13-23,41-67,74-97 1y8o d1y8oa1 A:13-23,41-67,74-97 1y8p d1y8pa1 A:12-23,41-67,74-97 1jm6 d1jm6a1 A:1004-1019,1037-1063,1070-1093 1jm6 d1jm6b1 B:1004-1019,1037-1064,1070-1093 363. a.29.6 Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor contains a short alpha-hairpin at the N-terminal extension ! Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 2cj8 d2cj8b1 B:34-64,86-98,99-122 1rj4 d1rj4c_ C:31-61,83-95,96-119 2cj8 d2cj8b1 B:34-64,66-87,99-122 1rj4 d1rj4c_ C:31-61,63-84,96-119 2cj8 d2cj8a1 A:34-64,66-98,99-122 2cj4 d2cj4a1 A:34-64,66-98,99-122 1rj4 d1rj4b_ B:31-61,63-95,96-119 2cj5 d2cj5a1 A:34-64,66-98,99-122 2cj4 d2cj4b1 B:34-64,66-98,99-122 1rj4 d1rj4d_ D:31-61,63-97,96-119 1rj4 d1rj4a_ A:31-61,63-95,96-119 2cj6 d2cj6a1 A:34-64,66-98,99-122 2cj7 d2cj7a1 A:34-64,66-98,99-121 1x8z d1x8zb_ B:29-59,61-92,93-116 1rj1 d1rj1a_ A:31-61,63-95,96-119 1x91 d1x91a_ A:29-59,61-92,93-118 1x8z d1x8zc_ C:29-60,61-92,93-118 1x8z d1x8za_ A:29-59,61-92,93-119 2cj8 d2cj8b1 B:5-14,16-28,34-64 2cj4 d2cj4a1 A:4-15,16-28,34-64 2cj8 d2cj8a1 A:4-15,16-28,34-64 1rj4 d1rj4a_ A:2-12,13-25,31-61 1rj4 d1rj4c_ C:2-12,13-25,31-61 2cj4 d2cj4b1 B:5-15,16-28,34-64 1rj4 d1rj4d_ D:2-12,13-25,31-61 1rj4 d1rj4b_ B:2-12,13-25,31-61 1x90 d1x90b_ B:13-59,61-92,93-118 1x90 d1x90a_ A:13-59,61-92,93-118 366. a.295.1 AGR C 984p-like AGR C 984p-like multihelical, consists of two subdomains; duplication: there are two 5-helical structural repeats, one in each subdomain 2o8s d2o8sa1 A:104-116,147-158,169-194 2o8s d2o8sb1 B:104-116,147-158,169-194 370. a.90.1 Transcription factor STAT-4 N-domain Transcription factor STAT-4 N-domain multihelical; can be divided into two subdomains 1bgf d1bgfa_ A:49-75,76-98,97-119 371. f.20.1 Clc chloride channel Clc chloride channel core: 18 transmembrane helices 1kpl d1kpld_ D:170-191,192-205,404-417 1kpl d1kplb_ B:170-191,192-205,404-417 2exw d2exwa1 A:170-191,192-206,404-417 2ez0 d2ez0a1 A:170-191,192-206,404-417 2ez0 d2ez0b1 B:170-191,192-206,404-417 2fed d2fedb1 B:170-191,192-206,404-417 2fec d2fecb1 B:170-191,192-206,404-417 2fed d2feda1 A:170-191,192-206,404-417 2ht3 d2ht3a1 A:170-191,192-205,404-417 2h2s d2h2sa1 A:170-191,192-206,404-417 2exy d2exya1 A:170-191,192-206,404-417 2h2s d2h2sb1 B:170-191,192-206,404-417 2exw d2exwb1 B:170-191,192-206,404-417 2h2p d2h2pa1 A:170-191,192-206,404-417 2h2p d2h2pb1 B:170-191,192-206,404-417 2ht3 d2ht3b1 B:170-191,192-205,404-417 2ht2 d2ht2a1 A:170-191,192-206,404-417 2htk d2htkb1 B:170-191,192-206,404-417 1otu d1otua_ A:170-191,192-206,404-417 2htl d2htla1 A:170-191,192-206,404-417 2fee d2feeb1 B:170-191,192-205,404-417 2exy d2exyb1 B:170-191,192-206,404-417 2ht4 d2ht4b1 B:170-191,192-205,404-417 2ht4 d2ht4a1 A:170-191,192-205,404-417 2htl d2htlb1 B:170-191,192-206,404-417 1otu d1otub_ B:170-191,192-206,404-417 2htk d2htka1 A:170-191,192-206,404-417 1ott d1otta_ A:170-191,192-206,404-417 1ots d1otsa_ A:170-191,192-206,404-417 2fec d2feca1 A:170-191,192-205,404-417 2fee d2feea1 A:170-191,192-205,404-417 2hlf d2hlfa1 A:170-191,192-206,404-417 1kpl d1kplc_ C:170-191,192-206,404-417 1kpl d1kpla_ A:170-191,192-206,404-417 2hlf d2hlfb1 B:170-191,192-206,404-417 1ott d1ottb_ B:170-191,192-206,404-417 1kpk d1kpka_ A:170-191,192-206,404-417 1kpk d1kpkb_ B:170-191,192-206,404-417 1kpk d1kpke_ E:170-191,192-206,404-417 1kpk d1kpkc_ C:170-191,192-206,404-417 1kpk d1kpkd_ D:170-191,192-206,404-417 1kpk d1kpkf_ F:170-191,192-206,404-417 1ots d1otsb_ B:170-191,192-206,404-417 2ht2 d2ht2b1 B:170-191,192-205,404-417 1ots d1otsb_ B:74-102,287-310,329-351 2htk d2htkb1 B:74-102,287-310,329-351 1ots d1otsa_ A:74-102,287-310,329-351 2h2s d2h2sa1 A:74-102,287-310,329-351 2h2s d2h2sb1 B:74-102,287-310,329-351 2fee d2feea1 A:74-102,287-310,329-351 1kpk d1kpka_ A:74-102,287-310,329-351 1kpk d1kpkf_ F:74-102,287-310,329-351 1kpk d1kpkb_ B:74-102,287-310,329-351 1kpk d1kpke_ E:74-102,287-310,329-351 1kpk d1kpkd_ D:74-102,287-310,329-351 1kpk d1kpkc_ C:74-102,287-310,329-351 2htk d2htka1 A:74-102,287-310,329-351 2htl d2htla1 A:74-102,287-310,329-351 2htl d2htlb1 B:74-102,287-310,329-351 2h2p d2h2pa1 A:74-102,287-310,329-351 2h2p d2h2pb1 B:74-102,287-310,329-351 2fee d2feeb1 B:74-102,287-310,329-351 2hlf d2hlfa1 A:74-102,287-310,329-351 2hlf d2hlfb1 B:74-102,287-310,329-351 2fed d2feda1 A:74-102,287-310,329-351 2fed d2fedb1 B:74-102,287-310,329-351 2ht4 d2ht4b1 B:74-102,287-310,329-351 2ht4 d2ht4a1 A:74-102,287-310,329-351 2fec d2feca1 A:74-102,287-310,329-351 2ht3 d2ht3b1 B:74-102,287-310,329-351 2fec d2fecb1 B:74-102,287-310,329-351 1otu d1otua_ A:74-102,287-310,329-351 2ht2 d2ht2a1 A:74-102,287-310,329-351 2ht3 d2ht3a1 A:74-102,287-310,329-351 1kpl d1kplc_ C:74-102,287-310,329-351 1kpl d1kpla_ A:74-102,287-310,329-351 1otu d1otub_ B:74-102,287-310,329-351 2ht2 d2ht2b1 B:74-102,287-310,329-351 1ott d1otta_ A:74-102,287-310,329-351 2exy d2exya1 A:74-102,287-310,329-351 2exy d2exyb1 B:74-102,287-310,329-351 2exw d2exwa1 A:74-102,287-310,329-351 2ez0 d2ez0a1 A:74-102,287-310,329-351 2exw d2exwb1 B:74-102,287-310,329-351 1ott d1ottb_ B:74-102,287-310,329-351 2ez0 d2ez0b1 B:74-102,287-310,329-351 1kpl d1kplb_ B:74-102,287-310,329-351 1kpl d1kpld_ D:74-102,287-310,329-351 372. a.244.1 EF2947-like EF2947-like 4 helices; "diamond" array; duplication: N-terminal and C-terminal pairs of helices are related by pseudo dyad 2au5 d2au5a1 A:51-74,78-99,102-124 2au5 d2au5a1 A:11-35,51-74,123-132 377. a.280.1 RbcX-like RbcX-like 5 helices per subunit; irregular array of short and long helices; swapping of the C-terminal helices in the dimer 2pej d2pejd1 D:3-35,34-49,52-65 2pek d2peka1 A:3-35,34-49,52-65 2pei d2peii1 I:3-35,34-49,52-65 2pej d2pejf1 F:4-35,34-49,52-65 2pei d2peic1 C:3-35,34-49,52-65 2pen d2pena1 A:3-35,34-49,52-65 2pei d2peia1 A:3-35,34-49,52-65 2pem d2pema1 A:3-35,34-49,52-65 2pei d2peie1 E:3-35,34-49,52-65 2pei d2peif1 F:3-35,34-49,52-65 2pei d2peig1 G:3-35,34-49,52-65 2pej d2peja1 A:3-35,34-49,52-65 2pek d2pekb1 B:3-35,34-49,52-65 2peq d2peqb1 B:3-35,34-49,52-65 2pen d2penf1 F:3-35,34-49,52-65 2z45 d2z45a1 A:3-35,34-49,52-65 2pem d2pemf1 F:3-35,34-49,52-65 2pej d2peje1 E:3-35,34-49,52-65 2pen d2pene1 E:3-35,34-49,52-65 2z45 d2z45b1 B:3-35,34-49,52-65 2pek d2peke1 E:3-35,34-49,52-65 2pen d2pend1 D:3-35,34-49,52-65 2z46 d2z46c1 C:3-35,34-49,52-65 2pen d2penc1 C:3-35,34-49,52-65 2pen d2penb1 B:3-35,34-49,52-65 2pei d2peik1 K:4-35,34-49,52-65 2pek d2pekf1 F:3-35,34-49,52-65 2pei d2peib1 B:2-35,34-49,52-65 2z46 d2z46e1 E:3-35,34-49,52-65 2pei d2peid1 D:3-35,34-49,52-65 2peq d2peqa1 A:2-35,34-49,52-65 2pek d2pekd1 D:2-35,34-49,52-65 2pej d2pejb1 B:3-35,34-49,52-65 2z46 d2z46f1 F:2-35,34-49,52-65 2pei d2peij1 J:3-35,34-49,52-65 2pem d2pemd1 D:2-35,34-49,52-65 2pej d2pejc1 C:2-35,34-49,52-65 2pem d2pemb1 B:2-35,34-49,52-65 2pek d2pekc1 C:2-35,34-49,52-65 2z46 d2z46b1 B:2-35,34-49,52-65 2pei d2peih1 H:2-35,34-49,52-65 2py8 d2py8b1 B:2-35,34-49,52-65 2z44 d2z44a1 A:2-35,34-49,52-65 2z46 d2z46d1 D:1-35,34-49,52-65 2z46 d2z46a1 A:2-35,34-49,52-65 2pei d2peil1 L:3-35,34-49,52-65 2pem d2peme1 E:2-35,34-49,52-65 2py8 d2py8c1 C:2-35,34-49,52-65 2pem d2pemc1 C:2-35,34-49,52-65 2py8 d2py8a1 A:2-35,34-49,52-65 2peo d2peoa1 A:2-35,34-46,51-64 2peo d2peob1 B:2-35,34-46,51-64 379. f.48.1 OmpH-like OmpH-like trimer; one subunit consists of an alpha/beta oligomerization subdomain [3-stranded parallel beta-sheet, order 213], and an antiparallel coiled coil 1u2m d1u2ma_ A:28-41,105-132,151-160 1sg2 d1sg2b_ B:20-33,87-124,144-152 1u2m d1u2mb_ B:28-41,91-132,152-160 1u2m d1u2mc_ C:28-41,77-132,151-160 1sg2 d1sg2a_ A:20-33,69-124,143-152 380. e.72.1 SSO1389-like SSO1389-like 2 domains; d1: [alpha/beta, central parallel beta-sheet of 6 strands, order 321456, Rossmann-like]; d2: [alpha+beta, cluster of helices and a small 4-stranded beta-sheet] 2i71 d2i71a1 A:98-118,235-250,266-283 2i71 d2i71b1 B:98-118,235-250,266-283 381. a.70.2 AF1862-like probable biological unit is a hexamer ATPD N-terminal domain-like core: 5 helices; bundle 2oeb d2oeba1 A:50-62,81-101,125-151 2oeb d2oeba1 A:50-62,116-124,125-151 383. a.24.25 TrmE connector domain Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1xzp d1xzpa1 A:180-211,385-409,411-431 1xzq d1xzqa1 A:180-211,385-409,411-431 1xzq d1xzqa1 A:119-132,134-147,180-211 1xzp d1xzpa1 A:119-132,134-147,180-211 1xzp d1xzpa1 A:134-147,180-211,371-381 1xzq d1xzqa1 A:134-147,180-211,371-381 386. a.8.10 Vng1086c-like homotetramer; comprises two dimers similar to the antidote epsilon subunit dimer ! immunoglobulin/albumin-binding domain-like 3 helices; bundle, closed, left-handed twist; up-and-down; mirror