1. c.17.1 Caspase-like mature protein may be composed of two chains folded in a single domain ! Caspase-like 3 layers, a/b/a; core: mixed beta-sheet of 6 strands, order 213456, strand 6 is antiparallel to the rest 1cvr d1cvra2 A:162-178,204-210,283-300 3deh d3dehc1 C:66-82,155-165,213-227 3deh d3dehd1 D:64-82,155-164,213-227 3dei d3deic1 C:66-82,155-165,213-227 3dek d3dekc1 C:66-82,155-165,213-227 3dek d3deka1 A:66-82,155-165,213-227 3dej d3deja1 A:66-82,155-165,213-227 3dei d3deia1 A:66-82,155-165,213-227 3dej d3dejc1 C:66-82,155-165,213-227 3deh d3deha1 A:66-82,155-165,213-227 3dek d3dekd1 D:66-82,155-165,213-227 3dej d3dejb1 B:66-82,155-165,213-227 1nms d1nmsb_ B:64-82,155-165,213-227 3deh d3dehb1 B:64-82,155-165,213-227 1nms d1nmsa_ A:64-82,155-165,213-227 1qx3 d1qx3a_ A:66-82,155-165,213-227 1nmq d1nmqa_ A:64-82,155-165,213-227 3dek d3dekb1 B:64-82,155-165,213-227 1cvr d1cvra2 A:162-178,237-245,283-300 3dej d3dejd1 D:64-82,155-165,213-227 1nmq d1nmqb_ B:64-82,155-165,213-227 1kmc d1kmca_ A:179-197,277-287,347-361 1cp3 d1cp3a_ A:64-82,155-165,213-227 3dei d3deib1 B:64-82,155-165,213-227 1kmc d1kmcb_ B:179-197,277-287,347-361 1i4o d1i4ob_ B:87-105,178-188,239-253 1cp3 d1cp3b_ B:64-82,155-165,213-227 1m72 d1m72b_ B:79-97,170-180,230-244 1m72 d1m72a_ A:79-97,170-180,230-244 1f1j d1f1jb_ B:387-405,478-488,539-553 1m72 d1m72c_ C:79-97,170-180,230-244 1gqf d1gqfb_ B:180-197,277-285,347-361 1i4o d1i4oa_ A:87-105,178-188,239-253 1f1j d1f1ja_ A:87-105,178-188,239-253 1k88 d1k88b_ B:87-105,178-187,239-253 1shl d1shlb_ B:87-105,178-187,239-253 1shj d1shjb_ B:87-105,178-187,239-253 1gqf d1gqfa_ A:179-197,277-286,347-361 1shl d1shla_ A:87-105,178-186,239-253 1k86 d1k86b_ B:87-105,178-187,239-253 3dei d3deid1 D:64-82,155-162,213-227 1k86 d1k86a_ A:87-105,178-186,239-253 1shj d1shja_ A:87-105,178-186,239-253 1k88 d1k88a_ A:87-105,178-186,239-253 3dek d3dekd1 D:66-82,112-123,213-227 3dek d3deka1 A:66-82,112-123,213-227 1nw9 d1nw9b_ B:180-198,278-288,361-375 3dei d3deia1 A:66-82,112-123,213-227 2fun d2funb1 B:2262-2278,2351-2360,2419-2436 3dej d3dejb1 B:66-82,112-120,213-227 2fun d2fund1 D:3262-3278,3351-3362,3419-3436 1qx3 d1qx3a_ A:66-82,112-120,213-227 1i4e d1i4eb_ B:2262-2278,2351-2362,2419-2436 3deh d3dehc1 C:66-82,112-120,213-227 3dek d3dekc1 C:66-82,112-120,213-227 3dei d3deic1 C:66-82,112-120,213-227 1cvr d1cvra2 A:24-35,108-115,117-135 3dej d3dejc1 C:66-82,112-120,213-227 3dej d3deja1 A:66-82,112-120,213-227 1jxq d1jxqa_ A:179-197,276-287,347-361 1jxq d1jxqd_ D:179-197,276-286,347-361 1jxq d1jxqc_ C:179-197,276-287,347-361 3deh d3deha1 A:66-82,112-120,213-227 1jxq d1jxqb_ B:179-197,276-286,347-361 1i4e d1i4eb_ B:2262-2278,2308-2316,2419-2436 2fun d2funb1 B:2262-2278,2308-2316,2419-2436 2fun d2fund1 D:3262-3278,3308-3316,3419-3436 1cp3 d1cp3a_ A:64-82,112-120,213-227 1nmq d1nmqb_ B:64-82,112-120,213-227 1nmq d1nmqa_ A:64-82,112-120,213-227 3deh d3dehb1 B:64-82,112-120,213-227 1cp3 d1cp3b_ B:64-82,112-120,213-227 1i4o d1i4oa_ A:87-105,135-146,239-253 3dek d3dekb1 B:64-82,112-120,213-227 1nms d1nmsb_ B:64-82,112-120,213-227 1nms d1nmsa_ A:64-82,112-120,213-227 3dej d3dejd1 D:64-82,112-120,213-227 3dei d3deib1 B:64-82,112-123,213-227 1i4o d1i4ob_ B:87-105,135-146,239-253 3deh d3dehd1 D:64-82,112-123,213-227 1k88 d1k88b_ B:87-105,135-143,239-253 1m72 d1m72a_ A:79-97,127-135,230-244 1m72 d1m72b_ B:79-97,127-135,230-244 1m72 d1m72c_ C:79-97,127-135,230-244 1gqf d1gqfb_ B:180-197,228-236,347-361 1shj d1shjb_ B:87-105,135-143,239-253 1shl d1shlb_ B:87-105,135-143,239-253 1f1j d1f1jb_ B:387-405,435-443,539-553 1gqf d1gqfa_ A:179-197,228-236,347-361 1kmc d1kmca_ A:179-197,228-236,347-361 1f1j d1f1ja_ A:87-105,135-143,239-253 1k86 d1k86b_ B:87-105,135-143,239-253 1kmc d1kmcb_ B:179-197,228-236,347-361 1shl d1shla_ A:87-105,135-143,239-253 1shj d1shja_ A:87-105,135-143,239-253 1k86 d1k86a_ A:87-105,135-143,239-253 1k88 d1k88a_ A:87-105,135-143,239-253 2. c.116.1 alpha/beta knot known or predicted SAM-dependent methytransferases including the SPOUT 'sequence' superfamily ! all known members have dimeric structures ! alpha/beta knot core: 3 layers: a/b/a, parallel beta-sheet of 5 strands, order 21435; contains a deep trefoil knot 1oy5 d1oy5a_ A:14-25,35-42,141-157 1oy5 d1oy5b_ B:314-325,335-342,441-457 1oy5 d1oy5c_ C:614-625,635-642,741-758 1uaj d1uaja_ A:9-19,30-37,140-156 1ual d1uala_ A:9-19,30-37,140-157 1uak d1uaka_ A:9-19,30-37,140-157 1uam d1uama_ A:9-19,30-37,140-157 1p9p d1p9pa_ A:9-19,31-37,140-157 1o6d d1o6da_ A:12-27,30-38,125-146 1nxz d1nxzb2 B:91-103,188-197,224-241 1vh0 d1vh0c_ C:13-32,31-39,133-154 1to0 d1to0e_ E:13-32,31-39,133-153 1vh0 d1vh0b_ B:13-32,31-39,133-154 1oy5 d1oy5b_ B:314-325,408-416,441-457 1oy5 d1oy5a_ A:14-25,108-116,141-157 1to0 d1to0d_ D:13-31,31-39,133-154 1vh0 d1vh0a_ A:13-32,31-39,133-154 1uaj d1uaja_ A:9-19,106-112,140-156 1to0 d1to0f_ F:13-32,31-39,133-154 1v6z d1v6za2 A:80-96,175-181,210-227 1vh0 d1vh0d_ D:13-32,31-39,133-154 1to0 d1to0a_ A:13-32,31-39,133-154 1vh0 d1vh0f_ F:13-31,31-39,133-154 1to0 d1to0g_ G:13-32,31-39,133-154 1to0 d1to0c_ C:13-32,31-39,133-154 1to0 d1to0b_ B:13-32,31-39,133-154 1vh0 d1vh0e_ E:13-31,31-39,133-154 1v6z d1v6zb2 B:83-96,175-181,210-227 1oy5 d1oy5c_ C:624-634,635-642,741-758 2cx8 d2cx8a2 A:83-96,175-181,210-227 1gz0 d1gz0a1 A:105-120,190-197,226-243 1gz0 d1gz0e1 E:105-120,190-197,226-243 1oy5 d1oy5c_ C:614-625,708-716,741-758 2z0y d2z0ya2 A:83-96,175-181,210-227 1p9p d1p9pa_ A:9-19,106-112,140-157 1v2x d1v2xa_ A:32-47,116-123,152-172 1gz0 d1gz0c1 C:105-120,190-197,226-243 3bbd d3bbda1 A:54-68,157-162,191-205 1gz0 d1gz0d1 D:105-120,189-197,226-243 1to0 d1to0h_ H:13-32,31-39,133-154 1uak d1uaka_ A:9-19,106-112,140-157 3bbh d3bbha1 A:54-68,157-162,191-205 1nxz d1nxza2 A:91-103,188-195,224-241 3bbd d3bbdb1 B:54-68,157-162,191-205 1gz0 d1gz0g1 G:105-120,190-197,226-243 1ns5 d1ns5b_ B:13-28,31-39,128-149 3bbe d3bbea1 A:54-68,157-162,191-205 1gz0 d1gz0b1 B:105-120,189-197,226-243 3bbh d3bbhb1 B:54-68,157-162,191-205 1gz0 d1gz0h1 H:105-120,189-197,226-243 3bbe d3bbeb1 B:54-68,157-162,191-205 1j85 d1j85a_ A:11-26,94-101,132-149 2z0y d2z0ya2 A:83-96,98-104,210-227 1vhy d1vhyb2 B:91-103,188-195,224-241 1vhy d1vhyb2 B:91-103,105-111,224-241 1gz0 d1gz0f1 F:105-120,189-197,226-243 2o3a d2o3aa1 A:15-30,31-37,128-142 1mxi d1mxia_ A:11-26,94-101,132-149 1oy5 d1oy5a_ A:24-34,35-42,141-157 2o3a d2o3ab1 B:15-30,31-37,128-142 1ns5 d1ns5a_ A:13-28,31-39,128-149 1oy5 d1oy5b_ B:324-334,335-342,441-457 1vhy d1vhya2 A:91-103,188-195,224-241 2o3a d2o3ab1 B:15-30,97-104,128-142 2o3a d2o3aa1 A:15-30,97-104,128-142 1ipa d1ipaa1 A:126-141,143-148,245-263 2qmm d2qmma1 A:120-133,235-243,271-288 1j85 d1j85a_ A:11-26,27-36,132-149 1mxi d1mxia_ A:11-26,27-36,132-149 3bbd d3bbdb1 B:54-68,75-83,191-205 2qmm d2qmmb1 B:120-133,235-243,271-288 3bbh d3bbha1 A:54-68,75-83,191-205 3bbd d3bbda1 A:54-68,75-83,191-205 1vhk d1vhkc2 C:91-104,106-112,233-253 3bbh d3bbhb1 B:54-68,75-83,191-205 3bbe d3bbeb1 B:54-68,75-83,191-205 1uaj d1uaja_ A:19-29,30-37,140-156 3bbe d3bbea1 A:54-68,75-83,191-205 1ipa d1ipaa1 A:126-141,208-216,245-263 1vhk d1vhkb2 B:91-104,106-112,233-253 1vhk d1vhkd2 D:91-104,106-112,233-253 2qwv d2qwva1 A:31-44,151-158,186-204 1vhk d1vhka2 A:91-104,106-112,233-253 2qwv d2qwvb1 B:31-44,151-158,186-204 2v3j d2v3ja1 A:88-102,200-208,233-250 1p9p d1p9pa_ A:19-29,31-37,140-157 2v3k d2v3ka1 A:88-102,109-117,233-250 2v3j d2v3ja1 A:88-102,109-117,233-250 1k3r d1k3rb2 B:20-39,41-47,245-262 2qmm d2qmma1 A:120-133,141-152,271-288 2qmm d2qmmb1 B:120-133,141-152,271-288 2qwv d2qwva1 A:31-44,52-61,186-204 2qwv d2qwvb1 B:31-44,52-61,186-204 3. c.57.1 Molybdenum cofactor biosynthesis proteins Molybdenum cofactor biosynthesis proteins 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 5 strands; order: 21354, strand 5 is antiparallel to the rest; permutation of the Phosphorylase/hydrolase-like fold 2f7w d2f7wb1 B:22-37,68-74,135-150 1y5e d1y5ea1 A:30-44,74-80,143-159 2f7w d2f7wa1 A:22-37,68-74,135-150 1y5e d1y5eb1 B:30-44,74-80,143-159 1y5e d1y5ec1 C:30-44,74-80,143-159 2g2c d2g2ca1 A:21-33,68-74,139-154 1o8n d1o8nb_ B:24-42,73-79,140-155 2f7y d2f7yc1 C:22-36,68-74,135-150 1o8o d1o8ob_ B:24-42,73-79,140-155 1jlj d1jlja_ A:33-45,80-86,147-159 1jlj d1jljc_ C:33-45,80-86,147-159 1eav d1eave_ E:24-42,73-79,140-155 1uuy d1uuya_ A:24-38,73-79,140-155 2nqs d2nqsa3 A:203-217,245-252,300-311 1uux d1uuxa_ A:24-38,73-79,140-155 2nqr d2nqra3 A:203-217,245-252,300-311 1o8q d1o8qc_ C:24-42,73-79,140-155 1o8q d1o8qe_ E:24-42,73-79,140-155 1o8q d1o8qf_ F:24-42,73-79,140-155 2nqu d2nqua3 A:203-217,245-252,300-311 1o8q d1o8qd_ D:24-42,73-79,140-155 1o8q d1o8qh_ H:24-42,73-79,140-155 1o8q d1o8qa_ A:24-42,73-79,140-155 1o8q d1o8qb_ B:24-42,73-79,140-155 1o8q d1o8qg_ G:24-42,73-79,140-155 2f7y d2f7yb1 B:22-36,68-74,135-150 2nro d2nroa3 A:203-217,245-252,300-311 2nqq d2nqqa3 A:203-217,245-252,300-311 2nrp d2nrpb3 B:203-217,245-252,300-312 1jlj d1jljb_ B:33-46,80-86,147-159 1ihc d1ihca_ A:33-45,80-86,147-159 1mkz d1mkzb_ B:27-41,71-77,139-151 2f7w d2f7wc1 C:22-36,68-74,135-147 2nqs d2nqsb3 B:203-217,245-252,300-311 2nqn d2nqna3 A:203-217,245-252,300-311 2nqn d2nqnb3 B:203-217,245-252,300-311 2nrs d2nrsa3 A:203-217,245-252,300-311 1fc5 d1fc5b3 B:203-217,245-252,300-311 1eav d1eavb_ B:24-42,73-79,140-155 1r2k d1r2kb_ B:26-40,70-76,138-150 2nqk d2nqka3 A:203-217,245-252,300-311 1g8r d1g8rb3 B:203-217,245-252,300-311 2nqu d2nqub3 B:203-217,245-252,300-311 1g8r d1g8ra3 A:203-217,245-252,300-311 2nrs d2nrsb3 B:203-217,245-252,300-311 1eav d1eavg_ G:24-42,73-79,140-155 2nqq d2nqqc3 C:203-217,245-252,300-311 2nqm d2nqmb3 B:203-217,245-252,300-311 1o8n d1o8na_ A:24-38,73-79,140-155 2nqk d2nqkb3 B:203-217,245-252,300-311 2nqq d2nqqb3 B:203-217,245-252,300-311 2nqv d2nqva3 A:203-217,245-252,300-311 1fc5 d1fc5a3 A:203-217,245-252,300-311 2nrp d2nrpa3 A:203-217,245-252,300-311 1r2k d1r2ka_ A:26-40,70-76,138-150 2nqr d2nqrb3 B:203-217,245-252,300-311 1g8l d1g8la3 A:203-217,245-252,300-311 1o8o d1o8oa_ A:24-38,73-79,140-155 2nqv d2nqvb3 B:203-217,245-252,300-311 2f7y d2f7ya1 A:22-36,68-74,135-150 2nqm d2nqma3 A:203-217,245-252,300-311 1mkz d1mkza_ A:27-41,71-77,139-151 2nro d2nrob3 B:203-217,245-252,300-311 1o8n d1o8nc_ C:24-38,73-79,140-152 2nqq d2nqqd3 D:203-217,245-252,300-311 1o8o d1o8oc_ C:24-38,73-79,140-155 2fts d2ftsa3 A:524-538,566-573,627-639 1g8l d1g8lb3 B:203-217,245-252,300-311 1uz5 d1uz5a3 A:206-220,248-255,303-315 1eav d1eavh_ H:24-42,73-79,140-152 1eav d1eavf_ F:24-42,73-79,140-152 1xi8 d1xi8a3 A:210-224,252-258,299-311 1eav d1eavc_ C:24-42,73-79,140-152 1eav d1eavd_ D:24-42,73-79,140-152 1eav d1eava_ A:24-42,73-79,140-152 2fu3 d2fu3b3 B:524-538,566-572,627-639 1xi8 d1xi8b3 B:210-224,252-258,299-311 1di6 d1di6a_ A:22-37,68-74,135-145 2fu3 d2fu3a3 A:524-538,566-572,627-639 1wu2 d1wu2b3 B:210-224,252-258,299-311 1di7 d1di7a_ A:22-37,68-74,135-145 1t3e d1t3ea3 A:524-538,566-572,627-639 1t3e d1t3eb3 B:524-538,566-572,627-639 1wu2 d1wu2a3 A:210-224,251-257,299-311 2f7w d2f7wa1 A:22-37,126-134,135-150 2f7y d2f7yb1 B:22-36,126-134,135-150 2f7y d2f7ya1 A:22-36,126-134,135-150 1uz5 d1uz5a3 A:206-220,294-302,303-315 1xi8 d1xi8a3 A:210-224,292-297,299-311 1xi8 d1xi8b3 B:210-224,292-297,299-311 1wu2 d1wu2a3 A:210-224,292-297,299-311 1y5e d1y5ea1 A:30-44,134-141,143-159 1y5e d1y5eb1 B:30-44,134-141,143-159 1xi8 d1xi8a3 A:210-224,252-258,310-320 1wu2 d1wu2b3 B:210-224,292-297,299-311 1xi8 d1xi8b3 B:210-224,252-258,310-320 2f7w d2f7wb1 B:22-37,126-133,135-150 2fts d2ftsa3 A:524-538,616-626,627-639 1wu2 d1wu2a3 A:210-224,251-257,310-320 1wu2 d1wu2b3 B:210-224,252-258,310-320 2fu3 d2fu3b3 B:524-538,566-572,638-648 2fu3 d2fu3a3 A:524-538,566-572,638-648 1r2k d1r2kb_ B:26-40,129-136,138-150 1t3e d1t3ea3 A:524-538,566-572,638-648 1t3e d1t3eb3 B:524-538,566-572,638-648 1r2k d1r2ka_ A:26-40,129-136,138-150 1mkz d1mkzb_ B:27-41,130-137,139-151 2f7y d2f7yc1 C:22-36,126-133,135-150 1mkz d1mkza_ A:27-41,130-137,139-151 1g8l d1g8la3 A:203-217,245-252,310-321 2nrs d2nrsa3 A:203-217,291-298,300-311 2nrp d2nrpa3 A:203-217,245-252,310-321 2nqq d2nqqc3 C:203-217,245-252,310-321 2nqq d2nqqb3 B:203-217,245-252,310-321 2nro d2nrob3 B:203-217,245-252,310-321 2nrs d2nrsb3 B:203-217,245-252,310-321 2nro d2nroa3 A:203-217,245-252,310-321 2nqu d2nqua3 A:203-217,245-252,310-321 1g8l d1g8lb3 B:203-217,245-252,310-321 1g8l d1g8la3 A:203-217,291-298,300-311 2nqm d2nqma3 A:203-217,245-252,310-321 2nqk d2nqka3 A:203-217,245-252,310-321 2nqr d2nqrb3 B:203-217,245-252,310-321 1g8l d1g8lb3 B:203-217,291-298,300-311 2nqr d2nqra3 A:203-217,245-252,310-321 2nqs d2nqsb3 B:203-217,245-252,310-321 2f7w d2f7wc1 C:22-36,126-133,135-147 2nqm d2nqmb3 B:203-217,291-298,300-311 1g8r d1g8rb3 B:203-217,245-252,310-321 2nqv d2nqva3 A:203-217,291-298,300-311 2nqu d2nqub3 B:203-217,245-252,310-321 2nqq d2nqqa3 A:203-217,245-252,310-321 1g8r d1g8ra3 A:203-217,245-252,310-321 2nqq d2nqqd3 D:203-217,245-252,310-321 2nro d2nroa3 A:203-217,291-298,300-311 2nqn d2nqnb3 B:203-217,245-252,310-321 2nrs d2nrsa3 A:203-217,245-252,310-321 2nrp d2nrpa3 A:203-217,291-298,300-311 2nqn d2nqna3 A:203-217,245-252,310-321 2nqv d2nqvb3 B:203-217,291-298,300-311 2nqm d2nqmb3 B:203-217,245-252,310-321 1fc5 d1fc5a3 A:203-217,245-252,310-321 1fc5 d1fc5b3 B:203-217,245-252,310-321 2nrp d2nrpb3 B:203-217,291-298,300-312 1g8r d1g8ra3 A:203-217,291-298,300-311 2nqk d2nqkb3 B:203-217,245-252,310-321 2nqq d2nqqc3 C:203-217,291-298,300-311 2nqv d2nqvb3 B:203-217,245-252,310-321 2nqk d2nqka3 A:203-217,291-298,300-311 1uuy d1uuya_ A:24-38,131-138,140-155 1uux d1uuxa_ A:24-38,131-138,140-155 2nqn d2nqna3 A:203-217,291-298,300-311 2nqs d2nqsa3 A:203-217,245-252,310-321 1g8r d1g8rb3 B:203-217,291-298,300-311 2nqv d2nqva3 A:203-217,245-252,310-321 2nqn d2nqnb3 B:203-217,291-298,300-311 2nrs d2nrsb3 B:203-217,291-298,300-311 2nqq d2nqqd3 D:203-217,291-298,300-311 2nro d2nrob3 B:203-217,291-298,300-311 2nqm d2nqma3 A:203-217,291-298,300-311 2nqu d2nqub3 B:203-217,291-298,300-311 2nqu d2nqua3 A:203-217,291-298,300-311 2nqs d2nqsb3 B:203-217,291-298,300-311 2nqq d2nqqb3 B:203-217,291-298,300-311 2nqr d2nqrb3 B:203-217,291-298,300-311 2nqk d2nqkb3 B:203-217,291-298,300-311 2nqq d2nqqa3 A:203-217,291-298,300-311 1eav d1eavc_ C:24-42,131-138,140-152 2nqr d2nqra3 A:203-217,291-298,300-311 2nrp d2nrpb3 B:203-217,245-252,311-321 1fc5 d1fc5a3 A:203-217,291-298,300-311 1wu2 d1wu2b3 B:210-224,224-233,310-320 1fc5 d1fc5b3 B:203-217,291-298,300-311 1wu2 d1wu2a3 A:210-224,224-234,310-320 1eav d1eavd_ D:24-42,73-79,151-162 1eav d1eavc_ C:24-42,73-79,151-162 1eav d1eavh_ H:24-42,73-79,151-162 1uz5 d1uz5a3 A:206-220,248-255,314-324 2fu3 d2fu3b3 B:524-538,616-625,627-639 2fu3 d2fu3a3 A:524-538,616-625,627-639 1t3e d1t3ea3 A:524-538,616-625,627-639 2nqs d2nqsa3 A:203-217,291-297,300-311 1t3e d1t3eb3 B:524-538,616-625,627-639 2fts d2ftsa3 A:524-538,566-573,638-648 2f7w d2f7wc1 C:22-36,68-74,146-158 1o8n d1o8nc_ C:24-38,73-79,151-164 1xi8 d1xi8a3 A:210-224,225-233,310-320 1xi8 d1xi8b3 B:210-224,225-234,310-320 1uz5 d1uz5a3 A:206-220,221-230,314-324 2fu3 d2fu3a3 A:524-538,539-548,638-648 4. c.36.1 Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) there are two different functional modules of this fold: pyridine-binding (Pyr) and pyrophosphate-binding (PP) modules ! two Pyr and two PP modules assemble together in a conserved heterotetrameric core that binds two THDP coenzyme molecules ! Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 213465 1itz d1itzc2 C:367-384,467-475,508-523 1itz d1itzb2 B:367-384,467-474,508-523 1gpu d1gpub2 B:357-374,462-470,503-518 1trk d1trka2 A:357-374,462-470,503-518 1itz d1itza2 A:367-384,467-474,508-523 1tka d1tkaa2 A:357-374,462-470,503-518 1r9j d1r9jb1 B:351-368,451-460,493-508 1ngs d1ngsa2 A:357-374,461-470,503-518 1r9j d1r9ja1 A:351-368,451-460,493-508 1gpu d1gpua2 A:357-374,461-469,503-518 1ngs d1ngsb2 B:357-374,461-470,503-518 1tka d1tkab2 B:357-374,461-470,503-518 2r5n d2r5nb1 B:356-373,454-461,495-509 1tkc d1tkcb2 B:357-374,461-470,503-518 1yhy d1yhya3 A:463-476,557-565,617-632 1z8n d1z8na3 A:463-476,557-565,617-632 1yhz d1yhza3 A:463-476,557-565,617-632 1ybh d1ybha3 A:463-476,557-565,617-632 1ay0 d1ay0b2 B:357-374,461-469,503-518 1yi0 d1yi0a3 A:463-476,557-565,617-632 1yi1 d1yi1a3 A:463-476,557-565,617-632 2r8o d2r8oa1 A:356-373,453-461,495-509 1tkc d1tkca2 A:357-374,461-470,503-517 1tkb d1tkba2 A:357-374,461-470,503-517 1tkb d1tkbb2 B:357-374,461-469,503-518 2c3p d2c3pb1 B:9-22,106-114,145-164 2c42 d2c42b1 B:9-22,106-114,145-164 1upb d1upbd3 D:383-400,456-462,535-550 2pda d2pdab1 B:9-22,106-114,145-164 2pda d2pdaa1 A:9-22,106-114,145-164 2uza d2uzab1 B:9-22,106-114,145-164 2c3y d2c3yb1 B:9-22,106-114,145-164 2c3m d2c3mb1 B:9-22,106-114,145-164 2c3y d2c3ya1 A:9-22,106-114,145-164 2bp7 d2bp7f1 F:7-24,114-121,152-167 1ovm d1ovmd2 D:6-19,93-102,144-160 2c42 d2c42a1 A:9-22,106-114,145-164 1trk d1trkb2 B:357-374,461-470,503-517 1pyd d1pyda2 A:5-18,93-101,141-160 1upb d1upbc3 C:383-400,456-462,535-550 2bp7 d2bp7d1 D:7-24,114-121,152-167 1upa d1upac3 C:383-400,456-462,535-550 1kek d1kekb1 B:9-22,106-114,145-164 1ovm d1ovmc2 C:6-19,93-102,144-160 1ovm d1ovmb2 B:6-19,93-102,144-160 2c3u d2c3ua1 A:9-22,106-114,145-164 2g25 d2g25b1 B:493-509,620-628,662-679 1ovm d1ovma2 A:6-19,93-102,144-160 2bp7 d2bp7b1 B:7-24,114-121,152-167 1ay0 d1ay0a2 A:357-374,461-470,503-517 1upc d1upcd3 D:383-400,456-462,535-550 1b0p d1b0pb1 B:9-22,106-114,145-164 2iht d2ihtc3 C:383-400,456-462,535-550 1qs0 d1qs0b1 B:7-24,114-121,152-167 2c3m d2c3ma1 A:9-22,106-114,145-164 2iht d2ihtb3 B:383-400,456-462,535-550 1upc d1upcc3 C:383-400,456-462,535-550 2c3p d2c3pa1 A:9-22,106-114,145-164 1b0p d1b0pa1 A:9-22,106-114,145-164 2bp7 d2bp7h1 H:7-24,114-121,152-167 2c3o d2c3ob1 B:9-22,106-114,145-164 1kek d1keka1 A:9-22,106-114,145-164 2c3u d2c3ub1 B:9-22,106-114,145-164 2ihv d2ihvd3 D:383-400,456-462,535-550 2iht d2ihta3 A:383-400,456-462,535-550 1upc d1upca3 A:383-400,456-462,535-550 1qgd d1qgda1 A:356-373,454-461,495-510 2uza d2uzaa1 A:9-22,106-114,145-164 2ihv d2ihvb3 B:383-400,456-462,535-550 1qgd d1qgdb1 B:356-373,454-461,495-510 1umc d1umcb1 B:5-22,112-119,150-165 1umd d1umdb1 B:5-22,112-119,150-165 2r5n d2r5na1 A:356-373,453-461,495-510 1um9 d1um9b1 B:5-22,112-119,150-165 1umb d1umbb1 B:5-22,112-119,150-165 2r8o d2r8ob1 B:356-373,453-461,495-510 2r8p d2r8pb1 B:356-373,453-461,495-510 1ni4 d1ni4b1 B:4-21,111-118,149-164 2ozl d2ozlb1 B:4-21,111-118,149-164 2c3o d2c3oa1 A:9-22,106-114,145-164 1upc d1upce2 E:13-26,99-108,141-159 1umd d1umdd1 D:5-22,112-119,150-165 1upc d1upcb2 B:13-26,99-108,141-159 1upc d1upcf2 F:13-26,99-108,141-159 1umc d1umcd1 D:5-22,112-119,150-165 1upc d1upcd2 D:13-26,99-108,141-159 1ni4 d1ni4d1 D:4-21,111-118,149-164 1umb d1umbd1 D:5-22,112-119,150-165 2ozl d2ozld1 D:4-21,111-118,149-164 1um9 d1um9d1 D:5-22,112-119,150-165 1upb d1upba2 A:13-26,99-108,141-159 1ozf d1ozfb3 B:372-385,466-474,517-532 1upa d1upaa2 A:13-26,99-108,141-159 2r8p d2r8pa1 A:356-373,454-461,495-510 1ozg d1ozgb3 B:372-385,466-474,517-532 2iht d2ihta2 A:13-26,99-108,141-159 1upc d1upca2 A:13-26,99-108,141-159 1upa d1upad2 D:13-26,99-108,141-159 1upb d1upbd2 D:13-26,99-108,141-159 1upc d1upcc2 C:13-26,99-108,141-159 1upa d1upac2 C:13-26,99-108,141-159 1upb d1upbc2 C:13-26,99-108,141-159 1ozh d1ozhc3 C:372-385,466-474,517-532 2g28 d2g28b1 B:493-509,621-627,662-679 2iht d2ihtd2 D:13-26,99-108,141-159 2ihu d2ihua2 A:13-26,99-108,141-159 2qta d2qtab1 B:493-509,621-627,662-679 1upa d1upab2 B:13-26,99-108,141-159 1yhz d1yhza2 A:98-111,188-195,227-244 1t9c d1t9cb2 B:93-106,156-163,222-239 1n0h d1n0hb2 B:93-106,156-163,222-239 2iht d2ihtc2 C:13-26,99-108,141-159 2ihv d2ihvd2 D:13-26,99-108,141-159 1upb d1upbb2 B:13-26,99-108,141-159 1t9b d1t9ba2 A:93-106,156-163,222-239 1n0h d1n0ha2 A:93-106,156-163,222-239 1upc d1upce3 E:383-400,456-463,535-550 2ez8 d2ez8b3 B:372-384,466-474,518-536 1um9 d1um9b1 B:5-22,75-81,150-165 1t9d d1t9dd3 D:472-488,569-577,621-635 1t9d d1t9dc2 C:93-106,156-163,222-239 1ozh d1ozhb3 B:372-385,466-474,517-532 2iht d2ihtb2 B:13-26,99-108,141-159 1t9c d1t9cb3 B:472-488,569-577,621-635 1t9b d1t9ba3 A:472-488,569-577,621-635 1ozh d1ozhd3 D:372-385,466-474,517-532 1um9 d1um9d1 D:5-22,75-81,150-165 2ihv d2ihvb2 B:13-26,99-108,141-159 1n0h d1n0ha3 A:472-488,569-577,621-635 1t9b d1t9bb3 B:472-488,569-577,621-635 1zpd d1zpdf3 F:366-378,457-467,514-529 1t9d d1t9dc3 C:472-488,569-577,621-635 1t9d d1t9da3 A:472-488,569-577,621-635 1t9a d1t9ab2 B:93-106,156-163,222-239 1umc d1umcb1 B:5-22,75-81,150-165 1yi0 d1yi0a2 A:98-111,187-195,227-244 1ozh d1ozhc2 C:12-25,74-81,140-157 1t9d d1t9db2 B:93-106,156-163,222-239 1zpd d1zpdb3 B:366-378,457-467,514-529 2g67 d2g67a1 A:493-509,620-627,662-679 2g25 d2g25a1 A:493-509,620-627,662-679 1t9c d1t9ca3 A:472-488,569-577,621-635 1upa d1upad3 D:383-400,456-463,535-550 1umb d1umbb1 B:5-22,75-81,150-165 2qta d2qtaa1 A:493-509,620-627,662-679 1zpd d1zpda3 A:366-378,457-467,514-529 1umb d1umbd1 D:5-22,75-81,150-165 1ozh d1ozhb2 B:12-25,74-81,140-157 1ozh d1ozha2 A:12-25,74-81,140-157 1t9a d1t9ab3 B:472-488,569-577,621-635 1t9d d1t9db3 B:472-488,569-577,621-635 2qtc d2qtca1 A:493-509,620-627,662-679 2iea d2ieab1 B:493-509,620-627,662-679 1n0h d1n0hb3 B:472-488,569-577,621-635 2ihv d2ihva2 A:13-26,99-108,141-159 1upc d1upcb3 B:383-400,456-463,535-550 1umd d1umdd1 D:5-22,75-81,150-165 2bp7 d2bp7d1 D:7-24,77-83,152-167 2ji8 d2ji8a3 A:376-392,445-451,521-536 1zpd d1zpda2 A:4-17,92-101,140-159 1zpd d1zpde3 E:366-378,457-467,514-529 1upa d1upaa3 A:383-400,456-463,535-550 1t9d d1t9da2 A:93-106,156-163,222-239 2iht d2ihtd3 D:383-400,456-463,535-550 1umc d1umcd1 D:5-22,75-81,150-165 1upa d1upab3 B:383-400,456-463,535-550 1umd d1umdb1 B:5-22,75-81,150-165 1upb d1upbb3 B:383-400,456-463,535-550 2g28 d2g28a1 A:493-509,620-627,662-679 1rp7 d1rp7a1 A:493-509,620-627,662-679 2iea d2ieaa1 A:493-509,620-627,662-679 1yhz d1yhza3 A:463-476,531-537,617-632 1ozg d1ozga3 A:372-385,466-474,517-532 1l8a d1l8ab2 B:493-509,620-627,662-679 1qs0 d1qs0b1 B:7-24,77-83,152-167 1yi1 d1yi1a3 A:463-476,531-537,617-632 2ji6 d2ji6a3 A:376-392,445-451,521-536 1zpd d1zpde2 E:4-17,92-101,140-159 1t9c d1t9ca2 A:93-106,156-163,222-239 1t9a d1t9aa3 A:472-488,569-577,621-635 1l8a d1l8aa2 A:493-509,620-627,662-679 1zpd d1zpdb2 B:4-17,92-101,140-159 1ozf d1ozfa3 A:372-385,466-474,517-532 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B:55-71,73-80,430-443 2ji9 d2ji9a2 A:55-71,73-80,430-443 2ozl d2ozlc1 C:137-156,188-196,229-247 2ji8 d2ji8b2 B:55-71,73-80,430-443 2ji7 d2ji7b2 B:55-71,98-108,141-158 2ji9 d2ji9b2 B:55-71,73-80,430-443 2c31 d2c31b2 B:55-71,98-108,141-158 1ni4 d1ni4a_ A:65-80,83-89,229-247 2ozl d2ozla1 A:137-156,188-196,229-247 1r9j d1r9ja1 A:493-508,509-517,579-587 1r9j d1r9jb1 B:493-508,509-517,579-587 2dji d2djia2 A:29-41,98-106,137-156 2c31 d2c31a2 A:55-71,98-108,141-158 1v5g d1v5ga2 A:53-68,72-78,418-432 1w85 d1w85g_ G:143-162,194-202,237-255 1pow d1powb2 B:58-74,76-83,423-437 2dji d2djia2 A:53-68,72-78,418-432 1v5e d1v5ea2 A:53-68,72-78,418-432 1w88 d1w88g_ G:143-162,194-202,237-255 2ezt d2ezta2 A:58-74,76-83,423-437 1tka d1tkaa2 A:503-518,520-527,590-598 1v5f d1v5fa2 A:53-68,72-78,418-432 2bfd d2bfda1 A:89-104,107-112,257-276 1w85 d1w85e_ E:143-162,194-202,237-255 1qs0 d1qs0a_ A:109-124,127-131,278-296 2bff d2bffa1 A:89-104,107-112,257-276 1w85 d1w85c_ C:143-162,194-202,237-255 2bp7 d2bp7g1 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A:395-405,411-415,421-437 1ozh d1ozhd3 D:395-405,411-415,421-437 1v1m d1v1ma_ A:89-104,107-111,257-276 1v16 d1v16a_ A:89-104,107-111,257-276 1v11 d1v11a_ A:89-104,107-111,257-276 1um9 d1um9c_ C:34-62,65-69,107-117 1v1r d1v1ra_ A:89-104,107-111,257-276 1ols d1olsa_ A:89-104,107-111,257-276 1x7z d1x7za_ A:89-104,107-111,257-276 1um9 d1um9c_ C:145-164,196-205,239-257 1itz d1itzb2 B:508-523,525-532,598-606 1pyd d1pyda2 A:50-66,67-74,417-434 1ols d1olsa_ A:165-182,212-222,257-276 1itz d1itzc2 C:508-523,525-532,598-606 1olu d1olua_ A:165-182,212-222,257-276 2bfb d2bfba1 A:165-182,212-222,257-276 2bfc d2bfca1 A:165-182,212-222,257-276 2beu d2beua1 A:165-182,213-223,257-276 2bfe d2bfea1 A:165-182,212-222,257-276 1x7x d1x7xa_ A:165-182,212-222,257-276 1u5b d1u5ba_ A:165-182,213-223,257-276 1v1m d1v1ma_ A:165-182,212-222,257-276 2qta d2qtaa2 A:106-125,222-230,365-379 2bev d2beva1 A:165-182,213-223,257-276 1wci d1wcia1 A:165-182,213-223,257-276 2bew d2bewa1 A:165-182,213-223,257-276 2g28 d2g28b2 B:106-125,222-230,365-379 2qta d2qtaa2 A:106-125,287-293,365-379 1l8a d1l8ab1 B:106-125,222-230,365-379 2iea d2ieab2 B:106-125,222-230,365-379 2g28 d2g28b2 B:106-125,287-293,365-379 2qta d2qtab2 B:106-125,222-230,365-379 2qta d2qtab2 B:106-125,287-293,365-379 1l8a d1l8ab1 B:106-125,287-293,365-379 2iea d2ieab2 B:106-125,287-293,365-379 1umd d1umda_ A:147-164,196-204,239-257 1umb d1umba_ A:147-164,196-204,239-257 1umd d1umdc_ C:147-164,196-204,239-257 1umc d1umcc_ C:147-164,196-204,239-257 1umb d1umbc_ C:147-164,196-204,239-257 1umc d1umca_ A:147-164,196-204,239-257 1um9 d1um9a_ A:147-164,196-205,239-257 5. d.228.1 Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain consists of seven alpha-helices and three-stranded beta-sheet 1lrr d1lrrd_ D:86-103,145-150,152-168 1iu3 d1iu3f_ F:21-38,80-85,87-103 1iu3 d1iu3c_ C:21-38,80-85,87-103 1lrr d1lrra_ A:86-103,145-150,152-168 1j3e d1j3ea_ A:21-38,80-85,87-103 6. e.52.1 NAD kinase/diacylglycerol kinase-like NAD kinase/diacylglycerol kinase-like 2 domains: d1 [alpha/beta; related to the PFK N-terminal domain (scop_sf 53784)]; d2 [all-beta; atypical beta-sandwich made of 4 structural repeats of beta(3) unit] 1u0r d1u0ra_ A:18-33,77-83,120-131 1u0r d1u0rd_ D:18-33,76-83,120-131 1u0r d1u0rc_ C:16-33,76-83,120-131 1u0r d1u0rb_ B:19-32,77-83,120-131 1u0t d1u0ta_ A:19-33,78-83,120-131 1u0t d1u0tb_ B:19-33,78-83,120-131 1u0r d1u0rc_ C:16-33,101-107,120-131 1u0r d1u0ra_ A:18-33,101-107,120-131 1z0s d1z0sa1 A:9-24,41-47,83-95 1u0r d1u0rd_ D:18-33,101-107,120-131 1z0u d1z0ua1 A:10-24,41-47,83-95 1z0z d1z0zc1 C:10-24,41-47,83-95 1z0s d1z0sb1 B:10-24,41-47,83-95 2qv7 d2qv7a1 A:21-33,60-66,107-118 2qvl d2qvla1 A:21-33,60-66,107-118 1z0u d1z0ub1 B:12-24,41-47,83-95 1z0z d1z0za1 A:12-24,41-47,83-95 1z0s d1z0sd1 D:10-24,41-47,83-95 1z0s d1z0sc1 C:12-24,41-47,83-95 1suw d1suwa_ A:12-24,41-47,83-95 1suw d1suwc_ C:10-24,41-47,83-95 1z0s d1z0sb1 B:10-24,63-69,83-95 1z0s d1z0sd1 D:10-24,63-69,83-95 1z0z d1z0zc1 C:10-24,63-69,83-95 1z0u d1z0ua1 A:10-24,63-69,83-95 1z0z d1z0zd1 D:12-24,41-47,83-95 1suw d1suwb_ B:12-24,41-47,83-95 1suw d1suwd_ D:12-24,41-47,83-95 1z0s d1z0sa1 A:9-24,63-69,83-95 1z0u d1z0ub1 B:12-24,63-69,83-95 1z0z d1z0zb1 B:12-24,41-47,83-95 1u0t d1u0ta_ A:19-33,101-107,120-131 1z0z d1z0za1 A:12-24,63-69,83-95 1u0t d1u0tb_ B:19-33,101-107,120-131 1u0r d1u0rb_ B:19-32,100-107,120-131 1z0s d1z0sc1 C:12-24,63-69,83-95 1suw d1suwb_ B:12-24,63-69,83-95 1z0z d1z0zd1 D:12-24,63-69,83-95 1suw d1suwc_ C:10-24,63-69,83-95 1suw d1suwa_ A:12-24,63-69,83-95 1suw d1suwd_ D:12-24,63-69,83-95 1z0z d1z0zb1 B:12-24,63-69,83-95 2bon d2bonb1 B:18-32,34-40,108-119 2p1r d2p1ra1 A:18-32,59-65,108-119 2p1r d2p1rb1 B:18-32,59-65,108-119 2qvl d2qvla1 A:21-33,85-91,107-118 2qv7 d2qv7a1 A:21-33,85-91,107-118 1u0r d1u0rd_ D:18-33,34-38,120-131 1u0r d1u0rc_ C:16-33,34-39,120-131 7. d.92.2 beta-N-acetylhexosaminidase-like domain contains similar fold but lacks its catalytic centre ! Zincin-like contains mixed beta sheet with connection over free side of the sheet 1jak d1jaka2 A:48-67,79-85,109-125 1hp4 d1hp4a2 A:48-67,79-85,109-125 1m01 d1m01a2 A:48-67,79-85,109-125 2cbj d2cbjb3 B:75-90,102-109,148-164 1m04 d1m04a2 A:48-63,79-85,109-125 1m03 d1m03a2 A:48-63,79-85,109-125 1hp5 d1hp5a2 A:48-63,79-85,109-125 2cbi d2cbia3 A:75-90,102-109,148-164 2j62 d2j62b3 B:75-90,102-109,148-164 1k9f d1k9fa2 A:32-51,64-72,110-128 2cbi d2cbib3 B:75-90,102-109,148-164 2cbj d2cbja3 A:75-90,102-109,148-164 1mqp d1mqpa2 A:32-51,64-71,110-128 2j62 d2j62a3 A:75-90,102-109,148-164 1k9d d1k9da2 A:32-51,64-72,110-128 1mqr d1mqra2 A:32-51,64-71,110-128 1mqq d1mqqa2 A:32-51,65-72,110-128 1k9e d1k9ea2 A:32-51,64-71,110-128 1l8n d1l8na2 A:32-51,64-72,110-128 1o7a d1o7ad2 D:91-107,125-132,164-180 1o7a d1o7af2 F:91-107,125-132,164-180 1o7a d1o7ac2 C:91-107,125-132,164-180 1gqj d1gqjb2 B:39-58,70-77,120-138 1o7a d1o7aa2 A:91-107,125-132,164-180 1gqk d1gqkb2 B:39-58,70-77,120-138 1h41 d1h41b2 B:39-58,70-77,120-138 1gqi d1gqib2 B:39-58,70-77,120-138 1h41 d1h41a2 A:39-58,70-77,120-138 1gqj d1gqja2 A:39-58,70-77,120-138 1gql d1gqlb2 B:39-58,70-77,120-138 1gqk d1gqka2 A:39-58,70-77,120-138 1gqi d1gqia2 A:39-58,70-77,120-138 1gql d1gqla2 A:39-58,70-77,120-138 2j47 d2j47a3 A:34-46,55-62,96-112 2j4g d2j4gb3 B:34-46,54-62,96-112 1o7a d1o7ab2 B:91-107,125-132,164-180 1np0 d1np0b2 B:91-107,125-132,164-180 1nou d1noua2 A:91-107,125-132,164-180 1np0 d1np0a2 A:91-107,125-132,164-180 2j4g d2j4ga3 A:34-46,54-62,96-112 1now d1nowa2 A:91-107,125-132,164-180 2gk1 d2gk1f2 F:91-107,125-132,164-180 2gk1 d2gk1h2 H:91-107,125-132,164-180 2vvn d2vvna3 A:34-46,54-62,96-112 2vvn d2vvnb3 B:34-46,54-62,96-112 2jiw d2jiwa3 A:34-46,54-62,96-112 2jiw d2jiwb3 B:34-46,54-62,96-112 2cho d2choa3 A:34-45,54-62,96-112 2chn d2chna3 A:34-45,54-62,96-112 2cho d2chob3 B:34-45,54-62,96-112 2chn d2chnb3 B:34-45,54-62,96-112 2vvs d2vvsa3 A:34-45,54-62,96-112 2gjx d2gjxc2 C:91-107,122-133,164-180 1o7a d1o7ae2 E:91-107,125-133,164-180 1hp5 d1hp5a2 A:48-63,101-108,109-125 2gk1 d2gk1b2 B:91-107,125-133,164-180 1jak d1jaka2 A:48-67,101-108,109-125 1m01 d1m01a2 A:48-67,101-108,109-125 1m03 d1m03a2 A:48-63,101-108,109-125 1hp4 d1hp4a2 A:48-67,101-108,109-125 1m04 d1m04a2 A:48-63,101-108,109-125 1nou d1noub2 B:91-107,125-133,164-180 1mqq d1mqqa2 A:32-51,102-109,110-128 2j62 d2j62b3 B:75-90,140-147,148-164 2j4g d2j4gb3 B:34-46,88-96,96-112 2j4g d2j4ga3 A:34-46,88-96,96-112 1now d1nowb2 B:91-107,125-133,164-180 2gk1 d2gk1a2 A:58-74,92-100,131-147 2j47 d2j47a3 A:34-46,88-96,96-112 2gjx d2gjxb2 B:91-107,125-133,164-180 2gjx d2gjxe2 E:58-74,92-100,131-147 2gjx d2gjxg2 G:91-107,125-133,164-180 2vvn d2vvna3 A:34-46,88-96,96-112 2jiw d2jiwa3 A:34-46,88-96,96-112 2gk1 d2gk1d2 D:91-107,125-133,164-180 2jiw d2jiwb3 B:34-46,88-96,96-112 2vvn d2vvnb3 B:34-46,88-96,96-112 2vvs d2vvsa3 A:34-45,88-96,96-112 2cho d2choa3 A:34-45,88-96,96-112 1k9d d1k9da2 A:32-51,101-109,110-128 2gk1 d2gk1e2 E:58-74,92-100,131-147 1l8n d1l8na2 A:32-51,101-109,110-128 2cho d2chob3 B:34-45,88-96,96-112 2chn d2chna3 A:34-45,88-96,96-112 2chn d2chnb3 B:34-45,88-96,96-112 2gk1 d2gk1g2 G:58-74,92-100,131-147 2gjx d2gjxd2 D:58-74,92-100,131-147 2cbj d2cbja3 A:75-90,140-148,148-164 2cbi d2cbia3 A:75-90,140-148,148-164 2cbi d2cbib3 B:75-90,140-148,148-164 2j62 d2j62a3 A:75-90,140-148,148-164 2cbj d2cbjb3 B:75-90,140-148,148-164 2gjx d2gjxf2 F:91-107,125-133,164-180 2gk1 d2gk1c2 C:58-74,92-100,132-147 2gjx d2gjxa2 A:58-74,92-100,132-147 2gjx d2gjxh2 H:58-74,92-100,132-147 1h41 d1h41a2 A:39-58,110-118,120-138 1gqj d1gqja2 A:39-58,110-118,120-138 1gql d1gqla2 A:39-58,110-118,120-138 1gqi d1gqia2 A:39-58,110-118,120-138 1gql d1gqlb2 B:39-58,110-118,120-138 1h41 d1h41b2 B:39-58,110-118,120-138 1gqk d1gqka2 A:39-58,110-118,120-138 1gqi d1gqib2 B:39-58,110-118,120-138 1gqj d1gqjb2 B:39-58,110-118,120-138 1gqk d1gqkb2 B:39-58,110-118,120-138 10. c.80.1 SIS domain SIS domain 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strands, order 21345 1c7r d1c7ra_ A:80-95,106-112,208-218 1c7q d1c7qa_ A:80-95,106-112,208-218 2pgi d2pgia_ A:80-95,106-112,208-218 1b0z d1b0za_ A:80-95,106-112,208-218 1gzv d1gzva_ A:156-171,178-184,280-288 1jlh d1jlha_ A:156-171,178-184,280-288 1iri d1iric_ C:157-172,179-185,281-289 1dqr d1dqra_ A:156-171,178-184,280-288 1koj d1koja_ A:156-171,178-184,280-288 1u0f d1u0fa_ A:156-171,178-184,280-288 1gzd d1gzda_ A:156-171,178-184,280-288 1u0f d1u0fb_ B:156-171,178-184,280-288 1q50 d1q50a_ A:204-219,226-232,333-341 1jlh d1jlhc_ C:156-171,178-184,280-288 1u0g d1u0ga_ A:156-171,178-184,280-288 1iat d1iata_ A:156-171,178-184,280-288 1jiq d1jiqc_ C:157-172,179-185,281-289 1hm5 d1hm5a_ A:156-171,178-184,280-288 1u0e d1u0eb_ B:156-171,178-184,280-288 1iri d1irib_ B:157-172,179-185,281-289 1dqr d1dqrb_ B:156-171,178-184,280-288 1jlh d1jlhd_ D:156-171,178-184,280-288 1u0e d1u0ea_ A:156-171,178-184,280-288 1koj d1kojb_ B:156-171,178-184,280-288 1jiq d1jiqb_ B:157-172,179-185,281-289 1n8t d1n8tb_ B:156-171,178-184,280-288 1xtb d1xtbb1 B:1156-1171,1178-1184,1280-1288 1jlh d1jlhb_ B:156-171,178-184,280-288 1hox d1hoxb_ B:156-171,178-184,280-288 1n8t d1n8ta_ A:156-171,178-184,280-288 1g98 d1g98b_ B:156-171,178-184,280-288 1hm5 d1hm5b_ B:156-171,178-184,280-288 1jiq d1jiqd_ D:157-172,179-185,281-289 1jiq d1jiqa_ A:157-172,179-185,281-289 1u0g d1u0gb_ B:156-171,178-184,280-288 1g98 d1g98a_ A:156-171,178-184,280-288 1xtb d1xtba1 A:156-171,178-184,280-288 1iri d1irid_ D:157-172,179-185,281-289 1hox d1hoxa_ A:156-171,178-184,280-288 1iri d1iria_ A:157-172,179-185,281-289 1t10 d1t10a_ A:204-219,226-232,333-341 1nuh d1nuha_ A:156-171,178-184,280-288 1tzb d1tzbb_ B:45-63,81-88,137-154 1tzb d1tzba_ A:45-63,81-88,137-154 1jxa d1jxaa1 A:300-319,340-349,401-424 1mor d1mora_ A:300-319,340-349,401-424 2j6h d2j6hb1 B:300-319,340-349,401-424 1jxa d1jxab1 B:300-319,340-349,401-424 1c7r d1c7ra_ A:80-95,131-139,208-218 1jxa d1jxac1 C:300-319,340-349,401-424 3bjz d3bjzc1 C:51-68,111-121,169-194 1moq d1moqa_ A:300-319,340-349,401-424 2vf5 d2vf5x1 X:300-319,340-349,401-424 1x9h d1x9ha_ A:45-63,81-91,137-154 1tzc d1tzcb_ B:45-63,81-91,137-154 1x9i d1x9ib_ B:45-63,81-91,137-154 1x9h d1x9hb_ B:45-63,81-91,137-154 2bpl d2bplb1 B:300-319,340-349,401-424 2j6h d2j6ha1 A:300-319,340-349,401-424 1mos d1mosa_ A:300-319,340-349,401-424 2vf4 d2vf4x1 X:300-319,340-349,401-424 1tzc d1tzca_ A:45-63,81-91,137-154 1x9i d1x9ia_ A:45-63,81-91,137-154 3bjz d3bjzd1 D:50-68,111-121,169-194 1tk9 d1tk9c_ C:49-67,111-120,165-188 1m3s d1m3sa_ A:43-62,78-87,148-171 1tk9 d1tk9a_ A:49-67,111-120,165-188 1b0z d1b0za_ A:80-95,131-139,208-218 2pgi d2pgia_ A:80-95,131-139,208-218 1c7q d1c7qa_ A:80-95,131-139,208-218 1x92 d1x92a_ A:50-68,111-121,169-194 1vim d1vimb_ B:41-60,77-85,146-169 1m3s d1m3sb_ B:43-62,78-87,148-171 1tk9 d1tk9b_ B:49-67,111-120,165-188 1mor d1mora_ A:472-491,514-520,568-592 3bjz d3bjza1 A:50-68,111-120,169-194 2vf5 d2vf5x1 X:472-491,514-520,568-592 1tk9 d1tk9d_ D:49-67,111-120,165-188 2vf4 d2vf4x1 X:472-491,514-520,568-592 1x92 d1x92b_ B:50-68,111-121,169-194 1vim d1vimd_ D:41-60,77-86,146-169 1vim d1vima_ A:41-60,77-86,146-169 1vim d1vimc_ C:41-60,77-86,146-169 3bjz d3bjzb1 B:50-68,111-121,169-194 1moq d1moqa_ A:472-491,514-520,568-592 1jeo d1jeoa_ A:47-66,83-92,143-166 1mos d1mosa_ A:472-491,514-520,568-592 1j5x d1j5xa_ A:48-67,89-98,148-168 1jxa d1jxac1 C:472-491,514-521,571-592 1tzb d1tzba_ A:45-63,66-72,137-154 1x9i d1x9ib_ B:45-63,66-72,137-154 1x9h d1x9ha_ A:45-63,66-72,137-154 1x9i d1x9ia_ A:45-63,66-72,137-154 1tzc d1tzca_ A:45-63,66-72,137-154 1tzc d1tzcb_ B:45-63,66-72,137-154 1tzb d1tzbb_ B:45-63,66-72,137-154 1x9h d1x9hb_ B:45-63,66-72,137-154 1wiw d1wiwb_ B:44-55,61-70,107-123 1x9i d1x9ib_ B:45-63,107-115,137-154 1nri d1nria_ A:76-95,137-146,198-223 1viv d1viva_ A:43-62,78-87,146-171 2bpl d2bpla1 A:300-311,340-349,401-424 1jxa d1jxab1 B:472-491,514-521,571-592 1x94 d1x94b_ B:52-74,111-121,167-191 2j6h d2j6hb1 B:472-491,514-521,568-592 1j5x d1j5xa_ 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2j6h d2j6hb1 B:300-319,321-326,326-333 1b0z d1b0za_ A:269-289,318-328,384-407 2pgi d2pgia_ A:269-289,318-328,384-407 1c7q d1c7qa_ A:269-289,318-328,384-407 2j6h d2j6ha1 A:300-319,321-326,326-333 1q50 d1q50a_ A:204-219,250-258,323-331 2bpl d2bplb1 B:300-319,321-326,326-333 1moq d1moqa_ A:300-319,321-326,326-333 1mos d1mosa_ A:300-319,321-326,326-333 1jxa d1jxac1 C:300-319,321-326,326-333 1mor d1mora_ A:300-319,321-326,326-333 2vf5 d2vf5x1 X:300-319,321-326,326-333 2vf4 d2vf4x1 X:300-319,320-326,326-333 1jlh d1jlhb_ B:156-171,242-246,280-288 1n8t d1n8tb_ B:156-171,242-247,280-288 1jlh d1jlha_ A:156-171,242-246,280-288 1jlh d1jlhd_ D:156-171,242-246,280-288 1n8t d1n8ta_ A:156-171,242-247,280-288 1hm5 d1hm5b_ B:156-171,242-247,280-288 1nuh d1nuha_ A:344-361,401-410,482-505 1dqr d1dqrb_ B:344-361,402-410,482-505 1dqr d1dqra_ A:344-361,402-410,482-505 1q50 d1q50a_ A:397-414,454-463,533-556 1u0f d1u0fb_ B:156-171,242-246,280-288 1t10 d1t10a_ A:397-414,454-463,533-556 1jlh d1jlhb_ B:344-361,401-410,482-505 1iri d1irid_ D:345-362,402-411,483-506 1jlh d1jlha_ A:344-361,401-410,482-505 1g98 d1g98a_ A:344-361,401-410,482-505 1xtb d1xtba1 A:344-361,401-410,482-505 1jiq d1jiqa_ A:345-362,402-411,483-506 1iat d1iata_ A:344-361,401-410,482-505 1xtb d1xtbb1 B:1344-1361,1401-1410,1482-1505 1jlh d1jlhd_ D:344-361,402-410,482-505 1jlh d1jlhc_ C:344-361,402-410,482-505 1iri d1irib_ B:345-362,402-411,483-506 1koj d1koja_ A:344-361,401-410,482-505 1hm5 d1hm5b_ B:344-361,401-410,482-505 1gzd d1gzda_ A:344-361,402-410,482-505 1n8t d1n8tb_ B:344-361,402-410,482-505 1jiq d1jiqd_ D:345-362,402-411,483-506 1iri d1iric_ C:345-362,402-411,483-506 1jiq d1jiqc_ C:345-362,402-411,483-506 1iri d1iria_ A:345-362,403-411,483-506 1n8t d1n8ta_ A:344-361,401-410,482-505 1g98 d1g98b_ B:344-361,401-410,482-505 1jiq d1jiqb_ B:345-362,402-411,483-506 1hox d1hoxb_ B:344-361,401-410,482-505 1u0g d1u0ga_ A:344-361,401-410,482-505 1hm5 d1hm5a_ A:344-361,402-410,482-505 1hox d1hoxa_ A:344-361,401-410,482-505 1koj d1kojb_ B:344-361,401-410,482-505 1gzv d1gzva_ A:344-361,402-410,482-505 1u0g d1u0gb_ B:344-361,401-410,482-505 1u0e d1u0ea_ A:344-361,401-410,482-505 1u0e d1u0eb_ B:344-361,401-410,482-505 1u0f d1u0fa_ A:344-361,401-410,482-505 1u0f d1u0fb_ B:344-361,401-410,482-505 1nuh d1nuha_ A:156-171,241-247,270-278 1iri d1iric_ C:157-172,243-248,271-279 1iri d1irib_ B:157-172,242-248,271-279 1iri d1irid_ D:157-172,243-248,271-279 1u0g d1u0ga_ A:156-171,241-247,270-278 1hox d1hoxa_ A:156-171,241-247,270-278 1hox d1hoxb_ B:156-171,241-247,270-278 1iri d1iria_ A:157-172,242-248,271-279 1dqr d1dqra_ A:156-171,241-247,270-278 1iat d1iata_ A:156-171,241-247,270-278 1g98 d1g98b_ B:156-171,241-247,270-278 1koj d1kojb_ B:156-171,241-247,270-278 1u0f d1u0fa_ A:156-171,241-247,270-278 1u0e d1u0ea_ A:156-171,241-247,270-278 1u0g d1u0gb_ B:156-171,241-247,270-278 1koj d1koja_ A:156-171,241-247,270-278 1g98 d1g98a_ A:156-171,241-247,270-278 1dqr d1dqrb_ B:156-171,241-247,270-278 1xtb d1xtba1 A:156-171,241-247,270-278 1xtb d1xtbb1 B:1156-1171,1242-1247,1270-1278 1gzd d1gzda_ A:156-171,242-247,270-278 1n8t d1n8ta_ A:156-171,242-247,270-278 1jiq d1jiqc_ C:157-172,242-248,271-279 1n8t d1n8tb_ B:156-171,242-247,270-278 1jiq d1jiqa_ A:157-172,243-248,271-279 1hm5 d1hm5b_ B:156-171,242-247,270-278 1u0e d1u0eb_ B:156-171,241-247,270-278 1jiq d1jiqb_ B:157-172,243-248,271-279 1jiq d1jiqd_ D:157-172,243-248,271-279 11. c.2.1 NAD(P)-binding Rossmann-fold domains NAD(P)-binding Rossmann-fold domains core: 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 321456 ! The nucleotide-binding modes of this and the next two folds/superfamilies are similar 1yl7 d1yl7e1 E:10-24,47-53,213-228 1yl7 d1yl7a1 A:10-24,47-53,213-228 1yl7 d1yl7d1 D:10-24,47-53,213-228 1c3v d1c3va1 A:510-524,547-553,713-728 1c3v d1c3vb1 B:1010-1024,1047-1053,1213-1228 1yl7 d1yl7g1 G:10-24,47-53,213-228 1yl7 d1yl7b1 B:10-24,47-53,213-228 1p9l d1p9lb1 B:10-24,47-53,213-228 1p9l d1p9la1 A:10-24,47-53,213-228 1yl7 d1yl7c1 C:10-24,47-53,213-228 1yl5 d1yl5b1 B:10-24,47-53,213-228 1yl7 d1yl7f1 F:10-24,47-53,213-228 1yl7 d1yl7h1 H:10-24,47-52,213-228 1yl5 d1yl5a1 A:10-24,47-53,215-228 1yl6 d1yl6b1 B:10-24,47-52,213-228 1yl6 d1yl6a1 A:10-24,47-52,213-228 2q49 d2q49b1 B:26-39,84-89,326-345 2g17 d2g17a1 A:11-25,74-79,307-326 2q49 d2q49a1 A:26-40,84-89,326-345 1h5q d1h5qc_ C:21-35,91-97,229-243 1cyd d1cydc_ C:17-31,78-83,211-225 1h5q d1h5qj_ J:21-35,91-97,229-243 1cyd d1cydb_ B:17-31,78-83,211-225 1cyd d1cydd_ D:17-31,78-83,211-225 1cyd d1cyda_ A:17-31,78-83,211-225 1h5q d1h5qi_ I:21-35,91-97,229-243 1xyg d1xygd1 D:26-39,84-89,326-345 1xyg d1xygb1 B:26-39,84-89,326-345 1h5q d1h5qh_ H:21-35,91-97,229-243 1xyg d1xygc1 C:26-39,84-89,326-345 1h5q d1h5qa_ A:21-35,91-97,229-243 1b7g d1b7go1 O:10-24,79-84,299-317 1h5q d1h5qg_ G:21-35,91-97,229-243 1xyg d1xyga1 A:26-39,84-89,326-345 1h5q d1h5qf_ F:21-35,91-97,229-243 1h5q d1h5qe_ E:21-35,91-97,229-243 1vkn d1vkna1 A:11-25,68-73,306-325 1vkn d1vknd1 D:11-25,68-73,306-325 2q46 d2q46b1 B:14-29,71-76,204-219 1h5q d1h5qd_ D:21-35,91-97,229-243 1h5q d1h5ql_ L:21-35,91-97,229-243 2cvo d2cvob1 B:82-96,140-145,382-401 1h5q d1h5qk_ K:21-35,91-97,229-243 1xq6 d1xq6b_ B:14-29,71-76,204-219 1p33 d1p33d_ D:16-30,104-110,253-267 1h5q d1h5qb_ B:21-35,91-97,229-243 2q49 d2q49d1 D:26-39,84-89,326-345 1wnt d1wntc1 C:17-31,78-83,211-225 1wnt d1wntb1 B:17-31,78-83,211-225 1vkn d1vknb1 B:11-25,68-73,306-325 1j5p d1j5pa4 A:9-20,50-55,220-236 2cvo d2cvoa1 A:82-96,140-145,382-401 2czc d2czcd1 D:11-25,81-86,297-315 1wnt d1wntd1 D:17-31,78-83,211-225 1mxf d1mxfb_ B:21-35,96-102,241-255 1ybm d1ybmb1 B:14-28,71-76,204-219 1mxf d1mxfc_ C:21-35,96-102,241-255 1vkn d1vknc1 C:11-24,68-73,306-325 1dir d1dird_ D:16-30,77-82,200-214 1ae1 d1ae1b_ B:31-45,101-107,237-251 2rhc d2rhcb1 B:16-30,85-91,228-242 2czc d2czcc1 C:11-25,81-86,297-315 1ybm d1ybma1 A:14-28,71-76,204-219 2czc d2czca2 A:11-25,81-86,297-315 1mxh d1mxhc_ C:21-35,96-102,241-255 1ipe d1ipea_ A:19-33,89-95,224-238 1hlp d1hlpb1 B:29-43,90-96,245-263 2cvo d2cvod1 D:82-95,140-145,382-401 1pr9 d1pr9b_ B:17-31,78-83,211-225 1w0c d1w0ca_ A:16-30,104-110,253-267 2qhx d2qhxb1 B:16-30,104-110,253-267 1hdc d1hdca_ A:16-30,82-88,213-227 2qhx d2qhxc1 C:16-30,104-110,253-267 1pr9 d1pr9a_ A:17-31,78-83,211-225 2cvo d2cvoc1 C:82-95,140-145,382-401 1e7w d1e7wa_ A:16-30,104-110,253-267 2bf7 d2bf7d1 D:16-30,104-110,253-267 1mxh d1mxhd_ D:21-35,96-102,241-255 1mxf d1mxfa_ A:21-35,96-102,241-255 1p33 d1p33a_ A:16-30,104-110,253-267 2bf7 d2bf7a1 A:16-30,104-110,253-267 1hxh 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B:40-54,123-128,323-339 1h6d d1h6dc1 C:92-106,175-180,375-391 1h6d d1h6dd1 D:92-106,175-180,375-391 1h6d d1h6df1 F:92-106,175-180,375-391 1h6d d1h6de1 E:92-106,175-180,375-391 1ryd d1rydb1 B:40-54,123-128,323-339 1h6d d1h6dg1 G:92-106,175-180,375-391 1h6d d1h6dk1 K:92-106,175-180,375-391 1h6d d1h6di1 I:92-106,175-180,375-391 1h6b d1h6ba1 A:92-106,175-180,375-391 1k0u d1k0uh1 H:182-207,291-298,343-350 1h6d d1h6da1 A:92-106,175-180,375-391 1rye d1ryed1 D:40-54,123-128,323-339 1k0u d1k0uh1 H:221-235,291-298,343-350 1h6d d1h6dh1 H:92-106,175-180,375-391 1k0u d1k0uf1 F:221-235,291-298,343-350 1h6d d1h6db1 B:92-106,175-180,375-391 1h6d d1h6dj1 J:92-106,175-180,375-391 1h6d d1h6dl1 L:92-106,175-180,375-391 1ryd d1ryda1 A:40-54,123-128,323-339 1rye d1ryeb1 B:40-54,124-128,323-339 1h6b d1h6bb1 B:92-106,175-180,375-391 1ofg d1ofgd1 D:40-54,123-128,323-339 1ofg d1ofgc1 C:40-54,123-128,323-339 1ofg d1ofgb1 B:40-54,123-128,323-339 1ofg d1ofge1 E:40-54,123-128,323-339 1ofg d1ofgf1 F:40-54,123-128,323-339 1ofg d1ofga1 A:40-54,123-128,323-339 1li4 d1li4a1 A:222-236,292-299,344-351 1gr0 d1gr0a1 A:24-38,61-69,309-332 1h6c d1h6cb1 B:92-106,175-180,375-391 1d4f d1d4fb1 B:221-235,291-298,343-350 1rye d1ryec1 C:40-54,123-128,323-339 1ky5 d1ky5a1 A:221-235,291-298,343-350 1rm0 d1rm0b1 B:75-91,141-148,437-460 1tlt d1tltb1 B:14-28,30-38,267-282 1u1i d1u1ib1 B:410-426,451-458,731-754 1u1i d1u1ia1 A:10-26,51-58,331-354 1p1f d1p1fb1 B:75-91,141-148,437-460 1zh8 d1zh8a1 A:20-30,32-40,277-293 1zh8 d1zh8b1 B:20-30,32-40,277-293 12. c.67.1 PLP-dependent transferases PLP-dependent transferase-like main domain: 3 layers: a/b/a, mixed beta-sheet of 7 strands, order 3245671; strand 7 is antiparallel to the rest 1yiy d1yiyb1 B:25-38,39-43,368-382 1yiz d1yizb1 B:25-38,39-43,368-382 2r5c d2r5cb1 B:25-38,39-43,368-382 1yiz d1yiza1 A:25-38,39-43,368-382 2r5e d2r5ea1 A:25-38,39-43,368-382 1yiy d1yiya1 A:25-38,39-43,368-382 2r5c d2r5ca1 A:25-38,39-43,368-382 2r5e d2r5eb1 B:25-38,39-43,368-382 1u08 d1u08b_ B:18-31,32-36,333-346 1w7m d1w7ma_ A:16-29,30-34,361-375 1u08 d1u08a_ A:18-31,32-36,333-346 1w7l d1w7la_ A:16-29,30-34,361-375 1w7n d1w7na_ A:16-29,30-34,361-375 1v2e d1v2ea_ A:13-26,27-31,318-327 1j32 d1j32a_ A:13-29,32-36,334-347 1gd9 d1gd9b_ B:513-526,528-532,831-844 1gd9 d1gd9a_ A:13-26,28-32,331-344 1gc4 d1gc4b_ B:514-530,533-537,833-845 1gc4 d1gc4a_ A:14-30,33-37,333-345 1v2f d1v2fa_ A:13-26,27-31,318-327 1gc4 d1gc4d_ D:1514-1530,1533-1537,1833-1845 1gc4 d1gc4c_ C:1014-1030,1033-1037,1333-1345 2g6w d2g6wa1 A:83-98,100-106,269-285 1bs0 d1bs0a_ A:83-98,100-106,269-285 1b9h d1b9ha_ A:37-52,54-60,238-252 1b9i d1b9ia_ A:37-52,54-60,238-252 1v2d d1v2da_ A:14-26,27-31,318-327 1gde d1gdea_ A:13-25,28-32,331-344 1dje d1djea_ A:83-98,100-106,269-285 1v2f d1v2fb_ B:13-26,27-31,318-327 1mdz d1mdza_ A:37-53,55-61,245-259 1mdx d1mdxa_ A:37-53,55-61,245-259 1mdo d1mdoa_ A:37-53,55-61,245-259 1ax4 d1ax4a_ A:75-90,92-98,305-321 1ax4 d1ax4b_ B:75-90,92-98,305-321 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S5 domain 2-like core: beta(3)-alpha-beta-alpha; 2 layers: alpha/beta; left-handed crossover 2f1d d2f1df2 F:139-155,155-164,167-188 2f1d d2f1dc2 C:139-155,155-164,167-188 2ae8 d2ae8d2 D:128-144,144-155,156-177 2ae8 d2ae8c2 C:128-144,144-155,156-177 2ae8 d2ae8e2 E:128-144,144-155,156-177 2ae8 d2ae8a2 A:128-144,144-155,156-177 2ae8 d2ae8f2 F:128-144,144-155,156-177 2ae8 d2ae8b2 B:128-144,144-155,156-177 2ow8 d2ow8f1 F:103-114,117-124,127-143 1rhy d1rhya2 A:137-153,153-163,165-186 1rhy d1rhyb1 B:40-55,56-63,73-90 2f1d d2f1dj2 J:139-155,155-164,167-189 2f1d d2f1da2 A:139-155,155-164,167-189 2f1d d2f1db2 B:139-155,155-164,167-189 2f1d d2f1de2 E:139-155,155-164,167-189 2hgi d2hgih1 H:103-114,117-124,127-142 2f1d d2f1do2 O:139-155,155-164,167-189 2f1d d2f1dn2 N:139-155,155-164,167-189 2f1d d2f1dh2 H:139-155,155-164,167-189 2f1d d2f1di2 I:139-155,155-164,167-189 2f1d d2f1dg2 G:139-155,155-164,167-189 2hgr d2hgrh1 H:103-114,117-124,127-142 2f1d d2f1dk2 K:139-155,155-164,167-189 2hgp d2hgph1 H:103-114,117-124,127-143 1rhy d1rhya1 A:40-55,56-64,73-90 2f1d d2f1dl2 L:139-155,155-164,167-189 1rhy d1rhyb2 B:137-153,154-163,165-186 2f1d d2f1dd2 D:139-155,155-165,167-189 2b64 d2b64e1 E:103-114,117-125,127-142 2b9o d2b9oe1 E:103-114,117-125,127-142 2b9m d2b9me1 E:103-114,117-125,127-142 2f1d d2f1dp2 P:139-155,155-165,167-189 2f1d d2f1dm2 M:139-155,155-165,167-189 1xmo d1xmoe1 E:103-114,117-125,127-142 1yl4 d1yl4h1 H:103-114,117-124,127-142 1j5e d1j5ee1 E:103-114,117-125,127-142 1n32 d1n32e1 E:103-114,117-125,127-142 2uxc d2uxce1 E:103-114,117-125,127-142 2z4m d2z4me1 E:107-118,121-129,131-147 2z4k d2z4ke1 E:107-118,121-129,131-147 1xnq d1xnqe1 E:103-114,117-125,127-142 1xmq d1xmqe1 E:103-114,117-124,127-142 2e5l d2e5le1 E:103-114,117-125,127-142 2qbd d2qbde1 E:107-118,121-128,131-147 1rr9 d1rr9c_ C:677-694,700-705,762-772 1hnx d1hnxe1 E:103-114,117-125,127-142 2qbf d2qbfe1 E:107-118,121-128,131-147 1rre d1rrec_ C:677-694,700-705,762-772 1rre d1rred_ D:677-694,700-705,762-772 2uub d2uube1 E:103-114,117-125,127-142 2aw7 d2aw7e1 E:107-118,121-128,131-147 1xnr d1xnre1 E:103-114,117-125,127-142 2qou d2qoue1 E:107-118,121-129,131-147 1n33 d1n33e1 E:103-114,117-125,127-142 2qow d2qowe1 E:107-118,121-129,131-147 1vs7 d1vs7e1 E:107-118,121-128,131-147 2hhh d2hhhe1 E:103-114,117-125,127-142 1fjg d1fjge1 E:103-114,117-125,127-142 1hnz d1hnze1 E:103-114,117-125,127-142 2qbj d2qbje1 E:107-118,121-129,131-147 2qbh d2qbhe1 E:107-118,121-129,131-147 2j02 d2j02e1 E:103-114,117-124,127-142 1hnw d1hnwe1 E:103-114,117-124,127-142 2j00 d2j00e1 E:103-114,117-124,127-142 2qan d2qane1 E:107-118,121-129,131-147 2qal d2qale1 E:107-118,121-129,131-147 1hr0 d1hr0e1 E:103-114,117-124,127-142 1rre d1rref_ F:677-694,700-705,762-772 2uua d2uuae1 E:103-114,117-124,127-142 1rr9 d1rr9d_ D:677-694,700-705,762-772 2uuc d2uuce1 E:103-114,117-124,127-142 2f4v d2f4ve1 E:103-114,117-125,127-142 2uu9 d2uu9e1 E:103-114,117-124,127-142 2qb9 d2qb9e1 E:107-118,121-129,131-147 2vho d2vhoe1 E:107-118,121-128,131-146 2qbb d2qbbe1 E:107-118,121-129,131-147 1n34 d1n34e1 E:103-114,117-124,127-142 1rr9 d1rr9a_ A:677-694,700-705,762-772 1rr9 d1rr9b_ B:677-694,700-705,762-772 1n36 d1n36e1 E:103-114,117-124,127-142 1rre d1rrea_ A:677-694,700-705,762-772 1rr9 d1rr9e_ E:677-694,700-705,762-772 2avy d2avye1 E:107-118,121-128,131-146 2vhp d2vhpe1 E:107-118,121-129,131-147 1vs5 d1vs5e1 E:107-118,121-128,131-146 1fwl d1fwlb1 B:62-76,79-88,96-114 1h74 d1h74b1 B:62-76,79-88,96-114 2qp0 d2qp0e1 E:107-118,121-129,131-147 2qoy d2qoye1 E:107-118,121-129,131-147 1h74 d1h74c1 C:62-76,79-88,96-114 1h74 d1h74d1 D:62-76,79-88,96-114 3df3 d3df3e1 E:107-118,121-129,131-146 3df1 d3df1e1 E:107-118,121-129,131-146 1h74 d1h74a1 A:62-76,79-88,96-114 1fwk d1fwkc1 C:62-76,79-88,96-114 1fwk d1fwka1 A:62-76,79-88,96-114 1fwl d1fwlc1 C:62-76,79-88,96-114 1fwl d1fwld1 D:62-76,79-88,96-114 2uxd d2uxdi1 I:40-54,58-64,69-90 1fwl d1fwla1 A:62-76,79-88,96-114 1fwk d1fwkd1 D:62-76,79-88,96-114 1rr9 d1rr9f_ 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d1s16b1 B:2276-2299,2315-2325,2339-2362 1s16 d1s16a1 A:1276-1299,1315-1325,1339-1362 2hkj d2hkja2 A:318-331,333-346,433-469 1z59 d1z59a2 A:318-331,333-346,433-469 14. c.23.16 Class I glutamine amidotransferase-like conserved positions of the oxyanion hole and catalytic nucleophile; different constituent families contain different additional structures ! Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1oi4 d1oi4a1 A:35-50,88-94,176-192 1oi4 d1oi4b1 B:235-250,288-294,376-392 1g2i d1g2ia_ A:12-27,95-100,150-166 1g2i d1g2ic_ C:412-427,495-500,550-566 1g2i d1g2ib_ B:212-227,295-300,350-366 1oy1 d1oy1d_ D:21-36,90-96,200-219 1vhq d1vhqb_ B:21-36,90-96,200-219 3bwe d3bwec1 C:415-430,468-474,557-574 1oi4 d1oi4a1 A:35-50,120-125,176-192 1oi4 d1oi4b1 B:235-250,320-325,376-392 3bwe d3bwef1 F:1015-1030,1068-1074,1157-1174 1pdw d1pdwg_ G:3015-3030,3100-3106,3157-3174 2ab0 d2ab0a1 A:14-29,100-107,157-174 3bwe d3bweg1 G:1215-1230,1300-1306,1357-1374 3bwe d3bweb1 B:215-230,300-306,357-374 2ab0 d2ab0b1 B:14-29,100-107,157-174 1vhq d1vhqa_ A:21-36,90-96,200-220 3bwe d3bwea1 A:15-30,100-106,157-174 1j42 d1j42a_ A:15-30,100-106,157-174 1p5f d1p5fa_ A:15-30,100-107,157-174 1pdw d1pdwe_ E:2015-2030,2100-2106,2157-2174 1pdv d1pdva_ A:15-30,100-106,157-174 1pdw d1pdwd_ D:1215-1230,1300-1306,1357-1374 1pe0 d1pe0b_ B:215-230,300-306,357-374 1ucf d1ucfa_ A:15-30,100-106,157-174 2or3 d2or3b1 B:15-30,100-106,157-174 2or3 d2or3a1 A:15-30,100-106,157-174 1t36 d1t36f2 F:202-213,234-240,361-380 2r1u d2r1ua1 A:15-30,100-106,157-174 1ucf d1ucfb_ B:15-30,100-106,157-174 1soa d1soaa_ A:15-30,100-106,157-174 1q2u d1q2ua_ A:15-30,100-106,157-174 2r1u d2r1ub1 B:15-30,100-106,157-174 1pdw d1pdwb_ B:215-230,300-306,357-374 1pdw d1pdwc_ C:1015-1030,1100-1106,1157-1174 1oy1 d1oy1c_ C:21-36,90-96,200-220 3bwe d3bwee1 E:815-830,900-906,957-974 1pdw d1pdwf_ F:2215-2230,2300-2306,2357-2374 1pe0 d1pe0a_ A:15-30,100-106,157-174 1pdw d1pdwa_ A:15-30,100-106,157-174 3bwe d3bwed1 D:615-630,700-706,757-774 1pdw d1pdwh_ H:3215-3230,3300-3306,3357-3374 3bwe d3bwef1 F:1015-1030,1100-1106,1157-1174 1rw7 d1rw7a_ A:27-42,100-105,220-235 1g2i d1g2ic_ C:412-427,463-471,550-566 1u9c d1u9ca_ A:24-39,88-94,202-221 3bwe d3bwec1 C:415-430,501-506,557-574 1g2i d1g2ib_ B:212-227,263-271,350-366 1g2i d1g2ia_ A:12-27,63-71,150-166 1cs0 d1cs0b2 B:202-213,234-240,360-380 1ce8 d1ce8b2 B:202-213,234-240,360-380 1kee d1keef2 F:202-213,234-240,360-380 1bxr d1bxrb2 B:202-213,234-240,360-380 1pv2 d1pv2a_ A:74-89,179-186,262-280 1a9x d1a9xd2 D:3702-3713,3734-3740,3860-3880 1c3o d1c3ob2 B:202-213,234-240,360-380 1pdw d1pdwe_ E:2015-2030,2068-2075,2157-2174 3bwe d3bweg1 G:1215-1230,1268-1275,1357-1374 1c30 d1c30d2 D:202-213,234-240,360-380 1ucf d1ucfa_ A:15-30,68-75,157-174 1kee d1keeb2 B:202-213,234-240,360-380 1cs0 d1cs0d2 D:202-213,234-240,360-380 1ucf d1ucfb_ B:15-30,68-75,157-174 1p5f d1p5fa_ A:15-30,68-75,157-174 1rw7 d1rw7a_ A:27-42,132-138,220-235 1j42 d1j42a_ A:15-30,68-75,157-174 1pdw d1pdwf_ F:2215-2230,2268-2275,2357-2374 1t36 d1t36h2 H:202-213,234-240,360-380 1c3o d1c3oh2 H:202-213,234-240,360-380 1qvv d1qvvd_ D:27-42,100-105,220-237 1soa d1soaa_ A:15-30,68-75,157-174 2r1u d2r1ub1 B:15-30,68-75,157-174 2r1u d2r1ua1 A:15-30,68-75,157-174 2ab0 d2ab0b1 B:14-29,68-75,157-174 1c3o d1c3of2 F:202-213,234-240,360-380 1a9x d1a9xb2 B:1702-1713,1734-1740,1860-1880 1pdv d1pdva_ A:15-30,68-75,157-174 1izy d1izyb_ B:74-89,179-185,262-281 1izy d1izya_ A:74-89,179-185,262-281 1q2u d1q2ua_ A:15-30,68-75,157-174 1cs0 d1cs0h2 H:202-213,234-240,360-380 1c3o d1c3od2 D:202-213,234-240,360-380 1pdw d1pdwh_ H:3215-3230,3268-3275,3357-3374 1pdw d1pdwb_ B:215-230,268-275,357-374 1jdb d1jdbi2 I:202-213,234-240,360-380 1c30 d1c30b2 B:202-213,234-240,360-380 1pe0 d1pe0a_ A:15-30,68-75,157-174 1pdw d1pdwg_ G:3015-3030,3068-3075,3157-3174 1a9x d1a9xf2 F:5702-5713,5734-5740,5860-5880 1ce8 d1ce8f2 F:202-213,234-240,360-380 1pdw d1pdwa_ A:15-30,68-75,157-174 1bxr d1bxrd2 D:202-213,234-240,360-380 1pe0 d1pe0b_ B:215-230,268-275,357-374 1izz d1izza_ A:75-89,147-152,262-281 1t36 d1t36b2 B:202-213,234-240,360-380 1jdb d1jdbl2 L:202-213,234-240,360-380 1pv2 d1pv2g_ G:74-89,179-186,262-281 1pv2 d1pv2f_ F:74-89,145-153,262-281 1pdw d1pdwd_ D:1215-1230,1268-1275,1357-1374 2or3 d2or3a1 A:15-30,68-75,157-174 1t36 d1t36f2 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D:15-25,26-33,175-198 1s1m d1s1mb1 B:305-320,374-379,526-545 2abw d2abwb1 B:14-26,29-36,203-221 2a9v d2a9vc1 C:15-25,26-33,175-197 2abw d2abwa1 A:14-26,29-36,203-221 1zrs d1zrsa2 A:28-43,78-85,152-167 2aum d2auma2 A:28-43,78-85,152-167 2aun d2auna2 A:28-43,78-85,152-167 15. c.69.1 alpha/beta-Hydrolases many members have left-handed crossover connection between strand 8 and additional strand 9 ! alpha/beta-Hydrolases core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 8 strands, order 12435678, strand 2 is antiparallel to the rest 1qoz d1qozb_ B:22-34,82-90,194-206 1qoz d1qoza_ A:22-34,82-90,194-207 2axe d2axea_ A:22-33,82-90,194-207 1bs9 d1bs9a_ A:22-34,82-90,189-207 2i3d d2i3da1 A:43-57,101-108,192-213 1g66 d1g66a_ A:22-34,82-90,189-207 2i3d d2i3db1 B:43-57,101-108,192-213 2i3d d2i3db1 B:43-57,123-131,192-213 2i3d d2i3da1 A:43-57,123-131,192-213 2fuk d2fuka1 A:55-69,135-141,197-216 1tcc d1tcca_ A:48-60,98-105,230-243 1tcc d1tccb_ B:48-60,98-105,230-243 1tcb d1tcba_ A:48-60,98-105,230-243 1lbs d1lbsd_ D:48-60,98-105,230-243 1lbs d1lbsc_ C:48-60,98-105,230-243 1lbs d1lbsb_ B:48-60,98-105,230-243 1lbs d1lbsa_ A:48-60,98-105,230-243 1lbs d1lbsf_ F:48-60,98-105,230-243 1lbs d1lbse_ E:48-60,98-105,230-243 1tcb d1tcbb_ B:48-60,98-105,230-243 1tca d1tcaa_ A:48-60,98-105,230-243 1r1d d1r1da_ A:27-42,87-93,227-245 1lbt d1lbtb_ B:48-60,98-105,230-243 1lbt d1lbta_ A:48-60,98-105,230-243 1mt3 d1mt3a_ A:45-55,98-105,277-293 1tqh d1tqha_ A:28-43,88-94,228-246 1mtz d1mtza_ A:45-55,98-105,277-293 1mu0 d1mu0a_ A:45-55,98-105,277-293 1din d1dina_ A:41-55,116-123,213-232 1iuo d1iuoa_ A:44-55,96-103,258-274 1bs9 d1bs9a_ A:22-34,126-132,189-207 1lns d1lnsa3 A:271-281,341-345,508-523 1g66 d1g66a_ A:22-34,126-132,189-207 1iun d1iunb_ B:44-55,96-103,258-274 2gzr d2gzra1 A:188-202,206-212,286-304 2jbw d2jbwa1 A:154-165,210-217,335-353 1iun d1iuna_ A:44-55,96-103,258-273 1ggv d1ggva_ A:41-55,116-123,213-232 2gzs d2gzsa1 A:188-202,206-212,286-304 1iup d1iupa_ A:44-55,96-103,258-273 1r1d d1r1db_ B:27-42,86-93,227-245 2axe d2axea_ A:22-33,125-132,194-207 1uk8 d1uk8a_ A:44-55,96-103,258-273 1uka d1ukaa_ A:44-55,96-103,258-273 2yxp d2yxpx1 X:63-74,116-124,294-310 1ukb d1ukba_ A:44-55,96-103,258-273 1qtr d1qtra_ A:52-60,106-113,300-317 1uk6 d1uk6a_ A:44-55,96-103,258-273 1uk7 d1uk7a_ A:44-55,96-103,258-273 2edc d2edca_ A:63-74,116-124,294-310 1be0 d1be0a_ A:63-74,116-124,294-310 1cij d1cija_ A:63-74,116-124,294-310 1uk9 d1uk9a_ A:44-55,96-103,258-273 1bez d1beza_ A:63-74,116-124,294-310 2b9v d2b9vk2 K:132-142,198-205,388-408 2b9v d2b9vh2 H:132-142,198-205,388-408 1agy d1agya_ A:48-64,112-120,197-212 2b9v d2b9va2 A:132-142,198-205,388-408 1wm1 d1wm1a_ A:52-60,106-113,300-316 1cuj d1cuja_ A:48-64,112-120,197-211 2b9v d2b9vf2 F:132-142,198-205,388-408 2b9v d2b9vj2 J:132-142,198-205,388-408 1edd d1edda_ A:63-74,117-124,294-310 2b9v d2b9vm2 M:132-142,198-205,388-408 2b9v d2b9vn2 N:132-142,198-205,388-408 1nx9 d1nx9d2 D:132-142,198-205,388-408 2had d2hada_ A:63-74,117-124,294-310 1xze 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A:49-64,112-120,185-198 1xzi d1xzia_ A:48-64,112-120,185-198 1agy d1agya_ A:48-64,112-120,185-198 1xzk d1xzka_ A:49-64,112-120,185-198 1cuy d1cuya_ A:48-64,112-120,185-198 1cud d1cudc_ C:49-64,112-120,185-197 1ffa d1ffaa_ A:48-64,112-120,185-198 1xzj d1xzja_ A:48-64,112-120,185-198 1xze d1xzea_ A:48-64,112-120,185-198 1cua d1cuaa_ A:48-64,112-120,185-198 1ffd d1ffda_ A:48-64,112-120,185-198 1xzg d1xzga_ A:48-64,112-120,185-198 1cex d1cexa_ A:48-64,112-120,185-198 1xzc d1xzca_ A:48-64,112-120,185-198 1oxm d1oxma_ A:48-64,112-120,185-198 1ffc d1ffca_ A:48-64,112-120,185-198 1xza d1xzaa_ A:48-64,112-120,185-198 1cux d1cuxa_ A:48-64,112-120,185-198 1cus d1cusa_ A:48-64,112-120,185-198 1cui d1cuia_ A:48-64,112-120,185-198 1xzh d1xzha_ A:48-64,112-120,185-198 1xzb d1xzba_ A:48-64,112-120,185-198 1xzf d1xzfa_ A:48-64,112-120,185-198 1cug d1cuga_ A:48-64,112-120,185-198 1ffe d1ffea_ A:48-64,112-120,185-198 1cuf d1cufa_ A:48-64,112-120,185-198 1cud d1cuda_ A:49-64,112-120,185-198 1cuu d1cuua_ A:48-64,112-120,185-198 1xzl d1xzla_ A:48-64,112-120,185-198 1xzm d1xzma_ A:48-64,112-120,185-198 1xzd d1xzda_ A:48-64,112-120,185-198 1cub d1cuba_ A:48-64,112-120,185-198 1cuj d1cuja_ A:48-64,112-120,185-198 1xzk d1xzkb_ B:49-64,112-120,185-198 1cud d1cudb_ B:49-64,112-120,185-198 1cuv d1cuva_ A:48-64,112-120,185-198 1cue d1cuea_ A:48-64,112-120,185-198 1oxm d1oxmb_ B:49-64,112-120,185-198 1cuw d1cuwa_ A:49-64,112-120,185-198 1cuw d1cuwb_ B:49-64,112-120,185-198 16. d.277.1 Bacillus phage protein Bacillus phage protein alpa-beta(3)-alpha-beta(3)-alpha; 3 layers: b/a/b, 3-helical bundle flanked by two 3-stranded meander beta-sheets 1r7l d1r7la_ A:40-52,53-60,83-96 1r7l d1r7lb_ B:40-52,53-60,83-97 17. c.65.1 Formyltransferase Formyltransferase 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 7 strands, order 3214567; strand 6 is antiparallel to the rest 1s3i d1s3ia2 A:9-23,79-86,167-186 2bw0 d2bw0a2 A:9-23,79-84,167-186 2cfi d2cfia2 A:9-23,79-84,167-186 2cfi d2cfia2 A:9-23,98-108,167-186 2bw0 d2bw0a2 A:9-23,98-108,167-186 1s3i d1s3ia2 A:9-23,98-108,167-186 1rc0 d1rc0b1 B:11-23,81-87,161-187 1rbz d1rbza1 A:11-23,81-87,161-187 1men d1menb_ B:11-23,81-87,161-187 1rbm d1rbmb1 B:11-23,81-87,161-187 1fmt d1fmtb2 B:12-26,83-89,174-189 2bln d2blna2 A:8-23,99-107,157-177 2fmt d2fmta2 A:12-26,102-112,171-189 1rbz d1rbzb1 B:11-23,81-87,175-187 1fmt d1fmta2 A:12-26,83-89,163-189 1rc1 d1rc1a1 A:11-23,81-86,161-187 1rby d1rbyd1 D:11-24,81-86,161-187 1rby d1rbyc1 C:11-24,81-86,161-187 2fmt d2fmta2 A:12-26,83-88,171-189 1zlx d1zlxa1 A:11-24,81-86,161-187 1rbm d1rbma1 A:11-24,81-86,161-187 1zly d1zlya1 A:11-24,81-86,161-187 1njs d1njsb_ B:11-23,81-86,161-187 1rbq d1rbqc1 C:11-23,81-86,161-187 1fmt d1fmtb2 B:12-26,102-112,174-189 1rbq d1rbqd1 D:11-24,81-86,161-187 1rc1 d1rc1b1 B:11-24,81-86,161-187 1mej d1mejb_ B:11-23,81-86,161-187 1fmt d1fmta2 A:12-26,102-112,163-189 1mej d1meja_ A:11-23,81-86,161-187 1meo d1meoa_ A:13-23,81-86,161-187 1rc0 d1rc0a1 A:11-23,81-86,161-187 1rby d1rbya1 A:11-24,81-87,161-187 1njs d1njsa_ A:11-24,81-87,161-187 1rbq d1rbqb1 B:11-24,81-87,161-187 1rbq d1rbqa1 A:11-24,81-87,161-187 1rby d1rbyb1 B:11-24,81-87,161-187 1men d1mena_ A:11-24,81-87,161-187 1mej d1mejc_ C:11-23,81-86,161-187 1grc d1grca_ A:11-24,81-86,161-187 1men d1menc_ C:11-24,81-87,161-187 2fmt d2fmtb2 B:12-26,102-112,174-189 1yrw d1yrwa2 A:9-23,99-107,157-174 1grc d1grcb_ B:11-24,81-86,161-187 2bln d2blnb2 B:8-23,98-107,157-177 1z7e d1z7ec3 C:8-23,98-107,157-177 1gar d1gara_ A:11-24,81-86,161-187 1z7e d1z7ee3 E:8-23,98-107,157-177 1yrw d1yrwa2 A:9-23,77-83,173-183 1z7e d1z7ed3 D:8-23,98-107,157-177 1z7e d1z7ea3 A:8-23,98-107,157-177 1cde d1cdeb_ B:11-24,81-86,161-187 1cde d1cded_ D:11-24,81-86,161-187 1cde d1cdea_ A:11-24,81-86,161-187 1cde d1cdec_ C:11-24,81-86,161-187 1z7e d1z7eb3 B:8-23,98-107,157-177 1gar d1garb_ B:11-24,81-86,161-187 2bln d2blna2 A:8-23,77-83,157-177 1cdd d1cddb_ B:11-24,81-87,161-187 1jkx d1jkxa_ A:11-24,81-87,161-187 1jkx d1jkxb_ B:11-24,81-87,161-187 3gar d3gara_ A:11-24,81-86,161-187 1c2t d1c2ta_ A:11-24,81-87,161-187 1c3e d1c3ea_ A:11-24,81-87,161-187 1jkx d1jkxc_ C:11-24,81-87,161-187 1c2t d1c2tb_ B:11-24,81-87,161-187 1c3e d1c3eb_ B:11-24,81-87,161-187 2bln d2blnb2 B:8-23,77-83,157-177 2fmt d2fmtb2 B:12-26,83-88,174-189 1jkx d1jkxd_ D:11-24,81-87,161-187 1cdd d1cdda_ A:11-24,81-87,161-187 1z7e d1z7ea3 A:8-23,77-83,157-177 1z7e d1z7ed3 D:8-23,77-83,157-177 1z7e d1z7ee3 E:8-23,77-83,157-177 2gar d2gara_ A:11-24,81-87,161-187 1z7e d1z7eb3 B:8-23,77-83,157-177 1z7e d1z7ec3 C:8-23,77-83,157-177 1z7e d1z7ef3 F:8-23,77-83,174-183 1z7e d1z7ef3 F:8-23,98-107,157-175 1men d1menb_ B:11-23,27-37,161-187 1z7e d1z7ef3 F:8-23,77-83,157-175 1rc0 d1rc0b1 B:11-23,28-37,161-187 1rbz d1rbza1 A:11-23,28-37,161-187 1men d1menc_ C:11-24,27-37,161-187 1mej d1mejc_ C:11-23,27-37,161-187 1mej d1mejb_ B:11-23,27-36,161-187 1rbq d1rbqc1 C:11-23,28-37,161-187 1men d1mena_ A:11-24,27-37,161-187 1rc1 d1rc1a1 A:11-23,28-37,161-187 1rbm d1rbmb1 B:11-23,28-37,161-187 1njs d1njsb_ B:11-23,28-37,161-187 1mej d1meja_ A:11-23,27-37,161-187 1yrw d1yrwa2 A:9-23,77-83,157-174 1rc0 d1rc0a1 A:11-23,28-37,161-187 1jkx d1jkxc_ C:11-24,28-36,161-187 1jkx d1jkxa_ A:11-24,28-36,161-187 1cde d1cded_ D:11-24,28-36,161-187 1cde d1cdeb_ B:11-24,28-36,161-187 1cde d1cdec_ C:11-24,28-36,161-187 1cde d1cdea_ A:11-24,28-36,161-187 1jkx d1jkxd_ D:11-24,28-36,161-187 1rc1 d1rc1a1 A:11-23,103-110,161-187 1jkx d1jkxb_ B:11-24,28-36,161-187 1c2t d1c2ta_ A:11-24,28-36,161-187 1c3e d1c3ea_ A:11-24,28-36,161-187 1meo d1meoa_ A:13-23,28-36,161-187 1c3e d1c3eb_ B:11-24,28-36,161-187 1c2t d1c2tb_ B:11-24,28-36,161-187 3gar d3gara_ A:11-24,28-36,161-187 1grc d1grcb_ B:11-24,28-36,161-187 1gar d1gara_ A:11-24,28-36,161-187 1gar d1garb_ B:11-24,28-36,161-187 1rbz d1rbzb1 B:11-23,103-110,175-187 1men d1menb_ B:11-23,103-110,161-187 2gar d2gara_ A:11-24,28-36,161-187 1rc0 d1rc0b1 B:11-23,103-110,161-187 1zlx d1zlxa1 A:11-24,28-36,161-187 1zgh d1zgha2 A:9-24,27-33,140-149 1rbz d1rbza1 A:11-23,103-110,161-187 1mej d1mejb_ B:11-23,103-110,161-187 1grc d1grca_ A:11-24,28-36,161-187 1rbz d1rbzb1 B:11-23,28-37,175-187 1zly d1zlya1 A:11-24,28-36,161-187 1mej d1meja_ A:11-23,103-110,161-187 1rbm d1rbma1 A:11-24,28-37,161-187 1rbq d1rbqb1 B:11-24,28-37,161-187 1rc0 d1rc0a1 A:11-23,103-110,161-187 1rbm d1rbmb1 B:11-23,103-110,161-187 1zgh d1zgha2 A:9-24,49-54,125-141 1rbq d1rbqa1 A:11-24,28-37,161-187 1njs d1njsb_ B:11-23,103-110,161-187 1rby d1rbyb1 B:11-24,28-37,161-187 1rbq d1rbqc1 C:11-23,103-110,161-187 1rc1 d1rc1b1 B:11-24,28-36,161-187 1njs d1njsa_ A:11-24,28-37,161-187 1rby d1rbya1 A:11-24,28-37,161-187 1rby d1rbyc1 C:11-24,28-37,161-187 1rby d1rbyd1 D:11-24,28-37,161-187 1mej d1mejc_ C:11-23,103-110,161-187 1rbq d1rbqd1 D:11-24,28-37,161-187 1rby d1rbyc1 C:11-24,103-110,161-187 1rbq d1rbqb1 B:11-24,103-110,161-187 1rbm d1rbma1 A:11-24,103-110,161-187 1njs d1njsa_ A:11-24,103-110,161-187 1rby d1rbyd1 D:11-24,103-110,161-187 1rbq d1rbqa1 A:11-24,103-110,161-187 1rby d1rbya1 A:11-24,103-110,161-187 1rby d1rbyb1 B:11-24,103-110,161-187 1zly d1zlya1 A:11-24,103-110,161-187 1rbq d1rbqd1 D:11-24,103-110,161-187 1men d1mena_ A:11-24,103-110,161-187 1rc1 d1rc1b1 B:11-24,103-110,161-187 1zlx d1zlxa1 A:11-24,103-110,161-187 1men d1menc_ C:11-24,103-110,161-187 2fmt d2fmtb2 B:12-26,102-112,163-175 1fmt d1fmtb2 B:12-26,102-112,163-175 1rbz d1rbzb1 B:11-23,81-87,161-176 1rbz d1rbzb1 B:11-23,103-110,161-176 18. c.48.1 TK C-terminal domain-like TK C-terminal domain-like 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 5 strands, order 13245, strand 1 is antiparallel to the rest 1itz d1itzc3 C:571-588,620-626,664-675 1itz d1itzb3 B:571-588,620-626,664-675 1itz d1itza3 A:571-588,620-626,664-675 2ozl d2ozld2 D:212-230,258-264,315-328 1ni4 d1ni4d2 D:212-230,258-264,315-328 2ozl d2ozlb2 B:212-230,258-264,315-328 1ni4 d1ni4b2 B:212-230,258-264,315-328 1qgd d1qgdb3 B:558-575,607-614,651-663 2r8p d2r8pa3 A:558-575,607-614,651-663 1qgd d1qgda3 A:558-575,607-612,651-663 2r8o d2r8oa3 A:558-575,607-612,651-663 1umc d1umcd2 D:213-228,256-262,310-324 1umd d1umdb2 B:213-228,256-262,310-324 1umb d1umbb2 B:213-228,256-262,310-324 1um9 d1um9d2 D:213-228,256-262,310-324 1umc d1umcb2 B:213-228,256-262,310-324 1umb d1umbd2 D:213-228,256-262,310-324 1umd d1umdd2 D:213-228,256-262,310-324 1um9 d1um9b2 B:213-228,256-262,310-324 1v1r d1v1rb2 B:227-246,274-280,328-342 1w88 d1w88f2 F:209-227,255-260,310-324 1w85 d1w85f2 F:209-227,255-260,310-324 1olx d1olxb2 B:227-246,274-280,328-342 1ols d1olsb2 B:227-246,274-280,328-342 2beu d2beub2 B:227-246,274-280,328-342 1x7x d1x7xb2 B:227-246,274-280,328-342 1olu d1olub2 B:227-246,274-280,328-342 1v1m d1v1mb2 B:227-246,274-280,328-342 2r5n d2r5nb3 B:558-575,607-613,651-664 1u5b d1u5bb2 B:227-246,274-280,328-342 1x80 d1x80b2 B:227-246,274-280,328-342 1w88 d1w88h2 H:209-227,255-260,310-324 1x7y d1x7yb2 B:227-246,274-280,328-342 1w88 d1w88b2 B:209-227,255-261,310-324 2bev d2bevb2 B:227-246,274-280,328-342 1wci d1wcib2 B:227-246,274-280,328-342 1v11 d1v11b2 B:227-246,274-280,328-342 1x7w d1x7wb2 B:227-246,274-280,328-342 2bfd d2bfdb2 B:227-246,274-280,328-342 2bff d2bffb2 B:227-246,274-280,328-342 2bfc d2bfcb2 B:227-246,274-280,328-342 1v16 d1v16b2 B:227-246,274-280,328-342 1x7z d1x7zb2 B:227-246,274-280,328-342 2bew d2bewb2 B:227-246,274-280,328-342 1w85 d1w85b2 B:209-227,255-261,310-324 1w85 d1w85d2 D:209-227,255-261,310-324 1w85 d1w85h2 H:209-227,255-261,310-324 1w88 d1w88d2 D:209-227,255-261,310-324 1dtw d1dtwb2 B:227-246,274-280,328-342 1r9j d1r9jb3 B:552-571,600-608,641-657 1um9 d1um9b2 B:213-228,230-236,310-324 1umd d1umdb2 B:213-228,230-236,310-324 1umb d1umbb2 B:213-228,230-236,310-324 1umc d1umcb2 