topology to the spectrin-like fold 2gf4 d2gf4a1 A:2-23,31-38,47-73 387. a.29.13 Bacillus cereus metalloprotein-like Duplication: tandem repeat of two domains of this fold with similar sequences; binds a dimetal ion cluster between the repeats Bromodomain-like 4 helices; bundle; minor mirror variant of up-and-down topology 3dby d3dbyr1 R:5-33,36-57,62-90 3d19 d3d19e1 E:18-46,49-74,78-110 3d19 d3d19e2 E:146-174,177-205,210-242 3dby d3dbyi1 I:5-33,36-60,61-90 3dby d3dbyt1 T:5-33,36-60,61-90 3dby d3dbya1 A:5-33,36-60,61-90 3d19 d3d19a2 A:146-174,177-205,210-242 3dby d3dbyl1 L:5-33,36-59,61-90 3d19 d3d19c2 C:146-174,177-205,210-242 3d19 d3d19d2 D:146-174,177-205,210-242 3dby d3dbye1 E:5-33,36-60,61-90 3d19 d3d19b2 B:146-174,177-205,210-242 3dby d3dbyn1 N:5-33,36-59,61-90 3dby d3dbyf1 F:5-32,36-57,61-90 3d19 d3d19f2 F:146-174,177-205,210-242 3dby d3dbyh1 H:5-32,36-57,61-90 3dby d3dbyd1 D:5-32,36-57,61-90 3dby d3dbyp1 P:5-32,36-59,61-90 3dby d3dbyj1 J:5-32,36-59,61-90 3dby d3dbyc1 C:5-32,36-57,61-90 3dby d3dbyb1 B:5-32,36-59,61-90 3dby d3dbyq1 Q:5-32,36-57,61-90 3dby d3dbyg1 G:5-32,36-60,61-90 3dby d3dbys1 S:5-32,36-60,61-90 3dby d3dbyo1 O:5-32,36-60,61-90 3d19 d3d19f1 F:18-45,49-74,78-110 3d19 d3d19a1 A:18-45,49-74,78-110 3dby d3dbym1 M:5-32,36-60,61-90 3dby d3dbyk1 K:5-32,36-60,61-90 3d19 d3d19c1 C:18-45,49-74,78-110 3d19 d3d19d1 D:16-45,49-74,78-110 3dby d3dbya2 A:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbys2 S:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyi2 I:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyl2 L:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyc2 C:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyf2 F:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbye2 E:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyj2 J:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyg2 G:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyb2 B:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyp2 P:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyd2 D:128-151,155-186,190-221 3d19 d3d19b1 B:14-45,49-74,78-110 3dby d3dbyr2 R:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyk2 K:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyh2 H:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyn2 N:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbym2 M:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyq2 Q:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyt2 T:128-151,155-186,190-221 3dby d3dbyo2 O:128-152,155-186,190-221 389. a.54.1 Domain of early E2A DNA-binding protein, ADDBP this domain is the first in the fragment of known structure ! Domain of early E2A DNA-binding protein, ADDBP 4 helices; bundle, partly opened 1adu d1adua1 A:180-196,198-205,211-228 1adu d1adub1 B:180-196,198-205,211-228 1adv d1adva1 A:180-196,198-205,211-228 1adv d1advb1 B:180-196,198-206,211-228 1anv d1anva1 A:179-196,198-205,211-228 390. c.39.1 Nicotinate mononucleotide:5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT) Nicotinate mononucleotide:5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT) 3 layers: a/b/a, parallel beta-sheet of 7 strands, order 3214567 1jhp d1jhpa_ A:144-166,230-239,240-257 1jhy d1jhya_ A:144-166,230-239,240-257 1d0s d1d0sa_ A:144-166,230-239,240-257 1jhu d1jhua_ A:144-166,230-239,240-257 1jho d1jhoa_ A:144-166,230-239,240-257 1l4h d1l4ha_ A:144-166,230-239,240-257 1d0v d1d0va_ A:144-166,230-239,240-257 1jhm d1jhma_ A:144-166,230-239,240-257 1l4n d1l4na_ A:144-166,230-239,240-257 1l5f d1l5fa_ A:144-166,230-239,240-257 1l4m d1l4ma_ A:144-166,230-239,240-257 1jhv d1jhva_ A:144-166,230-239,240-257 1l5n d1l5na_ A:144-166,230-239,240-257 1l4f d1l4fa_ A:144-166,230-239,240-257 1l4k d1l4ka_ A:144-166,230-239,240-257 1l5o d1l5oa_ A:144-166,230-239,240-257 1jhx d1jhxa_ A:144-166,230-239,240-257 1jhq d1jhqa_ A:144-166,230-239,240-257 1jh8 d1jh8a_ A:144-166,230-239,240-257 1jhr d1jhra_ A:144-166,230-239,240-257 1j33 d1j33a_ A:132-154,217-226,227-244 1l4l d1l4la_ A:144-166,230-239,240-257 1l4b d1l4ba_ A:144-166,230-239,240-257 1l4g d1l4ga_ A:144-166,230-239,240-257 1l5k d1l5ka_ A:144-166,230-239,240-257 1jha d1jhaa_ A:144-166,230-239,240-257 1l4e d1l4ea_ A:144-166,230-239,240-257 1l5m d1l5ma_ A:144-166,230-239,240-257 1l5l d1l5la_ A:144-166,230-239,240-257 391. a.5.3 CRAL/TRIO N-terminal domain RuvA C-terminal domain-like 3 helices; bundle, right-handed twist 1o6u d1o6ua1 A:9-24,34-46,48-67 1o6u d1o6uc1 C:9-24,34-46,48-67 1o6u d1o6ue1 E:9-24,34-46,48-67 1olm d1olme1 E:9-24,34-46,48-67 1olm d1olmc1 C:9-24,34-46,48-67 1olm d1olma1 A:9-24,34-46,48-67 1r5l d1r5la1 A:27-39,48-60,62-81 1oip d1oipa1 A:27-39,48-60,62-81 1aua d1auaa1 A:31-48,54-66,68-87 1oiz d1oizb1 B:21-39,48-60,62-81 1oiz d1oiza1 A:21-39,48-60,62-81 1oiz d1oiza1 A:9-18,48-60,62-81 396. a.63.1 Apolipophorin-III Apolipophorin-III 5 helices; bundle, closed, left-handed twist 1ls4 d1ls4a_ A:39-69,74-95,96-126 1aep d1aepa_ A:33-67,68-88,93-123 1eq1 d1eq1a_ A:36-68,70-94,103-129 1eq1 d1eq1a_ A:8-33,103-129,134-165 1eq1 d1eq1a_ A:8-33,36-68,134-165 400. a.286.1 Sama2622-like Sama2622-like core: 6 helices; bundle; one central helix is surrounded by 5 others 2pv4 d2pv4a1 A:50-59,68-88,102-132 2pv4 d2pv4a1 A:0-25,30-47,68-88 2pv4 d2pv4a1 A:50-59,60-68,102-132 2pv4 d2pv4a1 A:30-47,68-88,102-132 2pv4 d2pv4a1 A:60-68,102-132,131-143 2pv4 d2pv4a1 A:68-88,102-132,131-143 402. e.47.1 39 kda initiator binding protein, IBP39, C-terminal domains 39 kda initiator binding protein, IBP39, C-terminal domains 2 closely associated domains: (1) all-alpha, EF-hand like; (2) alpha+beta, Frataxin-like 1q87 d1q87b_ B:181-194,199-212,220-232 1q87 d1q87a_ A:181-194,199-212,220-232 1q88 d1q88b_ B:181-194,199-212,220-232 1q88 d1q88a_ A:181-194,199-212,220-232 1q89 d1q89a_ A:181-194,199-212,220-232 406. a.99.1 Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain multihelical; consists of two all-alpha subdomains 1iqr d1iqra1 A:292-306,309-325,369-379 1iqu d1iqua1 A:292-306,309-325,369-379 2j07 d2j07a1 A:292-306,309-325,369-379 2j09 d2j09a1 A:292-306,309-325,369-379 2j08 d2j08a1 A:292-306,309-325,369-379 1u3c d1u3ca1 A:341-355,358-374,418-428 1u3d d1u3da1 A:341-355,358-374,418-428 1np7 d1np7a1 A:337-351,354-370,413-423 1np7 d1np7b1 B:337-351,354-370,413-423 1tez d1teza1 A:331-345,348-364,407-417 1tez d1tezd1 D:331-345,348-364,407-417 1tez d1tezc1 C:331-345,348-364,407-417 1tez d1tezb1 B:331-345,348-364,407-417 409. a.267.1 Topoisomerase V catalytic domain-like Topoisomerase V catalytic domain-like multihelical; irregular array; contains small amount of beta-structure and a 3-helical bundle with a variant homeofomain-like fold and HTH motif (scop_cf 46688) 2csb d2csba5 A:12-44,49-70,239-269 411. e.64.1 FlhC-like FlhC-like 3 domains; d1 & d2 are similar three-helical bundles, with d1 containing an HTH motif; d3: zinc finger of a rubredoxin-like fold 2avu d2avuf1 F:25-34,90-107,116-130 2avu d2avue1 E:25-33,90-107,116-130 2avu d2avuf1 F:5-23,25-34,90-107 2avu d2avue1 E:5-23,25-33,90-107 412. c.1.25 Monomethylamine methyltransferase MtmB TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1tv4 d1tv4a_ A:342-360,397-416,437-455 1tv3 d1tv3a_ A:342-360,397-416,437-455 1nth d1ntha_ A:342-360,397-416,437-455 1tv2 d1tv2a_ A:342-360,397-416,437-455 1l2q d1l2qa_ A:342-360,397-416,437-455 1tv4 d1tv4a_ A:379-394,397-416,437-455 1tv3 d1tv3a_ A:379-394,397-416,437-455 1tv2 d1tv2a_ A:379-394,397-416,437-455 1nth d1ntha_ A:379-394,397-416,437-455 1l2q d1l2qa_ A:379-394,397-416,437-455 413. d.34.1 DNA-binding domain of Mlu1-box binding protein MBP1 has some topological similarity to the "winged helix" DNA-binding domain, to B1 and B5 domains of PheRS-beta (1PYS CH B) and to methyl-CpG-binding domain ! DNA-binding domain of Mlu1-box binding protein MBP1 beta(4)-alpha(2)-beta(2)-alpha; antiparallel sheet: order 123465 1bm8 d1bm8a_ A:36-44,46-59,79-91 1mb1 d1mb1a_ A:36-44,46-58,79-91 414. a.24.8 Proteasome activator Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1yau d1yaur1 R:56-63,143-161,176-216 1ya7 d1ya7q1 Q:56-63,143-161,176-216 1yar d1yarr1 R:56-63,143-161,176-216 1yar d1yarq1 Q:56-63,143-161,176-216 1yar d1yarp1 P:56-63,143-161,176-216 1yau d1yaup1 P:56-63,143-161,176-216 1yar d1yaro1 O:56-63,143-161,176-216 1yar d1yars1 S:56-63,143-161,176-216 1yar d1yaru1 U:56-63,143-161,176-216 1ya7 d1ya7s1 S:56-63,143-161,176-216 1yau d1yaus1 S:56-63,143-161,176-216 1ya7 d1ya7o1 O:56-63,143-161,176-216 1ya7 d1ya7p1 P:56-63,143-173,176-216 1ya7 d1ya7t1 T:56-63,143-161,176-216 1yar d1yart1 T:56-63,143-161,176-216 1yau d1yauu1 U:56-63,143-173,176-216 1yau d1yaut1 T:56-63,143-161,176-216 1yau d1yauq1 Q:56-63,143-172,176-216 1ya7 d1ya7r1 R:56-63,143-172,176-216 1ya7 d1ya7u1 U:56-63,143-172,176-216 1yau d1yauo1 O:56-63,143-172,176-216 1yar d1yaru1 U:64-96,103-126,176-216 1yar d1yaro1 O:64-96,143-161,176-216 1yar d1yaru1 U:64-96,143-161,176-216 1yar d1yart1 T:64-96,103-126,176-216 1yar d1yarr1 R:64-96,143-161,176-216 1ya7 d1ya7s1 S:64-96,143-161,176-216 1yau d1yaur1 R:64-96,143-161,176-216 1yar d1yarq1 Q:64-96,143-161,176-216 1ya7 d1ya7o1 O:64-96,143-161,176-216 1ya7 d1ya7u1 U:64-96,103-126,176-216 1yau d1yauu1 U:64-96,103-126,176-216 1yar d1yaro1 O:64-96,103-126,176-216 1yar d1yarr1 R:64-96,103-126,176-216 1yar d1yarp1 P:64-96,143-161,176-216 1yar d1yars1 S:64-96,143-161,176-216 1yar d1yarp1 P:64-96,103-126,176-216 1yar d1yarq1 Q:64-96,103-126,176-216 1yau d1yauo1 O:64-96,103-126,176-216 1yau d1yaut1 T:64-96,103-126,176-216 1ya7 d1ya7q1 Q:64-96,103-126,176-216 1ya7 d1ya7r1 R:64-96,103-126,176-216 1yar d1yars1 S:64-96,103-126,176-216 1yau d1yaus1 S:64-96,143-161,176-216 1ya7 d1ya7q1 Q:64-96,143-161,176-216 1ya7 d1ya7p1 P:64-96,103-126,176-216 1ya7 d1ya7s1 S:64-96,103-126,176-216 1yau d1yaus1 S:64-96,103-126,176-216 1ya7 d1ya7t1 T:64-96,103-126,176-216 1yau d1yaup1 P:64-96,143-161,176-216 1yau d1yauq1 Q:64-96,103-126,176-216 1ya7 d1ya7o1 O:64-96,103-126,176-216 1yau d1yaup1 P:64-96,103-126,176-216 1yau d1yaut1 T:64-96,143-161,176-216 1yau d1yaur1 R:64-96,103-126,176-216 1ya7 d1ya7t1 T:64-96,143-161,176-216 1yar d1yart1 T:64-96,143-161,176-216 1avo d1avo.2 D:107-139,146-173,194-234 1avo d1avo.7 N:107-139,146-173,194-234 1avo d1avo.5 J:107-139,146-173,194-234 1avo d1avo.1 B:107-139,146-173,194-234 1avo d1avo.3 F:107-139,146-173,194-234 1avo d1avo.4 H:107-139,146-173,194-234 1avo d1avo.6 L:107-139,146-173,194-234 1ya7 d1ya7p1 P:64-96,143-173,176-216 1yau d1yauu1 U:64-96,143-173,176-216 1avo d1avo.7 N:107-139,172-192,194-234 1ya7 d1ya7r1 R:64-96,143-172,176-216 1avo d1avo.3 F:107-139,172-192,194-234 1yau d1yauq1 Q:64-96,143-172,176-216 1yau d1yauo1 O:64-96,143-172,176-216 1ya7 d1ya7u1 U:64-96,143-172,176-216 1avo d1avo.4 H:107-139,172-192,194-234 1avo d1avo.1 B:107-139,172-192,194-234 1avo d1avo.5 J:107-139,172-192,194-234 1avo d1avo.6 L:107-139,172-192,194-234 1avo d1avo.2 D:107-139,172-192,194-234 417. a.60.6 DNA polymerase beta, N-terminal domain-like contains one classic and one pseudo HhH motifs ! SAM domain-like 4-5 helices; bundle of two orthogonally packed alpha-hairpins; involved in the interactions with DNA and proteins 1zqq d1zqqa1 A:9-31,32-49,55-63 1mq2 d1mq2a1 A:10-31,32-50,55-63 1bpd d1bpda1 A:10-31,32-50,55-63 1mq3 d1mq3a1 A:12-31,32-50,55-63 2bpg d2bpga1 A:10-31,32-50,55-63 1kdh d1kdha1 A:165-183,218-232,234-244 3c2m d3c2ma1 A:12-31,32-50,55-63 1tva d1tvaa1 A:12-31,32-50,55-63 1zjn d1zjna1 A:12-31,32-50,55-63 2bpf d2bpfa1 A:10-31,32-50,55-63 9icb d9icba1 A:12-31,32-50,55-63 8icl d8icla1 A:12-31,32-50,55-63 1bpx d1bpxa1 A:12-31,32-50,55-63 1tv9 d1tv9a1 A:12-31,32-50,55-63 9icg d9icga1 A:12-31,32-50,55-63 2isp d2ispa1 A:12-31,32-50,55-63 1huz d1huzb1 B:12-31,32-50,55-63 2pxi d2pxia1 A:12-31,32-50,55-63 1zjm d1zjma1 A:12-31,32-50,55-63 1bpy d1bpya1 A:12-31,32-50,55-63 1zqt d1zqta1 A:12-31,32-50,55-63 8icj d8icja1 A:12-31,32-50,55-63 2p66 d2p66a1 A:12-31,32-50,55-63 1zqc d1zqca1 A:12-31,32-50,55-63 3c2k d3c2ka1 A:12-31,32-50,55-63 8icz d8icza1 A:12-31,32-50,55-63 1huz d1huza1 A:12-31,32-50,55-63 7ics d7icsa1 A:12-31,32-50,55-63 1zqf d1zqfa1 A:12-31,32-50,55-63 1zqa d1zqaa1 A:12-31,32-50,55-63 1zql d1zqla1 A:12-31,32-50,55-63 1zqp d1zqpa1 A:12-31,32-50,55-63 1zqd d1zqda1 A:12-31,32-50,55-63 8icq d8icqa1 A:12-31,32-50,55-63 1zqs d1zqsa1 A:12-31,32-50,55-63 9ich d9icha1 A:12-31,32-50,55-63 1zqk d1zqka1 A:12-31,32-50,55-63 8ice d8icea1 A:12-31,32-49,55-63 9ica d9icaa1 A:12-31,32-49,55-63 1zqr d1zqra1 A:12-31,32-50,55-63 3c2l d3c2la1 A:12-31,32-49,55-63 7icl d7icla1 A:12-31,32-49,55-63 1bpz d1bpza1 A:12-31,32-49,55-63 8icf d8icfa1 A:12-31,32-49,55-63 9ici d9icia1 A:12-31,32-49,55-63 8icm d8icma1 A:12-31,32-49,55-63 8icw d8icwa1 A:12-31,32-49,55-63 9icj d9icja1 A:12-31,32-49,55-63 9ics d9icsa1 A:12-31,32-49,55-63 7ico d7icoa1 A:12-31,32-49,55-63 9icy d9icya1 A:12-31,32-49,55-63 9icx d9icxa1 A:12-31,32-49,55-63 9ice d9icea1 A:12-31,32-49,55-63 2iso d2isoa1 A:12-31,32-49,55-63 8icr d8icra1 A:12-31,32-49,55-63 1zqn d1zqna1 A:12-31,32-49,55-63 8icu d8icua1 A:12-31,32-49,55-63 8ick d8icka1 A:12-31,32-49,55-63 8ica d8icaa1 A:12-31,32-49,55-63 1zqm d1zqma1 A:12-31,32-49,55-63 8ich d8icha1 A:12-31,32-49,55-63 9icl d9icla1 A:12-31,32-49,55-63 8ics d8icsa1 A:12-31,32-49,55-63 8icp d8icpa1 A:12-31,32-49,55-63 1zqb d1zqba1 A:12-31,32-49,55-63 8icn d8icna1 A:12-31,32-49,55-63 9icv d9icva1 A:12-31,32-49,55-63 8icg d8icga1 A:12-31,32-49,55-63 8icv d8icva1 A:12-31,32-49,55-63 8ict d8icta1 A:12-31,32-49,55-63 9icu d9icua1 A:12-31,32-49,55-63 2fmp d2fmpa1 A:12-31,32-49,55-63 2fms d2fmsa1 A:12-31,32-49,55-63 1zqe d1zqea1 A:12-31,32-49,55-63 7icu d7icua1 A:12-31,32-49,55-63 2fmq d2fmqa1 A:12-31,32-49,55-63 9icp d9icpa1 A:12-31,32-49,55-63 1zqg d1zqga1 A:12-31,32-49,55-63 2i9g d2i9ga1 A:12-31,32-49,55-63 1zqo d1zqoa1 A:12-31,32-49,55-63 8icc d8icca1 A:12-31,32-49,55-63 7icf d7icfa1 A:12-31,32-49,55-63 7ice d7icea1 A:12-31,32-49,55-63 8ici d8icia1 A:12-31,32-49,55-63 7ict d7icta1 A:12-31,32-49,55-63 1zqi d1zqia1 A:12-31,32-49,55-63 7icn d7icna1 A:12-31,32-49,55-63 9icf d9icfa1 A:12-31,32-49,55-63 8icy d8icya1 A:12-31,32-49,55-63 7icv d7icva1 A:12-31,32-49,55-63 7icj d7icja1 A:12-31,32-49,55-63 9ick d9icka1 A:12-31,32-49,55-63 9icc d9icca1 A:12-31,32-49,55-63 8ico d8icoa1 A:12-31,32-49,55-63 7icq d7icqa1 A:12-31,32-49,55-63 9icw d9icwa1 A:12-31,32-49,55-63 8icb d8icba1 A:12-31,32-49,55-63 8icx d8icxa1 A:12-31,32-49,55-63 9ict d9icta1 A:12-31,32-49,55-63 1huo d1huob1 B:12-31,32-49,55-63 7icp d7icpa1 A:12-31,32-49,55-63 7ick d7icka1 A:12-31,32-49,55-63 7ici d7icia1 A:12-31,32-49,55-63 7ich d7icha1 A:12-31,32-49,55-63 9icr d9icra1 A:12-31,32-49,55-63 7icr d7icra1 A:12-31,32-49,55-63 7icg d7icga1 A:12-31,32-49,55-63 9icm d9icma1 A:12-31,32-49,55-63 9ico d9icoa1 A:12-31,32-49,55-63 7icm d7icma1 A:12-31,32-49,55-63 9icn d9icna1 A:12-31,32-49,55-63 1huo d1huoa1 A:12-31,32-49,55-63 1zqj d1zqja1 A:12-31,32-49,55-63 9icq d9icqa1 A:12-31,32-49,55-63 418. c.1.3 Thiamin phosphate synthase TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1xi3 d1xi3b_ B:19-31,181-188,190-207 1xi3 d1xi3a_ A:19-31,181-188,190-207 2tps d2tpsb_ B:40-52,207-214,216-234 1g4t d1g4tb_ B:1040-1052,1207-1214,1216-1235 1g67 d1g67b_ B:1040-1052,1207-1214,1216-1235 1g6c d1g6cb_ B:1040-1052,1207-1214,1216-1234 1g4s d1g4sb_ B:1040-1052,1207-1214,1216-1235 1g4e d1g4eb_ B:1040-1052,1207-1214,1216-1234 1g4t d1g4ta_ A:40-52,207-214,216-235 1g4s d1g4sa_ A:40-52,207-214,216-235 1g67 d1g67a_ A:40-52,207-214,216-235 1g4p d1g4pa_ A:40-52,207-214,216-234 1g4p d1g4pb_ B:1040-1052,1207-1214,1216-1234 1g6c d1g6ca_ A:40-52,207-214,216-235 1g69 d1g69a_ A:40-52,207-214,216-235 2tps d2tpsa_ A:40-52,207-214,216-235 1g69 d1g69b_ B:1040-1052,1207-1214,1216-1235 1g4e d1g4ea_ A:40-52,207-214,216-235 419. a.172.1 Helical scaffold and wing domains of SecA Helical scaffold and wing domains of SecA multihelical; consists of 2 all-alpha subdomains 1nl3 d1nl3a2 A:645-665,761-793,802-833 1nkt d1nktb2 B:645-665,761-793,802-833 1m74 d1m74a2 A:600-620,704-738,747-778 1nl3 d1nl3b2 B:645-665,761-793,802-833 1m6n d1m6na2 A:600-620,704-738,747-778 1tf5 d1tf5a2 A:600-620,704-738,747-778 1tf2 d1tf2a2 A:622-644,680-704,704-738 1tf5 d1tf5a2 A:622-644,680-705,704-738 1nkt d1nktb2 B:667-689,735-759,761-793 1nkt d1nkta2 A:667-689,735-759,761-793 1nl3 d1nl3b2 B:667-689,733-758,761-793 1nkt d1nkta2 A:616-665,761-793,802-833 1tf2 d1tf2a2 A:571-621,704-738,747-778 420. f.38.1 MFS general substrate transporter MFS general substrate transporter 12 transmembrane helices; duplication: the N- and C-terminal halves are structurally similar 1pv7 d1pv7a_ A:6-39,41-60,86-102 1pv7 d1pv7b_ B:6-39,41-60,86-102 1pv6 d1pv6b_ B:6-39,41-60,86-102 1pv6 d1pv6a_ A:6-39,41-60,86-102 2cfq d2cfqa1 A:6-39,41-60,86-102 2cfp d2cfpa1 A:6-39,41-60,86-102 1pv7 d1pv7b_ B:41-60,86-102,103-137 1pv7 d1pv7a_ A:41-60,86-102,103-137 1pv6 d1pv6b_ B:41-60,86-102,103-137 2cfp d2cfpa1 A:41-60,86-102,103-137 1pv6 d1pv6a_ A:41-60,86-102,103-137 2cfq d2cfqa1 A:41-60,86-102,103-137 1pw4 d1pw4a_ A:347-377,377-402,412-451 421. a.166.1 RuBisCo LSMT C-terminal, substrate-binding domain RuBisCo LSMT C-terminal, substrate-binding domain multihelical; irregular array of long and short helices 1p0y