B:213-228,230-236,310-324 2r8p d2r8pa3 A:558-575,627-632,651-663 1um9 d1um9d2 D:213-228,230-236,310-324 1itz d1itzb3 B:571-588,640-645,664-675 1ni4 d1ni4d2 D:212-230,232-238,315-328 1ni4 d1ni4b2 B:212-230,232-238,315-328 1umc d1umcd2 D:213-228,230-236,310-324 1umb d1umbd2 D:213-228,230-236,310-324 1itz d1itza3 A:571-588,640-645,664-675 2ozl d2ozlb2 B:212-230,232-238,315-328 1qgd d1qgdb3 B:558-575,627-632,651-663 2r8p d2r8pb3 B:558-575,607-613,651-667 1umc d1umcd2 D:213-228,289-294,310-324 1umd d1umdd2 D:213-228,230-236,310-324 1um9 d1um9d2 D:213-228,289-294,310-324 2r5n d2r5na3 A:558-575,607-613,651-667 1umb d1umbd2 D:213-228,289-294,310-324 1umd d1umdd2 D:213-228,289-294,310-324 2c3u d2c3ua3 A:276-294,322-329,371-386 2uza d2uzaa3 A:276-294,322-329,371-386 1itz d1itzc3 C:571-588,640-644,664-675 2ozl d2ozld2 D:212-230,232-238,315-328 1umd d1umdb2 B:213-228,289-294,310-324 2r8o d2r8oa3 A:558-575,627-631,651-663 1umb d1umbb2 B:213-228,289-294,310-324 2c3u d2c3ub3 B:276-294,322-329,371-386 1um9 d1um9b2 B:213-228,289-294,310-324 1qgd d1qgda3 A:558-575,627-631,651-663 1umc d1umcb2 B:213-228,289-294,310-324 1r9j d1r9ja3 A:553-571,600-608,641-657 2r5n d2r5nb3 B:558-575,627-632,651-664 1x80 d1x80b2 B:227-246,248-254,328-342 2beu d2beub2 B:227-246,248-254,328-342 1w88 d1w88b2 B:209-227,288-293,310-324 2qtc d2qtca3 A:732-750,796-802,844-860 1w88 d1w88d2 D:209-227,288-293,310-324 1dtw d1dtwb2 B:227-246,307-312,328-342 1u5b d1u5bb2 B:227-246,307-312,328-342 2g28 d2g28a3 A:732-750,796-802,844-860 1w85 d1w85d2 D:209-227,288-293,310-324 2bev d2bevb2 B:227-246,307-312,328-342 1w85 d1w85b2 B:209-227,288-293,310-324 1tkc d1tkca3 A:562-580,611-619,652-668 2g25 d2g25a3 A:732-750,796-802,844-860 1w85 d1w85h2 H:209-227,288-293,310-324 2g25 d2g25b3 B:732-750,796-802,844-860 2g67 d2g67a3 A:732-750,796-802,844-860 1l8a d1l8ab3 B:732-750,796-802,844-860 2g67 d2g67b3 B:732-750,796-802,844-860 1ols d1olsb2 B:227-246,307-312,328-342 2qta d2qtab3 B:732-750,796-802,844-860 1olx d1olxb2 B:227-246,307-312,328-342 2pda d2pdaa3 A:279-294,322-329,371-386 2pda d2pdab3 B:279-294,322-329,371-386 1l8a d1l8aa3 A:732-750,796-802,844-860 1x7x d1x7xb2 B:227-246,307-312,328-342 1v1r d1v1rb2 B:227-246,307-312,328-342 2beu d2beub2 B:227-246,307-312,328-342 2bp7 d2bp7b2 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19. c.129.1 MCP/YpsA-like MCP/YpsA-like 3 layers: a/b/a, parallel beta-sheet of 7 strands, order 4321567 1rcu d1rcud_ D:21-36,98-104,159-170 1rcu d1rcub_ B:21-36,98-104,159-170 1rcu d1rcuc_ C:21-36,98-104,159-170 1rcu d1rcua_ A:21-36,98-104,159-170 1wek d1wekc_ C:52-69,133-139,202-212 2a33 d2a33a1 A:27-45,140-146,180-190 1weh d1weha_ A:16-33,99-105,160-171 1ydh d1ydhb_ B:23-41,136-142,176-187 2a33 d2a33b1 B:27-45,140-146,180-190 1wek d1wekf_ F:52-69,133-139,202-213 1weh d1wehb_ B:16-33,99-105,160-171 2q4o d2q4ob1 B:27-45,140-146,180-190 2a33 d2a33b1 B:27-45,111-117,180-190 2q4o d2q4oa1 A:27-45,140-146,180-190 2a33 d2a33a1 A:27-45,111-117,180-190 1wek d1weka_ A:52-69,132-139,202-212 2q4o d2q4ob1 B:27-45,111-117,180-190 1ydh d1ydha_ A:23-41,136-142,176-187 2q4d d2q4da1 A:23-41,137-142,176-187 2q4o d2q4oa1 A:27-45,111-117,180-190 1wek d1wekb_ B:52-69,132-139,202-212 1wek d1wekd_ D:52-69,163-169,202-213 1t35 d1t35b_ B:15-33,128-135,168-177 1rcu d1rcud_ D:21-36,122-127,159-170 1rcu d1rcub_ B:21-36,122-127,159-170 1rcu d1rcua_ A:21-36,122-127,159-170 1rcu d1rcuc_ C:21-36,122-127,159-170 1wek d1wekd_ D:52-69,132-139,202-213 1wek d1weke_ E:52-69,133-139,202-215 1ydh d1ydhb_ B:23-41,107-112,176-187 1ydh d1ydha_ A:23-41,107-112,176-187 1t35 d1t35f_ F:15-33,99-104,168-177 1t35 d1t35b_ B:15-33,99-104,168-177 2q4d d2q4da1 A:23-41,108-112,176-187 1t35 d1t35d_ D:15-33,99-105,168-179 1t35 d1t35c_ C:15-33,128-134,168-178 2q4d d2q4db1 B:23-41,136-142,176-188 1t35 d1t35a_ A:15-33,99-105,168-179 1t35 d1t35a_ A:15-33,128-135,168-179 1t35 d1t35e_ E:15-33,99-105,168-181 1t35 d1t35c_ C:15-33,99-104,168-178 1t35 d1t35e_ E:15-33,128-135,168-181 2q4d d2q4db1 B:23-41,107-112,176-188 1t35 d1t35h_ H:15-33,128-135,168-179 1weh d1weha_ A:16-33,34-39,160-171 1weh d1wehb_ B:16-33,34-39,160-171 1wek d1wekc_ C:52-69,197-201,202-212 2q4o d2q4oa1 A:27-45,175-179,180-190 1wek d1wekf_ F:52-69,197-201,202-213 1wek d1weka_ A:52-69,70-75,202-212 1t35 d1t35h_ H:15-33,99-104,168-179 1wek d1wekb_ B:52-69,70-75,202-212 1wek d1wekd_ D:52-69,70-75,202-213 1wek d1wekf_ F:52-69,70-75,202-213 1wek d1weke_ E:52-69,70-75,202-215 1wek d1wekc_ C:52-69,70-75,202-212 1t35 d1t35a_ A:15-33,163-167,168-179 1t35 d1t35e_ E:15-33,163-167,168-181 20. c.24.1 Methylglyoxal synthase-like contains a common phosphate-binding site ! Methylglyoxal synthase-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strands, order 32145 1m9n d1m9nb1 B:17-29,96-103,148-163 1m9n d1m9na1 A:17-29,96-103,148-162 1pkx d1pkxc1 C:16-28,95-102,147-161 1pkx d1pkxa1 A:16-28,95-102,147-162 1g8m d1g8ma1 A:17-29,96-103,148-162 1pl0 d1pl0b1 B:16-28,95-102,147-161 1oz0 d1oz0b1 B:17-29,96-103,148-162 1p4r d1p4ra1 A:16-28,95-102,147-161 1pl0 d1pl0a1 A:16-28,95-102,147-161 1b93 d1b93a_ A:19-34,84-90,119-129 1s8a d1s8ad_ D:19-34,84-90,119-129 1s8a d1s8af_ F:19-34,84-90,119-129 1pl0 d1pl0c1 C:16-28,97-102,147-161 1ik4 d1ik4d_ D:19-34,84-90,119-129 1egh d1eghd_ D:19-34,84-90,119-129 1s89 d1s89d_ D:19-34,84-90,119-129 1egh d1eghf_ F:19-34,84-90,119-129 1ik4 d1ik4a_ A:19-34,84-90,119-129 1ik4 d1ik4f_ F:19-34,84-90,119-129 1ik4 d1ik4b_ B:19-34,84-90,119-129 1egh d1egha_ A:19-34,84-90,119-129 1s8a d1s8aa_ A:19-34,84-90,119-129 1b93 d1b93c_ C:19-34,84-90,119-129 1egh d1eghc_ C:19-34,84-90,119-129 1ik4 d1ik4e_ E:19-34,84-90,119-129 1egh d1eghb_ B:19-34,84-90,119-129 1egh d1eghe_ E:19-34,84-90,119-129 1ik4 d1ik4c_ C:19-34,84-90,119-129 1b93 d1b93b_ B:19-34,84-90,119-129 1pl0 d1pl0d1 D:16-28,97-102,147-161 1s89 d1s89a_ A:19-34,84-90,119-129 1s89 d1s89f_ F:19-34,84-90,119-129 1s89 d1s89c_ C:19-34,84-90,119-129 1s8a d1s8ac_ C:19-34,84-90,119-129 1t36 d1t36c2 C:953-968,1011-1017,1043-1057 1thz d1thza1 A:17-29,143-147,148-163 1thz d1thzb1 B:17-29,143-147,148-163 1zcz d1zcza1 A:10-25,81-86,116-126 1s89 d1s89b_ B:19-34,84-90,119-129 1g8m d1g8mb1 B:17-29,143-147,148-163 1oz0 d1oz0a1 A:17-29,96-104,148-162 1t36 d1t36e2 E:953-968,1011-1017,1043-1057 1m9n d1m9nb1 B:17-29,143-147,148-163 1vmd d1vmda_ A:23-38,88-94,123-133 1pkx d1pkxd1 D:16-28,142-146,147-162 1vmd d1vmdb_ B:23-38,88-94,123-133 1pkx d1pkxb1 B:16-28,142-146,147-161 1p4r d1p4rb1 B:16-28,142-146,147-162 1kee d1keeg2 G:953-968,1011-1017,1043-1057 1t36 d1t36g2 G:953-968,1011-1017,1043-1057 1kee d1keec2 C:953-968,1011-1017,1043-1057 1m9n d1m9na1 A:17-29,143-147,148-162 1g8m d1g8ma1 A:17-29,143-147,148-162 1ce8 d1ce8g2 G:953-968,1011-1017,1043-1057 1p4r d1p4ra1 A:16-28,142-146,147-161 1kee d1keee2 E:953-968,1011-1017,1043-1057 1ce8 d1ce8e2 E:953-968,1011-1017,1043-1057 1pl0 d1pl0b1 B:16-28,142-146,147-161 1t36 d1t36a2 A:953-968,1011-1017,1043-1057 1c3o d1c3oe2 E:953-968,1011-1017,1043-1057 1c30 d1c30e2 E:953-968,1011-1017,1043-1057 1ce8 d1ce8a2 A:953-968,1011-1017,1043-1057 1pkx d1pkxa1 A:16-28,142-146,147-162 1ce8 d1ce8c2 C:953-968,1011-1017,1043-1057 1m6v d1m6vg2 G:953-968,1011-1017,1043-1057 1c3o d1c3og2 G:953-968,1011-1017,1043-1057 1a9x d1a9xe2 E:4953-4968,5011-5017,5043-5057 1jdb d1jdbk2 K:952-967,1010-1016,1042-1056 1kee d1keea2 A:953-968,1011-1017,1043-1057 1cs0 d1cs0e2 E:953-968,1011-1017,1043-1057 1pl0 d1pl0d1 D:16-28,142-146,147-161 1jdb d1jdbb2 B:952-967,1010-1016,1042-1056 1c30 d1c30c2 C:953-968,1011-1017,1043-1057 1a9x d1a9xg2 G:6953-6968,7011-7017,7043-7057 1bxr d1bxrg2 G:953-968,1011-1017,1043-1057 1oz0 d1oz0b1 B:17-29,143-147,148-162 1c3o d1c3oa2 A:953-968,1011-1017,1043-1057 1c30 d1c30a2 A:953-968,1011-1017,1043-1057 1m6v d1m6ve2 E:953-968,1011-1017,1043-1057 1a9x d1a9xc2 C:2953-2968,3011-3017,3043-3057 1pkx d1pkxc1 C:16-28,142-146,147-161 1jdb d1jdbe2 E:952-967,1010-1016,1042-1056 1m6v d1m6vc2 C:953-968,1011-1017,1043-1057 1pl0 d1pl0a1 A:16-28,142-146,147-161 1pl0 d1pl0c1 C:16-28,142-146,147-161 1c3o d1c3oc2 C:953-968,1011-1017,1043-1057 1bxr d1bxrc2 C:953-968,1011-1017,1043-1057 1jdb d1jdbh2 H:952-967,1010-1016,1042-1056 1cs0 d1cs0g2 G:953-968,1011-1017,1043-1057 1cs0 d1cs0c2 C:953-968,1011-1017,1043-1057 1bxr d1bxre2 E:953-968,1011-1017,1043-1057 1m6v d1m6va2 A:953-968,1011-1017,1043-1057 1bxr d1bxra2 A:953-968,1011-1017,1043-1056 1a9x d1a9xa2 A:953-968,1011-1017,1043-1057 1c30 d1c30g2 G:953-968,1011-1017,1043-1057 1cs0 d1cs0a2 A:953-968,1011-1017,1043-1057 1g8m d1g8mb1 B:17-29,96-104,148-163 1thz d1thza1 A:17-29,96-104,148-163 1p4r d1p4rb1 B:16-28,95-103,147-162 1wo8 d1wo8a1 A:9-24,74-80,109-124 1bxr d1bxre2 E:953-968,968-974,1043-1057 1wo8 d1wo8c1 C:9-24,74-80,109-123 1wo8 d1wo8e1 E:9-24,74-80,109-123 1wo8 d1wo8d1 D:9-24,74-80,109-123 1pkx d1pkxd1 D:16-28,95-103,147-162 1wo8 d1wo8b1 B:9-24,74-80,109-123 1thz d1thzb1 B:17-29,96-104,148-163 1c30 d1c30a2 A:953-968,968-974,1043-1057 1s8a d1s8ae_ E:19-34,84-90,119-130 1s8a d1s8ab_ B:19-34,84-90,119-130 1s89 d1s89e_ E:19-34,84-90,119-130 1pkx d1pkxb1 B:16-28,97-103,147-161 1c30 d1c30e2 E:953-968,1038-1043,1043-1057 1s8a d1s8af_ F:19-34,114-119,119-129 1b93 d1b93a_ A:19-34,114-119,119-129 1wo8 d1wo8f1 F:9-24,72-80,109-123 1s8a d1s8ad_ D:19-34,114-119,119-129 1s89 d1s89f_ F:19-34,114-119,119-129 1ik4 d1ik4d_ D:19-34,114-119,119-129 1ik4 d1ik4a_ A:19-34,114-119,119-129 1s89 d1s89a_ A:19-34,114-119,119-129 1egh d1eghd_ D:19-34,114-119,119-129 1s8a d1s8ac_ C:19-34,114-119,119-129 1ik4 d1ik4b_ B:19-34,114-119,119-129 1ik4 d1ik4c_ C:19-34,114-119,119-129 1ik4 d1ik4f_ F:19-34,114-119,119-129 1egh d1eghf_ F:19-34,114-119,119-129 1egh d1egha_ A:19-34,114-119,119-129 1ik4 d1ik4e_ E:19-34,114-119,119-129 1b93 d1b93b_ B:19-34,114-119,119-129 1egh d1eghc_ C:19-34,114-119,119-129 1s89 d1s89c_ C:19-34,114-119,119-129 1b93 d1b93c_ C:19-34,114-119,119-129 1s8a d1s8aa_ A:19-34,114-119,119-129 1egh d1eghb_ B:19-34,114-119,119-129 1egh d1eghe_ E:19-34,114-119,119-129 1s89 d1s89d_ D:19-34,114-119,119-129 1s89 d1s89b_ B:19-34,114-119,119-129 1s8a d1s8ab_ B:19-34,114-119,119-130 1s8a d1s8ae_ E:19-34,114-119,119-130 1s89 d1s89e_ E:19-34,114-119,119-130 1wo8 d1wo8c1 C:9-24,105-109,109-123 1wo8 d1wo8a1 A:9-24,105-109,109-124 1wo8 d1wo8e1 E:9-24,105-109,109-123 1wo8 d1wo8d1 D:9-24,105-109,109-123 1wo8 d1wo8b1 B:9-24,105-109,109-123 1wo8 d1wo8f1 F:9-24,105-109,109-123 21. c.3.1 FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain core: 3 layers, b/b/a; central parallel beta-sheet of 5 strands, order 32145; top antiparallel beta-sheet of 3 strands, meander 2ign d2ignc1 C:55-69,314-319,593-613 1tzl d1tzld1 D:55-69,314-319,593-613 2f6c d2f6ca1 A:55-69,314-319,593-613 2f5v d2f5va1 A:55-69,314-319,593-613 1tzl d1tzlc1 C:55-69,314-319,593-613 1tzl d1tzlh1 H:55-69,314-319,593-613 2igo d2igoc1 C:55-69,314-319,593-613 2igo d2igoh1 H:55-69,314-319,593-613 1tzl d1tzle1 E:55-69,314-319,593-613 1tzl d1tzlb1 B:55-69,314-319,593-613 2ign d2ignf1 F:55-69,314-319,593-614 1ebd d1ebda1 A:18-32,141-146,321-338 2ign d2igne1 E:55-69,314-319,593-614 2ign d2igna1 A:55-69,314-319,593-614 2ign d2igng1 G:55-69,314-319,593-614 2ign d2ignd1 D:55-69,314-319,593-614 2ign d2ignb1 B:55-69,314-319,593-614 2igo d2igof1 F:55-69,314-319,593-614 1ojt d1ojta1 A:131-145,266-271,447-464 2ign d2ignh1 H:55-69,314-319,593-614 2igo d2igoa1 A:55-69,314-319,593-614 1bhy d1bhya1 A:131-145,266-271,447-464 2igo d2igoe1 E:55-69,314-319,593-614 2igo d2igod1 D:55-69,314-319,593-614 1tzl d1tzla1 A:55-69,314-319,593-614 1tzl d1tzlg1 G:55-69,314-319,593-614 2igo d2igob1 B:55-69,314-319,593-614 2igo d2igog1 G:55-69,314-319,593-614 1ebd d1ebdb1 B:18-32,141-146,321-338 1tzl d1tzlf1 F:55-69,314-319,593-614 1jeh d1jehb1 B:14-28,147-152,332-350 1lpf d1lpfb1 B:12-26,144-149,325-342 1e7p d1e7pa2 A:14-28,210-215,413-431 1e7p d1e7pj2 J:14-28,210-215,413-431 1e7p d1e7pd2 D:14-28,210-215,413-431 1e7p d1e7pg2 G:14-28,210-215,413-431 1dxl d1dxlb1 B:15-29,141-146,324-341 1lpf d1lpfa1 A:12-26,144-149,325-342 1fea d1feab1 B:12-27,153-158,333-351 1xdi d1xdia1 A:11-26,146-151,324-341 1v59 d1v59b1 B:14-28,147-152,332-350 1xdi d1xdib1 B:11-26,146-151,324-341 1fea d1feac1 C:12-27,153-158,333-351 1dxl d1dxlc1 C:15-29,140-146,324-341 1geu d1geub1 B:13-27,133-138,310-328 1fcd d1fcda1 A:11-26,98-103,304-325 1bwc d1bwca1 A:29-43,150-155,338-356 1q1r d1q1rb1 B:13-27,104-109,301-318 1dxl d1dxla1 A:15-29,141-146,324-341 1q1w d1q1wa1 A:13-27,104-109,301-318 2grt d2grta1 A:29-43,150-155,338-356 1q1r d1q1ra1 A:13-27,104-109,301-318 1q1w d1q1wb1 B:13-27,104-109,301-318 1fea d1feaa1 A:12-27,153-158,333-351 1fec d1fecb1 B:12-27,153-158,333-351 1dxl d1dxld1 D:15-29,141-146,324-341 1v59 d1v59a1 A:14-28,147-152,332-350 1feb d1febb1 B:12-27,153-158,333-351 4grt d4grta1 A:29-43,150-155,338-356 1feb d1feba1 A:12-27,153-158,333-351 1get d1geta1 A:13-27,133-138,310-328 1ges d1gesb1 B:13-27,133-138,310-328 1typ d1typa1 A:13-28,154-159,334-352 1get d1getb1 B:13-27,133-138,310-328 1ger d1gera1 A:13-27,133-138,310-328 1ges d1gesa1 A:13-27,133-138,310-328 1vqw d1vqwa1 A:15-29,167-172,341-359 1gra d1graa1 A:29-43,150-155,338-356 5grt d5grta1 A:29-43,150-155,338-356 1vqw d1vqwb1 B:15-29,167-172,341-359 1grb d1grba1 A:29-43,150-155,338-356 1gre d1grea1 A:29-43,150-155,338-356 3grs d3grsa1 A:29-43,150-155,338-356 1grg d1grga1 A:29-43,150-155,338-356 1h6v d1h6va1 A:21-35,155-160,342-360 1xan d1xana1 A:29-43,150-155,338-356 2c66 d2c66a1 A:13-27,258-264,435-455 1tyt d1tyta1 A:13-28,154-159,334-352 2gvc d2gvca1 A:15-29,167-172,341-359 1h6v d1h6vb1 B:21-35,155-160,342-360 4gr1 d4gr1a1 A:29-43,150-155,338-356 1grt d1grta1 A:29-43,150-155,338-356 1aog d1aogb1 B:14-29,155-160,334-352 1nda d1ndab1 B:13-28,154-159,333-351 1nda d1ndaa1 A:13-28,154-159,333-351 1nda d1ndac2 C:13-28,154-159,333-351 1nda d1ndad2 D:13-28,154-159,333-351 1h6v d1h6ve1 E:21-35,155-160,342-360 1ger d1gerb1 B:13-27,133-138,310-328 2gvc d2gvce1 E:15-29,167-172,341-359 1dnc d1dnca1 A:29-43,150-155,338-356 2c66 d2c66b1 B:13-27,258-264,435-455 1k4q d1k4qa1 A:29-43,150-155,338-356 1geu d1geua1 A:13-27,133-138,310-328 1gsn d1gsna1 A:29-43,150-155,338-356 1bzl d1bzla1 A:14-29,155-160,334-352 1ojd d1ojdg1 G:13-27,258-264,435-455 1h6v d1h6vd1 D:21-35,155-160,342-360 2gvc d2gvcb1 B:15-29,167-172,341-359 1aog d1aoga1 A:14-29,155-160,334-352 1grf d1grfa1 A:29-43,150-155,338-356 1h6v d1h6vf1 F:21-35,155-160,342-360 1ojd d1ojdd1 D:13-27,258-264,435-455 1fec d1feca1 A:12-27,153-158,333-351 2c76 d2c76b1 B:13-27,258-264,435-455 1ojd d1ojdh1 H:13-27,258-264,435-455 2v60 d2v60a1 A:13-27,258-264,435-455 2tpr d2tprb1 B:12-27,153-158,333-351 2gvc d2gvcd1 D:15-29,167-172,341-359 2vrm d2vrma1 A:13-27,258-264,435-455 2c76 d2c76a1 A:13-27,258-264,435-455 1ojd d1ojdb1 B:13-27,258-264,435-455 1s2y d1s2yb1 B:13-27,258-264,435-455 1ojd d1ojdl1 L:13-27,258-264,435-455 1mok d1mokd1 D:52-66,176-181,360-377 1ojd d1ojdi1 I:13-27,258-264,435-455 1ojd d1ojda1 A:13-27,258-264,435-455 1s3e d1s3ea1 A:13-27,258-264,435-455 2c64 d2c64a1 A:13-27,258-264,435-455 1s3e d1s3eb1 B:13-27,258-264,435-455 1s2y d1s2ya1 A:13-27,258-264,435-455 1ojd d1ojdf1 F:13-27,258-264,435-455 1ojd d1ojdc1 C:13-27,258-264,435-455 1mok d1moka1 A:52-66,176-181,360-377 2byb d2byba1 A:13-27,258-264,435-455 2c67 d2c67b1 B:13-27,258-264,435-455 2c75 d2c75b1 B:13-27,258-264,435-455 2c65 d2c65b1 B:13-27,258-264,435-455 1o5w d1o5wd1 D:3022-3036,3267-3273,3444-3464 2v61 d2v61b1 B:13-27,258-264,435-455 2c73 d2c73b1 B:13-27,258-264,435-455 2v61 d2v61a1 A:13-27,258-264,435-455 2v60 d2v60b1 B:13-27,258-264,435-455 2bk4 d2bk4b1 B:13-27,258-264,435-455 1o5w d1o5wa1 A:22-36,267-273,444-464 1cc2 d1cc2a1 A:19-33,283-288,485-506 2c73 d2c73a1 A:13-27,258-264,435-455 1o5w d1o5wc1 C:2022-2036,2267-2273,2444-2464 2vrl d2vrla1 A:13-27,258-264,435-455 2bk5 d2bk5b1 B:13-27,258-264,435-455 2gv8 d2gv8a1 A:15-29,167-172,341-359 1oj9 d1oj9b1 B:13-27,258-264,435-455 2gv8 d2gv8b1 B:15-29,167-172,341-359 2c67 d2c67a1 A:13-27,258-264,435-455 1oj9 d1oj9a1 A:13-27,258-264,435-455 1s3b d1s3bb1 B:13-27,258-264,435-455 1o5w d1o5wb1 B:1022-1036,1267-1273,1444-1464 2vrl d2vrlb1 B:13-27,258-264,435-455 1gv4 d1gv4a1 A:139-154,253-258,453-470 1fea d1fead1 D:12-27,153-158,333-351 2c64 d2c64b1 B:13-27,258-264,435-455 2c70 d2c70b1 B:13-27,258-264,435-455 2c75 d2c75a1 A:13-27,258-264,435-455 2bk4 d2bk4a1 A:13-27,258-264,435-455 1s3b d1s3ba1 A:13-27,258-264,435-455 2bk3 d2bk3b1 B:13-27,258-264,435-455 2c65 d2c65a1 A:13-27,258-264,435-455 2vrm d2vrmb1 B:13-27,258-264,435-455 2v5z d2v5zb1 B:13-27,258-264,435-455 1s2q d1s2qa1 A:13-27,258-264,435-455 2bk3 d2bk3a1 A:13-27,258-264,435-455 1oja d1ojab1 B:13-27,258-264,435-455 2v5z d2v5za1 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B:22-36,38-44,474-496 1kf6 d1kf6m2 M:13-28,373-377,401-418 1dob d1doba1 A:11-25,280-284,296-320 1pbd d1pbda1 A:11-25,280-284,296-320 2b76 d2b76a2 A:13-28,31-36,402-418 2phh d2phha1 A:11-25,280-284,296-320 1k0j d1k0ja1 A:11-25,280-284,296-320 1pbf d1pbfa1 A:11-25,280-284,296-320 1pxa d1pxaa1 A:11-25,280-284,296-320 1l9d d1l9db1 B:11-26,28-34,349-364 1sez d1seza1 A:22-36,462-466,474-497 1pbe d1pbea1 A:11-25,280-284,296-320 1doe d1doea1 A:11-25,280-284,296-320 1pdh d1pdha1 A:11-25,280-284,296-320 1dod d1doda1 A:11-25,280-284,296-320 1iux d1iuxa1 A:11-25,280-284,296-320 1pxb d1pxba1 A:11-25,280-284,296-320 1cj3 d1cj3a1 A:11-25,280-284,296-320 1l9e d1l9eb1 B:11-26,28-34,349-364 3bhf d3bhfb1 B:11-26,28-34,349-364 1k0i d1k0ia1 A:11-25,280-284,296-320 1l9e d1l9ea1 A:11-26,28-34,349-364 1cc4 d1cc4a1 A:11-25,280-284,296-320 1bgn d1bgna1 A:11-25,280-284,296-320 1cc6 d1cc6a1 A:11-25,280-284,296-320 1bkw d1bkwa1 A:11-25,280-284,296-320 1k0l d1k0la1 A:11-25,280-284,296-320 1d7l d1d7la1 A:11-25,280-284,296-320 1bgj d1bgja1 A:11-25,280-284,296-320 1doc d1doca1 A:11-25,280-284,296-320 1pbb d1pbba1 A:11-25,280-284,296-320 1iuw d1iuwa1 A:11-25,280-284,296-320 1bf3 d1bf3a1 A:11-25,280-284,296-320 1iuu d1iuua1 A:11-25,280-284,296-320 1cj4 d1cj4a1 A:11-25,280-284,296-320 1ykj d1ykja1 A:1011-1025,1280-1284,1296-1320 3bhk d3bhkb1 B:11-26,28-34,349-364 1pbc d1pbca1 A:11-25,280-284,296-320 1l0v d1l0vm2 M:13-28,31-36,393-418 1el5 d1el5a1 A:11-26,28-34,349-364 1cj2 d1cj2a1 A:11-25,280-284,296-320 1iut d1iuta1 A:11-25,280-284,296-320 2gf3 d2gf3b1 B:11-26,28-34,349-364 1ius d1iusa1 A:11-25,280-284,296-320 1iuv d1iuva1 A:11-25,280-284,296-320 1el5 d1el5b1 B:11-26,28-34,349-364 1pxc d1pxca1 A:11-25,280-284,296-320 1ykj d1ykjb1 B:2011-2025,2280-2284,2296-2320 1eli d1elib1 B:11-26,28-34,349-364 1phh d1phha1 A:11-25,280-284,296-320 1sez d1seza1 A:22-36,37-44,474-497 1ju2 d1ju2a1 A:35-49,481-485,497-521 1ju2 d1ju2b1 B:35-49,481-485,497-521 1gpe d1gpeb1 B:33-47,547-551,563-587 2ive d2iveb1 B:69-80,84-88,229-242 1gpe d1gpea1 A:33-47,547-551,563-587 2gmj d2gmja1 A:44-62,348-352,365-388 1nek d1neka2 A:16-30,196-201,418-427 2gmj d2gmjb1 B:44-62,348-354,365-388 1gal d1gala1 A:28-42,543-547,559-583 2gmh d2gmha1 A:44-62,348-354,365-388 2gmj d2gmjb1 B:44-62,207-216,365-388 1nen d1nena2 A:16-30,196-201,418-427 3cir d3cira2 A:13-28,31-37,402-418 2gmh d2gmha1 A:44-62,207-216,365-388 2gmh d2gmhb1 B:44-62,66-72,365-388 2gmh d2gmhb1 B:44-62,348-352,365-388 2gmj d2gmja1 A:44-62,66-72,365-388 2h94 d2h94a2 A:548-559,759-764,769-778 1cf3 d1cf3a1 A:28-42,543-547,559-583 3cpi d3cpig1 G:93-103,109-113,238-254 2gmh d2gmha1 A:44-62,66-72,365-388 1f6m d1f6ma1 A:14-28,31-36,294-320 1f6m d1f6me1 E:14-28,31-36,294-320 2ive d2ivea1 A:69-80,84-88,229-242 2ivd d2ivdb1 B:69-80,84-88,229-242 3cpi d3cpih1 H:93-103,109-113,238-254 2ivd d2ivda1 A:69-80,84-88,229-242 3cph d3cphh1 H:93-103,109-113,238-254 1d4c d1d4cb2 B:214-226,228-234,251-268 1d5t d1d5ta1 A:85-95,101-105,230-246 1ukv d1ukvg1 G:93-103,109-113,238-254 2bcg d2bcgg1 G:93-103,109-113,238-254 3cph d3cphg1 G:93-103,109-113,238-254 1lv0 d1lv0a1 A:85-95,101-105,230-246 3cpj d3cpjg1 G:93-103,109-113,238-254 2i0z d2i0za1 A:79-91,93-98,108-124 1tdo d1tdoa1 A:95-106,108-112,239-252 1tdn d1tdna1 A:95-106,108-112,239-252 1reo d1reoa1 A:95-106,108-112,239-252 1tdk d1tdka1 A:95-106,108-112,239-252 2iid d2iida1 A:95-106,108-112,239-252 2iid d2iidb1 B:95-106,108-112,239-252 2iid d2iidc1 C:95-106,108-112,239-252 1f8r d1f8ra1 A:95-106,108-112,239-252 1f8r d1f8rb1 B:95-106,108-112,239-252 1f8s d1f8sd1 D:95-106,108-112,239-252 1f8s d1f8sf1 F:95-106,108-112,239-252 1f8r d1f8rd1 D:95-106,108-112,239-252 1f8s d1f8sg1 G:95-106,108-112,239-252 1f8s d1f8sh1 H:95-106,108-112,239-252 1f8r d1f8rc1 C:95-106,108-112,239-252 1f8s d1f8sb1 B:95-106,108-112,239-252 1f8s d1f8se1 E:95-106,108-112,239-252 1gnd d1gnda1 A:85-95,101-105,230-246 1f8s d1f8sc1 C:95-106,108-112,239-252 1f8s d1f8sa1 A:95-106,108-112,239-252 2iid d2iidd1 D:95-106,108-112,239-252 1ltx d1ltxr1 R:237-247,253-257,376-392 1vg9 d1vg9a1 A:237-247,253-257,376-392 1vg9 d1vg9e1 E:237-247,253-257,376-392 2gqf d2gqfa1 A:79-91,93-98,107-123 1b5q d1b5qa1 A:179-186,402-406,411-420 1h84 d1h84a1 A:179-186,402-406,411-420 1b37 d1b37a1 A:179-186,402-406,411-420 1h83 d1h83a1 A:179-186,402-406,411-420 1h86 d1h86a1 A:179-186,402-406,411-420 1h82 d1h82c1 C:179-186,402-406,411-420 1h81 d1h81b1 B:179-186,402-406,411-420 1h84 d1h84b1 B:179-186,402-406,411-420 1b5q d1b5qb1 B:179-186,402-406,411-420 1h83 d1h83b1 B:179-186,402-406,411-420 1h86 d1h86b1 B:179-186,402-406,411-420 1b37 d1b37b1 B:179-186,402-406,411-420 22. d.178.1 Aromatic aminoacid monoxygenases, catalytic and oligomerization domains Aromatic aminoacid monoxygenases, catalytic and oligomerization domains unusual fold 1kw0 d1kw0a_ A:226-239,261-266,282-297 2pah d2pahb_ B:226-239,261-266,282-297 2pah d2paha_ A:226-239,261-266,282-297 1mmt d1mmta_ A:226-239,261-266,282-297 1tg2 d1tg2a_ A:226-239,261-266,282-297 1mmk d1mmka_ A:226-239,261-266,282-297 2toh d2toha_ A:272-285,307-312,328-343 1j8u d1j8ua_ A:226-239,261-266,282-297 1toh d1toha_ A:272-285,307-312,328-343 1tdw d1tdwa_ A:226-239,261-266,282-297 1phz d1phza2 A:226-239,261-266,282-297 1lrm d1lrma_ A:226-239,261-266,282-297 4pah d4paha_ A:226-239,261-266,282-297 1j8t d1j8ta_ A:226-239,261-266,282-297 1dmw d1dmwa_ A:226-239,261-266,282-297 3pah d3paha_ A:226-239,261-266,282-297 5pah d5paha_ A:226-239,261-266,282-297 2phm d2phma2 A:226-239,261-266,282-297 6pah d6paha_ A:226-239,261-266,282-297 1pah d1paha_ A:226-239,261-266,282-297 1mlw d1mlwa_ A:213-226,248-253,269-284 1ltu d1ltua_ A:79-92,114-119,135-150 1pah d1paha_ A:226-239,240-245,282-297 1tg2 d1tg2a_ A:226-239,240-245,282-297 3pah d3paha_ A:226-239,240-245,282-297 1dmw d1dmwa_ A:226-239,240-245,282-297 6pah d6paha_ A:226-239,240-245,282-297 4pah d4paha_ A:226-239,240-245,282-297 2phm d2phma2 A:226-239,240-245,282-297 1phz d1phza2 A:226-239,240-245,282-297 1tdw d1tdwa_ A:226-239,240-245,282-297 5pah d5paha_ A:226-239,240-245,282-297 1j8t d1j8ta_ A:226-239,240-245,282-297 1j8u d1j8ua_ A:226-239,240-245,282-297 1lrm d1lrma_ A:226-239,240-245,282-297 2toh d2toha_ A:272-285,286-291,328-343 2pah d2pahb_ B:226-239,240-245,282-297 2pah d2paha_ A:226-239,240-245,282-297 1toh d1toha_ A:272-285,286-291,328-343 1kw0 d1kw0a_ A:226-239,240-245,282-297 1mmk d1mmka_ A:226-239,240-245,282-297 1mmt d1mmta_ A:226-239,240-245,282-297 1mlw d1mlwa_ A:213-226,227-232,269-284 1ltz d1ltza_ A:79-86,114-119,135-150 1ltv d1ltva_ A:79-86,114-119,135-150 1ltu d1ltua_ A:79-92,93-99,135-150 1ltz d1ltza_ A:79-86,93-99,135-150 1ltv d1ltva_ A:79-86,93-99,135-150 1ltz d1ltza_ A:37-59,192-198,204-214 1mmt d1mmta_ A:180-202,338-344,350-359 1mmk d1mmka_ A:180-202,338-344,350-359 1kw0 d1kw0a_ A:180-202,338-344,350-360 23. c.31.1 DHS-like NAD/FAD-binding domain binds cofactor molecules in the opposite direction than classical Rossmann fold ! DHS-like NAD/FAD-binding domain 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 321456; Rossmann-like 1u2d d1u2dc1 C:61-77,123-129,190-203 2oo5 d2oo5c1 C:61-77,123-129,190-203 2fsv d2fsvc1 C:61-77,123-129,190-203 1u2g d1u2gc1 C:61-77,123-129,190-203 1ptj d1ptjc_ C:61-77,123-129,190-203 1nm5 d1nm5c_ C:61-77,123-129,190-203 1pnq d1pnqa_ A:322-338,384-390,451-464 1xlt d1xltf1 F:322-338,384-390,451-464 1pno d1pnoa_ A:322-338,384-390,451-464 1xlt d1xlti1 I:322-338,384-390,451-464 1pnq d1pnqb_ B:322-338,384-390,451-464 1pno d1pnob_ B:322-338,384-390,451-464 1u28 d1u28c1 C:61-77,123-129,190-203 1pt9 d1pt9a_ A:60-76,122-128,189-204 1u31 d1u31a1 A:60-76,122-128,189-204 1jsc d1jscb1 B:313-328,369-374,426-439 1u31 d1u31b1 B:60-76,122-128,189-204 1s5p d1s5pa_ A:107-121,208-214,257-274 1xlt d1xltc1 C:322-338,384-390,451-464 1pt9 d1pt9b_ B:60-76,122-128,189-204 2frd d2frdc1 C:61-77,123-129,190-203 1hzz d1hzzc_ C:62-77,123-129,190-203 1djl d1djla_ A:896-912,958-964,1025-1040 1djl d1djlb_ B:896-912,958-964,1025-1040 1ici d1icib_ B:77-90,179-185,228-245 2oor d2oorc1 C:61-77,123-129,190-202 1ici d1icia_ A:77-90,179-185,228-245 2fr8 d2fr8c1 C:61-77,123-129,190-203 1ovm d1ovmc1 C:224-237,278-284,323-339 1s7g d1s7ge_ E:79-92,185-191,234-250 1ovm d1ovmd1 D:224-237,278-284,323-339 1yc2 d1yc2e1 E:79-92,185-191,234-250 1yc2 d1yc2c1 C:79-92,185-191,234-252 1s7g d1s7gc_ C:79-92,185-191,234-252 1upc d1upcd1 D:231-244,289-295,338-353 1upc d1upcb1 B:231-244,289-295,338-353 1ma3 d1ma3a_ A:79-92,185-191,234-251 1ovm d1ovma1 A:224-237,278-284,323-339 1ovm d1ovmb1 B:224-237,278-284,323-339 1e3t d1e3ta_ A:60-77,123-129,190-202 1upb d1upbd1 D:231-244,289-295,338-353 1upc d1upca1 A:231-244,289-295,338-353 1upc d1upcc1 C:231-244,289-295,338-353 1d4o d1d4oa_ A:37-53,99-105,166-181 1yc2 d1yc2b1 B:79-92,185-191,234-252 2iht d2ihtb1 B:231-244,289-295,338-353 1upb d1upbb1 B:231-244,289-295,338-353 1upa d1upab1 B:231-244,289-295,338-353 2iht d2ihtd1 D:231-244,289-295,338-353 1t9d d1t9da1 A:313-328,368-374,426-439 2ihv d2ihvb1 B:231-244,289-295,338-353 1n0h d1n0ha1 A:313-328,368-374,426-439 1t9d d1t9dd1 D:313-328,368-374,426-439 1t9a d1t9aa1 A:313-328,368-374,426-439 1yc2 d1yc2d1 D:79-92,185-191,234-252 1yc2 d1yc2a1 A:79-92,185-191,234-252 1t9c d1t9ca1 A:313-328,368-374,426-439 1t9b d1t9bb1 B:313-328,368-374,426-439 1m2n d1m2na_ A:77-90,179-185,228-246 1n0h d1n0hb1 B:313-328,368-374,426-439 1s7g d1s7gb_ B:79-92,185-191,234-252 1s7g d1s7ga_ A:79-92,185-191,234-252 1t9d d1t9db1 B:313-328,368-374,426-439 1t9a d1t9ab1 B:313-328,368-374,426-439 1s7g d1s7gd_ D:79-92,185-191,234-252 2ez4 d2ez4a1 A:226-238,278-284,325-338 1t9b d1t9ba1 A:313-328,368-374,426-439 1qpb d1qpba1 A:225-239,280-286,325-344 2a1t d2a1tr2 R:227-242,273-279,318-333 1qpb d1qpba1 A:225-239,305-311,325-344 1m2k d1m2ka_ A:77-90,179-185,228-247 1t9c d1t9cb1 B:313-328,368-374,426-439 1m2n d1m2nb_ B:77-90,179-185,228-246 1m2h d1m2ha_ A:77-90,179-185,228-247 1m2g d1m2ga_ A:77-90,179-185,228-247 1qpb d1qpbb1 B:227-239,280-286,325-344 2a1u d2a1ua2 A:227-242,273-279,318-333 1m2j d1m2ja_ A:77-90,179-185,228-247 1efp d1efpa2 A:205-220,251-257,296-308 1efp d1efpc2 C:205-220,251-257,296-308 1efv d1efva2 A:227-242,273-279,318-331 1upb d1upbc1 C:231-244,289-295,338-351 1upa d1upac1 C:231-244,289-295,338-351 1qpb d1qpbb1 B:227-239,305-311,325-344 1upc d1upce1 E:231-244,289-295,338-351 2iht d2ihtc1 C:231-244,289-295,338-351 1upc d1upcf1 F:231-244,289-295,338-351 1upa d1upad1 D:231-244,289-295,338-351 2iht d2ihta1 A:231-244,289-295,338-351 1upa d1upaa1 A:231-244,289-295,338-351 2ihv d2ihvd1 D:231-244,289-295,338-351 1upb d1upba1 A:231-244,289-295,338-351 1pvd d1pvdb1 B:226-239,305-311,325-337 3clt d3cltd2 D:214-229,261-267,306-319 3clr d3clrd2 D:214-229,261-267,306-319 1j8f d1j8fa_ A:146-159,255-261,323-336 1z8n d1z8na1 A:313-325,365-371,414-430 3clu d3clud2 D:214-229,261-267,306-319 1pyd d1pydb1 B:226-239,305-311,325-337 2ihu d2ihua1 A:231-244,289-295,338-351 1yhz d1yhza1 A:313-325,365-371,414-430 1yi0 d1yi0a1 A:313-325,365-371,414-430 1yhy d1yhya1 A:313-325,365-371,414-430 1ybh d1ybha1 A:313-325,365-371,414-430 1yi1 d1yi1a1 A:313-325,365-371,414-430 1j8f d1j8fc_ C:146-159,255-261,323-336 2ihv d2ihva1 A:231-244,289-295,338-351 2fsv d2fsvc1 C:61-77,158-165,190-203 1j8f d1j8fb_ B:146-159,255-261,323-336 1t9d d1t9dc1 C:313-328,368-374,426-438 1u2g d1u2gc1 C:61-77,158-165,190-203 1ozg d1ozga1 A:223-235,276-282,323-336 3cls d3clsd2 D:214-229,261-267,306-318 2ezt d2ezta1 A:226-238,278-284,325-337 1ozf d1ozfa1 A:223-235,276-282,323-336 2ji7 d2ji7a1 A:229-241,274-280,325-338 1pow d1powa1 A:226-238,278-284,325-337 1o97 d1o97d2 D:214-229,261-267,306-318 2fr8 d2fr8c1 C:61-77,158-165,190-203 1u28 d1u28c1 C:61-77,158-165,190-203 2ez9 d2ez9a1 A:226-238,278-284,325-337 2ji6 d2ji6a1 A:229-241,274-280,325-338 1pvd d1pvda1 A:225-239,280-286,325-337 2dji d2djia1 A:221-233,273-279,320-332 2jib d2jiba1 A:229-241,274-280,325-338 1pox d1poxa1 A:226-238,278-284,325-337 2ez8 d2ez8a1 A:226-238,278-284,325-337 1ozf d1ozfb1 B:223-235,276-282,323-336 1v5f d1v5fa1 A:221-233,273-279,320-332 1v5e d1v5ea1 A:221-233,273-279,320-332 1pvd d1pvda1 A:225-239,304-311,325-337 1v5g d1v5ga1 A:221-233,273-279,320-332 2ji9 d2ji9b1 B:229-241,274-280,325-338 2ezu d2ezua1 A:226-238,278-284,325-337 2ji9 d2ji9a1 A:229-241,274-280,325-338 2jib d2jibb1 B:229-241,274-280,325-338 2ji7 d2ji7b1 B:229-241,274-280,325-338 2ji8 d2ji8b1 B:229-241,274-280,325-338 2oor d2oorc1 C:61-77,158-165,190-202 2ezt d2eztb1 B:226-238,278-284,325-337 2ji6 d2ji6b1 B:229-241,274-280,325-338 2ez9 d2ez9b1 B:226-238,278-284,325-337 1ozh d1ozhc1 C:223-235,276-282,323-336 1pox d1poxb1 B:226-238,278-284,325-337 1pow d1powb1 B:226-238,278-284,325-337 2ji8 d2ji8a1 A:229-241,274-280,325-338 2ez8 d2ez8b1 B:226-238,278-284,325-337 1o96 d1o96b2 B:214-229,261-267,306-318 2ez4 d2ez4b1 B:226-238,278-284,325-337 1pyd d1pyda1 A:225-239,280-286,325-337 2c31 d2c31b1 B:229-241,274-280,325-338 1o96 d1o96f2 F:214-229,261-267,306-318 2ezu d2ezub1 B:226-238,278-284,325-337 1o96 d1o96d2 D:214-229,261-267,306-318 2c31 d2c31a1 A:229-241,274-280,325-338 1q14 d1q14a_ A:94-107,217-223,269-282 1o96 d1o96z2 Z:214-229,261-267,306-318 1pyd d1pyda1 A:225-239,304-311,325-337 1ytl d1ytld1 D:47-61,110-116,159-174 1ozh d1ozha1 A:220-235,276-282,323-336 2nyr d2nyra1 A:115-132,243-249,292-302 2nyr d2nyrb1 B:115-132,243-249,292-302 1ytl d1ytlc1 C:47-61,110-116,159-174 2b4y d2b4yb1 B:115-132,243-249,292-302 1ytl d1ytla1 A:47-61,110-116,159-174 1zpd d1zpda1 A:224-237,303-309,323-335 1pyd d1pydb1 B:226-239,280-286,325-337 2h2d d2h2da1 A:77-90,182-188,231-244 1ytl d1ytlb1 B:47-61,110-116,159-174 1q1a d1q1aa_ A:94-107,217-223,269-282 2h2f d2h2fa1 A:77-90,182-188,231-244 1zpd d1zpdf1 F:224-237,303-309,323-335 1zpd d1zpdb1 B:224-237,303-309,323-335 2v3w d2v3wa1 A:215-228,268-274,317-329 1jsc d1jsca1 A:313-328,368-374,426-435 2b4y d2b4ya1 A:115-132,243-249,292-302 2h4f d2h4fa1 A:77-90,182-188,231-244 2v3w d2v3wb1 B:215-228,268-274,317-329 1q6z d1q6za1 A:215-228,268-274,317-329 2h4j d2h4ja1 A:77-90,182-188,231-244 2b4y d2b4yd1 D:115-132,243-249,292-302 2v3w d2v3wd1 D:215-228,268-274,317-329 2b4y d2b4yc1 C:115-132,243-249,292-302 1mcz d1mczj1 J:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczg1 G:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mcza1 A:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczm1 M:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczk1 K:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczi1 I:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczb1 B:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczn1 N:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczp1 P:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczo1 O:215-228,268-274,317-329 1zpd d1zpde1 E:224-237,303-309,323-335 3d4b d3d4ba1 A:77-90,182-188,231-244 1mcz d1mcze1 E:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczh1 H:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczd1 D:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczl1 L:215-228,268-274,317-329 1yc5 d1yc5a1 A:77-90,182-188,231-244 2fn3 d2fn3a1 A:215-228,268-274,317-329 2fwn d2fwna1 A:215-228,268-274,317-329 1mcz d1mczf1 F:215-228,268-274,317-329 1pvd d1pvdb1 B:226-239,280-286,325-337 1mcz d1mczc1 C:215-228,268-274,317-329 3d81 d3d81a1 A:77-90,182-188,231-244 2v3w d2v3wc1 C:215-228,268-274,317-329 2h2h d2h2ha1 A:77-90,182-188,231-244 1po7 d1po7a1 A:215-228,268-274,317-329 1pi3 d1pi3a1 A:215-228,268-274,317-329 1yno d1ynoa1 A:215-228,268-274,317-329 1ozg d1ozgb1 B:220-235,276-282,323-336 2h2g d2h2ga1 A:77-90,182-188,231-244 1ozh d1ozhd1 D:220-235,276-282,323-336 1bfd d1bfda1 A:215-228,268-274,317-329 1ozg d1ozga1 A:223-235,298-305,323-336 1ozf d1ozfa1 A:223-235,298-305,323-336 2h2i d2h2ia1 A:77-90,182-188,231-243 1zpd d1zpda1 A:224-237,278-284,323-335 1zpd d1zpdb1 B:224-237,278-284,323-335 1zpd d1zpdf1 F:224-237,278-284,323-335 1zpd d1zpde1 E:224-237,278-284,323-335 1ozh d1ozhb1 B:220-235,276-282,323-335 1q17 d1q17b_ B:94-107,216-223,269-282 1q17 d1q17a_ A:94-107,216-223,269-282 1q17 d1q17c_ C:94-107,216-223,269-282 1szd d1szda_ A:94-107,215-223,269-282 1szc d1szca_ A:94-107,215-223,269-282 1rlz d1rlza_ A:110-123,274-282,342-359 1dhs d1dhsa_ A:110-123,274-282,342-359 1rqd d1rqda_ A:110-123,274-282,342-354 1roz d1roza_ A:110-123,274-282,342-354 1rqd d1rqdb_ B:110-123,274-282,342-354 1roz d1rozb_ B:110-123,274-282,342-355 24. d.315.1 TRCF domain-like TRCF domain-like beta-alpha(3)-beta(2)-alpha-beta(2)-alpha; 2 layers: alpha/beta; mixed beta sheet, order 12354, strands 1 and 2 are parallel; some topological similarity to the DCoH-like fold (scop_cf 55247) 2eyq d2eyqb6 B:1054-1074,1074-1082,1127-1146 2eyq d2eyqa6 A:1054-1074,1074-1082,1127-1146 2eyq d2eyqb6 B:522-529,1002-1007,1054-1074 25. c.81.1 Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3 molybdopterine enzyme ! Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3 contains of two similar intertwined domains related by pseudo dyad; duplication ! core: 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strands, order 32451 2fug d2fugc2 C:350-365,564-570,636-649 2fug d2fugl2 L:350-365,564-570,636-649 2fug d2fugu2 U:350-365,565-570,636-649 2fug d2fug32 3:350-365,565-570,636-649 2jim d2jima2 A:113-129,410-416,493-506 2v3v d2v3va2 A:113-129,410-416,493-506 2v45 d2v45a2 A:113-129,410-416,493-506 2jiq d2jiqa2 A:113-129,410-416,493-506 2jio d2jioa2 A:113-129,410-416,493-506 2nap d2napa2 A:113-129,410-416,493-506 2jip d2jipa2 A:113-129,410-416,493-506 2jir d2jira2 A:113-129,410-416,493-506 1tmo d1tmoa2 A:126-139,462-469,519-532 2iv2 d2iv2x2 X:113-129,396-402,477-490 1fdo d1fdoa2 A:113-129,396-402,477-490 1ogy d1ogya2 A:125-141,448-454,531-544 1ogy d1ogym2 M:125-141,448-454,531-544 1ogy d1ogyk2 K:125-141,448-454,531-544 1ogy d1ogyo2 O:125-141,448-454,531-544 1dms d1dmsa2 A:124-137,453-460,510-523 1ogy d1ogye2 E:125-141,448-454,531-544 1ogy d1ogyc2 C:125-141,448-454,531-544 1fdi d1fdia2 A:113-129,396-402,477-490 1ogy d1ogyg2 G:125-141,448-454,531-544 1h5n d1h5na2 A:124-137,453-460,510-523 1ogy d1ogyi2 I:125-141,448-454,531-544 1dmr d1dmra2 A:124-137,453-460,510-523 1h5n d1h5nc2 C:124-137,453-460,510-523 1aa6 d1aa6a2 A:113-129,396-402,477-490 4dmr d4dmra2 A:124-137,453-460,510-523 1e5v d1e5va2 A:124-137,453-460,510-523 3dmr d3dmra2 A:124-137,453-460,510-523 1eu1 d1eu1a2 A:124-137,453-460,510-523 1ogy d1ogyc2 C:153-165,339-345,353-369 1ogy d1ogym2 M:153-165,339-345,353-369 1ogy d1ogyg2 G:153-165,339-345,353-369 1ogy d1ogya2 A:153-165,339-345,353-369 1ogy d1ogyk2 K:153-165,339-345,353-369 1ogy d1ogyo2 O:153-165,339-345,353-369 1ogy d1ogye2 E:153-165,339-345,353-369 1ogy d1ogyi2 I:153-165,339-345,353-369 1e60 d1e60c2 C:124-137,453-459,510-523 1e60 d1e60a2 A:124-137,453-459,510-523 1e18 d1e18a2 A:124-137,453-459,510-523 1e5v d1e5vc2 C:124-137,453-459,510-523 1e61 d1e61c2 C:124-137,453-459,510-523 2jim d2jima2 A:141-153,301-307,315-331 2jiq d2jiqa2 A:141-153,301-307,315-331 2v45 d2v45a2 A:141-153,301-307,315-331 2jio d2jioa2 A:141-153,301-307,315-331 1h0h d1h0hk2 K:132-147,510-516,604-624 2v3v d2v3va2 A:141-153,301-307,315-331 1e61 d1e61a2 A:124-137,453-459,510-523 1h0h d1h0ha2 A:132-147,510-516,604-624 1q16 d1q16a2 A:195-210,707-712,821-838 1y5l d1y5la2 A:195-210,707-712,821-838 2nap d2napa2 A:141-153,301-307,315-331 1y5i d1y5ia2 A:195-210,707-712,821-838 2dmr d2dmra2 A:124-137,453-459,510-523 2jir d2jira2 A:141-153,301-307,315-331 1y4z d1y4za2 A:195-210,707-712,821-838 1siw d1siwa2 A:195-210,707-712,821-838 1r27 d1r27c2 C:195-210,707-712,821-838 2jip d2jipa2 A:141-153,301-307,315-331 1y5n d1y5na2 A:195-210,707-712,821-838 1r27 d1r27a2 A:195-210,707-712,821-838 1h5n d1h5nc2 C:124-137,426-431,510-523 1kqg d1kqga2 A:170-185,550-556,648-668 1e5v d1e5vc2 C:124-137,426-431,510-523 1kqf d1kqfa2 A:170-185,550-556,648-668 1e60 d1e60c2 C:124-137,426-431,510-523 1h5n d1h5na2 A:124-137,426-431,510-523 1eu1 d1eu1a2 A:124-137,426-431,510-523 1e60 d1e60a2 A:124-137,426-431,510-523 1y5l d1y5la2 A:195-210,766-773,821-838 2dmr d2dmra2 A:124-137,426-431,510-523 1y4z d1y4za2 A:195-210,766-773,821-838 1q16 d1q16a2 A:195-210,766-773,821-838 1y5i d1y5ia2 A:195-210,766-773,821-838 1h0h d1h0ha2 A:158-171,364-370,375-394 1y5n d1y5na2 A:195-210,766-773,821-838 1siw d1siwa2 A:195-210,766-773,821-838 1vle d1vleu2 U:152-165,520-527,588-601 1vle d1vlew2 W:152-165,520-527,588-601 1vle d1vles2 S:152-165,520-527,588-601 1h0h d1h0hk2 K:158-171,364-370,375-394 1vlf d1vlfo2 O:152-165,520-527,588-601 1ti4 d1ti4g2 G:152-165,520-527,588-601 1ti4 d1ti4k2 K:152-165,520-527,588-601 1vle d1vleo2 O:152-165,520-527,588-601 1ti4 d1ti4a2 A:152-165,520-527,588-601 1r27 d1r27c2 C:195-210,766-773,821-838 1ti4 d1ti4i2 I:152-165,520-527,588-601 1vlf d1vlfu2 U:152-165,520-527,588-601 1vlf d1vlfw2 W:152-165,520-527,588-601 1r27 d1r27a2 A:195-210,766-773,821-838 1ti4 d1ti4c2 C:152-165,520-527,588-601 1vld d1vlds2 S:152-165,520-527,588-601 1vle d1vleq2 Q:152-165,520-527,588-601 1ti6 d1ti6g2 G:152-165,520-527,588-601 1ti6 d1ti6k2 K:152-165,520-527,588-601 1ti6 d1ti6c2 C:152-165,520-527,588-601 1vlf d1vlfs2 S:152-165,520-527,588-601 1vlf d1vlfq2 Q:152-165,520-527,588-601 1ti4 d1ti4e2 E:152-165,520-527,588-601 1ti2 d1ti2i2 I:152-165,520-527,588-601 1ti2 d1ti2g2 G:152-165,520-527,588-601 1ti6 d1ti6e2 E:152-165,520-527,588-601 1vle d1vlem2 M:152-165,520-527,588-601 1ti6 d1ti6a2 A:152-165,520-527,588-601 1vlf d1vlfm2 M:152-165,520-527,588-601 1ti6 d1ti6i2 I:152-165,520-527,588-601 1ti2 d1ti2k2 K:152-165,520-527,588-601 1vld d1vldq2 Q:152-165,520-527,588-601 1g8j d1g8ja2 A:204-211,378-384,392-408 1g8j d1g8ja2 A:135-155,450-456,491-506 1g8j d1g8jc2 C:204-211,378-384,392-408 1g8k d1g8kc2 C:204-211,378-384,392-408 1g8j d1g8jc2 C:135-155,450-456,491-506 1g8k d1g8kg2 G:204-211,378-384,392-408 1g8k d1g8ka2 A:204-211,378-384,392-408 1g8k d1g8ke2 E:204-211,378-384,392-408 1aa6 d1aa6a2 A:142-153,290-296,302-320 1g8k d1g8kc2 C:135-155,450-456,491-506 1g8k d1g8kg2 G:135-155,450-456,491-506 1g8k d1g8ka2 A:172-188,450-456,562-582 1g8k d1g8ka2 A:135-155,450-456,491-506 1g8k d1g8kg2 G:172-188,450-456,562-582 1g8k d1g8kc2 C:172-188,450-456,562-582 1g8k d1g8ke2 E:135-155,450-456,491-506 1g8k d1g8ke2 E:172-188,450-456,562-582 1g8j d1g8ja2 A:172-188,450-456,562-582 1g8j d1g8jc2 C:172-188,450-456,562-582 1ti2 d1ti2e2 E:152-160,520-527,588-601 1vld d1vlds2 S:152-165,491-497,588-601 1vle d1vlew2 W:152-165,491-497,588-601 1vle d1vles2 S:152-165,491-497,588-601 1vle d1vleu2 U:152-165,491-497,588-601 1ti4 d1ti4k2 K:152-165,491-497,588-601 1ti4 d1ti4g2 G:152-165,491-497,588-601 1vlf d1vlfs2 S:152-165,491-497,588-601 1vld d1vldo2 O:152-165,491-497,588-601 1vlf d1vlfo2 O:152-165,491-497,588-601 1vlf d1vlfw2 W:152-165,491-497,588-601 1vlf d1vlfu2 U:152-165,491-497,588-601 1ti4 d1ti4a2 A:152-165,491-497,588-601 1vlf d1vlfm2 M:152-165,491-497,588-601 1ti6 d1ti6k2 K:152-165,491-497,588-601 1vle d1vleo2 O:152-165,491-497,588-601 1vle d1vleq2 Q:152-165,491-497,588-601 1ti4 d1ti4e2 E:152-165,491-497,588-601 1vlf d1vlfq2 Q:152-165,491-497,588-601 1ti2 d1ti2i2 I:152-165,491-497,588-601 1vld d1vldo2 O:152-165,520-526,588-601 1ti4 d1ti4i2 I:152-165,491-497,588-601 1ti6 d1ti6c2 C:152-165,491-497,588-601 1ti6 d1ti6e2 E:152-165,491-497,588-601 1vld d1vldq2 Q:152-165,491-497,588-601 1vld d1vldu2 U:152-165,491-497,588-601 1ti2 d1ti2c2 C:152-165,520-526,588-601 1vld d1vldu2 U:152-165,520-526,588-601 1ti2 d1ti2a2 A:152-165,520-526,588-601 1vld d1vldw2 W:152-165,520-526,588-601 1vld d1vldm2 M:152-165,520-526,588-601 2dmr d2dmra2 A:148-156,315-321,329-345 26. c.33.1 Isochorismatase-like hydrolases Isochorismatase-like hydrolases 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 321456 1j2r d1j2rb_ B:40-59,133-139,191-199 1j2r d1j2rc_ C:40-59,133-139,191-199 1j2r d1j2ra_ A:40-59,133-141,191-199 1j2r d1j2rd_ D:40-59,133-139,191-199 1x9g d1x9ga_ A:30-49,125-131,160-170 1x9g d1x9ga_ A:30-49,100-108,160-170 1xn4 d1xn4a_ A:30-49,125-131,160-170 1nba d1nbaa_ A:67-86,165-173,223-234 1nba d1nbac_ C:67-86,165-173,223-234 1nba d1nbad_ D:67-86,165-173,223-234 1nba d1nbab_ B:67-86,165-173,223-234 1xn4 d1xn4a_ A:30-49,100-108,160-170 1nba d1nbac_ C:67-86,190-196,223-234 1j2r d1j2rd_ D:40-59,158-164,191-199 1j2r d1j2rb_ B:40-59,158-164,191-199 1nba d1nbab_ B:67-86,190-196,223-234 1j2r d1j2rc_ C:40-59,158-164,191-199 1nba d1nbaa_ A:67-86,190-196,223-234 1nba d1nbad_ D:67-86,190-196,223-234 1yac d1yacb_ B:32-51,131-137,164-174 1yac d1yaca_ A:32-51,131-137,164-174 1j2r d1j2ra_ A:40-59,158-164,191-199 1yac d1yacb_ B:32-51,106-114,164-174 1yac d1yaca_ A:32-51,106-114,164-174 1yac d1yacb_ B:32-51,160-164,164-174 1yac d1yaca_ A:32-51,160-164,164-174 28. d.68.2 EPT/RTPC-like IF3-like beta-alpha-beta-alpha-beta(2); 2 layers; mixed sheet 1243, strand 4 is antiparallel to the rest 1rf4 d1rf4d_ D:232-246,247-258,416-427 1rf4 d1rf4a_ A:232-247,248-258,416-427 1rf4 d1rf4b_ B:232-247,247-258,416-427 1rf6 d1rf6a_ A:232-247,247-258,416-427 1rf6 d1rf6d_ D:232-246,247-258,416-427 1rf4 d1rf4c_ C:232-247,247-258,416-427 1q3g d1q3ga_ A:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gw_ W:21-36,35-43,188-202 1uae d1uaea_ A:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gi_ I:21-36,35-43,188-202 1ryw d1rywb_ B:21-36,35-43,188-202 1ryw d1rywh_ H:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gg_ G:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gl_ L:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gd_ D:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gc_ C:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gh_ H:21-36,35-43,188-202 1ybg d1ybgc1 C:21-36,35-43,188-202 1ryw d1rywg_ G:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gk_ K:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3ge_ E:21-36,35-43,188-202 1ryw d1rywa_ A:21-36,35-43,188-202 1ryw d1rywe_ E:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gx_ X:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gb_ B:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gz_ Z:21-36,35-43,188-202 1ybg d1ybga1 A:21-36,35-43,188-202 1ryw d1rywc_ C:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gj_ J:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gy_ Y:21-36,35-43,188-202 1ryw d1rywf_ F:21-36,35-43,188-202 1q3g d1q3gf_ F:21-36,35-43,188-202 1ryw d1rywd_ D:21-36,35-43,188-202 1ejc d1ejca_ A:21-36,35-43,188-202 1ejd d1ejda_ A:21-36,35-43,188-202 1rf5 d1rf5a_ A:232-247,247-254,416-427 1naw d1nawa_ A:21-36,35-43,188-202 1dlg d1dlga_ A:21-36,35-43,188-202 1ybg d1ybgd1 D:21-36,35-43,188-202 1ejd d1ejdb_ B:21-36,35-43,188-202 1ybg d1ybgb1 B:21-36,35-43,188-202 1dlg d1dlgb_ B:21-36,35-43,188-202 1naw d1nawb_ B:21-36,35-43,188-202 1eyn d1eyna_ A:21-35,35-43,188-202 1rf6 d1rf6b_ B:232-247,247-258,416-427 1a2n d1a2na_ A:21-35,35-43,188-202 1rf6 d1rf6d_ D:122-133,133-138,166-180 1rf6 d1rf6a_ A:122-133,133-138,166-180 1rf6 d1rf6c_ C:232-247,247-258,416-427 1rf5 d1rf5d_ D:121-133,133-138,166-181 1x8t d1x8ta1 A:242-257,256-264,415-425 1x8r d1x8ra1 A:242-257,256-264,415-425 1qmi d1qmid2 D:15-31,33-38,307-322 1q36 d1q36a_ A:242-257,256-264,415-425 1qmi d1qmic2 C:15-31,33-38,307-322 1p89 d1p89a_ A:125-137,137-143,169-184 1rf5 d1rf5c_ C:121-133,133-138,166-180 1qmh d1qmha2 A:16-31,33-38,307-322 1qmh d1qmhb2 B:16-31,33-38,307-322 1eps d1epsa_ A:242-257,257-264,415-424 1rf5 d1rf5b_ B:232-247,247-258,414-427 1qmi d1qmia2 A:16-31,33-38,307-322 1g6t d1g6ta_ A:242-257,256-264,415-424 1qmi d1qmib2 B:16-31,33-38,307-322 2aa9 d2aa9a1 A:242-257,256-264,415-424 1mi4 d1mi4a_ A:242-257,256-264,415-424 2aay d2aaya1 A:242-257,256-264,415-424 1g6s d1g6sa_ A:242-257,256-264,415-424 2pq9 d2pq9a1 A:242-257,256-264,415-424 1rf5 d1rf5c_ C:232-247,247-258,414-427 1ejc d1ejca_ A:231-246,247-253,401-410 1ybg d1ybgc1 C:231-246,247-253,401-410 1ybg d1ybga1 A:231-246,247-253,401-410 1naw d1nawb_ B:231-246,247-253,401-410 1ybg d1ybgd1 D:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gh_ H:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3ga_ A:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gd_ D:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gw_ W:231-246,247-253,401-410 1ybg d1ybgb1 B:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gg_ G:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gb_ B:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gx_ X:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gy_ Y:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gc_ C:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gf_ F:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gi_ I:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gj_ J:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gz_ Z:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gl_ L:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3ge_ E:231-246,247-253,401-410 1q3g d1q3gk_ K:231-246,247-253,401-410 1ryw d1rywd_ D:231-246,247-253,401-410 1ryw d1rywe_ E:231-246,247-253,401-410 1a2n d1a2na_ A:231-246,247-253,401-410 1ryw d1rywf_ F:231-246,247-253,401-410 1ryw d1rywa_ A:231-246,247-253,401-410 1ryw d1rywh_ H:231-246,247-253,401-410 1uae d1uaea_ A:231-246,247-253,401-410 1ejd d1ejdb_ B:231-246,246-253,401-410 1naw d1nawa_ A:231-246,246-253,401-410 1dlg d1dlga_ A:231-246,246-253,401-410 1dlg d1dlgb_ B:231-246,246-253,401-410 1ejd d1ejda_ A:231-246,246-253,401-410 1eyn d1eyna_ A:231-246,246-253,401-410 1ryw d1rywg_ G:231-246,246-253,401-410 1ryw d1rywb_ B:231-246,246-253,401-410 1ryw d1rywc_ C:231-246,246-253,401-410 1rf5 d1rf5d_ D:232-247,247-254,414-427 1p89 d1p89a_ A:25-35,35-43,197-212 1p88 d1p88a_ A:25-36,38-43,197-212 1g6t d1g6ta_ A:95-109,108-112,169-183 2pq9 d2pq9a1 A:95-109,108-112,169-183 29. c.23.15 Ribosomal protein S2 fold elaborated with additional structures ! Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 2uua d2uuab1 B:74-89,160-166,207-227 2uuc d2uucb1 B:74-89,160-166,207-227 2uu9 d2uu9b1 B:74-89,160-166,207-227 2vqe d2vqeb1 B:74-89,160-166,207-227 2j02 d2j02b1 B:77-89,161-166,207-227 2j00 d2j00b1 B:77-89,161-166,207-227 2om7 d2om7n1 N:77-89,161-166,207-227 2uub d2uubb1 B:74-89,160-166,207-227 2qow d2qowb1 B:72-87,87-92,205-225 1hr0 d1hr0b_ B:74-89,160-166,207-227 1x18 d1x18e1 E:74-89,160-166,207-227 1j5e d1j5eb_ B:74-89,160-166,207-227 2uxc d2uxcb1 B:77-89,160-166,207-227 1xmq d1xmqb_ B:74-89,160-166,207-227 2qp0 d2qp0b1 B:75-88,87-93,205-224 1hnx d1hnxb_ B:74-89,160-166,207-227 1hnz d1hnzb_ B:74-89,160-166,207-227 1n33 d1n33b_ B:74-89,160-166,207-227 2hgr d2hgre1 E:77-89,160-166,207-227 1hnw d1hnwb_ B:74-89,160-166,207-227 1n32 d1n32b_ B:77-89,160-166,207-227 1fjg d1fjgb_ B:74-89,160-166,207-227 2hgp d2hgpe1 E:77-89,160-166,207-227 1n34 d1n34b_ B:74-89,160-166,207-227 1n36 d1n36b_ B:74-89,160-166,207-227 3d5a d3d5ab1 B:74-89,160-166,207-227 2gy9 d2gy9b1 B:75-87,158-164,205-225 3d5c d3d5cb1 B:74-89,160-166,207-227 2gyb d2gybb1 B:75-87,158-164,205-225 1yl4 d1yl4e1 E:77-89,161-166,207-227 1i96 d1i96b_ B:77-89,160-166,207-225 1i94 d1i94b_ B:77-89,160-166,207-225 2hgi d2hgie1 E:77-89,160-166,207-227 2uxb d2uxbb1 B:77-89,160-166,207-227 2vhp d2vhpb1 B:75-87,158-164,205-225 2uxd d2uxdb1 B:77-89,160-166,207-227 1i97 d1i97b_ B:74-89,160-166,207-225 2qoy d2qoyb1 B:72-86,158-164,205-225 2f4v d2f4vb1 B:77-89,160-166,207-227 2qow d2qowb1 B:72-87,158-164,205-225 2qp0 d2qp0b1 B:75-88,158-164,205-224 2vho d2vhob1 B:75-87,159-164,205-225 3df3 d3df3b1 B:78-88,87-93,205-225 2b9m d2b9mb1 B:77-89,160-166,207-227 2b64 d2b64b1 B:77-89,160-166,207-227 2b9o d2b9ob1 B:77-89,160-166,207-227 3df1 d3df1b1 B:78-88,87-93,205-225 2aw7 d2aw7b1 B:72-87,158-163,205-225 2qbf d2qbfb1 B:72-87,158-163,205-225 2qbd d2qbdb1 B:72-87,158-163,205-225 3df3 d3df3b1 B:78-88,158-164,205-225 3df1 d3df1b1 B:78-88,158-164,205-225 1vs7 d1vs7b1 B:72-87,158-163,205-225 2v46 d2v46b1 B:77-89,160-166,207-227 2v48 d2v48b1 B:77-89,160-166,207-227 2qbd d2qbdb1 B:72-87,88-93,205-225 2qbf d2qbfb1 B:72-87,88-93,205-225 2qbh d2qbhb1 B:75-87,88-93,205-225 2qbj d2qbjb1 B:75-87,88-93,205-225 2hhh d2hhhb1 B:74-89,160-165,207-227 2i2u d2i2ub1 B:77-84,158-163,205-219 1xmo d1xmob_ B:77-89,160-165,207-227 2vqf d2vqfb1 B:74-89,160-165,207-227 2qbb d2qbbb1 B:75-87,88-93,205-225 2qb9 d2qb9b1 B:75-87,88-93,205-225 2aw7 d2aw7b1 B:72-87,88-93,205-225 2z4k d2z4kb1 B:75-88,88-93,205-225 2z4m d2z4mb1 B:75-88,88-93,205-225 2qbh d2qbhb1 B:75-87,158-163,205-225 2qbj d2qbjb1 B:75-87,158-163,205-225 1vs7 d1vs7b1 B:72-87,88-93,205-225 1xnq d1xnqb_ B:77-89,160-165,207-227 2qal d2qalb1 B:75-88,88-93,205-225 2qan d2qanb1 B:75-88,88-93,205-225 2qb9 d2qb9b1 B:75-87,158-163,205-225 1xnr d1xnrb_ B:77-89,160-165,207-227 2qbb d2qbbb1 B:75-87,158-163,205-225 2qoy d2qoyb1 B:72-86,88-93,205-225 1i95 d1i95b_ B:77-89,160-165,207-225 3d5a d3d5ab1 B:74-89,183-189,207-227 3d5c d3d5cb1 B:74-89,183-189,207-227 1hnx d1hnxb_ B:74-89,90-95,207-227 1hr0 d1hr0b_ B:74-89,90-95,207-227 2avy d2avyb1 B:72-87,158-164,205-225 2i2p d2i2pb1 B:75-87,88-93,205-225 1n33 d1n33b_ B:74-89,90-94,207-227 2hhh d2hhhb1 B:74-89,183-189,207-227 2vho d2vhob1 B:75-87,88-93,205-225 2ow8 d2ow8c1 C:77-89,160-166,207-227 2z4m d2z4mb1 B:75-88,158-163,205-225 2z4k d2z4kb1 B:75-88,158-163,205-225 2i2p d2i2pb1 B:75-87,158-163,205-225 2qan d2qanb1 B:75-88,158-163,205-225 1vi5 d1vi5d_ D:76-91,116-121,163-183 2qal d2qalb1 B:75-88,158-163,205-225 1vi6 d1vi6b_ B:76-91,116-121,163-183 1vi6 d1vi6a_ A:76-91,116-121,163-183 2avy d2avyb1 B:72-87,89-93,205-225 1vi6 d1vi6c_ C:76-91,116-121,163-183 1vs5 d1vs5b1 B:72-87,89-93,205-225 1vi6 d1vi6d_ D:76-91,116-121,163-183 1vi5 d1vi5b_ B:76-91,116-121,163-183 1vs5 d1vs5b1 B:72-87,158-163,205-225 1vi5 d1vi5a_ A:76-91,116-121,163-183 1vi5 d1vi5c_ C:76-91,116-121,163-183 1vi6 d1vi6c_ C:76-91,138-145,163-183 1vi5 d1vi5a_ A:76-91,138-145,163-183 2i2u d2i2ub1 B:77-84,180-185,205-219 2qou d2qoub1 B:72-81,158-163,205-225 30. c.47.1 Thioredoxin-like Thioredoxin fold core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 4 strands, order 4312; strand 3 is antiparallel to the rest 1nhy d1nhya2 A:11-25,27-32,62-75 1psq d1psqa_ A:55-73,74-82,152-163 1bx9 d1bx9a2 A:10-24,60-65,65-78 1syr d1syrk_ K:38-56,58-64,99-111 1xw9 d1xw9b_ B:32-50,52-59,94-106 1syr d1syrd_ D:38-56,58-65,99-111 1gnw d1gnwa2 A:11-25,61-66,66-79 1h75 d1h75a_ A:11-25,58-63,65-73 1syr d1syrb_ B:38-56,58-64,99-111 1xw9 d1xw9d_ D:32-50,52-59,94-106 1axd d1axdb2 B:11-25,27-32,66-80 1bye d1byec2 C:11-25,27-32,66-80 1syr d1syra_ A:38-56,58-65,99-111 1xw9 d1xw9a_ A:32-50,52-60,94-106 2hxk d2hxkc1 C:32-50,52-58,93-105 1xwb d1xwba_ A:38-50,52-59,94-106 1xwc d1xwca_ A:32-50,52-59,94-106 1syr d1syre_ E:38-56,58-65,99-111 1r5a d1r5aa2 A:11-25,61-66,66-79 1bye d1byed2 D:11-25,27-32,66-80 1xwa d1xwab_ B:32-50,52-59,94-106 1xwa d1xwac_ C:38-50,52-59,94-106 1bye d1byea2 A:11-25,61-66,66-80 1xw9 d1xw9c_ C:38-50,52-60,94-106 2ifq d2ifqc1 C:32-50,52-59,93-105 1xwb d1xwbd_ D:38-50,52-59,94-106 1z3e d1z3ea1 A:10-24,99-104,106-115 1xwb d1xwbc_ C:38-50,52-59,94-106 1xwb d1xwbb_ B:38-50,52-60,94-106 1xwa d1xwad_ D:38-50,52-60,94-106 1grx d1grxa_ A:11-29,66-71,71-85 1xwa d1xwaa_ A:38-50,52-59,94-106 1bye d1byeb2 B:11-25,27-32,66-80 1axd d1axda2 A:11-25,61-66,66-80 1m2a d1m2aa_ A:26-42,47-54,81-93 1jlw d1jlwb2 B:9-23,60-65,65-79 1e6b d1e6ba2 A:17-31,67-72,72-85 1syr d1syri_ I:44-56,58-64,99-111 1ep8 d1ep8b_ B:36-54,57-63,98-112 1syr d1syrg_ G:44-56,58-64,99-111 1m2a d1m2ab_ B:26-42,47-54,81-93 1syr d1syrj_ J:44-56,58-64,99-111 1gsb d1gsbd2 D:11-24,66-71,71-84 1gsb d1gsbb2 B:11-24,66-71,71-84 1gsc d1gscb2 B:11-24,66-71,71-84 1gsc d1gscd2 D:11-24,66-71,71-84 1hyu d1hyua4 A:129-147,178-184,187-197 1cqg d1cqga_ A:32-50,52-57,93-105 1nhy d1nhya2 A:11-25,57-62,62-75 1syr d1syrc_ C:44-56,58-64,99-111 1wpi d1wpia1 A:24-38,43-48,121-130 1gwc d1gwca2 A:15-29,63-68,68-81 1v2a d1v2ab2 B:9-23,58-63,63-76 2b5e d2b5ea1 A:412-427,429-436,472-484 1bye d1byec2 C:11-25,61-66,66-80 1syr d1syrf_ F:44-56,58-64,99-111 1f37 d1f37a_ A:26-42,47-54,78-93 1m2b d1m2bb_ B:26-42,47-54,81-93 1syr d1syrh_ H:38-56,59-64,99-111 1syr d1syrl_ L:44-56,58-65,99-111 6gsv d6gsvb2 B:10-24,66-71,71-84 1v2a d1v2aa2 A:9-23,58-63,63-76 1su9 d1su9b_ B:73-91,94-103,160-172 2h1d d2h1da1 A:74-92,95-104,161-173 1eem d1eema2 A:32-46,80-85,85-98 1mtc d1mtcb2 B:10-24,66-71,71-84 1k0a d1k0ab2 B:122-136,175-180,180-197 1k0c d1k0cd2 D:122-136,175-180,180-197 1v2a d1v2ad2 D:9-23,58-63,63-76 1axd d1axda2 A:11-25,27-33,66-80 2f9s d2f9sa1 A:74-92,95-104,161-173 1jzr d1jzrc2 C:122-136,175-180,180-197 1k0d d1k0dc2 C:122-136,175-180,180-197 6gst d6gsta2 A:10-24,66-71,71-84 1st9 d1st9a_ A:73-91,94-103,160-172 1bye d1byeb2 B:11-25,61-66,66-80 2h1d d2h1db1 B:74-92,95-104,161-173 1k0d d1k0da2 A:122-136,175-180,180-197 1g7o d1g7oa2 A:9-23,56-61,61-74 2hsh d2hsha1 A:32-50,52-59,93-105 1fhe d1fhea2 A:11-24,61-66,66-79 5fwg d5fwgb2 B:10-24,66-71,71-84 1hnc d1hncb2 B:11-24,66-71,71-84 1g6y d1g6ya2 A:122-136,175-180,180-197 2ab6 d2ab6a2 A:10-24,66-71,71-84 1k0b d1k0bc2 C:122-136,175-180,180-197 3gtu d3gtua2 A:10-24,66-71,71-84 1k0d d1k0db2 B:122-136,175-180,180-197 1k0a d1k0aa2 A:122-136,175-180,180-197 1gum d1gume2 E:14-27,62-67,67-80 1gum d1gumd2 D:14-27,62-67,67-80 1gum d1gumf2 F:14-27,62-67,67-80 1gum d1guma2 A:14-27,62-67,67-80 1gum d1gumb2 B:14-27,62-67,67-80 1gum d1gumg2 G:14-27,62-67,67-80 1gum d1gumc2 C:14-27,62-67,67-80 1gum d1gumh2 H:14-27,62-67,67-80 1su9 d1su9a_ A:73-91,94-103,160-172 1k0c d1k0ca2 A:122-136,175-180,180-197 1b48 d1b48b2 B:14-27,62-67,67-80 1v2a d1v2ac2 C:9-23,58-63,63-76 1m2d d1m2db_ B:26-42,47-54,81-93 2ab6 d2ab6c2 C:10-24,66-71,71-84 1k0d d1k0dd2 D:122-136,175-180,180-197 1tof d1tofa_ A:36-54,56-64,98-112 1bye d1byea2 A:11-25,27-33,66-80 2fno d2fnoa2 A:16-30,67-72,73-86 1erw d1erwa_ A:32-50,52-58,93-105 1gul d1gula2 A:13-27,62-67,67-80 1gul d1gulf2 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d1a8la2 A:146-167,170-177,213-226 2f8f d2f8fa2 A:15-28,63-69,70-83 2cx4 d2cx4b1 B:58-67,68-76,147-163 2c0g d2c0ga2 A:1056-1073,1075-1086,1128-1140 2h0g d2h0ga1 A:109-120,127-135,220-229 1oaz d1oaza_ A:51-59,67-73,109-122 2djk d2djka1 A:36-52,54-61,102-116 2trx d2trxa_ A:32-50,53-59,95-108 1oaz d1oazb_ B:50-59,67-73,109-122 1keb d1kebb_ B:41-50,53-59,95-108 1uc7 d1uc7a_ A:40-53,105-109,112-124 1nm3 d1nm3b2 B:50-61,70-78,154-164 1nw2 d1nw2g_ G:35-47,50-57,92-105 2h6x d2h6xb1 B:32-50,53-60,95-108 1nw2 d1nw2e_ E:35-47,50-57,92-105 2cx4 d2cx4f1 F:58-66,68-75,147-163 2ajq d2ajqi1 I:32-45,88-92,95-107 1jfu d1jfua_ A:78-90,93-102,168-180 1b4q d1b4qa_ A:22-36,41-46,91-102 2h0h d2h0ha1 A:109-120,210-217,220-229 1v57 d1v57a1 A:109-120,210-217,220-229 1nm3 d1nm3a2 A:51-61,70-78,154-164 1v58 d1v58a1 A:109-120,210-217,220-229 1v57 d1v57b1 B:109-120,210-217,220-229 2h0i d2h0ib1 B:109-120,210-217,220-229 1v58 d1v58b1 B:109-120,210-217,220-229 1nw2 d1nw2h_ H:35-47,50-57,92-105 2h0h d2h0hb1 B:109-120,210-217,220-229 2h0i d2h0ia1 A:109-120,210-217,220-229 1jfu d1jfub_ B:78-90,93-102,168-180 1zof d1zofb1 B:50-60,67-76,146-166 1zof d1zofh1 H:50-60,67-76,146-166 1zof d1zoff1 F:50-60,67-76,146-166 2h0g d2h0ga1 A:109-120,210-217,220-229 1zof d1zofd1 D:50-60,67-76,146-166 2b5x d2b5xa1 A:41-63,62-69,133-148 1zof d1zofj1 J:50-60,67-76,146-166 1zof d1zofe1 E:50-60,67-76,146-166 1zof d1zofi1 I:50-60,67-76,146-166 2h0g d2h0gb1 B:109-120,210-217,220-229 1zof d1zofc1 C:50-60,67-76,146-166 1zof d1zofg1 G:50-60,67-76,146-166 1zof d1zofa1 A:50-60,67-76,146-166 1vrs d1vrse1 E:461-474,526-530,533-543 1qgv d1qgva_ A:35-53,55-62,108-126 1xzo d1xzoa1 A:50-67,70-77,159-172 2fy6 d2fy6a1 A:67-83,89-98,160-171 2ggt d2ggtb1 B:169-191,196-202,282-297 1xxu d1xxub1 B:42-56,63-72,140-153 1xxu d1xxuc1 C:42-56,63-72,140-153 1vrs d1vrsf1 F:461-474,526-530,533-545 2jzs d2jzsa1 A:36-52,58-66,129-140 2bmx d2bmxa1 A:61-72,79-87,157-170 1xxu d1xxua1 A:42-56,63-72,140-153 1xvw d1xvwb1 B:42-56,63-72,140-153 1syx d1syxa1 A:35-53,55-62,108-126 1syx d1syxc1 C:35-53,55-62,108-126 1xxu d1xxud1 D:42-56,63-72,140-153 1wjk d1wjka_ A:27-41,44-50,83-94 1kte d1ktea_ A:22-36,41-47,92-102 1xvw d1xvwa1 A:43-56,63-72,140-153 1syx d1syxe1 E:35-53,55-62,108-126 1jhb d1jhba_ A:23-37,42-48,93-103 2bmx d2bmxb1 B:61-72,79-87,157-171 1z6n d1z6na1 A:66-84,85-92,150-166 2b5e d2b5ea4 A:61-79,83-90,127-141 2cx4 d2cx4h1 H:46-60,67-76,147-163 2cx4 d2cx4e1 E:46-60,68-75,147-163 2axo d2axoa1 A:54-71,72-79,130-145 1keb d1kebb_ B:32-42,84-92,95-108 2jzr d2jzra1 A:36-52,58-67,129-140 2cx4 d2cx4d1 D:46-60,67-76,147-163 1e2y d1e2yf_ F:52-63,70-79,152-166 2cx4 d2cx4a1 A:46-60,67-76,147-163 1xzo d1xzob1 B:51-67,70-77,159-174 1a8y d1a8ya1 A:44-66,69-77,111-125 1e2y d1e2ya_ A:51-70,70-78,152-170 1e2y d1e2ye_ E:51-70,70-79,152-170 1e2y d1e2yb_ B:53-63,70-79,152-170 1e2y d1e2yg_ G:53-63,70-79,152-170 1xcc d1xccb_ B:44-58,65-74,153-170 1xcc d1xccc_ C:44-58,65-74,153-170 1uul d1uula_ A:49-63,70-78,152-170 1uul d1uulh_ H:49-63,70-78,152-170 1uul d1uuli_ I:49-63,70-78,152-170 1x0r d1x0rc1 C:47-61,68-77,150-168 1uul d1uule_ E:49-63,70-78,152-170 1uul d1uulb_ B:49-63,70-78,152-170 1uul d1uuld_ D:49-63,70-78,152-170 1x0r d1x0ra1 A:47-61,68-77,150-168 1uul d1uulj_ J:49-63,70-78,152-170 1uul d1uulf_ F:49-63,70-78,152-170 1uul d1uulc_ C:49-63,70-78,152-170 1uul d1uulg_ G:49-63,70-78,152-170 1x0r d1x0re1 E:47-61,68-77,150-168 1x0r d1x0rj1 J:47-61,68-77,150-168 1x0r d1x0rg1 G:47-61,68-77,150-168 1x0r d1x0ri1 I:47-61,68-77,150-168 1x0r d1x0rd1 D:47-61,68-77,150-168 1xcc d1xcca_ A:44-58,65-74,153-171 1x0r d1x0rb1 B:47-61,68-77,150-168 2zct d2zctg1 G:47-61,68-77,150-168 1e2y d1e2yd_ D:49-63,70-79,152-170 2cv4 d2cv4i1 I:47-61,68-77,150-168 1x0r d1x0rf1 F:47-61,68-77,150-168 2zct d2zcta1 A:47-61,68-77,150-168 2cv4 d2cv4c1 C:47-61,68-77,150-168 2cv4 d2cv4g1 G:47-61,68-77,150-168 2e2g d2e2gb1 B:47-61,68-77,150-168 2zct d2zctd1 D:47-61,68-77,150-168 2cv4 d2cv4b1 B:47-61,68-77,150-168 2cv4 d2cv4e1 E:47-61,68-77,150-168 2cv4 d2cv4d1 D:47-61,68-77,150-168 2zct d2zctf1 F:47-61,68-77,150-168 2cv4 d2cv4h1 H:47-61,68-77,150-168 2zct d2zctj1 J:47-61,68-77,150-168 1e2y d1e2yj_ J:49-63,70-79,152-170 2zct d2zctc1 C:47-61,68-77,150-168 2nvl d2nvld1 D:47-61,68-77,150-168 2nvl d2nvlf1 F:47-61,68-77,150-168 2zct d2zctb1 B:47-61,68-77,150-168 2e2g d2e2gf1 F:47-61,68-77,150-168 2e2g d2e2gc1 C:47-61,68-77,150-168 2cv4 d2cv4a1 A:47-61,68-77,150-168 2nvl d2nvla1 A:47-61,68-77,150-168 2e2g d2e2gg1 G:47-61,68-77,150-168 2cv4 d2cv4j1 J:47-61,68-77,150-168 2nvl d2nvlh1 H:47-61,68-77,150-168 2e2g d2e2gd1 D:47-61,68-77,150-168 2cv4 d2cv4f1 F:47-61,68-77,150-168 2e2g d2e2gh1 H:47-61,68-77,150-168 2e2g d2e2gi1 I:47-61,68-77,150-168 2e2g d2e2ge1 E:47-61,68-77,150-168 2e2g d2e2gj1 J:47-61,68-77,150-168 2e2g d2e2ga1 A:47-61,68-77,150-168 2nvl d2nvli1 I:47-61,68-77,150-168 2nvl d2nvlb1 B:47-61,68-77,150-168 2nvl d2nvlj1 J:47-61,68-77,150-168 2nvl d2nvlc1 C:47-61,68-77,150-168 2nvl d2nvlg1 G:47-61,68-77,150-168 2nvl d2nvle1 E:47-61,68-77,150-168 31. c.23.5 Flavoproteins Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1ahn d1ahna_ A:13-27,81-89,149-169 1tll d1tlla2 A:764-782,800-808,922-943 1ag9 d1ag9a_ A:13-27,81-89,149-169 1tll d1tllb2 B:2764-2781,2800-2808,2922-2943 1obv d1obva_ A:1013-1027,1081-1089,1148-1168 1ykg d1ykga1 A:72-90,109-117,188-208 1rli d1rlic_ C:14-25,113-122,164-175 1obv d1obva_ A:1013-1027,1140-1144,1148-1168 1dx9 d1dx9c_ C:13-27,81-89,148-168 1dx9 d1dx9b_ B:13-27,81-89,148-168 1dx9 d1dx9d_ D:13-27,81-89,148-168 1dx9 d1dx9b_ B:13-27,48-56,148-168 1dx9 d1dx9c_ C:13-27,140-144,148-168 1aku d1akua_ A:12-30,86-94,133-148 1ykg d1ykga1 A:72-90,145-154,188-208 1dx9 d1dx9b_ B:13-27,140-144,148-168 1dx9 d1dx9d_ D:13-27,140-144,148-168 1dx9 d1dx9d_ D:13-27,48-56,148-168 1fue d1fuea_ A:12-27,136-140,144-160 1tll d1tllb2 B:2764-2781,2877-2886,2922-2943 1dx9 d1dx9c_ C:13-27,48-56,148-168 2gsw d2gswa1 A:14-28,66-73,149-170 2gsw d2gswd1 D:14-28,66-73,149-170 2gsw d2gswc1 C:14-28,66-73,149-170 2gsw d2gswb1 B:14-28,66-73,149-170 1rli d1rlia_ A:14-25,113-122,164-176 1tll d1tlla2 A:764-782,877-886,922-943 1x77 d1x77a_ A:20-33,74-81,164-180 1akw d1akwa_ A:13-30,85-94,133-148 5fx2 d5fx2a_ A:13-30,86-95,133-148 1tik d1tika_ A:18-36,135-144,182-204 1rli d1rlid_ D:14-25,113-122,164-176 1rli d1rlib_ B:14-25,113-122,164-176 1j9e d1j9ea_ A:12-30,86-95,133-148 1akv d1akva_ A:12-30,86-95,133-148 1rli d1rlic_ C:14-25,145-155,164-175 2oys d2oysb1 B:15-33,117-127,158-179 1c7e d1c7ea_ A:13-30,85-95,133-148 1sqs d1sqsa_ A:15-33,117-126,158-179 1sqs d1sqsb_ B:15-33,117-126,160-179 2fx2 d2fx2a_ A:12-30,86-95,133-148 2oys d2oysa1 A:15-33,117-127,158-179 1ag9 d1ag9b_ B:12-27,81-89,149-169 1c7e d1c7eb_ B:12-30,85-95,133-148 1xyv d1xyva_ A:13-30,85-95,133-148 1nni d1nni1_ 1:14-28,65-73,149-171 4fx2 d4fx2a_ A:13-30,85-95,133-148 2z9b d2z9ba1 A:15-33,132-141,179-200 2d5i d2d5ia1 A:15-33,132-141,179-200 2z9d d2z9da1 A:15-33,132-141,179-200 1xt6 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B:16-33,95-103,196-214 2f1o d2f1og1 G:16-33,95-103,196-214 1ydg d1ydgf_ F:15-33,78-86,177-203 1ydg d1ydgg_ G:15-33,78-86,177-203 1t0i d1t0ib_ B:14-30,115-126,173-186 1ydg d1ydge_ E:15-33,78-86,177-203 1yrh d1yrhe1 E:15-33,166-171,177-201 1ydg d1ydgh_ H:15-33,78-86,177-203 1ydg d1ydgd_ D:15-33,78-86,177-203 1zwl d1zwla1 A:14-32,71-79,175-197 1e5d d1e5da1 A:263-281,370-375,378-402 2a5l d2a5la1 A:14-32,71-79,175-198 1ydg d1ydgb_ B:15-33,78-86,177-203 1yrh d1yrha1 A:15-33,78-86,177-203 1e5d d1e5db1 B:263-281,370-375,378-402 1zwk d1zwka1 A:14-32,71-79,175-196 1yrh d1yrhh1 H:15-33,78-86,177-203 1e5d d1e5db1 B:263-281,305-313,378-402 2ark d2arkc1 C:12-30,51-59,144-168 2ark d2arke1 E:12-30,51-59,144-168 1e5d d1e5da1 A:263-281,305-313,378-402 2ark d2arka1 A:12-30,51-59,144-168 1ydg d1ydgc_ C:15-33,78-86,177-203 2ark d2arkf1 F:12-30,51-59,144-168 2ark d2arkb1 B:12-30,51-59,144-168 1vme d1vmeb1 B:264-282,367-376,382-398 2fzv d2fzvd1 D:48-65,66-72,192-216 1t0i d1t0ib_ B:14-30,144-155,163-174 2fzv d2fzvc1 C:48-65,66-72,192-216 2ark d2arkd1 D:12-30,51-59,144-168 1t0i d1t0ib_ B:14-30,115-126,163-174 1yrh d1yrhf1 F:15-33,78-86,177-203 1yrh d1yrhc1 C:15-33,166-171,177-203 1ydg d1ydga_ A:15-33,166-171,177-203 1ydg d1ydgf_ F:15-33,166-171,177-203 2fzv d2fzvb1 B:48-65,65-72,192-216 1t0i d1t0ib_ B:14-30,144-155,173-186 1ydg d1ydgd_ D:15-33,166-171,177-203 1ydg d1ydge_ E:15-33,166-171,177-203 2fzv d2fzva1 A:48-65,65-72,192-216 1zwk d1zwka1 A:14-32,161-166,175-196 1ydg d1ydgh_ H:15-33,166-171,177-203 1ydg d1ydgg_ G:15-33,166-171,177-203 1yrh d1yrhe1 E:15-33,112-123,177-201 2a5l d2a5la1 A:14-32,161-166,175-198 1yrh d1yrha1 A:15-33,166-171,177-203 1ydg d1ydgb_ B:15-33,166-171,177-203 2ark d2arka1 A:12-30,135-140,144-168 2ark d2arkc1 C:12-30,135-140,144-168 1yrh d1yrhh1 H:15-33,166-171,177-203 2ark d2arke1 E:12-30,135-140,144-168 1ydg d1ydgc_ C:15-33,166-171,177-203 2ark d2arkf1 F:12-30,135-140,144-168 2ark d2arkb1 B:12-30,135-140,144-168 1yrh d1yrhb1 B:15-33,166-171,177-203 1yrh d1yrhf1 F:15-33,166-171,177-203 2ark d2arkd1 D:12-30,135-140,144-168 2ark d2arka1 A:12-30,31-39,144-168 2ark d2arkc1 C:12-30,31-39,144-168 1ydg d1ydga_ A:15-33,112-123,177-203 2ark d2arke1 E:12-30,31-39,144-168 1yrh d1yrhd1 D:15-33,166-171,177-203 1yrh d1yrhg1 G:15-33,166-171,177-203 1yrh d1yrhc1 C:15-33,112-123,177-203 1ydg d1ydgf_ F:15-33,112-123,177-203 1ydg d1ydge_ E:15-33,112-123,177-203 2ark d2arkf1 F:12-30,31-39,144-168 2ark d2arkb1 B:12-30,31-39,144-168 2ark d2arkd1 D:12-30,31-39,144-168 1ydg d1ydgg_ G:15-33,112-123,177-203 2ark d2arkc1 C:12-30,84-95,144-168 1yrh d1yrha1 A:15-33,112-123,177-203 1ydg d1ydgh_ H:15-33,112-123,177-203 1ydg d1ydgd_ D:15-33,112-123,177-203 1zwk d1zwka1 A:14-32,105-116,175-196 2a5l d2a5la1 A:14-32,34-40,175-198 2ark d2arke1 E:12-30,84-95,144-168 2ark d2arkb1 B:12-30,84-95,144-168 2ark d2arka1 A:12-30,84-95,144-168 2ark d2arkf1 F:12-30,84-95,144-168 1yrh d1yrhe1 E:15-33,34-41,177-201 1ydg d1ydgb_ B:15-33,112-123,177-203 1zwl d1zwla1 A:14-32,160-167,175-197 1zwk d1zwka1 A:14-32,33-40,175-196 1zwl d1zwla1 A:14-32,33-40,175-197 1yrh d1yrhh1 H:15-33,112-123,177-203 1ydg d1ydgc_ C:15-33,112-123,177-203 1zwl d1zwla1 A:14-32,105-117,175-197 1yrh d1yrhd1 D:15-33,78-88,177-203 1yrh d1yrhf1 F:15-33,112-123,177-203 2a5l d2a5la1 A:14-32,105-116,175-198 2ark d2arkd1 D:12-30,84-95,144-168 1yrh d1yrhb1 B:15-33,112-123,177-203 1yrh d1yrhb1 B:15-33,78-88,177-203 1yrh d1yrhg1 G:15-33,78-88,177-203 1yrh d1yrhg1 G:15-33,112-123,177-203 1yrh d1yrhd1 D:15-33,112-123,177-203 1yrh d1yrhc1 C:15-33,34-41,177-203 1ydg d1ydge_ E:15-33,33-41,177-203 1ydg d1ydgf_ F:15-33,34-41,177-203 1ydg d1ydga_ A:15-33,34-41,177-203 1ydg d1ydgg_ G:15-33,34-41,177-203 1ydg d1ydgd_ D:15-33,34-41,177-203 1e5d d1e5da1 A:263-281,282-289,378-402 1ydg d1ydgb_ B:15-33,34-41,177-203 1yrh d1yrhh1 H:15-33,34-41,177-203 1ydg d1ydgh_ H:15-33,34-41,177-203 1e5d d1e5db1 B:263-281,282-289,378-402 1yrh d1yrha1 A:15-33,34-41,177-203 1ydg d1ydgc_ C:15-33,34-41,177-203 1yrh d1yrhb1 B:15-33,34-41,177-203 1t0i d1t0ia_ A:14-30,115-125,163-174 1yrh d1yrhd1 D:15-33,34-41,177-203 1yrh d1yrhg1 G:15-33,34-41,177-203 1yrh d1yrhf1 F:15-33,34-41,177-203 1t0i d1t0ia_ A:14-30,144-154,163-174 34. c.154.1 CdCA1 repeat-like CdCA1 repeat-like contains two parallel beta-strands of four strands each; the sheets contact each other with edges at a right angle 3boh d3boha1 A:15-27,161-169,196-212 3boh d3bohb1 B:15-27,161-169,196-212 3boj d3boja1 A:15-27,161-169,196-212 3boe d3boea1 A:225-237,371-379,406-422 3boc d3boca1 A:225-237,371-379,406-422 3bob d3boba1 A:225-237,371-379,406-422 3boh d3boha1 A:15-27,28-34,196-212 3boh d3bohb1 B:15-27,28-34,196-212 3boj d3boja1 A:15-27,28-34,196-212 3boe d3boea1 A:225-237,238-244,406-422 3bob d3boba1 A:225-237,238-244,406-422 3boc d3boca1 A:225-237,238-244,406-422 35. c.72.1 Ribokinase-like has extra strand located between strands 2 and 3 ! Ribokinase-like core: 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 8 strands, order 21345678, strand 7 