d1p0yb1 B:324-336,352-364,365-374 1ozv d1ozvb1 B:324-336,352-364,365-374 2h23 d2h23a1 A:324-336,352-364,365-373 1p0y d1p0yc1 C:365-373,376-387,463-470 2h21 d2h21a1 A:324-336,352-364,365-373 1mlv d1mlvc1 C:365-373,376-387,463-470 2h21 d2h21c1 C:365-373,376-387,463-470 2h21 d2h21b1 B:324-336,352-364,365-373 2h2j d2h2jc1 C:365-373,376-387,463-470 1mlv d1mlva1 A:324-336,352-364,365-373 2h23 d2h23b1 B:324-336,352-364,365-373 2h2e d2h2ec1 C:365-373,379-387,463-470 2h2j d2h2ja1 A:324-336,352-364,365-373 2h23 d2h23c1 C:365-373,376-387,463-470 1mlv d1mlvb1 B:324-336,352-364,365-373 1ozv d1ozva1 A:324-336,352-364,365-373 2h23 d2h23c1 C:324-336,352-364,365-373 1ozv d1ozvc1 C:365-373,379-387,463-470 1mlv d1mlvc1 C:324-336,352-364,365-373 2h21 d2h21c1 C:324-336,352-364,365-373 2h2e d2h2ea1 A:324-336,352-364,365-373 1p0y d1p0yc1 C:324-336,352-364,365-373 2h2j d2h2jb1 B:324-336,352-364,365-373 2h2j d2h2jc1 C:324-336,352-364,365-373 1ozv d1ozvc1 C:324-336,352-364,365-373 2h2e d2h2ec1 C:324-336,352-364,365-373 2h2e d2h2eb1 B:324-336,352-364,365-373 1ozv d1ozvb1 B:365-374,379-387,463-472 2h21 d2h21a1 A:161-169,292-301,427-458 422. a.227.1 ERO1-like similar active site architecture to ERO1-like multihelical; consists of 2 four-helical bundles 1rq1 d1rq1a_ A:192-208,215-242,352-379 1rp4 d1rp4a_ A:192-207,215-242,352-379 1rq1 d1rq1a_ A:215-242,352-379,392-424 1rp4 d1rp4a_ A:215-242,352-379,392-427 423. a.196.1 Invasion protein A (SipA) , C-terminal actin binding domain Invasion protein A (SipA) , C-terminal actin binding domain 6 helices: orthogonal array 1q5z d1q5za_ A:540-554,560-576,595-612 1q5z d1q5za_ A:540-554,560-576,639-651 424. c.1.28 Radical SAM enzymes common Fe-S cluster and SAM binding sites are embedded into complete or incomplete beta/alpha-barrel ! TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 2fb3 d2fb3a1 A:51-66,287-295,297-312 1tv7 d1tv7a_ A:51-66,287-295,297-312 2fb3 d2fb3b1 B:51-66,287-295,297-312 1tv8 d1tv8a_ A:51-66,287-295,297-312 1tv8 d1tv8b_ B:51-66,287-295,297-312 1tv7 d1tv7b_ B:51-66,287-295,297-312 428. d.81.3 FwdE-like contains extra N-terminal and C-terminal structures ! FwdE/GAPDH domain-like core: alpha-beta-alpha-beta(3); mixed sheet: 2134, strand 2 is parallel to strand 1 2gvi d2gvia1 A:20-38,104-116,132-147 2glz d2glza1 A:19-37,99-111,115-133 2glz d2glzb1 B:19-37,99-111,115-133 429. e.58.1 Viral ssDNA binding protein Viral ssDNA binding protein 2 domains; d1: [large alpha+beta domain subdivided into the 'head', 'neck' and 'shoulders' regions; in the 'neck', there is an OB-fold interrupted by large insertions]; d2: [all-alpha, 6 helices; orthogonal array] 1urj d1urja_ A:609-637,813-823,887-905 1urj d1urjb_ B:609-637,813-823,887-905 1urj d1urjb_ B:309-334,666-694,702-719 1urj d1urja_ A:308-334,666-694,702-719 1urj d1urjb_ B:447-456,458-472,666-694 1urj d1urja_ A:447-456,458-472,666-694 431. f.21.1 Transmembrane di-heme cytochromes Three of the four heme-ligands are conserved between the two families; both heme groups bind similarly but not identically ! Heme-binding four-helical bundle core: four transmembrane helices, up-and-down bundle, binds one or two heme groups in between the helices 1be3 d1be3c3 C:9-21,28-55,184-204 2fyu d2fyuc2 C:8-21,28-55,184-204 1ntk d1ntkc2 C:8-21,28-55,184-204 1l0l d1l0lc2 C:8-21,28-55,184-204 1sqb d1sqbc2 C:8-21,28-55,184-204 3cxh d3cxhc2 C:7-20,27-54,185-205 1l0n d1l0nc2 C:8-21,28-55,184-204 3bcc d3bccc3 C:9-22,29-56,185-205 1ppj d1ppjc2 C:28-55,75-105,220-247 3cxh d3cxhn2 N:7-20,27-54,185-205 1be3 d1be3c3 C:28-55,75-105,220-247 1bgy d1bgyc3 C:28-55,75-105,220-247 1bgy d1bgyo3 O:28-55,75-105,220-247 1l0l d1l0lc2 C:28-55,75-105,220-247 1p84 d1p84c2 C:27-54,74-104,221-248 1kyo d1kyon3 N:27-54,74-104,221-248 3cxh d3cxhc2 C:27-54,74-104,221-248 3bcc d3bccc3 C:29-56,76-106,221-248 1ppj d1ppjp2 P:28-55,75-105,219-247 1pp9 d1pp9c2 C:28-55,75-105,219-247 1pp9 d1pp9p2 P:28-55,75-105,219-247 1sqp d1sqpc2 C:28-55,75-105,219-247 1ezv d1ezvc3 C:27-54,74-104,220-248 1sqv d1sqvc2 C:28-55,75-105,219-247 3cwb d3cwbp2 P:29-56,76-106,220-248 3cwb d3cwbc2 C:29-56,76-106,220-248 2ibz d2ibzc2 C:27-54,74-104,220-248 1kb9 d1kb9c2 C:27-54,74-104,220-248 3cx5 d3cx5c2 C:27-54,74-104,220-248 1ntk d1ntkc2 C:28-55,75-105,219-247 3cxh d3cxhn2 N:27-54,74-104,220-248 1sqq d1sqqc2 C:28-55,75-105,219-247 1sqx d1sqxc2 C:28-55,75-105,219-247 3cx5 d3cx5n2 N:27-54,74-104,220-248 1sqb d1sqbc2 C:28-55,75-105,219-247 1l0n d1l0nc2 C:28-55,75-105,219-247 1ntm d1ntmc2 C:28-55,75-105,219-247 1ntz d1ntzc2 C:28-55,75-105,219-247 1nu1 d1nu1c2 C:28-55,75-105,219-247 2fyu d2fyuc2 C:28-55,75-105,219-247 1bcc d1bccc3 C:29-56,76-106,220-248 1kyo d1kyoc3 C:27-54,74-104,220-248 2bcc d2bccc3 C:29-56,76-106,220-248 1qcr d1qcrc3 C:28-55,73-105,219-247 2d2c d2d2ca1 A:141-158,158-171,176-207 1kqg d1kqgc_ C:49-76,110-135,144-177 1kqf d1kqfc_ C:49-76,110-135,144-177 1kyo d1kyon3 N:137-155,157-167,172-205 434. a.232.1 RNA-binding protein She2p RNA-binding protein She2p 5 helices; bundle, closed, left-handed twist; topological similarity to the middle domain of the L-aspartase-like fold (scop_cf 48556) 1xly d1xlyb_ B:13-46,48-73,92-130 1xly d1xlya_ A:10-46,48-72,91-130 1xly d1xlya_ A:10-46,137-163,204-237 1xly d1xlya_ A:91-130,137-163,204-237 1xly d1xlyb_ B:13-46,137-163,204-237 438. d.96.2 ApbE-like duplication: contains two differently decorated beta(2)-alpha(2)-beta(2) subdomains, similar to other T-fold domains; probably does not form the tunnel-shaped oligomers ! T-fold beta(2)-alpha(2)-beta(2); 2 layers: alpha/beta; antiparallel sheet 1234 ! tunnel-shaped: its known members form wide oligomeric barrels different sizes 1vrm d1vrma1 A:109-127,188-210,298-313 2o34 d2o34a1 A:83-97,99-117,191-207 439. c.142.1 Nqo1 FMN-binding domain-like Nqo1 FMN-binding domain-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 4 strands, order 3214 2fug d2fuga2 A:49-61,220-234,234-242 2fug d2fugs2 S:49-61,220-234,234-242 2fug d2fugj2 J:49-61,220-234,234-242 2fug d2fug12 1:49-61,220-234,234-242 440. f.54.1 SNF-like SNF-like 12 transmembrane helices; duplication: consists of two structurally similar halves 2qb4 d2qb4a1 A:76-86,87-125,408-428 2q6h d2q6ha1 A:274-307,307-318,320-335 2a65 d2a65a1 A:274-307,307-318,318-335 2qju d2qjua1 A:274-307,307-319,318-335 2qju d2qjua1 A:76-86,87-125,398-428 2a65 d2a65a1 A:76-86,87-125,398-428 2qb4 d2qb4a1 A:274-307,307-319,318-335 2q72 d2q72a1 A:274-307,307-319,318-335 2qju d2qjua1 A:222-232,274-307,307-319 2q6h d2q6ha1 A:222-232,274-307,307-318 2a65 d2a65a1 A:222-232,274-307,307-318 2qb4 d2qb4a1 A:222-232,274-307,307-319 2q72 d2q72a1 A:76-86,87-125,396-428 2q6h d2q6ha1 A:76-86,87-125,396-428 2q72 d2q72a1 A:222-232,274-307,307-319 2qju d2qjua1 A:186-217,222-232,274-307 2a65 d2a65a1 A:186-216,222-232,274-307 2q6h d2q6ha1 A:186-216,222-232,274-307 2qb4 d2qb4a1 A:186-216,222-232,274-307 2q72 d2q72a1 A:186-216,222-232,274-307 2qju d2qjua1 A:76-86,87-125,259-270 2a65 d2a65a1 A:76-86,87-125,259-270 2q72 d2q72a1 A:76-86,87-125,259-270 2q6h d2q6ha1 A:76-86,87-125,259-270 2qb4 d2qb4a1 A:76-86,87-125,259-270 2a65 d2a65a1 A:336-372,374-396,480-515 2qju d2qjua1 A:336-372,374-396,480-515 2q72 d2q72a1 A:336-372,374-396,480-516 441. a.8.8 Avirulence protein AvrPto immunoglobulin/albumin-binding domain-like 3 helices; bundle, closed, left-handed twist; up-and-down; mirror topology to the spectrin-like fold 2qkw d2qkwa1 A:32-49,63-92,101-129 1r5e d1r5ea_ A:50-61,62-88,101-128 2qkw d2qkwa1 A:50-61,63-92,101-129 444. a.144.2 Ribosomal protein L20 PABP domain-like 4 helices; an orthogonal array 2gyc d2gyco1 O:73-86,91-98,101-116 1xbp d1xbpo1 O:75-87,91-99,102-118 2gya d2gyao1 O:73-86,91-98,101-116 3df2 d3df2q1 Q:74-86,91-102,101-117 3df4 d3df4q1 Q:74-86,91-102,101-117 2v47 d2v47u1 U:75-87,92-103,102-118 2v49 d2v49u1 U:75-87,92-103,102-118 3d5d d3d5du1 U:75-87,92-103,102-118 3d5b d3d5bu1 U:75-87,92-103,102-118 2qov d2qovq1 Q:74-86,91-102,101-117 2qox d2qoxq1 Q:74-86,91-102,101-117 2qp1 d2qp1q1 Q:74-86,91-102,101-117 2qoz d2qozq1 Q:74-86,91-102,101-117 2gyc d2gyco1 O:49-72,73-86,91-98 2i2v d2i2vq1 Q:74-86,91-102,101-117 2i2t d2i2tq1 Q:74-86,91-102,101-117 2j03 d2j03u1 U:75-87,92-103,102-118 2j01 d2j01u1 U:75-87,92-103,102-118 2z4l d2z4lq1 Q:74-86,91-102,101-117 2qbc d2qbcq1 Q:74-86,91-102,101-117 2qba d2qbaq1 Q:74-86,91-102,101-117 2z4n d2z4nq1 Q:74-86,91-102,101-117 2qbe d2qbeq1 Q:74-86,91-102,101-117 2qbg d2qbgq1 Q:74-86,91-102,101-117 1xbp d1xbpo1 O:52-73,75-87,91-99 2v47 d2v47u1 U:49-73,75-87,92-103 2v49 d2v49u1 U:49-73,75-87,92-103 2gya d2gyao1 O:49-72,73-86,91-98 2qao d2qaoq1 Q:74-86,91-102,101-117 2qam d2qamq1 Q:74-86,91-102,101-117 2qbi d2qbiq1 Q:74-86,91-102,101-117 2qbk d2qbkq1 Q:74-86,91-102,101-117 2vhn d2vhnq1 Q:74-86,91-102,101-115 3dll d3dlln1 N:52-73,75-87,94-103 445. c.1.24 Pyridoxine 5'-phosphate synthase TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1ixo d1ixod_ D:26-38,214-226,226-243 1m5w d1m5we_ E:26-38,214-226,226-243 1ho4 d1ho4b_ B:26-38,214-226,226-243 1ixn d1ixnd_ D:26-38,214-226,226-243 1ixp d1ixpc_ C:26-38,214-226,226-243 1ho4 d1ho4d_ D:26-38,214-226,226-243 1ixn d1ixnb_ B:26-38,214-226,226-243 1ixo d1ixob_ B:26-38,214-226,226-243 1m5w d1m5wb_ B:26-38,214-226,226-243 1m5w d1m5wc_ C:26-38,214-226,226-243 1ixp d1ixpb_ B:26-38,214-226,226-243 1ixo d1ixoa_ A:26-38,214-226,226-243 1ixn d1ixnc_ C:26-38,214-226,226-243 1m5w d1m5wd_ D:26-38,214-226,226-243 1m5w d1m5wg_ G:26-38,214-226,226-243 1m5w d1m5wh_ H:26-38,214-226,226-243 1ho1 d1ho1b_ B:26-38,214-226,226-243 1ho4 d1ho4c_ C:26-38,214-226,226-243 1ixo d1ixoc_ C:26-38,214-226,226-243 1m5w d1m5wf_ F:26-38,214-226,226-243 1ixq d1ixqd_ D:26-38,214-226,226-243 1ixp d1ixpa_ A:26-38,214-226,226-243 1ho4 d1ho4a_ A:26-38,214-226,226-243 1ixn d1ixna_ A:26-38,214-226,226-243 1m5w d1m5wa_ A:26-38,214-226,226-243 1ixp d1ixpd_ D:26-38,215-223,226-243 1ixq d1ixqc_ C:26-38,215-226,226-243 1ixq d1ixqa_ A:26-38,215-226,226-243 1ixq d1ixqb_ B:26-38,215-226,226-243 1ho1 d1ho1c_ C:26-38,215-226,226-243 1ho1 d1ho1d_ D:26-38,215-226,226-243 1ho1 d1ho1a_ A:26-38,215-226,226-243 1ixq d1ixqb_ B:10-21,26-38,215-226 1ixq d1ixqc_ C:10-21,26-38,215-226 1m5w d1m5wg_ G:10-21,26-38,214-226 1ixp d1ixpd_ D:10-21,26-38,215-223 1ixq d1ixqd_ D:10-21,26-38,214-226 1ixn d1ixnb_ B:10-21,26-38,214-226 1ho1 d1ho1a_ A:10-21,26-38,215-226 1m5w d1m5wd_ D:10-21,26-38,214-226 1ixp d1ixpa_ A:10-21,26-38,214-226 1ixq d1ixqa_ A:10-21,26-38,215-226 1ho1 d1ho1c_ C:10-21,26-38,215-226 1ixo d1ixob_ B:10-21,26-38,214-226 1ho1 d1ho1d_ D:10-21,26-38,215-226 1ixn d1ixnd_ D:10-21,26-38,214-226 1ixn d1ixnc_ C:10-21,26-38,214-226 1ixp d1ixpc_ C:10-21,26-38,214-226 1ixo d1ixoc_ C:10-21,26-38,214-226 1ixp d1ixpb_ B:10-21,26-38,214-226 1ho1 d1ho1b_ B:10-21,26-38,214-226 1ixo d1ixod_ D:10-21,26-38,214-226 1m5w d1m5wb_ B:10-21,26-38,214-226 1ixn d1ixna_ A:10-21,26-38,214-226 1m5w d1m5wa_ A:10-21,26-38,214-226 1ixo d1ixoa_ A:10-21,26-38,214-226 1m5w d1m5we_ E:10-21,26-38,214-226 1m5w d1m5wh_ H:10-21,26-38,214-226 1m5w d1m5wf_ F:10-21,26-38,214-226 1m5w d1m5wc_ C:10-21,26-38,214-226 1ho4 d1ho4b_ B:10-21,26-38,214-226 1ho4 d1ho4d_ D:10-21,26-38,214-226 1ho4 d1ho4c_ C:10-21,26-38,214-226 1ho4 d1ho4a_ A:10-21,26-38,214-226 447. c.154.1 CdCA1 repeat-like CdCA1 repeat-like contains two parallel beta-strands of four strands each; the sheets contact each other with edges at a right angle 3bob d3boba1 A:281-291,294-309,396-404 3boe d3boea1 A:281-291,294-309,396-404 3boh d3boha1 A:71-81,84-99,186-194 3boh d3bohb1 B:71-81,84-99,186-194 3boc d3boca1 A:281-291,294-309,396-404 3boj d3boja1 A:71-81,84-99,186-194 448. c.127.1 F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase (MTD) the sheet topology is similar to those of the Periplasmic binding protein-like I domains ! F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase (MTD) 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 213456 1u6j d1u6jj1 J:133-152,196-225,226-259 1u6j d1u6jd1 D:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6ij1 J:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6id1 D:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6ie1 E:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6ik1 K:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6ib1 B:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6ih1 H:133-152,196-225,226-259 1u6j d1u6jk1 K:133-152,196-225,226-259 1u6j d1u6ji1 I:133-152,196-225,226-259 1u6j d1u6je1 E:133-152,196-225,226-259 1u6j d1u6jc1 C:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6if1 F:133-152,196-225,226-259 1u6j d1u6jg1 G:133-152,196-225,226-259 1u6j d1u6ja1 A:133-152,196-225,226-259 1u6k d1u6kc1 C:133-152,196-225,226-259 1qv9 d1qv9c_ C:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6ii1 I:133-152,196-225,226-259 1qv9 d1qv9b_ B:133-152,196-225,226-259 1u6k d1u6kb1 B:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6ic1 C:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6il1 L:133-152,196-225,226-259 1qv9 d1qv9a_ A:133-152,196-225,226-259 1u6k d1u6ka1 A:133-152,196-225,226-259 1u6j d1u6jh1 H:133-152,196-225,226-259 1u6j d1u6jb1 B:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6ig1 G:133-152,196-225,226-259 1u6i d1u6ia1 A:133-152,196-225,226-259 1u6j d1u6jf1 F:133-152,196-225,226-259 1u6j d1u6jl1 L:133-152,196-225,226-259 449. a.27.1 Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases core: 4 helices; bundle; one loop crosses over one side of the bundle 1f7v d1f7va1 A:115-131,507-514,574-600 1f7u d1f7ua1 A:115-131,507-514,574-600 1bs2 d1bs2a1 A:115-131,504-514,574-600 1li5 d1li5a1 A:285-297,351-374,373-392 1li7 d1li7a1 A:285-297,351-374,373-392 1li7 d1li7b1 B:285-297,351-374,373-392 1u0b d1u0bb1 B:285-297,351-374,373-392 1li5 d1li5b1 B:285-297,351-374,373-392 1iq0 d1iq0a1 A:429-450,524-545,559-585 1f7v d1f7va1 A:445-466,546-569,574-600 1f7u d1f7ua1 A:445-466,546-569,574-600 1bs2 d1bs2a1 A:445-466,485-501,574-600 1iq0 d1iq0a1 A:429-450,469-488,559-585 1bs2 d1bs2a1 A:159-180,533-545,546-569 1li7 d1li7a1 A:37-58,335-349,351-374 1li7 d1li7b1 B:37-58,335-349,351-374 1li5 d1li5a1 A:37-58,335-349,351-374 1u0b d1u0bb1 B:37-58,335-349,351-374 1li5 d1li5b1 B:37-58,335-349,351-374 1ivs d1ivsa2 A:50-71,604-628,629-649 1gax d1gaxa5 A:50-71,604-628,629-649 1gax d1gaxb5 B:50-71,604-628,629-649 1iyw d1iywa2 A:50-71,604-628,629-649 1iyw d1iywb2 B:50-71,604-628,629-649 1gax d1gaxb5 B:50-71,661-684,683-696 1iq0 d1iq0a1 A:119-140,499-523,524-545 1rqg d1rqga1 A:18-40,426-450,451-474 1ile d1ilea1 A:54-75,674-698,699-719 1f7v d1f7va1 A:159-180,521-545,546-569 1f7u d1f7ua1 A:159-180,521-545,546-569 1jzq d1jzqa1 A:54-75,674-698,699-718 2d5b d2d5ba1 A:19-40,378-398,399-422 1a8h d1a8ha1 A:19-40,378-398,399-422 2d54 d2d54a1 A:19-40,378-398,399-422 1woy d1woya1 A:19-40,378-398,399-422 1ivs d1ivsb2 B:50-71,604-628,629-654 1jzs d1jzsa1 A:54-75,674-698,699-718 1obh d1obha1 A:49-70,715-739,740-763 1p7p d1p7pa1 A:21-42,414-435,436-459 1pg0 d1pg0a1 A:21-42,414-435,436-459 1pfv d1pfva1 A:21-42,414-435,436-459 1pfy d1pfya1 A:21-42,414-435,436-459 1pfw d1pfwa1 A:21-42,414-435,436-459 1pg2 d1pg2a1 A:21-42,414-435,436-459 1pfu d1pfua1 A:21-42,414-435,436-459 1f4l d1f4la1 A:21-42,414-435,436-459 1qqt d1qqta1 A:21-42,414-435,436-459 450. a.224.1 Glycolipid transfer protein, GLTP Glycolipid transfer protein, GLTP multihelical; 2 layers or orthogonally packed helices 2evs d2evsa1 A:19-38,39-64,88-114 1swx d1swxa_ A:19-38,42-64,88-114 2eum d2euma1 A:19-38,39-64,88-114 1sx6 d1sx6a_ A:19-38,39-64,88-114 2evd d2evda1 A:19-38,39-64,88-114 2evl d2evla1 A:19-38,39-64,88-114 2euk d2euka1 A:19-38,39-64,88-114 2evs d2evsa1 A:39-64,88-114,123-137 454. d.329.1 PF0523-like PF0523-like beta-alpha-beta-alpha(3)-beta-alpha-beta-alpha; 3 layers, a/b/a; antiparallel beta-sheet, order 4132; some similarity to the PurM C-terminal domain-like fold (scop_cf 56041) 1zd0 d1zd0a1 A:48-66,72-83,132-144 455. f.21.2 Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits two distinct families: in one family the common fold is contained in a single-chain subunit, in the other it is formed by two chains ! Heme-binding four-helical bundle core: four transmembrane helices, up-and-down bundle, binds one or two heme groups in between the helices 1kf6 d1kf6d_ D:8-28,60-90,95-117 1l0v d1l0vd_ D:8-28,60-90,95-117 1kfy d1kfyd_ D:8-28,60-90,95-117 2b76 d2b76d1 D:8-28,60-90,95-118 1kfy d1kfyp_ P:8-28,60-90,95-118 2b76 d2b76p1 P:8-28,60-90,95-118 1kf6 d1kf6p_ P:8-28,60-90,95-118 3cir d3cird1 D:8-28,60-90,95-118 3cir d3cirp1 P:8-28,60-90,95-118 1l0v d1l0vp_ P:8-28,60-90,95-118 2bs4 d2bs4c1 C:120-137,167-195,201-239 2bs4 d2bs4f1 F:120-137,167-195,201-239 2bs2 d2bs2f1 F:120-137,167-195,201-239 2bs2 d2bs2c1 C:120-137,167-195,201-239 1e7p d1e7pl_ L:120-137,167-195,201-239 1e7p d1e7pf_ F:120-137,167-195,201-239 1e7p d1e7pi_ I:120-137,167-195,201-239 1e7p d1e7pc_ C:120-137,167-195,201-239 2bs3 d2bs3f1 F:120-137,167-195,201-239 2bs3 d2bs3c1 C:120-137,167-195,201-239 1qlb d1qlbc_ C:120-137,167-195,201-239 1qlb d1qlbf_ F:120-137,167-195,201-239 1nek d1nekc_ C:21-54,67-97,102-129 1nen d1nenc_ C:21-54,67-97,102-129 2acz d2aczc1 C:21-54,67-97,102-129 2bs4 d2bs4c1 C:75-101,120-137,167-195 2bs4 d2bs4f1 F:75-101,120-137,167-195 457. a.24.14 FAT domain of focal