is antiparallel to the rest ! potential superfamily: members of this fold have similar functions but different ATP-binding sites 1jxi d1jxia_ A:18-31,74-79,210-226 1jxi d1jxib_ B:18-31,74-79,210-226 1lhr d1lhra_ A:18-32,78-83,232-249 1rfv d1rfvb_ B:18-32,78-83,232-249 1rfv d1rfva_ A:18-32,78-83,232-249 1lhp d1lhpa_ A:18-32,78-83,232-249 1lhp d1lhpb_ B:18-32,78-83,232-249 1lhr d1lhrb_ B:18-32,78-83,232-249 1ygj d1ygja1 A:18-32,78-83,232-249 1yhj d1yhja1 A:18-32,78-83,232-249 1ygk d1ygka1 A:18-32,78-83,232-249 1rfu d1rfub_ B:18-32,78-83,230-249 1rfu d1rfuh_ H:18-32,78-84,230-249 1rfu d1rfue_ E:18-32,78-83,230-249 1rfu d1rfuc_ C:18-32,78-83,230-249 1rfu d1rfud_ D:18-32,78-84,230-249 1rfu d1rfug_ G:19-32,78-84,230-249 1rfu d1rfua_ A:18-32,78-83,230-249 1rfu d1rfuf_ F:18-32,78-83,230-249 1ub0 d1ub0a_ A:16-29,72-77,207-223 1gc5 d1gc5a_ A:120-134,235-240,448-467 1vm7 d1vm7b_ B:40-54,130-136,243-259 2f02 d2f02b1 B:37-50,129-135,252-268 2awd d2awdb1 B:37-50,129-134,252-268 1rft d1rfta_ A:18-32,78-83,230-249 2f02 d2f02a1 A:37-50,129-135,252-268 2awd d2awda1 A:37-50,129-135,252-268 1vm7 d1vm7a_ A:40-54,130-136,243-259 1l2l d1l2la_ A:115-129,230-234,441-457 1v1b d1v1ba_ A:34-47,127-133,248-264 1jxh d1jxhb_ B:18-31,74-79,210-223 1lij d1lija_ A:69-83,160-169,315-331 1jxh d1jxha_ A:18-31,74-79,210-223 1tz3 d1tz3a_ A:31-44,122-128,249-266 2ajr d2ajra1 A:40-53,136-142,258-275 2abq d2abqb1 B:37-50,126-133,246-262 2abq d2abqa1 A:37-50,125-133,246-262 1tz3 d1tz3b_ B:31-44,122-128,249-266 1v1a d1v1aa_ A:34-47,127-133,248-264 1u2x d1u2xb_ B:118-131,238-244,452-472 2ajr d2ajrb1 B:40-53,136-142,258-275 1gqt d1gqta_ A:42-55,136-142,252-268 1rkd d1rkda_ A:42-55,136-142,252-268 1gqt d1gqtb_ B:42-55,136-142,252-268 1rka d1rkaa_ A:42-55,136-142,252-268 1dgm d1dgma_ A:69-83,162-168,315-331 1u2x d1u2xa_ A:118-131,238-244,452-472 1gqt d1gqtc_ C:42-55,136-142,252-268 1gqt d1gqtd_ D:42-55,136-142,252-268 2afb d2afbb1 B:33-46,127-135,277-293 1vi9 d1vi9d_ D:16-30,77-83,221-237 1tz6 d1tz6a_ A:31-44,121-129,249-266 1v1a d1v1ab_ B:34-47,127-133,246-264 1rk2 d1rk2c_ C:42-55,136-142,252-268 1tz6 d1tz6b_ B:31-44,121-129,249-266 1rk2 d1rk2a_ A:42-55,136-142,252-268 1vi9 d1vi9b_ B:16-30,77-83,221-237 1td2 d1td2b_ B:16-30,77-83,221-237 1vi9 d1vi9c_ C:16-30,77-83,221-237 1rk2 d1rk2b_ B:42-55,136-142,252-268 1vi9 d1vi9b_ B:16-30,31-37,221-237 2ab8 d2ab8a1 A:69-83,162-168,315-331 2ax3 d2ax3a1 A:244-259,310-318,426-444 1rks d1rksa_ A:42-55,136-142,252-268 1rk2 d1rk2d_ D:42-55,136-142,252-268 1vk4 d1vk4a_ A:25-38,109-114,231-248 1vi9 d1vi9a_ A:16-30,77-83,221-237 2fv7 d2fv7a1 A:53-66,147-153,266-283 1ua4 d1ua4a_ A:112-126,227-233,435-455 2fv7 d2fv7b1 B:53-66,147-153,266-283 1v1b d1v1bb_ B:34-47,127-133,246-264 1v1b d1v1bc_ C:34-47,127-133,246-264 1tyy d1tyya_ A:31-44,121-129,249-266 1v1b d1v1bd_ D:34-47,127-133,246-264 1td2 d1td2a_ A:16-30,77-83,221-237 1tyy d1tyyb_ B:31-44,121-129,249-266 1wye d1wyee1 E:34-47,130-135,251-269 2dcn d2dcnd1 D:34-47,130-135,251-269 1v19 d1v19b_ B:34-47,127-133,246-264 2dcn d2dcnk1 K:34-47,130-135,251-269 2abs d2absa1 A:69-83,162-168,315-331 1wye d1wyec1 C:34-47,130-135,251-269 2dcn d2dcna1 A:34-47,130-135,251-269 2dcn d2dcnj1 J:34-47,130-135,251-269 2dcn d2dcni1 I:34-47,130-135,251-269 2dcn d2dcnl1 L:34-47,130-135,251-269 1v1s d1v1se_ E:34-47,127-133,246-264 1v1s d1v1sd_ D:34-47,127-133,246-264 1v1s d1v1sc_ C:34-47,127-133,246-264 1v1s d1v1sf_ F:34-47,127-133,246-264 1v1s d1v1sa_ A:34-47,127-133,246-264 2dcn d2dcnc1 C:34-47,130-135,251-269 2dcn d2dcne1 E:34-47,130-135,251-269 1lio d1lioa_ A:69-83,162-168,312-331 1v1s d1v1sb_ B:34-47,127-133,246-264 2dcn d2dcng1 G:34-47,130-135,251-269 2dcn d2dcnb1 B:34-47,130-135,251-269 2dcn d2dcnh1 H:34-47,130-135,251-269 2afb d2afba1 A:33-46,128-135,277-293 2i6a d2i6aa1 A:64-78,163-169,294-313 2dcn d2dcnf1 F:34-47,130-135,251-269 1wye d1wyea1 A:34-47,130-135,251-269 2i6a d2i6ad1 D:64-78,163-169,294-313 1vm7 d1vm7b_ B:40-54,152-158,243-259 1lhr d1lhra_ A:18-32,33-39,232-249 1v19 d1v19a_ A:34-47,127-133,245-264 1ekk d1ekkb_ B:28-40,40-45,195-212 1wye d1wyef1 F:34-47,130-135,251-269 2a9y d2a9ya1 A:69-83,162-168,313-331 2a9z d2a9za1 A:69-83,162-168,313-331 1vm7 d1vm7a_ A:40-54,152-158,243-259 1v1b d1v1ba_ A:34-47,158-164,248-264 2fv7 d2fv7a1 A:53-66,172-178,266-283 2ax3 d2ax3a1 A:244-259,261-269,426-444 1lik d1lika_ A:69-83,162-169,315-331 1kyh d1kyha_ A:39-54,97-104,211-230 2f02 d2f02b1 B:37-50,158-164,252-268 1gqt d1gqta_ A:42-55,161-167,252-268 1rkd d1rkda_ A:42-55,161-167,252-268 1ub0 d1ub0a_ A:16-29,30-37,207-223 1rka d1rkaa_ A:42-55,161-167,252-268 2f02 d2f02a1 A:37-50,158-164,252-268 1rk2 d1rk2c_ C:42-55,161-167,252-268 2fv7 d2fv7b1 B:53-66,172-178,266-283 1rk2 d1rk2a_ A:42-55,161-167,252-268 1wye d1wyed1 D:34-47,130-135,250-269 1v1a d1v1aa_ A:34-47,158-164,248-264 1wye d1wyeb1 B:34-47,130-135,250-269 1yhj d1yhja1 A:18-32,34-39,232-249 1rk2 d1rk2b_ B:42-55,161-167,252-268 1rfu d1rfug_ G:19-32,33-41,230-249 1rk2 d1rk2d_ D:42-55,161-167,252-268 1gqt d1gqtd_ D:42-55,161-167,252-268 1gqt d1gqtc_ C:42-55,161-167,252-268 1gqt d1gqtb_ B:42-55,161-167,252-268 1rks d1rksa_ A:42-55,161-167,252-268 1lii d1liia_ A:69-83,162-169,315-331 1rfu d1rfuh_ H:18-32,33-41,230-249 2dcn d2dcng1 G:34-47,158-163,251-269 2awd d2awda1 A:37-50,158-164,252-268 1rfu d1rfud_ D:18-32,33-41,230-249 1rfu d1rfuc_ C:18-32,33-41,230-249 1rfu d1rfub_ B:18-32,33-41,230-249 1rfu d1rfuf_ F:18-32,33-41,230-249 1kyh d1kyha_ A:39-54,56-62,211-230 1rfu d1rfue_ E:18-32,33-41,230-249 2dcn d2dcni1 I:34-47,158-163,251-269 2dcn d2dcnk1 K:34-47,158-163,251-269 2dcn d2dcna1 A:34-47,158-163,251-269 1wye d1wyee1 E:34-47,158-163,251-269 2dcn d2dcnj1 J:34-47,158-163,251-269 1v1a d1v1ab_ B:34-47,158-164,246-264 2dcn d2dcnd1 D:34-47,158-163,251-269 2dcn d2dcnh1 H:34-47,158-163,251-269 1rfu d1rfua_ A:18-32,33-41,230-249 1wye d1wyec1 C:34-47,158-163,251-269 2dcn d2dcnc1 C:34-47,158-163,251-269 2dcn d2dcnl1 L:34-47,158-163,251-269 2dcn d2dcnb1 B:34-47,158-163,251-269 1v1s d1v1sd_ D:34-47,158-164,246-264 1v1s d1v1sa_ A:34-47,158-164,246-264 2dcn d2dcne1 E:34-47,158-163,251-269 1v1s d1v1sf_ F:34-47,158-164,246-264 1c3q d1c3qc1 C:25-40,40-45,195-211 2afb d2afbb1 B:33-46,159-166,277-293 1v1s d1v1se_ E:34-47,158-164,246-264 2i6a d2i6ac1 C:64-78,163-170,294-313 1v1s d1v1sb_ B:34-47,158-164,246-264 1v1s d1v1sc_ C:34-47,158-164,246-264 1v19 d1v19b_ B:34-47,158-164,246-264 1dgm d1dgma_ A:69-83,191-197,315-331 1jxi d1jxia_ A:18-31,32-39,210-226 1esq d1esqc1 C:25-40,40-45,195-211 2dcn d2dcnf1 F:34-47,158-163,251-269 1jxi d1jxib_ B:18-31,32-39,210-226 1wye d1wyea1 A:34-47,158-163,251-269 1c3q d1c3qa1 A:25-40,40-45,195-211 2afb d2afba1 A:33-46,159-166,277-293 2i6a d2i6ab1 B:64-78,163-170,294-313 1v1b d1v1bd_ D:34-47,158-164,246-264 1rft d1rfta_ A:18-32,33-41,230-249 1v1b d1v1bb_ B:34-47,158-164,246-264 1vk4 d1vk4a_ A:25-38,134-140,231-248 1esj d1esjb1 B:25-40,40-45,195-211 1v1b d1v1bc_ C:34-47,158-164,246-264 1esq d1esqb1 B:25-40,40-45,195-212 1ekk d1ekka_ A:25-40,40-45,195-212 1esj d1esjc1 C:25-40,40-45,195-211 1esj d1esjb1 B:25-40,60-66,195-211 1vi9 d1vi9c_ C:16-30,107-114,221-237 1bx4 d1bx4a_ A:64-78,163-170,294-313 1ekk d1ekkb_ B:28-40,60-67,195-212 1wye d1wyef1 F:34-47,158-163,251-269 1c3q d1c3qb1 B:25-40,40-45,195-212 1u2x d1u2xb_ B:118-131,277-283,452-472 2ax3 d2ax3a1 A:244-259,337-343,426-444 1u2x d1u2xa_ A:118-131,277-283,452-472 2aa0 d2aa0a1 A:69-83,162-169,313-331 1jxh d1jxhb_ B:18-31,32-39,210-223 1vi9 d1vi9a_ A:16-30,31-39,221-237 1vi9 d1vi9d_ D:16-30,31-39,221-237 1ekq d1ekqb_ B:25-40,40-45,195-212 1esj d1esja1 A:25-40,40-45,195-211 1jxh d1jxha_ A:18-31,32-40,210-223 2abs d2absa1 A:69-83,191-197,315-331 1td2 d1td2a_ A:16-30,31-39,221-237 1vi9 d1vi9c_ C:16-30,31-39,221-237 1td2 d1td2b_ B:16-30,31-39,221-237 1ekq d1ekqa_ A:25-40,40-45,195-212 1esq d1esqa1 A:25-40,40-45,195-212 1lii d1liia_ A:69-83,191-198,315-331 1v19 d1v19a_ A:34-47,158-164,245-264 1wye d1wyed1 D:34-47,158-163,250-269 1lij d1lija_ A:69-83,191-198,315-331 1lik d1lika_ A:69-83,191-198,315-331 1c3q d1c3qc1 C:25-40,60-67,195-211 1esj d1esjc1 C:25-40,60-67,195-211 1wye d1wyeb1 B:34-47,158-163,250-269 2ab8 d2ab8a1 A:69-83,191-198,315-331 1kyh d1kyha_ A:39-54,123-129,211-230 1c3q d1c3qa1 A:25-40,60-67,195-211 1c3q d1c3qb1 B:25-40,60-67,195-212 1l2l d1l2la_ A:115-129,264-270,441-457 1lio d1lioa_ A:69-83,191-197,312-331 2abq d2abqa1 A:37-50,155-162,246-262 1esj d1esja1 A:25-40,60-67,195-211 1esq d1esqb1 B:25-40,60-67,195-212 2abq d2abqb1 B:37-50,155-162,246-262 1ekq d1ekqb_ B:25-40,60-67,195-212 1esq d1esqc1 C:25-40,60-67,195-211 2awd d2awdb1 B:37-50,158-163,252-268 2ajr d2ajra1 A:40-53,165-172,258-275 1tz3 d1tz3a_ A:31-44,152-159,249-266 1ekq d1ekqa_ A:25-40,60-67,195-212 1ygj d1ygja1 A:18-32,33-41,232-249 1vk4 d1vk4a_ A:25-38,40-46,231-248 1ua4 d1ua4a_ A:112-126,261-267,435-455 1tz6 d1tz6a_ A:31-44,152-159,249-266 1gc5 d1gc5a_ A:120-134,274-280,448-467 1tz3 d1tz3b_ B:31-44,152-159,249-266 1lhp d1lhpa_ A:18-32,33-41,232-249 1ygk d1ygka1 A:18-32,33-41,232-249 1ekk d1ekka_ A:25-40,60-67,195-212 1lhr d1lhrb_ B:18-32,33-41,232-249 2ajr d2ajrb1 B:40-53,165-172,258-275 1rfv d1rfva_ A:18-32,33-41,232-249 1lhp d1lhpb_ B:18-32,33-41,232-249 1tz6 d1tz6b_ B:31-44,152-159,249-266 2a9y d2a9ya1 A:69-83,191-198,313-331 1tyy d1tyya_ A:31-44,152-159,249-266 1rfv d1rfvb_ B:18-32,33-41,232-249 2aa0 d2aa0a1 A:69-83,191-198,313-331 1esq d1esqa1 A:25-40,60-67,195-212 2a9z d2a9za1 A:69-83,191-198,313-331 1tyy d1tyyb_ B:31-44,152-159,249-266 2i6a d2i6ac1 C:64-78,191-198,294-313 1bx4 d1bx4a_ A:64-78,191-198,294-313 2i6a d2i6aa1 A:64-78,191-198,294-313 2i6a d2i6ad1 D:64-78,191-198,294-313 2i6a d2i6ab1 B:64-78,191-198,294-313 2dcn d2dcnd1 D:34-47,48-57,251-269 2dcn d2dcnj1 J:34-47,48-57,251-269 1wye d1wyed1 D:34-47,48-58,250-269 1wye d1wyeb1 B:34-47,48-58,250-269 1wye d1wyec1 C:34-47,48-58,251-269 2dcn d2dcnc1 C:34-47,48-58,251-269 2dcn d2dcni1 I:34-47,48-58,251-269 1wye d1wyee1 E:34-47,48-58,251-269 2dcn d2dcna1 A:34-47,48-58,251-269 2dcn d2dcng1 G:34-47,48-58,251-269 2dcn d2dcnf1 F:34-47,48-58,251-269 2dcn d2dcnh1 H:34-47,48-58,251-269 2dcn d2dcnl1 L:34-47,48-58,251-269 2dcn d2dcne1 E:34-47,48-58,251-269 2dcn d2dcnk1 K:34-47,48-58,251-269 2dcn d2dcnb1 B:34-47,48-58,251-269 1wye d1wyea1 A:34-47,48-58,251-269 2afb d2afba1 A:33-46,47-56,277-293 1wye d1wyef1 F:34-47,48-58,251-269 2afb d2afbb1 B:33-46,47-56,277-293 1rkd d1rkda_ A:42-55,57-66,252-268 1rks d1rksa_ A:42-55,57-66,252-268 1rk2 d1rk2c_ C:42-55,57-66,252-268 1rk2 d1rk2b_ B:42-55,57-66,252-268 1gqt d1gqtb_ B:42-55,57-66,252-268 1rk2 d1rk2d_ D:42-55,57-66,252-268 1rk2 d1rk2a_ A:42-55,57-66,252-268 1gqt d1gqtc_ C:42-55,57-66,252-268 1gqt d1gqta_ A:42-55,57-66,252-268 1vm7 d1vm7a_ A:40-54,56-65,243-259 1vm7 d1vm7b_ B:40-54,56-65,243-259 36. c.107.1 DHH phosphoesterases constituent families have similar domain organization with variable interdomain linker and spatial arrangement of the domains ! DHH phosphoesterases consists of two non-similar domains ! Domain 1 has parallel sheet of 6 strands, order 321456 ! Domain 2 has mixed sheet of 5 strands, order 12345; strands 1 & 4 are antiparallel to the rest 1ir6 d1ir6a_ A:82-100,130-136,186-203 1ir6 d1ir6a_ A:82-100,153-160,186-203 1i74 d1i74b_ B:12-30,69-75,118-131 1wpm d1wpmb_ B:13-31,69-75,118-131 1wpp d1wppb_ B:13-32,71-77,120-133 2haw d2hawb1 B:13-31,69-75,118-131 1wpp d1wppa_ A:13-32,71-77,120-133 1i74 d1i74a_ A:12-30,69-75,118-131 1k20 d1k20a_ A:13-32,71-77,120-133 1wpm d1wpma_ A:13-31,69-75,118-131 2haw d2hawa1 A:13-31,69-75,118-131 1wpn d1wpnb_ B:13-31,69-75,118-131 1wpn d1wpna_ A:13-31,69-75,118-131 1k20 d1k20b_ B:13-32,71-77,120-133 1k23 d1k23d_ D:13-31,69-75,118-131 1k23 d1k23b_ B:13-31,69-75,118-131 1k23 d1k23c_ C:13-31,69-75,118-131 1k23 d1k23a_ A:13-31,69-75,118-131 1i74 d1i74b_ B:12-30,89-97,118-131 1k20 d1k20a_ A:13-32,91-99,120-133 1wpp d1wppa_ A:13-32,91-99,120-133 1wpp d1wppb_ B:13-32,91-99,120-133 1k20 d1k20b_ B:13-32,91-99,120-133 1wpn d1wpna_ A:13-31,89-97,118-131 1i74 d1i74a_ A:12-30,89-97,118-131 2haw d2hawa1 A:13-31,89-97,118-131 2haw d2hawb1 B:13-31,89-97,118-131 1wpm d1wpma_ A:13-31,89-97,118-131 1wpn d1wpnb_ B:13-31,89-97,118-131 1wpm d1wpmb_ B:13-31,89-97,118-131 1k23 d1k23b_ B:13-31,89-97,118-131 1k23 d1k23a_ A:13-31,89-97,118-131 1k23 d1k23c_ C:13-31,89-97,118-131 1k23 d1k23d_ D:13-31,89-97,118-131 38. c.83.1 Aconitase iron-sulfur domain Aconitase iron-sulfur domain consists of three similar domains with 3 layers (a/b/a) each; duplication ! core: parallel beta-sheet of 5 strands, order 32145 1b0k d1b0ka2 A:362-380,385-390,465-476 1c97 d1c97a2 A:362-380,385-390,465-476 8acn d8acna2 A:362-380,385-390,465-476 1c96 d1c96a2 A:362-380,385-390,465-476 7acn d7acna2 A:362-380,385-390,465-476 1l5j d1l5ja3 A:713-728,733-738,807-818 1fgh d1fgha2 A:362-380,385-390,465-476 1b0j d1b0ja2 A:362-380,385-390,465-476 1ami d1amia2 A:362-380,385-390,465-476 6acn d6acna2 A:362-380,385-390,465-476 5acn d5acna2 A:362-380,385-390,465-476 1l5j d1l5jb3 B:713-728,733-738,807-818 1aco d1acoa2 A:362-380,385-390,465-476 1nis d1nisa2 A:362-380,385-390,465-476 1nit d1nita2 A:362-380,385-390,465-476 1b0m d1b0ma2 A:362-380,385-390,465-476 1amj d1amja2 A:362-380,385-390,465-476 2b3y d2b3yb2 B:442-460,467-473,553-564 2b3y d2b3ya2 A:442-460,467-473,553-564 2b3x d2b3xa2 A:442-460,467-472,553-564 1l5j d1l5jb3 B:414-429,436-442,511-522 1l5j d1l5ja3 A:414-429,436-442,511-522 5acn d5acna2 A:72-87,94-99,182-192 1amj d1amja2 A:72-87,94-99,182-192 1b0m d1b0ma2 A:72-87,94-99,182-192 1c97 d1c97a2 A:72-87,94-99,182-192 1c96 d1c96a2 A:72-87,94-99,182-192 1nis d1nisa2 A:72-87,94-99,182-192 1nit d1nita2 A:72-87,94-99,182-192 1aco d1acoa2 A:72-87,94-99,182-192 7acn d7acna2 A:72-87,94-99,182-192 6acn d6acna2 A:72-87,94-99,182-192 8acn d8acna2 A:72-87,94-99,182-192 1ami d1amia2 A:72-87,94-99,182-192 1fgh d1fgha2 A:72-87,94-99,182-192 1b0k d1b0ka2 A:72-87,94-99,182-192 1b0j d1b0ja2 A:72-87,94-99,182-192 2b3x d2b3xa2 A:86-108,119-124,222-232 2b3y d2b3ya2 A:86-108,119-124,222-232 2b3y d2b3yb2 B:86-108,119-124,222-232 5acn d5acna2 A:182-192,194-199,665-676 1amj d1amja2 A:182-192,194-199,665-676 6acn d6acna2 A:182-192,194-199,665-676 1c97 d1c97a2 A:182-192,194-199,665-676 1nis d1nisa2 A:182-192,194-199,665-676 1b0k d1b0ka2 A:182-192,194-199,665-676 1ami d1amia2 A:182-192,194-199,665-676 1nit d1nita2 A:182-192,194-199,665-676 1b0m d1b0ma2 A:182-192,194-199,665-676 1fgh d1fgha2 A:182-192,194-199,665-676 1aco d1acoa2 A:182-192,194-199,665-676 1c96 d1c96a2 A:182-192,194-199,665-676 2b3x d2b3xa2 A:222-232,234-239,801-812 2b3y d2b3ya2 A:222-232,234-239,801-812 39. c.121.1 Ribose/Galactose isomerase RpiB/AlsB Ribose/Galactose isomerase RpiB/AlsB 3 layers: a/b/a, core: parallel beta-sheet of 5 strands, order 21354; topological similarity to a part of the arginase/deacetylase fold 2vvo d2vvoc1 C:11-29,63-70,116-130 2vvo d2vvoa1 A:11-29,63-70,116-130 2bet d2bete_ E:11-29,63-70,116-130 2vvq d2vvqe1 E:11-29,63-70,116-130 2vvo d2vvoe1 E:11-29,63-70,116-130 2bet d2beta_ A:11-29,63-70,116-130 2bet d2betb_ B:11-29,63-70,116-130 2vvp d2vvpc1 C:11-29,63-70,116-130 1usl d1uslb_ B:11-29,63-70,116-130 2vvo d2vvob1 B:11-29,63-70,116-130 2vvp d2vvpa1 A:11-29,63-70,116-130 2vvo d2vvod1 D:11-29,63-70,116-130 2vvq d2vvqa1 A:11-29,63-70,116-130 2bes d2besb_ B:11-29,63-70,116-130 2bes d2besd_ D:11-29,63-70,116-130 2vvp d2vvpd1 D:11-29,63-70,116-130 1usl d1usld_ D:11-29,63-70,116-130 1usl d1usle_ E:11-29,63-70,116-130 1usl d1uslc_ C:11-29,63-70,116-130 2vvp d2vvpe1 E:11-29,63-70,116-130 2vvq d2vvqd1 D:11-29,63-70,116-130 2bet d2betd_ D:11-29,63-70,116-130 2vvp d2vvpb1 B:11-29,63-70,116-130 2vvq d2vvqb1 B:11-29,63-70,116-130 1usl d1usla_ A:11-29,63-70,116-130 1nn4 d1nn4c_ C:15-27,60-67,113-127 2vvq d2vvqd1 D:11-29,106-112,116-130 2bet d2betb_ B:11-29,106-112,116-130 2vvq d2vvqa1 A:11-29,106-112,116-130 1nn4 d1nn4b_ B:15-27,60-67,113-127 1nn4 d1nn4a_ A:15-27,60-67,113-127 1nn4 d1nn4d_ D:15-27,60-67,113-127 2vvq d2vvqb1 B:11-29,106-112,116-130 2bes d2besd_ D:11-29,106-112,116-130 2bes d2besb_ B:11-29,106-112,116-130 2vvq d2vvqe1 E:11-29,106-112,116-130 2bet d2betd_ D:11-29,106-112,116-130 2bet d2bete_ E:11-29,106-112,116-130 2bet d2beta_ A:11-29,106-112,116-130 2vvp d2vvpb1 B:11-29,106-112,116-130 1usl d1uslb_ B:11-29,106-112,116-130 2vvp d2vvpd1 D:11-29,106-112,116-130 2vvp d2vvpe1 E:11-29,106-112,116-130 2vvp d2vvpa1 A:11-29,106-112,116-130 1o1x d1o1xa_ A:8-26,102-108,112-126 2vvp d2vvpc1 C:11-29,106-112,116-130 2vvo d2vvoe1 E:11-29,106-112,116-130 2vvo d2vvoa1 A:11-29,106-112,116-130 2vvo d2vvob1 B:11-29,106-112,116-130 1usl d1usld_ D:11-29,106-112,116-130 1usl d1uslc_ C:11-29,106-112,116-130 2vvo d2vvoc1 C:11-29,106-112,116-130 2vvo d2vvod1 D:11-29,106-112,116-130 1usl d1usle_ E:11-29,106-112,116-130 1o1x d1o1xa_ A:8-26,59-66,112-126 1usl d1usla_ A:11-29,106-112,116-130 2bet d2betc_ C:11-29,63-70,116-131 2bes d2besc_ C:11-29,63-70,116-131 2bes d2bese_ E:11-29,63-70,116-131 2vvq d2vvqc1 C:11-29,63-70,116-131 2bes d2besa_ A:11-29,63-70,116-131 2bes d2besc_ C:11-29,106-112,116-131 2vvq d2vvqc1 C:11-29,106-112,116-131 2bes d2bese_ E:11-29,106-112,116-131 1nn4 d1nn4a_ A:15-27,103-109,113-127 1nn4 d1nn4c_ C:15-27,103-109,113-127 1nn4 d1nn4d_ D:15-27,103-109,113-127 2bes d2besa_ A:11-29,106-112,116-131 2bet d2betc_ C:11-29,106-112,116-131 1nn4 d1nn4b_ B:15-27,103-109,113-127 2bes d2besd_ D:11-29,29-35,116-130 2bet d2betd_ D:11-29,29-35,116-130 1usl d1usld_ D:11-29,29-35,116-130 2bes d2besb_ B:11-29,29-35,116-130 2vvp d2vvpd1 D:11-29,29-35,116-130 2vvp d2vvpb1 B:11-29,29-35,116-130 2vvq d2vvqd1 D:11-29,29-35,116-130 2vvo d2vvoc1 C:11-29,30-35,116-130 2vvo d2vvoe1 E:11-29,30-35,116-130 2vvo d2vvoa1 A:11-29,30-35,116-130 2vvo d2vvob1 B:11-29,30-35,116-130 2bet d2bete_ E:11-29,30-35,116-130 2vvo d2vvod1 D:11-29,30-35,116-130 1usl d1usle_ E:11-29,30-35,116-130 2vvq d2vvqe1 E:11-29,30-35,116-130 2vvp d2vvpc1 C:11-29,30-35,116-130 2vvp d2vvpe1 E:11-29,30-35,116-130 1usl d1uslb_ B:11-29,30-35,116-130 2bet d2betb_ B:11-29,30-35,116-130 2vvq d2vvqb1 B:11-29,30-35,116-130 1usl d1uslc_ C:11-29,30-35,116-130 2vvp d2vvpa1 A:11-29,30-35,116-130 2vvq d2vvqa1 A:11-29,30-35,116-130 1usl d1usla_ A:11-29,30-35,116-130 2bes d2bese_ E:11-29,30-35,116-131 2vvq d2vvqc1 C:11-29,30-35,116-131 40. c.51.1 Class II aaRS ABD-related Anticodon-binding domain-like 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of five strands, order 21345; strand 4 is antiparallel to the rest 1wu7 d1wu7b1 B:344-359,384-390,413-424 1wu7 d1wu7a1 A:344-359,384-390,413-425 1ggm d1ggma1 A:410-428,453-459,491-504 1htt d1httd1 D:339-356,382-388,411-424 1htt d1httb1 B:339-356,382-388,411-424 1b76 d1b76b1 B:410-428,453-459,491-504 1htt d1httc1 C:339-356,382-388,411-424 1kmn d1kmna1 A:339-356,382-388,411-424 1kmm d1kmmb1 B:339-356,382-388,411-424 1b76 d1b76a1 A:410-428,453-459,491-504 1htt d1htta1 A:339-356,382-388,411-424 1kmm d1kmmd1 D:339-356,382-388,411-424 1kmm d1kmmc1 C:339-356,382-388,411-424 1kmn d1kmnb1 B:339-356,382-388,411-424 1kmn d1kmnd1 D:339-356,382-388,411-424 1kmm d1kmma1 A:339-356,382-388,411-424 1ati d1atib1 B:410-428,453-459,491-504 2el9 d2el9a1 A:339-356,382-388,411-424 2el9 d2el9b1 B:339-356,382-388,411-424 1kmn d1kmnc1 C:339-356,382-388,411-424 1ati d1atia1 A:410-428,453-459,491-504 2el9 d2el9c1 C:339-356,382-388,411-424 1nyr d1nyra1 A:558-573,598-604,627-642 2el9 d2el9d1 D:339-356,382-388,411-424 1nyr d1nyrb1 B:558-573,598-604,627-642 1ggm d1ggmb1 B:410-428,453-459,491-505 1nyq d1nyqa1 A:554-573,598-604,627-642 1nyq d1nyqb1 B:554-573,598-604,627-642 1wu7 d1wu7b1 B:344-359,360-365,413-424 1b76 d1b76b1 B:410-428,431-435,491-504 1wu7 d1wu7a1 A:344-359,360-365,413-425 1b76 d1b76a1 A:410-428,431-435,491-504 1kog d1kogg1 G:548-566,591-597,620-635 1kog d1kogc1 C:548-566,591-597,620-635 1fyf d1fyfb1 B:548-566,591-597,620-635 1kog d1kogf1 F:548-566,591-597,620-635 1kog d1kogd1 D:548-566,591-597,620-635 1kog d1koge1 E:548-566,591-597,620-635 1kog d1kogb1 B:548-566,591-597,620-635 1fyf d1fyfa1 A:548-566,591-597,620-635 1kog d1kogh1 H:548-566,591-597,620-635 1kog d1koga1 A:548-566,591-597,620-635 1evk d1evkb1 B:548-566,591-597,620-635 1evl d1evlb1 B:548-566,591-597,620-635 1evl d1evld1 D:548-566,591-597,620-635 1h4v d1h4vb1 B:337-352,379-385,408-421 1evl d1evlc1 C:548-566,591-597,620-635 1evk d1evka1 A:548-566,591-597,620-635 1evl d1evla1 A:548-566,591-597,620-635 1qf6 d1qf6a1 A:548-566,591-597,620-635 1adj d1adja1 A:337-352,379-385,408-421 1ady d1adya1 A:337-352,379-385,408-421 1ady d1adyd1 D:337-352,379-385,408-421 1ady d1adyb1 B:337-352,379-385,408-421 1adj d1adjd1 D:337-352,379-385,408-421 1adj d1adjb1 B:337-352,379-385,408-421 1adj d1adjc1 C:337-352,379-385,408-421 1ady d1adyc1 C:337-352,379-385,408-421 1v95 d1v95a_ A:17-35,62-67,93-114 1g5h d1g5hd1 D:365-384,412-418,441-459 1g5i d1g5id1 D:365-384,412-418,441-459 2g4c d2g4ca1 A:391-410,438-444,467-485 2g4c d2g4cb1 B:391-410,438-444,467-485 1kog d1kogc1 C:548-566,568-573,620-635 1kog d1kogf1 F:548-566,568-573,620-635 1kog d1kogg1 G:548-566,568-573,620-635 1kog d1koga1 A:548-566,568-573,620-635 1kog d1koge1 E:548-566,568-573,620-635 1kog d1kogh1 H:548-566,568-573,620-635 1kog d1kogd1 D:548-566,568-573,620-635 1kog d1kogb1 B:548-566,568-573,620-635 1g5h d1g5hb1 B:365-384,412-418,441-460 1g5i d1g5ib1 B:365-384,412-418,441-460 2g4c d2g4cd1 D:391-410,438-445,467-485 2g4c d2g4cc1 C:391-410,438-445,467-485 1h4v d1h4vb1 B:337-352,356-360,408-421 1adj d1adjd1 D:337-352,356-360,408-421 1adj d1adja1 A:337-352,356-360,408-421 1adj d1adjb1 B:337-352,356-360,408-421 1adj d1adjc1 C:337-352,356-360,408-421 1ady d1adyd1 D:337-352,356-360,408-421 1ady d1adya1 A:337-352,356-360,408-421 1ady d1adyb1 B:337-352,356-360,408-421 1ady d1adyc1 C:337-352,356-360,408-421 1g5h d1g5hd1 D:365-384,386-391,441-459 1g5i d1g5id1 D:365-384,386-391,441-459 1g5i d1g5ia1 A:365-384,412-418,441-464 2g4c d2g4cb1 B:391-410,412-417,467-485 2g4c d2g4ca1 A:391-410,412-417,467-485 1g5h d1g5ha1 A:365-384,412-418,441-466 1g5i d1g5ic1 C:365-384,412-418,441-466 1g5h d1g5hb1 B:365-384,386-391,441-460 1g5h d1g5hc1 C:365-384,412-418,441-466 1g5i d1g5ib1 B:365-384,386-391,441-460 1g5i d1g5ia1 A:365-384,386-391,441-464 1g5h d1g5ha1 A:365-384,386-391,441-466 1g5i d1g5ic1 C:365-384,386-391,441-466 1g5h d1g5hc1 C:365-384,386-391,441-466 1h4t d1h4td1 D:297-319,345-351,376-404 1h4t d1h4tb1 B:297-319,345-351,376-404 1h4t d1h4ta1 A:297-319,345-351,376-404 1hc7 d1hc7d1 D:297-319,345-351,376-405 1hc7 d1hc7b1 B:297-319,345-351,376-405 1hc7 d1hc7c1 C:297-319,345-351,376-405 1hc7 d1hc7a1 A:297-319,345-351,376-405 1h4t d1h4td1 D:297-319,321-325,376-404 1h4t d1h4ta1 A:297-319,321-325,376-404 1h4t d1h4tb1 B:297-319,321-325,376-404 1nj1 d1nj1a1 A:307-326,351-357,383-412 1nj6 d1nj6a1 A:307-326,351-357,383-412 1nj5 d1nj5a1 A:307-326,351-357,383-412 1h4q d1h4qa1 A:297-319,321-325,376-405 1h4q d1h4qa1 A:297-319,345-352,376-405 1h4s d1h4sa1 A:297-319,345-352,376-405 1h4s d1h4sa1 A:297-319,321-325,376-405 1hc7 d1hc7b1 B:297-319,321-325,376-405 1hc7 d1hc7d1 D:297-319,321-325,376-405 1hc7 d1hc7a1 A:297-319,321-325,376-405 1hc7 d1hc7c1 C:297-319,321-325,376-405 1nj2 d1nj2a1 A:307-326,351-357,383-412 41. d.199.1 DNA-binding C-terminal domain of the transcription factor MotA MotA C-terminal domain-like alpha-beta(4)-alpha-beta(2)-alpha; 2 layers: alpha/beta 1kaf d1kafd_ D:108-125,148-156,197-211 1kaf d1kafe_ E:109-125,148-156,197-211 1kaf d1kafb_ B:107-125,148-156,197-211 1kaf d1kaff_ F:108-125,148-156,197-211 1kaf d1kafc_ C:107-125,148-156,197-211 1kaf d1kafa_ A:107-125,148-156,197-211 42. c.92.2 "Helical backbone" metal receptor contains a long alpha helical insertion in the interdomain linker ! Chelatase-like duplication: tandem repeat of two domains; 3 layers (a/b/a); parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 1toa d1toab_ B:40-52,84-89,137-157 1toa d1toaa_ A:40-52,84-89,137-157 1k0f d1k0fa_ A:40-52,84-90,137-157 1pq4 d1pq4a_ A:55-67,99-105,183-203 1pq4 d1pq4b_ B:55-67,99-105,183-203 1psz d1psza_ A:39-51,83-88,143-163 1n4a d1n4ab_ B:5008-5019,5081-5086,5089-5104 1xvl d1xvla1 A:61-73,105-110,158-178 1xvl d1xvlb1 B:61-73,105-110,158-178 1l5h d1l5ha_ A:62-76,177-185,190-209 1n4a d1n4aa_ A:8-19,81-86,89-104 2phz d2phza1 A:43-54,98-104,126-142 1qgu d1qgub_ B:68-81,143-150,190-208 1qh1 d1qh1b_ B:68-81,143-150,190-208 2etv d2etvb1 B:44-56,110-115,146-161 1n4d d1n4db_ B:1152-1162,1188-1194,1226-1243 2etv d2etva1 A:44-56,110-115,146-161 1n4a d1n4ab_ B:5008-5019,5058-5064,5089-5104 1n2z d1n2zb_ B:30-41,80-85,111-127 1n2z d1n2za_ A:30-41,80-85,111-127 1qh8 d1qh8b_ B:68-80,143-150,190-208 1n4d d1n4da_ A:8-19,58-63,89-104 1n4a d1n4aa_ A:8-19,58-64,89-104 1h1l d1h1lb_ B:68-80,143-150,190-208 1l5h d1l5ha_ A:62-76,146-154,190-209 1n2c d1n2cb_ B:70-83,145-152,192-210 1n2c d1n2cd_ D:70-83,145-152,192-210 1n2c d1n2cd_ D:233-248,288-294,321-337 2afk d2afka1 A:62-76,177-184,190-211 1n4d d1n4db_ B:1008-1019,1058-1063,1089-1105 2afk d2afkc1 C:62-76,177-184,190-211 1n2c d1n2cb_ B:233-248,288-294,321-337 1g21 d1g21a_ A:233-246,269-274,301-317 1mio d1mioc_ C:53-67,168-176,181-201 1m34 d1m34a_ A:62-76,177-184,190-211 1n2z d1n2za_ A:174-184,210-216,248-265 1g21 d1g21c_ C:233-246,269-274,301-317 1mio d1mioa_ A:53-67,168-176,181-198 1n2c d1n2cd_ D:70-83,180-185,192-210 1n2c d1n2cb_ B:70-83,180-185,192-210 2min d2mind_ D:233-248,288-294,321-337 2qi9 d2qi9f1 F:30-41,80-85,111-126 1g20 d1g20d_ D:233-248,288-294,321-337 1m34 d1m34i_ I:62-76,177-184,190-211 2chu d2chua1 A:57-68,130-136,141-158 1m1y d1m1yi_ I:62-76,177-185,190-211 1efd d1efdn_ N:42-53,118-123,129-146 2min d2minb_ B:233-248,288-294,321-337 1k7s d1k7sn_ N:42-53,118-123,129-146 1esz d1esza_ A:42-53,118-123,129-146 2afk d2afkd1 D:233-248,288-294,321-337 1g20 d1g20a_ A:62-76,177-184,190-211 1g20 d1g20b_ B:233-248,288-294,321-337 1n2c d1n2ca_ A:233-246,269-274,301-317 1n2c d1n2cc_ C:233-246,269-274,301-317 1g20 d1g20c_ C:62-76,177-184,190-211 1m34 d1m34c_ C:62-76,177-184,190-211 1m1y d1m1yc_ C:62-76,177-185,190-211 1m1y d1m1yk_ K:62-76,177-185,190-211 1m34 d1m34k_ K:62-76,177-184,190-211 1m1y d1m1yb_ B:233-248,288-294,321-337 1m1y d1m1ya_ A:62-76,177-185,190-211 2afk d2afkb1 B:233-248,288-294,321-337 2afh d2afhd1 D:233-248,288-294,321-337 1g20 d1g20a_ A:233-246,269-274,301-317 3min d3mind_ D:233-248,288-294,321-337 2min d2mina_ A:233-246,269-274,301-317 2afi d2afii1 I:233-246,269-274,301-317 3min d3minb_ B:233-248,288-294,321-337 2afi d2afic1 C:233-246,269-274,301-317 2min d2minc_ C:233-246,269-274,301-317 2afi d2afia1 A:233-246,269-274,301-317 1m34 d1m34a_ A:233-246,269-274,301-317 1m1y d1m1yl_ L:233-248,288-294,321-337 1m1y d1m1yd_ D:233-248,288-294,321-337 1fp4 d1fp4b_ B:233-248,288-294,321-337 1fp4 d1fp4d_ D:233-248,288-294,321-337 1m1n d1m1ne_ E:62-76,177-185,190-211 2afi d2afik1 K:233-246,269-274,301-317 2afh d2afhb1 B:233-248,288-294,321-337 1m1y d1m1yj_ J:233-248,288-294,321-337 1m34 d1m34b_ B:233-248,288-294,321-337 1m1n d1m1ng_ G:62-76,177-185,190-211 1n4d d1n4da_ A:152-162,188-193,226-243 2qi9 d2qi9f1 F:174-184,210-216,248-265 1m1y d1m1yk_ K:233-246,269-274,301-317 1m34 d1m34k_ K:233-246,269-274,301-317 1m1n d1m1na_ A:233-246,269-274,301-317 2afh d2afha1 A:233-246,269-274,301-317 1fp4 d1fp4a_ A:62-76,177-185,190-211 1fp4 d1fp4c_ C:62-76,177-185,190-211 1qh8 d1qh8d_ D:68-81,143-150,190-210 1m1n d1m1nc_ C:62-76,177-185,190-211 1m1n d1m1nf_ F:233-248,288-294,321-337 2afh d2afhc1 C:62-76,177-185,190-211 1fp4 d1fp4a_ A:233-246,269-274,301-317 1l5h d1l5hb_ B:233-248,288-294,321-337 2afh d2afhc1 C:233-246,269-274,301-317 1fp4 d1fp4c_ C:233-246,269-274,301-317 1m1y d1m1yc_ C:233-246,269-274,301-317 1qh1 d1qh1d_ D:68-81,143-150,190-210 1n2z d1n2zb_ 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2min d2minb_ B:372-387,440-445,486-511 1g20 d1g20d_ D:372-387,440-445,486-511 2afh d2afhb1 B:372-387,440-445,486-511 3min d3minb_ B:372-387,440-445,486-511 1fp4 d1fp4b_ B:372-387,440-445,486-511 2afh d2afhd1 D:372-387,440-445,486-511 1fp4 d1fp4d_ D:372-387,440-445,486-511 3min d3mind_ D:372-387,440-445,486-511 1m1n d1m1nd_ D:372-387,440-445,486-511 1m34 d1m34l_ L:372-387,440-444,486-511 1m1n d1m1nb_ B:372-387,440-445,486-511 1g20 d1g20b_ B:372-387,440-445,486-511 1m1n d1m1nh_ H:372-387,440-445,486-511 1g20 d1g20d_ D:372-387,464-470,486-511 2afi d2afij1 J:372-387,440-444,486-511 2afi d2afil1 L:372-387,440-444,486-511 1m34 d1m34b_ B:372-387,440-444,486-511 2afi d2afib1 B:372-387,440-444,486-511 2afi d2afid1 D:372-387,440-444,486-511 2afk d2afkb1 B:372-387,440-445,486-511 2afk d2afkd1 D:372-387,440-445,486-511 1m1n d1m1nf_ F:372-387,440-444,486-511 1l5h d1l5hb_ B:372-387,440-444,486-511 1g21 d1g21b_ B:372-387,440-444,486-511 1g21 d1g21d_ D:372-387,440-444,486-511 2afk d2afkb1 B:372-387,465-470,486-511 2afk d2afkd1 D:372-387,465-470,486-511 1g20 d1g20b_ B:372-387,464-470,486-511 1qh8 d1qh8d_ D:368-383,460-466,482-507 1h1l d1h1lb_ B:368-383,436-441,482-507 1qh8 d1qh8d_ D:368-383,436-441,482-507 1h1l d1h1lb_ B:368-383,461-466,482-507 1n2c d1n2cd_ D:372-387,440-444,486-512 1n2c d1n2cb_ B:372-387,440-444,486-512 1qh1 d1qh1b_ B:368-383,461-466,482-507 1qh1 d1qh1b_ B:368-383,436-441,482-507 1m34 d1m34j_ J:372-387,440-444,486-512 1qh8 d1qh8b_ B:368-383,436-440,482-507 2qi9 d2qi9f1 F:128-154,155-161,248-265 1h1l d1h1ld_ D:368-383,436-440,482-507 1xvl d1xvlb1 B:221-231,232-238,306-323 1qgu d1qgud_ D:368-383,436-440,482-507 1qh1 d1qh1d_ D:368-383,436-440,482-507 1m34 d1m34d_ D:372-387,440-444,486-512 1qgu d1qgub_ B:368-383,436-440,482-507 1k0f d1k0fa_ A:202-210,211-217,290-307 1k0f d1k0fa_ A:159-189,193-199,290-307 1xvl d1xvlb1 B:180-210,214-220,306-323 1toa d1toab_ B:159-189,193-199,290-307 1toa d1toaa_ A:159-189,193-199,290-307 1toa d1toab_ B:202-210,211-217,290-307 1toa d1toaa_ A:202-210,211-217,290-307 1psz d1psza_ A:162-195,200-205,291-309 1xvl d1xvla1 A:180-210,214-220,306-325 1n2c d1n2cd_ D:341-365,363-371,486-512 1n2c d1n2cb_ B:341-365,363-371,486-512 1mio d1miob_ B:289-311,311-319,426-449 1m1y d1m1yd_ D:341-363,363-371,486-511 1m1y d1m1yj_ J:341-363,363-371,486-511 1g20 d1g20d_ D:341-363,363-371,486-511 1m1y d1m1yb_ B:341-363,363-371,486-511 1g20 d1g20b_ B:341-363,363-371,486-511 2min d2minb_ B:341-363,363-371,486-511 3min d3minb_ B:341-363,363-371,486-511 2min d2mind_ D:341-363,363-371,486-511 3min d3mind_ D:341-363,363-371,486-511 1g21 d1g21b_ B:341-363,363-371,486-511 1fp4 d1fp4d_ D:341-363,363-371,486-511 1fp4 d1fp4b_ B:341-363,363-371,486-511 2afi d2afid1 D:341-363,363-371,486-511 2afi d2afib1 B:341-363,363-371,486-511 2afi d2afil1 L:341-363,363-371,486-511 2afi d2afij1 J:341-363,363-371,486-511 1m1n d1m1nb_ B:341-363,363-371,486-511 1g21 d1g21d_ D:341-363,363-371,486-511 2afh d2afhb1 B:341-363,363-371,486-511 2afh d2afhd1 D:341-363,363-371,486-511 1m1n d1m1nh_ H:341-363,363-371,486-511 1m1n d1m1nf_ F:341-363,363-371,486-511 1m1n d1m1nd_ D:341-363,363-371,486-511 1m34 d1m34b_ B:341-363,363-371,486-511 1l5h d1l5hb_ B:341-363,363-371,486-511 2afk d2afkd1 D:341-363,363-371,486-511 2afk d2afkb1 B:341-363,363-371,486-511 1m34 d1m34l_ L:341-363,363-371,486-511 1m34 d1m34j_ J:341-363,363-371,486-512 1m34 d1m34d_ D:341-363,363-371,486-512 1k0f d1k0fa_ A:159-189,211-217,290-307 1toa d1toab_ B:159-189,211-217,290-307 1toa d1toaa_ A:159-189,211-217,290-307 43. c.23.1 CheY-like Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 2ayx d2ayxa2 A:715-730,745-751,788-800 2ayy d2ayya1 A:715-730,745-751,787-800 1i3c d1i3ca_ A:17-31,63-69,123-142 1i3c d1i3cb_ B:17-31,63-69,123-142 2ayx d2ayxa2 A:715-730,760-766,788-800 1jlk d1jlkb_ B:17-31,63-69,123-143 1nat d1nata_ A:12-27,49-55,107-120 2ayx d2ayxa2 A:715-730,730-736,788-800 2ftk d2ftkg1 G:1612-1627,1649-1654,1707-1719 1srr d1srrc_ C:12-27,49-55,107-120 1pey d1peya_ A:12-27,49-55,107-120 1mb0 d1mb0a_ A:11-26,48-54,108-121 1srr d1srra_ A:12-27,49-55,107-120 1y7p d1y7pb1 B:93-115,143-151,191-205 1y7p d1y7pa1 A:93-115,143-151,191-205 1pux d1puxa_ A:13-27,49-54,107-120 1f51 d1f51e_ E:1212-1227,1249-1255,1307-1320 1pey d1peyc_ C:12-27,49-55,107-120 1y7p d1y7pc1 C:93-115,143-151,191-205 2b4a d2b4aa1 A:12-27,50-56,105-117 1f51 d1f51h_ H:1412-1427,1449-1455,1507-1519 1jlk d1jlka_ A:17-31,63-69,123-143 1i3c d1i3cb_ B:17-31,93-99,123-142 1k68 d1k68b_ B:19-33,65-70,125-145 2ayy d2ayya1 A:715-730,760-766,787-800 1i3c d1i3ca_ A:17-31,92-99,123-142 1y7p d1y7pb1 B:93-115,170-176,191-205 1y7p d1y7pa1 A:93-115,170-176,191-205 1k68 d1k68a_ A:19-33,65-70,125-145 1y7p d1y7pc1 C:93-115,170-176,191-205 1p6u d1p6ua_ A:15-30,32-37,38-51 1m5t d1m5ta_ A:11-26,48-54,108-122 2pkx d2pkxb1 B:9-24,46-52,104-120 1a04 d1a04a2 A:15-30,54-60,112-126 1a04 d1a04b2 B:15-30,54-60,112-126 2fsp d2fspa_ A:12-27,49-55,107-120 1pey d1peyb_ 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A:14-29,51-57,112-128 1y7p d1y7pa1 A:93-115,186-190,191-205 1udr d1udrb_ B:14-29,82-88,112-128 2chy d2chya_ A:14-29,81-87,112-128 1kmi d1kmiy_ Y:14-29,52-58,112-128 1ffg d1ffgc_ C:14-29,82-88,112-128 1f4v d1f4vb_ B:14-29,52-58,112-128 2fmf d2fmfa1 A:14-29,82-88,112-128 1ab6 d1ab6a_ A:14-29,52-58,112-128 1e6k d1e6ka_ A:14-29,52-58,112-128 2pl9 d2pl9a1 A:14-29,52-58,112-128 1zdm d1zdmb1 B:14-29,52-57,112-128 1ab5 d1ab5b_ B:14-29,82-88,112-128 1chn d1chna_ A:14-29,52-58,112-128 1cye d1cyea_ A:14-29,81-88,112-128 2a9o d2a9oa1 A:10-25,74-80,104-118 1a2o d1a2ob1 B:12-27,78-84,114-133 1a2o d1a2oa1 A:12-27,78-84,115-133 1vlz d1vlza_ A:14-29,82-88,112-128 1a0o d1a0oe_ E:14-29,82-88,112-128 1ab5 d1ab5a_ A:14-29,82-88,112-128 1xhe d1xhea1 A:12-27,76-82,106-122 2pl1 d2pl1a1 A:9-24,73-80,104-121 1tmy d1tmya_ A:11-26,99-104,107-119 1ehc d1ehca_ A:14-29,82-88,112-128 1zdm d1zdma1 A:14-29,52-57,112-128 1cye d1cyea_ A:14-29,52-58,112-128 1a2o d1a2ob1 B:12-27,27-36,114-133 1a0o d1a0oa_ A:14-29,82-88,112-128 4tmy d4tmya_ A:11-26,99-104,107-119 2fsp d2fspa_ A:12-27,28-34,107-120 1f4v d1f4va_ A:14-29,52-58,112-129 1e6k d1e6ka_ A:14-29,82-88,112-128 1b00 d1b00b_ B:11-26,78-84,108-123 1ymv d1ymva_ A:14-29,82-88,112-128 1ymu d1ymub_ B:14-29,52-58,112-129 1ab6 d1ab6a_ A:14-29,81-88,112-128 1zh4 d1zh4b1 B:10-25,73-80,104-120 1m2e d1m2ea_ A:13-25,78-83,110-129 1r8j d1r8ja2 A:13-25,78-85,110-129 1p6q d1p6qa_ A:15-30,82-87,113-127 1dc7 d1dc7a_ A:12-27,49-54,107-124 1nxw d1nxwa_ A:10-25,74-80,104-119 1chn d1chna_ A:14-29,82-88,112-128 2iyn d2iynb1 B:11-26,78-84,108-124 1j56 d1j56a_ A:11-27,28-33,107-124 1f51 d1f51h_ H:1412-1427,1428-1434,1507-1519 1krw d1krwa_ A:11-27,28-34,107-124 1b00 d1b00a_ A:11-26,77-84,108-123 1fsp d1fspa_ A:12-27,28-34,107-120 1djm d1djma_ A:14-29,104-109,112-128 1d5w d1d5wa_ A:12-27,77-83,107-123 1ab6 d1ab6b_ B:14-29,52-58,112-129 1zh4 d1zh4a1 A:10-25,74-80,104-121 1eay d1eayb_ B:14-29,104-109,112-128 1dbw d1dbwa_ A:12-27,77-83,107-123 1zh2 d1zh2a1 A:10-25,74-80,104-121 1w25 d1w25a2 A:162-178,197-203,257-283 1cey d1ceya_ A:14-29,81-88,112-128 1xhe d1xheb1 B:12-27,76-82,106-123 1r8j d1r8ja2 A:13-25,52-59,110-129 1p6u d1p6ua_ A:15-30,106-110,113-128 2v0n d2v0na2 A:162-178,197-203,257-285 1cey d1ceya_ A:14-29,52-58,112-128 1cye d1cyea_ A:14-29,104-109,112-128 2v0n d2v0nb1 B:11-26,78-84,108-124 2pmc d2pmcd1 D:14-29,104-109,112-128 1w25 d1w25b2 B:162-177,197-203,257-283 1udr d1udra_ A:14-29,104-109,112-128 2v0n d2v0na1 A:11-26,78-84,108-124 1u8t d1u8tc_ C:14-29,104-109,112-128 1c4w d1c4wa_ A:14-29,104-109,112-128 1qmp d1qmpb_ B:11-26,27-36,109-122 1ab5 d1ab5b_ B:14-29,104-109,112-128 5chy d5chya_ A:14-29,104-109,112-128 1udr d1udrd_ D:14-29,104-109,112-128 1ffg d1ffga_ A:14-29,104-109,112-128 1u8t d1u8td_ D:14-29,104-109,112-128 1p6q d1p6qa_ A:15-30,106-110,113-127 2che d2chea_ A:14-29,104-109,112-128 1e6l d1e6la_ A:14-29,104-109,112-128 1d4z d1d4za_ A:14-29,104-109,112-128 1jbe d1jbea_ A:14-29,104-109,112-128 2chf d2chfa_ A:14-29,104-109,112-128 1e6m d1e6ma_ A:14-29,104-109,112-128 1ntr d1ntra_ A:12-27,28-34,107-123 3chy d3chya_ A:14-29,104-109,112-128 2ayx d2ayxa1 A:833-848,870-877,928-948 1m2f d1m2fa_ A:13-26,52-58,113-129 1m2f d1m2fa_ A:13-26,78-83,113-129 1qmp d1qmpc_ C:11-26,27-36,109-123 1ny5 d1ny5a1 A:9-24,46-52,104-136 1qmp d1qmpa_ A:11-26,27-36,109-123 1ab6 d1ab6b_ B:14-29,104-109,112-129 1ny5 d1ny5b1 B:9-24,46-52,104-136 1m2f d1m2fa_ A:13-26,102-107,113-129 2v0n d2v0na2 A:162-178,227-233,257-285 2ayx d2ayxa1 A:833-848,897-904,928-948 1dc7 d1dc7a_ A:12-27,28-34,107-124 1l5y d1l5ya_ A:13-28,50-56,108-137 1w25 d1w25a2 A:162-178,227-233,257-283 2ayz d2ayza1 A:833-848,870-877,928-949 1ys7 d1ys7a2 A:16-31,32-39,111-128 1w25 d1w25b2 B:162-177,227-233,257-283 1ys6 d1ys6a2 A:16-31,32-39,111-128 2v0n d2v0nb2 B:162-177,197-203,257-290 1ny5 d1ny5b1 B:9-24,73-80,104-136 1l5y d1l5ya_ A:13-28,78-84,108-137 1ny5 d1ny5a1 A:9-24,73-80,104-136 1w25 d1w25b1 B:11-26,48-54,108-136 1ny5 d1ny5b1 B:9-24,96-101,104-136 1ny5 d1ny5a1 A:9-24,96-101,104-136 1s8n d1s8na_ A:22-37,60-66,117-143 1qkk d1qkka_ A:13-28,50-56,108-143 1w25 d1w25a1 A:11-26,48-54,108-137 1l5y d1l5yb_ B:213-228,250-256,308-344 1sd5 d1sd5a_ A:22-37,60-66,117-143 2v0n d2v0nb2 B:162-177,227-233,257-290 1s8n d1s8na_ A:22-37,86-93,117-143 1qkk d1qkka_ A:13-28,78-84,108-143 1sd5 d1sd5a_ A:22-37,86-93,117-143 1l5z d1l5za_ A:13-28,50-56,108-147 1zy2 d1zy2a1 A:9-24,46-51,104-139 1l5y d1l5ya_ A:13-28,29-35,108-137 1l5y d1l5yb_ B:213-228,278-284,308-344 1zn2 d1zn2a2 A:13-28,49-56,108-144 1yio d1yioa2 A:13-28,49-56,108-144 1l5z d1l5za_ A:13-28,78-84,108-147 1qkk d1qkka_ A:13-28,29-35,108-143 1l5y d1l5yb_ B:213-228,229-235,308-344 1l5z d1l5za_ A:13-28,29-35,108-147 1qo0 d1qo0d_ D:22-36,54-59,111-161 1qo0 d1qo0d_ D:22-36,80-87,111-161 1yio d1yioa2 A:13-28,29-35,108-144 1qo0 d1qo0e_ E:22-36,54-59,111-161 1qo0 d1qo0d_ D:22-36,103-108,111-161 1qo0 d1qo0e_ E:22-36,80-87,111-161 1qo0 d1qo0e_ E:22-36,103-108,111-161 44. c.41.1 Subtilisin-like Subtilisin-like 3 layers: a/b/a, parallel beta-sheet of 7 strands, order 2314567; left-handed crossover connection between strands 2 & 3 2sbt d2sbta_ A:63-73,120-127,219-239 1p8j d1p8jb2 B:193-204,219-226,366-386 1p8j d1p8jd2 D:193-204,219-226,366-386 1p8j d1p8ja2 A:193-204,219-226,366-386 1p8j d1p8jf2 F:193-204,219-226,366-386 1p8j d1p8jg2 G:193-204,219-226,366-386 1p8j d1p8jh2 H:193-204,219-226,366-386 1p8j d1p8jc2 C:193-204,219-226,366-386 1p8j d1p8je2 E:193-204,219-226,366-386 1p8j d1p8jb2 B:193-204,248-253,366-386 1p8j d1p8jf2 F:193-204,248-253,366-386 1p8j d1p8jd2 D:193-204,248-253,366-386 1p8j d1p8jg2 G:193-204,248-253,366-386 1p8j d1p8jc2 C:193-204,248-253,366-386 1p8j d1p8ja2 A:193-204,248-253,366-386 1p8j d1p8jh2 H:193-204,248-253,366-386 1p8j d1p8je2 E:193-204,248-253,366-386 1r64 d1r64b2 B:211-223,238-245,383-403 2id4 d2id4a2 A:211-223,238-245,383-403 2id4 d2id4b2 B:211-223,238-245,383-403 1ot5 d1ot5b2 B:211-223,238-245,383-403 1spb d1spbs_ S:62-86,120-125,219-239 1gns d1gnsa_ A:62-86,120-125,219-239 1suc d1suca_ A:62-86,120-125,219-239 1sua d1suaa_ A:62-86,120-125,219-239 1gnv d1gnva_ A:62-86,120-125,219-239 2id4 d2id4b2 B:211-223,267-272,383-403 2id4 d2id4a2 A:211-223,267-272,383-403 1ot5 d1ot5b2 B:211-223,267-272,383-403 1sue d1suea_ A:62-86,120-125,219-239 1r64 d1r64b2 B:211-223,267-272,383-403 1dui d1duia_ A:62-86,120-125,219-239 1gns d1gnsa_ A:62-86,88-95,219-239 1suc d1suca_ A:62-86,88-95,219-239 1spb d1spbs_ S:62-86,88-95,219-239 1sue d1suea_ A:62-86,88-95,219-239 1gtl d1gtl2_ 2:74-91,123-128,276-296 1gtl d1gtl1_ 1:74-91,123-128,276-296 1t1g d1t1ga_ A:74-91,123-128,276-296 1c9j d1c9ja_ A:62-74,120-125,219-239 2sbt d2sbta_ A:63-73,147-153,219-239 1mpt d1mpta_ A:62-74,120-125,219-239 1t1i d1t1ia_ A:74-91,123-129,276-296 1dui d1duia_ A:62-86,88-95,219-239 1gt9 d1gt92_ 2:74-91,123-128,276-296 1gtj d1gtj2_ 2:74-91,123-128,276-296 1sua d1suaa_ A:62-86,88-95,219-239 1st3 d1st3a_ A:60-72,118-123,213-233 1gt9 d1gt91_ 1:74-91,123-128,276-296 1sup d1supa_ A:62-74,120-125,219-239 1t1e d1t1ea1 A:263-280,312-317,465-485 1gnv d1gnva_ A:62-86,88-95,219-239 1gtj d1gtj1_ 1:74-91,123-128,276-296 1bh6 d1bh6a_ A:62-74,120-125,219-239 2st1 d2st1a_ A:62-74,120-125,219-239 1sio d1sioa_ A:74-91,123-128,276-296 1tk2 d1tk2a_ A:62-74,120-125,219-239 1wsd d1wsda_ A:62-74,120-125,219-239 1gtg d1gtg1_ 1:74-91,123-128,276-296 1r6v d1r6va_ A:206-218,270-275,388-407 1jea d1jeaa_ A:62-74,120-125,219-239 1gci d1gcia_ A:62-74,120-125,219-239 1sio d1siob_ B:74-91,123-128,276-296 1af4 d1af4a_ A:62-74,120-125,219-239 1dbi d1dbia_ A:70-82,129-134,224-243 1a2q d1a2qa_ A:62-74,120-125,219-239 1ndq d1ndqa_ A:62-74,120-125,219-239 1svn d1svna_ A:62-74,120-125,219-239 1sud d1suda_ A:62-74,120-125,219-239 1yjc d1yjca_ A:62-74,120-125,219-239 1ndu d1ndua_ A:62-74,120-125,219-239 1v5i d1v5ia1 A:62-74,120-125,219-239 1s02 d1s02a_ A:62-74,120-125,219-239 1thm d1thma_ A:69-81,128-133,223-242 1aqn d1aqna_ A:62-74,120-125,219-239 1be8 d1be8a_ A:62-74,120-125,219-239 1be6 d1be6a_ A:62-74,120-125,219-239 1sn7 d1sn7a_ A:74-91,123-128,276-296 1ubn d1ubna_ A:62-74,120-125,219-239 1sbi d1sbia_ A:62-74,120-125,219-239 1au9 d1au9a_ A:62-74,120-125,219-239 1scj d1scja_ A:62-74,120-125,219-239 1c3l d1c3la_ A:62-74,120-125,219-239 1s01 d1s01a_ A:62-74,120-125,219-239 1sbc d1sbca_ A:62-74,120-125,219-239 1ak9 d1ak9a_ A:62-74,120-125,219-239 1bfu d1bfua_ A:62-74,120-125,219-239 1sub d1suba_ A:62-74,120-125,219-239 1pek d1peke_ E:67-79,124-132,222-241 1bfk d1bfka_ A:62-74,120-125,219-239 1sio d1sioc_ C:74-91,123-128,276-296 1yja d1yjaa_ A:62-74,120-125,219-239 1vsb d1vsba_ A:62-74,120-125,219-239 1yjb d1yjba_ A:62-74,120-125,219-239 1scb d1scba_ A:62-74,120-125,219-239 1sbh d1sbha_ A:62-74,120-125,219-239 1scn d1scne_ E:62-74,120-125,219-239 1scd d1scda_ A:62-74,120-125,219-239 1sca d1scaa_ A:62-74,120-125,219-239 1siu d1siua_ A:74-91,123-128,276-296 2v8b d2v8ba1 A:67-79,125-132,222-241 1kdz d1kdza_ A:38-53,58-64,74-93 2g4v d2g4va1 A:67-79,125-132,222-241 1pfg d1pfga_ A:67-79,125-132,222-241 3dyb d3dyba1 A:67-79,124-132,222-241 1egq d1egqa_ A:67-79,124-132,222-241 1cnm d1cnma_ A:67-79,124-132,222-241 1oyo d1oyoa_ A:67-79,124-132,222-241 1ga4 d1ga4a_ A:38-53,58-64,74-93 1pj8 d1pj8a_ A:67-79,124-132,222-241 1p7w d1p7wa_ A:67-79,124-132,222-241 1p7v d1p7va_ A:67-79,124-132,222-241 3prk d3prke_ E:67-79,124-132,222-241 2dqk d2dqka1 A:67-79,124-132,222-241 1ah2 d1ah2a_ A:60-72,118-123,213-233 2pwa d2pwaa1 A:67-79,124-132,222-241 1ht3 d1ht3a_ A:67-79,124-132,222-241 1ic6 d1ic6a_ A:67-79,124-132,222-241 2hd4 d2hd4a1 A:67-79,124-132,222-241 3bx1 d3bx1b1 B:62-74,120-125,220-239 1ptk d1ptka_ A:67-79,124-132,222-241 1kdv d1kdva_ A:38-53,58-64,74-93 2pwb d2pwba1 A:67-79,124-132,222-241 2pq2 d2pq2a1 A:67-79,124-132,222-241 1ga6 d1ga6a_ A:38-53,58-64,74-93 2duj d2duja1 A:67-79,124-132,222-241 2id8 d2id8a1 A:67-79,124-132,222-241 2hpz d2hpza1 A:67-79,124-132,222-241 2pyz d2pyza1 A:67-79,124-132,222-241 1kdy d1kdya_ A:38-53,58-64,74-93 1gtl d1gtl2_ 2:74-91,93-100,276-296 2prk d2prka_ A:67-79,124-132,222-241 1mee d1meea_ A:62-74,120-125,220-239 2pkc d2pkca_ A:67-79,124-132,222-241 1ea7 d1ea7a_ A:69-81,133-139,248-268 1bjr d1bjre_ E:67-79,124-132,222-241 1oyv d1oyvb_ B:62-74,120-125,220-239 2sec d2sece_ E:62-74,120-125,220-239 2ixt d2ixta1 A:69-81,133-139,248-268 1r0r d1r0re_ E:62-74,120-125,220-239 2tec d2tece_ E:69-81,128-133,224-242 3tec d3tece_ E:69-81,128-133,224-242 3bx1 d3bx1a1 A:62-74,120-125,220-239 2ixt d2ixtb1 B:69-81,133-139,248-268 1cse d1csee_ E:62-74,120-125,220-239 3sic d3sice_ E:62-74,120-125,220-239 1gtl d1gtl1_ 1:74-91,93-100,276-296 1yu6 d1yu6b1 B:62-74,120-125,220-239 2sic d2sice_ E:62-74,120-125,220-239 1sbn d1sbne_ E:62-74,120-125,220-239 1tec d1tece_ E:69-81,128-133,224-242 1to1 d1to1e_ E:62-74,120-125,220-239 1oyv d1oyva_ A:62-74,120-125,220-239 1to2 d1to2e_ E:62-74,120-125,220-239 1tmg d1tmge_ E:62-74,120-125,220-239 1y33 d1y33e1 E:62-74,120-125,220-239 1y1k d1y1ke1 E:62-74,120-125,220-239 1iav d1iava_ A:62-74,120-125,221-239 1y3b d1y3be1 E:62-74,120-125,220-239 1y3f d1y3fe1 E:62-74,120-125,220-239 1tm5 d1tm5e_ E:62-74,120-125,220-239 1y34 d1y34e1 E:62-74,120-125,220-239 1tm7 d1tm7e_ E:62-74,120-125,220-239 1y48 d1y48e1 E:62-74,120-125,220-239 1y3c d1y3ce1 E:62-74,120-125,220-239 1y3d d1y3de1 E:62-74,120-125,220-239 1tm1 d1tm1e_ E:62-74,120-125,220-239 1tm4 d1tm4e_ E:62-74,120-125,220-239 2sni d2snie_ E:62-74,120-125,220-239 1gtj d1gtj2_ 2:74-91,93-100,276-296 5sic d5sice_ E:62-74,120-125,220-239 1q5p d1q5pa_ A:60-72,118-123,215-233 1tm3 d1tm3e_ E:62-74,120-125,220-239 1yu6 d1yu6a1 A:62-74,120-125,220-239 1t1e d1t1ea1 A:263-280,282-289,465-485 1c9m d1c9ma_ A:62-74,120-125,221-239 1y4a d1y4ae1 E:62-74,120-125,220-239 1v6c d1v6cb_ B:63-75,124-129,367-387 1gtj d1gtj1_ 1:74-91,93-100,276-296 1sio d1sioa_ A:74-91,93-100,276-296 1gt9 d1gt92_ 2:74-91,93-100,276-296 1gt9 d1gt91_ 1:74-91,93-100,276-296 1y4d d1y4de1 E:62-74,120-125,220-239 1lw6 d1lw6e_ E:62-74,120-125,220-239 1sib d1sibe_ E:62-74,120-125,220-239 2dp4 d2dp4e1 E:67-79,125-132,223-241 1v6c d1v6ca_ A:63-75,124-129,367-387 1c9n d1c9na_ A:62-74,120-125,221-239 1t1g d1t1ga_ A:74-91,93-100,276-296 1sbt d1sbta_ A:62-74,120-125,219-239 1p8j d1p8ja2 A:193-204,287-293,366-386 1p8j d1p8jh2 H:193-204,287-293,366-386 1t1i d1t1ia_ A:74-91,93-100,276-296 1spb d1spbs_ S:62-86,147-153,219-239 1sio d1siob_ B:74-91,93-100,276-296 1gtg d1gtg1_ 1:74-91,93-100,276-296 1sel d1sela_ A:62-74,120-125,221-239 1st2 d1st2a_ A:62-74,119-126,222-239 3vsb d3vsba_ A:62-74,120-125,221-239 1avt d1avta_ A:62-74,120-125,221-239 1sel d1selb_ B:62-74,120-125,221-239 1gns d1gnsa_ A:62-86,147-153,219-239 1ke1 d1ke1a_ A:74-93,128-133,285-305 1ga1 d1ga1a_ A:74-93,128-133,285-305 1nlu d1nlua_ A:74-93,128-133,285-305 1suc d1suca_ A:62-86,147-153,219-239 1sn7 d1sn7a_ A:74-91,93-100,276-296 1kdz d1kdza_ A:74-93,128-133,285-305 1kdy d1kdya_ A:74-93,128-133,285-305 1kdv d1kdva_ A:74-93,128-133,285-305 1dui d1duia_ A:62-86,147-153,219-239 1ke2 d1ke2a_ A:74-93,128-133,285-305 1ga4 d1ga4a_ A:74-93,128-133,285-305 1sio d1sioc_ C:74-91,93-100,276-296 1av7 d1av7a_ A:62-74,120-125,221-239 1ga6 d1ga6a_ A:74-93,128-133,285-305 1sue d1suea_ A:62-86,147-153,219-239 1siu d1siua_ A:74-91,93-100,276-296 1ot5 d1ot5a2 A:208-223,267-272,383-403 1r64 d1r64a2 A:208-223,267-272,383-403 1st2 d1st2a_ A:62-74,88-95,222-239 1gt9 d1gt92_ 2:74-91,156-162,276-296 1sn7 d1sn7a_ A:74-91,156-162,276-296 1wmd d1wmda2 A:66-78,124-129,253-277 1wme d1wmea2 A:66-78,124-129,253-277 1gt9 d1gt92_ 2:38-50,55-61,74-91 1t1i d1t1ia_ A:38-50,55-61,74-91 1gtg d1gtg1_ 1:38-50,55-61,74-91 1gt9 d1gt91_ 1:38-50,55-61,74-91 1sio d1sioa_ A:38-50,55-61,74-91 1siu d1siua_ A:74-91,156-162,276-296 1sio d1siob_ B:38-50,55-61,74-91 1t1g d1t1ga_ A:38-50,55-61,74-91 1t1e d1t1ea1 A:227-239,244-250,263-280 1sio d1sioc_ C:38-50,55-61,74-91 1gtj d1gtj2_ 2:38-50,55-61,74-91 1gtl d1gtl1_ 1:38-50,55-61,74-91 1gtj d1gtj1_ 1:38-50,55-61,74-91 1siu d1siua_ A:38-50,55-61,74-91 1bh6 d1bh6a_ A:62-74,147-153,219-239 1be6 d1be6a_ A:62-74,147-153,219-239 1sup d1supa_ A:62-74,147-153,219-239 1gtl d1gtl2_ 2:38-50,55-61,74-91 1bfk d1bfka_ A:62-74,147-153,219-239 1v5i d1v5ia1 A:62-74,147-153,219-239 1be8 d1be8a_ A:62-74,147-153,219-239 1aqn d1aqna_ A:62-74,147-153,219-239 1bfu d1bfua_ A:62-74,147-153,219-239 1ak9 d1ak9a_ A:62-74,147-153,219-239 1af4 d1af4a_ A:62-74,147-153,219-239 1dbi d1dbia_ A:70-82,156-162,224-243 1yjc d1yjca_ A:62-74,147-153,219-239 1s01 d1s01a_ A:62-74,147-153,219-239 1wmf d1wmfa2 A:66-78,124-129,256-277 1st2 d1st2a_ A:62-74,148-153,222-239 1oyv d1oyvb_ B:62-74,147-153,220-239 1kdy d1kdya_ A:74-93,162-168,285-305 1ga1 d1ga1a_ A:74-93,162-168,285-305 1avt d1avta_ A:62-74,147-153,221-239 1nlu d1nlua_ A:74-93,162-168,285-305 1to2 d1to2e_ E:62-74,147-153,220-239 1y48 d1y48e1 E:62-74,147-153,220-239 1tmg d1tmge_ E:62-74,147-153,220-239 1y3f d1y3fe1 E:62-74,147-153,220-239 1y3c d1y3ce1 E:62-74,147-153,220-239 2sec d2sece_ E:62-74,147-153,220-239 1y34 d1y34e1 E:62-74,147-153,220-239 1tm4 d1tm4e_ E:62-74,147-153,220-239 1tm1 d1tm1e_ E:62-74,147-153,220-239 1to1 d1to1e_ E:62-74,147-153,220-239 1kdv d1kdva_ A:74-93,162-168,285-305 1y1k d1y1ke1 E:62-74,147-153,220-239 1y3b d1y3be1 E:62-74,147-153,220-239 1tm7 d1tm7e_ E:62-74,147-153,220-239 1r0r d1r0re_ E:62-74,147-153,220-239 1y33 d1y33e1 E:62-74,147-153,220-239 1tm3 d1tm3e_ E:62-74,147-153,220-239 1ke2 d1ke2a_ A:74-93,162-168,285-305 1y4a d1y4ae1 E:62-74,147-153,220-239 1ga4 d1ga4a_ A:74-93,162-168,285-305 1tm5 d1tm5e_ E:62-74,147-153,220-239 1oyv d1oyva_ A:62-74,147-153,220-239 1ga6 d1ga6a_ A:74-93,162-168,285-305 1yu6 d1yu6b1 B:62-74,147-153,220-239 1cse d1csee_ E:62-74,197-201,220-239 1yu6 d1yu6a1 A:62-74,147-153,220-239 1sbn d1sbne_ E:62-74,147-153,220-239 1ke1 d1ke1a_ A:74-93,97-105,285-305 1nlu d1nlua_ A:74-93,97-105,285-305 1kdz d1kdza_ A:74-93,97-105,285-305 1ga4 d1ga4a_ A:74-93,97-105,285-305 1ga1 d1ga1a_ A:74-93,97-105,285-305 1kdy d1kdya_ A:74-93,97-105,285-305 1kdv d1kdva_ A:74-93,97-105,285-305 1ga6 d1ga6a_ A:74-93,97-105,285-305 1ke2 d1ke2a_ A:74-93,97-105,285-305 1ke1 d1ke1a_ A:38-53,58-65,74-93 1wmf d1wmfa2 A:66-78,90-99,256-277 45. d.106.1 SCP-like SCP-like alpha-beta(3)-(crossover)-beta-(alpha)-beta; 3 layers: a/b/a; antiparallel beta-sheet of 5 strands; order: 32145 2nsf d2nsfa2 A:162-181,185-192,211-221 2nsg d2nsga2 A:162-181,185-192,211-221 2cfu d2cfua1 A:539-551,581-588,629-640 1c44 d1c44a_ A:7-24,32-41,76-86 2cfz d2cfza1 A:539-551,581-588,629-640 2cg3 d2cg3a1 A:539-551,581-588,629-641 2cg2 d2cg2a1 A:539-551,581-588,629-641 1qnd d1qnda_ A:7-24,32-41,76-86 2c0l d2c0lb1 B:27-44,52-61,96-106 2i00 d2i00a1 A:301-309,317-323,358-368 2i00 d2i00d1 D:301-309,317-323,358-368 1pz4 d1pz4a_ A:3-19,27-37,67-77 2i00 d2i00f1 F:301-309,317-323,358-368 2i00 d2i00c1 C:301-309,317-323,358-368 2i00 d2i00b1 B:301-309,317-324,358-368 2i00 d2i00e1 E:301-309,317-324,358-368 1ikt d1ikta_ A:6-23,31-41,75-85 2hv2 d2hv2f1 F:287-295,302-310,349-359 2hv2 d2hv2b1 B:287-295,302-310,349-359 2hv2 d2hv2e1 E:287-295,302-310,349-359 2ozg d2ozga1 A:291-300,306-315,347-357 2hv2 d2hv2a1 A:287-295,302-310,349-359 2hv2 d2hv2c1 C:287-295,302-310,349-359 2hv2 d2hv2d1 D:287-295,302-310,349-359 2cg2 d2cg2a1 A:539-551,560-569,601-611 2cg3 d2cg3a1 A:539-551,560-569,601-611 2cfz d2cfza1 A:539-551,560-569,601-611 2cfu d2cfua1 A:539-551,560-569,601-611 46. c.106.1 SurE-like some topological similarity to the N-terminal domain of Glutaminase/Asparaginase family ! SurE-like 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 9 strands, order 342156798; strands 3, 8 and 9 are antiparallel to the rest; left-handed crossover connection between strands 6 and 7 1j9j d1j9jb_ B:13-27,88-97,135-150 1j9j d1j9ja_ A:13-27,88-97,135-150 1j9l d1j9lb_ B:13-27,88-97,135-150 1j9l d1j9la_ A:13-27,88-97,135-150 1j9k d1j9kb_ B:13-27,88-97,135-150 1ilv d1ilva_ A:13-27,88-97,135-150 1j9k d1j9ka_ A:13-27,88-97,135-150 1l5x d1l5xb_ B:13-27,86-95,138-160 1l5x d1l5xa_ A:13-27,86-95,138-160 1j9j d1j9ja_ A:13-27,122-129,135-150 1j9l d1j9la_ A:13-27,122-129,135-150 1l5x d1l5xb_ B:13-27,121-129,138-160 1l5x d1l5xa_ A:13-27,121-129,138-160 1j9j d1j9jb_ B:13-27,122-130,135-150 1j9l d1j9lb_ B:13-27,122-130,135-150 1j9k d1j9kb_ B:13-27,122-130,135-150 1ilv d1ilva_ A:13-27,122-130,135-150 1j9k d1j9ka_ A:13-27,122-130,135-150 1ilv d1ilvb_ B:13-27,88-93,135-151 1ilv d1ilvb_ B:13-27,122-130,135-151 51. c.111.1 Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins transfer adenylyl group to the C-terminal carboxyl group of the ubiquitin and MoaD/ThiS-related proteins ! the ATP nucleotide-binding site is similar to that of the NAD-binding Rossmann-folds ! Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 8 strands, order 32145678; strands 6 and 8 are antiparallel to the rest 3dbl d3dblb1 B:57-71,139-144,292-313 3dbl d3dblh1 H:57-71,139-144,292-313 1r4n d1r4nf_ F:56-71,139-144,292-313 1r4n d1r4nh_ H:56-71,139-144,292-313 1r4n d1r4nd_ D:56-71,139-144,292-313 1r4n d1r4nb_ B:56-71,139-144,292-313 2nvu d2nvub1 B:2056-2071,2139-2144,2292-2313 1r4m d1r4mb_ B:57-71,139-144,292-313 1r4m d1r4mf_ F:57-71,139-144,292-313 1r4m d1r4mh_ H:57-71,139-144,292-313 1r4m d1r4md_ D:57-71,139-144,292-313 1tt5 d1tt5b_ B:57-71,139-144,292-313 3dbl d3dblf1 F:56-71,139-144,292-313 3dbl d3dbld1 D:57-71,139-144,292-313 1tt5 d1tt5d_ D:57-71,139-144,292-313 1yov d1yovb1 B:56-71,139-144,292-313 1yov d1yovd1 D:57-71,139-144,292-313 1jw9 d1jw9b_ B:40-54,123-128,193-214 1jwb d1jwbb_ B:40-54,123-128,193-214 1jwa d1jwab_ B:39-54,123-128,193-214 3dbl d3dbla1 A:39-53,124-130,490-511 3dbr d3dbrc1 C:39-53,124-130,490-511 1tt5 d1tt5c_ C:39-53,124-130,490-511 1yov d1yova1 A:39-53,124-130,490-511 1r4n d1r4na_ A:39-53,124-130,490-511 1tt5 d1tt5a_ A:39-53,124-130,490-511 1r4n d1r4ng_ G:39-53,124-130,490-511 1r4n d1r4ne_ E:39-53,124-130,490-511 1r4n d1r4nc_ C:39-53,124-130,490-511 3dbh d3dbhc1 C:39-53,124-130,490-511 3dbh d3dbhg1 G:39-53,124-130,490-511 3dbl d3dblg1 G:39-53,124-130,490-511 1r4m d1r4mg_ G:39-53,124-130,490-511 3dbr d3dbra1 A:39-53,124-130,490-511 1r4m d1r4mc_ C:39-53,124-130,490-511 1r4m d1r4me_ E:39-53,124-130,490-511 1r4m d1r4ma_ A:39-53,124-130,490-511 3dbr d3dbre1 E:39-53,124-130,490-511 3dbl d3dble1 E:39-53,124-130,490-511 3dbr d3dbrg1 G:39-53,124-130,490-511 1yov d1yovc1 C:39-53,124-130,490-511 3dbl d3dblc1 C:39-53,124-130,490-511 2nvu d2nvua1 A:39-53,124-130,490-511 3dbh d3dbhe1 E:39-53,124-130,490-511 3dbh d3dbha1 A:39-53,124-130,490-511 1r4n d1r4nf_ F:56-71,175-184,292-313 1r4n d1r4nh_ H:56-71,175-184,292-313 1r4n d1r4nb_ B:56-71,175-184,292-313 1r4n d1r4nd_ D:56-71,175-184,292-313 3dbl d3dblh1 H:57-71,175-184,292-313 3dbl d3dblb1 B:57-71,175-184,292-313 1tt5 d1tt5b_ B:57-71,175-184,292-313 1tt5 d1tt5d_ D:57-71,175-184,292-313 3dbl d3dbld1 D:57-71,175-184,292-313 2nvu d2nvub1 B:2056-2071,2175-2184,2292-2313 3dbl d3dblf1 F:56-71,176-184,292-313 1yov d1yovb1 B:56-71,175-184,292-313 1r4m d1r4mb_ B:57-71,176-184,292-313 1r4m d1r4mf_ F:57-71,176-184,292-313 1r4m d1r4md_ D:57-71,176-184,292-313 1r4m d1r4mh_ H:57-71,176-184,292-313 1yov d1yovd1 D:57-71,176-184,292-313 1yov d1yovc1 C:39-53,149-157,490-511 1tt5 d1tt5c_ C:39-53,149-157,490-511 1tt5 d1tt5a_ A:39-53,149-157,490-511 1yov d1yova1 A:39-53,149-157,490-511 3dbl d3dbla1 A:39-53,149-157,490-511 3dbr d3dbrg1 G:39-53,149-157,490-511 1jwb d1jwbb_ B:40-54,148-156,193-214 1r4m d1r4mg_ G:39-53,149-157,490-511 1r4m d1r4mc_ C:39-53,149-157,490-511 1r4n d1r4na_ A:39-53,149-157,490-511 1r4m d1r4ma_ A:39-53,149-157,490-511 1r4n d1r4nc_ C:39-53,149-157,490-511 3dbh d3dbhc1 C:39-53,149-157,490-511 1r4m d1r4me_ E:39-53,149-157,490-511 3dbh 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A:551-575,582-587,591-610 1t3a d1t3aa_ A:96-110,180-186,204-222 3d3x d3d3xa1 A:96-110,180-186,204-222 1pwp d1pwpb2 B:551-575,582-587,591-610 1f82 d1f82a_ A:101-115,156-162,222-240 1t3c d1t3ca_ A:96-110,180-186,204-222 3d3x d3d3xb1 B:96-110,180-186,204-222 1s0d d1s0da3 A:101-115,156-162,222-240 1f31 d1f31a3 A:101-115,189-195,222-240 1pwq d1pwqb2 B:551-575,582-587,591-610 2etf d2etfb1 B:101-115,189-195,222-240 2etf d2etfa1 A:101-115,189-195,222-240 2np0 d2np0a3 A:101-115,189-195,222-240 1g9c d1g9ca3 A:101-115,189-195,222-240 1umt d1umta_ A:109-129,141-147,194-208 1f82 d1f82a_ A:101-115,189-195,222-240 1epw d1epwa3 A:101-115,189-195,222-240 1s0b d1s0ba3 A:101-115,189-195,222-240 1g9d d1g9da3 A:101-115,189-195,222-240 1s0e d1s0ea3 A:101-115,189-195,222-240 1g9a d1g9aa3 A:101-115,189-195,222-240 1i1e d1i1ea3 A:101-115,189-195,222-240 1s0f d1s0fa3 A:101-115,189-195,222-240 1s0c d1s0ca3 A:101-115,189-195,222-240 1g9b d1g9ba3 A:101-115,189-195,222-240 1s0g d1s0ga3 A:101-115,189-195,222-240 2ima d2imab1 B:101-115,183-188,216-234 1s0d d1s0da3 A:101-115,189-195,222-240 2ilp d2ilpb1 B:101-115,183-188,216-234 2ilp d2ilpa1 A:101-115,183-188,216-234 1xtg d1xtga_ A:101-115,183-188,216-234 2imc d2imcb1 B:101-115,183-188,216-234 3boo d3booa1 A:101-115,183-188,216-234 2ima d2imaa1 A:101-115,183-188,216-234 1xtf d1xtfb_ B:529-543,611-616,644-662 3bok d3boka1 A:101-115,183-188,216-234 2imb d2imbb1 B:101-115,183-188,216-234 1xtf d1xtfa_ A:101-115,183-188,216-234 3bon d3bona1 A:101-115,183-188,216-234 2imc d2imca1 A:101-115,183-188,216-234 1pww d1pwwa1 A:67-78,126-132,140-164 3bta d3btaa3 A:100-114,182-187,215-233 2imb d2imba1 A:101-115,183-188,216-234 1jiz d1jiza_ A:112-126,126-131,152-164 1jiz d1jizb_ B:112-126,126-131,152-164 1umt d1umta_ A:109-129,175-181,194-208 1e1h d1e1h.2 C:100-114,182-187,215-233 1e1h d1e1h.1 A:100-114,182-187,215-233 1oz9 d1oz9a_ A:21-37,40-48,104-122 1k9x d1k9xc_ C:208-224,230-234,259-280 1oo9 d1oo9a_ A:109-129,141-147,194-208 1k9x d1k9xa_ A:208-224,230-234,259-280 1uea d1ueaa_ A:109-129,141-147,194-208 1j7n d1j7na1 A:67-78,126-132,140-164 1xm5 d1xm5b_ B:2020-2032,2039-2047,2103-2121 1k9x d1k9xd_ D:208-224,230-234,259-280 1u4g d1u4ga_ A:71-92,99-105,134-152 1eub d1euba_ A:130-150,162-169,215-230 1xm5 d1xm5c_ C:3020-3032,3039-3047,3103-3121 3ayk d3ayka_ A:26-46,58-64,111-125 1ums d1umsa_ A:109-129,175-182,194-208 4ayk d4ayka_ A:26-46,58-64,111-125 1bqq d1bqqm_ M:136-156,176-182,232-246 1buv d1buvm_ M:136-156,176-182,232-246 1xm5 d1xm5d_ D:4020-4033,4039-4047,4103-4121 1iab d1iaba_ A:23-42,53-60,86-99 1ums d1umsa_ A:109-129,141-148,194-208 1k9x d1k9xb_ B:208-224,230-234,259-280 1u4g d1u4ga_ A:71-92,118-123,134-152 1ka4 d1ka4a_ A:208-224,230-234,259-280 1iaa d1iaaa_ A:23-42,53-60,86-99 1iae d1iaea_ A:23-42,53-60,86-99 1iad d1iada_ A:23-42,53-60,86-99 2ayk d2ayka_ A:26-46,58-64,111-125 1qjj d1qjja_ A:23-42,53-60,86-99 1iac d1iaca_ A:23-42,53-60,86-99 1ka2 d1ka2a_ A:208-224,230-234,259-280 1ast d1asta_ A:23-42,53-60,86-99 1ayk d1ayka_ A:26-46,58-64,111-125 1pww d1pwwa2 A:551-575,582-587,591-611 2ow0 d2ow0a1 A:133-153,165-171,394-408 830c d830ca_ A:130-150,162-168,215-229 2ozr d2ozrc1 C:109-129,141-147,194-208 2ozr d2ozrf1 F:109-129,141-147,194-208 2ozr d2ozrg1 G:109-129,141-147,194-208 1l3f d1l3fe_ E:64-89,118-123,136-154 1hv5 d1hv5b_ B:126-146,158-164,212-226 1qji d1qjia_ A:23-42,53-60,86-99 1ztq d1ztqc1 C:105-125,137-143,190-204 2g4z d2g4za1 A:64-89,118-123,136-154 2srt d2srta_ A:109-129,141-147,194-208 1ezm d1ezma_ A:71-92,118-123,134-152 1c7k d1c7ka_ A:14-29,62-68,76-90 1jky d1jkya2 A:611-626,663-670,679-701 1zxv d1zxvb1 B:67-78,126-133,140-164 1tlp d1tlpe_ E:64-89,118-123,136-154 1lnd d1lnde_ E:64-89,118-123,136-154 7tln d7tlna_ A:64-89,118-123,136-154 1kuh d1kuha_ A:14-29,62-68,76-90 1zxv d1zxvb2 B:551-575,582-587,591-611 1os9 d1os9b_ B:126-146,192-199,211-225 1pwv d1pwva2 A:551-575,582-587,591-611 1kjo d1kjoa_ A:64-89,118-123,136-154 1kei d1keia_ A:64-89,118-123,136-154 1lnc d1lnce_ 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d1atla_ A:25-48,48-59,132-149 3b7r d3b7rl3 L:223-235,255-261,287-306 1dth d1dthb_ B:25-48,48-59,132-149 1hs6 d1hs6a3 A:223-235,255-261,287-306 1ge5 d1ge5a_ A:6-35,71-75,110-122 1pwq d1pwqb1 B:51-67,79-85,140-164 1htd d1htdb_ B:25-48,48-59,132-149 1pwv d1pwva1 A:51-67,78-85,140-164 1pww d1pwwa1 A:51-67,79-85,140-164 1dth d1dtha_ A:25-48,48-59,132-149 1bsw d1bswa_ A:25-48,48-59,132-149 1srp d1srpa2 A:82-101,114-124,167-183 1bud d1buda_ A:25-48,48-59,132-149 1qua d1quaa_ A:25-48,48-59,132-149 1sat d1sata2 A:82-101,114-124,167-183 1jky d1jkya1 A:51-67,80-85,140-164 1af0 d1af0a2 A:82-101,114-124,167-183 1g12 d1g12a_ A:6-35,71-75,110-123 1pwp d1pwpb2 B:591-610,627-633,679-702 1pwq d1pwqb2 B:591-610,627-633,679-702 1ge7 d1ge7a_ A:6-35,71-75,110-123 1pwv d1pwvb2 B:591-610,627-633,679-702 1lml d1lmla_ A:273-281,282-287,355-366 1pww d1pwwb2 B:591-610,627-633,679-702 1yqy d1yqya1 A:591-610,627-633,679-702 1pwp d1pwpb2 B:591-610,663-670,679-702 1pwu d1pwua1 A:51-67,78-85,140-164 1pwv d1pwvb2 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3bon d3bona1 A:80-102,150-157,216-234 1e1h d1e1h.1 A:79-101,149-156,215-233 2ilp d2ilpb1 B:80-102,150-157,216-234 1pwv d1pwva2 A:591-611,627-633,679-702 3boo d3booa1 A:80-102,150-157,216-234 1t3a d1t3ab_ B:75-97,146-153,204-222 1xtf d1xtfb_ B:508-530,578-585,644-662 2ima d2imab1 B:80-102,150-157,216-234 1zxv d1zxvb2 B:591-611,663-670,679-702 1pwu d1pwua2 A:591-611,627-633,679-702 1xtf d1xtfa_ A:80-102,150-157,216-234 1j7n d1j7na2 A:591-611,627-633,679-702 1pwv d1pwva2 A:591-611,663-670,679-702 2imc d2imca1 A:80-102,150-157,216-234 3bta d3btaa3 A:79-101,149-156,215-233 3d3x d3d3xb1 B:75-97,146-153,204-222 1zxv d1zxva2 A:591-611,627-633,679-702 1j7n d1j7nb2 B:591-611,627-633,679-701 1pwu d1pwub2 B:591-611,663-670,679-702 1s0f d1s0fa3 A:80-102,156-163,222-240 1pwp d1pwpa2 A:591-611,663-670,679-702 1xtg d1xtga_ A:80-102,150-157,216-234 2imc d2imcb1 B:80-102,150-157,216-234 1pww d1pwwa2 A:591-611,663-670,679-702 1i1e d1i1ea3 A:80-102,156-163,222-240 1s0e d1s0ea3 A:80-102,156-163,222-240 1s0b d1s0ba3 A:80-102,156-163,222-240 1g9a d1g9aa3 A:80-102,156-163,222-240 1g9b d1g9ba3 A:80-102,156-163,222-240 2np0 d2np0a3 A:80-102,156-163,222-240 1s0c d1s0ca3 A:80-102,156-163,222-240 2imb d2imba1 A:80-102,150-157,216-234 2imb d2imbb1 B:80-102,150-157,216-234 1j7n d1j7nb2 B:591-611,663-670,679-701 1f31 d1f31a3 A:80-102,156-163,222-240 1j7n d1j7na2 A:591-611,663-670,679-702 1hs6 d1hs6a3 A:223-235,274-279,287-306 1pwu d1pwua2 A:591-611,663-670,679-702 1s0g d1s0ga3 A:80-102,156-163,222-240 3b7r d3b7rl3 L:223-235,274-279,287-306 1zxv d1zxva2 A:591-611,663-670,679-702 1g9d d1g9da3 A:80-102,156-163,222-240 1epw d1epwa3 A:80-102,156-163,222-240 1ge7 d1ge7a_ A:6-35,71-75,97-104 1ge5 d1ge5a_ A:6-35,71-75,97-104 1g12 d1g12a_ A:6-35,71-75,97-104 1ge6 d1ge6a_ A:6-35,71-75,97-104 2z2d d2z2da1 A:126-146,147-152,251-263 2ima d2imaa1 A:80-102,183-188,216-234 3bok d3boka1 A:80-102,183-188,216-234 1e1h d1e1h.2 C:79-101,182-187,215-233 2ilp d2ilpa1 A:80-102,183-188,216-234 1xtg d1xtga_ A:80-102,183-188,216-234 1e1h d1e1h.1 A:79-101,182-187,215-233 1xtf d1xtfb_ B:508-530,611-616,644-662 1xtf d1xtfa_ A:80-102,183-188,216-234 2imc d2imca1 A:80-102,183-188,216-234 2imb d2imba1 A:80-102,183-188,216-234 2imb d2imbb1 B:80-102,183-188,216-234 1jky d1jkya2 A:590-611,627-633,679-701 1ge7 d1ge7b_ B:6-35,71-80,110-123 1jky d1jkya2 A:590-611,663-670,679-701 54. d.50.3 YcfA/nrd intein domain dsRBD-like alpha-beta(3)-alpha; 2 layers: alpha/beta 1whz d1whza_ A:6-18,36-43,49-61 1dq3 d1dq3a2 A:343-355,371-378,386-402 2hjj d2hjja1 A:13-25,46-54,58-68 1dq3 d1dq3a2 A:343-355,356-362,386-402 2hjj d2hjja1 A:13-25,26-33,58-68 55. d.218.1 Nucleotidyltransferase Nucleotidyltransferase core: alpha-beta-turn-beta-X-beta-(alpha); mixed beta-sheet, order of core strands: 123 1bpx d1bpxa4 A:275-290,290-295,315-324 3c2l d3c2la3 A:275-290,290-295,315-324 1bpz d1bpza4 A:275-290,290-295,315-324 9icp d9icpa4 A:275-290,290-295,315-324 3c2m d3c2ma3 A:275-290,290-295,315-324 7icf d7icfa4 A:275-290,290-295,315-324 1jn3 d1jn3a2 A:275-290,290-295,315-324 1zqv d1zqva2 A:275-290,290-295,315-324 2fms d2fmsa3 A:275-290,290-295,315-324 2van d2vana2 A:275-290,290-295,315-324 2fmq d2fmqa3 A:275-290,290-295,315-324 7icj d7icja4 A:275-290,290-295,315-324 7icp d7icpa4 A:275-290,290-295,315-324 1zjm d1zjma3 A:275-290,290-295,315-324 7icu d7icua4 A:275-290,290-295,315-324 7icn d7icna4 A:275-290,290-295,315-324 9ics d9icsa4 A:275-290,290-295,315-324 8icy d8icya4 A:275-290,290-295,315-324 2p66 d2p66a3 A:275-290,290-295,315-324 9icn d9icna4 A:275-290,290-295,315-324 2fmp d2fmpa3 A:275-290,290-295,315-324 3c2k d3c2ka3 A:275-290,290-295,315-324 7icl d7icla4 A:275-290,290-295,315-324 2pxi d2pxia3 A:275-290,290-295,315-324 2isp d2ispa3 A:275-290,290-295,315-324 7icg d7icga4 A:275-290,290-295,315-324 2bpf d2bpfa4 A:275-290,290-295,315-324 2bpc d2bpca2 A:275-290,290-295,315-324 9icr d9icra4 A:275-290,290-295,315-324 7icq d7icqa4 A:275-290,290-295,315-324 1mq2 d1mq2a3 A:275-290,290-295,315-324 2iso d2isoa3 A:275-290,290-295,315-324 1zjn d1zjna3 A:275-290,290-295,315-324 8ico d8icoa4 A:275-290,290-295,315-324 1tv9 d1tv9a3 A:275-290,290-295,315-324 9ict d9icta4 A:275-290,290-295,315-324 2i9g d2i9ga3 A:275-290,290-295,315-324 1nom d1noma2 A:275-290,290-295,315-324 9icg d9icga4 A:275-290,290-295,315-324 1rpl d1rpla2 A:275-290,290-295,315-324 8icq d8icqa4 A:275-290,290-295,315-324 1zqj d1zqja4 A:275-290,290-295,315-324 9icq d9icqa4 A:275-290,290-295,315-324 7ict d7icta4 A:275-290,290-295,315-324 7ice d7icea4 A:275-290,290-295,315-324 9ick d9icka4 A:275-290,290-295,315-324 1zqw d1zqwa2 A:275-290,290-295,315-324 1zqx d1zqxa2 A:275-290,290-295,315-324 7ick d7icka4 A:275-290,290-295,315-324 9icv d9icva4 A:275-290,290-295,315-324 8icz d8icza4 A:275-290,290-295,315-324 1zqr d1zqra4 A:275-290,290-295,315-324 9icl d9icla4 A:275-290,290-295,315-324 8icl d8icla4 A:275-290,290-295,315-324 7icm d7icma4 A:275-290,290-295,315-324 1huz d1huzb4 B:275-290,290-295,315-324 9icu d9icua4 A:275-290,290-295,315-324 7icv d7icva4 A:275-290,290-295,315-324 7icr d7icra4 A:275-290,290-295,315-324 8ici d8icia4 A:275-290,290-295,315-324 1bpb d1bpba2 A:275-290,290-295,315-324 7ici d7icia4 A:275-290,290-295,315-324 9icc d9icca4 A:275-290,290-295,315-324 8ick d8icka4 A:275-290,290-295,315-324 7ico d7icoa4 A:275-290,290-295,315-324 1zqb d1zqba4 A:275-290,290-295,315-324 1zqq d1zqqa4 A:275-290,290-295,315-324 1zqy d1zqya2 A:275-290,290-295,315-324 1zqn d1zqna4 A:275-290,290-295,315-324 8ict d8icta4 A:275-290,290-295,315-324 8icm d8icma4 A:275-290,290-295,315-324 9ich d9icha4 A:275-290,290-295,315-324 1bpy d1bpya4 A:275-290,290-295,315-324 1zqz d1zqza2 A:275-290,290-295,315-324 9icb d9icba4 A:275-290,290-295,315-324 8icx d8icxa4 A:275-290,290-295,315-324 9icm d9icma4 A:275-290,290-295,315-324 7ich d7icha4 A:275-290,290-295,315-324 8ice d8icea4 A:275-290,290-295,315-324 1zqp d1zqpa4 A:275-290,290-295,315-324 1mq3 d1mq3a3 A:275-290,290-295,315-324 1zqf d1zqfa4 A:275-290,290-295,315-324 8icc d8icca4 A:275-290,290-295,315-324 9ica d9icaa4 A:275-290,290-295,315-324 9ico d9icoa4 A:275-290,290-295,315-324 8icp d8icpa4 A:275-290,290-295,315-324 8icj d8icja4 A:275-290,290-295,315-324 1zqu d1zqua2 A:275-290,290-295,315-324 8icv d8icva4 A:275-290,290-295,315-324 9icx d9icxa4 A:275-290,290-295,315-324 7ics d7icsa4 A:275-290,290-295,315-324 2bpg d2bpgb4 B:275-290,290-295,315-324 9icf d9icfa4 A:275-290,290-295,315-324 9ice d9icea4 A:275-290,290-295,315-324 9icw d9icwa4 A:275-290,290-295,315-324 1zqe d1zqea4 A:275-290,290-295,315-324 1bpe d1bpea3 A:275-290,290-295,315-324 1zqo d1zqoa4 A:275-290,290-295,315-324 8icb d8icba4 A:275-290,290-295,315-324 8icu d8icua4 A:275-290,290-295,315-324 1tva d1tvaa3 A:275-290,290-295,315-324 1zql d1zqla4 A:275-290,290-295,315-324 1zqa d1zqaa4 A:275-290,290-295,315-324 1zqi d1zqia4 A:275-290,290-295,315-324 1zqs d1zqsa4 A:275-290,290-295,315-324 1huz d1huza4 A:275-290,290-295,315-324 8ica d8icaa4 A:275-290,290-295,315-324 