adhesion kinase Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1ow6 d1ow6a_ A:946-972,976-1008,1010-1047 1k04 d1k04a_ A:946-972,976-1008,1010-1047 1k05 d1k05a_ A:946-975,976-1008,1010-1047 1k40 d1k40a_ A:946-976,976-1008,1009-1046 1ow7 d1ow7c_ C:946-975,976-1008,1010-1047 1ow8 d1ow8a_ A:946-976,976-1008,1010-1047 3b71 d3b71c1 C:946-976,976-1008,1010-1047 1qvx d1qvxa_ A:947-973,978-1009,1010-1051 1pv3 d1pv3a_ A:950-977,977-1009,1011-1050 3b71 d3b71a1 A:946-976,976-1008,1010-1047 1ow7 d1ow7b_ B:946-976,976-1008,1010-1047 1ow7 d1ow7a_ A:946-976,976-1008,1010-1047 1ow8 d1ow8b_ B:946-976,976-1008,1010-1047 1k05 d1k05c_ C:946-976,976-1008,1010-1047 3b71 d3b71b1 B:946-976,976-1008,1010-1047 1ow8 d1ow8c_ C:946-976,976-1008,1010-1047 1ow6 d1ow6b_ B:946-976,976-1008,1010-1047 1k05 d1k05b_ B:946-976,976-1008,1010-1047 1ow6 d1ow6c_ C:946-976,976-1008,1010-1047 1ktm d1ktma_ A:947-973,977-1012,1013-1051 460. a.215.1 A middle domain of Talin 1 A middle domain of Talin 1 5 helices; bundle, closed, left-handed twist; helices 2-5 adopt the Four-helical up-and-down bundle fold (scop_cf 47161) 1sj8 d1sj8a1 A:569-603,604-627,633-656 1sj7 d1sj7a1 A:569-602,604-627,633-654 1sj7 d1sj7c1 C:569-602,604-627,633-654 1sj7 d1sj7b1 B:566-602,604-627,633-654 461. a.5.9 HBS1-like domain possibly related to UBA-like domains ! RuvA C-terminal domain-like 3 helices; bundle, right-handed twist 1ufz d1ufza_ A:27-46,50-62,64-81 464. a.216.1 I/LWEQ domain I/LWEQ domain 5 helices; bundle, closed, left-handed twist 1r0d d1r0dh_ H:813-854,865-897,899-925 1r0d d1r0de_ E:813-854,865-897,899-925 1r0d d1r0db_ B:813-854,865-897,899-925 1r0d d1r0df_ F:813-854,865-897,899-925 1r0d d1r0da_ A:813-854,865-897,899-925 1r0d d1r0dd_ D:813-854,865-897,899-925 1r0d d1r0di_ I:813-854,865-897,899-925 1r0d d1r0dg_ G:813-854,865-897,899-925 1sj8 d1sj8a2 A:661-693,696-727,729-758 1r0d d1r0db_ B:775-813,813-854,865-897 1r0d d1r0dh_ H:775-813,813-854,865-897 1r0d d1r0di_ I:775-813,813-854,865-897 1r0d d1r0de_ E:775-813,813-854,865-897 1r0d d1r0df_ F:775-813,813-854,865-897 1r0d d1r0da_ A:775-813,813-854,865-897 1r0d d1r0dg_ G:775-813,813-854,865-897 1r0d d1r0dd_ D:775-813,813-854,865-897 1sj8 d1sj8a2 A:633-656,661-693,696-727 465. f.25.1 Cytochrome c oxidase subunit III-like Cytochrome c oxidase subunit III-like core: 7 transmembrane helices organized into two bundles, one formed by the first two helices and the other by the rest 1occ d1occp_ P:155-184,190-225,232-261 1occ d1occc_ C:155-184,190-225,232-261 2occ d2occp_ P:155-184,190-225,232-261 1ocz d1oczp_ P:155-184,190-225,232-261 1ocz d1oczc_ C:155-184,190-225,232-261 2occ d2occc_ C:155-184,190-225,232-261 2ein d2einc1 C:155-184,190-225,232-261 1oco d1ocop_ P:155-184,190-225,232-261 1oco d1ococ_ C:155-184,190-225,232-261 1ocr d1ocrp_ P:155-184,190-225,232-261 1ocr d1ocrc_ C:155-184,190-225,232-261 2eik d2eikc1 C:155-184,190-225,232-261 2ein d2einp1 P:155-184,190-225,232-261 2dyr d2dyrc1 C:155-184,190-225,232-261 2eij d2eijc1 C:155-184,190-225,232-261 2eim d2eimc1 C:155-184,190-225,232-261 2dys d2dysp1 P:155-184,190-225,232-261 1v55 d1v55c_ C:155-184,191-225,232-261 1v54 d1v54c_ C:155-184,191-225,232-261 2eil d2eilc1 C:155-184,191-225,232-261 1v55 d1v55p_ P:155-184,191-225,232-261 2eil d2eilp1 P:155-184,191-225,232-261 1v54 d1v54p_ P:155-184,191-225,232-261 2dyr d2dyrp1 P:155-184,191-225,232-261 2eik d2eikp1 P:155-184,191-225,232-261 2dys d2dysc1 C:155-184,191-225,232-261 2eim d2eimp1 P:155-184,191-225,232-261 2eij d2eijp1 P:155-184,191-225,232-261 1m57 d1m57c_ C:160-189,196-230,237-266 1m57 d1m57i_ I:160-189,196-230,237-266 1qle d1qlec_ C:167-196,203-237,244-273 1m56 d1m56c_ C:160-189,196-230,237-266 1m56 d1m56i_ I:160-189,196-230,237-266 1fft d1fftc_ C:94-128,133-168,174-203 1fft d1ffth_ H:94-128,133-168,174-203 467. e.2.1 Replication terminator protein (Tus) Replication terminator protein (Tus) contains a cluster of helices and a beta-sandwich 2i06 d2i06a1 A:5-32,62-77,151-158 1ecr d1ecra_ A:5-32,62-77,151-158 2i05 d2i05a1 A:5-32,62-77,151-158 468. a.124.1 Phospholipase C/P1 nuclease duplication: all chain but the N-terminal helix forms two structural repeats ! Phospholipase C/P1 nuclease multihelical 1ak0 d1ak0a_ A:85-99,200-222,233-264 1olp d1olpa1 A:9-26,31-45,213-245 1olp d1olpa1 A:9-26,113-134,213-245 1olp d1olpd1 D:9-26,31-45,213-245 1qmd d1qmdb1 B:8-26,31-45,213-246 1olp d1olpd1 D:9-26,113-134,213-245 1qmd d1qmda1 A:9-26,31-45,213-246 1qmd d1qmda1 A:9-26,113-134,213-246 1qm6 d1qm6b1 B:9-26,31-45,213-246 1qm6 d1qm6b1 B:9-26,113-134,213-246 1qm6 d1qm6a1 A:9-26,113-134,213-246 1qm6 d1qm6a1 A:9-26,31-45,213-246 1gyg d1gyga1 A:9-26,113-134,213-246 1qmd d1qmdb1 B:8-26,113-134,213-246 1gyg d1gygb1 B:8-26,31-45,213-246 1gyg d1gygb1 B:8-26,113-134,213-246 1gyg d1gyga1 A:9-26,31-45,213-246 1kho d1khoa1 A:9-26,113-134,213-246 1ca1 d1ca1a1 A:9-26,31-45,213-246 1olp d1olpb1 B:9-26,31-45,213-246 1kho d1khob1 B:9-26,113-134,213-246 1ca1 d1ca1a1 A:9-26,113-134,213-246 1kho d1khob1 B:9-26,31-45,213-246 1olp d1olpb1 B:9-26,113-134,213-246 1kho d1khoa1 A:9-26,31-45,213-246 1olp d1olpc1 C:8-26,31-45,213-246 1qmd d1qmda1 A:93-112,184-209,213-246 1gyg d1gyga1 A:93-112,184-209,213-246 1gyg d1gygb1 B:93-112,184-209,213-246 1olp d1olpc1 C:8-26,113-134,213-246 1qmd d1qmdb1 B:93-112,184-209,213-246 1qm6 d1qm6b1 B:93-112,184-209,213-246 1qm6 d1qm6a1 A:93-112,184-209,213-246 1ca1 d1ca1a1 A:93-112,184-209,213-246 1kho d1khoa1 A:93-112,184-209,213-246 1kho d1khob1 B:93-112,184-209,213-246 1olp d1olpd1 D:93-112,184-209,213-245 1olp d1olpa1 A:93-112,184-209,213-245 1olp d1olpb1 B:93-112,184-209,213-246 1olp d1olpc1 C:93-112,184-209,213-246 1qmd d1qmda1 A:9-26,44-58,213-246 1qm6 d1qm6b1 B:9-26,44-58,213-246 1gyg d1gyga1 A:9-26,44-58,213-246 1qm6 d1qm6a1 A:9-26,44-58,213-246 1ca1 d1ca1a1 A:145-159,184-209,213-246 1olp d1olpa1 A:145-159,184-209,213-245 1kho d1khoa1 A:145-159,184-209,213-246 1kho d1khob1 B:9-26,44-58,213-246 1ca1 d1ca1a1 A:9-26,44-58,213-246 1kho d1khoa1 A:9-26,44-58,213-246 1qmd d1qmda1 A:31-45,93-112,113-134 1kho d1khob1 B:145-159,184-209,213-246 1qmd d1qmdb1 B:31-45,93-112,113-134 1olp d1olpd1 D:145-159,184-209,213-245 1qm6 d1qm6b1 B:31-45,93-112,113-134 1qm6 d1qm6a1 A:31-45,93-112,113-134 1gyg d1gygb1 B:31-45,93-112,113-134 1gyg d1gyga1 A:31-45,93-112,113-134 1qmd d1qmdb1 B:8-26,44-58,213-246 1ca1 d1ca1a1 A:31-45,93-112,113-134 1olp d1olpb1 B:145-159,184-209,213-246 1gyg d1gygb1 B:8-26,44-58,213-246 1olp d1olpc1 C:145-159,184-209,213-246 1p6d d1p6da_ A:85-104,171-192,205-244 1ah7 d1ah7a_ A:85-104,171-192,205-244 1p5x d1p5xa_ A:85-104,171-192,205-244 1p6e d1p6ea_ A:85-104,171-192,205-244 476. a.198.1 YcfC-like YcfC-like multihelical; contains two buried central helices 1sdi d1sdia_ A:32-46,102-123,127-142 1qz4 d1qz4a_ A:32-45,102-123,127-143 1qz4 d1qz4a_ A:4-29,32-45,58-76 1qz4 d1qz4a_ A:32-45,102-123,160-185 1sdi d1sdia_ A:32-46,102-123,160-185 1sdi d1sdia_ A:4-29,32-46,58-76 478. a.154.1 Variable surface antigen VlsE Variable surface antigen VlsE multihelical; consists of two all-alpha subdomains; contains a 4-helical bundle with left-handed twist and up-and-down topology 1l8w d1l8wc_ C:66-90,113-141,160-179 1l8w d1l8wd_ D:66-90,113-141,160-179 1l8w d1l8wa_ A:66-92,113-141,160-179 1l8w d1l8wb_ B:66-92,113-141,160-179 1l8w d1l8wb_ B:66-92,113-141,298-344 1l8w d1l8wa_ A:66-92,113-141,298-342 1l8w d1l8wc_ C:66-90,113-141,301-347 1l8w d1l8wb_ B:160-179,179-188,298-344 1l8w d1l8wd_ D:66-90,113-141,298-349 1l8w d1l8wc_ C:160-179,179-188,301-347 1l8w d1l8wd_ D:160-179,179-187,298-349 481. e.27.1 Upper collar protein gp10 (connector protein) Upper collar protein gp10 (connector protein) 2 domains: (1) alpha-helical bundle; (2) beta-barrel (n=5, S=8) 1h5w d1h5wb_ B:17-39,129-158,205-226 1jnb d1jnbb_ B:12-39,129-158,206-226 1jnb d1jnbg_ G:12-39,129-158,206-226 1h5w d1h5wa_ A:17-39,129-158,205-226 1jnb d1jnbj_ J:12-39,129-158,206-226 1jnb d1jnbd_ D:12-39,129-158,206-226 1fou d1foub_ B:12-39,129-158,205-226 1jnb d1jnbk_ K:12-39,129-158,206-226 1jnb d1jnba_ A:12-39,129-158,206-226 1jnb d1jnbh_ H:12-39,129-158,206-226 1jnb d1jnbl_ L:12-39,129-158,206-226 1jnb d1jnbe_ E:12-39,129-158,206-226 1jnb d1jnbi_ I:12-39,129-158,206-226 1fou d1foua_ A:12-39,129-158,205-226 1fou d1fouj_ J:12-39,129-158,205-226 1fou d1fouh_ H:12-39,129-158,205-226 1fou d1fouf_ F:12-39,129-158,205-226 1jnb d1jnbf_ F:12-39,129-158,206-226 1fou d1foud_ D:12-39,129-158,205-226 1h5w d1h5wc_ C:18-39,129-158,205-226 1jnb d1jnbc_ C:12-39,129-158,206-226 1fou d1fouc_ C:12-39,129-158,205-226 1fou d1foul_ L:12-39,129-158,206-226 1ijg d1ijgb_ B:11-39,129-158,205-226 1ijg