9ici d9icia4 A:275-290,290-295,315-324 1huo d1huoa4 A:275-290,290-295,315-324 1zqm d1zqma4 A:275-290,290-295,315-324 8ics d8icsa4 A:275-290,290-295,315-324 1zqt d1zqta4 A:275-290,290-295,315-324 8icg d8icga4 A:275-290,290-295,315-324 1bpd d1bpda3 A:275-290,290-295,315-324 8icw d8icwa4 A:275-290,290-295,315-324 8icr d8icra4 A:275-290,290-295,315-324 1zqc d1zqca4 A:275-290,290-295,315-324 2bpg d2bpga4 A:275-290,290-295,315-324 8ich d8icha4 A:275-290,290-295,315-324 1zqk d1zqka4 A:275-290,290-295,315-324 1zqg d1zqga4 A:275-290,290-295,315-324 8icn d8icna4 A:275-290,290-295,315-324 1zqd d1zqda4 A:275-290,290-295,315-324 1zqh d1zqha4 A:275-290,290-295,315-324 1huo d1huob4 B:275-290,290-295,315-324 2pfn d2pfna3 A:509-524,524-529,555-564 8icf d8icfa4 A:275-290,290-295,315-324 2pfo d2pfoa3 A:509-524,524-529,555-564 2bcu d2bcua3 A:509-524,524-529,555-564 2pfp d2pfpa3 A:509-524,524-529,555-564 2bcs d2bcsa3 A:509-524,524-529,555-564 9icy d9icya4 A:275-290,290-295,315-324 1xsp d1xspa3 A:509-524,524-529,555-564 9icj d9icja4 A:275-290,290-295,315-324 1xsn d1xsna3 A:509-524,524-529,555-564 3c5f d3c5fa3 A:509-524,524-529,555-564 2bcq d2bcqa3 A:509-524,524-529,555-564 2bcr d2bcra3 A:509-524,524-529,555-564 3c5f d3c5fb3 B:509-524,524-529,555-564 1rzt d1rzta3 A:509-524,524-529,555-564 2bcv d2bcva3 A:509-524,524-529,555-564 1xsl d1xsli3 I:509-524,524-529,555-564 3c5g d3c5gb3 B:509-524,524-529,555-564 3c5g d3c5ga3 A:509-524,524-529,555-564 1rzt d1rzte3 E:509-524,524-529,555-564 1rzt d1rzti3 I:509-524,524-529,555-564 1xsl d1xslm3 M:509-524,524-529,555-564 1rzt d1rztm3 M:509-524,524-529,555-564 2gws d2gwse3 E:509-524,524-529,555-564 2gws d2gwsi3 I:509-524,524-529,555-564 1xsl d1xsla3 A:509-524,524-529,555-564 1xsl d1xsle3 E:509-524,524-529,555-564 2pfq d2pfqa3 A:509-524,524-529,555-564 2gws d2gwsm3 M:509-524,524-529,555-564 2gws d2gwsa3 A:509-524,524-529,555-564 1kdh d1kdha4 A:453-469,469-474,490-499 1jms d1jmsa4 A:453-469,469-474,490-499 1jqr d1jqra_ A:119-134,134-139,155-164 1kej d1keja4 A:453-469,469-474,490-499 1jaj d1jaja_ A:119-134,134-139,155-164 2b4v d2b4va2 A:167-175,213-222,223-236 2b4v d2b4va2 A:83-90,97-104,271-289 2bpg d2bpgb4 B:264-275,305-311,315-324 1tv9 d1tv9a3 A:261-274,305-311,315-324 1zqz d1zqza2 A:261-274,306-311,315-324 1zjn d1zjna3 A:264-274,305-311,315-324 2pxi d2pxia3 A:264-274,305-311,315-324 2iso d2isoa3 A:264-274,305-311,315-324 2fmq d2fmqa3 A:264-274,305-311,315-324 2isp d2ispa3 A:264-274,305-311,315-324 2van d2vana2 A:261-274,305-311,315-324 2fms d2fmsa3 A:264-274,305-311,315-324 3c2k d3c2ka3 A:264-274,305-311,315-324 1zjm d1zjma3 A:261-274,305-311,315-324 1nom d1noma2 A:261-274,306-311,315-324 2i9g d2i9ga3 A:261-274,305-311,315-324 1zqv d1zqva2 A:261-274,307-311,315-324 1rpl d1rpla2 A:261-274,306-311,315-324 1zqw d1zqwa2 A:261-274,307-311,315-324 1zqu d1zqua2 A:261-274,307-311,315-324 2bpg d2bpga4 A:264-274,305-311,315-324 1zqy d1zqya2 A:261-274,307-311,315-324 1mq3 d1mq3a3 A:275-290,305-311,315-324 1huz d1huza4 A:275-290,305-311,315-324 1xsp d1xspa3 A:495-508,546-551,555-564 2bcs d2bcsa3 A:495-508,546-551,555-564 2bcr d2bcra3 A:495-508,546-551,555-564 56. c.87.1 UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase consists of two non-similar domains with 3 layers (a/b/a) each ! domain 1: parallel beta-sheet of 7 strands, order 3214567 ! domain 2: parallel beta-sheet of 6 strands, order 321456 1rzu d1rzua_ A:305-320,367-372,426-444 1rzu d1rzub_ B:305-320,367-372,426-444 1rzv d1rzvb_ B:305-320,367-372,426-444 1rzv d1rzva_ A:305-320,367-372,426-444 1v4v d1v4vb_ B:210-229,295-300,320-335 1vgv d1vgvd_ D:9-27,88-94,360-373 1vgv d1vgvb_ B:219-237,303-308,328-343 1vgv d1vgvb_ B:16-27,112-117,360-373 1f0k d1f0kb_ B:18-34,98-104,341-356 1f6d d1f6dc_ C:219-237,303-308,328-343 1v4v d1v4va_ A:210-229,295-300,320-335 1o6c d1o6cb_ B:215-231,297-302,322-337 1psw d1pswa_ A:198-213,262-268,331-348 1v4v d1v4vb_ B:210-229,275-281,320-335 1f0k d1f0ka_ A:16-34,98-105,341-356 1o6c d1o6cb_ B:215-231,278-283,322-337 1f6d d1f6dd_ D:9-27,88-94,360-373 1vgv d1vgva_ A:219-237,303-308,328-343 2bfw d2bfwa1 A:264-279,330-335,379-393 1o6c d1o6ca_ A:216-231,278-283,322-337 1f6d d1f6db_ B:219-237,303-308,328-343 1vgv d1vgvd_ D:219-237,303-308,328-343 1vgv d1vgvc_ C:9-27,88-94,360-373 1f6d d1f6dc_ C:16-27,112-117,360-373 1rrv d1rrvb_ B:10-28,96-102,386-400 1f6d d1f6dd_ D:219-237,303-308,328-343 2nzw d2nzwa1 A:192-207,233-239,286-301 1vgv d1vgvc_ C:219-237,303-308,328-343 1pyg d1pygc_ C:575-594,661-666,772-794 1f6d d1f6db_ B:16-27,112-117,360-373 1em6 d1em6b_ B:575-594,661-666,772-794 1em6 d1em6a_ A:575-594,661-666,772-794 1exv d1exvb_ B:575-594,661-666,772-794 2asv d2asvb1 B:540-559,626-631,739-761 1exv d1exva_ A:575-594,661-666,772-794 1f6d d1f6da_ A:219-237,303-308,328-343 2asv d2asva1 A:540-559,626-631,739-761 1f6d d1f6dc_ C:219-237,284-289,328-343 2iw1 d2iw1a1 A:14-31,94-98,356-370 2ecp d2ecpb_ B:575-594,661-666,772-794 1l5s d1l5sa_ A:575-594,661-666,772-794 2f9f d2f9fa1 A:27-39,89-94,138-153 1vgv d1vgvb_ B:16-27,88-94,360-373 1fc0 d1fc0a_ A:575-594,661-666,772-794 2ecp d2ecpa_ A:575-594,661-666,772-794 1fc0 d1fc0b_ B:1575-1594,1661-1666,1772-1794 1l5w d1l5wa_ A:540-559,626-631,739-761 1vgv d1vgvd_ D:9-27,112-117,360-373 1psw d1pswa_ A:10-29,82-88,130-141 1f6d d1f6dc_ C:16-27,88-94,360-373 1l5r d1l5ra_ A:575-594,661-666,772-794 1l5v d1l5vb_ B:540-559,626-631,739-761 1l5w d1l5wb_ B:540-559,626-631,739-761 2iv7 d2iv7a1 A:14-31,94-98,356-370 1l5v d1l5va_ A:540-559,626-631,739-761 1l5r d1l5rb_ B:575-594,661-666,772-794 1l6i d1l6ia_ A:540-559,626-631,739-761 1uqu d1uqua_ A:21-34,124-130,438-453 2nzw d2nzwc1 C:192-206,233-239,286-301 1rrv d1rrvb_ B:249-267,324-329,356-369 1e4o d1e4ob_ B:540-559,626-631,739-761 1e4o d1e4oa_ A:540-559,626-631,739-761 2nzw d2nzwb1 B:192-206,233-239,286-301 1vgv d1vgva_ A:9-27,88-94,358-373 1rrv d1rrva_ A:249-267,324-329,356-369 3cej d3cejb1 B:575-594,661-666,776-794 1l6i d1l6ib_ B:540-559,626-631,739-761 1ahp d1ahpb_ B:540-559,626-631,739-761 1ahp d1ahpa_ A:540-559,626-631,739-761 2nzy d2nzyc1 C:192-207,233-239,286-301 2qll d2qlla1 A:575-594,661-666,772-794 2aw3 d2aw3a1 A:540-559,626-631,739-761 1vgv d1vgvc_ C:9-27,112-117,360-373 1qm5 d1qm5a_ A:540-559,626-631,739-761 1qm5 d1qm5b_ B:540-559,626-631,739-761 2av6 d2av6a1 A:540-559,626-631,739-761 1f6d d1f6dd_ D:9-27,112-117,360-373 1v4v d1v4va_ A:14-32,93-98,352-366 2av6 d2av6b1 B:540-559,626-631,739-761 2nzy d2nzya1 A:192-207,233-239,286-301 1uqu d1uqub_ B:21-34,124-130,438-454 2nzx d2nzxa1 A:192-207,233-239,286-301 2zb2 d2zb2b1 B:575-594,661-666,776-794 1uqt d1uqta_ A:21-34,124-130,438-454 1f6d d1f6db_ B:16-27,88-94,360-373 1v4v d1v4va_ A:14-32,116-122,352-366 2aw3 d2aw3b1 B:540-559,626-631,739-761 2azd d2azdb1 B:540-559,626-631,739-761 2nzy d2nzyb1 B:192-207,233-239,286-301 1v4v d1v4va_ A:210-229,275-281,320-335 1rrv d1rrva_ A:249-267,304-310,356-369 1pnv d1pnvb_ B:233-251,287-294,344-357 2nzx d2nzxc1 C:192-207,233-239,286-301 2nzx d2nzxb1 B:192-207,233-239,286-301 1fa9 d1fa9a_ A:575-593,661-666,772-794 1uqt d1uqtb_ B:21-34,124-130,438-454 1f6d d1f6da_ A:16-27,88-94,360-373 1rrv d1rrvb_ B:249-267,303-310,356-369 1vgv d1vgvc_ C:219-237,284-289,328-343 1f0k d1f0kb_ B:18-34,121-127,341-356 2ati d2atia1 A:575-594,661-666,776-794 2iei d2ieib1 B:575-594,661-666,772-794 1vgv d1vgvb_ B:219-237,284-289,328-343 2zb2 d2zb2a1 A:575-594,661-666,776-794 2azd d2azda1 A:540-559,626-631,739-761 1pyg d1pyga_ A:575-594,661-666,772-794 1l7x d1l7xb_ B:575-594,661-666,776-794 5gpb d5gpba_ A:575-594,661-666,776-794 1f6d d1f6db_ B:219-237,284-289,328-343 1pnv d1pnva_ A:233-251,287-293,344-357 1pn3 d1pn3b_ B:233-251,287-294,344-357 3cej d3ceja1 A:575-594,661-666,776-794 1o6c d1o6ca_ A:216-231,232-238,322-337 3cem d3cema1 A:575-594,661-666,776-794 1gpa d1gpac_ C:575-594,661-666,776-794 1pnv d1pnvb_ B:233-251,308-313,344-357 1uqt d1uqta_ A:268-284,352-357,404-418 1uqt d1uqtb_ B:268-284,352-357,404-418 2iv7 d2iv7a1 A:210-221,272-277,323-338 1f0k d1f0ka_ A:16-34,121-127,341-356 2ati d2atib1 B:575-594,661-666,776-794 1uqu d1uqua_ A:268-284,352-357,404-418 1uqu d1uqub_ B:268-284,352-357,404-418 2iw1 d2iw1a1 A:210-221,272-277,323-338 1l5q d1l5qb_ B:575-594,661-666,776-794 1l5q d1l5qa_ A:575-594,661-666,776-794 7gpb d7gpbd_ D:575-594,661-666,776-794 1l7x d1l7xa_ A:575-594,661-666,776-794 1abb d1abba_ A:575-594,661-666,776-794 1noi d1noia_ A:575-594,661-666,776-794 1gz5 d1gz5d_ D:268-284,352-357,404-418 1gz5 d1gz5b_ B:268-284,352-357,404-418 1f6d d1f6da_ A:16-27,112-117,360-373 3gpb d3gpba_ A:575-594,661-666,776-794 1gz5 d1gz5a_ A:268-284,352-357,404-418 1l5s d1l5sb_ B:575-594,661-666,776-794 1gpa d1gpab_ B:575-594,661-666,776-794 2ieg d2iegb1 B:575-594,661-666,776-794 1abb d1abbb_ B:575-594,661-666,776-794 4gpb d4gpba_ A:575-594,661-666,776-794 2nzw d2nzwa1 A:192-207,259-265,286-301 1gz5 d1gz5c_ C:268-284,352-357,404-418 1abb d1abbc_ C:575-594,661-666,776-794 3cem d3cemb1 B:575-594,661-666,776-794 1gpa d1gpaa_ 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A:133-151,332-339,812-826 1c8k d1c8ka_ A:133-151,332-339,812-826 7gpb d7gpbd_ D:134-151,332-339,812-826 2qrp d2qrpa1 A:133-151,332-339,812-826 1z62 d1z62a1 A:133-151,332-339,812-826 1p2d d1p2da_ A:133-151,332-339,812-826 2gpn d2gpna_ A:133-151,332-339,812-826 1pn3 d1pn3a_ A:10-28,117-124,374-391 1p2b d1p2ba_ A:133-151,332-339,812-826 1f6d d1f6da_ A:219-237,238-245,328-343 1p4h d1p4ha_ A:133-151,332-339,812-826 2bis d2bisb1 B:16-33,145-151,413-427 2pri d2pria_ A:133-151,332-339,812-826 1gfz d1gfza_ A:133-151,332-339,812-826 2ske d2skea_ A:133-151,332-339,812-826 2vch d2vcha1 A:16-35,112-118,454-476 2acw d2acwb1 B:19-38,114-122,448-463 2vg8 d2vg8a1 A:16-35,208-214,454-476 1a8i d1a8ia_ A:133-151,332-339,812-826 2acw d2acwb1 B:291-306,351-358,411-425 1gg8 d1gg8a_ A:133-151,332-339,812-826 1ggn d1ggna_ A:133-151,332-339,812-826 7gpb d7gpba_ A:575-594,600-607,776-794 1nok d1noka_ A:133-151,332-339,812-826 2vce d2vcea1 A:16-35,112-118,454-476 1fty d1ftya_ A:133-151,332-339,812-826 1abb d1abba_ A:575-594,600-607,776-794 2vch d2vcha1 A:16-35,208-214,454-476 2vce d2vcea1 A:16-35,208-214,454-476 7gpb d7gpba_ A:133-151,372-376,812-826 1abb d1abbb_ B:575-594,600-607,776-794 2acv d2acvb1 B:19-38,114-122,448-463 1vgv d1vgvd_ D:9-27,29-37,360-373 2acv d2acva1 A:19-38,114-121,448-463 1f0k d1f0ka_ A:195-210,212-220,311-323 1f0k d1f0kb_ B:195-210,212-220,311-323 1ygp d1ygpb_ B:575-592G,686-691,772-795 1f6d d1f6da_ A:16-27,29-37,360-373 1vgv d1vgva_ A:9-27,29-37,358-373 2bis d2bisb1 B:264-279,283-291,379-394 1vgv d1vgvb_ B:16-27,29-38,360-373 1f6d d1f6dd_ D:9-27,29-37,360-373 1ygp d1ygpa_ A:575-592G,686-691,772-795 1gpa d1gpab_ B:396-419,430-434,441-450 1f6d d1f6db_ B:16-27,29-38,360-373 1rzu d1rzub_ B:17-34,157-162,460-478 1rrv d1rrvb_ B:10-28,29-36,386-400 1f6d d1f6dc_ C:16-27,29-38,360-373 1o6c d1o6cb_ B:12-30,31-41,352-368 2vg8 d2vg8a1 A:16-35,132-139,454-476 1o6c d1o6ca_ A:12-30,31-41,352-368 2vch d2vcha1 A:16-35,132-139,454-476 2vce d2vcea1 A:16-35,132-139,454-476 1vgv d1vgvc_ C:9-27,29-38,360-373 1rrv d1rrva_ A:10-28,29-36,386-401 2bis d2bisa1 A:264-278,283-293,379-397 1ygp d1ygpb_ B:575-592G,600-609,772-795 1pnv d1pnvb_ B:10-28,29-36,374-391 1iir d1iira_ A:10-28,29-36,385-401 1pn3 d1pn3b_ B:10-28,29-36,374-391 2bis d2bisc1 C:264-279,283-292,379-397 3cej d3cejb1 B:575-594,600-609,776-794 1pnv d1pnva_ A:10-28,29-36,374-390 1pn3 d1pn3a_ A:10-28,29-36,374-391 57. c.72.2 MurD-like peptide ligases, catalytic domain has extra strand located between strands 1 and 2 ! Ribokinase-like core: 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 8 strands, order 21345678, strand 7 is antiparallel to the rest ! potential superfamily: members of this fold have similar functions but different ATP-binding sites 1j6u d1j6ua3 A:112-128,171-178,263-281 1gqq d1gqqb3 B:125-144,187-194,289-307 1p31 d1p31b3 B:128-144,187-194,289-307 1p31 d1p31a3 A:128-144,187-194,289-307 1p3d d1p3da3 A:128-144,187-194,289-307 1gqy d1gqyb3 B:128-144,187-194,289-307 1p3d d1p3db3 B:128-144,187-194,289-307 1gqy d1gqya3 A:128-144,187-194,289-307 1gg4 d1gg4b4 B:610-626,677-684,779-797 1o5z d1o5za2 A:47-66,158-165,257-275 1gqq d1gqqa3 A:128-144,187-194,289-307 1e0d d1e0da3 A:114-130,172-178,265-283 1gg4 d1gg4a4 A:110-126,176-184,279-297 1fgs d1fgsa2 A:46-65,158-165,258-280 1e8c d1e8ca3 A:118-134,199-206,304-322 2gca d2gcaa2 A:46-65,159-165,258-280 1uag d1uaga3 A:114-130,172-178,265-283 1e8c d1e8cb3 B:118-134,199-206,304-322 1e8c d1e8ca3 A:118-134,177-183,304-322 2uuo d2uuoa3 A:114-130,172-178,265-283 1e8c d1e8cb3 B:118-134,177-183,304-322 1p31 d1p31a3 A:128-144,168-174,289-307 3uag d3uaga3 A:114-130,172-179,265-283 2gc6 d2gc6a2 A:49-65,138-144,258-280 1p31 d1p31b3 B:128-144,168-174,289-307 1p3d d1p3da3 A:128-144,168-174,289-307 1p3d d1p3db3 B:128-144,168-174,289-307 2uag d2uaga3 A:114-130,172-179,265-283 1jbv d1jbva2 A:49-65,138-144,258-280 4uag d4uaga3 A:114-130,172-179,265-283 1gg4 d1gg4b4 B:610-626,653-659,779-797 1gqy d1gqya3 A:128-144,168-174,289-307 2jfg d2jfga3 A:114-130,172-179,265-283 2jff d2jffa3 A:114-130,172-179,265-283 1gqy d1gqyb3 B:128-144,168-174,289-307 2uup d2uupa3 A:114-130,172-179,265-283 1eeh d1eeha3 A:114-130,172-177,265-283 1jbw d1jbwa2 A:49-65,138-144,258-280 3uag d3uaga3 A:114-130,152-158,265-283 2gc5 d2gc5a2 A:46-65,159-166,258-280 2jfh d2jfha3 A:114-130,172-179,265-283 1gg4 d1gg4a4 A:110-126,153-159,279-297 2uag d2uaga3 A:114-130,152-158,265-283 2uup d2uupa3 A:114-130,152-158,265-283 1jbv d1jbva2 A:49-65,159-166,258-280 2gcb d2gcba2 A:46-65,158-166,258-280 2jff d2jffa3 A:114-130,152-158,265-283 4uag d4uaga3 A:114-130,152-158,265-283 2jfg d2jfga3 A:114-130,152-158,265-283 1fgs d1fgsa2 A:46-65,138-144,258-280 2gc5 d2gc5a2 A:46-65,138-144,258-280 2uuo d2uuoa3 A:114-130,152-158,265-283 2gc6 d2gc6a2 A:49-65,158-166,258-280 1uag d1uaga3 A:114-130,152-158,265-283 1jbw d1jbwa2 A:49-65,159-166,258-280 2gca d2gcaa2 A:46-65,138-144,258-280 1e0d d1e0da3 A:114-130,152-158,265-283 2jfh d2jfha3 A:114-130,152-158,265-283 1eeh d1eeha3 A:114-130,152-158,265-283 2gcb d2gcba2 A:46-65,138-144,258-280 1jbv d1jbva2 A:49-65,192-198,258-280 2gc6 d2gc6a2 A:49-65,192-198,258-280 1jbw d1jbwa2 A:49-65,192-198,258-280 1gqq d1gqqb3 B:125-144,224-230,289-307 2gc5 d2gc5a2 A:46-65,192-198,258-280 1o5z d1o5za2 A:47-66,192-199,257-275 2gcb d2gcba2 A:46-65,192-198,258-280 2gca d2gcaa2 A:46-65,192-198,258-280 1fgs d1fgsa2 A:46-65,192-198,258-280 59. c.77.1 Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like the constituent families form similar dimers ! Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like consists of two intertwined (sub)domains related by pseudo dyad; duplication ! 3 layers: a/b/a; single mixed beta-sheet of 10 strands, order 213A945867 (A=10); strands from 5 to 9 are antiparallel to the rest 1ika d1ikaa_ A:34-58,96-102,352-368 1a05 d1a05b_ B:10-32,66-73,291-308 8icd d8icda_ A:34-58,96-103,352-368 1t0l d1t0lc_ C:16-34,68-74,328-348 1a05 d1a05a_ A:10-32,66-73,291-308 1sjs d1sjsa_ A:34-58,96-103,352-368 7icd d7icda_ A:34-58,96-103,352-368 1bl5 d1bl5a_ A:34-58,96-103,352-368 3icd d3icda_ A:34-58,96-103,352-368 1ai2 d1ai2a_ A:34-58,96-103,352-368 6icd d6icda_ A:34-58,96-103,352-368 4icd d4icda_ A:34-58,96-103,352-368 5icd d5icda_ A:34-58,96-103,352-368 1hqs d1hqsb_ B:27-51,87-94,358-374 1pb3 d1pb3a_ A:34-58,96-103,352-368 1ai3 d1ai3a_ A:34-58,96-103,352-368 1iso d1isoa_ A:34-58,96-103,352-368 1grp d1grpa_ A:34-58,96-103,352-368 1idc d1idca_ A:34-58,96-103,352-368 1gro d1groa_ A:34-58,96-103,352-368 1idd d1idda_ A:34-58,96-102,352-368 1p8f d1p8fa_ A:34-58,96-103,352-368 1cnz d1cnza_ A:13-35,69-76,297-314 1hj6 d1hj6a_ A:34-58,96-103,352-368 1cw1 d1cw1a_ A:34-58,96-103,352-368 9icd d9icda_ A:34-58,96-103,352-368 1cw4 d1cw4a_ A:34-58,96-103,352-368 1pb1 d1pb1a_ A:34-58,96-103,352-368 1idf d1idfa_ A:34-58,96-102,352-368 1ide d1idea_ A:34-58,96-103,352-368 1cm7 d1cm7b_ B:13-35,69-76,297-314 1cw7 d1cw7a_ A:34-58,96-102,352-368 1hqs d1hqsa_ A:27-51,87-94,358-374 1vlc d1vlca_ A:9-31,65-72,287-304 1gc8 d1gc8b_ B:9-31,65-72,286-303 1osi d1osia_ A:9-31,65-72,286-303 1osi d1osib_ B:9-31,65-72,286-303 1xac d1xaca_ A:9-31,65-72,286-303 1xaa d1xaaa_ A:9-31,65-72,286-303 1xab d1xaba_ A:9-31,65-72,286-303 1g2u d1g2ua_ A:9-31,65-72,286-303 2ayq d2ayqa_ A:11-33,67-74,292-309 1cnz d1cnzb_ B:13-35,69-76,297-314 1gc8 d1gc8a_ A:1009-1031,1065-1072,1286-1303 2ayq d2ayqb_ B:11-33,67-74,292-309 1osj d1osjb_ B:9-31,65-72,286-303 1j1w d1j1wc_ C:379-397,483-488,520-535 1j1w d1j1wb_ B:379-397,483-488,520-535 1dpz d1dpza_ A:9-31,65-72,286-303 1dpz d1dpzb_ B:9-31,65-72,286-303 1j1w d1j1wa_ A:379-397,483-488,520-535 1j1w d1j1wd_ D:379-397,483-488,520-535 1hex d1hexa_ A:9-31,65-72,286-303 1gc9 d1gc9a_ A:9-31,65-72,286-303 1osj d1osja_ A:9-31,65-72,286-303 1xad d1xada_ A:8-31,65-72,286-303 1v53 d1v53a1 A:11-33,67-74,292-309 1dr0 d1dr0b_ B:9-31,65-72,286-303 1itw d1itwa_ A:379-397,483-488,520-535 1idm d1idma_ A:8-31,65-72,284-301 1dr0 d1dr0a_ A:9-31,65-72,286-303 1wal d1wala_ A:8-31,65-72,286-303 1itw d1itwc_ C:379-397,483-488,520-535 1osi d1osic_ C:8-31,65-72,286-303 1itw d1itwb_ B:379-397,483-488,520-535 1ipd d1ipda_ A:8-31,65-72,286-303 1dr8 d1dr8b_ B:9-31,65-72,286-303 1wpw d1wpwa_ A:9-32,66-74,269-289 1osi d1osid_ D:8-31,65-72,286-303 1dr8 d1dr8a_ A:9-31,65-72,286-303 1itw d1itwd_ D:379-397,483-488,520-535 1v53 d1v53b1 B:10-30,67-74,292-309 2g4o d2g4oc1 C:9-28,61-68,283-299 1w0d d1w0db_ B:9-28,61-68,283-299 1wpw d1wpwa_ A:9-32,34-40,269-289 2g4o d2g4ob1 B:9-28,61-68,283-299 2g4o d2g4od1 D:9-28,61-68,283-299 1w0d d1w0dd_ D:9-28,61-68,283-299 1w0d d1w0da_ A:9-28,61-68,283-299 1w0d d1w0dc_ C:9-28,61-68,283-299 2g4o d2g4oa1 A:9-28,61-68,283-299 1t0l d1t0la_ A:54-68,68-74,328-348 1ai3 d1ai3a_ A:34-58,61-68,352-368 1p8f d1p8fa_ A:34-58,61-68,352-368 1cw7 d1cw7a_ A:34-58,61-68,352-368 1iso d1isoa_ A:34-58,61-68,352-368 1wpw d1wpwb_ B:20-32,34-40,269-289 1xco d1xcoc_ C:26-40,42-48,307-323 1xco d1xcod_ D:26-40,42-48,307-323 1ai2 d1ai2a_ A:34-58,61-68,352-368 1td9 d1td9e_ E:26-40,42-48,307-323 1td9 d1td9d_ D:26-40,42-48,307-323 1xco d1xcof_ F:26-40,42-48,307-323 1td9 d1td9f_ F:26-40,42-48,307-323 1td9 d1td9b_ B:26-40,42-48,307-323 1td9 d1td9c_ C:26-40,42-48,307-323 1vmi d1vmia_ A:24-38,40-46,308-323 1ika d1ikaa_ A:34-58,61-68,352-368 1ipd d1ipda_ A:8-31,266-272,286-303 1t0l d1t0lb_ B:16-31,68-74,328-348 1td9 d1td9a_ A:26-40,42-48,307-323 1cw4 d1cw4a_ A:34-58,61-68,352-368 1cw1 d1cw1a_ A:34-58,61-68,352-368 1xco d1xcob_ B:26-40,42-48,307-323 1pb3 d1pb3a_ A:34-58,61-68,352-368 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D:26-40,118-123,313-332 1ps6 d1ps6a_ A:16-28,32-38,310-329 1ptm d1ptmb_ B:16-28,32-38,310-329 2af4 d2af4d1 D:26-40,118-125,313-332 1ps6 d1ps6b_ B:16-28,32-38,310-329 1xac d1xaca_ A:158-178,231-236,236-252 1ptm d1ptma_ A:16-28,32-38,310-329 1r8k d1r8ka_ A:16-29,32-39,310-329 1qzt d1qztb_ B:26-40,118-123,313-332 2af4 d2af4c1 C:26-40,118-125,313-333 1ps7 d1ps7c_ C:16-28,31-38,310-329 1vi1 d1vi1b_ B:12-29,30-38,299-317 1ps7 d1ps7c_ C:16-28,291-296,310-329 1ps7 d1ps7b_ B:16-28,291-296,310-329 1ps6 d1ps6a_ A:16-28,291-296,310-329 1ptm d1ptma_ A:16-28,291-296,310-329 1qzt d1qztb_ B:3-16,42-48,313-332 1ps7 d1ps7d_ D:16-28,31-39,311-329 1ps7 d1ps7a_ A:16-28,32-39,311-329 1ps7 d1ps7d_ D:16-28,291-296,311-329 1ps7 d1ps7a_ A:16-28,291-296,311-329 1wpw d1wpwb_ B:10-21,248-255,269-289 1itw d1itwa_ A:148-159,404-415,543-560 1itw d1itwd_ D:148-159,404-415,543-560 1itw d1itwc_ C:148-159,404-415,543-560 1itw d1itwb_ B:148-159,404-415,543-560 1j1w d1j1wa_ A:148-159,404-415,543-560 1j1w d1j1wc_ C:148-159,404-415,543-560 1j1w d1j1wd_ D:148-159,404-415,543-560 1j1w d1j1wb_ B:148-159,404-415,543-560 1j1w d1j1wd_ D:12-23,76-83,602-622 1j1w d1j1wc_ C:12-23,76-83,602-622 1j1w d1j1wa_ A:12-23,76-83,602-622 1j1w d1j1wb_ B:12-23,76-83,602-622 1u7n d1u7na_ A:148-168,220-224,225-253 1u7n d1u7nb_ B:148-168,220-224,225-253 1vi1 d1vi1b_ B:147-167,219-223,224-254 60. c.95.1 Thiolase-like Thiolase-like consists of two similar domains related by pseudo dyad; duplication ! 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 5 strands, order 32451; strand 5 is antiparallel to the rest 1u0m d1u0mb2 B:136-156,265-271,304-320 2alm d2alma1 A:139-152,154-161,162-181 1u0m d1u0ma2 A:136-156,265-270,304-320 2byy d2byyb1 B:138-151,153-161,161-180 2byy d2byyd1 D:138-151,153-161,161-180 2byx d2byxb1 B:138-151,153-161,161-180 2byx d2byxd1 D:138-151,153-161,161-180 2byx d2byxa1 A:138-151,153-161,161-180 2byw d2bywb1 B:138-151,153-161,161-180 1e5m d1e5ma1 A:142-155,158-164,165-184 2bz3 d2bz3a1 A:138-151,153-161,161-180 2byz d2byzd1 D:138-151,153-161,161-180 2bz3 d2bz3c1 C:138-151,153-161,161-180 2byw d2bywc1 C:138-151,153-161,161-180 2byx d2byxc1 C:138-151,153-161,161-180 2byz d2byzc1 C:138-151,153-161,161-180 1fj8 d1fj8a1 A:138-151,153-161,161-180 1fj8 d1fj8c1 C:138-151,153-161,161-180 2bui d2buia1 A:138-151,153-161,161-180 1f91 d1f91c1 C:138-151,153-161,161-180 1f91 d1f91d1 D:138-151,153-161,161-180 1fj4 d1fj4c1 C:138-151,153-161,161-180 1f91 d1f91a1 A:138-151,153-161,161-180 1fj8 d1fj8d1 D:138-151,153-161,161-180 1f91 d1f91b1 B:138-151,153-161,161-180 1fj8 d1fj8b1 B:138-151,153-161,161-180 2buh d2buha1 A:138-151,153-161,161-180 2bz4 d2bz4a1 A:138-151,153-161,161-180 2byy d2byyc1 C:138-151,153-161,161-180 2bz4 d2bz4c1 C:138-151,153-161,161-180 2buh d2buhd1 D:138-151,153-161,161-180 2bui d2buic1 C:138-151,153-161,161-180 2aq7 d2aq7b1 B:138-151,153-161,161-180 2aq7 d2aq7d1 D:138-151,153-161,161-180 2aqb d2aqbb1 B:138-151,153-161,161-180 2cdh d2cdhd1 D:140-151,154-159,161-180 2cdh d2cdhc1 C:140-151,154-159,161-180 2vb9 d2vb9b1 B:138-151,153-161,161-180 2byz d2byzb1 B:140-151,153-161,161-180 2byw d2bywa1 A:140-151,153-161,161-180 2bz3 d2bz3b1 B:140-151,153-161,161-180 2bz3 d2bz3d1 D:140-151,153-161,161-180 2vb8 d2vb8d1 D:140-151,153-161,161-180 2vb8 d2vb8a1 A:140-151,153-161,161-180 1ek4 d1ek4c1 C:140-151,153-161,161-180 2bui d2buib1 B:140-151,153-161,161-180 1fj4 d1fj4d1 D:140-151,153-161,161-180 2vb8 d2vb8b1 B:140-151,153-161,161-180 1h4f d1h4fa1 A:140-151,153-161,161-180 1fj4 d1fj4b1 B:140-151,153-161,161-180 2vb8 d2vb8c1 C:140-151,153-161,161-180 1ek4 d1ek4b1 B:140-151,153-161,161-180 2byy d2byya1 A:138-151,153-161,164-180 2bz4 d2bz4d1 D:140-151,153-161,161-180 2byz d2byza1 A:140-151,153-161,161-180 1h4f d1h4fd1 D:140-151,153-161,161-180 2aqb d2aqba1 A:140-151,153-161,161-180 1tqy d1tqyb1 B:136-149,152-159,159-178 2bui d2buid1 D:140-151,153-161,161-180 1ek4 d1ek4a1 A:140-151,153-161,161-180 2cf2 d2cf2a1 A:140-151,153-161,161-180 2buh d2buhc1 C:140-151,153-161,161-180 2aqb d2aqbc1 C:140-151,153-161,161-180 1dd8 d1dd8c1 C:140-151,153-161,161-180 1ek4 d1ek4d1 D:140-151,153-161,161-180 2bz4 d2bz4b1 B:140-151,153-161,161-180 2vb9 d2vb9d1 D:140-151,153-161,161-180 2buh d2buhb1 B:140-151,153-161,161-180 2cdh d2cdhb1 B:140-151,153-161,161-180 1dd8 d1dd8b1 B:140-151,153-161,161-180 1dd8 d1dd8a1 A:140-151,153-161,161-180 1dd8 d1dd8d1 D:140-151,153-161,161-180 2vb7 d2vb7d1 D:140-151,153-161,161-180 2vba d2vbad1 D:140-151,153-161,161-180 1h4f d1h4fc1 C:140-151,153-161,161-180 2vba d2vbaa1 A:140-151,153-161,161-180 1j3n d1j3na1 A:136-149,152-158,159-178 1tqy d1tqyc1 C:144-157,159-166,170-186 2vba d2vbac1 C:140-151,153-161,161-180 2vb7 d2vb7a1 A:140-151,153-161,161-180 2vba d2vbab1 B:140-151,153-161,161-180 1j3n d1j3nb1 B:136-149,152-158,159-178 1hnd d1hnda2 A:110-129,239-244,275-291 2vb7 d2vb7b1 B:140-151,153-161,161-180 1hn9 d1hn9b2 B:1110-1129,1239-1244,1275-1291 1hnh d1hnha2 A:110-129,239-244,275-291 1w0i d1w0ib1 B:184-197,200-206,207-226 1mzj d1mzjb2 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2vb8 d2vb8b2 B:161-180,253-265,273-286 1fj4 d1fj4b2 B:161-180,253-265,273-286 1fj4 d1fj4c2 C:161-180,253-265,273-286 2aqb d2aqbb2 B:161-180,253-265,273-286 2bz3 d2bz3c2 C:161-180,253-265,273-286 1fj8 d1fj8c2 C:161-180,253-266,273-286 2byw d2bywd2 D:161-180,253-266,273-286 1fj8 d1fj8a2 A:161-180,253-266,273-286 2byy d2byyc2 C:161-180,253-266,273-286 2vb9 d2vb9a2 A:161-180,253-266,273-286 1h4f d1h4fc2 C:161-180,253-266,273-286 1fj8 d1fj8b2 B:161-180,253-266,273-286 2byz d2byza2 A:161-180,253-266,273-286 1h4f d1h4fb2 B:161-180,253-266,273-286 2bui d2buib2 B:161-180,253-266,273-286 2byx d2byxc2 C:161-180,253-266,273-286 2vb8 d2vb8a2 A:161-180,253-266,273-286 2byz d2byzd2 D:161-180,253-266,273-286 2bz4 d2bz4a2 A:161-180,253-266,273-286 2byz d2byzb2 B:161-180,253-266,273-286 2bui d2buic2 C:161-180,253-266,273-286 2byx d2byxa2 A:161-180,253-266,273-286 2vb9 d2vb9c2 C:161-180,253-266,273-286 2vba d2vbac2 C:161-180,253-266,273-286 2vba d2vbaa2 A:161-180,253-266,273-286 2vb7 d2vb7a2 A:161-180,253-266,273-286 2bz3 d2bz3a2 A:161-180,253-266,273-286 2buh d2buha2 A:161-180,253-266,273-286 2bz3 d2bz3b2 B:161-180,253-266,273-286 2vb8 d2vb8c2 C:161-180,253-266,273-286 2bz4 d2bz4b2 B:161-180,253-266,273-286 2buh d2buhb2 B:161-180,253-266,273-286 2buh d2buhd2 D:161-180,253-266,273-286 2vba d2vbab2 B:161-180,253-266,273-286 2vba d2vbad2 D:161-180,253-266,273-286 2vb8 d2vb8d2 D:161-180,253-266,273-286 2vb7 d2vb7d2 D:161-180,253-266,273-286 2bui d2buia2 A:161-180,253-266,273-286 2vb7 d2vb7b2 B:161-180,253-266,273-286 2aqb d2aqbc2 C:161-180,253-266,273-286 2bz3 d2bz3d2 D:161-180,253-266,273-286 2bui d2buid2 D:161-180,253-266,273-286 2aq7 d2aq7b2 B:161-180,253-266,273-286 2aq7 d2aq7d2 D:161-180,253-266,273-286 1h4f d1h4fd2 D:161-180,253-266,273-286 2bz4 d2bz4c2 C:161-180,253-266,273-286 2buh d2buhc2 C:161-180,253-266,273-286 2bz4 d2bz4d2 D:161-180,253-266,273-286 1g5x d1g5xd2 D:164-180,253-266,273-286 1fj4 d1fj4a2 A:164-180,253-266,273-286 1g5x d1g5xa2 A:164-180,253-266,273-286 2byy d2byya2 A:164-180,253-266,273-286 1g5x d1g5xb2 B:164-180,253-267,273-286 2aqb d2aqbd2 D:164-180,253-266,273-286 2aq7 d2aq7c2 C:164-180,253-266,273-286 1g5x d1g5xc2 C:164-180,253-267,273-286 2vb7 d2vb7c2 C:164-180,253-266,273-286 2aq7 d2aq7a2 A:164-180,253-266,273-286 2qo1 d2qo1a2 A:150-157,188-193,208-220 2qnx d2qnxa2 A:150-157,188-193,208-220 2qo0 d2qo0b2 B:150-157,188-193,208-220 2qo1 d2qo1b2 B:150-157,188-193,208-220 61. c.56.5 Zn-dependent exopeptidases core: mixed beta-sheet of 8 strands, order 12435867; strands 2, 6 & 7 are antiparallel to the rest ! Phosphorylase/hydrolase-like core: 3 layers, a/b/a ; mixed sheet of 5 strands: order 21354; strand 4 is antiparallel to the rest; contains crossover loops 2q43 d2q43a1 A:47-62,64-70,117-136 1gyt d1gyti2 I:199-215,217-224,294-311 1gyt d1gytb2 B:294-311,372-380,483-498 1gyt d1gytl2 L:294-311,372-380,483-498 1gyt d1gytb2 B:199-215,217-224,294-311 1gyt d1gytk2 K:294-311,372-380,483-498 1gyt d1gytg2 G:294-311,372-380,483-498 1gyt d1gyth2 H:294-311,372-380,483-498 1gyt d1gytf2 F:294-311,372-380,483-498 1uwy d1uwya2 A:69-87,100-107,283-295 1gyt d1gyte2 E:294-311,372-380,483-498 1gyt d1gytd2 D:294-311,372-380,483-498 1yw4 d1yw4a1 A:59-76,82-89,229-243 1gyt d1gyta2 A:294-311,372-380,483-498 1gyt d1gyte2 E:199-215,217-224,294-311 1gyt d1gyta2 A:199-215,217-224,294-311 1gyt d1gytf2 F:199-215,217-224,294-311 2gre d2grei2 I:187-205,235-241,327-345 1gyt d1gyti2 I:294-311,372-380,483-498 1gyt d1gytj2 J:294-311,372-380,483-498 1gyt d1gytc2 C:199-215,217-224,294-311 1gyt d1gyth2 H:199-215,217-224,294-311 1yw6 d1yw6b1 B:56-73,140-148,223-238 1bll d1blle2 E:179-196,197-204,272-291 1y7e d1y7ea2 A:34-50,89-96,253-269 1gyt d1gytg2 G:199-215,217-224,294-311 1gyt d1gytj2 J:199-215,217-224,294-311 1gyt d1gytl2 L:199-215,217-224,294-311 1gyt d1gytk2 K:199-215,217-224,294-311 2gre d2grei2 I:25-40,41-47,187-205 1gyt d1gytd2 D:199-215,217-224,294-311 1lam d1lama1 A:179-196,197-204,274-291 1obr d1obra_ A:72-90,103-110,301-315 2ewb d2ewba1 A:179-196,197-204,271-291 2gre d2grek2 K:24-39,41-47,186-205 1lcp d1lcpa2 A:179-196,197-204,274-291 1lap d1lapa1 A:179-196,197-204,274-291 1lcp d1lcpb2 B:179-196,197-204,274-291 2j9a d2j9aa1 A:179-196,197-204,274-291 2gre d2greg2 G:24-39,41-47,186-205 1bpn d1bpna1 A:179-196,197-204,274-291 2gre d2gren2 N:24-39,41-47,186-205 1lan d1lana2 A:179-196,197-204,274-291 1gyt d1gytc2 C:294-311,372-379,483-498 1xjo d1xjoa_ A:97-116,121-129,257-277 1yw6 d1yw6a1 A:56-73,140-149,222-238 1f2o d1f2oa_ A:97-116,121-129,257-277 2gre d2greb2 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2or4 d2or4a3 A:86-104,370-379,384-409 1z2l d1z2la1 A:93-114,370-378,391-413 2c6p d2c6pa3 A:86-104,370-379,384-409 1de4 d1de4i3 I:159-177,401-410,415-441 1de4 d1de4c3 C:159-177,401-410,415-441 2oot d2oota3 A:86-104,370-379,384-409 3bi0 d3bi0a3 A:86-104,370-379,384-409 3bhx d3bhxa3 A:86-104,370-379,384-409 1cg2 d1cg2c1 C:141-160,371-383,394-414 2pvw d2pvwa3 A:86-104,370-379,384-409 1cx8 d1cx8h3 H:159-177,401-410,415-441 3bi1 d3bi1a3 A:86-104,370-379,384-409 1cx8 d1cx8d3 D:159-177,401-410,415-441 2cij d2cija3 A:86-104,370-379,384-409 1xfo d1xfoa2 A:27-38,59-69,180-198 1cx8 d1cx8c3 C:159-177,401-410,415-441 2q7s d2q7sb1 B:61-68,69-75,264-289 2q7s d2q7sa1 A:61-68,69-75,264-289 2c1c d2c1ca1 A:72-89,264-273,282-309 2nsu d2nsub3 B:159-177,401-410,415-441 1cx8 d1cx8b3 B:159-177,401-410,415-441 1cx8 d1cx8e3 E:159-177,401-410,415-441 1cx8 d1cx8g3 G:159-177,401-410,415-441 2c6c d2c6ca3 A:86-104,370-379,384-409 1cg2 d1cg2b1 B:141-160,371-383,394-414 2nsu d2nsua3 A:159-177,401-410,415-441 1cx8 d1cx8a3 A:159-177,401-410,415-441 2jbk d2jbka3 A:86-104,370-379,384-409 1cx8 d1cx8f3 F:159-177,401-410,415-441 2c1c d2c1ca1 A:96-103,103-110,282-309 1de4 d1de4c3 C:415-441,550-559,582-604 1de4 d1de4f3 F:415-441,550-559,582-604 1de4 d1de4i3 I:415-441,550-559,582-604 1xfo d1xfod2 D:27-38,59-69,180-197 1zg8 d1zg8c1 C:72-90,265-272,282-308 1cg2 d1cg2b1 B:59-78,105-114,141-160 1bav d1bava_ A:72-90,265-272,282-307 1cg2 d1cg2a1 A:59-78,105-114,141-160 1r3n d1r3nd1 D:124-144,218-229,428-455 1igb d1igba_ A:114-136,171-178,269-290 1bav d1bavd_ D:72-90,265-272,282-307 1r3n d1r3na1 A:124-144,218-229,428-455 1r3n d1r3nb1 B:124-144,218-229,428-455 1r43 d1r43a1 A:124-144,218-229,428-455 1bav d1bavc_ C:72-90,265-272,282-307 1igb d1igba_ A:114-136,239-245,269-290 2ctc d2ctca_ A:72-90,265-272,282-307 1hdu d1hdue_ E:72-90,265-272,282-307 1hee d1heee_ E:72-90,265-272,282-307 1r3n d1r3nf1 F:124-144,218-229,428-455 1xbu d1xbua1 A:31-49,78-86,94-116 1f57 d1f57a_ A:72-90,265-272,282-307 5cpa d5cpaa_ A:72-90,265-272,282-307 7cpa d7cpaa_ A:72-90,265-272,282-307 2imo d2imob1 B:35-53,76-85,93-114 2imo d2imoa1 A:91-114,370-378,391-413 1r3n d1r3nh1 H:124-144,218-229,428-455 1tf9 d1tf9a1 A:31-49,78-86,97-116 1jqg d1jqga1 A:72-90,264-271B,282-308 1tkj d1tkja1 A:31-49,78-86,97-116 1r3n d1r3nc1 C:124-144,218-229,428-455 1tkh d1tkha1 A:31-49,78-86,94-116 1cp7 d1cp7a_ A:31-49,78-86,94-116 1tkf d1tkfa1 A:31-49,78-86,94-116 1r3n d1r3ne1 E:124-144,218-229,428-455 8cpa d8cpaa_ A:72-90,265-272,282-307 1qq9 d1qq9a_ A:31-49,78-86,94-116 1tf8 d1tf8a1 A:31-49,78-86,97-116 1uwy d1uwya2 A:69-87,258-267,272-284 1xjo d1xjoa_ A:31-49,78-86,97-116 1cg2 d1cg2c1 C:59-78,102-114,141-160 1xov d1xova2 A:22-42,73-82,147-156 1vho d1vhoa2 A:21-34,58-66,168-189 1hdq d1hdqa_ A:72-90,265-272,282-307 2ewb d2ewba1 A:179-196,251-256,271-291 1h8l d1h8la2 A:77-95,266-275,280-292 1r43 d1r43b1 B:124-144,219-229,428-455 1r3n d1r3ng1 G:124-144,218-229,428-455 1aye d1ayea1 A:72-90,265-272,282-308 1xmb d1xmba1 A:138-157,378-387,404-428 1cx8 d1cx8b3 B:415-441,550-559,582-605 2nsu d2nsub3 B:415-441,550-559,582-605 1qmu d1qmua2 A:77-95,266-275,280-292 1cx8 d1cx8c3 C:415-441,550-559,582-605 1xfo d1xfob2 B:24-38,59-69,180-197 1cx8 d1cx8e3 E:415-441,550-559,582-605 1cx8 d1cx8h3 H:415-441,550-559,582-605 1cx8 d1cx8f3 F:415-441,550-559,582-605 1cx8 d1cx8g3 G:415-441,550-559,582-605 2nsu d2nsua3 A:415-441,550-559,582-605 1cx8 d1cx8a3 A:415-441,550-559,582-605 1cx8 d1cx8d3 D:415-441,550-559,582-605 2fvg d2fvga2 A:15-28,53-61,164-181 1jwq d1jwqa_ A:25-45,136-146,148-158 1xbu d1xbua1 A:31-49,50-60,94-116 1tkh d1tkha1 A:31-49,50-60,94-116 1tkf d1tkfa1 A:31-49,50-60,94-116 1cp7 d1cp7a_ A:31-49,50-60,94-116 1r3n d1r3nb1 B:124-144,407-415,428-455 1r3n d1r3nd1 D:124-144,407-415,428-455 1r3n d1r3na1 A:124-144,407-415,428-455 1r3n d1r3nf1 F:124-144,407-415,428-455 1r3n d1r3nh1 H:124-144,407-415,428-455 1r3n d1r3nc1 C:124-144,407-415,428-455 1r3n d1r3ne1 E:124-144,407-415,428-455 1tf9 d1tf9a1 A:31-49,50-60,97-116 1r43 d1r43b1 B:124-144,406-415,428-455 1tkj d1tkja1 A:31-49,50-60,97-116 1tf8 d1tf8a1 A:31-49,50-60,97-116 1r43 d1r43a1 A:124-144,406-415,428-455 1r3n d1r3ng1 G:124-144,407-415,428-455 1cg2 d1cg2d1 D:59-78,102-113,141-160 1de4 d1de4f3 F:159-177,179-194,415-441 1de4 d1de4c3 C:159-177,179-194,415-441 1de4 d1de4i3 I:159-177,179-194,415-441 1bpn d1bpna1 A:266-275,294-306,333-350 2jbk d2jbka3 A:86-104,106-121,384-409 2c6p d2c6pa3 A:86-104,106-121,384-409 3bi1 d3bi1a3 A:86-104,106-121,384-409 3bhx d3bhxa3 A:86-104,106-121,384-409 2pvv d2pvva3 A:86-104,106-121,384-409 2c6c d2c6ca3 A:86-104,106-121,384-409 2jbj d2jbja3 A:86-104,106-121,384-409 2c6g d2c6ga3 A:86-104,106-121,384-409 1z8l d1z8lc3 C:86-104,106-121,384-409 1z8l d1z8ld3 D:86-104,106-121,384-409 1z8l d1z8la3 A:86-104,106-121,384-409 1z8l d1z8lb3 B:86-104,106-121,384-409 2oot d2oota3 A:86-104,106-121,384-409 2or4 d2or4a3 A:86-104,106-121,384-409 3bi0 d3bi0a3 A:86-104,106-121,384-409 2cij d2cija3 A:86-104,106-121,384-409 2pvw d2pvwa3 A:86-104,106-121,384-409 63. c.4.1 Nucleotide-binding domain this superfamily shares the common nucleotide-binding site with and provides a link between the Rossmann-fold NAD(P)-binding and FAD/NAD(P)-binding domains ! Nucleotide-binding domain 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strands, order 32145; Rossmann-like 1i8t d1i8ta1 A:10-24,225-230,348-367 1i8t d1i8tb1 B:10-24,225-230,348-367 1e1n d1e1na2 A:15-30,96-101,375-397 1cjc d1cjca2 A:15-30,96-101,375-397 2bi8 d2bi8a1 A:12-26,228-233,351-373 2bi7 d2bi7a1 A:12-26,228-233,351-373 1e1m d1e1ma2 A:15-30,96-101,375-397 1ddo d1ddof1 F:9-24,176-181,318-338 1e1k d1e1ka2 A:15-30,96-101,375-397 1ddo d1ddoc1 C:9-24,176-181,318-338 1e6e d1e6ea2 A:15-30,96-101,375-397 1ddo d1ddoa1 A:9-24,176-181,318-338 1ddo d1ddog1 G:9-24,176-181,318-338 1ddo d1ddod1 D:9-24,176-181,318-338 1ddo d1ddoe1 E:9-24,176-181,318-338 1ddo d1ddoh1 H:9-24,176-181,318-338 1e1l d1e1la2 A:15-30,96-101,375-397 1wam d1wama1 A:12-26,228-233,351-373 1ddo d1ddob1 B:9-24,176-181,318-338 1e6e d1e6ec2 C:15-30,96-101,375-397 1c0i d1c0ia1 A:1013-1027,1173-1178,1340-1361 1c0k d1c0ka1 A:1013-1027,1173-1178,1340-1361 1dao d1daoc1 C:9-24,176-181,318-338 1c0l d1c0la1 A:1013-1027,1173-1178,1340-1361 1ve9 d1ve9a1 A:9-24,176-181,318-338 1dao d1daod1 D:9-24,176-181,318-338 1c0p d1c0pa1 A:1013-1027,1173-1178,1340-1361 1dao d1daof1 F:9-24,176-181,318-338 1dao d1daob1 B:9-24,176-181,318-338 1dao d1daoa1 A:9-24,176-181,318-338 1evi d1evib1 B:9-24,176-181,318-338 1kif d1kifc1 C:9-24,176-181,318-338 1kif d1kiff1 F:9-24,176-181,318-338 1kif d1kifa1 A:9-24,176-181,318-338 1kif d1kifb1 B:9-24,176-181,318-338 1kif d1kife1 E:9-24,176-181,318-338 1dao d1daoe1 E:9-24,176-181,318-338 1kif d1kifg1 G:9-24,176-181,318-338 1kif d1kifh1 H:9-24,176-181,318-338 1kif d1kifd1 D:9-24,176-181,318-338 1evi d1evia1 A:9-24,176-181,318-338 1dao d1daoh1 H:9-24,176-181,318-338 1dao d1daog1 G:9-24,176-181,318-338 1an9 d1an9a1 A:9-27,176-181,314-338 1an9 d1an9b1 B:9-24,176-181,314-338 1ve9 d1ve9b1 B:9-24,176-181,314-338 1e1n d1e1na2 A:15-30,361-365,375-397 1e6e d1e6ea2 A:15-30,361-365,375-397 1h7x d1h7xc4 C:196-210,277-282,488-512 1gte d1gteb4 B:196-210,277-282,488-512 1h7x d1h7xb4 B:196-210,277-282,488-512 1gte d1gtec4 C:196-210,277-282,488-512 1gte d1gtea4 A:196-210,277-282,488-512 1cjc d1cjca2 A:15-30,361-365,375-397 1gte d1gted4 D:196-210,277-282,488-512 1gth d1gthb4 B:196-210,277-282,488-512 1e1m d1e1ma2 A:15-30,361-365,375-397 1e1k d1e1ka2 A:15-30,361-365,375-397 1h7x d1h7xa4 A:196-210,277-282,488-512 1gth d1gtha4 A:196-210,277-282,488-512 1h7w d1h7wc4 C:196-210,277-282,488-512 1h7w d1h7wd4 D:196-210,277-282,488-512 1h7w d1h7wa4 A:196-210,277-282,488-512 1gth d1gthc4 C:196-210,277-282,488-512 1h7x d1h7xd4 D:196-210,277-282,488-512 1gth d1gthd4 D:196-210,277-282,488-512 1h7w d1h7wb4 B:196-210,277-282,488-512 1gt8 d1gt8c4 C:196-210,277-282,488-512 1e6e d1e6ec2 C:15-30,361-365,375-397 1gt8 d1gt8b4 B:196-210,277-282,488-512 1gt8 d1gt8a4 A:196-210,277-282,488-512 1ps9 d1ps9a3 A:382-396,457-462,656-671 1gt8 d1gt8d4 D:196-210,277-282,488-512 1e1l d1e1la2 A:15-30,361-365,375-397 1o95 d1o95b3 B:398-412,481-486,680-695 1i8t d1i8tb1 B:10-24,334-338,348-367 1i8t d1i8ta1 A:10-24,334-338,348-367 1o95 d1o95a3 A:398-412,481-486,680-695 1lqu d1lqub2 B:12-30,98-103,367-393 1lqt d1lqtb2 B:12-30,98-103,367-393 1djq d1djqb3 B:398-412,481-486,680-695 1djq d1djqa3 A:398-412,481-486,680-695 1djn d1djna3 A:398-412,481-486,680-695 2tmd d2tmdb3 B:398-412,481-486,680-695 1lqt d1lqta2 A:12-30,98-103,367-393 1o94 d1o94b3 B:398-412,481-486,680-695 1lqu d1lqua2 A:12-30,98-103,367-393 1djn d1djnb3 B:398-412,481-486,680-695 2tmd d2tmda3 A:398-412,481-486,680-695 2bi8 d2bi8a1 A:12-26,337-341,351-373 1o94 d1o94a3 A:398-412,481-486,680-695 2bi7 d2bi7a1 A:12-26,337-341,351-373 1wam d1wama1 A:12-26,337-341,351-373 1h7x d1h7xc4 C:196-210,475-479,488-512 1h7x d1h7xb4 B:196-210,475-479,488-512 1gte d1gteb4 B:196-210,475-479,488-512 1gte d1gted4 D:196-210,475-479,488-512 1gte d1gtec4 C:196-210,475-479,488-512 1gte d1gtea4 A:196-210,475-479,488-512 1h7x d1h7xa4 A:196-210,475-479,488-512 1h7x d1h7xd4 D:196-210,475-479,488-512 1h7w d1h7wc4 C:196-210,475-479,488-512 1h7w d1h7wa4 A:196-210,475-479,488-512 1h7w d1h7wd4 D:196-210,475-479,488-512 1h7w d1h7wb4 B:196-210,475-479,488-512 1gth d1gthc4 C:196-210,475-479,488-512 1gth d1gthb4 B:196-210,475-479,488-512 1gth d1gtha4 A:196-210,475-479,488-512 1gth d1gthd4 D:196-210,475-479,488-512 1gt8 d1gt8d4 D:196-210,475-479,488-512 1gt8 d1gt8b4 B:196-210,475-479,488-512 1e6e d1e6ea2 A:15-30,31-39,375-397 1gt8 d1gt8c4 C:196-210,475-479,488-512 1gt8 d1gt8a4 A:196-210,475-479,488-512 1c0i d1c0ia1 A:1013-1027,1322-1332,1340-1361 1evi d1evib1 B:9-24,300-310,318-338 1ddo d1ddod1 D:9-24,300-310,318-338 1ddo d1ddog1 G:9-24,300-310,318-338 1ddo d1ddof1 F:9-24,300-310,318-338 1ddo d1ddoc1 C:9-24,300-310,318-338 1ddo d1ddoe1 E:9-24,300-310,318-338 1c0p d1c0pa1 A:1013-1027,1322-1332,1340-1361 1ddo d1ddoa1 A:9-24,300-310,318-338 1ddo d1ddoh1 H:9-24,300-310,318-338 1c0k d1c0ka1 A:1013-1027,1322-1332,1340-1361 1ddo d1ddob1 B:9-24,300-310,318-338 1an9 d1an9a1 A:9-27,300-310,314-338 1evi d1evia1 A:9-24,300-310,318-338 1e1n d1e1na2 A:15-30,31-39,375-397 1djq d1djqa3 A:398-412,666-672,680-695 1wam d1wama1 A:12-26,27-34,351-373 1kif d1kifc1 C:9-24,300-310,318-338 1kif d1kiff1 F:9-24,300-310,318-338 1kif d1kife1 E:9-24,300-310,318-338 1kif d1kifb1 B:9-24,300-310,318-338 1kif d1kifa1 A:9-24,300-310,318-338 1kif d1kifd1 D:9-24,300-310,318-338 1kif d1kifg1 G:9-24,300-310,318-338 1kif d1kifh1 H:9-24,300-310,318-338 1c0l d1c0la1 A:1013-1027,1322-1332,1340-1361 1cjc d1cjca2 A:15-30,31-39,375-397 1e1m d1e1ma2 A:15-30,31-39,375-397 1o95 d1o95b3 B:398-412,668-672,680-695 1e1k d1e1ka2 A:15-30,31-39,375-397 1ps9 d1ps9a3 A:382-396,642-646,656-671 1e1l d1e1la2 A:15-30,31-39,375-397 1ve9 d1ve9a1 A:9-24,300-310,318-338 1lqu d1lqub2 B:12-30,353-357,367-393 1lqt d1lqtb2 B:12-30,353-357,367-393 1lqt d1lqta2 A:12-30,353-357,367-393 1lqu d1lqua2 A:12-30,353-357,367-393 1dao d1daoe1 E:9-24,300-310,318-338 1dao d1daog1 G:9-24,300-310,318-338 1dao d1daob1 B:9-24,300-310,318-338 1dao d1daod1 D:9-24,300-310,318-338 1dao d1daoh1 H:9-24,300-310,318-338 1dao d1daoa1 A:9-24,300-310,318-338 1dao d1daoc1 C:9-24,300-310,318-338 1dao d1daof1 F:9-24,300-310,318-338 1o95 d1o95a3 A:398-412,668-672,680-695 1an9 d1an9b1 B:9-24,300-310,314-338 1e6e d1e6ec2 C:15-30,32-39,375-397 1c0l d1c0la1 A:1013-1027,1028-1035,1340-1361 1c0k d1c0ka1 A:1013-1027,1028-1035,1340-1361 1c0i d1c0ia1 A:1013-1027,1028-1035,1340-1361 1ve9 d1ve9b1 B:9-24,300-310,314-338 2tmd d2tmdb3 B:398-412,667-672,680-695 1djq d1djqb3 B:398-412,667-672,680-695 1djn d1djnb3 B:398-412,667-672,680-695 1djn d1djna3 A:398-412,667-672,680-695 1o94 d1o94b3 B:398-412,667-672,680-695 1o94 d1o94a3 A:398-412,667-672,680-695 2tmd d2tmda3 A:398-412,667-672,680-695 64. c.73.1 Carbamate kinase-like the sheet topology is similar to those of undecaprenyl diphosphate synthase and the N-terminal domain of phosphoglycerate kinase ! Carbamate kinase-like 3 layers: a/b/a; mixed (mainly parallel) beta-sheet of 8 strands, order 34215786; strand 8 is antiparallel to the rest 2ako d2akob1 B:20-38,156-162,231-242 2ako d2akoa1 A:20-39,156-162,231-242 2ako d2akod1 D:20-38,156-162,231-242 2ako d2akoc1 C:20-38,156-162,231-242 2ij9 d2ij9a1 A:15-33,130-136,201-211 2ij9 d2ij9b1 B:15-33,130-136,201-211 1oh9 d1oh9a_ A:16-35,174-181,239-249 2bnf d2bnfb1 B:30-48,159-165,222-232 1oha d1ohaa_ A:16-35,174-181,239-249 1ybd d1ybdc1 C:30-48,159-165,222-232 1ybd d1ybdb1 B:30-48,159-165,222-232 2brx d2brxa1 A:18-36,134-140,203-210 1ybd d1ybda1 A:30-48,159-165,222-232 2bri d2bria1 A:18-36,134-140,203-210 2bne d2bneb1 B:30-48,49-56,224-232 2ij9 d2ij9a1 A:15-33,33-42,201-211 2ij9 d2ij9b1 B:15-33,33-42,201-211 2bnd d2bndb1 B:30-48,49-56,224-232 2bmu d2bmua1 A:18-37,134-140,203-210 1ybd d1ybdb1 B:30-48,49-56,222-232 2bmu d2bmub1 B:18-37,134-140,203-210 2a1f d2a1fa1 A:27-45,46-55,219-230 2buf d2bufa1 A:41-59,60-67,279-288 2buf d2bufl1 L:41-59,60-66,279-288 1ybd d1ybdc1 C:30-48,49-57,222-232 2a1f d2a1fb1 B:27-45,46-55,219-230 2a1f d2a1ff1 F:27-45,46-56,219-230 2bri d2brib1 B:18-37,134-140,203-210 2brx d2brxb1 B:18-37,134-140,203-210 2buf d2bufh1 H:41-59,60-67,279-288 2buf d2bufb1 B:41-59,60-68,279-288 2buf d2bufd1 D:41-59,60-66,279-288 2v4y d2v4ya1 A:30-48,49-58,224-232 2v4y d2v4yc1 C:30-48,49-58,224-232 2v4y d2v4yb1 B:30-48,49-58,224-232 2v4y d2v4yf1 F:30-48,49-58,224-232 2v4y d2v4ye1 E:30-48,49-58,224-232 2v4y d2v4yd1 D:30-48,49-58,224-232 1ybd d1ybda1 A:30-48,49-58,222-232 2buf d2bufk1 K:41-59,60-66,279-288 2buf d2bufg1 G:41-59,60-67,279-288 2bty d2btya1 A:35-53,53-61,261-270 2buf d2bufi1 I:41-59,60-67,279-288 1z9d d1z9da1 A:28-46,47-56,223-231 1z9d d1z9dc1 C:28-46,47-56,223-231 2a1f d2a1fd1 D:27-45,46-56,219-229 2buf d2buff1 F:41-59,60-68,279-288 1z9d d1z9db1 B:28-46,47-56,223-231 2a1f d2a1fe1 E:27-45,46-55,219-229 2a1f d2a1fc1 C:27-45,46-55,219-229 2buf d2bufj1 J:41-59,61-67,279-288 1e19 d1e19a_ A:22-44,45-52,299-306 1e19 d1e19b_ B:22-44,45-52,299-306 2bmu d2bmub1 B:18-37,36-43,209-216 2brx d2brxb1 B:18-37,36-43,209-216 2bri d2brib1 B:18-37,36-43,209-216 2bri d2bria1 A:18-36,36-43,209-216 2brx d2brxa1 A:18-36,36-43,209-216 2bmu d2bmua1 A:18-37,36-43,209-216 2buf d2bufc1 C:41-59,61-68,279-288 65. d.250.1 Folate-binding domain some topological similarity to Formylmethanofuran:tetrahydromethanopterin formyltransferase ! Folate-binding domain duplication: consists of two beta(2)-alpha-beta(3)-alpha subdomains swapped with the first strands 1wos d1wosa2 A:4-14,42-49,199-218 1wor d1wora2 A:4-14,42-49,199-218 1wop d1wopa2 A:4-14,42-49,199-218 1woo d1wooa2 A:4-14,42-49,199-218 1v5v d1v5vb2 B:10-18,46-53,224-242 1pj7 d1pj7a4 A:433-443,499-506,662-678 1vlo d1vloa2 A:5-15,43-50,200-215 1pj6 d1pj6a4 A:433-443,499-506,662-678 1pj5 d1pj5a4 A:433-443,499-506,662-678 1v5v d1v5va2 A:10-18,46-53,224-242 1v5v d1v5va2 A:35-46,46-53,224-242 1wos d1wosa2 A:31-42,42-49,199-218 1wop d1wopa2 A:31-42,42-49,199-218 1wor d1wora2 A:31-42,42-49,199-218 1v5v d1v5vb2 B:35-46,46-53,224-242 66. c.5.1 MurCD N-terminal domain MurCD N-terminal domain 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strands, order 32145; incomplete Rossmann-like fold; binds UDP group 1j6u d1j6ua1 A:10-24,61-65,88-101 1gqq d1gqqb1 B:28-42,79-83,106-119 1gqy d1gqya1 A:28-42,79-83,106-118 2jfg d2jfga1 A:14-28,66-71,93-102 2uuo d2uuoa1 A:14-28,66-71,93-102 1eeh d1eeha1 A:14-28,66-71,93-102 2jfh d2jfha1 A:14-28,66-71,93-102 1uag d1uaga1 A:14-28,66-71,93-102 3uag d3uaga1 A:14-28,66-71,93-102 2uup d2uupa1 A:14-28,66-71,93-102 2jff d2jffa1 A:14-28,66-71,93-102 4uag d4uaga1 A:14-28,66-71,93-102 1e0d d1e0da1 A:14-28,66-71,93-102 2uag d2uaga1 A:14-28,66-71,93-102 1gqq d1gqqa1 A:28-42,79-83,106-119 1p31 d1p31a1 A:28-42,79-84,106-118 1gqy d1gqyb1 B:28-42,79-84,106-118 1p31 d1p31b1 B:28-42,79-84,106-118 1p3d d1p3da1 A:28-42,79-84,106-118 1p3d d1p3db1 B:28-42,79-84,106-118 67. c.1.1 Triosephosphate isomerase (TIM) TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1r2r d1r2rd_ D:17-32,37-43,237-246 2jk2 d2jk2b1 B:17-32,37-43,237-246 1r2t d1r2ta_ A:17-32,37-43,237-246 1r2t d1r2tb_ B:17-32,37-43,237-246 2jk2 d2jk2a1 A:17-32,37-43,237-246 1tim d1tima_ A:17-32,37-43,237-246 1mo0 d1mo0b_ B:16-31,36-42,236-245 1hg3 d1hg3b_ B:20-39,41-46,213-225 1hg3 d1hg3h_ H:20-39,41-46,213-225 1hg3 d1hg3f_ F:20-39,41-46,213-225 1hg3 d1hg3c_ C:20-39,41-46,213-225 1hg3 d1hg3a_ A:20-39,41-46,213-225 1hg3 d1hg3d_ D:20-39,41-46,213-225 1hg3 d1hg3g_ G:20-39,41-46,213-225 1hg3 d1hg3e_ E:20-39,41-46,213-225 1wyi d1wyib1 B:17-32,36-44,237-246 1lzo d1lzoc_ C:16-31,37-43,237-248 1r2r d1r2rc_ C:17-32,36-44,237-246 1o5x d1o5xb_ B:16-31,37-43,237-248 1wob d1wobb_ B:16-31,37-43,237-248 1wob d1wobd_ D:16-31,37-43,237-248 1o5x d1o5xa_ A:16-31,37-43,237-248 1lzo d1lzoa_ A:16-31,37-43,237-248 1vga d1vgaa_ A:16-31,37-43,237-248 1wob d1wobc_ C:16-31,37-43,237-248 1wob d1woba_ A:16-31,37-43,237-248 1vga d1vgad_ D:16-31,37-43,237-248 1lzo d1lzob_ B:16-31,37-43,237-248 1woa d1woac_ C:16-31,37-43,237-248 1woa d1woaa_ A:16-31,37-43,237-248 1lzo d1lzod_ D:16-31,37-43,237-248 1woa d1woab_ B:16-31,37-43,237-248 1ydv d1ydva_ A:16-31,37-43,237-248 1woa d1woad_ D:16-31,37-43,237-248 1vga d1vgab_ B:16-31,37-43,237-248 1mo0 d1mo0a_ A:16-31,36-42,236-247 1m7p d1m7pb_ B:16-31,37-43,237-248 1m7p d1m7pa_ A:16-31,37-43,237-248 1lyx d1lyxa_ A:16-31,37-43,237-248 1vga d1vgac_ C:16-31,37-43,237-248 1m7o d1m7ob_ B:16-31,37-43,237-248 1m7o d1m7oa_ A:16-31,37-43,237-248 1w0m d1w0mg_ G:16-36,38-44,210-223 1ydv d1ydvb_ B:16-31,37-43,237-248 1w0m d1w0mf_ F:16-36,38-44,210-224 1r2r d1r2ra_ A:17-32,37-43,237-248 1iig d1iigb_ B:317-332,337-343,539-550 1mss d1mssa_ A:17-32,37-44,239-250 1tsi d1tsib_ B:17-32,37-43,239-250 1sux d1suxa_ A:18-33,38-44,240-251 1r2r d1r2rb_ B:17-32,36-43,237-246 1sux d1suxb_ B:18-33,38-44,240-251 1ci1 d1ci1b_ B:18-33,38-44,240-251 6tim d6timb_ B:17-32,37-43,239-250 1trd d1trda_ A:17-32,37-43,239-250 2oma d2omaa1 A:18-33,38-44,240-251 1iih d1iihb_ B:317-332,337-343,539-550 1tcd d1tcdb_ B:18-33,38-44,240-251 1wyi d1wyia1 A:17-32,37-43,237-248 1n55 d1n55a_ A:17-32,37-43,239-250 1w0m d1w0md_ D:16-36,38-44,210-225 1w0m d1w0ma_ A:16-36,38-44,210-225 1w0m d1w0mc_ C:16-36,38-44,210-225 1w0m d1w0mh_ H:16-36,38-44,210-225 1r2s d1r2sc_ C:17-32,36-43,237-246 2oma d2omab1 B:18-33,38-44,240-251 1ttj d1ttja_ A:20-32,37-43,239-250 1qds d1qdsa_ A:17-32,37-43,239-250 1if2 d1if2a_ A:17-32,37-43,239-250 1w0m d1w0mb_ B:16-36,38-44,210-225 1tcd d1tcda_ A:18-33,38-44,240-251 1amk d1amka_ A:17-32,37-43,239-250 1ci1 d1ci1a_ A:18-33,38-44,240-251 2btm d2btmb_ B:14-29,35-41,238-250 1w0m d1w0me_ E:16-36,38-44,210-225 2btm d2btma_ A:14-29,35-41,238-250 1b9b d1b9ba_ A:16-32,37-43,240-253 1sq7 d1sq7a_ A:17-31,37-43,237-246 1btm d1btmb_ B:14-29,35-41,238-250 1b9b d1b9bb_ B:516-532,537-543,740-755 1sq7 d1sq7b_ B:17-31,37-43,237-246 1dkw d1dkwa_ A:20-31,37-43,239-250 1dkw d1dkwb_ B:20-31,37-43,239-250 1tpw d1tpwb_ B:17-31,37-43,237-246 1btm d1btma_ A:14-29,35-41,238-251 1tpu d1tpua_ A:17-31,37-43,237-246 1tti d1ttia_ A:20-31,37-43,239-250 1tpw d1tpwa_ A:17-31,37-43,237-246 1hti d1htia_ A:17-32,36-43,237-248 1tpc d1tpc2_ 2:17-31,37-43,237-246 1spq d1spqa_ A:17-31,37-43,237-246 1tph d1tph1_ 1:17-31,37-43,237-246 1tpu d1tpub_ B:17-31,37-43,237-246 1tpv d1tpva_ A:17-31,37-43,237-246 1tmh d1tmhd_ D:17-33,38-44,240-257 1tpc d1tpc1_ 1:17-31,37-43,237-246 1tpb d1tpb1_ 1:17-31,37-43,237-246 1hti d1htib_ B:17-31,37-44,237-246 1su5 d1su5b_ B:17-31,37-43,237-246 1sw7 d1sw7a_ A:17-31,37-43,237-246 1tph d1tph2_ 2:17-31,37-43,237-246 1tpb d1tpb2_ 2:17-31,37-43,237-246 1m6j d1m6ja_ A:17-33,40-46,246-261 7tim d7tima_ A:16-30,36-42,237-248 1tpv d1tpvb_ B:17-31,37-43,237-246 1ssd d1ssda_ A:17-31,37-43,237-246 1nf0 d1nf0b_ B:16-30,36-42,237-248 1sw0 d1sw0a_ A:17-31,37-43,237-246 1nf0 d1nf0a_ A:16-30,36-42,237-248 1tmh d1tmha_ A:17-33,38-44,240-257 1su5 d1su5a_ A:17-31,37-43,237-246 1tmh d1tmhc_ C:17-33,38-44,240-257 1sw0 d1sw0b_ B:17-31,37-43,237-246 1ssg d1ssgb_ B:17-31,37-43,237-246 1sw3 d1sw3a_ A:17-31,37-43,237-246 1r2s d1r2sa_ A:17-31,36-44,237-246 4tim d4timb_ B:17-31,37-43,239-249 3ypi d3ypia_ A:16-30,36-42,237-248 1spq d1spqb_ B:17-31,37-43,237-246 1sw3 d1sw3b_ B:17-31,37-43,237-246 2ypi d2ypia_ A:16-30,36-42,237-247 1aw1 d1aw1b_ B:15-31,36-42,240-255 1aw1 d1aw1h_ H:15-31,36-42,240-255 1aw1 d1aw1k_ K:15-31,36-42,240-255 1aw1 d1aw1e_ E:15-31,36-42,240-255 3ypi d3ypib_ B:16-30,36-42,237-248 1m6j d1m6jb_ B:17-33,40-46,246-261 1sw7 d1sw7b_ B:17-31,37-43,237-246 1ney d1neyb_ B:16-30,36-42,237-248 1ssg d1ssga_ A:17-31,37-43,237-246 1mss d1mssb_ B:17-31,37-44,239-250 1ney d1neya_ A:16-30,36-42,237-248 1ypi d1ypia_ A:16-30,36-42,237-248 1aw2 d1aw2h_ H:15-31,36-42,240-255 1aw2 d1aw2b_ B:15-31,36-42,240-255 1aw2 d1aw2e_ E:15-31,36-42,240-255 1aw2 d1aw2k_ K:15-31,36-42,240-255 1ssd d1ssdb_ B:17-31,37-43,237-246 1tmh d1tmhb_ B:17-33,38-44,240-257 2ypi d2ypib_ B:16-30,35-42,237-247 1iig d1iiga_ A:17-31,37-43,239-250 1aw2 d1aw2a_ A:15-31,36-42,240-256 1aw2 d1aw2d_ D:15-31,36-42,240-256 1aw2 d1aw2j_ J:15-31,36-42,240-256 1aw2 d1aw2g_ G:15-31,36-42,240-256 1tim d1timb_ B:17-32,36-43,237-248 1i45 d1i45b_ B:16-30,36-42,237-248 1i45 d1i45a_ A:16-30,36-42,237-248 8tim d8tima_ A:17-31,36-43,237-246 1aw1 d1aw1a_ A:15-31,36-42,240-256 1aw1 d1aw1d_ D:15-31,36-42,240-256 1aw1 d1aw1g_ G:15-31,36-42,240-256 1aw1 d1aw1j_ J:15-31,36-42,240-256 1m6j d1m6ja_ A:33-41,236-241,246-261 1tsi d1tsia_ A:17-31,37-43,239-250 7tim d7timb_ B:16-30,36-42,237-248 5tim d5timb_ B:17-31,37-43,239-250 1tpd d1tpdb_ B:17-31,37-43,239-250 1iih d1iiha_ A:17-31,37-43,239-250 2oma d2omaa1 A:18-33,60-64,240-251 1m6j d1m6jb_ B:33-41,236-241,246-261 1tre d1treb_ B:17-33,38-44,240-255 1r2s d1r2sd_ D:17-31,36-43,237-246 4tim d4tima_ A:17-31,37-43,239-250 1ag1 d1ag1o_ O:17-31,37-43,239-250 2v5l d2v5lb1 B:317-331,337-343,539-550 1r2s d1r2sb_ B:17-31,36-43,237-246 5tim d5tima_ A:17-31,37-43,239-250 1ypi d1ypib_ B:16-30,35-42,237-248 1tsi d1tsib_ B:17-32,59-63,239-250 6tim d6tima_ A:17-31,37-43,239-250 1tpd d1tpda_ A:17-31,37-43,239-250 3tim d3timb_ B:17-31,37-43,239-250 1sux d1suxa_ A:18-33,60-64,240-251 1tpf d1tpfa_ A:17-31,37-43,239-250 3tim d3tima_ A:17-31,37-43,239-250 1trd d1trdb_ B:17-31,37-43,239-250 1ci1 d1ci1b_ B:18-33,60-64,240-251 1kv5 d1kv5a_ A:17-31,36-43,239-250 1iig d1iigb_ B:317-332,359-363,539-550 1tri d1tria_ A:17-31,37-43,239-250 2oma d2omab1 B:18-33,60-64,240-251 1sux d1suxb_ B:18-33,60-64,240-251 1tpf d1tpfb_ B:17-31,37-43,239-250 1iih d1iihb_ B:317-332,359-363,539-550 1tcd d1tcdb_ B:18-33,60-64,240-251 1ml1 d1ml1e_ E:17-31,37-43,239-250 1ml1 d1ml1g_ G:17-31,37-43,239-250 1ml1 d1ml1i_ I:17-31,37-43,239-250 1ml1 d1ml1a_ A:17-31,37-43,239-250 1ml1 d1ml1k_ K:17-31,37-43,239-250 1ml1 d1ml1c_ C:17-31,37-43,239-250 1tcd d1tcda_ A:18-33,60-64,240-251 1kv5 d1kv5b_ B:17-31,37-43,239-250 6tim d6timb_ B:17-32,59-63,239-250 1tpe d1tpea_ A:17-31,37-43,239-250 1n55 d1n55a_ A:17-32,59-63,239-250 1amk d1amka_ A:17-32,59-63,239-250 1if2 d1if2a_ A:17-32,59-63,239-250 1ci1 d1ci1a_ A:18-33,60-64,240-251 1qds d1qdsa_ A:17-32,59-63,239-250 2v5l d2v5la1 A:17-31,36-43,239-250 1ag1 d1ag1t_ T:17-31,37-43,239-250 8tim d8timb_ B:17-31,37-43,237-248 1tre d1trea_ A:17-35,38-44,240-257 4tim d4timb_ B:17-31,59-63,239-249 1dkw d1dkwb_ B:20-31,229-238,239-250 1dkw d1dkwa_ A:20-31,229-238,239-250 1ttj d1ttja_ A:20-32,59-65,239-250 1kv5 d1kv5a_ A:17-31,59-63,239-250 4tim d4tima_ A:17-31,59-63,239-250 1iih d1iiha_ A:17-31,59-63,239-250 5tim d5timb_ B:17-31,59-63,239-250 5tim d5tima_ A:17-31,59-63,239-250 7tim d7timb_ B:16-30,58-62,237-248 1tpd d1tpda_ A:17-31,59-63,239-250 1tpd d1tpdb_ B:17-31,59-63,239-250 3tim d3timb_ B:17-31,59-63,239-250 1tpe d1tpea_ A:17-31,59-63,239-250 6tim d6tima_ A:17-31,59-63,239-250 1trd d1trdb_ B:17-31,59-63,239-250 2v5l d2v5la1 A:17-31,59-63,239-250 3tim d3tima_ A:17-31,59-63,239-250 1kv5 d1kv5b_ B:17-31,59-63,239-250 1ag1 d1ag1t_ T:17-31,59-63,239-250 2btm d2btma_ A:14-29,58-64,238-250 1btm d1btma_ A:14-29,58-64,238-251 1btm d1btmb_ B:14-29,58-64,238-250 68. c.89.1 Phosphofructokinase Phosphofructokinase consists of two non-similar domains, 3 layers (a/b/a) each ! Domain 1 has mixed sheet of 7 strands, order 3214567; strands 3 & 7 are antiparallel to the rest ! Domain 2 has parallel sheet of 4 strands, order 2314 4pfk d4pfka_ A:13-31,94-102,257-278 1mto d1mtoe_ E:13-31,95-101,257-278 3pfk d3pfka_ A:13-31,95-102,257-278 2pfk d2pfkc_ C:13-31,95-102,257-278 1kzh d1kzhb_ B:86-103,168-174,436-457 2f48 d2f48a1 A:86-103,168-174,436-457 1mto d1mtof_ F:13-31,94-102,257-278 6pfk d6pfkc_ C:13-31,95-102,257-278 1mto d1mtoc_ C:13-31,95-102,257-278 6pfk d6pfka_ A:13-31,95-102,257-278 6pfk d6pfkd_ D:13-31,95-101,257-278 2pfk d2pfkd_ D:13-31,95-102,257-278 6pfk d6pfkb_ B:13-31,95-102,257-278 1mto d1mtob_ B:13-31,94-102,257-278 2pfk d2pfka_ A:13-31,95-102,257-278 1mto d1mtog_ G:13-31,94-102,257-278 2pfk d2pfkb_ B:13-31,95-102,257-278 1mto d1mtod_ D:13-31,95-102,257-278 2f48 d2f48b1 B:86-103,168-174,436-457 1mto d1mtoa_ A:13-31,94-102,257-278 1mto d1mtoh_ H:13-31,94-102,257-278 1mto d1mtoe_ E:13-31,118-123,257-278 1kzh d1kzhb_ B:86-103,196-202,436-457 4pfk d4pfka_ A:13-31,118-123,257-278 2f48 d2f48a1 A:86-103,196-202,436-457 2f48 d2f48b1 B:86-103,196-202,436-457 2pfk d2pfkc_ C:13-31,117-123,257-278 1kzh d1kzha_ A:86-103,168-175,436-457 1mto d1mtof_ F:13-31,118-125,257-278 3pfk d3pfka_ A:13-31,118-123,257-278 2pfk d2pfkd_ D:13-31,117-123,257-278 1mto d1mtoc_ C:13-31,118-123,257-278 2pfk d2pfka_ A:13-31,118-123,257-278 6pfk d6pfka_ A:13-31,118-123,257-278 2pfk d2pfkb_ B:13-31,118-123,257-278 6pfk d6pfkc_ C:13-31,118-123,257-278 1mto d1mtob_ B:13-31,118-123,257-278 1mto d1mtoa_ A:13-31,118-123,257-278 6pfk d6pfkb_ B:13-31,118-123,257-278 6pfk d6pfkd_ D:13-31,118-123,257-278 1mto d1mtog_ G:13-31,118-123,257-278 1kzh d1kzha_ A:86-103,196-204,436-457 1mto d1mtod_ D:13-31,118-123,257-278 1mto d1mtoh_ H:13-31,118-123,257-278 1mto d1mtoe_ E:13-31,32-38,257-278 1mto d1mtob_ B:13-31,32-38,257-278 1mto d1mtog_ G:13-31,32-38,257-278 1mto d1mtod_ D:13-31,32-38,257-278 4pfk d4pfka_ A:13-31,32-38,257-278 6pfk d6pfkc_ C:13-31,32-38,257-278 1mto d1mtoa_ A:13-31,32-38,257-278 6pfk d6pfka_ A:13-31,32-38,257-278 1mto d1mtoc_ C:13-31,32-38,257-278 1mto d1mtof_ F:13-31,32-38,257-278 1mto d1mtoh_ H:13-31,32-38,257-278 6pfk d6pfkd_ D:13-31,32-38,257-278 3pfk d3pfka_ A:13-31,32-38,257-278 6pfk d6pfkb_ B:13-31,32-38,257-278 2pfk d2pfka_ A:13-31,32-38,257-278 2pfk d2pfkc_ C:13-31,32-38,257-278 2pfk d2pfkd_ D:13-31,32-38,257-278 2pfk d2pfkb_ B:13-31,32-38,257-278 1mto d1mtoe_ E:197-212,214-222,307-319 1mto d1mtof_ F:197-212,214-222,307-319 71. c.84.1 Phosphoglucomutase, first 3 domains Phosphoglucomutase, first 3 domains consists of three similar domains with 3 layers (a/b/a) each; duplication ! core: mixed beta-sheet of 4 strands, order 2134, strand 4 is antiparallel to the rest 1k2y d1k2yx2 X:183-196,236-242,341-357 2fkf d2fkfa2 A:183-196,236-242,341-357 3c04 d3c04a2 A:183-196,236-242,341-357 2fkm d2fkmx2 X:183-196,236-242,341-357 2h5a d2h5ax2 X:183-196,236-242,341-357 3bkq d3bkqx2 X:183-196,236-242,341-357 1pcj d1pcjx2 X:183-196,236-242,341-357 1pcm d1pcmx2 X:183-196,236-242,341-357 2h4l d2h4lx2 X:183-196,236-242,341-357 1p5g d1p5gx2 X:183-196,236-242,341-357 1p5d d1p5dx2 X:183-196,236-242,341-357 1k35 d1k35a2 A:183-196,236-242,341-357 1kfi d1kfia2 A:241-255,302-308,406-423 1c47 d1c47a2 A:227-241,281-287,389-405 1c4g d1c4ga2 A:227-241,281-287,389-405 1kfi d1kfib2 B:241-255,302-308,406-423 1c47 d1c47b2 B:227-241,281-287,389-405 1kfq d1kfqa2 A:241-255,302-308,406-425 3pmg d3pmga2 A:227-241,281-287,389-405 1vkl d1vkla2 A:227-241,281-287,389-405 3pmg d3pmgb2 B:227-241,281-287,389-405 1kfq d1kfqa3 A:218-229,232-237,406-425 1jdy d1jdya2 A:227-241,281-287,389-405 1lxt d1lxta2 A:227-241,281-287,389-405 1kfq d1kfqb2 B:241-255,302-308,406-425 1jdy d1jdyb2 B:227-241,281-287,389-405 1vkl d1vklb2 B:227-241,281-287,389-405 1kfq d1kfqb3 B:218-229,232-237,406-425 1c4g d1c4gb2 B:226-241,281-287,389-405 1lxt d1lxtb2 B:227-241,281-287,389-405 1c47 d1c47a3 A:304-316,371-376,389-405 1c4g d1c4ga3 A:304-316,369-376,389-405 1kfi d1kfia3 A:324-336,388-393,406-423 1kfi d1kfib3 B:324-336,388-393,406-423 1pcj d1pcjx3 X:259-276,321-326,341-357 2fkm d2fkmx3 X:259-276,321-326,341-357 2h5a d2h5ax3 X:259-276,321-326,341-357 1p5d d1p5dx3 X:259-276,321-326,341-357 2fkf d2fkfa3 A:259-276,321-326,341-357 1lxt d1lxta3 A:304-316,371-376,389-405 2h4l d2h4lx3 X:259-276,321-326,341-357 3c04 d3c04a3 A:259-276,321-326,341-357 3pmg d3pmga3 A:304-316,371-376,389-405 1jdy d1jdya3 A:304-316,371-376,389-405 1p5g d1p5gx3 X:259-276,321-326,341-357 1pcm d1pcmx3 X:259-276,321-326,341-357 3pmg d3pmgb3 B:304-316,371-376,389-405 1vkl d1vkla3 A:304-316,371-376,389-405 1k35 d1k35a3 A:259-276,321-326,341-357 1k2y d1k2yx2 X:183-196,196-203,341-357 1c4g d1c4gb3 B:304-316,369-376,389-405 1vkl d1vklb3 B:304-316,371-376,389-405 3bkq d3bkqx3 X:259-276,321-326,341-357 1jdy d1jdyb3 B:304-316,371-376,389-405 1c47 d1c47b3 B:304-316,369-376,389-405 1lxt d1lxtb3 B:304-316,369-376,389-405 1k2y d1k2yx3 X:259-276,321-326,341-357 1k35 d1k35a2 A:183-196,196-203,341-357 2fkm d2fkmx2 X:183-196,196-203,341-357 2h5a d2h5ax2 X:183-196,196-203,341-357 1p5d d1p5dx2 X:183-196,196-203,341-357 2h4l d2h4lx2 X:183-196,196-203,341-357 1p5g d1p5gx2 X:183-196,196-203,341-357 1kfq d1kfqa3 A:324-336,388-393,406-425 1kfq d1kfqb3 B:324-336,388-393,406-425 1c4g d1c4gb2 B:203-213,281-287,389-405 2fkf d2fkfa2 A:183-196,196-206,341-357 72. c.141.1 Glycerate kinase I Glycerate kinase I consists of two different alpha/beta domains; (1) of the Flavodoxin-like fold (scop_cf 52171); (2) similar to the Restriction endonuclease-like fold (scop_cf 52979), inserted into domain 1 1to6 d1to6b_ B:45-57,125-131,261-271 1to6 d1to6a_ A:45-57,125-131,261-271 1to6 d1to6b_ B:45-57,184-190,261-271 1to6 d1to6a_ A:45-57,184-190,261-271 1to6 d1to6b_ B:45-57,82-88,261-271 1to6 d1to6a_ A:45-57,82-88,261-271 1to6 d1to6b_ B:15-32,311-318,350-369 1to6 d1to6a_ A:15-32,310-318,350-369 1to6 d1to6b_ B:15-32,280-288,350-369 1to6 d1to6a_ A:15-32,280-288,350-369 1to6 d1to6b_ B:15-32,34-41,350-369 1to6 d1to6a_ A:140-148,149-154,216-233 1to6 d1to6b_ B:140-148,149-153,213-233 73. c.62.1 vWA-like vWA-like core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 6 strands, order 321456; strand 3 is antiparallel to the rest 1tye d1tyeb2 B:127-147,242-251,336-351 1jey d1jeya2 A:58-78,161-171,238-252 1tye d1tyed2 D:127-147,242-251,336-351 1sht d1shtx_ X:55-75,140-148,204-216 1tye d1tyeb2 B:127-147,304-311,336-351 1tye d1tyed2 D:127-147,304-311,336-351 1jeq d1jeqa4 A:58-78,198-206,238-252 1rtk d1rtka2 A:257-279,397-405,432-445 1rs0 d1rs0a2 A:257-279,397-405,432-445 1rrk d1rrka2 A:257-279,397-405,432-445 1jey d1jeya2 A:58-78,198-206,238-252 1t6b d1t6by_ Y:55-74,171-178,201-210 1jeq d1jeqa4 A:58-78,162-171,238-252 2i91 d2i91a2 A:391-408,494-501,523-536 2i91 d2i91b2 B:391-408,494-501,523-536 1jey d1jeyb2 B:29-49,159-165,226-234 1jeq d1jeqb2 B:29-49,159-165,226-234 1yvp d1yvpa2 A:391-408,494-501,523-536 1lfa d1lfab_ B:143-162,254-262,291-306 3e2m d3e2mb1 B:143-162,254-262,291-306 1lfa d1lfaa_ A:143-162,254-262,291-306 3bqn d3bqnc1 C:143-162,254-262,291-306 1m2o d1m2oc3 C:133-152,281-290,377-389 2ica d2icaa1 A:143-162,254-262,291-306 1m2o d1m2oa3 A:133-152,281-290,377-389 1yvr d1yvra2 A:391-408,494-501,523-536 1yvp d1yvpb2 B:391-408,494-501,523-536 1tye d1tyef2 F:124-147,304-311,336-351 1pt6 d1pt6b_ B:157-173,245-253,323-334 1zop d1zopa_ A:143-162,254-262,291-306 1zoo d1zooa_ A:143-162,254-262,291-306 1tye d1tyef2 F:124-147,242-251,336-351 1xdd d1xddb_ B:143-162,254-262,291-306 1zop d1zopb_ B:143-162,254-262,291-306 1zoo d1zoob_ B:143-162,254-262,291-306 3bqm d3bqmc1 C:143-162,254-262,291-306 1rd4 d1rd4d_ D:143-162,254-262,291-306 3e2m d3e2ma1 A:143-162,254-262,291-306 1rd4 d1rd4b_ B:143-162,254-262,291-306 1t6b d1t6by_ Y:55-74,140-148,201-210 1rd4 d1rd4c_ C:143-162,254-262,291-306 3bqn d3bqnb1 B:143-162,254-262,291-306 1rd4 d1rd4a_ A:143-162,254-262,291-306 1sht d1shtx_ X:55-75,171-178,204-216 1rtk d1rtka2 A:257-279,355-364,432-445 2i91 d2i91a2 A:391-408,462-469,523-536 2i91 d2i91b2 B:391-408,462-469,523-536 2o7n d2o7na1 A:143-165,230-239,291-307 3bqm d3bqmb1 B:143-162,254-262,291-306 1rrk d1rrka2 A:257-279,355-364,432-445 1rs0 d1rs0a2 A:257-279,355-364,432-445 1xuo d1xuob1 B:143-162,254-262,291-302 1yvp d1yvpb2 B:391-408,462-469,523-536 1cqp d1cqpb_ B:143-162,254-262,291-306 1shu d1shux_ X:55-74,171-178,203-217 1xdg d1xdgb_ B:143-162,254-262,291-306 1yvp d1yvpa2 A:391-408,462-469,523-536 1cqp d1cqpa_ A:143-162,254-262,291-306 1ck4 d1ck4a_ A:161-177,249-257,327-336 1xdg d1xdga_ A:143-162,254-262,291-306 2o7n d2o7na1 A:143-165,254-262,291-307 1yvr d1yvra2 A:391-408,462-469,523-536 1xuo d1xuoa1 A:143-162,254-262,291-303 1m2v d1m2va3 A:133-151,341-349,377-389 1m2v d1m2vb3 B:320-333,439-447,533-551 1mhp d1mhpa_ A:161-177,249-257,327-336 1mhp d1mhpb_ B:161-177,249-257,327-336 1shu d1shux_ X:55-74,140-148,203-217 1dzi d1dzia_ A:158-173,275-282,317-326 1xdd d1xdda_ A:143-162,254-262,291-307 1ido d1idoa_ A:146-165,264-271,301-315 1m2v d1m2va3 A:133-151,281-289,377-389 1qc5 d1qc5a_ A:47-63,134-143,213-221 2qtv d2qtva3 A:133-151,281-290,377-389 1m2o d1m2oc3 C:133-152,340-349,377-389 1qc5 d1qc5b_ B:347-363,434-443,513-521 1yvp d1yvpa2 A:391-408,515-521,523-536 1n3y d1n3ya_ A:144-163,231-240,306-317 1yvr d1yvra2 A:391-408,515-521,523-536 1m1u d1m1ua_ A:146-165,264-271,301-315 2ok5 d2ok5a1 A:261-279,354-364,432-448 1rrk d1rrka2 A:257-279,426-430,432-445 1m2o d1m2oa3 A:133-152,340-349,377-389 1n9z d1n9za_ A:146-165,264-271,301-315 1aox d1aoxa_ A:158-174,245-254,324-335 1rtk d1rtka2 A:257-279,426-430,432-445 1yvp d1yvpb2 B:391-408,515-521,523-536 1bhq d1bhq1_ 1:146-165,234-242,308-321 1t6b d1t6by_ Y:55-74,195-199,201-210 1bho d1bho1_ 1:146-165,234-242,308-321 1rs0 d1rs0a2 A:257-279,426-430,432-445 1qc5 d1qc5a_ A:47-63,164-172,206-214 1qc5 d1qc5b_ B:347-363,464-472,506-514 2ica d2icaa1 A:143-162,230-239,291-306 1bhq d1bhq2_ 2:446-465,534-542,608-621 2i91 d2i91a2 A:391-408,515-521,523-536 2i91 d2i91b2 B:391-408,515-521,523-536 2ok5 d2ok5a1 A:261-279,397-406,432-448 1v7p d1v7pc_ C:158-174,245-254,324-335 1u0o d1u0oc1 C:526-545,614-623,686-698 1bho d1bho2_ 2:446-465,534-542,608-621 1atz d1atza_ A:940-958,1057-1065,1090-1102 1atz d1atzb_ B:940-958,1057-1065,1090-1102 1fe8 d1fe8a_ A:940-958,1057-1065,1090-1102 2adf d2adfa1 A:940-958,1057-1065,1090-1101 3bqn d3bqnc1 C:143-162,230-239,291-306 1lfa d1lfab_ B:143-162,230-239,291-306 1fe8 d1fe8c_ C:940-958,1057-1065,1090-1102 1ao3 d1ao3b_ B:18-36,135-143,168-180 2b2x d2b2xb1 B:161-175,250-257,327-336 1xdd d1xddb_ B:143-162,230-239,291-306 3e2m d3e2mb1 B:143-162,230-239,291-306 1qc5 d1qc5a_ A:47-63,134-143,206-214 1pd0 d1pd0a3 A:320-333,439-447,533-550 1qc5 d1qc5b_ B:347-363,434-443,506-514 1zop d1zopb_ B:143-162,230-239,291-306 1zoo d1zoob_ B:143-162,230-239,291-306 1lfa d1lfaa_ A:143-162,230-239,291-306 1cqp d1cqpa_ A:143-162,230-239,291-306 1oak d1oaka_ A:526-545,614-623,686-699 3bqm d3bqmc1 C:143-162,230-239,291-306 1cqp d1cqpb_ B:143-162,230-239,291-306 1idn d1idn1_ 1:146-165,234-242,308-321 1fe8 d1fe8b_ B:940-958,1057-1065,1090-1101 1zop d1zopa_ A:143-162,230-239,291-306 1zoo d1zooa_ A:143-162,230-239,291-306 1pcx d1pcxa3 A:320-333,439-447,533-550 1idn d1idn2_ 2:446-465,534-542,608-621 1tye d1tyed2 D:127-147,328-333,336-351 1pd1 d1pd1a3 A:320-333,439-447,533-550 1aox d1aoxb_ B:158-174,245-254,320-335 1tye d1tyeb2 B:127-147,328-333,336-351 1xdg d1xdga_ A:143-162,230-239,291-306 1aox d1aoxb_ B:158-174,275-283,320-335 1auq d1auqa_ A:526-545,614-623,686-699 1ao3 d1ao3a_ A:18-36,135-143,168-180 1ijb d1ijba_ A:526-545,614-623,686-699 3bqm d3bqmb1 B:143-162,230-239,291-306 3e2m d3e2ma1 A:143-162,230-239,291-306 3bqn d3bqnb1 B:143-162,230-239,291-306 1mq9 d1mq9a_ A:143-162,230-239,292-300 1m2v d1m2vb3 B:320-333,494-504,533-551 1xdg d1xdgb_ B:143-162,230-239,291-306 1rd4 d1rd4c_ C:143-162,230-239,291-306 1xuo d1xuoa1 A:143-162,230-239,291-303 1rd4 d1rd4d_ D:143-162,230-239,291-306 1rd4 d1rd4b_ B:143-162,230-239,291-306 1qcy d1qcya_ A:157-172,244-253,323-333 1rd4 d1rd4a_ A:143-162,230-239,291-306 1ijk d1ijka_ A:526-545,614-623,686-699 1dgq d1dgqa_ A:143-162,254-262,291-311 1xuo d1xuob1 B:143-162,230-239,291-302 1sht d1shtx_ X:55-75,195-199,204-216 1m10 d1m10a_ A:526-545,614-623,686-699 1fns d1fnsa_ A:526-545,614-623,686-699 1mf7 d1mf7a_ A:146-165,233-242,308-319 1xdd d1xdda_ A:143-162,230-239,291-307 1mqa d1mqaa_ A:143-162,230-238,292-300 2qtv d2qtva3 A:133-151,340-349,377-389 1n9z d1n9za_ A:146-165,233-242,301-315 1dzi d1dzia_ A:158-173,245-254,317-326 1jlm d1jlma_ A:146-165,233-242,308-318 1na5 d1na5a_ A:146-165,233-242,308-319 1tye d1tyef2 F:124-147,328-333,336-351 1pd0 d1pd0a3 A:320-333,494-503,533-550 1dgq d1dgqa_ A:143-162,230-239,291-311 1jey d1jeyb2 B:29-49,128-136,226-234 1pcx d1pcxa3 A:320-333,494-503,533-550 1shu d1shux_ X:55-74,195-199,203-217 1atz d1atza_ A:940-958,1029-1038,1090-1102 1fe8 d1fe8c_ C:940-958,1029-1038,1090-1102 1atz d1atzb_ B:940-958,1029-1038,1090-1102 1aox d1aoxb_ B:158-174,179-188,320-335 1v7p d1v7pc_ C:158-174,179-188,324-335 1fe8 d1fe8a_ A:940-958,1029-1038,1090-1102 1pd1 d1pd1a3 A:320-333,494-503,533-550 1aox d1aoxa_ A:158-174,179-188,324-335 1fe8 d1fe8b_ B:940-958,1029-1038,1090-1101 1sq0 d1sq0a_ A:526-545,614-623,686-699 1ao3 d1ao3b_ B:18-36,107-116,168-180 2adf d2adfa1 A:940-958,1029-1038,1090-1101 1atz d1atzb_ B:940-958,1029-1038,1101-1110 1ao3 d1ao3a_ A:18-36,107-116,168-180 1fe8 d1fe8a_ A:940-958,1029-1038,1101-1110 1uex d1uexc_ C:526-544,614-623,686-699 1zon d1zona_ A:143-162,230-239,298-308 1ido d1idoa_ A:146-165,233-242,301-315 1m1u d1m1ua_ A:146-165,233-242,301-315 1u0n d1u0na1 A:526-544,614-623,686-699 1mjn d1mjna_ A:143-162,230-239,297-306 1atz d1atzb_ B:940-958,964-973,1101-1110 74. c.56.2 Purine and uridine phosphorylases complex architecture; contains mixed beta-sheet of 8 strands, order 23415867, strands 3, 6 & 7 are antiparallel to the rest; and barrel, closed; n=5, S=8 ! Phosphorylase/hydrolase-like core: 3 layers, a/b/a ; mixed sheet of 5 strands: order 21354; strand 4 is antiparallel to the rest; contains crossover loops 1ybf d1ybfa_ A:34-46,63-69,230-250 1jdt d1jdtc_ C:22-34,54-62,219-236 1rxc d1rxch_ H:27-39,59-68,236-253 1t8s d1t8sd_ D:206-224,270-278,447-467 1t8s d1t8sf_ F:206-224,270-278,447-467 1lvu d1lvuf_ F:2032-2043,2109-2120,2266-2282 1jdv d1jdve_ E:22-34,54-62,218-236 1sq6 d1sq6a_ A:32-44,64-73,232-252 1lv8 d1lv8f_ F:2032-2043,2109-2120,2265-2282 1t8s d1t8sc_ C:206-224,270-278,447-467 1rt9 d1rt9a1 A:32-43,75-83,267-283 2q7o d2q7oe1 E:35-43,75-83,267-283 1jdv d1jdva_ A:22-34,54-62,218-236 1jdv d1jdvd_ D:22-34,54-62,218-236 1lvu d1lvue_ E:1032-1043,1109-1120,1265-1282 1t8s d1t8se_ E:206-224,270-278,447-467 1t8s d1t8sb_ B:206-224,270-278,446-467 1t8s d1t8sa_ A:206-224,270-278,447-467 1rr6 d1rr6a1 A:32-43,75-83,267-283 1jds d1jdse_ E:22-34,54-62,218-236 1jdv d1jdvb_ B:22-34,54-62,218-236 1jds d1jdsb_ B:22-34,54-62,218-236 1rxc d1rxca_ 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1nc3 d1nc3b_ B:9-20,40-48,210-230 1lv8 d1lv8e_ E:1032-1043,1075-1083,1266-1283 1jdt d1jdtb_ B:22-34,54-62,215-236 1je0 d1je0b_ B:22-34,54-62,217-236 1q1g d1q1ge_ E:24-36,56-65,222-245 1ulb d1ulba_ A:32-43,109-120,265-282 1nw4 d1nw4c_ C:24-36,56-65,222-245 1pr5 d1pr5c_ C:21-33,54-62,219-237 1nw4 d1nw4b_ B:24-36,56-65,222-245 1jdu d1jduc_ C:22-34,54-62,215-236 1q1g d1q1gf_ F:24-36,56-65,222-245 1pr4 d1pr4c_ C:21-33,54-62,217-237 1jdt d1jdta_ A:22-34,54-62,215-236 1nw4 d1nw4a_ A:24-36,56-65,222-245 1yry d1yrye1 E:32-43,109-120,265-283 1jds d1jdsc_ C:22-34,54-62,215-236 1v41 d1v41e_ E:32-43,75-83,263-283 1lv8 d1lv8a_ A:32-43,109-120,266-283 1jds d1jdsf_ F:22-34,54-62,215-236 1jp7 d1jp7a_ A:22-34,54-62,216-236 1je1 d1je1f_ F:22-34,54-62,215-236 1je1 d1je1c_ C:22-34,54-62,215-236 1lvu d1lvuf_ F:2032-2043,2075-2083,2266-2282 1a9o d1a9oa_ A:32-42,109-120,265-282 1lv8 d1lv8b_ B:1035-1043,1075-1083,1266-1282 1odj d1odjc_ C:22-34,55-63,213-235 1jdv d1jdvc_ C:22-34,54-62,215-236 1v41 d1v41e_ 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d1b8oa_ A:33-42,109-120,256-268 1a9t d1a9ta_ A:33-42,109-120,256-268 1a9s d1a9sa_ A:33-42,109-120,256-268 2ai3 d2ai3a1 A:32-42,109-120,256-268 1n3i d1n3ic_ C:36-46,111-124,253-268 1a9p d1a9pa_ A:33-42,109-120,256-268 2ai1 d2ai1a1 A:32-42,109-120,256-268 1ybf d1ybfb_ B:34-46,89-100,231-252 1g2o d1g2ob_ B:36-46,221-233,253-268 1pf7 d1pf7e_ E:32-42,109-120,256-266 1n3i d1n3ib_ B:36-46,221-233,253-268 1n3i d1n3ia_ A:36-46,221-233,253-268 1g2o d1g2oa_ A:36-46,221-233,253-268 1n3i d1n3ic_ C:36-46,221-233,253-268 1g2o d1g2oc_ C:36-46,221-233,253-268 1g2o d1g2oc_ C:36-46,113-124,242-254 1g2o d1g2ob_ B:36-46,113-124,242-254 1g2o d1g2oa_ A:36-46,113-124,242-254 1n3i d1n3ib_ B:36-46,113-124,242-254 1n3i d1n3ia_ A:36-46,113-124,242-254 1vfn d1vfna_ A:33-42,233-243,256-266 1i80 d1i80a_ A:38-46,113-124,242-254 1pf7 d1pf7e_ E:32-42,233-245,256-266 1i80 d1i80c_ C:35-42,111-124,242-254 1fxu d1fxua_ A:32-42,233-245,256-268 1n3i d1n3ic_ C:36-46,111-124,242-254 4pnp d4pnpa_ A:33-42,233-244,256-268 1b8o d1b8oa_ A:33-42,233-244,256-268 1a9p d1a9pa_ A:33-42,233-244,256-268 1a9s d1a9sa_ A:33-42,233-244,256-268 1t8s d1t8sd_ D:206-224,298-309,447-467 1b8n d1b8na_ A:33-42,233-244,256-268 1t8s d1t8sb_ B:206-224,298-309,446-467 1t8s d1t8sf_ F:206-224,298-309,447-467 1a9t d1a9ta_ A:33-42,233-242,256-268 1t8s d1t8sc_ C:206-224,298-309,447-467 2ai3 d2ai3a1 A:32-42,233-243,256-268 1t8s d1t8se_ E:206-224,298-309,447-467 1t8s d1t8sa_ A:206-224,298-309,447-467 1i80 d1i80c_ C:35-42,221-233,242-254 1t8w d1t8wa_ A:206-224,298-309,442-467 1t8y d1t8ya_ A:206-224,298-309,442-467 1t8w d1t8wc_ C:206-224,298-309,442-467 1t8w d1t8we_ E:206-224,298-309,442-467 1t8r d1t8rf_ F:206-224,298-309,442-467 1t8w d1t8wd_ D:206-224,298-309,442-467 1t8r d1t8rb_ B:206-224,298-309,442-467 1t8y d1t8ye_ E:206-224,298-309,442-467 1t8y d1t8yc_ C:206-224,298-309,442-467 1t8w d1t8wb_ B:206-224,298-309,442-467 1t8y d1t8yb_ B:206-224,298-309,442-467 1t8w d1t8wf_ F:206-224,298-309,442-467 1t8r d1t8re_ E:206-224,298-309,442-467 1t8r d1t8ra_ A:206-224,298-309,442-467 1t8y d1t8yf_ F:206-224,298-309,442-467 1t8y d1t8yd_ D:206-224,298-309,442-467 1t8r d1t8rd_ D:206-224,298-309,442-467 2ai1 d2ai1a1 A:32-42,233-244,256-268 1t8r d1t8rc_ C:206-224,298-309,442-467 1g2o d1g2oc_ C:36-46,221-233,242-254 1g2o d1g2ob_ B:36-46,221-233,242-254 1n3i d1n3ic_ C:36-46,221-233,242-254 1n3i d1n3ib_ B:36-46,221-233,242-254 1g2o d1g2oa_ A:36-46,221-233,242-254 1n3i d1n3ia_ A:36-46,221-233,242-254 75. c.23.17 Precorrin-8X methylmutase CbiC/CobH fold elaborated with additional structures ! Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1v9c d1v9ca_ A:73-81,128-135,189-207 1v9c d1v9cb_ B:73-81,127-135,189-207 1ou0 d1ou0b_ B:77-85,129-136,191-206 1ou0 d1ou0a_ A:77-85,129-136,191-206 1ou0 d1ou0d_ D:77-85,129-136,191-206 1ou0 d1ou0c_ C:77-85,129-136,191-206 1f2v d1f2va_ A:78-86,130-136,194-208 1i1h d1i1ha_ A:78-86,130-136,194-208 1v9c d1v9cb_ B:81-89,89-95,189-207 1f2v d1f2va_ A:78-86,94-98,194-208 1ou0 d1ou0a_ A:77-85,157-163,191-206 1ou0 d1ou0b_ B:77-85,92-97,191-206 1ou0 d1ou0d_ D:77-85,92-97,191-206 1ou0 d1ou0a_ A:77-85,92-97,191-206 1ou0 d1ou0b_ B:77-85,157-163,191-206 1ou0 d1ou0c_ C:77-85,92-97,191-206 1ou0 d1ou0c_ C:77-85,157-163,191-206 1ou0 d1ou0d_ D:77-85,157-163,191-206 1v9c d1v9cb_ B:73-81,154-160,189-207 1v9c d1v9ca_ A:73-81,154-160,189-207 1f2v d1f2va_ A:78-86,157-162,194-208 1i1h d1i1ha_ A:78-86,157-162,194-208 1v9c d1v9ca_ A:81-89,90-94,189-207 76. c.23.12 Formate/glycerate dehydrogenase catalytic domain-like Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1k0u d1k0uf2 F:56-70,125-131,353-375 2h5l d2h5le2 E:56-70,125-131,353-375 2h5l d2h5lg2 G:56-70,125-131,353-375 2h5l d2h5lc2 C:56-70,125-131,353-375 2h5l d2h5lh2 H:56-70,125-131,353-375 2h5l d2h5ld2 D:56-70,125-131,353-375 1k0u d1k0uh2 H:56-70,125-131,353-375 2h5l d2h5lf2 F:56-70,125-131,353-375 2h5l d2h5la2 A:56-70,125-131,353-375 2h5l d2h5lb2 B:56-70,125-131,353-375 1k0u d1k0ua2 A:56-70,125-131,353-375 1sc6 d1sc6d2 D:20-31,55-60,296-319 1k0u d1k0ub2 B:56-70,125-131,353-375 1k0u d1k0ud2 D:56-70,125-131,353-375 1k0u d1k0ue2 E:56-70,125-131,353-375 1k0u d1k0uc2 C:56-70,125-131,353-375 1k0u d1k0ug2 G:56-70,125-131,353-375 1d4f d1d4fa2 A:56-70,125-131,353-375 1ky5 d1ky5a2 A:56-70,125-131,353-375 1ky5 d1ky5d2 D:3056-3070,3125-3131,3353-3375 1ky5 d1ky5b2 B:1056-1070,1125-1131,1353-1375 1a7a d1a7ab2 B:57-71,126-132,354-376 1ky5 d1ky5c2 C:2056-2070,2125-2131,2353-2375 1a7a d1a7aa2 A:57-71,126-132,354-376 1gdh d1gdhb2 B:12-24,47-53,292-313 1li4 d1li4a2 A:57-71,126-132,354-376 1d4f d1d4fc2 C:56-70,125-131,353-375 1sc6 d1sc6b2 B:20-31,55-60,297-319 1d4f d1d4fd2 D:56-70,125-131,353-375 1d4f d1d4fb2 B:56-70,125-131,353-375 1xwf d1xwfb2 B:56-70,125-131,353-375 1xwf d1xwfa2 A:56-70,125-131,353-375 2p9e d2p9eb2 B:20-31,55-60,297-319 1xwf d1xwfd2 D:56-70,125-131,353-375 1ky4 d1ky4a2 A:56-70,125-131,353-375 1xwf d1xwfc2 C:56-70,125-131,353-375 1ky4 d1ky4b2 B:1056-1070,1125-1131,1353-1375 1ky4 d1ky4c2 C:2056-2070,2125-2131,2353-2375 1b3r d1b3rb2 B:56-70,125-131,353-375 2p9e d2p9ed2 D:20-31,55-60,297-319 1ky4 d1ky4d2 D:3056-3070,3125-3131,3353-3375 1b3r d1b3ra2 A:56-70,125-131,353-375 1b3r d1b3rc2 C:56-70,125-131,353-375 1yba d1ybad2 D:20-31,55-60,297-319 1sc6 d1sc6c2 C:20-31,55-60,299-319 1b3r d1b3rd2 D:56-70,125-131,353-375 2p9c d2p9ca2 A:20-31,55-60,297-319 2dld d2dlda2 A:10-25,26-33,302-323 1psd d1psda2 A:20-31,55-60,297-319 2p9g d2p9gb2 B:20-31,55-60,297-319 2pa3 d2pa3a2 A:20-31,55-60,297-319 2p9c d2p9cb2 B:20-31,55-60,297-319 2p9g d2p9ga2 A:20-31,55-60,297-319 1psd d1psdb2 B:20-31,55-60,297-319 1sc6 d1sc6a2 A:20-31,55-60,296-319 1yba d1ybac2 C:20-31,55-60,297-319 1yba d1ybab2 B:20-31,55-60,297-319 2p9e d2p9ea2 A:20-31,55-60,297-319 1yba d1ybaa2 A:20-31,55-60,297-319 1dxy d1dxya2 A:9-24,25-31,300-322 1j49 d1j49a2 A:10-25,27-33,302-323 2dld d2dldb2 B:10-25,26-33,302-323 2p9e d2p9ec2 C:20-31,55-60,297-319 1j49 d1j49b2 B:10-25,27-33,302-323 1sc6 d1sc6d2 D:20-31,77-82,296-319 1dxy d1dxya2 A:9-24,46-51,300-322 2dld d2dlda2 A:10-25,48-53,302-323 2dld d2dldb2 B:10-25,48-53,302-323 1ygy d1ygyb2 B:14-22,46-51,285-306 1qp8 d1qp8a2 A:10-21,33-38,267-288 1j4a d1j4ac2 C:10-25,27-33,302-323 1sc6 d1sc6c2 C:20-31,77-82,299-319 1gdh d1gdhb2 B:12-24,70-77,292-313 1j4a d1j4ab2 B:10-25,27-33,302-323 1j4a d1j4aa2 A:10-25,27-33,302-323 1j4a d1j4ad2 D:10-25,27-33,302-323 1hl3 d1hl3a2 A:27-35,60-65,309-331 1v8b d1v8bd2 D:56-70,129-135,399-424 1v8b d1v8bb2 B:56-70,129-135,399-424 2p9c d2p9ca2 A:20-31,77-82,297-319 1v8b d1v8ba2 A:56-70,129-135,399-424 1gdh d1gdha2 A:12-23,47-52,292-313 1sc6 d1sc6b2 B:20-31,77-82,297-319 1v8b d1v8bc2 C:56-70,129-135,399-424 1mx3 d1mx3a2 A:38-46,71-76,320-342 1gdh d1gdha2 A:12-23,70-77,292-313 1hku d1hkua2 A:26-35,60-65,309-331 2p9e d2p9ed2 D:20-31,77-82,297-319 1j4a d1j4aa2 A:10-25,48-53,302-323 1j4a d1j4ad2 D:10-25,48-53,302-323 2p9g d2p9ga2 A:20-31,77-82,297-319 1j4a d1j4ab2 B:10-25,48-53,302-323 2p9e d2p9eb2 B:20-31,77-82,297-319 1yba d1ybab2 B:20-31,77-82,297-319 2p9c d2p9cb2 B:20-31,77-82,297-319 2h5l d2h5ld2 D:56-70,71-77,353-375 2h5l d2h5le2 E:56-70,71-77,353-375 2h5l d2h5lh2 H:56-70,71-77,353-375 2h5l d2h5lc2 C:56-70,71-77,353-375 2h5l d2h5lb2 B:56-70,71-77,353-375 2h5l d2h5la2 A:56-70,71-77,353-375 2h5l d2h5lg2 G:56-70,71-77,353-375 2h5l d2h5lf2 F:56-70,71-77,353-375 1xwf d1xwfd2 D:56-70,71-77,353-375 1xwf d1xwfb2 B:56-70,71-77,353-375 1xwf d1xwfc2 C:56-70,71-77,353-375 1k0u d1k0ug2 G:56-70,71-77,353-375 1k0u d1k0ue2 E:56-70,71-77,353-375 1xwf d1xwfa2 A:56-70,71-77,353-375 1li4 d1li4a2 A:57-71,72-78,354-376 1hku d1hkua2 A:26-35,37-44,309-331 1b3r d1b3ra2 A:56-70,71-77,353-375 1sc6 d1sc6a2 A:20-31,75-82,296-319 1ky4 d1ky4c2 C:2056-2070,2071-2077,2353-2375 1ky4 d1ky4a2 A:56-70,71-77,353-375 1ky4 d1ky4d2 D:3056-3070,3071-3077,3353-3375 1b3r d1b3rd2 D:56-70,71-77,353-375 1gdh d1gdha2 A:12-23,23-29,292-313 1say d1saya2 A:19-30,31-37,316-327 2pa3 d2pa3a2 A:20-31,75-82,297-319 1gdh d1gdhb2 B:12-24,23-29,292-313 1b3r d1b3rc2 C:56-70,71-77,353-375 1yba d1ybad2 D:20-31,75-82,297-319 1b3r d1b3rb2 B:56-70,71-77,353-375 1yba d1ybac2 C:20-31,75-82,297-319 1pjc d1pjca2 A:19-30,31-37,316-327 2p9g d2p9gb2 B:20-31,75-82,297-319 1yba d1ybaa2 A:20-31,75-82,297-319 1psd d1psda2 A:20-31,75-82,297-319 2p9e d2p9ea2 A:20-31,75-82,297-319 1psd d1psdb2 B:20-31,75-82,297-319 2p9e d2p9ec2 C:20-31,75-82,297-319 1pjb d1pjba2 A:19-30,31-37,316-327 1ky4 d1ky4b2 B:1056-1070,1071-1079,1353-1375 1hl3 d1hl3a2 A:27-35,38-44,309-331 1mx3 d1mx3a2 A:38-46,49-55,320-342 1hl3 d1hl3a2 A:27-35,82-87,309-331 1ygy d1ygyb2 B:14-22,68-73,285-306 1pjc d1pjca2 A:19-30,68-75,304-317 79. d.198.3 YjbR-like overall similar to the Type III secretory system chaperone subunits; different shape of the beta-sheet ! Secretion chaperone-like alpha-beta(3)-alpha-beta(2)-alpha; 2 layers: alpha/beta 2a1v d2a1va1 A:9-21,43-52,100-121 2a1v d2a1va1 A:9-21,22-27,100-121 2fki d2fkia1 A:2-14,36-43,88-108 80. c.119.1 DAK1/DegV-like domain folds and architecture show some similarity to the tubulin-like GTPases; the nucleotide-binding sites of the Dihydroxyacetone kinase and tubulin families are different ! DAK1/DegV-like 2 different domains; d1: [core: 3 layers, a/b/a; parallel sheet of 5 strands, order: 2134]; D2: [2 layers, a/b; mixed sheet of 6 strands, order 321645; strands 2 and 6 are antiparallel to the rest] 1un8 d1un8a4 A:8-24,28-33,61-69 1un8 d1un8b4 B:8-24,28-33,61-69 1uod d1uodb_ B:20-34,35-40,66-74 1uoe d1uoea_ A:20-34,35-40,66-74 1oi2 d1oi2b_ B:20-34,35-40,66-74 1oi3 d1oi3a_ A:20-34,35-40,66-74 1uod d1uoda_ A:20-34,35-40,66-74 1uoe d1uoeb_ B:20-34,35-40,66-74 1oi3 d1oi3b_ B:20-34,35-40,66-74 1oi2 d1oi2a_ A:20-34,35-40,66-74 1oi3 d1oi3a_ A:66-74,107-115,159-177 1oi3 d1oi3b_ B:66-74,107-115,159-177 1uoe d1uoea_ A:66-74,107-115,159-177 1uod d1uoda_ A:66-74,107-115,159-177 1uod d1uodb_ B:66-74,107-115,159-177 1oi2 d1oi2a_ A:66-74,107-115,159-177 1oi2 d1oi2b_ B:66-74,107-115,159-177 1un8 d1un8b4 B:61-69,103-110,151-169 1uoe d1uoeb_ B:66-74,107-115,159-177 1un8 d1un8a4 A:61-69,103-110,151-169 1un8 d1un8a4 A:61-69,75-79,151-169 1un8 d1un8b4 B:61-69,75-79,151-169 1pzx d1pzxa_ A:14-22,23-27,122-140 1pzx d1pzxb_ B:14-22,23-27,122-140 81. d.320.1 YojJ-like YojJ-like alpha-beta-X-beta-alpha-beta(2)-alpha-beta(3); 3 layers: a/b/a; 7-stranded mixed beta-sheet, order 2431567; strands 1 and 3 are parallel to each other 2fb5 d2fb5a1 A:76-91,92-100,119-128 2fb5 d2fb5b1 B:76-91,92-100,119-128 2fb5 d2fb5c1 C:76-91,92-100,119-128 82. d.134.1 Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like duplication: contains two domains of this fold ! Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like beta-alpha-beta-alpha-beta(3)-alpha(2,3); mixed sheet: order 12345; left-handed crossover connection between strands 1 and 2 1zj9 d1zj9a4 A:184-196,206-214,262-281 1zj8 d1zj8a4 A:184-196,206-214,262-281 1zj9 d1zj9b4 B:184-196,206-214,262-281 1zj8 d1zj8b4 B:183-196,206-214,262-281 2akj d2akja3 A:453-470,476-481,535-552 1zj9 d1zj9a3 A:429-449,457-462,517-536 2akj d2akja4 A:196-210,223-230,281-300 1zj8 d1zj8b3 B:429-449,457-462,517-536 1zj8 d1zj8a3 A:429-449,457-462,517-536 2v4j d2v4je3 E:157-170,183-188,313-331 1zj9 d1zj9b3 B:429-446,457-463,517-536 2v4j d2v4jb3 B:157-170,183-188,313-331 2v4j d2v4jd3 D:189-202,212-221,355-373 2v4j d2v4ja3 A:189-202,212-221,355-373 3geo d3geoa4 A:447-466,490-496,523-542 4gep d4gepa4 A:450-466,490-496,523-542 5aop d5aopa4 A:450-466,490-496,523-542 8gep d8gepa4 A:450-466,490-496,523-542 2aop d2aopa4 A:450-466,490-496,523-542 6gep d6gepa4 A:450-466,490-496,523-542 5gep d5gepa4 A:450-466,490-496,523-542 4aop d4aopa4 A:450-466,490-496,523-542 3aop d3aopa4 A:450-466,490-496,523-542 7gep d7gepa4 A:450-466,490-496,523-542 2gep d2gepa4 A:450-466,490-496,523-542 1aop d1aopa4 A:450-466,490-496,523-542 1zj8 d1zj8a4 A:184-196,224-232,262-281 1zj9 d1zj9a4 A:184-196,224-232,262-281 1zj9 d1zj9b4 B:184-196,224-232,262-281 5gep d5gepa3 A:163-183,215-222,278-297 1zj8 d1zj8b4 B:183-196,224-232,262-281 8gep d8gepa3 A:163-182,215-222,278-297 1aop d1aopa3 A:163-182,215-222,278-297 7gep d7gepa3 A:163-182,214-222,278-297 2aop d2aopa3 A:163-182,215-222,278-297 6gep d6gepa3 A:163-182,215-222,278-297 5aop d5aopa3 A:163-182,215-222,278-297 4gep d4gepa3 A:163-182,215-222,278-297 3geo d3geoa3 A:163-182,215-222,278-297 4aop d4aopa3 A:163-182,215-222,278-297 2gep d2gepa3 A:163-182,214-222,278-297 3aop d3aopa3 A:163-182,215-222,278-297 2v4j d2v4jb3 B:157-170,200-208,313-331 2v4j d2v4je3 E:157-170,200-208,313-331 5gep d5gepa3 A:163-183,234-243,278-297 2akj d2akja4 A:196-210,243-252,281-300 7gep d7gepa3 A:163-182,234-243,278-297 2gep d2gepa3 A:163-182,234-243,278-297 2aop d2aopa3 A:163-182,234-243,278-297 5aop d5aopa3 A:163-182,234-243,278-297 6gep d6gepa3 A:163-182,234-243,278-297 8gep d8gepa3 A:163-182,234-243,278-297 4gep d4gepa3 A:163-182,234-243,278-297 4aop d4aopa3 A:163-182,234-243,278-297 3aop d3aopa3 A:163-182,234-243,278-297 1aop d1aopa3 A:163-182,234-243,278-297 3geo d3geoa3 A:163-182,234-243,278-297 2akj d2akja3 A:453-470,493-504,535-552 2v4j d2v4jd3 D:189-202,233-242,355-373 2v4j d2v4ja3 A:189-202,233-242,355-373 1zj9 d1zj9a3 A:429-449,474-485,517-536 83. c.44.1 Phosphotyrosine protein phosphatases I share the common active site structure with the family II ! Phosphotyrosine protein phosphatases I-like 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 1y1l d1y1lb_ B:9-24,71-77,103-124 1rxe d1rxea_ A:13-29,76-82,110-131 1y1l d1y1ld_ D:9-24,71-77,103-124 1rxi d1rxia_ A:12-29,76-82,110-131 2fxi d2fxia1 A:12-29,76-82,110-131 1y1l d1y1la_ A:9-24,71-77,104-124 1y1l d1y1lc_ C:9-24,71-77,104-124 1lk0 d1lk0a_ A:15-29,76-82,110-131 1jf8 d1jf8a_ A:13-29,76-82,110-131 1ljl d1ljla_ A:15-29,76-82,110-131 1jfv d1jfva_ A:15-29,76-82,110-131 1jl3 d1jl3c_ C:12-28,76-82,112-138 1jl3 d1jl3b_ B:15-29,76-82,112-138 1z2d d1z2da1 A:12-29,76-82,112-138 1lju d1ljua_ A:13-29,76-81,110-131 1jl3 d1jl3d_ D:12-28,76-83,112-138 1lk0 d1lk0b_ B:13-29,76-81,110-131 1p8a d1p8aa_ A:13-30,33-38,121-144 1jl3 d1jl3a_ A:15-29,76-82,112-138 1pnt d1pnta_ A:14-34,86-91,134-157 1z13 d1z13a1 A:14-34,86-91,134-157 1dg9 d1dg9a_ A:14-34,86-91,134-157 1z12 d1z12a1 A:14-34,86-91,134-157 1lju d1ljua_ A:13-29,31-39,110-131 2fxi d2fxia1 A:12-29,31-39,110-131 1jfv d1jfva_ A:15-29,97-102,110-131 1c0e d1c0eb_ B:214-234,286-291,334-357 1c0e d1c0ea_ A:14-34,86-91,134-157 1jfv d1jfva_ A:15-29,31-40,110-131 5pnt d5pnta_ A:14-34,86-91,134-156 1z2e d1z2ea1 A:15-29,76-84,112-138 1phr d1phra_ A:14-34,86-91,134-157 1lk0 d1lk0a_ A:15-29,31-40,110-131 1rxi d1rxia_ A:12-29,31-40,110-131 1jf8 d1jf8a_ A:13-29,31-40,110-131 1ljl d1ljla_ A:15-29,31-40,110-131 1lk0 d1lk0b_ B:13-29,31-40,110-131 1d1q d1d1qb_ B:15-35,88-93,137-160 1z2e d1z2ea1 A:15-29,97-105,112-138 1d1p d1d1pb_ B:15-35,88-93,137-160 1d1q d1d1qa_ A:15-35,88-93,137-160 1d2a d1d2aa_ A:15-35,88-93,137-160 1bvh d1bvha_ A:14-34,86-91,137-157 1d2a d1d2ab_ B:15-35,88-93,137-160 1jf8 d1jf8a_ A:13-29,96-102,110-131 2fxi d2fxia1 A:12-29,96-102,110-131 1lk0 d1lk0a_ A:15-29,96-102,110-131 1d1p d1d1pa_ A:15-35,88-93,137-160 1rxi d1rxia_ A:12-29,96-102,110-131 1p8a d1p8aa_ A:13-30,81-86,121-144 1bvh d1bvha_ A:14-34,38-45,137-157 1ljl d1ljla_ A:15-29,96-102,110-131 1rxe d1rxea_ A:13-29,96-102,110-131 1z2e d1z2ea1 A:15-29,31-39,112-138 1jl3 d1jl3c_ C:12-28,96-102,112-138 1jl3 d1jl3a_ A:15-29,96-102,112-138 1jl3 d1jl3d_ D:12-28,96-103,112-138 5pnt d5pnta_ A:14-34,38-47,134-156 84. c.79.1 Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes consists of two similar domains related by pseudo dyad; duplication ! core: 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 4 strands, order 3214 1tz2 d1tz2c_ C:21-29,31-40,291-309 1v8z d1v8zd1 D:56-64,66-73,343-361 1tzm d1tzmd_ D:21-29,31-40,291-309 1rqx d1rqxc_ C:21-29,31-40,291-309 1tzm d1tzmc_ C:21-29,31-40,291-309 1tzm d1tzma_ A:21-29,31-40,291-309 1tz2 d1tz2a_ A:21-29,31-40,291-309 1tzk d1tzkd_ D:21-29,31-40,291-309 1tyz d1tyzc_ C:21-29,31-40,291-309 1tzm d1tzmb_ B:21-29,31-40,291-309 1tzk d1tzkc_ C:21-29,31-40,291-309 1m54 d1m54e_ E:92-100,103-111,347-362 1tzj d1tzjd_ D:21-29,31-40,291-309 1tz2 d1tz2b_ B:21-29,31-40,291-309 1uin d1uinb_ B:59-76,78-83,133-149 1uim d1uima_ A:59-76,78-83,133-149 1tyz d1tyzb_ B:21-29,31-40,291-309 1tzj d1tzja_ A:21-29,31-40,291-309 1v8z d1v8zb1 B:56-64,66-74,343-361 1tzj d1tzjc_ C:21-29,31-40,291-309 1tz2 d1tz2d_ D:21-29,31-40,291-309 1tzk d1tzkb_ B:21-29,31-40,291-309 1rqx d1rqxa_ A:21-29,31-40,291-309 1v8z d1v8za1 A:56-64,66-73,343-361 1rqx d1rqxd_ D:21-29,31-40,291-309 1tyz d1tyza_ A:21-29,31-40,291-309 1tzj d1tzjb_ B:21-29,31-40,291-309 1tyz d1tyzd_ D:21-29,31-40,291-309 1rqx d1rqxb_ B:21-29,31-40,291-309 1wdw d1wdwj1 J:56-64,66-74,343-361 1tzk d1tzka_ A:21-29,31-40,291-309 1wdw d1wdwf1 F:56-64,66-73,343-361 1wdw d1wdwh1 H:56-64,66-73,343-361 1v8z d1v8zc1 C:56-64,66-73,343-361 1wdw d1wdwd1 D:56-64,66-74,343-361 1wdw d1wdwb1 B:56-64,66-74,343-361 1wdw d1wdwl1 L:56-64,66-74,343-361 1m54 d1m54d_ D:92-100,103-111,347-364 1m54 d1m54a_ A:92-100,103-111,347-362 1j0b d1j0bh_ H:27-35,36-43,279-297 1k8x d1k8xb_ B:112-127,128-135,165-181 1tdj d1tdja1 A:37-45,45-54,286-304 1j0b d1j0bl_ L:27-35,36-43,279-297 1m54 d1m54f_ F:92-100,103-111,347-362 1j0b d1j0bn_ N:27-35,36-44,279-297 1jbq d1jbqe_ E:92-100,103-111,347-362 1jbq d1jbqd_ D:92-100,103-111,347-362 1jbq d1jbqb_ B:92-100,103-111,347-362 1jbq d1jbqa_ A:92-100,103-111,347-362 1jbq d1jbqc_ C:92-100,103-111,347-362 1jbq d1jbqf_ F:92-100,103-111,347-362 1j0c d1j0cb_ B:21-29,31-40,292-310 1j0b d1j0bb_ B:27-35,36-44,279-297 1beu d1beub_ B:112-127,128-136,165-181 1m54 d1m54b_ B:92-100,103-111,347-362 2j9x d2j9xb1 B:112-127,128-135,165-181 1j0b d1j0bs_ S:27-35,36-43,279-297 1j0b d1j0bq_ Q:27-35,36-43,279-297 2cle d2cleb1 B:85-102,104-110,165-185 1j0c d1j0cd_ D:21-29,31-40,292-310 1j0b d1j0bp_ P:27-35,36-44,279-297 1j0b d1j0bt_ T:27-35,36-44,279-297 1d6s d1d6sb_ B:69-84,86-92,117-134 1j0b d1j0bw_ W:27-35,36-44,279-297 1j0b d1j0br_ R:27-35,36-43,279-297 1j0b d1j0bk_ K:27-35,36-43,279-297 1j0b d1j0bc_ C:27-35,36-43,279-297 1j0b d1j0bm_ M:27-35,36-44,279-297 1j0b d1j0bf_ F:27-35,36-44,279-297 1j0b d1j0bo_ O:27-35,36-44,279-297 1j0e d1j0ec_ C:21-29,31-40,292-310 1j0b d1j0bd_ D:27-35,36-44,279-297 1j0a d1j0ac_ C:27-35,36-44,279-297 1f2d d1f2dc_ C:21-29,31-40,292-310 1m54 d1m54c_ C:92-100,103-111,347-364 1j0d d1j0db_ B:21-29,31-40,292-310 1j0b d1j0bx_ X:27-35,36-44,279-297 1j0b d1j0bu_ U:27-35,36-44,279-297 1j0b d1j0be_ E:27-35,36-44,279-297 1j0e d1j0eb_ B:21-29,31-40,292-310 1j0b d1j0bi_ I:27-35,36-44,279-297 1j0d d1j0dc_ C:21-29,31-40,292-310 1j0a d1j0aa_ A:27-35,36-44,279-297 1j0b d1j0bv_ V:27-35,36-44,279-297 1j0c d1j0cc_ C:21-29,31-40,292-310 1j0b d1j0bg_ G:27-35,36-44,279-297 1j0e d1j0ed_ D:21-29,31-40,292-310 1j0b d1j0ba_ A:27-35,36-44,279-297 1j0d d1j0dd_ D:21-29,31-40,292-310 1f2d d1f2dd_ D:21-29,31-40,292-310 1wtc d1wtca1 A:32-40,40-48,281-295 1o58 d1o58a_ A:61-76,78-85,109-126 1j0b d1j0bj_ J:27-35,36-44,279-297 1f2d d1f2da_ A:21-29,31-40,292-310 1f2d d1f2db_ B:21-29,31-40,292-310 1j0d d1j0da_ A:21-29,31-40,292-310 1j0e d1j0ea_ A:21-29,31-40,292-310 1j0a d1j0ab_ B:27-35,36-44,279-297 1v7c d1v7ca_ A:85-100,101-109,133-149 1v7c d1v7cb_ B:85-100,101-109,133-149 1v7c d1v7cd_ D:85-100,101-109,133-149 1ve5 d1ve5c1 C:26-34,35-43,277-291 1v7c d1v7cc_ C:85-100,101-109,133-149 1v71 d1v71a1 A:32-40,41-48,281-295 1ve5 d1ve5b1 B:26-34,35-42,277-291 1ve5 d1ve5a1 A:26-34,35-43,277-291 1pwh d1pwhd_ D:65-80,82-90,112-128 1pwh d1pwhc_ C:65-80,82-90,112-128 1pwh d1pwha_ A:65-80,82-90,112-128 1pwh d1pwhb_ B:65-80,82-90,112-128 1ve5 d1ve5d1 D:26-34,35-42,277-291 1beu d1beub_ B:234-245,250-260,348-366 2rhg d2rhgb1 B:234-245,250-260,348-366 1j0c d1j0ca_ A:21-29,32-40,292-310 1pwe d1pweb_ B:16-24,26-33,267-280 1pwe d1pwed_ D:16-24,26-33,267-280 1pwe d1pwec_ C:16-24,26-33,267-280 1pwe d1pwee_ E:16-24,26-33,267-280 1pwe d1pwea_ A:16-24,26-33,267-280 1pwe d1pwef_ F:16-24,26-33,267-280 1pwh d1pwhd_ D:16-24,26-33,267-280 1pwh d1pwhc_ C:16-24,26-33,267-280 1pwh d1pwhb_ B:16-24,26-33,267-280 1pwh d1pwha_ A:16-24,26-33,267-280 1vb3 d1vb3a1 A:185-200,207-211,416-428 1p5j d1p5ja_ A:16-24,26-33,267-280 1pwe d1pwea_ A:169-184,189-196,267-280 1pwe d1pwec_ C:169-184,189-196,267-280 1pwe d1pwee_ E:169-184,189-196,267-280 1pwe d1pweb_ B:169-184,189-196,267-280 1pwe d1pwef_ F:169-184,189-196,267-280 1pwe d1pwed_ D:169-184,189-196,267-280 1e5x d1e5xb_ B:136-145,148-155,402-419 1e5x d1e5xa_ A:136-145,148-155,402-419 85. c.92.3 PrpR receptor domain-like recent PDB entry 2q5c belongs to this superfamily Chelatase-like duplication: tandem repeat of two domains; 3 layers (a/b/a); parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 2pju d2pjub1 B:19-38,63-68,178-197 2pju d2pjua1 A:19-38,37-43,178-196 2pju d2pjub1 B:19-38,37-43,178-197 2pju d2pjuc1 C:19-34,63-68,178-198 2pju d2pjuc1 C:19-34,37-43,178-198 2pju d2pjud1 D:20-38,63-68,178-205 2pju d2pjud1 D:20-38,37-44,178-205 86. c.56.1 HybD-like the HybD fold coincides with the consensus core structure ! Phosphorylase/hydrolase-like core: 3 layers, a/b/a ; mixed sheet of 5 strands: order 21354; strand 4 is antiparallel to the rest; contains crossover loops 1cfz d1cfzc_ C:17-30,56-64,131-153 1cfz d1cfze_ E:17-30,56-64,131-153 1cfz d1cfzd_ D:17-30,56-64,131-153 1cfz d1cfzb_ B:17-30,56-64,131-153 1cfz d1cfza_ A:17-30,56-64,131-153 1cfz d1cfzf_ F:17-30,56-64,131-153 1c8b d1c8bb_ B:525-538,645-657,737-758 1c8b d1c8ba_ A:525-538,645-657,737-758 1c8b d1c8bb_ B:525-538,588-599,737-758 1c8b d1c8ba_ A:525-538,588-599,737-758 1cfz d1cfzb_ B:17-30,112-120,131-153 1cfz d1cfza_ A:17-30,112-120,131-153 1cfz d1cfzf_ F:17-30,112-120,131-153 1cfz d1cfzc_ C:17-30,112-121,131-153 1cfz d1cfzd_ D:17-30,112-121,131-153 1cfz d1cfze_ E:17-30,112-121,131-153 1c8b d1c8bb_ B:525-538,558-563,737-758 1c8b d1c8ba_ A:525-538,558-563,737-758 87. e.54.1 CbiD-like CbiD-like 2 domains; (1) alpha+beta (res 1-192), a circularly permuted rS5 domain 2-like fold (scop_cf 54210); (2) alpha/beta with parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 1sr8 d1sr8a_ A:43-62,64-71,132-151 88. c.27.1 Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strands, order 32145; Rossmann-like 1brw d1brwa2 A:89-103,105-110,265-284 1brw d1brwb2 B:1089-1103,1105-1110,1265-1284 1tpt d1tpta2 A:93-106,107-113,269-288 2tpt d2tpta2 A:93-106,106-113,269-288 2elc d2elcc2 C:88-101,186-192,277-295 2elc d2elcd2 D:88-101,186-192,277-295 2elc d2elca2 A:88-101,186-192,277-295 1azy d1azya2 A:93-106,106-114,269-288 1azy d1azyb2 B:93-106,106-114,269-288 1v8g d1v8gb2 B:88-101,186-192,277-295 1otp d1otpa2 A:92-106,106-114,269-288 2elc d2elcc2 C:88-101,103-108,277-295 1zxy d1zxyb2 B:89-102,186-192,281-300 1gxb d1gxbb2 B:89-102,186-192,281-300 2elc d2elcd2 D:88-101,103-108,277-295 1zyk d1zykc2 C:89-102,186-192,281-300 2gvq d2gvqa2 A:89-102,186-192,281-300 2elc d2elcb2 B:88-101,186-192,277-295 1gxb d1gxba2 A:89-102,186-192,281-300 1zxy d1zxya2 A:89-102,186-192,281-300 1zyk d1zyka2 A:89-102,186-192,281-300 1v8g d1v8gb2 B:88-101,103-108,277-295 1gxb d1gxbc2 C:89-102,186-192,281-300 1zyk d1zykb2 B:89-102,186-192,281-300 1v8g d1v8ga2 A:88-101,186-192,277-295 2elc d2elca2 A:88-101,103-108,277-295 1o17 d1o17b2 B:89-102,186-192,281-300 2gvq d2gvqb2 B:89-102,186-192,281-300 1khd d1khdd2 D:101-114,200-206,295-314 2elc d2elcb2 B:88-101,103-108,277-295 1o17 d1o17d2 D:89-102,186-192,281-300 1khd d1khda2 A:101-114,200-206,295-314 1v8g d1v8ga2 A:88-101,103-108,277-295 2gvq d2gvqd2 D:89-102,186-192,281-300 1o17 d1o17a2 A:89-102,186-192,281-300 1gxb d1gxbd2 D:89-102,186-192,281-300 2gvq d2gvqc2 C:89-102,186-192,281-300 1zxy d1zxyc2 C:89-102,186-192,281-300 1khd d1khdb2 B:101-114,200-206,295-314 1o17 d1o17c2 C:89-102,186-192,281-300 1kgz d1kgza2 A:101-114,200-206,295-314 1zyk d1zykd2 D:89-102,186-192,281-300 1khd d1khdc2 C:101-114,200-206,295-314 1zxy d1zxyd2 D:89-102,186-192,281-300 1kgz d1kgzb2 B:101-114,200-206,295-314 1khd d1khdd2 D:101-114,116-122,295-314 1khd d1khda2 A:101-114,116-122,295-314 1khd d1khdb2 B:101-114,116-122,295-314 1khd d1khdc2 C:101-114,116-122,295-314 1tpt d1tpta2 A:93-106,197-206,269-288 1kgz d1kgzb2 B:101-114,116-122,295-314 2tpt d2tpta2 A:93-106,197-206,269-288 1kgz d1kgza2 A:101-114,116-122,295-314 1uou d1uoua2 A:124-137,138-144,299-318 1azy d1azya2 A:93-106,197-206,269-288 1azy d1azyb2 B:93-106,197-206,269-288 1brw d1brwa2 A:89-103,194-203,265-284 1otp d1otpa2 A:92-106,197-207,269-288 1brw d1brwb2 B:1089-1103,1194-1203,1265-1284 1uou d1uoua2 A:124-137,228-237,299-318 89. c.23.4 Succinyl-CoA synthetase domains Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 2scu d2scud2 D:153-168,201-209,275-286 2scu d2scua2 A:153-168,201-209,275-286 2nu9 d2nu9a2 A:153-168,201-209,275-286 2nu9 d2nu9h2 H:153-168,201-209,275-286 2nu9 d2nu9f2 F:153-168,201-209,275-286 2nu9 d2nu9d2 D:153-168,201-209,275-286 1cqi d1cqia2 A:153-168,201-209,275-286 1cqj d1cqjd2 D:153-168,201-209,275-286 1cqj d1cqja2 A:153-168,201-209,275-286 1cqi d1cqid2 D:153-168,201-209,275-286 2nua d2nuad2 D:153-168,201-209,275-287 2nua d2nuaa2 A:153-168,201-209,275-287 2nu6 d2nu6d2 D:153-168,201-209,275-287 2nu7 d2nu7d2 D:153-168,201-209,275-287 2nu7 d2nu7a2 A:153-168,201-209,275-287 2nu6 d2nu6a2 A:153-168,201-209,275-287 2nu8 d2nu8d2 D:153-168,201-209,275-287 2nu8 d2nu8a2 A:153-168,201-209,275-287 1jkj d1jkja2 A:153-168,201-209,275-287 1jkj d1jkjd2 D:153-168,201-209,275-287 1oi7 d1oi7a2 A:153-168,201-208,275-288 1jll d1jlld2 D:153-168,201-209,275-287 1jll d1jlla2 A:153-168,201-209,275-287 2scu d2scub1 B:265-280,312-320,373-385 1cqi d1cqib1 B:265-280,312-320,373-385 1cqi d1cqie1 E:265-280,312-320,373-385 2scu d2scud2 D:153-168,228-235,275-286 1cqj d1cqje1 E:265-280,312-320,373-385 1cqj d1cqjb1 B:265-280,312-320,373-385 2scu d2scue1 E:265-280,312-320,373-385 2scu d2scua2 A:153-168,228-235,275-286 2nu7 d2nu7e1 E:265-280,312-320,373-385 2nu9 d2nu9d2 D:153-168,228-235,275-286 2nu9 d2nu9h2 H:153-168,228-235,275-286 2nu9 d2nu9a2 A:153-168,228-235,275-286 1jkj d1jkje1 E:265-280,312-320,373-385 2nu9 d2nu9g1 G:265-280,312-320,373-385 2nu9 d2nu9f2 F:153-168,228-235,275-286 2nu9 d2nu9b1 B:265-280,312-320,373-385 2nu9 d2nu9i1 I:265-280,312-320,373-385 2nua d2nuae1 E:265-280,312-320,373-385 2nu9 d2nu9e1 E:265-280,312-320,373-385 2nu8 d2nu8e1 E:265-280,312-320,373-385 2nu6 d2nu6e1 E:265-280,312-320,373-385 1jll d1jlle1 E:265-280,312-320,373-385 2fpp d2fppb1 B:272-287,319-327,380-393 1scu d1scua2 A:153-168,201-209,275-288 1cqj d1cqja2 A:153-168,228-235,275-286 1cqj d1cqjd2 D:153-168,228-235,275-286 1cqi d1cqia2 A:153-168,228-235,275-286 1cqi d1cqid2 D:153-168,228-235,275-286 2nua d2nuab1 B:265-280,312-320,373-386 1jll d1jllb1 B:265-280,312-320,373-386 2nu7 d2nu7a2 A:153-168,228-235,275-287 2nu6 d2nu6a2 A:153-168,228-235,275-287 2nu7 d2nu7d2 D:153-168,228-235,275-287 2nu6 d2nu6d2 D:153-168,228-235,275-287 2nua d2nuaa2 A:153-168,228-235,275-287 2nua d2nuad2 D:153-168,228-235,275-287 1jkj d1jkjb1 B:265-280,312-320,373-386 1scu d1scud2 D:153-168,201-209,278-288 2nu7 d2nu7b1 B:265-280,312-320,373-386 2nu8 d2nu8a2 A:153-168,228-235,275-287 1jll d1jlld2 D:153-168,228-235,275-287 2nu8 d2nu8b1 B:265-280,312-320,373-386 2nu6 d2nu6b1 B:265-280,312-320,373-386 2nu8 d2nu8d2 D:153-168,228-235,275-287 1jkj d1jkja2 A:153-168,228-235,275-287 1jll d1jlla2 A:153-168,228-235,275-287 1jkj d1jkjd2 D:153-168,228-235,275-287 1oi7 d1oi7a2 A:153-168,227-234,275-288 2fpi d2fpib1 B:272-287,319-327,380-393 2fp4 d2fp4b1 B:272-287,319-328,380-393 1euc d1eucb1 B:272-287,319-326,380-393 2csu d2csub2 B:158-173,204-211,275-289 2fpg d2fpgb1 B:272-287,319-328,380-393 1scu d1scue1 E:265-280,312-319,373-388 2csu d2csua2 A:158-173,204-211,275-289 1scu d1scua2 A:153-168,228-235,275-288 2scu d2scub1 B:265-280,343-351,373-385 1eud d1eudb1 B:272-287,319-327,380-393 2nu7 d2nu7e1 E:265-280,343-351,373-385 2nu6 d2nu6e1 E:265-280,343-351,373-385 2csu d2csub3 B:302-317,370-377,433-452 2nu8 d2nu8e1 E:265-280,343-351,373-385 1jll d1jlle1 E:265-280,343-351,373-385 2csu d2csua3 A:302-317,370-377,433-452 1cqj d1cqjb1 B:265-280,343-351,373-385 1jkj d1jkje1 E:265-280,343-351,373-385 1cqj d1cqje1 E:265-280,343-351,373-385 1scu d1scub1 B:265-280,312-320,373-388 2nu9 d2nu9g1 G:265-280,343-351,373-385 2nu9 d2nu9i1 I:265-280,343-351,373-385 2nu9 d2nu9e1 E:265-280,343-351,373-385 2nu9 d2nu9b1 B:265-280,343-351,373-385 2nua d2nuae1 E:265-280,343-351,373-385 2fpp d2fppb1 B:272-287,350-358,380-393 1jll d1jllb1 B:265-280,343-351,373-386 2nu6 d2nu6b1 B:265-280,343-351,373-386 2csu d2csub3 B:302-317,405-411,433-452 1jkj d1jkjb1 B:265-280,343-351,373-386 2nu7 d2nu7b1 B:265-280,343-351,373-386 2nu8 d2nu8b1 B:265-280,343-351,373-386 2nua d2nuab1 B:265-280,343-351,373-386 2csu d2csua3 A:302-317,404-411,433-452 2fp4 d2fp4b1 B:272-287,350-359,380-393 2csu d2csua2 A:158-173,176-182,275-289 1euc d1euca2 A:162-177,210-218,288-304 1eud d1euda2 A:162-177,210-218,288-304 2fp4 d2fp4a2 A:162-177,210-218,288-304 2fpi d2fpia2 A:162-177,210-218,288-304 2fpp d2fppa2 A:162-177,210-218,288-304 2fpg d2fpgb1 B:272-287,350-359,380-393 2fpg d2fpga2 A:162-177,210-218,288-304 2fpp d2fppa2 A:162-177,240-248,288-304 2fp4 d2fp4a2 A:162-177,240-248,288-304 2fpi d2fpia2 A:162-177,240-248,288-304 2fpg d2fpga2 A:162-177,240-248,288-304 1euc d1euca2 A:162-177,241-248,288-304 1eud d1euda2 A:162-177,241-248,288-304 1scu d1scub1 B:265-280,344-351,373-388 90. c.23.2 Toll/Interleukin receptor TIR domain Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1o77 d1o77d_ D:651-666,697-704,767-784 1o77 d1o77a_ A:651-666,697-704,767-784 1o77 d1o77e_ E:651-667,697-704,767-784 1o77 d1o77a_ A:651-666,732-737,767-784 1o77 d1o77d_ D:651-666,732-737,767-784 1o77 d1o77e_ E:651-667,732-737,767-784 1o77 d1o77c_ C:657-666,731-737,767-784 1o77 d1o77c_ C:657-666,697-704,767-784 1fyw d1fywa_ A:648-663,732-737,767-784 1fyx d1fyxa_ A:648-663,732-737,767-784 1o77 d1o77b_ B:657-666,697-704,767-784 1fyv d1fyva_ A:654-663,691-698,761-778 1o77 d1o77c_ C:657-666,671-675,767-784 91. c.23.13 Type II 3-dehydroquinate dehydratase Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1gu0 d1gu0k_ K:32-48,73-80,134-150 1gu0 d1gu0a_ A:32-48,73-80,134-150 1gu0 d1gu0d_ D:32-48,74-80,134-150 1gtz d1gtzk_ K:32-48,73-80,134-150 1gu1 d1gu1f_ F:32-48,73-81,134-150 2cjf d2cjfa1 A:32-48,73-80,134-150 2cjf d2cjfj1 J:1832-1848,1873-1881,1934-1950 1gu0 d1gu0c_ C:32-48,73-80,134-150 1v1j d1v1jd1 D:32-48,74-80,134-150 1d0i d1d0ia_ A:32-48,74-80,133-150 1gu0 d1gu0b_ B:32-48,74-80,134-150 2cjf d2cjfe1 E:832-848,873-881,933-950 1v1j d1v1jj1 J:32-48,74-80,134-150 1d0i d1d0ik_ K:32-48,73-80,134-151 1gu0 d1gu0h_ H:32-48,73-80,134-150 1gu0 d1gu0l_ L:32-48,73-80,134-150 1gu0 d1gu0f_ F:32-48,73-80,134-150 2cjf d2cjfi1 I:1632-1648,1673-1680,1734-1750 1gtz d1gtzd_ D:32-48,73-80,134-150 1gu1 d1gu1l_ L:32-48,73-80,134-150 2bt4 d2bt4c1 C:432-448,473-480,534-550 1gu0 d1gu0e_ E:32-48,73-80,134-150 1gu1 d1gu1b_ B:32-48,73-80,134-150 1d0i d1d0ib_ B:32-48,74-80,133-150 1d0i d1d0ii_ I:32-48,73-80,133-150 2cjf d2cjfk1 K:2032-2048,2073-2080,2134-2150 2bt4 d2bt4l1 L:2232-2248,2273-2280,2334-2350 1gu1 d1gu1e_ E:32-48,73-80,134-150 2bt4 d2bt4g1 G:1232-1248,1273-1280,1334-1350 1gu0 d1gu0i_ I:32-48,73-80,133-150 1gtz d1gtzb_ B:32-48,73-80,133-150 2bt4 d2bt4a1 A:32-48,73-80,134-150 2cjf d2cjfl1 L:2232-2248,2250-2256,2333-2350 1v1j d1v1jk1 K:32-48,74-80,133-150 2cjf d2cjfb1 B:232-248,273-280,334-350 2cjf d2cjfd1 D:632-648,673-680,734-750 1d0i d1d0ij_ J:32-48,73-80,133-150 1gu1 d1gu1a_ A:32-48,73-80,133-150 1v1j d1v1ja1 A:32-48,74-80,133-150 1gu1 d1gu1g_ G:32-48,73-80,134-150 1v1j d1v1jh1 H:32-48,74-80,133-150 2cjf d2cjfg1 G:1232-1248,1273-1280,1334-1350 1v1j d1v1jl1 L:32-48,74-80,133-150 2bt4 d2bt4e1 E:832-848,873-880,933-950 1v1j d1v1jf1 F:32-48,74-80,133-150 1d0i d1d0ic_ C:32-48,73-80,133-150 1v1j d1v1jb1 B:32-48,74-80,133-150 1v1j d1v1je1 E:32-48,74-80,133-150 1v1j d1v1jg1 G:32-48,74-80,133-150 1v1j d1v1ji1 I:32-48,74-80,133-150 1gtz d1gtzi_ I:32-48,73-80,133-150 1v1j d1v1jc1 C:32-48,74-80,133-150 2bt4 d2bt4j1 J:1832-1848,1873-1880,1934-1950 1gu1 d1gu1k_ K:32-48,73-80,133-150 1gtz d1gtzh_ H:32-48,73-80,133-150 2bt4 d2bt4h1 H:1432-1448,1473-1480,1534-1550 1gtz d1gtzf_ F:32-48,73-80,133-150 2bt4 d2bt4b1 B:232-248,273-280,333-350 1gu1 d1gu1c_ C:32-48,73-80,133-150 1gu1 d1gu1h_ H:32-48,73-80,133-150 2bt4 d2bt4f1 F:1032-1048,1073-1080,1133-1150 1gu1 d1gu1d_ D:32-48,73-80,133-150 1gu1 d1gu1i_ I:32-48,73-80,133-150 1gtz d1gtzc_ C:32-48,73-80,133-150 1gu0 d1gu0j_ J:32-48,73-80,133-150 1gtz d1gtzg_ G:32-48,73-80,133-150 1gu1 d1gu1j_ J:32-48,73-80,133-150 1gtz d1gtzj_ J:32-48,73-80,133-150 1gu0 d1gu0g_ G:32-48,73-80,133-150 1gtz d1gtza_ A:32-48,73-80,133-150 1uqr d1uqrj_ J:27-43,69-76,127-146 1uqr d1uqre_ E:27-43,69-76,127-146 1gtz d1gtze_ E:32-48,73-80,133-150 1uqr d1uqrl_ L:27-43,69-76,127-146 1uqr d1uqrg_ G:27-43,69-76,127-146 1uqr d1uqrb_ B:27-43,69-76,127-146 2bt4 d2bt4d1 D:632-648,673-680,733-750 1d0i d1d0il_ L:32-48,74-80,133-151 1gtz d1gtzl_ L:32-48,73-80,133-150 1gqo d1gqoi_ I:26-42,43-51,126-141 2dhq d2dhqa_ A:28-44,45-53,128-143 1gqo d1gqob_ B:26-42,43-51,126-141 1uqr d1uqri_ I:27-43,69-76,127-146 2bt4 d2bt4k1 K:2032-2048,2073-2080,2133-2150 1gqo d1gqop_ P:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqor_ R:26-42,43-51,126-141 1d0i d1d0if_ F:32-48,73-80,133-151 1gqo d1gqox_ X:26-42,43-51,126-141 2cjf d2cjfh1 H:1432-1448,1473-1480,1533-1550 2cjf d2cjfl1 L:2232-2248,2275-2280,2333-2350 1gqo d1gqoy_ Y:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqod_ D:26-42,43-51,126-141 2bt4 d2bt4i1 I:1632-1648,1673-1680,1733-1750 1gqo d1gqoo_ O:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqou_ U:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqoj_ J:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqoe_ E:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqoh_ H:26-42,43-51,126-141 1d0i d1d0id_ D:32-48,73-80,133-151 1gqo d1gqon_ N:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqoc_ C:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqoq_ Q:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqos_ S:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqol_ L:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqom_ M:26-42,43-51,126-141 1uqr d1uqra_ A:27-43,69-76,127-146 1gqo d1gqoa_ A:26-42,43-51,126-141 2cjf d2cjff1 F:1032-1048,1075-1080,1133-1150 1gqo d1gqog_ G:26-42,43-51,126-141 1d0i d1d0ig_ G:32-48,73-80,133-151 1gqo d1gqok_ K:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqov_ V:26-42,43-51,126-141 2cjf d2cjfc1 C:432-448,475-480,533-550 1gqo d1gqot_ T:26-42,43-51,126-141 1gqo d1gqof_ F:26-42,43-51,126-141 1d0i d1d0ie_ E:32-48,73-80,133-152 1gu0 d1gu0k_ K:32-48,101-107,134-150 1d0i d1d0ih_ H:32-48,73-80,133-152 1gu0 d1gu0a_ A:32-48,101-107,134-150 1gu0 d1gu0f_ F:32-48,101-107,134-150 1gu0 d1gu0h_ H:32-48,101-107,134-150 1h0s d1h0sa_ A:28-44,45-53,128-144 1d0i d1d0ik_ K:32-48,101-107,134-151 1uqr d1uqrk_ K:27-43,69-76,127-151 1uqr d1uqrd_ D:27-43,69-76,127-151 1uqr d1uqrf_ F:27-43,69-76,127-151 1h0r d1h0ra_ A:28-44,45-53,128-144 1uqr d1uqrh_ H:27-43,69-76,127-153 1uqr d1uqrc_ C:27-43,69-76,127-153 1uqr d1uqri_ I:27-43,44-52,127-146 1uqr d1uqra_ A:27-43,44-52,127-146 1uqr d1uqre_ E:27-43,44-52,127-146 1uqr d1uqrg_ G:27-43,44-52,127-146 1uqr d1uqrj_ J:27-43,44-52,127-146 1uqr d1uqrb_ B:27-43,44-52,127-146 1h05 d1h05a_ A:28-44,45-53,128-145 1uqr d1uqrl_ L:27-43,44-52,127-146 2cjf d2cjfi1 I:1632-1648,1650-1657,1734-1750 1uqr d1uqrk_ K:27-43,44-52,127-151 2bt4 d2bt4c1 C:432-448,450-457,534-550 2cjf d2cjfb1 B:232-248,250-257,334-350 1uqr d1uqrd_ D:27-43,44-52,127-151 1v1j d1v1jd1 D:32-48,50-57,134-150 2cjf d2cjfg1 G:1232-1248,1250-1257,1334-1350 2bt4 d2bt4h1 H:1432-1448,1450-1457,1534-1550 2bt4 d2bt4g1 G:1232-1248,1250-1257,1334-1350 2bt4 d2bt4l1 L:2232-2248,2250-2257,2334-2350 2cjf d2cjfa1 A:32-48,50-57,134-150 2cjf d2cjfe1 E:832-848,850-857,933-950 2cjf d2cjfj1 J:1832-1848,1850-1857,1934-1950 1v1j d1v1jj1 J:32-48,50-57,134-150 1gu0 d1gu0h_ H:32-48,50-57,134-150 1gtz d1gtzk_ K:32-48,50-57,134-150 1gu1 d1gu1b_ B:32-48,50-57,134-150 1gu0 d1gu0f_ F:32-48,50-57,134-150 2bt4 d2bt4j1 J:1832-1848,1850-1857,1934-1950 1gu1 d1gu1l_ L:32-48,50-57,134-150 1gtz d1gtzd_ D:32-48,50-57,134-150 2bt4 d2bt4a1 A:32-48,50-57,134-150 2cjf d2cjfd1 D:632-648,650-657,734-750 1gu0 d1gu0e_ E:32-48,50-57,134-150 1gu0 d1gu0d_ D:32-48,50-57,134-150 1gu1 d1gu1g_ G:32-48,50-57,134-150 1gu1 d1gu1f_ F:32-48,50-57,134-150 1gu1 d1gu1e_ E:32-48,50-57,134-150 1gu0 d1gu0c_ C:32-48,50-57,134-150 1gu0 d1gu0l_ L:32-48,50-57,134-150 1gu0 d1gu0k_ K:32-48,50-57,134-150 1gu0 d1gu0a_ A:32-48,50-57,134-150 2cjf d2cjfk1 K:2032-2048,2050-2057,2134-2150 2bt4 d2bt4e1 E:832-848,850-857,933-950 1d0i d1d0ik_ K:32-48,50-57,134-151 1gu0 d1gu0b_ B:32-48,50-57,134-150 2bt4 d2bt4b1 B:232-248,250-257,333-350 1gtz d1gtzb_ B:32-48,50-57,133-150 1d0i d1d0ib_ B:32-48,50-57,133-150 1d0i d1d0ii_ I:32-48,50-57,133-150 1v1j d1v1jh1 H:32-48,50-57,133-150 1v1j d1v1jg1 G:32-48,50-57,133-150 2cjf d2cjff1 F:1032-1048,1050-1057,1133-1150 1v1j d1v1ja1 A:32-48,50-57,133-150 1v1j d1v1jl1 L:32-48,50-57,133-150 1v1j d1v1je1 E:32-48,50-57,133-150 1v1j d1v1ji1 I:32-48,50-57,133-150 2bt4 d2bt4d1 D:632-648,650-657,733-750 1v1j d1v1jb1 B:32-48,50-57,133-150 1gu1 d1gu1i_ I:32-48,50-57,133-150 1v1j d1v1jf1 F:32-48,50-57,133-150 1gu0 d1gu0i_ I:32-48,50-57,133-150 1gtz d1gtzi_ I:32-48,50-57,133-150 1v1j d1v1jk1 K:32-48,50-57,133-150 1v1j d1v1jc1 C:32-48,50-57,133-150 1gu1 d1gu1d_ D:32-48,50-57,133-150 1uqr d1uqrh_ H:27-43,44-52,127-153 1gu1 d1gu1a_ A:32-48,50-57,133-150 1uqr d1uqrc_ C:27-43,44-52,127-153 1d0i d1d0ij_ J:32-48,50-57,133-150 1gtz d1gtzg_ G:32-48,50-57,133-150 1gu1 d1gu1c_ C:32-48,50-57,133-150 1gtz d1gtzh_ H:32-48,50-57,133-150 1gtz d1gtzj_ J:32-48,50-57,133-150 2bt4 d2bt4f1 F:1032-1048,1050-1057,1133-1150 1gu1 d1gu1h_ H:32-48,50-57,133-150 1d0i d1d0ia_ A:32-48,50-57,133-150 1d0i d1d0ic_ C:32-48,50-57,133-150 2bt4 d2bt4k1 K:2032-2048,2050-2057,2133-2150 1gu1 d1gu1k_ K:32-48,50-57,133-150 1gtz d1gtzf_ F:32-48,50-57,133-150 2cjf d2cjfc1 C:432-448,450-457,533-550 1gu0 d1gu0j_ J:32-48,50-57,133-150 1gu1 d1gu1j_ J:32-48,50-57,133-150 1gtz d1gtze_ E:32-48,50-57,133-150 1gtz d1gtzc_ C:32-48,50-57,133-150 2cjf d2cjfh1 H:1432-1448,1450-1457,1533-1550 2bt4 d2bt4i1 I:1632-1648,1650-1657,1733-1750 1gu0 d1gu0g_ G:32-48,50-57,133-150 1gtz d1gtzl_ L:32-48,50-57,133-150 1d0i d1d0if_ F:32-48,50-57,133-151 1gtz d1gtza_ A:32-48,50-57,133-150 1d0i d1d0il_ L:32-48,50-57,133-151 1d0i d1d0id_ D:32-48,50-57,133-151 1d0i d1d0ig_ G:32-48,50-57,133-151 1d0i d1d0ie_ E:32-48,50-57,133-152 1d0i d1d0ih_ H:32-48,50-57,133-152 1j2y d1j2ya_ A:26-42,71-77,129-158 2c57 d2c57d1 D:26-42,44-52,129-158 2c57 d2c57a1 A:26-42,44-52,129-158 2c57 d2c57c1 C:26-42,45-53,129-158 2c57 d2c57i1 I:26-42,45-53,129-158 2c57 d2c57l1 L:26-42,45-53,129-158 2c57 d2c57f1 F:26-42,45-53,129-158 2c4v d2c4va1 A:26-42,45-53,129-158 2c57 d2c57e1 E:26-42,45-53,129-158 2c57 d2c57k1 K:26-42,45-53,129-158 2c57 d2c57b1 B:26-42,45-53,129-158 2c57 d2c57h1 H:26-42,45-53,129-158 2c57 d2c57j1 J:26-42,44-53,129-158 2c57 d2c57g1 G:26-42,44-53,129-158 1j2y d1j2ya_ A:26-42,45-53,129-158 92. c.58.1 Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain core: 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 4 strands; 2134 1p77 d1p77a2 A:14-28,55-61,237-255 1p74 d1p74b2 B:14-28,56-61,237-255 1p74 d1p74a2 A:14-28,56-61,237-255 1vi2 d1vi2b2 B:20-34,61-67,254-272 1nyt d1nytb2 B:14-28,56-61,236-254 1nyt d1nyta2 A:14-28,56-61,236-254 1nyt d1nytd2 D:14-28,56-61,236-254 1npd d1npda2 A:20-34,61-67,254-272 1nyt d1nytc2 C:14-28,56-61,236-254 1o9b d1o9bb2 B:20-34,61-67,254-272 1vi2 d1vi2a2 A:20-34,61-67,254-272 1nvt d1nvtb2 B:24-38,65-71,251-269 1npd d1npdb2 B:20-34,61-67,254-272 1o9b d1o9ba2 A:20-34,61-67,254-272 1nvt d1nvta2 A:24-38,65-71,251-269 1npy d1npyc2 C:17-32,57-63,234-252 1npy d1npya2 A:17-32,57-63,234-252 1npy d1npyd2 D:17-32,57-63,234-252 1npd d1npda2 A:20-34,36-43,254-272 1p77 d1p77a2 A:14-28,31-37,237-255 1npy d1npyb2 B:17-32,57-64,234-252 1vi2 d1vi2b2 B:20-34,36-43,254-272 1p74 d1p74b2 B:14-28,30-37,237-255 1nvt d1nvtb2 B:24-38,40-47,251-269 1npd d1npdb2 B:20-34,36-43,254-272 1nyt d1nytd2 D:14-28,32-37,236-254 1o9b d1o9bb2 B:20-34,36-43,254-272 1p74 d1p74a2 A:14-28,30-37,237-255 1nvt d1nvta2 A:24-38,40-47,251-269 1vi2 d1vi2a2 A:20-34,36-43,254-272 1nyt d1nytc2 C:14-28,32-37,236-254 1o9b d1o9ba2 A:20-34,36-43,254-272 1npy d1npyc2 C:17-32,34-41,234-252 1npy d1npya2 A:17-32,34-41,234-252 1npy d1npyb2 B:17-32,34-41,234-252 1npy d1npyd2 D:17-32,34-41,234-252 1dib d1dibb2 B:1046-1064,1095-1100,1273-1296 1gq2 d1gq2l2 L:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2i2 I:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2b2 B:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2p2 P:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2d2 D:172-192,250-255,466-482 1dib d1diba2 A:46-64,65-73,270-296 1gq2 d1gq2j2 J:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2m2 M:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2o2 O:172-192,250-255,466-482 1gz3 d1gz3b2 B:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2k2 K:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2e2 E:172-192,250-255,466-482 1gz3 d1gz3d2 D:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2c2 C:172-192,250-255,466-482 1a4i d1a4ia2 A:46-64,65-73,270-296 1gz3 d1gz3c2 C:172-192,250-255,466-482 1gz3 d1gz3a2 A:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2a2 A:172-192,250-255,466-482 1dia d1diaa2 A:46-64,65-73,270-296 1gq2 d1gq2n2 N:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2h2 H:172-192,250-255,466-482 1dig d1diga2 A:46-64,65-73,270-296 1pj2 d1pj2a2 A:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2f2 F:172-192,250-255,466-482 1gq2 d1gq2g2 G:172-192,250-255,466-482 1llq d1llqa2 A:188-208,266-271,478-494 1pj2 d1pj2d2 D:3172-3192,3250-3255,3466-3482 1llq d1llqb2 B:188-208,266-271,478-494 1dib d1dibb2 B:1046-1064,1065-1073,1273-1296 1vl6 d1vl6c2 C:76-96,124-129,313-329 1efl d1efla2 A:172-192,250-255,466-482 1vl6 d1vl6a2 A:76-96,124-129,313-329 1pj2 d1pj2c2 C:2172-2192,2250-2255,2466-2482 1gz4 d1gz4c2 C:172-192,250-255,466-482 1pj3 d1pj3d2 D:3172-3192,3250-3255,3466-3482 1o0s d1o0sb2 B:188-208,266-271,478-494 1gz4 d1gz4d2 D:172-192,250-255,466-482 1pj3 d1pj3c2 C:2172-2192,2250-2255,2466-2482 1pj2 d1pj2b2 B:1172-1192,1250-1255,1466-1482 1pj3 d1pj3b2 B:1172-1192,1250-1255,1466-1482 1vl6 d1vl6d2 D:76-96,124-129,313-329 1o0s d1o0sa2 A:188-208,266-271,478-494 1vl6 d1vl6b2 B:76-96,124-129,313-329 1gz4 d1gz4a2 A:172-192,250-255,466-482 1gz4 d1gz4b2 B:172-192,250-255,466-482 1do8 d1do8a2 A:172-192,250-255,466-482 1pj4 d1pj4c2 C:2172-2192,2250-2255,2466-2482 1pj4 d1pj4a2 A:172-192,250-255,466-482 1pj3 d1pj3a2 A:172-192,250-255,466-482 1pj4 d1pj4d2 D:3172-3192,3250-3255,3466-3482 1pj4 d1pj4b2 B:1172-1192,1250-1255,1466-1482 1efl d1eflc2 C:172-192,250-255,466-482 2hae d2haeb2 B:76-96,124-129,313-329 1efl d1eflb2 B:172-192,250-255,466-482 2hae d2haea2 A:76-96,124-129,313-329 1efl d1efld2 D:172-192,250-255,466-482 2hae d2haed2 D:76-96,124-129,313-329 2hae d2haec2 C:76-96,124-129,313-329 1qr6 d1qr6a2 A:172-192,250-255,466-482 1efk d1efkc2 C:172-192,250-255,466-482 1pjl d1pjlb2 B:1172-1192,1250-1255,1466-1482 1efk d1efkb2 B:172-192,250-255,466-482 1efk d1efkd2 D:172-192,250-255,466-482 1qr6 d1qr6b2 B:1172-1192,1250-1255,1466-1482 1efk d1efka2 A:172-192,250-255,466-482 1pjl d1pjlg2 G:6172-6192,6250-6255,6466-6482 1pjl d1pjlc2 C:2172-2192,2250-2255,2466-2482 1a4i d1a4ib2 B:46-64,65-73,270-296 1pjl d1pjle2 E:4172-4192,4250-4255,4466-4482 1dia d1diab2 B:1046-1064,1065-1073,1270-1296 1pjl d1pjlf2 F:5172-5192,5250-5255,5466-5482 1dig d1digb2 B:1046-1064,1065-1073,1270-1296 1pjl d1pjla2 A:172-192,250-255,466-482 1pjl d1pjld2 D:3172-3192,3250-3255,3466-3482 1c1d d1c1da2 A:1-8,10-20,48-71 1pjl d1pjlh2 H:7172-7192,7250-7255,7466-7482 1bw9 d1bw9a2 A:1-8,10-20,48-71 1bxg d1bxga2 A:1-8,10-20,48-71 1leh d1lehb2 B:2-11,12-22,50-73 1c1x d1c1xa2 A:1-8,10-20,48-71 1leh d1leha2 A:2-11,12-22,50-73 1vl6 d1vl6a2 A:76-96,97-104,313-329 1vl6 d1vl6c2 C:76-96,97-104,313-329 1vl6 d1vl6d2 D:76-96,97-104,313-329 1vl6 d1vl6b2 B:76-96,97-104,313-329 2hae d2haeb2 B:76-96,97-104,313-329 2hae d2haea2 A:76-96,97-104,313-329 2hae d2haed2 D:76-96,97-104,313-329 2hae d2haec2 C:76-96,97-104,313-329 1edz d1edza2 A:47-65,66-73,294-319 2tmg d2tmge2 E:78-97,138-146,336-358 2tmg d2tmgd2 D:78-97,138-146,336-358 2tmg d2tmgb2 B:78-97,138-146,336-358 2tmg d2tmgc2 C:78-97,138-146,336-358 2tmg d2tmga2 A:78-97,138-146,336-358 1hwy d1hwyc2 C:100-119,162-170,369-391 1hwy d1hwya2 A:100-119,162-170,369-391 1hwy d1hwyb2 B:100-119,162-170,369-391 1hwy d1hwye2 E:100-119,162-170,369-391 1hwy d1hwyf2 F:100-119,162-170,369-391 1hwy d1hwyd2 D:100-119,162-170,369-391 2hae d2haec2 C:76-96,149-154,313-329 2tmg d2tmgf2 F:78-97,138-145,336-358 1ee9 d1ee9a2 A:47-65,66-73,295-319 1bxg d1bxgb2 B:401-408,410-420,448-471 1hwz d1hwze2 E:100-119,162-170,369-391 1hwz d1hwzb2 B:100-119,162-170,369-391 1hwz d1hwza2 A:100-119,162-170,369-391 1hwz d1hwzf2 F:100-119,162-170,369-391 1hwz d1hwzc2 C:100-119,162-170,369-391 1hwz d1hwzd2 D:100-119,162-170,369-391 1bw9 d1bw9b2 B:401-408,410-420,448-471 1c1x d1c1xb2 B:1-8,10-20,48-71 1c1d d1c1db2 B:1-8,10-20,48-71 1k89 d1k89a2 A:99-118,159-167,368-390 1bgv d1bgva2 A:99-118,159-167,368-390 1bxg d1bxga2 A:48-71,73-84,288-302 1aup d1aupa2 A:99-118,122-131,368-383 1bw9 d1bw9b2 B:448-471,475-484,688-702 1hwz d1hwzf2 F:100-119,122-131,369-391 1hwz d1hwza2 A:100-119,122-131,369-391 1hwz d1hwzb2 B:100-119,122-131,369-391 1hwz d1hwze2 E:100-119,122-131,369-391 1hwz d1hwzc2 C:100-119,122-131,369-391 1hwz d1hwzd2 D:100-119,122-131,369-391 93. c.15.1 BRCT domain BRCT domain 3 layers, a/b/a; core: parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 1kzy d1kzyc2 C:1880-1896,1918-1922,1943-1954 1kzy d1kzyd2 D:1880-1896,1918-1922,1943-1954 1kzy d1kzyd1 D:1772-1784,1800-1806,1828-1838 1gzh d1gzhb1 B:1772-1784,1800-1806,1828-1838 1kzy d1kzyc1 C:1772-1784,1800-1806,1828-1838 1gzh d1gzhd1 D:1772-1784,1800-1806,1828-1838 1gzh d1gzhb2 B:1880-1896,1918-1923,1943-1954 1gzh d1gzhd2 D:1880-1896,1918-1923,1943-1954 1n5o d1n5ox2 X:1776-1788,1804-1811,1835-1845 2ing d2ingx2 X:1776-1788,1805-1811,1835-1845 1wf6 d1wf6a_ A:53-67,79-84,106-116 3coj d3cojf2 F:1776-1788,1804-1811,1835-1845 1t15 d1t15a2 A:1776-1788,1805-1811,1835-1845 1t29 d1t29a2 A:1776-1788,1804-1811,1835-1845 1y98 d1y98a2 A:1776-1788,1804-1811,1835-1845 3coj d3cojb2 B:1776-1788,1804-1811,1835-1845 3coj d3coja2 A:1776-1788,1804-1811,1835-1845 1t2u d1t2ua2 A:1776-1788,1805-1811,1835-1845 3coj d3cojg2 G:1776-1788,1805-1811,1835-1845 1jnx d1jnxx2 X:1776-1788,1805-1811,1835-1845 1oqa d1oqaa_ A:20-35,51-57,82-92 3coj d3cojx2 X:1776-1788,1804-1811,1835-1845 1t2v d1t2vb2 B:1776-1788,1804-1811,1835-1845 1t2v d1t2ve2 E:1776-1788,1804-1811,1835-1845 1t2v d1t2vc2 C:1776-1788,1805-1811,1835-1845 1t2v d1t2va2 A:1776-1788,1804-1811,1835-1845 3coj d3cojc2 C:1776-1788,1804-1811,1835-1845 3coj d3coje2 E:1776-1788,1804-1811,1835-1845 1t2v d1t2vd2 D:1776-1788,1804-1811,1835-1845 1in1 d1in1a_ A:864-876,889-893,905-916 3coj d3cojd2 D:1776-1788,1804-1811,1835-1845 1imo d1imoa_ A:864-876,889-893,905-916 2ing d2ingx1 X:1658-1673,1685-1690,1715-1726 1cdz d1cdza_ A:18-33,45-50,72-82 1l0b d1l0ba2 A:1721-1733,1751-1755,1780-1790 1l7b d1l7ba_ A:22-34,35-39,70-83 94. c.146.1 YgbK-like YgbK-like consists of two domains with partial topological similarity to the P-loop kinases but without the P-loop motif; the domain association results in the formation of a single mixed beta-sheet of 15 strands 1yzy d1yzya1 A:7-22,75-80,219-232 1yzy d1yzyb1 B:7-22,75-80,219-232 1yzy d1yzya1 A:7-22,41-47,219-232 1yzy d1yzyb1 B:7-22,41-47,219-232 1yzy d1yzya1 A:7-22,214-219,219-232 1yzy d1yzyb1 B:7-22,214-219,219-232 1yzy d1yzya1 A:7-22,24-30,219-232 1yzy d1yzyb1 B:7-22,24-30,219-232 1yzy d1yzya1 A:255-269,347-353,402-412 1yzy d1yzya1 A:255-269,302-309,402-412 95. c.44.2 PTS system IIB component-like Phosphotyrosine protein phosphatases I-like 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 2r48 d2r48a1 A:12-31,57-64,88-99 2r4q d2r4qa1 A:184-200,225-234,257-268 1vkr d1vkra_ A:386-406,425-430,454-471 2r48 d2r48a1 A:12-31,32-41,88-99 2r4q d2r4qa1 A:184-200,202-210,257-268 1vkr d1vkra_ A:386-406,425-430,430-442 1vkr d1vkra_ A:386-406,444-449,454-471 1h9c d1h9ca_ A:16-31,33-41,88-106 1iib d1iiba_ A:12-31,33-40,88-105 1iib d1iibb_ B:12-31,33-40,88-105 96. c.34.1 Homo-oligomeric flavin-containing Cys decarboxylases, HFCD Homo-oligomeric flavin-containing Cys decarboxylases, HFCD 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 321456 1mvn d1mvna_ A:29-47,98-106,185-199 1qzu d1qzub_ B:27-41,96-103,184-191 1e20 d1e20a_ A:29-47,98-106,185-200 1sbz d1sbza_ A:12-27,116-122,157-174 1sbz d1sbzc_ C:12-27,116-122,157-174 1mvl d1mvla_ A:29-47,98-106,185-200 1sbz d1sbzb_ B:12-27,116-122,157-174 1sbz d1sbzd_ D:12-27,116-122,157-174 1sbz d1sbzb_ B:12-27,78-85,157-174 1sbz d1sbza_ A:12-27,78-87,157-174 1sbz d1sbzc_ C:12-27,78-87,157-174 1sbz d1sbzd_ D:12-27,78-87,157-174 1g5q d1g5ql_ L:17-29,75-81,164-174 1g5q d1g5qg_ G:17-29,75-81,164-174 1g5q d1g5qd_ D:17-29,75-81,164-174 1g5q d1g5qa_ A:17-29,75-82,164-174 1g63 d1g63h_ H:12-26,75-81,164-174 1g63 d1g63a_ A:12-26,75-81,164-174 1qzu d1qzud_ D:27-41,96-101,184-191 1qzu d1qzua_ A:27-41,96-101,184-193 1qzu d1qzuc_ C:27-41,96-101,184-193 1p3y d1p3y1_ 1:23-32,83-89,172-185 1g63 d1g63e_ E:12-26,75-81,164-174 1g63 d1g63d_ D:12-26,75-81,164-174 1g63 d1g63l_ L:12-26,75-81,164-174 1g63 d1g63g_ G:12-26,75-81,164-174 1g63 d1g63i_ I:12-26,75-81,164-174 1g63 d1g63f_ F:12-26,75-81,164-174 1g63 d1g63b_ B:12-26,75-81,164-174 1g63 d1g63c_ C:12-26,75-81,164-174 1g63 d1g63k_ K:12-26,75-81,164-174 1g63 d1g63j_ J:12-26,75-80,164-174 97. c.72.3 CoaB-like combination of the Rossmann-like and Ribokinase-like topologies; mixed beta-sheet of 8 strands, order 32145678, strand 7 is antiparallel to the rest ! Ribokinase-like core: 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 8 strands, order 21345678, strand 7 is antiparallel to the rest ! potential superfamily: members of this fold have similar functions but different ATP-binding sites 1p9o d1p9oa_ A:63-77,172-181,290-307 1p9o d1p9ob_ B:63-77,172-181,290-307 1p9o d1p9ob_ B:63-77,225-231,290-307 1u7w d1u7wb_ B:214-228,269-277,384-405 1u80 d1u80b_ B:214-228,269-277,384-405 1u7z d1u7zb_ B:214-228,269-277,384-405 1u7z d1u7zc_ C:214-228,269-277,384-405 1u80 d1u80a_ A:214-228,269-277,384-405 1u7z d1u7za_ A:214-228,269-277,384-405 1u80 d1u80c_ C:214-228,269-277,384-405 1u7w d1u7wa_ A:214-228,269-277,384-405 1u7u d1u7ua_ A:214-228,269-277,384-405 1u7w d1u7wc_ C:214-228,269-277,384-405 1p9o d1p9ob_ B:63-77,253-259,290-307 1u7u d1u7ua_ A:214-228,322-328,384-405 1u7w d1u7wb_ B:214-228,322-329,384-405 1u7w d1u7wc_ C:214-228,322-330,384-405 1u7z d1u7zb_ B:214-228,322-331,384-405 1u80 d1u80b_ B:214-228,322-331,384-405 1u7z d1u7za_ A:214-228,322-331,384-405 1u80 d1u80c_ C:214-228,322-331,384-405 1u7w d1u7wa_ A:214-228,322-331,384-405 98. c.23.8 N5-CAIR mutase (phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, PurE) Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1d7a d1d7ab_ B:19-34,64-71,121-142 1d7a d1d7ac_ C:19-34,64-71,121-142 1d7a d1d7ab_ B:19-34,86-93,121-142 1d7a d1d7ac_ C:19-34,86-93,121-142 1u11 d1u11b_ B:33-48,78-85,134-156 1u11 d1u11a_ A:33-48,78-85,134-156 2fw1 d2fw1a1 A:33-48,78-85,134-156 2fwj d2fwjb1 B:33-48,78-85,134-156 2fw1 d2fw1b1 B:33-48,78-85,134-156 2fw1 d2fw1b1 B:33-48,101-107,134-156 1u11 d1u11b_ B:33-48,101-107,134-156 2fwj d2fwja1 A:33-48,78-85,134-156 1xmp d1xmpf_ F:18-29,81-88,115-137 1u11 d1u11a_ A:33-48,101-107,134-156 1xmp d1xmph_ H:18-29,81-88,115-137 1xmp d1xmpd_ D:18-29,81-88,115-137 2fwj d2fwjb1 B:33-48,101-107,134-156 2fwj d2fwja1 A:33-48,101-107,134-156 2fw1 d2fw1a1 A:33-48,101-107,134-156 1d7a d1d7al_ L:19-34,64-71,120-142 1d7a d1d7an_ N:19-34,64-71,120-142 1d7a d1d7am_ M:19-34,64-71,120-142 1d7a d1d7ao_ O:19-34,64-71,120-142 1qcz d1qcza_ A:19-34,64-71,120-142 1xmp d1xmpb_ B:14-29,82-88,115-137 1d7a d1d7aa_ A:19-34,64-71,120-142 1xmp d1xmpg_ G:14-29,82-88,115-137 1d7a d1d7ad_ D:19-34,64-71,120-142 1xmp d1xmpa_ A:14-29,81-88,115-137 1d7a d1d7al_ L:19-34,86-93,120-142 1d7a d1d7ao_ O:19-34,86-93,120-142 1xmp d1xmpe_ E:14-29,81-88,115-137 1d7a d1d7an_ N:19-34,86-93,120-142 1d7a d1d7aa_ A:19-34,86-93,120-142 1d7a d1d7am_ M:19-34,86-93,120-142 1d7a d1d7ad_ D:19-34,86-93,120-142 1xmp d1xmpf_ F:18-29,59-66,115-137 1xmp d1xmpd_ D:18-29,59-66,115-137 1xmp d1xmph_ H:18-29,59-66,115-137 1qcz d1qcza_ A:19-34,86-93,120-142 1xmp d1xmpc_ C:18-29,59-66,115-137 2ate d2atea1 A:19-34,86-93,120-142 1o4v d1o4va_ A:13-28,81-87,117-134 2ate d2atea1 A:19-34,64-71,120-142 1u11 d1u11a_ A:33-48,50-56,134-156 1xmp d1xmpd_ D:18-29,31-37,115-137 2fwj d2fwja1 A:33-48,50-56,134-156 1xmp d1xmph_ H:18-29,31-37,115-137 2fw1 d2fw1a1 A:33-48,50-56,134-156 1u11 d1u11b_ B:33-48,50-56,134-156 2fw1 d2fw1b1 B:33-48,50-56,134-156 1xmp d1xmpb_ B:14-29,59-66,115-137 1xmp d1xmpc_ C:18-29,31-37,115-137 1xmp d1xmpf_ F:18-29,31-37,115-137 2fwj d2fwjb1 B:33-48,50-56,134-156 1xmp d1xmpg_ G:14-29,59-66,115-137 1xmp d1xmpa_ A:14-29,59-66,115-137 1xmp d1xmpe_ E:14-29,59-66,115-137 1xmp d1xmpc_ C:18-29,82-88,115-137 1xmp d1xmpg_ G:14-29,31-37,115-137 1xmp d1xmpb_ B:14-29,31-37,115-137 1xmp d1xmpa_ A:14-29,31-37,115-137 1xmp d1xmpe_ E:14-29,31-37,115-137 1o4v d1o4va_ A:13-28,58-65,117-134 1o4v d1o4va_ A:13-28,30-36,117-134 100. c.115.1 Hypothetical protein MTH777 (MT0777) Hypothetical protein MTH777 (MT0777) 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 321456 1kjn d1kjna_ A:18-36,104-113,141-156 1kjn d1kjnb_ B:18-36,104-113,141-156 1kjn d1kjna_ A:18-36,80-87,141-156 101. c.23.6 Cobalamin (vitamin B12)-binding domain Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1id8 d1id8a_ A:22-31,56-62,122-136 1k7y d1k7ya2 A:759-774,829-835,859-872 1k98 d1k98a2 A:759-774,828-835,859-872 1bmt d1bmta2 A:759-774,828-835,859-872 3bul d3bula2 A:759-774,828-835,859-872 3req d3reqb2 B:524-539,591-597,622-635 2req d2reqb2 B:524-539,591-597,622-635 1i9c d1i9ca_ A:16-31,56-63,122-135 1bmt d1bmtb2 B:759-774,828-835,859-872 1cb7 d1cb7c_ C:16-31,56-63,122-135 1i9c d1i9cc_ C:16-31,56-63,122-135 1ccw d1ccwc_ C:16-31,56-63,122-135 5req d5reqb2 B:524-539,591-597,622-635 4req d4reqd2 D:524-539,591-597,622-635 3req d3reqb2 B:524-539,563-569,622-635 1ccw d1ccwa_ A:16-31,56-63,122-135 5req d5reqd2 D:524-539,591-597,622-635 1e1c d1e1cd2 D:524-539,591-597,622-635 1cb7 d1cb7a_ A:16-31,56-63,122-135 1req d1reqb2 B:524-539,591-597,622-635 1e1c d1e1cb2 B:524-539,591-597,622-635 7req d7reqb2 B:524-539,591-597,622-635 6req d6reqb2 B:524-539,591-597,622-635 6req d6reqd2 D:524-539,591-597,622-635 4req d4reqb2 B:524-539,591-597,622-635 7req d7reqd2 D:524-539,591-597,622-635 3req d3reqb2 B:524-539,614-618,622-635 2req d2reqb2 B:524-539,614-618,622-635 5req d5reqb2 B:524-539,614-618,622-635 4req d4reqd2 D:524-539,614-618,622-635 5req d5reqd2 D:524-539,614-618,622-635 1req d1reqd2 D:524-539,591-597,622-635 7req d7reqd2 D:524-539,614-618,622-635 1req d1reqb2 B:524-539,614-618,622-635 4req d4reqb2 B:524-539,614-618,622-635 7req d7reqb2 B:524-539,614-618,622-635 6req d6reqb2 B:524-539,614-618,622-635 1e1c d1e1cb2 B:524-539,614-618,622-635 1req d1reqd2 D:524-539,614-618,622-635 6req d6reqd2 D:524-539,614-618,622-635 1k7y d1k7ya2 A:759-774,799-806,859-872 1e1c d1e1cd2 D:524-539,614-618,622-635 1e1c d1e1ca2 A:577-595,598-604,710-728 1bmt d1bmta2 A:759-774,799-806,859-872 1req d1reqa2 A:577-595,598-604,710-728 7req d7reqc2 C:577-595,598-604,710-728 1k98 d1k98a2 A:759-774,799-807,859-872 1bmt d1bmtb2 B:759-774,799-806,859-872 1e1c d1e1cc2 C:577-595,598-604,710-728 1i9c d1i9ca_ A:16-31,87-93,122-135 6req d6reqc2 C:577-595,598-604,710-728 4req d4reqc2 C:577-595,598-604,710-728 3req d3reqa2 A:577-595,598-604,710-728 5req d5reqc2 C:577-595,598-604,710-728 2req d2reqc2 C:577-595,598-604,710-728 6req d6reqa2 A:577-595,598-604,710-728 4req d4reqa2 A:577-595,598-604,710-728 5req d5reqa2 A:577-595,598-604,710-728 2req d2reqa2 A:577-595,598-604,710-728 3bul d3bula2 A:759-774,799-807,859-872 1req d1reqc2 C:577-595,598-604,710-728 7req d7reqa2 A:577-595,598-604,710-728 1fmf d1fmfa_ A:17-31,56-63,122-135 2req d2reqd2 D:524-539,591-596,622-635 1fmf d1fmfa_ A:17-31,86-93,122-135 2req d2reqc2 C:610-625,680-687,710-728 3req d3reqa2 A:610-625,680-687,710-728 5req d5reqa2 A:610-625,680-687,710-728 2req d2reqa2 A:610-625,680-687,710-728 5req d5reqc2 C:610-625,680-687,710-728 4req d4reqa2 A:610-625,680-687,710-728 4req d4reqc2 C:610-625,680-687,710-728 1e1c d1e1ca2 A:610-625,680-687,710-728 6req d6reqc2 C:610-625,680-687,710-728 1req d1reqa2 A:610-625,680-687,710-728 6req d6reqa2 A:610-625,680-687,710-728 7req d7reqc2 C:610-625,680-687,710-728 7req d7reqa2 A:610-625,680-687,710-728 1e1c d1e1cc2 C:610-625,680-687,710-728 1req d1reqc2 C:610-625,680-687,710-728 1req d1reqa2 A:610-625,650-657,710-728 1e1c d1e1cc2 C:610-625,650-657,710-728 5req d5reqa2 A:610-625,650-657,710-728 5req d5reqc2 C:610-625,650-657,710-728 7req d7reqc2 C:610-625,650-657,710-728 2req d2reqc2 C:610-625,650-657,710-728 2req d2reqa2 A:610-625,650-657,710-728 4req d4reqa2 A:610-625,650-657,710-728 1e1c d1e1ca2 A:610-625,650-657,710-728 7req d7reqa2 A:610-625,650-657,710-728 1k7y d1k7ya2 A:759-774,774-783,859-872 1req d1reqc2 C:610-625,650-657,710-728 4req d4reqc2 C:610-625,650-657,710-728 6req d6reqa2 A:610-625,650-657,710-728 6req d6reqc2 C:610-625,650-657,710-728 1xrs d1xrsb1 B:105-118,120-128,244-261 2req d2reqd2 D:492-508,511-518,622-635 1req d1reqb2 B:492-508,511-518,622-635 1xrs d1xrsb1 B:105-118,157-166,244-261 102. c.32.1 Tubulin nucleotide-binding domain-like Tubulin nucleotide-binding domain-like 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 321456 2vap d2vapa1 A:46-60,123-131,203-228 1w5a d1w5ab1 B:46-60,123-131,203-228 1w5e d1w5eh1 H:46-60,123-131,203-228 1w5e d1w5eb1 B:46-60,123-131,203-228 1w5e d1w5ed1 D:46-60,123-131,203-228 1w5a d1w5aa1 A:46-60,123-131,203-228 1w5e d1w5ee1 E:46-60,123-131,203-228 1w58 d1w5811 1:46-60,123-131,203-228 1w5b d1w5ba1 A:46-60,123-131,203-228 1w5b d1w5bb1 B:46-60,123-131,203-228 1w5e d1w5ec1 C:46-60,123-131,203-228 1w5e d1w5ei1 I:46-60,123-131,203-228 1fsz d1fsza1 A:46-60,123-131,203-228 1w5e d1w5ef1 F:46-60,123-131,203-228 1w5e d1w5ea1 A:46-60,123-132,203-228 1w5e d1w5eg1 G:46-60,123-132,203-228 1tub d1tubb1 B:10-27,166-172,223-241 1w59 d1w59b1 B:46-60,123-131,203-228 1rq2 d1rq2b1 B:17-31,94-100,175-201 1rq7 d1rq7b1 B:17-31,94-100,175-201 1rlu d1rlub1 B:17-31,94-100,175-201 1w59 d1w59a1 A:46-60,123-132,203-228 2q1x d2q1xb1 B:17-31,94-100,175-201 1w5f d1w5fb1 B:30-44,107-115,188-210 1w5f d1w5fa1 A:30-44,107-115,188-210 1tub d1tuba1 A:10-25,133-141,223-245 1tub d1tubb1 B:10-27,133-141,223-241 1ofu d1ofub1 B:20-34,97-105,178-204 1ofu d1ofua1 A:20-34,97-105,178-204 1tvk d1tvkb1 B:10-29,130-140,221-237 1rlu d1rlua1 A:17-31,94-102,175-201 2vaw d2vawa1 A:20-34,97-105,178-197 1tub d1tuba1 A:10-25,165-172,223-245 1z2b d1z2ba1 A:10-29,165-172,223-240 1sa0 d1sa0a1 A:10-29,165-172,223-240 2btq d2btqa1 A:12-31,135-144,225-247 1rq2 d1rq2a1 A:17-31,94-102,175-194 2q1x d2q1xa1 A:17-31,94-102,175-194 1sa0 d1sa0c1 C:10-29,165-172,223-240 1tub d1tubb1 B:10-27,199-205,223-241 1tvk d1tvkb1 B:10-29,163-171,221-237 2q1y d2q1ya1 A:17-31,94-102,175-194 1rq7 d1rq7a1 A:17-31,94-102,175-194 2bto d2btob1 B:12-31,135-144,225-242 1sa1 d1sa1b1 B:10-29,165-173,223-244 1sa1 d1sa1d1 D:10-29,165-173,223-244 1z2b d1z2bb1 B:10-29,165-173,223-240 1sa0 d1sa0d1 D:10-29,165-173,223-240 1z2b d1z2bd1 D:10-29,165-173,223-240 1sa0 d1sa0b1 B:10-29,165-173,223-240 1tvk d1tvka1 A:10-29,132-139,223-245 1z2b d1z2bb1 B:10-29,199-205,223-240 2bto d2btoa1 A:12-31,133-144,225-246 1sa0 d1sa0d1 D:10-29,199-205,223-240 1jff d1jffa1 A:10-29,131-142,223-245 2hxf d2hxfa1 A:10-29,131-142,223-245 2hxh d2hxha1 A:10-29,131-142,223-245 1sa0 d1sa0b1 B:10-29,199-205,223-240 1z2b d1z2bd1 D:10-29,199-205,223-240 2bto d2btoa1 A:12-31,167-175,225-246 1w5e d1w5eg1 G:46-60,152-161,203-228 1w5e d1w5ea1 A:46-60,152-161,203-228 2hxf d2hxfb1 B:10-29,131-141,223-239 2hxh d2hxhb1 B:10-29,131-141,223-239 1jff d1jffb1 B:10-29,131-141,223-239 1sa1 d1sa1d1 D:10-29,199-206,223-244 1sa1 d1sa1b1 B:10-29,199-206,223-244 1w5e d1w5ee1 E:46-60,152-161,203-228 1ofu d1ofub1 B:20-34,126-135,178-204 2vap d2vapa1 A:46-60,152-162,203-228 1w58 d1w5811 1:46-60,152-162,203-228 2bto d2btob1 B:12-31,167-175,225-242 1w5b d1w5ba1 A:46-60,152-162,203-228 1ofu d1ofua1 A:20-34,126-135,178-204 1w5e d1w5eb1 B:46-60,152-162,203-228 2hxf d2hxfa1 A:10-29,165-173,223-245 2hxh d2hxha1 A:10-29,165-173,223-245 1jff d1jffa1 A:10-29,165-173,223-245 1fsz d1fsza1 A:46-60,152-162,203-228 2hxh d2hxhb1 B:10-29,164-172,223-239 2hxf d2hxfb1 B:10-29,164-172,223-239 1jff d1jffb1 B:10-29,164-172,223-239 1w5a d1w5aa1 A:46-60,152-162,203-228 1w5e d1w5eh1 H:46-60,152-162,203-228 1w5a d1w5ab1 B:46-60,152-162,203-228 2btq d2btqa1 A:12-31,167-175,225-247 1w5b d1w5bb1 B:46-60,152-162,203-228 1w5e d1w5ec1 C:46-60,152-162,203-228 1w5e d1w5ed1 D:46-60,152-162,203-228 1w5e d1w5ei1 I:46-60,152-162,203-228 1w5f d1w5fb1 B:30-44,136-144,188-210 1w5e d1w5ef1 F:46-60,152-162,203-228 1w59 d1w59a1 A:46-60,152-162,203-228 1w59 d1w59b1 B:46-60,152-162,203-228 1w5f d1w5fa1 A:30-44,136-145,188-210 1z2b d1z2bb1 B:10-29,131-142,223-240 1sa0 d1sa0d1 D:10-29,131-142,223-240 1sa0 d1sa0b1 B:10-29,131-142,223-240 1z2b d1z2ba1 A:10-29,131-141,223-240 1rq2 d1rq2b1 B:17-31,123-133,175-201 1z2b d1z2bd1 D:10-29,131-142,223-240 1z2b d1z2bc1 C:10-29,131-141,223-240 1rq7 d1rq7a1 A:17-31,123-131,175-194 1rlu d1rlua1 A:17-31,123-133,175-201 1rq2 d1rq2a1 A:17-31,123-133,175-194 2q1y d2q1ya1 A:17-31,123-131,175-194 2vaw d2vawa1 A:20-34,126-135,178-197 1z2b d1z2bc1 C:10-29,164-172,223-240 2q1x d2q1xa1 A:17-31,123-133,175-194 1sa1 d1sa1d1 D:10-29,131-142,223-244 1sa0 d1sa0c1 C:10-29,131-141,223-240 1sa1 d1sa1b1 B:10-29,131-142,223-244 1rq7 d1rq7b1 B:17-31,123-133,175-201 1rlu d1rlub1 B:17-31,123-133,175-201 1sa0 d1sa0a1 A:10-29,131-141,223-240 1tvk d1tvka1 A:10-29,164-173,223-245 2q1y d2q1yb1 B:17-31,94-100,175-191 1sa1 d1sa1a1 A:10-29,164-172,223-240 1sa1 d1sa1c1 C:10-29,131-141,223-240 1sa1 d1sa1c1 C:10-29,164-172,223-240 1sa1 d1sa1a1 A:10-29,131-141,223-240 1tvk d1tvka1 A:10-29,199-205,223-245 2q1x d2q1xb1 B:17-31,123-133,175-201 2q1y d2q1yb1 B:17-31,123-133,175-191 2q1y d2q1yb1 B:17-31,94-100,190-201 103. c.51.3 B12-dependent dehydatase associated subunit Anticodon-binding domain-like 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of five strands, order 21345; strand 4 is antiparallel to the rest 2d0o d2d0od1 D:22-33,60-66,91-108 2d0p d2d0pd1 D:22-33,60-66,91-108 1nbw d1nbwd_ D:18-33,61-68,93-110 2d0o d2d0ob1 B:22-33,60-66,91-108 2d0p d2d0pb1 B:22-33,60-66,91-108 1nbw d1nbwb_ B:18-33,61-68,93-110 1eex d1eexe_ E:83-99,127-134,161-178 1egv d1egve_ E:83-99,127-134,161-178 1eex d1eexb_ B:83-99,127-134,161-178 1iwb d1iwbb_ B:83-99,127-134,161-178 1egm d1egmb_ B:83-99,127-134,161-178 1uc5 d1uc5e_ E:83-99,127-134,161-178 1uc5 d1uc5b_ B:83-99,127-134,161-178 1egv d1egvb_ B:83-99,127-134,161-178 1iwp d1iwpb_ B:50-66,94-101,128-145 1uc4 d1uc4b_ B:83-99,127-134,161-178 1dio d1diob_ B:83-99,127-134,161-178 1iwb d1iwbe_ E:83-99,127-134,161-178 1dio d1dioe_ E:83-99,127-134,161-178 1uc4 d1uc4e_ E:83-99,127-134,161-178 1egm d1egme_ E:83-99,127-134,161-178 1mmf d1mmfe_ E:50-66,94-101,128-145 1mmf d1mmfb_ B:50-66,94-101,128-145 1iwp d1iwpe_ E:50-66,94-101,128-145 2d0p d2d0pd1 D:22-33,82-88,91-108 2d0p d2d0pb1 B:22-33,82-88,91-108 1nbw d1nbwb_ B:18-33,85-90,93-110 2d0o d2d0od1 D:22-33,82-88,91-108 1nbw d1nbwd_ D:18-33,85-90,93-110 1nbw d1nbwd_ D:18-33,35-41,93-110 1nbw d1nbwb_ B:18-33,35-41,93-110 2d0o d2d0ob1 B:22-33,82-88,91-108 1dio d1dioe_ E:83-99,100-108,161-178 1uc5 d1uc5e_ E:83-99,100-108,161-178 1iwb d1iwbb_ B:83-99,100-108,161-178 1uc5 d1uc5b_ B:83-99,100-108,161-178 1egv d1egvb_ B:83-99,100-108,161-178 1eex d1eexb_ B:83-99,100-108,161-178 1mmf d1mmfb_ B:50-66,67-75,128-145 1uc4 d1uc4e_ E:83-99,100-108,161-178 1egm d1egmb_ B:83-99,100-108,161-178 1mmf d1mmfe_ E:50-66,67-75,128-145 1iwb d1iwbe_ E:83-99,100-108,161-178 1uc4 d1uc4b_ B:83-99,100-108,161-178 1dio d1diob_ B:83-99,100-108,161-178 1eex d1eexe_ E:83-99,100-109,161-178 1egv d1egve_ E:83-99,100-109,161-178 1egm d1egme_ E:83-99,100-109,161-178 1iwp d1iwpb_ B:50-66,67-76,128-145 1iwp d1iwpe_ E:50-66,67-76,128-145 104. d.204.1 Ribosome binding protein Y (YfiA homologue) Ribosome binding protein Y (YfiA homologue) beta-alpha-beta(3)-alpha; 2 layers; mixed sheet 1234, strand 3 is antiparallel to the rest 2ywq d2ywqa1 A:14-29,36-45,75-95 2ywq d2ywqb1 B:14-33,36-45,75-95 2ywq d2ywqd1 D:14-33,36-45,75-95 2ywq d2ywqc1 C:14-29,36-46,75-95 1n3g d1n3ga_ A:13-30,33-45,69-91 1imu d1imua_ A:13-31,34-45,69-91 1l4s d1l4sa_ A:12-27,35-44,68-89 105. c.109.1 PEP carboxykinase N-terminal domain PEP carboxykinase N-terminal domain contains mixed beta-sheets; topology is partly similar to that of the catalytic C-terminal domain 1j3b d1j3ba2 A:122-134,151-158,191-211 1xkv d1xkva2 A:122-134,151-158,191-211 1ii2 d1ii2b2 B:114-126,140-147,180-200 1ii2 d1ii2a2 A:114-126,140-147,180-200 1j3b d1j3bb2 B:122-134,151-158,191-211 2pc9 d2pc9a2 A:122-134,151-158,191-211 1xkv d1xkvb2 B:122-134,151-158,191-211 2pc9 d2pc9b2 B:122-134,151-158,191-211 2pc9 d2pc9d2 D:122-134,151-158,191-211 2pc9 d2pc9c2 C:122-134,151-158,191-211 2olq d2olqa2 A:141-153,166-173,207-227 2py7 d2py7x2 X:141-153,166-173,207-227 2pxz d2pxzx2 X:141-153,166-173,207-227 1k3d d1k3da2 A:141-153,166-173,207-227 1oen d1oena2 A:141-153,166-173,207-227 2olr d2olra2 A:141-153,166-173,207-227 1os1 d1os1a2 A:141-153,166-173,207-227 1k3c d1k3ca2 A:141-153,166-173,207-227 1aq2 d1aq2a2 A:141-153,166-173,207-227 1ayl d1ayla2 A:141-153,166-173,207-227 109. c.132.1 Bacterial fluorinating enzyme, N-terminal domain Bacterial fluorinating enzyme, N-terminal domain 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 6 strands; order: 213546, strand 5 is antiparallel to the rest; topological similarity to the MogA-like family fold 2c5h d2c5ha2 A:21-36,38-46,156-172 2cbx d2cbxc2 C:21-36,38-46,156-172 2v7x d2v7xb2 B:21-36,38-46,156-172 2v7w d2v7wc2 C:21-36,38-46,156-172 2v7x d2v7xc2 C:21-36,38-46,156-172 2c4u d2c4ud2 D:21-36,38-46,156-172 2c5b d2c5bc2 C:21-36,38-46,156-172 1rqr d1rqrc2 C:21-36,38-46,156-172 2v7w d2v7wb2 B:21-36,38-46,156-172 2c2w d2c2wc2 C:21-36,38-46,156-172 2cc2 d2cc2a2 A:21-36,38-46,156-172 2v7w d2v7wa2 A:21-36,38-46,156-172 2v7u d2v7ua2 A:21-36,38-46,156-172 2v7t d2v7ta2 A:21-36,38-46,156-172 2cc2 d2cc2c2 C:21-36,38-46,156-172 2cbx d2cbxa2 A:21-36,37-46,156-172 2c4u d2c4ue2 E:21-36,38-46,156-172 2c4u d2c4uf2 F:21-36,38-46,156-172 2v7x d2v7xa2 A:21-36,37-46,156-172 2v7v d2v7vb2 B:21-36,38-46,156-172 2v7u d2v7ub2 B:21-36,38-46,156-172 2v7t d2v7tc2 C:21-36,38-46,156-172 2c4u d2c4ua2 A:21-36,38-46,156-172 2c5h d2c5hc2 C:21-36,37-46,156-172 2c5h d2c5hb2 B:21-36,37-46,156-172 2v7t d2v7tb2 B:21-36,38-46,156-172 1rqp d1rqpc2 C:21-36,38-46,156-172 2c4u d2c4uc2 C:21-36,38-46,156-172 2c4u d2c4ub2 B:21-36,38-46,156-172 2c4t d2c4tb2 B:21-36,37-46,156-172 2cbx d2cbxb2 B:21-36,37-46,156-172 2c2w d2c2wa2 A:21-36,37-46,156-172 1rqr d1rqrb2 B:21-36,37-46,156-172 2c5b d2c5ba2 A:21-36,37-46,156-172 2v7v d2v7va2 A:21-36,37-46,156-172 2c4t d2c4tc2 C:21-36,37-46,156-172 2cc2 d2cc2b2 B:21-36,37-46,156-172 2v7v d2v7vc2 C:21-36,37-46,156-172 2c2w d2c2wb2 B:21-36,37-46,156-172 1rqp d1rqpa2 A:21-36,37-46,156-172 2c4t d2c4ta2 A:21-36,37-46,156-172 1rqp d1rqpb2 B:21-36,37-46,156-172 2v7u d2v7uc2 C:21-36,37-46,156-172 2c5b d2c5bb2 B:21-36,37-46,156-172 1rqr d1rqra2 A:21-36,37-46,156-172 2c5h d2c5hb2 B:21-36,69-76,156-172 2v7x d2v7xc2 C:21-36,69-76,156-172 2c5h d2c5hc2 C:21-36,69-76,156-172 2c4u d2c4ud2 D:21-36,69-76,156-172 2cbx d2cbxc2 C:21-36,69-76,156-172 2cbx d2cbxb2 B:21-36,69-76,156-172 2c5b d2c5bc2 C:21-36,69-76,156-172 2v7w d2v7wb2 B:21-36,69-76,156-172 2cbx d2cbxa2 A:21-36,69-76,156-172 2v7x d2v7xb2 B:21-36,69-76,156-172 2c4u d2c4uc2 C:21-36,69-76,156-172 2c5h d2c5ha2 A:21-36,69-76,156-172 2v7w d2v7wc2 C:21-36,69-76,156-172 2c2w d2c2wc2 C:21-36,69-76,156-172 2v7x d2v7xa2 A:21-36,69-76,156-172 2c5b d2c5ba2 A:21-36,69-76,156-172 2v7v d2v7vb2 B:21-36,69-76,156-172 2c2w d2c2wb2 B:21-36,69-76,156-172 2v7w d2v7wa2 A:21-36,69-76,156-172 2c2w d2c2wa2 A:21-36,69-76,156-172 2v7v d2v7va2 A:21-36,69-76,156-172 2c4u d2c4uf2 F:21-36,69-76,156-172 2v7v d2v7vc2 C:21-36,69-76,156-172 2cc2 d2cc2c2 C:21-36,69-76,156-172 2cc2 d2cc2a2 A:21-36,69-76,156-172 2c4t d2c4tb2 B:21-36,69-76,156-172 2c4u d2c4ua2 A:21-36,69-76,156-172 2cc2 d2cc2b2 B:21-36,69-76,156-172 1rqr d1rqrc2 C:21-36,69-76,156-172 2c4u d2c4ue2 E:21-36,69-76,156-172 2c5b d2c5bb2 B:21-36,69-76,156-172 2c4u d2c4ub2 B:21-36,69-76,156-172 2c4t d2c4tc2 C:21-36,69-76,156-172 1rqp d1rqpb2 B:21-36,69-76,156-172 1rqp d1rqpc2 C:21-36,69-76,156-172 2c4t d2c4ta2 A:21-36,69-76,156-172 1rqr d1rqrb2 B:21-36,69-76,156-172 2v7u d2v7ua2 A:21-36,69-76,156-172 2v7t d2v7ta2 A:21-36,69-76,156-172 2v7u d2v7ub2 B:21-36,69-76,156-172 2v7u d2v7uc2 C:21-36,69-76,156-172 2v7t d2v7tc2 C:21-36,69-76,156-172 1rqr d1rqra2 A:21-36,69-76,156-172 1rqp d1rqpa2 A:21-36,69-76,156-172 2v7t d2v7tb2 B:21-36,69-76,156-172 110. c.56.7 AF0625-like contains extra C-terminal alpha/beta domain: 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 ! Phosphorylase/hydrolase-like core: 3 layers, a/b/a ; mixed sheet of 5 strands: order 21354; strand 4 is antiparallel to the rest; contains crossover loops 1yqe d1yqea1 A:10-25,68-77,162-179 1yqe d1yqea1 A:196-206,237-242,267-276 2gfq d2gfqb1 B:10-25,71-81,164-182 2gfq d2gfqc1 C:10-25,72-81,164-182 2gfq d2gfqa1 A:10-25,72-81,164-182 1yqe d1yqea1 A:10-25,41-48,162-179 1yqe d1yqea1 A:196-206,207-216,267-276 1yqe d1yqea1 A:10-25,147-155,162-179 2gfq d2gfqc1 C:10-25,43-50,164-182 2gfq d2gfqb1 B:10-25,149-157,164-182 2gfq d2gfqc1 C:10-25,149-157,164-182 2gfq d2gfqa1 A:10-25,149-157,164-182 2gfq d2gfqb1 B:10-25,43-51,164-182 2gfq d2gfqa1 A:10-25,43-51,164-182 111. c.1.16 Bacterial luciferase-like consists of clearly related families of somewhat different folds ! TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1m41 d1m41a_ A:27-42,44-48,332-345 1nqk d1nqka_ A:28-43,45-49,333-346 1luc d1lucb_ B:16-35,36-42,304-320 1m41 d1m41b_ B:1027-1042,1044-1049,1332-1345 1rhc d1rhca_ A:15-30,303-311,313-325 1fvp d1fvpb_ B:137-153,172-176,176-192 1bsl d1bslb_ B:16-35,36-42,304-324 1yw1 d1yw1a1 A:35-50,384-389,392-411 1f07 d1f07a_ A:212-221,274-278,278-293 1f07 d1f07c_ C:2212-2221,2274-2278,2278-2293 1bsl d1bsla_ A:16-35,36-42,304-323 1f07 d1f07b_ B:1212-1221,1274-1278,1278-1293 1tvl d1tvla_ A:35-50,384-389,392-411 1f07 d1f07d_ D:3212-3221,3274-3278,3278-3293 1luc d1lucb_ B:16-35,293-299,304-320 1brl d1brld_ D:16-35,293-299,304-319 1brl d1brlb_ B:16-35,293-299,304-319 1ezw d1ezwa_ A:15-30,320-325,331-343 1f07 d1f07c_ C:2012-2027,2295-2300,2306-2321 1f07 d1f07b_ B:1012-1027,1295-1300,1306-1321 1xkj d1xkjb_ B:16-35,36-42,304-324 1f07 d1f07a_ A:12-27,295-300,306-321 1f07 d1f07d_ D:3012-3027,3295-3300,3306-3321 1bsl d1bsla_ A:16-35,293-299,304-323 1bsl d1bslb_ B:16-35,293-299,304-324 1xkj d1xkjb_ B:16-35,293-299,304-324 1xkj d1xkja_ A:16-35,293-299,304-324 1fvp d1fvpa_ A:20-40,194-201,206-229 1fvp d1fvpb_ B:20-39,194-201,206-229 1nfp d1nfpa_ A:20-39,191-198,203-226 113. d.135.1 The spindle assembly checkpoint protein mad2 N- and C-termini undergo large conformational rearrangement upon ligand binding ! The spindle assembly checkpoint protein mad2 core: alpha(2)-beta(2)-alpha-beta; mixed sheet: order 213 1duj d1duja_ A:18-38,97-108,123-145 1go4 d1go4b_ B:12-36,93-107,120-142 2v64 d2v64c1 C:12-36,93-107,120-142 2v64 d2v64f1 F:12-36,93-107,120-142 2v64 d2v64a1 A:12-36,93-107,120-142 1go4 d1go4c_ C:12-36,93-107,120-142 1go4 d1go4a_ A:12-36,93-107,120-142 1s2h d1s2ha_ A:10-36,93-107,119-143 1klq d1klqa_ A:13-38,97-109,122-145 1go4 d1go4d_ D:12-36,93-107,120-143 114. c.70.1 Nucleoside hydrolase Nucleoside hydrolase core: 3 layers, a/b/a ; mixed beta-sheet of 8 strands, order 32145687; strand 7 is antiparallel to the rest 1ezr d1ezrb_ B:12-26,119-126,242-251 1ezr d1ezra_ A:12-26,119-126,242-251 1ezr d1ezrd_ D:12-26,119-126,242-251 1ezr d1ezrc_ C:12-26,119-126,242-251 1hp0 d1hp0b_ B:12-26,158-167,259-271 1kie d1kiea_ A:12-26,158-167,259-271 1mas d1masb_ B:12-26,147-155,240-252 1kic d1kicb_ B:12-26,158-167,259-271 2mas d2masa_ A:12-26,147-155,240-252 2mas d2masb_ B:12-26,147-155,240-252 2mas d2masd_ D:12-26,147-155,240-252 2mas d2masc_ C:12-26,147-155,240-252 1kic d1kicb_ B:12-26,29-37,259-271 1hoz d1hozb_ B:12-26,158-167,259-271 2ff1 d2ff1b1 B:12-26,158-167,259-271 1kic d1kica_ A:12-26,158-167,259-271 1kie d1kieb_ B:12-26,158-167,259-271 1mas d1masa_ A:12-26,147-155,240-252 1kie d1kieb_ B:12-26,29-37,259-271 1hoz d1hoza_ A:12-26,158-167,259-271 1r4f d1r4fb_ B:12-26,158-167,259-271 1hp0 d1hp0a_ A:12-26,158-167,259-271 2ff1 d2ff1a1 A:12-26,158-167,259-271 2ff2 d2ff2a1 A:12-26,158-167,259-271 1hp0 d1hp0a_ A:12-26,132-137,259-271 2ff2 d2ff2b1 B:12-26,28-37,259-271 1hp0 d1hp0b_ B:12-26,132-137,259-271 2ff1 d2ff1b1 B:12-26,132-137,259-271 1r4f d1r4fb_ B:12-26,132-137,259-271 1kic d1kicb_ B:12-26,132-137,259-271 1hp0 d1hp0b_ B:12-26,28-37,259-271 3b9x d3b9xc1 C:13-26,145-153,238-250 3b9x d3b9xd1 D:13-26,119-124,241-250 1r4f d1r4fa_ A:12-26,28-37,259-271 1hoz d1hoza_ A:12-26,132-137,259-271 1r4f d1r4fb_ B:12-26,28-37,259-271 1kic d1kica_ A:12-26,28-37,259-271 2ff2 d2ff2b1 B:12-26,159-167,259-271 1hoz d1hozb_ B:12-26,28-37,259-271 1hp0 d1hp0a_ A:12-26,28-37,259-271 2ff1 d2ff1a1 A:12-26,132-137,259-271 2ff1 d2ff1a1 A:12-26,28-37,259-271 1kic d1kica_ A:12-26,132-137,259-271 1q8f d1q8fb_ B:13-26,145-153,238-250 1kie d1kiea_ A:12-26,28-37,259-271 1r4f d1r4fa_ A:12-26,159-167,259-271 3b9x d3b9xa1 A:13-26,145-153,238-250 2ff2 d2ff2a1 A:12-26,132-137,259-271 1hoz d1hoza_ A:12-26,28-37,259-271 2ff2 d2ff2a1 A:12-26,28-37,259-271 1q8f d1q8fd_ D:13-26,145-153,238-250 2ff1 d2ff1b1 B:12-26,28-37,259-271 1hoz d1hozb_ B:12-26,132-137,259-271 1q8f d1q8fa_ A:13-26,145-153,238-250 1kie d1kieb_ B:12-26,132-137,259-271 1q8f d1q8fc_ C:13-26,145-153,238-250 1kie d1kiea_ A:12-26,132-137,259-271 1q8f d1q8fd_ D:13-26,29-38,238-250 3b9x d3b9xc1 C:13-26,29-38,238-250 1r4f d1r4fa_ A:12-26,131-137,259-271 3b9x d3b9xd1 D:13-26,29-38,241-250 1q8f d1q8fa_ A:13-26,29-38,238-250 1q8f d1q8fb_ B:13-26,29-38,238-250 3b9x d3b9xa1 A:13-26,29-38,238-250 1q8f d1q8fc_ C:13-26,29-38,238-250 3b9x d3b9xb1 B:13-26,29-38,241-250 1ezr d1ezrd_ D:12-26,28-37,242-251 1mas d1masa_ A:12-26,28-37,240-252 1ezr d1ezrb_ B:12-26,28-37,242-251 1ezr d1ezra_ A:12-26,28-37,242-251 1ezr d1ezrc_ C:12-26,28-37,242-251 2ff2 d2ff2b1 B:12-26,131-137,259-271 2mas d2masd_ D:12-26,28-37,240-252 2mas d2masa_ A:12-26,28-37,240-252 2mas d2masb_ B:12-26,28-37,240-252 2mas d2masc_ C:12-26,28-37,240-252 1mas d1masb_ B:12-26,119-126,240-252 1mas d1masb_ B:12-26,28-37,240-252 3b9x d3b9xc1 C:13-26,119-124,238-250 3b9x d3b9xa1 A:13-26,119-124,238-250 3b9x d3b9xb1 B:13-26,117-124,241-250 2mas d2masb_ B:12-26,118-126,240-252 2mas d2masa_ A:12-26,118-126,240-252 2mas d2masd_ D:12-26,118-126,240-252 1mas d1masa_ A:12-26,118-126,240-252 2mas d2masc_ C:12-26,118-126,240-252 1q8f d1q8fd_ D:13-26,117-124,238-250 1q8f d1q8fa_ A:13-26,117-124,238-250 1q8f d1q8fc_ C:13-26,117-124,238-250 1q8f d1q8fb_ B:13-26,117-124,238-250 115. c.16.1 Lumazine synthase Lumazine synthase 3 layers, a/b/a; core: parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 1kz1 d1kz1c_ C:28-48,79-89,126-135 1c41 d1c41h_ H:26-45,112-122,159-168 1kz1 d1kz1a_ A:28-48,79-89,126-135 1c41 d1c41e_ E:26-45,112-122,159-168 1c41 d1c41a_ A:26-45,112-122,159-168 1c41 d1c41j_ J:26-45,112-122,159-168 1c41 d1c41d_ D:26-45,112-122,159-168 1c41 d1c41c_ C:26-45,112-122,159-168 1kz1 d1kz1d_ D:28-48,79-89,126-135 1kz1 d1kz1e_ E:28-48,79-89,126-135 1c41 d1c41i_ I:26-45,112-122,159-168 1kz1 d1kz1b_ B:28-48,79-89,126-135 1ejb d1ejbc_ C:27-46,82-92,129-138 1c41 d1c41g_ G:26-45,112-122,159-168 1c41 d1c41f_ F:26-45,112-122,159-168 1ejb d1ejbe_ E:27-46,82-92,129-138 1ejb d1ejba_ A:27-46,82-92,129-138 1ejb d1ejbb_ B:27-46,82-92,129-138 1c41 d1c41b_ B:26-45,112-122,159-168 1ejb d1ejbd_ D:27-46,82-92,129-138 1kz6 d1kz6c_ C:28-48,79-89,126-135 1kz6 d1kz6a_ A:28-48,79-89,126-135 1kyx d1kyxa_ A:28-48,79-89,126-135 1kz4 d1kz4a_ A:28-48,79-89,126-135 1kz9 d1kz9a_ A:28-48,79-89,126-135 1kz4 d1kz4c_ C:28-48,79-89,126-135 1kyx d1kyxd_ D:28-48,79-89,126-135 1kyx d1kyxc_ C:28-48,79-89,126-135 1kz6 d1kz6d_ D:28-48,79-89,126-135 1kyv d1kyvd_ D:28-48,79-89,126-135 1kz9 d1kz9c_ C:28-48,79-89,126-135 1kyv d1kyvc_ C:28-48,79-89,126-135 1kyx d1kyxe_ E:28-48,79-89,126-135 1kz4 d1kz4d_ D:28-48,79-89,126-135 1kyv d1kyva_ A:28-48,79-89,126-135 1kz4 d1kz4e_ E:28-48,79-89,126-135 1kz6 d1kz6e_ E:28-48,79-89,126-135 1kyy d1kyye_ E:28-48,79-89,126-135 1kyv d1kyve_ E:28-48,79-89,126-135 1kz6 d1kz6b_ B:28-48,79-89,126-135 1kz9 d1kz9d_ D:28-48,79-89,126-135 1kyx d1kyxb_ B:28-48,79-89,126-135 1kz9 d1kz9e_ E:28-48,79-89,126-135 1kz4 d1kz4b_ B:28-48,79-89,126-135 1kz9 d1kz9b_ B:28-48,79-89,126-135 1kyy d1kyya_ A:28-48,79-89,126-135 1kyy d1kyyc_ C:28-48,79-89,126-135 1kyv d1kyvb_ B:28-48,79-89,126-135 1kyy d1kyyd_ D:28-48,79-89,126-135 1kyy d1kyyb_ B:28-48,79-89,126-135 1c2y d1c2yh_ H:24-43,73-83,120-129 1c2y d1c2yr_ R:24-43,73-83,120-129 1c2y d1c2yj_ J:24-43,73-83,120-129 1nqv d1nqvc_ C:23-42,110-119,120-129 1nqw d1nqwc_ C:23-42,110-119,120-129 1c2y d1c2yg_ 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F:23-42,73-83,120-129 1c2y d1c2yo_ O:24-43,73-83,120-129 1rvv d1rvvn_ N:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvy_ Y:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvv_ V:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvt_ T:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvv4_ 4:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvo_ O:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvw_ W:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvu_ U:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvva_ A:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvq_ Q:23-42,73-83,120-129 1c2y d1c2yp_ P:24-43,73-83,120-129 1rvv d1rvvx_ X:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvj_ J:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvh_ H:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvg_ G:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvp_ P:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvl_ L:23-42,73-83,120-129 1nqw d1nqwe_ E:23-42,110-119,120-129 1rvv d1rvvs_ S:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvr_ R:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvz_ Z:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvi_ I:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvv2_ 2:23-42,73-83,120-129 1rvv d1rvvk_ K:23-42,73-83,120-129 1nqv d1nqve_ E:23-42,110-119,120-129 1nqw d1nqwb_ B:23-42,110-119,120-129 1nqx d1nqxc_ 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G:23-42,110-119,134-154 1rvv d1rvvs_ S:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvn_ N:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvg_ G:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvve_ E:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvb_ B:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvj_ J:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvv2_ 2:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvo_ O:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvu_ U:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvf_ F:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvh_ H:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvq_ Q:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvv4_ 4:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvd_ D:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvt_ T:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvv1_ 1:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvv3_ 3:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvv_ V:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvw_ W:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvp_ P:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvr_ R:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvi_ I:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvc_ C:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvx_ X:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvz_ Z:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvm_ M:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvl_ L:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvva_ A:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvk_ K:23-42,73-83,134-154 1rvv d1rvvy_ Y:23-42,73-83,134-154 1c41 d1c41c_ C:26-45,149-158,175-197 1c41 d1c41a_ A:26-45,149-158,175-197 1c41 d1c41f_ F:26-45,149-158,175-197 1c41 d1c41i_ I:26-45,149-158,175-197 1c41 d1c41h_ H:26-45,149-158,175-197 1c41 d1c41e_ E:26-45,149-158,175-197 1c41 d1c41j_ J:26-45,149-158,175-197 1c41 d1c41d_ D:26-45,149-158,175-197 1c41 d1c41b_ B:26-45,149-158,175-197 1c41 d1c41g_ G:26-45,149-158,175-197 1zis d1zish1 H:23-42,73-83,134-154 1zis d1zisd1 D:23-42,73-83,134-154 1zis d1zisj1 J:23-42,73-83,134-154 1zis d1zisi1 I:23-42,73-83,134-154 1zis d1zisb1 B:23-42,73-83,134-154 1zis d1zise1 E:23-42,73-83,134-154 1zis d1zisg1 G:23-42,73-83,134-154 1zis d1zisc1 C:23-42,73-83,134-154 1zis d1zisf1 F:23-42,73-83,134-154 1zis d1zisa1 A:23-42,73-83,134-154 1c41 d1c41i_ I:26-45,112-122,175-197 1c41 d1c41h_ H:26-45,112-122,175-197 1c41 d1c41a_ A:26-45,112-122,175-197 1c41 d1c41f_ F:26-45,112-122,175-197 1c41 d1c41c_ C:26-45,112-122,175-197 1c41 d1c41j_ J:26-45,112-122,175-197 1c41 d1c41b_ B:26-45,112-122,175-197 1c41 d1c41d_ D:26-45,112-122,175-197 1c41 d1c41g_ G:26-45,112-122,175-197 1c41 d1c41e_ E:26-45,112-122,175-197 116. d.193.1 Hsp33 domain Hsp33 domain 3 layers: beta/alpha/beta; buried helix 1vq0 d1vq0b1 B:33-54,58-68,135-149 1vq0 d1vq0a1 A:33-54,58-68,135-149 1vzy d1vzya1 A:35-57,60-69,138-152 1vzy d1vzyb1 B:35-57,60-69,138-152 1hw7 d1hw7a_ A:40-61,64-75,137-151 1i7f d1i7fa_ A:40-61,64-74,137-151 120. c.76.1 Alkaline phosphatase-like Alkaline phosphatase-like core:3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 8 strands, order 43516728, strand 7 is antiparallel to the rest 1hdh d1hdha_ A:96-105,200-208,406-419 1hdh d1hdhb_ B:96-105,200-208,406-419 1e3c d1e3cp_ P:106-115,218-226,332-345 1fsu d1fsua_ A:128-137,231-239,349-362 1p49 d1p49a_ A:117-126,279-287,399-412 1e33 d1e33p_ P:106-115,218-226,332-345 1e1z d1e1zp_ P:106-115,218-226,332-345 1auk d1auka_ A:106-115,218-226,332-345 1urb d1urbb_ B:131-140,316-324,434-447 1ei6 d1ei6c_ C:126-135,139-145,173-192 1n2k d1n2ka_ A:106-115,218-226,332-345 1n2l d1n2la_ A:106-115,218-226,332-345 1e2s d1e2sp_ P:106-115,218-226,332-345 1khk d1khka_ A:131-140,316-324,434-447 2anh d2anhb_ B:131-140,316-324,434-447 1ew9 d1ew9b_ B:131-140,316-324,434-447 1urb d1urba_ A:131-140,316-324,434-447 1ew8 d1ew8a_ A:131-140,316-324,434-447 1alk d1alkb_ B:131-140,316-324,434-447 1ajb d1ajbb_ B:131-140,316-324,434-447 1hqa d1hqab_ B:131-140,316-324,434-447 1ajb d1ajba_ A:131-140,316-324,434-447 1khl d1khlb_ B:131-140,316-324,434-447 1b8j d1b8ja_ A:131-140,316-324,434-447 1ura d1uraa_ A:131-140,316-324,434-447 1ura d1urab_ B:131-140,316-324,434-447 2anh d2anha_ A:131-140,316-324,434-447 1hjk d1hjkb_ B:131-140,316-324,434-447 1khk d1khkb_ B:131-140,316-324,434-447 1y6v d1y6vb1 B:131-140,316-324,434-447 1ajd d1ajda_ A:131-140,316-324,434-447 1aja d1ajab_ B:131-140,316-324,434-447 1alj d1alja_ A:131-140,316-324,434-447 1hqa d1hqaa_ A:131-140,316-324,434-447 1y6v d1y6va1 A:131-140,316-324,434-447 1khl d1khla_ A:131-140,316-324,434-447 1alj d1aljb_ B:131-140,316-324,434-447 1alh d1alhb_ B:131-140,316-324,434-447 1alh d1alha_ A:131-140,316-324,434-447 1ew8 d1ew8b_ B:131-140,316-324,434-447 1ani d1anib_ B:131-140,316-324,434-447 1b8j d1b8jb_ B:131-140,316-324,434-447 1ed9 d1ed9b_ B:631-640,816-824,934-947 1kh9 d1kh9a_ A:131-140,316-324,434-447 1kh5 d1kh5a_ A:131-140,316-324,434-447 1ajd d1ajdb_ B:131-140,316-324,434-447 1ani d1ania_ A:131-140,316-324,434-447 1ed8 d1ed8b_ B:631-640,816-824,934-947 1kh9 d1kh9b_ B:131-140,316-324,434-447 1kh5 d1kh5b_ B:631-640,816-824,934-947 1ew9 d1ew9a_ A:131-140,316-324,434-447 1ali d1alib_ B:131-140,316-324,434-447 1alk d1alka_ A:131-140,316-324,434-447 1ed9 d1ed9a_ A:131-140,316-324,434-447 1anj d1anjb_ B:131-140,316-324,434-447 1khj d1khjb_ B:131-140,316-324,434-447 1ajc d1ajca_ A:131-140,316-324,434-447 1ely d1elyb_ B:131-140,316-324,434-447 1ali d1alia_ A:131-140,316-324,434-447 1hjk d1hjka_ A:131-140,316-324,434-447 1khn d1khna_ A:131-140,316-324,434-447 1ajc d1ajcb_ B:131-140,316-324,434-447 1ed8 d1ed8a_ A:131-140,316-324,434-447 1khj d1khja_ A:131-140,316-324,434-447 1kh7 d1kh7a_ A:131-140,316-324,434-447 1anj d1anja_ A:131-140,316-324,434-447 1elz d1elza_ A:131-140,316-324,434-447 1ely d1elya_ A:131-140,316-324,434-447 1elz d1elzb_ B:131-140,316-324,434-447 1aja d1ajaa_ A:131-140,316-324,434-447 1kh7 d1kh7b_ B:131-140,316-324,434-447 1elx d1elxa_ A:131-140,316-324,434-447 1khn d1khnb_ B:131-140,316-324,434-447 1elx d1elxb_ B:131-140,316-324,434-447 1kh4 d1kh4a_ A:131-140,316-324,434-447 1kh4 d1kh4b_ B:131-140,316-324,434-447 1zef d1zefa1 A:131-140,305-313,454-467 1ew2 d1ew2a_ A:131-140,305-313,454-467 2glq d2glqa1 A:131-140,305-313,454-467 1zed d1zeda1 A:131-140,305-313,454-467 1zeb d1zeba1 A:131-140,305-313,454-467 1shn d1shna_ A:127-136,304-312,454-467 1shn d1shnb_ B:127-136,304-312,454-467 1k7h d1k7hb_ B:127-136,304-312,454-467 1p49 d1p49a_ A:76-85,334-345,399-412 1shq d1shqb_ B:127-136,304-312,454-467 1k7h d1k7ha_ A:127-136,304-312,454-467 1shq d1shqa_ A:127-136,304-312,454-467 1fsu d1fsua_ A:92-101,292-301,349-362 1o98 d1o98a2 A:61-72,436-445,483-496 1ejj d1ejja2 A:61-72,436-445,483-496 1o99 d1o99a2 A:61-72,436-445,483-496 1eqj d1eqja2 A:61-72,436-445,483-496 1zef d1zefa1 A:153-161,349-358,454-467 1zeb d1zeba1 A:153-161,349-358,454-467 1zed d1zeda1 A:153-161,349-358,454-467 1ew2 d1ew2a_ A:153-161,349-358,454-467 2glq d2glqa1 A:153-161,349-358,454-467 1eqj d1eqja2 A:316-325,393-400,483-496 1o99 d1o99a2 A:316-325,393-400,483-496 1ejj d1ejja2 A:316-325,393-400,483-496 1o98 d1o98a2 A:316-325,393-400,483-496 1hjk d1hjka_ A:153-161,162-166,190-199 1zed d1zeda1 A:91-102,349-358,454-467 1zef d1zefa1 A:91-102,349-358,454-467 1zeb d1zeba1 A:91-102,349-358,454-467 1shn d1shna_ A:85-96,348-357,454-467 1alk d1alka_ A:153-161,162-166,190-199 1anj d1anja_ A:153-161,162-166,190-199 1shn d1shnb_ B:85-96,348-357,454-467 2glq d2glqa1 A:91-102,349-358,454-467 1k7h d1k7hb_ B:85-96,348-357,454-467 1shq d1shqb_ B:85-96,348-357,454-467 1hdh d1hdhb_ B:50-61,309-318,406-419 1aja d1ajab_ B:153-161,162-166,190-199 1ew2 d1ew2a_ A:91-102,349-358,454-467 1hdh d1hdha_ A:50-61,309-318,406-419 1shq d1shqa_ A:85-96,348-357,454-467 1k7h d1k7ha_ A:85-96,348-357,454-467 1ani d1anib_ B:153-161,162-166,190-199 1alk d1alka_ A:101-112,361-370,434-447 1ed8 d1ed8b_ B:601-612,861-870,934-947 1ei6 d1ei6c_ C:108-117,194-202,397-406 1alh d1alha_ A:101-112,361-370,434-447 1alh d1alhb_ B:101-112,361-370,434-447 1aja d1ajab_ B:101-112,361-370,434-447 1ei6 d1ei6b_ B:108-117,194-202,397-406 1urb d1urbb_ B:101-112,361-370,434-447 1urb d1urba_ A:101-112,361-370,434-447 1ura d1uraa_ A:101-112,361-370,434-447 1khl d1khlb_ B:101-112,361-370,434-447 1ew8 d1ew8a_ A:101-112,361-370,434-447 1ed9 d1ed9b_ B:601-612,861-870,934-947 1ew9 d1ew9a_ A:101-112,361-370,434-447 1ed8 d1ed8a_ A:101-112,361-370,434-447 1ura d1urab_ B:101-112,361-370,434-447 1ei6 d1ei6a_ A:108-117,194-202,397-406 1elz d1elza_ A:101-112,361-370,434-447 1ew9 d1ew9b_ B:101-112,361-370,434-447 1ei6 d1ei6d_ D:108-117,194-202,397-406 1b8j d1b8ja_ A:101-112,361-370,434-447 1khk d1khkb_ B:101-112,361-370,434-447 1alk d1alkb_ B:101-112,361-370,434-447 1khj d1khjb_ B:101-112,361-370,434-447 1b8j d1b8jb_ B:101-112,361-370,434-447 1ajb d1ajba_ A:101-112,361-370,434-447 1elz d1elzb_ B:101-112,361-370,434-447 1ew8 d1ew8b_ B:101-112,361-370,434-447 1ani d1ania_ A:101-112,361-370,434-447 1ajc d1ajca_ A:101-112,361-370,434-447 1khn d1khnb_ B:101-112,361-370,434-447 1alj d1aljb_ B:101-112,361-370,434-447 1ani d1anib_ B:101-112,361-370,434-447 1ed9 d1ed9a_ A:101-112,361-370,434-447 1kh7 d1kh7b_ B:101-112,361-370,434-447 1khl d1khla_ A:101-112,361-370,434-447 1y6v d1y6va1 A:101-112,361-370,434-447 1hqa d1hqab_ B:101-112,361-370,434-447 1hqa d1hqaa_ A:101-112,361-370,434-447 1ali d1alia_ A:101-112,361-370,434-447 2anh d2anha_ A:101-112,361-370,434-447 1ajd d1ajda_ A:101-112,361-370,434-447 1ajc d1ajcb_ B:101-112,361-370,434-447 1ajd d1ajdb_ B:101-112,361-370,434-447 1hjk d1hjka_ A:101-112,361-370,434-447 1y6v d1y6vb1 B:101-112,361-370,434-447 1kh9 d1kh9b_ B:101-112,361-370,434-447 1kh5 d1kh5b_ B:601-612,861-870,934-947 1kh7 d1kh7a_ A:101-112,361-370,434-447 1elx d1elxb_ B:101-112,361-370,434-447 1elx d1elxa_ A:101-112,361-370,434-447 1anj d1anja_ A:101-112,361-370,434-447 2anh d2anhb_ B:101-112,361-370,434-447 1khn d1khna_ A:101-112,361-370,434-447 1ali d1alib_ B:101-112,361-370,434-447 1ajb d1ajbb_ B:101-112,361-370,434-447 1kh4 d1kh4b_ B:101-112,361-370,434-447 1hjk d1hjkb_ B:101-112,361-370,434-447 1anj d1anjb_ B:101-112,361-370,434-447 1khj d1khja_ A:101-112,361-370,434-447 1kh9 d1kh9a_ A:101-112,361-370,434-447 1kh5 d1kh5a_ A:101-112,361-370,434-447 1kh4 d1kh4a_ A:101-112,361-370,434-447 1ely d1elya_ A:101-112,361-370,434-447 1ely d1elyb_ B:101-112,361-370,434-447 1khk d1khka_ A:101-112,361-370,434-447 1shq d1shqa_ A:85-96,451-455,454-467 1shq d1shqb_ B:85-96,451-455,454-467 1k7h d1k7hb_ B:85-96,451-455,454-467 1k7h d1k7ha_ A:85-96,451-455,454-467 1shn d1shna_ A:85-96,451-455,454-467 1shn d1shnb_ B:85-96,451-455,454-467 1zed d1zeda1 A:91-102,451-455,454-467 1zeb d1zeba1 A:91-102,451-455,454-467 1alj d1alja_ A:101-112,361-369,434-447 1aja d1ajaa_ A:101-112,361-368,434-447 121. c.91.1 PEP carboxykinase-like PEP carboxykinase-like contains a P-loop NTP-binding motif; mixed beta-sheet folds into a barrel-like structure with helices packed on one side 2pc9 d2pc9b1 B:237-244,340-348,440-454 2pc9 d2pc9c1 C:237-244,340-348,440-454 1xkv d1xkvb1 B:237-244,340-349,440-454 1j3b d1j3bb1 B:237-244,340-349,440-454 1j3b d1j3ba1 A:237-244,340-349,440-454 2pc9 d2pc9a1 A:237-244,340-349,440-454 2pc9 d2pc9d1 D:237-244,340-349,440-454 1os1 d1os1a1 A:253-260,355-363,451-465 1xkv d1xkva1 A:237-244,340-349,440-454 1oen d1oena1 A:253-260,355-365,451-465 1ii2 d1ii2b1 B:226-233,328-337,430-444 1ii2 d1ii2a1 A:226-233,328-337,430-444 1k3c d1k3ca1 A:253-260,355-364,451-465 2olr d2olra1 A:253-260,355-364,451-465 2py7 d2py7x1 X:253-260,355-364,451-465 2pxz d2pxzx1 X:253-260,355-364,451-465 1j3b d1j3bb1 B:237-244,419-427,440-454 2olq d2olqa1 A:253-260,355-364,451-465 1xkv d1xkvb1 B:237-244,419-427,440-454 1k3d d1k3da1 A:253-260,355-364,451-465 1aq2 d1aq2a1 A:253-260,355-364,451-465 1ayl d1ayla1 A:253-260,355-364,451-465 2pc9 d2pc9b1 B:237-244,419-427,440-454 1j3b d1j3ba1 A:237-244,419-427,440-454 1ii2 d1ii2b1 B:226-233,408-416,430-444 2pc9 d2pc9a1 A:237-244,419-427,440-454 1ii2 d1ii2a1 A:226-233,408-416,430-444 2pc9 d2pc9c1 C:237-244,419-427,440-454 2pc9 d2pc9d1 D:237-244,419-427,440-454 1xkv d1xkva1 A:237-244,419-427,440-454 1oen d1oena1 A:253-260,434-444,451-465 1os1 d1os1a1 A:253-260,434-442,451-465 1k3c d1k3ca1 A:253-260,434-442,451-465 2py7 d2py7x1 X:253-260,434-442,451-465 2olr d2olra1 A:253-260,434-442,451-465 2pxz d2pxzx1 X:253-260,434-442,451-465 2olq d2olqa1 A:253-260,434-442,451-465 1k3d d1k3da1 A:253-260,434-442,451-465 1ayl d1ayla1 A:253-260,434-442,451-465 1aq2 d1aq2a1 A:253-260,434-442,451-465 1knx d1knxd2 D:156-171,227-234,272-290 1knx d1knxa2 A:159-171,227-234,272-290 1ko7 d1ko7a2 A:156-168,225-232,268-286 1knx d1knxf2 F:156-171,227-234,272-290 1ko7 d1ko7b2 B:156-168,225-232,268-286 1kkm d1kkma_ A:160-172,229-237,272-290 1kkl d1kklb_ B:160-172,229-237,272-290 1knx d1knxc2 C:156-171,227-234,272-290 1knx d1knxe2 E:156-171,227-234,272-290 1kkm d1kkmc_ C:160-172,229-237,272-290 1kkm d1kkmb_ B:160-172,229-237,272-290 1jb1 d1jb1a_ A:160-172,229-236,272-290 1kkl d1kklc_ C:160-172,229-237,272-290 1knx d1knxb2 B:159-171,227-234,272-290 1kkl d1kkla_ A:160-172,229-237,272-290 1knx d1knxe2 E:156-171,257-267,272-290 1knx d1knxc2 C:156-171,257-267,272-290 1knx d1knxd2 D:156-171,257-267,272-290 1knx d1knxf2 F:156-171,257-267,272-290 123. c.123.1 CoA-transferase family III (CaiB/BaiF) CoA-transferase family III (CaiB/BaiF) consist of two different alpha/beta domains; N-terminal domain has a SurE-like topology with a left-handed beta-alpha-beta unit 1pt8 d1pt8a_ A:16-30,91-96,166-191 1q6y d1q6ya_ A:18-32,93-98,168-193 1pqy d1pqya_ A:18-32,93-98,168-193 1pt7 d1pt7b_ B:16-30,91-96,166-191 1pt8 d1pt8b_ B:16-30,91-96,166-191 1q7e d1q7ea_ A:18-32,93-98,168-193 1pt5 d1pt5b_ B:16-30,91-96,166-191 1pt7 d1pt7a_ A:16-30,91-96,166-191 1pt5 d1pt5a_ A:16-30,91-96,166-191 1t4c d1t4cb_ B:16-30,91-96,166-191 2vjl d2vjla1 A:16-30,91-96,166-191 2vjk d2vjkb1 B:16-30,91-96,166-191 2vjm d2vjma1 A:16-30,91-96,166-191 2vjk d2vjka1 A:16-30,91-96,166-191 2vjl d2vjlb1 B:16-30,91-96,166-191 1p5r d1p5ra_ A:16-30,91-96,166-191 1t3z d1t3zb_ B:16-30,91-96,166-191 1t4c d1t4ca_ A:16-30,91-96,166-191 1vgr d1vgrb_ B:16-30,91-96,166-191 1vgq d1vgqa_ A:16-30,91-96,166-191 1p5h d1p5hb_ B:16-30,91-96,166-191 1vgr d1vgra_ A:16-30,91-96,166-191 1p5r d1p5rb_ B:16-30,91-96,166-191 1vgq d1vgqb_ B:16-30,91-96,166-191 1t3z d1t3za_ A:16-30,91-96,166-191 1p5h d1p5ha_ A:16-30,91-96,166-191 1q6y d1q6ya_ A:18-32,120-127,168-193 1pt8 d1pt8a_ A:16-30,118-125,166-191 1xk6 d1xk6d1 D:23-32,90-96,166-191 1xa4 d1xa4a_ A:23-37,90-96,166-191 1pqy d1pqya_ A:18-32,120-127,168-193 1xk6 d1xk6a1 A:23-32,90-96,166-191 1xa3 d1xa3b_ B:23-32,90-96,166-191 1pt8 d1pt8b_ B:16-30,118-125,166-191 1pt5 d1pt5b_ B:16-30,118-125,166-191 1pt7 d1pt7a_ A:16-30,118-125,166-191 1pt7 d1pt7b_ B:16-30,118-125,166-191 1xk7 d1xk7b1 B:23-32,90-96,166-191 1pt5 d1pt5a_ A:16-30,118-125,166-191 1q7e d1q7ea_ A:18-32,120-127,168-193 2gci d2gcid1 D:16-30,78-83,151-179 1xk6 d1xk6d1 D:23-32,117-124,166-191 2gci d2gcic1 C:16-30,78-83,151-179 1x74 d1x74c1 C:16-30,78-83,151-179 1xvv d1xvva1 A:23-37,90-96,166-191 1xk6 d1xk6a1 A:23-32,117-124,166-191 1x74 d1x74b1 B:16-30,78-83,151-179 1x74 d1x74d1 D:16-30,78-83,151-179 1x74 d1x74a1 A:16-30,78-83,151-179 2gd6 d2gd6a1 A:16-30,78-83,151-179 2gce d2gcea1 A:16-30,78-83,151-179 2gd0 d2gd0b1 B:16-30,78-83,151-179 2gd2 d2gd2c1 C:16-30,78-83,151-179 2gce d2gceb1 B:16-30,78-83,151-179 1xa3 d1xa3a_ A:22-37,117-124,166-191 2gd2 d2gd2b1 B:16-30,78-83,151-179 2gd0 d2gd0d1 D:16-30,78-83,151-179 2gd6 d2gd6b1 B:16-30,78-83,151-179 2gd6 d2gd6d1 D:16-30,78-83,151-179 2gd0 d2gd0a1 A:16-30,78-83,151-179 2gce d2gced1 D:16-30,78-83,151-179 2gd2 d2gd2d1 D:16-30,78-83,151-179 1xvu d1xvua1 A:23-37,90-96,166-191 2gd0 d2gd0c1 C:16-30,78-83,151-179 1xk7 d1xk7b1 B:23-32,117-124,166-191 2gd2 d2gd2a1 A:16-30,78-83,151-179 2gce d2gcec1 C:16-30,78-83,151-179 1xk7 d1xk7c1 C:22-37,117-124,166-191 1xa3 d1xa3b_ B:23-32,117-124,166-191 1xk7 d1xk7a1 A:22-37,117-124,166-191 2gd6 d2gd6c1 C:16-30,78-83,151-179 1xk6 d1xk6c1 C:22-37,117-124,166-191 2gci d2gcib1 B:16-30,78-83,151-179 2gci d2gcia1 A:16-30,78-83,151-179 2vjm d2vjma1 A:16-30,118-125,166-191 1xk6 d1xk6b1 B:22-37,117-124,166-191 2vjk d2vjka1 A:16-30,118-125,166-191 1p5r d1p5ra_ A:16-30,118-125,166-191 1xvt d1xvta1 A:22-37,90-96,166-191 1xvt d1xvta1 A:22-37,117-124,166-191 2vjl d2vjla1 A:16-30,118-125,166-191 1vgr d1vgrb_ B:16-30,118-125,166-191 1vgq d1vgqa_ A:16-30,118-125,166-191 2vjk d2vjkb1 B:16-30,118-125,166-191 1t4c d1t4cb_ B:16-30,118-125,166-191 1vgq d1vgqb_ B:16-30,118-125,166-191 1t3z d1t3zb_ B:16-30,118-125,166-191 2vjl d2vjlb1 B:16-30,118-125,166-191 1xa3 d1xa3a_ A:22-37,90-96,166-191 1vgr d1vgra_ A:16-30,118-125,166-191 1p5r d1p5rb_ B:16-30,118-125,166-191 1xk7 d1xk7c1 C:22-37,90-96,166-191 1xk7 d1xk7a1 A:22-37,90-96,166-191 1p5h d1p5hb_ B:16-30,118-125,166-191 1t4c d1t4ca_ A:16-30,118-125,166-191 1t3z d1t3za_ A:16-30,118-125,166-191 1p5h d1p5ha_ A:16-30,118-125,166-191 1xa4 d1xa4b_ B:22-37,117-124,166-191 1xk6 d1xk6c1 C:22-37,90-96,166-191 1xk6 d1xk6b1 B:22-37,90-96,166-191 1xa4 d1xa4b_ B:22-37,90-96,166-191 1xa4 d1xa4a_ A:23-37,117-124,166-191 1xvv d1xvva1 A:23-37,117-124,166-191 1xvu d1xvua1 A:23-37,117-124,166-191 2gce d2gcea1 A:16-30,105-112,151-179 1x74 d1x74b1 B:16-30,105-112,151-179 2gd0 d2gd0b1 B:16-30,105-112,151-179 2gci d2gcid1 D:16-30,105-112,151-179 2gce d2gceb1 B:16-30,105-112,151-179 1x74 d1x74c1 C:16-30,105-112,151-179 2gci d2gcic1 C:16-30,105-112,151-179 2gd0 d2gd0d1 D:16-30,105-112,151-179 2gce d2gced1 D:16-30,105-112,151-179 2gd0 d2gd0c1 C:16-30,105-112,151-179 2gd6 d2gd6a1 A:16-30,105-112,151-179 1x74 d1x74a1 A:16-30,105-112,151-179 2gd0 d2gd0a1 A:16-30,105-112,151-179 1x74 d1x74d1 D:16-30,105-112,151-179 2gd6 d2gd6d1 D:16-30,105-112,151-179 2gce d2gcec1 C:16-30,105-112,151-179 2gd6 d2gd6b1 B:16-30,105-112,151-179 2gd2 d2gd2b1 B:16-30,105-112,151-179 2gd2 d2gd2c1 C:16-30,105-112,151-179 2gd2 d2gd2a1 A:16-30,105-112,151-179 2gd6 d2gd6c1 C:16-30,105-112,151-179 2gd2 d2gd2d1 D:16-30,105-112,151-179 2gci d2gcib1 B:16-30,105-112,151-179 2gci d2gcia1 A:16-30,105-112,151-179 124. e.26.1 Prismane protein-like Prismane protein-like 3 domains: (1) spectrin repeat-like 3-helical bundle; (2 and 3) alpha/beta: Rossmann-fold topology 1ru3 d1ru3a_ A:168-183,252-259,300-313 2z8y d2z8yo1 O:165-180,249-256,297-310 1jqk d1jqkd_ D:459-473,556-562,618-637 1jqk d1jqke_ E:459-473,556-562,618-637 1jqk d1jqkb_ B:459-473,556-562,618-637 2z8y d2z8yp1 P:165-180,249-256,297-310 1jqk d1jqka_ A:459-473,556-562,618-637 1jqk d1jqkf_ F:459-473,556-562,618-637 1jqk d1jqkc_ C:459-473,556-562,618-637 1oao d1oaoc_ C:165-180,249-256,297-310 2z8y d2z8yn1 N:165-180,249-256,297-310 3b53 d3b53x1 X:454-468,551-557,613-633 1oao d1oaod_ D:165-180,249-256,297-310 2z8y d2z8ym1 M:165-180,249-256,297-310 3b51 d3b51x1 X:454-468,551-557,613-633 1su7 d1su7a_ A:454-468,551-557,613-633 3b52 d3b52x1 X:454-468,551-557,613-633 1su8 d1su8a_ A:454-468,551-557,613-633 1suf d1sufa_ A:454-468,551-557,613-633 1su6 d1su6a_ A:454-468,551-557,613-633 1mjg d1mjgo_ O:165-180,249-256,297-310 1mjg d1mjgn_ N:165-180,249-256,297-310 1mjg d1mjgp_ P:165-180,249-256,297-310 1mjg d1mjgm_ M:165-180,249-256,297-310 1jqk d1jqkf_ F:266-281,330-335,375-394 1jqk d1jqke_ E:266-281,330-335,375-394 1jqk d1jqkc_ C:266-281,330-335,375-394 1jqk d1jqkd_ D:266-281,330-335,375-394 1jqk d1jqka_ A:266-281,330-335,375-394 1jqk d1jqkb_ B:266-281,330-335,375-394 1su7 d1su7a_ A:262-277,325-330,370-390 1su7 d1su7a_ A:454-468,575-582,613-633 3b53 d3b53x1 X:454-468,575-582,613-633 3b51 d3b51x1 X:454-468,575-582,613-633 1su8 d1su8a_ A:454-468,575-582,613-633 3b52 d3b52x1 X:454-468,575-582,613-633 1su8 d1su8a_ A:262-277,325-330,370-390 3b52 d3b52x1 X:262-277,325-330,370-390 1su6 d1su6a_ A:262-277,325-330,370-390 1jqk d1jqkd_ D:266-281,290-298,375-394 1su6 d1su6a_ A:454-468,575-581,613-633 1jqk d1jqka_ A:266-281,290-298,375-394 1suf d1sufa_ A:262-277,325-330,370-390 1suf d1sufa_ A:454-468,575-582,613-633 1jqk d1jqke_ E:266-281,290-298,375-394 3b53 d3b53x1 X:262-277,325-330,370-390 3b51 d3b51x1 X:262-277,325-330,370-390 1jqk d1jqkb_ B:266-281,290-298,375-394 1oa1 d1oa1a_ A:410-423,485-492,541-552 1e2u d1e2ua_ A:410-423,485-492,541-552 1gnt d1gnta_ A:410-423,485-492,541-552 1e9v d1e9va_ A:410-423,485-492,541-552 1e1d d1e1da_ A:410-423,485-492,541-552 1w9m d1w9ma1 A:410-423,485-492,541-552 1jqk d1jqkd_ D:459-473,580-586,618-637 1jqk d1jqke_ E:459-473,580-586,618-637 1jqk d1jqkf_ F:459-473,580-586,618-637 1jqk d1jqkb_ B:459-473,580-586,618-637 1jqk d1jqkc_ C:459-473,580-586,618-637 1jqk d1jqka_ A:459-473,580-586,618-637 1jqk d1jqkf_ F:266-281,290-299,375-394 1jqk d1jqkc_ C:266-281,290-299,375-394 1su7 d1su7a_ A:262-277,285-294,370-390 1upx d1upxb_ B:403-416,478-485,534-543 1su8 d1su8a_ A:262-277,285-294,370-390 3b52 d3b52x1 X:262-277,285-294,370-390 1gnl d1gnlb_ B:403-416,478-485,534-543 1suf d1sufa_ A:262-277,285-294,370-390 1su6 d1su6a_ A:262-277,285-294,370-390 1gn9 d1gn9b_ B:403-416,478-485,534-543 1upx d1upxa_ A:403-416,478-485,534-543 3b53 d3b53x1 X:262-277,285-294,370-390 1oa0 d1oa0b_ B:403-416,478-485,534-543 1gn9 d1gn9a_ A:403-416,478-485,534-543 1gnl d1gnla_ A:403-416,478-485,534-543 3b51 d3b51x1 X:262-277,285-294,370-390 1oa0 d1oa0a_ A:403-416,478-485,534-543 1gn9 d1gn9b_ B:241-253,300-305,343-354 1upx d1upxb_ B:241-253,300-305,343-354 1gnl d1gnlb_ B:241-253,300-305,343-354 1oa0 d1oa0b_ B:241-253,300-305,343-354 1upx d1upxb_ B:241-253,257-262,343-354 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1jqk d1jqke_ E:298-310,473-480,480-490 2z8y d2z8yb1 B:317-327,492-499,500-509 1jqk d1jqkc_ C:299-310,473-480,480-490 1jqk d1jqkf_ F:299-310,473-480,480-490 2z8y d2z8yc1 C:317-327,492-499,500-509 1oao d1oaob_ B:317-327,492-499,500-509 1oao d1oaoa_ A:317-327,492-499,500-509 2z8y d2z8ya1 A:317-327,492-499,500-509 2z8y d2z8yd1 D:317-327,492-499,500-509 1su7 d1su7a_ A:295-305,468-475,476-485 3b53 d3b53x1 X:295-305,468-475,476-485 3b51 d3b51x1 X:295-305,468-475,476-485 1su8 d1su8a_ A:295-305,468-475,476-485 3b52 d3b52x1 X:295-305,468-475,476-485 1su6 d1su6a_ A:295-305,468-475,476-485 1suf d1sufa_ A:295-305,468-475,476-485 1e1d d1e1da_ A:267-275,426-433,434-443 2z8y d2z8ya1 A:476-492,599-606,637-667 1oao d1oaoa_ A:476-492,599-606,637-667 2z8y d2z8yb1 B:476-492,599-606,637-667 2z8y d2z8yd1 D:476-492,599-606,637-667 1oao d1oaob_ B:476-492,599-606,637-667 1mjg d1mjga_ A:476-492,599-606,637-667 1mjg d1mjgc_ C:476-492,599-606,637-667 1mjg d1mjgd_ D:476-492,599-606,637-667 1mjg d1mjgb_ B:476-492,599-606,637-667 2z8y d2z8yc1 C:476-492,599-606,637-667 2z8y d2z8ya1 A:476-492,492-499,637-667 2z8y d2z8yd1 D:476-492,492-499,637-667 2z8y d2z8yb1 B:476-492,492-499,637-667 1oao d1oaoa_ A:476-492,492-499,637-667 1oao d1oaob_ B:476-492,492-499,637-667 1mjg d1mjgb_ B:476-492,492-499,637-667 1mjg d1mjga_ A:476-492,492-499,637-667 1mjg d1mjgd_ D:476-492,492-499,637-667 1mjg d1mjgc_ C:476-492,492-499,637-667 2z8y d2z8yc1 C:476-492,492-499,637-667 125. c.23.14 N-(deoxy)ribosyltransferase-like there are similar active site architectures as well as the catalytic mechanisms of functionally characterised members ! Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1s3f d1s3fc_ C:18-36,83-91,144-151 1s2g d1s2gc_ C:18-36,83-91,144-151 1s2i d1s2ic_ C:18-36,83-91,144-151 1s2g d1s2ga_ A:18-36,83-91,144-151 1s3f d1s3fa_ A:18-36,83-91,144-151 1s2i d1s2ia_ A:18-36,83-91,144-151 1s2d d1s2da_ A:18-36,83-91,144-151 1s2l d1s2la_ A:18-36,83-91,144-151 1s2d d1s2dc_ C:18-36,83-91,144-151 1s2d d1s2db_ B:18-36,83-91,144-151 1s2l d1s2lc_ C:18-36,83-91,144-151 1s2g d1s2gb_ B:18-36,83-91,144-151 1s3f d1s3fb_ B:18-36,83-91,144-151 1s2i d1s2ib_ B:18-36,83-91,144-151 1s2l d1s2lb_ B:18-36,83-91,144-151 1f8x d1f8xa_ A:14-32,80-86,135-142 1f8y d1f8ya_ A:14-32,80-86,135-142 1s2g d1s2ga_ A:18-36,111-118,144-151 1s3f d1s3fa_ A:18-36,111-118,144-151 1f8x d1f8xb_ B:214-232,280-286,335-342 1s2g d1s2gc_ C:18-36,111-118,144-151 1f8y d1f8ya_ A:14-32,108-114,135-142 1f8x d1f8xa_ A:14-32,108-114,135-142 1f8x d1f8xb_ B:214-232,308-314,335-342 1s2i d1s2ia_ A:18-36,111-118,144-151 1s2l d1s2la_ A:18-36,111-118,144-151 1s3f d1s3fc_ C:18-36,111-118,144-151 1t1j d1t1jb_ B:14-36,77-82,109-118 1s2i d1s2ic_ C:18-36,111-118,144-151 1t1j d1t1ja_ A:14-36,77-82,109-118 2a0k d2a0ka1 A:25-40,69-76,146-159 1s2d d1s2da_ A:18-36,111-118,144-151 2f64 d2f64a1 A:25-40,69-76,146-159 1f8y d1f8yb_ B:214-231,308-314,335-342 2a0k d2a0kb1 B:25-40,69-76,146-159 2f64 d2f64b1 B:25-40,69-76,146-159 1s2d d1s2dc_ C:18-36,111-118,144-151 1s2g d1s2gb_ B:18-36,111-118,144-151 2f67 d2f67b1 B:25-40,69-76,146-159 2f67 d2f67a1 A:25-40,69-76,146-159 2f2t d2f2ta1 A:25-40,69-76,146-159 2f2t d2f2tb1 B:25-40,69-76,146-159 1s2d d1s2db_ B:18-36,111-118,144-151 2f62 d2f62a1 A:25-40,69-76,146-159 2f62 d2f62b1 B:25-40,69-76,146-159 1s3f d1s3fb_ B:18-36,111-118,144-151 1s2l d1s2lc_ C:18-36,111-118,144-151 1s2l d1s2lb_ B:18-36,111-118,144-151 1s2i d1s2ib_ B:18-36,111-118,144-151 1f8y d1f8yb_ B:214-231,280-286,335-342 2ef1 d2ef1a1 A:128-140,234-245,280-291 2a0k d2a0ka1 A:25-40,41-45,146-159 2f62 d2f62a1 A:25-40,41-45,146-159 2f62 d2f62b1 B:25-40,41-45,146-159 2a0k d2a0kb1 B:25-40,41-45,146-159 2f67 d2f67a1 A:25-40,41-45,146-159 2f64 d2f64b1 B:25-40,41-45,146-159 2f64 d2f64a1 A:25-40,41-45,146-159 2f2t d2f2tb1 B:25-40,41-45,146-159 2f67 d2f67b1 B:25-40,41-45,146-159 2f2t d2f2ta1 A:25-40,41-45,146-159 2ef1 d2ef1b1 B:128-140,234-244,280-289 1f8y d1f8yb_ B:214-231,331-336,335-342 1f8y d1f8ya_ A:14-32,131-136,135-142 1f8x d1f8xa_ A:14-32,131-136,135-142 1f8x d1f8xb_ B:214-232,331-336,335-342 126. e.29.1 beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase The catalytic site is formed by the association of two double-psi beta-barrel domains, one from each subunit ! beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase Multidomain subunits of complex domain organization 2nvz d2nvzb1 B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 2e2i d2e2ib1 B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 1twa d1twab_ B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 3cqz d3cqzb1 B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 1i3q d1i3qb_ B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 2nvy d2nvyb1 B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 1twc d1twcb_ B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 2b63 d2b63b1 B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 2r92 d2r92b1 B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 1twf d1twfb_ B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 2e2h d2e2hb1 B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 2ja7 d2ja7n1 N:1022-1039,1041-1045,1051-1063 2ja5 d2ja5b1 B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 1k83 d1k83b_ B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 1i6h d1i6hb_ B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 2ja8 d2ja8b1 B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 2ja7 d2ja7b1 B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 2b8k d2b8kb1 B:1022-1039,1041-1045,1051-1063 3cqz d3cqzb1 B:57-67,90-100,408-430 1k83 d1k83b_ B:57-67,89-100,408-430 1k83 d1k83b_ B:57-67,164-172,408-430 2gho d2ghoc1 C:41-54,63-75,335-363 2o5j d2o5jc1 C:41-54,61-76,335-363 2ppb d2ppbm1 M:41-54,61-76,335-363 2a6h d2a6hm1 M:41-54,61-76,335-363 3cqz d3cqzb1 B:57-67,164-172,408-430 2ppb d2ppbc1 C:41-54,61-76,335-363 1iw7 d1iw7c_ C:41-54,61-76,335-363 2o5j d2o5jm1 M:41-54,61-76,335-363 2a68 d2a68m1 M:41-54,61-76,335-363 1i6v d1i6vc_ C:883-898,899-903,910-933 1smy d1smyc_ C:41-54,61-77,335-363 2o5i d2o5ic1 C:41-54,61-76,335-363 2a6h d2a6hc1 C:41-54,61-76,335-363 1zyr d1zyrm1 M:41-54,62-77,335-363 2a69 d2a69c1 C:41-54,61-76,335-363 2a68 d2a68c1 C:41-54,61-76,335-363 2be5 d2be5c1 C:41-54,61-76,335-363 2a6e d2a6ec1 C:41-54,61-76,335-363 2e2i d2e2ib1 B:57-69,88-99,408-436 3dxj d3dxjm1 M:41-54,63-76,335-362 2nvy d2nvyb1 B:57-67,89-100,408-436 2nvx d2nvxb1 B:57-68,89-100,408-436 2vum d2vumb1 B:57-68,90-99,408-435 1i6h d1i6hb_ B:56-65,168-172,408-436 2b63 d2b63b1 B:56-67,164-172,408-436 1iw7 d1iw7m_ M:41-54,60-77,335-363 1i3q d1i3qb_ B:57-68,89-100,408-436 1zyr d1zyrc1 C:41-54,63-76,335-362 1i50 d1i50b_ B:57-67,164-172,408-436 1twa d1twab_ B:57-67,89-100,408-436 1twa d1twab_ B:57-67,164-172,408-436 1twc d1twcb_ B:57-67,164-172,408-436 1twc d1twcb_ B:57-67,89-100,408-436 1twh d1twhb_ B:57-67,164-172,408-436 1twf d1twfb_ B:57-67,89-100,408-436 2nvx d2nvxb1 B:57-68,164-172,408-436 2yu9 d2yu9b1 B:57-67,89-100,408-436 1twg d1twgb_ B:57-67,164-172,408-436 2a69 d2a69c1 C:881-898,898-903,910-933 2vum d2vumb1 B:57-68,164-172,408-435 2a68 d2a68c1 C:881-898,898-903,910-933 2o5i d2o5ic1 C:881-898,898-903,910-933 2a6h d2a6hc1 C:881-898,898-903,910-933 2o5j d2o5jm1 M:881-898,898-903,910-933 2cw0 d2cw0c1 C:881-898,898-903,910-933 2be5 d2be5m1 M:881-898,898-903,910-933 2cw0 d2cw0m1 M:881-898,899-903,910-933 2nvx d2nvxa1 A:573-583,610-615,617-624 2be5 d2be5c1 C:881-898,898-903,910-933 2a6e d2a6ec1 C:881-898,898-904,910-933 2a69 d2a69m1 M:881-898,899-903,910-933 1iw7 d1iw7c_ C:881-898,898-903,910-933 2o5i d2o5im1 M:881-898,898-904,910-933 1ynn d1ynnc1 C:881-898,899-903,910-933 2a68 d2a68m1 M:881-898,899-903,910-933 2a6h d2a6hm1 M:881-898,898-904,910-933 2o5j d2o5jc1 C:881-898,898-904,910-933 2a6e d2a6em1 M:881-898,899-903,910-933 2ppb d2ppbm1 M:881-898,899-903,910-933 1iw7 d1iw7m_ M:881-898,899-903,910-933 1ynj d1ynjc1 C:881-898,899-903,910-933 2ppb d2ppbc1 C:881-898,899-903,910-933 1zyr d1zyrc1 C:881-898,899-903,910-933 1smy d1smyc_ C:881-898,898-903,910-933 1smy d1smym_ M:881-898,898-903,910-933 2gho d2ghoc1 C:881-898,899-903,910-933 3dxj d3dxjm1 M:881-898,899-903,910-933 1i3q d1i3qb_ B:57-68,164-171,408-436 2e2h d2e2hb1 B:57-69,164-171,408-436 3dxj d3dxjc1 C:881-898,898-903,910-933 2e2i d2e2ib1 B:57-69,164-172,408-436 2e2i d2e2ib1 B:750-757,803-807,1022-1039 2nvy d2nvyb1 B:750-757,803-807,1022-1039 2gho d2ghoc1 C:41-54,104-118,335-363 2nvy d2nvyb1 B:44-58,168-172,408-436 1i6h d1i6hb_ B:44-57,168-172,408-436 2nvz d2nvzb1 B:44-58,168-172,408-436 2e2j d2e2jb1 B:44-58,168-172,408-436 2yu9 d2yu9b1 B:44-58,168-172,408-436 1k83 d1k83b_ B:44-58,164-172,408-430 2gho d2ghoc1 C:270-282,330-335,487-494 3cqz d3cqzb1 B:44-58,164-172,408-430 2nvx d2nvxb1 B:44-58,164-172,408-436 1ynj d1ynjc1 C:19-31,105-120,335-363 2vum d2vumb1 B:44-58,164-172,408-435 2e2i d2e2ib1 B:44-58,164-172,408-436 2nvt d2nvtb1 B:44-58,164-172,408-436 1twa d1twab_ B:44-58,164-172,408-436 2nvq d2nvqb1 B:44-58,164-172,408-436 1twh d1twhb_ B:44-58,164-172,408-436 1twc d1twcb_ B:44-58,164-172,408-436 2ja5 d2ja5b1 B:44-58,164-172,408-437 2ja7 d2ja7b1 B:44-58,164-172,408-437 2ja7 d2ja7n1 N:44-58,164-172,408-437 1twg d1twgb_ B:44-58,164-172,408-436 2ja6 d2ja6b1 B:44-58,164-172,408-437 1i50 d1i50b_ B:44-58,164-172,408-436 2r92 d2r92b1 B:44-58,164-172,408-437 2b63 d2b63b1 B:44-57,164-172,408-436 127. d.133.1 Molybdenum cofactor-binding domain duplication: consists of 4 structural repeats arranged in 2 lobes ! contains one left-hand beta-alpha-beta unit per lobe ! Molybdenum cofactor-binding domain beta(2)-alpha-beta-alpha-beta; 2 layers: a/b; mixed sheet: order 1243: crossing loops 1sij d1sija4 A:391-404,409-414,427-441 1vlb d1vlba4 A:391-404,409-414,427-441 1dgj d1dgja4 A:392-405,411-416,429-443 1n5x d1n5xb5 B:768-781,786-792,801-820 1n5x d1n5xa5 A:768-781,786-792,801-820 1vdv d1vdvb5 B:768-781,786-792,803-820 1vdv d1vdva5 A:768-781,786-792,801-820 1sij d1sija4 A:656-670,678-682,698-720 1rm6 d1rm6a2 A:215-228,233-238,252-266 1vlb d1vlba4 A:656-673,678-682,698-720 1rm6 d1rm6d2 D:215-228,233-238,252-266 1sb3 d1sb3a2 A:215-228,233-238,252-266 1sb3 d1sb3d2 D:215-228,233-238,252-266 1jro d1jrof2 F:198-211,216-222,229-250 1fiq d1fiqc2 C:768-781,786-792,799-820 1jro d1jroh2 H:198-211,216-222,229-250 1jrp d1jrph2 H:198-211,216-222,229-250 1jro d1jrob2 B:198-211,216-222,229-250 1v97 d1v97a5 A:768-781,786-792,799-820 1n62 d1n62b2 B:241-254,259-264,278-292 1fo4 d1fo4b5 B:768-781,786-792,799-820 1v97 d1v97b5 B:768-781,786-792,799-820 1n60 d1n60b2 B:241-254,259-264,278-292 1fo4 d1fo4a5 A:768-781,786-792,799-820 1t3q d1t3qe2 E:225-238,243-248,262-276 1n62 d1n62e2 E:241-254,259-264,278-292 1t3q d1t3qb2 B:225-238,243-248,262-276 1jrp d1jrpf2 F:198-211,216-222,228-250 3b9j d3b9jc2 C:768-781,786-792,799-820 1jrp d1jrpd2 D:198-211,216-222,228-250 1n60 d1n60e2 E:241-254,259-264,278-292 1jro d1jrod2 D:198-211,216-222,228-250 1jrp d1jrpb2 B:198-211,216-222,228-250 1t3q d1t3qe2 E:509-523,528-533,547-577 1t3q d1t3qb2 B:509-523,528-533,547-577 1n62 d1n62e2 E:531-545,550-555,570-600 1n62 d1n62b2 B:531-545,550-555,570-600 1n60 d1n60e2 E:531-545,550-555,570-600 1n60 d1n60b2 B:531-545,550-555,570-600 1n63 d1n63e2 E:531-545,550-555,570-600 1zxi d1zxib2 B:531-545,550-555,570-600 1n63 d1n63b2 B:531-545,550-555,570-600 1n61 d1n61e2 E:531-545,550-555,570-600 1n61 d1n61b2 B:531-545,550-555,570-600 1n5w d1n5we2 E:531-545,550-555,570-600 1ffu d1ffue2 E:525-539,544-549,564-594 1n5w d1n5wb2 B:531-545,550-555,570-600 1ffv d1ffvb2 B:525-539,544-549,564-594 1ffv d1ffve2 E:525-539,544-549,564-594 1dgj d1dgja4 A:800-822,847-853,866-888 1ffv d1ffve2 E:685-707,736-741,754-776 1ffv d1ffvb2 B:685-707,736-741,754-776 1ffu d1ffue2 E:685-707,736-741,754-776 1ffu d1ffub2 B:685-707,736-741,754-776 1dgj d1dgja4 A:585-609,612-626,866-888 1n62 d1n62b2 B:691-713,742-747,760-785 1n62 d1n62e2 E:691-713,742-747,760-785 1n60 d1n60e2 E:691-713,742-747,760-785 1n60 d1n60b2 B:691-713,742-747,760-785 1n61 d1n61e2 E:691-713,742-747,760-785 1n63 d1n63b2 B:691-713,742-747,760-785 1n63 d1n63e2 E:691-713,742-747,760-785 1n61 d1n61b2 B:691-713,742-747,760-785 1jrp d1jrpd2 D:530-560,566-570,581-593 1jrp d1jrpf2 F:530-560,566-570,581-593 1jrp d1jrpf2 F:656-679,706-713,727-752 1jrp d1jrpb2 B:530-560,566-570,581-593 1jrp d1jrph2 H:530-560,566-570,581-593 1jro d1jrob2 B:530-560,566-570,581-593 1jro d1jrod2 D:530-560,566-570,581-593 1jrp d1jrph2 H:656-679,706-713,727-752 1jro d1jrof2 F:530-560,566-570,581-593 1jro d1jrob2 B:656-679,706-713,727-752 1jrp d1jrpb2 B:656-679,706-713,727-752 1jrp d1jrpd2 D:656-679,706-713,727-752 1zxi d1zxib2 B:691-713,742-747,761-785 1n5x d1n5xa5 A:1187-1209,1237-1244,1258-1286 1n5x d1n5xb5 B:1187-1209,1237-1244,1258-1286 1jro d1jroh2 H:530-560,566-570,581-593 1vdv d1vdvb5 B:1187-1209,1237-1244,1258-1286 1v97 d1v97b5 B:1187-1209,1237-1244,1258-1286 1n5w d1n5wb2 B:691-713,742-747,761-785 1jro d1jroh2 H:656-679,706-713,727-752 1fo4 d1fo4b5 B:1187-1209,1237-1244,1258-1286 1n5w d1n5we2 E:691-713,742-747,761-785 1jro d1jrod2 D:656-679,706-713,727-752 1v97 d1v97a5 A:1187-1209,1237-1244,1258-1287 1jro d1jrof2 F:656-679,706-713,727-752 1fo4 d1fo4a5 A:1187-1209,1237-1244,1258-1287 1fiq d1fiqc2 C:1187-1209,1237-1244,1258-1287 1t3q d1t3qe2 E:547-577,582-587,601-613 1t3q d1t3qb2 B:547-577,582-587,601-613 3b9j d3b9jc2 C:873-887,892-903,913-935 3b9j d3b9jc2 C:1187-1209,1237-1244,1259-1286 1rm6 d1rm6d2 D:655-677,703-712,723-745 1sb3 d1sb3a2 A:655-677,703-712,723-745 1sb3 d1sb3d2 D:655-677,703-712,723-745 1rm6 d1rm6a2 A:655-677,703-712,723-745 1jrp d1jrph2 H:303-317,322-334,344-365 1jrp d1jrpf2 F:303-317,322-334,344-365 1fo4 d1fo4a5 A:871-887,892-903,914-935 1jro d1jroh2 H:303-317,322-334,344-365 1rm6 d1rm6a2 A:523-553,558-563,577-590 1vdv d1vdva5 A:871-887,892-903,914-935 1vdv d1vdvb5 B:871-887,892-903,914-935 1fo4 d1fo4b5 B:871-887,892-903,914-935 1jrp d1jrpb2 B:303-317,322-334,343-365 1sb3 d1sb3a2 A:523-553,558-563,577-590 1vlb d1vlba4 A:494-506,514-525,534-556 1rm6 d1rm6d2 D:523-553,558-563,577-590 1sb3 d1sb3d2 D:523-553,558-563,577-590 1sij d1sija4 A:494-506,514-525,534-556 1jro d1jrob2 B:303-317,322-334,343-365 1jro d1jrof2 F:303-317,322-334,343-365 1jro d1jrod2 D:303-317,322-334,343-365 1jrp d1jrpd2 D:303-317,322-334,343-365 1fiq d1fiqc2 C:871-887,892-903,914-935 1t3q d1t3qb2 B:332-344,351-362,372-394 1v97 d1v97b5 B:871-887,892-903,913-935 1v97 d1v97a5 A:871-887,892-903,913-935 1sb3 d1sb3d2 D:319-336,338-350,359-381 1sb3 d1sb3a2 A:319-336,338-350,359-381 1n5x d1n5xa5 A:871-887,892-904,914-935 1n5x d1n5xb5 B:871-887,892-904,914-935 1t3q d1t3qe2 E:332-344,351-363,372-394 1rm6 d1rm6a2 A:317-336,338-350,359-381 1rm6 d1rm6d2 D:317-336,338-350,359-381 128. c.54.1 PTS system fructose IIA component-like active dimer is formed by strand 5 swapping ! PTS system fructose IIA component-like 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 5 strands, order 21345; strand 5 is antiparallel to the rest 3bed d3bedb1 B:10-26,60-66,93-103 3b48 d3b48a1 A:11-26,31-38,98-111 3b48 d3b48a1 A:11-26,62-69,98-111 3b48 d3b48b1 B:11-26,62-69,98-113 3b48 d3b48b1 B:11-26,31-38,98-113 3ct6 d3ct6b1 B:11-27,30-36,91-106 3b48 d3b48c1 C:11-26,30-38,98-114 3cr3 d3cr3d1 D:11-27,30-36,91-106 3ct6 d3ct6a1 A:11-27,30-36,91-106 3b48 d3b48f1 F:11-26,30-38,98-114 3cr3 d3cr3c1 C:11-27,30-36,91-106 3b48 d3b48e1 E:11-26,62-69,98-114 3b48 d3b48c1 C:11-26,62-69,98-114 3b48 d3b48e1 E:11-26,31-38,98-114 3b48 d3b48d1 D:11-26,31-38,98-114 3b48 d3b48d1 D:11-26,62-69,98-114 3bed d3beda1 A:11-26,60-66,93-103 3b48 d3b48f1 F:11-26,62-69,98-114 3ct6 d3ct6b1 B:11-27,59-66,91-106 3ct6 d3ct6a1 A:11-27,59-66,91-106 3cr3 d3cr3c1 C:11-27,59-66,91-106 3cr3 d3cr3d1 D:11-27,59-66,91-106 1vrc d1vrcb1 B:11-26,61-67,94-108 1vsq d1vsqa1 A:11-26,61-67,94-108 1vrc d1vrca1 A:11-26,61-67,94-108 1pdo d1pdoa_ A:11-26,61-67,94-108 1vsq d1vsqb1 B:11-26,61-67,94-108 2jzo d2jzoa1 A:11-26,61-67,94-108 2jzo d2jzob1 B:11-26,61-67,94-108 130. d.296.1 YktB/PF0168-like YktB/PF0168-like alpha-beta(4)-alpha-beta(2)-alpha-beta-alpha; 2 layers, a/b; antiparallel beta-sheet, order: 1234756; half-barrel shape; topological similarity to the MotA C-terminal domain-like fold (scop_cf 69651) and the Secretion chaperone-like fold (scop_cf 69634) 2a8e d2a8ea1 A:29-42,86-94,184-200 2a8e d2a8ea1 A:41-50,86-94,184-200 1yb3 d1yb3a1 A:2-29,65-72,146-165 131. e.3.1 beta-lactamase/transpeptidase-like beta-lactamase/transpeptidase-like contains a cluster of helices and an alpha+beta sandwich 1u60 d1u60b_ B:243-255,256-262,289-304 1u60 d1u60c_ C:243-255,256-262,289-304 1blc d1blca_ A:217-225,258-267,275-290 1pio d1piob_ B:217-226,258-267,275-290 1blh d1blha_ A:217-225,258-267,275-290 1kge d1kgea_ A:217-225,258-267,275-290 3blm d3blma_ A:217-225,258-267,275-290 1djc d1djca_ A:217-225,258-267,275-290 1u60 d1u60d_ D:243-255,257-262,289-304 1dja d1djaa_ A:217-225,258-267,275-290 1o7e d1o7eb_ B:217-226,258-267,271-291 1u60 d1u60a_ A:243-255,257-262,289-304 1djb d1djba_ A:217-225,258-267,275-290 1ghm d1ghma_ A:217-225,258-267,275-290 2bg1 d2bg1a1 A:458-475,482-487,517-532 1es4 d1es4a_ A:200-207,208-217,244-262 1kgf d1kgfa_ A:217-225,258-267,275-290 1pio d1pioa_ A:217-225,258-267,275-290 1ome d1omeb_ B:217-226,258-267,275-290 1ghp d1ghpa_ A:217-225,258-267,275-290 1es3 d1es3a_ A:200-207,208-217,244-262 2osu d2osua1 A:252-264,266-271,308-323 2fff d2fffb1 B:458-475,482-487,517-532 1ghi d1ghia_ A:217-225,258-267,275-290 1bt5 d1bt5a_ A:217-225,258-267,271-290 1li0 d1li0a_ A:217-225,258-267,271-290 1li9 d1li9a_ A:217-225,258-267,271-290 1mbl d1mblb_ B:217-226,257-267,275-291 1m40 d1m40a_ A:217-225,258-267,271-290 1htz d1htzb_ B:217-226,228-240,271-290 1skf d1skfa_ A:200-207,208-217,244-262 1g6a d1g6aa_ A:217-225,229-238,271-292 1jwp d1jwpa_ A:217-225,258-267,271-290 3brm d3brma1 A:252-264,266-271,308-323 1g68 d1g68a_ A:217-225,229-238,271-292 1n4o d1n4ob_ B:217-225,258-267,271-291 1jwv d1jwva_ A:217-225,258-267,271-290 3brm d3brmb1 B:252-264,266-271,308-323 1ome d1omea_ A:217-225,258-268,275-290 2osu d2osub1 B:252-264,266-271,308-323 1jvj d1jvja_ A:217-225,258-267,271-290 1nym d1nyma_ A:217-225,258-267,271-290 1j9m d1j9ma_ A:200-207,208-217,244-262 1htz d1htze_ E:217-226,228-240,271-290 1htz d1htza_ A:217-226,228-240,271-290 1mki d1mkia_ A:252-264,266-271,308-323 1htz d1htzb_ B:217-226,258-267,271-290 1htz d1htzc_ C:217-226,228-240,271-290 1mki d1mkib_ B:252-264,266-271,308-323 1li0 d1li0a_ A:217-225,228-238,271-290 1s0w d1s0wa_ A:217-225,256-265,269-288 1iyq d1iyqa_ A:217-225,229-238,275-288 1fqg d1fqga_ A:217-225,256-266,269-288 1htz d1htza_ A:217-226,258-267,271-290 1s0w d1s0wb_ B:217-225,256-265,269-288 1nyy d1nyya_ A:217-225,258-267,271-290 1ck3 d1ck3a_ A:217-225,258-267,271-290 1iyp d1iypa_ A:217-225,229-238,275-288 1lhy d1lhya_ A:217-225,258-268,271-290 1iyo d1iyoa_ 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A:63-81,221-226,226-240 2r9x d2r9xb1 B:63-81,221-226,226-240 1pi4 d1pi4a_ A:63-81,221-226,226-240 1llb d1llbb_ B:63-81,221-226,226-240 2hds d2hdsa1 A:63-81,221-226,226-240 2r9x d2r9xa1 A:63-81,221-226,226-240 1pi5 d1pi5a_ A:63-81,221-226,226-240 1kds d1kdsb_ B:63-81,221-226,226-240 2rcx d2rcxa1 A:63-81,221-226,226-240 2hdu d2hdua1 A:63-81,221-226,226-240 2ffy d2ffya1 A:63-81,221-226,226-240 2pu4 d2pu4a1 A:63-81,221-226,226-240 1fcn d1fcnb_ B:60-78,218-223,223-237 1fcm d1fcma_ A:59-78,219-223,223-237 1ke4 d1ke4a_ A:63-81,221-226,226-240 1kvm d1kvma_ A:63-81,221-226,226-240 1l0g d1l0ga_ A:63-81,221-226,226-240 1kdw d1kdwa_ A:63-81,221-226,226-240 1dy6 d1dy6b_ B:217-226,229-240,275-291 1llb d1llba_ A:63-81,221-226,226-240 1fsy d1fsya_ A:63-81,221-226,226-240 1bul d1bula_ A:217-226,255-268,275-290 2pu2 d2pu2a1 A:63-81,221-226,226-240 1ke0 d1ke0a_ A:63-81,221-226,226-240 1fsw d1fswa_ A:63-81,221-226,226-240 1mxo d1mxoa_ A:63-81,221-226,226-240 2r9w d2r9wb1 B:62-81,222-226,226-240 1iem d1iema_ A:63-81,221-226,226-240 1iel d1iela_ A:63-81,221-226,226-240 2hdr d2hdra1 A:63-81,221-226,226-240 2pu2 d2pu2b1 B:62-81,222-226,226-240 1l2s d1l2sa_ A:62-81,222-226,226-240 1l0f d1l0fa_ A:63-81,221-226,226-240 1l0d d1l0da_ A:63-81,221-226,226-240 1xgi d1xgia1 A:62-81,222-226,226-240 1my8 d1my8b_ B:62-81,222-226,226-240 1l0d d1l0db_ B:62-81,222-226,226-240 1l2s d1l2sb_ B:62-81,222-226,226-240 2i72 d2i72b1 B:62-81,222-226,226-240 1c3b d1c3ba_ A:62-81,222-226,226-240 1xgj d1xgja1 A:62-81,222-226,226-240 1ke4 d1ke4b_ B:62-81,222-226,226-240 1fr1 d1fr1b_ B:62-81,222-226,226-240 1bsg d1bsga_ A:217-226,255-268,275-291 1fcn d1fcna_ A:59-78,219-223,223-237 1xgi d1xgib1 B:62-81,222-226,226-240 1ll9 d1ll9a_ A:62-81,222-226,226-240 1ke3 d1ke3b_ B:62-81,222-226,226-240 1kds d1kdsa_ A:62-81,222-226,226-240 1dy6 d1dy6a_ A:217-226,229-240,275-291 1i5q d1i5qa_ A:62-81,222-226,226-240 1fsy d1fsyb_ B:62-81,222-226,226-240 1rgy d1rgya_ A:63-81,221-226,226-240 2hdr d2hdrb1 B:62-81,222-226,226-240 1ll9 d1ll9b_ B:62-81,222-226,226-240 1fco d1fcoa_ A:59-78,219-223,223-237 2pu4 d2pu4b1 B:63-81,221-226,226-240 1xgj d1xgjb1 B:62-81,222-226,226-240 2drw d2drwa1 A:59-77,243-248,248-262 1fsw d1fswb_ B:62-81,222-226,226-240 1o07 d1o07b_ B:62-81,222-226,226-240 2p9v d2p9va1 A:62-81,222-226,226-240 2drw d2drwb1 B:59-77,243-248,248-262 1ga9 d1ga9b_ B:63-81,221-226,226-240 2dns d2dnsd1 D:59-77,243-248,248-262 1bue d1buea_ A:217-225,255-268,275-290 1kvl d1kvlb_ B:62-81,222-226,226-240 1onh d1onha_ A:62-81,225-229,229-243 1o07 d1o07a_ A:62-81,222-226,226-240 1kvl d1kvla_ A:62-81,222-226,226-240 1kdw d1kdwb_ B:62-81,222-226,226-240 2drw d2drwe1 E:59-77,243-248,248-262 2efu d2efua1 A:59-77,243-248,248-262 1ke0 d1ke0b_ B:62-81,222-226,226-240 2efu d2efud1 D:59-77,243-248,248-262 2dns d2dnsb1 B:59-77,243-248,248-262 2drw d2drwd1 D:59-77,243-248,248-262 3bls d3blsa_ A:62-81,222-226,226-240 2efx d2efxc1 C:59-77,243-248,248-262 2hdq d2hdqa1 A:62-81,222-226,226-240 2efx d2efxb1 B:59-77,243-248,248-262 2efu d2efub1 B:59-77,243-248,248-262 2dns d2dnse1 E:59-77,243-248,248-262 1fr1 d1fr1a_ A:62-81,222-226,226-240 2efu d2efuc1 C:59-77,243-248,248-262 1q2q d1q2qa_ A:63-81,224-229,229-243 1fr6 d1fr6a_ A:62-81,222-226,226-240 2q9n d2q9na1 A:62-81,222-226,226-240 1bls d1blsb_ B:62-81,222-226,226-240 2drw d2drwf1 F:59-77,243-248,248-262 2efx d2efxd1 D:59-77,243-248,248-262 2efu d2efuf1 F:59-77,243-248,248-262 1xx2 d1xx2b_ B:1063-1081,1221-1226,1226-1240 2dns d2dnsc1 C:59-77,243-248,248-262 1gce d1gcea_ A:62-81,225-229,229-243 2efx d2efxe1 E:59-77,243-248,248-262 1xx2 d1xx2a_ A:62-81,222-226,226-240 2q9m d2q9ma1 A:63-81,221-226,226-240 2dns d2dnsf1 F:59-77,243-248,248-262 1ci9 d1ci9b_ B:76-92,275-280,280-294 1ei5 d1ei5a3 A:61-77,226-231,231-249 1e25 d1e25a_ A:217-225,256-269,271-297 2ex8 d2ex8a1 A:402-409,413-422,457-477 2ex2 d2ex2a1 A:402-409,413-422,457-477 1e25 d1e25a_ A:217-225,230-240B,271-297 132. c.56.3 Peptidyl-tRNA hydrolase-like Phosphorylase/hydrolase-like core: 3 layers, a/b/a ; mixed sheet of 5 strands: order 21354; strand 4 is antiparallel to the rest; contains crossover loops 1ryn d1ryna_ A:20-37,130-138,155-180 1rym d1ryma_ A:19-36,129-137,154-179 1ryn d1ryna_ A:20-37,88-96,155-180 1rym d1ryma_ A:19-36,87-95,154-179 1ryb d1ryba_ A:19-36,127-137,154-179 1ryb d1ryba_ A:19-36,87-95,154-179 2pth d2ptha_ A:21-35,87-95,154-179 2pth d2ptha_ A:21-35,127-136,154-179 133. c.56.8 Cgl1923-like Phosphorylase/hydrolase-like core: 3 layers, a/b/a ; mixed sheet of 5 strands: order 21354; strand 4 is antiparallel to the rest; contains crossover loops 2p90 d2p90a1 A:40-53,133-143,210-226 2p90 d2p90c1 C:40-53,131-143,210-226 2p90 d2p90b1 B:40-53,131-143,210-226 2p90 d2p90a1 A:40-53,193-202,210-226 2p90 d2p90c1 C:40-53,193-202,210-226 2p90 d2p90b1 B:40-53,193-202,210-226 134. c.52.4 TBP-interacting protein-like contains extra C-terminal alpha+beta domain of complex fold with an embeded C2H2 zinc-finger Restriction endonuclease-like core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 5 strands, order 12345; strands 2 &, in some families, 5 are antiparallel to the rest 2czr d2czra1 A:6-20,63-69,85-101 2czr d2czra1 A:6-20,38-47,85-101 2czr d2czra1 A:6-20,80-85,85-101 135. a.94.1 Ribosomal protein L19 (L19e) Ribosomal protein L19 (L19e) multihelical; consists of two different 3-helical domains connected by a long, partly helical linker 1yj9 d1yj9p1 P:2-15,20-24,27-35 1ffk d1ffkm_ M:2-15,20-24,27-35 3ccr d3ccrp1 P:2-15,20-24,27-35 1vql d1vqlp1 P:2-15,20-24,27-35 1vq7 d1vq7p1 P:2-15,20-24,27-35 3cma d3cmap1 P:2-15,20-24,27-35 1vq4 d1vq4p1 P:2-15,20-24,27-35 1vqm d1vqmp1 P:2-15,20-24,27-35 1yij d1yijp1 P:2-15,20-24,27-35 1yjn d1yjnp1 P:2-15,20-24,27-35 1vqp d1vqpp1 P:2-15,20-24,27-35 1vq8 d1vq8p1 P:2-15,20-24,27-35 3ccq d3ccqp1 P:2-15,20-24,27-35 3cc2 d3cc2p1 P:2-15,20-24,27-35 1s72 d1s72p_ P:2-15,20-24,27-35 1vqn d1vqnp1 P:2-15,20-24,27-35 1vqk d1vqkp1 P:2-15,20-24,27-35 1nji d1njiq_ Q:2-15,20-24,27-35 1vqo d1vqop1 P:2-15,20-24,27-35 1jj2 d1jj2o_ O:2-15,20-24,27-35 1yit d1yitp1 P:2-15,20-24,27-35 1yi2 d1yi2p1 P:2-15,20-24,27-35 1m90 d1m90q_ Q:2-15,20-24,27-35 3ccu d3ccup1 P:2-15,20-24,27-35 1yhq d1yhqp1 P:2-15,20-24,27-35 3ccm d3ccmp1 P:2-15,20-24,27-35 1q7y d1q7yq_ Q:2-15,20-24,27-35 3cce d3ccep1 P:2-15,20-24,27-35 3cd6 d3cd6p1 P:2-15,20-24,27-35 3cpw d3cpwo1 O:2-15,20-24,27-35 1vq5 d1vq5p1 P:2-15,20-24,27-35 2otl d2otlp1 P:2-15,20-24,27-35 3cc7 d3cc7p1 P:2-15,20-24,27-35 3ccv d3ccvp1 P:2-15,20-24,27-35 1qvf d1qvfo_ O:2-15,20-24,27-35 1kc8 d1kc8q_ Q:2-15,20-24,27-35 1kqs d1kqso_ O:2-15,20-24,27-35 3cc4 d3cc4p1 P:2-15,20-24,27-35 1k73 d1k73q_ Q:2-15,20-24,27-35 1qvg d1qvgo_ O:2-15,20-24,27-35 1kd1 d1kd1q_ Q:2-15,20-24,27-35 3cme d3cmep1 P:2-15,20-24,27-35 2qa4 d2qa4p1 P:2-15,20-24,27-35 1k9m d1k9mq_ Q:2-15,20-24,27-35 1n8r d1n8rq_ Q:2-15,20-24,27-35 1vq9 d1vq9p1 P:2-15,20-24,27-35 1q82 d1q82q_ Q:2-15,20-24,27-35 1vq6 d1vq6p1 P:2-15,20-24,27-35 2otj d2otjp1 P:2-15,20-24,27-35 1q86 d1q86q_ Q:2-15,20-24,27-35 1m1k d1m1kq_ Q:2-15,20-24,27-35 1k8a d1k8aq_ Q:2-15,20-24,27-35 3ccl d3cclp1 P:2-15,20-24,27-35 2qex d2qexp1 P:2-15,20-24,27-35 3ccs d3ccsp1 P:2-15,20-24,27-35 1yjw d1yjwp1 P:2-15,20-24,27-35 1q81 d1q81q_ Q:2-15,20-24,27-35 136. c.56.4 Pyrrolidone carboxyl peptidase (pyroglutamate aminopeptidase) Phosphorylase/hydrolase-like core: 3 layers, a/b/a ; mixed sheet of 5 strands: order 21354; strand 4 is antiparallel to the rest; contains crossover loops 1ioi d1ioib_ B:17-27,62-71,188-208 1a2z d1a2zc_ C:18-28,63-72,190-212 1ioi d1ioic_ C:17-27,62-71,188-208 1ioi d1ioia_ A:17-27,62-71,188-208 1a2z d1a2zb_ B:18-28,63-72,190-212 1ioi d1ioid_ D:17-27,62-71,188-208 1a2z d1a2zd_ D:18-28,63-72,190-212 1a2z d1a2za_ A:18-28,63-72,190-212 1iof d1iofc_ C:17-27,62-71,188-208 1iof d1iofb_ B:17-27,62-71,188-208 1iof d1iofd_ D:17-27,62-71,188-208 1iof d1iofa_ A:17-27,62-71,188-208 1aug d1auga_ A:19-29,64-73,185-204 1aug d1augd_ D:649-659,694-703,815-834 1aug d1augb_ B:229-239,274-283,395-414 1aug d1augc_ C:439-449,484-493,605-624 1iu8 d1iu8b_ B:17-31,59-68,181-205 1iu8 d1iu8a_ A:17-31,59-68,181-206 1a2z d1a2zc_ C:18-28,161-170,190-212 1a2z d1a2zd_ D:18-28,161-170,190-212 1a2z d1a2zb_ B:18-28,161-170,190-212 1a2z d1a2za_ A:18-28,161-170,190-212 1ioi d1ioia_ A:17-27,160-169,188-208 1ioi d1ioic_ C:17-27,160-169,188-208 1ioi d1ioib_ B:17-27,160-169,188-208 1ioi d1ioid_ D:17-27,160-169,188-208 1iof d1iofd_ D:17-27,160-169,188-208 1iof d1iofa_ A:17-27,160-169,188-208 1iof d1iofc_ C:17-27,160-169,188-208 1iof d1iofb_ B:17-27,160-169,188-208 1aug d1auga_ A:19-29,162-171,185-204 1aug d1augd_ D:649-659,792-801,815-834 1aug d1augb_ B:229-239,372-381,395-414 1aug d1augc_ C:439-449,582-591,605-624 1iu8 d1iu8b_ B:17-31,156-166,181-205 1iu8 d1iu8a_ A:17-31,156-166,181-206 1iu8 d1iu8b_ B:17-31,32-39,181-205 1iu8 d1iu8a_ A:17-31,32-39,181-206 137. c.93.1 Periplasmic binding protein-like I Similar in architecture to the superfamily II but partly differs in topology ! Periplasmic binding protein-like I consists of two similar intertwined domain with 3 layers (a/b/a) each: duplication ! parallel beta-sheet of 6 strands, order 213456 1jhz d1jhzb_ B:71-89,117-123,293-312 3ckm d3ckma1 A:269-285,314-320,510-530 1dbq d1dbqa_ A:71-89,117-123,293-312 1zvv d1zvvg2 G:72-90,118-123,293-311 1jhz d1jhza_ A:71-89,117-123,293-311 1dbq d1dbqb_ B:71-89,117-123,293-312 1zvv d1zvvg2 G:72-90,140-146,293-311 2nzv d2nzvg1 G:72-90,140-146,293-311 2liv d2liva_ A:13-37,71-77,274-295 2nzu d2nzug1 G:72-90,140-146,293-311 1zvv d1zvva2 A:72-90,118-123,293-311 1zvv d1zvvb2 B:72-90,140-146,293-311 1zvv d1zvva2 A:72-90,140-146,293-311 1sxg d1sxgf_ F:72-90,140-146,293-311 1bdi d1bdia2 A:71-89,117-123,293-312 1pnr d1pnra2 A:71-89,117-123,293-312 1qp7 d1qp7a2 A:71-89,117-122,293-312 2nzv d2nzvg1 G:72-90,117-123,293-311 1zvv d1zvvb2 B:72-90,118-123,293-311 2hsg d2hsga2 A:72-90,141-146,293-311 1sxi d1sxim_ M:72-90,118-123,293-311 1sxi d1sxim_ M:72-90,140-146,293-311 2nzu d2nzug1 G:72-90,118-123,293-311 1byk d1byka_ A:74-92,120-126,283-301 1rzr d1rzrc2 C:72-90,118-123,293-311 1byk d1bykb_ B:74-92,120-126,283-301 1rzr d1rzrc2 C:72-90,140-146,293-311 1sxg d1sxgd_ D:72-90,140-146,293-311 1jh9 d1jh9a2 A:71-89,117-122,293-312 1rzr d1rzrd2 D:72-90,118-123,293-311 2pua d2puaa2 A:71-89,117-122,293-312 1rzr d1rzrg2 G:72-90,140-146,293-311 1qqa d1qqaa2 A:71-89,117-122,293-312 1rzr d1rzra2 A:72-90,140-146,293-311 1sxg d1sxgd_ D:72-90,118-123,293-311 1qp4 d1qp4a2 A:71-89,117-122,293-312 2qw1 d2qw1a1 A:14-32,85-91,257-275 3ckm d3ckma1 A:269-285,338-344,510-530 1qp0 d1qp0a2 A:71-89,117-122,293-312 1wet d1weta2 A:71-89,117-122,293-312 1qqb d1qqba2 A:71-89,117-122,293-312 1jye d1jyea_ A:73-91,119-128,292-310 2puc d2puca2 A:71-89,117-122,293-312 1bdh d1bdha2 A:71-89,117-122,293-312 1byk d1byka_ A:74-92,141-146,283-301 1byk d1bykb_ B:74-92,141-146,283-301 2pub d2puba2 A:71-89,116-122,293-312 1sxg d1sxgf_ F:72-90,117-123,293-311 1qpz d1qpza2 