d1ijgg_ G:11-39,129-158,205-226 1ijg d1ijgd_ D:11-39,129-158,205-226 1ijg d1ijgi_ I:11-39,129-158,205-226 1fou d1foui_ I:12-39,129-158,206-226 1ijg d1ijgl_ L:11-39,129-158,205-226 1ijg d1ijge_ E:11-39,129-158,205-226 1ijg d1ijgh_ H:11-39,129-158,205-226 1ijg d1ijgk_ K:11-39,129-158,205-226 1ijg d1ijgj_ J:11-39,129-158,205-226 1ijg d1ijga_ A:11-39,129-158,205-226 1ijg d1ijgc_ C:11-39,129-158,205-226 1ijg d1ijgf_ F:11-39,129-158,205-226 1fou d1foue_ E:12-39,129-158,205-226 1fou d1fouk_ K:11-39,129-158,205-226 1fou d1foug_ G:12-40,129-158,205-226 1fou d1fouh_ H:12-39,49-61,247-265 482. f.29.1 Photosystem I subunits PsaA/PsaB Photosystem I subunits PsaA/PsaB core:11 transmembrane helices 1jb0 d1jb0a_ A:351-378,532-563,590-622 1jb0 d1jb0a_ A:532-563,590-622,637-646 1jb0 d1jb0b_ B:577-610,611-622,621-640 1jb0 d1jb0a_ A:590-622,637-646,645-665 1jb0 d1jb0b_ B:621-640,647-673,707-739 1jb0 d1jb0a_ A:645-665,667-693,723-755 1jb0 d1jb0b_ B:519-549,577-610,611-622 485. a.48.2 Transferrin receptor-like dimerisation domain N-cbl like 4 helices; bundle, left-handed twist; left-handed superhelix 1z8l d1z8la1 A:596-619,628-653,705-713 1z8l d1z8lb1 B:596-619,628-653,705-713 1z8l d1z8lc1 C:596-619,628-653,705-713 1z8l d1z8ld1 D:596-619,628-653,705-713 3bi0 d3bi0a1 A:596-619,628-653,705-713 2or4 d2or4a1 A:596-619,628-653,705-713 3bhx d3bhxa1 A:596-619,628-653,705-713 2oot d2oota1 A:596-619,628-653,705-713 2pvw d2pvwa1 A:596-619,628-653,705-713 3bi1 d3bi1a1 A:596-619,628-653,705-713 2pvv d2pvva1 A:596-619,628-653,705-713 2cij d2cija1 A:596-619,628-653,705-713 2jbj d2jbja1 A:596-619,628-653,705-713 2c6p d2c6pa1 A:596-619,628-653,705-713 2c6g d2c6ga1 A:596-619,628-653,705-713 2c6c d2c6ca1 A:596-619,628-653,705-713 2jbk d2jbka1 A:596-619,628-653,705-713 1de4 d1de4f1 F:610-629,638-663,667-687 1de4 d1de4c1 C:610-629,638-663,667-687 1de4 d1de4i1 I:610-629,638-663,667-687 1cx8 d1cx8e1 E:610-629,639-664,667-686 2nsu d2nsub1 B:610-629,639-664,667-686 1cx8 d1cx8b1 B:610-629,639-664,667-686 1cx8 d1cx8a1 A:610-629,639-664,667-686 2nsu d2nsua1 A:610-629,639-664,667-686 1cx8 d1cx8f1 F:610-629,639-664,667-686 1cx8 d1cx8h1 H:610-629,639-664,667-686 1cx8 d1cx8c1 C:610-629,639-664,667-686 1cx8 d1cx8g1 G:610-629,638-664,667-686 1cx8 d1cx8d1 D:610-629,638-664,667-686 2or4 d2or4a1 A:628-653,705-713,720-748 2oot d2oota1 A:628-653,705-713,720-748 2pvw d2pvwa1 A:628-653,705-713,720-748 2cij d2cija1 A:628-653,705-713,720-748 2pvv d2pvva1 A:628-653,705-713,720-748 1z8l d1z8lc1 C:628-653,705-713,720-748 1z8l d1z8la1 A:628-653,705-713,720-748 1z8l d1z8lb1 B:628-653,705-713,720-748 1z8l d1z8ld1 D:628-653,705-713,720-748 2c6g d2c6ga1 A:628-653,705-713,720-748 2c6p d2c6pa1 A:628-653,705-713,720-748 2c6c d2c6ca1 A:628-653,705-713,720-748 2jbk d2jbka1 A:628-653,705-713,720-748 3bhx d3bhxa1 A:628-653,705-713,720-747 3bi0 d3bi0a1 A:628-653,705-713,720-747 1de4 d1de4i1 I:638-663,667-687,727-751 1de4 d1de4f1 F:638-663,667-687,727-751 3bi1 d3bi1a1 A:628-653,705-713,720-747 1de4 d1de4c1 C:638-663,667-687,727-751 2or4 d2or4a1 A:628-653,657-677,720-748 3bhx d3bhxa1 A:596-619,628-653,657-677 2pvw d2pvwa1 A:628-653,657-677,720-748 2pvv d2pvva1 A:596-619,628-653,657-677 3bi0 d3bi0a1 A:596-619,628-653,657-677 2jbj d2jbja1 A:628-653,705-713,720-747 2or4 d2or4a1 A:596-619,628-653,657-677 1cx8 d1cx8d1 D:638-664,667-686,727-750 1cx8 d1cx8g1 G:638-664,667-686,727-750 3bi1 d3bi1a1 A:596-619,628-653,657-677 2pvv d2pvva1 A:628-653,657-677,720-748 2pvw d2pvwa1 A:596-619,628-653,657-677 2oot d2oota1 A:628-653,657-677,720-748 1z8l d1z8lc1 C:596-619,628-653,657-676 1z8l d1z8la1 A:596-619,628-653,657-676 1z8l d1z8ld1 D:596-619,628-653,657-676 1z8l d1z8lb1 B:596-619,628-653,657-676 2cij d2cija1 A:628-653,657-676,720-748 2c6c d2c6ca1 A:596-619,628-653,657-676 2c6c d2c6ca1 A:628-653,657-676,720-748 2oot d2oota1 A:596-619,628-653,657-677 1cx8 d1cx8e1 E:639-664,667-686,727-750 1cx8 d1cx8c1 C:639-664,667-686,727-750 1cx8 d1cx8f1 F:639-664,667-686,727-750 1cx8 d1cx8a1 A:639-664,667-686,727-750 1cx8 d1cx8h1 H:639-664,667-686,727-750 2nsu d2nsua1 A:639-664,667-686,727-750 1cx8 d1cx8b1 B:639-664,667-686,727-750 2nsu d2nsub1 B:639-664,667-686,727-750 2jbj d2jbja1 A:596-619,628-653,657-676 2c6p d2c6pa1 A:596-619,628-653,657-676 2cij d2cija1 A:596-619,628-653,657-676 2c6g d2c6ga1 A:596-619,628-653,657-676 2c6g d2c6ga1 A:628-653,657-676,720-748 2c6p d2c6pa1 A:628-653,657-676,720-748 2jbk d2jbka1 A:628-653,657-676,720-748 1z8l d1z8lb1 B:628-653,657-676,720-748 1z8l d1z8la1 A:628-653,657-676,720-748 1z8l d1z8lc1 C:628-653,657-676,720-748 1z8l d1z8ld1 D:628-653,657-676,720-748 2jbk d2jbka1 A:596-619,628-653,657-676 3bhx d3bhxa1 A:628-653,657-677,720-747 3bi0 d3bi0a1 A:628-653,657-677,720-747 3bi1 d3bi1a1 A:628-653,657-677,720-747 2jbj d2jbja1 A:628-653,657-676,720-747 486. a.24.1 Apolipoprotein Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1or2 d1or2a_ A:54-81,93-126,129-163 1le2 d1le2a_ A:54-82,86-126,129-165 1or3 d1or3a_ A:53-82,91-126,129-163 1nfn d1nfna_ A:53-81,92-126,129-164 1gs9 d1gs9a_ A:53-82,86-126,129-165 1bz4 d1bz4a_ A:53-82,86-126,129-165 1lpe d1lpea_ A:53-82,86-126,129-165 1nfo d1nfoa_ A:53-81,92-126,129-163 1b68 d1b68a_ A:53-82,86-126,129-162 1ea8 d1ea8a_ A:53-82,86-126,129-162 1le4 d1le4a_ A:53-82,86-126,129-162 1h7i d1h7ia_ A:53-82,86-126,129-162 1or2 d1or2a_ A:44-54,93-126,129-163 1nfo d1nfoa_ A:44-54,92-126,129-163 1le4 d1le4a_ A:44-54,86-126,129-162 1le2 d1le2a_ A:44-54,86-126,129-165 1lpe d1lpea_ A:44-54,86-126,129-165 1gs9 d1gs9a_ A:44-54,86-126,129-165 487. d.261.1 Hypothetical protein PH1602 Hypothetical protein PH1602 complex alpha+beta fold; contains a region of similarity to the ferredoxin-like fold 1uc2 d1uc2a_ A:150-159,162-169,275-312 1uc2 d1uc2b_ B:150-159,162-169,275-312 489. d.36.1 Chalcone isomerase Chalcone isomerase beta(3)-alpha(2)-beta-alpha(2)-beta3; 2 layers alpha/beta; antiparallel sheet: order 1234567 1jx0 d1jx0a_ A:77-87,180-193,198-216 1jx1 d1jx1a_ A:77-87,180-193,198-216 1jx1 d1jx1b_ B:77-87,180-193,198-216 1eyq d1eyqb_ B:77-87,180-193,198-215 1fm8 d1fm8b_ B:77-87,180-193,198-215 1fm7 d1fm7b_ B:77-87,180-193,198-215 1jx1 d1jx1d_ D:77-87,180-193,198-216 1jep d1jepb_ B:77-87,180-193,198-215 1eyp d1eypa_ A:77-87,180-193,198-215 1fm8 d1fm8a_ A:77-87,180-193,198-215 1jep d1jepa_ A:77-87,180-193,198-215 1jx1 d1jx1c_ C:77-87,180-193,198-215 1eyq d1eyqa_ A:77-87,180-193,198-215 1eyp d1eypb_ B:77-87,180-193,198-215 1fm7 d1fm7a_ A:77-87,180-193,198-215 1jx1 d1jx1e_ E:77-87,180-193,198-216 491. e.45.1 Antivirulence factor Antivirulence factor contains a helical bundle with a buried helix and an alpha+beta insert domain 1nh1 d1nh1a_ A:87-103,219-239,243-262 2nud d2nudb1 B:87-103,219-239,243-262 2nud d2nuda1 A:87-103,219-239,243-262 2nun d2nuna1 A:87-104,219-239,243-262 494. e.71.1 AF1531-like AF1531-like 2 domains; d1: incomplete barrel similar to the OB-fold domain of ribosomal L2 protein, d2: six helices, array 2i5h d2i5ha1 A:111-120,139-154,157-166 497. a.265.1 Fic-like Fic-like multihelical; one central helix is surrounded by seven helices 2g03 d2g03a1 A:38-51,74-88,92-107 2f6s d2f6sa1 A:27-40,66-77,81-96 2f6s d2f6sb1 B:27-40,66-77,81-96 498. f.42.1 Mitochondrial carrier duplication: consists of three alpha-hairpin repeats ! Mitochondrial carrier membrane all-alpha fold; 6-helical "barrel" with internal binding cavity 1okc d1okca_ A:25-41,72-91,130-144 502. f.33.1 Calcium ATPase, transmembrane domain M Calcium ATPase, transmembrane domain M core: multihelical; consists of three transmembrane regions of 2, 2 and 6 helices, separated by cytoplasmic domains 2zbe d2zbea4 A:247-275,292-308,739-782 3b9r d3b9ra4 A:247-277,287-308,739-782 1wpg d1wpgb4 B:247-276,287-308,739-782 1wpg d1wpgc4 C:247-276,287-308,739-782 1xp5 d1xp5a4 A:247-276,286-308,739-782 3b9r d3b9ra4 A:308-330,739-782,788-810 1vfp d1vfpb4 B:247-276,287-307,739-782 1vfp d1vfpa4 A:247-276,287-307,739-782 1kju d1kjua4 A:247-281,287-308,739-782 3b9b d3b9ba4 A:308-330,739-782,788-810 2zbe d2zbeb4 B:308-330,739-782,788-810 2zbd d2zbda4 A:247-276,287-308,739-782 1wpg d1wpgd4 D:247-276,287-308,739-782 3b9r d3b9rb4 B:247-276,287-308,739-782 1wpg d1wpga4 A:247-276,287-308,739-782 1iwo d1iwoa4 A:308-330,739-782,788-810 1iwo d1iwob4 B:308-330,739-782,788-810 2zbf d2zbfa4 A:308-330,739-782,788-810 3b9r d3b9rb4 B:308-330,739-782,788-810 2zbe d2zbea4 A:308-330,739-782,788-810 2zbg d2zbga4 A:308-330,739-782,788-810 1su4 d1su4a4 A:247-281,287-308,739-782 1xp5 d1xp5a4 A:308-330,739-782,788-810 1t5t d1t5ta4 A:247-276,287-308,739-782 1wpg d1wpgd4 D:308-330,739-782,788-810 1wpg d1wpga4 A:308-330,739-782,788-810 1wpg d1wpgc4 