A:71-89,117-122,293-312 2pug d2puga2 A:71-89,117-122,293-312 1vpw d1vpwa2 A:71-89,117-122,293-312 2pud d2puda2 A:71-89,116-122,293-312 1qnl d1qnla_ A:20-42,77-81,283-304 1rzr d1rzrg2 G:72-90,118-123,293-311 2fw0 d2fw0a1 A:14-32,85-91,257-275 2qw1 d2qw1a1 A:14-32,61-67,257-275 1sxh d1sxha_ A:72-90,140-146,293-311 2puf d2pufa2 A:71-89,117-122,293-312 1rzr d1rzrd2 D:72-90,141-146,293-311 1pea d1peaa_ A:20-42,77-81,283-304 1jdp d1jdpb_ B:23-40,84-89,310-334 1sxh d1sxha_ A:72-90,118-124,293-311 2hsg d2hsga2 A:72-90,116-123,293-311 2fvy d2fvya1 A:14-32,85-91,257-275 1zhh d1zhha1 A:80-97,153-159,311-329 2gbp d2gbpa_ A:14-32,86-91,257-275 1jft d1jfta2 A:71-89,117-122,293-312 1rzr d1rzra2 A:72-90,118-123,293-311 1jdp d1jdpa_ A:23-40,84-89,310-334 1zay d1zaya2 A:71-89,117-122,293-312 2pue d2puea2 A:71-89,117-122,293-312 1gca d1gcaa_ A:14-32,85-91,257-275 2fw0 d2fw0a1 A:14-32,61-67,257-275 1sxi d1sxir_ R:72-90,141-146,293-311 1tm2 d1tm2a_ A:39-57,86-92,267-285 2fvy d2fvya1 A:14-32,61-67,257-275 1jdn d1jdna_ A:23-40,84-89,310-334 1glg d1glga_ A:14-32,61-67,257-275 1sxi d1sxig_ G:72-90,118-123,293-311 1gca d1gcaa_ A:14-32,61-67,257-275 1tm2 d1tm2a_ A:39-57,110-117,267-285 3ckm d3ckma1 A:269-285,289-296,510-530 1lbi d1lbib_ B:73-91,120-128,292-311 1glg d1glga_ A:14-32,86-91,257-275 2pe5 d2pe5c2 C:73-91,120-128,292-310 1lbg d1lbgb2 B:73-91,120-125,292-311 2gbp d2gbpa_ A:14-32,61-66,257-275 1qo0 d1qo0b_ B:20-42,77-81,283-304 1lbg d1lbgc2 C:73-91,120-125,292-311 9abp d9abpa_ A:14-32,83-89,255-274 1gcg d1gcga_ A:14-32,85-91,257-275 1abe d1abea_ A:14-32,83-89,255-274 1lbg d1lbgd2 D:73-91,120-125,292-311 2oen d2oeng1 G:72-90,118-123,293-311 1sxh d1sxhd_ D:72-90,140-146,293-311 1gcg d1gcga_ A:14-32,61-67,257-275 3gbp d3gbpa_ A:14-32,85-91,257-275 2hph d2hpha1 A:14-32,85-91,257-275 1lbg d1lbga2 A:73-91,120-125,292-311 1bap d1bapa_ A:14-32,83-89,255-274 6abp d6abpa_ A:14-32,83-89,255-274 1zhh d1zhha1 A:80-97,129-134,311-329 2pe5 d2pe5b2 B:73-91,120-128,292-310 1sxi d1sxii_ I:72-90,118-123,293-311 1tm2 d1tm2a_ A:39-57,58-64,267-285 8abp d8abpa_ A:14-32,83-89,255-274 2hph d2hpha1 A:14-32,61-67,257-275 1abf d1abfa_ A:14-32,83-89,255-274 7abp d7abpa_ A:14-32,83-89,255-274 3gbp d3gbpa_ A:14-32,61-67,257-275 1sxi d1sxig_ G:72-90,140-146,293-311 1efa d1efaa2 A:73-91,120-128,292-310 1efa d1efac2 C:73-91,120-128,292-310 1sxg d1sxgb_ B:72-90,140-146,293-311 1sxi d1sxia_ A:72-90,140-146,293-311 1usk d1uskc_ C:15-37,71-77,274-295 1sxi d1sxib_ B:72-90,140-146,293-311 1pea d1peaa_ A:20-42,100-109,283-304 1sxi d1sxil_ L:72-90,140-146,293-311 1sxi d1sxib_ B:72-90,118-123,293-311 5abp d5abpa_ A:14-32,83-89,255-274 1sxh d1sxhd_ D:72-90,117-123,293-311 9abp d9abpa_ A:14-32,33-40,255-274 1usk d1uskd_ D:15-37,71-77,274-295 9abp d9abpa_ A:14-32,58-64,255-274 1apb d1apba_ A:14-32,83-89,255-274 1jwl d1jwlc_ C:73-91,120-128,292-310 1sxg d1sxgb_ B:72-90,118-123,293-311 1tjy d1tjya_ A:39-57,58-64,267-285 1jwl d1jwla2 A:73-91,120-128,292-310 2oen d2oeng1 G:72-90,140-146,293-311 1qnl d1qnla_ A:20-42,100-109,283-304 1sxi d1sxit_ T:72-90,117-124,293-311 1jwl d1jwlb2 B:73-91,120-128,292-310 1efa d1efab2 B:73-91,120-128,292-310 1jfs d1jfsa2 A:71-89,118-122,293-312 6abp d6abpa_ A:14-32,59-64,255-274 1sxi d1sxit_ T:72-90,140-146,293-311 1tlf d1tlfc_ C:73-91,120-128,292-310 1abe d1abea_ A:14-32,58-64,255-274 7abp d7abpa_ A:14-32,33-40,255-274 8abp d8abpa_ A:14-32,58-64,255-274 6abp d6abpa_ A:14-32,33-40,255-274 8abp d8abpa_ A:14-32,33-40,255-274 1usk d1uskb_ B:15-37,71-77,274-295 1urp d1urpc_ C:13-31,84-89,236-254 7abp d7abpa_ A:14-32,58-64,255-274 1usi d1usia_ A:15-37,71-77,274-295 1bap d1bapa_ A:14-32,33-40,255-274 1abe d1abea_ A:14-32,33-40,255-274 1bap d1bapa_ A:14-32,58-64,255-274 1sxi d1sxil_ L:72-90,118-123,293-311 1sxg d1sxgp_ P:72-90,140-146,293-311 5abp d5abpa_ A:14-32,58-64,255-274 1abf d1abfa_ A:14-32,58-64,255-274 1urp d1urpd_ D:13-31,84-89,236-254 1qo0 d1qo0a_ A:20-42,77-81,283-304 1apb d1apba_ A:14-32,33-40,255-274 1apb d1apba_ A:14-32,58-64,255-274 1abf d1abfa_ A:14-32,33-40,255-274 1usk 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A:13-31,33-38,248-267 1byk d1bykb_ B:74-92,152-158,283-301 1gud d1gudb_ B:13-31,32-38,248-267 2qw1 d2qw1a1 A:14-32,34-42,257-275 1lbi d1lbid_ D:73-91,120-128,292-310 1drk d1drka_ A:13-31,84-89,236-254 1gca d1gcaa_ A:14-32,34-42,257-275 1tlf d1tlfd_ D:73-91,120-128,292-310 1drj d1drja_ A:13-31,84-89,236-254 3gbp d3gbpa_ A:14-32,34-42,257-275 1sxi d1sxiw_ W:72-90,118-124,293-311 1sxi d1sxin_ N:72-90,140-146,293-311 1dbp d1dbpa_ A:13-31,84-89,236-254 2dri d2dria_ A:13-31,84-89,236-254 1ba2 d1ba2b_ B:13-31,59-65,236-254 1usg d1usga_ A:13-37,71-77,274-295 1lbh d1lbha_ A:73-91,120-128,292-310 1urp d1urpc_ C:13-31,60-65,236-254 1qo0 d1qo0a_ A:20-42,100-109,283-304 2p9h d2p9ha1 A:73-91,120-128,292-310 1urp d1urpd_ D:13-31,60-65,236-254 1sxi d1sxid_ D:72-90,118-124,293-311 1t34 d1t34a_ A:19-38,79-84,312-339 1drk d1drka_ A:13-31,59-64,236-254 1lbi d1lbic_ C:73-91,120-128,292-310 1dp4 d1dp4c_ C:19-38,79-84,312-339 2pe5 d2pe5c2 C:73-91,143-149,292-310 1zhh d1zhha1 A:80-97,173-178,311-329 1drj 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B:73-91,92-99,292-310 2dri d2dria_ A:13-31,32-40,236-254 1zvv d1zvvb2 B:72-90,91-99,293-311 1tlf d1tlfc_ C:73-91,92-99,292-310 1dbp d1dbpa_ A:13-31,32-40,236-254 1t34 d1t34b_ B:19-38,44-54,312-339 1iss d1issa_ A:71-93,100-108,407-433 1lbi d1lbib_ B:73-91,92-99,292-311 1rzr d1rzra2 A:72-90,91-99,293-311 2oen d2oeng1 G:72-90,91-99,293-311 1t34 d1t34a_ A:19-38,44-54,312-339 1isr d1isra_ A:71-93,156-161,409-433 2nzu d2nzug1 G:72-90,91-99,293-311 1byk d1byka_ A:74-92,93-101,283-301 1lbh d1lbhb_ B:73-91,92-99,292-310 1byk d1bykb_ B:74-92,93-101,283-301 1jh9 d1jh9a2 A:71-89,90-98,293-312 1sxg d1sxgf_ F:72-90,91-99,293-311 1tlf d1tlfd_ D:73-91,92-99,292-310 1ewv d1ewva_ A:71-93,100-108,409-433 1lbh d1lbha_ A:73-91,92-99,292-310 1usg d1usga_ A:13-37,94-99,274-295 1ewt d1ewta_ A:71-93,100-108,409-433 2pe5 d2pe5c2 C:73-91,92-100,292-310 1rpj d1rpja_ A:13-31,33-40,248-267 1wet d1weta2 A:71-89,90-98,293-312 2p9h d2p9ha1 A:73-91,92-99,292-310 1qqa d1qqaa2 A:71-89,90-98,293-312 2puc d2puca2 A:71-89,90-98,293-312 2p9h d2p9hb1 B:73-91,92-99,292-310 2puf d2pufa2 A:71-89,90-98,293-312 2pub d2puba2 A:71-89,90-98,293-312 2pe5 d2pe5b2 B:73-91,92-100,292-310 1bdh d1bdha2 A:71-89,90-98,293-312 2pud d2puda2 A:71-89,90-98,293-312 2pue d2puea2 A:71-89,90-98,293-312 1qp7 d1qp7a2 A:71-89,90-98,293-312 2pua d2puaa2 A:71-89,90-98,293-312 1vpw d1vpwa2 A:71-89,90-98,293-312 1qqb d1qqba2 A:71-89,90-98,293-312 1lbh d1lbhc_ C:73-91,92-99,292-310 1tlf d1tlfa_ A:73-91,92-99,292-310 2pug d2puga2 A:71-89,90-98,293-312 1lbi d1lbid_ D:73-91,92-99,292-310 1jfs d1jfsa2 A:71-89,90-98,293-312 1ewk d1ewkb_ B:71-93,181-186,407-433 1qp0 d1qp0a2 A:71-89,90-98,293-312 1sxi d1sxim_ M:72-90,91-99,293-311 1qpz d1qpza2 A:71-89,90-98,293-312 1jyf d1jyfa_ A:73-91,92-99,292-310 1ewk d1ewka_ A:71-93,100-108,409-433 1jft d1jfta2 A:71-89,90-98,293-312 1zay d1zaya2 A:71-89,90-98,293-312 1efa d1efac2 C:73-91,92-100,292-310 1efa d1efaa2 A:73-91,92-100,292-310 1jwl d1jwlc_ C:73-91,92-100,292-310 2paf d2pafa1 A:73-91,92-99,292-310 1jwl d1jwla2 A:73-91,92-100,292-310 1lbh d1lbhd_ D:73-91,92-99,292-310 1jwl d1jwlb2 B:73-91,92-100,292-310 2paf d2pafb1 B:73-91,92-99,292-310 1efa d1efab2 B:73-91,92-100,292-310 1isr d1isra_ A:71-93,100-108,409-433 1sxi d1sxib_ B:72-90,91-99,293-311 1sxi d1sxil_ L:72-90,91-99,293-311 1sxg d1sxgb_ B:72-90,91-99,293-311 1sxh d1sxha_ A:72-90,91-99,293-311 1sxi d1sxit_ T:72-90,91-99,293-311 1sxh d1sxhd_ D:72-90,91-99,293-311 1sxi d1sxik_ K:72-90,91-99,293-311 1sxi d1sxig_ G:72-90,91-99,293-311 1lbi d1lbic_ C:73-91,92-100,292-310 1sxi d1sxii_ I:72-90,91-99,293-311 1sxi d1sxin_ N:72-90,91-99,293-311 1sxi d1sxia_ A:72-90,91-99,293-311 1lbi d1lbia_ A:73-91,92-100,292-310 1sxi d1sxid_ D:72-90,91-99,293-311 1sxg d1sxgp_ P:72-90,91-99,293-311 1sxg d1sxgi_ I:72-90,91-99,293-311 1sxi d1sxiw_ W:72-90,91-99,293-311 1sxg d1sxga_ A:72-90,91-99,293-311 140. e.24.1 Ribosomal protein L1 Ribosomal protein L1 2 domains: (1) alpha+beta; (2) alpha/beta (interrupts domain 1) 1i2a d1i2aa_ A:65-76,103-109,138-149 1cjs d1cjsa_ A:65-76,103-109,138-149 2hgu d2hguc1 C:79-90,111-117,148-158 1dwu d1dwub_ B:65-76,103-109,138-149 1u63 d1u63a1 A:65-76,103-109,138-149 2hgj d2hgjc1 C:79-90,112-116,148-158 1dwu d1dwua_ A:65-76,103-109,138-149 1zho d1zhoc1 C:79-90,111-116,148-159 1zho d1zhog1 G:79-90,111-116,148-159 1mzp d1mzpa_ A:69-80,108-113,143-154 1zho d1zhoa1 A:79-90,111-116,148-159 2hw8 d2hw8a1 A:79-90,111-116,148-159 1zho d1zhoe1 E:79-90,111-116,148-159 1ad2 d1ad2a_ A:79-90,111-116,148-159 2hgq d2hgqc1 C:79-90,111-116,148-158 1yl3 d1yl3c1 C:79-90,111-116,148-159 1u63 d1u63c1 C:65-76,103-108,138-149 2hgu d2hguc1 C:79-90,92-96,148-158 2hgq d2hgqc1 C:79-90,92-96,148-158 1cjs d1cjsa_ A:65-76,130-134,138-149 1zho d1zhog1 G:79-90,92-96,148-159 1i2a d1i2aa_ A:65-76,130-134,138-149 1zho d1zhoc1 C:79-90,92-96,148-159 1u63 d1u63a1 A:65-76,130-134,138-149 2hw8 d2hw8a1 A:79-90,92-96,148-159 1ad2 d1ad2a_ A:79-90,92-96,148-159 1zho d1zhoa1 A:79-90,92-96,148-159 1yl3 d1yl3c1 C:79-90,92-96,96-106 1zho d1zhoc1 C:79-90,92-96,96-106 1i2a d1i2aa_ A:65-76,77-81,138-149 2hgu d2hguc1 C:79-90,92-96,95-106 1yl3 d1yl3c1 C:79-90,92-96,148-159 1zho d1zhog1 G:79-90,92-96,95-106 142. d.270.1 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain duplication: consists of two beta(3)-alpha repeats; 3 layers, beta/alpha/beta 1sr9 d1sr9b3 B:533-546,546-560,626-643 1sr9 d1sr9a3 A:533-546,547-560,626-643 144. d.369.1 SMI1/KNR4-like SMI1/KNR4-like alpha(4)-beta(4)-alpha; 3 layers: a/b/a; antiparallel beta-sheet, order 1234(meander) 2prv d2prvb1 B:0-14,16-20,128-146 2pag d2paga1 A:39-52,95-102,123-135 2prv d2prva1 A:40-50,95-102,128-145 2prv d2prvb1 B:40-51,95-102,128-146 2icg d2icga1 A:43-54,105-112,142-158 148. c.23.11 Beta-D-glucan exohydrolase, C-terminal domain Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1j8v d1j8va2 A:446-455,477-486,549-559 1ieq d1ieqa2 A:446-455,477-486,549-559 1iew d1iewa2 A:446-455,477-486,549-559 1x39 d1x39a2 A:446-455,477-486,549-559 1iev d1ieva2 A:446-455,477-486,549-559 1x38 d1x38a2 A:446-455,477-486,549-559 1ex1 d1ex1a2 A:446-455,477-486,549-559 1lq2 d1lq2a2 A:446-455,477-486,549-559 1iex d1iexa2 A:446-455,477-486,549-559 1iew d1iewa2 A:446-455,517-524,549-559 1x38 d1x38a2 A:446-455,517-524,549-559 1x39 d1x39a2 A:446-455,517-524,549-559 1lq2 d1lq2a2 A:446-455,517-525,549-559 1ex1 d1ex1a2 A:446-455,517-524,549-559 1ieq d1ieqa2 A:446-455,517-525,549-559 1iex d1iexa2 A:446-455,517-524,549-559 1j8v d1j8va2 A:446-455,517-525,549-559 1iev d1ieva2 A:446-455,517-525,549-559 149. c.127.1 F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase (MTD) the sheet topology is similar to those of the Periplasmic binding protein-like I domains ! F420-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase (MTD) 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 213456 1u6i d1u6il1 L:14-26,93-100,152-171 1u6j d1u6jg1 G:14-26,93-100,152-171 1u6j d1u6ja1 A:14-26,93-100,152-171 1u6i d1u6ig1 G:14-26,93-100,152-171 1u6i d1u6ia1 A:14-26,93-100,152-171 1u6j d1u6jg1 G:14-26,66-72,152-171 1u6k d1u6ka1 A:14-26,93-100,152-171 1qv9 d1qv9a_ A:14-26,93-100,152-171 1u6j d1u6ja1 A:14-26,66-72,152-171 1qv9 d1qv9a_ A:14-26,66-72,152-171 1u6k d1u6ka1 A:14-26,66-72,152-171 1u6i d1u6ig1 G:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6jh1 H:14-26,93-100,152-171 1u6i d1u6ia1 A:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6jb1 B:14-26,93-100,152-171 1u6j d1u6jd1 D:14-26,93-100,152-171 1u6j d1u6jj1 J:14-26,93-100,152-171 1u6j d1u6jf1 F:14-26,93-100,152-171 1u6j d1u6jk1 K:14-26,93-100,152-171 1u6j d1u6je1 E:14-26,93-100,152-171 1u6k d1u6kc1 C:14-26,93-100,152-171 1qv9 d1qv9c_ C:14-26,93-100,152-171 1u6i d1u6ik1 K:14-26,93-100,152-171 1u6j d1u6jl1 L:14-26,93-100,152-171 1u6i d1u6ie1 E:14-26,93-100,152-171 1u6k d1u6kb1 B:14-26,93-100,152-171 1qv9 d1qv9b_ B:14-26,93-100,152-171 1u6i d1u6if1 F:14-26,93-100,152-171 1u6i d1u6ij1 J:14-26,93-100,152-171 1u6k d1u6kb1 B:14-26,66-72,152-171 1u6i d1u6id1 D:14-26,93-100,152-171 1qv9 d1qv9b_ B:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6jb1 B:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6jh1 H:14-26,66-72,152-171 1qv9 d1qv9c_ C:14-26,66-72,152-171 1u6k d1u6kc1 C:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6jc1 C:14-26,93-100,152-171 1u6j d1u6ji1 I:14-26,93-100,152-171 1u6i d1u6ic1 C:14-26,93-100,152-171 1u6i d1u6ii1 I:14-26,93-100,152-171 1u6i d1u6ik1 K:14-26,66-72,152-171 1u6i d1u6ie1 E:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6jk1 K:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6je1 E:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6jj1 J:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6jd1 D:14-26,66-72,152-171 1u6i d1u6ij1 J:14-26,66-72,152-171 1u6i d1u6id1 D:14-26,66-72,152-171 1u6i d1u6if1 F:14-26,66-72,152-171 1u6i d1u6ii1 I:14-26,66-72,152-171 1u6i d1u6ic1 C:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6ji1 I:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6jc1 C:14-26,66-72,152-171 1u6j d1u6jf1 F:14-26,66-72,152-171 1u6i d1u6ia1 A:14-26,114-120,152-171 1u6i d1u6ig1 G:14-26,114-120,152-171 1u6i d1u6if1 F:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6jg1 G:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6ja1 A:14-26,114-120,152-171 1u6i d1u6il1 L:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6jb1 B:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6jh1 H:14-26,114-120,152-171 1qv9 d1qv9a_ A:14-26,114-120,152-171 1u6k d1u6ka1 A:14-26,114-120,152-171 1u6i d1u6ii1 I:14-26,114-120,152-171 1u6i d1u6ic1 C:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6jk1 K:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6ji1 I:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6jc1 C:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6je1 E:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6jl1 L:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6jf1 F:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6jd1 D:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6jj1 J:14-26,114-120,152-171 1u6i d1u6ik1 K:14-26,114-120,152-171 1u6i d1u6ie1 E:14-26,114-120,152-171 1u6i d1u6il1 L:14-26,66-74,152-171 1qv9 d1qv9b_ B:14-26,114-120,152-171 1u6k d1u6kb1 B:14-26,114-120,152-171 1qv9 d1qv9c_ C:14-26,114-120,152-171 1u6k d1u6kc1 C:14-26,114-120,152-171 1u6i d1u6id1 D:14-26,114-120,152-171 1u6i d1u6ij1 J:14-26,114-120,152-171 1u6j d1u6jl1 L:14-26,66-73,152-171 1u6i d1u6ic1 C:152-171,179-184,184-192 1u6i d1u6ii1 I:152-171,179-184,184-192 1u6j d1u6jc1 C:152-171,179-184,184-192 1u6j d1u6ji1 I:152-171,179-184,184-192 1u6j d1u6jf1 F:152-171,180-184,184-192 1u6i d1u6il1 L:152-171,180-184,184-192 1u6j d1u6jl1 L:152-171,180-184,184-192 1u6i d1u6ij1 J:152-171,180-184,184-192 1u6i d1u6id1 D:152-171,180-184,184-192 1u6i d1u6if1 F:152-171,180-184,184-192 1u6j d1u6jd1 D:152-171,180-184,184-192 1u6j d1u6jj1 J:152-171,180-184,184-192 1qv9 d1qv9b_ B:152-171,180-184,184-192 1u6k d1u6kb1 B:152-171,180-184,184-192 1u6k d1u6kc1 C:152-171,180-184,184-192 1qv9 d1qv9c_ C:152-171,180-184,184-192 1u6j d1u6jl1 L:14-26,114-120,133-152 1u6j d1u6jd1 D:14-26,114-120,133-152 1u6j d1u6jj1 J:14-26,114-120,133-152 1u6i d1u6if1 F:14-26,114-120,133-152 1u6i d1u6ii1 I:14-26,114-120,133-152 1u6i d1u6ic1 C:14-26,114-120,133-152 1u6j d1u6jk1 K:14-26,114-120,133-152 1u6j d1u6je1 E:14-26,114-120,133-152 1u6i d1u6il1 L:14-26,114-120,133-152 1u6j d1u6jh1 H:14-26,114-120,133-152 1u6j d1u6jb1 B:14-26,114-120,133-152 1u6i d1u6ig1 G:14-26,114-120,133-152 1u6i d1u6ia1 A:14-26,114-120,133-152 1u6i d1u6ie1 E:14-26,114-120,133-152 1u6i d1u6ik1 K:14-26,114-120,133-152 1u6i d1u6id1 D:14-26,114-120,133-152 1u6i d1u6ij1 J:14-26,114-120,133-152 1u6j d1u6jf1 F:14-26,114-120,133-152 1u6j d1u6jg1 G:14-26,114-120,133-152 1u6j d1u6ja1 A:14-26,114-120,133-152 1u6k d1u6kb1 B:14-26,114-120,133-152 1qv9 d1qv9b_ B:14-26,114-120,133-152 1u6j d1u6ji1 I:14-26,114-120,133-152 1u6k d1u6ka1 A:14-26,114-120,133-152 1qv9 d1qv9a_ A:14-26,114-120,133-152 1u6j d1u6jc1 C:14-26,114-120,133-152 1qv9 d1qv9c_ C:14-26,114-120,133-152 1u6k d1u6kc1 C:14-26,114-120,133-152 153. d.271.1 HSP90 C-terminal domain HSP90 C-terminal domain alpha-beta(3)-alpha(3); 2 layers, a/b; mixed beta-sheet, order:132; crossing loops 1sf8 d1sf8c_ C:509-520,566-571,585-606 1sf8 d1sf8h_ H:509-520,566-571,585-606 1sf8 d1sf8g_ G:510-520,565-571,585-606 1sf8 d1sf8f_ F:510-520,566-571,585-606 1sf8 d1sf8b_ B:510-520,566-571,585-606 1sf8 d1sf8a_ A:510-520,566-571,585-606 1sf8 d1sf8e_ E:510-520,566-571,585-606 1sf8 d1sf8d_ D:510-520,566-571,585-606 1sf8 d1sf8f_ F:510-520,566-571,574-584 1sf8 d1sf8a_ A:510-520,566-571,574-584 1sf8 d1sf8g_ G:510-520,524-529,574-584 1sf8 d1sf8e_ E:510-520,566-571,574-584 1sf8 d1sf8e_ E:510-520,524-529,574-584 1sf8 d1sf8a_ A:510-520,525-529,574-584 1sf8 d1sf8d_ D:510-520,524-529,574-583 1sf8 d1sf8f_ F:510-520,525-529,574-584 1sf8 d1sf8b_ B:510-520,525-529,574-583 1sf8 d1sf8h_ H:509-520,524-529,574-583 1sf8 d1sf8h_ H:509-520,524-529,585-606 154. c.23.10 SGNH hydrolase Flavodoxin-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345 1wab d1waba_ A:57-66,95-101,197-216 1es9 d1es9a_ A:57-66,95-101,197-216 1vyh d1vyhj1 J:56-67,96-102,198-221 1vyh d1vyhr1 R:56-67,96-102,198-221 1vyh d1vyhf1 F:56-67,96-102,198-221 1vyh d1vyhb1 B:56-67,96-102,198-221 1vyh d1vyhn1 N:56-67,96-102,198-221 1vyh d1vyha1 A:56-67,96-102,198-221 1bwp d1bwpa_ A:57-66,95-101,197-216 1vyh d1vyhq1 Q:56-67,96-102,198-221 1vyh d1vyhi1 I:56-67,96-102,198-221 1vyh d1vyhm1 M:56-67,96-102,198-221 1vyh d1vyhe1 E:56-67,96-102,198-221 1bwq d1bwqa_ A:57-66,95-101,197-216 1bwr d1bwra_ A:57-66,95-101,197-216 1esd d1esda_ A:40-53,97-102,285-305 1yzf d1yzfa1 A:21-36,40-47,171-187 1vyh d1vyhj1 J:56-67,67-73,198-221 1vyh d1vyhe1 E:56-67,67-73,198-221 1vyh d1vyhn1 N:56-67,67-73,198-221 2o14 d2o14a2 A:186-195,230-237,344-363 2apj d2apjd1 D:93-106,150-159,240-260 1u8u d1u8ua1 A:22-32,35-43,159-175 1ese d1esea_ A:40-53,97-103,285-305 1zmb d1zmbd1 D:55-69,151-157,209-227 1zmb d1zmbf1 F:55-69,151-157,209-227 1zmb d1zmbc1 C:55-69,151-157,209-227 1zmb d1zmbb1 B:55-69,151-157,209-227 1esc d1esca_ A:40-53,97-103,285-305 2apj d2apja1 A:93-107,150-159,240-260 2apj d2apjc1 C:93-107,150-159,240-260 2apj d2apjb1 B:93-107,150-159,240-260 3bzw d3bzwb1 B:67-77,76-85,263-282 3dc7 d3dc7a1 A:41-51,84-90,205-225 1zmb d1zmbe1 E:55-69,109-118,209-227 1zmb d1zmbf1 F:55-69,109-118,209-227 1zmb d1zmbb1 B:55-69,109-118,209-227 1zmb d1zmbd1 D:55-69,109-118,209-227 1zmb d1zmba1 A:55-69,109-118,209-227 1zmb d1zmbc1 C:55-69,109-118,209-227 3dc7 d3dc7b1 B:41-51,84-89,205-225 3dc7 d3dc7c1 C:41-51,84-89,205-225 3bzw d3bzwc1 C:67-77,76-86,263-282 3bzw d3bzwe1 E:67-77,76-86,263-282 1zmb d1zmba1 A:55-69,151-158,209-227 1zmb d1zmbe1 E:55-69,151-158,209-227 3bzw d3bzwf1 F:67-77,76-86,263-282 3bzw d3bzwd1 D:67-77,76-86,263-282 3bzw d3bzwa1 A:67-77,76-86,263-282 1flc d1flca2 A:73-81,108-114,357-370 1flc d1flcc2 C:73-81,108-114,357-370 1k7c d1k7ca_ A:22-31,63-70,197-216 1flc d1flce2 E:73-81,108-114,357-370 1pp4 d1pp4b_ B:22-31,63-70,197-216 1deo d1deoa_ A:22-31,63-70,197-216 1dex d1dexa_ A:22-31,63-70,197-216 1pp4 d1pp4a_ A:22-31,63-70,197-216 1jrl d1jrla_ A:22-31,64-69,159-175 1ivn d1ivna_ A:22-31,64-69,159-175 1v2g d1v2ga_ A:22-31,64-69,159-175 2o14 d2o14a2 A:186-195,269-277,344-363 155. c.51.2 TolB, N-terminal domain Anticodon-binding domain-like 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of five strands, order 21345; strand 4 is antiparallel to the rest 2ivz d2ivzb2 B:54-67,68-72,138-159 2hqs d2hqsd2 D:54-67,68-72,138-159 1c5k d1c5ka2 A:54-67,68-72,138-159 2hqs d2hqsf2 F:54-67,68-72,138-159 2ivz d2ivzc2 C:54-67,68-72,138-159 2ivz d2ivzd2 D:54-67,68-72,138-159 2hqs d2hqsb2 B:54-67,68-72,138-159 2ivz d2ivza2 A:54-67,68-72,138-159 2hqs d2hqsa2 A:54-67,68-72,138-159 1crz d1crza2 A:32-45,46-50,116-137 2hqs d2hqsf2 F:54-67,98-109,138-159 1crz d1crza2 A:32-45,76-87,116-137 2hqs d2hqsd2 D:54-67,98-109,138-159 2ivz d2ivzd2 D:54-67,98-109,138-159 2ivz d2ivzb2 B:54-67,98-109,138-159 2hqs d2hqsa2 A:54-67,98-109,138-159 2hqs d2hqsb2 B:54-67,98-109,138-159 1c5k d1c5ka2 A:54-67,98-109,138-159 2ivz d2ivzc2 C:54-67,98-109,138-159 2ivz d2ivza2 A:54-67,98-109,138-159 158. e.67.1 PH0156-like PH0156-like 2 (sub)domains; d1: [alpha/beta with central mixed beta-sheet, order: 23415876, similarity to the G protein but no P-loop]; d2: [all-alpha, 5 helices, provides dimerization interface] 2p62 d2p62a1 A:10-26,89-97,231-241 2p62 d2p62b1 B:10-26,90-98,231-241 2p62 d2p62a1 A:10-26,57-65,231-241 2p62 d2p62b1 B:10-26,57-65,231-241 159. c.125.1 Creatininase Creatininase 3 layers, a/b/a; core: parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 1j2t d1j2te_ E:43-61,112-119,234-258 1j2u d1j2ud_ D:43-61,112-120,234-258 1j2u d1j2uf_ F:43-61,112-119,234-258 1j2t d1j2td_ D:43-61,112-120,234-258 1j2t d1j2tf_ F:43-61,112-119,234-258 1v7z d1v7zc_ C:43-61,112-119,234-258 1v7z d1v7za_ A:43-61,112-119,234-258 1j2t d1j2tc_ C:43-61,112-119,234-258 1j2u d1j2ub_ B:43-61,112-120,234-258 1v7z d1v7zf_ F:43-61,112-119,234-258 1j2u d1j2uc_ C:43-61,112-119,234-258 1v7z d1v7zd_ D:43-61,112-119,234-258 1v7z d1v7zb_ B:43-61,112-120,234-258 1v7z d1v7ze_ E:43-61,112-120,234-258 1j2t d1j2tb_ B:43-61,112-120,234-258 1q3k d1q3kb_ B:43-61,112-119,234-258 1j2t d1j2ta_ A:43-61,112-120,234-258 1q3k d1q3kf_ F:41-61,112-119,234-258 1q3k d1q3ke_ E:42-61,112-119,234-258 1q3k d1q3kc_ C:42-61,112-120,234-258 1q3k d1q3kd_ D:41-61,112-119,234-258 1j2u d1j2ue_ E:42-61,112-120,234-258 1q3k d1q3ka_ A:42-61,112-120,234-258 1j2u d1j2ua_ A:42-61,112-120,234-258 1v7z d1v7zb_ B:43-61,146-152,234-258 1j2t d1j2te_ E:43-61,146-152,234-258 1j2t d1j2tb_ B:43-61,146-152,234-258 1j2t d1j2td_ D:43-61,146-152,234-258 1v7z d1v7za_ A:43-61,146-152,234-258 1j2u d1j2ub_ B:43-61,146-152,234-258 1q3k d1q3kb_ B:43-61,146-152,234-258 1v7z d1v7zd_ D:43-61,146-152,234-258 1v7z d1v7ze_ E:43-61,146-152,234-258 1j2t d1j2ta_ A:43-61,146-152,234-258 1j2u d1j2ud_ D:43-61,146-152,234-258 1v7z d1v7zc_ C:43-61,146-152,234-258 1v7z d1v7zf_ F:43-61,146-152,234-258 1j2t d1j2tf_ F:43-61,146-152,234-258 1j2t d1j2tc_ C:43-61,146-152,234-258 1j2u d1j2uf_ F:43-61,146-152,234-258 1j2u d1j2uc_ C:43-61,146-152,234-258 1q3k d1q3ke_ E:42-61,146-152,234-258 1q3k d1q3kc_ C:42-61,146-152,234-258 1q3k d1q3kd_ D:41-61,146-152,234-258 1q3k d1q3kf_ F:41-61,146-152,234-258 1q3k d1q3ka_ A:42-61,146-152,234-258 1j2u d1j2ua_ A:42-61,146-152,234-258 1j2u d1j2ue_ E:42-61,146-152,234-258 160. d.198.5 YgaC/TfoX-N like overall similar to the Type III secretory system chaperone subunits; different shape of the beta-sheet Secretion chaperone-like alpha-beta(3)-alpha-beta(2)-alpha; 2 layers: alpha/beta 2od0 d2od0b1 B:4-17,34-42,88-104 2g7j d2g7ja1 A:4-16,33-40,98-112 2od0 d2od0a1 A:4-17,34-42,88-105 161. c.126.1 DNA polymerase III psi subunit DNA polymerase III psi subunit 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 1em8 d1em8b_ B:51-62,98-106,114-129 1em8 d1em8d_ D:51-62,98-106,114-129 1em8 d1em8b_ B:51-62,83-91,114-129 1em8 d1em8d_ D:51-62,83-91,114-129 164. d.82.2 Frataxin/Nqo15-like N domain of copper amine oxidase-like alpha-beta(5)-alpha; 2 layers: alpha/beta; meander antiparallel sheet 2fug d2fugh1 H:3-28,64-73,111-127 2fug d2fug71 7:3-28,64-73,111-127 2fug d2fugq1 Q:3-28,64-73,111-127 2fug d2fugz1 Z:3-28,64-73,111-127 1soy d1soya_ A:1-25,46-54,86-100 2p1x d2p1xa1 A:1-24,46-56,86-100 2eff d2effa1 A:1-24,46-56,86-100 1ew4 d1ew4a_ A:2-24,46-56,86-100 2fql d2fqla1 A:75-96,116-124,157-172 1ekg d1ekga_ A:91-116,139-150,181-195 2ga5 d2ga5a1 A:18-45,65-72,106-123 1ew4 d1ew4a_ A:2-24,29-36,86-100 2eff d2effa1 A:1-24,29-36,86-100 2p1x d2p1xa1 A:1-24,29-36,86-100 1ly7 d1ly7a_ A:90-117,141-150,181-195 2fug d2fugz1 Z:3-28,29-35,111-127 2fug d2fugh1 H:3-28,29-35,111-127 2fug d2fugq1 Q:3-28,29-35,111-127 2fug d2fug71 7:3-28,29-35,111-127 2fug d2fugh1 H:3-28,91-98,111-127 2fug d2fugq1 Q:3-28,91-98,111-127 2fug d2fugz1 Z:3-28,91-98,111-127 2fug d2fug71 7:3-28,91-98,111-127 165. c.143.1 CofD-like CofD-like 3 layers: a/b/a, parallel beta-sheet of 7 strands, order 3214567; topological similarity to the CobT-like fold (scop_cf 52732) 2hzb d2hzbd1 D:12-26,179-186,302-312 2hzb d2hzbb1 B:12-26,179-186,302-312 2hzb d2hzba1 A:11-23,179-186,302-312 2hzb d2hzbd1 D:12-26,210-216,302-312 2hzb d2hzbc1 C:11-21,179-186,302-312 2hzb d2hzbb1 B:12-26,210-216,302-312 2hzb d2hzbd1 D:12-26,26-34,302-312 2hzb d2hzba1 A:11-23,210-216,302-312 2hzb d2hzbb1 B:12-26,26-34,302-312 2hzb d2hzbc1 C:11-21,210-216,302-312 2hzb d2hzba1 A:11-23,26-34,302-312 2hzb d2hzba1 A:11-23,26-34,187-198 2hzb d2hzbc1 C:11-21,26-34,187-198 2hzb d2hzbd1 D:12-26,291-296,302-312 2hzb d2hzbc1 C:11-21,291-296,302-312 166. d.148.1 Hect, E3 ligase catalytic domain Hect, E3 ligase catalytic domain consists of two alpha+beta domains; the N-terminal domain is array of helices and beta-hairpins; the C-terminal domain is an a/b sandwich with one left-handed beta-alpha(n)-beta unit; conformational flexibility of domain orientation 1nd7 d1nd7a_ A:839-852,891-899,901-917 1nd7 d1nd7a_ A:825-838,891-899,901-917 1d5f d1d5fb_ B:761-774,821-827,831-846 1c4z d1c4zb_ B:761-774,821-829,831-846 1d5f d1d5fa_ A:761-774,821-828,831-846 1d5f d1d5fc_ C:761-774,821-829,831-846 1c4z d1c4zc_ C:761-774,821-829,831-846 1c4z d1c4za_ A:761-774,821-829,831-846 1c4z d1c4za_ A:775-788,821-829,831-846 1d5f d1d5fb_ B:775-788,821-827,831-846 1d5f d1d5fa_ A:775-788,821-828,831-846 1c4z d1c4zc_ C:775-788,821-829,831-846 1c4z d1c4zb_ B:775-788,821-829,831-846 1d5f d1d5fc_ C:775-788,821-829,831-846 169. c.113.1 HemD-like HemD-like duplication: consists of two similar 'swapped' domain with 3 layers (a/b/a) each; parallel beta-sheet of 5 strands, order 21345 1wd7 d1wd7a_ A:18-30,185-190,244-261 1wd7 d1wd7b_ B:18-30,185-190,244-260 1jr2 d1jr2a_ A:17-27,191-196,247-260 1jr2 d1jr2b_ B:17-27,28-34,247-260 1jr2 d1jr2a_ A:17-27,28-35,247-260 1wd7 d1wd7a_ A:18-30,31-37,244-261 1wd7 d1wd7b_ B:18-30,31-37,244-260 173. c.42.1 Arginase/deacetylase Arginase/deacetylase 3 layers: a/b/a, parallel beta-sheet of 8 strands, order 21387456 3c0y d3c0yc1 C:544-559,834-840,844-861 3c0z d3c0zc1 C:544-559,834-840,844-861 1t69 d1t69a_ A:36-49,297-305,307-324 3c0y d3c0yb1 B:544-559,834-840,844-861 3c10 d3c10c1 C:544-559,834-840,844-861 1t67 d1t67a_ A:36-49,297-304,307-324 3c0y d3c0ya1 A:544-559,834-840,844-861 3c0z d3c0zb1 B:544-559,834-840,844-861 3c10 d3c10a1 A:544-559,834-840,844-861 1w22 d1w22a_ A:36-49,297-304,307-324 3c0z d3c0za1 A:544-559,834-840,844-861 3c10 d3c10b1 B:544-559,834-840,844-861 1vkg d1vkga_ A:36-49,297-304,307-324 1cev d1cevf_ F:31-40,90-98,280-295 2cev d2ceve_ E:31-40,90-97,280-295 1cev d1ceva_ A:31-40,90-98,280-295 2cev d2cevc_ C:31-40,90-97,280-295 1cev d1cevc_ C:31-40,90-98,280-295 1cev d1cevb_ B:31-40,90-97,280-295 2cev d2cevd_ D:31-40,90-97,280-295 1cev d1cevd_ D:31-40,90-98,280-295 2cev d2ceva_ A:31-40,90-98,280-295 2cev d2cevb_ B:31-40,90-97,280-295 1cev d1ceve_ E:31-40,90-98,280-295 2cev d2cevf_ F:31-40,90-97,280-295 5cev d5ceva_ A:31-40,90-98,280-295 5cev d5ceve_ E:31-40,90-98,280-295 3cev d3cevf_ F:31-40,90-97,280-295 5cev d5cevc_ C:31-40,90-98,280-295 5cev d5cevf_ F:31-40,90-98,280-295 3cev d3cevc_ C:31-40,90-97,280-295 5cev d5cevd_ D:31-40,90-98,280-295 3cev d3ceve_ E:31-40,90-97,280-295 4cev d4ceva_ A:31-40,90-97,280-295 4cev d4cevd_ D:31-40,90-97,280-295 3cev d3ceva_ A:31-40,90-97,280-295 4cev d4ceve_ E:31-40,90-97,280-295 4cev d4cevc_ C:31-40,90-97,280-295 3cev d3cevd_ D:31-40,90-98,280-295 1t64 d1t64b_ B:36-49,297-304,307-324 1t64 d1t64a_ A:36-49,297-304,307-324 5cev d5cevb_ B:31-40,90-98,280-295 4cev d4cevf_ F:31-40,90-97,280-295 3cev d3cevb_ B:31-40,90-97,280-295 4cev d4cevb_ B:31-40,90-97,280-295 2pha d2phab1 B:21-35,271-277,285-305 1wva d1wvaa1 A:21-35,271-277,285-305 1wvb d1wvba1 A:21-35,271-277,285-305 3dj8 d3dj8b1 B:21-35,271-277,285-305 3c0y d3c0yb1 B:544-559,658-663,844-861 2zav d2zavb1 B:21-35,271-277,285-305 2pha d2phaa1 A:21-35,271-277,285-305 1hqf d1hqfc_ C:21-35,271-277,285-305 1hqf d1hqfa_ A:21-35,271-277,285-305 1hqf d1hqfb_ B:21-35,271-277,285-305 2aeb d2aeba1 A:21-35,271-277,285-305 3dj8 d3dj8a1 A:21-35,271-277,285-305 2pll d2pllb1 B:21-35,271-277,285-305 2pho d2phob1 B:21-35,271-277,285-305 3c0y d3c0yc1 C:544-559,658-663,844-861 3c0z d3c0zb1 B:544-559,658-663,844-861 3c10 d3c10c1 C:544-559,658-663,844-861 1c3s d1c3sa_ A:26-39,121-126,298-315 1c3p d1c3pa_ A:26-39,121-126,298-315 3c0z d3c0zc1 C:544-559,658-663,844-861 2pll d2plla1 A:21-35,271-277,285-305 1pq3 d1pq3e_ E:53-62,111-119,304-324 1pq3 d1pq3b_ B:53-62,111-119,304-324 1wvb d1wvbb1 B:21-35,271-277,285-305 1cev d1cevd_ D:19-31,265-271,280-295 1cev d1cevf_ F:19-31,265-271,280-295 3c10 d3c10b1 B:544-559,658-663,844-861 1pq3 d1pq3d_ D:53-62,111-119,304-324 1pq3 d1pq3a_ A:53-62,111-119,304-324 1ta1 d1ta1b1 B:22-35,271-277,285-305 1cev d1cevb_ B:19-31,265-271,280-295 1wva d1wvab1 B:21-35,271-277,285-305 1cev d1ceve_ E:19-31,265-271,280-295 1cev d1ceva_ A:19-31,265-271,280-295 1cev d1cevc_ C:19-31,265-271,280-295 2pho d2phoa1 A:21-35,271-277,285-305 5rla d5rlab_ B:22-35,271-277,285-305 5rla d5rlaa_ A:22-35,271-277,285-305 1ta1 d1ta1c1 C:22-35,271-277,285-305 4rla d4rlac_ C:22-35,271-277,285-305 1pq3 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1t5f d1t5fb1 B:21-35,92-100,285-305 1p8s d1p8sa_ A:21-35,92-100,285-305 1t4p d1t4pb1 B:21-35,92-100,285-305 1t5f d1t5fa1 A:21-35,92-100,285-305 2rla d2rlaa_ A:21-35,92-99,285-305 2rla d2rlab_ B:21-35,92-99,285-305 2rla d2rlac_ C:21-35,92-99,285-305 1t4p d1t4pc1 C:21-35,92-100,285-305 1t5f d1t5fc1 C:21-35,92-100,285-305 1tbh d1tbhc1 C:21-35,92-100,285-305 1tbh d1tbhb1 B:21-35,92-100,285-305 1tbh d1tbha1 A:21-35,92-100,285-305 1d3v d1d3va_ A:21-35,92-100,285-305 3rla d3rlaa_ A:21-35,92-100,285-305 1t5g d1t5gb_ B:21-35,92-100,285-305 1t5g d1t5ga_ A:21-35,92-100,285-305 1t5g d1t5gc_ C:21-35,92-100,285-305 1p8q d1p8qc_ C:21-35,92-100,285-305 2pha d2phab1 B:35-44,44-51,285-305 1p8q d1p8qa_ A:21-35,92-100,285-305 1zpg d1zpgb1 B:21-35,92-100,285-305 1p8q d1p8qb_ B:21-35,92-100,285-305 1zpg d1zpgc1 C:21-35,92-100,285-305 1zpe d1zpeb1 B:21-35,92-100,285-305 1zpe d1zpec1 C:21-35,92-100,285-305 2a0m d2a0ma1 A:50-66,113-121,287-309 1hqh d1hqhc_ C:21-35,269-277,285-305 1hqh d1hqha_ A:21-35,269-277,285-305 1r1o d1r1oa_ A:21-35,92-100,285-305 1r1o d1r1ob_ B:21-35,92-100,285-305 1zpe d1zpea1 A:21-35,92-100,285-305 1r1o d1r1oc_ C:21-35,92-100,285-305 3c0z d3c0zb1 B:544-559,564-568,844-861 3c0y d3c0yb1 B:544-559,564-568,844-861 1r1o d1r1ob_ B:21-35,269-277,285-305 1xfk d1xfka_ A:63-79,119-126,309-333 3c10 d3c10b1 B:544-559,564-568,844-861 3c0y d3c0yc1 C:544-559,564-568,844-861 4cev d4ceva_ A:17-31,90-97,280-295 4cev d4cevd_ D:17-31,90-97,280-295 4cev d4cevf_ F:17-31,90-97,280-295 2cev d2cevd_ D:17-31,90-97,280-295 2cev d2cevf_ F:17-31,90-97,280-295 1p8q d1p8qa_ A:21-35,269-277,285-305 4cev d4ceve_ E:17-31,90-97,280-295 4cev d4cevc_ C:17-31,90-97,280-295 2cev d2ceve_ E:17-31,90-97,280-295 4cev d4cevb_ B:17-31,90-97,280-295 3cev d3cevf_ F:17-31,90-97,280-295 3cev d3ceva_ A:17-31,90-97,280-295 2cev d2cevc_ C:17-31,90-97,280-295 2cev d2cevb_ B:17-31,90-97,280-295 3cev d3ceve_ E:17-31,90-97,280-295 3cev d3cevb_ B:17-31,90-97,280-295 3cev d3cevc_ C:17-31,90-97,280-295 3cev d3cevd_ D:17-31,90-98,280-295 1wog d1wogf_ F:46-63,112-120,283-304 2cev d2ceva_ A:17-31,90-98,280-295 5cev d5cevd_ D:17-31,90-98,280-295 1woi d1woif_ F:46-63,112-120,283-304 5cev d5cevf_ F:17-31,90-98,280-295 5cev d5cevc_ C:17-31,90-98,280-295 5cev d5cevb_ B:17-31,90-98,280-295 5cev d5ceve_ E:17-31,90-98,280-295 1wog d1woga_ A:46-63,112-120,283-304 1wog d1woge_ E:46-63,112-120,283-304 5cev d5ceva_ A:17-31,90-98,280-295 1woh d1woha_ A:46-63,112-120,283-304 1woi d1woie_ E:46-63,112-120,283-304 1gq6 d1gq6b_ B:47-60,112-120,288-309 1woh d1wohf_ F:46-60,112-120,283-304 1woi d1woia_ A:46-63,112-120,283-304 1wog d1wogc_ C:46-63,112-120,283-304 1woi d1woid_ D:46-63,112-120,283-304 1gq6 d1gq6c_ C:47-60,112-120,288-309 1woi d1woic_ C:46-63,112-120,283-304 1gq6 d1gq6a_ A:47-60,112-120,288-309 1wog d1wogb_ B:46-63,112-120,283-304 1woh d1wohd_ D:46-60,112-120,283-304 1wog d1wogd_ D:46-60,112-120,283-304 1woh d1wohe_ E:46-60,112-120,283-304 1woh d1wohb_ B:46-60,112-120,283-304 1woi d1woib_ B:46-60,112-120,283-304 1woh d1wohc_ C:46-60,112-120,283-304 1gq7 d1gq7f_ F:48-60,271-279,288-309 1gq7 d1gq7d_ D:48-60,271-279,288-309 1gq7 d1gq7c_ C:48-60,271-279,288-309 1gq7 d1gq7e_ E:47-60,112-120,288-309 1gq7 d1gq7b_ B:47-60,112-120,288-309 1gq7 d1gq7a_ A:47-60,112-120,288-309 1woi d1woif_ F:46-63,265-274,283-304 1wog d1wogf_ F:46-63,265-274,283-304 1woh d1woha_ A:46-63,265-274,283-304 1woi d1woic_ C:46-63,265-274,283-304 1wog d1wogc_ C:46-63,265-274,283-304 1woi d1woid_ D:46-63,265-274,283-304 1wog d1wogb_ B:46-63,265-274,283-304 1woh d1wohf_ F:46-60,265-274,283-304 1woi d1woib_ B:46-60,265-274,283-304 1woh d1wohd_ D:46-60,265-274,283-304 1xfk d1xfka_ A:63-79,292-300,309-333 1wog d1wogd_ D:46-60,265-274,283-304 1woh d1wohc_ C:46-60,265-274,283-304 1woh d1wohb_ B:46-60,265-274,283-304 1woi d1woia_ A:46-63,264-274,283-304 1wog d1woga_ A:46-63,264-274,283-304 1woh d1wohe_ E:46-60,264-274,283-304 1wog d1woge_ E:46-63,264-274,283-304 1woi d1woie_ E:46-63,264-274,283-304 1gq6 d1gq6c_ C:47-60,271-279,288-309 1gq6 d1gq6a_ A:47-60,271-279,288-309 1gq6 d1gq6b_ B:47-60,271-279,288-309 1gq7 d1gq7e_ E:47-60,271-279,288-309 1gq7 d1gq7b_ B:47-60,271-279,288-309 1gq7 d1gq7a_ A:47-60,271-279,288-309 174. c.145.1 NadA-like NadA-like duplication; consists of three similar domains related by pseudo threefold symmetry; 3 layers, a/b/a; parallel beta sheet, order: 2134 1wzu d1wzua1 A:25-32,51-57,263-274 1wzu d1wzua1 A:58-70,104-110,113-120 1wzu d1wzua1 A:146-158,191-196,200-207 175. c.99.1 Dipeptide transport protein Dipeptide transport protein 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 321456; also contains a C-terminal alpha+beta subdomain 1hi9 d1hi9e_ E:25-50,96-102,186-205 1hi9 d1hi9b_ B:25-50,96-102,186-205 1hi9 d1hi9a_ A:25-50,96-102,186-205 1hi9 d1hi9c_ C:25-50,96-102,186-205 1hi9 d1hi9d_ D:25-50,96-102,186-205 1hi9 d1hi9b_ B:25-50,147-153,186-205 1hi9 d1hi9a_ A:25-50,147-153,186-205 1hi9 d1hi9e_ E:25-50,147-153,186-205 1hi9 d1hi9c_ C:25-50,147-153,186-205 1hi9 d1hi9d_ D:25-50,147-153,186-205 176. f.1.3 delta-Endotoxin (insectocide), N-terminal domain Toxins' membrane translocation domains multi-helical domains of various folds which is thought to unfold in the membrane 1ji6 d1ji6a3 A:259-277,303-310,321-329 1ciy d1ciya3 A:222-240,266-270,282-292 1dlc d1dlca3 A:258-288,302-309,320-328 179. d.58.16 PAP/Archaeal CCA-adding enzyme, C-terminal domain Ferredoxin-like alpha+beta sandwich with antiparallel beta-sheet; (beta-alpha-beta)x2 2drb d2drba3 A:263-275,276-285,423-434 1tfy d1tfyc3 C:263-275,276-285,423-434 2zha d2zhaa3 A:263-275,276-285,423-434 1tfy d1tfyd3 D:263-275,276-285,423-434 2zh6 d2zh6a3 A:263-275,276-285,423-434 2zh8 d2zh8a3 A:263-275,276-285,423-434 1tfw d1tfwc3 C:263-275,276-285,423-434 1r8a d1r8aa3 A:263-275,276-285,423-434 2zh7 d2zh7a3 A:263-275,276-285,423-434 2dra d2draa3 A:263-275,276-285,423-434 2zh4 d2zh4a3 A:263-275,276-285,423-434 2zhb d2zhba3 A:263-275,276-285,423-434 1r89 d1r89a3 A:263-275,276-285,423-434 1r8b d1r8ba3 A:263-275,276-285,423-434 1uet d1ueta3 A:263-275,276-285,423-434 2dr8 d2dr8a3 A:263-275,276-285,423-434 2dr9 d2dr9a3 A:263-275,276-285,423-434 2zh3 d2zh3a3 A:263-275,276-285,423-434 2zh5 d2zh5a3 A:263-275,276-285,423-434 2zh9 d2zh9a3 A:263-275,276-285,423-434 1uev d1ueva3 A:263-275,276-285,423-434 1ueu d1ueua3 A:263-275,276-285,423-434 2dr7 d2dr7a3 A:263-275,276-285,423-434 1tfy d1tfya3 A:263-275,276-285,423-434 1tfw d1tfwb3 B:263-275,276-285,423-434 2dr5 d2dr5a3 A:263-275,276-285,423-434 1r8c d1r8ca3 A:263-275,276-285,423-434 2dvi d2dvia3 A:263-275,276-285,423-434 1tfw d1tfwd3 D:263-275,276-285,423-434 1tfw d1tfwa3 A:263-275,276-285,423-434 1sz1 d1sz1b3 B:263-275,276-285,423-434 1sz1 d1sz1a3 A:263-275,276-285,423-434 1tfy d1tfyb3 B:263-275,276-285,425-434 2zh1 d2zh1a3 A:263-275,276-284,423-434 2zh2 d2zh2a3 A:263-275,276-284,423-434 181. c.30.1 PreATP-grasp domain precedes the ATP-grasp domain common to all superfamily members, can contain a substrate-binding function ! PreATP-grasp domain 3 layers: a/b/a; parallel or mixed beta-sheet of 4 to 6 strands ! possible rudiment form of Rossmann-fold domain 1glv d1glva1 A:19-32,81-87,300-316 1w96 d1w96a2 A:67-87,144-148,398-409 1w96 d1w96c2 C:67-87,144-148,398-409 1uc8 d1uc8a1 A:10-24,50-56,266-279 1jdb d1jdbk4 K:574-592,635-639,859-870 1kj9 d1kj9a2 A:21-35,77-82,298-309 1kjj d1kjjb2 B:21-35,77-82,298-309 1ez1 d1ez1b2 B:21-35,77-82,298-309 1ce8 d1ce8c4 C:575-593,636-640,860-871 1cs0 d1cs0g4 G:575-593,636-640,860-871 1eyz d1eyza2 A:21-35,77-82,298-309 1gsa d1gsaa1 A:19-32,81-87,300-314 1c30 d1c30g4 G:575-593,636-640,860-871 2glt d2glta1 A:19-32,81-87,300-316 1uc8 d1uc8b1 B:10-24,50-56,266-279 1cs0 d1cs0c4 C:575-593,636-640,860-871 1kj9 d1kj9b2 B:21-35,77-82,298-309 1c30 d1c30c4 C:575-593,636-640,860-871 1ce8 d1ce8a4 A:575-593,636-640,860-871 1cs0 d1cs0a4 A:575-593,636-640,860-871 1t36 d1t36a4 A:575-593,636-640,860-871 1kj8 d1kj8b2 B:21-35,77-82,298-309 1eyz d1eyzb2 B:21-35,77-82,298-309 1kji d1kjib2 B:21-35,77-82,298-309 1t36 d1t36g4 G:575-593,636-640,860-871 1t36 d1t36e4 E:575-593,636-640,860-871 1c3o d1c3og4 G:575-593,636-640,860-871 1uc9 d1uc9a1 A:10-24,50-56,266-279 1c3o d1c3oc4 C:575-593,636-640,860-871 1gsh d1gsha1 A:19-32,81-87,300-316 1a9x d1a9xg4 G:6575-6593,6636-6640,6860-6871 1ez1 d1ez1a2 A:21-35,77-82,298-309 1jdb d1jdbe4 E:574-592,635-639,859-870 1jdb d1jdbh4 H:574-592,635-639,859-870 1a9x d1a9xa4 A:575-593,636-640,860-871 1m6v d1m6va4 A:575-593,636-640,860-871 1t36 d1t36c4 C:575-593,636-640,860-871 1kji d1kjia2 A:21-35,77-82,298-309 1kjq d1kjqb2 B:21-35,77-82,298-309 1kee d1keeg4 G:575-593,636-640,860-871 2gpw d2gpwb2 B:10-25,76-81,307-318 1kj8 d1kj8a2 A:21-35,77-82,298-309 1kee d1keec4 C:575-593,636-640,860-871 1m6v d1m6vg4 G:575-593,636-640,860-871 1uc9 d1uc9b1 B:10-24,50-56,266-279 1c3o d1c3oa4 A:575-593,636-640,860-871 1a9x d1a9xc4 C:2575-2593,2636-2640,2860-2871 1ce8 d1ce8e4 E:575-593,636-640,860-871 1kjj d1kjja2 A:21-35,77-82,298-309 1m6v d1m6vc4 C:575-593,636-640,860-871 1jdb d1jdbb4 B:574-592,635-639,859-870 1c30 d1c30e4 E:575-593,636-640,860-871 1c3o d1c3oe4 E:575-593,636-640,860-871 2j9g d2j9gb2 B:10-25,76-81,307-318 1a9x d1a9xe4 E:4575-4593,4636-4640,4860-4871 1kee d1keea4 A:575-593,636-640,860-871 1m6v d1m6ve4 E:575-593,636-640,860-871 1c30 d1c30a4 A:575-593,636-640,860-871 1cs0 d1cs0e4 E:575-593,636-640,860-871 2gpw d2gpwd2 D:10-25,76-81,307-318 1kjq d1kjqa2 A:21-35,77-82,298-309 1bxr d1bxrc4 C:575-593,636-640,860-871 1kee d1keee4 E:575-593,636-640,860-871 2vr1 d2vr1a2 A:10-25,76-81,307-318 1c3o d1c3oa3 A:23-41,84-88,318-329 1ce8 d1ce8c3 C:23-41,84-88,318-329 2j9g d2j9ga2 A:10-25,76-81,307-318 1c30 d1c30a3 A:23-41,84-88,318-329 1ce8 d1ce8a3 A:23-41,84-88,318-329 1kee d1keec3 C:23-41,84-88,318-329 1ce8 d1ce8g4 G:575-593,636-640,860-871 1bxr d1bxre4 E:575-593,636-640,860-871 1c3o d1c3oe3 E:23-41,84-88,318-329 1bxr d1bxrc3 C:23-41,84-88,318-329 1cs0 d1cs0c3 C:23-41,84-88,318-329 1bxr d1bxrg4 G:575-593,636-640,860-871 1bnc d1bncb2 B:10-25,76-81,307-318 1kee d1keea3 A:23-41,84-88,318-329 1c30 d1c30c3 C:23-41,84-88,318-329 1kee d1keee3 E:23-41,84-88,318-329 2gps d2gpsb2 B:10-25,76-80,307-318 1ce8 d1ce8e3 E:23-41,84-88,318-329 1t36 d1t36a3 A:23-41,84-88,318-329 1cs0 d1cs0a3 A:22-41,84-88,318-329 1dv1 d1dv1b2 B:10-25,76-81,307-318 1a9x d1a9xc3 C:2023-2041,2084-2088,2318-2329 1dv2 d1dv2b2 B:10-25,76-81,307-318 1ce8 d1ce8g3 G:23-41,42-49,318-329 1m6v d1m6vc3 C:22-41,84-88,318-329 1cs0 d1cs0e3 E:23-41,84-88,318-329 1m6v d1m6ve3 E:23-41,84-88,318-329 1ce8 d1ce8a3 A:23-41,42-49,318-329 1m6v d1m6va3 A:22-41,84-88,318-329 1ce8 d1ce8g3 G:23-41,84-88,318-329 1t36 d1t36c3 C:23-41,84-88,318-329 2vr1 d2vr1b2 B:10-25,76-81,307-318 1t36 d1t36e3 E:23-41,84-88,318-329 1ce8 d1ce8e3 E:23-41,42-49,318-329 1c30 d1c30e3 E:23-41,84-88,318-329 1a9x d1a9xg3 G:6023-6041,6084-6088,6318-6329 1c30 d1c30e3 E:23-41,42-49,318-329 1c3o d1c3oc3 C:22-41,84-88,318-329 1cs0 d1cs0e3 E:23-41,42-49,318-329 1jdb d1jdbb3 B:21-40,83-87,317-328 1a9x d1a9xc3 C:2023-2041,2042-2049,2318-2329 1a9x d1a9xa3 A:22-41,84-88,318-329 1c3o d1c3oa3 A:23-41,42-49,318-329 1ulz d1ulza2 A:10-25,75-79,306-317 1t36 d1t36c3 C:23-41,42-49,318-329 1kee d1keee3 E:23-41,42-49,318-329 1jdb d1jdbe3 E:22-40,83-87,317-328 1jdb d1jdbh3 H:22-40,41-48,317-328 1a9x d1a9xe3 E:4023-4041,4042-4049,4318-4329 1bxr d1bxre3 E:23-41,84-88,318-329 1c3o d1c3oe3 E:23-41,42-49,318-329 2gpw d2gpwa2 A:10-25,76-80,307-318 1dv1 d1dv1a2 A:10-25,76-81,307-318 1a9x d1a9xe3 E:4023-4041,4084-4088,4318-4329 1c30 d1c30c3 C:23-41,42-49,318-329 1ce8 d1ce8c3 C:23-41,42-49,318-329 1kee d1keea3 A:23-41,42-49,318-329 1bxr d1bxra3 A:22-41,84-88,318-329 1jdb d1jdbk3 K:22-40,41-48,317-328 1kee d1keeg3 G:23-41,42-49,318-329 1bxr d1bxra4 A:574-593,636-640,860-871 1kee d1keeg3 G:23-41,84-88,318-329 1t36 d1t36e3 E:23-41,42-49,318-329 1c3o d1c3og3 G:23-41,84-88,318-329 1cs0 d1cs0a3 A:22-41,42-49,318-329 1cs0 d1cs0g3 G:23-41,42-49,318-329 1c30 d1c30a3 A:23-41,42-49,318-329 1cs0 d1cs0c3 C:23-41,42-49,318-329 1c3o d1c3og3 G:23-41,42-49,318-329 1t36 d1t36a3 A:23-41,42-49,318-329 1cs0 d1cs0g3 G:23-41,84-88,318-329 1jdb d1jdbk3 K:22-40,83-87,317-328 1kee d1keec3 C:23-41,42-49,318-329 1bnc d1bnca2 A:10-25,76-81,307-318 1m6v d1m6ve3 E:23-41,42-49,318-329 1c30 d1c30g3 G:23-41,42-49,318-329 2gpw d2gpwc2 C:10-25,76-80,307-318 1jdb d1jdbh3 H:22-40,83-87,317-328 1bxr d1bxre3 E:23-41,42-49,318-329 2gps d2gpsa2 A:10-25,76-81,307-318 1uc8 d1uc8a1 A:10-24,26-31,266-279 1a9x d1a9xg3 G:6023-6041,6042-6049,6318-6329 1c30 d1c30g3 G:23-41,84-88,318-329 1b6r d1b6ra2 A:10-24,24-31,257-268 1m6v d1m6vc3 C:22-41,42-49,318-329 1t36 d1t36g3 G:22-41,84-88,318-329 1a9x d1a9xa3 A:22-41,42-49,318-329 3eth d3etha2 A:10-24,24-31,257-268 1c3o d1c3oc3 C:22-41,42-49,318-329 1jdb d1jdbb3 B:21-40,41-48,317-328 1bxr d1bxrc3 C:23-41,42-49,318-329 1dv2 d1dv2a2 A:10-25,76-80,307-318 1m6v d1m6vg3 G:22-41,84-88,318-329 1bxr d1bxrg3 G:22-41,84-88,318-329 1uc8 d1uc8b1 B:10-24,26-31,266-279 1uc9 d1uc9a1 A:10-24,26-31,266-279 1bxr d1bxra3 A:22-41,42-49,318-329 3eth d3ethb2 B:10-24,44-49,257-268 1b6s d1b6sc2 C:10-24,44-49,257-268 1b6s d1b6sa2 A:10-24,44-49,257-268 1bxr d1bxrg3 G:22-41,42-49,318-329 3eth d3etha2 A:10-24,44-49,257-268 1b6s d1b6sb2 B:10-24,44-49,257-268 1uc9 d1uc9b1 B:10-24,26-31,266-279 1b6s d1b6sd2 D:10-24,44-49,257-268 1b6r d1b6ra2 A:10-24,44-49,257-268 3etj d3etjb2 B:10-24,44-49,257-268 3etj d3etja2 A:10-24,44-49,257-268 1b6s d1b6sa2 A:10-24,25-31,257-268 1b6s d1b6sd2 D:10-24,25-31,257-268 2r7n d2r7na1 A:28-40,86-90,338-354 1b6s d1b6sc2 C:10-24,25-31,257-268 1b6s d1b6sb2 B:10-24,25-31,257-268 2r7m d2r7ma1 A:28-40,86-90,338-354 2r7l d2r7la1 A:28-40,86-90,338-354 2r7k d2r7ka1 A:28-40,86-90,338-354 3etj d3etja2 A:10-24,25-31,257-268 3eth d3ethb2 B:10-24,25-31,257-268 3etj d3etjb2 B:10-24,25-31,257-268 2r85 d2r85a1 A:12-24,63-67,311-327 2r87 d2r87e1 E:12-24,63-67,311-327 2r84 d2r84a1 A:12-24,63-67,311-327 2r84 d2r84b1 B:12-24,63-67,311-327 2r85 d2r85b1 B:12-24,63-67,311-327 2r87 d2r87d1 D:12-24,63-67,311-327 2r87 d2r87c1 C:12-24,63-67,311-327 2r87 d2r87f1 F:12-24,63-67,311-327 2r87 d2r87b1 B:12-24,63-67,311-327 2r86 d2r86a1 A:12-24,63-67,311-327 2r87 d2r87a1 A:12-24,63-67,311-327 2r86 d2r86b1 B:12-24,63-67,311-327 1ez1 d1ez1b2 B:21-35,36-43,298-309 1ez1 d1ez1a2 A:21-35,36-43,298-309 1kjq d1kjqb2 B:21-35,36-43,298-309 1kjq d1kjqa2 A:21-35,36-43,298-309 1kj8 d1kj8a2 A:21-35,36-43,298-309 1bxr d1bxra4 A:574-593,594-601,643-651 1ce8 d1ce8e4 E:575-593,594-601,643-651 1ce8 d1ce8g4 G:575-593,594-601,643-651 1c3o d1c3oc4 C:575-593,594-601,643-651 1t36 d1t36e4 E:575-593,594-601,643-651 1ce8 d1ce8c4 C:575-593,594-601,643-651 1cs0 d1cs0e4 E:575-593,594-601,643-651 1cs0 d1cs0g4 G:575-593,594-601,643-651 1t36 d1t36c4 C:575-593,594-601,643-651 1cs0 d1cs0c4 C:575-593,594-601,643-651 1m6v d1m6vc4 C:575-593,594-601,643-651 1kee d1keec4 C:575-593,594-601,643-651 1ce8 d1ce8a4 A:575-593,594-601,643-651 1c3o d1c3oa4 A:575-593,594-601,643-651 1m6v d1m6vg4 G:575-593,594-601,643-651 1c3o d1c3oe4 E:575-593,594-601,643-651 1t36 d1t36a4 A:575-593,594-601,643-651 1kee d1keeg4 G:575-593,594-601,643-651 1cs0 d1cs0a4 A:575-593,594-601,643-651 1jdb d1jdbh4 H:574-592,593-600,642-650 1jdb d1jdbb4 B:574-592,593-600,642-650 1c3o d1c3og4 G:575-593,594-601,643-651 1m6v d1m6ve4 E:575-593,594-601,643-651 1c30 d1c30c4 C:575-593,594-601,643-651 1jdb d1jdbk4 K:574-592,593-600,642-650 1a9x d1a9xc4 C:2575-2593,2594-2601,2643-2651 1jdb d1jdbe4 E:574-592,593-600,642-650 1c30 d1c30g4 G:575-593,594-601,643-651 1a9x d1a9xg4 G:6575-6593,6594-6601,6643-6651 1kee d1keea4 A:575-593,594-601,643-651 1c30 d1c30a4 A:575-593,594-601,643-651 1t36 d1t36g4 G:575-593,594-601,643-651 1c30 d1c30e4 E:575-593,594-601,643-651 1m6v d1m6va4 A:575-593,594-601,643-651 1a9x d1a9xe4 E:4575-4593,4594-4601,4643-4651 1a9x d1a9xa4 A:575-593,594-601,643-651 1kee d1keee4 E:575-593,594-601,643-651 1bxr d1bxre4 E:575-593,594-601,643-651 2r85 d2r85a1 A:12-24,26-31,311-327 2r84 d2r84a1 A:12-24,26-31,311-327 1bxr d1bxrg4 G:575-593,594-601,643-651 2r85 d2r85b1 B:12-24,26-31,311-327 2r86 d2r86a1 A:12-24,26-31,311-327 1bxr d1bxrc4 C:575-593,594-601,643-651 2r87 d2r87e1 E:12-24,26-31,311-327 2r86 d2r86b1 B:12-24,26-31,311-327 2r87 d2r87c1 C:12-24,26-31,311-327 2r87 d2r87a1 A:12-24,26-31,311-327 2r87 d2r87f1 F:12-24,26-31,311-327 2r84 d2r84b1 B:12-24,26-31,311-327 2r87 d2r87d1 D:12-24,26-31,311-327 2r87 d2r87b1 B:12-24,26-31,311-327 2r7l d2r7la1 A:28-40,42-48,338-354 2r7n d2r7na1 A:28-40,42-48,338-354 2r7m d2r7ma1 A:28-40,42-48,338-354 2r7k d2r7ka1 A:28-40,42-48,338-354 2pbz d2pbzc1 C:12-24,26-32,289-305 2pbz d2pbza1 A:12-24,26-32,289-305 2pbz d2pbzb1 B:12-24,26-32,289-305 182. c.64.1 Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 6 strands, order 231456; strand 3 is antiparallel to the rest 2c3o d2c3ob4 B:429-445,485-490,558-572 2uza d2uzaa4 A:429-445,485-490,558-572 2c3m d2c3ma4 A:429-445,485-490,558-572 2c3y d2c3ya4 A:429-445,485-490,558-572 2uza d2uzab4 B:429-445,485-490,558-572 2c3u d2c3ua4 A:429-445,485-490,558-572 1b0p d1b0pa4 A:429-446,485-490,558-572 1b0p d1b0pb4 B:429-446,485-490,558-572 1kek d1keka4 A:429-446,485-490,558-572 2c3y d2c3yb4 B:429-446,485-490,558-572 2c42 d2c42a4 A:429-446,485-490,558-572 2c3p d2c3pa4 A:429-446,485-490,558-572 2c3u d2c3ub4 B:429-446,485-490,558-572 2pda d2pdaa4 A:429-446,485-490,558-572 2pda d2pdab4 B:429-446,485-490,558-572 2c3p d2c3pb4 B:429-446,485-490,558-572 2c3m d2c3mb4 B:429-446,485-490,558-572 1kek d1kekb4 B:429-446,485-490,558-572 2c42 d2c42b4 B:429-446,485-490,558-572 2c3o d2c3oa4 A:429-446,485-492,558-572 183. c.1.10 Aldolase Common fold covers whole protein structure ! TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1gyn d1gyna_ A:38-53,55-61,329-353 1b57 d1b57b_ B:38-53,55-61,329-353 1b57 d1b57a_ A:38-53,55-61,329-353 1dos d1dosb_ B:38-53,55-61,329-353 1dos d1dosa_ A:38-53,55-61,329-353 2b7o d2b7ob1 B:95-118,406-413,445-462 2b7o d2b7oa1 A:95-118,406-412,445-462 1rv8 d1rv8d_ D:26-41,43-49,276-300 1rv8 d1rv8b_ B:26-41,43-49,276-300 1rvg d1rvgc_ C:26-41,43-49,276-300 1rvg d1rvgd_ D:26-41,43-49,276-300 1rvg d1rvgb_ B:26-41,43-49,276-300 1rvg d1rvga_ A:26-41,43-49,276-300 1rv8 d1rv8a_ A:26-41,43-49,276-300 1rv8 d1rv8c_ C:26-41,43-49,276-300 1zen d1zena_ A:38-53,55-61,329-354 1f05 d1f05a_ A:13-22,21-28,240-248 1f05 d1f05b_ B:13-22,21-28,240-248 1onr d1onrb_ B:3-12,11-18,229-237 1onr d1onra_ A:3-12,11-18,229-237 1i2r d1i2rb_ B:3-12,11-18,229-237 1i2r d1i2ra_ A:3-12,11-18,229-237 2e1d d2e1da1 A:13-22,21-28,240-248 2e1d d2e1db1 B:13-22,21-28,240-248 2cwn d2cwna1 A:13-22,21-28,240-248 1i2n d1i2nb_ B:3-12,11-18,229-237 1i2n d1i2na_ A:3-12,11-18,229-237 1i2o d1i2oa_ A:3-12,11-18,229-237 1i2o d1i2ob_ B:3-12,11-18,229-237 1ucw d1ucwb_ B:3-12,11-18,229-237 1ucw d1ucwa_ A:3-12,11-18,229-237 1i2q d1i2qa_ A:3-12,11-18,229-237 1i2q d1i2qb_ B:3-12,11-18,229-237 1i2p d1i2pb_ B:3-12,11-18,229-237 1i2p d1i2pa_ A:3-12,11-18,229-237 2cwn d2cwnb1 B:13-22,21-28,240-248 1i8j d1i8jb_ B:57-71,73-80,311-320 1l6s d1l6sb_ B:57-71,73-80,311-320 1l6s d1l6sa_ A:57-71,73-80,311-320 1gg1 d1gg1c_ C:65-84,86-93,330-349 1i8j d1i8ja_ A:57-71,73-80,311-320 1rvg d1rvgc_ C:26-41,248-253,276-300 1gg1 d1gg1a_ A:65-84,86-93,330-349 1rvg d1rvgb_ B:26-41,248-253,276-300 1rv8 d1rv8c_ C:26-41,248-253,276-300 1l6y d1l6yb_ B:57-71,73-81,311-320 1rv8 d1rv8a_ A:26-41,248-253,276-300 1qr7 d1qr7b_ B:65-84,86-93,330-350 1gg1 d1gg1b_ B:65-84,86-93,330-350 1l6y d1l6ya_ A:57-71,73-80,311-320 1qr7 d1qr7c_ C:65-84,86-93,330-350 1qr7 d1qr7a_ A:65-84,86-93,330-350 1n8f d1n8fc_ C:65-84,86-93,330-350 1qr7 d1qr7d_ D:65-84,86-93,330-350 1n8f d1n8fb_ B:65-84,86-93,330-350 1kfl d1kflh_ H:65-84,86-93,330-350 1kfl d1kflb_ B:65-84,86-93,330-350 1wx0 d1wx0d1 D:9-20,189-194,194-203 1kfl d1kflg_ G:65-84,86-93,330-350 1kfl d1kfld_ D:65-84,86-93,330-350 1n8f d1n8fa_ A:65-84,86-93,330-350 1kfl d1kflf_ F:65-84,86-94,330-350 1n8f d1n8fd_ D:65-84,86-93,330-350 1gg1 d1gg1d_ D:65-84,86-93,330-350 1wx0 d1wx0g1 G:9-20,189-194,194-203 1wx0 d1wx0b1 B:9-20,189-194,194-203 1wx0 d1wx0h1 H:9-20,189-194,194-203 1wx0 d1wx0j1 J:9-20,189-194,194-203 2a21 d2a21a1 A:1015-1034,1217-1225,1239-1258 1wx0 d1wx0f1 F:9-20,189-194,194-203 1gvf d1gvfb_ B:27-42,45-50,255-279 1wx0 d1wx0e1 E:9-20,189-194,194-203 1wx0 d1wx0c1 C:9-20,189-194,194-203 1wx0 d1wx0i1 I:9-20,189-194,194-203 1vpx d1vpxe_ E:9-20,180-185,185-194 1gvf d1gvfa_ A:27-42,45-50,255-279 1vpx d1vpxj_ J:9-20,180-185,185-194 1vpx d1vpxb_ B:9-20,180-185,185-194 1wx0 d1wx0a1 A:9-20,189-194,194-203 1vpx d1vpxn_ 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A:30-49,234-242,256-278 1og0 d1og0h_ H:44-64,101-108,133-152 1g7u d1g7ua_ A:30-49,234-240,256-278 1h7o d1h7oa_ A:68-82,84-92,329-341 1of6 d1of6h_ H:44-64,101-108,133-152 1kfl d1kflb_ B:29-49,86-93,118-137 1og0 d1og0a_ A:44-64,101-109,133-152 1og0 d1og0f_ F:44-64,101-108,133-152 1og0 d1og0d_ D:44-64,101-108,133-152 1kfl d1kfle_ E:29-49,86-94,118-137 1kfl d1kfld_ D:29-49,86-93,118-137 2a4a d2a4ab1 B:27-40,46-51,246-258 1kfl d1kflh_ H:29-49,86-93,118-137 1kfl d1kflc_ C:29-49,86-94,118-137 1o60 d1o60d_ D:30-49,234-242,256-278 2a4a d2a4aa1 A:27-40,46-51,246-258 1gg1 d1gg1b_ B:29-49,86-93,118-137 1qr7 d1qr7c_ C:29-49,86-93,118-137 1rzm d1rzmb_ B:106-121,293-300,315-334 1rzm d1rzma_ A:106-121,293-300,315-334 1kfl d1kflf_ F:29-49,86-94,118-137 1q3n d1q3na_ A:30-49,234-241,256-277 1e51 d1e51a_ A:58-72,74-82,318-328 2cwn d2cwnb1 B:30-38,249-256,256-267 1n8f d1n8fc_ C:29-49,86-93,118-137 1n8f d1n8fd_ D:29-49,86-93,118-137 2e1d d2e1db1 B:30-38,249-256,256-267 1vr6 d1vr6a1 A:106-121,293-300,315-334 1gg1 d1gg1a_ A:29-49,86-93,118-137 1h7p d1h7pa_ A:68-82,84-92,329-340 1qr7 d1qr7a_ A:29-49,86-93,118-137 1kfl d1kfla_ A:29-49,86-94,118-137 1gg1 d1gg1d_ D:29-49,86-93,118-137 1qr7 d1qr7d_ D:29-49,86-93,118-137 1gg1 d1gg1c_ C:29-49,86-93,118-137 1qr7 d1qr7b_ B:29-49,86-93,118-137 2cwn d2cwna1 A:30-38,249-256,256-267 1n8f d1n8fb_ B:29-49,86-93,118-137 1b4k d1b4kb_ B:64-79,81-88,324-335 1vr6 d1vr6d1 D:106-121,293-300,315-334 1n8f d1n8fa_ A:29-49,86-93,118-137 1vr6 d1vr6c1 C:106-121,293-300,315-334 1phq d1phqa_ A:30-49,234-239,256-277 1e51 d1e51b_ B:58-72,74-82,318-328 1ohl d1ohla_ A:68-82,84-92,329-340 1eb3 d1eb3a_ A:68-82,84-92,329-340 1jcl d1jcla_ A:25-38,44-48,237-249 1vr6 d1vr6b1 B:106-121,293-300,315-334 1fxq d1fxqb_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1fwt d1fwtb_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1gjp d1gjpa_ A:68-82,84-92,329-340 1aw5 d1aw5a_ A:68-82,84-92,329-340 1jcy d1jcyb_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1pl9 d1pl9a_ A:30-49,234-241,256-277 1fww d1fwwb_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1jcj d1jcja_ A:25-38,44-48,237-249 1h7n d1h7na_ A:68-82,84-92,329-340 1pcw d1pcwb_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1jcj d1jcjb_ B:25-38,44-48,237-249 1fws d1fwsb_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1fxq d1fxqa_ A:1015-1034,1036-1044,1239-1258 1pe1 d1pe1b_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1jcl d1jclb_ B:25-38,44-48,237-249 1w31 d1w31a1 A:68-82,84-92,329-340 1qnv d1qnva_ A:68-82,84-92,329-340 1fwt d1fwta_ A:1015-1034,1036-1044,1239-1258 1fwn d1fwnb_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1p1x d1p1xa_ A:25-38,44-48,237-249 1fwn d1fwna_ A:1015-1034,1036-1044,1239-1258 1jcy d1jcya_ A:1015-1034,1036-1044,1239-1258 1fww d1fwwa_ A:1015-1034,1036-1044,1239-1258 1pck d1pckb_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1ktn d1ktna_ A:25-38,44-48,237-249 1lrq d1lrqb_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1ktn d1ktnb_ B:25-38,44-48,237-249 1jcx d1jcxb_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1lrn d1lrna_ A:1015-1034,1036-1044,1239-1258 2a2i d2a2ia1 A:1015-1034,1036-1044,1239-1258 1lrn d1lrnb_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1lro d1lrob_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1fx6 d1fx6b_ B:2015-2034,2036-2044,2239-2258 1pv8 d1pv8a_ A:57-72,74-82,318-330 1p1x d1p1xb_ B:1025-1038,1044-1048,1237-1249 1fx6 d1fx6a_ A:1015-1034,1036-1044,1239-1258 1b4k d1b4ka_ A:64-79,82-88,324-335 1gzg d1gzga_ A:64-79,82-88,324-335 2e1d d2e1db1 B:171-182,184-190,301-331 2a21 d2a21b1 B:2015-2034,2035-2044,2239-2258 1l6w d1l6wc_ C:9-17,182-187,187-197 1i2p d1i2pb_ B:160-171,173-179,288-317 1l6w d1l6wg_ G:9-17,182-187,187-197 1l6w d1l6wf_ F:9-17,182-187,187-197 1i2p d1i2pa_ A:160-171,173-179,288-317 1l6w d1l6wb_ B:9-17,182-187,187-197 1l6w d1l6we_ E:9-17,182-187,187-197 1l6w d1l6wa_ A:9-17,182-187,187-197 1l6w d1l6wh_ H:9-17,182-187,187-197 1l6w d1l6wi_ I:9-17,182-187,187-197 1l6w d1l6wj_ J:9-17,182-187,187-197 1fy6 d1fy6b_ B:2015-2034,2035-2044,2239-2258 2a2i d2a2ib1 B:2015-2034,2035-2044,2239-2258 1l6w d1l6wd_ D:9-17,182-187,187-197 1fxp d1fxpb_ B:2015-2034,2035-2044,2239-2258 1fy6 d1fy6a_ A:1015-1034,1035-1044,1239-1258 2a21 d2a21a1 A:1015-1034,1035-1044,1239-1258 1fws d1fwsa_ A:1015-1034,1035-1044,1239-1258 1fxp d1fxpa_ A:1015-1034,1035-1044,1239-1258 1lro d1lroa_ A:1015-1034,1035-1044,1239-1258 1vli d1vlia2 A:30-45,230-238,253-274 1pck d1pcka_ A:1015-1034,1035-1044,1239-1258 1lrq d1lrqa_ A:1015-1034,1035-1044,1239-1258 1jcx d1jcxa_ A:1015-1034,1035-1044,1239-1258 1pcw d1pcwa_ A:1015-1034,1035-1044,1239-1258 1jcl d1jcla_ A:25-38,232-238,237-249 1pe1 d1pe1a_ A:1015-1034,1035-1044,1239-1258 1jcj d1jcja_ A:25-38,232-238,237-249 2a4a d2a4ab1 B:27-40,242-247,246-258 2e1d d2e1da1 A:171-182,184-190,301-332 1to3 d1to3a_ A:41-60,247-252,264-291 1jcl d1jclb_ B:25-38,232-238,237-249 1jcj d1jcjb_ B:25-38,232-238,237-249 1i2o d1i2oa_ A:160-171,173-178,288-317 1i2o d1i2ob_ B:160-171,173-178,288-317 1ok6 d1ok6f_ F:3-14,107-116,119-138 1ok6 d1ok6b_ B:3-14,107-116,119-138 1ok6 d1ok6d_ D:3-14,107-116,119-138 1ok6 d1ok6i_ I:3-14,107-116,119-138 1ok6 d1ok6j_ J:3-14,107-116,119-138 1ok6 d1ok6h_ H:3-14,107-116,119-138 1ok6 d1ok6g_ G:3-14,107-116,119-138 2a4a d2a4aa1 A:27-40,241-247,246-258 1mzh d1mzhb_ B:1118-1133,1135-1140,1305-1321 1h7r d1h7ra_ A:68-82,84-92,329-341 1qml d1qmla_ A:68-82,84-92,329-341 1f2j d1f2ja_ A:21-34,81-88,139-151 184. f.33.1 Calcium ATPase, transmembrane domain M Calcium ATPase, transmembrane domain M core: multihelical; consists of three transmembrane regions of 2, 2 and 6 helices, separated by cytoplasmic domains 1wpg d1wpgc4 C:308-330,330-334,335-345 1wpg d1wpgb4 B:308-330,330-334,335-345 2zbg d2zbga4 A:308-330,330-334,335-345 1iwo d1iwoa4 A:308-330,330-334,335-345 1iwo d1iwob4 B:308-330,330-334,335-345 1xp5 d1xp5a4 A:308-330,330-334,335-345 3b9r d3b9rb4 B:308-330,330-334,335-345 3b9r d3b9ra4 A:308-330,330-334,335-345 2zbf d2zbfa4 A:308-330,330-334,335-345 1wpg d1wpga4 A:308-330,330-334,335-345 1wpg d1wpgd4 D:308-330,330-334,335-345 3b9b d3b9ba4 A:308-330,330-334,335-345 2zbe d2zbeb4 B:308-330,330-334,335-345 2zbe d2zbea4 A:308-330,330-334,335-345 1t5t d1t5ta4 A:308-330,330-334,335-345 2zbd d2zbda4 A:308-330,330-334,335-345 1t5s d1t5sa4 A:308-330,330-334,335-345 1vfp d1vfpa4 A:308-330,330-334,335-345 1vfp d1vfpb4 B:308-330,330-334,335-345 187. d.261.1 Hypothetical protein PH1602 Hypothetical protein PH1602 complex alpha+beta fold; contains a region of similarity to the ferredoxin-like fold 1uc2 d1uc2a_ A:420-432,433-438,439-447 1uc2 d1uc2b_ B:420-432,433-438,439-447 190. d.198.1 Type III secretory system chaperone-like Secretion chaperone-like alpha-beta(3)-alpha-beta(2)-alpha; 2 layers: alpha/beta 2plg d2plgb1 B:23-36,58-66,127-154 2plg d2plga1 A:23-36,58-66,127-154 1l2w d1l2wc_ C:3-16,33-42,99-118 1l2w d1l2we_ E:3-16,33-42,99-118 1l2w d1l2wb_ B:3-16,33-42,99-118 1n5b d1n5bd_ D:3-16,33-42,99-118 1l2w d1l2wh_ H:3-16,33-42,99-118 1k6z d1k6zb_ B:2003-2016,2033-2042,2099-2117 1n5b d1n5bc_ C:3-16,33-42,99-118 1n5b d1n5ba_ A:3-16,33-42,99-119 1jya d1jyaa_ A:3-16,33-42,99-118 1n5b d1n5bb_ B:3-16,33-42,99-119 1k6z d1k6za_ A:1003-1016,1033-1042,1099-1118 1xkp d1xkpb1 B:2-16,34-43,102-122 1s28 d1s28d_ D:1-19,40-48,107-130 1s28 d1s28b_ B:1-19,40-48,107-130 1s28 d1s28c_ C:1-19,40-48,107-130 1s28 d1s28a_ A:1-19,40-48,107-130 1xkp d1xkpc1 C:2-13,31-40,103-126 1ttw d1ttwa_ A:3-16,35-44,101-120 2fm8 d2fm8a1 A:5-18,41-49,111-134 1k3s d1k3sa_ A:3-13,28-37,90-113 1jya d1jyab_ B:3-16,33-42,99-122 1ry9 d1ry9a_ A:2-18,41-49,111-133 1ry9 d1ry9b_ B:2-18,41-49,111-133 1ry9 d1ry9c_ C:2-18,41-49,111-133 1ry9 d1ry9d_ D:2-18,41-49,111-133 1k3s d1k3sb_ B:3-13,77-87,90-110 1l2w d1l2wg_ G:1-16,33-42,102-118 1l2w d1l2wf_ F:1-16,33-42,102-118 1l2w d1l2wd_ D:0-16,33-42,102-120 2fm8 d2fm8b1 B:5-18,42-49,111-134 1l2w d1l2wa_ A:0-16,33-42,102-120 1s28 d1s28b_ B:1-19,93-103,107-130 1n5b d1n5bc_ C:3-16,84-95,99-118 1s28 d1s28d_ D:1-19,93-103,107-130 1n5b d1n5bd_ D:3-16,85-95,99-118 1s28 d1s28c_ C:1-19,93-103,107-130 1s28 d1s28a_ A:1-19,93-103,107-130 1k6z d1k6zb_ B:2003-2016,2084-2095,2099-2117 1jya d1jyab_ B:3-16,85-95,99-122 192. c.74.1 AraD/HMP-PK domain-like AraD/HMP-PK domain-like 3 layers: a/b/a; mixed (mostly antiparallel) beta-sheet of 9 strands, order 432159876; left-handed crossover between strands 4 and 5 2pb9 d2pb9a1 A:268-287,298-303,439-451 2pb9 d2pb9b1 B:268-287,298-303,439-451 1ojr d1ojra_ A:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7l_ L:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7k_ K:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7f_ F:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7p_ P:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7e_ E:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7c_ C:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7n_ N:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7t_ T:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7r_ R:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7a_ A:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7d_ D:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7g_ G:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7b_ B:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7m_ M:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7s_ S:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7i_ I:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7q_ Q:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7j_ J:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7h_ H:117-133,137-143,190-205 1gt7 d1gt7o_ O:117-133,137-143,190-205 1e49 d1e49p_ P:95-105,106-110,163-189 1e46 d1e46p_ P:95-105,106-110,163-189 3fua d3fuaa_ A:95-105,106-110,163-189 1e47 d1e47p_ P:95-105,106-110,163-189 1e4c d1e4cp_ P:95-105,106-110,163-189 1e48 d1e48p_ P:95-105,106-110,163-189 1dzv d1dzvp_ P:95-105,106-110,163-189 1e4b d1e4bp_ P:95-105,106-110,163-189 1dzw d1dzwp_ P:95-105,106-110,163-189 1dzu d1dzup_ P:95-105,106-110,163-189 1dzz d1dzzp_ P:95-105,106-110,163-189 1dzx d1dzxp_ P:95-105,106-110,163-189 1dzy d1dzyp_ P:95-105,106-110,163-189 1fua d1fuaa_ A:95-105,106-110,163-189 2fua d2fuaa_ A:95-105,106-110,163-189 1e4a d1e4ap_ P:95-105,106-110,163-189 2php d2phpa1 A:243-262,272-277,402-421 1e46 d1e46p_ P:95-105,155-162,163-189 1ojr d1ojra_ A:144-154,212-219,220-245 1dzx d1dzxp_ P:95-105,155-162,163-189 1fua d1fuaa_ A:95-105,155-162,163-189 1e49 d1e49p_ P:95-105,155-162,163-189 1e4c d1e4cp_ P:95-105,155-162,163-189 1e4b d1e4bp_ P:95-105,155-162,163-189 1e48 d1e48p_ P:95-105,155-162,163-189 1dzv d1dzvp_ P:95-105,155-162,163-189 1e47 d1e47p_ P:95-105,155-162,163-189 1dzz d1dzzp_ P:95-105,155-162,163-189 1dzw d1dzwp_ P:95-105,155-162,163-189 1dzu d1dzup_ P:95-105,155-162,163-189 1dzy d1dzyp_ P:95-105,155-162,163-189 1gt7 d1gt7q_ Q:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7b_ B:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7a_ A:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7d_ D:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7s_ S:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7e_ E:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7m_ M:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7f_ F:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7r_ R:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7c_ C:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7t_ T:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7h_ H:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7o_ O:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7g_ G:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7k_ K:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7p_ P:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7i_ I:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7l_ L:144-154,212-219,220-245 1gt7 d1gt7j_ J:144-154,212-219,220-245 2fua d2fuaa_ A:95-105,155-162,163-189 1gt7 d1gt7n_ N:144-154,212-219,220-245 3fua d3fuaa_ A:95-105,155-162,163-189 4fua d4fuaa_ A:95-105,155-162,163-189 1e4a d1e4ap_ P:95-105,155-162,163-189 1k0w d1k0wd_ D:98-108,171-178,179-205 2php d2phpe1 E:243-262,272-277,402-423 1k0w d1k0wb_ B:98-108,171-178,179-205 1k0w d1k0wc_ C:98-108,171-178,179-205 1jdi d1jdid_ D:98-108,171-178,179-205 1k0w d1k0we_ E:98-108,171-178,179-205 1jdi d1jdia_ A:98-108,171-178,179-205 1jdi d1jdic_ C:98-108,171-178,179-205 1jdi d1jdie_ E:98-108,171-178,179-205 1k0w d1k0wa_ A:98-108,171-178,179-205 1jdi d1jdif_ F:98-108,171-178,179-205 1jdi d1jdib_ B:98-108,171-178,179-205 1k0w d1k0wf_ F:98-108,171-178,179-205 2php d2phpb1 B:243-262,272-277,402-423 1gt7 d1gt7p_ P:7-24,30-37,220-245 1ojr d1ojra_ A:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7e_ E:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7s_ S:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7b_ B:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7i_ I:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7q_ Q:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7o_ O:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7l_ L:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7j_ J:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7k_ K:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7m_ M:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7f_ F:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7r_ R:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7n_ N:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7h_ H:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7a_ A:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7c_ C:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7t_ T:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7d_ D:7-24,30-37,220-245 1gt7 d1gt7g_ G:7-24,30-37,220-245 2php d2phpd1 D:238-262,272-277,402-421 1k0w d1k0we_ E:2-20,27-33,179-205 1jdi d1jdie_ E:2-20,27-33,179-205 1jdi d1jdid_ D:2-20,27-33,179-205 1jdi d1jdib_ B:2-20,27-33,179-205 1jdi d1jdia_ A:2-20,27-33,179-205 1k0w d1k0wa_ A:2-20,27-33,179-205 1pvt d1pvta_ A:126-136,192-199,200-225 1k0w d1k0wd_ D:2-20,27-34,179-205 1k0w d1k0wf_ F:2-20,27-34,179-205 1jdi d1jdic_ C:2-20,27-34,179-205 1jdi d1jdif_ F:2-20,27-34,179-205 1k0w d1k0wc_ C:2-20,27-34,179-205 1k0w d1k0wb_ B:2-20,27-34,179-205 1e4b d1e4bp_ P:2-21,27-35,163-189 1fua d1fuaa_ A:2-21,27-35,163-189 1e4c d1e4cp_ P:2-21,27-35,163-189 2fua d2fuaa_ A:2-21,27-35,163-189 1dzy d1dzyp_ P:2-21,27-35,163-189 1e46 d1e46p_ P:2-21,27-35,163-189 1e49 d1e49p_ P:2-21,27-35,163-189 1dzz d1dzzp_ P:2-21,27-35,163-189 1dzv d1dzvp_ P:2-21,27-35,163-189 4fua d4fuaa_ A:2-21,27-35,163-189 3fua d3fuaa_ A:2-21,28-35,163-189 1e48 d1e48p_ P:2-21,27-35,163-189 1dzw d1dzwp_ P:2-21,27-35,163-189 1dzx d1dzxp_ P:2-21,27-35,163-189 1e47 d1e47p_ P:2-21,27-35,163-189 1dzu d1dzup_ P:2-21,27-35,163-189 1e4a d1e4ap_ P:2-21,28-35,163-189 193. d.154.1 DmpA/ArgJ-like convergent similarity to the Ntn amidohydrolases ! DmpA/ArgJ-like duplication of beta(3)-alpha-beta-alpha motif; 4 layers: alpha/beta/beta/alpha 1vz7 d1vz7c_ C:193-212,221-230,236-259 1vz8 d1vz8a_ A:193-212,221-230,236-259 1vz8 d1vz8b_ B:193-212,221-230,236-259 1vz6 d1vz6a_ A:193-212,221-230,236-259 1vz6 d1vz6b_ B:193-212,221-230,236-259 1vz7 d1vz7a_ A:193-212,221-230,236-259 1vz7 d1vz7b_ B:193-212,221-230,236-259 1vz8 d1vz8c_ C:193-212,221-230,236-259 1vz8 d1vz8d_ D:193-212,221-230,236-259 1vz7 d1vz7d_ D:193-212,221-230,236-259 1vz7 d1vz7d_ D:138-147,153-158,236-259 1b65 d1b65e_ E:262-281,288-297,317-343 1b65 d1b65b_ B:262-281,288-297,317-343 1b65 d1b65a_ A:262-281,288-297,317-343 1b65 d1b65c_ C:262-281,288-297,317-343 1b65 d1b65d_ D:262-281,288-297,317-343 1b65 d1b65f_ F:262-281,288-297,317-343 1vz8 d1vz8d_ D:138-147,154-161,236-259 1vz8 d1vz8b_ B:193-212,264-272,275-289 1vz7 d1vz7b_ B:193-212,264-272,275-289 1vz8 d1vz8a_ A:193-212,264-272,275-289 1vz7 d1vz7a_ A:193-212,264-272,275-289 1vz6 d1vz6a_ A:193-212,264-272,275-289 1vz6 d1vz6b_ B:193-212,264-272,275-289 194. c.1.13 Malate synthase G TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 2jqx d2jqxa1 A:588-614,619-623,652-675 1d8c d1d8ca_ A:588-614,619-623,652-672 2jqx d2jqxa1 A:159-179,235-243,537-552 1n8w d1n8wa_ A:590-616,619-625,654-676 2gq3 d2gq3a1 A:590-616,619-625,654-674 2gq3 d2gq3b1 B:590-616,619-625,654-674 1p7t d1p7tb_ B:588-614,617-623,652-672 1n8w d1n8wb_ B:590-616,619-625,654-674 1n8i d1n8ia_ A:590-616,619-625,654-673 1p7t d1p7ta_ A:588-614,617-623,652-672 1n8i d1n8ia_ A:161-181,236-244,544-559 2gq3 d2gq3b1 B:161-181,236-244,544-559 2gq3 d2gq3a1 A:161-181,236-244,544-559 1n8w d1n8wa_ A:161-181,236-244,544-559 1n8w d1n8wb_ B:161-181,236-244,544-559 1p7t d1p7ta_ A:159-179,235-243,537-552 1d8c d1d8ca_ A:159-179,235-243,537-552 1p7t d1p7tb_ B:159-179,235-243,537-552 1y8b d1y8ba_ A:159-179,235-242,537-552 2jqx d2jqxa1 A:123-135,265-270,537-552 1p7t d1p7ta_ A:123-135,531-536,537-552 1p7t d1p7tb_ B:123-135,531-536,537-552 1n8i d1n8ia_ A:123-135,266-273,544-559 2gq3 d2gq3b1 B:123-134,266-273,544-559 1p7t d1p7tb_ B:123-135,265-272,537-552 1d8c d1d8ca_ A:123-135,265-272,537-552 1n8w d1n8wb_ B:123-135,266-273,544-559 1p7t d1p7ta_ A:123-135,265-272,537-552 2gq3 d2gq3a1 A:123-134,266-273,544-559 2jqx d2jqxa1 A:123-135,531-535,537-552 1n8w d1n8wa_ A:123-134,266-273,544-559 1y8b d1y8ba_ A:123-136,265-270,537-552 197. d.195.1 YopH tyrosine phosphatase N-terminal domain YopH tyrosine phosphatase N-terminal domain consists of four alpha-helices and two beta-hairpins 1m0v d1m0va_ A:49-64,97-104,109-126 1huf d1hufa_ A:49-64,96-104,109-125 1k46 d1k46a_ A:49-64,96-104,109-125 198. e.23.1 Acetyl-CoA synthetase-like Acetyl-CoA synthetase-like 4 domains: (1&2) duplication: share the same alpha/beta fold; (3) beta-barrel; (4) alpha+beta 1lci d1lcia_ A:85-99,147-151,164-172 1ba3 d1ba3a_ A:85-99,147-152,164-172 1ba3 d1ba3a_ A:85-99,124-129,164-172 1lci d1lcia_ A:85-99,124-129,164-172 1lci d1lcia_ A:52-71,147-151,164-172 1pg3 d1pg3a_ A:142-156,215-221,236-245 1lci d1lcia_ A:52-71,124-129,164-172 1ba3 d1ba3a_ A:52-71,124-129,164-172 1pg3 d1pg3b_ B:142-156,181-187,236-244 1pg4 d1pg4a_ A:142-156,181-187,236-244 3cw9 d3cw9a1 A:64-78,197-202,207-222 1pg3 d1pg3b_ B:142-156,215-221,236-244 1pg4 d1pg4b_ B:142-156,181-187,236-244 3cw9 d3cw9b1 B:64-78,197-202,207-222 1t5d d1t5dx_ X:64-78,197-202,207-222 1pg4 d1pg4a_ A:142-156,215-221,236-244 1t5h d1t5hx_ X:64-78,197-202,207-222 1amu d1amub_ B:99-113,224-229,234-248 1amu d1amua_ A:99-113,224-229,234-248 201. c.1.23 FAD-linked oxidoreductase distinct cofactor-binding mode from both FMN- and NAD(P)-linked TIM-barrel oxidoreductases; families are related by a circular permutation ! TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1b5t d1b5tb_ B:34-52,270-275,279-291 1b5t d1b5ta_ A:34-52,270-275,279-291 1v93 d1v93a_ A:24-42,267-272,276-288 1b5t d1b5tc_ C:34-52,270-276,279-291 1tj2 d1tj2a2 A:264-279,279-287,517-524 1tiw d1tiwa2 A:264-279,279-287,517-524 2fzm d2fzma2 A:264-279,279-287,517-524 1tj1 d1tj1a2 A:264-279,279-287,517-524 202. c.86.1 Phosphoglycerate kinase Phosphoglycerate kinase consists of two non-similar domains, 3 layers (a/b/a) each ! Domain 1 has parallel beta-sheet of 6 strands, order 342156 ! Domain 2 has parallel beta-sheet of 6 strands, order 321456 13pk d13pka_ A:219-231,333-339,397-407 1php d1phpa_ A:197-212,311-317,372-382 13pk d13pkd_ D:219-231,333-339,397-407 16pk d16pka_ A:219-231,333-339,397-407 13pk d13pkb_ B:219-231,333-339,397-407 13pk d13pkc_ C:219-231,333-339,397-407 1vpe d1vpea_ A:197-205,312-318,375-385 1v6s d1v6sa_ A:194-206,308-314,370-380 1vpe d1vpea_ A:204-212,312-318,375-385 1fw8 d1fw8a_ A:142-157,258-264,321-331 1v6s d1v6sb_ B:194-206,308-314,371-380 1qpg d1qpga_ A:213-225,329-335,392-402 3pgk d3pgka_ A:214-227,330-334,392-402 1hdi d1hdia_ A:219-230,331-337,394-404 1vjd d1vjda_ A:219-230,331-337,394-404 1vjc d1vjca_ A:219-230,331-337,394-404 1ltk d1ltkc_ C:219-230,331-337,394-404 1kf0 d1kf0a_ A:219-230,331-337,394-404 1ltk d1ltka_ A:219-230,331-336,394-404 1ltk d1ltkb_ B:219-230,331-336,394-404 207. c.138.1 Indigoidine synthase A-like Indigoidine synthase A-like core: 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 7 strands, order 2134756 1vkm d1vkmf_ F:26-45,110-116,258-284 1vkm d1vkmd_ D:26-45,110-116,258-284 1vkm d1vkma_ A:26-45,110-116,258-284 1vkm d1vkmc_ C:26-45,110-118,258-284 1vkm d1vkme_ E:26-45,110-118,258-284 1vkm d1vkmb_ B:26-45,46-55,258-284 1vkm d1vkmf_ F:26-45,46-55,258-284 1vkm d1vkma_ A:26-45,46-55,258-284 1vkm d1vkmc_ C:26-45,46-55,258-284 1vkm d1vkmd_ D:26-45,46-55,258-284 1vkm d1vkme_ E:26-45,46-55,258-284 208. c.68.1 Nucleotide-diphospho-sugar transferases Nucleotide-diphospho-sugar transferases 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 7 strands, order 3214657; strand 6 is antiparallel to the rest 1w77 d1w77a1 A:107-120,173-180,186-201 1mp3 d1mp3b_ B:35-48,222-227,229-248 1vpa d1vpab_ B:30-43,96-103,109-124 1i52 d1i52a_ A:36-49,101-107,113-127 1h5r d1h5ra_ A:35-48,222-227,229-248 2oi6 d2oi6b2 B:34-47,97-104,110-121 1ini d1inia_ A:36-49,101-107,113-127 1fxo d1fxoc_ C:34-47,221-226,228-247 2oi7 d2oi7b2 B:34-47,97-104,110-121 1vh3 d1vh3a_ A:28-41,93-99,105-120 2oi5 d2oi5b2 B:34-47,97-104,110-121 1g1l d1g1lf_ 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A:36-49,101-106,113-127 1g3l d1g3la_ A:34-47,221-226,228-247 1fxo d1fxoa_ A:34-47,221-226,228-247 1g1l d1g1lg_ G:34-47,221-226,228-247 1g0r d1g0rh_ H:34-47,221-226,228-247 1mp5 d1mp5a_ A:35-48,222-226,229-248 1fzw d1fzwf_ F:34-47,221-226,228-247 1fzw d1fzwd_ D:34-47,221-226,228-247 1mp5 d1mp5b_ B:35-48,222-226,229-248 1fzw d1fzwc_ C:34-47,221-226,228-247 1iim d1iima_ A:35-48,222-227,229-248 1g3l d1g3lc_ C:34-47,221-226,228-247 1g1l d1g1lh_ H:34-47,221-226,228-247 1g2v d1g2vb_ B:34-47,221-226,228-247 1g23 d1g23a_ A:34-47,221-226,228-247 1g1l d1g1le_ E:34-47,221-226,228-247 1g2v d1g2vf_ F:34-47,221-226,228-247 1g2v d1g2vc_ C:34-47,221-226,228-247 1g23 d1g23b_ B:34-47,221-226,228-247 1g2v d1g2va_ A:34-47,221-226,228-247 1fzw d1fzwh_ H:34-47,221-226,228-247 1g23 d1g23e_ E:34-47,221-226,228-247 1g2v d1g2vg_ G:34-47,221-226,228-247 1inj d1inja_ A:36-49,101-106,113-127 1fzw d1fzwa_ A:34-47,221-226,228-247 1g2v d1g2vd_ D:34-47,221-226,228-247 1vgt d1vgtb_ B:36-49,101-106,113-127 1h3m d1h3mb_ 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1omx d1omxb_ B:76-90,145-151,157-172 1h7e d1h7eb_ B:28-41,90-95,103-118 1h7g d1h7ga_ A:28-41,90-95,103-118 1eyr d1eyra_ A:30-43,97-104,111-123 1h7h d1h7hb_ B:28-41,90-95,103-118 1h7h d1h7ha_ A:28-41,90-95,103-118 1h7t d1h7ta_ A:28-41,90-95,103-118 2bo8 d2bo8i1 I:12-26,95-100,107-121 2bo8 d2bo8a1 A:12-26,95-100,107-121 2bo8 d2bo8e1 E:12-26,95-100,107-121 1h7t d1h7tb_ B:28-41,90-95,103-118 2bo8 d2bo8c1 C:12-26,95-100,107-121 2bo8 d2bo8f1 F:12-26,95-100,107-121 2bo8 d2bo8b1 B:12-26,95-100,107-121 2bo4 d2bo4d1 D:12-26,95-100,107-121 1h7e d1h7ea_ A:28-41,90-95,103-118 2bo8 d2bo8j1 J:12-26,95-100,107-121 1yp4 d1yp4b2 B:53-66,137-144,151-163 1wvc d1wvca_ A:34-47,124-130,137-149 1yp4 d1yp4a2 A:53-66,137-144,151-163 1yp3 d1yp3c2 C:53-66,137-144,151-163 1yp2 d1yp2b2 B:53-66,137-143,151-163 1yp4 d1yp4d2 D:53-66,138-143,151-163 1yp4 d1yp4c2 C:53-66,137-144,151-163 1yp3 d1yp3a2 A:53-66,137-144,151-163 1tzf d1tzfa_ A:34-47,124-130,137-149 1yp2 d1yp2a2 A:53-66,137-143,151-163 1yp3 d1yp3d2 D:53-66,137-144,151-163 1yp2 d1yp2d2 D:53-66,137-143,151-163 1yp2 d1yp2c2 C:53-66,137-143,151-163 1omx d1omxa_ A:76-90,145-152,157-172 1yp3 d1yp3b2 B:53-66,137-143,151-163 1fo8 d1fo8a_ A:117-131,136-144,217-228 1fo9 d1fo9a_ A:117-131,136-144,217-228 1qgq d1qgqa_ A:13-27,91-98,103-118 1qgs d1qgsa_ A:13-27,91-98,103-118 1qg8 d1qg8a_ A:13-27,91-98,103-118 1h7l d1h7la_ A:13-27,91-98,103-118 1h7q d1h7qa_ A:13-27,91-98,103-118 1v84 d1v84a_ A:95-113,114-123,201-211 1v83 d1v83a_ A:95-113,114-123,201-211 1kws d1kwsb_ B:86-104,105-114,200-210 3cu0 d3cu0a1 A:86-104,105-114,200-210 1kws d1kwsa_ A:86-104,105-114,200-210 1fgg d1fggb_ B:86-104,105-114,200-210 1qgs d1qgsa_ A:13-27,31-40,103-118 1qg8 d1qg8a_ A:13-27,31-40,103-118 1h7q d1h7qa_ A:13-27,31-40,103-118 1qgq d1qgqa_ A:13-27,31-40,103-118 1h7l d1h7la_ A:13-27,31-40,103-118 209. c.92.1 Chelatase interdomain linker is short; swapping of C-terminal helices between the two domains ! Chelatase-like duplication: tandem repeat of two domains; 3 layers (a/b/a); parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 1qgo d1qgoa_ A:20-34,75-82,241-258 1l8x d1l8xa_ A:102-124,155-162,342-360 1lbq d1lbqa_ A:102-124,155-162,342-360 1lbq d1lbqb_ B:102-124,155-162,342-360 1l8x d1l8xb_ B:102-124,155-162,342-360 1hrk d1hrkb_ B:130-152,183-190,374-392 1hrk d1hrka_ A:130-152,183-190,374-392 2hrc d2hrca1 A:130-152,183-190,374-392 1ak1 d1ak1a_ A:52-76,106-113,293-309 2hrc d2hrcb1 B:630-652,683-690,874-892 2q2n d2q2na1 A:52-76,106-113,293-309 1doz d1doza_ A:52-76,106-113,293-309 1n0i d1n0ia_ A:52-76,106-113,293-309 1ld3 d1ld3a_ A:52-76,106-113,293-309 1c1h d1c1ha_ A:52-76,106-113,293-309 1c9e d1c9ea_ A:52-76,106-113,293-309 2hk6 d2hk6a1 A:52-76,106-113,293-309 2q2n d2q2na1 A:52-76,77-88,293-309 1ak1 d1ak1a_ A:52-76,77-88,293-309 1n0i d1n0ia_ A:52-76,77-88,293-309 2hk6 d2hk6a1 A:52-76,77-88,293-309 1doz d1doza_ A:52-76,77-88,293-309 1ld3 d1ld3a_ A:52-76,77-88,293-309 1hrk d1hrkb_ B:130-152,156-164,374-392 1hrk d1hrka_ A:130-152,156-164,374-392 2hrc d2hrca1 A:130-152,156-164,374-392 2hrc d2hrcb1 B:630-652,656-664,874-892 1l8x d1l8xb_ B:102-124,128-136,342-360 215. e.45.1 Antivirulence factor Antivirulence factor contains a helical bundle with a buried helix and an alpha+beta insert domain 2nud d2nudb1 B:131-141,170-182,295-304 2nun d2nuna1 A:127-141,170-182,295-304 2nud d2nuda1 A:127-141,170-182,295-304 1nh1 d1nh1a_ A:128-141,170-182,295-304 217. c.51.4 ITPase-like formerly Maf/Ham1; elaborated with additional structures inserted in the common fold ! Anticodon-binding domain-like 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of five strands, order 21345; strand 4 is antiparallel to the rest 1u14 d1u14a_ A:10-26,70-81,149-167 1zwy d1zwyd1 D:19-35,79-90,158-177 1k7k d1k7ka_ A:10-25,63-75,181-197 1zwy d1zwya1 A:19-35,79-90,158-177 1zno d1znob1 B:19-35,79-90,158-177 1zwy d1zwyb1 B:19-35,79-90,158-177 1zno d1znoa1 A:19-35,79-90,158-177 1zwy d1zwyc1 C:19-35,79-90,158-177 1vp2 d1vp2b_ B:12-23,62-74,174-191 1vp2 d1vp2a_ A:12-23,62-74,174-191 1u5w d1u5we1 E:13-29,73-84,152-171 1u5w d1u5wa1 A:13-29,73-84,152-171 1u5w d1u5wg1 G:13-29,73-84,152-171 1u5w d1u5wb1 B:13-29,73-84,152-171 1u5w d1u5wd1 D:13-29,73-84,152-171 1u5w d1u5wc1 C:13-29,73-84,152-171 1u5w d1u5wf1 F:13-29,73-84,152-171 1u5w d1u5wh1 H:13-29,73-84,152-171 2dvn d2dvnb1 B:9-24,60-71,167-184 2dvp d2dvpa1 A:9-24,60-71,167-184 2zti d2ztia1 A:9-24,60-71,167-184 2dvn d2dvna1 A:9-24,60-71,167-184 2dvo d2dvoa1 A:9-24,60-71,167-185 1v7r d1v7ra_ A:9-24,60-71,167-185 1exc d1excb_ B:11-22,64-76,174-185 1ex2 d1ex2b_ B:11-22,64-76,174-185 1exc d1exca_ A:11-22,64-76,174-185 1b78 d1b78a_ A:17-29,68-79,176-192 1ex2 d1ex2a_ A:11-22,64-76,174-185 2mjp d2mjpa_ A:17-29,68-79,176-192 2j4e d2j4eh1 H:16-28,67-78,176-190 1b78 d1b78b_ B:17-29,68-79,176-193 2j4e d2j4ea1 A:16-28,67-78,176-190 2j4e d2j4ee1 E:16-28,66-78,176-189 2j4e d2j4eg1 G:16-28,67-78,176-190 2mjp d2mjpb_ B:17-29,68-79,176-193 2amh d2amha1 A:18-30,83-95,196-207 2j4e d2j4ec1 C:16-28,66-78,176-193 2j4e d2j4eb1 B:16-28,66-78,176-193 2j4e d2j4ef1 F:16-28,66-78,176-193 2j4e d2j4ed1 D:16-28,66-78,176-193 219. c.6.2 Glycoside hydrolase/deacetylase in the different families beta-barrels are similarly distorted but may vary in the number of strands ! 7-stranded beta/alpha barrel variant of beta/alpha barrel; parallel beta-sheet barrel, closed, n=7, S=8; strand order 1234567; some members may have fewer strands 1ufa d1ufaa2 A:23-50,54-60,361-378 2nly d2nlya1 A:45-54,214-221,221-236 2b5d d2b5dx2 X:24-49,52-58,357-374 1ufa d1ufaa2 A:23-50,136-142,361-378 1k1w d1k1wa3 A:19-42,45-51,233-242 1o7d d1o7d.3 A:96-112,115-119,324-341 3bui d3buia3 A:106-122,125-129,346-368 3bvw d3bvwa3 A:106-122,125-129,346-368 3d4z d3d4za3 A:106-122,125-129,346-368 3bvx d3bvxa3 A:106-122,125-129,346-368 1tqu d1tqua3 A:106-122,125-129,346-368 2f1a d2f1aa3 A:106-122,125-129,346-368 2f7r d2f7ra3 A:106-122,125-129,346-368 2ow7 d2ow7a3 A:106-122,125-129,346-368 3d51 d3d51a3 A:106-122,125-129,346-368 3d52 d3d52a3 A:106-122,125-129,346-368 2f18 d2f18a3 A:106-122,125-129,346-368 3czs d3czsa3 A:106-122,125-129,346-368 1hxk d1hxka3 A:106-122,125-129,346-368 2alw d2alwa3 A:106-122,125-129,346-368 1hty d1htya3 A:106-122,125-129,346-368 2f7q d2f7qa3 A:106-122,125-129,346-368 3bub d3buba3 A:106-122,125-129,346-368 3czn d3czna3 A:106-122,125-129,346-368 1qwu d1qwua3 A:106-122,125-129,346-368 1qx1 d1qx1a3 A:106-122,125-129,346-368 3bvu d3bvua3 A:106-122,125-129,346-368 2ow6 d2ow6a3 A:106-122,125-129,346-368 1tqt d1tqta3 A:106-122,125-129,346-368 1ps3 d1ps3a3 A:106-122,125-129,346-368 1tqv d1tqva3 A:106-122,125-129,346-368 3d4y d3d4ya3 A:106-122,125-129,346-368 3bvt d3bvta3 A:106-122,125-129,346-368 3buq d3buqa3 A:106-122,125-129,346-368 3ddf d3ddfa3 A:106-122,125-129,346-368 2f7p d2f7pa3 A:106-122,125-129,346-368 1qwn d1qwna3 A:106-122,125-129,346-368 1tqw d1tqwa3 A:106-122,125-129,346-368 3d50 d3d50a3 A:106-122,125-129,346-368 3cv5 d3cv5a3 A:106-122,125-129,346-368 3bud d3buda3 A:106-122,125-129,346-368 3bup d3bupa3 A:106-122,125-129,346-368 3ddg d3ddga3 A:106-122,125-129,346-368 3bvv d3bvva3 A:106-122,125-129,346-368 1r33 d1r33a3 A:106-122,125-129,346-368 2fyv d2fyva3 A:106-122,125-129,346-368 1tqs d1tqsa3 A:106-122,125-129,346-368 1r34 d1r34a3 A:106-122,125-129,346-368 2f7o d2f7oa3 A:106-122,125-129,346-368 1hww d1hwwa3 A:106-122,125-129,346-368 3blb d3blba3 A:106-122,125-129,346-368 2f1b d2f1ba3 A:106-122,125-129,346-368 1k1x d1k1xb3 B:19-42,45-51,232-244 1k1y d1k1yb3 B:19-42,45-51,232-244 1k1x d1k1xa3 A:19-42,45-51,232-244 1k1y d1k1ya3 A:19-42,45-51,232-244 2dfa d2dfaa1 A:20-28,218-222,228-244 1xw8 d1xw8a_ A:15-23,213-217,221-235 2cc0 d2cc0b1 B:16-30,32-38,164-176 2cc0 d2cc0a1 A:16-30,32-38,164-176 2i5i d2i5ib1 B:16-31,206-213,227-240 2i5i d2i5ia1 A:16-31,206-213,227-240 222. c.51.5 CinA-like Anticodon-binding domain-like 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of five strands, order 21345; strand 4 is antiparallel to the rest 2a9s d2a9sb1 B:35-45,99-107,144-165 2a9s d2a9sa1 A:35-45,99-107,144-167 223. d.34.1 DNA-binding domain of Mlu1-box binding protein MBP1 has some topological similarity to the "winged helix" DNA-binding domain, to B1 and B5 domains of PheRS-beta (1PYS CH B) and to methyl-CpG-binding domain ! DNA-binding domain of Mlu1-box binding protein MBP1 beta(4)-alpha(2)-beta(2)-alpha; antiparallel sheet: order 123465 1bm8 d1bm8a_ A:36-44,74-79,79-91 1mb1 d1mb1a_ A:36-44,74-79,79-91 224. c.1.7 NAD(P)-linked oxidoreductase TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1lqa d1lqaa_ A:28-43,303-308,311-325 1gve d1gveb_ B:20-35,278-284,287-300 1gve d1gvea_ A:20-35,278-284,287-300 3eau d3eaua1 A:65-80,318-323,326-344 1qrq d1qrqc_ C:65-80,318-323,326-344 1qrq d1qrqd_ D:65-80,318-323,326-344 1qrq d1qrqa_ A:65-80,318-323,326-344 1qrq d1qrqb_ B:65-80,318-323,326-344 2a79 d2a79a1 A:65-80,318-323,326-344 1exb d1exba_ A:65-80,318-323,326-344 1ral d1rala_ A:33-45,265-270,273-287 2r9r d2r9rg1 G:65-80,318-323,326-344 1pz1 d1pz1b_ B:32-47,275-280,283-296 1xf0 d1xf0a_ A:32-45,265-270,273-287 1dla d1dlab_ B:22-37,39-44,264-277 1hqt d1hqta_ A:25-40,258-263,266-276 1abn d1abna_ A:23-38,40-45,265-279 1c9w d1c9wa_ A:23-38,40-45,265-278 1iei d1ieia_ A:23-38,257-262,265-275 1mzr d1mzrb_ B:27-42,44-49,235-249 2fzb d2fzba1 A:23-38,257-262,265-279 1ah4 d1ah4a_ A:23-38,257-262,265-278 2alr d2alra_ A:24-39,41-46,265-279 1us0 d1us0a_ A:23-38,40-45,265-278 1ah0 d1ah0a_ A:23-38,257-262,265-279 1z8a d1z8aa1 A:23-38,40-45,265-278 2i16 d2i16a1 A:24-39,41-46,266-279 1ah3 d1ah3a_ A:23-38,257-262,265-278 2i17 d2i17a1 A:24-39,41-46,266-279 2j8t d2j8ta1 A:23-38,40-45,265-278 1dla d1dlad_ D:22-37,39-44,264-277 2qxw d2qxwa1 A:23-38,40-45,265-278 2j8t d2j8ta1 A:23-38,257-262,265-278 2fzb d2fzba1 A:23-38,40-45,265-279 2fzd d2fzda1 A:23-38,257-262,265-279 1x98 d1x98a_ A:23-38,40-45,265-278 1z8a d1z8aa1 A:23-38,257-262,265-278 1cwn d1cwna_ A:25-40,42-47,266-280 2fzd d2fzda1 A:23-38,40-45,265-279 1pwm d1pwma_ A:23-38,40-45,265-278 1ah4 d1ah4a_ A:23-38,40-45,265-278 1us0 d1us0a_ A:23-38,257-262,265-278 1x98 d1x98a_ A:23-38,257-262,265-278 3bcj d3bcja1 A:23-38,40-45,265-279 1t41 d1t41a_ A:23-38,40-45,265-279 1pwm d1pwma_ A:23-38,257-262,265-278 1pz1 d1pz1a_ A:32-47,275-280,283-290 1az2 d1az2a_ A:23-38,257-262,265-278 2acq d2acqa_ A:23-38,257-262,265-278 1ah0 d1ah0a_ A:23-38,40-45,265-279 1abn d1abna_ A:23-38,257-262,265-279 3bcj d3bcja1 A:23-38,257-262,265-279 1pwl d1pwla_ A:23-38,40-45,265-279 2inz d2inza1 A:23-38,257-262,265-278 2pev d2peva1 A:23-38,40-45,265-279 1mzr d1mzra_ A:27-42,44-49,235-249 2ikg d2ikga1 A:23-38,40-45,265-279 1x97 d1x97a_ A:23-38,257-262,265-279 2iki d2ikia1 A:23-38,40-45,265-279 2hv5 d2hv5a1 A:23-38,40-45,265-279 2pf8 d2pf8a1 A:23-38,40-45,265-279 2dv0 d2dv0a1 A:23-38,40-45,265-279 2fz9 d2fz9a1 A:23-38,40-45,265-279 2pdg d2pdga1 A:23-38,40-45,265-279 2pzn d2pzna1 A:23-38,40-45,265-279 2duz d2duza1 A:23-38,40-45,265-279 2pzn d2pzna1 A:23-38,257-262,265-279 2iki d2ikia1 A:23-38,257-262,265-279 2pdg d2pdga1 A:23-38,257-262,265-279 2dux d2duxa1 A:23-38,40-45,265-279 2f2k d2f2ka1 A:23-38,40-45,265-279 2hvn d2hvna1 A:23-38,40-45,265-279 2pev d2peva1 A:23-38,257-262,265-279 2nvd d2nvda1 A:23-38,40-45,265-279 2pfh d2pfha1 A:23-38,40-45,265-279 2pf8 d2pf8a1 A:23-38,257-262,265-279 2dux d2duxa1 A:23-38,257-262,265-279 2f2k d2f2ka1 A:23-38,257-262,265-279 2fz9 d2fz9a1 A:23-38,257-262,265-279 2ikj d2ikja1 A:23-38,40-45,265-279 2ikh d2ikha1 A:23-38,257-262,265-279 2hvo d2hvoa1 A:23-38,40-45,265-279 2ikg d2ikga1 A:23-38,257-262,265-279 2fz8 d2fz8a1 A:23-38,40-45,265-279 1z89 d1z89a1 A:23-38,257-262,265-279 1z89 d1z89a1 A:23-38,40-45,265-279 1x97 d1x97a_ A:23-38,40-45,265-279 2ikj d2ikja1 A:23-38,257-262,265-279 2iq0 d2iq0a1 A:23-38,257-262,265-279 2nvc d2nvca1 A:23-38,40-45,265-279 1x96 d1x96a_ A:23-38,257-262,265-279 2acu d2acua_ A:23-38,257-262,265-279 2nvc d2nvca1 A:23-38,257-262,265-279 1ads d1adsa_ A:23-38,257-262,265-279 2ikh d2ikha1 A:23-38,40-45,265-279 2hv5 d2hv5a1 A:23-38,257-262,265-279 2ine d2inea1 A:23-38,257-262,265-279 2acs d2acsa_ A:23-38,257-262,265-279 2nvd d2nvda1 A:23-38,257-262,265-279 2ipw d2ipwa1 A:23-38,257-262,265-279 2acr d2acra_ A:23-38,257-262,265-279 1x96 d1x96a_ A:23-38,40-45,265-279 2acq d2acqa_ A:23-38,40-45,265-278 1el3 d1el3a_ A:23-38,257-262,265-279 2iqd d2iqda1 A:23-38,257-262,265-279 1az1 d1az1a_ A:23-38,257-262,265-279 1mar d1mara_ A:23-38,40-45,265-279 1t40 d1t40a_ A:23-38,40-45,265-279 1z3n d1z3na1 A:23-38,257-262,265-279 1t40 d1t40a_ A:23-38,257-262,265-279 2pfh d2pfha1 A:23-38,257-262,265-279 2isf d2isfa1 A:23-38,257-262,265-279 1frb d1frba_ A:23-38,40-45,265-279 1el3 d1el3a_ A:23-38,40-45,265-279 1j96 d1j96b_ B:30-45,265-270,273-287 1og6 d1og6a_ A:30-45,256-262,265-278 2hdj d2hdja1 A:30-45,265-270,273-287 1ihi d1ihib_ B:30-45,265-270,273-287 1j96 d1j96a_ A:30-45,265-270,273-287 2acu d2acua_ A:23-38,40-45,265-279 1ihi d1ihia_ A:30-45,265-270,273-287 1mar d1mara_ A:23-38,257-262,265-279 1z3n d1z3na1 A:23-38,40-45,265-279 1a80 d1a80a_ A:25-40,227-232,235-245 1ads d1adsa_ A:23-38,40-45,265-279 2ine d2inea1 A:23-38,40-45,265-279 2acr d2acra_ A:23-38,40-45,265-279 1k8c d1k8ca_ A:27-42,269-274,277-287 2acs d2acsa_ A:23-38,40-45,265-279 1az1 d1az1a_ A:23-38,40-45,265-279 3c3u d3c3ua1 A:30-45,265-270,273-287 1xjb d1xjba1 A:30-45,265-270,273-287 1ry8 d1ry8b_ B:30-45,265-270,273-287 2f38 d2f38a1 A:30-45,265-270,273-287 2hdj d2hdjb1 B:30-45,265-270,273-287 1xjb d1xjbb1 B:30-45,265-270,273-287 1q13 d1q13b_ B:30-45,265-270,273-287 1s2c d1s2ca_ A:30-45,265-270,273-287 1q13 d1q13a_ A:30-45,265-270,273-287 1q5m d1q5mb_ B:30-45,265-270,273-287 1ry0 d1ry0b_ B:30-45,265-270,273-287 1ur3 d1ur3m_ M:30-45,256-262,265-278 1s1r d1s1ra_ A:30-45,265-270,273-287 1s2a d1s2aa_ A:30-45,265-270,273-287 1og6 d1og6b_ B:30-45,256-262,265-279 1ry0 d1ry0a_ A:30-45,265-270,273-287 1og6 d1og6c_ C:30-45,256-262,265-279 1zq5 d1zq5a1 A:30-45,265-270,273-287 1ry8 d1ry8a_ A:30-45,265-270,273-287 1q5m d1q5ma_ A:30-45,265-270,273-287 1mrq d1mrqa_ A:30-45,265-270,273-287 2fgb d2fgba1 A:30-45,265-270,273-287 1s1p d1s1pa_ A:30-45,265-270,273-287 1r38 d1r38a_ A:27-42,269-274,277-291 1ihi d1ihib_ B:30-45,47-52,273-287 1ihi d1ihia_ A:30-45,47-52,273-287 1r38 d1r38b_ B:27-42,269-274,277-291 1j96 d1j96b_ B:30-45,47-52,273-287 3c3u d3c3ua1 A:30-45,47-52,273-287 1k8c d1k8cc_ C:27-42,269-274,277-291 1k8c d1k8cb_ B:27-42,269-274,277-291 1r38 d1r38d_ D:27-42,269-274,277-291 1lwi d1lwib_ B:30-45,265-270,273-287 1lwi d1lwia_ A:30-45,265-270,273-287 1vp5 d1vp5a_ A:25-40,228-233,236-250 1afs d1afsa_ A:30-45,265-270,273-287 1afs d1afsb_ B:30-45,265-270,273-287 1k8c d1k8cd_ D:27-42,269-274,277-291 2hdj d2hdja1 A:30-45,47-52,273-287 1j96 d1j96a_ A:30-45,47-52,273-287 1vp5 d1vp5b_ B:25-40,228-233,236-250 1xjb d1xjba1 A:30-45,47-52,273-287 1mi3 d1mi3a_ A:27-42,269-274,277-291 1r38 d1r38c_ C:27-42,269-274,277-291 2hdj d2hdjb1 B:30-45,47-52,273-287 1xjb d1xjbb1 B:30-45,47-52,273-287 1sm9 d1sm9c_ C:27-42,269-274,277-291 1lqa d1lqab_ B:28-43,301-308,311-324 1mi3 d1mi3c_ C:27-42,269-274,277-291 2r9r d2r9ra1 A:65-80,316-323,326-344 225. c.1.28 Radical SAM enzymes common Fe-S cluster and SAM binding sites are embedded into complete or incomplete beta/alpha-barrel ! TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1tv7 d1tv7b_ B:51-66,265-271,297-312 2fb3 d2fb3a1 A:51-66,265-271,297-312 1tv7 d1tv7a_ A:51-66,265-271,297-312 1tv8 d1tv8a_ A:51-66,265-271,297-312 2fb3 d2fb3b1 B:51-66,265-271,297-312 1tv8 d1tv8b_ B:51-66,265-271,297-312 1olt d1olta_ A:78-97,334-340,342-354 1olt d1olta_ A:78-97,319-325,342-354 227. c.19.1 FabD/lysophospholipase-like FabD/lysophospholipase-like core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 6 strands, order 432156; strand 4 is antiparallel to the rest 1mla d1mlaa1 A:58-81,270-276,299-307 1cjy d1cjyb2 B:1197-1216,1569-1576,1686-1705 1cjy d1cjya2 A:197-216,569-576,686-705 1nm2 d1nm2a1 A:55-76,292-298,299-314 1cjy d1cjyb2 B:1197-1216,1569-1576,1704-1717 1nm2 d1nm2a1 A:55-76,270-276,299-314 1mla d1mlaa1 A:58-81,292-297,299-307 1cjy d1cjya2 A:151-162,222-227,311-322 1cjy d1cjyb2 B:1197-1216,1635-1642,1686-1705 1cjy d1cjya2 A:197-216,635-642,686-705 1oxw d1oxwa_ A:77-88,148-157,223-240 1oxw d1oxwb_ B:1077-1088,1148-1157,1223-1240 1oxw d1oxwc_ C:2077-2088,2148-2157,2223-2240 1cjy d1cjyb2 B:1151-1162,1222-1228,1311-1322 1oxw d1oxwc_ C:2037-2060,2315-2323,2335-2353 1cjy d1cjya2 A:197-216,569-576,704-721 1oxw d1oxwb_ B:1037-1060,1315-1323,1361-1382 1oxw d1oxwa_ A:37-60,315-323,335-352 1oxw d1oxwc_ C:2037-2060,2315-2323,2361-2383 1oxw d1oxwb_ B:1037-1060,1315-1323,1335-1352 1oxw d1oxwb_ B:1037-1060,1252-1263,1335-1352 1oxw d1oxwa_ A:37-60,252-263,335-352 1oxw d1oxwa_ A:37-60,315-323,361-384 1oxw d1oxwc_ C:2037-2060,2252-2263,2335-2353 1oxw d1oxwb_ B:1037-1060,1252-1263,1361-1382 1oxw d1oxwc_ C:2037-2060,2252-2263,2361-2383 1oxw d1oxwa_ A:37-60,252-263,361-384 230. d.352.1 FlaG-like FlaG-like alpha(2)-beta(3)-alpha; 2 layers: a/b; antiparallel beta-sheet, order: 123; partial similatity to the dsRBD-like fold(sop_cf 54767) 2hc5 d2hc5a1 A:36-55,78-87,86-106 2hc5 d2hc5a1 A:36-55,57-66,86-106 231. d.194.1 CNF1/YfiH-like putative cysteine hydrolases CNF1/YfiH-like putative cysteine hydrolases 4 layers: alpha/beta/beta/alpha; mixed beta sheets 1t8h d1t8ha_ A:187-199,205-209,217-230 1xfj d1xfja_ A:175-187,192-196,205-218 1u05 d1u05a_ A:165-177,182-187,193-206 1rw0 d1rw0b_ B:165-177,182-187,193-206 1rw0 d1rw0a_ A:165-177,182-187,193-206 1u05 d1u05b_ B:165-177,182-187,193-206 1xaf d1xafa_ A:165-177,182-187,193-206 1xaf d1xafb_ B:165-177,182-187,193-206 232. d.128.1 Glutamine synthetase/guanido kinase Glutamine synthetase/guanido kinase duplication: common core consists of two beta-alpha-beta2-alpha repeats 1f52 d1f52g2 G:103-119,122-131,366-385 1f52 d1f52l2 L:103-119,122-131,366-385 1f52 d1f52c2 C:103-119,122-131,366-385 1f52 d1f52e2 E:103-119,122-131,366-385 1f52 d1f52d2 D:103-119,122-131,366-385 1f52 d1f52k2 K:103-119,122-131,366-385 1f52 d1f52a2 A:103-119,122-131,366-385 1f52 d1f52f2 F:103-119,122-131,366-385 1f52 d1f52i2 I:103-119,122-131,366-385 1f52 d1f52b2 B:103-119,122-131,366-385 1f52 d1f52h2 H:103-119,122-131,366-385 1f52 d1f52j2 J:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpyh2 H:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpyb2 B:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpyi2 I:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpyg2 G:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpyj2 J:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpye2 E:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpyd2 D:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpyf2 F:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpya2 A:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpyk2 K:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpyc2 C:103-119,122-131,366-385 1fpy d1fpyl2 L:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqb2 B:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqs2 S:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqw2 W:103-119,122-131,366-385 1htq d1htql2 L:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqr2 R:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqc2 C:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqk2 K:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqh2 H:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqu2 U:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqo2 O:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqp2 P:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqi2 I:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqm2 M:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqf2 F:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqd2 D:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqt2 T:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqg2 G:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqj2 J:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqq2 Q:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqn2 N:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqa2 A:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqe2 E:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqv2 V:103-119,122-131,366-385 1htq d1htqx2 X:103-119,122-131,366-385 2bvc d2bvce2 E:107-123,126-135,375-394 1f1h d1f1hk2 K:103-119,122-131,366-385 1f1h d1f1hg2 G:103-119,122-131,366-385 1f1h d1f1hh2 H:103-119,122-131,366-385 1f1h d1f1he2 E:103-119,122-131,366-385 1f1h d1f1hi2 I:103-119,122-131,366-385 1f1h d1f1ha2 A:103-119,122-131,366-385 1f1h d1f1hc2 C:103-119,122-131,366-385 1f1h d1f1hf2 F:103-119,122-131,366-385 1f1h d1f1hd2 D:103-119,122-131,366-385 1f1h d1f1hl2 L:103-119,122-131,366-385 1f1h d1f1hb2 B:103-119,122-131,366-385 1f1h d1f1hj2 J:103-119,122-131,366-385 2bvc d2bvcd2 D:107-123,126-135,375-394 2bvc d2bvcf2 F:107-123,126-135,375-394 2bvc d2bvcc2 C:107-123,126-135,375-394 1hto d1htol2 L:103-119,122-131,366-385 1hto d1htob2 B:103-119,122-131,366-385 1hto d1htox2 X:103-119,122-131,366-385 1hto d1htok2 K:103-119,122-131,366-385 1hto d1htos2 S:103-119,122-131,366-385 1hto d1htoe2 E:103-119,122-131,366-385 1hto d1htou2 U:103-119,122-131,366-385 1hto d1htoh2 H:103-119,122-131,366-385 1hto d1htoa2 A:103-119,122-131,366-385 1hto d1htoc2 C:103-119,122-131,366-385 1hto d1htog2 G:103-119,122-131,366-385 1hto d1htoo2 O:103-119,122-131,366-385 1hto d1htot2 T:103-119,122-131,366-385 1hto d1htoq2 Q:103-119,122-131,366-385 1hto d1htor2 R:103-119,122-131,366-385 1hto d1htoj2 J:103-119,122-131,366-385 1hto d1hton2 N:103-119,122-131,366-385 1hto d1htow2 W:103-119,122-131,366-385 1hto d1htom2 M:103-119,122-131,366-385 1hto d1htoi2 I:103-119,122-131,366-385 1hto d1htof2 F:103-119,122-131,366-385 2bvc d2bvcb2 B:107-123,126-135,375-394 1hto d1htov2 V:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgsc2 C:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgse2 E:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgsj2 J:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgsf2 F:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgsl2 L:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgsh2 H:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgsa2 A:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgsk2 K:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgsb2 B:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgsg2 G:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgsd2 D:103-119,122-131,366-385 2lgs d2lgsi2 I:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgrg2 G:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgrj2 J:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgrc2 C:103-119,122-131,366-385 1hto d1htod2 D:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgrb2 B:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgrf2 F:103-119,122-131,366-385 1hto d1htop2 P:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgrl2 L:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgre2 E:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgrk2 K:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgra2 A:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgrd2 D:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgrh2 H:103-119,122-131,366-385 1lgr d1lgri2 I:103-119,122-131,366-385 2bvc d2bvca2 A:107-123,126-135,375-394 2gls d2glsc2 C:103-119,122-131,366-385 2gls d2glsl2 L:103-119,122-131,366-385 2gls d2glsh2 H:103-119,122-131,366-385 2gls d2glsi2 I:103-119,122-131,366-385 2gls d2glsf2 F:103-119,122-131,366-385 2gls d2glsb2 B:103-119,122-131,366-385 2gls d2glsg2 G:103-119,122-131,366-385 2gls d2glsk2 K:103-119,122-131,366-385 2gls d2glsj2 J:103-119,122-131,366-385 2gls d2glse2 E:103-119,122-131,366-385 2gls d2glsa2 A:103-119,122-131,366-385 2gls d2glsd2 D:103-119,122-131,366-385 235. b.118.1 FAS1 domain FAS1 domain core: barrel, closed; n=7, S=12; meander 1nyo d1nyoa_ A:56-64,65-72,90-103 1o70 d1o70a1 A:344-355,356-363,378-389 243. d.210.1 Argininosuccinate synthetase, C-terminal domain Argininosuccinate synthetase, C-terminal domain unusual fold 1k92 d1k92a2 A:71-87,243-249,294-311 1j1z d1j1zc2 C:60-77,223-229,273-290 1kp3 d1kp3a2 A:71-87,243-249,294-311 1k97 d1k97a2 A:71-87,243-249,294-311 1kp2 d1kp2a2 A:71-87,243-249,294-311 1j1z d1j1zd2 D:60-77,223-229,273-290 1j20 d1j20b2 B:60-77,223-229,273-290 1j20 d1j20c2 C:60-77,223-229,273-290 1j1z d1j1zb2 B:60-77,223-229,273-290 1j1z d1j1za2 A:60-77,223-229,273-290 1kh3 d1kh3c2 C:60-77,223-229,273-290 1kor d1korc2 C:60-77,223-229,273-290 1j20 d1j20d2 D:60-77,223-229,273-290 1j21 d1j21c2 C:60-77,224-229,273-290 1kh1 d1kh1a2 A:60-77,224-229,273-290 1j20 d1j20a2 A:60-77,224-229,273-290 1j21 d1j21a2 A:60-77,224-229,273-290 1kh1 d1kh1c2 C:61-77,225-229,273-290 1kh2 d1kh2b2 B:60-77,225-229,273-290 1kh1 d1kh1b2 B:60-77,225-229,273-290 1kh2 d1kh2a2 A:60-77,225-229,273-290 1kh2 d1kh2c2 C:60-77,225-229,273-290 1kh3 d1kh3b2 B:60-77,225-229,273-290 1kh1 d1kh1d2 D:60-77,225-229,273-290 1j21 d1j21b2 B:60-77,225-229,273-290 1kh2 d1kh2d2 D:60-77,225-229,273-290 1kh3 d1kh3a2 A:60-77,225-229,273-290 1kor d1kora2 A:60-77,225-229,273-290 1j21 d1j21d2 D:60-77,225-229,273-290 1kh3 d1kh3d2 D:60-77,225-229,273-290 1kor d1korb2 B:60-77,225-229,273-290 1kor d1kord2 D:60-77,225-229,273-290 245. c.20.1 Initiation factor IF2/eIF5b, domain 3 Initiation factor IF2/eIF5b, domain 3 3 layers, a/b/a; core: parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 1g7r d1g7ra3 A:359-374,404-410,433-461 1g7s d1g7sa3 A:359-374,404-410,433-461 1g7t d1g7ta3 A:359-374,404-410,433-461 246. d.48.1 RecA protein, C-terminal domain Anti-LPS factor/recA domain alpha-beta(3)-alpha(2); 2 layers, alpha/beta 1mo6 d1mo6a2 A:270-283,296-302,313-329 1mo5 d1mo5a2 A:270-283,296-302,313-329 1mo3 d1mo3a2 A:270-283,296-302,313-329 1g19 d1g19a2 A:270-283,296-302,313-329 1mo4 d1mo4a2 A:270-283,296-302,313-329 1ube d1ubea2 A:271-284,297-303,314-330 1ubg d1ubga2 A:271-284,297-303,314-330 1g18 d1g18a2 A:270-283,296-302,313-329 1ubc d1ubca2 A:271-284,297-303,314-330 1u94 d1u94a2 A:269-282,295-300,312-328 1ubf d1ubfa2 A:271-284,297-303,314-330 247. c.1.25 Monomethylamine methyltransferase MtmB TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1tv3 d1tv3a_ A:139-151,154-158,379-394 1tv3 d1tv3a_ A:139-151,362-370,379-394 1l2q d1l2qa_ A:136-151,154-158,379-394 1tv4 d1tv4a_ A:136-151,154-158,379-394 1nth d1ntha_ A:136-151,154-158,379-394 1tv2 d1tv2a_ A:136-151,154-158,379-394 1l2q d1l2qa_ A:136-151,362-370,379-394 1tv2 d1tv2a_ A:136-151,362-370,379-394 1nth d1ntha_ A:136-151,362-370,379-394 1tv4 d1tv4a_ A:136-151,362-370,379-394 248. c.40.1 Methylesterase CheB, C-terminal domain Methylesterase CheB, C-terminal domain 3 layers: a/b/a, parallel beta-sheet of 7 strands, order 3421567 1a2o d1a2ob2 B:165-178,274-282,329-343 1a2o d1a2ob2 B:165-178,299-305,329-343 1a2o d1a2oa2 A:166-178,299-305,329-344 1chd d1chda_ A:166-178,274-280,329-343 1a2o d1a2oa2 A:166-178,274-280,329-344 1chd d1chda_ A:166-178,184-190,329-343 249. c.96.1 Fe-only hydrogenase Fe-only hydrogenase consist of two intertwined domains; contains partial duplication 1hfe d1hfel1 L:126-138,225-232,259-271 1hfe d1hfem1 M:126-138,225-232,259-271 1c4a d1c4aa1 A:249-261,346-353,380-392 1c4c d1c4ca1 A:249-261,346-353,380-392 1feh d1feha1 A:249-261,346-353,380-392 3c8y d3c8ya1 A:249-261,346-353,380-392 1hfe d1hfem1 M:179-191,342-352,352-366 1hfe d1hfel1 L:179-191,342-352,352-366 3c8y d3c8ya1 A:300-312,463-473,473-484 1c4c d1c4ca1 A:300-312,463-473,473-484 1c4a d1c4aa1 A:300-312,463-473,473-484 1feh d1feha1 A:300-312,463-473,473-484 250. d.58.39 Glutamyl tRNA-reductase catalytic, N-terminal domain common fold is elaborated with additional secondary structures ! Ferredoxin-like alpha+beta sandwich with antiparallel beta-sheet; (beta-alpha-beta)x2 1gpj d1gpja3 A:58-70,73-78,77-91 252. c.1.17 Nicotinate/Quinolinate PRTase C-terminal domain-like incomplete beta/alpha barrel with parallel beta-sheet of 7 strands ! TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1o4u d1o4ub1 B:90-116,118-122,238-247 1vlp d1vlpc2 C:155-171,173-178,331-346 1vlp d1vlpa2 A:155-171,173-178,331-346 1o4u d1o4ua1 A:90-116,118-122,238-247 1vlp d1vlpd2 D:155-171,173-178,331-346 2i14 d2i14f1 F:2501-2527,2530-2535,2672-2680 2i14 d2i14e1 E:2101-2127,2130-2135,2272-2280 2i14 d2i14c1 C:1101-1127,1130-1135,1272-1280 2i14 d2i14a1 A:101-127,130-135,272-280 2i14 d2i14d1 D:1501-1527,1530-1535,1672-1680 2i14 d2i14b1 B:501-527,530-535,672-680 1vlp d1vlpb2 B:155-171,173-178,331-346 1ybe d1ybea1 A:168-194,197-201,348-360 1ytd d1ytda1 A:105-131,133-139,274-285 1qpq d1qpqe1 E:2103-2129,2133-2138,2252-2263 1ybe d1ybeb1 B:168-194,197-202,348-360 1qpo d1qpoe1 E:2103-2129,2133-2138,2252-2263 1qpr d1qprb1 B:103-129,133-138,252-263 1qpq d1qpqd1 D:1603-1629,1633-1638,1752-1763 1qpr d1qpre1 E:103-129,133-138,252-263 1qpq d1qpqb1 B:603-629,633-638,752-763 1qpo d1qpod1 D:1603-1629,1633-1638,1752-1763 1qpr d1qprd1 D:103-129,133-138,252-263 1qpr d1qprf1 F:103-129,133-138,252-263 1qpr d1qprc1 C:103-129,133-138,252-263 1qpq d1qpqc1 C:1103-1129,1133-1138,1252-1263 1qpn d1qpnd1 D:1603-1629,1633-1638,1752-1763 1qpo d1qpof1 F:2603-2629,2633-2638,2752-2763 1qpq d1qpqf1 F:2603-2629,2633-2638,2752-2763 1qpq d1qpqa1 A:103-129,133-138,252-263 1qpn d1qpne1 E:2103-2129,2133-2138,2252-2263 1qpr d1qpra1 A:103-129,133-138,252-263 1qpn d1qpnb1 B:603-629,633-638,752-763 1qpo d1qpoa1 A:103-129,133-138,252-263 1qpn d1qpna1 A:103-129,133-138,252-263 1qpo d1qpob1 B:603-629,633-638,752-763 1qpn d1qpnf1 F:2603-2629,2633-2638,2752-2763 1qpo d1qpoc1 C:1103-1129,1133-1138,1252-1263 1qpn d1qpnc1 C:1103-1129,1133-1138,1252-1263 1qap d1qapb1 B:116-142,146-151,262-273 2f7f d2f7fa1 A:127-153,155-160,296-307 255. d.82.4 GAS2 domain-like this superfamily may include the most C-terminal domain of IBP39 ( N domain of copper amine oxidase-like alpha-beta(5)-alpha; 2 layers: alpha/beta; meander antiparallel sheet 1v5r d1v5ra1 A:8-22,30-35,66-76 256. d.110.9 GlcG-like alpha-beta(2)-alpha(3)-beta(2)-alpha; similar to the Roadblock/LC7 domain ! Profilin-like core: 2 alpha-helices and 5-stranded antiparallel sheet: order 21543; 3 layers: alpha/beta/alpha 2a2l d2a2la1 A:57-75,115-125,127-145 2a2l d2a2ld1 D:57-75,115-125,127-146 2a2l d2a2lb1 B:57-75,115-125,127-146 2a2l d2a2lc1 C:57-75,115-125,127-146 257. c.85.1 FucI/AraA N-terminal and middle domains FucI/AraA N-terminal and middle domains consists of two domains of similar topology, 3 layers (a/b/a) each ! Domain 1 (1-173) has parallel beta-sheet of 5 strands, order 21345 ! Domain 2 (174-355) has parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 2hxg d2hxgc2 C:194-203,204-209,308-323 2hxg d2hxgb2 B:194-203,204-209,308-323 2ajt d2ajtb2 B:194-203,204-209,308-323 2ajt d2ajtc2 C:194-203,204-209,308-323 2hxg d2hxga2 A:194-203,204-209,308-323 2ajt d2ajta2 A:194-203,204-210,308-323 2hxg d2hxgb2 B:20-43,99-106,153-176 1fui d1fuid2 D:18-45,81-88,152-175 2ajt d2ajtc2 C:20-43,99-106,153-176 2ajt d2ajtb2 B:20-43,99-106,153-176 1fui d1fuid2 D:18-45,103-110,152-175 1fui d1fuie2 E:20-45,81-88,152-175 1fui d1fuib2 B:20-45,81-88,152-175 1fui d1fuia2 A:20-45,81-88,152-175 1fui d1fuif2 F:20-45,81-88,152-175 1fui d1fuic2 C:20-45,81-88,152-175 1fui d1fuie2 E:20-45,103-110,152-175 1fui d1fuib2 B:20-45,103-110,152-175 1fui d1fuif2 F:20-45,103-110,152-175 1fui d1fuia2 A:20-45,103-110,152-175 1fui d1fuic2 C:20-45,103-110,152-175 1fui d1fuid2 D:18-45,54-58,152-175 1fui d1fuia2 A:20-45,54-58,152-175 1fui d1fuic2 C:20-45,54-58,152-175 258. c.148.1 ComB-like ComB-like contains of two similar intertwined domains related by pseudo dyad; duplication; core: 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 4 strands, order 1423 1vr0 d1vr0a1 A:50-62,96-103,102-113 1vr0 d1vr0b1 B:50-62,96-103,102-113 1vr0 d1vr0c1 C:50-62,96-103,102-113 1vr0 d1vr0c1 C:50-62,64-71,102-113 260. e.10.1 Prokaryotic type I DNA topoisomerase duplication: the protein chain passing through the domains 2-4 makes two structural repeats ! The active site is formed by the toprim and "winged helix" domains (domains 1 and 4); these two domains are also found in the type II topoisomerase (DNA gyrase A) and in the alpha subunit of topoisomerase IV ! Prokaryotic type I DNA topoisomerase 4 domains: (1) Toprim alpha/beta; (2&4) "winged helix"-like; (3) barrel: n=6, S=8 1i7d d1i7da_ A:8-20,96-102,138-149 1d6m d1d6ma_ A:8-20,96-102,138-149 1cy2 d1cy2a_ A:10-22,103-110,143-154 1cy8 d1cy8a_ A:10-22,103-110,143-154 1mw9 d1mw9x_ X:10-22,105-109,143-154 1mw8 d1mw8x_ X:10-22,105-109,143-154 1cy1 d1cy1a_ A:10-22,103-109,143-154 1ecl d1ecla_ A:10-22,103-109,143-154 1cy4 d1cy4a_ A:10-21,103-109,143-154 1cy7 d1cy7a_ A:10-21,103-109,143-154 271. c.52.3 Eukaryotic RPB5 N-terminal domain Restriction endonuclease-like core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 5 strands, order 12345; strands 2 &, in some families, 5 are antiparallel to the rest 1dzf d1dzfa1 A:5-27,106-112,136-143 2nvy d2nvye1 E:2-27,106-112,136-143 1twh d1twhe1 E:2-27,106-112,136-143 2yu9 d2yu9e1 E:3-27,106-112,136-143 1i3q d1i3qe1 E:3-27,106-112,136-143 1twa d1twae1 E:2-27,106-112,136-143 1twg d1twge1 E:2-27,106-112,136-143 1twc d1twce1 E:2-27,106-112,136-143 2ja8 d2ja8e1 E:2-27,106-112,136-143 2ja5 d2ja5e1 E:2-27,106-112,136-143 2nvq d2nvqe1 E:3-27,106-112,136-143 2ja7 d2ja7e1 E:2-27,106-112,136-143 1twf d1twfe1 E:2-27,106-112,136-143 2ja6 d2ja6e1 E:2-27,106-112,136-143 2ja7 d2ja7q1 Q:2-27,106-112,136-143 2b63 d2b63e1 E:3-27,106-112,136-143 1i6h d1i6he1 E:3-27,106-112,136-143 1dzf d1dzfa1 A:5-27,77-83,136-143 1i50 d1i50e1 E:2-27,106-112,136-143 2nvt d2nvte1 E:3-27,106-112,136-143 2e2j d2e2je1 E:3-27,106-112,136-143 1k83 d1k83e1 E:3-27,106-112,136-143 2b8k d2b8ke1 E:3-27,106-112,136-143 2e2i d2e2ie1 E:3-27,106-112,136-143 2nvx d2nvxe1 E:3-27,106-112,136-143 2nvy d2nvye1 E:2-27,77-83,136-143 1twh d1twhe1 E:2-27,77-83,136-143 272. c.1.26 Homocysteine S-methyltransferase TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1q8j d1q8jb2 B:42-57,267-274,276-288 1q8a d1q8ab2 B:42-57,267-274,276-288 3bof d3bofb2 B:42-57,267-274,276-288 3bol d3bolb2 B:42-57,267-274,276-288 3bof d3bofa2 A:42-57,267-274,276-288 1q8a d1q8aa2 A:42-57,267-274,276-288 1q8j d1q8ja2 A:42-57,267-274,276-288 3bol d3bola2 A:42-57,267-274,276-288 1q7q d1q7qa2 A:42-57,267-274,276-288 1lt8 d1lt8a_ A:52-67,294-301,303-315 1lt7 d1lt7a_ A:52-67,294-301,303-315 1q85 d1q85a2 A:42-57,267-274,276-288 1q85 d1q85b2 B:42-57,267-274,276-288 1q7q d1q7qb2 B:42-57,267-274,276-288 1q7z d1q7zb2 B:42-57,267-274,276-288 1q7z d1q7za2 A:42-57,267-274,276-288 1lt8 d1lt8a_ A:52-67,69-73,303-315 1lt8 d1lt8b_ B:52-67,69-73,303-315 1q7m d1q7mb2 B:42-57,267-274,276-288 1q7m d1q7ma2 A:42-57,267-274,276-288 1lt8 d1lt8b_ B:52-67,294-299,303-315 1umy d1umyb_ B:52-67,294-301,303-319 1umy d1umya_ A:52-67,294-301,303-319 1umy d1umyc_ C:52-67,294-301,303-319 1umy d1umyd_ D:52-67,294-301,303-319 1q85 d1q85b2 B:42-57,59-67,276-288 1lt7 d1lt7b_ B:52-67,294-299,303-315 1q7q d1q7qb2 B:42-57,59-67,276-288 1q8j d1q8jb2 B:42-57,59-67,276-288 1q7z d1q7za2 A:42-57,59-67,276-288 1q85 d1q85a2 A:42-57,59-67,276-288 1q7m d1q7ma2 A:42-57,59-67,276-288 1q8a d1q8ab2 B:42-57,59-67,276-288 3bol d3bolb2 B:42-57,59-67,276-288 3bof d3bofb2 B:42-57,59-67,276-288 3bol d3bola2 A:42-57,59-67,276-288 1q8j d1q8ja2 A:42-57,59-67,276-288 1q7z d1q7zb2 B:42-57,59-67,276-288 1q7q d1q7qa2 A:42-57,59-67,276-288 1q8a d1q8aa2 A:42-57,59-67,276-288 3bof d3bofa2 A:42-57,59-67,276-288 1q7m d1q7mb2 B:42-57,59-67,276-288 1lt7 d1lt7b_ B:52-67,69-74,303-315 1lt7 d1lt7a_ A:52-67,69-74,303-315 1umy d1umyc_ C:52-67,69-73,303-319 1umy d1umyb_ B:52-67,69-73,303-319 1umy d1umya_ A:52-67,69-73,303-319 1umy d1umyd_ D:52-67,69-73,303-319 273. d.248.1 Coproporphyrinogen III oxidase Coproporphyrinogen III oxidase alpha-beta(6)-alpha(2)-beta-alpha(n); 3 layers alpha/beta/alpha; antiparallel sheet: order 1234567 1tk1 d1tk1a_ A:11-36,128-140,220-249 3dwr d3dwrb1 B:1-28,104-116,195-224 3dwr d3dwra1 A:1-28,104-117,195-224 3dws d3dwsa1 A:1-28,104-117,195-224 1vju d1vjua_ A:9-36,112-125,203-232 2qt8 d2qt8a1 A:1-28,104-117,195-224 1tlb d1tlbu_ U:9-36,128-142,220-249 1tkl d1tkla_ A:11-36,128-142,220-249 3dws d3dwsb1 B:-2-28,104-117,195-224 1txn d1txna_ A:11-36,128-142,220-249 1txn d1txnb_ B:11-36,128-142,220-249 1tkl d1tklb_ B:11-36,128-142,220-249 1vju d1vjub_ B:6-36,112-125,203-232 2qt8 d2qt8b1 B:-2-28,104-117,195-224 1tlb d1tlbq_ Q:6-36,128-142,220-249 1tlb d1tlbd_ D:6-36,128-142,220-249 1tlb d1tlbw_ W:6-36,128-142,220-249 1tlb d1tlbs_ S:6-36,128-142,220-249 1tlb d1tlba_ A:6-36,128-142,220-249 275. d.282.1 SSo0622-like the dimer, formed in the crystals, is a probable biological unit ! SSo0622-like alpha(2)-beta(2)-alpha-beta-alpha-beta(2)-alpha; 2 layers: a/b; antiparallel beta-sheet: order 21354; strands 1,3 and 5 and the C-terminal helix are longer than other secondary structures 1tlj d1tljb_ B:27-42,43-52,162-192 1tlj d1tlja_ A:27-42,43-52,162-192 276. c.142.1 Nqo1 FMN-binding domain-like Nqo1 FMN-binding domain-like 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 4 strands, order 3214 2fug d2fugj2 J:110-126,128-136,220-234 2fug d2fug12 1:110-126,128-136,220-234 2fug d2fugs2 S:110-126,128-136,220-234 2fug d2fuga2 A:110-126,128-136,220-234 2fug d2fugj2 J:101-111,128-136,220-234 2fug d2fugs2 S:101-111,128-136,220-234 2fug d2fug12 1:101-111,128-136,220-234 2fug d2fuga2 A:101-111,128-136,220-234 278. e.60.1 Thermophilic metalloprotease-like Thermophilic metalloprotease-like consists of two domains; d1: alpha/beta (3 layers, a/b/a; parralel beta-sheet, order 2134); d2: pseudo beta-barrel capped by helices 1zjc d1zjca1 A:3-21,143-149,163-180 2ayi d2ayic1 C:3-21,141-147,161-177 2ayi d2ayia1 A:3-21,141-147,161-177 2ayi d2ayib1 B:3-21,141-147,161-177 2ayi d2ayid1 D:3-21,141-147,161-177 2ayi d2ayie1 E:3-21,141-147,161-177 279. c.1.3 Thiamin phosphate synthase TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1xi3 d1xi3b_ B:19-31,177-182,190-207 1xi3 d1xi3a_ A:19-31,177-182,190-207 1xi3 d1xi3a_ A:19-31,33-38,190-207 1xi3 d1xi3b_ B:19-31,33-38,190-207 1g4p d1g4pa_ A:40-52,203-208,216-234 1g6c d1g6cb_ B:1040-1052,1203-1208,1216-1234 1g4e d1g4eb_ B:1040-1052,1203-1208,1216-1234 1g4p d1g4pb_ B:1040-1052,1203-1208,1216-1234 2tps d2tpsb_ B:40-52,203-208,216-234 1g4t d1g4tb_ B:1040-1052,1203-1208,1216-1235 1g4e d1g4ea_ A:40-52,203-208,216-235 1g67 d1g67b_ B:1040-1052,1203-1208,1216-1235 1g4s d1g4sb_ B:1040-1052,1203-1208,1216-1235 1g6c d1g6ca_ A:40-52,203-208,216-235 1g4s d1g4sa_ A:40-52,203-208,216-235 1g4t d1g4ta_ A:40-52,203-208,216-235 1g69 d1g69b_ B:1040-1052,1203-1208,1216-1235 1g69 d1g69a_ A:40-52,203-208,216-235 1g67 d1g67a_ A:40-52,203-208,216-235 2tps d2tpsa_ A:40-52,203-208,216-235 1g4p d1g4pb_ B:1040-1052,1054-1060,1216-1234 1g4e d1g4eb_ B:1040-1052,1054-1060,1216-1234 1g4p d1g4pa_ A:40-52,54-60,216-234 1g6c d1g6cb_ B:1040-1052,1054-1060,1216-1234 1g4t d1g4tb_ B:1040-1052,1054-1060,1216-1235 2tps d2tpsb_ B:40-52,54-60,216-234 1g4s d1g4sb_ B:1040-1052,1054-1060,1216-1235 1g67 d1g67b_ B:1040-1052,1054-1060,1216-1235 1g4s d1g4sa_ A:40-52,54-60,216-235 1g69 d1g69a_ A:40-52,54-60,216-235 1g69 d1g69b_ B:1040-1052,1054-1060,1216-1235 1g4e d1g4ea_ A:40-52,54-60,216-235 1g6c d1g6ca_ A:40-52,54-60,216-235 1g67 d1g67a_ A:40-52,54-60,216-235 1g4t d1g4ta_ A:40-52,54-60,216-235 2tps d2tpsa_ A:40-52,54-60,216-235 281. e.38.1 Release factor Release factor 4 domains: (1) 3-helical bundle; (2) alpha+beta of ferredoxin-like fold (3 and 4) alpha+beta of dsRDB-like fold 1rq0 d1rq0a_ A:97-120,283-289,304-311 1gqe d1gqea_ A:137-160,323-329,344-351 1rq0 d1rq0c_ C:897-920,1083-1089,1104-1111 2fvo d2fvoa1 A:97-120,283-289,304-311 1rq0 d1rq0b_ B:497-520,683-689,704-711 283. d.20.1 UBC-like UBC-like alpha-beta(4)-alpha(3); core: meander beta-sheet plus one helix 2 1i7k d1i7ka_ A:30-46,49-55,127-142 2f0r d2f0ra1 A:17-33,71-76,123-139 1i7k d1i7kb_ B:30-46,49-55,127-142 1kpp d1kppa_ A:17-33,65-76,123-139 1y6l d1y6lb_ B:0-17,20-26,98-113 1y6l d1y6la_ A:0-17,20-26,98-113 1y6l d1y6lc_ C:0-17,20-26,98-113 1yrv d1yrva1 A:3-20,23-29,104-119 1fzy d1fzya_ A:2-18,21-27,101-116 1zdn d1zdnb1 B:10-27,30-35,108-123 2aak d2aaka_ A:3-20,23-29,101-116 2c4o d2c4ob1 B:-2-17,20-26,98-113 1zdn d1zdna1 A:9-27,30-35,108-123 2eso d2esoa1 A:-1-17,20-26,98-113 2c4o d2c4od1 D:-2-17,20-26,98-113 2esq d2esqa1 A:-1-17,20-26,98-113 2clw d2clwa1 A:-1-17,20-26,98-113 2clw d2clwb1 B:-1-17,20-26,98-113 2c4o d2c4oc1 C:-1-17,20-26,98-113 2px9 d2px9b1 B:1-20,23-29,108-123 1x23 d1x23a1 A:-4-17,20-26,98-113 1jbb d1jbba_ A:5-19,22-28,100-115 1jbb d1jbbb_ B:5-19,22-28,100-115 1q34 d1q34a_ A:3-20,23-29,101-116 1jat d1jata_ A:5-19,22-28,100-115 1q34 d1q34b_ B:3-20,23-29,101-116 2ayv d2ayva1 A:-1-17,20-26,98-113 2clw d2clwc1 C:-2-17,20-26,98-113 1q34 d1q34c_ C:3-20,23-29,101-116 2clw d2clwd1 D:-2-17,20-26,98-113 2esk d2eska1 A:-1-17,20-26,98-113 2esp d2espa1 A:-1-17,20-26,98-113 1kps d1kpsa_ A:1-20,24-29,108-123 1a3s d1a3sa_ A:1-20,24-29,108-123 2c4o d2c4oa1 A:-1-17,21-26,98-113 2c2v d2c2ve1 E:9-23,26-32,104-119 2ucz d2ucza_ A:2-20,23-28,115-130 2c2v d2c2vk1 K:9-23,26-32,104-119 1u9a d1u9aa_ A:0-20,24-29,108-123 1u9b d1u9ba_ A:0-20,24-29,108-123 1ur6 d1ur6a_ A:1-17,20-27,98-113 2c2v d2c2vh1 H:9-23,26-32,104-119 2c2v d2c2vb1 B:9-23,26-32,104-119 1x23 d1x23d1 D:-4-17,20-26,98-113 1x23 d1x23b1 B:-4-17,20-26,98-113 1j7d d1j7db_ B:5-19,22-28,100-115 1fxt d1fxta_ A:2-18,21-27,101-116 2gmi d2gmia1 A:5-19,22-28,100-115 2awf d2awfa1 A:4-21,24-30,116-131 1yh2 d1yh2a1 A:0-18,21-27,103-118 1fzy d1fzyb_ B:2-18,22-27,101-116 2grn d2grna1 A:2-20,24-29,108-123 2bf8 d2bf8a1 A:2-19,26-32,105-120 1kps d1kpsc_ C:3-20,24-29,108-123 1x23 d1x23c1 C:-4-17,20-26,98-113 2o25 d2o25b2 B:3-19,26-32,105-120 2o25 d2o25a2 A:2-19,26-32,105-120 2o25 d2o25d1 D:2-20,24-29,108-123 2pe6 d2pe6a1 A:2-20,24-29,108-123 2bep d2bepa1 A:2-19,26-32,105-120 2c2v d2c2vc1 C:39-55,59-65,143-157 2vrr d2vrra1 A:2-20,24-29,108-123 1yla d1ylab2 B:2-19,26-33,105-120 1yla d1ylaa2 A:2-19,26-33,105-120 2o25 d2o25c1 C:2-20,24-29,108-123 2uyz d2uyza1 A:3-20,24-29,108-123 3e46 d3e46a2 A:2-19,26-33,105-120 1j7d d1j7db_ B:5-19,50-58,100-115 1zuo d1zuoa1 A:202-219,226-232,318-334 286. d.50.2 Porphobilinogen deaminase (hydroxymethylbilane synthase), C-terminal domain dsRBD-like alpha-beta(3)-alpha; 2 layers: alpha/beta 1gtk d1gtka2 A:221-239,245-254,282-298 1ah5 d1ah5a2 A:221-239,245-254,282-298 1pda d1pdaa2 A:221-239,245-254,282-298 2ypn d2ypna2 A:221-239,245-254,282-298 1ypn d1ypna2 A:221-239,245-254,282-298 1gtk d1gtka2 A:221-239,270-279,282-298 1ah5 d1ah5a2 A:221-239,270-279,282-298 2ypn d2ypna2 A:221-239,270-279,282-298 1pda d1pdaa2 A:221-239,270-279,282-298 1ypn d1ypna2 A:221-239,270-279,282-298 287. c.136.1 Toprim domain this domain is also present in several multidomain proteins that are not split in scop yet: Toprim domain 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134 2i5r d2i5rc1 C:12-23,51-57,93-105 2fcj d2fcjc1 C:12-23,51-57,93-105 2i5r d2i5ra1 A:12-23,51-56,93-105 2i5r d2i5rb1 B:12-23,51-56,93-105 2fcj d2fcja1 A:12-23,51-56,93-105 2fcj d2fcjb1 B:12-23,51-56,93-105 289. c.1.30 CutC-like TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1twd d1twda_ A:10-21,193-198,231-248 1x7i d1x7ia1 A:10-21,193-198,231-248 1x8c d1x8ca1 A:10-21,193-198,231-248 1twd d1twdb_ B:10-21,23-28,231-249 1twd d1twda_ A:10-21,23-28,231-248 1twd d1twdb_ B:10-21,193-198,231-249 1x8c d1x8ca1 A:10-21,23-28,231-248 1x7i d1x7ia1 A:10-21,23-28,231-248 1x8c d1x8cb1 B:10-21,23-28,231-250 1x8c d1x8cb1 B:10-21,193-198,231-250 1x7i d1x7ib1 B:10-21,23-28,231-250 1x7i d1x7ib1 B:10-21,193-198,231-250 1twd d1twda_ A:10-21,199-204,231-248 1x8c d1x8ca1 A:10-21,199-205,231-248 1x7i d1x7ia1 A:10-21,199-205,231-248 1twd d1twdb_ B:10-21,199-205,231-249 1x8c d1x8cb1 B:10-21,199-205,231-250 1x7i d1x7ib1 B:10-21,199-205,231-250 291. c.39.1 Nicotinate mononucleotide:5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT) Nicotinate mononucleotide:5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT) 3 layers: a/b/a, parallel beta-sheet of 7 strands, order 3214567 1jhp d1jhpa_ A:97-107,168-176,318-338 1jhu d1jhua_ A:97-107,168-176,318-338 1jhm d1jhma_ A:97-107,168-176,318-338 1l5f d1l5fa_ A:97-107,168-176,318-338 1d0s d1d0sa_ A:97-107,168-176,318-338 1l5n d1l5na_ A:97-107,168-176,318-338 1l4b d1l4ba_ A:97-107,168-176,318-338 1l4k d1l4ka_ A:97-107,168-176,318-338 1l5o d1l5oa_ A:97-107,168-176,318-338 1jha d1jhaa_ A:97-107,168-176,318-338 1l4f d1l4fa_ A:97-107,168-176,318-338 1l4g d1l4ga_ A:97-107,168-176,318-338 1jhv d1jhva_ A:97-107,168-176,318-338 1jh8 d1jh8a_ A:97-107,168-176,318-338 1jhx d1jhxa_ A:97-107,168-176,318-338 1l4m d1l4ma_ A:97-107,168-176,318-338 1jhr d1jhra_ A:97-107,168-176,318-338 1jhy d1jhya_ A:97-107,168-176,318-338 1l4e d1l4ea_ A:97-107,168-176,318-338 1l4l d1l4la_ A:97-107,168-176,318-338 1l4n d1l4na_ A:97-107,168-176,318-338 1l5k d1l5ka_ A:97-107,168-176,318-338 1l4h d1l4ha_ A:97-107,168-176,318-338 1jhq d1jhqa_ A:97-107,168-176,318-338 1l5m d1l5ma_ A:97-107,168-176,318-338 1d0v d1d0va_ A:97-107,168-176,318-338 1l5l d1l5la_ A:97-107,168-176,318-338 1jho d1jhoa_ A:97-107,168-176,318-338 1j33 d1j33a_ A:83-93,156-164,305-325 1jhp d1jhpa_ A:97-107,108-117,318-338 1jhu d1jhua_ A:97-107,108-117,318-338 1l4g d1l4ga_ A:97-107,108-117,318-338 1l5o d1l5oa_ A:97-107,108-117,318-338 1jhv d1jhva_ A:97-107,108-117,318-338 1jh8 d1jh8a_ A:97-107,108-117,318-338 1l5n d1l5na_ A:97-107,108-117,318-338 1l4f d1l4fa_ A:97-107,108-117,318-338 1jha d1jhaa_ A:97-107,108-117,318-338 1jhm d1jhma_ A:97-107,108-117,318-338 1d0v d1d0va_ A:97-107,108-117,318-338 1d0s d1d0sa_ A:97-107,108-117,318-338 1l4m d1l4ma_ A:97-107,108-117,318-338 1l4h d1l4ha_ A:97-107,108-117,318-338 1jhx d1jhxa_ A:97-107,108-117,318-338 1l4k d1l4ka_ A:97-107,108-117,318-338 1jhy d1jhya_ A:97-107,108-117,318-338 1l5m d1l5ma_ A:97-107,108-117,318-338 1l4b d1l4ba_ A:97-107,108-117,318-338 1l5f d1l5fa_ A:97-107,108-117,318-338 1l5k d1l5ka_ A:97-107,108-117,318-338 1l4l d1l4la_ A:97-107,108-117,318-338 1l4n d1l4na_ A:97-107,108-117,318-338 1jhq d1jhqa_ A:97-107,108-117,318-338 1l4e d1l4ea_ A:97-107,108-117,318-338 1jhr d1jhra_ A:97-107,108-117,318-338 1l5l d1l5la_ A:97-107,108-117,318-338 1jho d1jhoa_ A:97-107,108-117,318-338 1j33 d1j33a_ A:83-93,93-102,305-325 292. d.258.1 Chorismate synthase, AroC Chorismate synthase, AroC duplication: consists of two DCoH-like beta(2)-alpha-beta(2)-alpha structural repeats; 3 layers, beta/alpha/beta 1q1l d1q1la_ A:135-157,158-168,351-377 1q1l d1q1ld_ D:135-157,158-168,351-377 1q1l d1q1lb_ B:135-157,158-168,351-377 1qxo d1qxob_ B:132-154,155-165,342-367 1qxo d1qxoa_ A:132-154,155-165,342-367 1qxo d1qxod_ D:132-154,155-165,342-367 1qxo d1qxoc_ C:132-154,155-165,342-367 1um0 d1um0b_ B:122-147,147-158,326-355 1um0 d1um0a_ A:122-147,147-158,326-355 1umf d1umfc_ C:123-147,147-158,326-355 1umf d1umfa_ A:123-147,147-158,326-355 1umf d1umfb_ B:122-147,147-158,326-355 1um0 d1um0c_ C:123-147,147-158,326-355 1umf d1umfd_ D:124-147,147-158,326-355 1q1l d1q1lc_ C:135-157,158-168,353-377 1um0 d1um0d_ D:124-147,147-158,326-355 1r52 d1r52b_ B:128-148,149-159,341-369 1r52 d1r52d_ D:128-148,149-159,341-369 1r52 d1r52a_ A:128-148,149-159,341-369 1r52 d1r52c_ C:128-148,149-159,341-369 1r53 d1r53a_ A:128-148,149-159,341-371 1sq1 d1sq1a_ A:126-146,147-157,323-352 293. c.1.24 Pyridoxine 5'-phosphate synthase TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1ixq d1ixqb_ B:26-38,210-215,226-243 1m5w d1m5wc_ C:26-38,209-215,226-243 1ho4 d1ho4a_ A:26-38,210-215,226-243 1ixo d1ixod_ D:26-38,209-215,226-243 1m5w d1m5we_ E:26-38,209-215,226-243 1m5w d1m5wf_ F:26-38,210-215,226-243 1m5w d1m5wa_ A:26-38,210-215,226-243 1m5w d1m5wh_ H:26-38,209-215,226-243 1ixp d1ixpb_ B:26-38,210-215,226-243 1m5w d1m5wg_ G:26-38,209-215,226-243 1ho1 d1ho1d_ D:26-38,210-215,226-243 1ixp d1ixpd_ D:26-38,210-215,226-243 1m5w d1m5wb_ B:26-38,40-46,226-243 1m5w d1m5we_ E:26-38,40-46,226-243 1m5w d1m5wd_ D:26-38,40-46,226-243 1ixp d1ixpb_ B:26-38,40-46,226-243 1m5w d1m5wc_ C:26-38,40-46,226-243 1ixn d1ixnb_ B:26-38,40-46,226-243 1m5w d1m5wh_ H:26-38,40-46,226-243 1ixo d1ixod_ D:26-38,40-46,226-243 1ho4 d1ho4b_ B:26-38,40-46,226-243 1m5w d1m5wg_ G:26-38,40-46,226-243 1ho1 d1ho1d_ D:26-38,40-46,226-243 1m5w d1m5wf_ F:26-38,40-46,226-243 1ho4 d1ho4a_ A:26-38,40-46,226-243 1ixn d1ixnc_ C:26-38,40-46,226-243 1ho4 d1ho4d_ D:26-38,40-46,226-243 1ixo d1ixoa_ A:26-38,40-46,226-243 1ho1 d1ho1c_ C:26-38,40-46,226-243 1m5w d1m5wa_ A:26-38,40-46,226-243 1ixo d1ixob_ B:26-38,40-46,226-243 1ixn d1ixnd_ D:26-38,40-46,226-243 1ixp d1ixpc_ C:26-38,40-46,226-243 1ixq d1ixqa_ A:26-38,40-46,226-243 1ho1 d1ho1b_ B:26-38,40-46,226-243 1ixq d1ixqb_ B:26-38,40-46,226-243 1ho4 d1ho4c_ C:26-38,40-46,226-243 1ixp d1ixpd_ D:26-38,40-46,226-243 1ixn d1ixna_ A:26-38,40-46,226-243 1ixp d1ixpa_ A:26-38,40-46,226-243 1ixq d1ixqd_ D:26-38,40-46,226-243 1ho1 d1ho1a_ A:26-38,40-46,226-243 1ixo d1ixoc_ C:26-38,40-46,226-243 1ixq d1ixqc_ C:26-38,40-46,226-243 297. d.364.1 PA1123-like PA1123-like irregular array of short helices and two three-stranded beta-sheets 2hg6 d2hg6a1 A:5-16,53-57,65-76 298. c.1.31 ThiG-like shares the common phosphate-binding site with other superfamilies ! TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 1wv2 d1wv2b_ B:2031-2043,2211-2216,2224-2246 1wv2 d1wv2a_ A:1031-1043,1211-1216,1224-1246 1xm3 d1xm3c_ C:24-36,202-207,215-237 1xm3 d1xm3a_ A:24-36,202-207,215-237 1xm3 d1xm3d_ D:24-36,202-207,215-237 1xm3 d1xm3b_ B:24-36,202-207,215-237 1tyg d1tyga_ A:124-136,302-307,315-337 1tyg d1tygc_ C:124-136,302-307,315-337 299. c.47.2 RNA 3'-terminal phosphate cyclase, RPTC, insert domain Thioredoxin fold core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 4 strands, order 4312; strand 3 is antiparallel to the rest 1qmi d1qmid1 D:202-218,245-254,259-278 1qmi d1qmia1 A:202-218,245-254,259-278 1qmi d1qmib1 B:202-218,245-254,259-278 1qmh d1qmha1 A:202-218,245-254,259-278 1qmi d1qmic1 C:202-218,245-254,259-278 1qmh d1qmhb1 B:202-218,245-254,259-278 303. c.51.6 XCC0632-like short crossover loop between strands 2 and 3; the antiparallel part of the beta-sheet (strands 3, 4 and 5) and the C-terminal helix are quite long Anticodon-binding domain-like 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of five strands, order 21345; strand 4 is antiparallel to the rest 2iqi d2iqih1 H:90-107,122-136,176-209 2iqi d2iqid1 D:90-107,122-136,176-209 2iqi d2iqif1 F:90-107,122-136,176-209 2iqi d2iqia1 A:90-107,122-136,176-209 2iqi d2iqic1 C:90-107,122-136,176-209 2iqi d2iqig1 G:90-107,122-136,176-209 2iqi d2iqie1 E:90-107,122-136,176-209 2iqi d2iqib1 B:90-107,122-136,176-209 2i9i d2i9ia1 A:97-117,138-152,221-253 307. d.283.1 Putative modulator of DNA gyrase, PmbA/TldD Putative modulator of DNA gyrase, PmbA/TldD consists of two different alpha+beta domains; d1: [duplication of alpha-beta(3)-alpha motif; 2 layers: a/b; antiparallel beta-sheet, order: 321456; strands 1, 2, 4 and 5 are twice longer than other secondary structures]; d2 [ complex fold; contains beta-barrel (n=5, S=10)] 1vl4 d1vl4b_ B:115-134,180-191,197-213 1vl4 d1vl4a_ A:115-134,180-191,197-213 1vpb d1vpba_ A:125-141,191-203,210-227 1vl4 d1vl4a_ A:115-134,135-156,197-213 1vl4 d1vl4b_ B:115-134,135-156,197-213 1vl4 d1vl4b_ B:2-18,19-37,71-86 1vl4 d1vl4a_ A:2-18,19-37,71-86 1vpb d1vpba_ A:125-141,146-166,210-227 1vpb d1vpba_ A:3-21,22-41,74-93 308. d.147.1 Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase consists of two alpha+beta subdomains 1qlm d1qlma_ A:173-184,202-212,218-233 311. c.1.14 RuBisCo, C-terminal domain TIM beta/alpha-barrel contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678 ! the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites 2cxe d2cxed1 D:166-181,183-187,381-399 2cxe d2cxec1 C:166-181,183-187,381-399 2cxe d2cxeb1 B:166-181,183-187,381-399 2cxe d2cxea1 A:166-181,183-187,381-399 2d69 d2d69b1 B:166-181,183-187,381-399 2cwx d2cwxa1 A:166-181,183-187,381-399 2d69 d2d69d1 D:166-181,183-187,381-399 1geh d1gehe1 E:169-184,186-190,400-418 1geh d1gehd1 D:169-184,186-190,400-418 1geh d1geha1 A:169-184,186-190,400-418 1geh d1gehb1 B:169-184,186-190,400-418 2d69 d2d69e1 E:166-181,183-187,381-399 1geh d1gehc1 C:169-184,186-190,400-418 2cwx d2cwxe1 E:166-181,183-187,381-399 2d69 d2d69a1 A:166-181,183-187,381-399 1iwa d1iwac1 C:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2z1 Z:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2g1 G:181-196,198-202,412-434 1uzh d1uzhr1 R:181-196,198-202,412-434 1iwa d1iwam1 M:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2s1 S:181-196,198-202,412-434 1gk8 d1gk8a1 A:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2t1 T:181-196,198-202,412-434 2v68 d2v68h1 H:181-196,198-202,412-434 1iwa d1iwao1 O:181-196,198-202,412-434 2v68 d2v68e1 E:181-196,198-202,412-434 2v68 d2v68d1 D:181-196,198-202,412-434 1gk8 d1gk8g1 G:181-196,198-202,412-434 1rcx d1rcxr1 R:181-196,198-202,412-434 1rcx d1rcxb1 B:181-196,198-202,412-434 1rcx d1rcxh1 H:181-196,198-202,412-434 1rcx d1rcxl1 L:181-196,198-202,412-434 1rcx d1rcxv1 V:181-196,198-202,412-434 1rcx d1rcxk1 K:181-196,198-202,412-434 1rcx d1rcxo1 O:181-196,198-202,412-434 1rcx d1rcxe1 E:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2f1 F:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2x1 X:181-196,198-202,412-434 2v68 d2v68c1 C:181-196,198-202,412-434 2v68 d2v68a1 A:181-196,198-202,412-434 1bxn d1bxne1 E:184-199,201-205,414-436 1gk8 d1gk8e1 E:181-196,198-202,412-434 1uzh d1uzhk1 K:181-196,198-202,412-434 4rub d4rubb1 B:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2c1 C:181-196,198-202,412-434 2v68 d2v68g1 G:181-196,198-202,412-434 1uzh d1uzhb1 B:181-196,198-202,412-434 2v68 d2v68f1 F:181-196,198-202,412-434 1uzh d1uzho1 O:181-196,198-202,412-434 1bxn d1bxnc1 C:184-199,201-205,414-436 1uw9 d1uw9r1 R:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2u1 U:181-196,198-202,412-434 1uzh d1uzhv1 V:181-196,198-202,412-434 1uw9 d1uw9k1 K:181-196,198-202,412-434 1bxn d1bxna1 A:184-199,201-205,414-436 1iwa d1iwai1 I:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2y1 Y:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2a1 A:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2e1 E:181-196,198-202,412-434 1gk8 d1gk8c1 C:181-196,198-202,412-434 1bxn d1bxng1 G:184-199,201-205,414-436 1uw9 d1uw9e1 E:181-196,198-202,412-434 1uw9 d1uw9v1 V:181-196,198-202,412-434 1tel d1telb1 B:2178-2193,2195-2199,2391-2409 1tel d1tela1 A:1178-1193,1195-1199,1391-1409 1wdd d1wdda1 A:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2d1 D:181-196,198-202,412-434 1uw9 d1uw9b1 B:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2w1 W:181-196,198-202,412-434 1uw9 d1uw9a1 A:181-196,198-202,412-434 1uzh d1uzhh1 H:181-196,198-202,412-434 1uzh d1uzha1 A:181-196,198-202,412-434 2v63 d2v63h1 H:181-196,198-202,412-434 1uw9 d1uw9h1 H:181-196,198-202,412-434 1uwa d1uwar1 R:181-196,198-202,412-434 1uw9 d1uw9o1 O:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2h1 H:181-196,198-202,412-434 1uzh d1uzhe1 E:181-196,198-202,412-434 2v67 d2v67e1 E:181-196,198-202,412-434 2v6a d2v6ac1 C:181-196,198-202,412-434 1iwa d1iwag1 G:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2v1 V:181-196,198-202,412-434 1uzd d1uzda1 A:181-196,198-202,412-434 2v67 d2v67d1 D:181-196,198-202,412-434 2v68 d2v68b1 B:181-196,198-202,412-434 1iwa d1iwae1 E:181-196,198-202,412-434 1ir2 d1ir2b1 B:181-196,198-202,412-434 2v67 d2v67h1 H:181-196,198-202,412-434 2v69 d2v69d1 D:181-196,198-202,412-434 1uwa d1uwab1 B:181-196,198-202,412-434 2v63 d2v63d1 D:181-196,198-202,412-434 2v6a d2v6ag1 G:181-196,198-202,412-434 1uwa d1uwaa1 A:181-196,198-202,412-434 2v63 d2v63a1 A:181-196,198-202,412-434 2v6a d2v6ad1 D:181-196,198-202,412-434 2v67 d2v67a1 A:181-196,198-202,412-434 2v67 d2v67g1 G:181-196,198-202,412-434 1uwa d1uwav1 V:181-196,198-202,412-434 2v63 d2v63f1 F:181-196,198-202,412-434 2v67 d2v67f1 F:181-196,198-202,412-434 2v63 d2v63b1 B:181-196,198-202,412-434 1uwa d1uwae1 E:181-196,198-202,412-434 2v6a d2v6ah1 H:181-196,198-202,412-434 2v69 d2v69h1 H:181-196,198-202,412-434 2v6a d2v6aa1 A:181-196,198-202,412-434 2v63 d2v63e1 E:181-196,198-202,412-434 2v63 d2v63g1 G:181-196,198-202,412-434 2v69 d2v69b1 B:181-196,198-202,412-434 2v6a d2v6af1 F:181-196,198-202,412-434 1uzd d1uzdk1 K:181-196,198-202,412-434 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E:181-196,396-403,412-434 1uzd d1uzdr1 R:181-196,396-403,412-434 8ruc d8ruce1 E:181-196,396-403,412-434 1uzd d1uzdh1 H:181-196,396-403,412-434 2v69 d2v69c1 C:181-196,396-403,412-434 2v69 d2v69f1 F:181-196,396-403,412-434 2v69 d2v69d1 D:181-196,396-403,412-434 8ruc d8rucc1 C:181-196,396-403,412-434 1iwa d1iwag1 G:181-196,396-403,412-434 4rub d4ruba1 A:181-196,396-403,412-434 1ir1 d1ir1c1 C:181-196,396-403,412-434 1ir1 d1ir1d1 D:181-196,396-403,412-434 1ir1 d1ir1a1 A:181-196,396-403,412-434 8ruc d8ruca1 A:181-196,396-403,412-434 8ruc d8rucg1 G:181-196,396-403,412-434 1rbo d1rbob1 B:181-196,396-403,412-434 1rbo d1rboh1 H:181-196,396-403,412-434 1rbo d1rbol1 L:181-196,396-403,412-434 1rbo d1rboe1 E:181-196,396-403,412-434 1ir1 d1ir1b1 B:181-196,396-403,412-434 1rbl d1rblb1 B:181-196,396-403,412-434 1rbl d1rble1 E:181-196,396-403,412-434 1rbl d1rblc1 C:181-196,396-403,412-434 1rbl d1rblh1 H:181-196,396-403,412-434 1rbl d1rblf1 F:181-196,396-403,412-434 1rbl d1rblg1 G:181-196,396-403,412-434 1rbl d1rbla1 A:181-196,396-403,412-434 1rbl d1rbld1 D:181-196,396-403,412-434 1rxo d1rxoh1 H:181-196,396-403,412-434 1rxo d1rxob1 B:181-196,396-403,412-434 1rxo d1rxoe1 E:181-196,396-403,412-434 1rxo d1rxol1 L:181-196,396-403,412-434 1rco d1rcoo1 O:181-196,396-403,412-434 1rco d1rcok1 K:181-196,396-403,412-434 1rco d1rcoh1 H:181-196,396-403,412-434 1rco d1rcoe1 E:181-196,396-403,412-434 1rco d1rcov1 V:181-196,396-403,412-434 1rco d1rcor1 R:181-196,396-403,412-434 1rco d1rcol1 L:181-196,396-403,412-434 1rco d1rcob1 B:181-196,396-403,412-434 1rsc d1rscg1 G:181-196,396-403,411-434 1ej7 d1ej7l1 L:181-196,396-403,412-434 1rsc d1rscd1 D:181-196,396-403,411-434 1rsc d1rscc1 C:181-196,396-403,411-434 1rsc d1rscb1 B:181-196,396-403,411-434 1rsc d1rsca1 A:181-196,396-403,411-434 1rsc d1rsch1 H:181-196,396-403,411-434 1rsc d1rscf1 F:181-196,396-403,411-434 1rsc d1rsce1 E:181-196,396-403,411-434 1iwa d1iwak1 K:181-196,396-403,412-434 1rld d1rlda1 A:181-196,396-403,411-434 1rld d1rldb1 B:181-196,396-403,411-434 1svd d1svda1 A:174-189,389-396,405-427 1aus d1auso1 O:181-196,396-403,412-434 1aus d1ausn1 N:181-196,396-403,412-434 1aus d1ausl1 L:181-196,396-403,412-434 1aus d1ausm1 M:181-196,396-403,412-434 324. d.295.1 TFB5-like TFB5-like beta-alpha-beta(2)-alpha; 2 layers, a/b; antiparallel sheet, order: 132; dimerises in solution (PDB 2jnj) via extended N-terminal strand 1ydl d1ydla1 A:13-27,33-39,48-62 332. e.43.1 Subunits of heterodimeric actin filament capping protein Capz Subunits of heterodimeric actin filament capping protein Capz 3 domains: (1) protozoan pheromone-like alpha-helical bundle; (2) rubredoxin-like domain lacking metal-binding site; (3) alpha+beta heterodimerisation domain: alpha-beta(5)-alpha 1izn d1izna_ A:115-137,168-182,220-260 1izn d1iznc_ C:115-137,168-182,220-260 1izn d1iznb_ B:90-113,144-159,208-245 1izn d1iznd_ D:90-113,144-159,208-245 334. a.119.1 Lipoxigenase Lipoxigenase multihelical ! large nearly all-alpha domain 2p0m d2p0ma1 A:225-236,299-308,337-381 1rrl d1rrla1 A:360-371,448-458,491-538 1rov d1rova1 A:360-371,448-458,491-538 1lnh d1lnha1 A:360-371,448-458,491-538 1rrl d1rrlb1 B:360-371,448-458,491-538 1ik3 d1ik3a1 A:360-371,448-458,491-538 1rrh d1rrha1 A:360-371,448-458,491-538 1no3 d1no3a1 A:360-371,448-458,491-538 3bnb d3bnba1 A:342-353,429-439,472-519 1fgq d1fgqa1 A:342-353,429-439,473-519 1n8q d1n8qa1 A:360-371,448-458,492-538 1hu9 d1hu9a1 A:360-371,448-458,492-538 1jnq d1jnqa1 A:360-371,448-458,492-538 1fgm d1fgma1 A:342-353,429-439,473-519 1y4k d1y4ka1 A:342-353,429-439,473-519 3bnc d3bnca1 A:342-353,429-439,473-519 3bnd d3bnda1 A:342-353,429-439,473-519 1fgt d1fgta1 A:342-353,429-439,473-519 1fgr d1fgra1 A:342-353,429-439,473-519 2sbl d2sbla1 A:342-353,429-439,473-519 2sbl d2sblb1 B:342-353,429-439,473-519 1fgo d1fgoa1 A:342-353,429-439,473-519 3bne d3bnea1 A:342-353,429-439,473-519 1yge d1ygea1 A:342-353,429-439,473-519 1f8n d1f8na1 A:342-353,429-439,473-519