C:308-330,739-782,788-810 1t5s d1t5sa4 A:247-276,287-308,739-782 1wpg d1wpgb4 B:308-330,739-782,788-810 3b9b d3b9ba4 A:247-280,290-308,739-782 2zbd d2zbda4 A:247-276,308-330,739-782 1su4 d1su4a4 A:287-308,739-782,788-810 1kju d1kjua4 A:308-328,739-782,788-809 2zbe d2zbea4 A:292-308,739-782,788-810 1t5s d1t5sa4 A:247-276,308-330,739-782 1t5t d1t5ta4 A:247-276,308-330,739-782 2zbd d2zbda4 A:308-330,739-782,788-810 1kju d1kjua4 A:247-281,308-328,739-782 1vfp d1vfpb4 B:308-330,739-782,788-810 1t5s d1t5sa4 A:308-330,739-782,788-810 1vfp d1vfpa4 A:308-330,739-782,788-810 1t5t d1t5ta4 A:308-330,739-782,788-810 1su4 d1su4a4 A:310-330,739-782,788-810 2zbe d2zbeb4 B:292-308,739-782,788-810 1t5s d1t5sa4 A:287-308,739-782,788-810 2zbd d2zbda4 A:287-308,739-782,788-810 1t5t d1t5ta4 A:287-308,739-782,788-810 1vfp d1vfpa4 A:287-307,739-782,788-810 1vfp d1vfpb4 B:287-307,739-782,788-810 2zbe d2zbeb4 B:247-282,292-308,739-782 1iwo d1iwob4 B:247-276,285-308,739-782 1iwo d1iwoa4 A:247-276,285-308,739-782 2zbg d2zbga4 A:247-282,287-308,739-782 3b9r d3b9ra4 A:247-277,308-330,739-782 1vfp d1vfpb4 B:247-276,308-330,739-782 1vfp d1vfpa4 A:247-276,308-330,739-782 2zbe d2zbea4 A:247-275,308-330,739-782 3b9r d3b9rb4 B:247-276,308-330,739-782 1kju d1kjua4 A:247-281,335-345,739-782 1wpg d1wpgc4 C:247-276,308-330,739-782 1wpg d1wpgb4 B:247-276,308-330,739-782 1wpg d1wpgd4 D:247-276,308-330,739-782 1wpg d1wpga4 A:247-276,308-330,739-782 2zbf d2zbfa4 A:247-282,290-308,739-782 1kju d1kjua4 A:287-308,739-782,788-809 1iwo d1iwoa4 A:247-276,308-330,739-782 1iwo d1iwob4 B:247-276,308-330,739-782 3b9r d3b9ra4 A:287-308,739-782,788-810 3b9b d3b9ba4 A:247-280,308-330,739-782 2zbf d2zbfa4 A:290-308,739-782,788-810 3b9r d3b9rb4 B:287-308,739-782,788-810 1xp5 d1xp5a4 A:247-276,308-330,739-782 1su4 d1su4a4 A:247-281,310-330,739-782 1wpg d1wpgc4 C:287-308,739-782,788-810 1wpg d1wpgb4 B:287-308,739-782,788-810 1xp5 d1xp5a4 A:286-308,739-782,788-810 1wpg d1wpgd4 D:287-308,739-782,788-810 1wpg d1wpga4 A:287-308,739-782,788-810 2zbg d2zbga4 A:287-308,739-782,788-810 1iwo d1iwoa4 A:285-308,739-782,788-810 1iwo d1iwob4 B:285-308,739-782,788-810 3b9b d3b9ba4 A:290-308,739-782,788-810 2zbg d2zbga4 A:247-282,308-330,739-782 2zbe d2zbeb4 B:247-282,308-330,739-782 2zbf d2zbfa4 A:247-282,308-330,739-782 506. a.24.23 Mannose-6-phosphate receptor binding protein 1 (Tip47), C-terminal domain contains extra alpha+beta subdomain formed by the N- and C-termini. ! Four-helical up-and-down bundle core: 4 helices; bundle, closed or partly opened, left-handed twist; up-and-down 1szi d1szia_ A:321-353,356-381,387-416 512. f.18.1 F1F0 ATP synthase subunit A F1F0 ATP synthase subunit A core: up-and-down bundle of four transmembrane helices 1c17 d1c17m_ M:133-169,199-231,232-265 513. f.57.1 MgtE membrane domain-like homodimer, swapped with the N-terminal helices MgtE membrane domain-like 5 transmembrane helices; bundle, right-handed twist 2yvx d2yvxc3 C:286-307,316-345,423-448 2yvx d2yvxa3 A:286-307,317-345,423-448 2yvx d2yvxb3 B:286-307,317-345,423-448 2yvx d2yvxd3 D:286-307,317-345,423-448 519. d.282.1 SSo0622-like the dimer, formed in the crystals, is a probable biological unit ! SSo0622-like alpha(2)-beta(2)-alpha-beta-alpha-beta(2)-alpha; 2 layers: a/b; antiparallel beta-sheet: order 21354; strands 1,3 and 5 and the C-terminal helix are longer than other secondary structures 1tlj d1tljb_ B:27-42,110-125,162-192 1tlj d1tlja_ A:27-42,110-125,162-192 522. a.250.1 IpaD-like IpaD-like 6 helices; bundle, up-and-down; can be divided into two four-helical bundles sharing two helices (3 and 6), which are twice longer than the rest 2izp d2izpa1 A:1081-1113,1128-1172,1250-1301 2j9t d2j9tb1 B:81-111,127-172,250-301 2j9t d2j9ta1 A:81-111,127-172,250-301 2ixr d2ixra1 A:81-111,127-172,250-302 2izp d2izpb1 B:2081-2112,2127-2172,2250-2303 2j0o d2j0oa1 A:71-103,130-178,272-322 2j0o d2j0ob1 B:71-103,130-178,272-322 523. a.191.1 Methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase-like Methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase-like 5 helices; bundle, closed, left-handed twist 1o5h d1o5hb_ B:23-49,52-91,94-130 1o5h d1o5ha_ A:23-49,52-91,94-130 524. d.58.60 Bacterial polysaccharide co-polymerase-like Decorated common fold with extra helical regions, which facilitate oligomerization Ferredoxin-like alpha+beta sandwich with antiparallel beta-sheet; (beta-alpha-beta)x2 3b8p d3b8pb1 B:70-82,87-113,140-186 3b8p d3b8pd1 D:70-82,87-113,140-196 3b8p d3b8pc1 C:70-82,87-113,140-195 3b8p d3b8pe1 E:70-82,87-113,140-202 3b8p d3b8pa1 A:70-82,87-113,140-203 3b8o d3b8ob1 B:70-85,96-111,168-230 3b8o d3b8oa1 A:70-85,96-111,168-230 3b8o d3b8od1 D:70-85,96-111,168-230 3b8o d3b8og1 G:70-85,96-111,168-230 3b8o d3b8oh1 H:70-85,96-111,168-230 3b8o d3b8oc1 C:70-85,96-111,168-230 3b8o d3b8of1 F:70-85,96-111,168-230 3b8o d3b8oe1 E:70-85,96-111,168-230 525. f.37.1 ABC transporter transmembrane region ABC transporter transmembrane region multihelical; complex architecture with several transmembrane helices 3b5y d3b5yb2 B:58-112,120-145,304-325 3b5y d3b5ya2 A:58-112,120-145,304-325 3b5y d3b5yc2 C:58-112,120-145,304-325 3b5y d3b5yd2 D:58-112,120-145,304-325 3b60 d3b60a2 A:58-112,120-141,304-324 3b60 d3b60d2 D:58-112,120-141,304-324 3b60 d3b60b2 B:58-112,120-141,304-324 3b60 d3b60c2 C:58-112,120-141,304-324 2hyd d2hyda2 A:51-107,116-141,291-320 2onj d2onja2 A:51-107,116-141,291-320 2hyd d2hydb2 B:51-107,116-141,291-320 2onj d2onjb2 B:51-107,116-141,291-320 3b5y d3b5yd2 D:144-165,164-214,222-277 3b5y d3b5yc2 C:144-165,164-214,222-277 3b5y d3b5yb2 B:144-165,164-214,222-277 3b5y d3b5ya2 A:144-165,164-214,222-277 3b5z d3b5zd2 D:58-112,120-150,280-324 3b5z d3b5za2 A:58-112,120-150,280-324 3b5z d3b5zc2 C:58-112,120-150,280-324 3b5z d3b5zb2 B:58-112,120-150,280-324 526. f.41.1 Preprotein translocase SecY subunit duplication: consists of two similar structural parts ! Preprotein translocase SecY subunit 10 transmembrane helices forming of a gated channel 1rh5 d1rh5a_ A:56-64,255-280,400-423 1rhz d1rhza_ A:56-64,250-281,400-428 527. f.5.1 Outer membrane efflux proteins (OEP) Outer membrane efflux proteins (OEP) subunit fold contains tandem repeat of alpha-beta hairpin-alpha(2) motif ! trimeric fold contains barrel (n=12, S=18) formed by beta-hairpins, two from each subunit, and a bundle of helices with a channel running through it 1ek9 d1ek9b_ B:77-147,368-405,408-420 1ek9 d1ek9a_ A:77-147,368-405,408-420 1ek9 d1ek9c_ C:77-147,368-405,408-420 1tqq d1tqqb_ B:77-147,368-405,408-420 1tqq d1tqqc_ C:77-147,368-405,408-420 1tqq d1tqqa_ A:77-147,368-405,408-420 1ek9 d1ek9c_ C:208-220,296-365,368-405 1ek9 d1ek9b_ B:208-220,296-365,368-405 1tqq d1tqqb_ B:208-220,296-365,368-405 1ek9 d1ek9a_ A:208-220,296-365,368-405 1tqq d1tqqc_ C:208-220,296-365,368-405 1tqq d1tqqa_ A:208-220,296-365,368-405 1wp1 d1wp1a_ A:46-60,130-199,202-239 1wp1 d1wp1b_ B:46-60,129-199,202-239 1ek9 d1ek9b_ B:2-14,77-147,150-187 1ek9 d1ek9a_ A:2-14,77-147,150-187 1ek9 d1ek9c_ C:2-14,77-147,150-187 1tqq d1tqqb_ B:2-14,77-147,150-187 1tqq d1tqqa_ A:2-14,77-147,150-187 1tqq d1tqqc_ C:2-14,77-147,150-187 1wp1 d1wp1a_ A:130-199,202-239,338-407 529. a.151.1 Glutamyl tRNA-reductase dimerization domain Glutamyl tRNA-reductase dimerization domain 6 helices, homodimer of 3-helical domains 1gpj d1gpja1 A:285-352,362-385,385-404 533. a.238.1 BAR/IMD domain-like core: dimeric six-helical bundle; protuding long helices form aniparallel coiled coils at both bundle ends ! BAR/IMD domain-like 6 helices, homodimer of 3-helical domains 1x04 d1x04a1 A:30-83,86-153,185-225 2d4c d2d4cb1 B:11-24,108-180,183-251 2d4c d2d4ca1 A:11-24,108-180,183-251 2d4c d2d4cd1 D:23-60,108-173,183-251 2d4c d2d4cc1 C:11-24,108-180,183-251 2d4c d2d4cb1 B:23-60,108-180,183-251 2d4c d2d4ca1 A:23-60,108-180,183-251 2d4c d2d4cc1 C:23-60,108-180,183-251 2d4c d2d4cd1 D:12-24,108-173,183-251 1zww d1zwwa1 A:30-60,108-175,207-246 1zww d1zwwb1 B:30-60,108-174,207-247 1zww d1zwwb1 B:30-60,108-174,180-208 1i4t d1i4ta_ A:27-80,82-154,173-217 1i4l d1i4la_ A:27-80,82-154,174-223 1zww d1zwwa1 A:30-60,108-175,179-208 1i4t d1i4tb_ B:27-80,82-150,173-223 1i4d d1i4db_ B:26-80,82-148,164-225 1i4l d1i4lb_ B:27-80,82-150,173-223 2elb d2elba1 A:16-71,80-150,158-219 1x04 d1x04a1 A:30-83,86-153,157-186 1i4d d1i4da_ A:27-80,82-150,163-222 1wdz d1wdzb1 B:3-66,69-149,159-232 1wdz d1wdza1 A:4-66,69-148,154-232 1y2o d1y2ob1 B:1-66,69-151,153-233 1i49 d1i49b_ B:27-80,82-153,155-223 1i49 d1i49a_ A:27-80,82-153,155-223 1y2o d1y2oa1 A:1-66,69-151,153-233 2efl d2efla1 A:10-54,67-162,165-259 2efk d2efka1 A:9-54,67-162,165-260